Die gesamte Java-Funktionalität der Anwendung wird ab jetzt in Form von vordefinierten JAR-Dateien geliefert. Für Organisationsmodule, die mit Version 5.0 eingeführt wurden (und für die der Quellcode auch bisher nicht mitgeliefert wurde), war dies schon immer der Fall. Nun gilt es für alle Bereiche. Die Anwendungsfunktionalität wird in einer Kundeninstallation nur noch dann neu generiert oder wiederhergestellt, wenn die Verwendung von Erweiterungsmechanismen des Kunden es erfordert. Das bedeutet, dass der Erstellungsprozess des Kunden nicht mehr die gesamte Java-Quellcodebasis wiederherstellen muss, sondern nur noch projektspezifischen Quellcode oder abhängigen wiederhergestellten Java-Quellcode.
Für eine begrenzte Anzahl wichtiger Funktionsbereiche wird ab Version 6.0.3 Java-Quellcode in keiner Form mehr geliefert. Es wird zwar für die restlichen Bereiche der Anwendung weiterhin Quellcode mitgeliefert, jedoch nur als "Muster" für Dokumentationszwecke. Dieser Code ist ab Version 6.0.3 nicht mehr direkt in den Erstellungsprozess mit eingebunden. Der Muster-Quellcode für die einzelnen Komponenten in Form von JAR-Dateien wird folgendermaßen geliefert: EJBServer\components\<component name>\sample\src.zip. Die erstellten Versionen der jeweiligen Komponenten sind an dem folgenden Ort zu finden: EJBServer\components\<component name>\lib\<component name>.jar.
Ebenso sind ab Version 6.0.3 Klassenoperationen durch Anmerkungen als 'intern' oder 'extern' markiert.
Externe Operationen bilden die offizielle API der künftigen Anwendung. Sie sind für die Verwendung durch den Kunden gedacht und werden von seinem eigenen Code aus aufgerufen.