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La trasformazione da UML a Java potrebbe non rimuovere i file precedentemente generati se provengono da un "pacchetto orfano" oppure da un pacchetto generato precedentemente ma che non esiste più nel modello. Ciò potrebbe essere il risultato di un pacchetto, nel modello, che viene eliminato/ridenominato oppure il risultato di file che sono stati associati ad un nuovo pacchetto tramite il servizio di associazione. Tali file devono essere rimossi manualmente.