Standaard wanneer een virtuele server PHP scripts uitvoert als de server eigenaar, zal Virtualmin de systeem globale PHP configuratie file kopieren (normaal gesproken `/etc/php.ini`) naar de domein `~/etc` directory. Hierdoor heeft u de mogelijkheid om PHP opties in te stellen op een per-server basis.

Deze instelling kan worden gebruikt om een ander pad in te vullen om de basis PHP configuratie file te kopieren. Als toevoeging kunt u Virtualmin substituties in deze template file gebruiken zoals ${DOM}, die dan word vervangen zodra hij word gekopieerd. Andere bruikbare substituties die beschikbaar zijn :

`${DOM}` | De domein naam, zoals `foo.com`
`${USER}` | De server administratie login, zoals `foo`
`${HOME}` | De server home directory, zoals `/home/foo`
`${EMAILTO}` | De virtuele server contact email adres

Als toevoeging kunnen ook blokken zoals ${IF-MAIL}...${ENDIF-MAIL} and ${IF-WEB}...${ELSE-WEB}...{$ENDIF-WEB} worden gebruikt.