Virtuelle foldere er foldere, der kun findes i Eclipse-arbejdsområdets træstruktur, og de har ingen placering i filsystemet.
Ved hjælp af virtuelle foldere kan filer og foldere organiseres i et projekthierarki uafhængigt af disse ressourcers placering i filsystemet.
Almindelige fil- og folderressourcer kan ikke oprettes under en virtuel folder, da de har brug for en placering i filsystemet som deres overordnede for at kunne findes i filsystemet. Kun andre virtuelle foldere eller sammenkædede ressourcer kan oprettes direkte under en virtuel folder.