Certaines différences entre la génération Pacbase et la génération Rational Programming Patterns sont considérées comme normales. Elles ne sont donc pas traitées lors la migration.
Par ailleurs, IBM garantit que la génération en option C9 utilisée dans les procédures de migration n'induise aucun écart fonctionnel par rapport aux options utilisées dans Pacbase (C1 par exemple).
Enfin, certaines différences sont dues à la correction dans Rational Programming Patterns d’une anomalie identifiée sur les générateurs Pacbase. Ces corrections peuvent induire un écart fonctionnel. Si elles sont refusées, elles amènent à transformer des lignes générées en lignes spécifiques.