É possível configurar um agente para usar um shell diferente do padrão editando parâmetros no arquivo BFAgent.conf.
shell C:\MKSTools\mksnt\ksh.exe -L -c \"%s\"
O % nesse comando é substituído pelo comando reserva quando o sistema envia um comando para o servidor. Nesse caso, use o caractere de escape de barra invertida para incluir aspas como literais no comando.