O workbench do Eclipse é configurado para construir projetos automaticamente. Contudo, para o desenvolvimento de C/C++, você deve desativar esse recurso, caso contrário, seu projeto inteiro será reconstruído sempre, por exemplo, que você salvar uma alteração no makefile ou nos arquivos de origem. Clique em Projeto > Construir Automaticamente e certifique-se de que não haja nenhum visto ao lado do item de menu Construir Automaticamente.
Construindo Manualmente
Definindo Configurações de Construção
Construindo
Página Construtor de Make, Janela Propriedades do C/C++