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Bei der Umsetzung von UML in Java kann es vorkommen, dass Dateien nicht bereinigt werden, die vorher generiert wurden, wenn sie das Ergebnis eines "isolierten Pakets" oder eines Pakets sind, das vorher generiert wurde, aber nicht mehr im Modell vorhanden ist. Ursache hierfür kann sein, dass ein Paket im Modell gelöscht oder umbenannt wurde, oder dass Dateien über den Zuordnungsservice erneut zu einem neuen Paket zugeordnet wurden. Diese Dateien müssen manuell bereinigt werden.