Você pode renomear um projeto, e ter todas as referências alteradas utilizando o mecanismo de refatoração.
Para renomear um projeto:
Comunicado: Renomear um projeto faz com que ele seja reindexado. Isso pode consumir um período de tempo significativo para projetos muito grandes.
Projetos CDT
Visualizações de Arquivos do Projeto
Trabalhando com Arquivos de Projeto C/C++