Die IBM WebSphere Application Server for z/OS-Installation kann je nach Anforderung manuell konfiguriert werden, was jedoch nicht zu empfehlen ist. Die in diesem Abschnitt detailliert beschriebenen manuellen Schritte für die Konfigurierung von WebSphere Application Server for z/OS dienen lediglich Informationszwecken.
Es wird darauf hingewiesen, dass alle Einstellungen, die unter dem Abschnitt Ressourcen der Administrationskonsole vorgenommen werden, auf mehreren Ebenen konfiguriert werden können, die den JNDI-Bereich steuern. Das kann eine Zelle, ein Knoten oder ein Server sein. Nach der Auswahl einer Ressource wird dieser Bereich oben im Hauptbrowserfenster angezeigt, wodurch es möglich ist, die verschiedenen Ressourcen im aktuellen Bereich anzuzeigen. Der Bereich und damit die Speicherposition aller eingestellten Ressourcen sollte auf der geplanten Verwendung beruhen. Wenn in einem Cluster gearbeitet wird, ist es möglicherweise nicht notwendig, für jeden Server dieselben Einstellungen einzugeben, und der Bereich kann auf Zelle oder Knoten gesetzt werden.