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Es posible que la transformación de UML a Java no limpie los archivos generados anteriormente si estos son el resultado de un "paquete huérfano" o de un paquete generado anteriormente pero que ya no existe en el modelo. Esto puede ser el resultado de que se haya suprimido/renombrado un paquete en el modelo o de que se hayan vuelto a correlacionar archivos con un nuevo paquete mediante el servicio de correlación. Estos archivos se deben limpiar manualmente.