Modèle:Suppression

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    <title>Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/Atableur</title>
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  | idfaculté = biologie
  | numéro    = 12
  | niveau    = 
  | précédent = [[../archeo/]]
  | suivant = [[../Apmq/]]
}}
__TOC__
==bacilli==
===Bacillus subtilis===
====bsu====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] 
&lt;pre&gt;
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====bsu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]]
&lt;pre&gt;
bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====bsu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta
;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca
;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa
;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta
;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc
1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta
;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt
;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca
;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca
;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc
;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc
2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt
1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca
;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca
;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt
1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga
1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf
;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac
;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc
;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa
2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta
1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf
;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac
;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc
;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca
;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac
;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg
;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac
;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa
;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc
;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc
;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta
;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg
;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa
;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc
;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac
1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc
;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga
;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac
12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc
12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac
0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj
;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca
;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg
;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====bsu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;bsu;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6994;350;;
;rRNA;9810;99;;16s
;tRNA;11464;11;;atc
;tRNA;11552;81;;gca
;rRNA;11709;55;;23s
;rRNA;14692;36;;5s
fin;CDS;14847;;comp;
deb;CDS;19968;52;;
;misc_RNA;20611;56;;
deb;CDS;20880;134;;
;tRNA;22292;111;;tca
fin;CDS;22496;;comp;
deb;CDS;25852;41;;
;misc_RNA;26379;81;;
fin;CDS;26814;;;
deb;CDS;29772;243;;
;rRNA;30279;99;;16s
;tRNA;31932;11;;atc
;tRNA;32020;81;;gca
;rRNA;32177;133;;23s
;rRNA;35237;175;;5s
fin;CDS;35531;;;
deb;CDS;69626;168;;
;tRNA;70181;9;;atgj
;tRNA;70267;199;;gaa
fin;CDS;70538;;;
deb;CDS;88727;309;;
;rRNA;90536;164;;16s
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deb;CDS;3854256;53;;
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;misc_RNA;3946910;41;;
fin;CDS;3947158;;;
;misc_RNA;3988840;388;;
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deb;CDS;3997964;68;;
;misc_RNA;3999166;77;;
fin;CDS;3999350;;;
deb;CDS;4004288;386;;
;misc_RNA;4005523;126;;
fin;CDS;4005752;;;
deb;CDS;4095915;89;;
;misc_RNA;4096997;6;;
fin;CDS;4097416;;;
deb;CDS;4153696;383;comp;
;tRNA;4154787;35;comp;ttc
;tRNA;4154895;81;comp;gac
;tRNA;4155053;9;comp;gaa
;tRNA;4155134;223;comp;aaa
fin;CDS;4155433;;comp;
deb;CDS;4169166;189;;
;misc_RNA;4169802;125;;
fin;CDS;4170045;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;
bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608
;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27
;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165
;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94
;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254
;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190
;'''total 4213;&lt;201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122
390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126
3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153
2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100
2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65
2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54
1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60
2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62
785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78
3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84
2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69
875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83
1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51
2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59
2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57
873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57
1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73
1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65
1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61
1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66
2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61
548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51
674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42
554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62
2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48
4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54
376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46
661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53
820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38
560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42
2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40
1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32
1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27
3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32
552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21
1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34
2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24
2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15
2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16
3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;17
4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27
599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24
;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19
;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19
;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15
;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15
;;;;380;11;;720;0;260;11
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20
387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15
3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17
2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12
2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11
1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8
2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7
1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8
3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8
2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8
538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4
1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7
238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5
1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4
2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12
2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5
3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6
2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5
2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6
2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2
989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4
2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2
2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136
;;;;total;4213;;total;4213;total;4213
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&amp;-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&amp;12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&amp;211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&amp;145;50;-;850;poly;104;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;&gt;0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;&lt;0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;&gt;0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;&lt;0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6
290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0
330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1
340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3
350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0
360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1
370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2
380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0
390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1
400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8
reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0
total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3
diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2
 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30
continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35
;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573
&lt;/pre&gt;

====bsu autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125;
;$rRNA;9810;99;;;;&amp;tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64;
;&amp;tRNA;11464;11;;;;&amp;tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;;
;&amp;tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61;
;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244;
;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;;
fin;°CDS;14847;;comp;;;&amp;tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43;
deb;°CDS;19968;52;;;;&amp;tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106;
;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;;
deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153;
;&amp;tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8;
fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;;
deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23;
;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44;
fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;;
deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109;
;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102;
;&amp;tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;;
;&amp;tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167;
;$rRNA;32177;133;;;;&amp;tRNA;951582;5;;;;&amp;tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196;
;$rRNA;35237;175;;;;&amp;tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;;
fin;°CDS;35531;;;;;&amp;tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp
deb;°CDS;69626;168;;;;&amp;tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&amp;tRNA;3171879;25;comp
;&amp;tRNA;70181;9;;;;&amp;tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&amp;tRNA;3171976;3;comp
;&amp;tRNA;70267;199;;;;&amp;tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&amp;tRNA;3172070;10;comp
fin;°CDS;70538;;;;;&amp;tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&amp;tRNA;3172155;15;comp
deb;°CDS;88727;309;;;;&amp;tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&amp;tRNA;3172247;10;comp
;$rRNA;90536;164;;;;&amp;tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&amp;tRNA;3172331;17;comp
;$rRNA;92254;55;;;;&amp;tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&amp;tRNA;3172424;12;comp
;$rRNA;95237;20;;;;&amp;tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&amp;tRNA;3172512;11;comp
;&amp;tRNA;95375;4;;;;&amp;tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&amp;tRNA;3172600;17;comp
;&amp;tRNA;95455;36;;;;&amp;tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&amp;tRNA;3172694;6;comp
;&amp;tRNA;95567;6;;;;&amp;tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&amp;tRNA;3172793;2;comp
;&amp;tRNA;95649;40;;;;&amp;tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&amp;tRNA;3172872;19;comp
;&amp;tRNA;95772;14;;;;&amp;tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&amp;tRNA;3172968;5;comp
;&amp;tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&amp;tRNA;3173046;15;comp
;&amp;tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&amp;tRNA;3173138;9;comp
;&amp;tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&amp;tRNA;3173224;14;comp
;&amp;tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&amp;tRNA;3173324;5;comp
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;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp
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;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;;
fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124;
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;&amp;tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp
;&amp;tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423;
;&amp;tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205;
;&amp;tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;;
;&amp;tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156;
;&amp;tRNA;166253;171;;;;&amp;tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211;
;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;;
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;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114;
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;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158;
fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;;
deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103;
;&amp;tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116;
;&amp;tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&amp;tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;;
;&amp;tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185;
;&amp;tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176;
;&amp;tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;;
fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68;
deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97;
;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;;
fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284;
deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&amp;tRNA;3545889;269;comp
;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;;
fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53;
deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31;
;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81;
fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;;
deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0;
;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41;
fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;;
deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp
;&amp;tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp
;&amp;tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;;
;&amp;tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65;
;&amp;tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82;
;&amp;tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68;
;&amp;tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77;
;&amp;tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;;
fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386;
deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126;
;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;;
fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89;
deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6;
;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;;
fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp
deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&amp;tRNA;4154787;35;comp
;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&amp;tRNA;4154895;81;comp
fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&amp;tRNA;4155053;9;comp
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&amp;tRNA;4155134;223;comp
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&amp;tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] 
&lt;pre&gt;
bsu-lmo  comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;
&lt;/pre&gt;

===Listeria monocytogenes===
====lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]]
&lt;pre&gt;
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;
&lt;/pre&gt;
====lmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa
;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc
;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac
;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc
2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga
1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac
1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc
1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac
;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf
;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca
;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi
1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj
;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca
1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca
;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt
;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta
;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc
;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta
;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa
;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca
;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta
;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg
;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc
;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc
;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa
;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac
;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg
;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac
;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc
;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac
;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf
;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta
;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa
1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc
;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac
;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;;
1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;;
;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;;
;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;;
1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;;
10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;;
9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;;
0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;;
;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;;
;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====lmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Construction: remarque sur les nombreux regulatory
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
&lt;/pre&gt;

====lmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]]
&lt;pre&gt;
lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;
&lt;/pre&gt;

===lam===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]]
&lt;pre&gt;
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;
&lt;/pre&gt;
===lam blocs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]]
&lt;pre&gt;
lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;
&lt;/pre&gt;
====lam distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
&gt;1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lam données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;;
;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc
;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;;
;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;;
;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac
3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta
;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra
;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca
3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig
1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta
;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa
1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca
1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta
;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt
1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca
;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj
;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi
;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf
;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc
;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga
1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc
;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc
;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc
;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac
;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;;
;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc
;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc
;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc
;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg
;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa
;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca
;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf
;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac
;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc
;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac
;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg
;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac
;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa
15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc
15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca
;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt
;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca
&lt;/pre&gt;
=====lam autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
&lt;/pre&gt;

===ppm===
====opérons====
=====ppm chromosome=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide=====
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide MAJ=====
&lt;pre&gt;
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
&lt;/pre&gt;
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
&lt;/pre&gt;
====ppm blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]]
&lt;pre&gt;
ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]]
*Chromosome
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
&lt;/pre&gt;
*Plasmide
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
&lt;/pre&gt;
====ppm données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca
;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg
;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt
;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc
;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa
;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac
;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf
;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta
;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa
2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc
;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac
;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga
3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca
1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt
1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc
;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta
;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa
1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa
;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta
;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa
3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc
;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac
1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;;
1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;;
4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;;
1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;;
1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;;
1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;;
;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;;
;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;;
;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;;
;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;;
;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;;
;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;;
;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;;
;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;;
;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;;
;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;;
1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;;
;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;;
2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;;
23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;;
21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;;
0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;;
;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;
;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;
;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;
;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
&lt;/pre&gt;

===pmq===
====pmq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]]
&lt;pre&gt;
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
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;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
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;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
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;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
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;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
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;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
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;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
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;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
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;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
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;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
;1600724..1600799;aac;;4;;;4;;
;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;;
;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;;
;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
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;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
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comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
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comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
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;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
&lt;/pre&gt;
====pmq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;
&lt;/pre&gt;
====pmq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]]
&lt;pre&gt;
Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234
&lt;/pre&gt;
====pmq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
&lt;/pre&gt;
====pmq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc
;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf
;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj
;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc
1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca
1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca
;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc
;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa
;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac
1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac
;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca
;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa
2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc
;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg
;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc
;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa
;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt
;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa
2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg
15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf
13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc
0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa
;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;;
;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;;
;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pmq;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9206;318;;
;rRNA;10595;280;;16s
;rRNA;12412;97;;23s
;rRNA;15439;178;;5s
fin;CDS;15734;;;
deb;CDS;20252;47;;
;tRNA;21580;137;;tca
fin;CDS;21807;;;
deb;CDS;25422;222;;
;tRNA;26388;183;comp;cgg
fin;CDS;26644;;;
deb;CDS;178456;299;;
;rRNA;179754;266;;16s
;rRNA;181557;170;;23s
;rRNA;184657;15;;5s
;tRNA;184789;29;;agc
;tRNA;184906;39;;atgj
;tRNA;185022;15;;gta
;tRNA;185113;14;;atgf
;tRNA;185204;48;;gac
;tRNA;185329;5;;ttc
;tRNA;185410;9;;aca
;tRNA;185495;15;;tac
;tRNA;185595;183;;aaa
fin;CDS;185854;;comp;
deb;CDS;217565;129;comp;
;tRNA;218276;261;comp;cgg
fin;CDS;218612;;;
deb;CDS;230970;186;;
;tmRNA;231642;140;;
fin;CDS;232145;;;
deb;CDS;253921;673;;
;rRNA;255200;280;;16s
;rRNA;257017;97;;23s
;rRNA;260044;55;;5s
;tRNA;260216;19;;atc
;tRNA;260312;16;;gca
;tRNA;260404;9;;gaa
;tRNA;260485;20;;tac
;tRNA;260590;3;;aac
;tRNA;260669;19;;gta
;tRNA;260764;20;;gac
;tRNA;260861;15;;ttc
;tRNA;260949;10;;aaa
;tRNA;261032;3;;ctg
;tRNA;261122;12;;ggc
;tRNA;261209;15;;tgc
;tRNA;261296;5;;cgt
;tRNA;261375;158;;cca
;tRNA;261607;4;;gca
;tRNA;261687;5;;acc
;tRNA;261765;19;;tcg
;tRNA;261874;17;;agc
;tRNA;261979;5;;gtc
;tRNA;262060;39;;acg
;tRNA;262174;41;;tcc
;tRNA;262304;283;;ctc
fin;CDS;262670;;;
deb;CDS;578195;320;;
;rRNA;579376;269;;16s
;rRNA;581183;168;;23s
;rRNA;584281;31;;5s
;tRNA;584429;10;;aac
;tRNA;584512;38;;tcc
;tRNA;584639;11;;gaa
;tRNA;584722;17;;gta
;tRNA;584815;15;;atgf
;tRNA;584907;67;;gac
;tRNA;585051;11;;acg
;tRNA;585137;10;;cac
;tRNA;585223;5;;caa
;tRNA;585303;17;;aaa
;tRNA;585396;40;;ggc
;tRNA;585511;24;;ggc
;tRNA;585610;8;;ttg
;tRNA;585698;19;;cca
;tRNA;585794;1;;gga
;tRNA;585869;187;;aga
fin;CDS;586130;;;
deb;CDS;672473;18;;
;tRNA;672968;7;;aac
;tRNA;673051;297;;agc
;tRNA;673436;9;;gaa
;tRNA;673517;180;;ctc
fin;CDS;673780;;;
deb;CDS;674382;159;;
;tRNA;675438;64;;ctc
fin;CDS;675585;;;
deb;CDS;694284;793;;
;rRNA;696430;272;;16s
;rRNA;698239;96;;23s
;rRNA;701265;43;;5s
;tRNA;701425;11;;atc
;tRNA;701510;5;;gaa
;tRNA;701590;5;;gtc
;tRNA;701671;4;;atgf
;tRNA;701752;9;;tgg
;tRNA;701835;8;;caa
;tRNA;701918;18;;aaa
;tRNA;702009;7;;ctg
;tRNA;702100;11;;ggc
;tRNA;702186;12;;cgt
;tRNA;702272;577;;cca
fin;CDS;702926;;;
deb;CDS;1073441;377;;
;rRNA;1074592;271;;16s
;rRNA;1076400;170;;23s
;rRNA;1079500;9;;5s
;tRNA;1079626;6;;aac
;tRNA;1079708;38;;tcc
;tRNA;1079835;11;;gaa
;tRNA;1079918;17;;gta
;tRNA;1080011;13;;atgf
;tRNA;1080101;49;;gac
;tRNA;1080227;4;;ttc
;tRNA;1080307;13;;aca
;tRNA;1080396;8;;tac
;tRNA;1080490;13;;tgg
;tRNA;1080574;26;;cac
;tRNA;1080676;9;;caa
;tRNA;1080757;12;;ggc
;tRNA;1080844;10;;tgc
;tRNA;1080928;20;;tta
;tRNA;1081037;3;;cgt
;tRNA;1081117;150;;ttg
fin;CDS;1081347;;;
deb;CDS;1210625;354;;
;tRNA;1213874;16;;gca
;tRNA;1213966;12;;gaa
;tRNA;1214050;16;;gta
;tRNA;1214142;17;;gac
;tRNA;1214236;9;;cac
;tRNA;1214321;9;;caa
;tRNA;1214405;8;;aaa
;tRNA;1214486;3;;ctg
;tRNA;1214576;169;;ggc
fin;CDS;1214817;;comp;
deb;CDS;1594387;533;;
;rRNA;1595199;263;;16s
;rRNA;1596999;96;;23s
;rRNA;1600025;43;;5s
;tRNA;1600185;19;;atc
;tRNA;1600281;17;;gca
;tRNA;1600374;8;;gaa
;tRNA;1600454;5;;gta
;tRNA;1600535;10;;aca
;tRNA;1600621;18;;tac
;tRNA;1600724;4;;aac
;tRNA;1600804;21;;gta
;tRNA;1600901;12;;atgf
;tRNA;1600990;34;;gac
;tRNA;1601101;13;;cac
;tRNA;1601190;8;;caa
;tRNA;1601273;17;;aaa
;tRNA;1601363;13;;ctc
;tRNA;1601462;5;;ctg
;tRNA;1601554;14;;ggc
;tRNA;1601643;10;;tgc
;tRNA;1601724;5;;cgt
;tRNA;1601803;105;;cca
fin;CDS;1601982;;;
deb;CDS;1834781;106;;
;tRNA;1835367;137;;gcc
fin;CDS;1835577;;comp;
deb;CDS;2147627;89;;
;ncRNA;2148556;114;;
fin;CDS;2148850;;;
deb;CDS;2207093;192;comp;
;tRNA;2208284;49;;ctg
;tRNA;2208417;315;;ctg
fin;CDS;2208816;;;
deb;CDS;3456514;256;;
;tRNA;3457043;142;;ccc
fin;CDS;3457262;;;
deb;CDS;5004536;394;comp;
;tRNA;5005554;40;comp;ctc
;tRNA;5005677;13;comp;tcc
;tRNA;5005779;19;comp;atgj
;tRNA;5005872;167;comp;tcg
;ncRNA;5006126;132;;
fin;CDS;5006353;;;
deb;CDS;6383256;228;comp;
;tRNA;6384402;72;;gtc
fin;CDS;6384547;;comp;
deb;CDS;6390912;142;comp;
;tRNA;6391273;7;comp;tta
;tRNA;6391366;19;comp;atgi
;tRNA;6391462;75;comp;atgf
fin;CDS;6391614;;comp;
deb;CDS;6561157;118;;
;ncRNA;6563228;95;comp;
fin;CDS;6563744;;comp;
deb;CDS;7354507;342;;
;tRNA;7355080;28;comp;ctc
;tRNA;7355191;12;comp;tcc
;tRNA;7355292;14;comp;atgf
;tRNA;7355383;14;comp;atgj
;tRNA;7355474;8;comp;agc
;tRNA;7355570;4;comp;tcg
;tRNA;7355664;4;comp;acc
;tRNA;7355741;119;comp;gca
;ncRNA;7355936;36;;
;tRNA;7356067;6;comp;cca
;tRNA;7356147;104;comp;cgt
;tRNA;7356325;7;comp;ggc
;tRNA;7356404;9;comp;ctg
;tRNA;7356500;9;comp;aaa
;tRNA;7356582;9;comp;caa
;tRNA;7356666;17;comp;cac
;tRNA;7356759;12;comp;gac
;tRNA;7356848;4;comp;gta
;tRNA;7356928;15;comp;aac
;tRNA;7357019;8;comp;tac
;tRNA;7357112;5;comp;aca
;tRNA;7357193;15;comp;gaa
;tRNA;7357280;9;comp;gcc
;tRNA;7357365;54;comp;atc
;rRNA;7357493;113;comp;5s
;rRNA;7357723;269;comp;23s
;rRNA;7360922;399;comp;16s
fin;CDS;7362858;;;
deb;CDS;7618150;280;;
;tRNA;7619123;335;comp;ggg
fin;CDS;7619529;;;
deb;CDS;7666633;104;comp;
;tRNA;7668174;5;comp;ggg
;tRNA;7668250;106;comp;cca
;tRNA;7668433;11;comp;cgt
;tRNA;7668518;5;comp;ggc
;tRNA;7668598;13;comp;ctg
;tRNA;7668698;16;comp;ctc
;tRNA;7668800;10;comp;aaa
;tRNA;7668883;28;comp;tac
;tRNA;7668996;12;comp;ttc
;rRNA;7669084;161;comp;5s
;rRNA;7669362;268;comp;23s
;rRNA;7672563;533;comp;16s
fin;CDS;7674633;;;
deb;CDS;7853177;84;comp;
;tRNA;7853819;230;comp;cac
;tRNA;7854123;404;comp;cac
fin;CDS;7854601;;comp;
deb;CDS;8100441;123;comp;
;rRNA;8100978;169;comp;5s
;rRNA;8101264;259;comp;23s
;rRNA;8104437;321;comp;16s
fin;CDS;8106295;;comp;
deb;CDS;8151918;460;comp;
;rRNA;8152909;96;comp;5s
;rRNA;8153128;269;comp;23s
;rRNA;8156327;272;comp;16s
fin;CDS;8158136;;comp;
deb;CDS;8256928;86;;
;tRNA;8257833;5;comp;gga
;tRNA;8257909;16;comp;cca
;tRNA;8258002;4;comp;cgt
;tRNA;8258083;8;comp;ggc
;tRNA;8258166;42;comp;cta
;tRNA;8258291;8;comp;aaa
;tRNA;8258375;9;comp;caa
;tRNA;8258459;4;comp;tgg
;tRNA;8258537;5;comp;atgf
;tRNA;8258619;5;comp;gtc
;tRNA;8258700;11;comp;gaa
;tRNA;8258786;43;comp;atc
;rRNA;8258903;96;comp;5s
;rRNA;8259116;267;comp;23s
;rRNA;8262313;302;comp;16s
fin;CDS;8264152;;comp;
deb;CDS;8322744;393;comp;
;rRNA;8323599;96;comp;5s
;rRNA;8323812;269;comp;23s
;rRNA;8327015;365;comp;16s
fin;CDS;8328917;;comp;
deb;CDS;8351919;396;comp;
;tRNA;8354811;149;comp;atgj
fin;CDS;8355034;;comp;
deb;CDS;8389988;296;;
;rRNA;8390809;96;comp;5s
;rRNA;8391022;270;comp;23s
;rRNA;8394222;230;comp;16s
fin;CDS;8395989;;comp;
deb;CDS;8399622;208;comp;
;ncRNA;8400892;47;comp;
fin;CDS;8401203;;comp;
deb;CDS;8616478;417;comp;
;tRNA;8617342;157;;gac
fin;CDS;8617576;;;
deb;CDS;8724363;455;;
;tRNA;8725070;165;comp;tcg
fin;CDS;8725326;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;;
pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;;
pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15
;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10
;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6
;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6
;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10
;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8
;'''total 7223;&lt;201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5
6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6
6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4
4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5
3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5
1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5
1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5
1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4
8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6
6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5
4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4
1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3
4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5
2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3
896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5
6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6
2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1
1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1
1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7
2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2
3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2
4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3
1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3
880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3
5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2
5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4
8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5
7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2
7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2
5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2
8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0
359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2
7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2
1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2
3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1
1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2
7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2
5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2
3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4
3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquence5;225;65;1070;0
933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1
8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3
1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1
1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1
1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0
2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0
5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0
7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1
247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1
1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1
7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0
2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3
;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1
;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27
4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232
5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;;
1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;;
5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;;
3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;;
5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;;
7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;;
2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;;
4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;;
2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;;
2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;;
1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;;
7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;;
1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;;
3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;;
6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;;
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&amp;-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&amp;143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;113;46;-;886;dte;51;Sf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;&gt;0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;&lt;0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;&gt;0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;&lt;0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51
comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4
continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42
;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753
&lt;/pre&gt;

====pmq autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp
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;&amp;tRNA;585223;5;;;;&amp;tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585303;17;;;;&amp;tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585396;40;;;;&amp;tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585511;24;;;;&amp;tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585610;8;;;;&amp;tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585698;19;;;;&amp;tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585794;1;;;;&amp;tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585869;187;;;;&amp;tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;586130;;;;;&amp;tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;47;;137;;18;64;'''deb;
comp’;222;comp’;183;;47;75;&lt;201;8
;;comp’;183;;84;105;total;12
;129;comp’;261;;104;137;taux;67%
;;;283;;106;142;'''fin;
;;;187;;129;149;&lt;201;11
;18;;180;;142;150;total;15
;159;;64;;159;157;taux;73%
;;;577;;256;165;;
;;;150;;354;180;'''total;
;354;comp’;169;;394;187;&lt;201;19
;;;105;;396;283;total;27
;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70%
comp’;192;;315;;'''-;404;;
;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls
;394;;;;86;72;;
comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2
;142;;75;;222;169;;8
comp’;342;;;;228;183;;
comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5
;104;;;;342;261;;7
;84;;404;;417;335;'''total;
comp’;86;;;;455;'''-;&lt;201;7
;396;;149;;;;total;15
comp’;417;;157;;;;taux;47%
comp’;455;;165;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;
&lt;201;10;16;26;;;;;
total;20;22;42;;;;;
taux;50%;73%;62%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===lbu===
====lbu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]]
&lt;pre&gt;
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128
;19366..19438;act;@1;195;195;;;;
;19634..20371;CDS;;6912;;;;246;
;;;;;;;;;
;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834;
;30062..30134;act;;134;134;;;;134
;30269..30907;CDS;;11768;;;;213;
;;;;;;;;;
;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191;
;43700..45271;16s;;209;;;;;
;45481..48391;23s;;69;;;;;
;48461..48577;5s;;275;275;;;;275
;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80;
;;;;;;;;;
comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56
comp;106604..106679;aag;;125;125;;;;
;106805..107533;CDS;;103754;;;;243;
;;;;;;;;;
;211288..212553;CDS;;94;94;;;422;
;212648..212720;acc;;23;23;;;;23
comp&lt;;212744..213262;CDS;;64997;;;;173;
;;;;;;;;;
;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69
comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;;
;279250..280275;CDS;;44047;;;;342;
;;;;;;;;;
comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117
;325067..325138;ggc;+;4;;4;;;
;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;;
;325325..325399;ggc;;155;155;;;;
;325555..326016;CDS;;37886;;;;154;
;;;;;;;;;
;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98
;364493..364564;caa;;614;*614;;;;
;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394;
;;;;;;;;;
;366347..367402;CDS;;75;75;;;352;
;367478..367559;tac;;5;;5;;;
;367565..367636;caa;;62;62;;;;62
&lt;;367699..368318;CDS;;14127;;;;207;
;;;;;;;;;
;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30
;382938..383026;ctt;;118;118;;;;
;383145..383768;CDS;;70441;;;;208;
;;;;;;;;;
;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61
;455591..455665;agg;;341;341;;;;
;456007..457035;CDS;;75557;;;;343;
;;;;;;;;;
;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82
comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;;
;533739..534782;CDS;;48963;;;;348;
;;;;;;;;;
;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57
comp;584786..584858;cag;;5;;5;;;
comp;584864..584935;gag;;170;170;;;;
;585106..586110;CDS;;94988;;;;335;
;;;;;;;;;
;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548;
;683260..684831;16s;;106;;;;;
;684938..685011;atc;;69;;;69;;
;685081..685153;gca;;127;;;;;
;685281..688191;23s;;68;;;;;
;688260..688376;5s;;208;208;;;;208
comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406;
;;;;;;;;;
comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134
comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;;
;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922;
;;;;;;;;;
;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54
;787059..787142;ctg;;109;109;;;;
comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207;
;;;;;;;;;
comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641;
;792481..794052;16s;;105;;;;;
;794158..794231;atc;;69;;;69;;
;794301..794373;gca;;126;;;;;
;794500..797410;23s;;69;;;;;
;797480..797596;5s;;87;87;;;;87
;797684..798559;CDS;;36;;;;292;
;;;;;;;;;
comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528;
;800709..800781;aac;@2;3;;3;;;
;800785..800858;cca;;24;;24;;;
;800883..800954;ggc;;30;;30;;;
;800985..801058;cgt;;2;;2;;;
;801061..801133;gta;;3;;3;;;
;801137..801208;gaa;;42;;42;;;
;801251..801338;tca;;9;;9;;;
;801348..801421;atgf;;3;;3;;;
;801425..801498;gac;;6;;6;;;
;801505..801577;ttc;;8;;8;;;
;801586..801667;tac;;4;;4;;;
;801672..801742;tgg;;13;;13;;;
;801756..801831;cac;;26;;26;;;
;801858..801928;tgc;;28;;28;;;
;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356
;802398..802961;CDS;;284259;;;;188;
;;;;;;;;;
comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157
comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;;
comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299;
;;;;;;;;;
comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188
comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;;
;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793;
;;;;;;;;;
comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98
;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;;
comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173;
;;;;;;;;;
comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161
comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;;
comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;;
comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;;
comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;;
comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;;
comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;;
comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;;
comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;;
comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;;
comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;;
;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309;
;;;;;;;;;
comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125;
comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;;
comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;;
comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;;
comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;;
comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;;
comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;;
comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;;
comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153
comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64;
;;;;;;;;;
comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268;
comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;;
comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;;
comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;;
comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;;
comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130
comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288;
;;;;;;;;;
;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106
comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;;
comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;;
;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;;
;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177;
;;;;;;;;;
comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308;
comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154
comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413;
;;;;;;;;;
;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303
comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;;
comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167;
;;;;;;;;;
;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460;
comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;;
comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;;
comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;;
comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;;
comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189
;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63;
;;;;;;;;;
comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151
comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;;
comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;;
comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;;
comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;;
comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;;
comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;;
comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;;
comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;;
comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;;
comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;;
comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;;
comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;;
comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;;
comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;;
comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;;
comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;;
comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;;
comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;;
comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;;
comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;;
comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;;
comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;;
comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
&lt;/pre&gt;

====lbu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]]
&lt;pre&gt;
lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122
&lt;/pre&gt;
====lbu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]]
&lt;pre&gt;
lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====lbu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
&lt;/pre&gt;
====lbu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga
;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta
;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====lbu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc
;;tRNA;801586;801667;4;*;tac
;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg
;;tRNA;801756;801828;29;*;cac
;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc
;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg
fin;;CDS;802398;804017;;;
deb;;CDS;862229;862693;29;*;
;;ncRNA;862723;863083;125;*;
fin;;CDS;863209;864333;;;
deb;comp;CDS;905582;905794;173;*;
;comp;misc_b;905968;906185;390;*;
fin;;CDS;906576;907085;;0;
deb;comp;CDS;952333;952842;390;*;
;;misc_b;953233;953450;173;*;
fin;;CDS;953624;953836;;;
deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*;
;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa
fin;comp;CDS;1088887;1089033;;;
deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*;
;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*;
fin;;CDS;1243403;1243759;;0;
deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*;
;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga
fin;;CDS;1266254;1268632;;;
deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*;
;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*;
fin;comp;CDS;1299025;1299375;;;
deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*;
;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*;
fin;;CDS;1310399;1311799;;0;
deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*;
;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg
fin;comp;CDS;1354409;1355976;;;
deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*;
;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*;
;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta
;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa
;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj
;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc
;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac
;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117
;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909
;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca
;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc
;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564
fin;;CDS;1375678;1376604;;;
deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*;
;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*;
fin;comp;CDS;1420821;1421330;;;
deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*;
;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*;
fin;;CDS;1435654;1436972;;;
deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*;
;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac
;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa
;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta
;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt
;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc
;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117
;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908
;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564
fin;comp;CDS;1485881;1487044;;;
deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*;
;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag
;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag
;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag
;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag
;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag
fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0;
deb;;CDS;1509394;1510872;106;*;
;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta
;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa
;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt
fin;;CDS;1511480;1512010;;0;
deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*;
;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg
fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0;
deb;;CDS;1554441;1554638;303;*;
;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc
fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0;
deb;;CDS;1556799;1558178;277;*;
;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117
;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908
;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca
;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act
;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564
fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0;
deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*;
;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg
;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg
;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc
;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac
;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg
;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac
;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc
;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac
;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf
;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca
;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa
;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc
;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc
;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga
;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc
;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf
;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi
;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj
;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca
;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt
;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta
;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc
;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca
;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta
;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa
;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta
fin;comp;CDS;1587254;1588681;;;
deb;comp;CDS;1589221;1590557;156;*;
;comp;rRNA;1590714;1590830;70;*;117
;comp;rRNA;1590901;1593808;127;*;2908
;comp;tRNA;1593936;1594008;69;*;gca
;comp;tRNA;1594078;1594151;113;*;act
;comp;rRNA;1594265;1595828;295;*;1564
fin;;CDS;1596124;1596324;;0;
deb;comp;CDS;1787130;1788440;298;*;
;comp;rRNA;1788739;1788855;70;*;117
;comp;rRNA;1788926;1791833;217;*;2908
;comp;rRNA;1792051;1793614;507;*;1564
fin;comp;CDS;1794122;1794325;;;
deb;comp;CDS;1795068;1795472;102;*;
;comp;tRNA;1795575;1795648;3;*;gac
;comp;tRNA;1795652;1795724;2;*;gta
;comp;tRNA;1795727;1795800;35;*;cgt
;comp;tRNA;1795836;1795907;19;*;ggc
;comp;tRNA;1795927;1796000;3;*;cca
;comp;tRNA;1796004;1796076;7;*;aac
;comp;rRNA;1796084;1796200;70;*;117
;comp;rRNA;1796271;1799178;217;*;2908
;comp;rRNA;1799396;1800959;501;*;1564
fin;comp;CDS;1801461;1802087;;;
deb;;CDS;1813522;1815336;60;*;
;;misc_f;1815397;1815445;52;*;
fin;;CDS;1815498;1816658;;0;
&lt;/pre&gt;

===ban*===
====ban opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188
;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;;
comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63;
;;;;;;;;;;
comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130
comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;;
comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;;
comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;;
comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;;
comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;;
comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;;
comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;;
comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;;
comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;;
comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;;
comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;;
comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;;
comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;;
comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;;
comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;;
comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;;
comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;;
comp;1104305..1104380;;aca;;4;;;4;;
comp;1104385..1104460;;gta;;4;;;;;
comp;1104465..1104580;;5s;;97;;;;;
comp;1104678..1107604;;23s;;141;;;;;
comp;1107746..1109299;;16s;;694;*694;;;;
;1109994..1113038;;CDS;;;;;;*1015;
;;;;;;;;;;
comp;1306706..1307848;;CDS;;198;198;;;381;
comp;1308047..1308120;;gga;;115;115;;;;115
comp;1308236..1308889;;CDS;;;;;;218;
;;;;;;;;;;
;1312025..1312345;;CDS;;207;207;;;107;207
comp;1312553..1312637;;ttg;;10;;;10;;
comp;1312648..1312718;;tgc;;14;;;14;;
comp;1312733..1312807;;ggc;;5;;;5;;
comp;1312813..1312887;;caa;;63;;;63;;
comp;1312951..1313026;;cac;;19;;;19;;
comp;1313046..1313119;;tgg;;7;;;7;;
comp;1313127..1313210;;tac;;17;;;17;;
comp;1313228..1313303;;gta;;5;;;5;;
comp;1313309..1313383;;gaa;;24;;;24;;
comp;1313408..1313480;;acc;;4;;;4;;
comp;1313485..1313559;;aac;;9;;;;;
comp;1313569..1313684;;5s;;96;;;;;
comp;1313781..1316709;;23s;;141;;;;;
comp;1316851..1318405;;16s;;386;*386;;;;
;1318792..1319148;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1556278..1556507;;CDS;;57;57;;;77;57
comp;1556565..1556680;;5s;;49;;;;;
comp;1556730..1560126;;23s;;173;;;;;
comp;1560300..1562132;;16s;;476;*476;;;;
;1562609..1563322;;CDS;;;;;;238;
;;;;;;;;;;
&gt;;1566949..1567219;;CDS;;99;99;;;90;99
comp;1567319..1567434;;5s;;46;;;;;
comp;1567481..1570409;;23s;;142;;;;;
comp;1570552..1572115;;16s;;451;*451;;;;
;1572567..1574498;;CDS;;;;;;*644;
;;;;;;;;;;
;1579539..1580615;;CDS;;14;14;;;359;14
comp;1580630..1580745;;5s;;45;;;;;
comp;1580791..1583912;;23s;;153;;;;;
comp;1584066..1585720;;16s;;294;294;;;;
comp;1586015..1587520;;CDS;;;;;;*502;
;;;;;;;;;;
comp;1600693..1601166;;CDS;;174;174;;;158;
comp;1601341..1601416;;gac;;3;;;3;;
comp;1601420..1601496;;atgf;;12;;;;;
comp;1601509..1601624;;5s;@1;46;;;;;
comp;1601671..1604598;;23s;;141;;;;;
comp;1604740..1606294;;16s;;75;;;;;
comp;1606370..1606440;;gga;;1;;1;;;
comp;1606442..1606518;;cca;+;4;;4;;;
comp;1606523..1606599;;cgt;Séquence 10;3;;3;;;
comp;1606603..1606691;;tta;;16;;16;;;
comp;1606708..1606782;;ggc;;29;;29;;;
comp;1606812..1606892;;cta;;14;;14;;;
comp;1606907..1606982;;aaa;;5;;5;;;
comp;1606988..1607062;;caa;;87;;*87;;;
comp;1607150..1607225;;gac;;46;;46;;;
comp;1607272..1607347;;gta;;4;;4;;;
comp;1607352..1607426;;gaa;;1;;1;;;
comp;1607428..1607502;;aac;2 aac;8;;8;;;
comp;1607511..1607587;;atc;;11;;11;;;
comp;1607599..1607669;;tgg;;6;;6;;;
comp;1607676..1607748;;aca;;9;;9;;;
comp;1607758..1607833;;ttc;;8;;8;;;
comp;1607842..1607917;;gac;;4;;4;;;
comp;1607922..1607998;;atgf;;20;;20;;;
comp;1608019..1608111;;tca;2 tca;54;;54;;;
comp;1608166..1608258;;tca;;20;;20;;;
comp;1608279..1608351;;gca;;16;;16;;;
comp;1608368..1608441;;cca;;10;;10;;;
comp;1608452..1608525;;cgt;;3;;3;;;
comp;1608529..1608617;;tta;;16;;16;;;
comp;1608634..1608708;;ggc;;29;;29;;;
comp;1608738..1608818;;cta;;13;;13;;;
comp;1608832..1608907;;aaa;;5;;5;;;
comp;1608913..1608987;;caa;;87;;*87;;;
comp;1609075..1609150;;gac;;46;;46;;;
comp;1609197..1609272;;gta;;4;;4;;;
comp;1609277..1609351;;gaa;;8;;8;;;
comp;1609360..1609450;;agc;;3;;3;;;
comp;1609454..1609528;;aac;;114;114;;;;114
comp;1609643..1610101;;CDS;;;;;;153;
;;;;;;;;;;
comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114
comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;;
comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;;
comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;;
comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;;
comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;;
comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;;
comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;;
comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;;
comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;;
comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;;
comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;;
comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;;
comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73;
;;;;;;;;;;
comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206
comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;;
comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;;
comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;;
comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500;
;;;;;;;;;;
comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824;
comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;;
comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160
comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161;
;;;;;;;;;;
comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190
comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;;
comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;;
comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;;
comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;;
comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;;
comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90;
;;;;;;;;;;
comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131;
comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
&lt;/pre&gt;

====ban cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]]
&lt;pre&gt;
ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124
&lt;/pre&gt;
====ban blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]]
&lt;pre&gt;
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ban distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
&lt;/pre&gt;
====ban données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;;
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;;
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;;
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;;
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;;
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;;
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;;
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;;
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;;
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;;
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;;
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;;
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ban autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;
&lt;/pre&gt;

====ban séquences====
&lt;pre&gt;
33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
===bacilli synthèse===
====bacilli distribution par génome====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]]
&lt;pre&gt;
baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution par type====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====bacilli par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci  ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;
&lt;/pre&gt;
====bacilli, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est  43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
&lt;/pre&gt;

==clostridia==
===psor===
====psor opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]]
&lt;pre&gt;
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
&lt;/pre&gt;

====psor cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]]
&lt;pre&gt;
psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121
&lt;/pre&gt;

====psor blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]]
&lt;pre&gt;
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====psor distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====psor données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;;
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;;
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;;
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;;
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;;
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;;
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;;
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;;
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;;
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;;
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;;
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;;
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;;
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;;
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;;
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;;
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;;
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;;
7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;;
;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;;
;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====psor autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
;;tRNA;30434;30518;15;tac
;;tRNA;30534;30617;14;cta
;;tRNA;30632;30708;7;aga
;;tRNA;30716;30791;11;caa
;;tRNA;30803;30878;6;aaa
;;tRNA;30885;30973;3;tca
;;tRNA;30977;31052;9;ttc
;;tRNA;31062;31138;8;atgj
;;tRNA;31147;31223;21;atgi
;;tRNA;31245;31321;6;cca
;;tRNA;31328;31404;4;cac
;;tRNA;31409;31482;25;tgc
;;tRNA;31508;31596;13;tta
;;tRNA;31610;31685;15;atgf
;;tRNA;31701;31775;9;gaa
;;tRNA;31785;31858;6;gga
;;tRNA;31865;31940;5;gta
;;tRNA;31946;32022;16;gac
;;tRNA;32039;32114;4;aac
;;tRNA;32119;32193;4;aca
;;tRNA;32198;32282;15;tac
;;tRNA;32298;32381;11;cta
;;tRNA;32393;32467;13;ggc
;;tRNA;32481;32557;7;aga
;;tRNA;32565;32640;11;caa
;;tRNA;32652;32727;6;aaa
;;tRNA;32734;32822;3;tca
;;tRNA;32826;32901;9;ttc
;;tRNA;32911;32987;8;atgj
;;tRNA;32996;33072;21;atgi
;;tRNA;33094;33170;6;cca
;;tRNA;33177;33253;9;cac
;;tRNA;33263;33338;21;aaa
;;tRNA;33360;33433;6;tgc
;;tRNA;33440;33516;10;cgt
;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
deb;;CDS;221659;221940;525;
;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
deb;;CDS;449964;450266;253;
;;rRNA;450520;452026;196;1507
;;rRNA;452223;455139;144;2917
;;rRNA;455284;455400;112;117
fin;comp;CDS;455513;456616;;
deb;;CDS;498418;499074;189;
;;rRNA;499264;500770;118;1507
;;tRNA;500889;500964;95;gca
;;rRNA;501060;503976;144;2917
;;rRNA;504121;504237;131;117
fin;;CDS;504369;504551;;
deb;;CDS;535194;536090;85;
;;ncRNA;536176;536362;27;
fin;comp;CDS;536390;537400;;
deb;;CDS;546886;550416;41;
;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg
fin;;CDS;550683;553325;;
deb;;CDS;608009;608683;195;
;;tRNA;608879;608975;37;tga
fin;comp;CDS;609013;609732;;
deb;;CDS;664519;665208;281;
;;regulatory;665490;665566;155;
fin;;CDS;665722;667788;;
deb;;CDS;815939;816655;71;
;;tRNA;816727;816800;12;tgc
;;tRNA;816813;816888;3;aac
;;tRNA;816892;816966;285;aca
fin;;CDS;817252;818727;;
deb;;CDS;871627;872337;134;
;;regulatory;872472;872649;13;
fin;;CDS;872663;873685;;
deb;;CDS;982641;983897;103;
;;regulatory;984001;984104;104;
fin;;CDS;984209;985012;;
deb;;CDS;1284870;1288097;111;
;;tRNA;1288209;1288297;426;cta
fin;;CDS;1288724;1290853;;
deb;;CDS;1445161;1445664;135;
;;tRNA;1445800;1445868;258;other
fin;;CDS;1446127;1446813;;
deb;comp;CDS;2027435;2028427;53;
;comp;regulatory;2028481;2028580;345;
fin;;CDS;2028926;2029534;;
deb;comp;CDS;2147128;2147418;106;
;comp;regulatory;2147525;2147625;50;
fin;comp;CDS;2147676;2148425;;
deb;comp;CDS;2251779;2252747;98;
;comp;regulatory;2252846;2252890;465;
fin;;CDS;2253356;2254267;;
deb;;CDS;2267513;2267698;306;
;comp;tRNA;2268005;2268088;404;cta
fin;;CDS;2268493;2269758;;
deb;comp;CDS;2360030;2361127;237;
;comp;regulatory;2361365;2361480;190;
fin;comp;CDS;2361671;2362552;;
deb;comp;CDS;2523189;2523929;207;
;comp;regulatory;2524137;2524320;75;
fin;comp;CDS;2524396;2525256;;
deb;comp;CDS;2548808;2552788;57;
;comp;regulatory;2552846;2552929;39;
;comp;regulatory;2552969;2553052;39;
;comp;regulatory;2553092;2553175;39;
;comp;regulatory;2553215;2553298;63;
fin;comp;CDS;2553362;2554816;;
deb;comp;CDS;2701048;2701620;93;
;comp;regulatory;2701714;2701815;171;
fin;comp;CDS;2701987;2702790;;
deb;comp;CDS;2732519;2732845;274;
;comp;regulatory;2733120;2733211;363;
fin;comp;CDS;2733575;2735470;;
deb;comp;CDS;2850976;2851347;95;
;comp;regulatory;2851443;2851563;450;
fin;comp;CDS;2852014;2853708;;
deb;comp;CDS;3090637;3091464;131;
;comp;ncRNA;3091596;3091935;54;
fin;comp;CDS;3091990;3093003;;
deb;;CDS;3094098;3094784;40;
;comp;rRNA;3094825;3094941;78;117
;comp;rRNA;3095020;3097936;194;2917
;comp;rRNA;3098131;3099637;276;1507
fin;comp;CDS;3099914;3101161;;
deb;;CDS;3159922;3160827;37;
;comp;tRNA;3160865;3160956;120;agc
fin;comp;CDS;3161077;3161376;;
deb;comp;CDS;3274188;3274733;245;
;comp;rRNA;3274979;3275095;12;117
;comp;tRNA;3275108;3275181;107;gga
;comp;rRNA;3275289;3278214;137;2926
;comp;rRNA;3278352;3279858;253;1507
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deb;comp;CDS;3299331;3300842;101;
;comp;regulatory;3300944;3301122;20;
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;comp;rRNA;3304875;3307789;196;2915
;comp;rRNA;3307986;3309492;364;1507
fin;;CDS;3309857;3310504;;
deb;comp;CDS;3368437;3369900;236;
;comp;regulatory;3370137;3370238;63;
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;comp;regulatory;3408365;3408485;61;
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deb;comp;CDS;3420136;3421329;134;
;comp;regulatory;3421464;3421568;139;
fin;;CDS;3421708;3422217;;
deb;comp;CDS;3438683;3439531;142;
;comp;tRNA;3439674;3439750;7;aga
;comp;tRNA;3439758;3439832;9;ggc
;comp;tRNA;3439842;3439918;5;gac
;comp;tRNA;3439924;3439999;8;gta
;comp;tRNA;3440008;3440082;5;gaa
;comp;rRNA;3440088;3440204;40;117
;comp;rRNA;3440245;3443168;112;2924
;comp;tRNA;3443281;3443356;109;gca
;comp;rRNA;3443466;3444972;138;1507
;comp;tRNA;3445111;3445187;13;atgj
;comp;tRNA;3445201;3445276;6;ttc
;comp;tRNA;3445283;3445359;6;atc
;comp;tRNA;3445366;3445442;31;cca
;comp;tRNA;3445474;3445549;11;tgg
;comp;tRNA;3445561;3445637;6;atgi
;comp;tRNA;3445644;3445720;6;cca
;comp;tRNA;3445727;3445817;11;agc
;comp;tRNA;3445829;3445917;6;tca
;comp;tRNA;3445924;3445999;12;aaa
;comp;tRNA;3446012;3446087;6;caa
;comp;tRNA;3446094;3446170;19;aga
;comp;tRNA;3446190;3446263;11;gga
;comp;tRNA;3446275;3446359;4;tac
;comp;tRNA;3446364;3446438;4;aca
;comp;tRNA;3446443;3446518;31;aac
;comp;tRNA;3446550;3446625;16;aac
;comp;tRNA;3446642;3446718;5;gac
;comp;tRNA;3446724;3446799;6;gta
;comp;tRNA;3446806;3446879;9;gga
;comp;tRNA;3446889;3446963;15;gaa
;comp;tRNA;3446979;3447054;13;atgf
;comp;tRNA;3447068;3447156;5;tta
;comp;rRNA;3447162;3447278;213;117
;comp;rRNA;3447492;3450406;196;2915
;comp;rRNA;3450603;3452109;239;1507
fin;comp;CDS;3452349;3452552;;
deb;comp;CDS;3479880;3480509;30;
;comp;regulatory;3480540;3480623;335;
fin;comp;CDS;3480959;3484165;;
deb;comp;CDS;3523330;3524046;129;
;comp;tRNA;3524176;3524251;8;gta
;comp;tRNA;3524260;3524334;20;gaa
;comp;tRNA;3524355;3524430;10;aaa
;comp;tRNA;3524441;3524515;10;aca
;comp;tRNA;3524526;3524602;7;gac
;comp;tRNA;3524610;3524685;9;gta
;comp;tRNA;3524695;3524769;5;gaa
;comp;tRNA;3524775;3524850;289;aaa
fin;;CDS;3525140;3526039;;
deb;comp;CDS;3549752;3549886;0;
&lt;/pre&gt;

===cdc===
====cdc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_opérons|cdc opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
dir    ;9857..10630;;cds;;179;179;774;;258;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;10810..12317;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;12370..12445;;gca;;249;;76;;;;
dir    ;12695..15596;;23s;;111;;2902;;;;
dir    ;15708..15824;;5s;;126;126;117;;;126;
dir    ;15951..16460;;cds;;;;510;;170;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir   ;19402..19857;;cds;;0;0;456;;152;0;nucleoside deaminase
dir   ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;;
dir   ;19987..20251;;ncRNA;@1;76;76;265;;;;
dir   ;20328..21965;;cds;;;;1638;;546;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;23419..24624;;cds;;505;*505;1206;;402;;glycosyl transferase
dir    ;25130..26637;;16s;;279;;1508;;;;
dir    ;26917..29816;;23s;+;180;;2900;;;;
dir    ;29997..30113;;5s;3 aaa;6;;117;;;;
dir    ;30120..30194;;aac;3 gta;6;;75;6;;;
dir    ;30201..30286;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;30302..30377;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;30385..30459;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;30469..30542;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;30548..30623;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;30629..30705;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;30715..30789;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;30804..30888;;tac;;8;;85;8;;;
dir    ;30897..30980;;cta;;29;;84;29;;;
dir    ;31010..31086;;aga;;7;;77;7;;;
dir    ;31094..31169;;caa;;88;;76;88;;;
dir    ;31258..31346;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;31350..31425;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;31432..31508;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;31520..31596;;atgi;;23;;77;23;;;
dir    ;31620..31696;;cca;;7;;77;7;;;
dir    ;31704..31780;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;31789..31864;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;31872..31945;;tgc;;6;;74;6;;;
dir    ;31952..32026;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;32032..32117;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;32133..32208;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;32216..32290;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;32300..32373;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;32379..32454;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;32460..32536;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;32546..32620;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;32635..32719;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;32729..32812;;cta;;23;;84;23;;;
dir    ;32836..32910;;ggc;;24;;75;24;;;
dir    ;32935..33011;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;33021..33096;;caa;;8;;76;8;;;
dir    ;33105..33180;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;33183..33271;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;33275..33350;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;33357..33433;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;33445..33521;;atgi;;17;;77;17;;;
dir    ;33539..33615;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;33624..33699;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;33707..33780;;tgc;;7;;74;7;;;
dir    ;33788..33864;;cgt;;12;;77;12;;;
dir    ;33877..33952;;gta;;75;75;76;;;75;
dir    ;34028..34441;;cds;;308;308;414;;138;;hp
dir    ;34750..38181;;cds;;;;3432;;1144;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;127011..127715;;cds;;281;281;705;;235;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir    ;127997..129505;;16s;;279;;1509;;;;
dir    ;129785..132685;;23s;+;131;;2901;;;;
dir    ;132817..132933;;5s;2 cca;6;;117;;;;
dir    ;132940..133014;;aac;;4;;75;4;;;
dir    ;133019..133093;;gaa;;5;;75;5;;;
dir    ;133099..133174;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;133180..133256;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;133267..133341;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;133356..133440;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;133450..133523;;gga;;10;;74;10;;;
dir    ;133534..133610;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;133620..133695;;caa;;11;;76;11;;;
dir    ;133707..133782;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;133785..133873;;tca;;17;;89;17;;;
dir    ;133891..133981;;agc;;8;;91;8;;;
dir    ;133990..134066;;cca;;85;;77;85;;;
dir    ;134152..134227;;tgg;;60;;76;60;;;
dir    ;134288..134364;;cca;;6;;77;6;;;
dir    ;134371..134447;;atc;;3;;77;3;;;
dir    ;134451..134526;;ttc;;7;;76;7;;;
dir    ;134534..134610;;atgj;;114;;77;;;;
dir    ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;;
dir    ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;;
dir    ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213;
comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;;
dir    ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;;
dir    ;150292..150366;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;150372..150457;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;150473..150548;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;150556..150630;;gaa;;14;;75;14;;;
dir    ;150645..150718;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;150724..150799;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;150805..150881;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;150892..150966;;ggc;;9;;75;9;;;
dir    ;150976..151049;;aga;;975;*975;74;;;;
dir    ;152025..152864;;cds;;;;840;;280;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase
dir   ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;;
dir   ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;;
dir   ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177;
dir   ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir    ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87;
dir    ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;;
dir    ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;;
dir    ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;;
dir    ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;;
dir    ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein
comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318;
dir    ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir   ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir   ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;;
&lt;dir   ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir   ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase
&lt;/pre&gt;

====cdc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144
&lt;/pre&gt;

====cdc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]]
&lt;pre&gt;
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
&lt;/pre&gt;
====cdc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;;
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;;
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;;
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;;
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;;
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;;
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;;
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;;
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;;
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;;
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
;;regulatory;254387;254488;220;*;
fin;;CDS;254709;256244;;;
deb;;CDS;309184;310275;308;*;
;;regulatory;310584;310674;406;*;
fin;;CDS;311081;311398;;;
deb;;CDS;378341;380728;585;*;
;;rRNA;381314;382816;315;*;1503
;;rRNA;383132;386029;127;*;2898
;;rRNA;386157;386273;177;*;117
fin;;CDS;386451;387059;;0;
deb;;CDS;393173;394945;131;*;
;;regulatory;395077;395269;188;*;
fin;;CDS;395458;396210;;;
deb;comp;CDS;518815;519642;205;*;
;;regulatory;519848;519954;69;*;
fin;;CDS;520024;520344;;0;
deb;;CDS;601016;601618;560;*;
;;misc_b;602179;602417;63;*;
fin;;CDS;602481;604400;;;
deb;;CDS;703255;703989;800;*;
;;regulatory;704790;704866;264;*;
fin;;CDS;705131;706387;;;
deb;;CDS;774245;775042;343;*;
;;misc_b;775386;775620;49;*;
fin;;CDS;775670;776689;;;
deb;comp;CDS;833130;833894;258;*;
;;tRNA;834153;834243;87;*;agc
fin;;CDS;834331;835119;;;
deb;;CDS;840990;843056;591;*;
;;misc_b;843648;843858;225;*;
fin;;CDS;844084;844899;;;
deb;;CDS;1027707;1028153;147;*;
;;misc_b;1028301;1028547;123;*;
fin;;CDS;1028671;1030413;;;
deb;;CDS;1089165;1090139;241;*;
;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503
;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898
;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga
;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117
fin;;CDS;1095670;1097688;;;
deb;;CDS;1140023;1140928;114;*;
;;ncRNA;1141043;1141223;182;*;
fin;;CDS;1141406;1142623;;0;
deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*;
;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg
fin;;CDS;1184734;1187382;;;
deb;;CDS;1221766;1222134;91;*;
;;regulatory;1222226;1222332;102;*;
fin;;CDS;1222435;1223640;;0;
deb;;CDS;1292920;1293819;907;*;
;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*;
fin;;CDS;1296897;1297052;;;
deb;;CDS;1347580;1348659;142;*;
;;misc_b;1348802;1349040;67;*;
fin;;CDS;1349108;1351747;;;
deb;;CDS;1503182;1503538;530;*;
;;repeat_region;1504069;1504755;391;*;
fin;comp;CDS;1505147;1506880;;;
deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*;
;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*;
fin;comp;CDS;1513062;1513736;;;
deb;;CDS;1583597;1584714;449;*;
;;regulatory;1585164;1585270;105;*;
fin;;CDS;1585376;1586341;;;
deb;;CDS;1612685;1614778;660;*;
;;repeat_region;1615439;1615732;167;*;
fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0;
deb;;CDS;1620655;1621623;151;*;
;;misc_b;1621775;1622027;71;*;
fin;;CDS;1622099;1623307;;0;
deb;;CDS;1668527;1669288;160;*;
;;misc_b;1669449;1669706;112;*;
fin;;CDS;1669819;1670058;;;
deb;;CDS;1708973;1709134;741;*;
;;repeat_region;1709876;1710232;238;*;
fin;;CDS;1710471;1710659;;;
deb;;CDS;1710778;1711644;452;*;
;;repeat_region;1712097;1712386;122;*;
fin;;CDS;1712509;1713036;;;
deb;;CDS;1745654;1747510;82;*;
;;misc_b;1747593;1747833;65;*;
;;misc_b;1747899;1748134;84;*;
fin;;CDS;1748219;1749436;;;
deb;;CDS;1770800;1771111;92;*;
;;regulatory;1771204;1771296;99;*;
fin;;CDS;1771396;1772190;;;
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;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*;
deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*;
;;regulatory;1835448;1835624;143;*;
deb;;CDS;1835768;1837498;109;*;
;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta
;;regulatory;1838585;1838689;209;*;
fin;;CDS;1838899;1839933;;;
deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*;
;;repeat_region;1849663;1850878;408;*;
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;;regulatory;1870833;1870876;100;*;
fin;;CDS;1870977;1871945;;;
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;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*;
deb;;CDS;1887967;1890450;87;*;
;;regulatory;1890538;1890649;141;*;
fin;;CDS;1890791;1892092;;;
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;;misc_b;1904162;1904373;162;*;
fin;;CDS;1904536;1905825;;;
deb;;CDS;1963260;1964567;85;*;
;;misc_b;1964653;1964915;125;*;
fin;;CDS;1965041;1965844;;;
deb;;CDS;1974995;1975732;110;*;
;;misc_b;1975843;1976050;252;*;
fin;;CDS;1976303;1977502;;;
deb;;CDS;2015338;2017995;53;*;
;;regulatory;2018049;2018151;109;*;
fin;;CDS;2018261;2019526;;;
deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*;
;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*;
;;regulatory;2143958;2144047;52;*;
fin;;CDS;2144100;2144276;;0;
deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*;
;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*;
fin;comp;CDS;2155032;2155430;;;
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;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*;
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;;regulatory;2157412;2157509;54;*;
fin;;CDS;2157564;2157740;;;
deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*;
;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*;
fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0;
deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*;
;;repeat_region;2200186;2200869;830;*;
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;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*;
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;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*;
fin;;CDS;2276688;2278034;;;
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;;misc_b;2291548;2291779;107;*;
fin;;CDS;2291887;2293368;;;
deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*;
;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*;
fin;comp;CDS;2434700;2434903;;;
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;;regulatory;2476388;2476476;189;*;
fin;;CDS;2476666;2478033;;0;
deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*;
;;regulatory;2502116;2502205;53;*;
fin;;CDS;2502259;2502435;;;
deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*;
;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*;
fin;comp;CDS;2525213;2526364;;;
deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*;
;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*;
fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0;
deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*;
;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*;
fin;comp;CDS;2596567;2597583;;;
deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*;
;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga
fin;comp;CDS;2696703;2697542;;;
deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*;
;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*;
fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0;
deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*;
;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*;
fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0;
deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*;
;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*;
fin;comp;CDS;2858087;2858614;;;
deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*;
;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*;
fin;comp;CDS;2948632;2949822;;;
deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*;
;;regulatory;2958868;2958969;72;*;
fin;;CDS;2959042;2960385;;;
deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*;
;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*;
deb;;CDS;2981767;2982444;159;*;
;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca
;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898
;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503
fin;;CDS;2987705;2988643;;0;
deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*;
;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*;
fin;comp;CDS;3096356;3097759;;;
deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*;
;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*;
deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*;
;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*;
fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0;
deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*;
;;repeat_region;3244625;3246042;183;*;
fin;comp;CDS;3246226;3246492;;;
deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*;
;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*;
fin;comp;CDS;3276416;3277309;;;
deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*;
;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*;
fin;comp;CDS;3407875;3409527;;;
deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*;
;;repeat_region;3491430;3492052;252;*;
fin;comp;CDS;3492305;3494290;;;
deb;;CDS;3508604;3509509;673;*;
;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*;
fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0;
deb;;CDS;3600566;3601447;77;*;
;;regulatory;3601525;3601699;172;*;
fin;;CDS;3601872;3602873;;;
deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*;
;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*;
fin;comp;CDS;3640186;3641013;;;
deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*;
;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*;
fin;comp;CDS;3656089;3656931;;;
deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*;
;;regulatory;3690789;3690904;174;*;
fin;;CDS;3691079;3692449;;0;
deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*;
;;regulatory;3750238;3750334;53;*;
fin;;CDS;3750388;3750564;;;
deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*;
;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117
;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898
;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503
fin;comp;CDS;3794009;3794587;;;
deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*;
;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*;
fin;comp;CDS;3812242;3812856;;;
deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*;
;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*;
fin;comp;CDS;3906737;3907687;;;
deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*;
;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*;
fin;comp;CDS;3934329;3934850;;;
deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*;
;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117
;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898
;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503
fin;comp;CDS;3949723;3949917;;;
deb;;CDS;4084445;4085437;382;*;
;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca
;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa
;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;
&lt;/pre&gt;

====cdc psor====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]]
&lt;pre&gt;
cdc-psor  comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6;
atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7;
cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52;
tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7;
gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10;
aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0
gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0
gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0
gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31;
gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor  coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t.  -2+2;24;;
&lt;/pre&gt;

===cdc8===
====cdc8 opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir   ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir   ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir   ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir   ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir   ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir   ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir   ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir   ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir   ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir   ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir   ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir   ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir   ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir   ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir   ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir   ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir   ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir   ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir   ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir   ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir   ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir   ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir   ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir   ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir   ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir   ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir   ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir   ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir   ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir   ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir   ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
dir   ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;;
dir   ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir   ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir   ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir   ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir   ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir   ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir   ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir   ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir   ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir   ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir   ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir   ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir   ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir   ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir   ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir   ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir   ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir   ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir   ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir   ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
&lt;&gt; comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
dir   ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir   ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir   ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir   ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir   ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir    ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir    ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir    ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir    ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir    ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir    ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir    ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir    ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir    ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
&lt;comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir    ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir    ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir    ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir    ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir    ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir    ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir    ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir    ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir    ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir    ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir    ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir    ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir    ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir    ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
&lt;&gt;comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir    ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir    ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
&gt;comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir    ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir    ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir    ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir    ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir    ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir    ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir    ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir    ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir    ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir    ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir    ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir    ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir    ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir    ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir    ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir    ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir    ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir    ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir    ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir    ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir    ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir    ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir    ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir    ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir    ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir    ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir    ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir    ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir    ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir    ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir    ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
&lt;dir    ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir    ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir    ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97
&lt;/pre&gt;
====cdc8 blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]]
&lt;pre&gt;
cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
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X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
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&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 43====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 18====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_18|cdc8 cdc psor 18]]
&lt;pre&gt;
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agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
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cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
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;;;;;;aaa;353;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 9====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_9|cdc8 cdc psor 9]]
&lt;pre&gt;
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tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2
cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23
aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
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;;;;;;;;cds;;
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====cdc8 cdc protéines====
=====Alignement sur cdc=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc|Alignement sur cdc]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

=====Alignement sur cdc8=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc8|Alignement sur cdc8]]
&lt;pre&gt;
;cdc8;;;;;;;cdc8;;;;;;;psor;;;;
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;;;;;;;;insert;dir    ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir   ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir   ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc création de cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]]
&lt;pre&gt;
;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;&lt;4307539..4308225;687;;;;
CHAP;&lt;4213228..&gt;4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc abrégé protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]]
&lt;pre&gt;
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor stats====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]]
&lt;pre&gt;
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total)         ;4 025;3 807;3 528
CDS (total)           ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding)        ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding)          ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA)           ;155;116;160
RRNAs  (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs        ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs     ;108;83;105
ncRNAs    ;4;4;4
Pseudo Genes (total)  ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)       ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)         ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)      ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)  ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays         ;4;9; - 
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
&lt;/pre&gt;
====cdc8 distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
&lt;/pre&gt;
====cdc8 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc8 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc8;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;misc_f;1;795;182;*;
;;rRNA;978;1094;6;*;117
;;tRNA;1101;1175;6;*;aac
;;tRNA;1182;1267;15;*;tta
;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf
;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa
;;tRNA;1450;1523;5;*;gga
;;tRNA;1529;1604;5;*;gta
;;tRNA;1610;1686;9;*;gac
;;tRNA;1696;1770;14;*;aca
;;tRNA;1785;1869;10;*;tac
;;tRNA;1880;1963;28;*;cta
;;tRNA;1992;2068;7;*;aga
;;tRNA;2076;2151;89;*;caa
;;tRNA;2241;2329;3;*;tca
;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc
;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj
;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi
;;tRNA;2609;2685;7;*;cca
;;tRNA;2693;2769;8;*;cac
;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa
;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc
;;tRNA;2941;3015;6;*;aac
;;tRNA;3022;3107;15;*;tta
;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf
;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa
;;tRNA;3290;3363;5;*;gga
;;tRNA;3369;3444;5;*;gta
;;tRNA;3450;3526;9;*;gac
;;tRNA;3536;3610;14;*;aca
;;tRNA;3625;3709;9;*;tac
;;tRNA;3719;3802;24;*;cta
;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc
;;tRNA;3926;4002;9;*;aga
;;tRNA;4012;4087;8;*;caa
;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa
;;tRNA;4174;4262;3;*;tca
;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc
;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj
;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi
;;tRNA;4530;4606;8;*;cac
;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa
;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc
;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt
;;tRNA;4868;4943;75;*;gta
fin;;CDS;5019;5432;;;
deb;;CDS;43312;43797;94;*;
;;misc_b;43892;44100;63;*;
fin;;CDS;44164;45882;;;
deb;;CDS;57549;58247;51;*;
;;misc_f;58299;58427;42;*;
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;comp;misc_f;4217969;4218514;265;*;
;comp;tRNA;4218780;4218855;68;*;gca
;comp;misc_f;4218924;4219056;18;*;
;comp;misc_f;4219075;4219471;605;*;
;comp;rRNA;4220077;4221579;181;*;1503
deb;comp;CDS;4221761;4222206;388;*;
;;rRNA;4222595;4224097;325;*;1503
;;rRNA;4224423;4227320;182;*;2898
;;rRNA;4227503;4227619;6;*;117
;;tRNA;4227626;4227700;6;*;aac
;;tRNA;4227707;4227792;15;*;tta
;;tRNA;4227808;4227883;7;*;atgf
;;tRNA;4227891;4227965;9;*;gaa
;;tRNA;4227975;4228048;5;*;gga
;;tRNA;4228054;4228129;5;*;gta
;;tRNA;4228135;4228211;9;*;gac
;;tRNA;4228221;4228295;14;*;aca
;;tRNA;4228310;4228394;10;*;tac
;;tRNA;4228405;4228488;28;*;cta
;;tRNA;4228517;4228593;7;*;aga
;;tRNA;4228601;4228676;89;*;caa
;;tRNA;4228766;4228854;3;*;tca
;;tRNA;4228858;4228933;6;*;ttc
;;tRNA;4228940;4229013;14;*;atgj
;;tRNA;4229028;4229104;29;*;atgi
;;tRNA;4229134;4229210;7;*;cca
;;tRNA;4229218;4229294;8;*;cac
;;tRNA;4229303;4229378;353;*;aaa
;comp;rRNA;4229732;4229848;139;*;117
;comp;misc_f;4229988;4230853;1;*;
;comp;misc_f;4230855;4231585;11;*;
;comp;misc_f;4231597;4232010;584;*;
;;rRNA;4232595;4234095;221;*;1501
;;rRNA;4234317;4237214;127;*;2898
;;rRNA;4237342;4237458;216;*;117
fin;comp;CDS;4237675;4238859;;0;
deb;;CDS;4241605;4242144;780;*;
;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532
;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897
;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117
;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta
;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi
;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503
;;misc_f;4249935;4250480;184;*;
fin;;CDS;4250665;4250923;;;
deb;;CDS;4250940;4251038;87;*;
;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005
;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca
;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*;
;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*;
fin;;CDS;4254524;4254712;;;
deb;;CDS;4303117;4303305;167;*;
;;misc_f;4303473;4304013;15;*;
;;misc_f;4304029;4304286;145;*;
;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117
;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac
;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa
;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta
;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac
;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca
;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac
;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga
;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga
;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa
;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa
;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca
;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc
;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca
;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg
;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca
;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc
;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc
;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj
;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335
deb;;CDS;4307680;4308225;0;*;
&lt;/pre&gt;

===cbc===
====cbc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;
&lt;/pre&gt;
====cbc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbc* cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;5;1;0;0
;16 23 5s 0;1;20;22;1
;16 atc gca;0;40;3;1
;16 23 5s a;3;60;2;0
;max a;2;80;0;0
;a doubles;1;100;1;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;6;140;0;0
sans ;opérons;17;160;0;0
;1 aa;10;180;0;0
;max a;11;200;0;0
;a doubles;4;;0;0
;total aas;46;;28;2
total aas;;52;;;
remarques;;4;;;
avec jaune;;;moyenne;17;15
;;;variance;19;
sans jaune;;;moyenne;15;
;;;variance;14;
&lt;/pre&gt;
====cbc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]]
&lt;pre&gt;
cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
&lt;/pre&gt;
====cbc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;;
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;;
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc
6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc
1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;;0;363;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;
;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;;
;;;;;;3674;;total;7;288;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;
&lt;/pre&gt;

===cbn===
====cbn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;10;1;0;0
;16 23 5s 0;3;20;34;9
;16 gca atc;2;40;7;0
;16 23 5s a;4;60;3;0
;max a;8;80;1;1
;a doubles;1;100;0;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;22;140;0;0
sans ;opérons;18;160;1;0
;1 aa;12;180;0;0
;max a;22;200;0;0
;a doubles;6;;0;0
;total aas;64;;46;10
total aas;;86;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;17;
;;;variance;25;
sans jaune;;;moyenne;14;14
;;;variance;15;17
&lt;/pre&gt;
====cbn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]]
&lt;pre&gt;
cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;&gt;1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;
====cbn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa
;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta
;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac
;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca
;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca
;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj
;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf
;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj
;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf
;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta
;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac
;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc
;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc
;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga
;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc
;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga
;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga
;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa
;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa
;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag
;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga
;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga
;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag
;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga
;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga
;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc
;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta
;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa
2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa
10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac
8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag
0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga
;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca
;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac
;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta
;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac
;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca
;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca
&lt;/pre&gt;
=====cbn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbn;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;20118;206;comp;
;tRNA;20666;214;;acg
fin;CDS;20956;;;
deb;CDS;34861;307;comp;
;tRNA;36413;12;;gaa
;tRNA;36500;13;;gta
;tRNA;36589;5;;gac
;tRNA;36671;18;;aca
;tRNA;36765;12;;gaa
;tRNA;36852;13;;gta
;tRNA;36941;5;;gac
;tRNA;37023;106;;aca
fin;CDS;37205;;comp;
deb;CDS;135851;168;comp;
;tRNA;137366;131;comp;cca
fin;CDS;137573;;comp;
deb;CDS;161395;158;;
;tRNA;161964;5;;tta
;tRNA;162058;5;;atgf
;tRNA;162139;46;;atgj
;tRNA;162262;5;;tta
;tRNA;162356;30;;atgf
;tRNA;162462;46;;atgj
;tRNA;162585;5;;tta
;tRNA;162679;480;;atgf
fin;CDS;163235;;comp;
deb;CDS;174610;115;;
;tRNA;176258;275;;aac
fin;CDS;176608;;;
deb;CDS;178351;453;;
;rRNA;180181;237;;16s
;rRNA;181930;48;;23s
;tRNA;184882;14;;aac
;rRNA;184971;7;;5s
;tRNA;185095;435;;aac
fin;CDS;185605;;comp;
deb;CDS;221558;140;;
;tRNA;222409;106;;aac
fin;CDS;222591;;;
deb;CDS;577193;60;;
;tRNA;578417;67;comp;cag
fin;CDS;578560;;comp;
deb;CDS;943937;261;comp;
;tRNA;944747;348;comp;ttg
fin;CDS;945182;;;
deb;CDS;954881;59;;
;tRNA;955546;82;;ctt
fin;CDS;955713;;;
deb;CDS;1025682;379;;
;tRNA;1026946;17;;gta
;tRNA;1027039;14;;gac
;tRNA;1027130;4;;ttc
;tRNA;1027210;8;;ggc
;tRNA;1027293;57;;tgc
;tRNA;1027425;265;;tgc
fin;CDS;1027765;;;
deb;CDS;1679540;6;;
;gene;1680008;128;comp;
fin;CDS;1681704;;comp;
deb;CDS;1865810;45;;
;gene;1866395;88;;
fin;CDS;1867620;;comp;
deb;CDS;2029941;104;;
;tRNA;2030816;48;comp;aac
;rRNA;2030939;97;comp;23s
;tRNA;2033939;7;comp;atc
;tRNA;2034023;124;comp;gca
;rRNA;2034223;423;comp;16s
fin;CDS;2036154;;comp;
deb;CDS;2149914;128;comp;
;rRNA;2150504;34;comp;5s
;rRNA;2150655;237;comp;23s
;rRNA;2153797;424;comp;16s
fin;CDS;2155729;;comp;
deb;CDS;2168490;590;;
;rRNA;2169533;35;comp;5s
;rRNA;2169677;237;comp;23s
;rRNA;2172816;111;comp;16s
fin;CDS;2174439;;;
deb;CDS;2281037;144;;
;rRNA;2283779;98;comp;5s
;rRNA;2283983;237;comp;23s
;rRNA;2287123;111;comp;16s
deb;CDS;2288746;117;comp;
;tRNA;2289103;15;comp;gga
;tRNA;2289192;7;comp;atc
;tRNA;2289276;233;comp;gca
fin;CDS;2289585;;comp;
deb;CDS;2349136;199;comp;
;tRNA;2350598;21;comp;cga
;tRNA;2350696;28;comp;gga
;tRNA;2350798;4;comp;aaa
;tRNA;2350878;4;comp;caa
;tRNA;2350957;5;comp;cac
;tRNA;2351038;3;comp;aag
;tRNA;2351116;6;comp;aga
;tRNA;2351199;4;comp;gga
;tRNA;2351277;21;comp;cca
;tRNA;2351374;5;comp;aag
;tRNA;2351455;5;comp;aga
;tRNA;2351537;5;comp;gga
;tRNA;2351616;3;comp;ggc
;tRNA;2351694;22;comp;cta
;tRNA;2351800;4;comp;aaa
;tRNA;2351880;4;comp;caa
;tRNA;2351959;5;comp;cac
;tRNA;2352040;5;comp;aag
;tRNA;2352121;5;comp;aga
;tRNA;2352203;5;comp;gga
;tRNA;2352282;6;comp;ggc
;tRNA;2352363;73;comp;cca
fin;CDS;2352512;;comp;
deb;CDS;2430767;295;comp;
;tRNA;2432784;58;comp;tgg
fin;CDS;2432918;;comp;
deb;CDS;2453380;324;comp;
;tRNA;2454880;39;comp;tac
;tRNA;2455004;8;comp;gta
;tRNA;2455088;4;comp;tac
;tRNA;2455177;255;comp;aca
fin;CDS;2455508;;;
deb;CDS;2696774;138;comp;
;rRNA;2697803;34;comp;5s
;rRNA;2697946;237;comp;23s
;rRNA;2701084;423;comp;16s
deb;CDS;2703019;183;comp;
;tRNA;2703946;311;comp;aaa
;tRNA;2704333;13;comp;ttc
;rRNA;2704422;336;comp;5s
;tRNA;2704867;15;comp;ttc
;rRNA;2704958;100;comp;5s
;rRNA;2705165;237;comp;23s
;rRNA;2708303;346;comp;16s
fin;CDS;2710157;;comp;
deb;CDS;2720030;80;comp;
;tRNA;2721253;5;comp;aaa
;rRNA;2721334;98;comp;5s
;rRNA;2721549;237;comp;23s
;rRNA;2724689;393;comp;16s
fin;CDS;2726593;;comp;
deb;CDS;2730964;245;comp;
;tRNA;2731902;61;comp;gag
;tRNA;2732038;6;comp;caa
;tRNA;2732119;4;comp;aga
;tRNA;2732200;19;comp;gga
;tRNA;2732293;16;comp;cta
;tRNA;2732393;4;comp;gaa
;rRNA;2732472;100;comp;5s
;rRNA;2732689;95;comp;23s
;tRNA;2735687;3;comp;atc
;tRNA;2735767;77;comp;gca
;rRNA;2735920;402;comp;16s
fin;CDS;2737834;;comp;
deb;CDS;2740228;408;comp;
;tRNA;2742262;111;comp;tcc
deb;CDS;2742463;64;comp;
;tRNA;2743220;69;comp;tcg
deb;CDS;2743382;65;comp;
;tRNA;2743891;130;comp;agg
fin;CDS;2744098;;;
deb;CDS;2746633;95;comp;
;tRNA;2748534;144;comp;cgt
;tRNA;2748755;23;comp;agc
;tRNA;2748869;69;comp;tca
;tRNA;2749029;61;comp;tca
fin;CDS;2749181;;comp;
deb;CDS;2758098;125;comp;
;tRNA;2758688;4;comp;gca
;tRNA;2758768;3;comp;atgi
;rRNA;2758848;76;comp;5s
;rRNA;2759041;237;comp;23s
;rRNA;2762179;369;comp;16s
fin;CDS;2764060;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cbn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;;
cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176
;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116
;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66
;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121
;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93
;'''total 2491;&lt;201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79
624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50
834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64
1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44
1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50
1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60
2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35
1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56
754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41
1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32
1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38
1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35
627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37
1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40
2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46
1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28
1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26
841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35
1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31
2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41
390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33
943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25
2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29
1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30
2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31
261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21
1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31
2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34
2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30
1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27
1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25
1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23
2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31
2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23
923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23
313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19
1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19
1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17
262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;24
;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25
;;38;9;320;12;;620;1;230;16
;;39;°17;330;16;;640;2;235;17
;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17
;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15
;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13
;;;;370;14;;720;2;255;15
;;;;380;13;;740;2;260;15
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10
1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11
369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9
1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5
430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9
1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10
1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15
733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17
271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6
913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5
1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9
1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3
1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13
1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3
2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5
1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11
783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4
2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9
2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10
292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4
2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8
2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6
1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143
500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&amp;-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&amp;184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&amp;120;45;-;891;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;&gt;0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;&lt;0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;&gt;0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;&lt;0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0
390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0
400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0
total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0
diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1
 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8
continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9
;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167
&lt;/pre&gt;

====cbn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp
;&amp;tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&amp;tRNA;2454880;39;comp
fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&amp;tRNA;2455004;8;comp
deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&amp;tRNA;2455088;4;comp
;&amp;tRNA;36413;12;;;;&amp;tRNA;2030816;48;comp;;;&amp;tRNA;2455177;255;comp
;&amp;tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;;
;&amp;tRNA;36589;5;;;;&amp;tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp
;&amp;tRNA;36671;18;;;;&amp;tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp
;&amp;tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp
;&amp;tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp
;&amp;tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp
;&amp;tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&amp;tRNA;2703946;311;comp
fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&amp;tRNA;2704333;13;comp
deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp
;&amp;tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&amp;tRNA;2704867;15;comp
fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp
deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp
;&amp;tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp
;&amp;tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp
;&amp;tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp
;&amp;tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&amp;tRNA;2721253;5;comp
;&amp;tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp
;&amp;tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp
;&amp;tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp
;&amp;tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp
fin;°CDS;163235;;comp;;;&amp;tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp
deb;°CDS;174610;115;;;;&amp;tRNA;2289192;7;comp;;;&amp;tRNA;2731902;61;comp
;&amp;tRNA;176258;275;;;;&amp;tRNA;2289276;233;comp;;;&amp;tRNA;2732038;6;comp
fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&amp;tRNA;2732119;4;comp
deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&amp;tRNA;2732200;19;comp
;$rRNA;180181;237;;;;&amp;tRNA;2350598;21;comp;;;&amp;tRNA;2732293;16;comp
;$rRNA;181930;48;;;;&amp;tRNA;2350696;28;comp;;;&amp;tRNA;2732393;4;comp
;&amp;tRNA;184882;14;;;;&amp;tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp
;$rRNA;184971;7;;;;&amp;tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp
;&amp;tRNA;185095;435;;;;&amp;tRNA;2350957;5;comp;;;&amp;tRNA;2735687;3;comp
fin;°CDS;185605;;comp;;;&amp;tRNA;2351038;3;comp;;;&amp;tRNA;2735767;77;comp
deb;°CDS;221558;140;;;;&amp;tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp
;&amp;tRNA;222409;106;;;;&amp;tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp
fin;°CDS;222591;;;;;&amp;tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp
deb;°CDS;577193;60;;;;&amp;tRNA;2351374;5;comp;;;&amp;tRNA;2742262;111;comp
;&amp;tRNA;578417;67;comp;;;&amp;tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp
fin;°CDS;578560;;comp;;;&amp;tRNA;2351537;5;comp;;;&amp;tRNA;2743220;69;comp
deb;°CDS;943937;261;comp;;;&amp;tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp
;&amp;tRNA;944747;348;comp;;;&amp;tRNA;2351694;22;comp;;;&amp;tRNA;2743891;130;comp
fin;°CDS;945182;;;;;&amp;tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;;
deb;°CDS;954881;59;;;;&amp;tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp
;&amp;tRNA;955546;82;;;;&amp;tRNA;2351959;5;comp;;;&amp;tRNA;2748534;144;comp
fin;°CDS;955713;;;;;&amp;tRNA;2352040;5;comp;;;&amp;tRNA;2748755;23;comp
deb;°CDS;1025682;379;;;;&amp;tRNA;2352121;5;comp;;;&amp;tRNA;2748869;69;comp
;&amp;tRNA;1026946;17;;;;&amp;tRNA;2352203;5;comp;;;&amp;tRNA;2749029;61;comp
;&amp;tRNA;1027039;14;;;;&amp;tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp
;&amp;tRNA;1027130;4;;;;&amp;tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp
;&amp;tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&amp;tRNA;2758688;4;comp
;&amp;tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&amp;tRNA;2758768;3;comp
;&amp;tRNA;1027425;265;;;;&amp;tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp
fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp
deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp
;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp
fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
comp’;206;;214;;59;58;;
comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb;
;168;;131;;65;67;&lt;201;12
;158;comp’;480;;80;69;total;18
;115;;275;;98;73;taux;67%
;;comp’;435;;115;82;;
;140;;106;;125;106;'''fin;
comp’;60;;67;;140;111;&lt;201;9
;261;comp’;348;;158;131;total;12
;59;;82;;168;214;taux;75%
;379;;265;;183;265;;
comp’;104;;;;199;275;'''total;
;199;;73;;245;;&lt;201;21
;295;;58;;261;;total;30
;324;comp’;255;;295;;taux;70%
;183;;;;324;;;
;80;;;;379;;;
;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls
;408;;111;;60;106;'''deb;2
;64;;69;;104;130;;4
;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2
;98;;61;;307;348;;6
;125;;;;'''-;435;'''total;
;;;;;'''-;480;&lt;201;4
;;;;;;;total;10
;;;;;;;taux;40%
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;14;11;25;;;;
;total;22;18;40;;;;
;taux;64%;61%;63%;;;;
&lt;/pre&gt;

===cle===
====cle opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]]
&lt;pre&gt;
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s  11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
;84392..85929;;16s;;72;;
;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
;151619..153160;;16s;;605;;
;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
&lt;/pre&gt;

====cle cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]]
&lt;pre&gt;
cle cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;19;1;1;0
;16 5 aa 23;5;20;14;15
;16 5 atc gca;2;40;10;6
;solo;11;60;2;5
;max a;14;80;1;1
;a doubles;2;100;0;0
;indéterminé;1;120;0;0
;total aas;46;140;0;0
sans ;opérons;29;160;1;0
;1 aa;19;180;0;0
;max a;10;200;1;0
;a doubles;2;;0;0
;total aas;59;;30;27
total aas;;105;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;29;
;;;variance;41;
sans jaune;;;moyenne;19;22
;;;variance;16;19
&lt;/pre&gt;
====cle blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]]
&lt;pre&gt;
cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;
&lt;/pre&gt;
====cle distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====cle données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;;
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;;
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;;
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;;
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cle autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
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fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0;
deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*;
;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta
;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj
fin;comp;CDS;3715098;3715457;;;
deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*;
;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*;
fin;comp;CDS;3742209;3742868;;;
deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*;
;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*;
fin;comp;CDS;3877635;3878774;;;
deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*;
;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*;
fin;comp;CDS;3923391;3923816;;;
deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*;
;;misc_b;3972355;3972601;74;*;
fin;;CDS;3972676;3975807;;0;
deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*;
;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*;
fin;;CDS;4300478;4301533;;0;
deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*;
;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*;
fin;;CDS;4554357;4554878;;0;
deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*;
;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*;
fin;;CDS;4594485;4595609;;;
deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*;
;;regulatory;4664128;4664228;86;*;
fin;;CDS;4664315;4664980;;0;
deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*;
;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*;
fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;
&lt;/pre&gt;

===hmo===
====hmo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]]
&lt;pre&gt;
57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245;
;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;;
comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;;
comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;;
comp;221086..221160;;caa;;103;;;;;
comp;221264..224182;;23s;;237;;;;;
comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;;
comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;;
comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;;
comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325;
;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;;
comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;;
comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;;
comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
comp;978944..981860;;23s;;237;;;;;
comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
comp;982238..982354;;5s;;328;;;;;
comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207
comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875;
;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;;
comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
&gt;;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;;
;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;;
;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62
;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;;
;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;;
;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
;1353254..1354786;;16s;;252;;;;;
;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
;1818806..1820337;;16s;;252;;;;;
;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
&lt;/pre&gt;

====hmo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]]
&lt;pre&gt;
hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128
&lt;/pre&gt;

====hmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]]
&lt;pre&gt;
hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;;
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;;
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;;
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;;
;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;;
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;;
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;;
;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====hmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917
;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac
;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc
;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc
;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
fin;;CDS;2465894;2466226;;0;
deb;;CDS;2471030;2471977;69;*;
;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa
;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf
;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa
;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
&lt;/pre&gt;

===cbei===
====cbei opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]]
&lt;pre&gt;
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
&lt;;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
;2098638..2100154;;16s;;502;;;;;
;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
;2340985..2342501;;16s;;338;;;;;
;2342840..2345755;;23s;;140;;;;;
;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
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;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
;2768171..2771082;;23s;;202;;;;;
;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;;
comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;;
comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;;
comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;;
comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;;
comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
&lt;/pre&gt;

====cbei cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206
&lt;/pre&gt;

====cbei blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]]
&lt;pre&gt;
cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 &gt;1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 &gt;1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
&lt;/pre&gt;
====cbei données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite;
;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca
;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca
;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga
;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac
;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa
;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa
;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta
;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag
;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa
;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa
;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta
;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc
;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac
;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta
;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac
;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac
;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag
;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa
;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa
;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac
;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga
;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga
;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta
;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca
;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac
;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta
;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa
4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca
13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac
9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta
0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbei autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbei;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
;tRNA;15;1;;atgi
;tRNA;93;85;;gca
fin;CDS;254;;;
deb;CDS;2710;119;;
;tRNA;3057;30;;tca
;tRNA;3178;241;;agc
;tRNA;3510;18;;tca
;tRNA;3619;125;;agc
fin;CDS;3835;;;
deb;CDS;13821;187;;
;tRNA;14914;34;;cgt
fin;CDS;15023;;comp;
deb;CDS;124928;275;;
;tRNA;125614;20;;tta
;tRNA;125723;7;;atgf
;tRNA;125806;6;;atgj
;tRNA;125889;22;;tta
;tRNA;126000;7;;atgf
;tRNA;126083;6;;atgj
;tRNA;126166;21;;tta
;tRNA;126276;70;;atgf
;tRNA;126422;21;;tta
;tRNA;126532;664;;atgf
fin;CDS;127272;;;
deb;CDS;138638;307;;
;tRNA;140451;234;;aac
;tRNA;140760;439;;aac
;tRNA;141274;299;;aac
fin;CDS;141648;;;
deb;CDS;144627;548;;
16s;rRNA;146198;140;;
;tRNA;147850;3;;gca
;tRNA;147929;111;;atc
23s;rRNA;148117;70;;
5s;rRNA;151101;5;;
;tRNA;151223;4;;ttc
;tRNA;151303;681;;tgc
fin;CDS;152059;;;
deb;CDS;177450;76;;
;tRNA;178174;65;;acc
fin;CDS;178315;;;
deb;CDS;313730;90;;
;tRNA;316298;4;;cta
;tRNA;316387;120;;ggg
fin;CDS;316582;;comp;
deb;CDS;402474;125;;
;tRNA;403079;17;;cca
;tRNA;403172;149;;gga
;tRNA;403395;6;;aga
;tRNA;403478;16;;cca
;tRNA;403570;35;;gga
;tRNA;403679;5;;aga
;tRNA;403761;3;;cac
;tRNA;403840;7;;caa
;tRNA;403922;18;;aaa
;tRNA;404016;5;;cta
;tRNA;404106;25;;ggc
;tRNA;404206;5;;gga
;tRNA;404285;57;;aag
;tRNA;404418;7;;caa
;tRNA;404500;18;;aaa
;tRNA;404594;5;;cta
;tRNA;404684;25;;ggc
;tRNA;404784;46;;gga
;tRNA;404904;325;;cga
fin;CDS;405306;;;
deb;CDS;413861;390;;
16s;rRNA;416312;132;;
;tRNA;417956;84;;atc
23s;rRNA;418117;71;;
;tRNA;421103;345;;aac
fin;CDS;421523;;;
deb;CDS;486264;159;;
;tRNA;486828;9;;tac
;tRNA;486922;27;;gta
;tRNA;487025;12;;aca
;tRNA;487112;9;;tac
;tRNA;487206;30;;gta
;tRNA;487312;12;;aca
;tRNA;487399;451;;tac
fin;CDS;487935;;;
deb;CDS;540067;187;;
;tRNA;541157;208;;tgg
fin;CDS;541440;;;
deb;CDS;541918;252;comp;
;tRNA;543238;354;;
fin;CDS;543667;;;
deb;CDS;772270;262;;
;tmRNA;774356;871;;
fin;CDS;775585;;;
deb;CDS;892419;565;;
16s;rRNA;893905;137;;
;tRNA;895554;118;;gca
23s;rRNA;895748;204;;
5s;rRNA;898866;552;;
fin;CDS;899535;;;
deb;CDS;900798;709;;
16s;rRNA;902758;339;;
23s;rRNA;904609;273;;
5s;rRNA;907796;69;;
fin;CDS;907982;;comp;
deb;CDS;951995;97;;
;tRNA;952728;396;;ctc
fin;CDS;953210;;;
deb;CDS;1017389;70;;
;ncRNA;1017765;758;;
fin;CDS;1018872;;;
deb;CDS;1646835;56;;
;ncRNA;1647290;182;;
fin;CDS;1647666;;comp;
deb;CDS;1739334;380;;
;tRNA;1740314;3;;cac
;tRNA;1740393;5;;cag
;tRNA;1740473;443;;aaa
fin;CDS;1740992;;comp;
deb;CDS;1846157;-183;;
;gene;1847876;588;;
fin;CDS;1848647;;;
deb;CDS;1894180;34;;
;tRNA;1895441;574;comp;ttg
fin;CDS;1896102;;;
deb;CDS;2097496;727;;
16s;rRNA;2098643;502;;
23s;rRNA;2100657;205;;
5s;rRNA;2103775;315;;
fin;CDS;2104207;;;
deb;CDS;2296804;104;;
;ncRNA;2297577;380;comp;
fin;CDS;2298150;;;
deb;CDS;2305297;275;;
;ncRNA;2306778;230;comp;
fin;CDS;2307274;;;
deb;CDS;2339219;667;;
16s;rRNA;2340990;338;;
23s;rRNA;2342840;140;;
;tRNA;2345896;3;;aac
5s;rRNA;2345974;429;;
fin;CDS;2346520;;;
deb;CDS;2351663;573;;
16s;rRNA;2352713;338;;
23s;rRNA;2354563;140;;
;tRNA;2357618;3;;aac
5s;rRNA;2357696;90;;
fin;CDS;2357903;;;
deb;CDS;2765706;282;;
16s;rRNA;2766156;503;;
23s;rRNA;2768171;202;;
5s;rRNA;2771285;5;;
;tRNA;2771407;6;;ttc
;tRNA;2771489;25;;gac
;tRNA;2771591;448;;gaa
fin;CDS;2772114;;;
deb;CDS;3556683;565;;
;tRNA;3557617;505;;gag
fin;CDS;3558197;;comp;
deb;CDS;3752035;248;comp;
;tRNA;3752901;13;comp;agt
fin;CDS;3752999;;comp;
deb;CDS;4256439;267;comp;
;tRNA;4258671;79;comp;aaa
;tRNA;4258826;7;comp;cac
;tRNA;4258909;35;comp;aga
;tRNA;4259021;752;comp;gga
fin;CDS;4259847;;;
deb;CDS;4880246;508;comp;
5s;rRNA;4880997;274;comp;
23s;rRNA;4881388;578;comp;
16s;rRNA;4884879;703;comp;
fin;CDS;4887099;;comp;
deb;CDS;6160739;343;comp;
;tRNA;6162321;242;;cca
fin;CDS;6162639;;;
deb;CDS;6165324;222;;
;tRNA;6165957;5;comp;ttc
5s;rRNA;6166038;188;comp;
fin;CDS;6166343;;;
deb;CDS;6175160;249;comp;
;tRNA;6175847;1;comp;gca
;tRNA;6175924;44;comp;atgi
5s;rRNA;6176045;138;comp;
23s;rRNA;6176300;339;comp;
16s;rRNA;6179556;572;comp;
fin;CDS;6181640;;comp;
deb;CDS;6182670;190;;
;tRNA;6183610;5;comp;aaa
5s;rRNA;6183691;159;comp;
deb;CDS;6183967;294;comp;
;tRNA;6185209;7;comp;aaa
5s;rRNA;6185292;138;comp;
23s;rRNA;6185547;339;comp;
16s;rRNA;6188803;776;comp;
fin;CDS;6191091;;comp;
deb;CDS;6199510;661;comp;
5s;rRNA;6202721;139;comp;
23s;rRNA;6202977;339;comp;
16s;rRNA;6206233;1107;comp;
5s;rRNA;6208852;138;comp;
23s;rRNA;6209107;339;comp;
16s;rRNA;6212363;507;comp;
fin;CDS;6214382;;comp;
deb;CDS;6256716;154;;
;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;CDS;6258338;;comp;
deb;CDS;6305349;135;comp;
;tRNA;6306438;281;comp;tcc
fin;CDS;6306809;;comp;
deb;CDS;6374512;125;;
;tRNA;6375810;303;comp;agg
fin;CDS;6376188;;comp;
deb;CDS;6391977;114;comp;
5s;rRNA;6392868;134;comp;
23s;rRNA;6393119;214;comp;
16s;rRNA;6396248;1125;comp;
5s;rRNA;6398885;139;comp;
23s;rRNA;6399141;214;comp;
16s;rRNA;6402270;753;comp;
fin;CDS;6404535;;comp;
deb;CDS;6436810;192;;
;tRNA;6437983;6;comp;gac
;tRNA;6438066;14;comp;gta
;tRNA;6438156;29;comp;gaa
;tRNA;6438260;10;comp;aca
;tRNA;6438345;6;comp;gac
;tRNA;6438428;16;comp;gta
;tRNA;6438520;29;comp;gaa
;tRNA;6438624;10;comp;aca
;tRNA;6438709;6;comp;gac
;tRNA;6438792;14;comp;gta
;tRNA;6438882;162;comp;gaa
fin;CDS;6439119;;comp;
deb;CDS;6477551;501;;
16s;rRNA;6480533;213;;
23s;rRNA;6482258;108;;
5s;rRNA;6485280;14;;
&lt;/pre&gt;

====cbei intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;;
cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14
;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19
;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8
;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14
;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10
;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8
;'''total 5623;&lt;201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7
1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9
1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14
4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7
6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8
5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6
2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12
3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5
4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6
4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7
3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4
4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8
5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4
1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2
2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6
4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5
3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5
4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3
4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2
4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2
6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5
2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2
4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4
4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4
3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4
2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1
3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2
3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0
4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3
1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3
4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1
1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2
3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4
3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3
776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4
2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2
5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3
2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0
3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5
4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;45;1070;2
6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2
2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0
5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0
5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2
;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1
;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1
;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0
;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1
4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0
1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3
3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0
2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0
3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21
2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293
5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;;
5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;;
1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;;
4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;;
5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;;
1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;;
330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;;
4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;;
2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;;
2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;;
4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;;
4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;;
5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;;
3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;;
1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;;
4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&amp;-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&amp;-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&amp;123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&amp;75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;&gt;0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;&lt;0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;&gt;0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;&lt;0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
 - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11
continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total
;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11
;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;

====cbei autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;;
;&amp;tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp;
;&amp;tRNA;93;85;;;;&amp;tRNA;541157;208;;;;&amp;tRNA;4258671;79;comp;
fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&amp;tRNA;4258826;7;comp;
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;&amp;tRNA;3057;30;;;;&amp;tRNA;543238;354;;;;&amp;tRNA;4259021;752;comp;
;&amp;tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;;
;&amp;tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp;
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;&amp;tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp;
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;&amp;tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&amp;tRNA;6183610;5;comp;
;&amp;tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp;
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;&amp;tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp;
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;&amp;tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp;
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;&amp;tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp;
;&amp;tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp;
;&amp;tRNA;403922;18;;;;&amp;tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp;
;&amp;tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp;
;&amp;tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp;
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;&amp;tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&amp;tRNA;6438066;14;comp;
;&amp;tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&amp;tRNA;6438156;29;comp;
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fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&amp;tRNA;6438428;16;comp;
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;$rRNA;416312;132;;;;&amp;tRNA;2771407;6;;;;&amp;tRNA;6438624;10;comp;
;&amp;tRNA;417956;84;;;;&amp;tRNA;2771489;25;;;;&amp;tRNA;6438709;6;comp;
;$rRNA;418117;71;;;;&amp;tRNA;2771591;448;;;;&amp;tRNA;6438792;14;comp;
;&amp;tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&amp;tRNA;6438882;162;comp;
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deb;°CDS;486264;159;;;;&amp;tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger
;&amp;tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;;
;&amp;tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;;
;&amp;tRNA;487025;12;;;;&amp;tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;;
;&amp;tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;;
;&amp;tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;85;;76;13;;
;119;;125;;90;65;deb;
;187;comp’;34;;97;85;&lt;201;9
;275;;664;;119;125;total;17
;307;;299;;125;162;taux;53%
;;;681;;135;208;;
;76;;65;;159;242;fin;
;90;comp’;120;;187;281;&lt;201;5
;125;;325;;187;299;total;18
;;;345;;248;303;taux;28%
;159;;451;;249;325;;
;187;;208;;267;345;total;
comp’;252;;354;;275;354;&lt;201;14
;97;;396;;294;396;total;35
;380;comp’;443;;307;448;taux;40%
comp’;34;comp’;574;;380;451;;
;;;448;;565;664;;
;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls
;248;;13;;34;120;deb;4
;267;comp’;752;;125;443;;7
comp’;343;;242;;190;505;fin;1
comp’;222;;;;192;574;;5
;249;;;;222;752;total;
comp’;190;;;;252;-;&lt;201;5
;294;;;;343;-;total;12
;135;;281;;;;taux;42%
comp’;125;;303;;;;;
comp’;192;;162;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;13;6;19;;;;
;total;24;23;47;;;;
;taux;54%;26%;40%;;;;
&lt;/pre&gt;

===afn===
====afn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s  6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
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;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
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;311390..311465;;acc;;6
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
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;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;
&lt;/pre&gt;

====afn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]]
&lt;pre&gt;
afn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;21;
;16 atc gca;2;40;2;
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;0;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;1;
;total aas;4;140;0;
sans ;opérons;29;160;0;
;1 aa;20;180;0;
;max a;6;200;0;
;a doubles;2;;0;
;total aas;56;;27;0
total aas;;60;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;16;
;;;variance;23;
sans jaune;;;moyenne;12;
;;;variance;13;
&lt;/pre&gt;

====afn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]]
&lt;pre&gt;
afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;
&lt;/pre&gt;

====afn remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]]
&lt;pre&gt;
afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====negativicutes distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]]
&lt;pre&gt;
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
&lt;/pre&gt;
====afn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
&lt;/pre&gt;
====afn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;;
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====afn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*contrôlé le 21.7.22
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
&lt;/pre&gt;

====afn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;;
afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffrequence5
;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307
;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127
;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57
;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164
;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87
;'''total 2038;&lt;201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence-1;30;47
1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37
1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32
1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25
1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28
434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31
865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29
463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23
1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24
1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32
843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17
1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25
34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28
1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16
2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29
1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20
893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22
1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28
1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22
1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29
872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29
1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24
1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31
117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20
867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22
406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18
1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23
2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21
901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17
39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11
791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13
1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8
691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18
1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16
2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9
1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15
1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10
1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18
847959;503;36;6;300;17;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14
1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23
;;38;6;320;8;;620;;230;11
;;39;8;330;13;;640;2;235;14
;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19
;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7
;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11
;;;;370;14;;720;2;255;5
2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11
598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7
1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14
2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5
935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11
2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8
846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3
1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7
1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10
808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10
1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5
287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4
532761;-44;;;500;5;;980;;320;4
50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8
434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5
276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3
629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6
1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9
503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3
1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3
1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7
706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8
2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6
460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92
1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&amp;-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&amp;197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;92;36;-;859;dte;45;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;&gt;0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;&lt;0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;&gt;0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;&lt;0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]]

*9.6.21
&lt;pre&gt;
afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4
continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;
14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4
;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;

====afn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;
deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp
;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp
;$rRNA;26602;228;;;;&amp;tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp
;$rRNA;29736;286;;;;&amp;tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68;
fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113;
deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;;
;&amp;tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24;
fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&amp;tRNA;1555201;393;
deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp
;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp
;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&amp;tRNA;1567911;93;comp
;$rRNA;62772;266;;;;&amp;tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp
fin;°CDS;63155;;comp;;;&amp;tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158;
deb;°CDS;168443;122;;;;&amp;tRNA;712402;16;;;;&amp;tRNA;1613773;215;comp
;&amp;tRNA;169459;361;;;;&amp;tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp
fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp
deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp
;misc_binding;182746;130;comp;;;&amp;tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp
fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76;
deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&amp;tRNA;1702659;91;
;misc_binding;185671;146;;;;&amp;tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp
fin;°CDS;186056;;;;;&amp;tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512;
deb;°CDS;249164;195;;;;&amp;tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp
;&amp;tRNA;249791;51;;;;&amp;tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp
fin;°CDS;249919;;comp;;;&amp;tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp
deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp
;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp
fin;°CDS;255255;;;;;&amp;tRNA;796654;159;;;;&amp;tRNA;1823852;6;comp
deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&amp;tRNA;1823934;8;comp
;&amp;tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&amp;tRNA;1824017;83;comp
fin;°CDS;274892;;;;;&amp;tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp
deb;°CDS;310188;131;;;;&amp;tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp
;&amp;tRNA;311123;22;;;;&amp;tRNA;842556;9;;;;&amp;tRNA;1909446;53;comp
;&amp;tRNA;311221;5;;;;&amp;tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115;
;&amp;tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136;
;&amp;tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&amp;tRNA;1911342;23;
;&amp;tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;;
fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp
deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp
;regulatory;360286;52;;;;&amp;tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;;
fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp
deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&amp;tRNA;1974984;39;comp
;$rRNA;380482;251;;;;&amp;tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp
;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp
;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&amp;tRNA;1984782;12;comp
fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&amp;tRNA;1984869;111;comp
deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&amp;tRNA;1985054;106;comp
;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp
fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193;
deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp
;&amp;tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp
;&amp;tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&amp;tRNA;2075828;66;comp
;&amp;tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&amp;tRNA;2075970;94;comp
;&amp;tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp
;&amp;tRNA;461928;8;;;;&amp;tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp
;&amp;tRNA;462010;145;;;;&amp;tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91;
fin;°CDS;462232;;;;;&amp;tRNA;1022938;112;;;;&amp;tRNA;2148343;70;
deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp
;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp
fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&amp;tRNA;2287117;45;comp
deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp
;&amp;tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp
;&amp;tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&amp;tRNA;2303018;45;comp
;&amp;tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp
fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp
deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&amp;tRNA;2323563;196;comp
;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;;
fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;;
deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;;
fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====afn intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;105;;105;;21;23;deb;
;;;122;comp’;361;;24;39;&lt;201;20
;;;195;comp’;51;;54;45;total;25
;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80%
;;;131;;145;;71;83;;
;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin;
;;;131;;194;;76;102;&lt;201;17
;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18
;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94%
;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;;
;;;73;;159;;119;112;total;
;2  8  9;;119;;127;;122;127;&lt;201;37
;;;71;;156;;122;145;total;43
;;;58;;102;;131;156;%;86%
;2  1;;137;;112;;131;159;;
;;;24;comp’;393;;136;194;;
;;;21;;93;;137;196;;
;;comp’;158;;215;;182;215;;
;;;76;comp’;91;;195;;;
;6  8;;379;;83;;200;;;
;;;182;;;;214;;;
;;;136;;23;;222;;;
;;;222;;39;;379;;;
;12  111;;122;;106;;393;;;
;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls
;;;451;;45;;80;51;deb;2
;;;393;comp’;196;;158;61;&lt;201;100%
;;;;;;;;91;fin;
;;;;;;;;134;&lt;201;5
;deb;fin;total;;;;;188;total;8
&lt;201;22;22;44;;;;;268;%;63%
total;27;26;53;;;;;361;total;10
taux;81%;85%;83%;;;;;393;&lt;201;70%
&lt;/pre&gt;

====afn par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;
&lt;/pre&gt;
===negativicutes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est  10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
&lt;/pre&gt;

===clostridia synthèse===
====clostridia distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]]
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;
&lt;/pre&gt;
====clostridia, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est  15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
&lt;/pre&gt;

==gamma==
===Shewanella===
====spl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]]
&lt;pre&gt;
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s  11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;
&lt;/pre&gt;
====spl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]]
&lt;pre&gt;
spl cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400;
;max a;3;80;3;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600;
;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700;
;total aas;9;140;3;;350;;140;;800;
sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900;
;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000;
;max a;15;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;15;;6;;;;;;;
;total aas;133;;103;;;0;;0;;0
total aas;;142;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;;
;;;variance;143;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;;
;;;variance;35;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====spl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]]
&lt;pre&gt;
spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
&lt;/pre&gt;
====spl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc
;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc
;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====spl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
deb;CDS;43968;614;comp;
16s;rRNA;45140;349;;
23s;rRNA;47032;132;;
5s;rRNA;50059;1319;;
16s;rRNA;51494;349;;
23s;rRNA;53386;132;;
5s;rRNA;56413;339;;
fin;CDS;56868;;comp;
deb;CDS;146328;-16;comp;
;regulatory;146483;188;comp;
fin;CDS;146933;;;
deb;CDS;181132;687;comp;
16s;rRNA;182275;74;;
;tRNA;183892;65;;atc
;tRNA;184034;371;;gca
23s;rRNA;184481;132;;
5s;rRNA;187508;100;;
;tRNA;187724;606;;gac
fin;CDS;188407;;;
deb;CDS;190429;234;comp;
;tRNA;191614;8;;aca
;tRNA;191698;35;;tac
;tRNA;191818;195;;gga
fin;CDS;192087;;;
deb;CDS;233942;647;;
16s;rRNA;235186;384;;
23s;rRNA;237113;132;;
5s;rRNA;240140;454;;
deb;CDS;240710;1908;comp;
16s;rRNA;243635;348;;
23s;rRNA;245526;133;;
5s;rRNA;248554;68;;
;tRNA;248738;17;;acc
5s;rRNA;248831;703;;
fin;CDS;249650;;;
deb;CDS;282426;135;;
;ncRNA;283404;313;;
fin;CDS;284069;;comp;
deb;CDS;413908;236;comp;
;tRNA;416766;39;;cgg
;tRNA;416882;41;;cac
;tRNA;416999;58;;cca
;tRNA;417134;320;;cca
fin;CDS;417531;;comp;
deb;CDS;492003;1178;comp;
16s;rRNA;493715;349;;
23s;rRNA;495607;132;;
5s;rRNA;498634;768;;
fin;CDS;499518;;comp;
deb;CDS;550745;-23;;
;tRNA;552630;286;comp;tga
fin;CDS;553011;;;
deb;CDS;640018;155;;
;tRNA;641376;1172;;tca
;tRNA;642639;789;;tca
deb;CDS;643519;988;;
16s;rRNA;645851;74;;
;tRNA;647468;65;;atc
;tRNA;647610;336;;gca
23s;rRNA;648022;177;;
5s;rRNA;651094;727;;
fin;CDS;651937;;;
deb;CDS;727650;330;comp;
;tRNA;728115;695;;ttg
fin;CDS;728895;;;
deb;CDS;878528;406;;
;regulatory;879639;204;;
fin;CDS;879989;;;
deb;CDS;1166653;117;;
;tRNA;1168942;220;comp;atgi
fin;CDS;1169239;;comp;
deb;CDS;1284512;-193;;
;misc_feature;1284538;121;comp;
fin;CDS;1284778;;comp;
deb;CDS;1337892;500;;
;tRNA;1339706;52;comp;aca
;tRNA;1339834;539;comp;ttc
;tRNA;1340449;52;comp;aca
;tRNA;1340577;545;comp;ttc
deb;CDS;1341198;34;;
;tRNA;1342467;52;comp;aca
;tRNA;1342595;441;comp;ttc
fin;CDS;1343112;;comp;
deb;CDS;1455613;913;;
;tRNA;1456724;21;;agc
;tRNA;1456837;30;;cgt
;tRNA;1456944;32;;cgt
;tRNA;1457053;30;;cgt
;tRNA;1457160;33;;cgt
;tRNA;1457270;9;;cgt
;tRNA;1457356;76;;agc
;tRNA;1457524;35;;cgt
;tRNA;1457636;9;;cgt
;tRNA;1457722;1058;;agc
fin;CDS;1458872;;;
deb;CDS;1564741;165;comp;
;tmRNA;1566139;110;comp;
fin;CDS;1566605;;comp;
deb;CDS;1625951;581;comp;
;tRNA;1627363;176;comp;agg
fin;CDS;1627615;;comp;
deb;CDS;1769998;257;comp;
;tRNA;1770483;37;;gta
;tRNA;1770596;37;;gta
;tRNA;1770709;37;;gta
;tRNA;1770822;37;;gta
;tRNA;1770935;37;;gta
;tRNA;1771048;37;;gta
;tRNA;1771161;37;;gta
;tRNA;1771274;37;;gta
;tRNA;1771387;37;;gta
;tRNA;1771500;39;;gta
;tRNA;1771615;705;;gta
deb;CDS;1772396;104;;
;tRNA;1773910;80;;gcc
;tRNA;1774066;102;;gaa
;tRNA;1774244;102;;gaa
;tRNA;1774422;102;;gaa
;tRNA;1774600;102;;gaa
;tRNA;1774778;102;;gaa
;tRNA;1774956;102;;gaa
;tRNA;1775134;102;;gaa
;tRNA;1775312;253;;gaa
;tRNA;1775641;102;;gaa
;tRNA;1775819;102;;gaa
;tRNA;1775997;102;;gaa
;tRNA;1776175;102;;gaa
;tRNA;1776353;47;;gaa
;tRNA;1776476;977;;gcc
fin;CDS;1777529;;comp;
deb;CDS;1928606;113;comp;
;misc_feature;1930303;474;comp;
fin;CDS;1930887;;;
deb;CDS;2079870;876;;
16s;rRNA;2081301;348;;
23s;rRNA;2083192;132;;
5s;rRNA;2086219;304;;
fin;CDS;2086639;;comp;
deb;CDS;2142913;136;;
;tRNA;2143274;134;comp;ccc
fin;CDS;2143485;;comp;
deb;CDS;2225993;125;;
;regulatory;2226508;52;;
fin;CDS;2226691;;;
deb;CDS;2365103;455;comp;
;tRNA;2366164;40;comp;atgf
;tRNA;2366281;40;comp;atgf
;tRNA;2366398;40;comp;atgf
;tRNA;2366515;383;comp;atgf
fin;CDS;2366975;;;
deb;CDS;2374251;254;comp;
;tRNA;2376218;216;;tca
fin;CDS;2376525;;;
deb;CDS;2379066;152;;
;tRNA;2379767;13;;ggc
;tRNA;2379856;85;;tgc
;tRNA;2380015;530;;tta
fin;CDS;2380631;;;
deb;CDS;2548825;595;;
;tRNA;2550857;13;;ggc
;tRNA;2550946;95;;tgc
;tRNA;2551115;634;;tta
;tRNA;2551835;95;;tgc
;tRNA;2552004;479;;tta
;tRNA;2552569;132;;tgc
;tRNA;2552775;545;;tta
fin;CDS;2553406;;comp;
deb;CDS;2556685;89;;
;tRNA;2558019;184;;tca
fin;CDS;2558294;;comp;
deb;CDS;2716829;98;;
;tRNA;2717566;178;;tcc
fin;CDS;2717834;;comp;
deb;CDS;2758794;192;comp;
;tRNA;2759262;128;comp;cat
;tRNA;2759496;128;comp;cat
;tRNA;2759730;189;comp;atgf
;tRNA;2759996;45;comp;atgf
;tRNA;2760118;2;comp;gtc
;tRNA;2760197;35;comp;atgf
;tRNA;2760309;13;comp;gtc
;tRNA;2760399;353;comp;atgf
fin;CDS;2760829;;comp;
deb;CDS;2858049;291;comp;
;tRNA;2858823;30;;tac
;tRNA;2858938;85;;tac
;tRNA;2859108;107;;tac
;tRNA;2859300;107;;tac
;tRNA;2859492;315;;tac
fin;CDS;2859892;;;
deb;CDS;2863253;1011;comp;
;tRNA;2866268;45;;aac
;tRNA;2866389;41;;aac
;tRNA;2866506;26;;aac
;tRNA;2866608;32;;aac
;tRNA;2866716;33;;aac
;tRNA;2866825;40;;aac
;tRNA;2866941;187;;aac
fin;CDS;2867204;;;
deb;CDS;2904901;188;comp;
;regulatory;2907051;230;comp;
fin;CDS;2907380;;comp;
deb;CDS;2926979;572;comp;
;tRNA;2929429;97;comp;gac
;tRNA;2929603;97;comp;gac
;tRNA;2929777;83;comp;gac
;tRNA;2929937;124;comp;gac
fin;CDS;2930138;;comp;
deb;CDS;3118298;830;comp;
;tRNA;3120289;58;comp;aaa
;tRNA;3120423;58;comp;aaa
;tRNA;3120557;58;comp;aaa
;tRNA;3120691;59;comp;aaa
;tRNA;3120826;57;comp;aaa
;tRNA;3120959;58;comp;aaa
;tRNA;3121093;58;comp;aaa
;tRNA;3121227;59;comp;aaa
;tRNA;3121362;58;comp;aaa
;tRNA;3121496;59;comp;aaa
;tRNA;3121631;59;comp;aaa
;tRNA;3121766;193;comp;aaa
fin;CDS;3122035;;comp;
deb;CDS;3243130;634;;
;ncRNA;3244382;176;comp;
fin;CDS;3244655;;comp;
deb;CDS;3268300;255;comp;
;tRNA;3269860;8;comp;cac
;tRNA;3269944;63;comp;aga
;tRNA;3270084;465;comp;cca
fin;CDS;3270626;;;
deb;CDS;3757370;157;comp;
;tRNA;3757983;103;comp;atgf
;tRNA;3758163;114;comp;ctc
fin;CDS;3758364;;comp;
deb;CDS;3834636;162;comp;
;tRNA;3835257;51;comp;caa
;tRNA;3835383;131;comp;cta
;tRNA;3835599;20;comp;caa
;tRNA;3835694;96;comp;cta
;tRNA;3835875;49;comp;caa
;tRNA;3835999;211;comp;cta
;tRNA;3836295;5;comp;atgj
;tRNA;3836377;47;comp;caa
;tRNA;3836499;55;comp;cta
;tRNA;3836639;5;comp;atgj
;tRNA;3836721;47;comp;caa
;tRNA;3836843;55;comp;cta
;tRNA;3836983;495;comp;atgj
fin;CDS;3837555;;comp;
deb;CDS;3862357;180;comp;
;tRNA;3862885;167;comp;tgg
;tRNA;3863129;160;comp;tgg
fin;CDS;3863366;;comp;
deb;CDS;3865578;454;;
5s;rRNA;3867049;132;comp;
23s;rRNA;3867297;348;comp;
16s;rRNA;3870540;807;comp;
fin;CDS;3872890;;;
deb;CDS;3879732;289;comp;
;tRNA;3882154;187;;ttc
fin;CDS;3882417;;comp;
deb;CDS;3930329;122;comp;
;regulatory;3932305;233;comp;
fin;CDS;3932761;;comp;
deb;CDS;4051244;82;;
;ncRNA;4051647;251;;
fin;CDS;4052080;;comp;
deb;CDS;4130284;211;comp;
;regulatory;4131260;506;comp;
fin;CDS;4131919;;comp;
deb;CDS;4146436;183;;
;regulatory;4146892;94;;
fin;CDS;4147086;;;
deb;CDS;4330369;663;comp;
;tRNA;4331488;20;comp;ggc
;tRNA;4331584;13;comp;ggt
;tRNA;4331694;47;comp;ggc
;tRNA;4331817;47;comp;ggc
;tRNA;4331940;15;comp;ggt
;tRNA;4332055;16;comp;ggc
;tRNA;4332147;48;comp;ggc
;tRNA;4332271;113;comp;ggc
fin;CDS;4332460;;comp;
deb;CDS;4446808;66;comp;
;regulatory;4449058;441;comp;
fin;CDS;4449582;;;
deb;CDS;4452358;212;comp;
;regulatory;4453881;104;;
fin;CDS;4454085;;;
deb;CDS;4615072;798;;
5s;rRNA;4616881;132;comp;
23s;rRNA;4617129;371;comp;
;tRNA;4620395;65;comp;gca
;tRNA;4620536;74;comp;atc
16s;rRNA;4620687;206;comp;
fin;CDS;4622436;;comp;
deb;CDS;5003438;-13;comp;
;regulatory;5004406;257;comp;
fin;CDS;5004800;;;
deb;CDS;5129088;427;comp;
;tRNA;5129770;100;comp;gac
5s;rRNA;5129947;133;comp;
23s;rRNA;5130196;349;comp;
16s;rRNA;5133440;611;comp;
fin;CDS;5135594;;comp;
&lt;/pre&gt;

====spl intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;;
spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5
;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10
;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7
;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6
;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6
;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6
;'''total 4213;&lt;201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6
3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3
2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5
4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6
3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6
1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2
5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7
1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4
4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1
5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3
1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3
4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4
1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4
1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2
897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3
1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1
4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3
1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2
3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1
1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4
1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2
2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3
600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1
1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2
3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2
223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1
3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3
967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3
4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3
4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1
3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1
750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0
2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0
2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2
2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2
2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0
4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0
2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1
3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;41;1060;0
4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0
1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0
4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0
2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0
2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1
4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0
2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0
1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1
2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2
2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2
2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2
4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1
4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0
1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0
4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14
3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167
;;;;470;19;;1400;0;305;20;;
;;;;480;12;;1450;1;310;16;;
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;;
4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;;
4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;;
2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;;
4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;;
5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;;
4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;;
1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;;
1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;;
164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;;
5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;;
73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;;
2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;;
2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;&gt;0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;&lt;0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;&gt;0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;&lt;0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0
270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1
280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2
290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0
300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0
310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3
320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0
330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1
340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0
350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0
360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0
370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1
380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0
390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0
400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1
reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0
total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1
diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0
 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;5
;;;;;;;;;;;;total;12;414
;;;;;;;;;;;;-52;1;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]]
9.6.21 Paris
&lt;pre&gt;
spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12
continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 Paris
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12
;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414
&lt;/pre&gt;

====spl autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp
;$rRNA;45140;349;;;;&amp;tRNA;1339706;52;comp;;;&amp;tRNA;2379767;13;;;;&amp;tRNA;3757983;103;comp
;$rRNA;47032;132;;;;&amp;tRNA;1339834;539;comp;;;&amp;tRNA;2379856;85;;;;&amp;tRNA;3758163;114;comp
;$rRNA;50059;1319;;;;&amp;tRNA;1340449;52;comp;;;&amp;tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp
;$rRNA;51494;349;;;;&amp;tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp
;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&amp;tRNA;3835257;51;comp
;$rRNA;56413;339;;;;&amp;tRNA;1342467;52;comp;;;&amp;tRNA;2550857;13;;;;&amp;tRNA;3835383;131;comp
fin;°CDS;56868;;comp;;;&amp;tRNA;1342595;441;comp;;;&amp;tRNA;2550946;95;;;;&amp;tRNA;3835599;20;comp
deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&amp;tRNA;2551115;634;;;;&amp;tRNA;3835694;96;comp
;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&amp;tRNA;2551835;95;;;;&amp;tRNA;3835875;49;comp
fin;°CDS;146933;;;;;&amp;tRNA;1456724;21;;;;&amp;tRNA;2552004;479;;;;&amp;tRNA;3835999;211;comp
deb;°CDS;181132;687;comp;;;&amp;tRNA;1456837;30;;;;&amp;tRNA;2552569;132;;;;&amp;tRNA;3836295;5;comp
;$rRNA;182275;74;;;;&amp;tRNA;1456944;32;;;;&amp;tRNA;2552775;545;;;;&amp;tRNA;3836377;47;comp
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;;;;;;;&amp;tRNA;2376218;216;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;2376525;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_tRNA|spl intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
spl ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;;;
108 aas;pas de comp’;;;;;;;;;;;
aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
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;;;;;;;;;;deb;fin;total
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;;;;;;;;;taux;42%;39%;40%
&lt;/pre&gt;

===Vibrio parahaemolyticus===
====vpb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]]
&lt;pre&gt;
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;
&lt;/pre&gt;
====vpb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]]
&lt;pre&gt;
vpb cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200;
;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300;
;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400;
;max a;6;80;9;2;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600;
;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700;
;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800;
sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900;
;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000;
;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100;
;a doubles;8;;1;0;;;;;;
;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0
total aas;;126;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;;
;;;variance;29;22;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;;
;;;variance;17;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]]
&lt;pre&gt;
vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
&lt;/pre&gt;
====vpb1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite;
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;;
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;;
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;;
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;;
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;;
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;;
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;;
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;;
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;;
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;;
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;;
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;;
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;;
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;;
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;;
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====vpb2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;;
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;;
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;;
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra;
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vpb1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
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deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
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;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
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;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
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deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
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fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
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deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
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;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
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;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
&lt;/pre&gt;

=====vpb2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia albertii===
====eal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]]
&lt;pre&gt;
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s   7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
&lt;/pre&gt;

====eal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]]
&lt;pre&gt;
eal cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;13;140;0;;350;;140;;800;
sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;2;;;;;;;
;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0
total aas;;84;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;;
;;;variance;59;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]]
&lt;pre&gt;
eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;
&lt;/pre&gt;
====eal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc
;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;;
;;;;;;;;;;;;460;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====eal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
deb;;CDS;14985;15332;-348;*;
;;mobile_el;14985;16921;-1540;*;
;;gene;15382;16569;549;*;
fin;;CDS;17119;18501;;;
deb;comp;CDS;34568;34681;26;*;
;;gene;34708;38448;-4;*;
fin;;CDS;38445;39989;;;
deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*;
;;gene;99769;99909;51;*;
fin;;CDS;99961;100896;;0;
deb;comp;CDS;102850;103833;195;*;
;;gene;104029;105320;30;*;
fin;comp;CDS;105351;105914;;0;
deb;;CDS;191840;192184;85;*;
;comp;gene;192270;193340;282;*;
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;comp;tRNA;4242952;4243024;324;*;aac
fin;;CDS;4243349;4243624;;;
deb;comp;CDS;4244552;4246090;-1539;*;
;comp;mobile_el;4244552;4246433;-294;*;
;comp;gene;4246140;4246433;4;*;
;;gene;4246438;4246626;-189;*;
;;mobile_el;4246438;4247675;-1072;*;
;;gene;4246604;4246804;-20;*;
fin;;CDS;4246785;4247675;;;
deb;;CDS;4247983;4248300;41;*;
;comp;tRNA;4248342;4248414;100;*;aac
deb;comp;CDS;4248515;4249312;93;*;
;;tRNA;4249406;4249492;55;*;tcg
fin;comp;CDS;4249548;4250573;;;
deb;;CDS;4255597;4256646;49;*;
;;tRNA;4256696;4256768;100;*;atgi
;;tRNA;4256869;4256942;502;*;aga
deb;;CDS;4257445;4257576;916;*;
;;mobile_el;4258493;4258858;-43;*;
fin;;CDS;4258816;4260225;;0;
deb;;CDS;4261965;4262312;-348;*;
;;mobile_el;4261965;4263900;-1539;*;
fin;;CDS;4262362;4263900;;;
deb;;CDS;4278068;4278370;12;*;
;;gene;4278383;4279027;137;*;
fin;;CDS;4279165;4280583;;;
deb;comp;CDS;4287685;4287954;8;*;
;comp;gene;4287963;4288700;-1;*;
fin;comp;CDS;4288700;4289068;;;
deb;comp;CDS;4304648;4305058;24;*;
;comp;gene;4305083;4306483;264;*;
fin;;CDS;4306748;4308007;;;
deb;;CDS;4317280;4317828;151;*;
;;tRNA;4317980;4318052;56;*;ggc
;;tRNA;4318109;4318179;14;*;tgc
;;tRNA;4318194;4318277;712;*;tta
;;gene;4318990;4319154;-165;*;
;;mobile_el;4318990;4320203;-1072;*;
;;gene;4319132;4319332;-20;*;
fin;;CDS;4319313;4320203;;0;
deb;;CDS;4377172;4377537;-366;*;
;;mobile_el;4377172;4378400;-906;*;
fin;;CDS;4377495;4378400;;;
deb;;CDS;4378416;4378562;151;*;
;;gene;4378714;4380770;-4;*;
fin;comp;CDS;4380767;4381429;;;
deb;comp;CDS;4437118;4437621;42;*;
;comp;gene;4437664;4439143;179;*;
fin;comp;CDS;4439323;4440657;;;
deb;;CDS;4448284;4448556;1106;*;
;;gene;4449663;4450085;305;*;
fin;;CDS;4450391;4451527;;;
deb;;CDS;4461624;4462049;-426;*;
;;mobile_el;4461624;4464040;-1995;*;
fin;;CDS;4462046;4462396;;;
deb;comp;CDS;4483177;4484004;198;*;
;;gene;4484203;4484540;298;*;
fin;;CDS;4484839;4485159;;;
deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*;
;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc
;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc
fin;;CDS;4557206;4558462;;0;
deb;;CDS;4580951;4581385;46;*;
;comp;gene;4581432;4581897;273;*;
fin;;CDS;4582171;4583292;;;
deb;;CDS;4603717;4604412;51;*;
;;gene;4604464;4604628;-165;*;
;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*;
;;gene;4604606;4604806;-20;*;
fin;;CDS;4604787;4605677;;0;
deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*;
;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*;
fin;comp;CDS;4658477;4658842;;;
deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*;
;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*;
fin;comp;CDS;4662051;4662401;;;
deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*;
;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*;
fin;;CDS;4681342;4681845;;0;
deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*;
;;gene;4698399;4698569;7;*;
;;gene;4698577;4699832;109;*;
fin;;CDS;4699942;4701063;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli===
====eco opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]]
&lt;pre&gt;
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;
50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP
;223771..225312;;16s;;68;opéron;
;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30045]
;225500..225575;;gca;;183;« ;
;225759..228662;;23s;;93;« ;
;228756..228875;;5s;@1;52;« ;
;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30024]
;;;;;;;
;236931..237007;;gac;;;;
;;;;;;;
;262871..262946;;acg;;;;
;;;;;;;
;564723..564799;;aga;;;;
;;;;;;;
comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron;
comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30029]
comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ;
comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ;
comp;696865..696939;;caa;;23;« ;
comp;696963..697047;;cta;;9;« ;
comp;697057..697133;;atg;;;;
;;;;;;;
;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30055]
;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron;
;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ;
;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6389]
;781147..781222;;aaa;;146;opéron;
;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6391]
;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6392]
;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30055&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
;;;;;;;
comp;1031625..1031712;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;1097565..1097652;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr;
comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron;
comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30106]
;;;;;;;
; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30111]
; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron;
;;;;;;«RNA 67pb;
comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1983402/2000314]
comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ;
comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron;
;;;;;;;
comp;2043468..2043557;;tcg;;;;
;;;;;;;
;2044549..2044624;;aac;;;;
;;;;;;;
comp;2058027..2058102;;aac;;;;
;;;;;;;
; 2059851..2059926;;aac;;;;
;;;;;;;
;2062260..2062335;;aac;;;;
;;;;;;;
;2286211..2286287;;ccc;;;;
;;;;;;;
;2466309..2466383;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30012]
comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron;
;;;;;;;
;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30110]
;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron;
;2521173..2521248;;gta;;4;« ;
;2521253..2521328;;aaa;;;« ;
;;;;;;;
comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron;
comp;2726281..2729184;;23s;;184;;
comp;2729369..2729444;;gaa;;171;;
comp;2729616..2731157;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2785762..2785837;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ;
comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ;
comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ;
comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron;
comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30013]
;;;;;;;
;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron;
;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG31117]
;2947607..2947683;;atgf;;;« ;
;;;;;;;
comp;2998984..2999057;;ggg;;;;
;;;;;;;
;3110366..3110441;;ttc;;;;
;;;;;;;
;3215598..3215673;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;3318213..3318289;;atgf;;;;
;;;;;;;
comp;3322072..3322158;;ctc;;;;
;;;;;;;
comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ;
comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ;
comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ;
comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ;
comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ;
comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30044]
comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron;
;;;;;;;
comp;3708616..3708692;;ccg;;;;
;;;;;;;
;3836222..3836316;;tga;;;;
;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons]
;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30033]
;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron;
;3943704..3946607;;23s;;92;« ;
;3946700..3946819;;5s;;52;« ;
;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30023]
;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30105]
;;;;;;;
;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30017]
;3982509..3982585;;cac;;20;opéron;
;3982606..3982692;;ctg;;42;« ;
;3982735..3982811;;cca;;;« ;
;;;;;;;
;4035531..4037072;;16s;;68;opéron;
;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30043]
;4037260..4037335;;gca;;183;« ;
;4037519..4040423;;23s;;93;« ;
;4040517..4040636;;5s;;;« ;
;;;;;;;
;4166659..4168200;;16s;;171;opéron;
;4168372..4168447;;gaa;;193;;
;4168641..4171544;;23s;;92;;
;4171637..4171756;;5s;;;;
;;;;;;;
;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30101]
;4175472..4175556;;tac;;116;opéron;
;4175673..4175747;;gga;;6;« ;
;4175754..4175829;;acc;;114;« ;
;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
&lt;/pre&gt;
====eco cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]]
&lt;pre&gt;
eco cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;14;140;2;;350;;140;;800;
sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;2;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;1;;;;;;;
;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0
total aas;;86;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;;
;;;variance;60;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eco cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]
&lt;pre&gt;
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4487991/4504903]
&lt;/pre&gt;
====eco blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]]
&lt;pre&gt;
eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;
&lt;/pre&gt;
====eco distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eco données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x;
;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag
;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag
;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa
;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta
;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa
;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa
;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta
;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa
;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac
;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc
;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc
;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc
;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc
;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa
;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt
;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt
;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf
;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf
;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg
;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg
;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac
;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg
5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca
29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg
&lt;/pre&gt;
=====eco autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
deb;comp;CDS;238257;238736;9;;
;comp;gene;238746;239084;105;*;
;;gene;239190;239378;40;*;
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;;gene;4574135;4576855;56;*;
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;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;;
eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738
;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29
;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203
;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174
;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176
;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99
;'''total 4024;&lt;201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67
4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56
2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87
2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80
2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72
4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82
767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72
1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66
310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60
1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57
1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52
3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50
2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49
2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58
3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56
1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56
2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64
83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40
2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51
4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34
4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53
1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41
2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49
4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26
582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52
4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51
3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30
384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36
3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36
1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34
1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28
985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36
88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32
4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31
654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30
1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39
;;34;15;280;37;;total;767;210;33
;;35;12;290;38;;;;215;29
;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;37
;;37;18;310;22;;600;3992;225;16
;;38;13;320;29;;610;4;230;24
;;39;°22;330;18;;620;5;235;19
;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22
;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24
;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17
;;;;370;19;;660;3;255;19
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28
164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15
2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12
492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23
4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14
1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21
3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17
3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17
10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9
1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10
3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12
578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14
508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15
3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8
16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10
1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10
4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8
1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7
3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4
3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13
1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7
2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13
19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6
257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174
279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;&gt;0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;&lt;0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;&gt;0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;&lt;0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11
continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94
;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644
&lt;/pre&gt;

====eco autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116;
;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121;
fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;;
deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4;
;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0;
fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713;
deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;;
;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24;
fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94;
deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;;
;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104;
deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245;
;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&amp;tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;;
fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261;
deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382;
;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;;
fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274;
deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149;
;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152;
;&amp;tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;;
;&amp;tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628;
;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1;
;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049;
;&amp;tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73;
fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247;
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;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&amp;tRNA;4606315;267;comp
;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
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;;;;;162;;67;14;;
;;;132;;327;;74;78;;
;;;114;;;;75;91;'''deb;
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;;comp’;343;;253;;114;114;;
;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin;
;;comp’;735;comp’;233;;132;151;&lt;201;11
;209;;67;;159;;155;159;total;20
;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55%
;12 54;;-;;151;;206;235;;
;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total;
;;;100;;313;;210;267;&lt;201;21
;;comp’;452;;100;;280;313;total;37
;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57%
;;comp’;326;comp’;55;;750;327;;
;;;74;;;;910;379;;
;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls
;39;comp’;208;;235;;4;37;;
;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;;
;;;750;;;;124;55;'''deb;
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;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17
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;;;105;comp’;148;;208;148;;
;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin;
;;;206;comp’;347;;258;264;&lt;201;7
;;;458;;14;;292;347;total;11
;;;910;;91;;307;426;taux;64%
;;comp’;292;;;;326;'''-;;
;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total;
;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;&lt;201;12
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;;;;;106;;569;'''-;taux;43%
;36 35;;210;;233;;735;'''-;;
;;comp’;195;;;;;;;
;34 28;comp’;38;;267;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;&lt;201;15;18;33
;;;;;;;total;34;31;65
;;;;;;;taux;44%;58%;51%
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli Nissle 1917===
====ecoN opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s  10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
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comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
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;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
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;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
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;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
&lt;;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
&lt;;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
&gt;;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
&lt; comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
&lt;&gt; comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
&lt; comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
&lt;;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
&gt;;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
&lt;;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp &gt;;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
&gt;;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
&lt; comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
&lt; comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
&lt;/pre&gt;

====ecoN cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]]
&lt;pre&gt;
ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]]
&lt;pre&gt;
ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;

====ecoN eco====
=====ecoN eco tableaux=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&amp;;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&amp;1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&amp;1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&amp;1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&amp;2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;;;;;237403..237518;$5s;54;&amp;116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71
;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;;
;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&amp;1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp &gt;;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&amp;2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;;
;;564723..564799;aga;15;;;;;;632286..632362;aga;15;;;;;comp;5344729..5346282;$16s;]1063;&amp;1554;
;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;;
;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&amp;1554;
eco5;;695101..696276;cds;31;392;@octaprenyl;;ecoN5;;733188..734363;CDS;153;392;@octaprenyl;;;comp;5349516..5350088;CDS;[187;191;]D-glycero
;comp;696308..696378;rpr;51;&amp;71;rpt71;;;comp;734517..734591;°cag;37;;;;;&gt;;5350276..5350914;CDS;;213;ABC MetN
;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&amp;120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&amp;120;
;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&amp;2904;
;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;;
;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;;
;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&amp;1542;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA
eco6;;779598..780389;cds;164;264;@ cell CpoB;;ecoN6;;807377..808169;CDS;164;264;@ p-cell CpoB;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;]pu-ABC
;;780554..780629;°aaa;135;;;;;;808334..808409;°aaa;35;;;;;comp;3785374..3785489;$5s;]39;&amp;116;
;;780765..780840;gta;2;;;;;;808445..808520;gta;2;;;;;comp;3785529..3785605;acc;]14;;
;;780843..780918;°aaa;149;;;;;;808523..808598;°aaa;51;;;;;comp;3785620..3785735;$5s;]777;&amp;116;
;;781068..781143;gta;3;;;;;;808650..808725;gta;3;;;;;comp;3786513..3786588;acc;]14;;
;;781147..781222;°aaa;146;;;;;;808729..808804;°aaa;48;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;]1834;&amp;116;
;;781369..781444;°aaa;132;;;;;;808853..808928;°aaa;33;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;
;;781577..781652;°aaa;432;;;;;;808962..809037;°aaa;277;;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase
;;782085..783128;cds;;348;@quino;;;;809315..810358;CDS;;348;@quino NadA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco7;;923264..925540;cds;343;759;@ATP ClpA;;ecoN7;;950069..952345;CDS;343;759;@ATP ClpA;;EcoN 59;&gt;;5433568..5433687;CDS;39;40;§p-Nam
;comp;925884..925971;tcc;253;;;;;comp;952689..952776;tcc;253;;;;ok;comp;5433727..5433814;tcc;253;;
;comp;926225..926443;cds;;73;@tif IF-1;;;comp;953030..953248;CDS;;73;@tif IF-1;;;comp;5434068..5434286;CDS;;73;@tif IF-1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;;
;comp;1031625..1031712;tca;426;;;;;comp;1048090..1048177;tca;426;;;;;;;;;;
;;1032139..1033257;cds;;373;@Hnase1;;;;1048604..1049722;CDS;;373;@Hnase1;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco9;;;;;;;;ecoN9;;1183656..1184018;CDS;463;121;hp-121;;;;;;;;
;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt; comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco10;;1095843..1096829;cds;735;329;§un-YcdU;;ecoN10;;1213982..1214809;CDS;165;276;§DUF4942;;;;;;;;
;comp;1097565..1097652;tcc;233;;;;;comp;1214975..1215062;tcc;233;;;;;;;;;;
;;1097886..1098824;cds;;313;@glyoxylate A;;;;1215296..1216234;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;;
;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco12;;1286709..1286984;cds;81;92;§p-un-YchS;;ecoN12;;1457038..1458129;CDS;16;364;§acyl-CoA ;;;;;;;;
;comp;1287066..1287236;ncRNA;-150;&amp;171;§RttR sRNA;;;comp;1458146..1458277;ncRNA;46;44;§RtT sRNA;;;;;;;;
;comp;1287087..1287176;cds;67;30;§tpr;;;comp;1458324..1458408;°tac;33;;;;;;;;;;
;comp;1287244..1287328;°tac;209;;;;;comp;1458442..1458526;°tac;159;;;;;;;;;;
;comp;1287538..1287622;°tac;159;;;;;comp;1458686..1459528;CDS;;281;@fTHF;;;;;;;;
;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN13;comp;1829066..1830322;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco13;;;;;;;;;;1830630..1830706;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;*****;°gtc;*****;;;;;;1830711..1830787;°gtc;6;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;&lt;;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN14;comp;1831218..1832474;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&lt;;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco15;comp;1744871..1746127;cds;307;419;%adhes YdhQ;;ecoN15;comp;1833321..1834577;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
;; 1746435..1746511;°gtc;4;;;;;;1834885..1834961;°gtc;4;;;;;;;;;;
;; 1746516..1746592;°gtc;107;;;;;;1834966..1835042;°gtc;108;;;;;;;;;;
;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;&lt;;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2729616..2731157;$16s;442;&amp;1542;;;;comp;2966169..2967720;$16s;441;&amp;1552;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3110590..3111126;cds;;179;§pu-ssM;;;;3342134..3343399;CDS;;422;§arm-type;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;&gt;;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco34;comp;3319988..3321613;cds;458;542;%pu-hydrolase;;ecoN34;comp;3683966..3685591;CDS;456;542;%Pet;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
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;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;&gt; comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&amp;1255;
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;;4035531..4037072;$16s;68;&amp;1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&amp;1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;&gt;;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&amp;2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&amp;3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&amp;120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&amp;116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&amp;36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;&lt; comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&amp;1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&amp;1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&amp;2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&amp;116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&amp;120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&amp;2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&amp;116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&amp;116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&amp;2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&amp;1189;;;;&lt;;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&amp;1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&amp;2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&amp;2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&amp;116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&amp;120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;&lt; comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&amp;163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;&lt;&gt; comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&amp;36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&amp;34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;&lt; comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
&lt;/pre&gt;
=====ecoN eco noms cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]]
&lt;pre&gt;
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO,  misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note=&quot;cryptic prophage CP4-6&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note=&quot;cryptic prophage DLP12&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other  71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene=&quot;yjdQ&quot;;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
&lt;/pre&gt;
====ecoN données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;;
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;;
;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;;
;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====ecoN autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ecoN;;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur
fin;;CDS;190;255;;;;
deb;;CDS;231864;232436;365;*;;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa;
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac;
fin;;CDS;237812;238615;;1;;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac;
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg;
fin;;CDS;368927;369265;;0;;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;;
fin;;CDS;556537;556890;;0;;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga;
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag;
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag;
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj;
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa;
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa;
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta;
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj;
fin;comp;CDS;735603;737267;;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa;
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta;
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa;
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta;
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa;
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa;
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa;
fin;;CDS;809315;810358;;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;953030;953248;;;;
deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*;;
;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca;
fin;;CDS;1048604;1049722;;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga;
fin;comp;CDS;1184837;1185786;;;;
deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc;
fin;;CDS;1215296;1216234;;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc;
fin;;CDS;1217586;1218524;;;;
deb;;CDS;1457038;1458129;16;*;;
;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;;
;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac;
;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac;
fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;;
deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;;
;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc;
;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc;
fin;;CDS;1830794;1831177;;0;;
deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;;
;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc;
;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc;
fin;;CDS;1832948;1833280;;0;;
deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc;
;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc;
fin;;CDS;1835151;1835456;;;;
deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;;
;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;;
fin;;CDS;1858893;1859249;;;;
deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;;
;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta;
;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc;
;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc;
fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;;
deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;;
;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg;
deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;;
;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac;
fin;;CDS;2193884;2195146;;0;;
deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;;
;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc;
fin;;CDS;2234179;2235096;;;;
deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;;
;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac;
deb;;CDS;2236266;2237909;100;*;;
;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac;
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;;
deb;;CDS;2546968;2548728;74;*;;
;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc;
fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0;;
deb;;CDS;2717780;2718712;75;*;;
;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg;
fin;comp;CDS;2719300;2719818;;;;
deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*;;
;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc;
;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc;
fin;;CDS;2771551;2771910;;;;
deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*;;
;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta;
;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta;
;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta;
;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa;
fin;comp;CDS;2774536;2775420;;;;
deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*;;
;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s;116
;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s;2645
;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa;
;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s;1540
fin;comp;CDS;2968162;2970735;;;;
deb;;CDS;2991343;2991825;214;*;;
;;tmRNA;2992040;2992402;88;*;;
fin;comp;CDS;2992491;2992679;;;;
deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*;;
;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt;
;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt;
;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt;
;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt;
;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt;
;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc;
fin;comp;CDS;3029101;3029286;;;;
deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*;;
;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf;
;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf;
;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf;
fin;;CDS;3159575;3160075;;;;
deb;;CDS;3230172;3231401;316;*;;
;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg;
fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0;;
deb;;CDS;3287195;3287524;41;*;;
;;ncRNA;3287566;3287749;20;*;;
fin;;CDS;3287770;3288372;;0;;
deb;;CDS;3341048;3341755;105;*;;
;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc;
fin;;CDS;3342134;3343399;;;;
deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*;;
;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi;
fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0;;
deb;;CDS;3620528;3620746;556;*;;
;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*;;
fin;comp;CDS;3621712;3622857;;;;
deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*;;
;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf;
fin;;CDS;3671310;3672155;;0;;
deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*;;
;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf;
fin;;CDS;3675018;3675869;;1;;
deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*;;
;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf;
fin;;CDS;3678877;3679722;;0;;
deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*;;
;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf;
fin;;CDS;3682615;3683958;;0;;
deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*;;
;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc;
fin;comp;CDS;3686149;3686481;;;;
deb;;CDS;3784553;3785311;62;*;;
;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s;116
;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc;
;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s;116
;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc;
;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s;116
;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa;
fin;;CDS;3789989;3790543;;1;;
deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*;;
;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg;
fin;comp;CDS;4081154;4082845;;;;
deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*;;
;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga;
fin;;CDS;4208036;4208857;;;;
deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*;;
;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s;1516
;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa;
;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s;2590
;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s;116
;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac;
;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg;
fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0;;
deb;;CDS;4377681;4379066;102;*;;
;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg;
;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac;
;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg;
;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca;
fin;;CDS;4379752;4380987;;0;;
deb;;CDS;4460971;4461516;377;*;;
;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s;1726
;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc;
;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca;
;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s;3270
;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s;116
fin;comp;CDS;4467642;4468169;;;;
deb;;CDS;4605577;4606434;374;*;;
;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s;1542
;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa;
;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s;116
fin;;CDS;4610166;4611194;;;;
deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*;;
;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca;
;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac;
;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga;
;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc;
fin;;CDS;4614053;4615237;;;;
deb;;CDS;4646462;4648150;436;*;;
;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa;
;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s;2451
;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s;116
fin;;CDS;4651595;4651978;;0;;
deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*;;
;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc;
fin;comp;CDS;4835341;4835916;;;;
deb;;CDS;4864628;4865173;210;*;;
;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc;
;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc;
;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc;
fin;;CDS;4865916;4865969;;1;;
deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*;;
;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg;
fin;comp;CDS;4975517;4976055;;;;
deb;;CDS;5042527;5042763;38;*;;
;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg;
;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg;
;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg;
fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0;;
deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*;;
;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s;1508
;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa;
fin;comp;CDS;5082543;5082754;;;;
deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*;;
;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa;
deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*;;
;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa;
;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc;
;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc;
;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa;
;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s;2451
;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s;116
fin;;CDS;5101169;5101552;;0;;
deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*;;
;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s;116
;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s;2491
fin;comp;CDS;5128754;5129323;;;;
deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*;;
;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga;
fin;;CDS;5254542;5255171;;;;
deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*;;
;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc;
fin;;CDS;5307399;5308450;;;;
deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*;;
;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc;
;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc;
;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc;
fin;;CDS;5322602;5322961;;;;
deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*;;
;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta;
;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta;
fin;;CDS;5325276;5325389;;0;;
deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*;;
;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s;2890
;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca;
;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc;
;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s;1542
;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca;
;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc;
;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s;1542
fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0;;
deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*;;
;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca;
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc;
;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s;1493
fin;comp;CDS;5363061;5363543;;;;
deb;;CDS;5425965;5426201;150;*;;
;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg;
;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg;
fin;comp;CDS;5426617;5427150;;;;
deb;;CDS;5433568;5433687;39;*;;
;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;;
deb;comp;CDS;5440863;5441019;189;*;;
&lt;/pre&gt;

===Vibrio campbellii===
====vha opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]]
&lt;pre&gt;
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;;
comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;;
comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;;
comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;;
comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156
comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182;
;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
comp;190817..190933;;5s;;107;;;;;
comp;191041..193955;;23s;;290;;;;;
comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;;
comp;194365..194441;;atc;;97;;;;;
comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;;
comp;196468..196584;;5s;;77;;;;;
comp;196662..199576;;23s;;290;;;;;
comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;;
comp;199986..200062;;atc;;97;;;;;
comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853
comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712;
;;;;;;;;;;
comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101
comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;;
comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;;
comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;;
comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;;
;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308;
;;;;;;;;;;
comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546
comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;;
comp;243159..243235;;gac;;32;;;;;
comp;243268..243384;;5s;;117;;;;;
comp;243502..246404;;23s;;310;;;;;
comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;;
comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;;
comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;;
comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554
;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;;
comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;;
comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83
comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45;
;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
;449605..451162;;16s;;122;;;;;
;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
;468291..468367;;cca;;46;;46;;;
;468414..468489;;cac;;64;;64;;;
;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242;
;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
&lt;/pre&gt;

====vha cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]]
&lt;pre&gt;
vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178
&lt;/pre&gt;

====vha blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]]
&lt;pre&gt;
vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;&lt;u&gt;86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;&lt;u&gt;371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&amp;cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&amp;cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&amp;cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;
&lt;/pre&gt;

====vha distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
&lt;/pre&gt;
====vha1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac
;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac
;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
&lt;/pre&gt;
====vha1 autres intercalaires aas====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
deb;comp;CDS;251637;253490;57;*;
;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
fin;;CDS;253934;255043;;0;
deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
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;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
;;regulatory;2485238;2485339;116;*;
fin;;CDS;2485456;2486832;;;
deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
autres intercalaires;;vha1;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
&lt;/pre&gt;

====vha2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;;
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;;
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;;
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;;
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vha2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;
&lt;/pre&gt;

===Aeromonas media WS===
====amed opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]]
&lt;pre&gt;
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
&lt;  comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
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;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;
&lt;/pre&gt;
====amed cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]]
&lt;pre&gt;
amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157
&lt;/pre&gt;

====amed blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]]
&lt;pre&gt;
amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;
&lt;/pre&gt;
====amed distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====amed autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
;;tmRNA;2954083;2954442;177;*;
fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
fin;;CDS;2979932;2981701;;;
deb;;CDS;3023194;3023487;75;*;
;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc
;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc
fin;;CDS;3024018;3027455;;0;
deb;;CDS;3044891;3045361;133;*;
;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg
fin;;CDS;3045965;3046882;;;
deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*;
;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*;
fin;;CDS;3054079;3054915;;0;
deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*;
;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*;
fin;;CDS;3095650;3096798;;0;
deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*;
;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca
fin;;CDS;3269003;3269752;;0;
deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*;
;;misc_f;3287630;3287752;38;*;
fin;;CDS;3287791;3288963;;0;
deb;;CDS;3290470;3291624;50;*;
;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg
fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0;
deb;;CDS;3334670;3335758;230;*;
;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac
;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac
;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac
fin;;CDS;3336456;3336731;;;
deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*;
;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*;
fin;comp;CDS;3385563;3389024;;;
deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
;;regulatory;3497555;3497645;99;*;
fin;;CDS;3497745;3498725;;;
deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*;
;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115
;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890
;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa
;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545
fin;;CDS;3512353;3515220;;;
deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg
fin;;CDS;3677664;3678182;;0;
deb;;CDS;3688045;3688872;369;*;
;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
fin;comp;CDS;3690111;3690299;;;
deb;;CDS;3886846;3887601;302;*;
;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac
;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115
;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca
;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc
;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545
fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*;
;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg
deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*;
;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac
fin;;CDS;3915324;3916262;;0;
deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*;
;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
fin;;CDS;3964119;3964703;;;
deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg
fin;comp;CDS;4027692;4028417;;;
deb;;CDS;4109413;4111986;99;*;
;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*;
;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
fin;;CDS;4121593;4122102;;;
deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*;
;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115
;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
;;regulatory;4628048;4628133;65;*;
fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
&lt;/pre&gt;

====amed données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;;
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;;
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===gamma synthèse===
====gamma distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]]
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
&lt;/pre&gt;

====gamma par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama  ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39
&lt;/pre&gt;
====gamma, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est  62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310
&lt;/pre&gt;

==alpha==
===rtb===
====rtb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;31.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
&lt;/pre&gt;

====rtb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]]
&lt;pre&gt;
rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86
&lt;/pre&gt;

====rtb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]]
====rtb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rtb données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;
;1;230;3;8;23;1;0;-24;0;0;181;;;;
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;
12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;;
16;42;total;185;506;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;;
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;;
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;;
;x;184;4;1;189;;;-49;0;0;23s 5s;;;;
;c;502;98;4;604;;;-50;1;0;228;;;;
;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;173;;;
&lt;/pre&gt;
=====rtb autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rtb;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7429;381;comp;
;tRNA;8851;368;comp;ttc
fin;CDS;9295;;;
deb;CDS;14663;108;;
;tRNA;18164;1394;;gaa
fin;CDS;19633;;comp;
deb;CDS;48065;278;comp;
;tRNA;48988;110;comp;atgf
fin;CDS;49175;;comp;
deb;CDS;73627;17;comp;
;tRNA;73947;139;comp;acc
fin;CDS;74161;;comp;
deb;CDS;155064;143;;
;tRNA;157307;167;;tgg
fin;CDS;157550;;;
deb;CDS;189738;411;;
;tRNA;190290;142;comp;acg
fin;CDS;190508;;comp;
deb;CDS;255010;736;;
23s;rRNA;256658;228;;
5s;rRNA;259646;173;;
fin;CDS;259934;;comp;
deb;CDS;291358;35;;
;tRNA;291879;1364;;atgj
fin;CDS;293320;;;
deb;CDS;335194;402;;
;tRNA;337399;633;;aac
fin;CDS;338107;;comp;
deb;CDS;440466;496;comp;
;tRNA;441430;31;;tgc
fin;CDS;441536;;;
deb;CDS;469056;218;comp;
;tRNA;470000;15;;aaa
;tRNA;470091;1922;;atc
fin;CDS;472090;;;
deb;CDS;564534;1530;comp;
;tRNA;567093;218;comp;tcc
fin;CDS;567399;;comp;
deb;CDS;583250;1278;;
;tRNA;585428;58;comp;tca
fin;CDS;585577;;comp;
deb;CDS;598723;26;;
;tRNA;599733;60;;cgg
;tRNA;599870;62;comp;caa
fin;CDS;600007;;comp;
deb;CDS;608541;176;comp;
;ncRNA;609386;248;comp;
fin;CDS;610018;;;
deb;CDS;644395;499;comp;
;tRNA;645245;1051;;gac
;tRNA;646373;222;comp;gcc
fin;CDS;646671;;comp;
deb;CDS;649389;452;comp;
;tRNA;650501;1274;;gtc
fin;CDS;651852;;comp;
deb;CDS;696163;1535;comp;
;tRNA;698934;1028;;cgt
fin;CDS;700039;;;
deb;CDS;727560;1164;comp;
;tRNA;729252;32;comp;cga
fin;CDS;729359;;comp;
deb;CDS;739215;181;;
;tRNA;740257;246;;ctc
deb;CDS;740590;1199;;
;tRNA;743160;1090;;ggc
fin;CDS;744325;;;
deb;CDS;775944;2466;comp;
16s;rRNA;780333;1854;comp;
fin;CDS;783686;;comp;
deb;CDS;814590;349;comp;
;tRNA;815173;68;comp;gta
fin;CDS;815317;;comp;
deb;CDS;829300;82;comp;
;tRNA;830567;95;comp;gga
;tRNA;830736;183;comp;tac
fin;CDS;831005;;;
deb;CDS;839520;382;;
;tRNA;840115;2009;;tta
fin;CDS;842210;;;
deb;CDS;876906;401;comp;
;tRNA;877991;145;;cac
fin;CDS;878213;;;
deb;CDS;911079;179;comp;
;tmRNA;911738;74;comp;
fin;CDS;912362;;;
deb;CDS;918938;951;;
;tRNA;920834;1945;;agc
fin;CDS;922871;;comp;
deb;CDS;941489;156;comp;
;ncRNA;942887;9;comp;
fin;CDS;943055;;comp;
deb;CDS;961209;41;comp;
;tRNA;962339;390;comp;atgi
fin;CDS;962806;;comp;
deb;CDS;1023375;1585;;
;tRNA;1025212;17;;cca
fin;CDS;1025306;;;
deb;CDS;1053321;2191;;
;tRNA;1056331;98;comp;aga
fin;CDS;1056506;;;
deb;CDS;1090984;14;;
;ncRNA;1091640;152;;
fin;CDS;1091886;;;
deb;CDS;1098776;40;comp;
;tRNA;1099281;145;comp;cta
fin;CDS;1099511;;comp;
deb;CDS;1102351;475;comp;
;tRNA;1103456;130;comp;aca
fin;CDS;1103661;;comp;
&lt;/pre&gt;

====rtb intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;;
rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez
;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1
;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2
;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1
;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3
;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2
;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3
;'''total 793;&lt;201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7
665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0
1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1
506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1
64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2
801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2
272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0
131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1
763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1
101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2
446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2
905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0
141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1
570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3
129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0
378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4
232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0
871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1
998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1
359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0
1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1
847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1
338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1
808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2
950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1
969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1
706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1
536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3
638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0
597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0
544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1
235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0
90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1
693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquencef;195;6;1010;1
422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1
678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1
476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1
1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2
270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2
687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1
49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1
247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0
398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0
577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2
676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2
425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1
915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0
;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2
;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0
;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2
;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2
384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0
523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44
362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793
864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;;
628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;;
1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;;
1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;;
511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;;
661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;;
710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;;
899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;;
1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;;
417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;;
276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;;
480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;;
981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;;
110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;;
415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;;
748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;;
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&amp;-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&amp;174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&amp;-36;44;-;598;poly;190;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;&gt;0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;&lt;0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;&gt;0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;&lt;0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3
continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4
;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98
&lt;/pre&gt;

====rtb autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3;
deb;     °CDS;7429;381;comp;;deb;     °CDS;564534;1530;comp;;deb;     °CDS;829300;82;comp
;     &amp;tRNA;8851;368;comp;;;     &amp;tRNA;567093;218;comp;;;     &amp;tRNA;830567;95;comp
fin;     °CDS;9295;;;;fin;     °CDS;567399;;comp;;;     &amp;tRNA;830736;183;comp
deb;     °CDS;14663;108;;;deb;     °CDS;583250;1278;;;fin;     °CDS;831005;;
;     &amp;tRNA;18164;1394;;;;     &amp;tRNA;585428;58;comp;;deb;     °CDS;839520;382;
fin;     °CDS;19633;;comp;;fin;     °CDS;585577;;comp;;;     &amp;tRNA;840115;2009;
deb;     °CDS;48065;278;comp;;deb;     °CDS;598723;26;;;fin;     °CDS;842210;;
;     &amp;tRNA;48988;110;comp;;;     &amp;tRNA;599733;60;;;deb;     °CDS;876906;401;comp
fin;     °CDS;49175;;comp;;;     &amp;tRNA;599870;62;comp;;;     &amp;tRNA;877991;145;
deb;     °CDS;73627;17;comp;;fin;     °CDS;600007;;comp;;fin;     °CDS;878213;;
;     &amp;tRNA;73947;139;comp;;deb;     °CDS;608541;176;comp;;deb;     °CDS;911079;179;comp
fin;     °CDS;74161;;comp;;;     ncRNA;609386;248;comp;;;     tmRNA;911738;74;comp
deb;     °CDS;155064;143;;;fin;     °CDS;610018;;;;fin;     °CDS;912362;;
;     &amp;tRNA;157307;167;;;deb;     °CDS;644395;499;comp;;deb;     °CDS;918938;951;
fin;     °CDS;157550;;;;;     &amp;tRNA;645245;1051;;;;     &amp;tRNA;920834;1945;
deb;     °CDS;189738;411;;;;     &amp;tRNA;646373;222;comp;;fin;     °CDS;922871;;comp
;     &amp;tRNA;190290;142;comp;;fin;     °CDS;646671;;comp;;deb;     °CDS;941489;156;comp
fin;     °CDS;190508;;comp;;deb;     °CDS;649389;452;comp;;;     ncRNA;942887;9;comp
deb;     °CDS;255010;736;;;;     &amp;tRNA;650501;1274;;;fin;     °CDS;943055;;comp
23s;     $rRNA;256658;228;;;fin;     °CDS;651852;;comp;;deb;     °CDS;961209;41;comp
5s;     $rRNA;259646;173;;;deb;     °CDS;696163;1535;comp;;;     &amp;tRNA;962339;390;comp
fin;     °CDS;259934;;comp;;;     &amp;tRNA;698934;1028;;;fin;     °CDS;962806;;comp
deb;     °CDS;291358;35;;;fin;     °CDS;700039;;;;deb;     °CDS;1023375;1585;
;     &amp;tRNA;291879;1364;;;deb;     °CDS;727560;1164;comp;;;     &amp;tRNA;1025212;17;
fin;     °CDS;293320;;;;;     &amp;tRNA;729252;32;comp;;fin;     °CDS;1025306;;
deb;     °CDS;335194;402;;;fin;     °CDS;729359;;comp;;deb;     °CDS;1053321;2191;
;     &amp;tRNA;337399;633;;;deb;     °CDS;739215;181;;;;     &amp;tRNA;1056331;98;comp
fin;     °CDS;338107;;comp;;;     &amp;tRNA;740257;246;;;fin;     °CDS;1056506;;
deb;     °CDS;440466;496;comp;;deb;     °CDS;740590;1199;;;deb;     °CDS;1090984;14;
;     &amp;tRNA;441430;31;;;;     &amp;tRNA;743160;1090;;;;     ncRNA;1091640;152;
fin;     °CDS;441536;;;;fin;     °CDS;744325;;;;fin;     °CDS;1091886;;
deb;     °CDS;469056;218;comp;;deb;     °CDS;775944;2466;comp;;deb;     °CDS;1098776;40;comp
;     &amp;tRNA;470000;15;;;16s;     $rRNA;780333;1854;comp;;;     &amp;tRNA;1099281;145;comp
;     &amp;tRNA;470091;1922;;;fin;     °CDS;783686;;comp;;fin;     °CDS;1099511;;comp
fin;     °CDS;472090;;;;deb;     °CDS;814590;349;comp;;deb;     °CDS;1102351;475;comp
;;;;;;;     &amp;tRNA;815173;68;comp;;;     &amp;tRNA;1103456;130;comp
;;;;;;fin;     °CDS;815317;;comp;;fin;     °CDS;1103661;;comp
&lt;/pre&gt;
====rtb intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;;
;;;;;;;;;;
;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb;
comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;&lt;201;9
comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19
;95;;17;;139;;40;62;taux;47%
;;;143;;167;;82;68;;
;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin;
;;;;;;;143;130;&lt;201;12
;;;35;;1364;;176;139;total;21
;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57%
;;comp’;496;;31;;278;145;;
;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total;
;;;1530;;218;;381;167;&lt;201;21
;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40
;;;26;;62;;402;222;taux;53%
;;;176;;248;;475;246;;
;;comp’;499;;222;;951;248;;
;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;;
;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;;
;;;1164;;32;;1530;1364;;
;;;181;;246;;'''-;1922;;
;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls
;;;349;;68;;218;98;'''deb;9
;;;82;comp’;183;;401;183;&lt;201;0
;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7
;;comp’;401;;145;;452;633;&lt;201;2
;;;951;comp’;1945;;496;1274;;
;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total;
;;;40;;145;;1278;1945;&lt;201;2
;;;475;;130;;1535;'''-;total;16
;;;;;;;2191;'''-;taux;13%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;9;14;23;;;;;
;;total;28;28;56;;;;;
;;taux;32%;50%;41%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===rpl===
====rpl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;30.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====rpl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89
&lt;/pre&gt;

====rpl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]]
====rpl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rpl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;;
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;;
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;;
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;;
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;;
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;;
;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;;
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;;
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
fin;comp;CDS;430965;432767;;0;
deb;;CDS;473867;474352;928;*;
;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
fin;comp;CDS;475398;475883;;;
deb;;CDS;506934;508007;183;*;
;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
deb;comp;CDS;612439;612639;143;*;
;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
deb;comp;CDS;656226;656870;296;*;
;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
fin;;CDS;777234;777863;;;
deb;;CDS;779197;780348;140;*;
;;tRNA;780489;780573;37;*;cta
fin;;CDS;780611;781075;;0;
deb;comp;CDS;786459;787982;143;*;
;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
fin;comp;CDS;856124;856357;;0;
deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
deb;;CDS;953564;954742;696;*;
;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
fin;comp;CDS;956429;957373;;;
deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*;
;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;
&lt;/pre&gt;

===rpm===
====rpm opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]]
&lt;pre&gt;
;20   m23s;17  m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s  7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp &lt;;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;*
comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;*
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;*
;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;*
comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;*
;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;*
;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;*
comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;*
comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;*
comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;*
comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;*
;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
&gt;;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;*
;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
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&gt;comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;*
;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;*
comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;*
;;;;;;;;;;;;*
;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;*
;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;*
;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;*
;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;*
;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;*
;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;*
;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;*
;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;*
comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;684188..685141;;cds;;323;323;;;318;;cation transporter;*
comp;685465..685539;;gtg;+;25;;25;;;;;*
comp;685565..685639;;gtg;2 gtg;195;195;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;691078..691773;;cds;;4;4;;;232;;ComF family protein;*
;691778..691897;;23s°;;72;;;;118;;;*
;691970..692084;;5s;;114;114;;;113;;;*
comp;692199..694505;;cds;;;;;;769;;VWA domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
comp;751560..751674;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;751747..752005;;23s°;;597;*597;;;257;;;*
;752603..752814;;rpr;@4;388;*388;;;21;;CRISPR;*
;753203..753760;;cds;;;;;;186;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;839981..840214;;cds;;4;4;;;78;;hp;*
comp;840219..840478;;16s°;;568;*568;;;258;;;*
comp;841047..844388;;cds;;;;;;1114;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;874585..875391;;cds;;88;88;;;269;;phosphoadenylyl-sulfate reductase;*
;875480..875556;;cac;;81;81;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;*
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comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;*
comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;*
;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;*
comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;*
comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;*
comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
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&lt; comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;*
;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;*
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;*
;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
&lt;;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
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comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;*
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comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;*
;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;*
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comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;*
comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;*
comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;*
;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
&gt;;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;*
comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
&lt; comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
&lt;;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
&lt;comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*
&lt;/pre&gt;

====rpm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71
&lt;/pre&gt;

====rpm blocs====
====rpm blocs protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]]
&lt;pre&gt;
23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein
&lt;/pre&gt;
====rpm blocs construits====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]]
*Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
*: - '''*''' jaune, ffff00
*: - '''$''' orange, ff6600
*: - '''?''' cyan, 66ffff
*: - '''§''' vert, 99ff33
*: - '''&amp;''' bleu, 00ccff
*: - '''(''' gris, dddddd
*: - enlever le '''gras''', et &lt;u&gt;surligne&lt;/u&gt;.
&lt;pre&gt;
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&amp;3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;232;&amp;methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;;b8;;&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&amp;glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&amp;methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;&lt;u&gt;1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&amp;3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;&lt;u&gt;1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;&lt;u&gt;1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&amp;glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;
&lt;/pre&gt;
====rpm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_distribution|rpm distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca &gt;1 16s;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc
2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg
4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg
35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg
31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg
;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg
;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;;;;;;;
;;;;;;;;;;;60;;;;;;;
;;;;;;;;;;;29;;;;;;;
;;;;;;;;;;;172;;;;;;;
;;;;;;;;;;;389;;;;;;;
;;;;;;;;;;;55;;;;;;;
;;;;;;;;;;;125;;;;;;;
;;;;;;;;;;;118;;;;;;;
;;;;;;;;;;;241;;;;;;;
;;;;;;;;;;;138;;;;;;;
;;;;;;;;;;;220;;;;;;;
;;;;;;;;;;;90;;;;;;;
;;;;;;;;;;;113;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpm;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
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;;tRNA;3833576;3833662;47;ctg
;;tRNA;3833710;3833796;153;ctg
;;tRNA;3833950;3834036;48;ctg
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fin;;CDS;3834419;3835039;;
deb;;CDS;3873358;299;81;
&lt;/pre&gt;

====rpm remarques====
=====rpm remarques texte=====
=====rpm listes=====
=====alpha codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_codes|alpha codes]]
&lt;pre&gt;
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
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ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

=====gamma codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]]
&lt;pre&gt;
19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74
&lt;/pre&gt;

===rru===
====rru opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s  4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*
&lt;/pre&gt;

====rru cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]]
&lt;pre&gt;
rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69
&lt;/pre&gt;

====rru blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]]
&lt;pre&gt;
rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====rru distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rru données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;
;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;
;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999;
1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;;
;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;;
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;;
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;;
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;;
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;;
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;;
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;;
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca
2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;;
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;;
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;;
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;;
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;;
;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra
1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca
;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc
2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;
;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;
1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;;
35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;;
34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;;
1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;
;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;;
;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rru autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rru;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;16232;163;comp;
;tRNA;17016;253;comp;ctg
fin;CDS;17356;;;
deb;CDS;117072;37;;
;tRNA;117325;299;comp;agg
fin;CDS;117701;;;
deb;CDS;149921;147;comp;
;tRNA;151241;136;;cgg
fin;CDS;151454;;comp;
deb;CDS;189941;841;;
16s;rRNA;192510;180;;1477
;tRNA;194189;66;;atc
;tRNA;194332;347;;gca
23s;rRNA;194755;119;;2758
5s;rRNA;197647;96;;115
;tRNA;197858;287;;atgf
deb;CDS;198222;222;comp;
;repeat_region;198678;145;;
fin;CDS;200012;;comp;
deb;CDS;211593;261;comp;
;repeat_region;213597;128;;
fin;CDS;214303;;comp;
deb;CDS;305449;257;comp;
;tRNA;306906;319;;cag
fin;CDS;307299;;comp;
deb;CDS;322896;406;comp;
;tRNA;324100;98;comp;caa
fin;CDS;324273;;comp;
deb;CDS;362552;224;;
;tRNA;363106;202;;gcc
;tRNA;363384;43;;gcc
fin;CDS;363503;;comp;
deb;CDS;407067;92;;
;tRNA;407699;141;;agc
fin;CDS;407932;;;
deb;CDS;419952;57;;
;repeat_region;420333;228;;
fin;CDS;423032;;comp;
deb;CDS;466945;115;;
;tRNA;468041;83;comp;tta
fin;CDS;468210;;comp;
deb;CDS;529650;67;;
;repeat_region;530056;180;;
fin;CDS;530734;;comp;
deb;CDS;536858;111;comp;
;regulatory;537266;38;;
fin;CDS;537511;;;
deb;CDS;559038;239;comp;
;tRNA;559697;170;;aag
fin;CDS;559943;;;
deb;CDS;571949;20;;
;regulatory;572902;194;;
fin;CDS;573329;;;
deb;CDS;794877;217;comp;
;tRNA;795406;86;;tcc
fin;CDS;795583;;;
deb;CDS;908584;1193;comp;
16s;rRNA;911379;178;;1477
;tRNA;913057;66;;atc
;tRNA;913200;346;;gca
23s;rRNA;913622;118;;2758
5s;rRNA;916513;95;;115
;tRNA;916723;738;;atgf
fin;CDS;917538;;;
deb;CDS;988887;204;;
;repeat_region;989382;533;;
fin;CDS;992381;;comp;
deb;CDS;1144656;314;comp;
;ncRNA;1145438;15;comp;
fin;CDS;1145882;;comp;
deb;CDS;1159249;71;;
;tRNA;1160163;117;;gag
fin;CDS;1160356;;;
deb;CDS;1339162;168;;
;regulatory;1340533;238;;
fin;CDS;1340988;;;
deb;CDS;1362782;177;comp;
;repeat_region;1363865;208;;
fin;CDS;1364648;;comp;
deb;CDS;1464820;283;comp;
;tRNA;1465406;139;;tcg
fin;CDS;1465635;;comp;
deb;CDS;1499517;136;comp;
;regulatory;1501675;100;comp;
fin;CDS;1502001;;;
deb;CDS;1578910;1039;;
;repeat_region;1580591;284;;
fin;CDS;1582246;;comp;
deb;CDS;1692844;162;comp;
;repeat_region;1694053;193;;
fin;CDS;1696161;;comp;
deb;CDS;1706399;230;comp;
;regulatory;1707586;93;;
fin;CDS;1707876;;;
deb;CDS;1791953;116;;
;tRNA;1792276;131;comp;gaa
fin;CDS;1792483;;comp;
deb;CDS;1824299;98;;
;tRNA;1825837;150;;cta
fin;CDS;1826072;;;
deb;CDS;1833133;284;;
;tRNA;1833693;70;;gta
fin;CDS;1833839;;comp;
deb;CDS;1933548;85;;
;tRNA;1934224;63;;cca
deb;CDS;1934364;12;;
;tRNA;1934676;396;;aga
fin;CDS;1935149;;;
deb;CDS;1959133;175;;
;tRNA;1960034;215;;ccc
fin;CDS;1960326;;;
deb;CDS;1996760;164;comp;
;tRNA;1998244;261;;tca
fin;CDS;1998595;;comp;
deb;CDS;2008544;206;comp;
;regulatory;2009119;129;;
fin;CDS;2009470;;;
deb;CDS;2031997;123;;
;tRNA;2032987;186;comp;aaa
fin;CDS;2033249;;comp;
deb;CDS;2093327;295;comp;
;tRNA;2094273;81;;tgc
;tRNA;2094428;150;;aac
fin;CDS;2094653;;;
deb;CDS;2304404;89;comp;
;tRNA;2305924;178;comp;ctc
fin;CDS;2306189;;;
deb;CDS;2318681;138;comp;
;regulatory;2319857;73;;
fin;CDS;2320063;;;
deb;CDS;2331183;73;;
;tRNA;2331595;126;;atgj
fin;CDS;2331798;;comp;
deb;CDS;2411337;202;comp;
;tRNA;2412007;75;comp;cac
fin;CDS;2412159;;comp;
deb;CDS;2550773;186;comp;
;regulatory;2551172;147;;
fin;CDS;2551477;;;
deb;CDS;2559473;36;;
;tmRNA;2560658;131;;
fin;CDS;2561126;;;
deb;CDS;2667051;354;;
;repeat_region;2668113;204;;
fin;CDS;2669862;;comp;
deb;CDS;2714978;129;;
;repeat_region;2715965;262;;
fin;CDS;2716563;;;
deb;CDS;2729598;449;;
;tRNA;2731721;95;comp;atgf
5s;rRNA;2731893;119;comp;115
23s;rRNA;2732127;347;comp;2758
;tRNA;2735247;66;comp;gca
;tRNA;2735389;180;comp;atc
16s;rRNA;2735646;972;comp;1477
fin;CDS;2738117;;comp;
deb;CDS;2959802;354;comp;
;tRNA;2962229;171;comp;gtc
fin;CDS;2962475;;;
deb;CDS;3124836;151;comp;
;tRNA;3125185;343;comp;tgg
deb;CDS;3125604;93;comp;
;tRNA;3126888;27;comp;gga
;tRNA;3126989;166;comp;tac
deb;CDS;3127241;57;;
;tRNA;3128216;127;;aca
fin;CDS;3128419;;;
deb;CDS;3193350;430;comp;
;tRNA;3194938;103;comp;ttc
fin;CDS;3195117;;comp;
deb;CDS;3320745;90;;
;tRNA;3322206;60;comp;atgi
fin;CDS;3322342;;comp;
deb;CDS;3377932;140;comp;
;tRNA;3378255;165;;acc
;tRNA;3378495;237;;acc
deb;CDS;3378807;234;;
;tRNA;3379605;77;;gac
fin;CDS;3379759;;comp;
deb;CDS;3399207;262;comp;
;tRNA;3399757;56;comp;ccg
fin;CDS;3399890;;comp;
deb;CDS;3490378;84;;
;tRNA;3491233;407;;gtg
fin;CDS;3491715;;;
deb;CDS;3514107;56;comp;
;regulatory;3515291;4;comp;
;regulatory;3515401;88;comp;
fin;CDS;3515601;;comp;
deb;CDS;3523910;371;;
;repeat_region;3524497;79;;
fin;CDS;3525452;;comp;
deb;CDS;3705744;56;comp;
;regulatory;3707042;399;comp;
fin;CDS;3707518;;;
deb;CDS;3719367;163;comp;
;tRNA;3719917;95;comp;ggg
fin;CDS;3720086;;comp;
deb;CDS;3805869;130;;
5s;rRNA;3806944;116;comp;115
23s;rRNA;3807175;347;comp;2758
;tRNA;3810295;66;comp;gca
;tRNA;3810437;180;comp;atc
16s;rRNA;3810694;999;comp;1477
fin;CDS;3813192;;;
deb;CDS;3824154;103;comp;
;tRNA;3825931;387;comp;cgt
fin;CDS;3826395;;;
deb;CDS;3996560;58;comp;
;ncRNA;3998598;106;comp;
fin;CDS;3998802;;comp;
deb;CDS;4021982;27;;
;tRNA;4023191;224;comp;ttg
fin;CDS;4023502;;;
deb;CDS;4058818;187;comp;
;tRNA;4059305;179;;gcg
fin;CDS;4059560;;comp;
deb;CDS;4105626;721;comp;
;tRNA;4108039;148;comp;acg
fin;CDS;4108262;;;
deb;CDS;4261100;269;comp;
;tRNA;4262308;118;;ggc
fin;CDS;4262501;;;
&lt;/pre&gt;

====rru intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;;
rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1
;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0
;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5
;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6
;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1
;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4
;'''total 3786;&lt;201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1
3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2
844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1
3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1
3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0
3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0
1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3
3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0
566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1
1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2
3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3
2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3
93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0
409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1
400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0
1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0
3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0
3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0
550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0
2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1
1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1
1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3
2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0
3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0
2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0
3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1
1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1
742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0
3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1
139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0
880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0
1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0
2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1
90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0
961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0
1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0
2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0
2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0
55947;637;36;10;300;29;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;31;1060;0
1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0
2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0
3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0
3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0
;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0
;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0
;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0
;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0
;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0
2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0
651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0
2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0
1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0
2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1
3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786
4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;;
664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;;
3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;;
3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;;
1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;;
3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;;
1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;;
465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;;
2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;;
780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;;
2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;;
3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;;
210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;;
1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;;
622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;;
2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;;
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]]
*Légende: 
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;&gt;0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;&lt;0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;&gt;0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;&lt;0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0
total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1
diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0
 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;;
comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7
continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74
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&lt;/pre&gt;

====rru autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====rru intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;262;;56;;217;179;;
;;;84;;407;;239;224;'''total;
;;;163;;95;;257;253;&lt;201;21
;;;103;comp’;387;;269;261;total;34
;;comp’;27;comp’;224;;283;299;taux;62%
;;comp’;187;comp’;179;;295;319;;
;;;721;comp’;148;;449;387;;
;;comp’;269;;118;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;25;29;54;;;;;
;;total;41;42;83;;;;;
;;taux;61%;69%;65%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===oan===
====oan opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s  4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
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;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
&lt;comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
&gt;comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
&lt;;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
&lt;/pre&gt;

====oan cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]]
&lt;pre&gt;
oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81
&lt;/pre&gt;

====oan blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]]
&lt;pre&gt;
oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
&lt;/pre&gt;
*Détails
&lt;pre&gt;
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;
&lt;/pre&gt;

====oan distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====oan1 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;;
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;;
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;;
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;;
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;;
1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;;
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;;
26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;;
20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;
;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan1 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;85;261;;
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj   f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj   f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj  j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj  j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj   f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;
deb;;CDS;2886536;2887183;84;
&lt;/pre&gt;

====oan2 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;;
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;;
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;;
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;;
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;;
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan2 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
deb;;CDS;1067405;1068742;131;*;
;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
fin;;CDS;1218024;1218500;;;
deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*;
;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
fin;;CDS;1275426;1275572;;;
deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*;
;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
fin;;CDS;1328998;1329948;;;
deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*;
;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
fin;;CDS;1334226;1337393;;;
deb;;CDS;1473437;1474405;269;*;
;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;
&lt;/pre&gt;

===abq===
====abq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s  9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;*
;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;*
;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;*
comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;*
comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;*
comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;*
;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;*
comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;*
comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;*
comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;*
comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;*
comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;*
;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;*
;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;*
;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;*
;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;*
comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;*
;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;*
;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;*
;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;*
comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;*
;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;*
comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
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;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;*
comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;*
comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;*
comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;*
comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;*
comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;*
comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;*
comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;*
comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;*
;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;*
comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;*
comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;*
comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;*
;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;*
comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;*
comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;*
comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;*
comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;*
comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;*
;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;*
;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;*
comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;*
comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;*
comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;*
;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;*
;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;*
;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;*
comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;*
comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
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comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;*
comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;*
comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;*
;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;*
;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;*
;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;*
comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;*
;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;*
;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;*
plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
&gt;comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;*
;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;*
;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
&lt;comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;*
comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;*
;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====abq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]]
&lt;pre&gt;
abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71
&lt;/pre&gt;

====abq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]]
&lt;pre&gt;
abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL &amp; GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 &gt;1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;;
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;;
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;;
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;
&lt;/pre&gt;

====abqp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;;
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;;
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;;
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;;
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;;
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;;
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;;
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;;
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;;
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;;
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;;
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;;
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;;
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abqp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;
&lt;/pre&gt;

===abs===
====abs opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s  5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
&lt;comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
&gt;;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
&lt;/pre&gt;

====abs cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]]
&lt;pre&gt;
abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72
&lt;/pre&gt;

====abs blocs====
=====abs blocs abrégé=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]]
&lt;pre&gt;
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL &amp; GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic  P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
&lt;/pre&gt;

=====abs blocs tableau=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]]
&lt;pre&gt;
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds &lt; 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
&lt;/pre&gt;

=====abs abq blocs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_abq_blocs|abs abq blocs]]
*Note: attention pour les couleurs de &amp; (EAL &amp; GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;*    CHA1;;*  comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;*    CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;*  hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;*  modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;*  déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;*   ;;*   d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
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;244554..244643;tca;143;;;*;;;;;512927..513002;aaa;209;;;*
;244787..245683;cds;;299;@diG cyclase;*   recomb;;;;;513212..514036;cds;;275;@DUF3618;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;cds;301;274;hp;*   PL1D;;;;;931813..933912;cds;79;700;@membrane p;*   PL1D
comp;1400132..1400206;caa;79;;;*;;;;;933992..934066;caa;382;;;*
comp;1400286..1402379;cds;;698;@hp;*hp caracter;;;;comp;934449..935270;cds;;274;hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;cds;200;343;Ppx/GppA;*   PL1E;;;;comp;948715..949743;cds;199;343;Ppx/GppA;*   PL1E
;365702..365775;cag;746;;;*;;;;;949943..950016;cag;246;;;*
;366522..367214;cds;;231;@FadR fam;*  comp;;;;comp;950263..950829;cds;;189;@IS3 fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;cds;453;709;@PAS S-box;*   recomb;;;;&gt;;971260..971532;cds;493;91;@P-hp;*   PL1F
;1397194..1397287;agc;52;;;*  PL1F;;;;comp;972026..972119;agc;197;;;*
comp;1397340..1397858;cds;;173;@Tyr rec/int;*   recomb;;;;;972317..972550;cds;;78;@hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1098197..1098655;cds;675;153;MarR fam;*   PL1G;;;;comp;1302373..1303350;cds;166;326;fucosyl;*   PL1G
;1099331..1100821;$16s;107;§1491;;*;;;;comp;1303517..1303592;ttc;98;;;*
;1100929..1101005;@atc;31;;;*  insertion;;;;comp;1303691..1303876;cds;;62;gyrase YacG;*
;1101037..1101112;@gca;271;;;*;;;;;;;;;;*
;1101384..1104136;$23s;147;§2753;;*;;;;;1349823..1350929;cds;145;369;GNAT fam;*
comp;1104284..1105390;cds;;369;GNAT fam;*;;;;comp;1351075..1353828;$23s;262;§2754;;*
;;;;;;*;;;;comp;1354091..1355591;$16s;676;§1501;;*
;1157171..1157356;cds;98;62;gyrase YacG;*;;;;;1356268..1356726;cds;;153;MarR fam;*
;1157455..1157530;ttc;178;;;*;;;;;;;;;;*
;1157709..1158686;cds;;326;fucosyl;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;629856..631229;cds;154;458;tetratricopep;*   PL1H;;;;comp;1441708..1443066;cds;153;453;hp;*   PL1H
;631384..631458;acc;1;;;*;;;;;1443220..1443294;acc;1;;;*
;631460..631535;gcg;99;;;*;;;;;1443296..1443371;gcg;99;;;*
;631635..631711;gac;35;;;*;;;;;1443471..1443547;gac;44;;;*
;631747..631821;gtc;1;;;*;;;;;1443592..1443666;gtc;1;;;*
;631823..631896;cag;153;;;*;;;;;1443668..1443741;cag;137;;;*
;632050..632259;cds;;70;@hp;*   comp;;;;comp;1443879..1446428;cds;;850;@dip ABC;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;1577667..1578095;cds;457;143;DUF1489;*   PL1I;;;;;1566394..1566612;cds;193;73;@hp;*   PL1I
;1578553..1580043;$16s;110;§1491;@ ;*  bloc?;;;;comp;1566806..1566921;$5s;128;§116;;*
;1580154..1580230;atc;31;;;*;;;;comp;1567050..1569802;$23s;254;§2753;;*
;1580262..1580337;gca;269;;;*;;;;comp;1570057..1570132;gca;30;;;*
;1580607..1581986;&amp;23s°;100;§1380;;*  réunion;;;;comp;1570163..1570239;atc;94;;;*
;1582087..1582616;&amp;23s°;123;§530;;*;;;;comp;1570334..1571834;$16s;444;§1501;@ ;*
;1582740..1582855;$5s;100;§116;;*;;;;comp;1572279..1572707;cds;;143;DUF1489;*
;1582956..1583032;atgf;706;;;*  d’où?;;;;;;;;;;
;1583739..1585157;cds;;473;@pyruvate kin;*  comp;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;338004..339383;cds;116;460;hp;*   PL1J;;;;;1723583..1724962;cds;94;460;hp;*   PL1J
comp;339500..339586;ctc;257;;;*;;;;comp;1725057..1725143;ctc;475;;;*
comp;339844..340836;cds;;331;@ab hydrolase;*  comp;;;;;1725619..1726311;cds;;231;FadR fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;474173..477079;cds;298;969;PAS dom;*   PL1K;;;;;1757680..1760568;cds;308;963;PAS dom;*   PL1K
;477378..477464;ctg;30;;;*;;;;;1760877..1760963;ctg;29;;;*
;477495..477570;gcc;238;;;*;;;;;1760993..1761068;gcc;247;;;*
;477809..478123;cds;;105;@hp;*  comp;;;;comp;1761316..1761840;cds;;175;@Hx-t-Hx;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;599223..600230;cds;245;336;inorganic  P;*;;;;;1854042..1855049;cds;135;336;inorganic  P;*
comp;600476..600550;ggc;351;;;*;;;;comp;1855185..1855259;ggc;243;;;*
;600902..602071;cds;;390;@AG cyclase;*   recomb;;;;;1855503..1858685;cds;;1061;@AAA fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
&gt;comp;699265..699846;cds;210;194;p-hp;*   PL1L;;;;&gt;comp;1883235..1883816;cds;210;194;P-hp;*   PL1L
;700057..700132;aac;4;;;*;;;;;1884027..1884102;aac;4;;;*
;700137..700213;gac;32;;;*;;;;;1884107..1884183;gac;32;;;*
comp;700246..700851;cds;;202;hp;*;;;;comp;1884216..1884821;cds;;202;hp;*
plasmide2;;;;;;*;;;;plasmide2;;;;;;*
;271302..272090;cds;529;263;@ATP bind;*  comp;;;;comp;51090..51836;cds;481;249;sigma-70 fam;*
;272620..272695;tgg;480;;;*;;;;comp;52318..52393;tgg;363;;;*
;273176..273922;cds;;249;sigma-70 fam;*;;;;;52757..53587;cds;;277;@hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;449562..450338;cds;465;259;@IclR fam;*    modif;;;;comp;809229..810019;cds;870;264;@IS5 fam;*
;450804..452289;$16s;584;§1486;;*;;;;comp;810890..810966;atgf;96;;;*
;452874..453640;&amp;23s°;128;§767;;*;;;;comp;811063..811178;$5s;127;§116;;*
;453769..453884;$5s;101;§116;;*;;;;comp;811306..814058;$23s;266;§2753;;*
;453986..454062;atgf;359;;;*;;;;comp;814325..814400;gca;30;;;*
comp;454422..457751;cds;;1110;@NERD dom;*  comp;;;;comp;814431..814507;atc;108;;;*
;;;;;;;;;;comp;814616..816106;$16s;452;§1491;;*
;;;;;;;;;;comp;816559..817443;cds;;295;@Hx-t-Hx dom;*
plasmide4;;;;;;;;;;plasmide4;;;;;;*
;2176963..2177427;cds;107;155;@membrane p;*    comp;;;;;196992..199346;cds;148;785;mecano ion;*   PL4A
comp;2177535..2177610;gcc;30;;;*  ;;;;;199495..199581;ctg;30;;;*
comp;2177641..2177727;ctg;135;;;*  CH;;;;;199612..199687;gcc;188;;;*
comp;2177863..2180208;cds;;782;mecano ion;*;;;;;199876..201333;cds;;486;@hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;cds;208;637;@polymerase;*   recomb;;;;;237538..238578;cds;92;347;@response reg;*  PL4B
comp;248896..248972;cgg;96;;;*;;;;comp;238671..238747;cgg;96;;;*
comp;249069..249983;cds;;305;ab hydrolase;*  PL4B;;;;comp;238844..239821;cds;;326;ab hydrolase;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;319641..319943;cds;134;101;STAS dom;*;;;;comp;257739..258470;cds;125;244;lipoyl LipB;*
comp;320078..320164;ctc;125;;;*;;;;;258596..258682;ctc;123;;;*
;320290..321018;cds;;243;lipoyl LipB;*;;;;comp;258806..259108;cds;;101;STAS dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;cds;281;387;PQQ;*;;;;comp;399367..400527;cds;278;387;PQQ;*
comp;402509..402624;$5s;129;§116;;*;;;;comp;400806..400921;$5s;129;§116;;*
comp;402754..403402;&amp;23s°;106;§649;;*;;;;comp;401051..403803;$23s;255;§2753;;*
comp;403509..403880;&amp;16s°;502;§372;;*;;;;comp;404059..404134;gca;30;;;*
comp;404383..404577;cds;;65;hp;*;;;;comp;404165..404241;atc;108;;;*
;;;;;;*;;;;comp;404350..405850;$16s;502;§1501;;*
;501394..501756;cds;95;121;response reg;*;;;;comp;406353..406547;cds;;65;hp;*
;501852..501927;aac;4;;;*;;;;;;;;;;*
;501932..502008;gac;4;;;*;;;;;504531..504893;cds;82;121;response reg;*
;502013..502087;ggc;102;;;*;;;;;504976..505051;aac;3;;;*
comp;502190..502957;cds;83;256;Hx-t-Hx;*;;;;;505055..505131;gac;4;;;*
;503041..503667;cds;249;209;pyridoxamine;*;;;;;505136..505210;ggc;102;;;*
comp;503917..504474;&amp;16s°;547;§558;;*;;;;comp;505313..506080;cds;83;256;Hx-t-Hx;*
;505022..506005;cds;;328;@lytic dom;*    modif;;;;;506164..506790;cds;202;209;pyridoxamine;*
;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
comp;601019..603679;cds;358;887;bif CoA;*;;;;comp;507236..509988;$23s;266;§2753;;*
;604038..604113;ttc;318;;;*;;;;comp;510255..510330;gca;30;;;*
&gt;;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;*   recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
&gt;comp;131140..131621;cds;193;161;p-erythrose;*   ;;;;;512654..513568;cds;;305;@lytic dom;*
;131815..131891;atgf;202;;@ ;*  d’où?;;;;;;;;;;*
comp;132094..132276;cds;;61;hp;*;;;;comp;588108..590768;cds;340;887;bif CoA;*
;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*
&lt;/pre&gt;
====abs distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_distribution|abs distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 &gt;1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abs données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;;
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;;
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;;
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abs autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;
&lt;/pre&gt;

====absp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;;
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;;
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;;
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;;
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;;
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;;
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;;
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====absp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;
&lt;/pre&gt;

===agr===
====agr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]]
&lt;pre&gt;
59.3%GC;29.12.19 Paris;16s  5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
&lt;;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
&gt;;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
&gt;;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====agr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]]
&lt;pre&gt;
agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71
&lt;/pre&gt;

====agr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]]
&lt;pre&gt;
agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====agr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====agrc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;;
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;;
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;;
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;;
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;
&lt;/pre&gt;

====agrl données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;;
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;;
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;;
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;;
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;;
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;;
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;;
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;;
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;
;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrl autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;
&lt;/pre&gt;

===aua===
====aua opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]]
&lt;pre&gt;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
&gt;;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp &lt;;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;
&lt;/pre&gt;

====aua cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]]
&lt;pre&gt;
aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69
&lt;/pre&gt;

====aua blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]]
&lt;pre&gt;
CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein
&lt;/pre&gt;
====aua distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13
&lt;/pre&gt;
====aua données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;;
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;;
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;;
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;;
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====aua autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;aua;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;
&lt;/pre&gt;

===alpha synthèse===
====alpha distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
alpha8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]]
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
&lt;/pre&gt;

====alpha par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38
&lt;/pre&gt;
====alpha, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est  19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959
&lt;/pre&gt;

===cvi===
====cvi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s  8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====cvi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;8;1;0;-
;16 23 5s 0;0;20;16;2
;16 atc gca;8;40;20;
;16 23 5s a;0;60;6;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;6
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;16;140;0;
sans ;opérons;37;160;0;
;1 aa;22;180;0;
;max a;12;200;0;
;a doubles;12;;1;
;total aas;82;;45;8
total aas;;98;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;;
;;;variance;;
sans jaune;;;moyenne;26;86
;;;variance;18;0
&lt;/pre&gt;

====cvi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]]
&lt;pre&gt;
cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]]
&lt;pre&gt;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc
0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc
1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac
1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta
2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta
0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta
0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg
0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg
1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa
0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;;
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;;
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;;
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;;
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;;
0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;;
3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;;
25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;;
22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;;
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;;
;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;;
;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;;
;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;;
;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;;
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cvi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cvi;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;242272;116;comp;
;regulatory;243048;76;;
fin;CDS;243272;;;
deb;CDS;419401;506;comp;
;rRNA;421224;182;;16s
;tRNA;422942;86;;atc
;tRNA;423105;253;;gca
;rRNA;423434;127;;23s
;rRNA;426450;137;;5s
fin;CDS;426702;;comp;
deb;CDS;500524;447;;
;rRNA;502189;82;;16s
;tRNA;503807;12;;atc
;tRNA;503896;254;;gca
;rRNA;504226;124;;23s
;rRNA;507239;280;;5s
fin;CDS;507634;;;
deb;CDS;521304;119;comp;
;regulatory;522458;124;;
fin;CDS;522848;;;
deb;CDS;526333;31;;
;ncRNA;526676;12;;
fin;CDS;526872;;;
deb;CDS;578634;106;comp;
;ncRNA;581905;130;;
fin;CDS;582495;;;
deb;CDS;680663;177;comp;
;tRNA;682034;58;comp;ttg
fin;CDS;682177;;comp;
deb;CDS;758940;152;comp;
;tRNA;759824;57;;tac
fin;CDS;759966;;comp;
deb;CDS;877002;858;comp;
;tRNA;878775;19;comp;agg
fin;CDS;878869;;comp;
deb;CDS;952811;49;;
;tRNA;955155;329;;gcg
fin;CDS;955560;;;
deb;CDS;975236;19;;
;tRNA;975612;91;;ctc
fin;CDS;975788;;;
deb;CDS;996781;89;comp;
;regulatory;998457;72;;
fin;CDS;998621;;;
deb;CDS;1006022;155;;
;tRNA;1006822;6;;ttc
;tRNA;1006904;51;;ttc
fin;CDS;1007031;;;
deb;CDS;1057229;62;;
;tRNA;1058518;6;;agc
;tRNA;1058618;3;;cgt
;tRNA;1058698;110;;gaa
deb;CDS;1058883;173;comp;
;tRNA;1061741;3;comp;gaa
;tRNA;1061819;7;comp;cgt
;tRNA;1061903;5;comp;gaa
;tRNA;1061983;46;comp;cgt
fin;CDS;1062106;;;
deb;CDS;1153105;370;;
;rRNA;1154027;182;;16s
;tRNA;1155745;86;;atc
;tRNA;1155908;254;;gca
;rRNA;1156238;124;;23s
;rRNA;1159251;189;;5s
fin;CDS;1159555;;;
deb;CDS;1262223;190;;
;tRNA;1263556;120;comp;tcg
fin;CDS;1263766;;comp;
deb;CDS;1272648;435;;
;tRNA;1273710;180;;atgf
fin;CDS;1273967;;comp;
deb;CDS;1292860;191;;
;repeat_region;1293342;324;;
fin;CDS;1295441;;;
deb;CDS;1376752;101;;
;tRNA;1377435;23;;ggc
;tRNA;1377534;22;;ggc
;tRNA;1377632;24;;ggc
;tRNA;1377732;29;;ggc
;tRNA;1377837;45;;ggc
;tRNA;1377958;425;;tgc
fin;CDS;1378457;;comp;
deb;CDS;1385508;707;comp;
;tRNA;1387010;183;;tta
fin;CDS;1387278;;;
deb;CDS;1418833;136;comp;
;tRNA;1420085;182;;gtc
fin;CDS;1420344;;;
deb;CDS;1427387;30;;
;tRNA;1427771;204;;ccc
fin;CDS;1428052;;;
deb;CDS;1432303;98;comp;
;tRNA;1433244;32;comp;aac
;tRNA;1433352;31;comp;aac
;tRNA;1433459;211;comp;aac
fin;CDS;1433746;;;
deb;CDS;1451057;323;comp;
;repeat_region;1452712;105;;
fin;CDS;1454130;;comp;
deb;CDS;1458879;179;;
;repeat_region;1461308;144;;
fin;CDS;1462645;;;
deb;CDS;1644076;439;;
;rRNA;1646828;182;;16s
;tRNA;1648546;86;;atc
;tRNA;1648709;253;;gca
;rRNA;1649038;124;;23s
;rRNA;1652051;89;;5s
;rRNA;1652255;154;;5s
fin;CDS;1652524;;comp;
deb;CDS;1689363;107;comp;
;regulatory;1690517;42;comp;
fin;CDS;1690745;;comp;
deb;CDS;1744930;59;;
;tRNA;1746117;53;;tcc
;tRNA;1746261;360;;tcc
fin;CDS;1746712;;;
deb;CDS;1786722;25;;
;tRNA;1786963;15;;
fin;CDS;1787071;;;
deb;CDS;1899096;223;;
;repeat_region;1900978;157;;
fin;CDS;1902728;;comp;
deb;CDS;1975805;93;;
;tRNA;1978844;66;;aac
fin;CDS;1978986;;comp;
deb;CDS;2093021;230;;
;tRNA;2094372;26;;cac
;tRNA;2094474;45;;cac
;tRNA;2094595;27;;cac
;tRNA;2094698;18;;aga
;tRNA;2094793;225;;cca
fin;CDS;2095095;;comp;
deb;CDS;2186305;69;;
;tmRNA;2186992;205;;
fin;CDS;2187562;;;
deb;CDS;2192639;145;comp;
;regulatory;2193399;4;comp;
;regulatory;2193502;65;comp;
fin;CDS;2193653;;comp;
deb;CDS;2337863;-1;;
;ncRNA;2338135;0;;
fin;CDS;2338210;;;
deb;CDS;2511015;130;comp;
;tRNA;2511625;46;comp;tca
fin;CDS;2511759;;comp;
deb;CDS;2560167;264;comp;
;ncRNA;2560755;168;comp;
fin;CDS;2561022;;;
deb;CDS;2745389;71;comp;
;tRNA;2747299;7;comp;gac
;tRNA;2747383;48;comp;gta
fin;CDS;2747507;;comp;
deb;CDS;2852349;182;comp;
;tRNA;2853221;70;;cta
fin;CDS;2853376;;comp;
deb;CDS;3186574;49;comp;
;tRNA;3187082;411;;aca
fin;CDS;3187569;;;
deb;CDS;3256344;205;comp;
;tRNA;3257362;151;;gcc
fin;CDS;3257589;;comp;
deb;CDS;3261178;303;comp;
;tRNA;3262246;8;;gcc
;tRNA;3262330;11;;gaa
;tRNA;3262417;106;;gcc
fin;CDS;3262599;;comp;
deb;CDS;3368966;415;comp;
;rRNA;3371478;124;comp;5s
;rRNA;3371717;254;comp;23s
;tRNA;3374860;12;comp;gca
;tRNA;3374948;82;comp;atc
;rRNA;3375107;439;comp;16s
fin;CDS;3377082;;comp;
deb;CDS;3447322;50;comp;
;regulatory;3448389;124;comp;
fin;CDS;3448608;;;
deb;CDS;3471644;212;comp;
;tRNA;3472822;12;;gta
;tRNA;3472910;26;;gac
;tRNA;3473013;12;;gta
;tRNA;3473101;26;;gac
;tRNA;3473204;12;;gta
;tRNA;3473292;26;;gac
;tRNA;3473395;12;;gta
;tRNA;3473483;27;;gac
;tRNA;3473587;6;;gta
;tRNA;3473670;27;;gac
;tRNA;3473774;6;;gtg
;tRNA;3473857;163;;gac
fin;CDS;3474097;;;
deb;CDS;3621600;170;;
;tRNA;3622292;55;;ggg
fin;CDS;3622421;;;
deb;CDS;3727029;40;comp;
;regulatory;3728158;14;comp;
;regulatory;3728271;172;comp;
fin;CDS;3728534;;comp;
deb;CDS;3818863;213;comp;
;rRNA;3820120;124;comp;5s
;rRNA;3820359;253;comp;23s
;tRNA;3823501;86;comp;gca
;tRNA;3823663;182;comp;atc
;rRNA;3823922;437;comp;16s
deb;CDS;3825895;73;comp;
;tRNA;3828836;51;;ctg
;tRNA;3828974;33;;ctg
;tRNA;3829094;57;;ctg
;tRNA;3829238;651;;ctg
fin;CDS;3829976;;comp;
deb;CDS;3854191;770;comp;
;tRNA;3855180;61;comp;acg
;tRNA;3855317;78;comp;ccg
;tRNA;3855472;97;comp;ccg
fin;CDS;3855646;;;
deb;CDS;4058859;201;comp;
;tRNA;4059834;92;comp;atgi
fin;CDS;4060005;;comp;
deb;CDS;4244169;101;;
;rRNA;4244591;124;comp;5s
;rRNA;4244830;253;comp;23s
;tRNA;4247972;86;comp;gca
;tRNA;4248134;182;comp;atc
;rRNA;4248393;450;comp;16s
fin;CDS;4250379;;;
deb;CDS;4324029;747;comp;
;tRNA;4325718;151;comp;atgf
fin;CDS;4325946;;comp;
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;tRNA;4389268;6;comp;caa
fin;CDS;4389349;;comp;
deb;CDS;4401196;137;comp;
;tRNA;4402077;265;;cgg
fin;CDS;4402419;;comp;
deb;CDS;4433423;206;;
;rRNA;4434130;124;comp;5s
;rRNA;4434369;253;comp;23s
;tRNA;4437511;86;comp;gca
;tRNA;4437673;182;comp;atc
;rRNA;4437932;391;comp;16s
fin;CDS;4439859;;;
deb;CDS;4472951;87;;
;tRNA;4474196;35;;atgj
;tRNA;4474308;125;;atgj
fin;CDS;4474510;;;
deb;CDS;4529035;86;comp;
;tRNA;4529616;179;comp;acc
fin;CDS;4529870;;comp;
deb;CDS;4531632;64;comp;
;tRNA;4532053;10;comp;tgg
deb;CDS;4532139;40;comp;
;tRNA;4533370;24;comp;acc
;tRNA;4533469;52;comp;gga
;tRNA;4533595;139;comp;tac
fin;CDS;4533819;;comp;
deb;CDS;4549877;87;comp;
;regulatory;4551002;131;;
fin;CDS;4551282;;;
deb;CDS;4586188;194;comp;
;tRNA;4586712;38;comp;aaa
;tRNA;4586826;35;comp;aag
;tRNA;4586937;28;comp;aaa
;tRNA;4587041;37;comp;aag
;tRNA;4587154;130;comp;aaa
fin;CDS;4587360;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cvi intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;;
cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2
;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1
;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2
;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1
;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1
;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4
;'''total 4282;&lt;201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul,t %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;66;680;2
1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3
2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5
667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2
448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1
357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5
707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2
139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1
1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2
2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1
669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1
2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1
1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4
3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1
2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2
2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0
869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1
2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0
664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1
2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1
561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0
1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1
27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1
3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2
914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0
344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0
1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0
1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0
3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0
34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1
136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0
2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1
1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0
3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1
2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0
;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0
;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0
;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0
;;36;12;300;22;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;19;1060;0
;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1
;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0
;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0
;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1
;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0
;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0
;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0
;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0
;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1
'''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0
4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1
1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0
1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1
4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0
3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4
3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282
3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;;
4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;;
2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;;
1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;;
3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;;
834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;;
2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;;
2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;;
4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;;
283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;;
226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;;
387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;;
1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;;
4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;;
3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;;
4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;;
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&amp;-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&amp;204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;&gt;0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;&lt;0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;&gt;0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;&lt;0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0
370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0
390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6
continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69
;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687
&lt;/pre&gt;

====cvi autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;422942;86;;;;&amp;tRNA;1433352;31;comp;;;&amp;tRNA;3473204;12;
;&amp;tRNA;423105;253;;;;&amp;tRNA;1433459;211;comp;;;&amp;tRNA;3473292;26;
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;&amp;tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp
;&amp;tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp
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;&amp;tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp
;&amp;tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp
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;&amp;tRNA;1263556;120;comp;;;&amp;tRNA;2853221;70;;;;&amp;tRNA;4474308;125;
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;&amp;tRNA;1273710;180;;;;&amp;tRNA;3187082;411;;;;&amp;tRNA;4529616;179;comp
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;repeat_region;1293342;324;;;;&amp;tRNA;3257362;151;;;;&amp;tRNA;4532053;10;comp
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;&amp;tRNA;1377435;23;;;;&amp;tRNA;3262246;8;;;;&amp;tRNA;4533469;52;comp
;&amp;tRNA;1377534;22;;;;&amp;tRNA;3262330;11;;;;&amp;tRNA;4533595;139;comp
;&amp;tRNA;1377632;24;;;;&amp;tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp
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;&amp;tRNA;1387010;183;;;;&amp;tRNA;3374948;82;comp;;;&amp;tRNA;4586826;35;comp
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;&amp;tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&amp;tRNA;4587154;130;comp
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;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;177;;58;;19;6;deb;
;;comp’;152;comp’;57;;25;10;&lt;201;22
;;;858;;19;;30;15;total;27
;;;49;;329;;40;19;taux;81%
;;;19;;91;;49;46;;
;6;;155;;51;;59;48;fin;
;6  3;;62;comp’;110;;62;51;&lt;201;20
;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25
;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80%
;;;435;comp’;180;;86;91;;
;;;191;;324;;87;92;total;
;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;&lt;201;42
;;comp’;707;;183;;93;125;total;52
;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81%
;;;30;;204;;101;139;;
;32 31;;98;comp’;211;;130;151;;
;53;;59;;360;;155;163;;
;;;25;;15;;170;179;;
;;;93;comp’;66;;173;182;;
;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;;
;;;130;;46;;191;204;;
;7;;71;;48;;194;324;;
;;comp’;182;comp’;70;;201;329;;
;;comp’;49;;411;;230;360;;
;;comp’;205;comp’;151;;435;411;;
;8  11;comp’;303;comp’;106;;747;;;
;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls
;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb;
;;;170;;55;;73;57;&lt;201;7
;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12
;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58%
;;;201;;92;;152;97;;
;;;747;;151;;182;106;fin;
;;;89;;6;;190;110;&lt;201;9
;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14
;35;;87;;125;;212;180;taux;64%
;;;86;;179;;303;211;;
;;;64;;10;;707;225;total;
;24 52;;40;;139;;770;265;&lt;201;16
;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26
;;;;;;;-;651;taux;62%
;;;;;;;;;;
continu + comp’;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;29;58;;;;;;;
total;39;39;78;;;;;;;
taux;74%;74%;74%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;
&lt;/pre&gt;

====beta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est  52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281
&lt;/pre&gt;

====cvi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]]
*code génétique cvi
&lt;pre&gt;
cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;

===ade===
====ade opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s  2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;
&lt;/pre&gt;

====ade cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;2;1;0;
;16 23 5s 0;0;20;2;
;16 atc gca;2;40;2;2
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;4;140;2;
sans ;opérons;33;160;0;
;1 aa;27;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;0;;2;
;total aas;45;;12;2
total aas;;49;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;93;
;;;variance;90;
sans jaune;;;moyenne;39;22
;;;variance;24;0
&lt;/pre&gt;

====ade blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]]
&lt;pre&gt;
ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558
&lt;/pre&gt;
====ade distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]]
&lt;pre&gt;
delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;
;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;
;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;
;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;;
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;;
;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;;
;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75;
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;;
;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc
;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;;
1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca
2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra
1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;;
;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac
;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag
;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga
1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac
;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga
;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga
;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca
;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc
;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg
;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca
;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc
;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt
;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;
;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;
;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;
;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;
;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;
;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;
;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;
;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;
1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;;
21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;;
20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;;
0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;;
;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;
;;;;;;4569;;total;102;713;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ade autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ade;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7060;91;;
;tRNA;8147;44;;caa
fin;CDS;8265;;;
deb;CDS;20441;158;;
;tRNA;21040;220;;ttc
fin;CDS;21333;;comp;
deb;CDS;432722;119;comp;
;tRNA;433303;79;comp;ggg
fin;CDS;433458;;comp;
deb;CDS;664814;456;comp;
;tRNA;666509;6;comp;gac
;tRNA;666592;157;comp;gta
fin;CDS;666824;;;
deb;CDS;691951;157;comp;
;tRNA;693146;333;comp;ctg
fin;CDS;693563;;;
deb;CDS;849021;53;;
;tRNA;851483;36;;atgi
fin;CDS;851592;;;
deb;CDS;883315;64;;
;repeat_region;883709;98;;
fin;CDS;886703;;comp;
deb;CDS;887392;77;comp;
;repeat_region;888746;95;;
fin;CDS;892587;;;
deb;CDS;1055941;68;;
;tRNA;1057311;105;comp;gcg
fin;CDS;1057492;;;
deb;CDS;1305647;350;comp;
;tRNA;1306222;105;comp;ccc
fin;CDS;1306401;;comp;
deb;CDS;1311419;33;comp;
;ncRNA;1312049;302;comp;
fin;CDS;1312542;;;
deb;CDS;1441648;14;;
;tRNA;1442379;111;;tgc
fin;CDS;1442562;;;
deb;CDS;1492304;691;;
16s;rRNA;1495545;187;;
;tRNA;1497290;22;;atc
;tRNA;1497390;194;;gca
23s;rRNA;1497660;152;;
5s;rRNA;1500801;75;;
fin;CDS;1500993;;comp;
deb;CDS;1508769;3;;
;tRNA;1509186;60;;cag
;tRNA;1509320;130;;gag
fin;CDS;1509525;;comp;
deb;CDS;1690794;9;;
;tRNA;1691085;96;;gcc
fin;CDS;1691254;;comp;
deb;CDS;1818424;110;;
;tRNA;1819377;53;;atgf
fin;CDS;1819507;;;
deb;CDS;1968293;141;;
;regulatory;1969289;108;;
fin;CDS;1969480;;;
deb;CDS;2235017;38;;
;tRNA;2235670;77;;gtc
fin;CDS;2235819;;;
deb;CDS;2313926;38;;
;tRNA;2314981;92;comp;tga
fin;CDS;2315172;;comp;
deb;CDS;2335260;406;comp;
;tRNA;2337031;222;comp;atgj
fin;CDS;2337327;;;
deb;CDS;2375620;53;;
;tRNA;2376009;437;;gtg
fin;CDS;2376518;;;
deb;CDS;2429105;190;;
;tRNA;2429718;111;comp;acg
fin;CDS;2429902;;;
deb;CDS;2623487;62;comp;
;tRNA;2623942;15;comp;tgg
fin;CDS;2624033;;comp;
deb;CDS;2624207;65;comp;
;tRNA;2625463;22;comp;acc
;tRNA;2625558;63;comp;gga
;tRNA;2625697;46;comp;tac
;tRNA;2625826;105;comp;aca
fin;CDS;2626004;;comp;
deb;CDS;2652965;124;comp;
;tRNA;2653452;100;;ttg
fin;CDS;2653636;;;
deb;CDS;2680375;91;;
;tRNA;2680790;110;;ctc
fin;CDS;2680982;;comp;
deb;CDS;2747439;94;;
;tRNA;2747806;106;comp;agg
fin;CDS;2747986;;comp;
deb;CDS;3027884;161;comp;
;tRNA;3029047;184;;aac
fin;CDS;3029307;;;
deb;CDS;3075187;167;comp;
5s;rRNA;3076236;152;comp;
23s;rRNA;3076505;194;comp;
;tRNA;3079688;22;comp;gca
;tRNA;3079786;187;comp;atc
16s;rRNA;3080051;590;comp;
fin;CDS;3082199;;comp;
deb;CDS;3143759;230;comp;
;tRNA;3144286;306;comp;aaa
fin;CDS;3144664;;comp;
deb;CDS;3155946;78;;
;tRNA;3156732;694;;gaa
fin;CDS;3157499;;;
deb;CDS;3253083;193;comp;
;tRNA;3253990;130;;cgg
fin;CDS;3254194;;;
deb;CDS;3372825;107;;
;tmRNA;3373094;219;;
fin;CDS;3373664;;;
deb;CDS;3793550;226;;
;tRNA;3793996;386;comp;ccg
fin;CDS;3794456;;comp;
deb;CDS;3805030;111;;
;tRNA;3806164;127;;tta
fin;CDS;3806377;;comp;
deb;CDS;3914337;81;comp;
;tRNA;3915708;63;comp;cta
fin;CDS;3915853;;;
deb;CDS;3919322;179;comp;
;tRNA;3920245;248;comp;aag
;tRNA;3920566;142;comp;aga
;tRNA;3920782;18;comp;cac
;tRNA;3920873;134;comp;cga
;tRNA;3921081;76;comp;cca
fin;CDS;3921231;;comp;
deb;CDS;4031625;149;;
;regulatory;4032113;67;;
fin;CDS;4032337;;;
deb;CDS;4120462;34;;
;tRNA;4121675;246;comp;ggc
fin;CDS;4121996;;;
deb;CDS;4164508;430;;
;ncRNA;4166687;43;comp;
fin;CDS;4167140;;comp;
deb;CDS;4193348;55;comp;
;ncRNA;4195209;68;comp;
;tRNA;4195371;278;comp;tcc
;tRNA;4195739;50;comp;tcg
fin;CDS;4195880;;comp;
deb;CDS;4454313;715;comp;
;tRNA;4456675;27;;tca
;tRNA;4456792;73;;agc
;tRNA;4456957;492;;cgt
fin;CDS;4457526;;;
&lt;/pre&gt;

====ade intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]]
*'''Intercalaires entre cds, Tableau'''
&lt;pre&gt;
ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;;
ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5
;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3
;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2
;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0
;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3
;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1
;'''total 4464;&lt;201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;89;680;1
4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1
3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1
4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1
3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2
3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1
2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2
4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2
1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0
427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0
540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0
1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1
1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1
4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1
4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1
104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1
4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1
1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1
2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1
2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0
3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0
494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0
3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1
4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0
1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1
3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0
4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0
3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0
3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0
2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1
1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0
4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1
3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0
1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0
4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1
4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0
;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0
;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0
;;36;13;300;20;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;22;1060;0
;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0
;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2
;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0
;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0
;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0
;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1
;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0
adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0
3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0
4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1
1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0
4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0
4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0
3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0
3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3
2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464
3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;;
1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;;
4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;;
1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;;
526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;;
1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;;
178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;;
4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;;
1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;;
1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;;
1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;;
3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;;
23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;;
157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;;
4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;;
3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;;
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&amp;-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&amp;2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&amp;218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&amp;149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;&gt;0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;&lt;0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;&gt;0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;&lt;0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14
continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102
;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713
&lt;/pre&gt;

====ade autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp
;&amp;tRNA;8147;44;;;;&amp;tRNA;1819377;53;;;;&amp;tRNA;3144286;306;comp
fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp
deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78;
;&amp;tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&amp;tRNA;3156732;694;
fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;;
deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp
;&amp;tRNA;433303;79;comp;;;&amp;tRNA;2235670;77;;;;&amp;tRNA;3253990;130;
fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;;
deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107;
;&amp;tRNA;666509;6;comp;;;&amp;tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219;
;&amp;tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;;
fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226;
deb;°CDS;691951;157;comp;;;&amp;tRNA;2337031;222;comp;;;&amp;tRNA;3793996;386;comp
;&amp;tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp
fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111;
deb;°CDS;849021;53;;;;&amp;tRNA;2376009;437;;;;&amp;tRNA;3806164;127;
;&amp;tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp
fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp
deb;°CDS;883315;64;;;;&amp;tRNA;2429718;111;comp;;;&amp;tRNA;3915708;63;comp
;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;;
fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp
deb;°CDS;887392;77;comp;;;&amp;tRNA;2623942;15;comp;;;&amp;tRNA;3920245;248;comp
;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&amp;tRNA;3920566;142;comp
fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&amp;tRNA;3920782;18;comp
deb;°CDS;1055941;68;;;;&amp;tRNA;2625463;22;comp;;;&amp;tRNA;3920873;134;comp
;&amp;tRNA;1057311;105;comp;;;&amp;tRNA;2625558;63;comp;;;&amp;tRNA;3921081;76;comp
fin;°CDS;1057492;;;;;&amp;tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp
deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&amp;tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149;
;&amp;tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67;
fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;;
deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&amp;tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34;
;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&amp;tRNA;4121675;246;comp
fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;;
deb;°CDS;1441648;14;;;;&amp;tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430;
;&amp;tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp
fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp
deb;°CDS;1492304;691;;;;&amp;tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp
;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp
;&amp;tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&amp;tRNA;4195371;278;comp
;&amp;tRNA;1497390;194;;;;&amp;tRNA;3029047;184;;;;&amp;tRNA;4195739;50;comp
;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp
;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp
fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&amp;tRNA;4456675;27;
deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&amp;tRNA;4456792;73;
;&amp;tRNA;1509186;60;;;;&amp;tRNA;3079688;22;comp;;;&amp;tRNA;4456957;492;
;&amp;tRNA;1509320;130;;;;&amp;tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;;
fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;;
deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;91;;44;;3;15;deb;
;;;158;comp’;220;;9;36;&lt;201;20
;;;119;;79;;14;43;total;25
;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80%
;;;157;comp’;353;;38;50;;
;;;53;;36;;53;53;fin;
;;comp’;68;comp’;105;;53;76;&lt;201;16
;;;350;;105;;62;77;total;22
;;;14;;111;;65;79;taux;73%
;60;;3;comp’;130;;78;100;;
;;;9;comp’;96;;81;105;total;
;;;110;;53;;91;105;&lt;201;36
;;;38;;77;;91;106;total;47
;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77%
;;;406;comp’;222;;110;130;;
;;;53;;437;;111;184;;
;;comp’;190;comp’;111;;119;219;;
;;;62;;15;;157;306;;
;22 63 46;;65;;105;;158;386;;
;;comp’;124;;100;;179;437;;
;;;91;comp’;110;;230;492;;
;;comp’;94;;106;;350;694;;
;;comp’;161;;184;;406;-;;
;;;230;;306;;430;-;;
;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls
;;comp’;193;;130;;34;63;deb;
;;;107;;219;;68;92;&lt;201;7
;;comp’;226;;386;;94;96;total;9
;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78%
;;;81;comp’;63;;161;110;fin;
;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;&lt;201;9
;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13
;;;430;;43;;226;130;taux;69%
;278;;;;50;;715;156;;
;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total;
;;;;;;;-;222;&lt;201;16
;;;;;;;-;246;total;22
;;;;;;;-;353;taux;73%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;25;54;;;;;;;
total;34;35;69;;;;;;;
taux;85%;71%;78%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ade par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;
&lt;/pre&gt;
====delta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est  22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670
&lt;/pre&gt;

====ade remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]]
*code génétique ade
&lt;pre&gt;
ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

==epsilon==
===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299===
====ant opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]]
*notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX&quot;;*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*
&lt;/pre&gt;

====ant cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]]
*Notes: * pour les jaunes
&lt;pre&gt;
ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132
&lt;/pre&gt;

====ant blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant remarques====
====ant distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]]
*Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste &gt;1aa. aac est un double.
&lt;pre&gt;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55
&lt;/pre&gt;

====ant données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca
1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac
;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta
;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc
;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa
;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa
1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac
;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj
;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;
;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;;
6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;;
6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;;
2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;
;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;;
;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ant autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ant;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;167574;66;;
;tRNA;168501;447;;cga
fin;CDS;169025;;;
deb;CDS;237275;305;;
16s;rRNA;237928;111;;
;tRNA;239556;19;;atc
;tRNA;239652;301;;gca
23s;rRNA;240029;202;;
5s;rRNA;243148;354;;
fin;CDS;243618;;comp;
deb;CDS;302333;155;comp;
;tRNA;303316;10;;cca
;tRNA;303404;16;;cac
;tRNA;303497;61;;aga
;tRNA;303635;96;;cta
;tRNA;303816;70;;atgf
fin;CDS;303963;;;
deb;CDS;316375;110;;
;tRNA;317454;109;;atgf
fin;CDS;317640;;;
deb;CDS;373519;120;;
;tRNA;375862;5;;ttc
;tRNA;375943;65;;tac
fin;CDS;376093;;;
deb;CDS;597419;47;;
;tRNA;598534;208;;ttg
fin;CDS;598827;;;
deb;CDS;751446;73;comp;
;tRNA;753064;16;comp;gac
;tRNA;753157;3;comp;gta
;tRNA;753236;31;comp;gaa
;tRNA;753342;8;comp;aaa
;tRNA;753426;22;comp;gac
;tRNA;753525;3;comp;gta
;tRNA;753604;42;comp;gaa
;tRNA;753721;40;comp;aaa
fin;CDS;753837;;comp;
deb;CDS;833388;142;comp;
;tRNA;834121;93;comp;ctc
fin;CDS;834298;;comp;
deb;CDS;1445917;93;;
;tRNA;1449916;270;;gaa
fin;CDS;1450262;;;
deb;CDS;1615201;29;;
;tRNA;1615572;99;;gtc
fin;CDS;1615747;;;
deb;CDS;1703617;1;;
;tRNA;1703837;12;comp;atgf
;tRNA;1703926;117;comp;caa
fin;CDS;1704118;;;
deb;CDS;1907982;-5;;
;ncRNA;1908268;28;comp;
fin;CDS;1908619;;comp;
deb;CDS;2221719;242;comp;
;tRNA;2222768;33;comp;aac
;tRNA;2222876;72;comp;aac
fin;CDS;2223023;;comp;
deb;CDS;2282678;349;comp;
;tRNA;2283792;81;comp;tcc
;tRNA;2283962;39;comp;gga
;tRNA;2284078;15;comp;atgi
;tRNA;2284170;102;comp;agc
fin;CDS;2284362;;comp;
deb;CDS;2323802;12;;
;tRNA;2324879;167;comp;acc
5s;rRNA;2325122;202;comp;
23s;rRNA;2325440;300;comp;
;tRNA;2328657;19;comp;gca
;tRNA;2328752;111;comp;atc
16s;rRNA;2328940;378;comp;
fin;CDS;2330835;;comp;
deb;CDS;2425110;353;;
;tmRNA;2427398;181;comp;
fin;CDS;2427974;;comp;
deb;CDS;2581821;192;comp;
;tRNA;2583033;45;comp;tgc
;tRNA;2583154;16;comp;tca
;tRNA;2583259;143;comp;tta
fin;CDS;2583489;;;
deb;CDS;2637277;81;comp;
;tRNA;2637541;31;comp;tgg
fin;CDS;2637648;;comp;
deb;CDS;2637824;240;comp;
;tRNA;2639273;8;comp;gga
;tRNA;2639358;69;comp;tac
;tRNA;2639512;21;comp;aca
;tRNA;2639610;41;comp;ttc
fin;CDS;2639727;;comp;
deb;CDS;2656033;231;;
5s;rRNA;2656495;223;comp;
23s;rRNA;2656834;301;comp;
;tRNA;2660052;19;comp;gca
;tRNA;2660147;111;comp;atc
16s;rRNA;2660335;292;comp;
fin;CDS;2662144;;comp;
deb;CDS;2693436;95;;
;tRNA;2695547;16;;caa
;tRNA;2695638;7;;tta
;tRNA;2695732;14;;gga
;tRNA;2695823;16;;aaa
;tRNA;2695915;14;;atgf
;tRNA;2696006;12;;atgj
;tRNA;2696095;30;;aca
;tRNA;2696202;90;;tca
fin;CDS;2696381;;;
deb;CDS;2739487;88;comp;
;Regulatory;2740208;48;comp;
fin;CDS;2740399;;comp;
deb;CDS;2825449;163;;
;repeat_region;2825927;233;;
fin;CDS;2827303;;;
deb;CDS;3082950;143;;
;tRNA;3083318;173;comp;acc
5s;rRNA;3083567;202;comp;
23s;rRNA;3083885;273;comp;
;tRNA;3087075;19;comp;gca
;tRNA;3087170;111;comp;atc
16s;rRNA;3087358;462;comp;
fin;CDS;3089337;;;
&lt;/pre&gt;

====ant intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;;
ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762
;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65
;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313
;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248
;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182
;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100
;'''total 3095;&lt;201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;Cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;51
184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36
2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34
710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33
982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45
3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47
1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44
2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60
269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42
1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54
1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49
1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56
2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56
2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31
1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47
997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38
1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34
1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45
606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31
1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35
1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27
792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33
2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24
949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24
2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24
2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21
2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32
3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16
2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4
27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15
1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15
715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15
2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15
1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14
1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12
;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11
;;34;6;280;9;;total;827;210;9
;;35;7;290;5;;;;215;10
;;36;6;300;12;;'''intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;8
;;37;7;310;5;;600;3070;225;5
;;38;6;320;3;;620;3;230;8
;;39;°9;330;7;;640;2;235;6
;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10
;;;1246;350;2;150;680;1;245;6
;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3
;;;;370;2;;720;2;255;7
;;;;380;1;;740;1;260;6
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5
3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4
2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5
1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4
1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3
2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2
641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5
1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7
3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1
542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4
2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3
907463;-38;;;500;1;;980;;320;0
984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3
1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4
1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3
1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1
2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0
3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2
531215;-32;;;570;1;;;;355;2
642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1
1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1
2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1
2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58
3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;&gt;0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;&lt;0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;&gt;0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;&lt;0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;;
comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1
continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83
Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679
&lt;/pre&gt;

====ant autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp
;&amp;tRNA;168501;447;;;;&amp;tRNA;1449916;270;;;;&amp;tRNA;2637541;31;comp
fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp
deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp
;$rRNA;237928;111;;;;&amp;tRNA;1615572;99;;;;&amp;tRNA;2639273;8;comp
;&amp;tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&amp;tRNA;2639358;69;comp
;&amp;tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&amp;tRNA;2639512;21;comp
;$rRNA;240029;202;;;;&amp;tRNA;1703837;12;comp;;;&amp;tRNA;2639610;41;comp
;$rRNA;243148;354;;;;&amp;tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp
fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231;
deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp
;&amp;tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp
;&amp;tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&amp;tRNA;2660052;19;comp
;&amp;tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&amp;tRNA;2660147;111;comp
;&amp;tRNA;303635;96;;;;&amp;tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp
;&amp;tRNA;303816;70;;;;&amp;tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp
fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95;
deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&amp;tRNA;2695547;16;
;&amp;tRNA;317454;109;;;;&amp;tRNA;2283792;81;comp;;;&amp;tRNA;2695638;7;
fin;°CDS;317640;;;;;&amp;tRNA;2283962;39;comp;;;&amp;tRNA;2695732;14;
deb;°CDS;373519;120;;;;&amp;tRNA;2284078;15;comp;;;&amp;tRNA;2695823;16;
;&amp;tRNA;375862;5;;;;&amp;tRNA;2284170;102;comp;;;&amp;tRNA;2695915;14;
;&amp;tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&amp;tRNA;2696006;12;
fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&amp;tRNA;2696095;30;
deb;°CDS;597419;47;;;;&amp;tRNA;2324879;167;comp;;;&amp;tRNA;2696202;90;
;&amp;tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;;
fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp
deb;°CDS;751446;73;comp;;;&amp;tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp
;&amp;tRNA;753064;16;comp;;;&amp;tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp
;&amp;tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163;
;&amp;tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233;
;&amp;tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;;
;&amp;tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143;
;&amp;tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&amp;tRNA;3083318;173;comp
;&amp;tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp
;&amp;tRNA;753721;40;comp;;;&amp;tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp
fin;°CDS;753837;;comp;;;&amp;tRNA;2583154;16;comp;;;&amp;tRNA;3087075;19;comp
deb;°CDS;833388;142;comp;;;&amp;tRNA;2583259;143;comp;;;&amp;tRNA;3087170;111;comp
;&amp;tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp
fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;;
&lt;/pre&gt;
====ant intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;66;;447;;29;31;'''deb;
;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;&lt;201;11
;;;110;;109;;66;41;total;14
;5;;120;;65;;73;65;taux;79%
;;;47;;208;;81;70;'''fin;
;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;&lt;201;12
;;;142;;93;;95;90;total;15
;;;93;;270;;110;93;taux;80%
;;;29;;99;;120;99;'''total;
;12;comp’;1;;117;;142;102;&lt;201;23
;33;;242;;73;;192;109;total;29
;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79%
;;comp’;12;;;;242;208;;
;45 16;;192;comp’;143;;349;270;;
;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls
;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100%
;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100%
;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100%
;;;;;;;155;-;;
;;;;;;;;;;
comp’+continu;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;15;13;28;;;;;;;
total;18;16;34;;;;;;;
%;83%;81%;82%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;
&lt;/pre&gt;

====epsilon, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est  13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676
&lt;/pre&gt;
===pub===
====pub opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====pub cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]]
&lt;pre&gt;
pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134
&lt;/pre&gt;
====pub blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*
&lt;/pre&gt;

====pub distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;&gt;1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29
&lt;/pre&gt;
====pub données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;
5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;;
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;43;80;22;75;446;;
;3;40;19;30;4;5;25;-5;1;1;7;5;5s CDS;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;1;1;26;2;52;;
;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;;
1;1;80;15;14;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;4;31;5;101;149;;
2;0;110;6;6;11;3;5;-12;3;1;6;19;tRNA tRNA;;intra
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;;
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;;
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;;
;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;;
22;28;total;235;599;total;236;600;-43;1;0;;;;;
20;28;diagr;218;537;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;222;92;13;327;;;-49;0;0;;;;;
;c;541;381;58;980;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;1386;;total;92;381;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pub autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pub;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9267;4;comp;
;tmRNA;10219;-2;;
fin;CDS;10519;;comp;
deb;CDS;38328;255;comp;
;ncRNA;39051;42;comp;
fin;CDS;39448;;comp;
deb;CDS;41060;20;;
;tRNA;41674;66;comp;atgi
;tRNA;41817;8;comp;gtc
fin;CDS;41900;;comp;
deb;CDS;114873;3;comp;
;tRNA;116151;32;comp;caa
fin;CDS;116257;;comp;
deb;CDS;319204;22;comp;
;tRNA;319571;97;comp;ggc
fin;CDS;319743;;;
deb;CDS;407852;68;comp;
;tRNA;408517;7;;ttg
fin;CDS;408609;;;
deb;CDS;414886;26;comp;
;tRNA;415434;75;comp;cgt
fin;CDS;415586;;;
deb;CDS;438405;2;;
;tRNA;440216;5;;tcc
fin;CDS;440311;;comp;
deb;CDS;461643;2;;
;tRNA;462365;101;comp;acc
fin;CDS;462540;;;
deb;CDS;466335;5;;
;tRNA;466556;88;;ttc
deb;CDS;466720;235;;
;tRNA;467168;5;;cac
fin;CDS;467248;;;
deb;CDS;496262;70;comp;
;regulatory;498528;91;comp;
fin;CDS;498707;;;
deb;CDS;509729;330;comp;
16s;rRNA;511358;98;;1475
;tRNA;512931;9;;atc
;tRNA;513017;149;;gca
;rRNA;513242;446;;2754
fin;CDS;516442;;;
deb;CDS;563601;52;;
;rRNA;564532;13;;115
fin;CDS;564660;;;
deb;CDS;567715;18;;
;tRNA;568432;6;comp;atgf
fin;CDS;568515;;comp;
deb;CDS;593396;23;comp;
;tRNA;594400;16;;cga
fin;CDS;594493;;comp;
deb;CDS;648881;24;;
;regulatory;649787;77;;
fin;CDS;649954;;;
deb;CDS;731869;9;comp;
;regulatory;732787;88;comp;
fin;CDS;732939;;comp;
deb;CDS;785951;32;;
;regulatory;786499;-13;;
fin;CDS;786575;;;
deb;CDS;842772;101;comp;
;tRNA;843125;16;;cta
fin;CDS;843226;;;
deb;CDS;846722;49;;
;tRNA;849156;13;;gta
;tRNA;849245;88;;gac
fin;CDS;849410;;;
deb;CDS;934654;31;;
;tRNA;936095;170;;aga
fin;CDS;936342;;;
deb;CDS;941232;19;;
;tRNA;942409;52;comp;aac
;tRNA;942537;128;comp;tgc
fin;CDS;942739;;;
deb;CDS;970015;200;;
;tRNA;971328;20;;aaa
fin;CDS;971424;;comp;
deb;CDS;975062;0;;
;tRNA;975329;92;comp;tca
fin;CDS;975511;;;
deb;CDS;985615;93;comp;
;tRNA;986221;4;;cca
fin;CDS;986302;;;
deb;CDS;988522;50;;
;tRNA;990267;23;;gaa
fin;CDS;990365;;;
deb;CDS;1005217;139;comp;
;regulatory;1005818;4;;
fin;CDS;1005891;;;
deb;CDS;1029539;0;;
;tRNA;1031753;68;comp;agc
fin;CDS;1031913;;;
deb;CDS;1085222;19;comp;
;tRNA;1085433;7;comp;tgg
deb;CDS;1085516;47;comp;
;tRNA;1086754;46;comp;gga
;tRNA;1086874;131;comp;tac
deb;CDS;1087091;33;;
;tRNA;1087868;4;;aca
deb;CDS;1087948;4;comp;
;tRNA;1088732;79;comp;tta
fin;CDS;1088896;;comp;
deb;CDS;1125607;4;comp;
;regulatory;1126163;3;comp;
deb;CDS;1126231;66;comp;
;regulatory;1127359;295;comp;
fin;CDS;1127719;;comp;
deb;CDS;1165696;141;;
;tRNA;1166596;64;comp;atgj
fin;CDS;1166737;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pub intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;;
pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473
;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71
;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228
;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67
;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35
;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31
;'''total 1307;&lt;201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;16
73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26
999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23
1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33
537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16
1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23
1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25
193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15
398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13
408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17
762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12
1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10
338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14
997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7
334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9
675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8
1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4
627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9
1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8
79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7
807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6
58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5
1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5
761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1
782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5
612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2
351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5
838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3
744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2
166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4
625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1
164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6
217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1
1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4
798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1
422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1
288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1
560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0
262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3
469675;181;37;5;310;1;;;;225;2
832239;177;38;2;320;2;;;;230;1
939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0
;;40;3;340;1;;;;240;1
;;reste;308;350;0;;;;245;0
;;total;1307;360;1;;;;250;1
;;;;370;0;;;;255;1
;;;;380;0;;;;260;0
;;;;390;0;;;;265;0
;;;;400;0;;;;270;1
;;;;410;1;;;;275;0
;;;;420;0;;;;280;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1
817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0
410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0
1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0
474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1
682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0
1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0
1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2
584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0
707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0
802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1
1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0
279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0
1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0
928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0
803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1
1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0
429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0
992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8
1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&amp;-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&amp;-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&amp;308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&amp;117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;&gt;0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;&lt;0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;&gt;0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;&lt;0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90
continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92
;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381
&lt;/pre&gt;

====pub autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200;
;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&amp;tRNA;971328;20;
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;&amp;tRNA;466556;88;;;;&amp;tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp
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;;;;;;;&amp;tRNA;942537;128;comp;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====pub intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;comp’;20;;8;;2;4;deb;
;9;;3;;32;;3;5;&lt;201;13
;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14
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;;;2;comp’;5;;22;8;&lt;201;14
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;;;235;;5;;33;32;total;
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;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28
;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96%
;;;49;;88;;200;88;;
;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls
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;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11
;;comp’;0;comp’;92;;2;16;&lt;201;100%
;;comp’;93;;4;;18;20;;
;;;50;;23;;19;68;fin;11
;;comp’;0;comp’;68;;20;75;&lt;201;100%
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;;;47;comp’;131;;68;97;total;
;;;33;comp’;4;;93;101;&lt;201;22
;;;4;;79;;101;128;total;22
;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;24;25;49;;;;;
;;total;25;25;50;;;;;
;;taux;96%;100%;98%;;;;;
&lt;/pre&gt;

==actino==
===Actinoplanes sp. SE50/110===
====ase opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;;
comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;;
comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;;
comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;;
comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;;
;;;;;;;;;;;
;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;;
;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;;
comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;;
comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;;
comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;;
;;;;;;;;;;;
comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;;
comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;;
comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;;
;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;;
comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;;
;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;
&lt;/pre&gt;

====ase cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]]
&lt;pre&gt;
ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62
&lt;/pre&gt;

====ase blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]]
&lt;pre&gt;
ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773
&lt;/pre&gt;
====ase remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]]
====ase distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt
1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag
;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf
1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc
2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac
;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc
1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg
1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other
;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg
5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc
1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc
1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc
1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag
;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag
2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;;
;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;;
;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;;
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;;
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;;
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;;
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;;
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;;
;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;;
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;;
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;;
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;;
;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;;
;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;;
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;;
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;;
;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;;
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;;
8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;;
41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;;
32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;
2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;
;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;
;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;
;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ase autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ase;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;12497;78;;
;tRNA;13471;245;;atc
;tRNA;13790;202;;gca
fin;CDS;14065;;comp;
deb;CDS;45153;279;comp;
;tRNA;46248;257;comp;ctg
fin;CDS;46588;;;
deb;CDS;65469;387;comp;
;tRNA;66711;151;comp;ggg
fin;CDS;66936;;comp;
deb;CDS;145264;595;comp;
;tRNA;146168;15;comp;ttc
;tRNA;146260;62;comp;gac
;tRNA;146396;338;comp;gaa
fin;CDS;146807;;comp;
deb;CDS;153733;555;;
;rRNA;155650;345;;16s
;rRNA;157512;105;;23s
;rRNA;160691;377;;5s
fin;CDS;161185;;comp;
deb;CDS;164168;92;;
;tRNA;164809;274;;aaa
fin;CDS;165158;;;
deb;CDS;261106;434;;
;tRNA;262062;817;;aaa
fin;CDS;262948;;;
deb;CDS;457033;185;comp;
;tRNA;458877;74;;acg
fin;CDS;459025;;comp;
deb;CDS;568633;491;;
;rRNA;569499;345;;16s
;rRNA;571360;114;;23s
;rRNA;574548;245;;5s
fin;CDS;574910;;;
deb;CDS;627485;42;;
;tRNA;628439;8;;gac
fin;CDS;628521;;comp;
deb;CDS;643285;1343;;
;tRNA;645777;459;;agg
fin;CDS;646309;;comp;
deb;CDS;747348;430;;
;tRNA;748768;148;comp;tac
fin;CDS;749000;;;
deb;CDS;752175;94;;
;tRNA;754798;47;;acc
;tRNA;754918;138;;atgj
fin;CDS;755129;;;
deb;CDS;755829;79;;
;tRNA;756304;103;;tgg
fin;CDS;756480;;;
deb;CDS;940643;55;;
;tRNA;942060;221;;tta
fin;CDS;942364;;;
deb;CDS;1120784;33;;
;tmRNA;1121477;553;;
fin;CDS;1122412;;comp;
deb;CDS;1155560;203;comp;
;tRNA;1156105;89;comp;gcc
fin;CDS;1156267;;comp;
deb;CDS;1222705;262;;
;tRNA;1223897;244;comp;cta
fin;CDS;1224225;;comp;
deb;CDS;1237525;91;;
;tRNA;1238207;54;;cac
fin;CDS;1238337;;comp;
deb;CDS;1248040;132;comp;
;tRNA;1249399;118;;aag
;tRNA;1249593;-12;;aag
fin;CDS;1249654;;comp;
deb;CDS;1335812;296;;
;tRNA;1336393;13;comp;aga
fin;CDS;1336479;;comp;
deb;CDS;1399552;373;comp;
;tRNA;1400450;130;comp;gga
;tRNA;1400651;38;;cca
fin;CDS;1400763;;;
deb;CDS;1406634;585;comp;
;rRNA;1407435;344;;16s
;rRNA;1409295;105;;23s
;rRNA;1412474;122;;5s
fin;CDS;1412713;;comp;
deb;CDS;1519931;217;comp;
;tRNA;1520472;315;;aac
fin;CDS;1520860;;;
deb;CDS;1522138;47;;
;tRNA;1522359;827;;atgi
fin;CDS;1523260;;comp;
deb;CDS;1604562;38;;
;tRNA;1605065;1132;;gta
fin;CDS;1606269;;;
deb;CDS;1618796;261;comp;
;ncRNA;1619690;61;comp;
fin;CDS;1620155;;;
deb;CDS;1935668;362;comp;
;tRNA;1936828;131;comp;ttg
fin;CDS;1937036;;;
deb;CDS;2434657;19;;
;tRNA;2435579;151;comp;ctc
fin;CDS;2435813;;;
deb;CDS;2570204;793;comp;
;rRNA;2571618;352;;16s
;rRNA;2573486;100;;23s
;rRNA;2576661;247;;5s
fin;CDS;2577025;;comp;
deb;CDS;4900233;19;comp;
;tRNA;4901800;29;comp;tgc
;tRNA;4901908;19;comp;gcg
deb;CDS;4902001;23;comp;
;tRNA;4902345;31;comp;gac
fin;CDS;4902449;;comp;
deb;CDS;4989030;22;;
;tRNA;4989784;278;;other
fin;CDS;4990157;;comp;
deb;CDS;5443888;409;;
;tRNA;5444936;20;;ctc
;tRNA;5445030;32;;tac
fin;CDS;5445144;;comp;
deb;CDS;6208479;104;;
;tRNA;6209594;9;comp;cgg
;tRNA;6209676;17;comp;cca
;tRNA;6209767;5;comp;agc
;tRNA;6209865;4;comp;ctg
;tRNA;6209944;11;comp;cag
;tRNA;6210027;4;comp;ggc
;tRNA;6210105;3;comp;cgt
;tRNA;6210181;43;comp;gcc
;tRNA;6210298;345;comp;tgg
fin;CDS;6210715;;comp;
deb;CDS;6288256;317;comp;
;tRNA;6290910;43;comp;tga
fin;CDS;6291049;;;
deb;CDS;6397947;699;;
;tRNA;6399123;199;;tgg
;tRNA;6399396;157;;ggg
;tRNA;6399626;64;;gcc
;tRNA;6399763;81;;gag
;tRNA;6399916;141;;gga
;tRNA;6400131;144;;caa
;tRNA;6400352;1;;ttg
;tRNA;6400428;5;;acc
;tRNA;6400506;34;;ggc
deb;CDS;6400612;35;;
;tRNA;6401091;110;;cag
;tRNA;6401274;4;;ctc
;tRNA;6401352;1;;acg
;tRNA;6401429;5;;ctg
;tRNA;6401509;30;;gcg
;tRNA;6401615;5;;gac
;tRNA;6401692;1;;agc
;tRNA;6401781;6;;atc
;ncRNA;6401861;7;;
;tRNA;6402235;97;;cgt
;tRNA;6402407;14;;aag
;tRNA;6402492;11;;aga
;tRNA;6402577;1;;aaa
;tRNA;6402652;1;;atgf
;tRNA;6402729;1;;gtc
;tRNA;6402806;5;;gaa
;tRNA;6402885;44;;aac
;tRNA;6403003;1;;tcc
;tRNA;6403090;2;;gtg
;tRNA;6403166;96;;cac
;tRNA;6403333;411;;other
fin;CDS;6403817;;comp;
deb;CDS;6543191;412;;
;tRNA;6544032;152;;ctg
;tRNA;6544259;380;;gca
deb;CDS;6544712;113;;
;tRNA;6546031;178;;gac
fin;CDS;6546284;;;
deb;CDS;6934653;69;;
;tRNA;6935889;51;comp;ccc
fin;CDS;6936014;;comp;
deb;CDS;6991353;983;comp;
;rRNA;6992612;176;comp;5s
;rRNA;6992905;344;comp;23s
;rRNA;6996322;530;comp;16s
fin;CDS;6998368;;comp;
deb;CDS;7455514;167;;
;tRNA;7456776;55;comp;gtg
fin;CDS;7456903;;comp;
deb;CDS;7481701;83;;
;rRNA;7484073;175;comp;5s
;rRNA;7484365;352;comp;23s
;rRNA;7487790;799;comp;16s
fin;CDS;7490105;;comp;
deb;CDS;7670534;136;;
;tRNA;7671789;18;comp;gtc
;tRNA;7671882;38;comp;tgc
;tRNA;7671991;116;comp;ggc
fin;CDS;7672180;;comp;
deb;CDS;7710075;136;;
;tRNA;7711330;28;comp;gtc
;tRNA;7711433;38;comp;tgc
;tRNA;7711542;112;comp;ggc
fin;CDS;7711727;;;
deb;CDS;8111157;546;;
;tRNA;8112390;532;comp;gag
;tRNA;8112998;57;comp;gag
;tRNA;8113128;451;comp;cag
fin;CDS;8113651;;comp;
deb;CDS;8275151;65;;
;tRNA;8275876;419;;cgg
fin;CDS;8276367;;comp;
deb;CDS;8391343;135;comp;
;tRNA;8392786;296;comp;atgf
fin;CDS;8393159;;comp;
deb;CDS;8397029;599;comp;
;tRNA;8399713;71;comp;atgf
fin;CDS;8399858;;comp;
deb;CDS;8601686;81;comp;
;tRNA;8603210;37;comp;caa
fin;CDS;8603318;;comp;
deb;CDS;8623005;64;;
;tRNA;8623795;171;comp;gcg
fin;CDS;8624043;;comp;
deb;CDS;8821061;136;comp;
;tRNA;8822283;175;;aca
fin;CDS;8822532;;comp;
deb;CDS;8945870;190;;
;tRNA;8946954;204;;ccg
fin;CDS;8947235;;comp;
deb;CDS;8963177;104;comp;
;ncRNA;8966809;83;comp;
;tRNA;8966988;273;;tcc
fin;CDS;8967346;;comp;
deb;CDS;8969168;91;;
;tRNA;8969592;116;comp;tcg
fin;CDS;8969798;;;
deb;CDS;9077764;329;;
;tRNA;9079185;370;comp;cgt
fin;CDS;9079627;;comp;
deb;CDS;9084051;524;comp;
;tRNA;9087239;40;comp;cgt
;tRNA;9087352;408;comp;agc
fin;CDS;9087851;;;
deb;CDS;9100587;77;comp;
;tRNA;9101627;1017;;tca
fin;CDS;9102729;;comp;
&lt;/pre&gt;

====ase intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;;
ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9
;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10
;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11
;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9
;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8
;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5
;'''total 8197;&lt;201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7
3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2
5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3
9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4
5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4
6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4
2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5
7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6
355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4
6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5
744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3
7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4
713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5
56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3
7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5
1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3
6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5
3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3
6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1
7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4
4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4
3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4
1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1
8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1
8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1
5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1
1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1
9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2
3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0
1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7
6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0
3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3
6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4
8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0
5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1
204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1
6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2
;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3
;;36;26;300;51;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequence5;220;40;1060;2
;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0
;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0
;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3
;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0
;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1
;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1
;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1
;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0
1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0
1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0
3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2
5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1
2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1
7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42
2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197
3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;;
1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;;
1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;;
2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;;
5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;;
4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;;
5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;;
3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;;
5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;;
6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;;
9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;;
594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;;
6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;;
323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;;
1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;;
5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;;
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&amp;-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&amp;-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&amp;184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&amp;141;51; -;827;poly;149;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;&gt;0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;&lt;0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;&gt;0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;&lt;0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
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220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
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240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
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;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7
;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

====ase autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
====ase intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
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11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;&lt;201;12
;152;;412;;380;;77;43;total;18
;;;113;;178;;91;54;taux;67%
;;comp’;69;;51;;104;74;;
;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin;
;18 38;comp’;136;;116;;136;116;&lt;201;12
;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23
;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34%
;;;65;comp’;419;;167;151;;
;;;135;;296;;185;175;'''total;
;;;599;;71;;217;202;&lt;201;24
;;;81;;37;;262;204;total;41
;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59%
;;comp’;136;comp’;175;;329;273;;
;;;190;comp’;204;;430;278;;
;;;;comp’;273;;546;408;;
;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;;
;;comp’;329;;370;;'''-;419;;
;40;;524;comp’;408;;'''-;459;;
;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;;
;;;;;;;'''-;1017;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;30;28;58;;;;;;;
total;50;51;101;;;;;;;
taux;60%;55%;57%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===blo===
====blo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s  4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;
&lt;/pre&gt;

====blo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]]
&lt;pre&gt;
blo cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;4;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;1;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;7;
;max a;0;80;0;
;a doubles;0;100;2;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;41;160;0;
;1 aa;31;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;4;;0;
;total aas;55;;15;0
total aas;;55;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;41;
;;;variance;24;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;16;
&lt;/pre&gt;

====blo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]]
&lt;pre&gt;
blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120
&lt;/pre&gt;
====blo remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]]

====blo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;;
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;;
;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;;
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;;
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;;
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;;
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;;
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;;
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188;
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251;
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;;
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac
;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc
;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc
;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;
0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;
&lt;/pre&gt;
=====blo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;blo;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;54774;6;comp;
;regulatory;55434;84;comp;
fin;CDS;55670;;;
deb;CDS;114598;163;;
;tRNA;115187;231;;gta
fin;CDS;115492;;;
deb;CDS;139965;-10;comp;
;regulatory;140900;336;comp;
fin;CDS;141345;;;
deb;CDS;158126;618;;
;rRNA;159245;432;;16s
;rRNA;161203;170;;23s
;rRNA;164439;188;;5s
fin;CDS;164744;;comp;
deb;CDS;205431;187;;
;tmRNA;206548;238;;
deb;CDS;207183;-17;comp;
;tRNA;207388;154;comp;tgg
fin;CDS;207612;;comp;
deb;CDS;327271;8;;
;ncRNA;327873;493;comp;
fin;CDS;328741;;;
deb;CDS;381615;190;;
;tRNA;382849;43;comp;aac
;tRNA;382968;284;comp;aac
fin;CDS;383325;;;
deb;CDS;439838;-39;;
;tRNA;440078;558;comp;aac
fin;CDS;440709;;;
deb;CDS;502556;159;comp;
;tRNA;503549;27;;ggc
;tRNA;503649;41;;tgc
;tRNA;503761;48;;gtc
;tRNA;503881;31;;gtg
;tRNA;503985;148;;ggc
fin;CDS;504209;;;
deb;CDS;518814;64;;
;tRNA;521008;216;;ccc
fin;CDS;521298;;;
deb;CDS;647871;95;comp;
;tRNA;648764;60;;ctc
fin;CDS;648912;;;
deb;CDS;745690;187;comp;
;tRNA;747296;29;comp;cgt
;tRNA;747399;117;comp;cgt
fin;CDS;747590;;comp;
deb;CDS;774507;116;;
;tRNA;775646;94;;caa
fin;CDS;775811;;;
deb;CDS;777792;218;;
;tRNA;778709;89;;gcc
;tRNA;778871;206;;gcc
fin;CDS;779150;;;
deb;CDS;790385;272;;
;tRNA;793729;467;;cca
fin;CDS;794270;;;
deb;CDS;803537;67;comp;
;tRNA;804390;204;comp;ttg
fin;CDS;804668;;;
deb;CDS;840296;192;comp;
;tRNA;841058;158;comp;tta
fin;CDS;841295;;comp;
deb;CDS;884674;174;comp;
;regulatory;885043;70;comp;
fin;CDS;885217;;comp;
deb;CDS;902480;104;comp;
;regulatory;903184;90;comp;
fin;CDS;903379;;comp;
deb;CDS;935658;336;comp;
;tRNA;937056;149;;cac
fin;CDS;937281;;;
deb;CDS;980173;251;comp;
;tRNA;981180;76;comp;aga
fin;CDS;981330;;;
deb;CDS;1200444;288;comp;
;tRNA;1202433;87;;acg
;tRNA;1202593;192;;cta
fin;CDS;1202866;;;
deb;CDS;1206664;206;comp;
;tRNA;1208139;167;;acg
fin;CDS;1208379;;comp;
deb;CDS;1263240;256;comp;
;tRNA;1264393;48;comp;gtg
;tRNA;1264514;46;comp;gtc
;tRNA;1264632;193;comp;ggc
fin;CDS;1264898;;;
deb;CDS;1279836;365;comp;
;tRNA;1280591;97;comp;cgg
fin;CDS;1280764;;;
deb;CDS;1294216;215;comp;
;tRNA;1295466;433;;atgf
fin;CDS;1295976;;;
deb;CDS;1349627;113;comp;
;tRNA;1350001;199;comp;aag
fin;CDS;1350274;;comp;
deb;CDS;1387168;75;comp;
;tRNA;1388878;175;comp;aaa
fin;CDS;1389126;;;
deb;CDS;1408202;580;comp;
;tRNA;1410594;469;;tcc
fin;CDS;1411148;;comp;
deb;CDS;1424162;142;comp;
;tRNA;1424793;39;comp;cag
;tRNA;1424907;-8;comp;gag
fin;CDS;1424972;;;
deb;CDS;1446913;71;comp;
;ncRNA;1448136;433;comp;
fin;CDS;1448664;;;
deb;CDS;1477877;47;comp;
;regulatory;1479277;128;comp;
fin;CDS;1479502;;comp;
deb;CDS;1523012;62;;
;tRNA;1524142;74;comp;ggg
fin;CDS;1524290;;comp;
deb;CDS;1533182;306;;
;tRNA;1534802;871;;ctg
fin;CDS;1535759;;;
deb;CDS;1605867;102;;
;tRNA;1606163;42;;atc
;tRNA;1606279;356;;gca
fin;CDS;1606708;;comp;
deb;CDS;1645027;314;comp;
;tRNA;1646838;130;comp;aca
fin;CDS;1647042;;comp;
deb;CDS;1704570;578;comp;
;rRNA;1705904;431;;16s
;rRNA;1707861;170;;23s
;rRNA;1711097;866;;5s
;rRNA;1712080;431;;16s
;rRNA;1714037;170;;23s
;rRNA;1717273;251;;5s
fin;CDS;1717641;;comp;
deb;CDS;1769786;55;;
;tRNA;1769952;329;;gcg
fin;CDS;1770354;;;
deb;CDS;1904329;130;;
;tRNA;1905665;37;;tgg
fin;CDS;1905778;;;
deb;CDS;1907638;573;;
;rRNA;1908904;431;;16s
;rRNA;1910861;170;;23s
;rRNA;1914097;375;;5s
fin;CDS;1914589;;;
deb;CDS;1935774;178;;
;tRNA;1936132;519;;gga
fin;CDS;1936725;;;
deb;CDS;1969854;309;comp;
;tRNA;1971396;1;;tac
;tRNA;1971479;4;;acc
;tRNA;1971555;61;;atgj
fin;CDS;1971690;;;
deb;CDS;1978293;71;;
;tRNA;1979312;376;;agc
fin;CDS;1979775;;;
deb;CDS;2014827;397;;
;tRNA;2016025;327;;tcg
fin;CDS;2016437;;;
deb;CDS;2045606;179;;
;tRNA;2047072;245;;tca
fin;CDS;2047402;;;
deb;CDS;2067227;222;comp;
;tRNA;2068640;204;comp;ccg
fin;CDS;2068918;;;
deb;CDS;2084303;271;comp;
;tRNA;2085402;69;comp;gaa
fin;CDS;2085543;;comp;
deb;CDS;2086731;224;;
;tRNA;2087969;47;;gac
;tRNA;2088090;519;;ttc
fin;CDS;2088685;;comp;
deb;CDS;2108837;333;comp;
;tRNA;2110850;422;;gac
fin;CDS;2111349;;;
deb;CDS;2129279;117;;
;tRNA;2130626;137;;atgi
fin;CDS;2130837;;;
deb;CDS;2170074;253;comp;
;tRNA;2171440;156;;agg
fin;CDS;2171669;;;
&lt;/pre&gt;

====blo intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;;
blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228
;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3
;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57
;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47
;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46
;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32
;'''total 1772;&lt;201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26
1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25
249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23
620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27
1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29
605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26
1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42
2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34
1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25
1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29
1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29
934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31
1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43
1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20
550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28
1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34
2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23
1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36
1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21
1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32
1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24
1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33
2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21
543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20
551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25
1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24
1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25
132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27
1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28
24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28
1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25
1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10
1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13
716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20
1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14
2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17
332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12
1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17
618810;586;36;4;300;17;;;;220;15
598849;559;37;4;310;13;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;225;12
1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11
1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14
1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8
1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11
733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10
986367;549;;;370;4;;700;2;255;9
1178750;549;;;380;9;;720;;260;8
1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11
;;;;400;6;;760;3;270;12
;;;;410;5;;780;3;275;15
;;;;420;11;;800;;280;7
;;;;430;3;;820;;285;4
;;;;440;3;;840;1;290;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8
516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9
267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8
822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5
513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7
287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9
398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2
1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4
1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5
1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7
2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1
946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4
2164932;-28;;;570;0;;;;355;7
1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5
794270;-25;;;590;3;34;;;365;2
2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2
268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119
1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&amp;-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&amp;159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&amp;136;51;-;861;dte;36;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;&gt;0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;&lt;0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;&gt;0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;&lt;0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1
160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7
170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0
180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2
190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1
200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0
210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0
220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0
230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0
240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0
250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1
260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0
270;6;17;;270;13;17;27;1;3;;;-28;1;1
280;11;11;;280;25;11;28;1;3;;;-29;0;0
290;4;3;;290;9;3;29;1;4;;;-30;0;0
300;5;12;;300;11;12;30;1;2;;;-31;0;1
310;6;7;;310;13;7;31;2;6;;;-32;1;0
320;5;11;;320;11;11;32;1;3;;;-33;0;0
330;3;3;;330;7;3;33;4;2;;;-34;0;0
340;7;5;;340;16;5;34;1;4;;;-35;1;0
350;2;3;;350;4;3;35;0;2;;;-36;0;0
360;6;6;;360;13;6;36;1;3;;;-37;0;0
370;3;1;;370;7;1;37;1;3;;;-38;1;0
380;5;4;;380;11;4;38;1;2;;;-39;1;0
390;2;2;;390;4;2;39;1;9;;;-40;0;0
400;3;3;;400;7;3;40;2;0;;;-41;0;0
reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0
total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1
diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0
 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16
continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18
;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210
&lt;/pre&gt;

====blo autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp
;regulatory;55434;84;comp;;;&amp;tRNA;841058;158;comp;;;&amp;tRNA;1646838;130;comp
fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp
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;&amp;tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431;
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;$rRNA;159245;432;;;;&amp;tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp
;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55;
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;ncRNA;327873;493;comp;;;&amp;tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375;
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;&amp;tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&amp;tRNA;1971479;4;
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;&amp;tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71;
;&amp;tRNA;503649;41;;;;&amp;tRNA;1295466;433;;;;&amp;tRNA;1979312;376;
;&amp;tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;;
;&amp;tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397;
;&amp;tRNA;503985;148;;;;&amp;tRNA;1350001;199;comp;;;&amp;tRNA;2016025;327;
fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;;
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;&amp;tRNA;521008;216;;;;&amp;tRNA;1388878;175;comp;;;&amp;tRNA;2047072;245;
fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;;
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;&amp;tRNA;648764;60;;;;&amp;tRNA;1410594;469;;;;&amp;tRNA;2068640;204;comp
fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;;
deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp
;&amp;tRNA;747296;29;comp;;;&amp;tRNA;1424793;39;comp;;;&amp;tRNA;2085402;69;comp
;&amp;tRNA;747399;117;comp;;;&amp;tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp
fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224;
deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&amp;tRNA;2087969;47;
;&amp;tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&amp;tRNA;2088090;519;
fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp
deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp
;&amp;tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&amp;tRNA;2110850;422;
;&amp;tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;;
fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117;
deb;°CDS;790385;272;;;;&amp;tRNA;1524142;74;comp;;;&amp;tRNA;2130626;137;
;&amp;tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;;
fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp
deb;°CDS;803537;67;comp;;;&amp;tRNA;1534802;871;;;;&amp;tRNA;2171440;156;
;&amp;tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;;
fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1606163;42;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1606279;356;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
*;;;163;;231;;'''-17;60;;
;;;-17;;154;;24;61;'''deb;
;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;&lt;201;15
;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26
;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58%
;;;24;;216;;75;117;;
;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin;
;29;;187;;117;;113;137;&lt;201;15
;;;116;;94;;116;148;total;26
;89;;218;;206;;117;149;taux;58%
;;;212;;467;;142;154;;
;;;67;comp’;204;;163;156;'''total;
;;;192;;158;;179;158;&lt;201;30
;;comp’;336;;149;;187;192;total;52
;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58%
;87;comp’;288;;192;;212;206;;
;;comp’;206;comp’;167;;218;216;;
;48 46;;256;comp’;193;;222;231;;
;;;365;comp’;97;;224;245;;
;;comp’;215;;433;;251;327;;
;;;113;;199;;256;329;;
;;;75;comp’;175;;271;376;;
;;comp’;580;comp’;469;;306;422;;
;39;;142;comp’;-8;;314;433;;
;;comp’;62;;74;;365;467;;
;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls
;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb;
;;;314;;130;;62;76;&lt;201;5
;;;65;;329;;95;97;total;13
;1  4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38%
;;;71;;376;;190;175;'''fin;
;;;397;;327;;206;193;&lt;201;6
;;;179;;245;;215;204;total;13
;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46%
;;;271;;69;;288;284;;
;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total;
;;comp’;333;;422;;333;469;&lt;201;11
;;;117;;137;;336;519;total;26
;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42%
;;;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;;;
;&lt;201;20;21;41;;;;;;
;total;39;39;78;;;;;;
;taux;51%;54%;53%;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===sma===
====sma opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;;
70%GC;30.6.19 Paris;16s  6;74;doubles;intercalaires
;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;;
;357776..357847;;gtg;;
;;;;;
comp;1219274..1219346;;gga;;
;;;;;
comp;1225751..1225823;;gga;;
;;;;;
;1675869..1675942;;atgf;;
;;;;;
comp;1965347..1965423;;ccc;;
;;;;;
comp;1992012..1992088;;ccc;;
;;;;;
comp;2222599..2222686;;ctc;;
;;;;;
comp;3072632..3072707;;acc;;
;;;;;
comp;3073568..3073684;;5s;@1;84
comp;3073769..3076918;;23s;;288
comp;3077207..3078737;;16s;;
;;;;;
comp;3295252..3295324;;gag;+;20
comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21
comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62
comp;3295573..3295645;;gag;;42
comp;3295688..3295759;;cag;;
;;;;;
;3655871..3655942;;cgg;;
;;;;;
comp;3813093..3813166;;atgf;;
;;;;;
comp;3815457..3815530;;atgf;;
;;;;;
comp;4362610..4362695;;tta;;
;;;;;
;4410534..4410608;;caa;;
;;;;;
comp;4542466..4542542;;gcg;;
;;;;;
;4589760..4589835;;agg;;
;;;;;
comp;4886830..4886906;;aca;;
;;;;;
comp;5024109..5024225;;5s;;84
comp;5024310..5027458;;23s;;288
comp;5027747..5029277;;16s;;
;;;;;
comp;5051970..5052043;;atgf;;
;;;;;
comp;5055486..5055561;;aaa;;
;;;;;
;5063087..5063159;;gaa;;47
;5063207..5063281;;gac;;24
;5063306..5063382;;ttc;;
;;;;;
;5068123..5068197;;gac;;
;;;;;
;5081640..5081711;;gga;;79
;5081791..5081866;;ggc;;
;;;;;
;5085779..5085854;;ggc;;
;;;;;
;5095224..5095311;;tcc;;
;;;;;
;5129698..5129782;;tcg;;
;;;;;
comp;5154937..5155009;;cgt;;205
comp;5155215..5155305;;agc;;
;;;;;
comp;5177691..5177777;;tca;;
;;;;;
comp;5206939..5207028;;agc;;
;;;;;
comp;5299302..5299378;;atc;;
;;;;;
;5304905..5304977;;gca;;
;;;;;
;5322106..5322192;;ctg;;
;;;;;
comp;5452769..5452842;;ggg;;
;;;;;
comp;5594481..5594554;;ccg;;
;;;;;
;5650316..5650389;;acg;;
;;;;;
;5759342..5760872;;16s;;288
;5761161..5764309;;23s;;84
;5764394..5764510;;5s;;
;;;;;
;5950170..5950251;;tac;;
;;;;;
;5956602..5956674;;acc;;46
;5956721..5956793;;atg;;
;;;;;
;5964532..5964607;;tgg;;
;;;;;
;6124386..6125916;;16s;;288
;6126205..6129353;;23s;;84
;6129438..6129554;;5s;;
;;;;;
comp;6242261..6242335;;tgc;;
;;;;;
comp;6279029..6279112;;cta;;
;;;;;
comp;6329202..6329278;;aag;;
;;;;;
comp;6335068..6335141;;aag;;
;;;;;
comp;6349312..6349385;;aag;;
;;;;;
comp;6372705..6372777;;cac;;
;;;;;
comp;6501509..6501584;;aga;;
;;;;;
comp;6604435..6604508;;gga;;153
comp;6604662..6604738;;cca;;
;;;;;
;6653846..6653918;;gcc;;
;;;;;
;6658303..6658375;;gcc;;
;;;;;
;6875603..6875675;;aac;+;5
;6875681..6875753;;aac;2 aac;166
;6875920..6875996;;atgi;;
;;;;;
;7021984..7022058;;gta;;
;;;;;
;7025336..7025415;;gtg;;
;;;;;
comp;7471270..7471342;;ttg;;
;;;;;
;7765513..7767043;;16s;;284
;7767328..7770477;;23s;;133
;7770611..7770727;;5s;;
;;;;;
comp;7937463..7937550;;ctc;;
;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;
&lt;/pre&gt;

====sma cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]]
&lt;pre&gt;
sma cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;6;20;3;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;56;160;1;
;1 aa;48;180;1;
;max a;5;200;0;
;a doubles;3;;1;
;total aas;72;;16;0
total aas;;72;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;61;
;;;variance;61;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;22;
&lt;/pre&gt;

====sma blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]]
&lt;pre&gt;
sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====sma remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]]

====sma données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;;
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;;
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;;
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;;
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;;
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;;
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;;
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114;
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;;
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;;
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;;
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;;
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;;
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
&lt;/pre&gt;
=====sma autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;
&lt;/pre&gt;

====sma distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===ksk===
====ksk opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s  9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;
&lt;/pre&gt;

====ksk cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]]
&lt;pre&gt;
ksk cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;9;1;0;-
;16 23 5s 0;9;20;4;
;16 atc gca;0;40;8;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;1;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;1;
sans ;opérons;49;160;1;
;1 aa;37;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;7;;3;
;total aas;70;;21;0
total aas;;70;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;72;
;;;variance;79;
sans jaune;;;moyenne;33;
;;;variance;18;
&lt;/pre&gt;

====ksk blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]]
&lt;pre&gt;
ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====ksk remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]]

====ksk données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ksk autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;
&lt;/pre&gt;

====ksk distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===actino synthèse===
====actino distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294
&lt;/pre&gt;

====actino distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]]
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295
&lt;/pre&gt;

====actino distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====actino par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26
&lt;/pre&gt;
====actinobacteria, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est  36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301
&lt;/pre&gt;

==cyano==
===npu===
====npu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
&gt; comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
&lt; comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
&lt;&gt; comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;
&lt;/pre&gt;

====npu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]]
&lt;pre&gt;
npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85
&lt;/pre&gt;

====npu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]]
&lt;pre&gt;
npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289
&lt;/pre&gt;
====npu remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]]
&lt;pre&gt;
gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====npu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====npu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;;
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;;
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;;
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68;
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319;
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176;
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;;
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;;
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca
;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;;
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc
6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac
34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa
28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi
;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac
;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac
;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;;
;;;;;;;;;;;50;;;;
;;;;;;;;;;;167;;;;
;;;;;;;;;;;898;;;;
;;;;;;;;;;;63;;;;
;;;;;;;;;;;481;;;;
;;;;;;;;;;;65;;;;
;;;;;;;;;;;437;;;;
;;;;;;;;;;;124;;;;
;;;;;;;;;;;100;;;;
;;;;;;;;;;;374;;;;
&lt;/pre&gt;
=====npu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj
;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj
deb;;CDS;504299;505384;216;*;
;;tRNA;505601;505673;615;*;ata
fin;;CDS;506289;507815;;;
deb;;CDS;727418;728587;5;*;
;;tRNA;728593;728664;231;*;other
fin;;CDS;728896;730239;;;
deb;comp;CDS;777899;778429;34;*;
;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt
fin;comp;CDS;778576;779829;;;
deb;;CDS;878016;878609;384;*;
;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc
fin;;CDS;879270;879491;;;
deb;comp;CDS;954493;955170;72;*;
;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga
fin;;CDS;955672;956331;;;
deb;;CDS;1054005;1054811;290;*;
;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga
fin;comp;CDS;1055223;1056383;;;
deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*;
;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other
;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other
fin;;CDS;1083187;1084788;;;
deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*;
;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg
fin;;CDS;1175983;1176855;;;
deb;;CDS;1380042;1380593;226;*;
;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc
fin;;CDS;1381012;1381380;;;
deb;;CDS;1440092;1440529;705;*;
;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other
fin;;CDS;1441450;1441650;;;
deb;;CDS;1442145;1442867;32;*;
;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc
fin;;CDS;1443337;1444770;;;
deb;;CDS;1484155;1484853;46;*;
;;ncRNA;1484900;1485316;115;*;
fin;;CDS;1485432;1486151;;;
deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*;
;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac
fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0;
deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*;
;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489
;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc
;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca
;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887
;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118
fin;comp;CDS;2026732;2026957;;;
deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*;
;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac
fin;;CDS;2305712;2308132;;0;
deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*;
;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta
fin;;CDS;3373923;3374555;;;
deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*;
;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc
fin;comp;CDS;3435881;3436813;;;
deb;;CDS;3438597;3439685;102;*;
;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa
;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other
;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac
;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca
;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca
;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf
;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta
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;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc
;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other
;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac
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deb;;CDS;3448311;3448919;80;*;
;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa
fin;;CDS;3449400;3451319;;;
deb;;CDS;3675128;3675659;409;*;
;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca
fin;comp;CDS;3676203;3676421;;;
deb;;CDS;4538041;4538745;151;*;
;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg
fin;;CDS;4539176;4540357;;0;
deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*;
;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca
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;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*;
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;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf
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;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc
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;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118
;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890
;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca
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;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489
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;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca
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;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac
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;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other
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;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg
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deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*;
;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489
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;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118
;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889
;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca
;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc
;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489
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;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta
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;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc
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;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa
fin;comp;CDS;7068404;7069606;;;
deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*;
;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg
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;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg
fin;;CDS;7076598;7077374;;0;
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;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg
fin;;CDS;7131369;7131662;;0;
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fin;;CDS;7225765;7225986;;;
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;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*;
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fin;;CDS;7348852;7349475;;;
deb;;CDS;7506243;7506593;747;*;
;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc
fin;comp;CDS;7507465;7507830;;;
deb;;CDS;7517041;7519347;167;*;
;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj
fin;comp;CDS;7519890;7520066;;;
deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*;
;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag
fin;comp;CDS;7572740;7574992;;;
deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*;
;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca
fin;;CDS;7611395;7612312;;0;
deb;;CDS;7936008;7936736;65;*;
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fin;;CDS;7937312;7938874;;;
deb;;CDS;7973321;7973482;70;*;
;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc
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deb;;CDS;7975047;7975976;100;*;
;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca
fin;;CDS;7976536;7978545;;;
&lt;/pre&gt;

===pmg===
====pmg opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;;
comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;;
comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;;
;75867..77216;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;;
;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;;
;133396..133845;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;;
comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;;
;240592..241041;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;;
comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;;
;259082..259333;;CDS;;;;;;84;;
;;;;;;;;;;;
comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;;
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;274272..274832;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;;
comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;;
comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;;
;;;;;;;;;;;
;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;;
comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;;
comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;;
;322592..324074;;16s;;125;;;;;;
;324200..324273;;atc;;12;;;12;;;
;324286..324358;;gca;;256;;;;;;
;324615..327496;;23s;;60;;;;;;
;327557..327673;;5s;;43;43;;;;;
comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;;
;;;;;;;;;;;
comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;;
comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;;
comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;;
;355522..355962;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;;
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comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;;
comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;;
comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;;
;;;;;;;;;;;
;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;;
;522597..522682;;tta;;78;78;;;;;
;522761..522994;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;;
comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;;
;610638..611399;;CDS;;;;;;254;;
;;;;;;;;;;;
;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;;
comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;;
comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;;
;;;;;;;;;;;
comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;;
;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;;
;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;;
;;;;;;;;;;;
;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;;
;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;;
;869384..869671;;CDS;;;;;;96;;
;;;;;;;;;;;
;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;;
;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;;
;911421..911810;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;;
comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;;
comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;;
;;;;;;;;;;;
comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;;
;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;;
;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;;
;;;;;;;;;;;
;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;;
;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;;
comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;;
comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;;
comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;;
;;;;;;;;;;;
comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;;
;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;;
;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;;
;;;;;;;;;;;
;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;;
comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;;
comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;
&lt;/pre&gt;

====pmg cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74
&lt;/pre&gt;

====pmg blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]]
&lt;pre&gt;
pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293
&lt;/pre&gt;

====pmg remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]]
*code génétique de pmg
&lt;pre&gt;
Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc; 
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====pmg distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;;
;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;;
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra
2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;;
;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc
2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;
1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;
;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;
;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;
1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;;
26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;;
24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;;
2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;;
;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1884;;total;95;158;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmg autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;pmg;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;65120;306;;
;tmRNA;66389;44;comp;
fin;CDS;66707;;;
deb;CDS;74235;4;comp;
;tRNA;75526;259;comp;ctt
fin;CDS;75867;;;
deb;CDS;132034;49;;
;tRNA;132758;566;;aac
fin;CDS;133396;;;
deb;CDS;239249;185;comp;
;tRNA;240439;71;comp;cta
fin;CDS;240592;;;
deb;CDS;257573;77;comp;
;tRNA;258922;86;comp;cgt
fin;CDS;259082;;;
deb;CDS;272771;18;comp;
;tRNA;274058;141;comp;atgi
fin;CDS;274272;;;
deb;CDS;305431;87;;
;tRNA;305938;91;comp;ttc
fin;CDS;306102;;comp;
deb;CDS;313891;178;;
;tRNA;314651;65;comp;aca
fin;CDS;314788;;comp;
deb;CDS;320549;601;comp;
16s;rRNA;322590;125;;1483
;tRNA;324200;12;;atc
;tRNA;324286;258;;gca
;rRNA;324617;64;;2882
;rRNA;327557;43;;117
fin;CDS;327717;;comp;
deb;CDS;354976;88;comp;
;tRNA;355256;10;comp;acc
;tRNA;355338;102;comp;tac
fin;CDS;355522;;;
deb;CDS;434230;17;comp;
;tRNA;435678;149;comp;gac
deb;CDS;435901;35;comp;
;tRNA;436131;53;comp;tgg
fin;CDS;436257;;comp;
deb;CDS;521448;99;;
;tRNA;522597;78;;tta
fin;CDS;522761;;;
deb;CDS;609397;249;comp;
;tRNA;610147;404;comp;tca
fin;CDS;610638;;;
deb;CDS;656308;17;;
;ncRNA;657516;162;;
fin;CDS;657863;;;
deb;CDS;774440;210;;
;tRNA;775451;27;comp;ccc
fin;CDS;775552;;comp;
deb;CDS;828018;49;comp;
;tRNA;828442;214;;tcc
fin;CDS;828743;;;
deb;CDS;868731;29;;
;tRNA;869243;67;;atgj
fin;CDS;869384;;;
deb;CDS;909742;45;;
;tRNA;910753;591;;atgf
fin;CDS;911421;;;
deb;CDS;996073;16;;
;tRNA;996626;41;comp;gaa
fin;CDS;996740;;comp;
deb;CDS;1040019;177;comp;
;tRNA;1040313;512;;aaa
fin;CDS;1040897;;;
deb;CDS;1044863;276;;
;tRNA;1045700;188;;cca
fin;CDS;1045962;;comp;
deb;CDS;1134197;251;;
;tRNA;1134679;63;comp;tcg
fin;CDS;1134827;;comp;
deb;CDS;1163424;138;comp;
;tRNA;1164231;342;;aga
fin;CDS;1164647;;;
deb;CDS;1212124;58;;
;tRNA;1212953;129;comp;gcc
fin;CDS;1213155;;comp;
deb;CDS;1253753;525;;
;tRNA;1255649;5;;ttg
fin;CDS;1255736;;;
deb;CDS;1259549;131;comp;
;tRNA;1260916;72;;cac
fin;CDS;1261061;;;
deb;CDS;1264859;12;;
;ncRNA;1265987;47;comp;
fin;CDS;1266131;;;
deb;CDS;1275239;0;;
;tRNA;1277273;112;comp;gga
fin;CDS;1277456;;;
deb;CDS;1308006;50;;
;tRNA;1308848;67;;gtc
fin;CDS;1308987;;;
deb;CDS;1419657;54;comp;
;tRNA;1419948;100;;acg
fin;CDS;1420120;;;
deb;CDS;1453287;35;;
;tRNA;1454111;61;comp;agc
fin;CDS;1454261;;comp;
deb;CDS;1472925;94;;
;tRNA;1474027;16;;caa
fin;CDS;1474115;;;
deb;CDS;1485558;77;comp;
;tRNA;1486727;11;;cgg
fin;CDS;1486812;;comp;
deb;CDS;1500099;42;comp;
;tRNA;1501368;210;;tgc
fin;CDS;1501649;;comp;
deb;CDS;1517796;78;comp;
;tRNA;1518207;38;comp;agg
;ncRNA;1518319;21;;
fin;CDS;1518722;;;
deb;CDS;1526173;34;comp;
;regulatory;1527578;66;comp;
fin;CDS;1527743;;comp;
deb;CDS;1554202;45;comp;
;tRNA;1554679;61;comp;ggc
fin;CDS;1554812;;comp;
deb;CDS;1600898;-30;comp;
;tRNA;1601255;98;comp;gta
fin;CDS;1601425;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;;
;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253
;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45
;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189
;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126
;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84
;'''601 à max;14;0.8;'''601 à  1051;778;154;;;20;71
;'''total 1800;&lt;201;90.2;'''total  1798;74;114;-67 à 1051;;25;41
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;56
1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35
344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43
1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34
1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39
666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34
1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33
873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30
1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42
1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36
1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44
1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36
947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27
1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22
1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37
1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20
1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23
39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19
956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16
1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15
1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16
1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23
661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20
1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14
660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8
872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18
353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9
134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8
1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10
332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8
892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13
948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9
1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9
924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6
914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3
1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7
938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5
226447;435;35;8;290;6;;;;215;4
1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;7
773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8
858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6
;;39;7;330;8;;640;3;235;3
;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3
;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3
;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4
;;;;370;4;;720;;255;4
;;;;380;4;;740;;260;4
1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3
701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3
886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3
1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1
828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5
1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1
1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6
1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5
1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1
244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2
162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3
20410;-35;;;500;1;;980;;320;3
427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7
587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1
1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3
744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5
303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3
489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2
808548;-26;;;570;1;;;;355;1
1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0
1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3
1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1
27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56
975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg  intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&amp;-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&amp;-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&amp;78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&amp;153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;&gt;0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;&lt;0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;&gt;0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;&lt;0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg  intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91
continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88
;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159
&lt;/pre&gt;

====pmg autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin
deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp
;tmRNA;66389;44;comp;;;&amp;tRNA;522597;78;;;;&amp;tRNA;1260916;72;
fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;;
deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12;
;&amp;tRNA;75526;259;comp;;;&amp;tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp
fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;;
deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0;
;&amp;tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&amp;tRNA;1277273;112;comp
fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;;
deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50;
;&amp;tRNA;240439;71;comp;;;&amp;tRNA;775451;27;comp;;;&amp;tRNA;1308848;67;
fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;;
deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp
;&amp;tRNA;258922;86;comp;;;&amp;tRNA;828442;214;;;;&amp;tRNA;1419948;100;
fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;;
deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35;
;&amp;tRNA;274058;141;comp;;;&amp;tRNA;869243;67;;;;&amp;tRNA;1454111;61;comp
fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp
deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94;
;&amp;tRNA;305938;91;comp;;;&amp;tRNA;910753;591;;;;&amp;tRNA;1474027;16;
fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;;
deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp
;&amp;tRNA;314651;65;comp;;;&amp;tRNA;996626;41;comp;;;&amp;tRNA;1486727;11;
fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp
deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp
;$rRNA;322590;125;;;;&amp;tRNA;1040313;512;;;;&amp;tRNA;1501368;210;
;&amp;tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp
;&amp;tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp
;$rRNA;324617;64;;;;&amp;tRNA;1045700;188;;;;&amp;tRNA;1518207;38;comp
;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21;
fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;;
deb;°CDS;354976;88;comp;;;&amp;tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp
;&amp;tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp
;&amp;tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp
fin;°CDS;355522;;;;;&amp;tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp
deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&amp;tRNA;1554679;61;comp
;&amp;tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp
deb;°CDS;435901;35;comp;;;&amp;tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp
;&amp;tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&amp;tRNA;1601255;98;comp
fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;;
;;;;;;&amp;tRNA;1255649;5;;; ;;;;
 ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;;
&lt;/pre&gt;
====pmg intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;;;;&lt;201;29;25;54
;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67
;;;49;;566;;4;16;&lt;201;16;;taux;85%;76%;81%
;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;;
;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;;
;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;;
;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;;
;;comp’;178;;65;;45;61;&lt;201;17;;;;;
;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;;
;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;;
;;;35;;53;;50;67;;;;;;;
;;;99;;78;;77;67;total;;;;;;
;;;249;comp’;404;;78;72;&lt;201;33;;;;;
;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;;
;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;;
;;;29;;67;;99;100;;;;;;;
;;;45;;591;;185;129;;;;;;;
;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;;
;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;;
;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;;
;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;;
;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;;
;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;;
;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;;
;;comp’;131;;72;;16;71;&lt;201;13;;;;;
;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;;
;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;;
;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;;
;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;;
;;;94;;16;;58;141;&lt;201;8;;;;;
;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;;
;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;;
;;;78;;;;131;259;;;;;;;
;;;45;;61;;138;404;total;;;;;;
;;;-30;comp’;98;;177;-;&lt;201;21;;;;;
;;;;;;;178;-;total;26;;;;;
;;;;;;;210;-;%;81%;;;;;
;;;;;;;251;-;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===cyano synthèse===
====cyano distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]]

====cyano distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]]
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10
&lt;/pre&gt;

====cyano distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cyano par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;
&lt;/pre&gt;
====cyano, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est  2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946
&lt;/pre&gt;

==bacteroide==
===myr===
====myr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
&gt;;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
&lt;;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;
&lt;/pre&gt;

====myr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]]
&lt;pre&gt;
myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78
&lt;/pre&gt;

====myr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]]
&lt;pre&gt;
myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;
&lt;/pre&gt;

====myr remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]]
*code génétique de myr
&lt;pre&gt;
myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====myr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc
2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;;
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;;
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;;
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;;
;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;;
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;;
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;;
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;;
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;;
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;;
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;;
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;;
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;;
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;;
32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;;
27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;;
;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;;
;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;;
&lt;/pre&gt;
=====myr autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;myr;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;151454;273;comp;
;tRNA;153050;208;comp;tca
fin;CDS;153343;;comp;
deb;CDS;171836;177;comp;
;regulatory;174323;162;;
fin;CDS;174673;;comp;
deb;CDS;211346;123;;
;tRNA;212456;30;comp;gta
;tRNA;212561;30;comp;gta
;tRNA;212666;30;comp;gta
;tRNA;212771;42;comp;gta
;tRNA;212888;92;comp;gta
fin;CDS;213058;;comp;
deb;CDS;294948;146;comp;
;tRNA;295481;31;comp;aga
;tRNA;295586;7;comp;cca
;tRNA;295668;280;comp;agc
fin;CDS;296032;;;
deb;CDS;327067;115;;
;tRNA;328169;466;comp;aaa
deb;CDS;328708;73;;
;tRNA;328940;90;comp;ctc
;tRNA;329112;34;comp;aaa
;tRNA;329219;39;comp;aaa
;tRNA;329331;48;comp;aaa
;tRNA;329452;36;comp;aaa
;tRNA;329561;129;comp;aaa
fin;CDS;329763;;;
deb;CDS;353908;259;comp;
;rRNA;354644;109;comp;5s
;rRNA;354863;151;comp;23s
;tRNA;357898;91;comp;gca
;tRNA;358063;80;comp;atc
;rRNA;358217;266;comp;16s
;rRNA;360001;105;comp;5s
;rRNA;360216;151;comp;23s
;tRNA;363261;91;comp;gca
;tRNA;363426;80;comp;atc
;rRNA;363580;688;comp;16s
fin;CDS;365786;;comp;
deb;CDS;407344;144;comp;
;tRNA;408964;36;comp;aca
;tRNA;409074;41;comp;aca
;tRNA;409189;42;comp;aca
;tRNA;409305;41;comp;aca
;tRNA;409420;81;comp;aca
fin;CDS;409575;;comp;
deb;CDS;539601;209;comp;
;tRNA;542039;32;comp;other
fin;CDS;542191;;comp;
deb;CDS;550792;40;comp;
;tRNA;551084;40;comp;gaa
;tRNA;551196;37;comp;gaa
;tRNA;551305;38;comp;gaa
;tRNA;551415;38;comp;gaa
;tRNA;551525;38;comp;gaa
;tRNA;551635;75;comp;gaa
fin;CDS;551782;;comp;
deb;CDS;571079;165;comp;
;rRNA;574481;109;comp;5s
;rRNA;574700;119;comp;23s
;tRNA;577703;91;comp;gca
;tRNA;577868;81;comp;atc
;rRNA;578023;265;comp;16s
;rRNA;579806;108;comp;5s
;rRNA;580024;151;comp;23s
;tRNA;583069;91;comp;gca
;tRNA;583234;82;comp;atc
;rRNA;583390;1071;comp;16s
fin;CDS;585979;;comp;
deb;CDS;719558;16;comp;
;tRNA;719772;60;comp;tgg
deb;CDS;719903;58;comp;
;tRNA;721149;20;comp;acc
;tRNA;721241;30;comp;tac
;tRNA;721352;93;comp;aca
fin;CDS;721519;;comp;
deb;CDS;781522;76;;
;tRNA;782255;96;;atgf
fin;CDS;782424;;;
deb;CDS;783008;332;comp;
;tRNA;783784;113;;atgf
fin;CDS;783970;;comp;
deb;CDS;814859;544;comp;
;tRNA;815826;10;comp;cga
fin;CDS;815910;;comp;
deb;CDS;868515;40;;
;tRNA;869308;37;comp;gga
;tRNA;869418;37;comp;gga
;tRNA;869528;37;comp;gga
;tRNA;869638;37;comp;gga
;tRNA;869748;37;comp;gga
;tRNA;869858;242;comp;gga
fin;CDS;870173;;comp;
deb;CDS;887776;96;;
;regulatory;888352;64;;
fin;CDS;888516;;;
deb;CDS;900643;77;comp;
;regulatory;902862;75;comp;
fin;CDS;903026;;comp;
deb;CDS;1010425;95;;
;tRNA;1011306;221;comp;caa
;tRNA;1011598;183;comp;caa
fin;CDS;1011852;;;
deb;CDS;1110980;158;comp;
;tRNA;1112080;47;;ttg
fin;CDS;1112207;;comp;
deb;CDS;1113809;158;;
;rRNA;1114432;107;comp;5s
;rRNA;1114649;151;comp;23s
;tRNA;1117684;91;comp;gca
;tRNA;1117849;80;comp;atc
;rRNA;1118003;267;comp;16s
;rRNA;1119788;107;comp;5s
;rRNA;1120005;151;comp;23s
;tRNA;1123050;91;comp;gca
;tRNA;1123215;82;comp;atc
;rRNA;1123371;1349;comp;16s
;tRNA;1126238;90;comp;aac
fin;CDS;1126402;;comp;
deb;CDS;1214932;104;;
;tRNA;1215720;88;comp;tgc
fin;CDS;1215879;;comp;
deb;CDS;1391184;85;;
;tRNA;1391911;373;;aac
;tRNA;1392358;593;;aac
fin;CDS;1393025;;comp;
deb;CDS;1597909;635;;
;tRNA;1598862;151;;gac
;tRNA;1599087;202;;gac
;tRNA;1599366;169;;gac
fin;CDS;1599612;;comp;
deb;CDS;1604664;112;comp;
;regulatory;1606846;57;comp;
fin;CDS;1607085;;comp;
deb;CDS;1643091;132;comp;
;tRNA;1644612;186;;cta
;tRNA;1644880;314;;cta
fin;CDS;1645276;;;
deb;CDS;1721814;66;;
;tRNA;1722756;51;comp;tgg
fin;CDS;1722878;;comp;
deb;CDS;1738209;186;comp;
;tRNA;1739220;24;comp;atgi
;tRNA;1739318;69;comp;atgi
fin;CDS;1739464;;comp;
deb;CDS;1924596;-38;;
;tRNA;1926121;341;comp;tta
;tRNA;1926548;381;comp;tta
fin;CDS;1927015;;;
deb;CDS;1928728;125;;
;tRNA;1929840;147;comp;tta
deb;CDS;1930073;108;comp;
;tRNA;1930553;9;comp;tta
;tRNA;1930648;201;comp;ggc
fin;CDS;1930922;;comp;
deb;CDS;1961822;128;comp;
;tRNA;1962700;35;;ttc
;tRNA;1962808;26;;ttc
;tRNA;1962907;100;;ttc
fin;CDS;1963080;;comp;
deb;CDS;2082191;1104;;
;rRNA;2083838;82;;16s
;tRNA;2085438;91;;atc
;tRNA;2085603;151;;gca
;rRNA;2085828;108;;23s
;rRNA;2088820;156;;5s
fin;CDS;2089086;;;
deb;CDS;2147912;286;;
;tRNA;2148528;52;;cgt
;tRNA;2148654;72;;cgt
fin;CDS;2148800;;;
deb;CDS;2207990;114;comp;
;tRNA;2208800;106;comp;atgf
deb;CDS;2208979;150;comp;
;tRNA;2209756;145;comp;atgj
fin;CDS;2209975;;;
deb;CDS;2224025;53;comp;
;ncRNA;2225644;58;comp;
fin;CDS;2225810;;comp;
deb;CDS;2302059;133;;
;regulatory;2303686;199;;
fin;CDS;2304079;;;
deb;CDS;2425634;299;comp;
;tRNA;2427196;353;comp;cca
fin;CDS;2427624;;;
deb;CDS;2434061;125;comp;
;tRNA;2435179;366;comp;atgj
fin;CDS;2435619;;;
deb;CDS;2505104;88;comp;
;ncRNA;2506290;93;;
fin;CDS;2506482;;comp;
deb;CDS;2561350;1073;;
;rRNA;2564415;79;;16s
;tRNA;2566012;93;;atc
;tRNA;2566179;119;;gca
;rRNA;2566372;107;;23s
;rRNA;2569362;279;;5s
fin;CDS;2569751;;;
deb;CDS;2640485;167;comp;
;regulatory;2641078;541;comp;
fin;CDS;2641765;;;
deb;CDS;2676791;235;comp;
;tRNA;2678856;497;comp;tca
fin;CDS;2679438;;;
deb;CDS;2729998;20;;
;tRNA;2731143;22;;tgc
;tRNA;2731236;22;;tgc
;tRNA;2731329;22;;tgc
;tRNA;2731422;22;;tgc
;tRNA;2731515;294;;tgc
fin;CDS;2731880;;;
deb;CDS;2977513;497;comp;
;tRNA;2978418;61;comp;gta
fin;CDS;2978554;;comp;
deb;CDS;3228192;79;;
;tRNA;3228988;26;;cac
;tRNA;3229088;25;;cac
;tRNA;3229187;24;;cac
;tRNA;3229285;43;;cac
fin;CDS;3229402;;comp;
deb;CDS;3299472;99;;
;tmRNA;3300558;220;comp;
fin;CDS;3301177;;;
deb;CDS;3394869;90;comp;
;tRNA;3395184;215;comp;tca
fin;CDS;3395484;;comp;
deb;CDS;3457542;150;;
;tRNA;3458511;49;;tac
;tRNA;3458644;51;;tac
;tRNA;3458776;44;;tac
;tRNA;3458901;312;;tac
fin;CDS;3459294;;comp;
deb;CDS;3475368;61;comp;
;regulatory;3476731;337;comp;
fin;CDS;3477177;;;
deb;CDS;3488568;61;comp;
;regulatory;3489832;337;comp;
fin;CDS;3490278;;;
deb;CDS;3951958;595;;
;tRNA;3953963;83;;aga
;tRNA;3954120;39;;aga
fin;CDS;3954233;;comp;
deb;CDS;3975219;99;;
;tRNA;3976305;39;comp;cca
;tRNA;3976419;10;comp;cca
;tRNA;3976504;965;comp;agc
fin;CDS;3977553;;;
deb;CDS;4054689;76;;
;ncRNA;4055338;275;comp;
fin;CDS;4055928;;;
&lt;/pre&gt;

====myr intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;;
myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6
;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2
;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6
;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4
;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2
;'''601 à max;150;4.2;'''601 à  1353;802;166;;;20;108;660;8
;'''total 3555;&lt;201;77.7;'''total  3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;eréquence-1;30;70;680;3
1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3
4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2
3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10
3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4
4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2
3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10
2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2
3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6
3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4
3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5
792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4
128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5
1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3
2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2
3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2
1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3
3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1
2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1
3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0
3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1
638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3
3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1
3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3
1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2
3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2
180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1
226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0
102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2
1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0
66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1
1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2
2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2
3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3
485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1
1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1
2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0
1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1
1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14;1060;0
2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0
3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2
3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0
3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1
3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0
1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0
3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1
248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0
;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1
;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1
adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0
849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1
3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0
3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0
1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12
626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150
3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;;
569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;;
3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;;
3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;;
890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;;
1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;;
1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;;
1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;;
2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;;
2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;;
3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;;
74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;;
1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;;
1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;;
3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;;
424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;;
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&amp;-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&amp;215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;117;42;-;811;poly;86;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;&gt;0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;&lt;0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;&gt;0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;&lt;0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0
total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0
diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1
 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20
continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20
;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;

====myr autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286;
;&amp;tRNA;153050;208;comp;;;&amp;tRNA;815826;10;comp;;;&amp;tRNA;2148528;52;
fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&amp;tRNA;2148654;72;
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;regulatory;174323;162;;;;&amp;tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp
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;&amp;tRNA;721352;93;comp;;;&amp;tRNA;1962808;26;;;deb;°CDS;3975219;99;
fin;°CDS;721519;;comp;;;&amp;tRNA;1962907;100;;;;&amp;tRNA;3976305;39;comp
deb;°CDS;781522;76;;;fin;°CDS;1963080;;comp;;;&amp;tRNA;3976419;10;comp
;&amp;tRNA;782255;96;;;deb;°CDS;2082191;1104;;;;&amp;tRNA;3976504;965;comp
fin;°CDS;782424;;;;;$rRNA;2083838;82;;;fin;°CDS;3977553;;
deb;°CDS;783008;332;comp;;;&amp;tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76;
;&amp;tRNA;783784;113;;;;&amp;tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp
fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;;
;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;;
;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls
;;;273;;208;;;;;
;30*3  42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb;
;31  7;;146;comp’;280;;20;32;&lt;201;18
;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26
;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69%
;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;;
;;;209;;32;;76;69;'''fin;
;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;&lt;201;15
;;;16;;60;;85;75;total;22
;20 30;;58;;93;;90;81;%;68%
;;;76;;96;;90;88;;
;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total;
;;;54;;10;;114;93;&lt;201;33
;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48
;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69%
;;comp’;158;comp’;47;;146;147;;
;;;;comp’;90;;150;201;;
;;comp’;104;;88;;150;208;;
;373;;85;comp’;593;;186;215;;
;151 202;;635;comp’;169;;209;220;;
;186;comp’;132;;314;;235;242;;
;;comp’;66;;51;;273;294;;
;24;;186;;69;;286;314;;
;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;;
;;comp’;125;;147;;497;-;;
;9;;108;;201;;595;-;;
;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls
;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb;
;;;114;;106;;40;43;&lt;201;12
;;;150;comp’;145;;66;47;total;13
;;;299;comp’;353;;73;90;%;92%
;;;125;comp’;366;;95;100;;
;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin;
;22*4;;20;;294;;115;129;&lt;201;10
;;;497;;61;;123;145;total;18
;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56%
;;;90;;220;;128;183;;
;;;90;;215;;132;280;'''total;
;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;&lt;201;22
;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31
;;;;;;;_;366;%;71%
;;;;;;;_;381;;
;;;;;;;_;466;;
;;;;;;;_;497;;
;;;;;;;_;593;;
;;deb;fin;total;;;;;;
;&lt;201;30;25;55;;;;;;
;total;39;40;79;;;;;;
;taux;77%;63%;70%;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===fps===
====fps opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;;
comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;;
comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;;
;;;;;;;;;;;
;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;;
comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;;
comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;;
;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;;
comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;;
;192053..193441;;CDS;;;;;;463;;
;;;;;;;;;;;
comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;;
comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;;
comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;;
;;;;;;;;;;;
comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;;
comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;;
comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;;
;;;;;;;;;;;
comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;;
;374503..374576;;caa;;47;47;;;;;
comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;;
;;;;;;;;;;;
comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;;
comp;466843..466920;;cca;;163;163;;;;;
;467084..468346;;CDS;;;;;;421;;
;;;;;;;;;;;
;507944..508621;;CDS;;1042;*1042;;;226;;
;509664..511163;;16s;;110;;;;1500;;
;511274..511350;;atc;;158;;;158;;;
;511509..511585;;gca;;213;;;;;;
;511799..514683;;23s;;156;;;;2885;;
;514840..514945;;5s;;204;204;;;106;;
;515150..515902;;CDS;;;;;;251;;
;;;;;;;;;;;
;596537..597679;;CDS;;312;312;;;381;;
comp;597992..598074;;ctc;+;40;;40;;;;
comp;598115..598190;;aaa;2 aaa;23;;23;;;;
comp;598214..598289;;aaa;;128;128;;;;;
;598418..598936;;CDS;;;;;;173;;
;;;;;;;;;;;
;642117..643595;;CDS;;91;91;;;493;;
;643687..643758;;gaa;+;31;;31;;;;
;643790..643864;;gaa;2 gaa;162;162;;;;;
;644027..644278;;CDS;;1149;*1149;;;84;;
;645428..646927;;16s;;110;;;;1500;;
;647038..647114;;atc;;158;;;158;;;
;647273..647349;;gca;;213;;;;;;
;647563..650447;;23s;;156;;;;2885;;
;650604..650709;;5s;;931;*931;;;106;;
;651641..653437;;CDS;;;;;;599;;
;;;;;;;;;;;
;726614..727399;;CDS;;207;207;;;262;;
comp;727607..727684;;gta;;81;81;;;;;
comp;727766..728980;;CDS;;;;;;405;;
;;;;;;;;;;;
;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;;
comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;;
comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;;
;;;;;;;;;;;
;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;;
;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;;
;897383..897955;;CDS;;;;;;191;;
;;;;;;;;;;;
comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;;
;984298..984384;;agc;;15;;15;;;;
;984400..984477;;cca;;30;;30;;;;
;984508..984584;;aga;;93;93;;;;;
;984678..985880;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;;
;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;;
;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;;
;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;;
;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;;
;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;;
comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;;
comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;;
comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;;
comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;;
comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;;
comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;;
;;;;;;;;;;;
;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;;
;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;;
;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;;
comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;;
comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;;
comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;;
comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;;
comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;;
;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;;
comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;;
comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;;
comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;;
comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;;
;;;;;;;;;;;
comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;;
comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;;
comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;;
;;;;;;;;;;;
comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;;
;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;;
;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;;
;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;;
;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;;
;;;;;;;;;;;
comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;;
comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;;
comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;;
comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;;
;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;;
;;;;;;;;;;;
;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;;
;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;;
comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;;
comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;;
comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;;
comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;;
comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;;
;;;;;;;;;;;
;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;;
;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;;
;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;;
comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;;
comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;;
comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;;
comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;;
comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;;
comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;;
comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;;
comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;
&lt;/pre&gt;

====fps cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]]
&lt;pre&gt;
fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78
&lt;/pre&gt;

====fps blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]]
&lt;pre&gt;
fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418
&lt;/pre&gt;

====fps remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]]
*code génétique fps
&lt;pre&gt;
fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====fps données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;;
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;;
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;;
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;;
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;;
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;;
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;;
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;;
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;;
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;;
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;;
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;;
;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;;
23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;;
;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;2550;;total;42;209;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====fps autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;
&lt;/pre&gt;

====fps distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===bacteroide synthèse===
====bacteroide distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]]
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====bacteroide par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;
&lt;/pre&gt;
====bacteroide, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est  12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059
&lt;/pre&gt;

==tenericutes==
===abra===
====abra opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;
&lt;/pre&gt;

====abra cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]]
&lt;pre&gt;
abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74
&lt;/pre&gt;

====abra blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]]
&lt;pre&gt;
abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177
&lt;/pre&gt;

====abra remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
tenericutes;sans rRNA;&gt;1 aas 12;1aas  ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;;
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;;
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;;
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;;
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac
1;1;80;15;34;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;;
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;;
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;
10;31;total;271;979;total;271;979;-43;0;0;;;;;
9;24;diagr;256;934;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;270;8;1;279;;;-49;0;1;;;;;
;c;967;409;12;1388;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abra autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abra;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6032;39;;
;misc_binding;8642;66;;
fin;CDS;8909;;;
deb;CDS;58474;199;;
;misc_binding;59219;96;;
fin;CDS;59565;;;
deb;CDS;175843;64;;
;regulatory;176513;67;;
fin;CDS;176678;;;
deb;CDS;226433;115;;
;regulatory;226962;128;;
fin;CDS;227191;;;
deb;CDS;241700;14;;
;ncRNA;242173;222;;
fin;CDS;242490;;;
deb;CDS;253260;86;;
;tRNA;253517;215;;tac
;rRNA;253817;145;;16s
;tRNA;255489;89;;atc
;rRNA;255655;35;;23s
;rRNA;258542;11;;5s
;tRNA;258664;149;;aac
;rRNA;258890;11;;5s
;tRNA;259012;860;;aac
deb;CDS;259949;433;;
;rRNA;260487;145;;16s
;tRNA;262159;89;;atc
;rRNA;262325;35;;23s
;rRNA;265212;14;;5s
;tRNA;265337;44;;gta
;tRNA;265457;11;;aca
;tRNA;265544;7;;aaa
;tRNA;265627;8;;tta
;tRNA;265722;72;;gca
;tRNA;265870;7;;atgj
;tRNA;265954;44;;atgi
;tRNA;266075;8;;tca
;tRNA;266174;4;;atgf
;tRNA;266255;11;;gac
;tRNA;266342;140;;ttc
fin;CDS;266558;;;
deb;CDS;296513;98;;
;misc_binding;297466;30;;
fin;CDS;297705;;;
deb;CDS;326721;0;;
;misc_feature;327414;18;;
fin;CDS;327552;;;
deb;CDS;574175;-5;;
;misc_binding;574941;43;;
fin;CDS;575188;;;
deb;CDS;582446;49;;
;tRNA;584175;170;;ctc
fin;CDS;584431;;;
deb;CDS;625631;84;;
;tRNA;626402;66;comp;ggc
;tRNA;626543;17;comp;cca
;tRNA;626637;13;comp;cga
;tRNA;626727;149;comp;gac
fin;CDS;626952;;;
deb;CDS;633550;63;;
;tRNA;634774;76;comp;acc
fin;CDS;634924;;;
deb;CDS;690994;64;;
;regulatory;692351;55;;
fin;CDS;692502;;;
deb;CDS;755442;64;;
;tRNA;756613;130;comp;aag
fin;CDS;756819;;;
deb;CDS;807788;108;;
;tRNA;808325;216;;aga
fin;CDS;808618;;;
deb;CDS;818257;29;comp;
;ncRNA;818478;-2;comp;
fin;CDS;818548;;comp;
deb;CDS;829563;155;;
;tRNA;830027;27;;agg
fin;CDS;830130;;;
deb;CDS;862237;104;;
;regulatory;863109;46;;
fin;CDS;863253;;;
deb;CDS;951162;56;;
;misc_feature;951899;10;;
fin;CDS;952033;;;
deb;CDS;979156;92;;
;ncRNA;980211;41;comp;
fin;CDS;980585;;comp;
deb;CDS;1000286;45;comp;
;misc_binding;1000883;36;comp;
fin;CDS;1001128;;comp;
deb;CDS;1033802;48;comp;
;regulatory;1034516;41;comp;
;regulatory;1034632;43;comp;
fin;CDS;1034750;;comp;
deb;CDS;1043459;55;comp;
;regulatory;1044225;61;comp;
fin;CDS;1044360;;comp;
deb;CDS;1055719;197;comp;
;misc_binding;1056720;146;comp;
fin;CDS;1057073;;;
deb;CDS;1125033;53;comp;
;misc_binding;1127681;34;comp;
fin;CDS;1127899;;comp;
deb;CDS;1135303;71;comp;
;regulatory;1136025;48;comp;
fin;CDS;1136190;;comp;
deb;CDS;1176200;434;comp;
;tRNA;1177198;8;comp;tcg
;tRNA;1177300;569;comp;gcc
fin;CDS;1177945;;comp;
deb;CDS;1187918;382;;
;tRNA;1188531;66;;tcc
fin;CDS;1188688;;;
deb;CDS;1194077;206;comp;
;tRNA;1194775;10;comp;ttg
fin;CDS;1194870;;comp;
deb;CDS;1221355;217;comp;
;tmRNA;1222634;262;;
fin;CDS;1223244;;;
deb;CDS;1251487;68;comp;
;tRNA;1252398;44;;gtc
fin;CDS;1252517;;comp;
deb;CDS;1416224;301;comp;
;tRNA;1416786;92;comp;tgc
fin;CDS;1416952;;comp;
deb;CDS;1427372;415;comp;
;tRNA;1428270;9;comp;gga
;tRNA;1428353;1;comp;cca
;tRNA;1428431;8;comp;cgt
;tRNA;1428516;73;comp;gaa
fin;CDS;1428665;;comp;
deb;CDS;1431948;96;comp;
;tRNA;1432356;11;comp;aac
;rRNA;1432444;35;comp;5s
;rRNA;1432590;167;comp;23s
;rRNA;1435609;433;comp;16s
deb;CDS;1437568;860;comp;
;tRNA;1438533;11;comp;aac
;rRNA;1438621;149;comp;5s
;tRNA;1438881;11;comp;aac
;rRNA;1438969;35;comp;5s
;rRNA;1439115;168;comp;23s
;rRNA;1442135;432;comp;16s
fin;CDS;1444094;;comp;
deb;CDS;1453717;96;comp;
;regulatory;1454971;38;comp;
fin;CDS;1455181;;comp;
deb;CDS;1532381;262;comp;
;tRNA;1533315;46;comp;cta
fin;CDS;1533446;;comp;
deb;CDS;1540295;171;comp;
;tRNA;1540706;47;comp;tgg
deb;CDS;1540828;137;comp;
;tRNA;1541892;63;;cac
;tRNA;1542031;714;;caa
fin;CDS;1542819;;comp;
deb;CDS;1716869;854;comp;
;tRNA;1718041;87;comp;acg
fin;CDS;1718204;;comp;
deb;CDS;1729328;30;comp;
;regulatory;1729649;73;comp;
fin;CDS;1729832;;comp;
deb;CDS;1742909;493;comp;
;tRNA;1744152;109;comp;gaa
fin;CDS;1744337;;comp;
deb;CDS;1747424;100;comp;
;tRNA;1747827;102;comp;agc
fin;CDS;1748022;;comp;
deb;CDS;1796937;102;comp;
;regulatory;1799337;112;comp;
fin;CDS;1799628;;comp;
&lt;/pre&gt;

====abra intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]]
*'''intercalaires entre cds''', tableau.
&lt;pre&gt;
abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;;
abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5
;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417
;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13
;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157
;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56
;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94
;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42
;Total 1667;&lt;201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40
adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21
1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24
1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27
1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26
1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28
87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29
826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20
171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30
1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27
819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22
1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27
158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22
1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19
968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16
1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17
816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17
1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26
1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25
1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20
133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26
1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17
1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18
615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13
1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21
1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19
153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20
1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16
1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7
1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8
1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10
556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12
151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13
493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10
1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10
1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3
1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5
178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6
1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12
1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4
36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1
;;38;6;320;10;;620;1;230;9
;;39;3;330;4;;640;1;235;7
;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3
;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2
;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5
;;;;370;6;;720;1;255;8
adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3
1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7
1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3
1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7
169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1
353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1
758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3
891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3
1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2
1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0
1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1
1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7
1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3
1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1
738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3
1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0
1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1
904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1
1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2
844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4
986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0
1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3
526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3
1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61
251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&amp;-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&amp;21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&amp;223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;118;42;-;827;poly;85;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et faibles fréquences
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;&gt;0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;&lt;0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;&gt;0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;&lt;0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6
;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8
;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409
&lt;/pre&gt;

====abra autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]]
*Légende: ° pour cyan, &amp; pour jaune, $ pour rouge.
&lt;pre&gt;
deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens
deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp
;misc_binding;8642;66;;;;&amp;tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262;
fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;;
deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp
;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&amp;tRNA;1252398;44;
fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp
deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp
;regulatory;176513;67;;;;&amp;tRNA;756613;130;comp;;;&amp;tRNA;1416786;92;comp
fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp
deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp
;regulatory;226962;128;;;;&amp;tRNA;808325;216;;;;&amp;tRNA;1428270;9;comp
fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&amp;tRNA;1428353;1;comp
deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&amp;tRNA;1428431;8;comp
;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&amp;tRNA;1428516;73;comp
fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp
deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp
;&amp;tRNA;253517;215;;;;&amp;tRNA;830027;27;;;;&amp;tRNA;1432356;11;comp
;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp
;&amp;tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp
;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp
;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp
;&amp;tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&amp;tRNA;1438533;11;comp
;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp
;&amp;tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&amp;tRNA;1438881;11;comp
deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp
;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp
;&amp;tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp
;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp
;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp
;&amp;tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp
;&amp;tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp
;&amp;tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp
;&amp;tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&amp;tRNA;1533315;46;comp
;&amp;tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp
;&amp;tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp
;&amp;tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&amp;tRNA;1540706;47;comp
;&amp;tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp
;&amp;tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&amp;tRNA;1541892;63;
;&amp;tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&amp;tRNA;1542031;714;
;&amp;tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp
fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp
deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&amp;tRNA;1718041;87;comp
;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp
fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp
deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp
;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp
fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp
deb;°CDS;574175;-5;;;;&amp;tRNA;1177198;8;comp;;;&amp;tRNA;1744152;109;comp
;misc_binding;574941;43;;;;&amp;tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp
fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp
deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&amp;tRNA;1747827;102;comp
;&amp;tRNA;584175;170;;;;&amp;tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp
fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp
deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp
;&amp;tRNA;626402;66;comp;;;&amp;tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp
;&amp;tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;;
fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abra intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;
comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb;
;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;&lt;201;7
;;;49;;170;;96;46;total;15
;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47%
;;comp’;63;comp’;76;;108;66;;
;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin;
;;;108;;216;;171;87;&lt;201;12
;;;155;;27;;206;92;total;16
;8;;424;;569;;262;102;%;75%
;;;382;;66;;301;109;;
;;;206;;10;;382;140;total;
;;comp’;68;comp’;44;;415;170;&lt;201;19
;;;301;;92;;424;216;total;31
;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61%
;;;96;;860;;854;860;;
;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls
;;;171;;47;;63;44;deb;100%
;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;;
;;;854;;87;;68;130;fin;80%
;;;493;;109;;84;149;;
;;;100;;102;;137;714;total;90%
&lt;/pre&gt;

===apal===
====apal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s  2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]]
&lt;pre&gt;
apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91
&lt;/pre&gt;

====apal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]]
&lt;pre&gt;
apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]]
*code génétique apal
&lt;pre&gt;
apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====apal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====apal données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;;
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;;
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;;
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;;
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;;
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa
;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;;
7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;;
6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;
;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====apal autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;
&lt;/pre&gt;

===tenericutes synthèse===
====tenericutes distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]]
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf; 
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====tenericutes par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;
&lt;/pre&gt;
====tenericutes, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est  23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693
&lt;/pre&gt;

==spirochète==
===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374===
====scc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]]
*Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*
&lt;/pre&gt;

====scc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]]
*Notes: * pour le nombre de jaunes
&lt;pre&gt;
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164
&lt;/pre&gt;

====scc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]]
&lt;pre&gt;
cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;
&lt;/pre&gt;

====scc remarques====
====scc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47
&lt;/pre&gt;

====scc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;;
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;;
1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;;
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa
1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca
;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;;
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;;
1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;;
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;;
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;;
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;;
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;;
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;;
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;;
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;;
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;;
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;;
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;;
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;;
;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;;
32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;;
31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;;
;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====scc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;scc;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;215073;1194;comp;
;tRNA;216426;369;comp;gcg
fin;CDS;216868;;comp;
deb;CDS;243358;812;;
;rRNA;244983;132;;16s
;tRNA;246652;79;;atc
;rRNA;246805;72;;23s
;rRNA;249851;175;;5s
fin;CDS;250138;;comp;
deb;CDS;300128;669;;
;tRNA;302468;452;;ggg
fin;CDS;302992;;;
deb;CDS;316296;152;comp;
;tRNA;317369;176;;gac
fin;CDS;317619;;;
deb;CDS;330207;16;;
;tRNA;331021;251;comp;ttg
fin;CDS;331356;;;
deb;CDS;345290;228;comp;
;tRNA;346445;182;comp;ccg
fin;CDS;346700;;comp;
deb;CDS;422975;71;;
;tRNA;424435;252;comp;gtc
fin;CDS;424759;;;
deb;CDS;436852;237;;
;tRNA;438406;202;comp;gtg
fin;CDS;438680;;;
deb;CDS;481186;180;comp;
;tRNA;482665;82;;atgj
fin;CDS;482820;;;
deb;CDS;530805;82;;
;tRNA;532396;310;;gta
fin;CDS;532778;;;
deb;CDS;568939;102;;
;tRNA;569803;412;;gga
fin;CDS;570287;;;
deb;CDS;636017;52;;
;tRNA;636444;334;;aca
fin;CDS;636852;;comp;
deb;CDS;640192;79;;
;tmRNA;640610;334;;
fin;CDS;641322;;comp;
deb;CDS;711173;51;;
;ncRNA;712064;10;comp;
fin;CDS;712417;;comp;
deb;CDS;717326;66;;
;tRNA;717839;230;;tac
fin;CDS;718151;;;
deb;CDS;721419;67;comp;
;tRNA;723124;10;comp;gag
;tRNA;723206;104;comp;cag
fin;CDS;723381;;comp;
deb;CDS;724974;236;comp;
;tRNA;725462;124;comp;acg
fin;CDS;725658;;comp;
deb;CDS;767509;350;comp;
;rRNA;768900;72;comp;5s
;rRNA;769084;40;comp;23s
;tRNA;772098;137;comp;gca
;rRNA;772309;535;comp;16s
fin;CDS;774381;;;
deb;CDS;783089;273;;
;tRNA;784901;43;comp;gaa
;tRNA;785016;223;comp;aaa
fin;CDS;785312;;;
deb;CDS;877367;447;comp;
;rRNA;879650;72;comp;5s
;rRNA;879834;40;comp;23s
;tRNA;882848;137;comp;gca
;rRNA;883059;648;comp;16s
fin;CDS;885244;;;
deb;CDS;900855;73;;
;tRNA;901564;214;comp;ccc
fin;CDS;901852;;;
deb;CDS;928254;138;;
;tRNA;930684;32;;cac
;tRNA;930788;38;;cga
;tRNA;930900;37;;aag
;tRNA;931010;36;;cta
;tRNA;931128;423;;ggc
fin;CDS;931623;;;
deb;CDS;937885;171;;
;tRNA;939865;437;;aga
fin;CDS;940376;;;
deb;CDS;974079;223;comp;
;tRNA;974692;153;comp;ctc
deb;CDS;974929;112;comp;
;tRNA;975497;95;comp;cca
fin;CDS;975665;;;
deb;CDS;1069506;81;;
;tRNA;1070004;78;comp;tta
fin;CDS;1070166;;;
deb;CDS;1084097;24;;
;regulatory;1084535;39;;
fin;CDS;1084670;;;
deb;CDS;1113338;247;comp;
;tRNA;1114176;247;;aac
fin;CDS;1114496;;comp;
deb;CDS;1126672;173;comp;
;tRNA;1127778;193;;caa
fin;CDS;1128044;;comp;
deb;CDS;1257969;140;comp;
;tRNA;1258904;79;;agg
fin;CDS;1259057;;;
deb;CDS;1273039;217;comp;
;tRNA;1274162;103;;ttc
fin;CDS;1274338;;comp;
deb;CDS;1301674;54;;
;repeat_region;1302007;4;;
fin;CDS;1306496;;;
deb;CDS;1319568;73;;
;repeat_region;1319986;84;;
fin;CDS;1322087;;comp;
deb;CDS;1363097;432;comp;
;tRNA;1364822;213;;atgf
fin;CDS;1365108;;;
deb;CDS;1478531;196;comp;
;tRNA;1479645;256;;cgg
fin;CDS;1479975;;comp;
deb;CDS;1522454;86;comp;
;tRNA;1523230;34;;tgc
fin;CDS;1523336;;comp;
deb;CDS;1540671;186;comp;
;tRNA;1541994;351;comp;gcc
fin;CDS;1542418;;;
deb;CDS;1691238;189;;
;tRNA;1692768;564;;ctg
fin;CDS;1693416;;;
deb;CDS;1760709;185;comp;
;tRNA;1762091;316;;atgi
fin;CDS;1762481;;comp;
deb;CDS;2034849;32;comp;
;tRNA;2035061;26;comp;tgg
deb;CDS;2035161;64;comp;
;tRNA;2035402;246;comp;acc
fin;CDS;2035721;;;
deb;CDS;2185380;84;;
;tRNA;2186256;40;;tca
;tRNA;2186381;25;;agc
;tRNA;2186493;16;;cgc
;tRNA;2186583;40;;tcg
;tRNA;2186710;13;;tcc
;ncRNA;2186809;133;;
fin;CDS;2187040;;comp;
&lt;/pre&gt;

====scc intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;;
scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347
;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8
;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106
;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67
;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78
;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57
;'''total 1805;&lt;201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;36
1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30
1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31
1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39
2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33
940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27
2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14
1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36
1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26
1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22
972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31
1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26
1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27
1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33
1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22
1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23
1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21
1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20
1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21
356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20
137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18
1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20
977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19
661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16
1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14
1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17
1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13
379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15
1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12
191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12
1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16
72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12
1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10
511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14
220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14
1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11
;;34;8;280;10;;total;355;210;10
;;35;6;290;15;;;;215;20
;;36;6;300;12;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;7
;;37;4;310;11;;600;1786;225;11
;;38;9;320;16;;620;1;230;8
;;39;°10;330;8;;640;1;235;10
;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12
;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8
;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9
;;;;370;6;;720;1;255;7
;;;;380;8;;740;;260;5
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8
438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7
1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4
277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6
1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6
964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9
1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8
482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4
1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6
1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5
1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9
1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7
950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4
1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4
2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4
937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7
1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2
1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5
485333;-31;;;570;3;;;;355;4
1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8
952193;-29;;;590;2;19;;;365;4
1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2
669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97
733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&amp;-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&amp;197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;114;43;-;787;poly;162;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;&gt;0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;&lt;0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;&gt;0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;&lt;0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28
;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319
&lt;/pre&gt;

====scc autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp
;&amp;tRNA;216426;369;comp;;;&amp;tRNA;723124;10;comp;;;&amp;tRNA;1114176;247;
fin;°CDS;216868;;comp;;;&amp;tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp
deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp
;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&amp;tRNA;1127778;193;
;&amp;tRNA;246652;79;;;;&amp;tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp
;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp
;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&amp;tRNA;1258904;79;
fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;;
deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp
;&amp;tRNA;302468;452;;;;&amp;tRNA;772098;137;comp;;;&amp;tRNA;1274162;103;
fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp
deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54;
;&amp;tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4;
fin;°CDS;317619;;;;;&amp;tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;;
deb;°CDS;330207;16;;;;&amp;tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73;
;&amp;tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84;
fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp
deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp
;&amp;tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&amp;tRNA;1364822;213;
fin;°CDS;346700;;comp;;;&amp;tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;;
deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp
;&amp;tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&amp;tRNA;1479645;256;
fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp
deb;°CDS;436852;237;;;;&amp;tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp
;&amp;tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&amp;tRNA;1523230;34;
fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp
deb;°CDS;481186;180;comp;;;&amp;tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp
;&amp;tRNA;482665;82;;;;&amp;tRNA;930788;38;;;;&amp;tRNA;1541994;351;comp
fin;°CDS;482820;;;;;&amp;tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;;
deb;°CDS;530805;82;;;;&amp;tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189;
;&amp;tRNA;532396;310;;;;&amp;tRNA;931128;423;;;;&amp;tRNA;1692768;564;
fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;;
deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp
;&amp;tRNA;569803;412;;;;&amp;tRNA;939865;437;;;;&amp;tRNA;1762091;316;
fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp
deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp
;&amp;tRNA;636444;334;;;;&amp;tRNA;974692;153;comp;;;&amp;tRNA;2035061;26;comp
fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp
deb;°CDS;640192;79;;;;&amp;tRNA;975497;95;comp;;;&amp;tRNA;2035402;246;comp
;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;;
fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84;
deb;°CDS;711173;51;;;;&amp;tRNA;1070004;78;comp;;;&amp;tRNA;2186256;40;
;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&amp;tRNA;2186381;25;
fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&amp;tRNA;2186493;16;
deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&amp;tRNA;2186583;40;
;&amp;tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&amp;tRNA;2186710;13;
fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133;
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp
&lt;/pre&gt;
====scc intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;1194;;369;;32;26;deb;
;;;669;;452;;52;79;&lt;201;13
;;comp’;152;;176;;64;82;total;18
;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72%
;;;228;;182;;67;124;;
;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin;
;;comp’;237;comp’;202;;84;176;&lt;201;8
;;comp’;180;;82;;102;182;total;17
;;;82;;310;;112;213;taux;47%
;;;102;;412;;138;230;;
;;;52;comp’;334;;171;310;total;
;;;66;;230;;186;369;&lt;201;21
;10;;67;;104;;189;412;total;35
;;;236;;124;;223;423;taux;60%
;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;;
;;comp’;73;comp’;214;;236;452;;
;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;;
;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls
;;;223;;153;;16;34;deb;
;;;112;comp’;95;;71;78;&lt;201;11
;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16
;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69%
;;comp’;173;comp’;193;;86;193;;
;;comp’;140;;79;;140;202;fin;
;;comp’;217;comp’;103;;152;214;&lt;201;5
;;comp’;432;;213;;173;223;total;16
;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31%
;;comp’;86;comp’;34;;185;247;;
;;;186;comp’;351;;196;251;total;
;;;189;;564;;217;252;&lt;201;16
;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32
;;;32;;26;;247;316;taux;50%
;;;64;comp’;246;;273;334;;
;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;24;13;37;;;;;;;
total;34;33;67;;;;;;;
taux;71%;39%;55%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====scc par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;
&lt;/pre&gt;
===spirochetes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est  18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850
&lt;/pre&gt;

==archeo==
===mfi===
====mfi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;
&lt;/pre&gt;

====mfi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81
&lt;/pre&gt;

====mfi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]]
&lt;pre&gt;
mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382
&lt;/pre&gt;

====mfi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]]
&lt;pre&gt;
mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;;
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;;
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;;
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;;
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;;
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;;
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;;
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;;
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;;
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;;
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;;
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;;
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;;
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;2;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;
&lt;/pre&gt;

===mja===
====mja opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;
&lt;/pre&gt;

====mja cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]]
&lt;pre&gt;
mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74
&lt;/pre&gt;

====mja blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]]
&lt;pre&gt;
mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;
&lt;/pre&gt;

====mja remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]]
&lt;pre&gt;
mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====mja distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mja données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;;
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;;
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;;
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;;
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;;
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mja autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*'''Attention''': Correction erreur fin de génome
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;
&lt;/pre&gt;

====mja intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]]
*'''Les intercalaires négatifs:'''
&lt;pre&gt;
mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53
continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166
&lt;/pre&gt;
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;;
;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5
;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219
;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21
;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128
;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100
;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102
;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83
;'''total 1729;&lt;201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35
470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39
47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27
451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36
449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25
291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18
623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37
1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22
694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36
1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21
1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27
328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27
911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44
106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22
91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33
692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21
256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17
1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21
15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25
424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22
1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20
73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25
1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26
777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18
983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16
1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15
518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16
410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11
1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10
1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16
1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12
439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10
489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14
966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16
7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9
325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6
1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9
258119;400;35;1;290;14;;;;215;11
;;36;5;300;4;;;;220;11
;;37;4;310;5;;;;225;5
;;38;6;320;12;;;;230;12
;;39;°11;330;3;;;;235;5
;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7
;;reste;902;350;3;166;;;245;6
;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6
;;;;370;6;;;;255;4
;;;;380;5;;;;260;3
;;;;390;3;;;;265;7
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6
349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7
541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2
575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9
125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5
1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3
1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1
28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4
316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1
1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6
739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6
875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3
1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0
12869;-39;;;530;2;;;;335;5
1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1
1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2
1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1
697374;-35;;;570;0;;;;355;3
1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3
1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4
139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2
312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49
352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&amp;-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&amp;-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&amp;227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&amp;128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;&gt;0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;&lt;0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;&gt;0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;&lt;0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0
diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1
 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56
;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163
&lt;/pre&gt;

====mja autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp
;repeat_region;378;89;;;;&amp;tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532;
fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;;
deb;°CDS;96499;372;comp;;;&amp;tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238;
;&amp;tRNA;97426;91;comp;;;&amp;tRNA;863570;8;;;;&amp;tRNA;873686;102;comp
;&amp;tRNA;97629;241;;;;&amp;tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp
fin;°CDS;97958;;;;;&amp;tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp
deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&amp;tRNA;883681;123;
;&amp;tRNA;111766;19;;;;&amp;tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp
fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp
deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93;
;repeat_region;132922;114;;;;&amp;tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp
fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp
deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&amp;tRNA;1038544;1;comp
;&amp;tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp
fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp
deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181;
;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;;
;&amp;tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp
;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&amp;tRNA;1150145;34;
fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&amp;tRNA;1150255;243;
deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;;
;&amp;tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp
fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&amp;tRNA;1189945;95;
deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;;
;&amp;tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79;
fin;°CDS;190941;;;;;&amp;tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479;
deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp
;&amp;tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484;
fin;°CDS;215452;;;;;&amp;tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79;
deb;°CDS;226386;64;;;;&amp;tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp
;&amp;tRNA;227704;239;comp;;;&amp;tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp
fin;°CDS;228020;;;;;&amp;tRNA;637868;39;;;;&amp;tRNA;1313165;177;
deb;°CDS;235984;394;;;;&amp;tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;;
;repeat_region;236564;97;;;;&amp;tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68;
fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384;
deb;°CDS;303622;64;;;;&amp;tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp
;&amp;tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484;
fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121;
deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp
;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473;
fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223;
deb;°CDS;357984;220;comp;;;&amp;tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;;
;&amp;tRNA;358768;23;;;;&amp;tRNA;764021;50;;;;;;;
;&amp;tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;;
deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mja intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb;
;23;comp’;250;;19;;39;19;&lt;201;6
;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8
;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75%
;18;;31;;32;;133;50;;
;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin;
;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;&lt;201;15
comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17
;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88%
;8;comp’;48;;103;;'''-;95;;
;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total;
;34;;402;;63;;'''-;103;&lt;201;21
;;;133;;;;'''-;154;total;25
;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84%
;;;179;;41;;'''-;177;;
;;;86;;80;;'''-;241;;
;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls
;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb;
;;;39;;1;;64;229;&lt;201;8
;;comp’;210;;243;;65;230;total;14
;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57%
;;comp’;383;;177;;149;'''-;;
;;;;;;;157;'''-;'''fin;
;;;;;;;171;'''-;&lt;201;1
;;;;;;;172;'''-;total;4
;;;;;;;210;'''-;taux;25%
;;;;;;;220;'''-;;
;;;;;;;238;'''-;'''total;
;;;;;;;250;'''-;&lt;201;9
;;;;;;;306;'''-;total;18
;;;;;;;383;'''-;taux;50%
;;;;;;;;;;
;;;;;deb;fin;total;;;
;;;;&lt;201;14;16;30;;;
;;;;total;22;21;43;;;
;;;;taux;64%;76%;70%;;;
&lt;/pre&gt;

===mba===
====mba opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;*
comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;*
comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;*
comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein&quot;;*
;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;*
;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;*
;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;*
comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;*
comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;*
comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;*
;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;*
;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;*
comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;*
comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;*
comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;*
comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;*
&gt;comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;*
comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
&lt;;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;*
;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;*
comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
&gt;;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*
&lt;/pre&gt;

====mba cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]]
&lt;pre&gt;
mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78
&lt;/pre&gt;

====mba blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]]
&lt;pre&gt;
mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*
&lt;/pre&gt;

====mba remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]]
&lt;pre&gt;
mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mba distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;;
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;;
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;;
;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;;
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;;
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488;
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607;
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289;
;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;;
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;;
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;;
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga
1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf
2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;
17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;;
41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;;
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;
;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;;
;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mba autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mba;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;91192;137;;
;tRNA;92076;132;comp;ctc
;tRNA;92293;298;comp;ctc
fin;CDS;92676;;comp;
deb;CDS;98630;535;comp;
;tRNA;99873;222;comp;tcc
fin;CDS;100178;;comp;
deb;CDS;146979;80;comp;
;tRNA;147599;198;comp;acc
fin;CDS;147869;;comp;
deb;CDS;199345;492;comp;
;tRNA;200761;71;comp;aac
;tRNA;200905;119;comp;atgi
;tRNA;201099;790;comp;aac
fin;CDS;201962;;;
deb;CDS;260990;173;;
;tRNA;261706;673;;cgg
fin;CDS;262451;;;
deb;CDS;355894;309;;
;repeat_region;356467;137;;
fin;CDS;359947;;;
deb;CDS;463836;2075;comp;
;tRNA;466799;94;;gga
;tRNA;466965;221;;cta
fin;CDS;467271;;comp;
deb;CDS;473154;298;;
;tRNA;474022;246;comp;gag
fin;CDS;474343;;comp;
deb;CDS;692109;349;comp;
;tRNA;693337;400;;aga
fin;CDS;693812;;comp;
deb;CDS;703446;488;comp;
;tRNA;704447;307;;agg
fin;CDS;704829;;;
deb;CDS;800463;799;comp;
;tRNA;801442;137;comp;agc
;ncRNA;801664;327;comp;
fin;CDS;802306;;;
deb;CDS;1109819;15;;
;tRNA;1110029;63;;atgf
;tRNA;1110167;63;;atgf
;tRNA;1110305;273;;atgf
fin;CDS;1110653;;;
deb;CDS;1134460;235;comp;
;tRNA;1135310;65;comp;tgc
;tRNA;1135447;126;comp;tgc
fin;CDS;1135645;;comp;
deb;CDS;1137210;488;;
;rRNA;1138169;74;comp;122
;rRNA;1138365;209;comp;2833
;rRNA;1141481;835;comp;1489
fin;CDS;1143794;;;
deb;CDS;1249870;423;comp;
;tRNA;1250464;546;comp;aag
fin;CDS;1251084;;;
deb;CDS;1315521;-12;;
;tRNA;1315680;174;comp;cgc
fin;CDS;1315926;;;
deb;CDS;1516050;286;comp;
;tRNA;1516507;760;;caa
fin;CDS;1517340;;comp;
deb;CDS;1538879;36;comp;
;tRNA;1539323;1249;comp;other
fin;CDS;1540645;;comp;
deb;CDS;1546247;576;comp;
;tRNA;1548368;448;comp;aca
fin;CDS;1548890;;;
deb;CDS;1550566;745;;
;tRNA;1551506;506;comp;aca
fin;CDS;1552086;;;
deb;CDS;1621639;433;;
;tRNA;1623269;112;;tac
;tRNA;1623497;300;;gac
fin;CDS;1623870;;comp;
deb;CDS;1657967;616;comp;
;repeat_region;1660242;74;;
fin;CDS;1661656;;;
deb;CDS;1714788;154;;
;tRNA;1715224;187;comp;acg
fin;CDS;1715483;;comp;
deb;CDS;1755811;113;comp;
;tRNA;1756107;0;comp;ccg
fin;CDS;1756182;;comp;
deb;CDS;1842058;16;;
;tRNA;1842212;717;comp;gtg
fin;CDS;1843003;;;
deb;CDS;1852573;1379;comp;
;tRNA;1854261;198;comp;ccc
fin;CDS;1854537;;comp;
deb;CDS;1908225;349;comp;
;tRNA;1909339;445;comp;tgg
fin;CDS;1909976;;;
deb;CDS;1926495;183;;
;tRNA;1927362;125;comp;tcg
fin;CDS;1927571;;comp;
deb;CDS;1975038;78;;
;ncRNA;1976292;428;comp;
fin;CDS;1977078;;;
deb;CDS;2005431;2315;comp;
;tRNA;2009369;199;comp;cca
fin;CDS;2009643;;comp;
deb;CDS;2026807;314;comp;
;tRNA;2028771;513;;ggg
fin;CDS;2029356;;comp;
deb;CDS;2157926;567;;
;tRNA;2159252;349;;atgj
fin;CDS;2159712;;;
deb;CDS;2194967;718;comp;
;rRNA;2196021;209;;1489
;rRNA;2197708;74;;2833
;rRNA;2200689;607;;122
fin;CDS;2201418;;comp;
deb;CDS;2434335;603;comp;
;tRNA;2435213;223;comp;gcc
;tRNA;2435508;74;;atc
;tRNA;2435659;241;;atc
fin;CDS;2435977;;comp;
deb;CDS;2622097;1489;;
;tRNA;2625515;1102;;gta
fin;CDS;2626691;;;
deb;CDS;2650514;164;;
;tRNA;2651461;218;;cac
fin;CDS;2651751;;;
deb;CDS;2663547;318;;
;tRNA;2664987;263;comp;ggc
fin;CDS;2665322;;;
deb;CDS;2856552;134;;
;tRNA;2857544;153;comp;tca
fin;CDS;2857782;;comp;
deb;CDS;3326036;539;;
;tRNA;3327097;995;;tgc
fin;CDS;3328164;;;
deb;CDS;3994472;514;;
;tRNA;3995436;477;comp;cga
fin;CDS;3996007;;;
deb;CDS;4005709;269;;
;tRNA;4006296;860;;ttg
;repeat_region;4007239;169;;
fin;CDS;4009182;;comp;
deb;CDS;4031590;1075;comp;
;tRNA;4032947;182;;cag
fin;CDS;4033202;;comp;
deb;CDS;4041205;96;comp;
;tRNA;4042057;375;;tta
fin;CDS;4042517;;comp;
deb;CDS;4045359;718;comp;
;tRNA;4048993;35;;tta
deb;CDS;4049113;241;comp;
;tRNA;4052645;177;;tta
fin;CDS;4052907;;comp;
deb;CDS;4407561;64;;
;tRNA;4407895;675;;gcg
fin;CDS;4408642;;comp;
deb;CDS;4504139;536;comp;
;tRNA;4504837;220;comp;ctg
fin;CDS;4505142;;comp;
deb;CDS;4551177;566;comp;
;tRNA;4552418;94;;gtc
;tRNA;4552586;7;;ttc
;tRNA;4552668;61;;ggc
;tRNA;4552801;94;;gtc
;tRNA;4552969;7;;ttc
;tRNA;4553051;717;;ggc
fin;CDS;4553840;;;
deb;CDS;4617920;200;;
;tRNA;4618540;351;;gaa
deb;CDS;4618969;377;;
;tRNA;4619568;214;;gaa
fin;CDS;4619860;;comp;
deb;CDS;4673041;289;;
;rRNA;4673933;74;comp;122
;rRNA;4674129;116;comp;2833
;tRNA;4677152;85;comp;gca
;rRNA;4677310;1247;comp;1489
fin;CDS;4680035;;;
deb;CDS;4759174;89;comp;
;tRNA;4759500;655;comp;aaa
fin;CDS;4760232;;comp;
&lt;/pre&gt;

====mba intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;;
mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21
;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23
;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21
;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20
;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14
;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22
;'''total 3943;&lt;201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28
3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6
526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11
1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20
2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14
4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7
818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16
2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20
3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12
376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18
3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12
4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8
1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7
4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6
3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8
372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8
3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9
3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13
3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6
542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18
682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8
3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10
2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9
3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7
2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5
912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4
2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7
2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15
4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9
974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5
4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9
2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8
511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9
2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3
3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9
2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4
63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7
136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3
958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7
301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10
1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;230;22;1080;5
;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3
;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1
;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8
;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4
;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4
4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3
1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5
4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4
493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3
942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3
4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4
4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580
4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109
2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943
1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;;
2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;;
3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;;
2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;;
4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;;
1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;;
1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;;
82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;;
222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;;
3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;;
1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;;
1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;;
3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;;
3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;;
4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;&gt;0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;&lt;0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;&gt;0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;&lt;0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
 - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18
continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22
;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307
&lt;/pre&gt;

====mba autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489;
;&amp;tRNA;92076;132;comp;;;&amp;tRNA;1516507;760;;;;&amp;tRNA;2625515;1102;
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;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp
;;;;;;;;;;;;;&amp;tRNA;4759500;655;comp
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp
&lt;/pre&gt;
====mba intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb;
;;;535;;222;;36;125;&lt;201;9
;;;80;;198;;64;126;total;25
;71  119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36%
;;;173;;673;;89;187;;
;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin;
;;comp’;298;;246;;164;198;&lt;201;8
;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23
;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35%
;;;799;;;;235;220;;
;63  63;;15;;273;;269;222;'''total;
;65;;235;;126;;349;246;&lt;201;17
;;;423;comp’;546;;377;273;total;48
;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35%
;;comp’;286;comp’;760;;433;307;;
;;;36;;1249;;535;349;;
;;;576;comp’;448;;536;351;;
;;comp’;745;comp’;506;;539;655;;
;112;;433;comp’;300;;567;673;;
;;comp’;154;;187;;576;717;;
;;;113;;0;;603;995;;
;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;;
;;;1379;;198;;1379;1249;;
;;;349;comp’;445;;1489;-;;
;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls
;;;2315;;199;;'''-12;35;;
;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb;
;;;567;;349;;96;177;&lt;201;7
'''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21
;'''74;;;;;;137;214;taux;33%
;;;1489;;1102;;154;221;;
;;;164;;218;;183;241;'''fin;
;;comp’;318;comp’;263;;241;263;&lt;201;4
;;comp’;134;;153;;286;300;total;21
;;;539;;995;;298;375;taux;19%
;;comp’;514;comp’;477;;314;400;;
;;;269;;;;318;445;'''total;
;;comp’;1075;comp’;182;;349;448;&lt;201;11
;;comp’;96;comp’;375;;488;477;total;42
;;comp’;718;comp’;35;;492;506;taux;26%
;;comp’;241;comp’;177;;514;513;;
;;;64;comp’;675;;566;546;;
;;;536;;220;;718;675;;
;94 7 61 94 7;comp’;566;;717;;745;717;;
;;;200;;351;;1075;760;;
;;;377;comp’;214;;2075;790;;
;;;89;;655;; ;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;toal;;;;;;;
&lt;201;16;12;28;;;;;;;
total;46;44;90;;;;;;;
taux;35%;27%;31%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===mfe===
====mfe opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_opérons|mfe opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
40.2%GC;3.2.20 Paris;16s  3;56;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina sp. WH1;;;;;;;;;;;;
comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;*
;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;*
;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;*
;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;*
;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;*
;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;*
;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;*
;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;*
comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;*
comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;*
;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;*
comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;*
comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;*
;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;*
comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;*
;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;*
comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;*
;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;*
comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;*
comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;*
comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;*
comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;*
;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;*
&gt;;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;*
comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;*
comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;*
;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;*
comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;*
comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;*
comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;*
comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;*
comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;*
comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;*
comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;*
comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;*
comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;*
;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;*
comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;*
;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;*
;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;*
comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;*
;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;*
;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;*
comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;*
;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;*
;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;*
;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;*
comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;*
comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;*
comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;*
comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;*
comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;*
comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;*
comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;*
comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;*
;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;*
;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;*
comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;*
;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
&gt;;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;*
;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;*
comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;*
;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;*
comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;*
comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;*
comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;*
comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
&lt;/pre&gt;

====mfe cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80
&lt;/pre&gt;

====mfe blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]]
&lt;pre&gt;
mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*
&lt;/pre&gt;

====mfe remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]]
&lt;pre&gt;
mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfe distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfe données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;;
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;;
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;;
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;;
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;;
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5;
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271;
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;;
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;;
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;;
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfe autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;
&lt;/pre&gt;

===archées synthèse===
====archées distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]]
&lt;pre&gt;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;&gt;1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;
&lt;/pre&gt;
====euryarchaeota, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est  10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832
&lt;/pre&gt;

==génomes synthèse==
===Les intercalaires entre cds d'un génome===
====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]]
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a%
;;;;;;;;;;;
pub;1,307;19,910;&amp;1.63;89;&amp;15,233;;;;;;
ant;3,095;158,387;&amp;'''1.80;85;&amp;'''51,175;;;;;;
abra;1,667;17,186;&amp;1.41;81;10,310;;;;;;
pmg;1,800;48,983;&amp;1.62;85;&amp;27,213;;;;;;
mja;1,729;25,564;&amp;1.45;81;&amp;14,777;;;;;;
fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1
rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16
;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31
rru;3,786;46,193;&amp;1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16
eco;4,024;64,507;&amp;1.46;74;&amp;16,031;;;;;;
cvi;4,282;5,941;&amp;1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&amp;'''45.8;19
ade;4,464;83,541;&amp;1.51;81;&amp;18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17
bsu;4,213;110,979;&amp;1.58;79;&amp;26,323;;;;;;
cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;;
afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;;
ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31
scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;;
Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39
rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1
spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&amp;39
pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&amp;30.0;&amp;41
cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&amp;34.0;&amp;50
blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;;
myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21
mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&amp;49
&lt;/pre&gt;
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a%
pub;1 307;19 910;&amp;1,63;89;&amp;15 233;;;;;;
rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1
rru;3 786;46 193;&amp;1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16
;;;;;;;;;;;
eco;4 024;64 507;&amp;1,46;74;&amp;16 031;;;;;;
spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&amp;39
;;;;;;;;;;;
bsu;4 216;110 979;&amp;1,58;79;&amp;26 323;;;;;;
pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&amp;30,0;&amp;41
;;;;;;;;;;;
cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;;
cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&amp;34,0;&amp;50
;;;;;;;;;;;
ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31
blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;;
;;;;;;;;;;;
myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21
pmg;1 800;48 983;&amp;1,62;85;&amp;27 213;;;;;;
abra;1 667;17 186;&amp;1,41;81;10 310;;;;;;
cvi;4 282;5 941;&amp;1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&amp;45,8;19
ade;4 464;83 541;&amp;1,51;81;&amp;18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17
ant;3 095;158 387;&amp;1,80;85;&amp;51 175;;;;;;
afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;;
scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;;
mja;1 730;25 564;&amp;1,45;81;&amp;14 777;;;;;;
mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&amp;49
&lt;/pre&gt;

====Fréquences des intercalaires cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]]
&lt;pre&gt;
génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;;
gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5;gen;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5
pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438
rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573
rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714
spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723
pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725
cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726
blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639
pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604
abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723
ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690
ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632
mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529
rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;;
faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604
moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714
fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778
effectif;9   9   3;3  12  6;3  11  7;7  10  4;3  10  8;2  13  6;3  13  5;;;;;;;;;effectif;5  11  5;6  11  4;4  11  6;4  11  6;5  11  5;13  6  2; 5  9  7
&lt;/pre&gt;

====Classement des génomes cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]]
&lt;pre&gt;
gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;&lt;0;100;200;370;600;max
'''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1
'''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8
'''abra;2m;''7;&lt;u&gt;65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;&lt;u&gt;11
'''pmg;2m;&lt;u&gt;8,5;''55;''35;&lt;u&gt;11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8
'''mja;2m;°9;&lt;u&gt;64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7
;;;;;;;;;;;;;
fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8
;;;;;;;;;;;;;
rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10
;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16
;;;;;;;;;;;;;
'''rru;4M;°10;&lt;u&gt;'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;&lt;u&gt;'''221;°141;°37;°13
'''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;&lt;u&gt;''8
'''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16
'''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10
'''bsu;4M;°9,5;°72;&lt;u&gt;''64;'''29.29;°81;;°144;°495;&lt;u&gt;'''230;°98;°28;''4
'''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;&lt;u&gt;'''232;&lt;u&gt;'''158;°47;°10
'''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11
'''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28
'''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;&lt;u&gt;'''192;°439;°181;°134;°43;°11
;;;;;;;;;;;;;
Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19
;;;;;;;;;;;;;
'''rtb;1m;'''20;'''85;&lt;u&gt;109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151
'''spl;4M;'''14;'''82;&lt;u&gt;105;°17.06;°76;;''101;''371;&lt;u&gt;215;'''184;'''90;'''40
&amp;'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;&lt;u&gt;110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32
&amp;'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;&lt;u&gt;211;'''221;'''127;'''52
'''blo;2m;&lt;u&gt;11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19
'''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;&lt;u&gt;57;'''42
&amp;'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175
&lt;/pre&gt;

====Les intercalaires tRNAs-cds====
=====comparaison continu-discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]]
*Total des nuls cds-cds
&lt;pre&gt;
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
&lt;/pre&gt;
*tableau
&lt;pre&gt;
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;&lt;0;reste32;reste32%;comp’/&lt;0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
&lt;/pre&gt;

=====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]]
*Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne &quot;opérons sans&quot; dans &quot;genome.opérons&quot;). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
&lt;pre&gt;
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;

cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&amp;37,3;41;2;4,9;&amp;7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&amp;35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&amp;45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&amp;14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&amp;'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&amp;'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&amp;39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&amp;42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&amp;8,0;1;;
pub;&amp;'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&amp;7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&amp;12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
&lt;/pre&gt;

=====Les cds-cds positif-négatif=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]]
&lt;pre&gt;
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;&lt;0 %;&lt;1;reste;total;1-40;&gt;0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3

22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&amp;25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&amp;36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&amp;25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&amp;41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&amp;99;&amp;205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&amp;106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&amp;580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&amp;25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&amp;37.5;950;597;&amp;39;14;1800
pmq;7479;&amp;185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&amp;36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&amp;141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;

tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+;  xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
&lt;/pre&gt;

=====comparaison cds-cds et tRNA-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
;caractéristiques;;;;;;petit;;grand;
gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;&lt;0;inf;sup;inf;sup
abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57
ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28
mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49
pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78
pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07
;;;;;;;;;;
ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65
afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48
ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06
bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59
cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08
cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54
eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92
rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78
spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62
;;;;;;;;;;
blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73
cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68
mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36
myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85
pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68
rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27
scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12

;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;;
gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux
abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5
ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4
mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1
pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5
pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5
;;;;;;;;;;
ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1
afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9
ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3
bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9
cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8
cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4
eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5
rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0
spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3
;;;;;;;;;;
blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9
cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8
mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0
myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0
pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8
rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9
scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
;&lt;201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3
;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;;
genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;;
vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3;
oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5;
ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;&quot;
psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5;
cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; 
hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4;
npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;&quot;
apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5;
mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;&quot;
mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
;total ok;1;6;4;12;8;9;16;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les résultats'''
&lt;pre&gt;
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5
vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5
amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0
ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7
rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7
oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4
abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4
abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0
agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7
aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3
rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9
ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9
lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4
ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5
psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3
cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2
hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7
fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2
npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4
apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3
mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9
mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3
**;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7
bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2
eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9
ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;;
cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9
afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1
scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6
ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1
;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5
pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0
vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0
amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0
ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2
rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7
oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7
abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5
abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4
agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7
aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4
rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0
ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;;
lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;;
ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;;
psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;;
hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;;
fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;;
apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;;
mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;;
mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;;
**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand'''
&lt;pre&gt;
test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal;
cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453;
petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13;
grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9;
totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26;
total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26;
grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;;
;;;;;;;;;;;
test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe
cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374
petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21
grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5
totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78
total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78
grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8);
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko;
p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848;
q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152;
compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu;
cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325;
petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11;
grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8;
totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
grand sans -;(5);;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok
p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630
q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370
compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb
cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828
petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18
grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5
totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
&lt;/pre&gt;
*'''Les calculs des bornes'''
&lt;pre&gt;
;compare;test;;;;;;;;;
;afn;eco;;;;;;;;;
;0,771;21;;;;;;;;;
;0,229;5;;;;;;;;;
;;78;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs
archeo;cds total;total;&lt;0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78
mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2
mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052
mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus;
calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand
petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205
grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;;
;;;;;;;34;40;;17;29
;;;;;;;;;;;
;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3
;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup
&lt;/pre&gt;
=====Récapitulatif des taux discontinu/continu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]]
&lt;pre&gt;
&gt;0;;;&lt;0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&amp;36,5;2;6;&amp;75;1280;&amp;0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&amp;31,08;9564;1224;&amp;11,3;72019;&amp;15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&amp;25,1;&amp;3,4;75793;;28,1
&lt;/pre&gt;

=====Les taux de discontinus par classe génomique=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]]
&lt;pre&gt;
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&amp;25;°24;°6
ant;&amp;10,9;27;&amp;25;°15;°8
mja;&amp;24,2;30;13;42;&amp;36
pmg;&amp;36,0;&amp;39;14;39;&amp;41
pub;&amp;19,0;29;&amp;36;44;&amp;45
$II;;;;;
ade;&amp;11,9;&amp;36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&amp;19,3;&amp;42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&amp;57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&amp;12,3;33;18;43;&amp;35
rru;&amp;10,1;31;18;41;&amp;33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&amp;47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&amp;48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]]
*Tableau 
&lt;pre&gt;
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
 -1;1671;'''17.5;;0;0;;
 -2;4;0.0;;40;3.3;;
 -3;5;0.1;;0;0;;
 -4;&amp;4476;'''46.8;&lt;u&gt;0.38;°410;'''33.5;&lt;u&gt;0.10;
 -5;9;0.1;;3;0.2;;
 -6;4;0.0;;35;2.9;;16
 -7;139;1.5;;19;1.6;;
 -8;&amp;945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
 -9;3;0.0;;25;2.0;;14
 -10;93;1.0;;11;0.9;;
 -11;&amp;498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
 -12;2;0.0;;23;1.9;;8
 -13;94;1.0;;15;1.2;;
 -14;&amp;329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
 -15;1;0.0;;25;2.0;;12
 -16;58;0.6;;13;1.1;;
 -17;&amp;235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
 -18;5;0.1;;13;1.1;;1
 -19;43;0.4;;12;1.0;;
 -20;&amp;162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
 -21;0;0;;11;0.9;;3
 -22;22;0.2;;8;0.7;;
 -23;&amp;107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
 -24;1;0.0;;19;1.6;;8
 -25;34;0.4;;11;0.9;;
 -26;&amp;101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
 -27;2;0.0;;6;0.5;; -2
 -28;19;0.2;;8;0.7;;
 -29;&amp;61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
 -30;0;0;;5;0.4;; -3
 -31;16;0.2;;8;0.7;;
 -32;&amp;45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
 -33;0;0;;3;0.2;; -4
 -34;15;0.2;;7;0.6;;
 -35;&amp;35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
 -36;0;0;;3;0.2;;0
 -37;9;0.1;;3;0.2;;
 -38;&amp;31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
 -39;0;0;;3;0.2;; -4
 -40;5;0.1;;7;0.6;;
 -41;&amp;34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
 -42;0;0;;4;0.3;; -2
 -43;16;0.2;;6;0.5;;
 -44;&amp;24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
 -45;0;0;;2;0.2;; -1
 -46;5;0.1;;3;0.2;;
 -47;&amp;11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
 -48;0;0;;2;0.2;; -2
 -49;11;0.1;;4;0.3;;
 -50;&amp;9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences des &lt;span id=&quot;nd50&quot;&gt;négatifs&lt;/span&gt;, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]]
*Tableau
&lt;pre&gt;
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu   50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]]
&lt;pre&gt;
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&amp;0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&amp;2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&amp;492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&amp;4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&amp;0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&amp;0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&amp;16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
&lt;/pre&gt;
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus=====
======Tableau cds-cds négatifs discontinus======
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]]
&lt;pre&gt;
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰  ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&amp;45;§38;7;56;&amp;&lt;u&gt;70.4;1307;&amp;47;51;&amp;92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&amp;55;§29;16;55;&amp;48.9;1800;&amp;33;38;&amp;88
3;'''ase;17;?48;55;123;&amp;&lt;u&gt;226;?21;24;54;&amp;42.9;&lt;u&gt;'''8197;&amp;&lt;u&gt;109;31;&amp;&lt;u&gt;335
4;'''mja;0;@19;3;8;&amp;30;@63;10;27;&amp;32.4;1730;&amp;26;46;&amp;56
5;'''ant;0;@20;5;18;&amp;43;@47;12;42;&amp;26.8;3095;&amp;40;48;&amp;83
6;'''eco;10;§15;6;18;&amp;39;§38;15;46;&amp;23.4;'''4024;&amp;45;48;&amp;84
7;'''ade;9;?4;17;36;&amp;57;?7;30;63;&amp;22.8;'''4464;&amp;36;35;&amp;93
8;'''rru;5;?6;13;22;&amp;41;?15;32;54;&amp;19.5;'''3786;&amp;28;38;&amp;69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&amp;43;?16;37;47;&amp;16.1;'''4282;&amp;25;36;&amp;68
10;'''scc;1;§9;3;12;&amp;24;§38;13;50;&amp;15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&amp;27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor=&quot;#e8f2a8&quot;|;;?;bgcolor=&quot;#bbe333&quot;|;;@;bgcolor=&quot;#ff00ff&quot;|;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;cdmc&quot;&gt;Coefficient&lt;/span&gt; de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
&lt;pre&gt;
	14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs continus		14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs discontinus				
gen	r50	“5	“6	“7	“8	total	cds	r80	“5	“6	“7	“8	total
abra	13	211	0	11	174	409	1667	0	2	3	0	3	8
ade	9	607	0	25	72	713	4464	9	36	4	17	36	102
afn	9	167	2	20	105	303	2039	1	1	1	1	0	4
ant	6	387	1	33	252	679	3095	0	40	20	5	18	83
ase	28	1054	3	70	145	1300	8197	17	109	48	55	123	352
blo	2	161	1	10	36	210	1772	2	3	1	4	8	18
bsu	17	305	0	42	209	573	4215	4	14	5	7	5	35
cbei	4	153	0	32	200	389	5622	0	4	2	2	3	11
cbn	0	62	0	23	82	167	2491	0	0	5	0	4	9
cvi	4	493	0	38	152	687	4282	1	25	7	16	20	69
eco	22	423	0	47	152	644	4024	10	45	15	6	18	94
mba	6	152	7	34	108	307	3943	0	6	3	3	10	22
mja	6	78	0	17	62	163	1730	0	26	19	3	8	56
myr	0	133	0	22	127	282	3555	0	9	5	1	5	20
pmg	2	105	0	10	41	158	1800	0	33	16	9	30	88
pmq	16	466	1	44	226	753	7223	1	14	8	5	14	42
pub	3	233	2	14	129	381	1307	0	47	17	3	25	92
rru	11	475	0	26	97	609	3786	5	28	6	13	22	74
rtb	0	43	0	9	46	98	793	0	1	0	0	3	4
scc	6	195	1	22	95	319	1805	1	3	9	3	12	28
spl	5	262	0	30	117	414	4213	0	7	1	1	3	12
total	169	6165	18	579	2627	9558	72023	51	453	195	154	370	1223
&lt;/pre&gt;
*Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
&lt;pre&gt;
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. 
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails======
*Fréquences &lt;span id=&quot;disc80&quot;&gt;des&lt;/span&gt; discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
&lt;/pre&gt;

======Restes des cds-cds négatifs======
*Restes &lt;span id=&quot;rcdsn&quot;&gt;des&lt;/span&gt; cds-cds négatifs
&lt;pre&gt;
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]]
*Tableau cds-cds-c
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;&lt;u&gt;'''37;&lt;u&gt;'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&amp;5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&amp;7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&amp;77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;&lt;u&gt;'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&amp;32.1;1054;&amp;81;158.6;&amp;&lt;u&gt;8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&amp;25.8;607;&amp;&lt;u&gt;85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&amp;72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&amp;78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&amp;177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&amp;219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;&lt;u&gt;'''5.9;211;°52;&amp;245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&amp;&lt;u&gt;292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
&lt;/pre&gt;
*Tableau cds-cds-x
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;&lt;u&gt;'''67;&amp;121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&amp;87;&amp;5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&amp;118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&amp;48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&amp;32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&amp;93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&amp;7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;&lt;u&gt;'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&amp;&lt;u&gt;8 197;?21;31;&amp;42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;&lt;u&gt;'''13;4464;?7;35;&amp;22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&amp;23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&amp;16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&amp;19.5
'''scc;108;12.2;53;&amp;177;'''25;°1 805;§38;11;&amp;15.5
'''ant;125;10.7;&amp;81;&amp;219;&amp;74;3095;@47;48;&amp;26.8
'''abra;127;6.6;&amp;104;&amp;245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&amp;99;&amp;&lt;u&gt;292;&amp;&lt;u&gt;190;'''1 307;§38;51;&amp;&lt;u&gt;70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences &lt;span id=&quot;fncont&quot;&gt;des&lt;/span&gt; intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
&lt;pre&gt;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max  40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&amp;pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max  50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&amp;cbei;708;18;{{tri1|18}}d2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&amp;'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&amp;mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max  50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&amp;'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor=&quot;#66ffff&quot;|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor=&quot;#ffff00&quot;|;;&amp;;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&amp;mba;348;17;
[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&amp;cbei;708;18;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&amp;pmq;813;19;
§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&amp;'''scc;71;20;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&amp;'''blo;138;21;
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]]
*Légende
&lt;pre&gt;
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30  ‰ ;;;teff;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&amp;pmq;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&amp;cbei;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&amp;[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&amp;'''blo;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&amp;[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&amp;mba;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&amp;mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&amp;'''scc;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;&lt;u&gt;2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&amp;pmq;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&amp;cbei;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&amp;'''blo;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;&lt;u&gt;3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&amp;mba;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&amp;'''scc;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]]
*Légende
*Tableau
&lt;pre&gt;
Sc+  40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&amp;'''1.7;4;13;&amp;-10.7;$131;pr1;'''rtb;&amp;'''39;&amp;27;&amp;18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&amp;981;6;8;13;13;$0;2;58;&amp;-11.0;&amp;367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&amp;882;7;11;11;34;&amp;5.8;4;43;&amp;-11.3;&amp;630;pro1;'''rru;&amp;32;&amp;28;&amp;13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&amp;897;6;10;13;50;&amp;9.3;1;58;&amp;-9.0;&amp;815;pro;'''cvi;&amp;30;&amp;30;&amp;17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&amp;929;5;9;19;51;&amp;8.0;2;63;&amp;-14.7;&amp;876;pro;'''ade;&amp;30;&amp;32;&amp;15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&amp;923;7;9;14;88;&amp;'''37.0;1;109;&amp;-15.8;&amp;836;pro;'''ant;&amp;'''37;&amp;39;&amp;14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&amp;894;5;9;13;61;&amp;12.0;2;54;&amp;-13.7;&amp;902;pro;'''eco;&amp;27;&amp;35;&amp;17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&amp;881;6;10;13;33;&amp;5.0;2;53;&amp;-10.0;&amp;683;pro1;'''spl;&amp;30;&amp;31;&amp;15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&amp;9.3;4;32;&amp;-14.0;&amp;474;pro-a;'''mja;$23;&amp;31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&amp;922;7;12;23;46;&amp;4.6;2;78;&amp;-11.0;&amp;899;pro1-a;'''myr;&amp;'''42;$25;&amp;16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&amp;895;7;12;4;33;&amp;5.8;1;58;&amp;-9.0;&amp;420;pro1;'''abra;&amp;'''41;&amp;30;&amp;14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;fc40&quot;&gt;Données&lt;/span&gt;
&lt;pre&gt;
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]]
*Légende
&lt;pre&gt;
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+  40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15   611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]]
*Les tRNA-tRNA x+
&lt;pre&gt;
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 &quot;8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210&quot;
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;
&lt;/pre&gt;

===Les blocs à tRNA===
===Les cds dans les blocs à tRNA===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]]
&lt;pre&gt;
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328  ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;&lt; ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp &lt; ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;
&lt;/pre&gt;

==Les totaux des génomes par type==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]]
*Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).
&lt;pre&gt;
;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;1;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;abra;;14; ;;;;;;abra;12;;;;;;;;abra;0;;;;;;;;abra;;; ;16;1;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal &gt;1aa 1aa duplicata;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;;;apal;;;;12 *;1;;12
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
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;ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;;;
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;sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;72
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
3 gga;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
2 tta;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
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;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
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;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
gga 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca 1;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
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;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
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;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;tta 2;atc;1;acc;;aac;5;agc;1
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;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;3;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;4;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9;;;;;;;;;;;cdc8;;;2 *;89;;4;99
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas;;;;;;;;
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
gca;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi;;;;;;;;
atgi;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac;;;;;;;;
aac;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc;;;;;;;;
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aac2;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;48;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
2 aac;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
1-3aas;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atgi;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
gca;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
2 aaa;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
2 ttc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
aac;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
-16s;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
atc;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;&gt;1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
gca;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
gga;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;38;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
16s5saa23s;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
4 ggc;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
gaa;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
-16s;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
tcc;ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
tca;cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
agc;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;22;;;;;;;;;3;;;;;;;;;16
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;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;15;;;;;;;;;22;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
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;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
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;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;6;;;;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;22;;;;;;;;;2;;;;;;;;;138
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;49;;;;;;;;;7;;;;;;;;;16
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
;cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;continus;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ttc2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ggc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;aac3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;tcc2;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;cac3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;(gaa cgt)2;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
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;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
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;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
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;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+&gt;a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;
&lt;/pre&gt;
===Les totaux des types===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]]
&lt;pre&gt;
bacts;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666
&lt;/pre&gt;

===La référence +5s &gt;3===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_&gt;3|La référence +5s &gt;3]]
&lt;pre&gt;
La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===totaux par rapport au groupe de référence===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114
&lt;/pre&gt;

==Caractérisation des tRNAs==
===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_&gt;1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication]]
&lt;pre&gt;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;
&lt;/pre&gt;
====Construction du tableau avec les sous-totaux====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]]
*Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]]
*Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie &quot;formule&quot; pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
*Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;6;80;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;;
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
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tta;1;tca;1;taa;0;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;0;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
&lt;/pre&gt;
===Les processus +16s -16s -5s 1-3aas===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_-5s_1-3aas|Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas]]
====Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_1-3aas_-5s_comparés_à_la_référence|Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence]]
&lt;pre&gt;
;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135
&lt;/pre&gt;
====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]]
&lt;pre&gt;
+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000
&lt;/pre&gt;

====Classement des tRNAs avec les 8 processus====  
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]]
&lt;pre&gt;
;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-
&lt;/pre&gt;

==Les intercalaires dans les genome.cumuls==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]]
*'''Récapitulatif des chapitres cumuls'''
* - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
* - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
* - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
&lt;pre&gt;
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;
&lt;/pre&gt;</text>
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        <username>Mekkiwik</username>
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  | numéro    = 12
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  | précédent = [[../archeo/]]
  | suivant = [[../Apmq/]]
}}
__TOC__
==bacilli==
===Bacillus subtilis===
====bsu====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] 
&lt;pre&gt;
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
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;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====bsu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]]
&lt;pre&gt;
bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====bsu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta
;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca
;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa
;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta
;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc
1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta
;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt
;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca
;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca
;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc
;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc
2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt
1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca
;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca
;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt
1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga
1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf
;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac
;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc
;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa
2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta
1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf
;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac
;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc
;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca
;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac
;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg
;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac
;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa
;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc
;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc
;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta
;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg
;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa
;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc
;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac
1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc
;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga
;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac
12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc
12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac
0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj
;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca
;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg
;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====bsu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;bsu;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6994;350;;
;rRNA;9810;99;;16s
;tRNA;11464;11;;atc
;tRNA;11552;81;;gca
;rRNA;11709;55;;23s
;rRNA;14692;36;;5s
fin;CDS;14847;;comp;
deb;CDS;19968;52;;
;misc_RNA;20611;56;;
deb;CDS;20880;134;;
;tRNA;22292;111;;tca
fin;CDS;22496;;comp;
deb;CDS;25852;41;;
;misc_RNA;26379;81;;
fin;CDS;26814;;;
deb;CDS;29772;243;;
;rRNA;30279;99;;16s
;tRNA;31932;11;;atc
;tRNA;32020;81;;gca
;rRNA;32177;133;;23s
;rRNA;35237;175;;5s
fin;CDS;35531;;;
deb;CDS;69626;168;;
;tRNA;70181;9;;atgj
;tRNA;70267;199;;gaa
fin;CDS;70538;;;
deb;CDS;88727;309;;
;rRNA;90536;164;;16s
;rRNA;92254;55;;23s
;rRNA;95237;20;;5s
;tRNA;95375;4;;gta
;tRNA;95455;36;;aca
;tRNA;95567;6;;aaa
;tRNA;95649;40;;cta
;tRNA;95772;14;;ggc
;tRNA;95861;9;;tta
;tRNA;95956;27;;cgt
;tRNA;96060;9;;cca
;tRNA;96146;170;;gca
;rRNA;96392;164;;16s
;rRNA;98110;55;;23s
;rRNA;101093;237;;5s
fin;CDS;101449;;;
deb;CDS;119111;45;;
;misc_RNA;119855;65;;
fin;CDS;120061;;;
deb;CDS;152937;56;;
;misc_RNA;153737;48;;
fin;CDS;153842;;;
deb;CDS;159779;349;comp;
;rRNA;160893;164;;16s
;rRNA;162610;55;;23s
;rRNA;165591;46;;5s
;tRNA;165754;4;;aac
;tRNA;165830;56;;acc
;tRNA;165959;30;;ggc
;tRNA;166064;27;;cgt
;tRNA;166168;8;;cca
;tRNA;166253;171;;gca
;rRNA;166500;164;;16s
;rRNA;168218;55;;23s
;rRNA;171197;183;;5s
;rRNA;171498;164;;16s
;rRNA;173214;55;;23s
;rRNA;176197;767;;5s
fin;CDS;177083;;;
deb;CDS;193570;179;comp;
;tRNA;194205;3;;gaa
;tRNA;194283;4;;gta
;tRNA;194363;22;;aca
;tRNA;194458;4;;tac
;tRNA;194547;227;;caa
fin;CDS;194849;;;
deb;CDS;198497;173;;
;misc_RNA;200017;89;;
fin;CDS;200277;;;
deb;CDS;275838;56;;
;misc_RNA;276815;97;;
fin;CDS;277160;;;
deb;CDS;473803;103;;
;misc_RNA;474329;133;;
fin;CDS;474731;;;
deb;CDS;483845;135;;
;misc_RNA;486092;196;;
fin;CDS;486432;;;
deb;CDS;528129;122;;
;tRNA;528704;4;;aac
;tRNA;528783;29;;agc
;tRNA;528903;11;;gaa
;tRNA;528986;26;;caa
;tRNA;529087;11;;aaa
;tRNA;529174;80;;cta
;tRNA;529336;82;;ctc
fin;CDS;529505;;comp;
deb;CDS;532292;30;;
;misc_RNA;532583;115;;
fin;CDS;532758;;;
deb;CDS;559264;67;;
;misc_RNA;559532;540;;
fin;CDS;560151;;;
deb;CDS;625125;54;;
;misc_RNA;626346;175;;
fin;CDS;626622;;;
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;tRNA;635110;13;;cgt
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;tRNA;3172968;5;comp;gca
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;tRNA;3173224;14;comp;tta
;tRNA;3173324;5;comp;ggc
;tRNA;3173404;10;comp;ctg
;tRNA;3173501;37;comp;aaa
;tRNA;3173614;32;comp;aca
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;rRNA;3173818;55;comp;5s
;rRNA;3173991;167;comp;23s
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;misc_RNA;3179105;99;;
fin;CDS;3179306;;;
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fin;CDS;3194635;;comp;
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fin;CDS;3335751;;;
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;misc_RNA;3988840;388;;
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fin;CDS;3999350;;;
deb;CDS;4004288;386;;
;misc_RNA;4005523;126;;
fin;CDS;4005752;;;
deb;CDS;4095915;89;;
;misc_RNA;4096997;6;;
fin;CDS;4097416;;;
deb;CDS;4153696;383;comp;
;tRNA;4154787;35;comp;ttc
;tRNA;4154895;81;comp;gac
;tRNA;4155053;9;comp;gaa
;tRNA;4155134;223;comp;aaa
fin;CDS;4155433;;comp;
deb;CDS;4169166;189;;
;misc_RNA;4169802;125;;
fin;CDS;4170045;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;
bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608
;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27
;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165
;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94
;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254
;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190
;'''total 4213;&lt;201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122
390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126
3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153
2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100
2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65
2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54
1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60
2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62
785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78
3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84
2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69
875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83
1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51
2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59
2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57
873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57
1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73
1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65
1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61
1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66
2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61
548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51
674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42
554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62
2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48
4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54
376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46
661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53
820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38
560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42
2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40
1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32
1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27
3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32
552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21
1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34
2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24
2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15
2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16
3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;17
4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27
599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24
;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19
;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19
;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15
;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15
;;;;380;11;;720;0;260;11
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20
387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15
3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17
2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12
2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11
1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8
2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7
1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8
3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8
2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8
538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4
1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7
238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5
1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4
2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12
2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5
3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6
2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5
2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6
2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2
989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4
2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2
2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136
;;;;total;4213;;total;4213;total;4213
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&amp;-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&amp;12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&amp;211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&amp;145;50;-;850;poly;104;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;&gt;0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;&lt;0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;&gt;0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;&lt;0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6
290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0
330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1
340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3
350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0
360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1
370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2
380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0
390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1
400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8
reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0
total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3
diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2
 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30
continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35
;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573
&lt;/pre&gt;

====bsu autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125;
;$rRNA;9810;99;;;;&amp;tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64;
;&amp;tRNA;11464;11;;;;&amp;tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;;
;&amp;tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61;
;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244;
;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;;
fin;°CDS;14847;;comp;;;&amp;tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43;
deb;°CDS;19968;52;;;;&amp;tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106;
;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;;
deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153;
;&amp;tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8;
fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;;
deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23;
;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44;
fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;;
deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109;
;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102;
;&amp;tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;;
;&amp;tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167;
;$rRNA;32177;133;;;;&amp;tRNA;951582;5;;;;&amp;tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196;
;$rRNA;35237;175;;;;&amp;tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;;
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;&amp;tRNA;70181;9;;;;&amp;tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&amp;tRNA;3171976;3;comp
;&amp;tRNA;70267;199;;;;&amp;tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&amp;tRNA;3172070;10;comp
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;$rRNA;90536;164;;;;&amp;tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&amp;tRNA;3172331;17;comp
;$rRNA;92254;55;;;;&amp;tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&amp;tRNA;3172424;12;comp
;$rRNA;95237;20;;;;&amp;tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&amp;tRNA;3172512;11;comp
;&amp;tRNA;95375;4;;;;&amp;tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&amp;tRNA;3172600;17;comp
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;&amp;tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&amp;tRNA;3173138;9;comp
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;&amp;tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&amp;tRNA;3173324;5;comp
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;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp
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;&amp;tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp
;&amp;tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423;
;&amp;tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205;
;&amp;tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;;
;&amp;tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156;
;&amp;tRNA;166253;171;;;;&amp;tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211;
;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;;
;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105;
;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114;
;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;;
;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108;
;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158;
fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;;
deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103;
;&amp;tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116;
;&amp;tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&amp;tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;;
;&amp;tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185;
;&amp;tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176;
;&amp;tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;;
fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68;
deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97;
;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;;
fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284;
deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&amp;tRNA;3545889;269;comp
;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;;
fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53;
deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31;
;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81;
fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;;
deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0;
;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41;
fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;;
deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp
;&amp;tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp
;&amp;tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;;
;&amp;tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65;
;&amp;tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82;
;&amp;tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68;
;&amp;tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77;
;&amp;tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;;
fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386;
deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126;
;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;;
fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89;
deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6;
;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;;
fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp
deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&amp;tRNA;4154787;35;comp
;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&amp;tRNA;4154895;81;comp
fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&amp;tRNA;4155053;9;comp
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&amp;tRNA;4155134;223;comp
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&amp;tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] 
&lt;pre&gt;
bsu-lmo  comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;
&lt;/pre&gt;

===Listeria monocytogenes===
====lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]]
&lt;pre&gt;
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;
&lt;/pre&gt;
====lmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa
;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc
;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac
;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc
2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga
1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac
1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc
1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac
;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf
;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca
;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi
1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj
;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca
1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca
;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt
;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta
;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc
;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta
;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa
;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca
;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta
;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg
;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc
;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc
;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa
;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac
;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg
;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac
;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc
;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac
;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf
;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta
;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa
1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc
;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac
;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;;
1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;;
;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;;
;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;;
1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;;
10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;;
9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;;
0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;;
;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;;
;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====lmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Construction: remarque sur les nombreux regulatory
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
&lt;/pre&gt;

====lmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]]
&lt;pre&gt;
lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;
&lt;/pre&gt;

===lam===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]]
&lt;pre&gt;
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;
&lt;/pre&gt;
===lam blocs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]]
&lt;pre&gt;
lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;
&lt;/pre&gt;
====lam distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
&gt;1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lam données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;;
;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc
;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;;
;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;;
;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac
3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta
;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra
;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca
3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig
1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta
;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa
1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca
1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta
;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt
1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca
;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj
;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi
;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf
;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc
;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga
1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc
;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc
;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc
;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac
;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;;
;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc
;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc
;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc
;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg
;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa
;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca
;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf
;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac
;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc
;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac
;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg
;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac
;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa
15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc
15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca
;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt
;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca
&lt;/pre&gt;
=====lam autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
&lt;/pre&gt;

===ppm===
====opérons====
=====ppm chromosome=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide=====
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide MAJ=====
&lt;pre&gt;
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
&lt;/pre&gt;
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
&lt;/pre&gt;
====ppm blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]]
&lt;pre&gt;
ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]]
*Chromosome
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
&lt;/pre&gt;
*Plasmide
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
&lt;/pre&gt;
====ppm données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca
;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg
;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt
;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc
;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa
;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac
;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf
;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta
;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa
2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc
;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac
;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga
3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca
1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt
1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc
;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta
;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa
1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa
;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta
;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa
3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc
;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac
1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;;
1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;;
4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;;
1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;;
1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;;
1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;;
;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;;
;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;;
;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;;
;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;;
;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;;
;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;;
;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;;
;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;;
;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;;
;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;;
1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;;
;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;;
2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;;
23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;;
21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;;
0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;;
;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;
;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;
;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;
;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
&lt;/pre&gt;

===pmq===
====pmq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]]
&lt;pre&gt;
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
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;185022..185097;gta;;15;;;15;;
;185113..185189;atgf;;14;;;14;;
;185204..185280;gac;;48;;;48;;
;185329..185404;ttc;;5;;;5;;
;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
;260485..260569;tac;;20;;;20;;
;260590..260665;aac;;3;;;3;;
;260669..260744;gta;;19;;;19;;
;260764..260840;gac;;20;;;20;;
;260861..260933;ttc;;15;;;15;;
;260949..261021;aaa;;10;;;10;;
;261032..261118;ctg;;3;;;3;;
;261122..261196;ggc;;12;;;12;;
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;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
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;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
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;584722..584797;gta;;17;;;17;;
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;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
;585869..585942;aga;;187;187;;;;187
;586130..586885;CDS;;85587;;;;252;
;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
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;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
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;701425..701498;atc;;11;;;11;;
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;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
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;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
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;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
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;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
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;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
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;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
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;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
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;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
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;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
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;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
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comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
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comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
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;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
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comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
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comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
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comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
&lt;/pre&gt;
====pmq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;
&lt;/pre&gt;
====pmq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]]
&lt;pre&gt;
Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234
&lt;/pre&gt;
====pmq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
&lt;/pre&gt;
====pmq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc
;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf
;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj
;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc
1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca
1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca
;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc
;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa
;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac
1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac
;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca
;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa
2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc
;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg
;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc
;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa
;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt
;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa
2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg
15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf
13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc
0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa
;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;;
;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;;
;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pmq;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9206;318;;
;rRNA;10595;280;;16s
;rRNA;12412;97;;23s
;rRNA;15439;178;;5s
fin;CDS;15734;;;
deb;CDS;20252;47;;
;tRNA;21580;137;;tca
fin;CDS;21807;;;
deb;CDS;25422;222;;
;tRNA;26388;183;comp;cgg
fin;CDS;26644;;;
deb;CDS;178456;299;;
;rRNA;179754;266;;16s
;rRNA;181557;170;;23s
;rRNA;184657;15;;5s
;tRNA;184789;29;;agc
;tRNA;184906;39;;atgj
;tRNA;185022;15;;gta
;tRNA;185113;14;;atgf
;tRNA;185204;48;;gac
;tRNA;185329;5;;ttc
;tRNA;185410;9;;aca
;tRNA;185495;15;;tac
;tRNA;185595;183;;aaa
fin;CDS;185854;;comp;
deb;CDS;217565;129;comp;
;tRNA;218276;261;comp;cgg
fin;CDS;218612;;;
deb;CDS;230970;186;;
;tmRNA;231642;140;;
fin;CDS;232145;;;
deb;CDS;253921;673;;
;rRNA;255200;280;;16s
;rRNA;257017;97;;23s
;rRNA;260044;55;;5s
;tRNA;260216;19;;atc
;tRNA;260312;16;;gca
;tRNA;260404;9;;gaa
;tRNA;260485;20;;tac
;tRNA;260590;3;;aac
;tRNA;260669;19;;gta
;tRNA;260764;20;;gac
;tRNA;260861;15;;ttc
;tRNA;260949;10;;aaa
;tRNA;261032;3;;ctg
;tRNA;261122;12;;ggc
;tRNA;261209;15;;tgc
;tRNA;261296;5;;cgt
;tRNA;261375;158;;cca
;tRNA;261607;4;;gca
;tRNA;261687;5;;acc
;tRNA;261765;19;;tcg
;tRNA;261874;17;;agc
;tRNA;261979;5;;gtc
;tRNA;262060;39;;acg
;tRNA;262174;41;;tcc
;tRNA;262304;283;;ctc
fin;CDS;262670;;;
deb;CDS;578195;320;;
;rRNA;579376;269;;16s
;rRNA;581183;168;;23s
;rRNA;584281;31;;5s
;tRNA;584429;10;;aac
;tRNA;584512;38;;tcc
;tRNA;584639;11;;gaa
;tRNA;584722;17;;gta
;tRNA;584815;15;;atgf
;tRNA;584907;67;;gac
;tRNA;585051;11;;acg
;tRNA;585137;10;;cac
;tRNA;585223;5;;caa
;tRNA;585303;17;;aaa
;tRNA;585396;40;;ggc
;tRNA;585511;24;;ggc
;tRNA;585610;8;;ttg
;tRNA;585698;19;;cca
;tRNA;585794;1;;gga
;tRNA;585869;187;;aga
fin;CDS;586130;;;
deb;CDS;672473;18;;
;tRNA;672968;7;;aac
;tRNA;673051;297;;agc
;tRNA;673436;9;;gaa
;tRNA;673517;180;;ctc
fin;CDS;673780;;;
deb;CDS;674382;159;;
;tRNA;675438;64;;ctc
fin;CDS;675585;;;
deb;CDS;694284;793;;
;rRNA;696430;272;;16s
;rRNA;698239;96;;23s
;rRNA;701265;43;;5s
;tRNA;701425;11;;atc
;tRNA;701510;5;;gaa
;tRNA;701590;5;;gtc
;tRNA;701671;4;;atgf
;tRNA;701752;9;;tgg
;tRNA;701835;8;;caa
;tRNA;701918;18;;aaa
;tRNA;702009;7;;ctg
;tRNA;702100;11;;ggc
;tRNA;702186;12;;cgt
;tRNA;702272;577;;cca
fin;CDS;702926;;;
deb;CDS;1073441;377;;
;rRNA;1074592;271;;16s
;rRNA;1076400;170;;23s
;rRNA;1079500;9;;5s
;tRNA;1079626;6;;aac
;tRNA;1079708;38;;tcc
;tRNA;1079835;11;;gaa
;tRNA;1079918;17;;gta
;tRNA;1080011;13;;atgf
;tRNA;1080101;49;;gac
;tRNA;1080227;4;;ttc
;tRNA;1080307;13;;aca
;tRNA;1080396;8;;tac
;tRNA;1080490;13;;tgg
;tRNA;1080574;26;;cac
;tRNA;1080676;9;;caa
;tRNA;1080757;12;;ggc
;tRNA;1080844;10;;tgc
;tRNA;1080928;20;;tta
;tRNA;1081037;3;;cgt
;tRNA;1081117;150;;ttg
fin;CDS;1081347;;;
deb;CDS;1210625;354;;
;tRNA;1213874;16;;gca
;tRNA;1213966;12;;gaa
;tRNA;1214050;16;;gta
;tRNA;1214142;17;;gac
;tRNA;1214236;9;;cac
;tRNA;1214321;9;;caa
;tRNA;1214405;8;;aaa
;tRNA;1214486;3;;ctg
;tRNA;1214576;169;;ggc
fin;CDS;1214817;;comp;
deb;CDS;1594387;533;;
;rRNA;1595199;263;;16s
;rRNA;1596999;96;;23s
;rRNA;1600025;43;;5s
;tRNA;1600185;19;;atc
;tRNA;1600281;17;;gca
;tRNA;1600374;8;;gaa
;tRNA;1600454;5;;gta
;tRNA;1600535;10;;aca
;tRNA;1600621;18;;tac
;tRNA;1600724;4;;aac
;tRNA;1600804;21;;gta
;tRNA;1600901;12;;atgf
;tRNA;1600990;34;;gac
;tRNA;1601101;13;;cac
;tRNA;1601190;8;;caa
;tRNA;1601273;17;;aaa
;tRNA;1601363;13;;ctc
;tRNA;1601462;5;;ctg
;tRNA;1601554;14;;ggc
;tRNA;1601643;10;;tgc
;tRNA;1601724;5;;cgt
;tRNA;1601803;105;;cca
fin;CDS;1601982;;;
deb;CDS;1834781;106;;
;tRNA;1835367;137;;gcc
fin;CDS;1835577;;comp;
deb;CDS;2147627;89;;
;ncRNA;2148556;114;;
fin;CDS;2148850;;;
deb;CDS;2207093;192;comp;
;tRNA;2208284;49;;ctg
;tRNA;2208417;315;;ctg
fin;CDS;2208816;;;
deb;CDS;3456514;256;;
;tRNA;3457043;142;;ccc
fin;CDS;3457262;;;
deb;CDS;5004536;394;comp;
;tRNA;5005554;40;comp;ctc
;tRNA;5005677;13;comp;tcc
;tRNA;5005779;19;comp;atgj
;tRNA;5005872;167;comp;tcg
;ncRNA;5006126;132;;
fin;CDS;5006353;;;
deb;CDS;6383256;228;comp;
;tRNA;6384402;72;;gtc
fin;CDS;6384547;;comp;
deb;CDS;6390912;142;comp;
;tRNA;6391273;7;comp;tta
;tRNA;6391366;19;comp;atgi
;tRNA;6391462;75;comp;atgf
fin;CDS;6391614;;comp;
deb;CDS;6561157;118;;
;ncRNA;6563228;95;comp;
fin;CDS;6563744;;comp;
deb;CDS;7354507;342;;
;tRNA;7355080;28;comp;ctc
;tRNA;7355191;12;comp;tcc
;tRNA;7355292;14;comp;atgf
;tRNA;7355383;14;comp;atgj
;tRNA;7355474;8;comp;agc
;tRNA;7355570;4;comp;tcg
;tRNA;7355664;4;comp;acc
;tRNA;7355741;119;comp;gca
;ncRNA;7355936;36;;
;tRNA;7356067;6;comp;cca
;tRNA;7356147;104;comp;cgt
;tRNA;7356325;7;comp;ggc
;tRNA;7356404;9;comp;ctg
;tRNA;7356500;9;comp;aaa
;tRNA;7356582;9;comp;caa
;tRNA;7356666;17;comp;cac
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;tRNA;7357365;54;comp;atc
;rRNA;7357493;113;comp;5s
;rRNA;7357723;269;comp;23s
;rRNA;7360922;399;comp;16s
fin;CDS;7362858;;;
deb;CDS;7618150;280;;
;tRNA;7619123;335;comp;ggg
fin;CDS;7619529;;;
deb;CDS;7666633;104;comp;
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;tRNA;7668250;106;comp;cca
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;tRNA;7668598;13;comp;ctg
;tRNA;7668698;16;comp;ctc
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;rRNA;7672563;533;comp;16s
fin;CDS;7674633;;;
deb;CDS;7853177;84;comp;
;tRNA;7853819;230;comp;cac
;tRNA;7854123;404;comp;cac
fin;CDS;7854601;;comp;
deb;CDS;8100441;123;comp;
;rRNA;8100978;169;comp;5s
;rRNA;8101264;259;comp;23s
;rRNA;8104437;321;comp;16s
fin;CDS;8106295;;comp;
deb;CDS;8151918;460;comp;
;rRNA;8152909;96;comp;5s
;rRNA;8153128;269;comp;23s
;rRNA;8156327;272;comp;16s
fin;CDS;8158136;;comp;
deb;CDS;8256928;86;;
;tRNA;8257833;5;comp;gga
;tRNA;8257909;16;comp;cca
;tRNA;8258002;4;comp;cgt
;tRNA;8258083;8;comp;ggc
;tRNA;8258166;42;comp;cta
;tRNA;8258291;8;comp;aaa
;tRNA;8258375;9;comp;caa
;tRNA;8258459;4;comp;tgg
;tRNA;8258537;5;comp;atgf
;tRNA;8258619;5;comp;gtc
;tRNA;8258700;11;comp;gaa
;tRNA;8258786;43;comp;atc
;rRNA;8258903;96;comp;5s
;rRNA;8259116;267;comp;23s
;rRNA;8262313;302;comp;16s
fin;CDS;8264152;;comp;
deb;CDS;8322744;393;comp;
;rRNA;8323599;96;comp;5s
;rRNA;8323812;269;comp;23s
;rRNA;8327015;365;comp;16s
fin;CDS;8328917;;comp;
deb;CDS;8351919;396;comp;
;tRNA;8354811;149;comp;atgj
fin;CDS;8355034;;comp;
deb;CDS;8389988;296;;
;rRNA;8390809;96;comp;5s
;rRNA;8391022;270;comp;23s
;rRNA;8394222;230;comp;16s
fin;CDS;8395989;;comp;
deb;CDS;8399622;208;comp;
;ncRNA;8400892;47;comp;
fin;CDS;8401203;;comp;
deb;CDS;8616478;417;comp;
;tRNA;8617342;157;;gac
fin;CDS;8617576;;;
deb;CDS;8724363;455;;
;tRNA;8725070;165;comp;tcg
fin;CDS;8725326;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;;
pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;;
pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15
;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10
;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6
;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6
;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10
;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8
;'''total 7223;&lt;201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5
6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6
6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4
4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5
3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5
1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5
1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5
1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4
8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6
6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5
4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4
1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3
4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5
2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3
896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5
6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6
2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1
1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1
1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7
2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2
3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2
4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3
1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3
880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3
5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2
5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4
8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5
7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2
7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2
5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2
8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0
359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2
7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2
1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2
3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1
1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2
7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2
5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2
3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4
3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquence5;225;65;1070;0
933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1
8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3
1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1
1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1
1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0
2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0
5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0
7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1
247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1
1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1
7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0
2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3
;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1
;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27
4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232
5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;;
1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;;
5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;;
3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;;
5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;;
7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;;
2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;;
4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;;
2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;;
2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;;
1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;;
7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;;
1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;;
3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;;
6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;;
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&amp;-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&amp;143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;113;46;-;886;dte;51;Sf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;&gt;0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;&lt;0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;&gt;0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;&lt;0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
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;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

====pmq autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
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;;;577;;256;165;;
;;;150;;354;180;'''total;
;354;comp’;169;;394;187;&lt;201;19
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;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70%
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;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls
;394;;;;86;72;;
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;142;;75;;222;169;;8
comp’;342;;;;228;183;;
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;104;;;;342;261;;7
;84;;404;;417;335;'''total;
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;;;;;;;;
;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;
&lt;201;10;16;26;;;;;
total;20;22;42;;;;;
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&lt;/pre&gt;

===lbu===
====lbu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]]
&lt;pre&gt;
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128
;19366..19438;act;@1;195;195;;;;
;19634..20371;CDS;;6912;;;;246;
;;;;;;;;;
;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834;
;30062..30134;act;;134;134;;;;134
;30269..30907;CDS;;11768;;;;213;
;;;;;;;;;
;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191;
;43700..45271;16s;;209;;;;;
;45481..48391;23s;;69;;;;;
;48461..48577;5s;;275;275;;;;275
;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80;
;;;;;;;;;
comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56
comp;106604..106679;aag;;125;125;;;;
;106805..107533;CDS;;103754;;;;243;
;;;;;;;;;
;211288..212553;CDS;;94;94;;;422;
;212648..212720;acc;;23;23;;;;23
comp&lt;;212744..213262;CDS;;64997;;;;173;
;;;;;;;;;
;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69
comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;;
;279250..280275;CDS;;44047;;;;342;
;;;;;;;;;
comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117
;325067..325138;ggc;+;4;;4;;;
;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;;
;325325..325399;ggc;;155;155;;;;
;325555..326016;CDS;;37886;;;;154;
;;;;;;;;;
;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98
;364493..364564;caa;;614;*614;;;;
;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394;
;;;;;;;;;
;366347..367402;CDS;;75;75;;;352;
;367478..367559;tac;;5;;5;;;
;367565..367636;caa;;62;62;;;;62
&lt;;367699..368318;CDS;;14127;;;;207;
;;;;;;;;;
;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30
;382938..383026;ctt;;118;118;;;;
;383145..383768;CDS;;70441;;;;208;
;;;;;;;;;
;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61
;455591..455665;agg;;341;341;;;;
;456007..457035;CDS;;75557;;;;343;
;;;;;;;;;
;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82
comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;;
;533739..534782;CDS;;48963;;;;348;
;;;;;;;;;
;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57
comp;584786..584858;cag;;5;;5;;;
comp;584864..584935;gag;;170;170;;;;
;585106..586110;CDS;;94988;;;;335;
;;;;;;;;;
;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548;
;683260..684831;16s;;106;;;;;
;684938..685011;atc;;69;;;69;;
;685081..685153;gca;;127;;;;;
;685281..688191;23s;;68;;;;;
;688260..688376;5s;;208;208;;;;208
comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406;
;;;;;;;;;
comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134
comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;;
;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922;
;;;;;;;;;
;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54
;787059..787142;ctg;;109;109;;;;
comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207;
;;;;;;;;;
comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641;
;792481..794052;16s;;105;;;;;
;794158..794231;atc;;69;;;69;;
;794301..794373;gca;;126;;;;;
;794500..797410;23s;;69;;;;;
;797480..797596;5s;;87;87;;;;87
;797684..798559;CDS;;36;;;;292;
;;;;;;;;;
comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528;
;800709..800781;aac;@2;3;;3;;;
;800785..800858;cca;;24;;24;;;
;800883..800954;ggc;;30;;30;;;
;800985..801058;cgt;;2;;2;;;
;801061..801133;gta;;3;;3;;;
;801137..801208;gaa;;42;;42;;;
;801251..801338;tca;;9;;9;;;
;801348..801421;atgf;;3;;3;;;
;801425..801498;gac;;6;;6;;;
;801505..801577;ttc;;8;;8;;;
;801586..801667;tac;;4;;4;;;
;801672..801742;tgg;;13;;13;;;
;801756..801831;cac;;26;;26;;;
;801858..801928;tgc;;28;;28;;;
;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356
;802398..802961;CDS;;284259;;;;188;
;;;;;;;;;
comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157
comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;;
comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299;
;;;;;;;;;
comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188
comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;;
;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793;
;;;;;;;;;
comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98
;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;;
comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173;
;;;;;;;;;
comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161
comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;;
comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;;
comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;;
comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;;
comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;;
comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;;
comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;;
comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;;
comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;;
comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;;
;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309;
;;;;;;;;;
comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125;
comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;;
comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;;
comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;;
comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;;
comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;;
comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;;
comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;;
comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153
comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64;
;;;;;;;;;
comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268;
comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;;
comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;;
comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;;
comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;;
comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130
comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288;
;;;;;;;;;
;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106
comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;;
comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;;
;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;;
;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177;
;;;;;;;;;
comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308;
comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154
comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413;
;;;;;;;;;
;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303
comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;;
comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167;
;;;;;;;;;
;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460;
comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;;
comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;;
comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;;
comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;;
comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189
;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63;
;;;;;;;;;
comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151
comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;;
comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;;
comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;;
comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;;
comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;;
comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;;
comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;;
comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;;
comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;;
comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;;
comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;;
comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;;
comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;;
comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;;
comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;;
comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;;
comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;;
comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;;
comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;;
comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;;
comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;;
comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;;
comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
&lt;/pre&gt;

====lbu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]]
&lt;pre&gt;
lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122
&lt;/pre&gt;
====lbu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]]
&lt;pre&gt;
lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====lbu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
&lt;/pre&gt;
====lbu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga
;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta
;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====lbu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc
;;tRNA;801586;801667;4;*;tac
;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg
;;tRNA;801756;801828;29;*;cac
;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc
;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg
fin;;CDS;802398;804017;;;
deb;;CDS;862229;862693;29;*;
;;ncRNA;862723;863083;125;*;
fin;;CDS;863209;864333;;;
deb;comp;CDS;905582;905794;173;*;
;comp;misc_b;905968;906185;390;*;
fin;;CDS;906576;907085;;0;
deb;comp;CDS;952333;952842;390;*;
;;misc_b;953233;953450;173;*;
fin;;CDS;953624;953836;;;
deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*;
;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa
fin;comp;CDS;1088887;1089033;;;
deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*;
;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*;
fin;;CDS;1243403;1243759;;0;
deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*;
;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga
fin;;CDS;1266254;1268632;;;
deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*;
;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*;
fin;comp;CDS;1299025;1299375;;;
deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*;
;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*;
fin;;CDS;1310399;1311799;;0;
deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*;
;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg
fin;comp;CDS;1354409;1355976;;;
deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*;
;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*;
;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta
;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa
;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj
;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc
;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac
;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117
;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909
;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca
;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc
;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564
fin;;CDS;1375678;1376604;;;
deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*;
;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*;
fin;comp;CDS;1420821;1421330;;;
deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*;
;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*;
fin;;CDS;1435654;1436972;;;
deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*;
;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac
;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa
;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta
;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt
;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc
;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117
;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908
;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564
fin;comp;CDS;1485881;1487044;;;
deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*;
;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag
;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag
;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag
;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag
;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag
fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0;
deb;;CDS;1509394;1510872;106;*;
;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta
;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa
;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt
fin;;CDS;1511480;1512010;;0;
deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*;
;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg
fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0;
deb;;CDS;1554441;1554638;303;*;
;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc
fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0;
deb;;CDS;1556799;1558178;277;*;
;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117
;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908
;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca
;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act
;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564
fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0;
deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*;
;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg
;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg
;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc
;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac
;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg
;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac
;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc
;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac
;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf
;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca
;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa
;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc
;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc
;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga
;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc
;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf
;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi
;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj
;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca
;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt
;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta
;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc
;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca
;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta
;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa
;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta
fin;comp;CDS;1587254;1588681;;;
deb;comp;CDS;1589221;1590557;156;*;
;comp;rRNA;1590714;1590830;70;*;117
;comp;rRNA;1590901;1593808;127;*;2908
;comp;tRNA;1593936;1594008;69;*;gca
;comp;tRNA;1594078;1594151;113;*;act
;comp;rRNA;1594265;1595828;295;*;1564
fin;;CDS;1596124;1596324;;0;
deb;comp;CDS;1787130;1788440;298;*;
;comp;rRNA;1788739;1788855;70;*;117
;comp;rRNA;1788926;1791833;217;*;2908
;comp;rRNA;1792051;1793614;507;*;1564
fin;comp;CDS;1794122;1794325;;;
deb;comp;CDS;1795068;1795472;102;*;
;comp;tRNA;1795575;1795648;3;*;gac
;comp;tRNA;1795652;1795724;2;*;gta
;comp;tRNA;1795727;1795800;35;*;cgt
;comp;tRNA;1795836;1795907;19;*;ggc
;comp;tRNA;1795927;1796000;3;*;cca
;comp;tRNA;1796004;1796076;7;*;aac
;comp;rRNA;1796084;1796200;70;*;117
;comp;rRNA;1796271;1799178;217;*;2908
;comp;rRNA;1799396;1800959;501;*;1564
fin;comp;CDS;1801461;1802087;;;
deb;;CDS;1813522;1815336;60;*;
;;misc_f;1815397;1815445;52;*;
fin;;CDS;1815498;1816658;;0;
&lt;/pre&gt;

===ban*===
====ban opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188
;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;;
comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63;
;;;;;;;;;;
comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130
comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;;
comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;;
comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;;
comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;;
comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;;
comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;;
comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;;
comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;;
comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;;
comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;;
comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;;
comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;;
comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;;
comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;;
comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;;
comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;;
comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;;
comp;1104305..1104380;;aca;;4;;;4;;
comp;1104385..1104460;;gta;;4;;;;;
comp;1104465..1104580;;5s;;97;;;;;
comp;1104678..1107604;;23s;;141;;;;;
comp;1107746..1109299;;16s;;694;*694;;;;
;1109994..1113038;;CDS;;;;;;*1015;
;;;;;;;;;;
comp;1306706..1307848;;CDS;;198;198;;;381;
comp;1308047..1308120;;gga;;115;115;;;;115
comp;1308236..1308889;;CDS;;;;;;218;
;;;;;;;;;;
;1312025..1312345;;CDS;;207;207;;;107;207
comp;1312553..1312637;;ttg;;10;;;10;;
comp;1312648..1312718;;tgc;;14;;;14;;
comp;1312733..1312807;;ggc;;5;;;5;;
comp;1312813..1312887;;caa;;63;;;63;;
comp;1312951..1313026;;cac;;19;;;19;;
comp;1313046..1313119;;tgg;;7;;;7;;
comp;1313127..1313210;;tac;;17;;;17;;
comp;1313228..1313303;;gta;;5;;;5;;
comp;1313309..1313383;;gaa;;24;;;24;;
comp;1313408..1313480;;acc;;4;;;4;;
comp;1313485..1313559;;aac;;9;;;;;
comp;1313569..1313684;;5s;;96;;;;;
comp;1313781..1316709;;23s;;141;;;;;
comp;1316851..1318405;;16s;;386;*386;;;;
;1318792..1319148;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1556278..1556507;;CDS;;57;57;;;77;57
comp;1556565..1556680;;5s;;49;;;;;
comp;1556730..1560126;;23s;;173;;;;;
comp;1560300..1562132;;16s;;476;*476;;;;
;1562609..1563322;;CDS;;;;;;238;
;;;;;;;;;;
&gt;;1566949..1567219;;CDS;;99;99;;;90;99
comp;1567319..1567434;;5s;;46;;;;;
comp;1567481..1570409;;23s;;142;;;;;
comp;1570552..1572115;;16s;;451;*451;;;;
;1572567..1574498;;CDS;;;;;;*644;
;;;;;;;;;;
;1579539..1580615;;CDS;;14;14;;;359;14
comp;1580630..1580745;;5s;;45;;;;;
comp;1580791..1583912;;23s;;153;;;;;
comp;1584066..1585720;;16s;;294;294;;;;
comp;1586015..1587520;;CDS;;;;;;*502;
;;;;;;;;;;
comp;1600693..1601166;;CDS;;174;174;;;158;
comp;1601341..1601416;;gac;;3;;;3;;
comp;1601420..1601496;;atgf;;12;;;;;
comp;1601509..1601624;;5s;@1;46;;;;;
comp;1601671..1604598;;23s;;141;;;;;
comp;1604740..1606294;;16s;;75;;;;;
comp;1606370..1606440;;gga;;1;;1;;;
comp;1606442..1606518;;cca;+;4;;4;;;
comp;1606523..1606599;;cgt;Séquence 10;3;;3;;;
comp;1606603..1606691;;tta;;16;;16;;;
comp;1606708..1606782;;ggc;;29;;29;;;
comp;1606812..1606892;;cta;;14;;14;;;
comp;1606907..1606982;;aaa;;5;;5;;;
comp;1606988..1607062;;caa;;87;;*87;;;
comp;1607150..1607225;;gac;;46;;46;;;
comp;1607272..1607347;;gta;;4;;4;;;
comp;1607352..1607426;;gaa;;1;;1;;;
comp;1607428..1607502;;aac;2 aac;8;;8;;;
comp;1607511..1607587;;atc;;11;;11;;;
comp;1607599..1607669;;tgg;;6;;6;;;
comp;1607676..1607748;;aca;;9;;9;;;
comp;1607758..1607833;;ttc;;8;;8;;;
comp;1607842..1607917;;gac;;4;;4;;;
comp;1607922..1607998;;atgf;;20;;20;;;
comp;1608019..1608111;;tca;2 tca;54;;54;;;
comp;1608166..1608258;;tca;;20;;20;;;
comp;1608279..1608351;;gca;;16;;16;;;
comp;1608368..1608441;;cca;;10;;10;;;
comp;1608452..1608525;;cgt;;3;;3;;;
comp;1608529..1608617;;tta;;16;;16;;;
comp;1608634..1608708;;ggc;;29;;29;;;
comp;1608738..1608818;;cta;;13;;13;;;
comp;1608832..1608907;;aaa;;5;;5;;;
comp;1608913..1608987;;caa;;87;;*87;;;
comp;1609075..1609150;;gac;;46;;46;;;
comp;1609197..1609272;;gta;;4;;4;;;
comp;1609277..1609351;;gaa;;8;;8;;;
comp;1609360..1609450;;agc;;3;;3;;;
comp;1609454..1609528;;aac;;114;114;;;;114
comp;1609643..1610101;;CDS;;;;;;153;
;;;;;;;;;;
comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114
comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;;
comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;;
comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;;
comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;;
comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;;
comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;;
comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;;
comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;;
comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;;
comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;;
comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;;
comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;;
comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73;
;;;;;;;;;;
comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206
comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;;
comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;;
comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;;
comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500;
;;;;;;;;;;
comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824;
comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;;
comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160
comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161;
;;;;;;;;;;
comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190
comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;;
comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;;
comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;;
comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;;
comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;;
comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90;
;;;;;;;;;;
comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131;
comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
&lt;/pre&gt;

====ban cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]]
&lt;pre&gt;
ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124
&lt;/pre&gt;
====ban blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]]
&lt;pre&gt;
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ban distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
&lt;/pre&gt;
====ban données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;;
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;;
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;;
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;;
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;;
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;;
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;;
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;;
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;;
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;;
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;;
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;;
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ban autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;
&lt;/pre&gt;

====ban séquences====
&lt;pre&gt;
33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
===bacilli synthèse===
====bacilli distribution par génome====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]]
&lt;pre&gt;
baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution par type====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====bacilli par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci  ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;
&lt;/pre&gt;
====bacilli, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est  43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
&lt;/pre&gt;

==clostridia==
===psor===
====psor opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]]
&lt;pre&gt;
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
&lt;/pre&gt;

====psor cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]]
&lt;pre&gt;
psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121
&lt;/pre&gt;

====psor blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]]
&lt;pre&gt;
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====psor distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====psor données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;;
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;;
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;;
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;;
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;;
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;;
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;;
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;;
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;;
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;;
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;;
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;;
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;;
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;;
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;;
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;;
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;;
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;;
7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;;
;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;;
;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====psor autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
;;tRNA;30434;30518;15;tac
;;tRNA;30534;30617;14;cta
;;tRNA;30632;30708;7;aga
;;tRNA;30716;30791;11;caa
;;tRNA;30803;30878;6;aaa
;;tRNA;30885;30973;3;tca
;;tRNA;30977;31052;9;ttc
;;tRNA;31062;31138;8;atgj
;;tRNA;31147;31223;21;atgi
;;tRNA;31245;31321;6;cca
;;tRNA;31328;31404;4;cac
;;tRNA;31409;31482;25;tgc
;;tRNA;31508;31596;13;tta
;;tRNA;31610;31685;15;atgf
;;tRNA;31701;31775;9;gaa
;;tRNA;31785;31858;6;gga
;;tRNA;31865;31940;5;gta
;;tRNA;31946;32022;16;gac
;;tRNA;32039;32114;4;aac
;;tRNA;32119;32193;4;aca
;;tRNA;32198;32282;15;tac
;;tRNA;32298;32381;11;cta
;;tRNA;32393;32467;13;ggc
;;tRNA;32481;32557;7;aga
;;tRNA;32565;32640;11;caa
;;tRNA;32652;32727;6;aaa
;;tRNA;32734;32822;3;tca
;;tRNA;32826;32901;9;ttc
;;tRNA;32911;32987;8;atgj
;;tRNA;32996;33072;21;atgi
;;tRNA;33094;33170;6;cca
;;tRNA;33177;33253;9;cac
;;tRNA;33263;33338;21;aaa
;;tRNA;33360;33433;6;tgc
;;tRNA;33440;33516;10;cgt
;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
deb;;CDS;221659;221940;525;
;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
deb;;CDS;449964;450266;253;
;;rRNA;450520;452026;196;1507
;;rRNA;452223;455139;144;2917
;;rRNA;455284;455400;112;117
fin;comp;CDS;455513;456616;;
deb;;CDS;498418;499074;189;
;;rRNA;499264;500770;118;1507
;;tRNA;500889;500964;95;gca
;;rRNA;501060;503976;144;2917
;;rRNA;504121;504237;131;117
fin;;CDS;504369;504551;;
deb;;CDS;535194;536090;85;
;;ncRNA;536176;536362;27;
fin;comp;CDS;536390;537400;;
deb;;CDS;546886;550416;41;
;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg
fin;;CDS;550683;553325;;
deb;;CDS;608009;608683;195;
;;tRNA;608879;608975;37;tga
fin;comp;CDS;609013;609732;;
deb;;CDS;664519;665208;281;
;;regulatory;665490;665566;155;
fin;;CDS;665722;667788;;
deb;;CDS;815939;816655;71;
;;tRNA;816727;816800;12;tgc
;;tRNA;816813;816888;3;aac
;;tRNA;816892;816966;285;aca
fin;;CDS;817252;818727;;
deb;;CDS;871627;872337;134;
;;regulatory;872472;872649;13;
fin;;CDS;872663;873685;;
deb;;CDS;982641;983897;103;
;;regulatory;984001;984104;104;
fin;;CDS;984209;985012;;
deb;;CDS;1284870;1288097;111;
;;tRNA;1288209;1288297;426;cta
fin;;CDS;1288724;1290853;;
deb;;CDS;1445161;1445664;135;
;;tRNA;1445800;1445868;258;other
fin;;CDS;1446127;1446813;;
deb;comp;CDS;2027435;2028427;53;
;comp;regulatory;2028481;2028580;345;
fin;;CDS;2028926;2029534;;
deb;comp;CDS;2147128;2147418;106;
;comp;regulatory;2147525;2147625;50;
fin;comp;CDS;2147676;2148425;;
deb;comp;CDS;2251779;2252747;98;
;comp;regulatory;2252846;2252890;465;
fin;;CDS;2253356;2254267;;
deb;;CDS;2267513;2267698;306;
;comp;tRNA;2268005;2268088;404;cta
fin;;CDS;2268493;2269758;;
deb;comp;CDS;2360030;2361127;237;
;comp;regulatory;2361365;2361480;190;
fin;comp;CDS;2361671;2362552;;
deb;comp;CDS;2523189;2523929;207;
;comp;regulatory;2524137;2524320;75;
fin;comp;CDS;2524396;2525256;;
deb;comp;CDS;2548808;2552788;57;
;comp;regulatory;2552846;2552929;39;
;comp;regulatory;2552969;2553052;39;
;comp;regulatory;2553092;2553175;39;
;comp;regulatory;2553215;2553298;63;
fin;comp;CDS;2553362;2554816;;
deb;comp;CDS;2701048;2701620;93;
;comp;regulatory;2701714;2701815;171;
fin;comp;CDS;2701987;2702790;;
deb;comp;CDS;2732519;2732845;274;
;comp;regulatory;2733120;2733211;363;
fin;comp;CDS;2733575;2735470;;
deb;comp;CDS;2850976;2851347;95;
;comp;regulatory;2851443;2851563;450;
fin;comp;CDS;2852014;2853708;;
deb;comp;CDS;3090637;3091464;131;
;comp;ncRNA;3091596;3091935;54;
fin;comp;CDS;3091990;3093003;;
deb;;CDS;3094098;3094784;40;
;comp;rRNA;3094825;3094941;78;117
;comp;rRNA;3095020;3097936;194;2917
;comp;rRNA;3098131;3099637;276;1507
fin;comp;CDS;3099914;3101161;;
deb;;CDS;3159922;3160827;37;
;comp;tRNA;3160865;3160956;120;agc
fin;comp;CDS;3161077;3161376;;
deb;comp;CDS;3274188;3274733;245;
;comp;rRNA;3274979;3275095;12;117
;comp;tRNA;3275108;3275181;107;gga
;comp;rRNA;3275289;3278214;137;2926
;comp;rRNA;3278352;3279858;253;1507
fin;comp;CDS;3280112;3280690;;
deb;comp;CDS;3299331;3300842;101;
;comp;regulatory;3300944;3301122;20;
fin;comp;CDS;3301143;3301745;;
deb;comp;CDS;3303104;3304150;124;
;comp;regulatory;3304275;3304459;96;
;comp;rRNA;3304556;3304672;11;117
;comp;tRNA;3304684;3304758;116;aca
;comp;rRNA;3304875;3307789;196;2915
;comp;rRNA;3307986;3309492;364;1507
fin;;CDS;3309857;3310504;;
deb;comp;CDS;3368437;3369900;236;
;comp;regulatory;3370137;3370238;63;
fin;comp;CDS;3370302;3370706;;
deb;comp;CDS;3407639;3408244;120;
;comp;regulatory;3408365;3408485;61;
fin;comp;CDS;3408547;3409716;;
deb;comp;CDS;3420136;3421329;134;
;comp;regulatory;3421464;3421568;139;
fin;;CDS;3421708;3422217;;
deb;comp;CDS;3438683;3439531;142;
;comp;tRNA;3439674;3439750;7;aga
;comp;tRNA;3439758;3439832;9;ggc
;comp;tRNA;3439842;3439918;5;gac
;comp;tRNA;3439924;3439999;8;gta
;comp;tRNA;3440008;3440082;5;gaa
;comp;rRNA;3440088;3440204;40;117
;comp;rRNA;3440245;3443168;112;2924
;comp;tRNA;3443281;3443356;109;gca
;comp;rRNA;3443466;3444972;138;1507
;comp;tRNA;3445111;3445187;13;atgj
;comp;tRNA;3445201;3445276;6;ttc
;comp;tRNA;3445283;3445359;6;atc
;comp;tRNA;3445366;3445442;31;cca
;comp;tRNA;3445474;3445549;11;tgg
;comp;tRNA;3445561;3445637;6;atgi
;comp;tRNA;3445644;3445720;6;cca
;comp;tRNA;3445727;3445817;11;agc
;comp;tRNA;3445829;3445917;6;tca
;comp;tRNA;3445924;3445999;12;aaa
;comp;tRNA;3446012;3446087;6;caa
;comp;tRNA;3446094;3446170;19;aga
;comp;tRNA;3446190;3446263;11;gga
;comp;tRNA;3446275;3446359;4;tac
;comp;tRNA;3446364;3446438;4;aca
;comp;tRNA;3446443;3446518;31;aac
;comp;tRNA;3446550;3446625;16;aac
;comp;tRNA;3446642;3446718;5;gac
;comp;tRNA;3446724;3446799;6;gta
;comp;tRNA;3446806;3446879;9;gga
;comp;tRNA;3446889;3446963;15;gaa
;comp;tRNA;3446979;3447054;13;atgf
;comp;tRNA;3447068;3447156;5;tta
;comp;rRNA;3447162;3447278;213;117
;comp;rRNA;3447492;3450406;196;2915
;comp;rRNA;3450603;3452109;239;1507
fin;comp;CDS;3452349;3452552;;
deb;comp;CDS;3479880;3480509;30;
;comp;regulatory;3480540;3480623;335;
fin;comp;CDS;3480959;3484165;;
deb;comp;CDS;3523330;3524046;129;
;comp;tRNA;3524176;3524251;8;gta
;comp;tRNA;3524260;3524334;20;gaa
;comp;tRNA;3524355;3524430;10;aaa
;comp;tRNA;3524441;3524515;10;aca
;comp;tRNA;3524526;3524602;7;gac
;comp;tRNA;3524610;3524685;9;gta
;comp;tRNA;3524695;3524769;5;gaa
;comp;tRNA;3524775;3524850;289;aaa
fin;;CDS;3525140;3526039;;
deb;comp;CDS;3549752;3549886;0;
&lt;/pre&gt;

===cdc===
====cdc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_opérons|cdc opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
dir    ;9857..10630;;cds;;179;179;774;;258;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;10810..12317;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;12370..12445;;gca;;249;;76;;;;
dir    ;12695..15596;;23s;;111;;2902;;;;
dir    ;15708..15824;;5s;;126;126;117;;;126;
dir    ;15951..16460;;cds;;;;510;;170;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir   ;19402..19857;;cds;;0;0;456;;152;0;nucleoside deaminase
dir   ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;;
dir   ;19987..20251;;ncRNA;@1;76;76;265;;;;
dir   ;20328..21965;;cds;;;;1638;;546;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;23419..24624;;cds;;505;*505;1206;;402;;glycosyl transferase
dir    ;25130..26637;;16s;;279;;1508;;;;
dir    ;26917..29816;;23s;+;180;;2900;;;;
dir    ;29997..30113;;5s;3 aaa;6;;117;;;;
dir    ;30120..30194;;aac;3 gta;6;;75;6;;;
dir    ;30201..30286;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;30302..30377;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;30385..30459;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;30469..30542;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;30548..30623;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;30629..30705;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;30715..30789;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;30804..30888;;tac;;8;;85;8;;;
dir    ;30897..30980;;cta;;29;;84;29;;;
dir    ;31010..31086;;aga;;7;;77;7;;;
dir    ;31094..31169;;caa;;88;;76;88;;;
dir    ;31258..31346;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;31350..31425;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;31432..31508;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;31520..31596;;atgi;;23;;77;23;;;
dir    ;31620..31696;;cca;;7;;77;7;;;
dir    ;31704..31780;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;31789..31864;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;31872..31945;;tgc;;6;;74;6;;;
dir    ;31952..32026;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;32032..32117;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;32133..32208;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;32216..32290;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;32300..32373;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;32379..32454;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;32460..32536;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;32546..32620;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;32635..32719;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;32729..32812;;cta;;23;;84;23;;;
dir    ;32836..32910;;ggc;;24;;75;24;;;
dir    ;32935..33011;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;33021..33096;;caa;;8;;76;8;;;
dir    ;33105..33180;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;33183..33271;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;33275..33350;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;33357..33433;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;33445..33521;;atgi;;17;;77;17;;;
dir    ;33539..33615;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;33624..33699;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;33707..33780;;tgc;;7;;74;7;;;
dir    ;33788..33864;;cgt;;12;;77;12;;;
dir    ;33877..33952;;gta;;75;75;76;;;75;
dir    ;34028..34441;;cds;;308;308;414;;138;;hp
dir    ;34750..38181;;cds;;;;3432;;1144;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;127011..127715;;cds;;281;281;705;;235;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir    ;127997..129505;;16s;;279;;1509;;;;
dir    ;129785..132685;;23s;+;131;;2901;;;;
dir    ;132817..132933;;5s;2 cca;6;;117;;;;
dir    ;132940..133014;;aac;;4;;75;4;;;
dir    ;133019..133093;;gaa;;5;;75;5;;;
dir    ;133099..133174;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;133180..133256;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;133267..133341;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;133356..133440;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;133450..133523;;gga;;10;;74;10;;;
dir    ;133534..133610;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;133620..133695;;caa;;11;;76;11;;;
dir    ;133707..133782;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;133785..133873;;tca;;17;;89;17;;;
dir    ;133891..133981;;agc;;8;;91;8;;;
dir    ;133990..134066;;cca;;85;;77;85;;;
dir    ;134152..134227;;tgg;;60;;76;60;;;
dir    ;134288..134364;;cca;;6;;77;6;;;
dir    ;134371..134447;;atc;;3;;77;3;;;
dir    ;134451..134526;;ttc;;7;;76;7;;;
dir    ;134534..134610;;atgj;;114;;77;;;;
dir    ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;;
dir    ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;;
dir    ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213;
comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;;
dir    ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;;
dir    ;150292..150366;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;150372..150457;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;150473..150548;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;150556..150630;;gaa;;14;;75;14;;;
dir    ;150645..150718;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;150724..150799;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;150805..150881;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;150892..150966;;ggc;;9;;75;9;;;
dir    ;150976..151049;;aga;;975;*975;74;;;;
dir    ;152025..152864;;cds;;;;840;;280;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase
dir   ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;;
dir   ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;;
dir   ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177;
dir   ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir    ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87;
dir    ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;;
dir    ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;;
dir    ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;;
dir    ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;;
dir    ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein
comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318;
dir    ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir   ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir   ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;;
&lt;dir   ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir   ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase
&lt;/pre&gt;

====cdc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144
&lt;/pre&gt;

====cdc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]]
&lt;pre&gt;
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
&lt;/pre&gt;
====cdc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;;
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;;
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;;
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;;
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;;
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;;
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;;
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;;
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;;
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;;
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
;;regulatory;254387;254488;220;*;
fin;;CDS;254709;256244;;;
deb;;CDS;309184;310275;308;*;
;;regulatory;310584;310674;406;*;
fin;;CDS;311081;311398;;;
deb;;CDS;378341;380728;585;*;
;;rRNA;381314;382816;315;*;1503
;;rRNA;383132;386029;127;*;2898
;;rRNA;386157;386273;177;*;117
fin;;CDS;386451;387059;;0;
deb;;CDS;393173;394945;131;*;
;;regulatory;395077;395269;188;*;
fin;;CDS;395458;396210;;;
deb;comp;CDS;518815;519642;205;*;
;;regulatory;519848;519954;69;*;
fin;;CDS;520024;520344;;0;
deb;;CDS;601016;601618;560;*;
;;misc_b;602179;602417;63;*;
fin;;CDS;602481;604400;;;
deb;;CDS;703255;703989;800;*;
;;regulatory;704790;704866;264;*;
fin;;CDS;705131;706387;;;
deb;;CDS;774245;775042;343;*;
;;misc_b;775386;775620;49;*;
fin;;CDS;775670;776689;;;
deb;comp;CDS;833130;833894;258;*;
;;tRNA;834153;834243;87;*;agc
fin;;CDS;834331;835119;;;
deb;;CDS;840990;843056;591;*;
;;misc_b;843648;843858;225;*;
fin;;CDS;844084;844899;;;
deb;;CDS;1027707;1028153;147;*;
;;misc_b;1028301;1028547;123;*;
fin;;CDS;1028671;1030413;;;
deb;;CDS;1089165;1090139;241;*;
;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503
;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898
;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga
;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117
fin;;CDS;1095670;1097688;;;
deb;;CDS;1140023;1140928;114;*;
;;ncRNA;1141043;1141223;182;*;
fin;;CDS;1141406;1142623;;0;
deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*;
;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg
fin;;CDS;1184734;1187382;;;
deb;;CDS;1221766;1222134;91;*;
;;regulatory;1222226;1222332;102;*;
fin;;CDS;1222435;1223640;;0;
deb;;CDS;1292920;1293819;907;*;
;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*;
fin;;CDS;1296897;1297052;;;
deb;;CDS;1347580;1348659;142;*;
;;misc_b;1348802;1349040;67;*;
fin;;CDS;1349108;1351747;;;
deb;;CDS;1503182;1503538;530;*;
;;repeat_region;1504069;1504755;391;*;
fin;comp;CDS;1505147;1506880;;;
deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*;
;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*;
fin;comp;CDS;1513062;1513736;;;
deb;;CDS;1583597;1584714;449;*;
;;regulatory;1585164;1585270;105;*;
fin;;CDS;1585376;1586341;;;
deb;;CDS;1612685;1614778;660;*;
;;repeat_region;1615439;1615732;167;*;
fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0;
deb;;CDS;1620655;1621623;151;*;
;;misc_b;1621775;1622027;71;*;
fin;;CDS;1622099;1623307;;0;
deb;;CDS;1668527;1669288;160;*;
;;misc_b;1669449;1669706;112;*;
fin;;CDS;1669819;1670058;;;
deb;;CDS;1708973;1709134;741;*;
;;repeat_region;1709876;1710232;238;*;
fin;;CDS;1710471;1710659;;;
deb;;CDS;1710778;1711644;452;*;
;;repeat_region;1712097;1712386;122;*;
fin;;CDS;1712509;1713036;;;
deb;;CDS;1745654;1747510;82;*;
;;misc_b;1747593;1747833;65;*;
;;misc_b;1747899;1748134;84;*;
fin;;CDS;1748219;1749436;;;
deb;;CDS;1770800;1771111;92;*;
;;regulatory;1771204;1771296;99;*;
fin;;CDS;1771396;1772190;;;
deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*;
;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*;
deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*;
;;regulatory;1835448;1835624;143;*;
deb;;CDS;1835768;1837498;109;*;
;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta
;;regulatory;1838585;1838689;209;*;
fin;;CDS;1838899;1839933;;;
deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*;
;;repeat_region;1849663;1850878;408;*;
fin;;CDS;1851287;1851574;;0;
deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*;
;;regulatory;1870833;1870876;100;*;
fin;;CDS;1870977;1871945;;;
deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*;
;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*;
deb;;CDS;1887967;1890450;87;*;
;;regulatory;1890538;1890649;141;*;
fin;;CDS;1890791;1892092;;;
deb;;CDS;1903300;1903731;430;*;
;;misc_b;1904162;1904373;162;*;
fin;;CDS;1904536;1905825;;;
deb;;CDS;1963260;1964567;85;*;
;;misc_b;1964653;1964915;125;*;
fin;;CDS;1965041;1965844;;;
deb;;CDS;1974995;1975732;110;*;
;;misc_b;1975843;1976050;252;*;
fin;;CDS;1976303;1977502;;;
deb;;CDS;2015338;2017995;53;*;
;;regulatory;2018049;2018151;109;*;
fin;;CDS;2018261;2019526;;;
deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*;
;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*;
;;regulatory;2143958;2144047;52;*;
fin;;CDS;2144100;2144276;;0;
deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*;
;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*;
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deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*;
;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*;
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;;regulatory;2157412;2157509;54;*;
fin;;CDS;2157564;2157740;;;
deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*;
;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*;
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;;repeat_region;2200186;2200869;830;*;
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;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*;
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;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*;
fin;;CDS;2276688;2278034;;;
deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*;
;;misc_b;2291548;2291779;107;*;
fin;;CDS;2291887;2293368;;;
deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*;
;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*;
fin;comp;CDS;2434700;2434903;;;
deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*;
;;regulatory;2476388;2476476;189;*;
fin;;CDS;2476666;2478033;;0;
deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*;
;;regulatory;2502116;2502205;53;*;
fin;;CDS;2502259;2502435;;;
deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*;
;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*;
fin;comp;CDS;2525213;2526364;;;
deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*;
;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*;
fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0;
deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*;
;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*;
fin;comp;CDS;2596567;2597583;;;
deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*;
;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga
fin;comp;CDS;2696703;2697542;;;
deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*;
;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*;
fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0;
deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*;
;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*;
fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0;
deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*;
;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*;
fin;comp;CDS;2858087;2858614;;;
deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*;
;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*;
fin;comp;CDS;2948632;2949822;;;
deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*;
;;regulatory;2958868;2958969;72;*;
fin;;CDS;2959042;2960385;;;
deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*;
;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*;
deb;;CDS;2981767;2982444;159;*;
;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca
;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898
;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503
fin;;CDS;2987705;2988643;;0;
deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*;
;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*;
fin;comp;CDS;3096356;3097759;;;
deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*;
;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*;
deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*;
;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*;
fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0;
deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*;
;;repeat_region;3244625;3246042;183;*;
fin;comp;CDS;3246226;3246492;;;
deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*;
;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*;
fin;comp;CDS;3276416;3277309;;;
deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*;
;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*;
fin;comp;CDS;3407875;3409527;;;
deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*;
;;repeat_region;3491430;3492052;252;*;
fin;comp;CDS;3492305;3494290;;;
deb;;CDS;3508604;3509509;673;*;
;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*;
fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0;
deb;;CDS;3600566;3601447;77;*;
;;regulatory;3601525;3601699;172;*;
fin;;CDS;3601872;3602873;;;
deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*;
;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*;
fin;comp;CDS;3640186;3641013;;;
deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*;
;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*;
fin;comp;CDS;3656089;3656931;;;
deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*;
;;regulatory;3690789;3690904;174;*;
fin;;CDS;3691079;3692449;;0;
deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*;
;;regulatory;3750238;3750334;53;*;
fin;;CDS;3750388;3750564;;;
deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*;
;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117
;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898
;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503
fin;comp;CDS;3794009;3794587;;;
deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*;
;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*;
fin;comp;CDS;3812242;3812856;;;
deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*;
;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*;
fin;comp;CDS;3906737;3907687;;;
deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*;
;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*;
fin;comp;CDS;3934329;3934850;;;
deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*;
;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117
;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898
;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503
fin;comp;CDS;3949723;3949917;;;
deb;;CDS;4084445;4085437;382;*;
;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca
;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa
;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;
&lt;/pre&gt;

====cdc psor====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]]
&lt;pre&gt;
cdc-psor  comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6;
atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7;
cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52;
tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7;
gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10;
aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0
gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0
gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0
gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31;
gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor  coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t.  -2+2;24;;
&lt;/pre&gt;

===cdc8===
====cdc8 opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir   ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir   ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir   ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir   ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir   ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir   ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir   ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir   ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir   ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir   ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir   ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir   ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir   ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir   ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir   ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir   ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir   ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir   ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir   ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir   ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir   ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir   ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir   ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir   ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir   ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir   ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir   ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir   ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir   ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir   ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir   ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
dir   ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;;
dir   ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir   ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir   ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir   ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir   ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir   ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir   ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir   ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir   ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir   ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir   ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir   ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir   ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir   ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir   ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir   ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir   ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir   ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir   ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir   ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
&lt;&gt; comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
dir   ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir   ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir   ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir   ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir   ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir    ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir    ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir    ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir    ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir    ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir    ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir    ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir    ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir    ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
&lt;comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir    ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir    ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir    ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir    ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir    ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir    ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir    ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir    ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir    ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir    ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir    ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir    ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir    ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir    ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
&lt;&gt;comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir    ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir    ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
&gt;comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir    ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir    ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir    ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir    ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir    ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir    ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir    ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir    ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir    ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir    ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir    ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir    ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir    ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir    ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir    ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir    ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir    ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir    ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir    ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir    ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir    ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir    ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir    ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir    ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir    ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir    ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir    ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir    ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir    ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir    ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir    ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
&lt;dir    ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir    ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir    ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97
&lt;/pre&gt;
====cdc8 blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]]
&lt;pre&gt;
cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 43====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]]
&lt;pre&gt;
cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
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gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
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gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
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aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
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aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
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cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
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cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 18====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_18|cdc8 cdc psor 18]]
&lt;pre&gt;
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23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
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aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
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ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
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;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas;
cds;214;5s;5;;;;;cds;214;
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gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5;
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aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0
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aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18;
agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
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cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
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;;;;;;aaa;353;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 9====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_9|cdc8 cdc psor 9]]
&lt;pre&gt;
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cds;554;;;;;16s°;100;gca;373;
cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126;
cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7;
23s°;132;23s°;126;;;aac;6;aac;5;-1
5s;6;5s;7;;;tta;15;tta;15;0
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gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6
gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1
gac;11;gaa;8;;;gta;5;gta;5;0
aca;14;gga;4;;;gac;10;gac;10;0
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aga;9;ggc;9;;;cds;;cds;;
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cca;5;;;;;cds;372;cds;372;0
atc;3;;;;;cds;21;cds;21;0
ttc;7;;;;;cds;778;cds;776;-2
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;;;;;;23s;201;gca;373;
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16s;321;16s°;100;;;;;;;
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5s;6;5s;7;;;CDS;431;cds;179;
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gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108;
gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2
gta;5;gta;5;0;;atg;123;tta;5;0
gac;9;gac;10;;;16s;54;5s;201;8
aca;14;ggc;9;;;gca;114;23s;375;261
tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2
cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23
aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
caa;89;;;;;atg;123;gca;248;
tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2
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cca;7;;;;;CDS;;23s°;100;
cac;8;;;;;;;23s’;126;
aaa;353;;;;;;;5s;127;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc protéines====
=====Alignement sur cdc=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc|Alignement sur cdc]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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;comp;4086491..4087780;cds;;1290;succinate;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate
&lt;/pre&gt;

=====Alignement sur cdc8=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc8|Alignement sur cdc8]]
&lt;pre&gt;
;cdc8;;;;;;;cdc8;;;;;;;psor;;;;
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;dir    ;;**41aas;12;;;;;dir    ;4196524..4197091;16s°;320;568;;112316..113822;16s;431;;
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;;;;;;;;;dir    ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR;;;;;
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;dir   ;97864..97938;aac;6;75;;;2;dir    ;4206002..4206266;ncRNA;76;265;;;;;;
;dir   ;;**7aas;6;;;;;dir    ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau;;;;;
;dir   ;98542..98615;aga;954;74;;;;;;;;;;;;;;
;dir   ;99570..100409;cds;;840;TIGR;;insert;comp;4209435..4210639;cds;496;1205;Glyco-tr;;;;;
;;;;;;;;insert;;4211136..4212643;16s;321;1508;;;;;;
;&lt;&gt; cp;309950..310076;cds;1;127;seleno;;insert;;4212965..4213127;23s°;100;163;;;;;;
;dir   ;310078..311313;23s°;126;1236;;;insert;&lt;&gt;comp;4213228..4213849;cds;;622;CHAP;;;;;
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;dir   ;311734..312342;cds;;609;DedA;;insert;comp;4213961..4214620;cds;228;660;A-1chlor;;;;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4214849..4216199;16s;321;1351;;;;;;
;comp;861856..862620;cds;258;765;DeoR;;insert;dir    ;4216521..4217008;23s°;101;488;;;;;;
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;;;;;;;;insert;comp;4218908..4219471;16s°;100;564;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;;
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;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir    ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;;
;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir    ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda
;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir    ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir    ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir    ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir    ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;&lt;dir    ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir   ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir   ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc création de cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]]
&lt;pre&gt;
;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;&lt;4307539..4308225;687;;;;
CHAP;&lt;4213228..&gt;4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc abrégé protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]]
&lt;pre&gt;
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor stats====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]]
&lt;pre&gt;
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total)         ;4 025;3 807;3 528
CDS (total)           ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding)        ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding)          ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA)           ;155;116;160
RRNAs  (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs        ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs     ;108;83;105
ncRNAs    ;4;4;4
Pseudo Genes (total)  ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)       ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)         ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)      ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)  ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays         ;4;9; - 
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
&lt;/pre&gt;
====cdc8 distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
&lt;/pre&gt;
====cdc8 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc8 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc8;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;misc_f;1;795;182;*;
;;rRNA;978;1094;6;*;117
;;tRNA;1101;1175;6;*;aac
;;tRNA;1182;1267;15;*;tta
;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf
;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa
;;tRNA;1450;1523;5;*;gga
;;tRNA;1529;1604;5;*;gta
;;tRNA;1610;1686;9;*;gac
;;tRNA;1696;1770;14;*;aca
;;tRNA;1785;1869;10;*;tac
;;tRNA;1880;1963;28;*;cta
;;tRNA;1992;2068;7;*;aga
;;tRNA;2076;2151;89;*;caa
;;tRNA;2241;2329;3;*;tca
;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc
;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj
;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi
;;tRNA;2609;2685;7;*;cca
;;tRNA;2693;2769;8;*;cac
;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa
;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc
;;tRNA;2941;3015;6;*;aac
;;tRNA;3022;3107;15;*;tta
;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf
;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa
;;tRNA;3290;3363;5;*;gga
;;tRNA;3369;3444;5;*;gta
;;tRNA;3450;3526;9;*;gac
;;tRNA;3536;3610;14;*;aca
;;tRNA;3625;3709;9;*;tac
;;tRNA;3719;3802;24;*;cta
;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc
;;tRNA;3926;4002;9;*;aga
;;tRNA;4012;4087;8;*;caa
;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa
;;tRNA;4174;4262;3;*;tca
;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc
;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj
;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi
;;tRNA;4530;4606;8;*;cac
;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa
;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc
;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt
;;tRNA;4868;4943;75;*;gta
fin;;CDS;5019;5432;;;
deb;;CDS;43312;43797;94;*;
;;misc_b;43892;44100;63;*;
fin;;CDS;44164;45882;;;
deb;;CDS;57549;58247;51;*;
;;misc_f;58299;58427;42;*;
fin;;CDS;58470;58976;;;
deb;;CDS;93984;94736;291;*;
;;misc_f;95028;95862;232;*;
;;misc_f;96095;96344;50;*;
;;misc_f;96395;96725;9;*;
;;misc_f;96735;97600;139;*;
;;rRNA;97740;97856;7;*;117
;;tRNA;97864;97938;6;*;aac
;;tRNA;97945;98030;15;*;tta
;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf
;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa
;;tRNA;98212;98285;4;*;gga
;;tRNA;98290;98365;5;*;gta
;;tRNA;98371;98447;10;*;gac
;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc
;;tRNA;98542;98615;954;*;aga
fin;;CDS;99570;100409;;;
deb;comp;CDS;119142;119651;188;*;
;;regulatory;119840;119943;135;*;
fin;;CDS;120079;121272;;;
deb;;CDS;141169;142335;59;*;
;;regulatory;142395;142512;124;*;
fin;;CDS;142637;143242;;;
deb;;CDS;192887;194019;59;*;
;;regulatory;194079;194180;220;*;
fin;;CDS;194401;195936;;;
deb;;CDS;240412;241887;526;*;
;;regulatory;242414;242504;406;*;
fin;;CDS;242911;243228;;;
deb;comp;CDS;309950;310076;16;*;
;;misc_f;310093;310425;9;*;
;;misc_f;310435;311300;139;*;
;;rRNA;311440;311556;177;*;117
fin;;CDS;311734;312342;;0;
deb;;CDS;318620;320392;131;*;
;;regulatory;320524;320716;181;*;
fin;;CDS;320898;321650;;;
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;;regulatory;523699;523805;69;*;
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;;rRNA;4232595;4234095;221;*;1501
;;rRNA;4234317;4237214;127;*;2898
;;rRNA;4237342;4237458;216;*;117
fin;comp;CDS;4237675;4238859;;0;
deb;;CDS;4241605;4242144;780;*;
;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532
;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897
;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117
;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta
;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi
;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503
;;misc_f;4249935;4250480;184;*;
fin;;CDS;4250665;4250923;;;
deb;;CDS;4250940;4251038;87;*;
;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005
;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca
;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*;
;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*;
fin;;CDS;4254524;4254712;;;
deb;;CDS;4303117;4303305;167;*;
;;misc_f;4303473;4304013;15;*;
;;misc_f;4304029;4304286;145;*;
;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117
;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac
;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa
;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta
;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac
;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca
;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac
;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga
;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga
;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa
;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa
;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca
;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc
;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca
;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg
;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca
;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc
;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc
;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj
;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335
deb;;CDS;4307680;4308225;0;*;
&lt;/pre&gt;

===cbc===
====cbc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;
&lt;/pre&gt;
====cbc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbc* cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;5;1;0;0
;16 23 5s 0;1;20;22;1
;16 atc gca;0;40;3;1
;16 23 5s a;3;60;2;0
;max a;2;80;0;0
;a doubles;1;100;1;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;6;140;0;0
sans ;opérons;17;160;0;0
;1 aa;10;180;0;0
;max a;11;200;0;0
;a doubles;4;;0;0
;total aas;46;;28;2
total aas;;52;;;
remarques;;4;;;
avec jaune;;;moyenne;17;15
;;;variance;19;
sans jaune;;;moyenne;15;
;;;variance;14;
&lt;/pre&gt;
====cbc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]]
&lt;pre&gt;
cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
&lt;/pre&gt;
====cbc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;;
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;;
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc
6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc
1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;;0;363;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;
;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;;
;;;;;;3674;;total;7;288;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;
&lt;/pre&gt;

===cbn===
====cbn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;10;1;0;0
;16 23 5s 0;3;20;34;9
;16 gca atc;2;40;7;0
;16 23 5s a;4;60;3;0
;max a;8;80;1;1
;a doubles;1;100;0;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;22;140;0;0
sans ;opérons;18;160;1;0
;1 aa;12;180;0;0
;max a;22;200;0;0
;a doubles;6;;0;0
;total aas;64;;46;10
total aas;;86;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;17;
;;;variance;25;
sans jaune;;;moyenne;14;14
;;;variance;15;17
&lt;/pre&gt;
====cbn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]]
&lt;pre&gt;
cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;&gt;1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;
====cbn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa
;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta
;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac
;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca
;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca
;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj
;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf
;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj
;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf
;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta
;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac
;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc
;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc
;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga
;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc
;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga
;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga
;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa
;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa
;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag
;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga
;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga
;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag
;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga
;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga
;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc
;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta
;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa
2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa
10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac
8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag
0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga
;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca
;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac
;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta
;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac
;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca
;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca
&lt;/pre&gt;
=====cbn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbn;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;20118;206;comp;
;tRNA;20666;214;;acg
fin;CDS;20956;;;
deb;CDS;34861;307;comp;
;tRNA;36413;12;;gaa
;tRNA;36500;13;;gta
;tRNA;36589;5;;gac
;tRNA;36671;18;;aca
;tRNA;36765;12;;gaa
;tRNA;36852;13;;gta
;tRNA;36941;5;;gac
;tRNA;37023;106;;aca
fin;CDS;37205;;comp;
deb;CDS;135851;168;comp;
;tRNA;137366;131;comp;cca
fin;CDS;137573;;comp;
deb;CDS;161395;158;;
;tRNA;161964;5;;tta
;tRNA;162058;5;;atgf
;tRNA;162139;46;;atgj
;tRNA;162262;5;;tta
;tRNA;162356;30;;atgf
;tRNA;162462;46;;atgj
;tRNA;162585;5;;tta
;tRNA;162679;480;;atgf
fin;CDS;163235;;comp;
deb;CDS;174610;115;;
;tRNA;176258;275;;aac
fin;CDS;176608;;;
deb;CDS;178351;453;;
;rRNA;180181;237;;16s
;rRNA;181930;48;;23s
;tRNA;184882;14;;aac
;rRNA;184971;7;;5s
;tRNA;185095;435;;aac
fin;CDS;185605;;comp;
deb;CDS;221558;140;;
;tRNA;222409;106;;aac
fin;CDS;222591;;;
deb;CDS;577193;60;;
;tRNA;578417;67;comp;cag
fin;CDS;578560;;comp;
deb;CDS;943937;261;comp;
;tRNA;944747;348;comp;ttg
fin;CDS;945182;;;
deb;CDS;954881;59;;
;tRNA;955546;82;;ctt
fin;CDS;955713;;;
deb;CDS;1025682;379;;
;tRNA;1026946;17;;gta
;tRNA;1027039;14;;gac
;tRNA;1027130;4;;ttc
;tRNA;1027210;8;;ggc
;tRNA;1027293;57;;tgc
;tRNA;1027425;265;;tgc
fin;CDS;1027765;;;
deb;CDS;1679540;6;;
;gene;1680008;128;comp;
fin;CDS;1681704;;comp;
deb;CDS;1865810;45;;
;gene;1866395;88;;
fin;CDS;1867620;;comp;
deb;CDS;2029941;104;;
;tRNA;2030816;48;comp;aac
;rRNA;2030939;97;comp;23s
;tRNA;2033939;7;comp;atc
;tRNA;2034023;124;comp;gca
;rRNA;2034223;423;comp;16s
fin;CDS;2036154;;comp;
deb;CDS;2149914;128;comp;
;rRNA;2150504;34;comp;5s
;rRNA;2150655;237;comp;23s
;rRNA;2153797;424;comp;16s
fin;CDS;2155729;;comp;
deb;CDS;2168490;590;;
;rRNA;2169533;35;comp;5s
;rRNA;2169677;237;comp;23s
;rRNA;2172816;111;comp;16s
fin;CDS;2174439;;;
deb;CDS;2281037;144;;
;rRNA;2283779;98;comp;5s
;rRNA;2283983;237;comp;23s
;rRNA;2287123;111;comp;16s
deb;CDS;2288746;117;comp;
;tRNA;2289103;15;comp;gga
;tRNA;2289192;7;comp;atc
;tRNA;2289276;233;comp;gca
fin;CDS;2289585;;comp;
deb;CDS;2349136;199;comp;
;tRNA;2350598;21;comp;cga
;tRNA;2350696;28;comp;gga
;tRNA;2350798;4;comp;aaa
;tRNA;2350878;4;comp;caa
;tRNA;2350957;5;comp;cac
;tRNA;2351038;3;comp;aag
;tRNA;2351116;6;comp;aga
;tRNA;2351199;4;comp;gga
;tRNA;2351277;21;comp;cca
;tRNA;2351374;5;comp;aag
;tRNA;2351455;5;comp;aga
;tRNA;2351537;5;comp;gga
;tRNA;2351616;3;comp;ggc
;tRNA;2351694;22;comp;cta
;tRNA;2351800;4;comp;aaa
;tRNA;2351880;4;comp;caa
;tRNA;2351959;5;comp;cac
;tRNA;2352040;5;comp;aag
;tRNA;2352121;5;comp;aga
;tRNA;2352203;5;comp;gga
;tRNA;2352282;6;comp;ggc
;tRNA;2352363;73;comp;cca
fin;CDS;2352512;;comp;
deb;CDS;2430767;295;comp;
;tRNA;2432784;58;comp;tgg
fin;CDS;2432918;;comp;
deb;CDS;2453380;324;comp;
;tRNA;2454880;39;comp;tac
;tRNA;2455004;8;comp;gta
;tRNA;2455088;4;comp;tac
;tRNA;2455177;255;comp;aca
fin;CDS;2455508;;;
deb;CDS;2696774;138;comp;
;rRNA;2697803;34;comp;5s
;rRNA;2697946;237;comp;23s
;rRNA;2701084;423;comp;16s
deb;CDS;2703019;183;comp;
;tRNA;2703946;311;comp;aaa
;tRNA;2704333;13;comp;ttc
;rRNA;2704422;336;comp;5s
;tRNA;2704867;15;comp;ttc
;rRNA;2704958;100;comp;5s
;rRNA;2705165;237;comp;23s
;rRNA;2708303;346;comp;16s
fin;CDS;2710157;;comp;
deb;CDS;2720030;80;comp;
;tRNA;2721253;5;comp;aaa
;rRNA;2721334;98;comp;5s
;rRNA;2721549;237;comp;23s
;rRNA;2724689;393;comp;16s
fin;CDS;2726593;;comp;
deb;CDS;2730964;245;comp;
;tRNA;2731902;61;comp;gag
;tRNA;2732038;6;comp;caa
;tRNA;2732119;4;comp;aga
;tRNA;2732200;19;comp;gga
;tRNA;2732293;16;comp;cta
;tRNA;2732393;4;comp;gaa
;rRNA;2732472;100;comp;5s
;rRNA;2732689;95;comp;23s
;tRNA;2735687;3;comp;atc
;tRNA;2735767;77;comp;gca
;rRNA;2735920;402;comp;16s
fin;CDS;2737834;;comp;
deb;CDS;2740228;408;comp;
;tRNA;2742262;111;comp;tcc
deb;CDS;2742463;64;comp;
;tRNA;2743220;69;comp;tcg
deb;CDS;2743382;65;comp;
;tRNA;2743891;130;comp;agg
fin;CDS;2744098;;;
deb;CDS;2746633;95;comp;
;tRNA;2748534;144;comp;cgt
;tRNA;2748755;23;comp;agc
;tRNA;2748869;69;comp;tca
;tRNA;2749029;61;comp;tca
fin;CDS;2749181;;comp;
deb;CDS;2758098;125;comp;
;tRNA;2758688;4;comp;gca
;tRNA;2758768;3;comp;atgi
;rRNA;2758848;76;comp;5s
;rRNA;2759041;237;comp;23s
;rRNA;2762179;369;comp;16s
fin;CDS;2764060;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cbn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;;
cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176
;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116
;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66
;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121
;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93
;'''total 2491;&lt;201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79
624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50
834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64
1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44
1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50
1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60
2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35
1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56
754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41
1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32
1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38
1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35
627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37
1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40
2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46
1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28
1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26
841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35
1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31
2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41
390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33
943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25
2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29
1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30
2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31
261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21
1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31
2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34
2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30
1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27
1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25
1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23
2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31
2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23
923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23
313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19
1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19
1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17
262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;24
;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25
;;38;9;320;12;;620;1;230;16
;;39;°17;330;16;;640;2;235;17
;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17
;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15
;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13
;;;;370;14;;720;2;255;15
;;;;380;13;;740;2;260;15
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10
1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11
369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9
1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5
430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9
1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10
1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15
733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17
271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6
913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5
1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9
1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3
1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13
1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3
2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5
1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11
783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4
2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9
2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10
292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4
2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8
2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6
1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143
500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&amp;-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&amp;184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&amp;120;45;-;891;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;&gt;0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;&lt;0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;&gt;0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;&lt;0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0
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400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
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 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8
continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9
;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167
&lt;/pre&gt;

====cbn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;&amp;tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&amp;tRNA;2454880;39;comp
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;&amp;tRNA;36413;12;;;;&amp;tRNA;2030816;48;comp;;;&amp;tRNA;2455177;255;comp
;&amp;tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;;
;&amp;tRNA;36589;5;;;;&amp;tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp
;&amp;tRNA;36671;18;;;;&amp;tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp
;&amp;tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp
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;&amp;tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp
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;&amp;tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&amp;tRNA;2721253;5;comp
;&amp;tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp
;&amp;tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp
;&amp;tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp
;&amp;tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp
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;&amp;tRNA;184882;14;;;;&amp;tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp
;$rRNA;184971;7;;;;&amp;tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp
;&amp;tRNA;185095;435;;;;&amp;tRNA;2350957;5;comp;;;&amp;tRNA;2735687;3;comp
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;&amp;tRNA;222409;106;;;;&amp;tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp
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;&amp;tRNA;578417;67;comp;;;&amp;tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp
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;&amp;tRNA;944747;348;comp;;;&amp;tRNA;2351694;22;comp;;;&amp;tRNA;2743891;130;comp
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;&amp;tRNA;955546;82;;;;&amp;tRNA;2351959;5;comp;;;&amp;tRNA;2748534;144;comp
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;&amp;tRNA;1026946;17;;;;&amp;tRNA;2352203;5;comp;;;&amp;tRNA;2749029;61;comp
;&amp;tRNA;1027039;14;;;;&amp;tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp
;&amp;tRNA;1027130;4;;;;&amp;tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp
;&amp;tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&amp;tRNA;2758688;4;comp
;&amp;tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&amp;tRNA;2758768;3;comp
;&amp;tRNA;1027425;265;;;;&amp;tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp
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;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp
fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
comp’;206;;214;;59;58;;
comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb;
;168;;131;;65;67;&lt;201;12
;158;comp’;480;;80;69;total;18
;115;;275;;98;73;taux;67%
;;comp’;435;;115;82;;
;140;;106;;125;106;'''fin;
comp’;60;;67;;140;111;&lt;201;9
;261;comp’;348;;158;131;total;12
;59;;82;;168;214;taux;75%
;379;;265;;183;265;;
comp’;104;;;;199;275;'''total;
;199;;73;;245;;&lt;201;21
;295;;58;;261;;total;30
;324;comp’;255;;295;;taux;70%
;183;;;;324;;;
;80;;;;379;;;
;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls
;408;;111;;60;106;'''deb;2
;64;;69;;104;130;;4
;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2
;98;;61;;307;348;;6
;125;;;;'''-;435;'''total;
;;;;;'''-;480;&lt;201;4
;;;;;;;total;10
;;;;;;;taux;40%
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;14;11;25;;;;
;total;22;18;40;;;;
;taux;64%;61%;63%;;;;
&lt;/pre&gt;

===cle===
====cle opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]]
&lt;pre&gt;
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s  11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
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;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
;151619..153160;;16s;;605;;
;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
&lt;/pre&gt;

====cle cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]]
&lt;pre&gt;
cle cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;19;1;1;0
;16 5 aa 23;5;20;14;15
;16 5 atc gca;2;40;10;6
;solo;11;60;2;5
;max a;14;80;1;1
;a doubles;2;100;0;0
;indéterminé;1;120;0;0
;total aas;46;140;0;0
sans ;opérons;29;160;1;0
;1 aa;19;180;0;0
;max a;10;200;1;0
;a doubles;2;;0;0
;total aas;59;;30;27
total aas;;105;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;29;
;;;variance;41;
sans jaune;;;moyenne;19;22
;;;variance;16;19
&lt;/pre&gt;
====cle blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]]
&lt;pre&gt;
cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;
&lt;/pre&gt;
====cle distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====cle données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;;
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;;
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;;
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;;
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cle autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc
fin;;CDS;97802;98497;;;
deb;comp;CDS;101240;101917;212;*;
;;tRNA;102130;102201;409;*;cag
fin;comp;CDS;102611;103510;;;
deb;comp;CDS;103635;104501;214;*;
;;tRNA;104716;104799;13;*;tta
;;tRNA;104813;104898;262;*;tca
fin;;CDS;105161;106408;;;
deb;comp;CDS;135278;135838;80;*;
;comp;regulatory;135919;136018;495;*;
fin;;CDS;136514;138715;;;
deb;;CDS;140906;141175;325;*;
;;rRNA;141501;143026;146;*;1526
;;rRNA;143173;143290;7;*;118
;;tRNA;143298;143371;262;*;atc
;;rRNA;143634;146537;299;*;2904
fin;;CDS;146837;147139;;0;
deb;;CDS;149226;150632;335;*;
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&lt;/pre&gt;

===hmo===
====hmo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]]
&lt;pre&gt;
57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245;
;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;;
comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;;
comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;;
comp;221086..221160;;caa;;103;;;;;
comp;221264..224182;;23s;;237;;;;;
comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;;
comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;;
comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;;
comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325;
;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;;
comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;;
comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;;
comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
comp;978944..981860;;23s;;237;;;;;
comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
comp;982238..982354;;5s;;328;;;;;
comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207
comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875;
;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;;
comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
&gt;;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;;
;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;;
;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62
;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;;
;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;;
;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
;1353254..1354786;;16s;;252;;;;;
;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
;1818806..1820337;;16s;;252;;;;;
;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
&lt;/pre&gt;

====hmo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]]
&lt;pre&gt;
hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128
&lt;/pre&gt;

====hmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]]
&lt;pre&gt;
hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;;
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;;
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;;
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;;
;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;;
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;;
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;;
;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====hmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917
;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac
;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc
;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc
;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
fin;;CDS;2465894;2466226;;0;
deb;;CDS;2471030;2471977;69;*;
;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa
;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf
;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa
;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
&lt;/pre&gt;

===cbei===
====cbei opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]]
&lt;pre&gt;
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
&lt;;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
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;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
;2098638..2100154;;16s;;502;;;;;
;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
;2340985..2342501;;16s;;338;;;;;
;2342840..2345755;;23s;;140;;;;;
;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
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;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
;2768171..2771082;;23s;;202;;;;;
;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;;
comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;;
comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;;
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comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;;
comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
&lt;/pre&gt;

====cbei cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206
&lt;/pre&gt;

====cbei blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]]
&lt;pre&gt;
cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 &gt;1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 &gt;1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
&lt;/pre&gt;
====cbei données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite;
;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca
;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca
;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga
;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac
;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa
;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa
;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta
;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag
;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa
;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa
;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta
;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc
;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac
;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta
;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac
;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac
;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag
;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa
;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa
;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac
;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga
;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga
;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta
;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca
;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac
;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta
;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa
4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca
13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac
9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta
0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbei autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbei;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
;tRNA;15;1;;atgi
;tRNA;93;85;;gca
fin;CDS;254;;;
deb;CDS;2710;119;;
;tRNA;3057;30;;tca
;tRNA;3178;241;;agc
;tRNA;3510;18;;tca
;tRNA;3619;125;;agc
fin;CDS;3835;;;
deb;CDS;13821;187;;
;tRNA;14914;34;;cgt
fin;CDS;15023;;comp;
deb;CDS;124928;275;;
;tRNA;125614;20;;tta
;tRNA;125723;7;;atgf
;tRNA;125806;6;;atgj
;tRNA;125889;22;;tta
;tRNA;126000;7;;atgf
;tRNA;126083;6;;atgj
;tRNA;126166;21;;tta
;tRNA;126276;70;;atgf
;tRNA;126422;21;;tta
;tRNA;126532;664;;atgf
fin;CDS;127272;;;
deb;CDS;138638;307;;
;tRNA;140451;234;;aac
;tRNA;140760;439;;aac
;tRNA;141274;299;;aac
fin;CDS;141648;;;
deb;CDS;144627;548;;
16s;rRNA;146198;140;;
;tRNA;147850;3;;gca
;tRNA;147929;111;;atc
23s;rRNA;148117;70;;
5s;rRNA;151101;5;;
;tRNA;151223;4;;ttc
;tRNA;151303;681;;tgc
fin;CDS;152059;;;
deb;CDS;177450;76;;
;tRNA;178174;65;;acc
fin;CDS;178315;;;
deb;CDS;313730;90;;
;tRNA;316298;4;;cta
;tRNA;316387;120;;ggg
fin;CDS;316582;;comp;
deb;CDS;402474;125;;
;tRNA;403079;17;;cca
;tRNA;403172;149;;gga
;tRNA;403395;6;;aga
;tRNA;403478;16;;cca
;tRNA;403570;35;;gga
;tRNA;403679;5;;aga
;tRNA;403761;3;;cac
;tRNA;403840;7;;caa
;tRNA;403922;18;;aaa
;tRNA;404016;5;;cta
;tRNA;404106;25;;ggc
;tRNA;404206;5;;gga
;tRNA;404285;57;;aag
;tRNA;404418;7;;caa
;tRNA;404500;18;;aaa
;tRNA;404594;5;;cta
;tRNA;404684;25;;ggc
;tRNA;404784;46;;gga
;tRNA;404904;325;;cga
fin;CDS;405306;;;
deb;CDS;413861;390;;
16s;rRNA;416312;132;;
;tRNA;417956;84;;atc
23s;rRNA;418117;71;;
;tRNA;421103;345;;aac
fin;CDS;421523;;;
deb;CDS;486264;159;;
;tRNA;486828;9;;tac
;tRNA;486922;27;;gta
;tRNA;487025;12;;aca
;tRNA;487112;9;;tac
;tRNA;487206;30;;gta
;tRNA;487312;12;;aca
;tRNA;487399;451;;tac
fin;CDS;487935;;;
deb;CDS;540067;187;;
;tRNA;541157;208;;tgg
fin;CDS;541440;;;
deb;CDS;541918;252;comp;
;tRNA;543238;354;;
fin;CDS;543667;;;
deb;CDS;772270;262;;
;tmRNA;774356;871;;
fin;CDS;775585;;;
deb;CDS;892419;565;;
16s;rRNA;893905;137;;
;tRNA;895554;118;;gca
23s;rRNA;895748;204;;
5s;rRNA;898866;552;;
fin;CDS;899535;;;
deb;CDS;900798;709;;
16s;rRNA;902758;339;;
23s;rRNA;904609;273;;
5s;rRNA;907796;69;;
fin;CDS;907982;;comp;
deb;CDS;951995;97;;
;tRNA;952728;396;;ctc
fin;CDS;953210;;;
deb;CDS;1017389;70;;
;ncRNA;1017765;758;;
fin;CDS;1018872;;;
deb;CDS;1646835;56;;
;ncRNA;1647290;182;;
fin;CDS;1647666;;comp;
deb;CDS;1739334;380;;
;tRNA;1740314;3;;cac
;tRNA;1740393;5;;cag
;tRNA;1740473;443;;aaa
fin;CDS;1740992;;comp;
deb;CDS;1846157;-183;;
;gene;1847876;588;;
fin;CDS;1848647;;;
deb;CDS;1894180;34;;
;tRNA;1895441;574;comp;ttg
fin;CDS;1896102;;;
deb;CDS;2097496;727;;
16s;rRNA;2098643;502;;
23s;rRNA;2100657;205;;
5s;rRNA;2103775;315;;
fin;CDS;2104207;;;
deb;CDS;2296804;104;;
;ncRNA;2297577;380;comp;
fin;CDS;2298150;;;
deb;CDS;2305297;275;;
;ncRNA;2306778;230;comp;
fin;CDS;2307274;;;
deb;CDS;2339219;667;;
16s;rRNA;2340990;338;;
23s;rRNA;2342840;140;;
;tRNA;2345896;3;;aac
5s;rRNA;2345974;429;;
fin;CDS;2346520;;;
deb;CDS;2351663;573;;
16s;rRNA;2352713;338;;
23s;rRNA;2354563;140;;
;tRNA;2357618;3;;aac
5s;rRNA;2357696;90;;
fin;CDS;2357903;;;
deb;CDS;2765706;282;;
16s;rRNA;2766156;503;;
23s;rRNA;2768171;202;;
5s;rRNA;2771285;5;;
;tRNA;2771407;6;;ttc
;tRNA;2771489;25;;gac
;tRNA;2771591;448;;gaa
fin;CDS;2772114;;;
deb;CDS;3556683;565;;
;tRNA;3557617;505;;gag
fin;CDS;3558197;;comp;
deb;CDS;3752035;248;comp;
;tRNA;3752901;13;comp;agt
fin;CDS;3752999;;comp;
deb;CDS;4256439;267;comp;
;tRNA;4258671;79;comp;aaa
;tRNA;4258826;7;comp;cac
;tRNA;4258909;35;comp;aga
;tRNA;4259021;752;comp;gga
fin;CDS;4259847;;;
deb;CDS;4880246;508;comp;
5s;rRNA;4880997;274;comp;
23s;rRNA;4881388;578;comp;
16s;rRNA;4884879;703;comp;
fin;CDS;4887099;;comp;
deb;CDS;6160739;343;comp;
;tRNA;6162321;242;;cca
fin;CDS;6162639;;;
deb;CDS;6165324;222;;
;tRNA;6165957;5;comp;ttc
5s;rRNA;6166038;188;comp;
fin;CDS;6166343;;;
deb;CDS;6175160;249;comp;
;tRNA;6175847;1;comp;gca
;tRNA;6175924;44;comp;atgi
5s;rRNA;6176045;138;comp;
23s;rRNA;6176300;339;comp;
16s;rRNA;6179556;572;comp;
fin;CDS;6181640;;comp;
deb;CDS;6182670;190;;
;tRNA;6183610;5;comp;aaa
5s;rRNA;6183691;159;comp;
deb;CDS;6183967;294;comp;
;tRNA;6185209;7;comp;aaa
5s;rRNA;6185292;138;comp;
23s;rRNA;6185547;339;comp;
16s;rRNA;6188803;776;comp;
fin;CDS;6191091;;comp;
deb;CDS;6199510;661;comp;
5s;rRNA;6202721;139;comp;
23s;rRNA;6202977;339;comp;
16s;rRNA;6206233;1107;comp;
5s;rRNA;6208852;138;comp;
23s;rRNA;6209107;339;comp;
16s;rRNA;6212363;507;comp;
fin;CDS;6214382;;comp;
deb;CDS;6256716;154;;
;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;CDS;6258338;;comp;
deb;CDS;6305349;135;comp;
;tRNA;6306438;281;comp;tcc
fin;CDS;6306809;;comp;
deb;CDS;6374512;125;;
;tRNA;6375810;303;comp;agg
fin;CDS;6376188;;comp;
deb;CDS;6391977;114;comp;
5s;rRNA;6392868;134;comp;
23s;rRNA;6393119;214;comp;
16s;rRNA;6396248;1125;comp;
5s;rRNA;6398885;139;comp;
23s;rRNA;6399141;214;comp;
16s;rRNA;6402270;753;comp;
fin;CDS;6404535;;comp;
deb;CDS;6436810;192;;
;tRNA;6437983;6;comp;gac
;tRNA;6438066;14;comp;gta
;tRNA;6438156;29;comp;gaa
;tRNA;6438260;10;comp;aca
;tRNA;6438345;6;comp;gac
;tRNA;6438428;16;comp;gta
;tRNA;6438520;29;comp;gaa
;tRNA;6438624;10;comp;aca
;tRNA;6438709;6;comp;gac
;tRNA;6438792;14;comp;gta
;tRNA;6438882;162;comp;gaa
fin;CDS;6439119;;comp;
deb;CDS;6477551;501;;
16s;rRNA;6480533;213;;
23s;rRNA;6482258;108;;
5s;rRNA;6485280;14;;
&lt;/pre&gt;

====cbei intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;;
cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14
;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19
;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8
;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14
;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10
;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8
;'''total 5623;&lt;201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7
1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9
1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14
4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7
6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8
5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6
2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12
3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5
4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6
4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7
3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4
4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8
5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4
1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2
2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6
4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5
3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5
4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3
4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2
4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2
6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5
2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2
4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4
4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4
3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4
2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1
3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2
3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0
4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3
1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3
4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1
1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2
3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4
3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3
776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4
2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2
5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3
2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0
3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5
4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;45;1070;2
6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2
2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0
5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0
5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2
;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1
;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1
;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0
;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1
4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0
1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3
3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0
2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0
3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21
2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293
5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;;
5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;;
1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;;
4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;;
5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;;
1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;;
330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;;
4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;;
2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;;
2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;;
4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;;
4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;;
5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;;
3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;;
1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;;
4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&amp;-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&amp;-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&amp;123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&amp;75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;&gt;0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;&lt;0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;&gt;0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;&lt;0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
 - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11
continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total
;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11
;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;

====cbei autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;;
;&amp;tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp;
;&amp;tRNA;93;85;;;;&amp;tRNA;541157;208;;;;&amp;tRNA;4258671;79;comp;
fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&amp;tRNA;4258826;7;comp;
deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&amp;tRNA;4258909;35;comp;
;&amp;tRNA;3057;30;;;;&amp;tRNA;543238;354;;;;&amp;tRNA;4259021;752;comp;
;&amp;tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;;
;&amp;tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp;
;&amp;tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp;
fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp;
deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp;
;&amp;tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp;
fin;°CDS;15023;;comp;;;&amp;tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp;
deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&amp;tRNA;6162321;242;;
;&amp;tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;;
;&amp;tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;;
;&amp;tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&amp;tRNA;6165957;5;comp;
;&amp;tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp;
;&amp;tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;;
;&amp;tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp;
;&amp;tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&amp;tRNA;6175847;1;comp;
;&amp;tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&amp;tRNA;6175924;44;comp;
;&amp;tRNA;126422;21;;;;&amp;tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp;
;&amp;tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp;
fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp;
deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp;
;&amp;tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;;
;&amp;tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&amp;tRNA;6183610;5;comp;
;&amp;tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp;
fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp;
deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&amp;tRNA;6185209;7;comp;
;$rRNA;146198;140;;;;&amp;tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp;
;&amp;tRNA;147850;3;;;;&amp;tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp;
;&amp;tRNA;147929;111;;;;&amp;tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp;
;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp;
;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp;
;&amp;tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp;
;&amp;tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp;
fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp;
deb;°CDS;177450;76;;;;&amp;tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp;
;&amp;tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp;
fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp;
deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp;
;&amp;tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;;
;&amp;tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp;
deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp;
;&amp;tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&amp;tRNA;6306438;281;comp;
;&amp;tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp;
;&amp;tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;;
;&amp;tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&amp;tRNA;6375810;303;comp;
;&amp;tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp;
;&amp;tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp;
;&amp;tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp;
;&amp;tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp;
;&amp;tRNA;403922;18;;;;&amp;tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp;
;&amp;tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp;
;&amp;tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp;
;&amp;tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp;
;&amp;tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp;
;&amp;tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;;
;&amp;tRNA;404500;18;;;;&amp;tRNA;2357618;3;;;;&amp;tRNA;6437983;6;comp;
;&amp;tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&amp;tRNA;6438066;14;comp;
;&amp;tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&amp;tRNA;6438156;29;comp;
;&amp;tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&amp;tRNA;6438260;10;comp;
;&amp;tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&amp;tRNA;6438345;6;comp;
fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&amp;tRNA;6438428;16;comp;
deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&amp;tRNA;6438520;29;comp;
;$rRNA;416312;132;;;;&amp;tRNA;2771407;6;;;;&amp;tRNA;6438624;10;comp;
;&amp;tRNA;417956;84;;;;&amp;tRNA;2771489;25;;;;&amp;tRNA;6438709;6;comp;
;$rRNA;418117;71;;;;&amp;tRNA;2771591;448;;;;&amp;tRNA;6438792;14;comp;
;&amp;tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&amp;tRNA;6438882;162;comp;
fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp;
deb;°CDS;486264;159;;;;&amp;tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger
;&amp;tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;;
;&amp;tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;;
;&amp;tRNA;487025;12;;;;&amp;tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;;
;&amp;tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;;
;&amp;tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;85;;76;13;;
;119;;125;;90;65;deb;
;187;comp’;34;;97;85;&lt;201;9
;275;;664;;119;125;total;17
;307;;299;;125;162;taux;53%
;;;681;;135;208;;
;76;;65;;159;242;fin;
;90;comp’;120;;187;281;&lt;201;5
;125;;325;;187;299;total;18
;;;345;;248;303;taux;28%
;159;;451;;249;325;;
;187;;208;;267;345;total;
comp’;252;;354;;275;354;&lt;201;14
;97;;396;;294;396;total;35
;380;comp’;443;;307;448;taux;40%
comp’;34;comp’;574;;380;451;;
;;;448;;565;664;;
;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls
;248;;13;;34;120;deb;4
;267;comp’;752;;125;443;;7
comp’;343;;242;;190;505;fin;1
comp’;222;;;;192;574;;5
;249;;;;222;752;total;
comp’;190;;;;252;-;&lt;201;5
;294;;;;343;-;total;12
;135;;281;;;;taux;42%
comp’;125;;303;;;;;
comp’;192;;162;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;13;6;19;;;;
;total;24;23;47;;;;
;taux;54%;26%;40%;;;;
&lt;/pre&gt;

===afn===
====afn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s  6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;
&lt;/pre&gt;

====afn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]]
&lt;pre&gt;
afn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;21;
;16 atc gca;2;40;2;
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;0;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;1;
;total aas;4;140;0;
sans ;opérons;29;160;0;
;1 aa;20;180;0;
;max a;6;200;0;
;a doubles;2;;0;
;total aas;56;;27;0
total aas;;60;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;16;
;;;variance;23;
sans jaune;;;moyenne;12;
;;;variance;13;
&lt;/pre&gt;

====afn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]]
&lt;pre&gt;
afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;
&lt;/pre&gt;

====afn remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]]
&lt;pre&gt;
afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====negativicutes distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]]
&lt;pre&gt;
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
&lt;/pre&gt;
====afn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
&lt;/pre&gt;
====afn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;;
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====afn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*contrôlé le 21.7.22
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
&lt;/pre&gt;

====afn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;;
afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffrequence5
;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307
;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127
;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57
;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164
;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87
;'''total 2038;&lt;201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence-1;30;47
1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37
1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32
1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25
1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28
434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31
865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29
463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23
1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24
1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32
843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17
1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25
34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28
1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16
2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29
1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20
893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22
1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28
1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22
1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29
872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29
1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24
1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31
117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20
867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22
406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18
1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23
2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21
901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17
39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11
791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13
1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8
691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18
1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16
2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9
1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15
1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10
1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18
847959;503;36;6;300;17;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14
1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23
;;38;6;320;8;;620;;230;11
;;39;8;330;13;;640;2;235;14
;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19
;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7
;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11
;;;;370;14;;720;2;255;5
2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11
598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7
1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14
2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5
935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11
2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8
846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3
1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7
1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10
808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10
1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5
287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4
532761;-44;;;500;5;;980;;320;4
50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8
434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5
276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3
629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6
1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9
503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3
1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3
1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7
706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8
2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6
460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92
1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&amp;-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&amp;197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;92;36;-;859;dte;45;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;&gt;0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;&lt;0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;&gt;0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;&lt;0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]]

*9.6.21
&lt;pre&gt;
afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4
continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;
14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4
;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;

====afn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;
deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp
;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp
;$rRNA;26602;228;;;;&amp;tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp
;$rRNA;29736;286;;;;&amp;tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68;
fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113;
deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;;
;&amp;tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24;
fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&amp;tRNA;1555201;393;
deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp
;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp
;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&amp;tRNA;1567911;93;comp
;$rRNA;62772;266;;;;&amp;tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp
fin;°CDS;63155;;comp;;;&amp;tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158;
deb;°CDS;168443;122;;;;&amp;tRNA;712402;16;;;;&amp;tRNA;1613773;215;comp
;&amp;tRNA;169459;361;;;;&amp;tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp
fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp
deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp
;misc_binding;182746;130;comp;;;&amp;tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp
fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76;
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;misc_binding;185671;146;;;;&amp;tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp
fin;°CDS;186056;;;;;&amp;tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512;
deb;°CDS;249164;195;;;;&amp;tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp
;&amp;tRNA;249791;51;;;;&amp;tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp
fin;°CDS;249919;;comp;;;&amp;tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp
deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp
;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp
fin;°CDS;255255;;;;;&amp;tRNA;796654;159;;;;&amp;tRNA;1823852;6;comp
deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&amp;tRNA;1823934;8;comp
;&amp;tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&amp;tRNA;1824017;83;comp
fin;°CDS;274892;;;;;&amp;tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp
deb;°CDS;310188;131;;;;&amp;tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp
;&amp;tRNA;311123;22;;;;&amp;tRNA;842556;9;;;;&amp;tRNA;1909446;53;comp
;&amp;tRNA;311221;5;;;;&amp;tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115;
;&amp;tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136;
;&amp;tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&amp;tRNA;1911342;23;
;&amp;tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;;
fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp
deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp
;regulatory;360286;52;;;;&amp;tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;;
fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp
deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&amp;tRNA;1974984;39;comp
;$rRNA;380482;251;;;;&amp;tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp
;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp
;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&amp;tRNA;1984782;12;comp
fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&amp;tRNA;1984869;111;comp
deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&amp;tRNA;1985054;106;comp
;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp
fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193;
deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp
;&amp;tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp
;&amp;tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&amp;tRNA;2075828;66;comp
;&amp;tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&amp;tRNA;2075970;94;comp
;&amp;tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp
;&amp;tRNA;461928;8;;;;&amp;tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp
;&amp;tRNA;462010;145;;;;&amp;tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91;
fin;°CDS;462232;;;;;&amp;tRNA;1022938;112;;;;&amp;tRNA;2148343;70;
deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp
;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp
fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&amp;tRNA;2287117;45;comp
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;&amp;tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp
;&amp;tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&amp;tRNA;2303018;45;comp
;&amp;tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp
fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp
deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&amp;tRNA;2323563;196;comp
;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;;
fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;;
deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;;
fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====afn intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;105;;105;;21;23;deb;
;;;122;comp’;361;;24;39;&lt;201;20
;;;195;comp’;51;;54;45;total;25
;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80%
;;;131;;145;;71;83;;
;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin;
;;;131;;194;;76;102;&lt;201;17
;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18
;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94%
;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;;
;;;73;;159;;119;112;total;
;2  8  9;;119;;127;;122;127;&lt;201;37
;;;71;;156;;122;145;total;43
;;;58;;102;;131;156;%;86%
;2  1;;137;;112;;131;159;;
;;;24;comp’;393;;136;194;;
;;;21;;93;;137;196;;
;;comp’;158;;215;;182;215;;
;;;76;comp’;91;;195;;;
;6  8;;379;;83;;200;;;
;;;182;;;;214;;;
;;;136;;23;;222;;;
;;;222;;39;;379;;;
;12  111;;122;;106;;393;;;
;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls
;;;451;;45;;80;51;deb;2
;;;393;comp’;196;;158;61;&lt;201;100%
;;;;;;;;91;fin;
;;;;;;;;134;&lt;201;5
;deb;fin;total;;;;;188;total;8
&lt;201;22;22;44;;;;;268;%;63%
total;27;26;53;;;;;361;total;10
taux;81%;85%;83%;;;;;393;&lt;201;70%
&lt;/pre&gt;

====afn par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;
&lt;/pre&gt;
===negativicutes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est  10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
&lt;/pre&gt;

===clostridia synthèse===
====clostridia distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]]
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;
&lt;/pre&gt;
====clostridia, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est  15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
&lt;/pre&gt;

==gamma==
===Shewanella===
====spl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]]
&lt;pre&gt;
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s  11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;
&lt;/pre&gt;
====spl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]]
&lt;pre&gt;
spl cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400;
;max a;3;80;3;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600;
;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700;
;total aas;9;140;3;;350;;140;;800;
sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900;
;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000;
;max a;15;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;15;;6;;;;;;;
;total aas;133;;103;;;0;;0;;0
total aas;;142;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;;
;;;variance;143;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;;
;;;variance;35;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====spl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]]
&lt;pre&gt;
spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
&lt;/pre&gt;
====spl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc
;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc
;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====spl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
;comp;regulatory;146483;146744;188;*;
fin;;CDS;146933;149083;;;
deb;comp;CDS;181132;181587;687;*;
;;rRNA;182275;183817;74;*;16s
;;tRNA;183892;183968;65;*;atc
;;tRNA;184034;184109;371;*;gca
;;rRNA;184481;187375;132;*;23s
;;rRNA;187508;187623;100;*;5s
;;tRNA;187724;187800;606;*;gac
fin;;CDS;188407;189432;;;
deb;comp;CDS;190429;191379;234;*;
;;tRNA;191614;191689;8;*;aca
;;tRNA;191698;191782;35;*;tac
;;tRNA;191818;191891;195;*;gga
fin;;CDS;192087;193271;;;
deb;;CDS;233942;234538;647;*;
;;rRNA;235186;236728;384;*;16s
;;rRNA;237113;240007;132;*;23s
;;rRNA;240140;240255;454;*;5s
deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*;
;;rRNA;243635;245177;348;*;16s
;;rRNA;245526;248420;133;*;23s
;;rRNA;248554;248669;68;*;5s
;;tRNA;248738;248813;17;*;acc
;;rRNA;248831;248946;703;*;5s
fin;;CDS;249650;250924;;0;
deb;;CDS;282426;283268;135;*;
;;ncRNA;283404;283755;313;*;
fin;comp;CDS;284069;285322;;;
deb;comp;CDS;413908;416529;236;*;
;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg
;;tRNA;416882;416957;41;*;cac
;;tRNA;416999;417075;58;*;cca
;;tRNA;417134;417210;320;*;cca
fin;comp;CDS;417531;419450;;;
deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*;
;;rRNA;493715;495257;349;*;16s
;;rRNA;495607;498501;132;*;23s
;;rRNA;498634;498749;768;*;5s
fin;comp;CDS;499518;500534;;;
deb;;CDS;550745;552652;-23;*;
;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga
fin;;CDS;553011;553874;;;
deb;;CDS;640018;641220;155;*;
;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca
;;tRNA;642639;642729;789;*;tca
deb;;CDS;643519;644862;988;*;
;;rRNA;645851;647393;74;*;16s
;;tRNA;647468;647544;65;*;atc
;;tRNA;647610;647685;336;*;gca
;;rRNA;648022;650916;177;*;23s
;;rRNA;651094;651209;727;*;5s
fin;;CDS;651937;653757;;0;
deb;comp;CDS;727650;727784;330;*;
;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg
fin;;CDS;728895;730808;;0;
deb;;CDS;878528;879232;406;*;
;;regulatory;879639;879784;204;*;
fin;;CDS;879989;881359;;;
deb;;CDS;1166653;1168824;117;*;
;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi
fin;comp;CDS;1169239;1171089;;;
deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*;
;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*;
fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0;
deb;;CDS;1337892;1339205;500;*;
;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca
;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc
;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca
;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc
deb;;CDS;1341198;1342432;34;*;
;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca
;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc
fin;comp;CDS;1343112;1343390;;;
deb;;CDS;1455613;1455810;913;*;
;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc
;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt
;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt
;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt
;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt
;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt
;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc
;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt
;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt
;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc
fin;;CDS;1458872;1459117;;;
deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*;
;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*;
fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0;
deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*;
;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg
fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0;
deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*;
;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta
;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta
;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta
;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta
;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta
;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta
;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta
;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta
;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta
;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta
;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta
deb;;CDS;1772396;1773805;104;*;
;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc
;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa
;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa
;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa
;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa
;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa
;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa
;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa
;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa
;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa
;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa
;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa
;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa
;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa
;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc
fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0;
deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*;
;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*;
fin;;CDS;1930887;1931621;;;
deb;;CDS;2079870;2080424;876;*;
;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s
;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s
;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s
fin;comp;CDS;2086639;2087564;;;
deb;;CDS;2142913;2143137;136;*;
;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc
fin;comp;CDS;2143485;2145269;;;
deb;;CDS;2225993;2226382;125;*;
;;regulatory;2226508;2226638;52;*;
fin;;CDS;2226691;2228829;;;
deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*;
;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf
fin;;CDS;2366975;2369110;;;
deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*;
;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca
fin;;CDS;2376525;2377169;;;
deb;;CDS;2379066;2379614;152;*;
;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc
;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc
;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta
fin;;CDS;2380631;2381200;;;
deb;;CDS;2548825;2550261;595;*;
;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc
;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc
;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta
;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc
;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta
;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc
;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta
fin;comp;CDS;2553406;2553735;;;
deb;;CDS;2556685;2557929;89;*;
;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca
fin;comp;CDS;2558294;2559073;;;
deb;;CDS;2716829;2717467;98;*;
;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc
fin;comp;CDS;2717834;2719828;;;
deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*;
;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat
;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat
;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf
;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf
;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc
;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf
;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc
;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf
fin;comp;CDS;2760829;2762043;;;
deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*;
;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac
;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac
;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac
;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac
;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac
fin;;CDS;2859892;2860968;;0;
deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*;
;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac
;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac
;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac
;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac
;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac
;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac
;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac
fin;;CDS;2867204;2869120;;;
deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*;
;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*;
fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0;
deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*;
;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac
;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac
;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac
;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac
fin;comp;CDS;2930138;2931472;;;
deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*;
;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa
;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa
;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa
fin;comp;CDS;3122035;3122760;;;
deb;;CDS;3243130;3243747;634;*;
;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*;
fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0;
deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*;
;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac
;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga
;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca
fin;;CDS;3270626;3271480;;0;
deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*;
;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf
;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc
fin;comp;CDS;3758364;3758699;;;
deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*;
;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa
;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta
;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa
;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta
;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa
;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta
;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa
;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta
;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa
;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta
;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj
fin;comp;CDS;3837555;3838646;;;
deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*;
;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg
;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg
fin;comp;CDS;3863366;3864334;;;
deb;;CDS;3865578;3866594;454;*;
;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s
;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s
;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s
fin;;CDS;3872890;3873405;;0;
deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*;
;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc
fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0;
deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*;
;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*;
fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0;
deb;;CDS;4051244;4051564;82;*;
;;ncRNA;4051647;4051828;251;*;
fin;comp;CDS;4052080;4052250;;;
deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*;
;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*;
fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0;
deb;;CDS;4146436;4146708;183;*;
;;regulatory;4146892;4146991;94;*;
fin;;CDS;4147086;4148081;;0;
deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*;
;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc
;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt
;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt
;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc
;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc
;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc
fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0;
deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*;
;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*;
fin;;CDS;4449582;4449893;;;
deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*;
;;regulatory;4453881;4453980;104;*;
fin;;CDS;4454085;4455455;;0;
deb;;CDS;4615072;4616082;798;*;
;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s
;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s
;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca
;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc
;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s
fin;comp;CDS;4622436;4623133;;;
deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*;
;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*;
fin;;CDS;5004800;5006449;;0;
deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*;
;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac
;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s
;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s
;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;
&lt;/pre&gt;

====spl intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;;
spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5
;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10
;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7
;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6
;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6
;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6
;'''total 4213;&lt;201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6
3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3
2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5
4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6
3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6
1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2
5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7
1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4
4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1
5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3
1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3
4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4
1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4
1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2
897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3
1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1
4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3
1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2
3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1
1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4
1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2
2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3
600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1
1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2
3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2
223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1
3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3
967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3
4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3
4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1
3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1
750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0
2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0
2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2
2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2
2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0
4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0
2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1
3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;41;1060;0
4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0
1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0
4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0
2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0
2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1
4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0
2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0
1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1
2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2
2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2
2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2
4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1
4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0
1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0
4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14
3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167
;;;;470;19;;1400;0;305;20;;
;;;;480;12;;1450;1;310;16;;
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;;
4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;;
4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;;
2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;;
4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;;
5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;;
4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;;
1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;;
1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;;
164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;;
5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;;
73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;;
2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;;
2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;&gt;0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;&lt;0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;&gt;0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;&lt;0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0
270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1
280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2
290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0
300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0
310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3
320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0
330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1
340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0
350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0
360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0
370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1
380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0
390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0
400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1
reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0
total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1
diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0
 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;5
;;;;;;;;;;;;total;12;414
;;;;;;;;;;;;-52;1;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]]
9.6.21 Paris
&lt;pre&gt;
spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12
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*14.8.21 Paris
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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&lt;/pre&gt;

====spl autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;&amp;tRNA;2376218;216;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;2376525;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_tRNA|spl intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
spl ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;;;
108 aas;pas de comp’;;;;;;;;;;;
aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
&amp;234;&amp;455;&amp;830;;;;;606;;89;113;;
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;;48;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;&lt;201;13;12;25
;;;;;;;;;total;31;31;62
;;;;;;;;;taux;42%;39%;40%
&lt;/pre&gt;

===Vibrio parahaemolyticus===
====vpb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]]
&lt;pre&gt;
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
;33614..35175;;16s;@4;80
;35256..35331;;gaa;;2
;35334..35409;;aaa;;30
;35440..35515;;gta;;55
comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59
;35828..38743;;23s;;73
;38817..38932;;5s;;
;;;;;
;49997..50073;;cgg;;32
;50106..50181;;cac;+;72
;50254..50330;;cca;2 cac;49
;50380..50455;;cac;2 cca;24
;50480..50556;;cca;;
;;;;;
comp;400045..400120;;atgi;;
;;;;;
;577971..579532;;16s;;88
;579621..579696;;gcc;;12
;579709..579784;;gaa;;258
;580043..582958;;23s;;73
;583032..583147;;5s;;30
;583178..583254;;gac;;35
;583290..583366;;tgg;;
;;;;;
comp;769649..769733;;cta;+;29
comp;769763..769847;;cta;10 cta;47
comp;769895..769971;;atg;4 atg;24
comp;769996..770080;;cta;5 caa;52
comp;770133..770207;;caa;;29
comp;770237..770321;;cta;;53
comp;770375..770451;;atg;;24
comp;770476..770560;;cta;;52
comp;770613..770687;;caa;;29
comp;770717..770801;;cta;;54
comp;770856..770930;;caa;;29
comp;770960..771044;;cta;;35
comp;771080..771154;;caa;;48
comp;771203..771287;;cta;;31
comp;771319..771403;;cta;;77
comp;771481..771557;;atg;;77
comp;771635..771709;;caa;;31
comp;771741..771825;;cta;;40
comp;771866..771942;;atg;;
;;;;;
;786939..787015;;cca;;
;;;;;
comp;802315..802391;;agg;;
;;;;;
;910219..910295;;aga;;
;;;;;
comp;982089..982173;;tac;+;81
comp;982255..982339;;tac;4 tac;81
comp;982421..982505;;tac;;81
comp;982587..982671;;tac;;
;;;;;
;1124715..1124802;;tcc;;
;;;;;
;1418321..1418397;;gtc;+;32
;1418430..1418506;;gtc;2gtc;
;;;;;
comp;1988127..1988202;;ggc;+;10
comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76
comp;1988376..1988451;;ggc;;20
comp;1988472..1988545;;tgc;;
;;;;;
;2164082..2164157;;aac;;
;;;;;
;2193593..2193683;;tca;;
;;;;;
comp;2547884..2547960;;atgf;;56
comp;2548017..2548100;;ctc;;
;;;;;
;2652092..2652168;;cgt;+;56
comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57
comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57
comp;2652493..2652569;;cgt;;57
comp;2652627..2652703;;cgt;;57
comp;2652761..2652837;;cgt;;56
comp;2652894..2652970;;cgt;;210
comp;2653181..2653257;;cgt;;31
comp;2653289..2653380;;agc;@5;320
comp;2653701..2653777;;cgt;;31
comp;2653809..2653900;;agc;;
;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
comp;2741545..2741620;;acc;;100
comp;2741721..2741836;;5s;;73
comp;2741910..2744825;;23s;;257
comp;2745083..2745158;;gca;;41
comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;
&lt;/pre&gt;
====vpb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]]
&lt;pre&gt;
vpb cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200;
;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300;
;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400;
;max a;6;80;9;2;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600;
;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700;
;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800;
sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900;
;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000;
;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100;
;a doubles;8;;1;0;;;;;;
;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0
total aas;;126;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;;
;;;variance;29;22;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;;
;;;variance;17;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]]
&lt;pre&gt;
vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
&lt;/pre&gt;
====vpb1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite;
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;;
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;;
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;;
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;;
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;;
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;;
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;;
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;;
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;;
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;;
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;;
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;;
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;;
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;;
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;;
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====vpb2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;;
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;;
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;;
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra;
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vpb1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*;
;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*;
;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
&lt;/pre&gt;

=====vpb2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia albertii===
====eal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]]
&lt;pre&gt;
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s   7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
&lt;/pre&gt;

====eal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]]
&lt;pre&gt;
eal cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;13;140;0;;350;;140;;800;
sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;2;;;;;;;
;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0
total aas;;84;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;;
;;;variance;59;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]]
&lt;pre&gt;
eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;
&lt;/pre&gt;
====eal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc
;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;;
;;;;;;;;;;;;460;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====eal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
deb;;CDS;14985;15332;-348;*;
;;mobile_el;14985;16921;-1540;*;
;;gene;15382;16569;549;*;
fin;;CDS;17119;18501;;;
deb;comp;CDS;34568;34681;26;*;
;;gene;34708;38448;-4;*;
fin;;CDS;38445;39989;;;
deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*;
;;gene;99769;99909;51;*;
fin;;CDS;99961;100896;;0;
deb;comp;CDS;102850;103833;195;*;
;;gene;104029;105320;30;*;
fin;comp;CDS;105351;105914;;0;
deb;;CDS;191840;192184;85;*;
;comp;gene;192270;193340;282;*;
fin;comp;CDS;193623;194339;;0;
deb;;CDS;199369;199794;-426;*;
;;mobile_el;199369;201785;-1995;*;
fin;;CDS;199791;200141;;;
deb;;CDS;218062;218904;158;*;
;;tRNA;219063;219144;212;*;tac
;;tRNA;219357;219438;376;*;tac
fin;comp;CDS;219815;220912;;;
deb;comp;CDS;239027;239722;104;*;
;comp;gene;239827;239964;271;*;
fin;;CDS;240236;241336;;0;
deb;comp;CDS;242534;244144;22;*;
;comp;gene;244167;244856;122;*;
deb;;CDS;244979;245305;-327;*;
;;mobile_el;244979;246192;-891;*;
fin;;CDS;245302;246192;;0;
deb;;CDS;277602;278456;130;*;
;;gene;278587;280453;49;*;
fin;comp;CDS;280503;280757;;0;
deb;comp;CDS;285209;286279;9;*;
;comp;gene;286289;287587;329;*;
fin;;CDS;287917;289449;;0;
deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*;
;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*;
fin;comp;CDS;298914;299261;;;
deb;comp;CDS;300053;300712;71;*;
;comp;gene;300784;300984;220;*;
fin;;CDS;301205;301894;;;
deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*;
;;repeat_reg;304338;304360;-23;*;
;;misc_f;304338;304432;-72;*;
;;repeat_reg;304361;304409;0;*;
;;repeat_reg;304410;304432;3985;*;
fin;;CDS;308418;308762;;;
deb;;CDS;309802;310167;-366;*;
;;mobile_el;309802;311030;-906;*;
fin;;CDS;310125;311030;;;
deb;;CDS;313323;313712;-232;*;
;;repeat_reg;313481;313501;-21;*;
;;misc_f;313481;313581;-93;*;
;;repeat_reg;313489;313509;-13;*;
;;repeat_reg;313497;313517;-16;*;
;;repeat_reg;313502;313520;-11;*;
;;repeat_reg;313510;313528;276;*;
fin;comp;CDS;313805;314563;;;
deb;comp;CDS;316137;316262;245;*;
;;gene;316508;316948;113;*;
fin;comp;CDS;317062;318312;;1;
deb;;CDS;332934;333359;-426;*;
;;mobile_el;332934;335350;-1995;*;
fin;;CDS;333356;333706;;;
deb;comp;CDS;411963;412901;233;*;
;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc
fin;comp;CDS;413496;414182;;;
deb;;CDS;422060;426022;39;*;
;comp;gene;426062;426701;264;*;
fin;;CDS;426966;427097;;;
deb;comp;CDS;461328;462446;441;*;
;;tRNA;462888;462972;601;*;tca
fin;comp;CDS;463574;463717;;0;
deb;;CDS;463890;464255;-366;*;
;;mobile_el;463890;465118;-906;*;
fin;;CDS;464213;465118;;;
deb;comp;CDS;488610;488825;294;*;
;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga
;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca
fin;comp;CDS;489433;489567;;;
deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*;
;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*;
;comp;gene;523850;524032;-4;*;
fin;comp;CDS;524029;524454;;;
deb;comp;CDS;545508;546056;180;*;
;comp;gene;546237;548084;260;*;
fin;comp;CDS;548345;552805;;;
deb;;CDS;590349;590696;-348;*;
;;mobile_el;590349;592284;-1539;*;
fin;;CDS;590746;592284;;0;
deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*;
;;repeat_reg;606309;606328;-20;*;
;;misc_f;606309;606445;-117;*;
;;repeat_reg;606329;606347;0;*;
;;repeat_reg;606348;606367;0;*;
;;repeat_reg;606368;606386;0;*;
;;repeat_reg;606387;606406;0;*;
;;repeat_reg;606407;606425;0;*;
;;repeat_reg;606426;606445;1358;*;
fin;comp;CDS;607804;608298;;0;
deb;;CDS;614451;614669;479;*;
;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc
fin;;CDS;615518;615646;;0;
deb;;CDS;625353;625628;-276;*;
;;mobile_el;625353;626050;-504;*;
fin;;CDS;625547;626050;;;
deb;comp;CDS;660139;661350;273;*;
;;gene;661624;662214;34;*;
fin;comp;CDS;662249;662533;;0;
deb;;CDS;664227;664940;-14;*;
;comp;gene;664927;666254;7;*;
fin;comp;CDS;666262;668610;;;
deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*;
;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*;
fin;comp;CDS;731144;731419;;0;
deb;comp;CDS;747736;748551;79;*;
;comp;gene;748631;749979;68;*;
fin;comp;CDS;750048;750362;;0;
deb;comp;CDS;756185;756652;170;*;
;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa
;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta
;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa
;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta
;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa
fin;comp;CDS;757458;758249;;;
deb;;CDS;782199;782768;47;*;
;;gene;782816;785265;13;*;
fin;;CDS;785279;786010;;;
deb;comp;CDS;797253;797513;3;*;
;comp;gene;797517;798173;1830;*;
fin;comp;CDS;800004;803876;;;
deb;;CDS;832389;834305;223;*;
;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj
;;tRNA;834613;834694;26;*;cta
;;tRNA;834721;834792;37;*;caa
;;tRNA;834830;834901;18;*;caa
;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj
;;tRNA;835045;835116;35;*;cag
;;tRNA;835152;835223;156;*;cag
fin;comp;CDS;835380;836555;;0;
deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*;
;comp;gene;850452;851159;103;*;
fin;;CDS;851263;851817;;0;
deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*;
;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*;
fin;comp;CDS;958041;958406;;;
deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*;
;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*;
deb;comp;CDS;960106;960453;867;*;
;;gene;961321;961434;545;*;
fin;;CDS;961980;962675;;;
deb;;CDS;966714;967040;-327;*;
;;mobile_el;966714;967930;-894;*;
;;gene;967037;967156;84;*;
;;gene;967241;967930;273;*;
fin;;CDS;968204;968368;;;
deb;;CDS;968555;968701;256;*;
;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga
fin;;CDS;969280;969912;;0;
deb;;CDS;1004964;1006640;32;*;
;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*;
;;misc_f;1006673;1006819;-122;*;
;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*;
;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*;
;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*;
;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*;
fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0;
deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*;
;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*;
fin;comp;CDS;1033173;1033523;;;
deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*;
;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*;
fin;;CDS;1123029;1123934;;1;
deb;;CDS;1143090;1144676;107;*;
;comp;gene;1144784;1144987;240;*;
fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0;
deb;;CDS;1146049;1146696;709;*;
;comp;gene;1147406;1148787;9;*;
fin;comp;CDS;1148797;1149747;;;
deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*;
;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*;
fin;;CDS;1173028;1174566;;;
deb;;CDS;1177520;1178338;1243;*;
;;gene;1179582;1179752;41;*;
deb;comp;CDS;1179794;1180537;535;*;
;;gene;1181073;1182912;-1531;*;
deb;;CDS;1181382;1181747;-366;*;
;;mobile_el;1181382;1182610;-906;*;
fin;;CDS;1181705;1182610;;;
deb;;CDS;1183247;1186789;359;*;
;comp;gene;1187149;1187571;12;*;
deb;comp;CDS;1187584;1188423;-840;*;
;comp;mobile_el;1187584;1188752;-303;*;
fin;comp;CDS;1188450;1188752;;;
deb;;CDS;1191235;1192398;17;*;
;comp;tRNA;1192416;1192488;114;*;acg
fin;comp;CDS;1192603;1193856;;;
deb;comp;CDS;1206541;1207404;12;*;
;comp;gene;1207417;1208120;20;*;
fin;comp;CDS;1208141;1208605;;;
deb;comp;CDS;1220100;1220765;82;*;
;comp;gene;1220848;1221270;186;*;
fin;;CDS;1221457;1222881;;0;
deb;comp;CDS;1268423;1269088;437;*;
;comp;tRNA;1269526;1269599;132;*;gac
fin;comp;CDS;1269732;1270472;;0;
deb;comp;CDS;1276071;1276874;165;*;
;comp;tRNA;1277040;1277113;52;*;gac
;comp;rRNA;1277166;1277285;169;*;120
;comp;rRNA;1277455;1280377;186;*;2923
;comp;tRNA;1280564;1280636;45;*;gca
;comp;tRNA;1280682;1280755;70;*;atc
;comp;rRNA;1280826;1282367;364;*;1542
fin;comp;CDS;1282732;1283304;;0;
deb;comp;CDS;1465720;1466553;419;*;
;;gene;1466973;1468487;30;*;
fin;;CDS;1468518;1469660;;;
deb;comp;CDS;1480677;1481042;22;*;
;comp;gene;1481065;1481979;65;*;
fin;comp;CDS;1482045;1482995;;;
deb;;CDS;1544994;1546253;128;*;
;comp;gene;1546382;1546600;181;*;
fin;comp;CDS;1546782;1547699;;;
deb;;CDS;1554556;1554981;-426;*;
;;mobile_el;1554556;1556972;-1995;*;
fin;;CDS;1554978;1555328;;;
deb;comp;CDS;1561637;1562476;-840;*;
;comp;mobile_el;1561637;1562805;-303;*;
fin;comp;CDS;1562503;1562805;;;
deb;;CDS;1566010;1567041;189;*;
;;tRNA;1567231;1567314;31;*;ctg
;;tRNA;1567346;1567429;35;*;ctg
;;tRNA;1567465;1567548;41;*;ctg
fin;comp;CDS;1567590;1567892;;0;
deb;;CDS;1589588;1591177;-4;*;
;;gene;1591174;1592536;227;*;
fin;;CDS;1592764;1593105;;0;
deb;;CDS;1595539;1595655;142;*;
;comp;gene;1595798;1596613;86;*;
fin;;CDS;1596700;1598196;;;
deb;comp;CDS;1617593;1617817;51;*;
;comp;gene;1617869;1619230;24;*;
deb;comp;CDS;1619255;1620574;15;*;
;comp;gene;1620590;1621672;318;*;
fin;;CDS;1621991;1623061;;;
deb;;CDS;1643482;1644588;269;*;
;;gene;1644858;1645271;9;*;
fin;comp;CDS;1645281;1645400;;0;
deb;;CDS;1646137;1646484;-348;*;
;;mobile_el;1646137;1648072;-1539;*;
fin;;CDS;1646534;1648072;;;
deb;;CDS;1648204;1648569;-366;*;
;;mobile_el;1648204;1649432;-906;*;
fin;;CDS;1648527;1649432;;;
deb;;CDS;1652275;1652700;434;*;
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;;mobile_el;1653135;1654347;-891;*;
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&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli===
====eco opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]]
&lt;pre&gt;
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;
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;228756..228875;;5s;@1;52;« ;
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;;;;;;;
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;;;;;;;
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;;;;;;;
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;;;;;;;
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;;;;;;;
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;;;;;;;
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comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30044]
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;;;;;;;
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comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
&lt;/pre&gt;
====eco cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]]
&lt;pre&gt;
eco cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;14;140;2;;350;;140;;800;
sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;2;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;1;;;;;;;
;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0
total aas;;86;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;;
;;;variance;60;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eco cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]
&lt;pre&gt;
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4487991/4504903]
&lt;/pre&gt;
====eco blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]]
&lt;pre&gt;
eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;
&lt;/pre&gt;
====eco distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eco données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x;
;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag
;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag
;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa
;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta
;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa
;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa
;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta
;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa
;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac
;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc
;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc
;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc
;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc
;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa
;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt
;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt
;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf
;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf
;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg
;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg
;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac
;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg
5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca
29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg
&lt;/pre&gt;
=====eco autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
deb;comp;CDS;238257;238736;9;;
;comp;gene;238746;239084;105;*;
;;gene;239190;239378;40;*;
fin;comp;CDS;239419;240189;;;
deb;;CDS;247637;248134;223;;
;comp;gene;248358;250070;1;*;
;;gene;250072;250827;70;*;
fin;;CDS;250898;251953;;;
deb;;CDS;252709;253161;305;;
;;gene;253467;253733;-32;*;
;;gene;253702;254202;56;*;
fin;comp;CDS;254259;255716;;;
deb;;CDS;256527;257771;57;;
;;misc_f;257829;257899;8;*;
;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*;
fin;comp;CDS;257923;258426;;;
deb;comp;CDS;258345;258620;55;;
;;misc_f;258676;259006;38;*;
fin;comp;CDS;259045;260100;;;
deb;;CDS;261503;262756;114;;
;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg
;;misc_f;262898;297205;-34056;*;
;comp;gene;263150;263212;115;*;
fin;comp;CDS;263328;263669;;;
deb;comp;CDS;266110;266553;-1;;
;comp;gene;266553;266774;1;*;
;comp;gene;266776;266967;216;*;
fin;comp;CDS;267184;268005;;;
deb;comp;CDS;269289;270182;23;;
;;mobile_el;270206;270540;-263;*;
;;misc_f;270278;270540;0;*;
;;mobile_el;270541;271761;-1159;*;
deb;;CDS;270603;271754;7;;
;;mobile_el;271762;272190;-427;*;
;;misc_f;271764;272190;389;*;
;;ncRNA;272580;272654;192;*;
deb;;CDS;272847;273992;-38;;
;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*;
fin;comp;CDS;274101;275081;;;
deb;comp;CDS;277756;278802;11;;
;comp;gene;278814;279162;0;*;
;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*;
fin;comp;CDS;279178;279681;;;
deb;comp;CDS;279600;279875;55;;
;;gene;279931;280104;-174;*;
;;mobile_el;279931;280111;2;*;
;comp;gene;280114;280362;-249;*;
;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*;
fin;comp;CDS;280385;280735;;;
deb;;CDS;290510;290638;-5;;
;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*;
fin;comp;CDS;290649;291152;;;
deb;comp;CDS;313141;313242;473;;
;comp;gene;313716;313805;551;*;
;;gene;314357;315244;-16;*;
;;mobile_el;315229;316483;-1193;*;
fin;;CDS;315291;315590;;;
deb;;CDS;315587;316453;-4;;
;comp;gene;316450;317136;302;*;
;;gene;317439;317567;158;*;
fin;comp;CDS;317726;318319;;;
deb;comp;CDS;380069;380842;1;;
;comp;misc_f;380844;381260;-1;*;
;;mobile_el;381260;382590;-1240;*;
fin;;CDS;381351;381716;;;
deb;;CDS;381674;382579;11;;
;comp;misc_f;382591;382872;-134;*;
fin;comp;CDS;382739;383935;;;
deb;comp;CDS;388753;389727;523;;
;;misc_f;390251;391708;-117;*;
deb;comp;CDS;391592;391648;60;;
;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*;
fin;comp;CDS;391739;392605;;;
deb;comp;CDS;392602;392901;68;;
;;misc_f;392970;394418;87;*;
fin;;CDS;394506;395129;;;
deb;;CDS;408177;408461;147;;
;;gene;408609;408950;-4;*;
fin;;CDS;408947;409030;;;
deb;comp;CDS;475982;476371;76;;
;;ncRNA;476448;476561;110;*;
fin;;CDS;476672;477025;;;
deb;comp;CDS;506603;507082;121;;
;;ncRNA;507204;507287;-2;*;
fin;comp;CDS;507286;508080;;;
deb;;CDS;527581;527949;-1;;
;;gene;527949;528659;-20;*;
;;gene;528640;529130;366;*;
;;gene;529497;529592;52;*;
fin;comp;CDS;529645;530016;;;
deb;;CDS;533011;533826;-198;;
;;ncRNA;533629;533863;52;*;
fin;;CDS;533916;535697;;;
deb;comp;CDS;563848;564480;242;;
;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga
;;misc_f;564755;586056;-21242;*;
deb;comp;CDS;564815;565978;-121;;
;comp;gene;565858;566079;18;*;
;comp;gene;566098;566361;14;*;
;;gene;566376;566687;-4;*;
;;misc_f;566684;566776;0;*;
;;mobile_el;566777;568034;-1193;*;
fin;;CDS;566842;567141;;;
deb;;CDS;567138;568004;30;;
;;misc_f;568035;568247;67;*;
fin;;CDS;568315;568647;;;
deb;;CDS;573956;574339;189;;
;comp;misc_f;574529;574586;4;*;
;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*;
deb;comp;CDS;574737;575717;68;;
;comp;misc_f;575786;576825;572;*;
fin;;CDS;577398;577613;;;
deb;;CDS;580834;581379;-26;;
;;gene;581354;581662;-129;*;
deb;;CDS;581534;582097;54;;
;comp;gene;582152;582806;68;*;
fin;;CDS;582875;583060;;;
deb;comp;CDS;606265;607383;349;;
;comp;ncRNA;607733;607792;43;*;
deb;;CDS;607836;607988;18;;
;;mobile_el;608007;609351;-1287;*;
fin;;CDS;608065;609177;;;
deb;comp;CDS;657555;657938;92;;
;;gene;658031;658818;128;*;
fin;;CDS;658947;659150;;;
deb;comp;CDS;685929;686669;11;;
;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*;
deb;comp;CDS;686839;687747;103;;
;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*;
fin;comp;CDS;687997;688977;;;
deb;;CDS;695101;696276;153;;
;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag
;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag
;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj
;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa
;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa
;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta
;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj
fin;comp;CDS;697513;699177;;;
deb;;CDS;706093;707757;478;;
;;ncRNA;708236;708333;0;*;
fin;;CDS;708334;709740;;;
deb;;CDS;715412;715906;40;;
;comp;gene;715947;716597;123;*;
;comp;gene;716721;716870;75;*;
fin;comp;CDS;716946;718265;;;
deb;;CDS;733776;734102;117;;
;;gene;734220;735653;-4;*;
fin;;CDS;735650;736219;;;
deb;;CDS;736445;736699;200;;
;;gene;736900;737961;130;*;
fin;;CDS;738092;738853;;;
deb;;CDS;764180;765049;0;;
;;ncRNA;765050;765150;2;*;
fin;comp;CDS;765153;765875;;;
deb;;CDS;779598;780389;164;;
;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa
;;tRNA;780765;780840;2;*;gta
;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa
;;tRNA;781068;781143;3;*;gta
;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa
;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa
;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa
fin;;CDS;782085;783128;;;
deb;;CDS;836351;837436;-2;;
;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*;
fin;;CDS;837503;837562;;;
deb;comp;CDS;851014;852597;127;;
;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*;
fin;comp;CDS;852869;852997;;;
deb;;CDS;887423;887959;19;;
;comp;ncRNA;887979;888057;76;*;
fin;comp;CDS;888134;889819;;;
deb;;CDS;923264;925540;343;;
;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc
fin;comp;CDS;926225;926443;;;
deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;;
;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca
fin;;CDS;1032139;1033257;;;
deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;;
;;mobile_el;1049778;1050545;-713;*;
fin;;CDS;1049833;1050108;;;
deb;;CDS;1079305;1080813;542;;
;;gene;1081356;1082185;57;*;
fin;;CDS;1082243;1083370;;;
deb;;CDS;1092876;1094234;10;;
;comp;mobile_el;1094245;1095502;-1228;*;
fin;comp;CDS;1094275;1095141;;;
deb;comp;CDS;1095138;1095437;106;;
;;gene;1095544;1095846;-4;*;
deb;;CDS;1095843;1096829;735;;
;comp;tRNA;1097565;1097652;233;*;tcc
fin;;CDS;1097886;1098824;;;
deb;;CDS;1140033;1140986;-1;;
;;ncRNA;1140986;1141063;118;*;
fin;comp;CDS;1141182;1144367;;;
deb;comp;CDS;1146011;1146595;-7;;
;;ncRNA;1146589;1146757;36;*;
fin;;CDS;1146794;1147315;;;
deb;;CDS;1169073;1169330;-28;;
;;ncRNA;1169303;1169402;9;*;
fin;comp;CDS;1169412;1170374;;;
deb;;CDS;1195123;1196373;-165;;
;;misc_f;1196209;1211412;-14702;*;
;;ncRNA;1196711;1196782;84;*;
fin;comp;CDS;1196867;1197532;;;
deb;;CDS;1203822;1204160;9;;
;;gene;1204170;1204403;-234;*;
deb;;CDS;1204170;1205537;-1137;;
;;gene;1204401;1205537;11;*;
fin;;CDS;1205549;1205731;;;
deb;;CDS;1205731;1206204;-74;;
;;gene;1206131;1206922;-10;*;
fin;;CDS;1206913;1207497;;;
deb;comp;CDS;1208517;1209119;-1;;
;comp;gene;1209119;1209655;29;*;
fin;;CDS;1209685;1210239;;;
deb;;CDS;1210346;1211179;233;;
;;gene;1211413;1211577;102;*;
fin;comp;CDS;1211680;1212003;;;
deb;;CDS;1218983;1219201;399;;
;;gene;1219601;1222248;56;*;
fin;comp;CDS;1222305;1222634;;;
deb;;CDS;1223264;1223449;114;;
;;gene;1223564;1223907;371;*;
fin;comp;CDS;1224279;1224545;;;
deb;;CDS;1238879;1239949;238;;
;;mobile_el;1240188;1240289;-30;*;
fin;;CDS;1240260;1240463;;;
deb;comp;CDS;1269168;1269275;47;;
;;ncRNA;1269323;1269389;313;*;
deb;comp;CDS;1269703;1269810;47;;
;;ncRNA;1269858;1269923;314;*;
deb;comp;CDS;1270238;1270345;47;;
;;ncRNA;1270393;1270460;288;*;
fin;comp;CDS;1270749;1271849;;;
deb;;CDS;1277957;1279348;-12;;
;;ncRNA;1279337;1279520;343;*;
fin;;CDS;1279864;1283607;;;
deb;;CDS;1286709;1286984;81;;
;comp;ncRNA;1287066;1287236;-150;*;
deb;comp;CDS;1287087;1287176;67;;
;comp;tRNA;1287244;1287328;209;*;tac
;comp;tRNA;1287538;1287622;159;*;tac
fin;comp;CDS;1287782;1288624;;;
deb;;CDS;1293527;1294144;281;;
;comp;gene;1294426;1295322;-897;*;
;comp;mobile_el;1294426;1295405;40;*;
fin;comp;CDS;1295446;1298121;;;
deb;;CDS;1298598;1299245;253;;
;;mobile_el;1299499;1300693;-1127;*;
fin;;CDS;1299567;1300547;;;
deb;;CDS;1380148;1380807;13;;
;;gene;1380821;1381789;-1;*;
;;gene;1381789;1381902;44;*;
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;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*;
;;misc_f;4507197;4507451;7;*;
;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*;
deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;;
;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*;
;comp;gene;4508684;4508942;64;*;
;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*;
;;misc_f;4509009;4509479;-1;*;
;;misc_f;4509479;4509793;10;*;
;;gene;4509804;4510133;556;*;
fin;comp;CDS;4510690;4511457;;;
deb;;CDS;4518372;4518440;31;;
;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*;
deb;;CDS;4518527;4518802;-82;;
;;gene;4518721;4519224;113;*;
fin;comp;CDS;4519338;4520324;;;
deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;;
;;ncRNA;4527977;4528066;44;*;
fin;comp;CDS;4528111;4528917;;;
deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;;
;comp;gene;4532050;4532310;126;*;
fin;comp;CDS;4532437;4533183;;;
deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;;
;comp;gene;4534430;4534675;339;*;
;;gene;4535015;4536031;565;*;
fin;;CDS;4536597;4536695;;;
deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;;
;;gene;4568998;4569918;243;*;
fin;comp;CDS;4570162;4571574;;;
deb;;CDS;4572414;4573931;203;;
;;gene;4574135;4576855;56;*;
fin;comp;CDS;4576912;4577958;;;
deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;;
;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
fin;comp;CDS;4580068;4581462;;;
deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;;
eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738
;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29
;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203
;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174
;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176
;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99
;'''total 4024;&lt;201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67
4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56
2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87
2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80
2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72
4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82
767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72
1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66
310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60
1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57
1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52
3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50
2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49
2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58
3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56
1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56
2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64
83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40
2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51
4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34
4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53
1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41
2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49
4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26
582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52
4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51
3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30
384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36
3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36
1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34
1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28
985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36
88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32
4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31
654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30
1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39
;;34;15;280;37;;total;767;210;33
;;35;12;290;38;;;;215;29
;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;37
;;37;18;310;22;;600;3992;225;16
;;38;13;320;29;;610;4;230;24
;;39;°22;330;18;;620;5;235;19
;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22
;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24
;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17
;;;;370;19;;660;3;255;19
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28
164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15
2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12
492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23
4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14
1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21
3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17
3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17
10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9
1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10
3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12
578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14
508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15
3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8
16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10
1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10
4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8
1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7
3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4
3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13
1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7
2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13
19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6
257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174
279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;&gt;0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;&lt;0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;&gt;0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;&lt;0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11
continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94
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&lt;/pre&gt;

====eco autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;781577;432;;;;&amp;tRNA;2062260;55;;;;gene;3281122;350;;;;gene;4506861;15;
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;mobile;1094245;-1228;;;;misc_f;2101396;4;;;;gene;3404495;0;;;;gene;4532050;126;
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;&amp;tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;;
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;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&amp;tRNA;4606079;34;comp
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;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&amp;tRNA;4606315;267;comp
;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;162;;67;14;;
;;;132;;327;;74;78;;
;;;114;;;;75;91;'''deb;
;;comp’;242;;;;100;100;&lt;201;10
6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17
6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59%
;;comp’;343;;253;;114;114;;
;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin;
;;comp’;735;comp’;233;;132;151;&lt;201;11
;209;;67;;159;;155;159;total;20
;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55%
;12 54;;-;;151;;206;235;;
;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total;
;;;100;;313;;210;267;&lt;201;21
;;comp’;452;;100;;280;313;total;37
;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57%
;;comp’;326;comp’;55;;750;327;;
;;;74;;;;910;379;;
;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls
;39;comp’;208;;235;;4;37;;
;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;;
;;;750;;;;124;55;'''deb;
4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;&lt;201;5
;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17
;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29%
;;;105;comp’;148;;208;148;;
;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin;
;;;206;comp’;347;;258;264;&lt;201;7
;;;458;;14;;292;347;total;11
;;;910;;91;;307;426;taux;64%
;;comp’;292;;;;326;'''-;;
;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total;
;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;&lt;201;12
;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28
;;;;;106;;569;'''-;taux;43%
;36 35;;210;;233;;735;'''-;;
;;comp’;195;;;;;;;
;34 28;comp’;38;;267;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;&lt;201;15;18;33
;;;;;;;total;34;31;65
;;;;;;;taux;44%;58%;51%
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli Nissle 1917===
====ecoN opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s  10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;;
;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
;234484..234557;;gca;;174;;;;;;;
;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;;
;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;;
;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;;
;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;*
;;;;;;;;;;;;
;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;*
;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;*
;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;*
;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;;
comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
&gt; comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;;
;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
&lt;;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
&lt;;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
&gt;;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
&lt; comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
&lt;&gt; comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
&lt; comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
&lt;;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
&gt;;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
&lt;;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp &gt;;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
&gt;;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
&lt; comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
&lt; comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
&lt;/pre&gt;

====ecoN cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]]
&lt;pre&gt;
ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]]
&lt;pre&gt;
ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;

====ecoN eco====
=====ecoN eco tableaux=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&amp;;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&amp;1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&amp;1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&amp;1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&amp;2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;;;;;237403..237518;$5s;54;&amp;116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71
;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;;
;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&amp;1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp &gt;;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&amp;2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;;
;;564723..564799;aga;15;;;;;;632286..632362;aga;15;;;;;comp;5344729..5346282;$16s;]1063;&amp;1554;
;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;;
;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&amp;1554;
eco5;;695101..696276;cds;31;392;@octaprenyl;;ecoN5;;733188..734363;CDS;153;392;@octaprenyl;;;comp;5349516..5350088;CDS;[187;191;]D-glycero
;comp;696308..696378;rpr;51;&amp;71;rpt71;;;comp;734517..734591;°cag;37;;;;;&gt;;5350276..5350914;CDS;;213;ABC MetN
;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&amp;120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&amp;120;
;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&amp;2904;
;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;;
;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;;
;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&amp;1542;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA
eco6;;779598..780389;cds;164;264;@ cell CpoB;;ecoN6;;807377..808169;CDS;164;264;@ p-cell CpoB;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;]pu-ABC
;;780554..780629;°aaa;135;;;;;;808334..808409;°aaa;35;;;;;comp;3785374..3785489;$5s;]39;&amp;116;
;;780765..780840;gta;2;;;;;;808445..808520;gta;2;;;;;comp;3785529..3785605;acc;]14;;
;;780843..780918;°aaa;149;;;;;;808523..808598;°aaa;51;;;;;comp;3785620..3785735;$5s;]777;&amp;116;
;;781068..781143;gta;3;;;;;;808650..808725;gta;3;;;;;comp;3786513..3786588;acc;]14;;
;;781147..781222;°aaa;146;;;;;;808729..808804;°aaa;48;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;]1834;&amp;116;
;;781369..781444;°aaa;132;;;;;;808853..808928;°aaa;33;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;
;;781577..781652;°aaa;432;;;;;;808962..809037;°aaa;277;;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase
;;782085..783128;cds;;348;@quino;;;;809315..810358;CDS;;348;@quino NadA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco7;;923264..925540;cds;343;759;@ATP ClpA;;ecoN7;;950069..952345;CDS;343;759;@ATP ClpA;;EcoN 59;&gt;;5433568..5433687;CDS;39;40;§p-Nam
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;;
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;;1032139..1033257;cds;;373;@Hnase1;;;;1048604..1049722;CDS;;373;@Hnase1;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco9;;;;;;;;ecoN9;;1183656..1184018;CDS;463;121;hp-121;;;;;;;;
;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt; comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco10;;1095843..1096829;cds;735;329;§un-YcdU;;ecoN10;;1213982..1214809;CDS;165;276;§DUF4942;;;;;;;;
;comp;1097565..1097652;tcc;233;;;;;comp;1214975..1215062;tcc;233;;;;;;;;;;
;;1097886..1098824;cds;;313;@glyoxylate A;;;;1215296..1216234;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;;
;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco12;;1286709..1286984;cds;81;92;§p-un-YchS;;ecoN12;;1457038..1458129;CDS;16;364;§acyl-CoA ;;;;;;;;
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;comp;1287244..1287328;°tac;209;;;;;comp;1458442..1458526;°tac;159;;;;;;;;;;
;comp;1287538..1287622;°tac;159;;;;;comp;1458686..1459528;CDS;;281;@fTHF;;;;;;;;
;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN13;comp;1829066..1830322;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco13;;;;;;;;;;1830630..1830706;°gtc;4;;;;;;;;;;
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;;;°gtc;;;;;;&lt;;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN14;comp;1831218..1832474;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&lt;;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco15;comp;1744871..1746127;cds;307;419;%adhes YdhQ;;ecoN15;comp;1833321..1834577;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
;; 1746435..1746511;°gtc;4;;;;;;1834885..1834961;°gtc;4;;;;;;;;;;
;; 1746516..1746592;°gtc;107;;;;;;1834966..1835042;°gtc;108;;;;;;;;;;
;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;1991815..1991901;tta;12;;;;;comp;2116655..2116741;tta;12;;;;;;;;;;
;comp;1991914..1991987;tgc;54;;;;;comp;2116754..2116827;tgc;53;;;;;;;;;;
;comp;1992042..1992117;ggc;151;;;;;comp;2116881..2116956;ggc;151;;;;;;;;;;
;comp;1992269..1992817;cds;;183;@glycerolP;;;comp;2117108..2117656;CDS;;183;@CDP-diacyl;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco17;;2042368..2042898;cds;569;177;§pu-cytochrom;;ecoN17;comp;2191451..2192287;CDS;278;279;§hp-279;;;;;;;;
;comp;2043468..2043557;tcg;93;;;;;comp;2192566..2192655;tcg;93;;;;;;;;;;
;;2043651..2044448;cds;100;266;%Mtf;;;;2192749..2193546;CDS;100;266;%MtfA;;;;;;;;
;;2044549..2044624;aac;313;;;;;;2193647..2193722;aac;161;;;;;;;;;;
;;2044938..2052014;cds;;2359;§Inv-adhesin;;;;2193884..2195146;CDS;;421;§Tyr recb-421;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;; 2059851..2059926;aac;[37;;;;;;2235198..2236148;CDS;[37;317;@tr-Cbl;;;;;;;;
;comp;2059964..2060914;cds;[101;317;tact Cbl;;;comp;2236186..2236261;aac;[4;;;;;;;;;;
;comp;2061016..2061933;cds;[326;306;tr-Nac;;;;2236266..2237909;CDS;[100;548;trp-YeeO;;;;;;;;
;;2062260..2062335;aac;55;;;;;;2238010..2238085;aac;161;;;;;;;;;;
;comp;2062391..2063323;cds;;311;§ErfK;;;;2238247..2239518;CDS;;424;§Tyr recb 424;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2286211..2286287;ccc;102;;;;;;2548803..2548879;ccc;101;;;;;;;;;;
;comp;2286390..2288914;cds;;842;§adhes YejO;;;comp;2548981..2549136;CDS;;52;§barrel;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2466309..2466383;agg;161;;;;;;2718788..2718862;agg;437;;;;;;;;;;
;;2466545..2467702;cds;;386;§KpLE1;;;comp;2719300..2719830;CDS;;177;§OmpH;;;ecoN;;;;;
;;2466369..2476583;#phage;;3405;pp CPS-53;;;;;;;;;;EcoN 53;comp;5321144..5321869;CDS;206;242;§p-His kinase
;;;;;;;;ecoN21;comp;2768744..2770933;CDS;206;730;@sensor;;ok;comp;5322076..5322151;°gcc;39;;
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;comp;2518041..2518116;°gcc;39;;;;;comp;2771255..2771330;°gcc;220;;;;;comp;5322306..5322381;°gcc;220;;
;comp;2518156..2518231;°gcc;235;;;;;;2771551..2771910;CDS;;120;%pu-tr 120;;;;5322602..5322961;CDS;;120;%pu-tr 120
;;2518467..2518811;cds;;115;%pu- YfeC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco22;comp;2519257..2520672;cds;258;472;@Glu ligase;;ecoN22;comp;2772355..2773770;CDS;258;472;@Glu ligase;;;ecoN;;;;;
;;2520931..2521006;°gta;44;;;;;;2774029..2774104;°gta;43;;;;EcoN 54;comp;5323406..5324821;CDS;258;472;@Glu ligase
;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;&lt;;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
;;2521539..2521567;rpr;25;&amp;29;rpt-29;;;comp;2774536..2775420;CDS;;295;@LysR;;;;;;;;
;comp;2521593..2522477;cds;;295; @XapR;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2726069..2726188;$5s;92;&amp;120;;;;comp;2960827..2960942;$5s;83;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;2726281..2729184;$23s;184;&amp;2904;;;;comp;2961026..2965477;$23s;184;&amp;4452;;;;;;;;;
;comp;2729369..2729444;gaa;171;;;;;comp;2965662..2965737;gaa;431;;;;;;;;;;
;comp;2729616..2731157;$16s;442;&amp;1542;;;;comp;2966169..2967720;$16s;441;&amp;1552;;;;;;;;;
;comp;2731600..2734173;cds;;858;@ClpB;;;comp;2968162..2970735;CDS;;858;@ClpB dep;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco24;comp;2784529..2785011;cds;750;161;DUF5507;;ecoN24;;;;;;;;;;;;;;
;comp;2785762..2785837;atgi;559;;;;;;;****atgi*****;;;;;;;;;;;
;;2786397..2788649;cds;;751;pu-unYgaQ;;ecoN25;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3027207..3027773;CDS;280;189;@fructose 6;;;;;;;;
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;comp;2818059..2818135;°cgt;62;;;;;comp;3028333..3028409;°cgt;62;;;;;;;;;;
;comp;2818198..2818274;°cgt;198;;;;;comp;3028472..3028548;°cgt;64;;;;;;;;;;
;comp;2818473..2818549;°cgt;3;;;;;comp;3028613..3028689;°cgt;3;;;;;;;;;;
;comp;2818553..2818645;agc;315;;;;;comp;3028693..3028785;agc;315;;;;;;;;;;
;comp;2818961..2819146;cds;;62;@Csr;;;comp;3029101..3029286;CDS;;62;@CsrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947387..2947463;°atgf;33;;;;;;3158643..3158719;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
;comp;2947757..2949010;cds;;418;§Ala C;;;;3159575..3160075;CDS;;167;§sscs VI;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3110590..3111126;cds;;179;§pu-ssM;;;;3342134..3343399;CDS;;422;§arm-type;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;&gt;;3671310..3672155;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3674594..3674670;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco32;;;;;;;;ecoN32;comp;3677794..3678246;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco34;comp;3319988..3321613;cds;458;542;%pu-hydrolase;;ecoN34;comp;3683966..3685591;CDS;456;542;%Pet;;;;;;;;
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;comp;322173..3322505;cds;;111;@SecG-t;;;comp;3686149..3686481;CDS;;111;@SecG-p;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3423423..3423542;$5s;37;&amp;120;;;;comp;3785374..3785489;$5s;39;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;3423580..3423655;acc;12;;;;;comp;3785529..3785605;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3423668..3423787;$5s;92;&amp;120;;;;comp;3785620..3785735;$5s;777;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;3423880..3426783;$23s;174;&amp;2904;;;;comp;3786513..3786588;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3426958..3427033;gca;42;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;1834;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;3427076..3427152;atc;68;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;;;;;;;;;
;comp;3427221..3428762;$16s;473;&amp;1542;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase;;;;;;;;
;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3708273..3708306;rpr;16;&amp;34;rpt-34;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3708323..3708358;rpr;257;&amp;36;rpt-36;;ecoN36;comp;4078635..4080242;CDS;743;536;@DppA;;;;;;;;
;comp;3708616..3708692;ccg;91;;;;;comp;4080986..4081062;ccg;91;;;;;;;;;;
;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco37;comp;3834547..3835929;cds;292;461;%pu-YicJ;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3836222..3836316;tga;108;;;;ecoN37;comp;4205966..4207348;CDS;[292;461;%glycoside-p5;;EcoN 51;comp;5252659..5253870;CDS;[300;404;(Tyr recb 404
;;3836425..3836556;pseudo;396;&amp;132;p-yicT;;;;4207641..4207735;tga;[300;;;;ok;comp;5254171..5254249;tga;[292;;
;;3836953..3838137;cds;;395;§pu-arabi;;;&gt;;4208036..4208857;CDS;;274;§p-DUF4102;;;&gt;;5254542..5255171;CDS;;210;p-glycoside
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco38;comp;3940635..3941327;cds;480;231;%pu-tr YieP;;ecoN38;comp;4338643..4339335;CDS;479;231;%FadR tr ;;;;;;;;
;;3941808..3943349;$16s;85;&amp;1542;;;;;4339815..4341342;$16s;73;&amp;1528;;;;;;;;;
;;3943435..3943510;gaa;193;;;;;;4341416..4341491;gaa;184;;;;;;;;;;
;;3943704..3946607;$23s;92;&amp;2904;;;;;4341676..4344286;$23s;83;&amp;2611;;;;;;;;;
;;3946700..3946819;$5s;52;&amp;120;;;;;4344370..4344485;$5s;53;&amp;116;;;;;;;;;
;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;EcoN 52;&gt; comp;5305902..5306228;CDS;0;109;p-hp
eco39;;3980887..3982272;cds;102;462;%pu-YifK;;ecoN39;;4377681..4379066;CDS;102;462;%aa permease;;;comp;5306229..5306302;atc;1096;;
;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;&gt; comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&amp;1255;
eco40;;4034608..4035153;cds;377;182;@porphyrine O;;ecoN40;;4460971..4461516;CDS;377;182;@porphyrine M;;;&lt; comp;5362140..5363543;CDS;;468;(IS66
;;4035531..4037072;$16s;68;&amp;1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&amp;1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;&gt;;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&amp;2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&amp;3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&amp;120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&amp;116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&amp;36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;&lt; comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&amp;1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&amp;1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&amp;2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&amp;116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&amp;120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&amp;2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&amp;116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&amp;116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&amp;2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&amp;1189;;;;&lt;;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&amp;1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&amp;2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&amp;2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&amp;116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&amp;120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;&lt; comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&amp;163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;&lt;&gt; comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&amp;36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&amp;34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;&lt; comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
&lt;/pre&gt;
=====ecoN eco noms cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]]
&lt;pre&gt;
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO,  misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note=&quot;cryptic prophage CP4-6&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note=&quot;cryptic prophage DLP12&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other  71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene=&quot;yjdQ&quot;;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
&lt;/pre&gt;
====ecoN données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;;
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;;
;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;;
;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====ecoN autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ecoN;;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur
fin;;CDS;190;255;;;;
deb;;CDS;231864;232436;365;*;;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa;
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac;
fin;;CDS;237812;238615;;1;;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac;
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg;
fin;;CDS;368927;369265;;0;;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;;
fin;;CDS;556537;556890;;0;;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga;
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag;
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag;
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj;
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa;
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa;
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta;
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj;
fin;comp;CDS;735603;737267;;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa;
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta;
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa;
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta;
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa;
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa;
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa;
fin;;CDS;809315;810358;;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;953030;953248;;;;
deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*;;
;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca;
fin;;CDS;1048604;1049722;;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga;
fin;comp;CDS;1184837;1185786;;;;
deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc;
fin;;CDS;1215296;1216234;;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc;
fin;;CDS;1217586;1218524;;;;
deb;;CDS;1457038;1458129;16;*;;
;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;;
;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac;
;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac;
fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;;
deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;;
;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc;
;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc;
fin;;CDS;1830794;1831177;;0;;
deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;;
;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc;
;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc;
fin;;CDS;1832948;1833280;;0;;
deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc;
;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc;
fin;;CDS;1835151;1835456;;;;
deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;;
;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;;
fin;;CDS;1858893;1859249;;;;
deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;;
;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta;
;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc;
;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc;
fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;;
deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;;
;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg;
deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;;
;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac;
fin;;CDS;2193884;2195146;;0;;
deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;;
;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc;
fin;;CDS;2234179;2235096;;;;
deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;;
;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac;
deb;;CDS;2236266;2237909;100;*;;
;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac;
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;;
deb;;CDS;2546968;2548728;74;*;;
;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc;
fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0;;
deb;;CDS;2717780;2718712;75;*;;
;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg;
fin;comp;CDS;2719300;2719818;;;;
deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*;;
;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc;
;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc;
fin;;CDS;2771551;2771910;;;;
deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*;;
;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta;
;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta;
;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta;
;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa;
fin;comp;CDS;2774536;2775420;;;;
deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*;;
;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s;116
;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s;2645
;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa;
;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s;1540
fin;comp;CDS;2968162;2970735;;;;
deb;;CDS;2991343;2991825;214;*;;
;;tmRNA;2992040;2992402;88;*;;
fin;comp;CDS;2992491;2992679;;;;
deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*;;
;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt;
;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt;
;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt;
;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt;
;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt;
;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc;
fin;comp;CDS;3029101;3029286;;;;
deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*;;
;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf;
;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf;
;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf;
fin;;CDS;3159575;3160075;;;;
deb;;CDS;3230172;3231401;316;*;;
;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg;
fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0;;
deb;;CDS;3287195;3287524;41;*;;
;;ncRNA;3287566;3287749;20;*;;
fin;;CDS;3287770;3288372;;0;;
deb;;CDS;3341048;3341755;105;*;;
;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc;
fin;;CDS;3342134;3343399;;;;
deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*;;
;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi;
fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0;;
deb;;CDS;3620528;3620746;556;*;;
;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*;;
fin;comp;CDS;3621712;3622857;;;;
deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*;;
;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf;
fin;;CDS;3671310;3672155;;0;;
deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*;;
;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf;
fin;;CDS;3675018;3675869;;1;;
deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*;;
;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf;
fin;;CDS;3678877;3679722;;0;;
deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*;;
;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf;
fin;;CDS;3682615;3683958;;0;;
deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*;;
;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc;
fin;comp;CDS;3686149;3686481;;;;
deb;;CDS;3784553;3785311;62;*;;
;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s;116
;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc;
;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s;116
;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc;
;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s;116
;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa;
fin;;CDS;3789989;3790543;;1;;
deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*;;
;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg;
fin;comp;CDS;4081154;4082845;;;;
deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*;;
;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga;
fin;;CDS;4208036;4208857;;;;
deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*;;
;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s;1516
;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa;
;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s;2590
;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s;116
;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac;
;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg;
fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0;;
deb;;CDS;4377681;4379066;102;*;;
;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg;
;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac;
;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg;
;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca;
fin;;CDS;4379752;4380987;;0;;
deb;;CDS;4460971;4461516;377;*;;
;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s;1726
;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc;
;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca;
;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s;3270
;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s;116
fin;comp;CDS;4467642;4468169;;;;
deb;;CDS;4605577;4606434;374;*;;
;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s;1542
;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa;
;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s;116
fin;;CDS;4610166;4611194;;;;
deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*;;
;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca;
;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac;
;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga;
;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc;
fin;;CDS;4614053;4615237;;;;
deb;;CDS;4646462;4648150;436;*;;
;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa;
;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s;2451
;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s;116
fin;;CDS;4651595;4651978;;0;;
deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*;;
;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc;
fin;comp;CDS;4835341;4835916;;;;
deb;;CDS;4864628;4865173;210;*;;
;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc;
;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc;
;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc;
fin;;CDS;4865916;4865969;;1;;
deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*;;
;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg;
fin;comp;CDS;4975517;4976055;;;;
deb;;CDS;5042527;5042763;38;*;;
;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg;
;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg;
;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg;
fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0;;
deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*;;
;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s;1508
;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa;
fin;comp;CDS;5082543;5082754;;;;
deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*;;
;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa;
deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*;;
;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa;
;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc;
;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc;
;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa;
;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s;2451
;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s;116
fin;;CDS;5101169;5101552;;0;;
deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*;;
;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s;116
;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s;2491
fin;comp;CDS;5128754;5129323;;;;
deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*;;
;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga;
fin;;CDS;5254542;5255171;;;;
deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*;;
;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc;
fin;;CDS;5307399;5308450;;;;
deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*;;
;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc;
;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc;
;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc;
fin;;CDS;5322602;5322961;;;;
deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*;;
;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta;
;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta;
fin;;CDS;5325276;5325389;;0;;
deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*;;
;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s;2890
;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca;
;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc;
;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s;1542
;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca;
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;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s;1542
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deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*;;
;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca;
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc;
;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s;1493
fin;comp;CDS;5363061;5363543;;;;
deb;;CDS;5425965;5426201;150;*;;
;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg;
;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg;
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deb;;CDS;5433568;5433687;39;*;;
;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;;
deb;comp;CDS;5440863;5441019;189;*;;
&lt;/pre&gt;

===Vibrio campbellii===
====vha opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]]
&lt;pre&gt;
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;;
comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;;
comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;;
comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;;
comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156
comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182;
;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
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comp;191041..193955;;23s;;290;;;;;
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comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;;
comp;199986..200062;;atc;;97;;;;;
comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853
comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712;
;;;;;;;;;;
comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101
comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;;
comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;;
comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;;
comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;;
;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308;
;;;;;;;;;;
comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546
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comp;243502..246404;;23s;;310;;;;;
comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;;
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comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554
;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;;
comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;;
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comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45;
;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
;449605..451162;;16s;;122;;;;;
;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
;468291..468367;;cca;;46;;46;;;
;468414..468489;;cac;;64;;64;;;
;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242;
;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
&lt;/pre&gt;

====vha cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]]
&lt;pre&gt;
vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178
&lt;/pre&gt;

====vha blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]]
&lt;pre&gt;
vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;&lt;u&gt;86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;&lt;u&gt;371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&amp;cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&amp;cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&amp;cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;
&lt;/pre&gt;

====vha distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
&lt;/pre&gt;
====vha1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac
;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac
;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
&lt;/pre&gt;
====vha1 autres intercalaires aas====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
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deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
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;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
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;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
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;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
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;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
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;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
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;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
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;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
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;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
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fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
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;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
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;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
autres intercalaires;;vha1;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
&lt;/pre&gt;

====vha2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;;
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;;
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;;
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;;
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vha2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;
&lt;/pre&gt;

===Aeromonas media WS===
====amed opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]]
&lt;pre&gt;
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
&lt;  comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;
&lt;/pre&gt;
====amed cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]]
&lt;pre&gt;
amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157
&lt;/pre&gt;

====amed blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]]
&lt;pre&gt;
amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;
&lt;/pre&gt;
====amed distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====amed autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
;;tmRNA;2954083;2954442;177;*;
fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
fin;;CDS;2979932;2981701;;;
deb;;CDS;3023194;3023487;75;*;
;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc
;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc
fin;;CDS;3024018;3027455;;0;
deb;;CDS;3044891;3045361;133;*;
;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg
fin;;CDS;3045965;3046882;;;
deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*;
;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*;
fin;;CDS;3054079;3054915;;0;
deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*;
;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*;
fin;;CDS;3095650;3096798;;0;
deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*;
;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca
fin;;CDS;3269003;3269752;;0;
deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*;
;;misc_f;3287630;3287752;38;*;
fin;;CDS;3287791;3288963;;0;
deb;;CDS;3290470;3291624;50;*;
;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg
fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0;
deb;;CDS;3334670;3335758;230;*;
;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac
;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac
;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac
fin;;CDS;3336456;3336731;;;
deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*;
;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*;
fin;comp;CDS;3385563;3389024;;;
deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
;;regulatory;3497555;3497645;99;*;
fin;;CDS;3497745;3498725;;;
deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*;
;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115
;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890
;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa
;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545
fin;;CDS;3512353;3515220;;;
deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg
fin;;CDS;3677664;3678182;;0;
deb;;CDS;3688045;3688872;369;*;
;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
fin;comp;CDS;3690111;3690299;;;
deb;;CDS;3886846;3887601;302;*;
;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac
;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115
;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca
;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc
;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545
fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*;
;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg
deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*;
;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac
fin;;CDS;3915324;3916262;;0;
deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*;
;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
fin;;CDS;3964119;3964703;;;
deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg
fin;comp;CDS;4027692;4028417;;;
deb;;CDS;4109413;4111986;99;*;
;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*;
;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
fin;;CDS;4121593;4122102;;;
deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*;
;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115
;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
;;regulatory;4628048;4628133;65;*;
fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
&lt;/pre&gt;

====amed données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;;
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;;
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===gamma synthèse===
====gamma distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]]
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
&lt;/pre&gt;

====gamma par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama  ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39
&lt;/pre&gt;
====gamma, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est  62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310
&lt;/pre&gt;

==alpha==
===rtb===
====rtb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;31.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
&lt;/pre&gt;

====rtb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]]
&lt;pre&gt;
rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86
&lt;/pre&gt;

====rtb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]]
====rtb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rtb données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;
;1;230;3;8;23;1;0;-24;0;0;181;;;;
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;
12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;;
16;42;total;185;506;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;;
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;;
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;;
;x;184;4;1;189;;;-49;0;0;23s 5s;;;;
;c;502;98;4;604;;;-50;1;0;228;;;;
;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;173;;;
&lt;/pre&gt;
=====rtb autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rtb;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7429;381;comp;
;tRNA;8851;368;comp;ttc
fin;CDS;9295;;;
deb;CDS;14663;108;;
;tRNA;18164;1394;;gaa
fin;CDS;19633;;comp;
deb;CDS;48065;278;comp;
;tRNA;48988;110;comp;atgf
fin;CDS;49175;;comp;
deb;CDS;73627;17;comp;
;tRNA;73947;139;comp;acc
fin;CDS;74161;;comp;
deb;CDS;155064;143;;
;tRNA;157307;167;;tgg
fin;CDS;157550;;;
deb;CDS;189738;411;;
;tRNA;190290;142;comp;acg
fin;CDS;190508;;comp;
deb;CDS;255010;736;;
23s;rRNA;256658;228;;
5s;rRNA;259646;173;;
fin;CDS;259934;;comp;
deb;CDS;291358;35;;
;tRNA;291879;1364;;atgj
fin;CDS;293320;;;
deb;CDS;335194;402;;
;tRNA;337399;633;;aac
fin;CDS;338107;;comp;
deb;CDS;440466;496;comp;
;tRNA;441430;31;;tgc
fin;CDS;441536;;;
deb;CDS;469056;218;comp;
;tRNA;470000;15;;aaa
;tRNA;470091;1922;;atc
fin;CDS;472090;;;
deb;CDS;564534;1530;comp;
;tRNA;567093;218;comp;tcc
fin;CDS;567399;;comp;
deb;CDS;583250;1278;;
;tRNA;585428;58;comp;tca
fin;CDS;585577;;comp;
deb;CDS;598723;26;;
;tRNA;599733;60;;cgg
;tRNA;599870;62;comp;caa
fin;CDS;600007;;comp;
deb;CDS;608541;176;comp;
;ncRNA;609386;248;comp;
fin;CDS;610018;;;
deb;CDS;644395;499;comp;
;tRNA;645245;1051;;gac
;tRNA;646373;222;comp;gcc
fin;CDS;646671;;comp;
deb;CDS;649389;452;comp;
;tRNA;650501;1274;;gtc
fin;CDS;651852;;comp;
deb;CDS;696163;1535;comp;
;tRNA;698934;1028;;cgt
fin;CDS;700039;;;
deb;CDS;727560;1164;comp;
;tRNA;729252;32;comp;cga
fin;CDS;729359;;comp;
deb;CDS;739215;181;;
;tRNA;740257;246;;ctc
deb;CDS;740590;1199;;
;tRNA;743160;1090;;ggc
fin;CDS;744325;;;
deb;CDS;775944;2466;comp;
16s;rRNA;780333;1854;comp;
fin;CDS;783686;;comp;
deb;CDS;814590;349;comp;
;tRNA;815173;68;comp;gta
fin;CDS;815317;;comp;
deb;CDS;829300;82;comp;
;tRNA;830567;95;comp;gga
;tRNA;830736;183;comp;tac
fin;CDS;831005;;;
deb;CDS;839520;382;;
;tRNA;840115;2009;;tta
fin;CDS;842210;;;
deb;CDS;876906;401;comp;
;tRNA;877991;145;;cac
fin;CDS;878213;;;
deb;CDS;911079;179;comp;
;tmRNA;911738;74;comp;
fin;CDS;912362;;;
deb;CDS;918938;951;;
;tRNA;920834;1945;;agc
fin;CDS;922871;;comp;
deb;CDS;941489;156;comp;
;ncRNA;942887;9;comp;
fin;CDS;943055;;comp;
deb;CDS;961209;41;comp;
;tRNA;962339;390;comp;atgi
fin;CDS;962806;;comp;
deb;CDS;1023375;1585;;
;tRNA;1025212;17;;cca
fin;CDS;1025306;;;
deb;CDS;1053321;2191;;
;tRNA;1056331;98;comp;aga
fin;CDS;1056506;;;
deb;CDS;1090984;14;;
;ncRNA;1091640;152;;
fin;CDS;1091886;;;
deb;CDS;1098776;40;comp;
;tRNA;1099281;145;comp;cta
fin;CDS;1099511;;comp;
deb;CDS;1102351;475;comp;
;tRNA;1103456;130;comp;aca
fin;CDS;1103661;;comp;
&lt;/pre&gt;

====rtb intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;;
rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez
;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1
;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2
;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1
;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3
;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2
;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3
;'''total 793;&lt;201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7
665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0
1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1
506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1
64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2
801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2
272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0
131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1
763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1
101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2
446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2
905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0
141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1
570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3
129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0
378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4
232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0
871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1
998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1
359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0
1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1
847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1
338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1
808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2
950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1
969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1
706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1
536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3
638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0
597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0
544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1
235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0
90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1
693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquencef;195;6;1010;1
422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1
678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1
476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1
1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2
270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2
687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1
49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1
247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0
398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0
577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2
676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2
425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1
915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0
;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2
;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0
;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2
;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2
384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0
523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44
362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793
864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;;
628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;;
1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;;
1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;;
511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;;
661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;;
710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;;
899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;;
1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;;
417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;;
276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;;
480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;;
981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;;
110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;;
415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;;
748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;;
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&amp;-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&amp;174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&amp;-36;44;-;598;poly;190;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;&gt;0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;&lt;0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;&gt;0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;&lt;0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3
continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4
;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98
&lt;/pre&gt;

====rtb autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3;
deb;     °CDS;7429;381;comp;;deb;     °CDS;564534;1530;comp;;deb;     °CDS;829300;82;comp
;     &amp;tRNA;8851;368;comp;;;     &amp;tRNA;567093;218;comp;;;     &amp;tRNA;830567;95;comp
fin;     °CDS;9295;;;;fin;     °CDS;567399;;comp;;;     &amp;tRNA;830736;183;comp
deb;     °CDS;14663;108;;;deb;     °CDS;583250;1278;;;fin;     °CDS;831005;;
;     &amp;tRNA;18164;1394;;;;     &amp;tRNA;585428;58;comp;;deb;     °CDS;839520;382;
fin;     °CDS;19633;;comp;;fin;     °CDS;585577;;comp;;;     &amp;tRNA;840115;2009;
deb;     °CDS;48065;278;comp;;deb;     °CDS;598723;26;;;fin;     °CDS;842210;;
;     &amp;tRNA;48988;110;comp;;;     &amp;tRNA;599733;60;;;deb;     °CDS;876906;401;comp
fin;     °CDS;49175;;comp;;;     &amp;tRNA;599870;62;comp;;;     &amp;tRNA;877991;145;
deb;     °CDS;73627;17;comp;;fin;     °CDS;600007;;comp;;fin;     °CDS;878213;;
;     &amp;tRNA;73947;139;comp;;deb;     °CDS;608541;176;comp;;deb;     °CDS;911079;179;comp
fin;     °CDS;74161;;comp;;;     ncRNA;609386;248;comp;;;     tmRNA;911738;74;comp
deb;     °CDS;155064;143;;;fin;     °CDS;610018;;;;fin;     °CDS;912362;;
;     &amp;tRNA;157307;167;;;deb;     °CDS;644395;499;comp;;deb;     °CDS;918938;951;
fin;     °CDS;157550;;;;;     &amp;tRNA;645245;1051;;;;     &amp;tRNA;920834;1945;
deb;     °CDS;189738;411;;;;     &amp;tRNA;646373;222;comp;;fin;     °CDS;922871;;comp
;     &amp;tRNA;190290;142;comp;;fin;     °CDS;646671;;comp;;deb;     °CDS;941489;156;comp
fin;     °CDS;190508;;comp;;deb;     °CDS;649389;452;comp;;;     ncRNA;942887;9;comp
deb;     °CDS;255010;736;;;;     &amp;tRNA;650501;1274;;;fin;     °CDS;943055;;comp
23s;     $rRNA;256658;228;;;fin;     °CDS;651852;;comp;;deb;     °CDS;961209;41;comp
5s;     $rRNA;259646;173;;;deb;     °CDS;696163;1535;comp;;;     &amp;tRNA;962339;390;comp
fin;     °CDS;259934;;comp;;;     &amp;tRNA;698934;1028;;;fin;     °CDS;962806;;comp
deb;     °CDS;291358;35;;;fin;     °CDS;700039;;;;deb;     °CDS;1023375;1585;
;     &amp;tRNA;291879;1364;;;deb;     °CDS;727560;1164;comp;;;     &amp;tRNA;1025212;17;
fin;     °CDS;293320;;;;;     &amp;tRNA;729252;32;comp;;fin;     °CDS;1025306;;
deb;     °CDS;335194;402;;;fin;     °CDS;729359;;comp;;deb;     °CDS;1053321;2191;
;     &amp;tRNA;337399;633;;;deb;     °CDS;739215;181;;;;     &amp;tRNA;1056331;98;comp
fin;     °CDS;338107;;comp;;;     &amp;tRNA;740257;246;;;fin;     °CDS;1056506;;
deb;     °CDS;440466;496;comp;;deb;     °CDS;740590;1199;;;deb;     °CDS;1090984;14;
;     &amp;tRNA;441430;31;;;;     &amp;tRNA;743160;1090;;;;     ncRNA;1091640;152;
fin;     °CDS;441536;;;;fin;     °CDS;744325;;;;fin;     °CDS;1091886;;
deb;     °CDS;469056;218;comp;;deb;     °CDS;775944;2466;comp;;deb;     °CDS;1098776;40;comp
;     &amp;tRNA;470000;15;;;16s;     $rRNA;780333;1854;comp;;;     &amp;tRNA;1099281;145;comp
;     &amp;tRNA;470091;1922;;;fin;     °CDS;783686;;comp;;fin;     °CDS;1099511;;comp
fin;     °CDS;472090;;;;deb;     °CDS;814590;349;comp;;deb;     °CDS;1102351;475;comp
;;;;;;;     &amp;tRNA;815173;68;comp;;;     &amp;tRNA;1103456;130;comp
;;;;;;fin;     °CDS;815317;;comp;;fin;     °CDS;1103661;;comp
&lt;/pre&gt;
====rtb intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;;
;;;;;;;;;;
;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb;
comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;&lt;201;9
comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19
;95;;17;;139;;40;62;taux;47%
;;;143;;167;;82;68;;
;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin;
;;;;;;;143;130;&lt;201;12
;;;35;;1364;;176;139;total;21
;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57%
;;comp’;496;;31;;278;145;;
;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total;
;;;1530;;218;;381;167;&lt;201;21
;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40
;;;26;;62;;402;222;taux;53%
;;;176;;248;;475;246;;
;;comp’;499;;222;;951;248;;
;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;;
;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;;
;;;1164;;32;;1530;1364;;
;;;181;;246;;'''-;1922;;
;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls
;;;349;;68;;218;98;'''deb;9
;;;82;comp’;183;;401;183;&lt;201;0
;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7
;;comp’;401;;145;;452;633;&lt;201;2
;;;951;comp’;1945;;496;1274;;
;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total;
;;;40;;145;;1278;1945;&lt;201;2
;;;475;;130;;1535;'''-;total;16
;;;;;;;2191;'''-;taux;13%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;9;14;23;;;;;
;;total;28;28;56;;;;;
;;taux;32%;50%;41%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===rpl===
====rpl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;30.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====rpl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89
&lt;/pre&gt;

====rpl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]]
====rpl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rpl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;;
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;;
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;;
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;;
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;;
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;;
;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;;
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;;
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
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;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
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;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
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deb;;CDS;506934;508007;183;*;
;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
deb;comp;CDS;612439;612639;143;*;
;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
deb;comp;CDS;656226;656870;296;*;
;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
fin;;CDS;777234;777863;;;
deb;;CDS;779197;780348;140;*;
;;tRNA;780489;780573;37;*;cta
fin;;CDS;780611;781075;;0;
deb;comp;CDS;786459;787982;143;*;
;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
fin;comp;CDS;856124;856357;;0;
deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
deb;;CDS;953564;954742;696;*;
;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
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deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*;
;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;
&lt;/pre&gt;

===rpm===
====rpm opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]]
&lt;pre&gt;
;20   m23s;17  m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s  7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp &lt;;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;*
comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;*
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;*
;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;*
;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;*
comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;*
;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;*
;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;*
comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;*
comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;*
comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;*
comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;*
;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
&gt;;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;*
;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;*
&gt;comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;*
;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;*
comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;*
;;;;;;;;;;;;*
;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;*
;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;*
;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;*
;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;*
;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;*
;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;*
;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;*
;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;*
comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;*
;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;684188..685141;;cds;;323;323;;;318;;cation transporter;*
comp;685465..685539;;gtg;+;25;;25;;;;;*
comp;685565..685639;;gtg;2 gtg;195;195;;;;;;*
;685835..686251;;cds;;;;;;139;;NUDIX hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;691078..691773;;cds;;4;4;;;232;;ComF family protein;*
;691778..691897;;23s°;;72;;;;118;;;*
;691970..692084;;5s;;114;114;;;113;;;*
comp;692199..694505;;cds;;;;;;769;;VWA domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
comp;751560..751674;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;751747..752005;;23s°;;597;*597;;;257;;;*
;752603..752814;;rpr;@4;388;*388;;;21;;CRISPR;*
;753203..753760;;cds;;;;;;186;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;839981..840214;;cds;;4;4;;;78;;hp;*
comp;840219..840478;;16s°;;568;*568;;;258;;;*
comp;841047..844388;;cds;;;;;;1114;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;874585..875391;;cds;;88;88;;;269;;phosphoadenylyl-sulfate reductase;*
;875480..875556;;cac;;81;81;;;;;;*
;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;*
;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;*
comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;*
comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;*
comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;*
comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;*
;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;*
comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;*
comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;*
comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;*
comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;*
;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;*
comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;*
comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;*
;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;*
comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;*
comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;*
comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;*
comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;*
;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;*
;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;*
;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;*
comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;*
comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;*
comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;*
comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;*
&lt; comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;*
;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;*
comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;*
comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;*
;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;*
;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;*
;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;*
comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;*
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;*
comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;*
;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;*
comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;*
comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;*
comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;*
comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;*
comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;*
;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;*
;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;*
comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;*
comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;*
comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;*
comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;*
comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;*
comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;*
;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;*
;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;*
;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;*
comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;*
comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;*
comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;*
comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;*
;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;*
;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;*
;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;*
;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;*
comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;*
comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;*
comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;*
;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;*
;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;*
;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;*
;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
&lt;;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;*
comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;*
comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;*
comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;*
;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;*
comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;*
comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;*
comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;*
comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;*
;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
&gt;;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;*
comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
&lt; comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
&lt;;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
&lt;comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*
&lt;/pre&gt;

====rpm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71
&lt;/pre&gt;

====rpm blocs====
====rpm blocs protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]]
&lt;pre&gt;
23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein
&lt;/pre&gt;
====rpm blocs construits====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]]
*Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
*: - '''*''' jaune, ffff00
*: - '''$''' orange, ff6600
*: - '''?''' cyan, 66ffff
*: - '''§''' vert, 99ff33
*: - '''&amp;''' bleu, 00ccff
*: - '''(''' gris, dddddd
*: - enlever le '''gras''', et &lt;u&gt;surligne&lt;/u&gt;.
&lt;pre&gt;
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&amp;3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;232;&amp;methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;;b8;;&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&amp;glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&amp;methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;&lt;u&gt;1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&amp;3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;&lt;u&gt;1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;&lt;u&gt;1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&amp;glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;
&lt;/pre&gt;
====rpm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_distribution|rpm distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca &gt;1 16s;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc
2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg
4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg
35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg
31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg
;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg
;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;;;;;;;
;;;;;;;;;;;60;;;;;;;
;;;;;;;;;;;29;;;;;;;
;;;;;;;;;;;172;;;;;;;
;;;;;;;;;;;389;;;;;;;
;;;;;;;;;;;55;;;;;;;
;;;;;;;;;;;125;;;;;;;
;;;;;;;;;;;118;;;;;;;
;;;;;;;;;;;241;;;;;;;
;;;;;;;;;;;138;;;;;;;
;;;;;;;;;;;220;;;;;;;
;;;;;;;;;;;90;;;;;;;
;;;;;;;;;;;113;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpm;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
;comp;tRNA;51436;51512;129;atc
;comp;misc_f;51642;51774;62;
;comp;misc_f;51837;51932;84;
;;misc_f;52017;52217;76;
;;misc_f;52294;52918;69;
fin;;CDS;52988;53464;;
deb;;CDS;53428;53694;87;
;comp;misc_f;53782;53921;72;
;comp;misc_f;53994;54619;90;
;;misc_f;54710;54881;129;
;;tRNA;55011;55087;289;atc
;;misc_f;55377;55746;433;
fin;;CDS;56180;56440;;
deb;comp;CDS;82891;83088;116;
;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg
fin;comp;CDS;83480;84178;;
deb;;CDS;417242;417412;142;
;;tRNA;417555;417631;24;atgj
;;tRNA;417656;417732;38;atgj
fin;comp;CDS;417771;418820;;
deb;;CDS;434306;435142;672;
;;misc_f;435815;436065;82;
;;rRNA;436148;436262;51;115
;;tRNA;436314;436390;196;atgf
fin;;CDS;436587;436883;;
deb;comp;CDS;467261;468367;193;
;;misc_f;468561;468657;82;
;;rRNA;468740;468854;51;115
;;tRNA;468906;468982;125;atgf
fin;;CDS;469108;469863;;
deb;comp;CDS;534521;536161;367;
;;tRNA;536529;536603;92;acg
fin;comp;CDS;536696;537778;;
deb;;CDS;619174;620157;82;
;;regulatory;620240;620316;45;
fin;;CDS;620362;621558;;
deb;comp;CDS;658467;658931;110;
;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc
deb;;CDS;659272;660159;106;
;;tRNA;660266;660340;648;gtc
fin;comp;CDS;660989;661800;;
deb;comp;CDS;684188;685114;350;
;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg
;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg
fin;;CDS;685835;686251;;
deb;comp;CDS;691078;691803;-14;
;;misc_f;691790;691887;82;
;;rRNA;691970;692084;114;115
fin;comp;CDS;692199;694505;;
deb;;CDS;750262;751398;161;
;comp;rRNA;751560;751674;82;115
;comp;misc_f;751757;752004;598;
;;repeat_region;752603;752814;388;
fin;;CDS;753203;753760;;
deb;comp;CDS;839402;839962;163;
;comp;misc_f;840126;840415;631;
fin;comp;CDS;841047;844388;;
deb;;CDS;874585;875391;88;
;;tRNA;875480;875556;81;cac
fin;;CDS;875638;876117;;
deb;;CDS;885688;886299;176;
;;tRNA;886476;886552;144;ccc
fin;comp;CDS;886697;887233;;
deb;;CDS;932708;934243;93;
;comp;tRNA;934337;934413;35;cgt
;comp;tRNA;934449;934525;44;cgt
;comp;tRNA;934570;934646;449;cgt
fin;;CDS;935096;936175;;
deb;comp;CDS;978995;979396;138;
;comp;tRNA;979535;979609;23;ggc
;comp;tRNA;979633;979707;45;ggc
;comp;tRNA;979753;979827;29;ggc
;comp;tRNA;979857;979931;206;ggc
fin;;CDS;980138;981679;;
deb;;CDS;997575;997898;95;
;comp;tRNA;997994;998067;54;cag
;comp;tRNA;998122;998195;168;cag
fin;;CDS;998364;999509;;
deb;comp;CDS;1016768;1017427;130;
;comp;regulatory;1017558;1017770;123;
fin;comp;CDS;1017894;1019260;;
deb;;CDS;1050081;1051028;60;
;comp;tRNA;1051089;1051163;16;acc
;comp;tRNA;1051180;1051254;18;acc
;comp;tRNA;1051273;1051347;170;acc
fin;comp;CDS;1051518;1052885;;
deb;;CDS;1197836;1199341;197;
;;tRNA;1199539;1199623;126;cta
fin;;CDS;1199750;1201090;;
deb;;CDS;1206196;1206501;93;
;;tRNA;1206595;1206670;50;gta
fin;;CDS;1206721;1207092;;
deb;comp;CDS;1349719;1350132;81;
;comp;misc_f;1350214;1350534;286;
;comp;tRNA;1350821;1350897;129;atc
;comp;misc_f;1351027;1351159;11;
;comp;misc_f;1351171;1351556;-2;
fin;comp;CDS;1351555;1351782;;
deb;;CDS;1359745;1360302;176;
;;tRNA;1360479;1360555;37;gac
;;tRNA;1360593;1360669;274;gac
fin;;CDS;1360944;1361204;;
deb;;CDS;1416615;1417769;214;
;;tRNA;1417984;1418074;154;tcc
fin;comp;CDS;1418229;1419095;;
deb;comp;CDS;1454756;1457068;311;
;;ncRNA;1457380;1457769;111;
fin;;CDS;1457881;1458696;;
deb;comp;CDS;1472421;1473403;250;
;comp;tRNA;1473654;1473740;77;ttg
fin;comp;CDS;1473818;1474678;;
deb;comp;CDS;1576267;1577118;334;
;;repeat_region;1577453;1577846;905;
fin;comp;CDS;1578752;1579339;;
deb;comp;CDS;1731863;1733557;53;
;comp;regulatory;1733611;1733729;167;
fin;comp;CDS;1733897;1734196;;
deb;comp;CDS;1735298;1736380;219;
;;misc_f;1736600;1736849;82;
;;rRNA;1736932;1737046;52;115
;;tRNA;1737099;1737175;93;atgf
fin;comp;CDS;1737269;1737694;;
deb;comp;CDS;1770487;1770918;236;
;;ncRNA;1771155;1771251;22;
fin;;CDS;1771274;1773061;;
deb;comp;CDS;1812365;1813924;963;
;;misc_f;1814888;1815202;26;
deb;comp;CDS;1815229;1815837;80;
;comp;tRNA;1815918;1815991;34;gga
;comp;tRNA;1816026;1816111;195;tac
fin;;CDS;1816307;1817143;;
deb;comp;CDS;1833109;1833603;83;
;comp;tRNA;1833687;1833762;24;aag
;comp;tRNA;1833787;1833862;198;aag
fin;comp;CDS;1834061;1835224;;
deb;comp;CDS;1942676;1942888;141;
;comp;tRNA;1943030;1943121;160;agc
fin;comp;CDS;1943282;1944133;;
deb;comp;CDS;2087696;2090938;775;
;;misc_f;2091714;2091942;35;
fin;;CDS;2091978;2092247;;
deb;comp;CDS;2113248;2114603;219;
;comp;tRNA;2114823;2114899;55;aga
deb;comp;CDS;2114955;2115251;71;
;comp;tRNA;2115323;2115399;261;cca
fin;comp;CDS;2115661;2116041;;
deb;comp;CDS;2144042;2146288;185;
;;misc_f;2146474;2147259;69;
;;rRNA;2147329;2147443;52;115
;;tRNA;2147496;2147572;645;atgf
fin;comp;CDS;2148218;2148664;;
deb;;CDS;2268003;2268461;87;
;comp;tRNA;2268549;2268625;165;ccg
;comp;tRNA;2268791;2268867;56;ccg
fin;comp;CDS;2268924;2269910;;
deb;comp;CDS;2321621;2322403;74;
;;tRNA;2322478;2322554;225;ccc
fin;;CDS;2322780;2322974;;
deb;comp;CDS;2383763;2385853;216;
;;repeat_region;2386070;2386891;67;
fin;comp;CDS;2386959;2387270;;
deb;comp;CDS;2393295;2396009;1026;
;16s°;rRNA;2397036;2398062;-3;1027
fin;;CDS;2398060;2400888;;
deb;comp;CDS;2517845;2520559;229;
;comp;rRNA;2520789;2520903;82;115
;comp;misc_f;2520986;2521235;19;
;comp;misc_f;2521255;2521355;173;
fin;comp;CDS;2521529;2522152;;
deb;comp;CDS;2596508;2596738;989;
;comp;tRNA;2597728;2597815;194;tca
fin;;CDS;2598010;2599204;;
deb;comp;CDS;2621435;2622058;106;
;comp;tRNA;2622165;2622251;205;ctc
fin;;CDS;2622457;2623107;;
deb;;CDS;2631201;2631554;192;
;;tRNA;2631747;2631822;70;gcc
;;tRNA;2631893;2631968;69;gcc
;;tRNA;2632038;2632113;57;gcc
;;tRNA;2632171;2632246;166;gcc
deb;;CDS;2632413;2632965;538;
;comp;tRNA;2633504;2633579;93;aca
deb;comp;CDS;2633673;2634200;271;
;comp;tRNA;2634472;2634561;155;tcg
fin;;CDS;2634717;2635742;;
deb;comp;CDS;2655872;2656489;182;
;comp;tRNA;2656672;2656747;141;gag
fin;comp;CDS;2656889;2657674;;
deb;;CDS;2758160;2758312;110;
;comp;tRNA;2758423;2758509;94;tta
fin;comp;CDS;2758604;2759899;;
deb;;CDS;2768823;2769530;-11;
;;misc_f;2769520;2769766;81;
;;rRNA;2769848;2769962;118;115
fin;comp;CDS;2770081;2771016;;
deb;;CDS;2792922;2794778;129;
;;tRNA;2794908;2794982;92;caa
fin;comp;CDS;2795075;2795686;;
deb;;CDS;2862755;2862982;123;
;;tRNA;2863106;2863182;117;cca
;;tRNA;2863300;2863374;373;atgi
;;tRNA;2863748;2863823;157;gca
;;tRNA;2863981;2864056;15;aca
deb;;CDS;2864072;2864317;8;
;;tRNA;2864326;2864401;250;aaa
fin;;CDS;2864652;2865125;;
deb;;CDS;2867066;2868112;76;
;comp;tRNA;2868189;2868264;99;aaa
fin;comp;CDS;2868364;2868870;;
deb;comp;CDS;2887107;2888297;134;
;comp;regulatory;2888432;2888534;423;
fin;;CDS;2888958;2890178;;
deb;;CDS;2893891;2894430;25;
;;rRNA;2894456;2894570;51;115
;;tRNA;2894622;2894698;285;atgf
fin;;CDS;2894984;2895400;;
deb;comp;CDS;3034652;3035092;250;
;comp;tRNA;3035343;3035418;8;aaa
fin;comp;CDS;3035427;3035582;;
deb;comp;CDS;3252110;3252280;201;
;;repeat_region;3252482;3252814;354;
fin;comp;CDS;3253169;3254368;;
deb;comp;CDS;3305068;3306534;379;
;comp;tRNA;3306914;3306989;29;ttc
;comp;tRNA;3307019;3307094;34;ttc
;comp;tRNA;3307129;3307204;33;ttc
;comp;tRNA;3307238;3307313;60;ttc
fin;comp;CDS;3307374;3308864;;
deb;comp;CDS;3332977;3334356;54;
;;tRNA;3334411;3334487;176;cgg
fin;comp;CDS;3334664;3335983;;
deb;;CDS;3408217;3409026;91;
;comp;rRNA;3409118;3409232;81;115
;comp;misc_f;3409314;3409410;1;
fin;;CDS;3409412;3409711;;
deb;comp;CDS;3442569;3444509;193;
;comp;regulatory;3444703;3444904;173;
fin;;CDS;3445078;3445920;;
deb;comp;CDS;3456276;3461666;387;
;;tRNA;3462054;3462130;29;agg
fin;;CDS;3462160;3462951;;
deb;comp;CDS;3484140;3484604;331;
;comp;tmRNA;3484936;3485254;73;
fin;comp;CDS;3485328;3486527;;
deb;comp;CDS;3500025;3500675;210;
;;tRNA;3500886;3500959;27;tgc
;;tRNA;3500987;3501061;31;aac
;;tRNA;3501093;3501167;84;aac
fin;comp;CDS;3501252;3501659;;
deb;;CDS;3639978;3641276;172;
;;tRNA;3641449;3641525;70;gcg
;;tRNA;3641596;3641671;33;gcg
;;tRNA;3641705;3641780;389;gcg
fin;;CDS;3642170;3644392;;
deb;;CDS;3651524;3652711;55;
;;tRNA;3652767;3652843;184;cac
fin;comp;CDS;3653028;3653543;;
deb;;CDS;3710072;3710840;126;
;comp;tRNA;3710967;3711042;214;gaa
;comp;tRNA;3711257;3711332;125;gaa
fin;comp;CDS;3711458;3711664;;
deb;comp;CDS;3801285;3802196;44;
;comp;regulatory;3802241;3802347;126;
fin;;CDS;3802474;3803130;;
deb;comp;CDS;3804728;3805231;118;
;comp;tRNA;3805350;3805425;241;gag
fin;comp;CDS;3805667;3806140;;
deb;;CDS;3813820;3815895;138;
;;tRNA;3816034;3816109;220;atgi
fin;;CDS;3816330;3818993;;
deb;comp;CDS;3827982;3828878;90;
;comp;tRNA;3828969;3829042;292;ggg
fin;;CDS;3829335;3830670;;
deb;comp;CDS;3832305;3833264;311;
;;tRNA;3833576;3833662;47;ctg
;;tRNA;3833710;3833796;153;ctg
;;tRNA;3833950;3834036;48;ctg
;;tRNA;3834085;3834171;47;ctg
;;tRNA;3834219;3834305;113;ctg
fin;;CDS;3834419;3835039;;
deb;;CDS;3873358;299;81;
&lt;/pre&gt;

====rpm remarques====
=====rpm remarques texte=====
=====rpm listes=====
=====alpha codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_codes|alpha codes]]
&lt;pre&gt;
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;5/2;acg;1;aag;3;agg;1;;atg;3/1;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

=====gamma codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]]
&lt;pre&gt;
19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74
&lt;/pre&gt;

===rru===
====rru opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s  4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*
&lt;/pre&gt;

====rru cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]]
&lt;pre&gt;
rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69
&lt;/pre&gt;

====rru blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]]
&lt;pre&gt;
rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====rru distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rru données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;
;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;
;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999;
1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;;
;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;;
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;;
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;;
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;;
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;;
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;;
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;;
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca
2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;;
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;;
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;;
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;;
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;;
;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra
1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca
;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc
2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;
;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;
1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;;
35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;;
34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;;
1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;
;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;;
;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rru autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rru;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;16232;163;comp;
;tRNA;17016;253;comp;ctg
fin;CDS;17356;;;
deb;CDS;117072;37;;
;tRNA;117325;299;comp;agg
fin;CDS;117701;;;
deb;CDS;149921;147;comp;
;tRNA;151241;136;;cgg
fin;CDS;151454;;comp;
deb;CDS;189941;841;;
16s;rRNA;192510;180;;1477
;tRNA;194189;66;;atc
;tRNA;194332;347;;gca
23s;rRNA;194755;119;;2758
5s;rRNA;197647;96;;115
;tRNA;197858;287;;atgf
deb;CDS;198222;222;comp;
;repeat_region;198678;145;;
fin;CDS;200012;;comp;
deb;CDS;211593;261;comp;
;repeat_region;213597;128;;
fin;CDS;214303;;comp;
deb;CDS;305449;257;comp;
;tRNA;306906;319;;cag
fin;CDS;307299;;comp;
deb;CDS;322896;406;comp;
;tRNA;324100;98;comp;caa
fin;CDS;324273;;comp;
deb;CDS;362552;224;;
;tRNA;363106;202;;gcc
;tRNA;363384;43;;gcc
fin;CDS;363503;;comp;
deb;CDS;407067;92;;
;tRNA;407699;141;;agc
fin;CDS;407932;;;
deb;CDS;419952;57;;
;repeat_region;420333;228;;
fin;CDS;423032;;comp;
deb;CDS;466945;115;;
;tRNA;468041;83;comp;tta
fin;CDS;468210;;comp;
deb;CDS;529650;67;;
;repeat_region;530056;180;;
fin;CDS;530734;;comp;
deb;CDS;536858;111;comp;
;regulatory;537266;38;;
fin;CDS;537511;;;
deb;CDS;559038;239;comp;
;tRNA;559697;170;;aag
fin;CDS;559943;;;
deb;CDS;571949;20;;
;regulatory;572902;194;;
fin;CDS;573329;;;
deb;CDS;794877;217;comp;
;tRNA;795406;86;;tcc
fin;CDS;795583;;;
deb;CDS;908584;1193;comp;
16s;rRNA;911379;178;;1477
;tRNA;913057;66;;atc
;tRNA;913200;346;;gca
23s;rRNA;913622;118;;2758
5s;rRNA;916513;95;;115
;tRNA;916723;738;;atgf
fin;CDS;917538;;;
deb;CDS;988887;204;;
;repeat_region;989382;533;;
fin;CDS;992381;;comp;
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;ncRNA;1145438;15;comp;
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;tRNA;1160163;117;;gag
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;regulatory;1340533;238;;
fin;CDS;1340988;;;
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;repeat_region;1363865;208;;
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;tRNA;1792276;131;comp;gaa
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;tRNA;1825837;150;;cta
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;tRNA;1833693;70;;gta
fin;CDS;1833839;;comp;
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;tRNA;1934224;63;;cca
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;tRNA;1934676;396;;aga
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deb;CDS;1959133;175;;
;tRNA;1960034;215;;ccc
fin;CDS;1960326;;;
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;tRNA;1998244;261;;tca
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;regulatory;2009119;129;;
fin;CDS;2009470;;;
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;tRNA;2032987;186;comp;aaa
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deb;CDS;2093327;295;comp;
;tRNA;2094273;81;;tgc
;tRNA;2094428;150;;aac
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deb;CDS;2304404;89;comp;
;tRNA;2305924;178;comp;ctc
fin;CDS;2306189;;;
deb;CDS;2318681;138;comp;
;regulatory;2319857;73;;
fin;CDS;2320063;;;
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;tRNA;2331595;126;;atgj
fin;CDS;2331798;;comp;
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;tRNA;2412007;75;comp;cac
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;regulatory;2551172;147;;
fin;CDS;2551477;;;
deb;CDS;2559473;36;;
;tmRNA;2560658;131;;
fin;CDS;2561126;;;
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;repeat_region;2668113;204;;
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;repeat_region;2715965;262;;
fin;CDS;2716563;;;
deb;CDS;2729598;449;;
;tRNA;2731721;95;comp;atgf
5s;rRNA;2731893;119;comp;115
23s;rRNA;2732127;347;comp;2758
;tRNA;2735247;66;comp;gca
;tRNA;2735389;180;comp;atc
16s;rRNA;2735646;972;comp;1477
fin;CDS;2738117;;comp;
deb;CDS;2959802;354;comp;
;tRNA;2962229;171;comp;gtc
fin;CDS;2962475;;;
deb;CDS;3124836;151;comp;
;tRNA;3125185;343;comp;tgg
deb;CDS;3125604;93;comp;
;tRNA;3126888;27;comp;gga
;tRNA;3126989;166;comp;tac
deb;CDS;3127241;57;;
;tRNA;3128216;127;;aca
fin;CDS;3128419;;;
deb;CDS;3193350;430;comp;
;tRNA;3194938;103;comp;ttc
fin;CDS;3195117;;comp;
deb;CDS;3320745;90;;
;tRNA;3322206;60;comp;atgi
fin;CDS;3322342;;comp;
deb;CDS;3377932;140;comp;
;tRNA;3378255;165;;acc
;tRNA;3378495;237;;acc
deb;CDS;3378807;234;;
;tRNA;3379605;77;;gac
fin;CDS;3379759;;comp;
deb;CDS;3399207;262;comp;
;tRNA;3399757;56;comp;ccg
fin;CDS;3399890;;comp;
deb;CDS;3490378;84;;
;tRNA;3491233;407;;gtg
fin;CDS;3491715;;;
deb;CDS;3514107;56;comp;
;regulatory;3515291;4;comp;
;regulatory;3515401;88;comp;
fin;CDS;3515601;;comp;
deb;CDS;3523910;371;;
;repeat_region;3524497;79;;
fin;CDS;3525452;;comp;
deb;CDS;3705744;56;comp;
;regulatory;3707042;399;comp;
fin;CDS;3707518;;;
deb;CDS;3719367;163;comp;
;tRNA;3719917;95;comp;ggg
fin;CDS;3720086;;comp;
deb;CDS;3805869;130;;
5s;rRNA;3806944;116;comp;115
23s;rRNA;3807175;347;comp;2758
;tRNA;3810295;66;comp;gca
;tRNA;3810437;180;comp;atc
16s;rRNA;3810694;999;comp;1477
fin;CDS;3813192;;;
deb;CDS;3824154;103;comp;
;tRNA;3825931;387;comp;cgt
fin;CDS;3826395;;;
deb;CDS;3996560;58;comp;
;ncRNA;3998598;106;comp;
fin;CDS;3998802;;comp;
deb;CDS;4021982;27;;
;tRNA;4023191;224;comp;ttg
fin;CDS;4023502;;;
deb;CDS;4058818;187;comp;
;tRNA;4059305;179;;gcg
fin;CDS;4059560;;comp;
deb;CDS;4105626;721;comp;
;tRNA;4108039;148;comp;acg
fin;CDS;4108262;;;
deb;CDS;4261100;269;comp;
;tRNA;4262308;118;;ggc
fin;CDS;4262501;;;
&lt;/pre&gt;

====rru intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;;
rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1
;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0
;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5
;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6
;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1
;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4
;'''total 3786;&lt;201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1
3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2
844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1
3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1
3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0
3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0
1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3
3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0
566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1
1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2
3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3
2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3
93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0
409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1
400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0
1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0
3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0
3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0
550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0
2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1
1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1
1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3
2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0
3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0
2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0
3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1
1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1
742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0
3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1
139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0
880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0
1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0
2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1
90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0
961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0
1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0
2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0
2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0
55947;637;36;10;300;29;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;31;1060;0
1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0
2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0
3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0
3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0
;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0
;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0
;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0
;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0
;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0
2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0
651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0
2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0
1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0
2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1
3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786
4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;;
664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;;
3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;;
3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;;
1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;;
3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;;
1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;;
465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;;
2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;;
780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;;
2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;;
3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;;
210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;;
1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;;
622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;;
2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;;
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]]
*Légende: 
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;&gt;0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;&lt;0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;&gt;0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;&lt;0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
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 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;;
comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609
&lt;/pre&gt;

====rru autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;;
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&lt;/pre&gt;
====rru intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb;
;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;&lt;201;15
;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24
;81;;;;287;;73;75;taux;63%
;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;;
;27;;406;;98;;85;86;'''fin;
;165;;224;comp’;43;;89;95;&lt;201;18
;66;;92;;141;;92;98;total;25
;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72%
;;comp’;239;;170;;98;117;;
;;comp’;217;;86;;103;118;'''total;
;;;;;738;;151;127;&lt;201;33
;;;71;;117;;163;131;total;49
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;;comp’;116;;131;;175;150;;
;;;98;;150;;202;150;;
;;;284;comp’;70;;224;170;;
;;;85;;63;;234;186;;
;;;12;;396;;262;215;;
;;;175;;215;;284;237;;
;;comp’;164;comp’;261;;354;287;;
;;comp’;123;;186;;406;343;;
;;comp’;295;;150;;430;396;;
;;;89;comp’;178;;721;407;;
;;;73;comp’;126;;'''-;738;'''comp’;'''cumuls
;;;202;;75;;27;43;;
;;comp’;449;;;;37;70;'''deb;
;;;354;comp’;171;;90;77;&lt;201;10
;;;151;;343;;115;126;total;17
;;;93;comp’;166;;116;136;taux;59%
;;;57;;127;;123;139;;
;;;430;;103;;140;148;'''fin;
;;comp’;90;;60;;147;166;&lt;201;11
;;comp’;140;;237;;164;171;total;17
;;;234;comp’;77;;187;178;taux;65%
;;;262;;56;;217;179;;
;;;84;;407;;239;224;'''total;
;;;163;;95;;257;253;&lt;201;21
;;;103;comp’;387;;269;261;total;34
;;comp’;27;comp’;224;;283;299;taux;62%
;;comp’;187;comp’;179;;295;319;;
;;;721;comp’;148;;449;387;;
;;comp’;269;;118;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;25;29;54;;;;;
;;total;41;42;83;;;;;
;;taux;61%;69%;65%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===oan===
====oan opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s  4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;*
;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;*
comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;*
comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;*
comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;*
;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;*
;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;*
comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;*
comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;*
;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;*
comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;*
comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;*
comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;*
comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;*
comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;*
;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;*
;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;*
;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;*
;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;*
;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;*
comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;*
;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;*
;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;*
;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;*
;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;*
;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;*
comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;*
comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;*
;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;*
comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;*
comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;*
comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;*
comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;*
;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
&lt;comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
&gt;comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
&lt;;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
&lt;/pre&gt;

====oan cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]]
&lt;pre&gt;
oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81
&lt;/pre&gt;

====oan blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]]
&lt;pre&gt;
oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
&lt;/pre&gt;
*Détails
&lt;pre&gt;
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;
&lt;/pre&gt;

====oan distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====oan1 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;;
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;;
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;;
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;;
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;;
1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;;
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;;
26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;;
20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;
;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan1 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;85;261;;
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj   f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj   f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj  j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj  j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj   f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;
deb;;CDS;2886536;2887183;84;
&lt;/pre&gt;

====oan2 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;;
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;;
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;;
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;;
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;;
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan2 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
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fin;;CDS;1069687;1069905;;;
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;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
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;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
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;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
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;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
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;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
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;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
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;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;
&lt;/pre&gt;

===abq===
====abq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s  9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
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;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
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;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
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comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
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;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
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comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
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comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
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comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
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;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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plasmide2;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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plasmide4;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;*
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comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;*
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;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
&gt;comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
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comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;*
;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;*
;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
&lt;comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
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comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;*
;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====abq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]]
&lt;pre&gt;
abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71
&lt;/pre&gt;

====abq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]]
&lt;pre&gt;
abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL &amp; GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 &gt;1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;;
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;;
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;;
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;
&lt;/pre&gt;

====abqp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;;
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;;
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;;
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;;
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;;
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;;
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;;
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;;
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;;
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;;
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;;
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;;
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;;
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abqp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;
&lt;/pre&gt;

===abs===
====abs opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s  5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
&lt;comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
&gt;;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
&lt;/pre&gt;

====abs cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]]
&lt;pre&gt;
abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72
&lt;/pre&gt;

====abs blocs====
=====abs blocs abrégé=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]]
&lt;pre&gt;
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL &amp; GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic  P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
&lt;/pre&gt;

=====abs blocs tableau=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]]
&lt;pre&gt;
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds &lt; 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
&lt;/pre&gt;

=====abs abq blocs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_abq_blocs|abs abq blocs]]
*Note: attention pour les couleurs de &amp; (EAL &amp; GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;*    CHA1;;*  comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;*    CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;*  hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;*  modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;*  déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;*   ;;*   d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;*   recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;*  insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;*  bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;*  comp;;*  réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;*  recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;*
comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;93530..94258;cds;60;243;SDR fam;*  CHA;;;;;2781933..2783774;cds;187;614;EAL &amp; GGDEF;*    CHA
comp;94319..94395;agg;175;;;*;;;;comp;2783962..2784077;$5s;129;§116;;*
;94571..96262;cds;;564;@hp;*  hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
comp;131833..132117;cds;206;95;YggT fam;*;;;;comp;2787321..2787397;atc;108;;;*
;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
comp;132540..133586;cds;;349;@DMT fam;*  modif;;;;comp;2789503..2790207;cds;;235;PAP2 fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;cds;170;167;xanthine;*;;;;;2843264..2843443;cds;77;60;hp;*
;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*    
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&amp;23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
;540147..540262;$5s;153;§116;;*;;;;;;;;;;*
comp;540416..542290;cds;;625;GGDEF dom;*;;;;comp;163237..164982;cds;175;582;@Hase HypA;*
;;;;;;;;;;;165158..165234;agg;59;;;*
;;;;;;;;;;;165294..166022;cds;;243;SDR fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;600048..601079;cds;79;344;@Tyr rec/int;*    comp;;;;comp;188235..189860;cds;42;542;@glycosyl;*    CHB
comp;601159..601233;acg;81;;;*;;;;comp;189903..189977;acg;81;;;*
comp;601315..603243;cds;;643;helicas RecQ;*;;;;comp;190059..191987;cds;;643;helicas RecQ;*
;;;;;;*  CHB;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;cds;169;93;hp;*;;;;comp;250833..251111;cds;169;93;hp;*
comp;656690..656765;gcc;141;;;*;;;;comp;251281..251356;gcc;141;;;*
comp;656907..657305;cds;;133;TIGR02300;*;;;;comp;251498..251893;cds;;132;TIGR02300;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;cds;209;106;50s L21;*;;;;comp;458142..458459;cds;209;106;50s L21;*
;864668..864757;tcg;79;;;*;;;;;458669..458758;tcg;63;;;*
comp;864837..865679;cds;;281;ab hydrolase;*;;;;comp;458822..459664;cds;;281;ab hydrolase f;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;2233677..2234435;cds;92;253;@hp;*    recomb;;;;comp;496776..497171;cds;162;132;cupin dom;*    CHC
comp;2234528..2234603;?gag;38;;;*;;;;comp;497334..497420;ttg;137;;;*
comp;2234642..2234717;?gag;68;;;*;;;;;497558..498085;cds;;176;disulfide;*
comp;2234786..2235836;cds;;350;@p-low Thr;*  modif;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;comp;615937..616350;cds;121;138;hp;*
comp;2293087..2293593;cds;211;169;hp;*  CHC;;;;comp;616472..616548;?ccg;206;;;*
;2293805..2293881;cgt;137;;;*;;;;comp;616755..616831;?ccg;109;;;*
;2294019..2294495;cds;5;159;GNAT fam;*;;;;comp;616941..617957;cds;;339;farnesyl;*
comp;2294501..2294576;atgi;145;;;*;;;;;;;;;;*
comp;2294722..2296683;cds;;654;sigma RpoD;*;;;;comp;748703..749161;cds;38;153;@hp;*
;;;;;;*;;;;comp;749200..749275;aca;91;;;*
;2372946..2373401;cds;86;152;MaoC fam;*;;;;comp;749367..750221;cds;144;285;23s RlmB;*
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;2374023..2375549;cds;;509;methyl trans;*;;;;;750667..751857;cds;153;397;elonga Tu;*
;;;;;;*;;;;;752011..752086;tgg;69;;;*
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comp;2418470..2418545;tgg;152;;;*;;;;;;;;;;*
comp;2418698..2419888;cds;81;397;elonga Tu;*;;;;comp;794457..795983;cds;296;509;methyl trans;*
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comp;2420104..2420189;tac;144;;;*;;;;;796432..796507;?aag;109;;;*
;2420334..2421188;cds;91;285;23s RlmB;*;;;;comp;796617..797057;cds;;147;MaoC fam;*
;2421280..2421355;aca;137;;;*;;;;;;;;;;*
;2421493..2423187;cds;;565;@ss integrase;*    recombi;;;;;870412..872373;cds;159;654;sigma RpoD;*
;;;;;;*;;;;;872533..872608;atgi;5;;;*
;2561207..2562223;cds;109;339;farnesyl;*;;;;comp;872614..873093;cds;134;160;GNAT fam;*
;2562333..2562409;?ccg;205;;;*;;;;comp;873228..873304;cgt;212;;;*
;2562615..2562691;?ccg;136;;;*;;;;;873517..874023;cds;;169;hp;*
;2562828..2563241;cds;;138;hp;*;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;;931962..933011;cds;68;350;@low Thr;*
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;2681320..2681715;cds;;132;cupin dom;*;;;;comp;933342..934340;cds;;333;@SLT dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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comp;1878959..1879074;$5s;123;§116;;*;;;;comp;1427970..1428085;$5s;129;§116;;*
comp;1879198..1881950;$23s;272;§2753;;*;;;;comp;1428215..1430967;$23s;266;§2753;;*
comp;1882223..1882298;gca;32;;;*;;;;comp;1431234..1431309;gca;30;;;*
comp;1882331..1882407;atc;110;;;*;;;;comp;1431340..1431416;atc;108;;;*
comp;1882518..1883224;&amp;16s°;100;§707;;*;;;;comp;1431525..1433015;$16s;779;§1491;;*
&lt;comp;1883325..1883763;cds;;146;@p-erythrose;*  comp;;;;;1433795..1437778;cds;;1328;@non ribosom;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;2163405..2167388;cds;775;1328;@non ribosom;*  déplacé;;;;;;;;;;
;2168164..2168552;&amp;16s°;100;§389;;*;;;;;;;;;;
comp;2168653..2169323;&amp;16s°;522;§671;;*     d’où?;;;;;;;;;;
comp;2169846..2170325;cds;;160;DUF2141;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;927651..927896;cds;392;82;hp;*    CHF;;;;comp;1576457..1577296;cds;243;280;ak reductase;*    CHF
;928289..928371;tta;175;;;*;;;;comp;1577540..1577615;gaa;123;;;*
;928547..929164;cds;;206;@hp;*   recombi;;;;comp;1577739..1579538;cds;;600;ss-DNA;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;cds;234;293;N-formyl Glu;*;;;;comp;1723089..1723457;cds;344;123;NADH-quinone;*
;1149458..1149532;gtc;106;;;*;;;;comp;1723802..1723878;gac;164;;;*
comp;1149639..1151516;cds;;626;@chemotaxis p;*    modif;;;;comp;1724043..1724117;gta;106;;;*
;;;;;;*;;;;comp;1724224..1724496;cds;;91;HU bind;*
;1243974..1245108;cds;131;378;tRNA MnmA;*;;;;;;;;;;*
;1245240..1245314;atgj;354;;;*;;;;comp;1730385..1731719;cds;91;445;trigger factor;*
comp;1245669..1246637;cds;;323;@NAD diP;*   recombi;;;;comp;1731811..1731895;cta;173;;;*
;;;;;;*;;;;comp;1732069..1733634;cds;106;522;malonyl CoA;*
;1279875..1280237;cds;74;121;hp;*;;;;comp;1733741..1735207;cds;129;489;bif NAD;*
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;;;;;;*;;;;;1735935..1736273;cds;;113;P-II nitrogen;*
comp;1500772..1501110;cds;338;113;P-II nitrogen;*;;;;;;;;;;*
;1501449..1501524;?cac;109;;;*;;;;;1951126..1951752;cds;149;209;nitrogen NifQ;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;comp;1354091..1355591;$16s;676;§1501;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;comp;404350..405850;$16s;502;§1501;;*
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;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
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&gt;;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;*   recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
&gt;comp;131140..131621;cds;193;161;p-erythrose;*   ;;;;;512654..513568;cds;;305;@lytic dom;*
;131815..131891;atgf;202;;@ ;*  d’où?;;;;;;;;;;*
comp;132094..132276;cds;;61;hp;*;;;;comp;588108..590768;cds;340;887;bif CoA;*
;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*
&lt;/pre&gt;
====abs distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_distribution|abs distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 &gt;1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abs données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;;
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;;
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;;
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abs autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;
&lt;/pre&gt;

====absp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;;
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;;
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;;
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;;
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;;
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;;
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;;
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====absp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;
&lt;/pre&gt;

===agr===
====agr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]]
&lt;pre&gt;
59.3%GC;29.12.19 Paris;16s  5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
&lt;;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
&gt;;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
&gt;;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====agr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]]
&lt;pre&gt;
agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71
&lt;/pre&gt;

====agr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]]
&lt;pre&gt;
agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====agr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====agrc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;;
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;;
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;;
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;;
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;
&lt;/pre&gt;

====agrl données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;;
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;;
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;;
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;;
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;;
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;;
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;;
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;;
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;
;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrl autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;
&lt;/pre&gt;

===aua===
====aua opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]]
&lt;pre&gt;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
&gt;;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp &lt;;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;
&lt;/pre&gt;

====aua cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]]
&lt;pre&gt;
aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69
&lt;/pre&gt;

====aua blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]]
&lt;pre&gt;
CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein
&lt;/pre&gt;
====aua distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13
&lt;/pre&gt;
====aua données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;;
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;;
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;;
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;;
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====aua autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;aua;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;
&lt;/pre&gt;

===alpha synthèse===
====alpha distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
alpha8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]]
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
&lt;/pre&gt;

====alpha par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38
&lt;/pre&gt;
====alpha, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est  19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959
&lt;/pre&gt;

===cvi===
====cvi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s  8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====cvi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;8;1;0;-
;16 23 5s 0;0;20;16;2
;16 atc gca;8;40;20;
;16 23 5s a;0;60;6;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;6
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;16;140;0;
sans ;opérons;37;160;0;
;1 aa;22;180;0;
;max a;12;200;0;
;a doubles;12;;1;
;total aas;82;;45;8
total aas;;98;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;;
;;;variance;;
sans jaune;;;moyenne;26;86
;;;variance;18;0
&lt;/pre&gt;

====cvi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]]
&lt;pre&gt;
cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]]
&lt;pre&gt;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc
0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc
1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac
1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta
2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta
0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta
0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg
0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg
1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa
0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;;
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;;
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;;
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;;
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;;
0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;;
3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;;
25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;;
22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;;
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;;
;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;;
;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;;
;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;;
;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;;
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cvi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cvi;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;242272;116;comp;
;regulatory;243048;76;;
fin;CDS;243272;;;
deb;CDS;419401;506;comp;
;rRNA;421224;182;;16s
;tRNA;422942;86;;atc
;tRNA;423105;253;;gca
;rRNA;423434;127;;23s
;rRNA;426450;137;;5s
fin;CDS;426702;;comp;
deb;CDS;500524;447;;
;rRNA;502189;82;;16s
;tRNA;503807;12;;atc
;tRNA;503896;254;;gca
;rRNA;504226;124;;23s
;rRNA;507239;280;;5s
fin;CDS;507634;;;
deb;CDS;521304;119;comp;
;regulatory;522458;124;;
fin;CDS;522848;;;
deb;CDS;526333;31;;
;ncRNA;526676;12;;
fin;CDS;526872;;;
deb;CDS;578634;106;comp;
;ncRNA;581905;130;;
fin;CDS;582495;;;
deb;CDS;680663;177;comp;
;tRNA;682034;58;comp;ttg
fin;CDS;682177;;comp;
deb;CDS;758940;152;comp;
;tRNA;759824;57;;tac
fin;CDS;759966;;comp;
deb;CDS;877002;858;comp;
;tRNA;878775;19;comp;agg
fin;CDS;878869;;comp;
deb;CDS;952811;49;;
;tRNA;955155;329;;gcg
fin;CDS;955560;;;
deb;CDS;975236;19;;
;tRNA;975612;91;;ctc
fin;CDS;975788;;;
deb;CDS;996781;89;comp;
;regulatory;998457;72;;
fin;CDS;998621;;;
deb;CDS;1006022;155;;
;tRNA;1006822;6;;ttc
;tRNA;1006904;51;;ttc
fin;CDS;1007031;;;
deb;CDS;1057229;62;;
;tRNA;1058518;6;;agc
;tRNA;1058618;3;;cgt
;tRNA;1058698;110;;gaa
deb;CDS;1058883;173;comp;
;tRNA;1061741;3;comp;gaa
;tRNA;1061819;7;comp;cgt
;tRNA;1061903;5;comp;gaa
;tRNA;1061983;46;comp;cgt
fin;CDS;1062106;;;
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;rRNA;1154027;182;;16s
;tRNA;1155745;86;;atc
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;rRNA;1159251;189;;5s
fin;CDS;1159555;;;
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fin;CDS;3377082;;comp;
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;regulatory;3448389;124;comp;
fin;CDS;3448608;;;
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;tRNA;3473857;163;;gac
fin;CDS;3474097;;;
deb;CDS;3621600;170;;
;tRNA;3622292;55;;ggg
fin;CDS;3622421;;;
deb;CDS;3727029;40;comp;
;regulatory;3728158;14;comp;
;regulatory;3728271;172;comp;
fin;CDS;3728534;;comp;
deb;CDS;3818863;213;comp;
;rRNA;3820120;124;comp;5s
;rRNA;3820359;253;comp;23s
;tRNA;3823501;86;comp;gca
;tRNA;3823663;182;comp;atc
;rRNA;3823922;437;comp;16s
deb;CDS;3825895;73;comp;
;tRNA;3828836;51;;ctg
;tRNA;3828974;33;;ctg
;tRNA;3829094;57;;ctg
;tRNA;3829238;651;;ctg
fin;CDS;3829976;;comp;
deb;CDS;3854191;770;comp;
;tRNA;3855180;61;comp;acg
;tRNA;3855317;78;comp;ccg
;tRNA;3855472;97;comp;ccg
fin;CDS;3855646;;;
deb;CDS;4058859;201;comp;
;tRNA;4059834;92;comp;atgi
fin;CDS;4060005;;comp;
deb;CDS;4244169;101;;
;rRNA;4244591;124;comp;5s
;rRNA;4244830;253;comp;23s
;tRNA;4247972;86;comp;gca
;tRNA;4248134;182;comp;atc
;rRNA;4248393;450;comp;16s
fin;CDS;4250379;;;
deb;CDS;4324029;747;comp;
;tRNA;4325718;151;comp;atgf
fin;CDS;4325946;;comp;
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;tRNA;4389268;6;comp;caa
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deb;CDS;4401196;137;comp;
;tRNA;4402077;265;;cgg
fin;CDS;4402419;;comp;
deb;CDS;4433423;206;;
;rRNA;4434130;124;comp;5s
;rRNA;4434369;253;comp;23s
;tRNA;4437511;86;comp;gca
;tRNA;4437673;182;comp;atc
;rRNA;4437932;391;comp;16s
fin;CDS;4439859;;;
deb;CDS;4472951;87;;
;tRNA;4474196;35;;atgj
;tRNA;4474308;125;;atgj
fin;CDS;4474510;;;
deb;CDS;4529035;86;comp;
;tRNA;4529616;179;comp;acc
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;tRNA;4532053;10;comp;tgg
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;tRNA;4533469;52;comp;gga
;tRNA;4533595;139;comp;tac
fin;CDS;4533819;;comp;
deb;CDS;4549877;87;comp;
;regulatory;4551002;131;;
fin;CDS;4551282;;;
deb;CDS;4586188;194;comp;
;tRNA;4586712;38;comp;aaa
;tRNA;4586826;35;comp;aag
;tRNA;4586937;28;comp;aaa
;tRNA;4587041;37;comp;aag
;tRNA;4587154;130;comp;aaa
fin;CDS;4587360;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cvi intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;;
cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2
;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1
;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2
;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1
;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1
;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4
;'''total 4282;&lt;201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul,t %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;66;680;2
1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3
2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5
667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2
448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1
357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5
707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2
139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1
1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2
2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1
669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1
2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1
1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4
3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1
2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2
2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0
869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1
2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0
664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1
2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1
561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0
1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1
27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1
3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2
914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0
344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0
1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0
1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0
3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0
34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1
136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0
2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1
1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0
3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1
2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0
;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0
;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0
;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0
;;36;12;300;22;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;19;1060;0
;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1
;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0
;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0
;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1
;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0
;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0
;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0
;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0
;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1
'''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0
4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1
1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0
1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1
4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0
3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4
3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282
3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;;
4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;;
2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;;
1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;;
3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;;
834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;;
2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;;
2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;;
4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;;
283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;;
226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;;
387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;;
1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;;
4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;;
3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;;
4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;;
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&amp;-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&amp;204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;&gt;0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;&lt;0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;&gt;0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;&lt;0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
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370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
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390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6
continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69
;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687
&lt;/pre&gt;

====cvi autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====cvi intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;177;;58;;19;6;deb;
;;comp’;152;comp’;57;;25;10;&lt;201;22
;;;858;;19;;30;15;total;27
;;;49;;329;;40;19;taux;81%
;;;19;;91;;49;46;;
;6;;155;;51;;59;48;fin;
;6  3;;62;comp’;110;;62;51;&lt;201;20
;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25
;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80%
;;;435;comp’;180;;86;91;;
;;;191;;324;;87;92;total;
;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;&lt;201;42
;;comp’;707;;183;;93;125;total;52
;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81%
;;;30;;204;;101;139;;
;32 31;;98;comp’;211;;130;151;;
;53;;59;;360;;155;163;;
;;;25;;15;;170;179;;
;;;93;comp’;66;;173;182;;
;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;;
;;;130;;46;;191;204;;
;7;;71;;48;;194;324;;
;;comp’;182;comp’;70;;201;329;;
;;comp’;49;;411;;230;360;;
;;comp’;205;comp’;151;;435;411;;
;8  11;comp’;303;comp’;106;;747;;;
;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls
;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb;
;;;170;;55;;73;57;&lt;201;7
;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12
;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58%
;;;201;;92;;152;97;;
;;;747;;151;;182;106;fin;
;;;89;;6;;190;110;&lt;201;9
;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14
;35;;87;;125;;212;180;taux;64%
;;;86;;179;;303;211;;
;;;64;;10;;707;225;total;
;24 52;;40;;139;;770;265;&lt;201;16
;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26
;;;;;;;-;651;taux;62%
;;;;;;;;;;
continu + comp’;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;29;58;;;;;;;
total;39;39;78;;;;;;;
taux;74%;74%;74%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;
&lt;/pre&gt;

====beta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est  52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281
&lt;/pre&gt;

====cvi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]]
*code génétique cvi
&lt;pre&gt;
cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;

===ade===
====ade opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s  2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;
&lt;/pre&gt;

====ade cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;2;1;0;
;16 23 5s 0;0;20;2;
;16 atc gca;2;40;2;2
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;4;140;2;
sans ;opérons;33;160;0;
;1 aa;27;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;0;;2;
;total aas;45;;12;2
total aas;;49;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;93;
;;;variance;90;
sans jaune;;;moyenne;39;22
;;;variance;24;0
&lt;/pre&gt;

====ade blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]]
&lt;pre&gt;
ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558
&lt;/pre&gt;
====ade distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]]
&lt;pre&gt;
delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;
;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;
;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;
;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;;
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;;
;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;;
;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75;
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;;
;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc
;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;;
1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca
2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra
1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;;
;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac
;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag
;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga
1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac
;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga
;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga
;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca
;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc
;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg
;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca
;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc
;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt
;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;
;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;
;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;
;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;
;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;
;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;
;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;
;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;
1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;;
21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;;
20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;;
0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;;
;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;
;;;;;;4569;;total;102;713;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ade autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ade;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7060;91;;
;tRNA;8147;44;;caa
fin;CDS;8265;;;
deb;CDS;20441;158;;
;tRNA;21040;220;;ttc
fin;CDS;21333;;comp;
deb;CDS;432722;119;comp;
;tRNA;433303;79;comp;ggg
fin;CDS;433458;;comp;
deb;CDS;664814;456;comp;
;tRNA;666509;6;comp;gac
;tRNA;666592;157;comp;gta
fin;CDS;666824;;;
deb;CDS;691951;157;comp;
;tRNA;693146;333;comp;ctg
fin;CDS;693563;;;
deb;CDS;849021;53;;
;tRNA;851483;36;;atgi
fin;CDS;851592;;;
deb;CDS;883315;64;;
;repeat_region;883709;98;;
fin;CDS;886703;;comp;
deb;CDS;887392;77;comp;
;repeat_region;888746;95;;
fin;CDS;892587;;;
deb;CDS;1055941;68;;
;tRNA;1057311;105;comp;gcg
fin;CDS;1057492;;;
deb;CDS;1305647;350;comp;
;tRNA;1306222;105;comp;ccc
fin;CDS;1306401;;comp;
deb;CDS;1311419;33;comp;
;ncRNA;1312049;302;comp;
fin;CDS;1312542;;;
deb;CDS;1441648;14;;
;tRNA;1442379;111;;tgc
fin;CDS;1442562;;;
deb;CDS;1492304;691;;
16s;rRNA;1495545;187;;
;tRNA;1497290;22;;atc
;tRNA;1497390;194;;gca
23s;rRNA;1497660;152;;
5s;rRNA;1500801;75;;
fin;CDS;1500993;;comp;
deb;CDS;1508769;3;;
;tRNA;1509186;60;;cag
;tRNA;1509320;130;;gag
fin;CDS;1509525;;comp;
deb;CDS;1690794;9;;
;tRNA;1691085;96;;gcc
fin;CDS;1691254;;comp;
deb;CDS;1818424;110;;
;tRNA;1819377;53;;atgf
fin;CDS;1819507;;;
deb;CDS;1968293;141;;
;regulatory;1969289;108;;
fin;CDS;1969480;;;
deb;CDS;2235017;38;;
;tRNA;2235670;77;;gtc
fin;CDS;2235819;;;
deb;CDS;2313926;38;;
;tRNA;2314981;92;comp;tga
fin;CDS;2315172;;comp;
deb;CDS;2335260;406;comp;
;tRNA;2337031;222;comp;atgj
fin;CDS;2337327;;;
deb;CDS;2375620;53;;
;tRNA;2376009;437;;gtg
fin;CDS;2376518;;;
deb;CDS;2429105;190;;
;tRNA;2429718;111;comp;acg
fin;CDS;2429902;;;
deb;CDS;2623487;62;comp;
;tRNA;2623942;15;comp;tgg
fin;CDS;2624033;;comp;
deb;CDS;2624207;65;comp;
;tRNA;2625463;22;comp;acc
;tRNA;2625558;63;comp;gga
;tRNA;2625697;46;comp;tac
;tRNA;2625826;105;comp;aca
fin;CDS;2626004;;comp;
deb;CDS;2652965;124;comp;
;tRNA;2653452;100;;ttg
fin;CDS;2653636;;;
deb;CDS;2680375;91;;
;tRNA;2680790;110;;ctc
fin;CDS;2680982;;comp;
deb;CDS;2747439;94;;
;tRNA;2747806;106;comp;agg
fin;CDS;2747986;;comp;
deb;CDS;3027884;161;comp;
;tRNA;3029047;184;;aac
fin;CDS;3029307;;;
deb;CDS;3075187;167;comp;
5s;rRNA;3076236;152;comp;
23s;rRNA;3076505;194;comp;
;tRNA;3079688;22;comp;gca
;tRNA;3079786;187;comp;atc
16s;rRNA;3080051;590;comp;
fin;CDS;3082199;;comp;
deb;CDS;3143759;230;comp;
;tRNA;3144286;306;comp;aaa
fin;CDS;3144664;;comp;
deb;CDS;3155946;78;;
;tRNA;3156732;694;;gaa
fin;CDS;3157499;;;
deb;CDS;3253083;193;comp;
;tRNA;3253990;130;;cgg
fin;CDS;3254194;;;
deb;CDS;3372825;107;;
;tmRNA;3373094;219;;
fin;CDS;3373664;;;
deb;CDS;3793550;226;;
;tRNA;3793996;386;comp;ccg
fin;CDS;3794456;;comp;
deb;CDS;3805030;111;;
;tRNA;3806164;127;;tta
fin;CDS;3806377;;comp;
deb;CDS;3914337;81;comp;
;tRNA;3915708;63;comp;cta
fin;CDS;3915853;;;
deb;CDS;3919322;179;comp;
;tRNA;3920245;248;comp;aag
;tRNA;3920566;142;comp;aga
;tRNA;3920782;18;comp;cac
;tRNA;3920873;134;comp;cga
;tRNA;3921081;76;comp;cca
fin;CDS;3921231;;comp;
deb;CDS;4031625;149;;
;regulatory;4032113;67;;
fin;CDS;4032337;;;
deb;CDS;4120462;34;;
;tRNA;4121675;246;comp;ggc
fin;CDS;4121996;;;
deb;CDS;4164508;430;;
;ncRNA;4166687;43;comp;
fin;CDS;4167140;;comp;
deb;CDS;4193348;55;comp;
;ncRNA;4195209;68;comp;
;tRNA;4195371;278;comp;tcc
;tRNA;4195739;50;comp;tcg
fin;CDS;4195880;;comp;
deb;CDS;4454313;715;comp;
;tRNA;4456675;27;;tca
;tRNA;4456792;73;;agc
;tRNA;4456957;492;;cgt
fin;CDS;4457526;;;
&lt;/pre&gt;

====ade intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]]
*'''Intercalaires entre cds, Tableau'''
&lt;pre&gt;
ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;;
ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5
;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3
;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2
;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0
;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3
;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1
;'''total 4464;&lt;201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;89;680;1
4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1
3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1
4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1
3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2
3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1
2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2
4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2
1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0
427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0
540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0
1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1
1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1
4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1
4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1
104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1
4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1
1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1
2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1
2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0
3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0
494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0
3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1
4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0
1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1
3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0
4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0
3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0
3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0
2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1
1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0
4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1
3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0
1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0
4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1
4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0
;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0
;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0
;;36;13;300;20;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;22;1060;0
;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0
;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2
;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0
;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0
;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0
;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1
;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0
adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0
3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0
4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1
1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0
4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0
4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0
3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0
3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3
2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464
3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;;
1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;;
4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;;
1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;;
526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;;
1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;;
178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;;
4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;;
1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;;
1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;;
1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;;
3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;;
23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;;
157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;;
4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;;
3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;;
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&amp;-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&amp;2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&amp;218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&amp;149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;&gt;0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;&lt;0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;&gt;0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;&lt;0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14
continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102
;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713
&lt;/pre&gt;

====ade autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp
;&amp;tRNA;8147;44;;;;&amp;tRNA;1819377;53;;;;&amp;tRNA;3144286;306;comp
fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp
deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78;
;&amp;tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&amp;tRNA;3156732;694;
fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;;
deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp
;&amp;tRNA;433303;79;comp;;;&amp;tRNA;2235670;77;;;;&amp;tRNA;3253990;130;
fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;;
deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107;
;&amp;tRNA;666509;6;comp;;;&amp;tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219;
;&amp;tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;;
fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226;
deb;°CDS;691951;157;comp;;;&amp;tRNA;2337031;222;comp;;;&amp;tRNA;3793996;386;comp
;&amp;tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp
fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111;
deb;°CDS;849021;53;;;;&amp;tRNA;2376009;437;;;;&amp;tRNA;3806164;127;
;&amp;tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp
fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp
deb;°CDS;883315;64;;;;&amp;tRNA;2429718;111;comp;;;&amp;tRNA;3915708;63;comp
;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;;
fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp
deb;°CDS;887392;77;comp;;;&amp;tRNA;2623942;15;comp;;;&amp;tRNA;3920245;248;comp
;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&amp;tRNA;3920566;142;comp
fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&amp;tRNA;3920782;18;comp
deb;°CDS;1055941;68;;;;&amp;tRNA;2625463;22;comp;;;&amp;tRNA;3920873;134;comp
;&amp;tRNA;1057311;105;comp;;;&amp;tRNA;2625558;63;comp;;;&amp;tRNA;3921081;76;comp
fin;°CDS;1057492;;;;;&amp;tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp
deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&amp;tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149;
;&amp;tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67;
fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;;
deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&amp;tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34;
;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&amp;tRNA;4121675;246;comp
fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;;
deb;°CDS;1441648;14;;;;&amp;tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430;
;&amp;tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp
fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp
deb;°CDS;1492304;691;;;;&amp;tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp
;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp
;&amp;tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&amp;tRNA;4195371;278;comp
;&amp;tRNA;1497390;194;;;;&amp;tRNA;3029047;184;;;;&amp;tRNA;4195739;50;comp
;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp
;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp
fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&amp;tRNA;4456675;27;
deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&amp;tRNA;4456792;73;
;&amp;tRNA;1509186;60;;;;&amp;tRNA;3079688;22;comp;;;&amp;tRNA;4456957;492;
;&amp;tRNA;1509320;130;;;;&amp;tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;;
fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;;
deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;91;;44;;3;15;deb;
;;;158;comp’;220;;9;36;&lt;201;20
;;;119;;79;;14;43;total;25
;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80%
;;;157;comp’;353;;38;50;;
;;;53;;36;;53;53;fin;
;;comp’;68;comp’;105;;53;76;&lt;201;16
;;;350;;105;;62;77;total;22
;;;14;;111;;65;79;taux;73%
;60;;3;comp’;130;;78;100;;
;;;9;comp’;96;;81;105;total;
;;;110;;53;;91;105;&lt;201;36
;;;38;;77;;91;106;total;47
;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77%
;;;406;comp’;222;;110;130;;
;;;53;;437;;111;184;;
;;comp’;190;comp’;111;;119;219;;
;;;62;;15;;157;306;;
;22 63 46;;65;;105;;158;386;;
;;comp’;124;;100;;179;437;;
;;;91;comp’;110;;230;492;;
;;comp’;94;;106;;350;694;;
;;comp’;161;;184;;406;-;;
;;;230;;306;;430;-;;
;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls
;;comp’;193;;130;;34;63;deb;
;;;107;;219;;68;92;&lt;201;7
;;comp’;226;;386;;94;96;total;9
;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78%
;;;81;comp’;63;;161;110;fin;
;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;&lt;201;9
;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13
;;;430;;43;;226;130;taux;69%
;278;;;;50;;715;156;;
;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total;
;;;;;;;-;222;&lt;201;16
;;;;;;;-;246;total;22
;;;;;;;-;353;taux;73%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;25;54;;;;;;;
total;34;35;69;;;;;;;
taux;85%;71%;78%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ade par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;
&lt;/pre&gt;
====delta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est  22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670
&lt;/pre&gt;

====ade remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]]
*code génétique ade
&lt;pre&gt;
ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

==epsilon==
===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299===
====ant opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]]
*notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX&quot;;*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*
&lt;/pre&gt;

====ant cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]]
*Notes: * pour les jaunes
&lt;pre&gt;
ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132
&lt;/pre&gt;

====ant blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant remarques====
====ant distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]]
*Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste &gt;1aa. aac est un double.
&lt;pre&gt;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55
&lt;/pre&gt;

====ant données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca
1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac
;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta
;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc
;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa
;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa
1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac
;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj
;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;
;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;;
6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;;
6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;;
2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;
;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;;
;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ant autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ant;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;167574;66;;
;tRNA;168501;447;;cga
fin;CDS;169025;;;
deb;CDS;237275;305;;
16s;rRNA;237928;111;;
;tRNA;239556;19;;atc
;tRNA;239652;301;;gca
23s;rRNA;240029;202;;
5s;rRNA;243148;354;;
fin;CDS;243618;;comp;
deb;CDS;302333;155;comp;
;tRNA;303316;10;;cca
;tRNA;303404;16;;cac
;tRNA;303497;61;;aga
;tRNA;303635;96;;cta
;tRNA;303816;70;;atgf
fin;CDS;303963;;;
deb;CDS;316375;110;;
;tRNA;317454;109;;atgf
fin;CDS;317640;;;
deb;CDS;373519;120;;
;tRNA;375862;5;;ttc
;tRNA;375943;65;;tac
fin;CDS;376093;;;
deb;CDS;597419;47;;
;tRNA;598534;208;;ttg
fin;CDS;598827;;;
deb;CDS;751446;73;comp;
;tRNA;753064;16;comp;gac
;tRNA;753157;3;comp;gta
;tRNA;753236;31;comp;gaa
;tRNA;753342;8;comp;aaa
;tRNA;753426;22;comp;gac
;tRNA;753525;3;comp;gta
;tRNA;753604;42;comp;gaa
;tRNA;753721;40;comp;aaa
fin;CDS;753837;;comp;
deb;CDS;833388;142;comp;
;tRNA;834121;93;comp;ctc
fin;CDS;834298;;comp;
deb;CDS;1445917;93;;
;tRNA;1449916;270;;gaa
fin;CDS;1450262;;;
deb;CDS;1615201;29;;
;tRNA;1615572;99;;gtc
fin;CDS;1615747;;;
deb;CDS;1703617;1;;
;tRNA;1703837;12;comp;atgf
;tRNA;1703926;117;comp;caa
fin;CDS;1704118;;;
deb;CDS;1907982;-5;;
;ncRNA;1908268;28;comp;
fin;CDS;1908619;;comp;
deb;CDS;2221719;242;comp;
;tRNA;2222768;33;comp;aac
;tRNA;2222876;72;comp;aac
fin;CDS;2223023;;comp;
deb;CDS;2282678;349;comp;
;tRNA;2283792;81;comp;tcc
;tRNA;2283962;39;comp;gga
;tRNA;2284078;15;comp;atgi
;tRNA;2284170;102;comp;agc
fin;CDS;2284362;;comp;
deb;CDS;2323802;12;;
;tRNA;2324879;167;comp;acc
5s;rRNA;2325122;202;comp;
23s;rRNA;2325440;300;comp;
;tRNA;2328657;19;comp;gca
;tRNA;2328752;111;comp;atc
16s;rRNA;2328940;378;comp;
fin;CDS;2330835;;comp;
deb;CDS;2425110;353;;
;tmRNA;2427398;181;comp;
fin;CDS;2427974;;comp;
deb;CDS;2581821;192;comp;
;tRNA;2583033;45;comp;tgc
;tRNA;2583154;16;comp;tca
;tRNA;2583259;143;comp;tta
fin;CDS;2583489;;;
deb;CDS;2637277;81;comp;
;tRNA;2637541;31;comp;tgg
fin;CDS;2637648;;comp;
deb;CDS;2637824;240;comp;
;tRNA;2639273;8;comp;gga
;tRNA;2639358;69;comp;tac
;tRNA;2639512;21;comp;aca
;tRNA;2639610;41;comp;ttc
fin;CDS;2639727;;comp;
deb;CDS;2656033;231;;
5s;rRNA;2656495;223;comp;
23s;rRNA;2656834;301;comp;
;tRNA;2660052;19;comp;gca
;tRNA;2660147;111;comp;atc
16s;rRNA;2660335;292;comp;
fin;CDS;2662144;;comp;
deb;CDS;2693436;95;;
;tRNA;2695547;16;;caa
;tRNA;2695638;7;;tta
;tRNA;2695732;14;;gga
;tRNA;2695823;16;;aaa
;tRNA;2695915;14;;atgf
;tRNA;2696006;12;;atgj
;tRNA;2696095;30;;aca
;tRNA;2696202;90;;tca
fin;CDS;2696381;;;
deb;CDS;2739487;88;comp;
;Regulatory;2740208;48;comp;
fin;CDS;2740399;;comp;
deb;CDS;2825449;163;;
;repeat_region;2825927;233;;
fin;CDS;2827303;;;
deb;CDS;3082950;143;;
;tRNA;3083318;173;comp;acc
5s;rRNA;3083567;202;comp;
23s;rRNA;3083885;273;comp;
;tRNA;3087075;19;comp;gca
;tRNA;3087170;111;comp;atc
16s;rRNA;3087358;462;comp;
fin;CDS;3089337;;;
&lt;/pre&gt;

====ant intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;;
ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762
;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65
;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313
;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248
;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182
;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100
;'''total 3095;&lt;201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;Cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;51
184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36
2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34
710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33
982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45
3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47
1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44
2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60
269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42
1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54
1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49
1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56
2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56
2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31
1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47
997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38
1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34
1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45
606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31
1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35
1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27
792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33
2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24
949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24
2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24
2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21
2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32
3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16
2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4
27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15
1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15
715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15
2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15
1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14
1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12
;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11
;;34;6;280;9;;total;827;210;9
;;35;7;290;5;;;;215;10
;;36;6;300;12;;'''intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;8
;;37;7;310;5;;600;3070;225;5
;;38;6;320;3;;620;3;230;8
;;39;°9;330;7;;640;2;235;6
;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10
;;;1246;350;2;150;680;1;245;6
;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3
;;;;370;2;;720;2;255;7
;;;;380;1;;740;1;260;6
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5
3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4
2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5
1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4
1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3
2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2
641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5
1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7
3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1
542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4
2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3
907463;-38;;;500;1;;980;;320;0
984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3
1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4
1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3
1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1
2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0
3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2
531215;-32;;;570;1;;;;355;2
642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1
1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1
2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1
2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58
3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;&gt;0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;&lt;0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;&gt;0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;&lt;0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;;
comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1
continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83
Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679
&lt;/pre&gt;

====ant autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp
;&amp;tRNA;168501;447;;;;&amp;tRNA;1449916;270;;;;&amp;tRNA;2637541;31;comp
fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp
deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp
;$rRNA;237928;111;;;;&amp;tRNA;1615572;99;;;;&amp;tRNA;2639273;8;comp
;&amp;tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&amp;tRNA;2639358;69;comp
;&amp;tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&amp;tRNA;2639512;21;comp
;$rRNA;240029;202;;;;&amp;tRNA;1703837;12;comp;;;&amp;tRNA;2639610;41;comp
;$rRNA;243148;354;;;;&amp;tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp
fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231;
deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp
;&amp;tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp
;&amp;tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&amp;tRNA;2660052;19;comp
;&amp;tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&amp;tRNA;2660147;111;comp
;&amp;tRNA;303635;96;;;;&amp;tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp
;&amp;tRNA;303816;70;;;;&amp;tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp
fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95;
deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&amp;tRNA;2695547;16;
;&amp;tRNA;317454;109;;;;&amp;tRNA;2283792;81;comp;;;&amp;tRNA;2695638;7;
fin;°CDS;317640;;;;;&amp;tRNA;2283962;39;comp;;;&amp;tRNA;2695732;14;
deb;°CDS;373519;120;;;;&amp;tRNA;2284078;15;comp;;;&amp;tRNA;2695823;16;
;&amp;tRNA;375862;5;;;;&amp;tRNA;2284170;102;comp;;;&amp;tRNA;2695915;14;
;&amp;tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&amp;tRNA;2696006;12;
fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&amp;tRNA;2696095;30;
deb;°CDS;597419;47;;;;&amp;tRNA;2324879;167;comp;;;&amp;tRNA;2696202;90;
;&amp;tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;;
fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp
deb;°CDS;751446;73;comp;;;&amp;tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp
;&amp;tRNA;753064;16;comp;;;&amp;tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp
;&amp;tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163;
;&amp;tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233;
;&amp;tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;;
;&amp;tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143;
;&amp;tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&amp;tRNA;3083318;173;comp
;&amp;tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp
;&amp;tRNA;753721;40;comp;;;&amp;tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp
fin;°CDS;753837;;comp;;;&amp;tRNA;2583154;16;comp;;;&amp;tRNA;3087075;19;comp
deb;°CDS;833388;142;comp;;;&amp;tRNA;2583259;143;comp;;;&amp;tRNA;3087170;111;comp
;&amp;tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp
fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;;
&lt;/pre&gt;
====ant intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;66;;447;;29;31;'''deb;
;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;&lt;201;11
;;;110;;109;;66;41;total;14
;5;;120;;65;;73;65;taux;79%
;;;47;;208;;81;70;'''fin;
;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;&lt;201;12
;;;142;;93;;95;90;total;15
;;;93;;270;;110;93;taux;80%
;;;29;;99;;120;99;'''total;
;12;comp’;1;;117;;142;102;&lt;201;23
;33;;242;;73;;192;109;total;29
;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79%
;;comp’;12;;;;242;208;;
;45 16;;192;comp’;143;;349;270;;
;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls
;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100%
;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100%
;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100%
;;;;;;;155;-;;
;;;;;;;;;;
comp’+continu;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;15;13;28;;;;;;;
total;18;16;34;;;;;;;
%;83%;81%;82%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;
&lt;/pre&gt;

====epsilon, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est  13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676
&lt;/pre&gt;
===pub===
====pub opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====pub cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]]
&lt;pre&gt;
pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134
&lt;/pre&gt;
====pub blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*
&lt;/pre&gt;

====pub distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;&gt;1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29
&lt;/pre&gt;
====pub données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;
5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;;
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;43;80;22;75;446;;
;3;40;19;30;4;5;25;-5;1;1;7;5;5s CDS;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;1;1;26;2;52;;
;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;;
1;1;80;15;14;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;4;31;5;101;149;;
2;0;110;6;6;11;3;5;-12;3;1;6;19;tRNA tRNA;;intra
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;;
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;;
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;;
;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;;
22;28;total;235;599;total;236;600;-43;1;0;;;;;
20;28;diagr;218;537;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;222;92;13;327;;;-49;0;0;;;;;
;c;541;381;58;980;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;1386;;total;92;381;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pub autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pub;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9267;4;comp;
;tmRNA;10219;-2;;
fin;CDS;10519;;comp;
deb;CDS;38328;255;comp;
;ncRNA;39051;42;comp;
fin;CDS;39448;;comp;
deb;CDS;41060;20;;
;tRNA;41674;66;comp;atgi
;tRNA;41817;8;comp;gtc
fin;CDS;41900;;comp;
deb;CDS;114873;3;comp;
;tRNA;116151;32;comp;caa
fin;CDS;116257;;comp;
deb;CDS;319204;22;comp;
;tRNA;319571;97;comp;ggc
fin;CDS;319743;;;
deb;CDS;407852;68;comp;
;tRNA;408517;7;;ttg
fin;CDS;408609;;;
deb;CDS;414886;26;comp;
;tRNA;415434;75;comp;cgt
fin;CDS;415586;;;
deb;CDS;438405;2;;
;tRNA;440216;5;;tcc
fin;CDS;440311;;comp;
deb;CDS;461643;2;;
;tRNA;462365;101;comp;acc
fin;CDS;462540;;;
deb;CDS;466335;5;;
;tRNA;466556;88;;ttc
deb;CDS;466720;235;;
;tRNA;467168;5;;cac
fin;CDS;467248;;;
deb;CDS;496262;70;comp;
;regulatory;498528;91;comp;
fin;CDS;498707;;;
deb;CDS;509729;330;comp;
16s;rRNA;511358;98;;1475
;tRNA;512931;9;;atc
;tRNA;513017;149;;gca
;rRNA;513242;446;;2754
fin;CDS;516442;;;
deb;CDS;563601;52;;
;rRNA;564532;13;;115
fin;CDS;564660;;;
deb;CDS;567715;18;;
;tRNA;568432;6;comp;atgf
fin;CDS;568515;;comp;
deb;CDS;593396;23;comp;
;tRNA;594400;16;;cga
fin;CDS;594493;;comp;
deb;CDS;648881;24;;
;regulatory;649787;77;;
fin;CDS;649954;;;
deb;CDS;731869;9;comp;
;regulatory;732787;88;comp;
fin;CDS;732939;;comp;
deb;CDS;785951;32;;
;regulatory;786499;-13;;
fin;CDS;786575;;;
deb;CDS;842772;101;comp;
;tRNA;843125;16;;cta
fin;CDS;843226;;;
deb;CDS;846722;49;;
;tRNA;849156;13;;gta
;tRNA;849245;88;;gac
fin;CDS;849410;;;
deb;CDS;934654;31;;
;tRNA;936095;170;;aga
fin;CDS;936342;;;
deb;CDS;941232;19;;
;tRNA;942409;52;comp;aac
;tRNA;942537;128;comp;tgc
fin;CDS;942739;;;
deb;CDS;970015;200;;
;tRNA;971328;20;;aaa
fin;CDS;971424;;comp;
deb;CDS;975062;0;;
;tRNA;975329;92;comp;tca
fin;CDS;975511;;;
deb;CDS;985615;93;comp;
;tRNA;986221;4;;cca
fin;CDS;986302;;;
deb;CDS;988522;50;;
;tRNA;990267;23;;gaa
fin;CDS;990365;;;
deb;CDS;1005217;139;comp;
;regulatory;1005818;4;;
fin;CDS;1005891;;;
deb;CDS;1029539;0;;
;tRNA;1031753;68;comp;agc
fin;CDS;1031913;;;
deb;CDS;1085222;19;comp;
;tRNA;1085433;7;comp;tgg
deb;CDS;1085516;47;comp;
;tRNA;1086754;46;comp;gga
;tRNA;1086874;131;comp;tac
deb;CDS;1087091;33;;
;tRNA;1087868;4;;aca
deb;CDS;1087948;4;comp;
;tRNA;1088732;79;comp;tta
fin;CDS;1088896;;comp;
deb;CDS;1125607;4;comp;
;regulatory;1126163;3;comp;
deb;CDS;1126231;66;comp;
;regulatory;1127359;295;comp;
fin;CDS;1127719;;comp;
deb;CDS;1165696;141;;
;tRNA;1166596;64;comp;atgj
fin;CDS;1166737;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pub intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;;
pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473
;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71
;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228
;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67
;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35
;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31
;'''total 1307;&lt;201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;16
73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26
999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23
1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33
537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16
1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23
1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25
193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15
398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13
408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17
762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12
1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10
338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14
997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7
334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9
675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8
1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4
627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9
1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8
79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7
807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6
58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5
1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5
761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1
782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5
612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2
351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5
838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3
744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2
166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4
625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1
164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6
217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1
1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4
798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1
422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1
288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1
560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0
262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3
469675;181;37;5;310;1;;;;225;2
832239;177;38;2;320;2;;;;230;1
939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0
;;40;3;340;1;;;;240;1
;;reste;308;350;0;;;;245;0
;;total;1307;360;1;;;;250;1
;;;;370;0;;;;255;1
;;;;380;0;;;;260;0
;;;;390;0;;;;265;0
;;;;400;0;;;;270;1
;;;;410;1;;;;275;0
;;;;420;0;;;;280;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1
817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0
410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0
1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0
474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1
682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0
1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0
1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2
584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0
707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0
802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1
1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0
279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0
1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0
928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0
803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1
1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0
429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0
992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8
1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&amp;-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&amp;-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&amp;308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&amp;117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;&gt;0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;&lt;0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;&gt;0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;&lt;0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90
continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92
;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381
&lt;/pre&gt;

====pub autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200;
;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&amp;tRNA;971328;20;
fin;°CDS;10519;;comp;;;&amp;tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp
deb;°CDS;38328;255;comp;;;&amp;tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0;
;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&amp;tRNA;975329;92;comp
fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;;
deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp
;&amp;tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&amp;tRNA;986221;4;
;&amp;tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;;
fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50;
deb;°CDS;114873;3;comp;;;&amp;tRNA;568432;6;comp;;;&amp;tRNA;990267;23;
;&amp;tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;;
fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp
deb;°CDS;319204;22;comp;;;&amp;tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4;
;&amp;tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;;
fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0;
deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&amp;tRNA;1031753;68;comp
;&amp;tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;;
fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp
deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&amp;tRNA;1085433;7;comp
;&amp;tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp
fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&amp;tRNA;1086754;46;comp
deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&amp;tRNA;1086874;131;comp
;&amp;tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33;
fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&amp;tRNA;1087868;4;
deb;°CDS;461643;2;;;;&amp;tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp
;&amp;tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&amp;tRNA;1088732;79;comp
fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp
deb;°CDS;466335;5;;;;&amp;tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp
;&amp;tRNA;466556;88;;;;&amp;tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp
deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp
;&amp;tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp
fin;°CDS;467248;;;;;&amp;tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp
deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141;
;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&amp;tRNA;1166596;64;comp
fin;°CDS;498707;;;;;&amp;tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp
;;;;;;;&amp;tRNA;942537;128;comp;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====pub intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;comp’;20;;8;;2;4;deb;
;9;;3;;32;;3;5;&lt;201;13
;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14
comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93%
;46;;26;comp’;75;;19;7;fin;
;;;2;comp’;5;;22;8;&lt;201;14
;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14
;;;5;;88;;31;23;taux;100%
;;;235;;5;;33;32;total;
;;comp’;18;;6;;47;64;&lt;201;27
;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28
;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96%
;;;49;;88;;200;88;;
;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls
;;comp’;19;comp’;128;;0;4;;
;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11
;;comp’;0;comp’;92;;2;16;&lt;201;100%
;;comp’;93;;4;;18;20;;
;;;50;;23;;19;68;fin;11
;;comp’;0;comp’;68;;20;75;&lt;201;100%
;;;19;;7;;23;92;;
;;;47;comp’;131;;68;97;total;
;;;33;comp’;4;;93;101;&lt;201;22
;;;4;;79;;101;128;total;22
;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;24;25;49;;;;;
;;total;25;25;50;;;;;
;;taux;96%;100%;98%;;;;;
&lt;/pre&gt;

==actino==
===Actinoplanes sp. SE50/110===
====ase opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;;
;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;;
;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;;
;;;;;;;;;;;
;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;;
;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;;
;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;;
;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;;
comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;;
;;;;;;;;;;;
comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;;
comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;;
;46588..47385;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;;
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;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;;
;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;;
;574910..576340;;CDS;;;;;;477;;
;;;;;;;;;;;
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comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;;
comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;;
comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;;
comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;;
comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;;
;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;;
;165134..166444;;CDS;;;;;;437;;
;;;;;;;;;;;
comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;;
;458877..458950;;acg;;74;74;;;;;
comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;;
;;;;;;;;;;;
;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;;
;628439..628515;;gac;;5;5;;;;;
comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;;
;;;;;;;;;;;
;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;;
;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;;
comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;;
;;;;;;;;;;;
;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;;
comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;;
;749000..749491;;CDS;;;;;;164;;
;;;;;;;;;;;
;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;;
;754798..754873;;acc;;44;;44;;;;
;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;;
;755129..755296;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;;
;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;;
;756480..756857;;CDS;;;;;;126;;
;;;;;;;;;;;
;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;;
;942060..942142;;tta;;221;221;;;;;
;942364..943218;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;;
comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;;
comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;;
;;;;;;;;;;;
;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;;
comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;;
comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;;
;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;;
comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;;
;;;;;;;;;;;
comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;;
;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;;
;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;;
comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;;
;;;;;;;;;;;
;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;;
comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;;
comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;;
;;;;;;;;;;;
comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;;
comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;;
;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;;
;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;;
;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;;
;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;;
;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;;
comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;;
;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;;
;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;;
;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;;
&lt; comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;;
;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;;
&lt;&gt;;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;;
;;;;;;;;;;;
comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;;
comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;;
;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;;
comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;;
;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;;
;;;;;;;;;;;
comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;;
;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;;
;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;;
;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;;
comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;;
;;;;;;;;;;;
comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;;
comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;;
comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;;
comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;;
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;;;;;;;;;;;
;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;;
;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;;
;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;;
comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;;
;;;;;;;;;;;
;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;;
comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;;
comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;;
comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;;
comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;;
comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;;
comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;;
comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;;
comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;;
comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;;
comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;;
;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;;
;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;;
;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;;
;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;;
;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;;
;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;;
;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;;
;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;;
;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;;
;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;;
;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;;
;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;;
;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;;
;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;;
;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;;
;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;;
;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;;
;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;;
;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;;
;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;;
;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;;
;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;;
;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;;
;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;;
;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;;
;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;;
;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;;
;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;;
;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;;
;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;;
;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;;
comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;;
;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;;
;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;;
;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;;
comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;;
comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;;
;;;;;;;;;;;
comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;;
comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;;
comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;;
comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;;
comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;;
;;;;;;;;;;;
;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;;
comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;;
comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;;
;;;;;;;;;;;
;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;;
comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;;
comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;;
comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;;
comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;;
comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;;
comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;;
;;;;;;;;;;;
;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;;
comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;;
;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;;
;;;;;;;;;;;
;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;;
comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;;
comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;;
comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;;
comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;;
;;;;;;;;;;;
;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;;
;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;;
comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;;
comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;;
comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;;
;;;;;;;;;;;
comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;;
comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;;
comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;;
;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;;
comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;;
;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;
&lt;/pre&gt;

====ase cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]]
&lt;pre&gt;
ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62
&lt;/pre&gt;

====ase blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]]
&lt;pre&gt;
ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773
&lt;/pre&gt;
====ase remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]]
====ase distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt
1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag
;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf
1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc
2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac
;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc
1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg
1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other
;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg
5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc
1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc
1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc
1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag
;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag
2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;;
;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;;
;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;;
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;;
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;;
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;;
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;;
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;;
;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;;
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;;
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;;
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;;
;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;;
;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;;
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;;
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;;
;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;;
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;;
8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;;
41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;;
32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;
2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;
;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;
;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;
;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ase autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ase;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;12497;78;;
;tRNA;13471;245;;atc
;tRNA;13790;202;;gca
fin;CDS;14065;;comp;
deb;CDS;45153;279;comp;
;tRNA;46248;257;comp;ctg
fin;CDS;46588;;;
deb;CDS;65469;387;comp;
;tRNA;66711;151;comp;ggg
fin;CDS;66936;;comp;
deb;CDS;145264;595;comp;
;tRNA;146168;15;comp;ttc
;tRNA;146260;62;comp;gac
;tRNA;146396;338;comp;gaa
fin;CDS;146807;;comp;
deb;CDS;153733;555;;
;rRNA;155650;345;;16s
;rRNA;157512;105;;23s
;rRNA;160691;377;;5s
fin;CDS;161185;;comp;
deb;CDS;164168;92;;
;tRNA;164809;274;;aaa
fin;CDS;165158;;;
deb;CDS;261106;434;;
;tRNA;262062;817;;aaa
fin;CDS;262948;;;
deb;CDS;457033;185;comp;
;tRNA;458877;74;;acg
fin;CDS;459025;;comp;
deb;CDS;568633;491;;
;rRNA;569499;345;;16s
;rRNA;571360;114;;23s
;rRNA;574548;245;;5s
fin;CDS;574910;;;
deb;CDS;627485;42;;
;tRNA;628439;8;;gac
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;tRNA;748768;148;comp;tac
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deb;CDS;752175;94;;
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;tRNA;756304;103;;tgg
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;tRNA;942060;221;;tta
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;tmRNA;1121477;553;;
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;tRNA;1238207;54;;cac
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;tRNA;1249399;118;;aag
;tRNA;1249593;-12;;aag
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;tRNA;1336393;13;comp;aga
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;tRNA;1400450;130;comp;gga
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;rRNA;1409295;105;;23s
;rRNA;1412474;122;;5s
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;tRNA;1520472;315;;aac
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;rRNA;2576661;247;;5s
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;tRNA;4901908;19;comp;gcg
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;tRNA;4902345;31;comp;gac
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;tRNA;4989784;278;;other
fin;CDS;4990157;;comp;
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;tRNA;5444936;20;;ctc
;tRNA;5445030;32;;tac
fin;CDS;5445144;;comp;
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;tRNA;6209594;9;comp;cgg
;tRNA;6209676;17;comp;cca
;tRNA;6209767;5;comp;agc
;tRNA;6209865;4;comp;ctg
;tRNA;6209944;11;comp;cag
;tRNA;6210027;4;comp;ggc
;tRNA;6210105;3;comp;cgt
;tRNA;6210181;43;comp;gcc
;tRNA;6210298;345;comp;tgg
fin;CDS;6210715;;comp;
deb;CDS;6288256;317;comp;
;tRNA;6290910;43;comp;tga
fin;CDS;6291049;;;
deb;CDS;6397947;699;;
;tRNA;6399123;199;;tgg
;tRNA;6399396;157;;ggg
;tRNA;6399626;64;;gcc
;tRNA;6399763;81;;gag
;tRNA;6399916;141;;gga
;tRNA;6400131;144;;caa
;tRNA;6400352;1;;ttg
;tRNA;6400428;5;;acc
;tRNA;6400506;34;;ggc
deb;CDS;6400612;35;;
;tRNA;6401091;110;;cag
;tRNA;6401274;4;;ctc
;tRNA;6401352;1;;acg
;tRNA;6401429;5;;ctg
;tRNA;6401509;30;;gcg
;tRNA;6401615;5;;gac
;tRNA;6401692;1;;agc
;tRNA;6401781;6;;atc
;ncRNA;6401861;7;;
;tRNA;6402235;97;;cgt
;tRNA;6402407;14;;aag
;tRNA;6402492;11;;aga
;tRNA;6402577;1;;aaa
;tRNA;6402652;1;;atgf
;tRNA;6402729;1;;gtc
;tRNA;6402806;5;;gaa
;tRNA;6402885;44;;aac
;tRNA;6403003;1;;tcc
;tRNA;6403090;2;;gtg
;tRNA;6403166;96;;cac
;tRNA;6403333;411;;other
fin;CDS;6403817;;comp;
deb;CDS;6543191;412;;
;tRNA;6544032;152;;ctg
;tRNA;6544259;380;;gca
deb;CDS;6544712;113;;
;tRNA;6546031;178;;gac
fin;CDS;6546284;;;
deb;CDS;6934653;69;;
;tRNA;6935889;51;comp;ccc
fin;CDS;6936014;;comp;
deb;CDS;6991353;983;comp;
;rRNA;6992612;176;comp;5s
;rRNA;6992905;344;comp;23s
;rRNA;6996322;530;comp;16s
fin;CDS;6998368;;comp;
deb;CDS;7455514;167;;
;tRNA;7456776;55;comp;gtg
fin;CDS;7456903;;comp;
deb;CDS;7481701;83;;
;rRNA;7484073;175;comp;5s
;rRNA;7484365;352;comp;23s
;rRNA;7487790;799;comp;16s
fin;CDS;7490105;;comp;
deb;CDS;7670534;136;;
;tRNA;7671789;18;comp;gtc
;tRNA;7671882;38;comp;tgc
;tRNA;7671991;116;comp;ggc
fin;CDS;7672180;;comp;
deb;CDS;7710075;136;;
;tRNA;7711330;28;comp;gtc
;tRNA;7711433;38;comp;tgc
;tRNA;7711542;112;comp;ggc
fin;CDS;7711727;;;
deb;CDS;8111157;546;;
;tRNA;8112390;532;comp;gag
;tRNA;8112998;57;comp;gag
;tRNA;8113128;451;comp;cag
fin;CDS;8113651;;comp;
deb;CDS;8275151;65;;
;tRNA;8275876;419;;cgg
fin;CDS;8276367;;comp;
deb;CDS;8391343;135;comp;
;tRNA;8392786;296;comp;atgf
fin;CDS;8393159;;comp;
deb;CDS;8397029;599;comp;
;tRNA;8399713;71;comp;atgf
fin;CDS;8399858;;comp;
deb;CDS;8601686;81;comp;
;tRNA;8603210;37;comp;caa
fin;CDS;8603318;;comp;
deb;CDS;8623005;64;;
;tRNA;8623795;171;comp;gcg
fin;CDS;8624043;;comp;
deb;CDS;8821061;136;comp;
;tRNA;8822283;175;;aca
fin;CDS;8822532;;comp;
deb;CDS;8945870;190;;
;tRNA;8946954;204;;ccg
fin;CDS;8947235;;comp;
deb;CDS;8963177;104;comp;
;ncRNA;8966809;83;comp;
;tRNA;8966988;273;;tcc
fin;CDS;8967346;;comp;
deb;CDS;8969168;91;;
;tRNA;8969592;116;comp;tcg
fin;CDS;8969798;;;
deb;CDS;9077764;329;;
;tRNA;9079185;370;comp;cgt
fin;CDS;9079627;;comp;
deb;CDS;9084051;524;comp;
;tRNA;9087239;40;comp;cgt
;tRNA;9087352;408;comp;agc
fin;CDS;9087851;;;
deb;CDS;9100587;77;comp;
;tRNA;9101627;1017;;tca
fin;CDS;9102729;;comp;
&lt;/pre&gt;

====ase intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;;
ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9
;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10
;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11
;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9
;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8
;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5
;'''total 8197;&lt;201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7
3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2
5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3
9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4
5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4
6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4
2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5
7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6
355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4
6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5
744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3
7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4
713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5
56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3
7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5
1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3
6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5
3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3
6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1
7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4
4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4
3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4
1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1
8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1
8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1
5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1
1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1
9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2
3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0
1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7
6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0
3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3
6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4
8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0
5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1
204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1
6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2
;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3
;;36;26;300;51;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequence5;220;40;1060;2
;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0
;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0
;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3
;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0
;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1
;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1
;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1
;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0
1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0
1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0
3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2
5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1
2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1
7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42
2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197
3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;;
1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;;
1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;;
2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;;
5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;;
4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;;
5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;;
3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;;
5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;;
6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;;
9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;;
594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;;
6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;;
323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;;
1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;;
5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;;
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&amp;-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&amp;-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&amp;184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&amp;141;51; -;827;poly;149;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;&gt;0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;&lt;0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;&gt;0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;&lt;0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0
220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1
240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1
260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0
270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0
280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1
290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0
300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0
310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1
320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0
330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0
340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0
350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1
360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0
370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0
380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1
390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0
400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1
reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0
total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0
diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2
 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1
 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7
;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49
continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total
;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53
;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28
&lt;/pre&gt;

====ase autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412;
;&amp;tRNA;13471;245;;;;&amp;tRNA;1520472;315;;;;&amp;tRNA;6544032;152;
;&amp;tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&amp;tRNA;6544259;380;
fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113;
deb;°CDS;45153;279;comp;;;&amp;tRNA;1522359;827;;;;&amp;tRNA;6546031;178;
;&amp;tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;;
fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69;
deb;°CDS;65469;387;comp;;;&amp;tRNA;1605065;1132;;;;&amp;tRNA;6935889;51;comp
;&amp;tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp
fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp
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;&amp;tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp
;&amp;tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp
;&amp;tRNA;146396;338;comp;;;&amp;tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp
fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167;
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;$rRNA;155650;345;;;;&amp;tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp
;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83;
;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp
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;&amp;tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp
fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136;
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;&amp;tRNA;262062;817;;;;&amp;tRNA;4901800;29;comp;;;&amp;tRNA;7671882;38;comp
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;&amp;tRNA;458877;74;;;;&amp;tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136;
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;$rRNA;569499;345;;;;&amp;tRNA;4989784;278;;;;&amp;tRNA;7711542;112;comp
;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;;
;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546;
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;&amp;tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&amp;tRNA;8113128;451;comp
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;&amp;tRNA;645777;459;;;;&amp;tRNA;6209676;17;comp;;;&amp;tRNA;8275876;419;
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;&amp;tRNA;748768;148;comp;;;&amp;tRNA;6209944;11;comp;;;&amp;tRNA;8392786;296;comp
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;&amp;tRNA;754798;47;;;;&amp;tRNA;6210181;43;comp;;;&amp;tRNA;8399713;71;comp
;&amp;tRNA;754918;138;;;;&amp;tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp
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;&amp;tRNA;756304;103;;;;&amp;tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp
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;&amp;tRNA;942060;221;;;;&amp;tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp
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;tmRNA;1121477;553;;;;&amp;tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp
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;&amp;tRNA;1156105;89;comp;;;&amp;tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp
fin;°CDS;1156267;;comp;;;&amp;tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp
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;&amp;tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&amp;tRNA;8966988;273;
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;&amp;tRNA;1238207;54;;;;&amp;tRNA;6401352;1;;;;&amp;tRNA;8969592;116;comp
fin;°CDS;1238337;;comp;;;&amp;tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;;
deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&amp;tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329;
;&amp;tRNA;1249399;118;;;;&amp;tRNA;6401615;5;;;;&amp;tRNA;9079185;370;comp
;&amp;tRNA;1249593;-12;;;;&amp;tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp
fin;°CDS;1249654;;comp;;;&amp;tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp
deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&amp;tRNA;9087239;40;comp
;&amp;tRNA;1336393;13;comp;;;&amp;tRNA;6402235;97;;;;&amp;tRNA;9087352;408;comp
fin;°CDS;1336479;;comp;;;&amp;tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;;
deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&amp;tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp
;&amp;tRNA;1400450;130;comp;;;&amp;tRNA;6402577;1;;;;&amp;tRNA;9101627;1017;
;&amp;tRNA;1400651;38;;;;&amp;tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp
fin;°CDS;1400763;;;;;&amp;tRNA;6402729;1;;;;;;;
deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&amp;tRNA;6402806;5;;;;;;;
;$rRNA;1407435;344;;;;&amp;tRNA;6402885;44;;;;;;;
;$rRNA;1409295;105;;;;&amp;tRNA;6403003;1;;;;;;;
;$rRNA;1412474;122;;;;&amp;tRNA;6403090;2;;;;;;;
fin;°CDS;1412713;;comp;;;&amp;tRNA;6403166;96;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;6403333;411;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;245;;78;comp’;202;;19;13;;
;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb;
;;;387;;151;;23;31;&lt;201;18
;15;;595;;338;;35;34;total;32
;62;;;;;;38;37;taux;56%
;;;92;;274;;42;38;;
;;;434;;817;;47;51;'''fin;
;;comp’;185;comp’;74;;55;55;&lt;201;16
;;;42;comp’;8;;65;71;total;28
;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57%
;;comp’;430;comp’;148;;79;103;;
;47;;94;;138;;81;116;'''total;
;;;79;;103;;91;138;&lt;201;34
;;;55;;221;;92;151;total;60
;;;203;;89;;94;171;taux;57%
;;comp’;262;;244;;113;178;;
;;;91;comp’;54;;135;221;;
;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;;
;;comp’;296;;13;;203;274;;
comp’;130;;373;;38;;279;296;;
;;comp’;217;;315;;317;315;;
;;;47;comp’;827;;362;338;;
;;;38;;1132;;373;345;;
;;;362;comp’;131;;387;370;;
;;comp’;19;comp’;151;;409;380;;
;29;;19;;19;;412;451;;
;;;23;;31;;434;817;;
;;;22;comp’;278;;524;1132;;
;20;;409;comp’;32;;595;'''-;;
5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;;
3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;;
;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls
8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;;
7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb;
11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;&lt;201;12
;152;;412;;380;;77;43;total;18
;;;113;;178;;91;54;taux;67%
;;comp’;69;;51;;104;74;;
;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin;
;18 38;comp’;136;;116;;136;116;&lt;201;12
;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23
;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34%
;;;65;comp’;419;;167;151;;
;;;135;;296;;185;175;'''total;
;;;599;;71;;217;202;&lt;201;24
;;;81;;37;;262;204;total;41
;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59%
;;comp’;136;comp’;175;;329;273;;
;;;190;comp’;204;;430;278;;
;;;;comp’;273;;546;408;;
;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;;
;;comp’;329;;370;;'''-;419;;
;40;;524;comp’;408;;'''-;459;;
;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;;
;;;;;;;'''-;1017;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;30;28;58;;;;;;;
total;50;51;101;;;;;;;
taux;60%;55%;57%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===blo===
====blo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s  4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;
&lt;/pre&gt;

====blo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]]
&lt;pre&gt;
blo cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;4;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;1;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;7;
;max a;0;80;0;
;a doubles;0;100;2;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;41;160;0;
;1 aa;31;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;4;;0;
;total aas;55;;15;0
total aas;;55;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;41;
;;;variance;24;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;16;
&lt;/pre&gt;

====blo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]]
&lt;pre&gt;
blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120
&lt;/pre&gt;
====blo remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]]

====blo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;;
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;;
;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;;
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;;
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;;
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;;
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;;
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;;
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188;
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251;
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;;
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac
;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc
;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc
;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;
0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;
&lt;/pre&gt;
=====blo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;blo;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;54774;6;comp;
;regulatory;55434;84;comp;
fin;CDS;55670;;;
deb;CDS;114598;163;;
;tRNA;115187;231;;gta
fin;CDS;115492;;;
deb;CDS;139965;-10;comp;
;regulatory;140900;336;comp;
fin;CDS;141345;;;
deb;CDS;158126;618;;
;rRNA;159245;432;;16s
;rRNA;161203;170;;23s
;rRNA;164439;188;;5s
fin;CDS;164744;;comp;
deb;CDS;205431;187;;
;tmRNA;206548;238;;
deb;CDS;207183;-17;comp;
;tRNA;207388;154;comp;tgg
fin;CDS;207612;;comp;
deb;CDS;327271;8;;
;ncRNA;327873;493;comp;
fin;CDS;328741;;;
deb;CDS;381615;190;;
;tRNA;382849;43;comp;aac
;tRNA;382968;284;comp;aac
fin;CDS;383325;;;
deb;CDS;439838;-39;;
;tRNA;440078;558;comp;aac
fin;CDS;440709;;;
deb;CDS;502556;159;comp;
;tRNA;503549;27;;ggc
;tRNA;503649;41;;tgc
;tRNA;503761;48;;gtc
;tRNA;503881;31;;gtg
;tRNA;503985;148;;ggc
fin;CDS;504209;;;
deb;CDS;518814;64;;
;tRNA;521008;216;;ccc
fin;CDS;521298;;;
deb;CDS;647871;95;comp;
;tRNA;648764;60;;ctc
fin;CDS;648912;;;
deb;CDS;745690;187;comp;
;tRNA;747296;29;comp;cgt
;tRNA;747399;117;comp;cgt
fin;CDS;747590;;comp;
deb;CDS;774507;116;;
;tRNA;775646;94;;caa
fin;CDS;775811;;;
deb;CDS;777792;218;;
;tRNA;778709;89;;gcc
;tRNA;778871;206;;gcc
fin;CDS;779150;;;
deb;CDS;790385;272;;
;tRNA;793729;467;;cca
fin;CDS;794270;;;
deb;CDS;803537;67;comp;
;tRNA;804390;204;comp;ttg
fin;CDS;804668;;;
deb;CDS;840296;192;comp;
;tRNA;841058;158;comp;tta
fin;CDS;841295;;comp;
deb;CDS;884674;174;comp;
;regulatory;885043;70;comp;
fin;CDS;885217;;comp;
deb;CDS;902480;104;comp;
;regulatory;903184;90;comp;
fin;CDS;903379;;comp;
deb;CDS;935658;336;comp;
;tRNA;937056;149;;cac
fin;CDS;937281;;;
deb;CDS;980173;251;comp;
;tRNA;981180;76;comp;aga
fin;CDS;981330;;;
deb;CDS;1200444;288;comp;
;tRNA;1202433;87;;acg
;tRNA;1202593;192;;cta
fin;CDS;1202866;;;
deb;CDS;1206664;206;comp;
;tRNA;1208139;167;;acg
fin;CDS;1208379;;comp;
deb;CDS;1263240;256;comp;
;tRNA;1264393;48;comp;gtg
;tRNA;1264514;46;comp;gtc
;tRNA;1264632;193;comp;ggc
fin;CDS;1264898;;;
deb;CDS;1279836;365;comp;
;tRNA;1280591;97;comp;cgg
fin;CDS;1280764;;;
deb;CDS;1294216;215;comp;
;tRNA;1295466;433;;atgf
fin;CDS;1295976;;;
deb;CDS;1349627;113;comp;
;tRNA;1350001;199;comp;aag
fin;CDS;1350274;;comp;
deb;CDS;1387168;75;comp;
;tRNA;1388878;175;comp;aaa
fin;CDS;1389126;;;
deb;CDS;1408202;580;comp;
;tRNA;1410594;469;;tcc
fin;CDS;1411148;;comp;
deb;CDS;1424162;142;comp;
;tRNA;1424793;39;comp;cag
;tRNA;1424907;-8;comp;gag
fin;CDS;1424972;;;
deb;CDS;1446913;71;comp;
;ncRNA;1448136;433;comp;
fin;CDS;1448664;;;
deb;CDS;1477877;47;comp;
;regulatory;1479277;128;comp;
fin;CDS;1479502;;comp;
deb;CDS;1523012;62;;
;tRNA;1524142;74;comp;ggg
fin;CDS;1524290;;comp;
deb;CDS;1533182;306;;
;tRNA;1534802;871;;ctg
fin;CDS;1535759;;;
deb;CDS;1605867;102;;
;tRNA;1606163;42;;atc
;tRNA;1606279;356;;gca
fin;CDS;1606708;;comp;
deb;CDS;1645027;314;comp;
;tRNA;1646838;130;comp;aca
fin;CDS;1647042;;comp;
deb;CDS;1704570;578;comp;
;rRNA;1705904;431;;16s
;rRNA;1707861;170;;23s
;rRNA;1711097;866;;5s
;rRNA;1712080;431;;16s
;rRNA;1714037;170;;23s
;rRNA;1717273;251;;5s
fin;CDS;1717641;;comp;
deb;CDS;1769786;55;;
;tRNA;1769952;329;;gcg
fin;CDS;1770354;;;
deb;CDS;1904329;130;;
;tRNA;1905665;37;;tgg
fin;CDS;1905778;;;
deb;CDS;1907638;573;;
;rRNA;1908904;431;;16s
;rRNA;1910861;170;;23s
;rRNA;1914097;375;;5s
fin;CDS;1914589;;;
deb;CDS;1935774;178;;
;tRNA;1936132;519;;gga
fin;CDS;1936725;;;
deb;CDS;1969854;309;comp;
;tRNA;1971396;1;;tac
;tRNA;1971479;4;;acc
;tRNA;1971555;61;;atgj
fin;CDS;1971690;;;
deb;CDS;1978293;71;;
;tRNA;1979312;376;;agc
fin;CDS;1979775;;;
deb;CDS;2014827;397;;
;tRNA;2016025;327;;tcg
fin;CDS;2016437;;;
deb;CDS;2045606;179;;
;tRNA;2047072;245;;tca
fin;CDS;2047402;;;
deb;CDS;2067227;222;comp;
;tRNA;2068640;204;comp;ccg
fin;CDS;2068918;;;
deb;CDS;2084303;271;comp;
;tRNA;2085402;69;comp;gaa
fin;CDS;2085543;;comp;
deb;CDS;2086731;224;;
;tRNA;2087969;47;;gac
;tRNA;2088090;519;;ttc
fin;CDS;2088685;;comp;
deb;CDS;2108837;333;comp;
;tRNA;2110850;422;;gac
fin;CDS;2111349;;;
deb;CDS;2129279;117;;
;tRNA;2130626;137;;atgi
fin;CDS;2130837;;;
deb;CDS;2170074;253;comp;
;tRNA;2171440;156;;agg
fin;CDS;2171669;;;
&lt;/pre&gt;

====blo intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;;
blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228
;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3
;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57
;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47
;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46
;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32
;'''total 1772;&lt;201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26
1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25
249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23
620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27
1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29
605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26
1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42
2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34
1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25
1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29
1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29
934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31
1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43
1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20
550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28
1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34
2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23
1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36
1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21
1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32
1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24
1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33
2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21
543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20
551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25
1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24
1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25
132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27
1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28
24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28
1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25
1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10
1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13
716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20
1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14
2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17
332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12
1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17
618810;586;36;4;300;17;;;;220;15
598849;559;37;4;310;13;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;225;12
1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11
1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14
1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8
1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11
733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10
986367;549;;;370;4;;700;2;255;9
1178750;549;;;380;9;;720;;260;8
1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11
;;;;400;6;;760;3;270;12
;;;;410;5;;780;3;275;15
;;;;420;11;;800;;280;7
;;;;430;3;;820;;285;4
;;;;440;3;;840;1;290;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8
516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9
267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8
822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5
513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7
287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9
398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2
1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4
1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5
1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7
2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1
946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4
2164932;-28;;;570;0;;;;355;7
1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5
794270;-25;;;590;3;34;;;365;2
2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2
268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119
1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&amp;-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&amp;159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&amp;136;51;-;861;dte;36;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;&gt;0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;&lt;0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;&gt;0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;&lt;0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1
160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7
170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0
180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2
190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1
200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0
210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0
220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0
230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0
240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0
250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1
260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0
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 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

====blo autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====blo intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;

===sma===
====sma opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;
&lt;/pre&gt;

====sma cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]]
&lt;pre&gt;
sma cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;6;20;3;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;56;160;1;
;1 aa;48;180;1;
;max a;5;200;0;
;a doubles;3;;1;
;total aas;72;;16;0
total aas;;72;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;61;
;;;variance;61;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;22;
&lt;/pre&gt;

====sma blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]]
&lt;pre&gt;
sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====sma remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]]

====sma données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;;
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;;
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;;
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;;
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;;
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;;
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;;
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114;
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;;
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;;
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;;
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;;
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;;
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
&lt;/pre&gt;
=====sma autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;
&lt;/pre&gt;

====sma distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===ksk===
====ksk opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s  9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;
&lt;/pre&gt;

====ksk cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]]
&lt;pre&gt;
ksk cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;9;1;0;-
;16 23 5s 0;9;20;4;
;16 atc gca;0;40;8;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;1;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;1;
sans ;opérons;49;160;1;
;1 aa;37;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;7;;3;
;total aas;70;;21;0
total aas;;70;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;72;
;;;variance;79;
sans jaune;;;moyenne;33;
;;;variance;18;
&lt;/pre&gt;

====ksk blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]]
&lt;pre&gt;
ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====ksk remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]]

====ksk données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ksk autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;
&lt;/pre&gt;

====ksk distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===actino synthèse===
====actino distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294
&lt;/pre&gt;

====actino distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]]
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295
&lt;/pre&gt;

====actino distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====actino par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26
&lt;/pre&gt;
====actinobacteria, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est  36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301
&lt;/pre&gt;

==cyano==
===npu===
====npu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
&gt; comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
&lt; comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
&lt;&gt; comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;
&lt;/pre&gt;

====npu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]]
&lt;pre&gt;
npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85
&lt;/pre&gt;

====npu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]]
&lt;pre&gt;
npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289
&lt;/pre&gt;
====npu remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]]
&lt;pre&gt;
gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====npu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====npu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;;
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;;
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;;
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68;
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319;
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176;
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;;
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;;
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca
;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;;
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc
6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac
34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa
28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi
;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac
;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac
;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;;
;;;;;;;;;;;50;;;;
;;;;;;;;;;;167;;;;
;;;;;;;;;;;898;;;;
;;;;;;;;;;;63;;;;
;;;;;;;;;;;481;;;;
;;;;;;;;;;;65;;;;
;;;;;;;;;;;437;;;;
;;;;;;;;;;;124;;;;
;;;;;;;;;;;100;;;;
;;;;;;;;;;;374;;;;
&lt;/pre&gt;
=====npu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
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&lt;/pre&gt;

===pmg===
====pmg opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
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;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;
&lt;/pre&gt;

====pmg cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74
&lt;/pre&gt;

====pmg blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]]
&lt;pre&gt;
pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293
&lt;/pre&gt;

====pmg remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]]
*code génétique de pmg
&lt;pre&gt;
Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc; 
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====pmg distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;;
;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;;
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra
2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;;
;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc
2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;
1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;
;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;
;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;
1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;;
26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;;
24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;;
2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;;
;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1884;;total;95;158;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmg autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;pmg;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;65120;306;;
;tmRNA;66389;44;comp;
fin;CDS;66707;;;
deb;CDS;74235;4;comp;
;tRNA;75526;259;comp;ctt
fin;CDS;75867;;;
deb;CDS;132034;49;;
;tRNA;132758;566;;aac
fin;CDS;133396;;;
deb;CDS;239249;185;comp;
;tRNA;240439;71;comp;cta
fin;CDS;240592;;;
deb;CDS;257573;77;comp;
;tRNA;258922;86;comp;cgt
fin;CDS;259082;;;
deb;CDS;272771;18;comp;
;tRNA;274058;141;comp;atgi
fin;CDS;274272;;;
deb;CDS;305431;87;;
;tRNA;305938;91;comp;ttc
fin;CDS;306102;;comp;
deb;CDS;313891;178;;
;tRNA;314651;65;comp;aca
fin;CDS;314788;;comp;
deb;CDS;320549;601;comp;
16s;rRNA;322590;125;;1483
;tRNA;324200;12;;atc
;tRNA;324286;258;;gca
;rRNA;324617;64;;2882
;rRNA;327557;43;;117
fin;CDS;327717;;comp;
deb;CDS;354976;88;comp;
;tRNA;355256;10;comp;acc
;tRNA;355338;102;comp;tac
fin;CDS;355522;;;
deb;CDS;434230;17;comp;
;tRNA;435678;149;comp;gac
deb;CDS;435901;35;comp;
;tRNA;436131;53;comp;tgg
fin;CDS;436257;;comp;
deb;CDS;521448;99;;
;tRNA;522597;78;;tta
fin;CDS;522761;;;
deb;CDS;609397;249;comp;
;tRNA;610147;404;comp;tca
fin;CDS;610638;;;
deb;CDS;656308;17;;
;ncRNA;657516;162;;
fin;CDS;657863;;;
deb;CDS;774440;210;;
;tRNA;775451;27;comp;ccc
fin;CDS;775552;;comp;
deb;CDS;828018;49;comp;
;tRNA;828442;214;;tcc
fin;CDS;828743;;;
deb;CDS;868731;29;;
;tRNA;869243;67;;atgj
fin;CDS;869384;;;
deb;CDS;909742;45;;
;tRNA;910753;591;;atgf
fin;CDS;911421;;;
deb;CDS;996073;16;;
;tRNA;996626;41;comp;gaa
fin;CDS;996740;;comp;
deb;CDS;1040019;177;comp;
;tRNA;1040313;512;;aaa
fin;CDS;1040897;;;
deb;CDS;1044863;276;;
;tRNA;1045700;188;;cca
fin;CDS;1045962;;comp;
deb;CDS;1134197;251;;
;tRNA;1134679;63;comp;tcg
fin;CDS;1134827;;comp;
deb;CDS;1163424;138;comp;
;tRNA;1164231;342;;aga
fin;CDS;1164647;;;
deb;CDS;1212124;58;;
;tRNA;1212953;129;comp;gcc
fin;CDS;1213155;;comp;
deb;CDS;1253753;525;;
;tRNA;1255649;5;;ttg
fin;CDS;1255736;;;
deb;CDS;1259549;131;comp;
;tRNA;1260916;72;;cac
fin;CDS;1261061;;;
deb;CDS;1264859;12;;
;ncRNA;1265987;47;comp;
fin;CDS;1266131;;;
deb;CDS;1275239;0;;
;tRNA;1277273;112;comp;gga
fin;CDS;1277456;;;
deb;CDS;1308006;50;;
;tRNA;1308848;67;;gtc
fin;CDS;1308987;;;
deb;CDS;1419657;54;comp;
;tRNA;1419948;100;;acg
fin;CDS;1420120;;;
deb;CDS;1453287;35;;
;tRNA;1454111;61;comp;agc
fin;CDS;1454261;;comp;
deb;CDS;1472925;94;;
;tRNA;1474027;16;;caa
fin;CDS;1474115;;;
deb;CDS;1485558;77;comp;
;tRNA;1486727;11;;cgg
fin;CDS;1486812;;comp;
deb;CDS;1500099;42;comp;
;tRNA;1501368;210;;tgc
fin;CDS;1501649;;comp;
deb;CDS;1517796;78;comp;
;tRNA;1518207;38;comp;agg
;ncRNA;1518319;21;;
fin;CDS;1518722;;;
deb;CDS;1526173;34;comp;
;regulatory;1527578;66;comp;
fin;CDS;1527743;;comp;
deb;CDS;1554202;45;comp;
;tRNA;1554679;61;comp;ggc
fin;CDS;1554812;;comp;
deb;CDS;1600898;-30;comp;
;tRNA;1601255;98;comp;gta
fin;CDS;1601425;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;;
;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253
;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45
;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189
;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126
;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84
;'''601 à max;14;0.8;'''601 à  1051;778;154;;;20;71
;'''total 1800;&lt;201;90.2;'''total  1798;74;114;-67 à 1051;;25;41
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;56
1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35
344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43
1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34
1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39
666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34
1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33
873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30
1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42
1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36
1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44
1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36
947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27
1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22
1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37
1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20
1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23
39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19
956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16
1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15
1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16
1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23
661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20
1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14
660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8
872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18
353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9
134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8
1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10
332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8
892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13
948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9
1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9
924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6
914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3
1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7
938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5
226447;435;35;8;290;6;;;;215;4
1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;7
773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8
858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6
;;39;7;330;8;;640;3;235;3
;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3
;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3
;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4
;;;;370;4;;720;;255;4
;;;;380;4;;740;;260;4
1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3
701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3
886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3
1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1
828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5
1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1
1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6
1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5
1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1
244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2
162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3
20410;-35;;;500;1;;980;;320;3
427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7
587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1
1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3
744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5
303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3
489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2
808548;-26;;;570;1;;;;355;1
1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0
1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3
1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1
27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56
975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg  intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&amp;-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&amp;-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&amp;78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&amp;153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;&gt;0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;&lt;0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;&gt;0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;&lt;0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg  intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91
continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88
;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159
&lt;/pre&gt;

====pmg autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin
deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp
;tmRNA;66389;44;comp;;;&amp;tRNA;522597;78;;;;&amp;tRNA;1260916;72;
fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;;
deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12;
;&amp;tRNA;75526;259;comp;;;&amp;tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp
fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;;
deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0;
;&amp;tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&amp;tRNA;1277273;112;comp
fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;;
deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50;
;&amp;tRNA;240439;71;comp;;;&amp;tRNA;775451;27;comp;;;&amp;tRNA;1308848;67;
fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;;
deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp
;&amp;tRNA;258922;86;comp;;;&amp;tRNA;828442;214;;;;&amp;tRNA;1419948;100;
fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;;
deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35;
;&amp;tRNA;274058;141;comp;;;&amp;tRNA;869243;67;;;;&amp;tRNA;1454111;61;comp
fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp
deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94;
;&amp;tRNA;305938;91;comp;;;&amp;tRNA;910753;591;;;;&amp;tRNA;1474027;16;
fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;;
deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp
;&amp;tRNA;314651;65;comp;;;&amp;tRNA;996626;41;comp;;;&amp;tRNA;1486727;11;
fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp
deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp
;$rRNA;322590;125;;;;&amp;tRNA;1040313;512;;;;&amp;tRNA;1501368;210;
;&amp;tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp
;&amp;tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp
;$rRNA;324617;64;;;;&amp;tRNA;1045700;188;;;;&amp;tRNA;1518207;38;comp
;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21;
fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;;
deb;°CDS;354976;88;comp;;;&amp;tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp
;&amp;tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp
;&amp;tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp
fin;°CDS;355522;;;;;&amp;tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp
deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&amp;tRNA;1554679;61;comp
;&amp;tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp
deb;°CDS;435901;35;comp;;;&amp;tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp
;&amp;tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&amp;tRNA;1601255;98;comp
fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;;
;;;;;;&amp;tRNA;1255649;5;;; ;;;;
 ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;;
&lt;/pre&gt;
====pmg intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;;;;&lt;201;29;25;54
;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67
;;;49;;566;;4;16;&lt;201;16;;taux;85%;76%;81%
;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;;
;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;;
;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;;
;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;;
;;comp’;178;;65;;45;61;&lt;201;17;;;;;
;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;;
;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;;
;;;35;;53;;50;67;;;;;;;
;;;99;;78;;77;67;total;;;;;;
;;;249;comp’;404;;78;72;&lt;201;33;;;;;
;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;;
;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;;
;;;29;;67;;99;100;;;;;;;
;;;45;;591;;185;129;;;;;;;
;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;;
;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;;
;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;;
;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;;
;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;;
;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;;
;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;;
;;comp’;131;;72;;16;71;&lt;201;13;;;;;
;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;;
;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;;
;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;;
;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;;
;;;94;;16;;58;141;&lt;201;8;;;;;
;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;;
;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;;
;;;78;;;;131;259;;;;;;;
;;;45;;61;;138;404;total;;;;;;
;;;-30;comp’;98;;177;-;&lt;201;21;;;;;
;;;;;;;178;-;total;26;;;;;
;;;;;;;210;-;%;81%;;;;;
;;;;;;;251;-;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===cyano synthèse===
====cyano distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]]

====cyano distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]]
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10
&lt;/pre&gt;

====cyano distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cyano par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;
&lt;/pre&gt;
====cyano, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est  2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946
&lt;/pre&gt;

==bacteroide==
===myr===
====myr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
&gt;;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
&lt;;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;
&lt;/pre&gt;

====myr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]]
&lt;pre&gt;
myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78
&lt;/pre&gt;

====myr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]]
&lt;pre&gt;
myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;
&lt;/pre&gt;

====myr remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]]
*code génétique de myr
&lt;pre&gt;
myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====myr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc
2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;;
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;;
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;;
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;;
;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;;
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;;
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;;
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;;
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;;
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;;
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;;
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;;
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;;
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;;
32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;;
27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;;
;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;;
;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;;
&lt;/pre&gt;
=====myr autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;myr;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;151454;273;comp;
;tRNA;153050;208;comp;tca
fin;CDS;153343;;comp;
deb;CDS;171836;177;comp;
;regulatory;174323;162;;
fin;CDS;174673;;comp;
deb;CDS;211346;123;;
;tRNA;212456;30;comp;gta
;tRNA;212561;30;comp;gta
;tRNA;212666;30;comp;gta
;tRNA;212771;42;comp;gta
;tRNA;212888;92;comp;gta
fin;CDS;213058;;comp;
deb;CDS;294948;146;comp;
;tRNA;295481;31;comp;aga
;tRNA;295586;7;comp;cca
;tRNA;295668;280;comp;agc
fin;CDS;296032;;;
deb;CDS;327067;115;;
;tRNA;328169;466;comp;aaa
deb;CDS;328708;73;;
;tRNA;328940;90;comp;ctc
;tRNA;329112;34;comp;aaa
;tRNA;329219;39;comp;aaa
;tRNA;329331;48;comp;aaa
;tRNA;329452;36;comp;aaa
;tRNA;329561;129;comp;aaa
fin;CDS;329763;;;
deb;CDS;353908;259;comp;
;rRNA;354644;109;comp;5s
;rRNA;354863;151;comp;23s
;tRNA;357898;91;comp;gca
;tRNA;358063;80;comp;atc
;rRNA;358217;266;comp;16s
;rRNA;360001;105;comp;5s
;rRNA;360216;151;comp;23s
;tRNA;363261;91;comp;gca
;tRNA;363426;80;comp;atc
;rRNA;363580;688;comp;16s
fin;CDS;365786;;comp;
deb;CDS;407344;144;comp;
;tRNA;408964;36;comp;aca
;tRNA;409074;41;comp;aca
;tRNA;409189;42;comp;aca
;tRNA;409305;41;comp;aca
;tRNA;409420;81;comp;aca
fin;CDS;409575;;comp;
deb;CDS;539601;209;comp;
;tRNA;542039;32;comp;other
fin;CDS;542191;;comp;
deb;CDS;550792;40;comp;
;tRNA;551084;40;comp;gaa
;tRNA;551196;37;comp;gaa
;tRNA;551305;38;comp;gaa
;tRNA;551415;38;comp;gaa
;tRNA;551525;38;comp;gaa
;tRNA;551635;75;comp;gaa
fin;CDS;551782;;comp;
deb;CDS;571079;165;comp;
;rRNA;574481;109;comp;5s
;rRNA;574700;119;comp;23s
;tRNA;577703;91;comp;gca
;tRNA;577868;81;comp;atc
;rRNA;578023;265;comp;16s
;rRNA;579806;108;comp;5s
;rRNA;580024;151;comp;23s
;tRNA;583069;91;comp;gca
;tRNA;583234;82;comp;atc
;rRNA;583390;1071;comp;16s
fin;CDS;585979;;comp;
deb;CDS;719558;16;comp;
;tRNA;719772;60;comp;tgg
deb;CDS;719903;58;comp;
;tRNA;721149;20;comp;acc
;tRNA;721241;30;comp;tac
;tRNA;721352;93;comp;aca
fin;CDS;721519;;comp;
deb;CDS;781522;76;;
;tRNA;782255;96;;atgf
fin;CDS;782424;;;
deb;CDS;783008;332;comp;
;tRNA;783784;113;;atgf
fin;CDS;783970;;comp;
deb;CDS;814859;544;comp;
;tRNA;815826;10;comp;cga
fin;CDS;815910;;comp;
deb;CDS;868515;40;;
;tRNA;869308;37;comp;gga
;tRNA;869418;37;comp;gga
;tRNA;869528;37;comp;gga
;tRNA;869638;37;comp;gga
;tRNA;869748;37;comp;gga
;tRNA;869858;242;comp;gga
fin;CDS;870173;;comp;
deb;CDS;887776;96;;
;regulatory;888352;64;;
fin;CDS;888516;;;
deb;CDS;900643;77;comp;
;regulatory;902862;75;comp;
fin;CDS;903026;;comp;
deb;CDS;1010425;95;;
;tRNA;1011306;221;comp;caa
;tRNA;1011598;183;comp;caa
fin;CDS;1011852;;;
deb;CDS;1110980;158;comp;
;tRNA;1112080;47;;ttg
fin;CDS;1112207;;comp;
deb;CDS;1113809;158;;
;rRNA;1114432;107;comp;5s
;rRNA;1114649;151;comp;23s
;tRNA;1117684;91;comp;gca
;tRNA;1117849;80;comp;atc
;rRNA;1118003;267;comp;16s
;rRNA;1119788;107;comp;5s
;rRNA;1120005;151;comp;23s
;tRNA;1123050;91;comp;gca
;tRNA;1123215;82;comp;atc
;rRNA;1123371;1349;comp;16s
;tRNA;1126238;90;comp;aac
fin;CDS;1126402;;comp;
deb;CDS;1214932;104;;
;tRNA;1215720;88;comp;tgc
fin;CDS;1215879;;comp;
deb;CDS;1391184;85;;
;tRNA;1391911;373;;aac
;tRNA;1392358;593;;aac
fin;CDS;1393025;;comp;
deb;CDS;1597909;635;;
;tRNA;1598862;151;;gac
;tRNA;1599087;202;;gac
;tRNA;1599366;169;;gac
fin;CDS;1599612;;comp;
deb;CDS;1604664;112;comp;
;regulatory;1606846;57;comp;
fin;CDS;1607085;;comp;
deb;CDS;1643091;132;comp;
;tRNA;1644612;186;;cta
;tRNA;1644880;314;;cta
fin;CDS;1645276;;;
deb;CDS;1721814;66;;
;tRNA;1722756;51;comp;tgg
fin;CDS;1722878;;comp;
deb;CDS;1738209;186;comp;
;tRNA;1739220;24;comp;atgi
;tRNA;1739318;69;comp;atgi
fin;CDS;1739464;;comp;
deb;CDS;1924596;-38;;
;tRNA;1926121;341;comp;tta
;tRNA;1926548;381;comp;tta
fin;CDS;1927015;;;
deb;CDS;1928728;125;;
;tRNA;1929840;147;comp;tta
deb;CDS;1930073;108;comp;
;tRNA;1930553;9;comp;tta
;tRNA;1930648;201;comp;ggc
fin;CDS;1930922;;comp;
deb;CDS;1961822;128;comp;
;tRNA;1962700;35;;ttc
;tRNA;1962808;26;;ttc
;tRNA;1962907;100;;ttc
fin;CDS;1963080;;comp;
deb;CDS;2082191;1104;;
;rRNA;2083838;82;;16s
;tRNA;2085438;91;;atc
;tRNA;2085603;151;;gca
;rRNA;2085828;108;;23s
;rRNA;2088820;156;;5s
fin;CDS;2089086;;;
deb;CDS;2147912;286;;
;tRNA;2148528;52;;cgt
;tRNA;2148654;72;;cgt
fin;CDS;2148800;;;
deb;CDS;2207990;114;comp;
;tRNA;2208800;106;comp;atgf
deb;CDS;2208979;150;comp;
;tRNA;2209756;145;comp;atgj
fin;CDS;2209975;;;
deb;CDS;2224025;53;comp;
;ncRNA;2225644;58;comp;
fin;CDS;2225810;;comp;
deb;CDS;2302059;133;;
;regulatory;2303686;199;;
fin;CDS;2304079;;;
deb;CDS;2425634;299;comp;
;tRNA;2427196;353;comp;cca
fin;CDS;2427624;;;
deb;CDS;2434061;125;comp;
;tRNA;2435179;366;comp;atgj
fin;CDS;2435619;;;
deb;CDS;2505104;88;comp;
;ncRNA;2506290;93;;
fin;CDS;2506482;;comp;
deb;CDS;2561350;1073;;
;rRNA;2564415;79;;16s
;tRNA;2566012;93;;atc
;tRNA;2566179;119;;gca
;rRNA;2566372;107;;23s
;rRNA;2569362;279;;5s
fin;CDS;2569751;;;
deb;CDS;2640485;167;comp;
;regulatory;2641078;541;comp;
fin;CDS;2641765;;;
deb;CDS;2676791;235;comp;
;tRNA;2678856;497;comp;tca
fin;CDS;2679438;;;
deb;CDS;2729998;20;;
;tRNA;2731143;22;;tgc
;tRNA;2731236;22;;tgc
;tRNA;2731329;22;;tgc
;tRNA;2731422;22;;tgc
;tRNA;2731515;294;;tgc
fin;CDS;2731880;;;
deb;CDS;2977513;497;comp;
;tRNA;2978418;61;comp;gta
fin;CDS;2978554;;comp;
deb;CDS;3228192;79;;
;tRNA;3228988;26;;cac
;tRNA;3229088;25;;cac
;tRNA;3229187;24;;cac
;tRNA;3229285;43;;cac
fin;CDS;3229402;;comp;
deb;CDS;3299472;99;;
;tmRNA;3300558;220;comp;
fin;CDS;3301177;;;
deb;CDS;3394869;90;comp;
;tRNA;3395184;215;comp;tca
fin;CDS;3395484;;comp;
deb;CDS;3457542;150;;
;tRNA;3458511;49;;tac
;tRNA;3458644;51;;tac
;tRNA;3458776;44;;tac
;tRNA;3458901;312;;tac
fin;CDS;3459294;;comp;
deb;CDS;3475368;61;comp;
;regulatory;3476731;337;comp;
fin;CDS;3477177;;;
deb;CDS;3488568;61;comp;
;regulatory;3489832;337;comp;
fin;CDS;3490278;;;
deb;CDS;3951958;595;;
;tRNA;3953963;83;;aga
;tRNA;3954120;39;;aga
fin;CDS;3954233;;comp;
deb;CDS;3975219;99;;
;tRNA;3976305;39;comp;cca
;tRNA;3976419;10;comp;cca
;tRNA;3976504;965;comp;agc
fin;CDS;3977553;;;
deb;CDS;4054689;76;;
;ncRNA;4055338;275;comp;
fin;CDS;4055928;;;
&lt;/pre&gt;

====myr intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;;
myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6
;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2
;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6
;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4
;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2
;'''601 à max;150;4.2;'''601 à  1353;802;166;;;20;108;660;8
;'''total 3555;&lt;201;77.7;'''total  3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;eréquence-1;30;70;680;3
1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3
4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2
3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10
3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4
4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2
3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10
2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2
3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6
3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4
3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5
792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4
128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5
1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3
2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2
3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2
1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3
3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1
2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1
3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0
3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1
638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3
3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1
3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3
1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2
3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2
180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1
226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0
102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2
1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0
66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1
1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2
2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2
3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3
485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1
1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1
2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0
1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1
1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14;1060;0
2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0
3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2
3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0
3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1
3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0
1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0
3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1
248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0
;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1
;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1
adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0
849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1
3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0
3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0
1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12
626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150
3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;;
569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;;
3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;;
3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;;
890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;;
1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;;
1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;;
1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;;
2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;;
2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;;
3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;;
74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;;
1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;;
1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;;
3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;;
424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;;
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&amp;-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&amp;215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;117;42;-;811;poly;86;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;&gt;0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;&lt;0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;&gt;0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;&lt;0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0
total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0
diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1
 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20
continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20
;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;

====myr autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286;
;&amp;tRNA;153050;208;comp;;;&amp;tRNA;815826;10;comp;;;&amp;tRNA;2148528;52;
fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&amp;tRNA;2148654;72;
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;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
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;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls
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;&lt;201;30;25;55;;;;;;
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;taux;77%;63%;70%;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===fps===
====fps opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
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comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
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comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
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comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;
&lt;/pre&gt;

====fps cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]]
&lt;pre&gt;
fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78
&lt;/pre&gt;

====fps blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]]
&lt;pre&gt;
fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418
&lt;/pre&gt;

====fps remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]]
*code génétique fps
&lt;pre&gt;
fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====fps données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;;
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;;
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;;
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;;
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;;
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;;
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;;
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;;
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;;
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;;
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;;
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;;
;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;;
23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;;
;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;2550;;total;42;209;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====fps autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;
&lt;/pre&gt;

====fps distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===bacteroide synthèse===
====bacteroide distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]]
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====bacteroide par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;
&lt;/pre&gt;
====bacteroide, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est  12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059
&lt;/pre&gt;

==tenericutes==
===abra===
====abra opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;
&lt;/pre&gt;

====abra cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]]
&lt;pre&gt;
abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74
&lt;/pre&gt;

====abra blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]]
&lt;pre&gt;
abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177
&lt;/pre&gt;

====abra remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
tenericutes;sans rRNA;&gt;1 aas 12;1aas  ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;;
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;;
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;;
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;;
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac
1;1;80;15;34;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;;
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;;
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;
10;31;total;271;979;total;271;979;-43;0;0;;;;;
9;24;diagr;256;934;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;270;8;1;279;;;-49;0;1;;;;;
;c;967;409;12;1388;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abra autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abra;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6032;39;;
;misc_binding;8642;66;;
fin;CDS;8909;;;
deb;CDS;58474;199;;
;misc_binding;59219;96;;
fin;CDS;59565;;;
deb;CDS;175843;64;;
;regulatory;176513;67;;
fin;CDS;176678;;;
deb;CDS;226433;115;;
;regulatory;226962;128;;
fin;CDS;227191;;;
deb;CDS;241700;14;;
;ncRNA;242173;222;;
fin;CDS;242490;;;
deb;CDS;253260;86;;
;tRNA;253517;215;;tac
;rRNA;253817;145;;16s
;tRNA;255489;89;;atc
;rRNA;255655;35;;23s
;rRNA;258542;11;;5s
;tRNA;258664;149;;aac
;rRNA;258890;11;;5s
;tRNA;259012;860;;aac
deb;CDS;259949;433;;
;rRNA;260487;145;;16s
;tRNA;262159;89;;atc
;rRNA;262325;35;;23s
;rRNA;265212;14;;5s
;tRNA;265337;44;;gta
;tRNA;265457;11;;aca
;tRNA;265544;7;;aaa
;tRNA;265627;8;;tta
;tRNA;265722;72;;gca
;tRNA;265870;7;;atgj
;tRNA;265954;44;;atgi
;tRNA;266075;8;;tca
;tRNA;266174;4;;atgf
;tRNA;266255;11;;gac
;tRNA;266342;140;;ttc
fin;CDS;266558;;;
deb;CDS;296513;98;;
;misc_binding;297466;30;;
fin;CDS;297705;;;
deb;CDS;326721;0;;
;misc_feature;327414;18;;
fin;CDS;327552;;;
deb;CDS;574175;-5;;
;misc_binding;574941;43;;
fin;CDS;575188;;;
deb;CDS;582446;49;;
;tRNA;584175;170;;ctc
fin;CDS;584431;;;
deb;CDS;625631;84;;
;tRNA;626402;66;comp;ggc
;tRNA;626543;17;comp;cca
;tRNA;626637;13;comp;cga
;tRNA;626727;149;comp;gac
fin;CDS;626952;;;
deb;CDS;633550;63;;
;tRNA;634774;76;comp;acc
fin;CDS;634924;;;
deb;CDS;690994;64;;
;regulatory;692351;55;;
fin;CDS;692502;;;
deb;CDS;755442;64;;
;tRNA;756613;130;comp;aag
fin;CDS;756819;;;
deb;CDS;807788;108;;
;tRNA;808325;216;;aga
fin;CDS;808618;;;
deb;CDS;818257;29;comp;
;ncRNA;818478;-2;comp;
fin;CDS;818548;;comp;
deb;CDS;829563;155;;
;tRNA;830027;27;;agg
fin;CDS;830130;;;
deb;CDS;862237;104;;
;regulatory;863109;46;;
fin;CDS;863253;;;
deb;CDS;951162;56;;
;misc_feature;951899;10;;
fin;CDS;952033;;;
deb;CDS;979156;92;;
;ncRNA;980211;41;comp;
fin;CDS;980585;;comp;
deb;CDS;1000286;45;comp;
;misc_binding;1000883;36;comp;
fin;CDS;1001128;;comp;
deb;CDS;1033802;48;comp;
;regulatory;1034516;41;comp;
;regulatory;1034632;43;comp;
fin;CDS;1034750;;comp;
deb;CDS;1043459;55;comp;
;regulatory;1044225;61;comp;
fin;CDS;1044360;;comp;
deb;CDS;1055719;197;comp;
;misc_binding;1056720;146;comp;
fin;CDS;1057073;;;
deb;CDS;1125033;53;comp;
;misc_binding;1127681;34;comp;
fin;CDS;1127899;;comp;
deb;CDS;1135303;71;comp;
;regulatory;1136025;48;comp;
fin;CDS;1136190;;comp;
deb;CDS;1176200;434;comp;
;tRNA;1177198;8;comp;tcg
;tRNA;1177300;569;comp;gcc
fin;CDS;1177945;;comp;
deb;CDS;1187918;382;;
;tRNA;1188531;66;;tcc
fin;CDS;1188688;;;
deb;CDS;1194077;206;comp;
;tRNA;1194775;10;comp;ttg
fin;CDS;1194870;;comp;
deb;CDS;1221355;217;comp;
;tmRNA;1222634;262;;
fin;CDS;1223244;;;
deb;CDS;1251487;68;comp;
;tRNA;1252398;44;;gtc
fin;CDS;1252517;;comp;
deb;CDS;1416224;301;comp;
;tRNA;1416786;92;comp;tgc
fin;CDS;1416952;;comp;
deb;CDS;1427372;415;comp;
;tRNA;1428270;9;comp;gga
;tRNA;1428353;1;comp;cca
;tRNA;1428431;8;comp;cgt
;tRNA;1428516;73;comp;gaa
fin;CDS;1428665;;comp;
deb;CDS;1431948;96;comp;
;tRNA;1432356;11;comp;aac
;rRNA;1432444;35;comp;5s
;rRNA;1432590;167;comp;23s
;rRNA;1435609;433;comp;16s
deb;CDS;1437568;860;comp;
;tRNA;1438533;11;comp;aac
;rRNA;1438621;149;comp;5s
;tRNA;1438881;11;comp;aac
;rRNA;1438969;35;comp;5s
;rRNA;1439115;168;comp;23s
;rRNA;1442135;432;comp;16s
fin;CDS;1444094;;comp;
deb;CDS;1453717;96;comp;
;regulatory;1454971;38;comp;
fin;CDS;1455181;;comp;
deb;CDS;1532381;262;comp;
;tRNA;1533315;46;comp;cta
fin;CDS;1533446;;comp;
deb;CDS;1540295;171;comp;
;tRNA;1540706;47;comp;tgg
deb;CDS;1540828;137;comp;
;tRNA;1541892;63;;cac
;tRNA;1542031;714;;caa
fin;CDS;1542819;;comp;
deb;CDS;1716869;854;comp;
;tRNA;1718041;87;comp;acg
fin;CDS;1718204;;comp;
deb;CDS;1729328;30;comp;
;regulatory;1729649;73;comp;
fin;CDS;1729832;;comp;
deb;CDS;1742909;493;comp;
;tRNA;1744152;109;comp;gaa
fin;CDS;1744337;;comp;
deb;CDS;1747424;100;comp;
;tRNA;1747827;102;comp;agc
fin;CDS;1748022;;comp;
deb;CDS;1796937;102;comp;
;regulatory;1799337;112;comp;
fin;CDS;1799628;;comp;
&lt;/pre&gt;

====abra intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]]
*'''intercalaires entre cds''', tableau.
&lt;pre&gt;
abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;;
abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5
;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417
;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13
;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157
;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56
;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94
;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42
;Total 1667;&lt;201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40
adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21
1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24
1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27
1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26
1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28
87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29
826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20
171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30
1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27
819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22
1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27
158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22
1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19
968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16
1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17
816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17
1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26
1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25
1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20
133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26
1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17
1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18
615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13
1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21
1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19
153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20
1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16
1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7
1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8
1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10
556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12
151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13
493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10
1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10
1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3
1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5
178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6
1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12
1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4
36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1
;;38;6;320;10;;620;1;230;9
;;39;3;330;4;;640;1;235;7
;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3
;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2
;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5
;;;;370;6;;720;1;255;8
adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3
1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7
1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3
1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7
169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1
353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1
758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3
891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3
1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2
1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0
1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1
1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7
1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3
1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1
738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3
1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0
1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1
904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1
1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2
844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4
986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0
1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3
526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3
1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61
251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&amp;-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&amp;21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&amp;223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;118;42;-;827;poly;85;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et faibles fréquences
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;&gt;0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;&lt;0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;&gt;0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;&lt;0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6
;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8
;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409
&lt;/pre&gt;

====abra autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]]
*Légende: ° pour cyan, &amp; pour jaune, $ pour rouge.
&lt;pre&gt;
deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens
deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp
;misc_binding;8642;66;;;;&amp;tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262;
fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;;
deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp
;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&amp;tRNA;1252398;44;
fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp
deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp
;regulatory;176513;67;;;;&amp;tRNA;756613;130;comp;;;&amp;tRNA;1416786;92;comp
fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp
deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp
;regulatory;226962;128;;;;&amp;tRNA;808325;216;;;;&amp;tRNA;1428270;9;comp
fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&amp;tRNA;1428353;1;comp
deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&amp;tRNA;1428431;8;comp
;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&amp;tRNA;1428516;73;comp
fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp
deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp
;&amp;tRNA;253517;215;;;;&amp;tRNA;830027;27;;;;&amp;tRNA;1432356;11;comp
;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp
;&amp;tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp
;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp
;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp
;&amp;tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&amp;tRNA;1438533;11;comp
;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp
;&amp;tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&amp;tRNA;1438881;11;comp
deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp
;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp
;&amp;tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp
;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp
;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp
;&amp;tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp
;&amp;tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp
;&amp;tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp
;&amp;tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&amp;tRNA;1533315;46;comp
;&amp;tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp
;&amp;tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp
;&amp;tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&amp;tRNA;1540706;47;comp
;&amp;tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp
;&amp;tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&amp;tRNA;1541892;63;
;&amp;tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&amp;tRNA;1542031;714;
;&amp;tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp
fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp
deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&amp;tRNA;1718041;87;comp
;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp
fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp
deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp
;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp
fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp
deb;°CDS;574175;-5;;;;&amp;tRNA;1177198;8;comp;;;&amp;tRNA;1744152;109;comp
;misc_binding;574941;43;;;;&amp;tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp
fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp
deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&amp;tRNA;1747827;102;comp
;&amp;tRNA;584175;170;;;;&amp;tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp
fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp
deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp
;&amp;tRNA;626402;66;comp;;;&amp;tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp
;&amp;tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;;
fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abra intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;
comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb;
;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;&lt;201;7
;;;49;;170;;96;46;total;15
;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47%
;;comp’;63;comp’;76;;108;66;;
;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin;
;;;108;;216;;171;87;&lt;201;12
;;;155;;27;;206;92;total;16
;8;;424;;569;;262;102;%;75%
;;;382;;66;;301;109;;
;;;206;;10;;382;140;total;
;;comp’;68;comp’;44;;415;170;&lt;201;19
;;;301;;92;;424;216;total;31
;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61%
;;;96;;860;;854;860;;
;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls
;;;171;;47;;63;44;deb;100%
;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;;
;;;854;;87;;68;130;fin;80%
;;;493;;109;;84;149;;
;;;100;;102;;137;714;total;90%
&lt;/pre&gt;

===apal===
====apal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s  2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]]
&lt;pre&gt;
apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91
&lt;/pre&gt;

====apal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]]
&lt;pre&gt;
apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]]
*code génétique apal
&lt;pre&gt;
apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====apal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====apal données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;;
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;;
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;;
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;;
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;;
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa
;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;;
7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;;
6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;
;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====apal autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;
&lt;/pre&gt;

===tenericutes synthèse===
====tenericutes distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]]
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf; 
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====tenericutes par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;
&lt;/pre&gt;
====tenericutes, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est  23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693
&lt;/pre&gt;

==spirochète==
===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374===
====scc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]]
*Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*
&lt;/pre&gt;

====scc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]]
*Notes: * pour le nombre de jaunes
&lt;pre&gt;
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164
&lt;/pre&gt;

====scc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]]
&lt;pre&gt;
cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;
&lt;/pre&gt;

====scc remarques====
====scc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47
&lt;/pre&gt;

====scc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;;
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;;
1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;;
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa
1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca
;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;;
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;;
1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;;
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;;
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;;
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;;
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;;
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;;
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;;
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;;
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;;
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;;
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;;
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;;
;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;;
32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;;
31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;;
;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====scc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;scc;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;215073;1194;comp;
;tRNA;216426;369;comp;gcg
fin;CDS;216868;;comp;
deb;CDS;243358;812;;
;rRNA;244983;132;;16s
;tRNA;246652;79;;atc
;rRNA;246805;72;;23s
;rRNA;249851;175;;5s
fin;CDS;250138;;comp;
deb;CDS;300128;669;;
;tRNA;302468;452;;ggg
fin;CDS;302992;;;
deb;CDS;316296;152;comp;
;tRNA;317369;176;;gac
fin;CDS;317619;;;
deb;CDS;330207;16;;
;tRNA;331021;251;comp;ttg
fin;CDS;331356;;;
deb;CDS;345290;228;comp;
;tRNA;346445;182;comp;ccg
fin;CDS;346700;;comp;
deb;CDS;422975;71;;
;tRNA;424435;252;comp;gtc
fin;CDS;424759;;;
deb;CDS;436852;237;;
;tRNA;438406;202;comp;gtg
fin;CDS;438680;;;
deb;CDS;481186;180;comp;
;tRNA;482665;82;;atgj
fin;CDS;482820;;;
deb;CDS;530805;82;;
;tRNA;532396;310;;gta
fin;CDS;532778;;;
deb;CDS;568939;102;;
;tRNA;569803;412;;gga
fin;CDS;570287;;;
deb;CDS;636017;52;;
;tRNA;636444;334;;aca
fin;CDS;636852;;comp;
deb;CDS;640192;79;;
;tmRNA;640610;334;;
fin;CDS;641322;;comp;
deb;CDS;711173;51;;
;ncRNA;712064;10;comp;
fin;CDS;712417;;comp;
deb;CDS;717326;66;;
;tRNA;717839;230;;tac
fin;CDS;718151;;;
deb;CDS;721419;67;comp;
;tRNA;723124;10;comp;gag
;tRNA;723206;104;comp;cag
fin;CDS;723381;;comp;
deb;CDS;724974;236;comp;
;tRNA;725462;124;comp;acg
fin;CDS;725658;;comp;
deb;CDS;767509;350;comp;
;rRNA;768900;72;comp;5s
;rRNA;769084;40;comp;23s
;tRNA;772098;137;comp;gca
;rRNA;772309;535;comp;16s
fin;CDS;774381;;;
deb;CDS;783089;273;;
;tRNA;784901;43;comp;gaa
;tRNA;785016;223;comp;aaa
fin;CDS;785312;;;
deb;CDS;877367;447;comp;
;rRNA;879650;72;comp;5s
;rRNA;879834;40;comp;23s
;tRNA;882848;137;comp;gca
;rRNA;883059;648;comp;16s
fin;CDS;885244;;;
deb;CDS;900855;73;;
;tRNA;901564;214;comp;ccc
fin;CDS;901852;;;
deb;CDS;928254;138;;
;tRNA;930684;32;;cac
;tRNA;930788;38;;cga
;tRNA;930900;37;;aag
;tRNA;931010;36;;cta
;tRNA;931128;423;;ggc
fin;CDS;931623;;;
deb;CDS;937885;171;;
;tRNA;939865;437;;aga
fin;CDS;940376;;;
deb;CDS;974079;223;comp;
;tRNA;974692;153;comp;ctc
deb;CDS;974929;112;comp;
;tRNA;975497;95;comp;cca
fin;CDS;975665;;;
deb;CDS;1069506;81;;
;tRNA;1070004;78;comp;tta
fin;CDS;1070166;;;
deb;CDS;1084097;24;;
;regulatory;1084535;39;;
fin;CDS;1084670;;;
deb;CDS;1113338;247;comp;
;tRNA;1114176;247;;aac
fin;CDS;1114496;;comp;
deb;CDS;1126672;173;comp;
;tRNA;1127778;193;;caa
fin;CDS;1128044;;comp;
deb;CDS;1257969;140;comp;
;tRNA;1258904;79;;agg
fin;CDS;1259057;;;
deb;CDS;1273039;217;comp;
;tRNA;1274162;103;;ttc
fin;CDS;1274338;;comp;
deb;CDS;1301674;54;;
;repeat_region;1302007;4;;
fin;CDS;1306496;;;
deb;CDS;1319568;73;;
;repeat_region;1319986;84;;
fin;CDS;1322087;;comp;
deb;CDS;1363097;432;comp;
;tRNA;1364822;213;;atgf
fin;CDS;1365108;;;
deb;CDS;1478531;196;comp;
;tRNA;1479645;256;;cgg
fin;CDS;1479975;;comp;
deb;CDS;1522454;86;comp;
;tRNA;1523230;34;;tgc
fin;CDS;1523336;;comp;
deb;CDS;1540671;186;comp;
;tRNA;1541994;351;comp;gcc
fin;CDS;1542418;;;
deb;CDS;1691238;189;;
;tRNA;1692768;564;;ctg
fin;CDS;1693416;;;
deb;CDS;1760709;185;comp;
;tRNA;1762091;316;;atgi
fin;CDS;1762481;;comp;
deb;CDS;2034849;32;comp;
;tRNA;2035061;26;comp;tgg
deb;CDS;2035161;64;comp;
;tRNA;2035402;246;comp;acc
fin;CDS;2035721;;;
deb;CDS;2185380;84;;
;tRNA;2186256;40;;tca
;tRNA;2186381;25;;agc
;tRNA;2186493;16;;cgc
;tRNA;2186583;40;;tcg
;tRNA;2186710;13;;tcc
;ncRNA;2186809;133;;
fin;CDS;2187040;;comp;
&lt;/pre&gt;

====scc intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;;
scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347
;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8
;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106
;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67
;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78
;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57
;'''total 1805;&lt;201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;36
1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30
1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31
1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39
2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33
940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27
2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14
1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36
1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26
1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22
972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31
1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26
1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27
1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33
1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22
1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23
1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21
1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20
1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21
356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20
137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18
1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20
977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19
661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16
1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14
1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17
1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13
379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15
1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12
191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12
1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16
72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12
1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10
511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14
220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14
1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11
;;34;8;280;10;;total;355;210;10
;;35;6;290;15;;;;215;20
;;36;6;300;12;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;7
;;37;4;310;11;;600;1786;225;11
;;38;9;320;16;;620;1;230;8
;;39;°10;330;8;;640;1;235;10
;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12
;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8
;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9
;;;;370;6;;720;1;255;7
;;;;380;8;;740;;260;5
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8
438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7
1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4
277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6
1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6
964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9
1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8
482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4
1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6
1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5
1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9
1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7
950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4
1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4
2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4
937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7
1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2
1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5
485333;-31;;;570;3;;;;355;4
1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8
952193;-29;;;590;2;19;;;365;4
1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2
669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97
733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&amp;-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&amp;197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;114;43;-;787;poly;162;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;&gt;0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;&lt;0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;&gt;0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;&lt;0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28
;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319
&lt;/pre&gt;

====scc autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp
;&amp;tRNA;216426;369;comp;;;&amp;tRNA;723124;10;comp;;;&amp;tRNA;1114176;247;
fin;°CDS;216868;;comp;;;&amp;tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp
deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp
;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&amp;tRNA;1127778;193;
;&amp;tRNA;246652;79;;;;&amp;tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp
;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp
;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&amp;tRNA;1258904;79;
fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;;
deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp
;&amp;tRNA;302468;452;;;;&amp;tRNA;772098;137;comp;;;&amp;tRNA;1274162;103;
fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp
deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54;
;&amp;tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4;
fin;°CDS;317619;;;;;&amp;tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;;
deb;°CDS;330207;16;;;;&amp;tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73;
;&amp;tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84;
fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp
deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp
;&amp;tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&amp;tRNA;1364822;213;
fin;°CDS;346700;;comp;;;&amp;tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;;
deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp
;&amp;tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&amp;tRNA;1479645;256;
fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp
deb;°CDS;436852;237;;;;&amp;tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp
;&amp;tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&amp;tRNA;1523230;34;
fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp
deb;°CDS;481186;180;comp;;;&amp;tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp
;&amp;tRNA;482665;82;;;;&amp;tRNA;930788;38;;;;&amp;tRNA;1541994;351;comp
fin;°CDS;482820;;;;;&amp;tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;;
deb;°CDS;530805;82;;;;&amp;tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189;
;&amp;tRNA;532396;310;;;;&amp;tRNA;931128;423;;;;&amp;tRNA;1692768;564;
fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;;
deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp
;&amp;tRNA;569803;412;;;;&amp;tRNA;939865;437;;;;&amp;tRNA;1762091;316;
fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp
deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp
;&amp;tRNA;636444;334;;;;&amp;tRNA;974692;153;comp;;;&amp;tRNA;2035061;26;comp
fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp
deb;°CDS;640192;79;;;;&amp;tRNA;975497;95;comp;;;&amp;tRNA;2035402;246;comp
;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;;
fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84;
deb;°CDS;711173;51;;;;&amp;tRNA;1070004;78;comp;;;&amp;tRNA;2186256;40;
;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&amp;tRNA;2186381;25;
fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&amp;tRNA;2186493;16;
deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&amp;tRNA;2186583;40;
;&amp;tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&amp;tRNA;2186710;13;
fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133;
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp
&lt;/pre&gt;
====scc intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;1194;;369;;32;26;deb;
;;;669;;452;;52;79;&lt;201;13
;;comp’;152;;176;;64;82;total;18
;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72%
;;;228;;182;;67;124;;
;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin;
;;comp’;237;comp’;202;;84;176;&lt;201;8
;;comp’;180;;82;;102;182;total;17
;;;82;;310;;112;213;taux;47%
;;;102;;412;;138;230;;
;;;52;comp’;334;;171;310;total;
;;;66;;230;;186;369;&lt;201;21
;10;;67;;104;;189;412;total;35
;;;236;;124;;223;423;taux;60%
;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;;
;;comp’;73;comp’;214;;236;452;;
;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;;
;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls
;;;223;;153;;16;34;deb;
;;;112;comp’;95;;71;78;&lt;201;11
;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16
;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69%
;;comp’;173;comp’;193;;86;193;;
;;comp’;140;;79;;140;202;fin;
;;comp’;217;comp’;103;;152;214;&lt;201;5
;;comp’;432;;213;;173;223;total;16
;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31%
;;comp’;86;comp’;34;;185;247;;
;;;186;comp’;351;;196;251;total;
;;;189;;564;;217;252;&lt;201;16
;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32
;;;32;;26;;247;316;taux;50%
;;;64;comp’;246;;273;334;;
;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;24;13;37;;;;;;;
total;34;33;67;;;;;;;
taux;71%;39%;55%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====scc par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;
&lt;/pre&gt;
===spirochetes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est  18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850
&lt;/pre&gt;

==archeo==
===mfi===
====mfi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;
&lt;/pre&gt;

====mfi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81
&lt;/pre&gt;

====mfi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]]
&lt;pre&gt;
mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382
&lt;/pre&gt;

====mfi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]]
&lt;pre&gt;
mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;;
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;;
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;;
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;;
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;;
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;;
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;;
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;;
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;;
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;;
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;;
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;;
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;;
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;2;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;
&lt;/pre&gt;

===mja===
====mja opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;
&lt;/pre&gt;

====mja cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]]
&lt;pre&gt;
mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74
&lt;/pre&gt;

====mja blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]]
&lt;pre&gt;
mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;
&lt;/pre&gt;

====mja remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]]
&lt;pre&gt;
mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====mja distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mja données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;;
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;;
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;;
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;;
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;;
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mja autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*'''Attention''': Correction erreur fin de génome
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;
&lt;/pre&gt;

====mja intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]]
*'''Les intercalaires négatifs:'''
&lt;pre&gt;
mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53
continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166
&lt;/pre&gt;
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;;
;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5
;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219
;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21
;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128
;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100
;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102
;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83
;'''total 1729;&lt;201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35
470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39
47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27
451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36
449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25
291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18
623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37
1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22
694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36
1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21
1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27
328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27
911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44
106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22
91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33
692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21
256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17
1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21
15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25
424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22
1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20
73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25
1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26
777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18
983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16
1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15
518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16
410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11
1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10
1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16
1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12
439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10
489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14
966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16
7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9
325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6
1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9
258119;400;35;1;290;14;;;;215;11
;;36;5;300;4;;;;220;11
;;37;4;310;5;;;;225;5
;;38;6;320;12;;;;230;12
;;39;°11;330;3;;;;235;5
;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7
;;reste;902;350;3;166;;;245;6
;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6
;;;;370;6;;;;255;4
;;;;380;5;;;;260;3
;;;;390;3;;;;265;7
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6
349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7
541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2
575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9
125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5
1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3
1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1
28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4
316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1
1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6
739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6
875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3
1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0
12869;-39;;;530;2;;;;335;5
1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1
1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2
1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1
697374;-35;;;570;0;;;;355;3
1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3
1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4
139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2
312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49
352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&amp;-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&amp;-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&amp;227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&amp;128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;&gt;0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;&lt;0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;&gt;0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;&lt;0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0
diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1
 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56
;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163
&lt;/pre&gt;

====mja autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp
;repeat_region;378;89;;;;&amp;tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532;
fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;;
deb;°CDS;96499;372;comp;;;&amp;tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238;
;&amp;tRNA;97426;91;comp;;;&amp;tRNA;863570;8;;;;&amp;tRNA;873686;102;comp
;&amp;tRNA;97629;241;;;;&amp;tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp
fin;°CDS;97958;;;;;&amp;tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp
deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&amp;tRNA;883681;123;
;&amp;tRNA;111766;19;;;;&amp;tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp
fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp
deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93;
;repeat_region;132922;114;;;;&amp;tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp
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;&amp;tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp
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;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;;
;&amp;tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp
;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&amp;tRNA;1150145;34;
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;&amp;tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp
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;&amp;tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79;
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;&amp;tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484;
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;&amp;tRNA;227704;239;comp;;;&amp;tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp
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;repeat_region;236564;97;;;;&amp;tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68;
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;&amp;tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484;
fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121;
deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp
;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473;
fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223;
deb;°CDS;357984;220;comp;;;&amp;tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;;
;&amp;tRNA;358768;23;;;;&amp;tRNA;764021;50;;;;;;;
;&amp;tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;;
deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mja intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb;
;23;comp’;250;;19;;39;19;&lt;201;6
;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8
;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75%
;18;;31;;32;;133;50;;
;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin;
;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;&lt;201;15
comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17
;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88%
;8;comp’;48;;103;;'''-;95;;
;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total;
;34;;402;;63;;'''-;103;&lt;201;21
;;;133;;;;'''-;154;total;25
;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84%
;;;179;;41;;'''-;177;;
;;;86;;80;;'''-;241;;
;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls
;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb;
;;;39;;1;;64;229;&lt;201;8
;;comp’;210;;243;;65;230;total;14
;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57%
;;comp’;383;;177;;149;'''-;;
;;;;;;;157;'''-;'''fin;
;;;;;;;171;'''-;&lt;201;1
;;;;;;;172;'''-;total;4
;;;;;;;210;'''-;taux;25%
;;;;;;;220;'''-;;
;;;;;;;238;'''-;'''total;
;;;;;;;250;'''-;&lt;201;9
;;;;;;;306;'''-;total;18
;;;;;;;383;'''-;taux;50%
;;;;;;;;;;
;;;;;deb;fin;total;;;
;;;;&lt;201;14;16;30;;;
;;;;total;22;21;43;;;
;;;;taux;64%;76%;70%;;;
&lt;/pre&gt;

===mba===
====mba opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;*
comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;*
comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;*
comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein&quot;;*
;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;*
;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;*
;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;*
comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;*
comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;*
comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;*
;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;*
;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;*
comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;*
comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;*
comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;*
comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;*
&gt;comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;*
comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
&lt;;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;*
;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;*
comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
&gt;;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*
&lt;/pre&gt;

====mba cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]]
&lt;pre&gt;
mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78
&lt;/pre&gt;

====mba blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]]
&lt;pre&gt;
mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*
&lt;/pre&gt;

====mba remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]]
&lt;pre&gt;
mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mba distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;;
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;;
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;;
;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;;
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;;
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488;
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607;
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289;
;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;;
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;;
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;;
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga
1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf
2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;
17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;;
41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;;
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;
;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;;
;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mba autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mba;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;91192;137;;
;tRNA;92076;132;comp;ctc
;tRNA;92293;298;comp;ctc
fin;CDS;92676;;comp;
deb;CDS;98630;535;comp;
;tRNA;99873;222;comp;tcc
fin;CDS;100178;;comp;
deb;CDS;146979;80;comp;
;tRNA;147599;198;comp;acc
fin;CDS;147869;;comp;
deb;CDS;199345;492;comp;
;tRNA;200761;71;comp;aac
;tRNA;200905;119;comp;atgi
;tRNA;201099;790;comp;aac
fin;CDS;201962;;;
deb;CDS;260990;173;;
;tRNA;261706;673;;cgg
fin;CDS;262451;;;
deb;CDS;355894;309;;
;repeat_region;356467;137;;
fin;CDS;359947;;;
deb;CDS;463836;2075;comp;
;tRNA;466799;94;;gga
;tRNA;466965;221;;cta
fin;CDS;467271;;comp;
deb;CDS;473154;298;;
;tRNA;474022;246;comp;gag
fin;CDS;474343;;comp;
deb;CDS;692109;349;comp;
;tRNA;693337;400;;aga
fin;CDS;693812;;comp;
deb;CDS;703446;488;comp;
;tRNA;704447;307;;agg
fin;CDS;704829;;;
deb;CDS;800463;799;comp;
;tRNA;801442;137;comp;agc
;ncRNA;801664;327;comp;
fin;CDS;802306;;;
deb;CDS;1109819;15;;
;tRNA;1110029;63;;atgf
;tRNA;1110167;63;;atgf
;tRNA;1110305;273;;atgf
fin;CDS;1110653;;;
deb;CDS;1134460;235;comp;
;tRNA;1135310;65;comp;tgc
;tRNA;1135447;126;comp;tgc
fin;CDS;1135645;;comp;
deb;CDS;1137210;488;;
;rRNA;1138169;74;comp;122
;rRNA;1138365;209;comp;2833
;rRNA;1141481;835;comp;1489
fin;CDS;1143794;;;
deb;CDS;1249870;423;comp;
;tRNA;1250464;546;comp;aag
fin;CDS;1251084;;;
deb;CDS;1315521;-12;;
;tRNA;1315680;174;comp;cgc
fin;CDS;1315926;;;
deb;CDS;1516050;286;comp;
;tRNA;1516507;760;;caa
fin;CDS;1517340;;comp;
deb;CDS;1538879;36;comp;
;tRNA;1539323;1249;comp;other
fin;CDS;1540645;;comp;
deb;CDS;1546247;576;comp;
;tRNA;1548368;448;comp;aca
fin;CDS;1548890;;;
deb;CDS;1550566;745;;
;tRNA;1551506;506;comp;aca
fin;CDS;1552086;;;
deb;CDS;1621639;433;;
;tRNA;1623269;112;;tac
;tRNA;1623497;300;;gac
fin;CDS;1623870;;comp;
deb;CDS;1657967;616;comp;
;repeat_region;1660242;74;;
fin;CDS;1661656;;;
deb;CDS;1714788;154;;
;tRNA;1715224;187;comp;acg
fin;CDS;1715483;;comp;
deb;CDS;1755811;113;comp;
;tRNA;1756107;0;comp;ccg
fin;CDS;1756182;;comp;
deb;CDS;1842058;16;;
;tRNA;1842212;717;comp;gtg
fin;CDS;1843003;;;
deb;CDS;1852573;1379;comp;
;tRNA;1854261;198;comp;ccc
fin;CDS;1854537;;comp;
deb;CDS;1908225;349;comp;
;tRNA;1909339;445;comp;tgg
fin;CDS;1909976;;;
deb;CDS;1926495;183;;
;tRNA;1927362;125;comp;tcg
fin;CDS;1927571;;comp;
deb;CDS;1975038;78;;
;ncRNA;1976292;428;comp;
fin;CDS;1977078;;;
deb;CDS;2005431;2315;comp;
;tRNA;2009369;199;comp;cca
fin;CDS;2009643;;comp;
deb;CDS;2026807;314;comp;
;tRNA;2028771;513;;ggg
fin;CDS;2029356;;comp;
deb;CDS;2157926;567;;
;tRNA;2159252;349;;atgj
fin;CDS;2159712;;;
deb;CDS;2194967;718;comp;
;rRNA;2196021;209;;1489
;rRNA;2197708;74;;2833
;rRNA;2200689;607;;122
fin;CDS;2201418;;comp;
deb;CDS;2434335;603;comp;
;tRNA;2435213;223;comp;gcc
;tRNA;2435508;74;;atc
;tRNA;2435659;241;;atc
fin;CDS;2435977;;comp;
deb;CDS;2622097;1489;;
;tRNA;2625515;1102;;gta
fin;CDS;2626691;;;
deb;CDS;2650514;164;;
;tRNA;2651461;218;;cac
fin;CDS;2651751;;;
deb;CDS;2663547;318;;
;tRNA;2664987;263;comp;ggc
fin;CDS;2665322;;;
deb;CDS;2856552;134;;
;tRNA;2857544;153;comp;tca
fin;CDS;2857782;;comp;
deb;CDS;3326036;539;;
;tRNA;3327097;995;;tgc
fin;CDS;3328164;;;
deb;CDS;3994472;514;;
;tRNA;3995436;477;comp;cga
fin;CDS;3996007;;;
deb;CDS;4005709;269;;
;tRNA;4006296;860;;ttg
;repeat_region;4007239;169;;
fin;CDS;4009182;;comp;
deb;CDS;4031590;1075;comp;
;tRNA;4032947;182;;cag
fin;CDS;4033202;;comp;
deb;CDS;4041205;96;comp;
;tRNA;4042057;375;;tta
fin;CDS;4042517;;comp;
deb;CDS;4045359;718;comp;
;tRNA;4048993;35;;tta
deb;CDS;4049113;241;comp;
;tRNA;4052645;177;;tta
fin;CDS;4052907;;comp;
deb;CDS;4407561;64;;
;tRNA;4407895;675;;gcg
fin;CDS;4408642;;comp;
deb;CDS;4504139;536;comp;
;tRNA;4504837;220;comp;ctg
fin;CDS;4505142;;comp;
deb;CDS;4551177;566;comp;
;tRNA;4552418;94;;gtc
;tRNA;4552586;7;;ttc
;tRNA;4552668;61;;ggc
;tRNA;4552801;94;;gtc
;tRNA;4552969;7;;ttc
;tRNA;4553051;717;;ggc
fin;CDS;4553840;;;
deb;CDS;4617920;200;;
;tRNA;4618540;351;;gaa
deb;CDS;4618969;377;;
;tRNA;4619568;214;;gaa
fin;CDS;4619860;;comp;
deb;CDS;4673041;289;;
;rRNA;4673933;74;comp;122
;rRNA;4674129;116;comp;2833
;tRNA;4677152;85;comp;gca
;rRNA;4677310;1247;comp;1489
fin;CDS;4680035;;;
deb;CDS;4759174;89;comp;
;tRNA;4759500;655;comp;aaa
fin;CDS;4760232;;comp;
&lt;/pre&gt;

====mba intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;;
mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21
;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23
;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21
;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20
;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14
;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22
;'''total 3943;&lt;201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28
3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6
526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11
1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20
2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14
4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7
818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16
2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20
3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12
376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18
3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12
4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8
1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7
4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6
3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8
372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8
3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9
3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13
3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6
542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18
682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8
3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10
2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9
3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7
2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5
912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4
2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7
2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15
4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9
974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5
4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9
2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8
511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9
2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3
3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9
2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4
63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7
136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3
958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7
301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10
1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;230;22;1080;5
;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3
;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1
;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8
;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4
;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4
4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3
1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5
4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4
493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3
942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3
4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4
4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580
4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109
2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943
1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;;
2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;;
3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;;
2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;;
4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;;
1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;;
1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;;
82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;;
222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;;
3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;;
1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;;
1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;;
3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;;
3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;;
4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;&gt;0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;&lt;0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;&gt;0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;&lt;0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
 - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18
continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22
;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307
&lt;/pre&gt;

====mba autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489;
;&amp;tRNA;92076;132;comp;;;&amp;tRNA;1516507;760;;;;&amp;tRNA;2625515;1102;
;&amp;tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;;
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&lt;/pre&gt;
====mba intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;

===mfe===
====mfe opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_opérons|mfe opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
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;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
&lt;/pre&gt;

====mfe cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80
&lt;/pre&gt;

====mfe blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]]
&lt;pre&gt;
mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*
&lt;/pre&gt;

====mfe remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]]
&lt;pre&gt;
mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfe distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfe données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;;
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;;
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;;
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;;
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;;
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5;
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271;
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;;
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;;
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;;
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfe autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;
&lt;/pre&gt;

===archées synthèse===
====archées distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]]
&lt;pre&gt;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;&gt;1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;
&lt;/pre&gt;
====euryarchaeota, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est  10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832
&lt;/pre&gt;

==génomes synthèse==
===Les intercalaires entre cds d'un génome===
====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]]
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a%
;;;;;;;;;;;
pub;1,307;19,910;&amp;1.63;89;&amp;15,233;;;;;;
ant;3,095;158,387;&amp;'''1.80;85;&amp;'''51,175;;;;;;
abra;1,667;17,186;&amp;1.41;81;10,310;;;;;;
pmg;1,800;48,983;&amp;1.62;85;&amp;27,213;;;;;;
mja;1,729;25,564;&amp;1.45;81;&amp;14,777;;;;;;
fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1
rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16
;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31
rru;3,786;46,193;&amp;1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16
eco;4,024;64,507;&amp;1.46;74;&amp;16,031;;;;;;
cvi;4,282;5,941;&amp;1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&amp;'''45.8;19
ade;4,464;83,541;&amp;1.51;81;&amp;18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17
bsu;4,213;110,979;&amp;1.58;79;&amp;26,323;;;;;;
cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;;
afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;;
ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31
scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;;
Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39
rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1
spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&amp;39
pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&amp;30.0;&amp;41
cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&amp;34.0;&amp;50
blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;;
myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21
mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&amp;49
&lt;/pre&gt;
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a%
pub;1 307;19 910;&amp;1,63;89;&amp;15 233;;;;;;
rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1
rru;3 786;46 193;&amp;1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16
;;;;;;;;;;;
eco;4 024;64 507;&amp;1,46;74;&amp;16 031;;;;;;
spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&amp;39
;;;;;;;;;;;
bsu;4 216;110 979;&amp;1,58;79;&amp;26 323;;;;;;
pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&amp;30,0;&amp;41
;;;;;;;;;;;
cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;;
cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&amp;34,0;&amp;50
;;;;;;;;;;;
ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31
blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;;
;;;;;;;;;;;
myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21
pmg;1 800;48 983;&amp;1,62;85;&amp;27 213;;;;;;
abra;1 667;17 186;&amp;1,41;81;10 310;;;;;;
cvi;4 282;5 941;&amp;1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&amp;45,8;19
ade;4 464;83 541;&amp;1,51;81;&amp;18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17
ant;3 095;158 387;&amp;1,80;85;&amp;51 175;;;;;;
afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;;
scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;;
mja;1 730;25 564;&amp;1,45;81;&amp;14 777;;;;;;
mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&amp;49
&lt;/pre&gt;

====Fréquences des intercalaires cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]]
&lt;pre&gt;
génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;;
gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5;gen;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5
pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438
rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573
rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714
spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723
pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725
cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726
blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639
pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604
abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723
ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690
ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632
mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529
rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;;
faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604
moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714
fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778
effectif;9   9   3;3  12  6;3  11  7;7  10  4;3  10  8;2  13  6;3  13  5;;;;;;;;;effectif;5  11  5;6  11  4;4  11  6;4  11  6;5  11  5;13  6  2; 5  9  7
&lt;/pre&gt;

====Classement des génomes cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]]
&lt;pre&gt;
gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;&lt;0;100;200;370;600;max
'''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1
'''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8
'''abra;2m;''7;&lt;u&gt;65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;&lt;u&gt;11
'''pmg;2m;&lt;u&gt;8,5;''55;''35;&lt;u&gt;11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8
'''mja;2m;°9;&lt;u&gt;64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7
;;;;;;;;;;;;;
fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8
;;;;;;;;;;;;;
rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10
;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16
;;;;;;;;;;;;;
'''rru;4M;°10;&lt;u&gt;'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;&lt;u&gt;'''221;°141;°37;°13
'''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;&lt;u&gt;''8
'''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16
'''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10
'''bsu;4M;°9,5;°72;&lt;u&gt;''64;'''29.29;°81;;°144;°495;&lt;u&gt;'''230;°98;°28;''4
'''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;&lt;u&gt;'''232;&lt;u&gt;'''158;°47;°10
'''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11
'''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28
'''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;&lt;u&gt;'''192;°439;°181;°134;°43;°11
;;;;;;;;;;;;;
Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19
;;;;;;;;;;;;;
'''rtb;1m;'''20;'''85;&lt;u&gt;109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151
'''spl;4M;'''14;'''82;&lt;u&gt;105;°17.06;°76;;''101;''371;&lt;u&gt;215;'''184;'''90;'''40
&amp;'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;&lt;u&gt;110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32
&amp;'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;&lt;u&gt;211;'''221;'''127;'''52
'''blo;2m;&lt;u&gt;11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19
'''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;&lt;u&gt;57;'''42
&amp;'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175
&lt;/pre&gt;

====Les intercalaires tRNAs-cds====
=====comparaison continu-discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]]
*Total des nuls cds-cds
&lt;pre&gt;
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
&lt;/pre&gt;
*tableau
&lt;pre&gt;
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;&lt;0;reste32;reste32%;comp’/&lt;0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
&lt;/pre&gt;

=====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]]
*Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne &quot;opérons sans&quot; dans &quot;genome.opérons&quot;). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
&lt;pre&gt;
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;

cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&amp;37,3;41;2;4,9;&amp;7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&amp;35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&amp;45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&amp;14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&amp;'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&amp;'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&amp;39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&amp;42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&amp;8,0;1;;
pub;&amp;'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&amp;7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&amp;12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
&lt;/pre&gt;

=====Les cds-cds positif-négatif=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]]
&lt;pre&gt;
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;&lt;0 %;&lt;1;reste;total;1-40;&gt;0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3

22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&amp;25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&amp;36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&amp;25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&amp;41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&amp;99;&amp;205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&amp;106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&amp;580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&amp;25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&amp;37.5;950;597;&amp;39;14;1800
pmq;7479;&amp;185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&amp;36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&amp;141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;

tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+;  xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
&lt;/pre&gt;

=====comparaison cds-cds et tRNA-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
;caractéristiques;;;;;;petit;;grand;
gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;&lt;0;inf;sup;inf;sup
abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57
ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28
mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49
pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78
pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07
;;;;;;;;;;
ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65
afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48
ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06
bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59
cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08
cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54
eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92
rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78
spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62
;;;;;;;;;;
blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73
cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68
mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36
myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85
pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68
rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27
scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12

;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;;
gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux
abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5
ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4
mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1
pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5
pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5
;;;;;;;;;;
ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1
afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9
ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3
bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9
cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8
cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4
eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5
rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0
spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3
;;;;;;;;;;
blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9
cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8
mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0
myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0
pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8
rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9
scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
;&lt;201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3
;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;;
genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;;
vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3;
oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5;
ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;&quot;
psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5;
cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; 
hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4;
npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;&quot;
apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5;
mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;&quot;
mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
;total ok;1;6;4;12;8;9;16;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les résultats'''
&lt;pre&gt;
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5
vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5
amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0
ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7
rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7
oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4
abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4
abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0
agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7
aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3
rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9
ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9
lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4
ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5
psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3
cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2
hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7
fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2
npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4
apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3
mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9
mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3
**;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7
bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2
eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9
ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;;
cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9
afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1
scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6
ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1
;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5
pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0
vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0
amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0
ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2
rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7
oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7
abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5
abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4
agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7
aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4
rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0
ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;;
lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;;
ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;;
psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;;
hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;;
fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;;
apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;;
mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;;
mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;;
**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand'''
&lt;pre&gt;
test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal;
cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453;
petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13;
grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9;
totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26;
total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26;
grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;;
;;;;;;;;;;;
test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe
cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374
petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21
grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5
totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78
total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78
grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8);
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko;
p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848;
q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152;
compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu;
cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325;
petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11;
grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8;
totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
grand sans -;(5);;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok
p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630
q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370
compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb
cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828
petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18
grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5
totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
&lt;/pre&gt;
*'''Les calculs des bornes'''
&lt;pre&gt;
;compare;test;;;;;;;;;
;afn;eco;;;;;;;;;
;0,771;21;;;;;;;;;
;0,229;5;;;;;;;;;
;;78;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs
archeo;cds total;total;&lt;0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78
mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2
mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052
mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus;
calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand
petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205
grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;;
;;;;;;;34;40;;17;29
;;;;;;;;;;;
;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3
;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup
&lt;/pre&gt;
=====Récapitulatif des taux discontinu/continu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]]
&lt;pre&gt;
&gt;0;;;&lt;0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&amp;36,5;2;6;&amp;75;1280;&amp;0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&amp;31,08;9564;1224;&amp;11,3;72019;&amp;15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&amp;25,1;&amp;3,4;75793;;28,1
&lt;/pre&gt;

=====Les taux de discontinus par classe génomique=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]]
&lt;pre&gt;
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&amp;25;°24;°6
ant;&amp;10,9;27;&amp;25;°15;°8
mja;&amp;24,2;30;13;42;&amp;36
pmg;&amp;36,0;&amp;39;14;39;&amp;41
pub;&amp;19,0;29;&amp;36;44;&amp;45
$II;;;;;
ade;&amp;11,9;&amp;36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&amp;19,3;&amp;42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&amp;57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&amp;12,3;33;18;43;&amp;35
rru;&amp;10,1;31;18;41;&amp;33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&amp;47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&amp;48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]]
*Tableau 
&lt;pre&gt;
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
 -1;1671;'''17.5;;0;0;;
 -2;4;0.0;;40;3.3;;
 -3;5;0.1;;0;0;;
 -4;&amp;4476;'''46.8;&lt;u&gt;0.38;°410;'''33.5;&lt;u&gt;0.10;
 -5;9;0.1;;3;0.2;;
 -6;4;0.0;;35;2.9;;16
 -7;139;1.5;;19;1.6;;
 -8;&amp;945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
 -9;3;0.0;;25;2.0;;14
 -10;93;1.0;;11;0.9;;
 -11;&amp;498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
 -12;2;0.0;;23;1.9;;8
 -13;94;1.0;;15;1.2;;
 -14;&amp;329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
 -15;1;0.0;;25;2.0;;12
 -16;58;0.6;;13;1.1;;
 -17;&amp;235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
 -18;5;0.1;;13;1.1;;1
 -19;43;0.4;;12;1.0;;
 -20;&amp;162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
 -21;0;0;;11;0.9;;3
 -22;22;0.2;;8;0.7;;
 -23;&amp;107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
 -24;1;0.0;;19;1.6;;8
 -25;34;0.4;;11;0.9;;
 -26;&amp;101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
 -27;2;0.0;;6;0.5;; -2
 -28;19;0.2;;8;0.7;;
 -29;&amp;61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
 -30;0;0;;5;0.4;; -3
 -31;16;0.2;;8;0.7;;
 -32;&amp;45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
 -33;0;0;;3;0.2;; -4
 -34;15;0.2;;7;0.6;;
 -35;&amp;35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
 -36;0;0;;3;0.2;;0
 -37;9;0.1;;3;0.2;;
 -38;&amp;31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
 -39;0;0;;3;0.2;; -4
 -40;5;0.1;;7;0.6;;
 -41;&amp;34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
 -42;0;0;;4;0.3;; -2
 -43;16;0.2;;6;0.5;;
 -44;&amp;24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
 -45;0;0;;2;0.2;; -1
 -46;5;0.1;;3;0.2;;
 -47;&amp;11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
 -48;0;0;;2;0.2;; -2
 -49;11;0.1;;4;0.3;;
 -50;&amp;9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences des &lt;span id=&quot;nd50&quot;&gt;négatifs&lt;/span&gt;, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]]
*Tableau
&lt;pre&gt;
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu   50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]]
&lt;pre&gt;
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&amp;0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&amp;2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&amp;492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&amp;4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&amp;0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&amp;0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&amp;16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
&lt;/pre&gt;
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus=====
======Tableau cds-cds négatifs discontinus======
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]]
&lt;pre&gt;
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰  ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&amp;45;§38;7;56;&amp;&lt;u&gt;70.4;1307;&amp;47;51;&amp;92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&amp;55;§29;16;55;&amp;48.9;1800;&amp;33;38;&amp;88
3;'''ase;17;?48;55;123;&amp;&lt;u&gt;226;?21;24;54;&amp;42.9;&lt;u&gt;'''8197;&amp;&lt;u&gt;109;31;&amp;&lt;u&gt;335
4;'''mja;0;@19;3;8;&amp;30;@63;10;27;&amp;32.4;1730;&amp;26;46;&amp;56
5;'''ant;0;@20;5;18;&amp;43;@47;12;42;&amp;26.8;3095;&amp;40;48;&amp;83
6;'''eco;10;§15;6;18;&amp;39;§38;15;46;&amp;23.4;'''4024;&amp;45;48;&amp;84
7;'''ade;9;?4;17;36;&amp;57;?7;30;63;&amp;22.8;'''4464;&amp;36;35;&amp;93
8;'''rru;5;?6;13;22;&amp;41;?15;32;54;&amp;19.5;'''3786;&amp;28;38;&amp;69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&amp;43;?16;37;47;&amp;16.1;'''4282;&amp;25;36;&amp;68
10;'''scc;1;§9;3;12;&amp;24;§38;13;50;&amp;15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&amp;27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor=&quot;#e8f2a8&quot;|;;?;bgcolor=&quot;#bbe333&quot;|;;@;bgcolor=&quot;#ff00ff&quot;|;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;cdmc&quot;&gt;Coefficient&lt;/span&gt; de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
&lt;pre&gt;
	14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs continus		14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs discontinus				
gen	r50	“5	“6	“7	“8	total	cds	r80	“5	“6	“7	“8	total
abra	13	211	0	11	174	409	1667	0	2	3	0	3	8
ade	9	607	0	25	72	713	4464	9	36	4	17	36	102
afn	9	167	2	20	105	303	2039	1	1	1	1	0	4
ant	6	387	1	33	252	679	3095	0	40	20	5	18	83
ase	28	1054	3	70	145	1300	8197	17	109	48	55	123	352
blo	2	161	1	10	36	210	1772	2	3	1	4	8	18
bsu	17	305	0	42	209	573	4215	4	14	5	7	5	35
cbei	4	153	0	32	200	389	5622	0	4	2	2	3	11
cbn	0	62	0	23	82	167	2491	0	0	5	0	4	9
cvi	4	493	0	38	152	687	4282	1	25	7	16	20	69
eco	22	423	0	47	152	644	4024	10	45	15	6	18	94
mba	6	152	7	34	108	307	3943	0	6	3	3	10	22
mja	6	78	0	17	62	163	1730	0	26	19	3	8	56
myr	0	133	0	22	127	282	3555	0	9	5	1	5	20
pmg	2	105	0	10	41	158	1800	0	33	16	9	30	88
pmq	16	466	1	44	226	753	7223	1	14	8	5	14	42
pub	3	233	2	14	129	381	1307	0	47	17	3	25	92
rru	11	475	0	26	97	609	3786	5	28	6	13	22	74
rtb	0	43	0	9	46	98	793	0	1	0	0	3	4
scc	6	195	1	22	95	319	1805	1	3	9	3	12	28
spl	5	262	0	30	117	414	4213	0	7	1	1	3	12
total	169	6165	18	579	2627	9558	72023	51	453	195	154	370	1223
&lt;/pre&gt;
*Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
&lt;pre&gt;
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. 
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails======
*Fréquences &lt;span id=&quot;disc80&quot;&gt;des&lt;/span&gt; discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
&lt;/pre&gt;

======Restes des cds-cds négatifs======
*Restes &lt;span id=&quot;rcdsn&quot;&gt;des&lt;/span&gt; cds-cds négatifs
&lt;pre&gt;
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]]
*Tableau cds-cds-c
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;&lt;u&gt;'''37;&lt;u&gt;'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&amp;5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&amp;7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&amp;77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;&lt;u&gt;'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&amp;32.1;1054;&amp;81;158.6;&amp;&lt;u&gt;8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&amp;25.8;607;&amp;&lt;u&gt;85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&amp;72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&amp;78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&amp;177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&amp;219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;&lt;u&gt;'''5.9;211;°52;&amp;245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&amp;&lt;u&gt;292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
&lt;/pre&gt;
*Tableau cds-cds-x
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;&lt;u&gt;'''67;&amp;121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&amp;87;&amp;5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&amp;118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&amp;48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&amp;32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&amp;93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&amp;7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;&lt;u&gt;'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&amp;&lt;u&gt;8 197;?21;31;&amp;42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;&lt;u&gt;'''13;4464;?7;35;&amp;22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&amp;23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&amp;16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&amp;19.5
'''scc;108;12.2;53;&amp;177;'''25;°1 805;§38;11;&amp;15.5
'''ant;125;10.7;&amp;81;&amp;219;&amp;74;3095;@47;48;&amp;26.8
'''abra;127;6.6;&amp;104;&amp;245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&amp;99;&amp;&lt;u&gt;292;&amp;&lt;u&gt;190;'''1 307;§38;51;&amp;&lt;u&gt;70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences &lt;span id=&quot;fncont&quot;&gt;des&lt;/span&gt; intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
&lt;pre&gt;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
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-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max  40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
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§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&amp;'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&amp;mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max  50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&amp;'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor=&quot;#66ffff&quot;|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor=&quot;#ffff00&quot;|;;&amp;;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&amp;mba;348;17;
[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&amp;cbei;708;18;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&amp;pmq;813;19;
§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&amp;'''scc;71;20;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&amp;'''blo;138;21;
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]]
*Légende
&lt;pre&gt;
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30  ‰ ;;;teff;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&amp;pmq;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&amp;cbei;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&amp;[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&amp;'''blo;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&amp;[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&amp;mba;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&amp;mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&amp;'''scc;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;&lt;u&gt;2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&amp;pmq;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&amp;cbei;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&amp;'''blo;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;&lt;u&gt;3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&amp;mba;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&amp;'''scc;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]]
*Légende
*Tableau
&lt;pre&gt;
Sc+  40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&amp;'''1.7;4;13;&amp;-10.7;$131;pr1;'''rtb;&amp;'''39;&amp;27;&amp;18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&amp;981;6;8;13;13;$0;2;58;&amp;-11.0;&amp;367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&amp;882;7;11;11;34;&amp;5.8;4;43;&amp;-11.3;&amp;630;pro1;'''rru;&amp;32;&amp;28;&amp;13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&amp;897;6;10;13;50;&amp;9.3;1;58;&amp;-9.0;&amp;815;pro;'''cvi;&amp;30;&amp;30;&amp;17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&amp;929;5;9;19;51;&amp;8.0;2;63;&amp;-14.7;&amp;876;pro;'''ade;&amp;30;&amp;32;&amp;15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&amp;923;7;9;14;88;&amp;'''37.0;1;109;&amp;-15.8;&amp;836;pro;'''ant;&amp;'''37;&amp;39;&amp;14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&amp;894;5;9;13;61;&amp;12.0;2;54;&amp;-13.7;&amp;902;pro;'''eco;&amp;27;&amp;35;&amp;17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&amp;881;6;10;13;33;&amp;5.0;2;53;&amp;-10.0;&amp;683;pro1;'''spl;&amp;30;&amp;31;&amp;15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&amp;9.3;4;32;&amp;-14.0;&amp;474;pro-a;'''mja;$23;&amp;31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&amp;922;7;12;23;46;&amp;4.6;2;78;&amp;-11.0;&amp;899;pro1-a;'''myr;&amp;'''42;$25;&amp;16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&amp;895;7;12;4;33;&amp;5.8;1;58;&amp;-9.0;&amp;420;pro1;'''abra;&amp;'''41;&amp;30;&amp;14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;fc40&quot;&gt;Données&lt;/span&gt;
&lt;pre&gt;
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]]
*Légende
&lt;pre&gt;
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+  40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15   611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]]
*Les tRNA-tRNA x+
&lt;pre&gt;
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 &quot;8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210&quot;
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;
&lt;/pre&gt;

===Les blocs à tRNA===
===Les cds dans les blocs à tRNA===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]]
&lt;pre&gt;
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328  ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;&lt; ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp &lt; ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;
&lt;/pre&gt;

==Les totaux des génomes par type==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]]
*Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).
&lt;pre&gt;
;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;1;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;abra;;14; ;;;;;;abra;12;;;;;;;;abra;0;;;;;;;;abra;;; ;16;1;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal &gt;1aa 1aa duplicata;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;;;apal;;;;12 *;1;;12
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;;;
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;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
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;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;4;tcc;;tac;4;tgc;2
1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;tta 2;atc;1;acc;;aac;5;agc;1
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;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;3;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;4;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas;;;;;;;;
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
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atgi;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac;;;;;;;;
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aac2;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
2 aac;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
1-3aas;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atgi;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
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2 aaa;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
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;cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;39
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
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acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
3 aac;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
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2 atgf;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
tgg;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
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;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
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;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
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;afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;8;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;52
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
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;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;22;;;;;;;;;3;;;;;;;;;16
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
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;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
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;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;15;;;;;;;;;22;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;6;;;;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;;;;;;;;
;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 &gt;1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;39;;;;;;;;;20;;;;;;;;;10;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 &gt;1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;35;;;;;;;;;5;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
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;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;30;;;;;;;;;10;;;;;;;;;13;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;22;;;;;;;;;37;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;continus;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ttc2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ggc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;1;agc;;tcc2;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;cac3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;(gaa cgt)2;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+&gt;a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;
&lt;/pre&gt;
===Les totaux des types===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]]
&lt;pre&gt;
bacts;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666
&lt;/pre&gt;

===La référence +5s &gt;3===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_&gt;3|La référence +5s &gt;3]]
&lt;pre&gt;
La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===totaux par rapport au groupe de référence===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114
&lt;/pre&gt;

==Caractérisation des tRNAs==
===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_&gt;1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication]]
&lt;pre&gt;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;
&lt;/pre&gt;
====Construction du tableau avec les sous-totaux====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]]
*Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]]
*Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie &quot;formule&quot; pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
*Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
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ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
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ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
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total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23;;beta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
delta1;;;;;;;45;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18;;delta1;;;;;;;;;delta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;2;aac;0;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;0;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
&lt;/pre&gt;
===Les processus +16s -16s -5s 1-3aas===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_-5s_1-3aas|Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas]]
====Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_1-3aas_-5s_comparés_à_la_référence|Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence]]
&lt;pre&gt;
;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135
&lt;/pre&gt;
====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]]
&lt;pre&gt;
+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000
&lt;/pre&gt;

====Classement des tRNAs avec les 8 processus====  
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]]
&lt;pre&gt;
;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-
&lt;/pre&gt;

==Les intercalaires dans les genome.cumuls==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]]
*'''Récapitulatif des chapitres cumuls'''
* - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
* - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
* - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
&lt;pre&gt;
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;
&lt;/pre&gt;</text>
      <sha1>0xcb1chjjcpz4u02gg22s9ohqumnnr7</sha1>
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      <contributor>
        <username>Mekkiwik</username>
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  | idfaculté = biologie
  | numéro    = 12
  | niveau    = 
  | précédent = [[../archeo/]]
  | suivant = [[../Apmq/]]
}}
__TOC__
==bacilli==
===Bacillus subtilis===
====bsu====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] 
&lt;pre&gt;
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====bsu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]]
&lt;pre&gt;
bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====bsu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta
;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca
;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa
;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta
;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc
1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta
;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt
;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca
;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca
;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc
;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc
2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt
1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca
;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca
;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt
1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga
1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf
;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac
;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc
;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa
2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta
1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf
;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac
;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc
;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca
;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac
;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg
;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac
;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa
;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc
;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc
;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta
;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg
;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa
;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc
;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac
1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc
;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga
;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac
12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc
12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac
0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj
;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca
;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg
;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====bsu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;bsu;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6994;350;;
;rRNA;9810;99;;16s
;tRNA;11464;11;;atc
;tRNA;11552;81;;gca
;rRNA;11709;55;;23s
;rRNA;14692;36;;5s
fin;CDS;14847;;comp;
deb;CDS;19968;52;;
;misc_RNA;20611;56;;
deb;CDS;20880;134;;
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fin;CDS;22496;;comp;
deb;CDS;25852;41;;
;misc_RNA;26379;81;;
fin;CDS;26814;;;
deb;CDS;29772;243;;
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;tRNA;31932;11;;atc
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;rRNA;98110;55;;23s
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;tRNA;166168;8;;cca
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;rRNA;168218;55;;23s
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;rRNA;176197;767;;5s
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;tRNA;3172600;17;comp;atgf
;tRNA;3172694;6;comp;tca
;tRNA;3172793;2;comp;atgi
;tRNA;3172872;19;comp;atgj
;tRNA;3172968;5;comp;gca
;tRNA;3173046;15;comp;cca
;tRNA;3173138;9;comp;cgt
;tRNA;3173224;14;comp;tta
;tRNA;3173324;5;comp;ggc
;tRNA;3173404;10;comp;ctg
;tRNA;3173501;37;comp;aaa
;tRNA;3173614;32;comp;aca
;tRNA;3173722;20;comp;gta
;rRNA;3173818;55;comp;5s
;rRNA;3173991;167;comp;23s
;rRNA;3177086;464;comp;16s
;misc_RNA;3179105;99;;
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fin;CDS;3194635;;comp;
deb;CDS;3334646;423;;
;ncRNA;3335414;205;;
fin;CDS;3335751;;;
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;misc_RNA;3360937;-211;;
fin;CDS;3360974;;;
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deb;CDS;3403493;108;;
;misc_RNA;3404546;158;;
fin;CDS;3404835;;;
deb;CDS;3419656;103;;
;misc_RNA;3421169;116;;
fin;CDS;3421465;;;
deb;CDS;3449732;185;;
;misc_RNA;3450712;176;;
fin;CDS;3451248;;;
deb;CDS;3489910;68;;
;misc_RNA;3491322;97;;
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deb;CDS;3544642;284;;
;tRNA;3545889;269;comp;cgg
fin;CDS;3546234;;;
deb;CDS;3854256;53;;
;misc_RNA;3856226;31;;
;misc_RNA;3856479;81;;
fin;CDS;3856782;;;
deb;CDS;3946394;0;;
;misc_RNA;3946910;41;;
fin;CDS;3947158;;;
;misc_RNA;3988840;388;;
deb;CDS;3997221;65;;
;misc_RNA;3997775;82;;
deb;CDS;3997964;68;;
;misc_RNA;3999166;77;;
fin;CDS;3999350;;;
deb;CDS;4004288;386;;
;misc_RNA;4005523;126;;
fin;CDS;4005752;;;
deb;CDS;4095915;89;;
;misc_RNA;4096997;6;;
fin;CDS;4097416;;;
deb;CDS;4153696;383;comp;
;tRNA;4154787;35;comp;ttc
;tRNA;4154895;81;comp;gac
;tRNA;4155053;9;comp;gaa
;tRNA;4155134;223;comp;aaa
fin;CDS;4155433;;comp;
deb;CDS;4169166;189;;
;misc_RNA;4169802;125;;
fin;CDS;4170045;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;
bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608
;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27
;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165
;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94
;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254
;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190
;'''total 4213;&lt;201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122
390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126
3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153
2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100
2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65
2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54
1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60
2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62
785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78
3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84
2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69
875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83
1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51
2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59
2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57
873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57
1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73
1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65
1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61
1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66
2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61
548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51
674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42
554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62
2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48
4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54
376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46
661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53
820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38
560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42
2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40
1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32
1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27
3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32
552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21
1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34
2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24
2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15
2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16
3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;17
4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27
599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24
;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19
;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19
;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15
;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15
;;;;380;11;;720;0;260;11
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20
387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15
3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17
2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12
2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11
1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8
2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7
1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8
3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8
2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8
538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4
1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7
238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5
1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4
2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12
2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5
3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6
2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5
2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6
2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2
989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4
2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2
2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136
;;;;total;4213;;total;4213;total;4213
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&amp;-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&amp;12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&amp;211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&amp;145;50;-;850;poly;104;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;&gt;0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;&lt;0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;&gt;0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;&lt;0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6
290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0
330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1
340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3
350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0
360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1
370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2
380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0
390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1
400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8
reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0
total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3
diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2
 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30
continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35
;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573
&lt;/pre&gt;

====bsu autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125;
;$rRNA;9810;99;;;;&amp;tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64;
;&amp;tRNA;11464;11;;;;&amp;tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;;
;&amp;tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61;
;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244;
;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;;
fin;°CDS;14847;;comp;;;&amp;tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43;
deb;°CDS;19968;52;;;;&amp;tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106;
;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;;
deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153;
;&amp;tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8;
fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;;
deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23;
;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44;
fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;;
deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109;
;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102;
;&amp;tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;;
;&amp;tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167;
;$rRNA;32177;133;;;;&amp;tRNA;951582;5;;;;&amp;tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196;
;$rRNA;35237;175;;;;&amp;tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;;
fin;°CDS;35531;;;;;&amp;tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp
deb;°CDS;69626;168;;;;&amp;tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&amp;tRNA;3171879;25;comp
;&amp;tRNA;70181;9;;;;&amp;tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&amp;tRNA;3171976;3;comp
;&amp;tRNA;70267;199;;;;&amp;tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&amp;tRNA;3172070;10;comp
fin;°CDS;70538;;;;;&amp;tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&amp;tRNA;3172155;15;comp
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;$rRNA;90536;164;;;;&amp;tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&amp;tRNA;3172331;17;comp
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;&amp;tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp
;&amp;tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423;
;&amp;tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205;
;&amp;tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;;
;&amp;tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156;
;&amp;tRNA;166253;171;;;;&amp;tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211;
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;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105;
;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114;
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;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158;
fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;;
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;&amp;tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116;
;&amp;tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&amp;tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;;
;&amp;tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185;
;&amp;tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176;
;&amp;tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;;
fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68;
deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97;
;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;;
fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284;
deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&amp;tRNA;3545889;269;comp
;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;;
fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53;
deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31;
;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81;
fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;;
deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0;
;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41;
fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;;
deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp
;&amp;tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp
;&amp;tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;;
;&amp;tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65;
;&amp;tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82;
;&amp;tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68;
;&amp;tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77;
;&amp;tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;;
fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386;
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;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;;
fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89;
deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6;
;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;;
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;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&amp;tRNA;4154895;81;comp
fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&amp;tRNA;4155053;9;comp
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&amp;tRNA;4155134;223;comp
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&amp;tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] 
&lt;pre&gt;
bsu-lmo  comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;
&lt;/pre&gt;

===Listeria monocytogenes===
====lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]]
&lt;pre&gt;
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;
&lt;/pre&gt;
====lmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa
;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc
;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac
;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc
2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga
1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac
1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc
1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac
;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf
;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca
;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi
1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj
;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca
1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca
;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt
;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta
;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc
;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta
;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa
;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca
;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta
;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg
;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc
;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc
;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa
;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac
;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg
;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac
;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc
;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac
;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf
;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta
;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa
1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc
;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac
;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;;
1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;;
;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;;
;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;;
1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;;
10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;;
9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;;
0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;;
;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;;
;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====lmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Construction: remarque sur les nombreux regulatory
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
&lt;/pre&gt;

====lmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]]
&lt;pre&gt;
lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;
&lt;/pre&gt;

===lam===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]]
&lt;pre&gt;
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;
&lt;/pre&gt;
===lam blocs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]]
&lt;pre&gt;
lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;
&lt;/pre&gt;
====lam distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
&gt;1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lam données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;;
;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc
;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;;
;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;;
;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac
3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta
;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra
;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca
3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig
1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta
;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa
1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca
1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta
;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt
1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca
;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj
;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi
;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf
;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc
;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga
1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc
;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc
;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc
;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac
;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;;
;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc
;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc
;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc
;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg
;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa
;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca
;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf
;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac
;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc
;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac
;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg
;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac
;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa
15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc
15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca
;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt
;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca
&lt;/pre&gt;
=====lam autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
&lt;/pre&gt;

===ppm===
====opérons====
=====ppm chromosome=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide=====
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide MAJ=====
&lt;pre&gt;
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
&lt;/pre&gt;
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
&lt;/pre&gt;
====ppm blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]]
&lt;pre&gt;
ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]]
*Chromosome
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
&lt;/pre&gt;
*Plasmide
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
&lt;/pre&gt;
====ppm données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca
;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg
;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt
;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc
;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa
;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac
;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf
;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta
;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa
2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc
;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac
;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga
3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca
1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt
1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc
;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta
;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa
1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa
;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta
;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa
3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc
;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac
1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;;
1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;;
4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;;
1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;;
1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;;
1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;;
;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;;
;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;;
;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;;
;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;;
;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;;
;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;;
;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;;
;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;;
;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;;
;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;;
1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;;
;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;;
2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;;
23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;;
21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;;
0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;;
;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;
;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;
;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;
;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
&lt;/pre&gt;

===pmq===
====pmq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]]
&lt;pre&gt;
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
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;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
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;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
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;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
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;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
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;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
;701671..701747;atgf;;4;;;4;;
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;702009..702095;ctg;;4;;;4;;
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;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
;1074588..1076136;16s;;260;;;;;
;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;;
;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
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;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
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;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74;
;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;;
comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;;
comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
&lt;/pre&gt;
====pmq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;
&lt;/pre&gt;
====pmq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]]
&lt;pre&gt;
Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234
&lt;/pre&gt;
====pmq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
&lt;/pre&gt;
====pmq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc
;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf
;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj
;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc
1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca
1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca
;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc
;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa
;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac
1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac
;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca
;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa
2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc
;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg
;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc
;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa
;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt
;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa
2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg
15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf
13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc
0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa
;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;;
;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;;
;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pmq;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9206;318;;
;rRNA;10595;280;;16s
;rRNA;12412;97;;23s
;rRNA;15439;178;;5s
fin;CDS;15734;;;
deb;CDS;20252;47;;
;tRNA;21580;137;;tca
fin;CDS;21807;;;
deb;CDS;25422;222;;
;tRNA;26388;183;comp;cgg
fin;CDS;26644;;;
deb;CDS;178456;299;;
;rRNA;179754;266;;16s
;rRNA;181557;170;;23s
;rRNA;184657;15;;5s
;tRNA;184789;29;;agc
;tRNA;184906;39;;atgj
;tRNA;185022;15;;gta
;tRNA;185113;14;;atgf
;tRNA;185204;48;;gac
;tRNA;185329;5;;ttc
;tRNA;185410;9;;aca
;tRNA;185495;15;;tac
;tRNA;185595;183;;aaa
fin;CDS;185854;;comp;
deb;CDS;217565;129;comp;
;tRNA;218276;261;comp;cgg
fin;CDS;218612;;;
deb;CDS;230970;186;;
;tmRNA;231642;140;;
fin;CDS;232145;;;
deb;CDS;253921;673;;
;rRNA;255200;280;;16s
;rRNA;257017;97;;23s
;rRNA;260044;55;;5s
;tRNA;260216;19;;atc
;tRNA;260312;16;;gca
;tRNA;260404;9;;gaa
;tRNA;260485;20;;tac
;tRNA;260590;3;;aac
;tRNA;260669;19;;gta
;tRNA;260764;20;;gac
;tRNA;260861;15;;ttc
;tRNA;260949;10;;aaa
;tRNA;261032;3;;ctg
;tRNA;261122;12;;ggc
;tRNA;261209;15;;tgc
;tRNA;261296;5;;cgt
;tRNA;261375;158;;cca
;tRNA;261607;4;;gca
;tRNA;261687;5;;acc
;tRNA;261765;19;;tcg
;tRNA;261874;17;;agc
;tRNA;261979;5;;gtc
;tRNA;262060;39;;acg
;tRNA;262174;41;;tcc
;tRNA;262304;283;;ctc
fin;CDS;262670;;;
deb;CDS;578195;320;;
;rRNA;579376;269;;16s
;rRNA;581183;168;;23s
;rRNA;584281;31;;5s
;tRNA;584429;10;;aac
;tRNA;584512;38;;tcc
;tRNA;584639;11;;gaa
;tRNA;584722;17;;gta
;tRNA;584815;15;;atgf
;tRNA;584907;67;;gac
;tRNA;585051;11;;acg
;tRNA;585137;10;;cac
;tRNA;585223;5;;caa
;tRNA;585303;17;;aaa
;tRNA;585396;40;;ggc
;tRNA;585511;24;;ggc
;tRNA;585610;8;;ttg
;tRNA;585698;19;;cca
;tRNA;585794;1;;gga
;tRNA;585869;187;;aga
fin;CDS;586130;;;
deb;CDS;672473;18;;
;tRNA;672968;7;;aac
;tRNA;673051;297;;agc
;tRNA;673436;9;;gaa
;tRNA;673517;180;;ctc
fin;CDS;673780;;;
deb;CDS;674382;159;;
;tRNA;675438;64;;ctc
fin;CDS;675585;;;
deb;CDS;694284;793;;
;rRNA;696430;272;;16s
;rRNA;698239;96;;23s
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;tRNA;701510;5;;gaa
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;tRNA;701835;8;;caa
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;tRNA;702100;11;;ggc
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;tRNA;702272;577;;cca
fin;CDS;702926;;;
deb;CDS;1073441;377;;
;rRNA;1074592;271;;16s
;rRNA;1076400;170;;23s
;rRNA;1079500;9;;5s
;tRNA;1079626;6;;aac
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;tRNA;1081117;150;;ttg
fin;CDS;1081347;;;
deb;CDS;1210625;354;;
;tRNA;1213874;16;;gca
;tRNA;1213966;12;;gaa
;tRNA;1214050;16;;gta
;tRNA;1214142;17;;gac
;tRNA;1214236;9;;cac
;tRNA;1214321;9;;caa
;tRNA;1214405;8;;aaa
;tRNA;1214486;3;;ctg
;tRNA;1214576;169;;ggc
fin;CDS;1214817;;comp;
deb;CDS;1594387;533;;
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;rRNA;1596999;96;;23s
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;tRNA;1600185;19;;atc
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;tRNA;1600454;5;;gta
;tRNA;1600535;10;;aca
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;tRNA;1600724;4;;aac
;tRNA;1600804;21;;gta
;tRNA;1600901;12;;atgf
;tRNA;1600990;34;;gac
;tRNA;1601101;13;;cac
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;tRNA;1601462;5;;ctg
;tRNA;1601554;14;;ggc
;tRNA;1601643;10;;tgc
;tRNA;1601724;5;;cgt
;tRNA;1601803;105;;cca
fin;CDS;1601982;;;
deb;CDS;1834781;106;;
;tRNA;1835367;137;;gcc
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;ncRNA;2148556;114;;
fin;CDS;2148850;;;
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;tRNA;2208417;315;;ctg
fin;CDS;2208816;;;
deb;CDS;3456514;256;;
;tRNA;3457043;142;;ccc
fin;CDS;3457262;;;
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;tRNA;5005677;13;comp;tcc
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;tRNA;5005872;167;comp;tcg
;ncRNA;5006126;132;;
fin;CDS;5006353;;;
deb;CDS;6383256;228;comp;
;tRNA;6384402;72;;gtc
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;tRNA;6391273;7;comp;tta
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;tRNA;6391462;75;comp;atgf
fin;CDS;6391614;;comp;
deb;CDS;6561157;118;;
;ncRNA;6563228;95;comp;
fin;CDS;6563744;;comp;
deb;CDS;7354507;342;;
;tRNA;7355080;28;comp;ctc
;tRNA;7355191;12;comp;tcc
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;tRNA;7355383;14;comp;atgj
;tRNA;7355474;8;comp;agc
;tRNA;7355570;4;comp;tcg
;tRNA;7355664;4;comp;acc
;tRNA;7355741;119;comp;gca
;ncRNA;7355936;36;;
;tRNA;7356067;6;comp;cca
;tRNA;7356147;104;comp;cgt
;tRNA;7356325;7;comp;ggc
;tRNA;7356404;9;comp;ctg
;tRNA;7356500;9;comp;aaa
;tRNA;7356582;9;comp;caa
;tRNA;7356666;17;comp;cac
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;tRNA;7356848;4;comp;gta
;tRNA;7356928;15;comp;aac
;tRNA;7357019;8;comp;tac
;tRNA;7357112;5;comp;aca
;tRNA;7357193;15;comp;gaa
;tRNA;7357280;9;comp;gcc
;tRNA;7357365;54;comp;atc
;rRNA;7357493;113;comp;5s
;rRNA;7357723;269;comp;23s
;rRNA;7360922;399;comp;16s
fin;CDS;7362858;;;
deb;CDS;7618150;280;;
;tRNA;7619123;335;comp;ggg
fin;CDS;7619529;;;
deb;CDS;7666633;104;comp;
;tRNA;7668174;5;comp;ggg
;tRNA;7668250;106;comp;cca
;tRNA;7668433;11;comp;cgt
;tRNA;7668518;5;comp;ggc
;tRNA;7668598;13;comp;ctg
;tRNA;7668698;16;comp;ctc
;tRNA;7668800;10;comp;aaa
;tRNA;7668883;28;comp;tac
;tRNA;7668996;12;comp;ttc
;rRNA;7669084;161;comp;5s
;rRNA;7669362;268;comp;23s
;rRNA;7672563;533;comp;16s
fin;CDS;7674633;;;
deb;CDS;7853177;84;comp;
;tRNA;7853819;230;comp;cac
;tRNA;7854123;404;comp;cac
fin;CDS;7854601;;comp;
deb;CDS;8100441;123;comp;
;rRNA;8100978;169;comp;5s
;rRNA;8101264;259;comp;23s
;rRNA;8104437;321;comp;16s
fin;CDS;8106295;;comp;
deb;CDS;8151918;460;comp;
;rRNA;8152909;96;comp;5s
;rRNA;8153128;269;comp;23s
;rRNA;8156327;272;comp;16s
fin;CDS;8158136;;comp;
deb;CDS;8256928;86;;
;tRNA;8257833;5;comp;gga
;tRNA;8257909;16;comp;cca
;tRNA;8258002;4;comp;cgt
;tRNA;8258083;8;comp;ggc
;tRNA;8258166;42;comp;cta
;tRNA;8258291;8;comp;aaa
;tRNA;8258375;9;comp;caa
;tRNA;8258459;4;comp;tgg
;tRNA;8258537;5;comp;atgf
;tRNA;8258619;5;comp;gtc
;tRNA;8258700;11;comp;gaa
;tRNA;8258786;43;comp;atc
;rRNA;8258903;96;comp;5s
;rRNA;8259116;267;comp;23s
;rRNA;8262313;302;comp;16s
fin;CDS;8264152;;comp;
deb;CDS;8322744;393;comp;
;rRNA;8323599;96;comp;5s
;rRNA;8323812;269;comp;23s
;rRNA;8327015;365;comp;16s
fin;CDS;8328917;;comp;
deb;CDS;8351919;396;comp;
;tRNA;8354811;149;comp;atgj
fin;CDS;8355034;;comp;
deb;CDS;8389988;296;;
;rRNA;8390809;96;comp;5s
;rRNA;8391022;270;comp;23s
;rRNA;8394222;230;comp;16s
fin;CDS;8395989;;comp;
deb;CDS;8399622;208;comp;
;ncRNA;8400892;47;comp;
fin;CDS;8401203;;comp;
deb;CDS;8616478;417;comp;
;tRNA;8617342;157;;gac
fin;CDS;8617576;;;
deb;CDS;8724363;455;;
;tRNA;8725070;165;comp;tcg
fin;CDS;8725326;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;;
pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;;
pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15
;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10
;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6
;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6
;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10
;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8
;'''total 7223;&lt;201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5
6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6
6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4
4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5
3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5
1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5
1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5
1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4
8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6
6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5
4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4
1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3
4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5
2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3
896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5
6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6
2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1
1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1
1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7
2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2
3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2
4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3
1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3
880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3
5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2
5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4
8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5
7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2
7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2
5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2
8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0
359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2
7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2
1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2
3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1
1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2
7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2
5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2
3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4
3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquence5;225;65;1070;0
933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1
8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3
1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1
1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1
1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0
2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0
5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0
7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1
247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1
1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1
7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0
2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3
;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1
;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27
4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232
5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;;
1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;;
5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;;
3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;;
5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;;
7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;;
2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;;
4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;;
2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;;
2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;;
1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;;
7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;;
1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;;
3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;;
6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;;
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&amp;-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&amp;143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;113;46;-;886;dte;51;Sf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;&gt;0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;&lt;0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;&gt;0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;&lt;0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51
comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4
continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42
;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753
&lt;/pre&gt;

====pmq autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp
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;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp
;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp
;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&amp;tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp
;&amp;tRNA;584429;10;;;;&amp;tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&amp;tRNA;8617342;157;
;&amp;tRNA;584512;38;;;;&amp;tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;;
;&amp;tRNA;584639;11;;;;&amp;tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455;
;&amp;tRNA;584722;17;;;;&amp;tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&amp;tRNA;8725070;165;comp
;&amp;tRNA;584815;15;;;;&amp;tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp
;&amp;tRNA;584907;67;;;;&amp;tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585051;11;;;;&amp;tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585137;10;;;;&amp;tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585223;5;;;;&amp;tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585303;17;;;;&amp;tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585396;40;;;;&amp;tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585511;24;;;;&amp;tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585610;8;;;;&amp;tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585698;19;;;;&amp;tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585794;1;;;;&amp;tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585869;187;;;;&amp;tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;586130;;;;;&amp;tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;47;;137;;18;64;'''deb;
comp’;222;comp’;183;;47;75;&lt;201;8
;;comp’;183;;84;105;total;12
;129;comp’;261;;104;137;taux;67%
;;;283;;106;142;'''fin;
;;;187;;129;149;&lt;201;11
;18;;180;;142;150;total;15
;159;;64;;159;157;taux;73%
;;;577;;256;165;;
;;;150;;354;180;'''total;
;354;comp’;169;;394;187;&lt;201;19
;;;105;;396;283;total;27
;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70%
comp’;192;;315;;'''-;404;;
;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls
;394;;;;86;72;;
comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2
;142;;75;;222;169;;8
comp’;342;;;;228;183;;
comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5
;104;;;;342;261;;7
;84;;404;;417;335;'''total;
comp’;86;;;;455;'''-;&lt;201;7
;396;;149;;;;total;15
comp’;417;;157;;;;taux;47%
comp’;455;;165;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;
&lt;201;10;16;26;;;;;
total;20;22;42;;;;;
taux;50%;73%;62%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===lbu===
====lbu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]]
&lt;pre&gt;
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128
;19366..19438;act;@1;195;195;;;;
;19634..20371;CDS;;6912;;;;246;
;;;;;;;;;
;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834;
;30062..30134;act;;134;134;;;;134
;30269..30907;CDS;;11768;;;;213;
;;;;;;;;;
;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191;
;43700..45271;16s;;209;;;;;
;45481..48391;23s;;69;;;;;
;48461..48577;5s;;275;275;;;;275
;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80;
;;;;;;;;;
comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56
comp;106604..106679;aag;;125;125;;;;
;106805..107533;CDS;;103754;;;;243;
;;;;;;;;;
;211288..212553;CDS;;94;94;;;422;
;212648..212720;acc;;23;23;;;;23
comp&lt;;212744..213262;CDS;;64997;;;;173;
;;;;;;;;;
;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69
comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;;
;279250..280275;CDS;;44047;;;;342;
;;;;;;;;;
comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117
;325067..325138;ggc;+;4;;4;;;
;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;;
;325325..325399;ggc;;155;155;;;;
;325555..326016;CDS;;37886;;;;154;
;;;;;;;;;
;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98
;364493..364564;caa;;614;*614;;;;
;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394;
;;;;;;;;;
;366347..367402;CDS;;75;75;;;352;
;367478..367559;tac;;5;;5;;;
;367565..367636;caa;;62;62;;;;62
&lt;;367699..368318;CDS;;14127;;;;207;
;;;;;;;;;
;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30
;382938..383026;ctt;;118;118;;;;
;383145..383768;CDS;;70441;;;;208;
;;;;;;;;;
;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61
;455591..455665;agg;;341;341;;;;
;456007..457035;CDS;;75557;;;;343;
;;;;;;;;;
;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82
comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;;
;533739..534782;CDS;;48963;;;;348;
;;;;;;;;;
;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57
comp;584786..584858;cag;;5;;5;;;
comp;584864..584935;gag;;170;170;;;;
;585106..586110;CDS;;94988;;;;335;
;;;;;;;;;
;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548;
;683260..684831;16s;;106;;;;;
;684938..685011;atc;;69;;;69;;
;685081..685153;gca;;127;;;;;
;685281..688191;23s;;68;;;;;
;688260..688376;5s;;208;208;;;;208
comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406;
;;;;;;;;;
comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134
comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;;
;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922;
;;;;;;;;;
;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54
;787059..787142;ctg;;109;109;;;;
comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207;
;;;;;;;;;
comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641;
;792481..794052;16s;;105;;;;;
;794158..794231;atc;;69;;;69;;
;794301..794373;gca;;126;;;;;
;794500..797410;23s;;69;;;;;
;797480..797596;5s;;87;87;;;;87
;797684..798559;CDS;;36;;;;292;
;;;;;;;;;
comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528;
;800709..800781;aac;@2;3;;3;;;
;800785..800858;cca;;24;;24;;;
;800883..800954;ggc;;30;;30;;;
;800985..801058;cgt;;2;;2;;;
;801061..801133;gta;;3;;3;;;
;801137..801208;gaa;;42;;42;;;
;801251..801338;tca;;9;;9;;;
;801348..801421;atgf;;3;;3;;;
;801425..801498;gac;;6;;6;;;
;801505..801577;ttc;;8;;8;;;
;801586..801667;tac;;4;;4;;;
;801672..801742;tgg;;13;;13;;;
;801756..801831;cac;;26;;26;;;
;801858..801928;tgc;;28;;28;;;
;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356
;802398..802961;CDS;;284259;;;;188;
;;;;;;;;;
comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157
comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;;
comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299;
;;;;;;;;;
comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188
comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;;
;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793;
;;;;;;;;;
comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98
;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;;
comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173;
;;;;;;;;;
comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161
comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;;
comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;;
comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;;
comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;;
comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;;
comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;;
comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;;
comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;;
comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;;
comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;;
;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309;
;;;;;;;;;
comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125;
comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;;
comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;;
comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;;
comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;;
comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;;
comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;;
comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;;
comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153
comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64;
;;;;;;;;;
comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268;
comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;;
comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;;
comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;;
comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;;
comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130
comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288;
;;;;;;;;;
;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106
comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;;
comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;;
;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;;
;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177;
;;;;;;;;;
comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308;
comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154
comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413;
;;;;;;;;;
;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303
comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;;
comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167;
;;;;;;;;;
;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460;
comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;;
comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;;
comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;;
comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;;
comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189
;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63;
;;;;;;;;;
comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151
comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;;
comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;;
comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;;
comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;;
comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;;
comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;;
comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;;
comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;;
comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;;
comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;;
comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;;
comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;;
comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;;
comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;;
comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;;
comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;;
comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;;
comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;;
comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;;
comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;;
comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;;
comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;;
comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
&lt;/pre&gt;

====lbu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]]
&lt;pre&gt;
lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122
&lt;/pre&gt;
====lbu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]]
&lt;pre&gt;
lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====lbu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
&lt;/pre&gt;
====lbu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga
;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta
;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====lbu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc
;;tRNA;801586;801667;4;*;tac
;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg
;;tRNA;801756;801828;29;*;cac
;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc
;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg
fin;;CDS;802398;804017;;;
deb;;CDS;862229;862693;29;*;
;;ncRNA;862723;863083;125;*;
fin;;CDS;863209;864333;;;
deb;comp;CDS;905582;905794;173;*;
;comp;misc_b;905968;906185;390;*;
fin;;CDS;906576;907085;;0;
deb;comp;CDS;952333;952842;390;*;
;;misc_b;953233;953450;173;*;
fin;;CDS;953624;953836;;;
deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*;
;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa
fin;comp;CDS;1088887;1089033;;;
deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*;
;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*;
fin;;CDS;1243403;1243759;;0;
deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*;
;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga
fin;;CDS;1266254;1268632;;;
deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*;
;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*;
fin;comp;CDS;1299025;1299375;;;
deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*;
;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*;
fin;;CDS;1310399;1311799;;0;
deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*;
;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg
fin;comp;CDS;1354409;1355976;;;
deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*;
;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*;
;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta
;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa
;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj
;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc
;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac
;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117
;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909
;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca
;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc
;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564
fin;;CDS;1375678;1376604;;;
deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*;
;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*;
fin;comp;CDS;1420821;1421330;;;
deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*;
;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*;
fin;;CDS;1435654;1436972;;;
deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*;
;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac
;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa
;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta
;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt
;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc
;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117
;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908
;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564
fin;comp;CDS;1485881;1487044;;;
deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*;
;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag
;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag
;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag
;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag
;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag
fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0;
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;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta
;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa
;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt
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;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg
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;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc
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;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117
;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908
;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca
;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act
;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564
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;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg
;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg
;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc
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;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc
;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac
;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf
;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca
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;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc
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;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc
;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf
;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi
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;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa
;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta
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deb;comp;CDS;1589221;1590557;156;*;
;comp;rRNA;1590714;1590830;70;*;117
;comp;rRNA;1590901;1593808;127;*;2908
;comp;tRNA;1593936;1594008;69;*;gca
;comp;tRNA;1594078;1594151;113;*;act
;comp;rRNA;1594265;1595828;295;*;1564
fin;;CDS;1596124;1596324;;0;
deb;comp;CDS;1787130;1788440;298;*;
;comp;rRNA;1788739;1788855;70;*;117
;comp;rRNA;1788926;1791833;217;*;2908
;comp;rRNA;1792051;1793614;507;*;1564
fin;comp;CDS;1794122;1794325;;;
deb;comp;CDS;1795068;1795472;102;*;
;comp;tRNA;1795575;1795648;3;*;gac
;comp;tRNA;1795652;1795724;2;*;gta
;comp;tRNA;1795727;1795800;35;*;cgt
;comp;tRNA;1795836;1795907;19;*;ggc
;comp;tRNA;1795927;1796000;3;*;cca
;comp;tRNA;1796004;1796076;7;*;aac
;comp;rRNA;1796084;1796200;70;*;117
;comp;rRNA;1796271;1799178;217;*;2908
;comp;rRNA;1799396;1800959;501;*;1564
fin;comp;CDS;1801461;1802087;;;
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;;misc_f;1815397;1815445;52;*;
fin;;CDS;1815498;1816658;;0;
&lt;/pre&gt;

===ban*===
====ban opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188
;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;;
comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63;
;;;;;;;;;;
comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130
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comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;;
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comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;;
comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;;
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;1109994..1113038;;CDS;;;;;;*1015;
;;;;;;;;;;
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comp;1308047..1308120;;gga;;115;115;;;;115
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;;;;;;;;;;
;1312025..1312345;;CDS;;207;207;;;107;207
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comp;1312733..1312807;;ggc;;5;;;5;;
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comp;1313046..1313119;;tgg;;7;;;7;;
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comp;1313228..1313303;;gta;;5;;;5;;
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;1318792..1319148;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1556278..1556507;;CDS;;57;57;;;77;57
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;1562609..1563322;;CDS;;;;;;238;
;;;;;;;;;;
&gt;;1566949..1567219;;CDS;;99;99;;;90;99
comp;1567319..1567434;;5s;;46;;;;;
comp;1567481..1570409;;23s;;142;;;;;
comp;1570552..1572115;;16s;;451;*451;;;;
;1572567..1574498;;CDS;;;;;;*644;
;;;;;;;;;;
;1579539..1580615;;CDS;;14;14;;;359;14
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comp;1580791..1583912;;23s;;153;;;;;
comp;1584066..1585720;;16s;;294;294;;;;
comp;1586015..1587520;;CDS;;;;;;*502;
;;;;;;;;;;
comp;1600693..1601166;;CDS;;174;174;;;158;
comp;1601341..1601416;;gac;;3;;;3;;
comp;1601420..1601496;;atgf;;12;;;;;
comp;1601509..1601624;;5s;@1;46;;;;;
comp;1601671..1604598;;23s;;141;;;;;
comp;1604740..1606294;;16s;;75;;;;;
comp;1606370..1606440;;gga;;1;;1;;;
comp;1606442..1606518;;cca;+;4;;4;;;
comp;1606523..1606599;;cgt;Séquence 10;3;;3;;;
comp;1606603..1606691;;tta;;16;;16;;;
comp;1606708..1606782;;ggc;;29;;29;;;
comp;1606812..1606892;;cta;;14;;14;;;
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comp;1607150..1607225;;gac;;46;;46;;;
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comp;1607599..1607669;;tgg;;6;;6;;;
comp;1607676..1607748;;aca;;9;;9;;;
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comp;1607842..1607917;;gac;;4;;4;;;
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comp;1608166..1608258;;tca;;20;;20;;;
comp;1608279..1608351;;gca;;16;;16;;;
comp;1608368..1608441;;cca;;10;;10;;;
comp;1608452..1608525;;cgt;;3;;3;;;
comp;1608529..1608617;;tta;;16;;16;;;
comp;1608634..1608708;;ggc;;29;;29;;;
comp;1608738..1608818;;cta;;13;;13;;;
comp;1608832..1608907;;aaa;;5;;5;;;
comp;1608913..1608987;;caa;;87;;*87;;;
comp;1609075..1609150;;gac;;46;;46;;;
comp;1609197..1609272;;gta;;4;;4;;;
comp;1609277..1609351;;gaa;;8;;8;;;
comp;1609360..1609450;;agc;;3;;3;;;
comp;1609454..1609528;;aac;;114;114;;;;114
comp;1609643..1610101;;CDS;;;;;;153;
;;;;;;;;;;
comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114
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;;;;;;;;;;
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comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;;
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;;;;;;;;;;
comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824;
comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;;
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;;;;;;;;;;
comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190
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comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;;
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comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90;
;;;;;;;;;;
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comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
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;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
&lt;/pre&gt;

====ban cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]]
&lt;pre&gt;
ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124
&lt;/pre&gt;
====ban blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]]
&lt;pre&gt;
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ban distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
&lt;/pre&gt;
====ban données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;;
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;;
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;;
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;;
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;;
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;;
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;;
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;;
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;;
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;;
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;;
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;;
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ban autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;
&lt;/pre&gt;

====ban séquences====
&lt;pre&gt;
33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
===bacilli synthèse===
====bacilli distribution par génome====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]]
&lt;pre&gt;
baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution par type====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====bacilli par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci  ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;
&lt;/pre&gt;
====bacilli, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est  43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
&lt;/pre&gt;

==clostridia==
===psor===
====psor opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]]
&lt;pre&gt;
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
&lt;/pre&gt;

====psor cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]]
&lt;pre&gt;
psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121
&lt;/pre&gt;

====psor blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]]
&lt;pre&gt;
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====psor distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====psor données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;;
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;;
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;;
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;;
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;;
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;;
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;;
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;;
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;;
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;;
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;;
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;;
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;;
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;;
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;;
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;;
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;;
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;;
7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;;
;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;;
;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====psor autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
;;tRNA;30434;30518;15;tac
;;tRNA;30534;30617;14;cta
;;tRNA;30632;30708;7;aga
;;tRNA;30716;30791;11;caa
;;tRNA;30803;30878;6;aaa
;;tRNA;30885;30973;3;tca
;;tRNA;30977;31052;9;ttc
;;tRNA;31062;31138;8;atgj
;;tRNA;31147;31223;21;atgi
;;tRNA;31245;31321;6;cca
;;tRNA;31328;31404;4;cac
;;tRNA;31409;31482;25;tgc
;;tRNA;31508;31596;13;tta
;;tRNA;31610;31685;15;atgf
;;tRNA;31701;31775;9;gaa
;;tRNA;31785;31858;6;gga
;;tRNA;31865;31940;5;gta
;;tRNA;31946;32022;16;gac
;;tRNA;32039;32114;4;aac
;;tRNA;32119;32193;4;aca
;;tRNA;32198;32282;15;tac
;;tRNA;32298;32381;11;cta
;;tRNA;32393;32467;13;ggc
;;tRNA;32481;32557;7;aga
;;tRNA;32565;32640;11;caa
;;tRNA;32652;32727;6;aaa
;;tRNA;32734;32822;3;tca
;;tRNA;32826;32901;9;ttc
;;tRNA;32911;32987;8;atgj
;;tRNA;32996;33072;21;atgi
;;tRNA;33094;33170;6;cca
;;tRNA;33177;33253;9;cac
;;tRNA;33263;33338;21;aaa
;;tRNA;33360;33433;6;tgc
;;tRNA;33440;33516;10;cgt
;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
deb;;CDS;221659;221940;525;
;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
deb;;CDS;449964;450266;253;
;;rRNA;450520;452026;196;1507
;;rRNA;452223;455139;144;2917
;;rRNA;455284;455400;112;117
fin;comp;CDS;455513;456616;;
deb;;CDS;498418;499074;189;
;;rRNA;499264;500770;118;1507
;;tRNA;500889;500964;95;gca
;;rRNA;501060;503976;144;2917
;;rRNA;504121;504237;131;117
fin;;CDS;504369;504551;;
deb;;CDS;535194;536090;85;
;;ncRNA;536176;536362;27;
fin;comp;CDS;536390;537400;;
deb;;CDS;546886;550416;41;
;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg
fin;;CDS;550683;553325;;
deb;;CDS;608009;608683;195;
;;tRNA;608879;608975;37;tga
fin;comp;CDS;609013;609732;;
deb;;CDS;664519;665208;281;
;;regulatory;665490;665566;155;
fin;;CDS;665722;667788;;
deb;;CDS;815939;816655;71;
;;tRNA;816727;816800;12;tgc
;;tRNA;816813;816888;3;aac
;;tRNA;816892;816966;285;aca
fin;;CDS;817252;818727;;
deb;;CDS;871627;872337;134;
;;regulatory;872472;872649;13;
fin;;CDS;872663;873685;;
deb;;CDS;982641;983897;103;
;;regulatory;984001;984104;104;
fin;;CDS;984209;985012;;
deb;;CDS;1284870;1288097;111;
;;tRNA;1288209;1288297;426;cta
fin;;CDS;1288724;1290853;;
deb;;CDS;1445161;1445664;135;
;;tRNA;1445800;1445868;258;other
fin;;CDS;1446127;1446813;;
deb;comp;CDS;2027435;2028427;53;
;comp;regulatory;2028481;2028580;345;
fin;;CDS;2028926;2029534;;
deb;comp;CDS;2147128;2147418;106;
;comp;regulatory;2147525;2147625;50;
fin;comp;CDS;2147676;2148425;;
deb;comp;CDS;2251779;2252747;98;
;comp;regulatory;2252846;2252890;465;
fin;;CDS;2253356;2254267;;
deb;;CDS;2267513;2267698;306;
;comp;tRNA;2268005;2268088;404;cta
fin;;CDS;2268493;2269758;;
deb;comp;CDS;2360030;2361127;237;
;comp;regulatory;2361365;2361480;190;
fin;comp;CDS;2361671;2362552;;
deb;comp;CDS;2523189;2523929;207;
;comp;regulatory;2524137;2524320;75;
fin;comp;CDS;2524396;2525256;;
deb;comp;CDS;2548808;2552788;57;
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fin;;CDS;3525140;3526039;;
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&lt;/pre&gt;

===cdc===
====cdc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_opérons|cdc opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
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dir    ;10810..12317;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;12370..12445;;gca;;249;;76;;;;
dir    ;12695..15596;;23s;;111;;2902;;;;
dir    ;15708..15824;;5s;;126;126;117;;;126;
dir    ;15951..16460;;cds;;;;510;;170;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir   ;19402..19857;;cds;;0;0;456;;152;0;nucleoside deaminase
dir   ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;;
dir   ;19987..20251;;ncRNA;@1;76;76;265;;;;
dir   ;20328..21965;;cds;;;;1638;;546;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
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dir    ;34750..38181;;cds;;;;3432;;1144;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;127011..127715;;cds;;281;281;705;;235;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir    ;127997..129505;;16s;;279;;1509;;;;
dir    ;129785..132685;;23s;+;131;;2901;;;;
dir    ;132817..132933;;5s;2 cca;6;;117;;;;
dir    ;132940..133014;;aac;;4;;75;4;;;
dir    ;133019..133093;;gaa;;5;;75;5;;;
dir    ;133099..133174;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;133180..133256;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;133267..133341;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;133356..133440;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;133450..133523;;gga;;10;;74;10;;;
dir    ;133534..133610;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;133620..133695;;caa;;11;;76;11;;;
dir    ;133707..133782;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;133785..133873;;tca;;17;;89;17;;;
dir    ;133891..133981;;agc;;8;;91;8;;;
dir    ;133990..134066;;cca;;85;;77;85;;;
dir    ;134152..134227;;tgg;;60;;76;60;;;
dir    ;134288..134364;;cca;;6;;77;6;;;
dir    ;134371..134447;;atc;;3;;77;3;;;
dir    ;134451..134526;;ttc;;7;;76;7;;;
dir    ;134534..134610;;atgj;;114;;77;;;;
dir    ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;;
dir    ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;;
dir    ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213;
comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;;
dir    ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;;
dir    ;150292..150366;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;150372..150457;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;150473..150548;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;150556..150630;;gaa;;14;;75;14;;;
dir    ;150645..150718;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;150724..150799;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;150805..150881;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;150892..150966;;ggc;;9;;75;9;;;
dir    ;150976..151049;;aga;;975;*975;74;;;;
dir    ;152025..152864;;cds;;;;840;;280;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase
dir   ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;;
dir   ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;;
dir   ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177;
dir   ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir    ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87;
dir    ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;;
dir    ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;;
dir    ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;;
dir    ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;;
dir    ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein
comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318;
dir    ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir   ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir   ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;;
&lt;dir   ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir   ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase
&lt;/pre&gt;

====cdc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144
&lt;/pre&gt;

====cdc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]]
&lt;pre&gt;
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
&lt;/pre&gt;
====cdc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;;
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;;
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;;
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;;
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;;
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;;
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;;
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;;
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;;
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;;
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
;;regulatory;254387;254488;220;*;
fin;;CDS;254709;256244;;;
deb;;CDS;309184;310275;308;*;
;;regulatory;310584;310674;406;*;
fin;;CDS;311081;311398;;;
deb;;CDS;378341;380728;585;*;
;;rRNA;381314;382816;315;*;1503
;;rRNA;383132;386029;127;*;2898
;;rRNA;386157;386273;177;*;117
fin;;CDS;386451;387059;;0;
deb;;CDS;393173;394945;131;*;
;;regulatory;395077;395269;188;*;
fin;;CDS;395458;396210;;;
deb;comp;CDS;518815;519642;205;*;
;;regulatory;519848;519954;69;*;
fin;;CDS;520024;520344;;0;
deb;;CDS;601016;601618;560;*;
;;misc_b;602179;602417;63;*;
fin;;CDS;602481;604400;;;
deb;;CDS;703255;703989;800;*;
;;regulatory;704790;704866;264;*;
fin;;CDS;705131;706387;;;
deb;;CDS;774245;775042;343;*;
;;misc_b;775386;775620;49;*;
fin;;CDS;775670;776689;;;
deb;comp;CDS;833130;833894;258;*;
;;tRNA;834153;834243;87;*;agc
fin;;CDS;834331;835119;;;
deb;;CDS;840990;843056;591;*;
;;misc_b;843648;843858;225;*;
fin;;CDS;844084;844899;;;
deb;;CDS;1027707;1028153;147;*;
;;misc_b;1028301;1028547;123;*;
fin;;CDS;1028671;1030413;;;
deb;;CDS;1089165;1090139;241;*;
;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503
;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898
;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga
;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117
fin;;CDS;1095670;1097688;;;
deb;;CDS;1140023;1140928;114;*;
;;ncRNA;1141043;1141223;182;*;
fin;;CDS;1141406;1142623;;0;
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;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg
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;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga
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;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*;
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;;regulatory;2958868;2958969;72;*;
fin;;CDS;2959042;2960385;;;
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;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*;
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;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca
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;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503
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;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*;
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;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*;
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;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*;
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fin;;CDS;3750388;3750564;;;
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;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117
;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898
;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503
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;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*;
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;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*;
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;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*;
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deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*;
;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117
;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898
;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503
fin;comp;CDS;3949723;3949917;;;
deb;;CDS;4084445;4085437;382;*;
;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca
;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa
;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;
&lt;/pre&gt;

====cdc psor====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]]
&lt;pre&gt;
cdc-psor  comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6;
atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7;
cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52;
tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7;
gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10;
aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0
gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0
gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0
gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31;
gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor  coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t.  -2+2;24;;
&lt;/pre&gt;

===cdc8===
====cdc8 opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir   ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir   ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir   ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir   ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir   ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir   ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir   ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir   ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir   ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir   ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir   ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir   ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir   ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir   ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir   ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir   ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir   ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir   ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir   ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir   ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir   ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir   ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir   ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir   ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir   ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir   ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir   ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir   ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir   ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir   ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir   ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
dir   ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;;
dir   ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir   ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir   ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir   ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir   ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir   ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir   ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir   ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir   ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir   ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir   ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir   ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir   ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir   ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir   ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir   ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir   ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir   ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir   ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir   ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
&lt;&gt; comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
dir   ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir   ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir   ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir   ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir   ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir    ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir    ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir    ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir    ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir    ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir    ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir    ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir    ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir    ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
&lt;comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir    ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir    ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir    ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir    ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir    ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir    ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir    ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir    ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir    ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir    ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir    ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir    ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir    ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir    ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
&lt;&gt;comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir    ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir    ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
&gt;comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir    ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir    ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir    ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir    ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir    ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir    ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir    ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir    ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir    ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir    ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir    ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir    ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir    ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir    ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir    ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir    ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir    ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir    ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir    ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir    ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir    ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir    ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir    ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir    ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir    ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir    ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir    ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir    ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir    ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir    ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir    ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
&lt;dir    ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir    ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir    ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97
&lt;/pre&gt;
====cdc8 blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]]
&lt;pre&gt;
cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 43====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]]
&lt;pre&gt;
cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6
cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13
ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11
aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3
aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3
atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21;
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14
cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1
gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2
cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 18====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_18|cdc8 cdc psor 18]]
&lt;pre&gt;
cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas;
cds;214;;;;;16s;321;16s;196;
cds;554;;;;;23s;181;23s;213;
cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5;
cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2
23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0
aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4;
tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10
gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11;
aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19;
caa;11;caa;11;0;;caa;89;aga;6;-1
aaa;2;aaa;2;0;;tca;3;caa;12;
tca;18;tca;17;-1;;ttc;6;aaa;6;
agc;8;agc;8;0;;atgj;11;tca;11;
cca;85;cca;85;0;;atgi;29;agc;6;
tgg;60;tgg;60;0;;cca;7;cca;6;
cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11;
atc;3;atc;3;0;;aaa;353;tgg;31;
ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6;
;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas;
cds;214;5s;5;;;;;cds;214;
cds;554;tta;13;;;;;cds;554;
cds;0;atg;15;;;cdc8;19aas;cds;0;
cds;167;gaa;9;;;16s;321;cds;167;
23s°;132;gga;6;;;23s;181;23s°;132;
5s;6;gta;5;0;;5s;6;5s;6;
aac;4;gac;16;;;aac;6;aac;4;
gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5;
gta;5;aac;4;;;atgf;7;gta;5;0
gac;11;aca;4;-10;;gaa;9;gac;11;2
aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0
tac;9;gga;19;9;;gta;5;tac;9;
gga;10;aga;6;-3;;gac;9;gga;10;
aga;9;caa;12;1;;aca;14;aga;9;2
caa;11;aaa;6;4;;tac;10;caa;11;
aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18;
agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
tgg;60;tgg;31;-29;;ttc;6;tgg;60;
cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
atc;3;atc;6;3;;atgi;29;atc;3;
ttc;7;ttc;13;6;;cca;7;ttc;7;
atgj;114;atg;138;24;;cac;8;atgj;114;
;;;;;;aaa;353;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 9====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_9|cdc8 cdc psor 9]]
&lt;pre&gt;
cdc8;18aas;cdc8;9aas;;;cdc8;9aas;cdc;9aas;
cds;214;;;;;cds;281;16s;52;
cds;554;;;;;16s°;100;gca;373;
cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126;
cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7;
23s°;132;23s°;126;;;aac;6;aac;5;-1
5s;6;5s;7;;;tta;15;tta;15;0
aac;4;aac;6;;;atgf;7;atgf;7;0
gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6
gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1
gac;11;gaa;8;;;gta;5;gta;5;0
aca;14;gga;4;;;gac;10;gac;10;0
tac;9;gta;5;0;;ggc;9;ggc;9;0
gga;10;gac;10;;;aga;954;aga;975;21
aga;9;ggc;9;;;cds;;cds;;
caa;11;aga;954;;;;;;;
aaa;2;cds;;;;cdc8;I4;cdc;VIII1;
tca;18;;;;;;;16s;68;
agc;8;;;;;16s;217;gca;271;
cca;85;;;;;23s;126;23s;126;0
tgg;60;;;;;5s;216;5s;213;-3
cca;5;;;;;cds;372;cds;372;0
atc;3;;;;;cds;21;cds;21;0
ttc;7;;;;;cds;778;cds;776;-2
atgj;114;;;;;16s;261;16s;52;
;;;;;;23s;201;gca;373;
cdc8;19aas;cdc8;9aas;;;5s;5;23s;126;-75
;;cds;281;;;;;5s;7;2
16s;321;16s°;100;;;;;;;
23s;181;23s°;126;;;psor;VII1;cdc8;VII1;
5s;6;5s;7;;;CDS;431;cds;179;
aac;6;aac;6;0;;16s;54;16s;161;
tta;15;tta;15;9;;gca;114;5s;201;
atgf;7;atgf;7;-8;;23s;193;23s;217;
gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108;
gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2
gta;5;gta;5;0;;atg;123;tta;5;0
gac;9;gac;10;;;16s;54;5s;201;8
aca;14;ggc;9;;;gca;114;23s;375;261
tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2
cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23
aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
caa;89;;;;;atg;123;gca;248;
tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2
ttc;6;;;;;gca;114;16s°;321;134
atgj;11;;;;;23s;78;23s;100;
atgi;29;;;;;5s;100;16s°;320;
cca;7;;;;;CDS;;23s°;100;
cac;8;;;;;;;23s’;126;
aaa;353;;;;;;;5s;127;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc protéines====
=====Alignement sur cdc=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc|Alignement sur cdc]]
&lt;pre&gt;
;cdc;;;;;;cdc8;;;;;
ordre;Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;Peptoclostridium difficile M68;;;;;
0;dir    ;9857..10630;cds;179;774;SigB;dir    ;4194196..4196423;23s’;100;2228;
;dir    ;10810..12317;16s;52;1508;;dir    ;4196524..4197091;16s°;320;568;
;dir    ;12370..12445;gca;249;76;;dir    ;4197412..4199044;23s°;100;1633;
1;dir    ;12695..15596;23s;111;2902;;dir    ;4199145..4201593;23s’;126;2449;
;dir    ;15708..15824;5s;126;117;;dir    ;4201720..4201836;5s;127;117;
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;dir;4300349..4300807;cds;554;459;Helix
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;dir    ;136184..136259;gca;271;76;;dir    ;4232593..4234098;16s;217;1506;
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;comp;139887..141071;cds;372;1185;B6;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6
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;dir    ;;**7aas;6;;;dir   ;;**7aas;6;;
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;;;;;;;;;;;;
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7;dir   ;386157..386273;5s;177;117;;dir   ;311440..311556;5s;177;117;
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&lt;/pre&gt;

=====Alignement sur cdc8=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc8|Alignement sur cdc8]]
&lt;pre&gt;
;cdc8;;;;;;;cdc8;;;;;;;psor;;;;
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;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir    ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;;
;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir    ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda
;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir    ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir    ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir    ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir    ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;&lt;dir    ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir   ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir   ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc création de cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]]
&lt;pre&gt;
;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;&lt;4307539..4308225;687;;;;
CHAP;&lt;4213228..&gt;4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc abrégé protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]]
&lt;pre&gt;
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor stats====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]]
&lt;pre&gt;
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total)         ;4 025;3 807;3 528
CDS (total)           ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding)        ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding)          ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA)           ;155;116;160
RRNAs  (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs        ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs     ;108;83;105
ncRNAs    ;4;4;4
Pseudo Genes (total)  ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)       ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)         ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)      ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)  ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays         ;4;9; - 
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
&lt;/pre&gt;
====cdc8 distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
&lt;/pre&gt;
====cdc8 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc8 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc8;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;misc_f;1;795;182;*;
;;rRNA;978;1094;6;*;117
;;tRNA;1101;1175;6;*;aac
;;tRNA;1182;1267;15;*;tta
;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf
;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa
;;tRNA;1450;1523;5;*;gga
;;tRNA;1529;1604;5;*;gta
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;comp;rRNA;4185975;4186091;202;*;117
;comp;rRNA;4186294;4189191;376;*;2898
;comp;tRNA;4189568;4189643;68;*;gca
;comp;misc_f;4189712;4190683;11;*;
;comp;misc_f;4190695;4190811;54;*;
;;rRNA;4190866;4192222;55;*;1357
;;tRNA;4192278;4192353;944;*;gca
;;misc_f;4193298;4193707;18;*;
;;misc_f;4193726;4193858;352;*;
;;rRNA;4194211;4196212;72;*;2002
;;misc_f;4196285;4196423;100;*;
;;misc_f;4196524;4196885;57;*;
;;misc_f;4196943;4197075;351;*;
;;misc_f;4197427;4197972;7;*;
;;misc_f;4197980;4198700;48;*;
;;misc_f;4198749;4199044;211;*;
;;misc_f;4199256;4201580;139;*;
;;rRNA;4201720;4201836;127;*;117
fin;;CDS;4201964;4202473;;;
deb;;CDS;4202485;4203366;127;*;
;;misc_b;4203494;4203699;125;*;
fin;;CDS;4203825;4205096;;;
deb;;CDS;4205417;4205872;0;*;
;;tRNA;4205873;4205964;37;*;tcc
;;ncRNA;4206002;4206266;76;*;
fin;;CDS;4206343;4207980;;;
deb;comp;CDS;4209435;4210639;498;*;
;;rRNA;4211138;4212640;587;*;1503
fin;comp;CDS;4213228;4213837;;;
deb;comp;CDS;4213961;4214620;81;*;
;;rRNA;4214702;4216184;371;*;1483
;;misc_f;4216556;4217003;238;*;
;comp;misc_f;4217242;4217961;7;*;
;comp;misc_f;4217969;4218514;265;*;
;comp;tRNA;4218780;4218855;68;*;gca
;comp;misc_f;4218924;4219056;18;*;
;comp;misc_f;4219075;4219471;605;*;
;comp;rRNA;4220077;4221579;181;*;1503
deb;comp;CDS;4221761;4222206;388;*;
;;rRNA;4222595;4224097;325;*;1503
;;rRNA;4224423;4227320;182;*;2898
;;rRNA;4227503;4227619;6;*;117
;;tRNA;4227626;4227700;6;*;aac
;;tRNA;4227707;4227792;15;*;tta
;;tRNA;4227808;4227883;7;*;atgf
;;tRNA;4227891;4227965;9;*;gaa
;;tRNA;4227975;4228048;5;*;gga
;;tRNA;4228054;4228129;5;*;gta
;;tRNA;4228135;4228211;9;*;gac
;;tRNA;4228221;4228295;14;*;aca
;;tRNA;4228310;4228394;10;*;tac
;;tRNA;4228405;4228488;28;*;cta
;;tRNA;4228517;4228593;7;*;aga
;;tRNA;4228601;4228676;89;*;caa
;;tRNA;4228766;4228854;3;*;tca
;;tRNA;4228858;4228933;6;*;ttc
;;tRNA;4228940;4229013;14;*;atgj
;;tRNA;4229028;4229104;29;*;atgi
;;tRNA;4229134;4229210;7;*;cca
;;tRNA;4229218;4229294;8;*;cac
;;tRNA;4229303;4229378;353;*;aaa
;comp;rRNA;4229732;4229848;139;*;117
;comp;misc_f;4229988;4230853;1;*;
;comp;misc_f;4230855;4231585;11;*;
;comp;misc_f;4231597;4232010;584;*;
;;rRNA;4232595;4234095;221;*;1501
;;rRNA;4234317;4237214;127;*;2898
;;rRNA;4237342;4237458;216;*;117
fin;comp;CDS;4237675;4238859;;0;
deb;;CDS;4241605;4242144;780;*;
;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532
;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897
;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117
;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta
;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi
;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503
;;misc_f;4249935;4250480;184;*;
fin;;CDS;4250665;4250923;;;
deb;;CDS;4250940;4251038;87;*;
;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005
;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca
;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*;
;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*;
fin;;CDS;4254524;4254712;;;
deb;;CDS;4303117;4303305;167;*;
;;misc_f;4303473;4304013;15;*;
;;misc_f;4304029;4304286;145;*;
;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117
;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac
;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa
;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta
;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac
;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca
;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac
;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga
;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga
;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa
;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa
;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca
;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc
;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca
;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg
;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca
;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc
;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc
;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj
;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335
deb;;CDS;4307680;4308225;0;*;
&lt;/pre&gt;

===cbc===
====cbc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;
&lt;/pre&gt;
====cbc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbc* cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;5;1;0;0
;16 23 5s 0;1;20;22;1
;16 atc gca;0;40;3;1
;16 23 5s a;3;60;2;0
;max a;2;80;0;0
;a doubles;1;100;1;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;6;140;0;0
sans ;opérons;17;160;0;0
;1 aa;10;180;0;0
;max a;11;200;0;0
;a doubles;4;;0;0
;total aas;46;;28;2
total aas;;52;;;
remarques;;4;;;
avec jaune;;;moyenne;17;15
;;;variance;19;
sans jaune;;;moyenne;15;
;;;variance;14;
&lt;/pre&gt;
====cbc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]]
&lt;pre&gt;
cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
&lt;/pre&gt;
====cbc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;;
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;;
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc
6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc
1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;;0;363;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;
;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;;
;;;;;;3674;;total;7;288;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;
&lt;/pre&gt;

===cbn===
====cbn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;10;1;0;0
;16 23 5s 0;3;20;34;9
;16 gca atc;2;40;7;0
;16 23 5s a;4;60;3;0
;max a;8;80;1;1
;a doubles;1;100;0;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;22;140;0;0
sans ;opérons;18;160;1;0
;1 aa;12;180;0;0
;max a;22;200;0;0
;a doubles;6;;0;0
;total aas;64;;46;10
total aas;;86;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;17;
;;;variance;25;
sans jaune;;;moyenne;14;14
;;;variance;15;17
&lt;/pre&gt;
====cbn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]]
&lt;pre&gt;
cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;&gt;1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;
====cbn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa
;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta
;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac
;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca
;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca
;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj
;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf
;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj
;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf
;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta
;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac
;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc
;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc
;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga
;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc
;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga
;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga
;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa
;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa
;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag
;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga
;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga
;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag
;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga
;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga
;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc
;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta
;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa
2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa
10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac
8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag
0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga
;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca
;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac
;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta
;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac
;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca
;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca
&lt;/pre&gt;
=====cbn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbn;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;20118;206;comp;
;tRNA;20666;214;;acg
fin;CDS;20956;;;
deb;CDS;34861;307;comp;
;tRNA;36413;12;;gaa
;tRNA;36500;13;;gta
;tRNA;36589;5;;gac
;tRNA;36671;18;;aca
;tRNA;36765;12;;gaa
;tRNA;36852;13;;gta
;tRNA;36941;5;;gac
;tRNA;37023;106;;aca
fin;CDS;37205;;comp;
deb;CDS;135851;168;comp;
;tRNA;137366;131;comp;cca
fin;CDS;137573;;comp;
deb;CDS;161395;158;;
;tRNA;161964;5;;tta
;tRNA;162058;5;;atgf
;tRNA;162139;46;;atgj
;tRNA;162262;5;;tta
;tRNA;162356;30;;atgf
;tRNA;162462;46;;atgj
;tRNA;162585;5;;tta
;tRNA;162679;480;;atgf
fin;CDS;163235;;comp;
deb;CDS;174610;115;;
;tRNA;176258;275;;aac
fin;CDS;176608;;;
deb;CDS;178351;453;;
;rRNA;180181;237;;16s
;rRNA;181930;48;;23s
;tRNA;184882;14;;aac
;rRNA;184971;7;;5s
;tRNA;185095;435;;aac
fin;CDS;185605;;comp;
deb;CDS;221558;140;;
;tRNA;222409;106;;aac
fin;CDS;222591;;;
deb;CDS;577193;60;;
;tRNA;578417;67;comp;cag
fin;CDS;578560;;comp;
deb;CDS;943937;261;comp;
;tRNA;944747;348;comp;ttg
fin;CDS;945182;;;
deb;CDS;954881;59;;
;tRNA;955546;82;;ctt
fin;CDS;955713;;;
deb;CDS;1025682;379;;
;tRNA;1026946;17;;gta
;tRNA;1027039;14;;gac
;tRNA;1027130;4;;ttc
;tRNA;1027210;8;;ggc
;tRNA;1027293;57;;tgc
;tRNA;1027425;265;;tgc
fin;CDS;1027765;;;
deb;CDS;1679540;6;;
;gene;1680008;128;comp;
fin;CDS;1681704;;comp;
deb;CDS;1865810;45;;
;gene;1866395;88;;
fin;CDS;1867620;;comp;
deb;CDS;2029941;104;;
;tRNA;2030816;48;comp;aac
;rRNA;2030939;97;comp;23s
;tRNA;2033939;7;comp;atc
;tRNA;2034023;124;comp;gca
;rRNA;2034223;423;comp;16s
fin;CDS;2036154;;comp;
deb;CDS;2149914;128;comp;
;rRNA;2150504;34;comp;5s
;rRNA;2150655;237;comp;23s
;rRNA;2153797;424;comp;16s
fin;CDS;2155729;;comp;
deb;CDS;2168490;590;;
;rRNA;2169533;35;comp;5s
;rRNA;2169677;237;comp;23s
;rRNA;2172816;111;comp;16s
fin;CDS;2174439;;;
deb;CDS;2281037;144;;
;rRNA;2283779;98;comp;5s
;rRNA;2283983;237;comp;23s
;rRNA;2287123;111;comp;16s
deb;CDS;2288746;117;comp;
;tRNA;2289103;15;comp;gga
;tRNA;2289192;7;comp;atc
;tRNA;2289276;233;comp;gca
fin;CDS;2289585;;comp;
deb;CDS;2349136;199;comp;
;tRNA;2350598;21;comp;cga
;tRNA;2350696;28;comp;gga
;tRNA;2350798;4;comp;aaa
;tRNA;2350878;4;comp;caa
;tRNA;2350957;5;comp;cac
;tRNA;2351038;3;comp;aag
;tRNA;2351116;6;comp;aga
;tRNA;2351199;4;comp;gga
;tRNA;2351277;21;comp;cca
;tRNA;2351374;5;comp;aag
;tRNA;2351455;5;comp;aga
;tRNA;2351537;5;comp;gga
;tRNA;2351616;3;comp;ggc
;tRNA;2351694;22;comp;cta
;tRNA;2351800;4;comp;aaa
;tRNA;2351880;4;comp;caa
;tRNA;2351959;5;comp;cac
;tRNA;2352040;5;comp;aag
;tRNA;2352121;5;comp;aga
;tRNA;2352203;5;comp;gga
;tRNA;2352282;6;comp;ggc
;tRNA;2352363;73;comp;cca
fin;CDS;2352512;;comp;
deb;CDS;2430767;295;comp;
;tRNA;2432784;58;comp;tgg
fin;CDS;2432918;;comp;
deb;CDS;2453380;324;comp;
;tRNA;2454880;39;comp;tac
;tRNA;2455004;8;comp;gta
;tRNA;2455088;4;comp;tac
;tRNA;2455177;255;comp;aca
fin;CDS;2455508;;;
deb;CDS;2696774;138;comp;
;rRNA;2697803;34;comp;5s
;rRNA;2697946;237;comp;23s
;rRNA;2701084;423;comp;16s
deb;CDS;2703019;183;comp;
;tRNA;2703946;311;comp;aaa
;tRNA;2704333;13;comp;ttc
;rRNA;2704422;336;comp;5s
;tRNA;2704867;15;comp;ttc
;rRNA;2704958;100;comp;5s
;rRNA;2705165;237;comp;23s
;rRNA;2708303;346;comp;16s
fin;CDS;2710157;;comp;
deb;CDS;2720030;80;comp;
;tRNA;2721253;5;comp;aaa
;rRNA;2721334;98;comp;5s
;rRNA;2721549;237;comp;23s
;rRNA;2724689;393;comp;16s
fin;CDS;2726593;;comp;
deb;CDS;2730964;245;comp;
;tRNA;2731902;61;comp;gag
;tRNA;2732038;6;comp;caa
;tRNA;2732119;4;comp;aga
;tRNA;2732200;19;comp;gga
;tRNA;2732293;16;comp;cta
;tRNA;2732393;4;comp;gaa
;rRNA;2732472;100;comp;5s
;rRNA;2732689;95;comp;23s
;tRNA;2735687;3;comp;atc
;tRNA;2735767;77;comp;gca
;rRNA;2735920;402;comp;16s
fin;CDS;2737834;;comp;
deb;CDS;2740228;408;comp;
;tRNA;2742262;111;comp;tcc
deb;CDS;2742463;64;comp;
;tRNA;2743220;69;comp;tcg
deb;CDS;2743382;65;comp;
;tRNA;2743891;130;comp;agg
fin;CDS;2744098;;;
deb;CDS;2746633;95;comp;
;tRNA;2748534;144;comp;cgt
;tRNA;2748755;23;comp;agc
;tRNA;2748869;69;comp;tca
;tRNA;2749029;61;comp;tca
fin;CDS;2749181;;comp;
deb;CDS;2758098;125;comp;
;tRNA;2758688;4;comp;gca
;tRNA;2758768;3;comp;atgi
;rRNA;2758848;76;comp;5s
;rRNA;2759041;237;comp;23s
;rRNA;2762179;369;comp;16s
fin;CDS;2764060;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cbn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;;
cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176
;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116
;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66
;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121
;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93
;'''total 2491;&lt;201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79
624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50
834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64
1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44
1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50
1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60
2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35
1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56
754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41
1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32
1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38
1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35
627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37
1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40
2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46
1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28
1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26
841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35
1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31
2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41
390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33
943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25
2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29
1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30
2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31
261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21
1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31
2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34
2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30
1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27
1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25
1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23
2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31
2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23
923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23
313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19
1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19
1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17
262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;24
;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25
;;38;9;320;12;;620;1;230;16
;;39;°17;330;16;;640;2;235;17
;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17
;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15
;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13
;;;;370;14;;720;2;255;15
;;;;380;13;;740;2;260;15
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10
1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11
369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9
1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5
430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9
1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10
1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15
733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17
271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6
913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5
1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9
1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3
1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13
1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3
2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5
1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11
783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4
2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9
2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10
292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4
2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8
2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6
1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143
500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&amp;-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&amp;184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&amp;120;45;-;891;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;&gt;0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;&lt;0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;&gt;0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;&lt;0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0
390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0
400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0
total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0
diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1
 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8
continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9
;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167
&lt;/pre&gt;

====cbn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp
;&amp;tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&amp;tRNA;2454880;39;comp
fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&amp;tRNA;2455004;8;comp
deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&amp;tRNA;2455088;4;comp
;&amp;tRNA;36413;12;;;;&amp;tRNA;2030816;48;comp;;;&amp;tRNA;2455177;255;comp
;&amp;tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;;
;&amp;tRNA;36589;5;;;;&amp;tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp
;&amp;tRNA;36671;18;;;;&amp;tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp
;&amp;tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp
;&amp;tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp
;&amp;tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp
;&amp;tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&amp;tRNA;2703946;311;comp
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;&amp;tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp
;&amp;tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&amp;tRNA;2721253;5;comp
;&amp;tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp
;&amp;tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp
;&amp;tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp
;&amp;tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp
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;&amp;tRNA;1027039;14;;;;&amp;tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp
;&amp;tRNA;1027130;4;;;;&amp;tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp
;&amp;tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&amp;tRNA;2758688;4;comp
;&amp;tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&amp;tRNA;2758768;3;comp
;&amp;tRNA;1027425;265;;;;&amp;tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp
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;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp
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&lt;/pre&gt;
====cbn intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
comp’;206;;214;;59;58;;
comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb;
;168;;131;;65;67;&lt;201;12
;158;comp’;480;;80;69;total;18
;115;;275;;98;73;taux;67%
;;comp’;435;;115;82;;
;140;;106;;125;106;'''fin;
comp’;60;;67;;140;111;&lt;201;9
;261;comp’;348;;158;131;total;12
;59;;82;;168;214;taux;75%
;379;;265;;183;265;;
comp’;104;;;;199;275;'''total;
;199;;73;;245;;&lt;201;21
;295;;58;;261;;total;30
;324;comp’;255;;295;;taux;70%
;183;;;;324;;;
;80;;;;379;;;
;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls
;408;;111;;60;106;'''deb;2
;64;;69;;104;130;;4
;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2
;98;;61;;307;348;;6
;125;;;;'''-;435;'''total;
;;;;;'''-;480;&lt;201;4
;;;;;;;total;10
;;;;;;;taux;40%
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;14;11;25;;;;
;total;22;18;40;;;;
;taux;64%;61%;63%;;;;
&lt;/pre&gt;

===cle===
====cle opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]]
&lt;pre&gt;
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s  11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
;84392..85929;;16s;;72;;
;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
;151619..153160;;16s;;605;;
;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
&lt;/pre&gt;

====cle cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]]
&lt;pre&gt;
cle cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;19;1;1;0
;16 5 aa 23;5;20;14;15
;16 5 atc gca;2;40;10;6
;solo;11;60;2;5
;max a;14;80;1;1
;a doubles;2;100;0;0
;indéterminé;1;120;0;0
;total aas;46;140;0;0
sans ;opérons;29;160;1;0
;1 aa;19;180;0;0
;max a;10;200;1;0
;a doubles;2;;0;0
;total aas;59;;30;27
total aas;;105;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;29;
;;;variance;41;
sans jaune;;;moyenne;19;22
;;;variance;16;19
&lt;/pre&gt;
====cle blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]]
&lt;pre&gt;
cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;
&lt;/pre&gt;
====cle distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====cle données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;;
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;;
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;;
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;;
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cle autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc
fin;;CDS;97802;98497;;;
deb;comp;CDS;101240;101917;212;*;
;;tRNA;102130;102201;409;*;cag
fin;comp;CDS;102611;103510;;;
deb;comp;CDS;103635;104501;214;*;
;;tRNA;104716;104799;13;*;tta
;;tRNA;104813;104898;262;*;tca
fin;;CDS;105161;106408;;;
deb;comp;CDS;135278;135838;80;*;
;comp;regulatory;135919;136018;495;*;
fin;;CDS;136514;138715;;;
deb;;CDS;140906;141175;325;*;
;;rRNA;141501;143026;146;*;1526
;;rRNA;143173;143290;7;*;118
;;tRNA;143298;143371;262;*;atc
;;rRNA;143634;146537;299;*;2904
fin;;CDS;146837;147139;;0;
deb;;CDS;149226;150632;335;*;
;;rRNA;150968;151085;4;*;118
;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa
;;rRNA;151621;153153;613;*;1533
;;rRNA;153767;156670;476;*;2904
;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa
;;tRNA;157229;157299;6;*;gga
;;tRNA;157306;157379;487;*;aga
fin;;CDS;157867;158490;;;
deb;comp;CDS;160912;161418;184;*;
;;rRNA;161603;161720;4;*;118
;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc
fin;comp;CDS;161848;162624;;;
deb;comp;CDS;162740;165070;522;*;
;;misc_b;165593;165910;56;*;
fin;;CDS;165967;167493;;;
deb;comp;CDS;171336;172279;622;*;
;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa
;;tRNA;172997;173071;45;*;cca
;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa
;;tRNA;173201;173274;56;*;gac
;;tRNA;173331;173403;7;*;gta
;;tRNA;173411;173494;187;*;tta
;;tRNA;173682;173754;26;*;aca
;;tRNA;173781;173861;10;*;tac
;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj
;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc
fin;;CDS;174260;174673;;;
deb;comp;CDS;190039;190368;288;*;
;;misc_b;190657;190881;79;*;
fin;;CDS;190961;192721;;;
deb;comp;CDS;421861;422205;347;*;
;;rRNA;422553;424078;228;*;1526
fin;comp;CDS;424307;425017;;0;
deb;;CDS;459976;460971;367;*;
;;regulatory;461339;461464;137;*;
fin;;CDS;461602;462906;;0;
deb;comp;CDS;473892;474338;416;*;
;;regulatory;474755;474880;137;*;
fin;;CDS;475018;476358;;;
deb;;CDS;536211;537422;563;*;
;;rRNA;537986;540889;357;*;2904
fin;;CDS;541247;541735;;0;
deb;;CDS;564995;565951;92;*;
;;tRNA;566044;566117;23;*;cac
;;tRNA;566141;566212;32;*;caa
;;tRNA;566245;566330;289;*;tca
fin;;CDS;566620;567750;;;
deb;;CDS;570670;571383;602;*;
;;rRNA;571986;573512;79;*;1527
;;rRNA;573592;573709;4;*;118
;;tRNA;573714;573786;283;*;gca
;;rRNA;574070;576974;187;*;2905
fin;;CDS;577162;578526;;;
deb;;CDS;601262;601948;331;*;
;;rRNA;602280;603805;144;*;1526
;;rRNA;603950;604067;301;*;118
fin;;CDS;604369;605106;;;
deb;;CDS;614484;614675;407;*;
;;rRNA;615083;617986;260;*;2904
fin;comp;CDS;618247;619251;;0;
deb;;CDS;685823;686155;210;*;
;;misc_b;686366;686632;51;*;
fin;;CDS;686684;686965;;;
deb;comp;CDS;736286;737200;301;*;
;;rRNA;737502;737619;4;*;118
;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc
fin;;CDS;738186;738905;;;
deb;;CDS;740293;740862;125;*;
;;tRNA;740988;741058;322;*;gga
fin;;CDS;741381;742271;;;
deb;;CDS;757105;759717;121;*;
;;tRNA;759839;759920;66;*;cta
fin;comp;CDS;759987;760835;;0;
deb;;CDS;786859;787458;71;*;
;;misc_b;787530;787823;195;*;
fin;;CDS;788019;789995;;;
deb;;CDS;825593;830971;885;*;
;;regulatory;831857;832030;230;*;
fin;;CDS;832261;833262;;;
deb;comp;CDS;910521;911774;224;*;
;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt
;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt
fin;;CDS;912659;914539;;0;
deb;;CDS;1015700;1016551;80;*;
;;misc_b;1016632;1016837;131;*;
fin;;CDS;1016969;1018252;;0;
deb;;CDS;1034743;1035147;44;*;
;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga
fin;comp;CDS;1035408;1036631;;;
deb;;CDS;1060209;1061090;61;*;
;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg
fin;;CDS;1061457;1061942;;0;
deb;;CDS;1135668;1136111;264;*;
;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc
fin;;CDS;1136591;1137205;;;
deb;;CDS;1181242;1181676;81;*;
;;ncRNA;1181758;1182021;95;*;
fin;comp;CDS;1182117;1183028;;;
deb;;CDS;1228173;1228862;323;*;
;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526
;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118
;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc
;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca
;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904
;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac
;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa
;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc
;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac
;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc
fin;;CDS;1234979;1235152;;;
deb;;CDS;1279854;1280135;75;*;
;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf
fin;;CDS;1280409;1281519;;;
deb;;CDS;1282595;1283137;112;*;
;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga
;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga
;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac
;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa
;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa
;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta
;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga
;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga
;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa
fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0;
deb;;CDS;1298530;1299468;91;*;
;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc
;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca
fin;comp;CDS;1299939;1300463;;;
deb;;CDS;1317893;1318795;58;*;
;;misc_b;1318854;1319058;143;*;
fin;;CDS;1319202;1320467;;;
deb;;CDS;1330208;1331050;68;*;
;;regulatory;1331119;1331225;168;*;
fin;;CDS;1331394;1332701;;;
deb;;CDS;1344739;1346154;53;*;
;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg
fin;;CDS;1346415;1347350;;;
deb;;CDS;1361763;1362872;473;*;
;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg
fin;comp;CDS;1363883;1365469;;;
deb;;CDS;1501342;1502331;88;*;
;;misc_b;1502420;1502635;130;*;
fin;;CDS;1502766;1505162;;0;
deb;;CDS;1514802;1515092;141;*;
;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa
;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca
;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa
fin;;CDS;1515712;1516611;;;
deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*;
;;misc_b;1538316;1538527;148;*;
fin;;CDS;1538676;1539512;;;
deb;;CDS;1558609;1559226;150;*;
;;ncRNA;1559377;1559568;105;*;
fin;;CDS;1559674;1560162;;;
deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*;
;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg
fin;;CDS;1597563;1600298;;0;
deb;;CDS;1776389;1777042;54;*;
;;regulatory;1777097;1777202;89;*;
fin;;CDS;1777292;1778305;;;
deb;;CDS;1809551;1811686;53;*;
;;regulatory;1811740;1811862;110;*;
fin;;CDS;1811973;1812599;;0;
deb;;CDS;1897547;1898221;77;*;
;;misc_b;1898299;1898549;46;*;
fin;;CDS;1898596;1899603;;;
deb;;CDS;2051328;2051531;445;*;
;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc
fin;comp;CDS;2052165;2053262;;;
deb;;CDS;2064667;2065113;238;*;
;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata
fin;;CDS;2065455;2066012;;;
deb;;CDS;2089815;2090282;195;*;
;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc
fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0;
deb;;CDS;2125666;2126805;19;*;
;;misc_b;2126825;2127056;63;*;
fin;;CDS;2127120;2127326;;;
deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*;
;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*;
fin;;CDS;2291890;2293848;;0;
deb;;CDS;2378236;2379462;104;*;
;;misc_b;2379567;2379785;50;*;
fin;;CDS;2379836;2380420;;;
deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*;
;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac
;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc
fin;;CDS;2394801;2396147;;;
deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*;
;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*;
fin;comp;CDS;2448735;2450363;;;
deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*;
;;ncRNA;2575001;2575351;65;*;
fin;comp;CDS;2575417;2577075;;;
deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*;
;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*;
fin;comp;CDS;2590754;2591524;;;
deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*;
;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg
fin;;CDS;2592535;2593464;;0;
deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*;
;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg
fin;comp;CDS;2606510;2606668;;;
deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*;
;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc
fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0;
deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*;
;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag
fin;comp;CDS;2799053;2800327;;;
deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*;
;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*;
fin;comp;CDS;2822692;2823483;;;
deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*;
;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*;
fin;comp;CDS;2849998;2851539;;;
deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*;
;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag
fin;comp;CDS;2881759;2882100;;;
deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*;
;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*;
fin;comp;CDS;2979840;2980706;;;
deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*;
;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*;
fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0;
deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*;
;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*;
fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0;
deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*;
;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*;
deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*;
;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*;
fin;comp;CDS;3194229;3194576;;;
deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*;
;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca
fin;comp;CDS;3215755;3217302;;;
deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*;
;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj
;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta
;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac
;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg
;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac
deb;;CDS;3253138;3253587;87;*;
;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj
;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta
;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg
;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac
;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905
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deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*;
;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*;
fin;comp;CDS;3408475;3410325;;;
deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*;
;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*;
fin;;CDS;3491278;3492633;;0;
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;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca
;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt
;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt
;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta
;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta
;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac
;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi
;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca
;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa
;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac
;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904
;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca
;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc
;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118
;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526
;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc
;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca
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;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta
;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj
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;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*;
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;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*;
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;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*;
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;;misc_b;3972355;3972601;74;*;
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;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*;
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;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*;
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deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*;
;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*;
fin;;CDS;4594485;4595609;;;
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;;regulatory;4664128;4664228;86;*;
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;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*;
fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;
&lt;/pre&gt;

===hmo===
====hmo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]]
&lt;pre&gt;
57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
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;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
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;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
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;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
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comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
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;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
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;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
&gt;;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
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;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
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;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
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;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
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;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
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;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
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;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
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;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
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;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
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;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
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;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
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;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
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;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
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comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
&lt;/pre&gt;

====hmo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]]
&lt;pre&gt;
hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128
&lt;/pre&gt;

====hmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]]
&lt;pre&gt;
hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;;
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;;
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;;
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;;
;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;;
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;;
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;;
;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====hmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
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;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
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;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
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;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
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;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
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;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf
;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa
;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
&lt;/pre&gt;

===cbei===
====cbei opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]]
&lt;pre&gt;
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
&lt;;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
;2098638..2100154;;16s;;502;;;;;
;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
;2340985..2342501;;16s;;338;;;;;
;2342840..2345755;;23s;;140;;;;;
;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429
;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
;2768171..2771082;;23s;;202;;;;;
;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;;
comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;;
comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;;
comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;;
comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;;
comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
&lt;/pre&gt;

====cbei cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206
&lt;/pre&gt;

====cbei blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]]
&lt;pre&gt;
cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 &gt;1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 &gt;1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
&lt;/pre&gt;
====cbei données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite;
;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca
;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca
;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga
;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac
;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa
;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa
;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta
;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag
;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa
;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa
;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta
;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc
;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac
;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta
;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac
;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac
;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag
;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa
;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa
;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac
;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga
;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga
;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta
;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca
;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac
;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta
;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa
4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca
13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac
9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta
0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbei autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbei;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
;tRNA;15;1;;atgi
;tRNA;93;85;;gca
fin;CDS;254;;;
deb;CDS;2710;119;;
;tRNA;3057;30;;tca
;tRNA;3178;241;;agc
;tRNA;3510;18;;tca
;tRNA;3619;125;;agc
fin;CDS;3835;;;
deb;CDS;13821;187;;
;tRNA;14914;34;;cgt
fin;CDS;15023;;comp;
deb;CDS;124928;275;;
;tRNA;125614;20;;tta
;tRNA;125723;7;;atgf
;tRNA;125806;6;;atgj
;tRNA;125889;22;;tta
;tRNA;126000;7;;atgf
;tRNA;126083;6;;atgj
;tRNA;126166;21;;tta
;tRNA;126276;70;;atgf
;tRNA;126422;21;;tta
;tRNA;126532;664;;atgf
fin;CDS;127272;;;
deb;CDS;138638;307;;
;tRNA;140451;234;;aac
;tRNA;140760;439;;aac
;tRNA;141274;299;;aac
fin;CDS;141648;;;
deb;CDS;144627;548;;
16s;rRNA;146198;140;;
;tRNA;147850;3;;gca
;tRNA;147929;111;;atc
23s;rRNA;148117;70;;
5s;rRNA;151101;5;;
;tRNA;151223;4;;ttc
;tRNA;151303;681;;tgc
fin;CDS;152059;;;
deb;CDS;177450;76;;
;tRNA;178174;65;;acc
fin;CDS;178315;;;
deb;CDS;313730;90;;
;tRNA;316298;4;;cta
;tRNA;316387;120;;ggg
fin;CDS;316582;;comp;
deb;CDS;402474;125;;
;tRNA;403079;17;;cca
;tRNA;403172;149;;gga
;tRNA;403395;6;;aga
;tRNA;403478;16;;cca
;tRNA;403570;35;;gga
;tRNA;403679;5;;aga
;tRNA;403761;3;;cac
;tRNA;403840;7;;caa
;tRNA;403922;18;;aaa
;tRNA;404016;5;;cta
;tRNA;404106;25;;ggc
;tRNA;404206;5;;gga
;tRNA;404285;57;;aag
;tRNA;404418;7;;caa
;tRNA;404500;18;;aaa
;tRNA;404594;5;;cta
;tRNA;404684;25;;ggc
;tRNA;404784;46;;gga
;tRNA;404904;325;;cga
fin;CDS;405306;;;
deb;CDS;413861;390;;
16s;rRNA;416312;132;;
;tRNA;417956;84;;atc
23s;rRNA;418117;71;;
;tRNA;421103;345;;aac
fin;CDS;421523;;;
deb;CDS;486264;159;;
;tRNA;486828;9;;tac
;tRNA;486922;27;;gta
;tRNA;487025;12;;aca
;tRNA;487112;9;;tac
;tRNA;487206;30;;gta
;tRNA;487312;12;;aca
;tRNA;487399;451;;tac
fin;CDS;487935;;;
deb;CDS;540067;187;;
;tRNA;541157;208;;tgg
fin;CDS;541440;;;
deb;CDS;541918;252;comp;
;tRNA;543238;354;;
fin;CDS;543667;;;
deb;CDS;772270;262;;
;tmRNA;774356;871;;
fin;CDS;775585;;;
deb;CDS;892419;565;;
16s;rRNA;893905;137;;
;tRNA;895554;118;;gca
23s;rRNA;895748;204;;
5s;rRNA;898866;552;;
fin;CDS;899535;;;
deb;CDS;900798;709;;
16s;rRNA;902758;339;;
23s;rRNA;904609;273;;
5s;rRNA;907796;69;;
fin;CDS;907982;;comp;
deb;CDS;951995;97;;
;tRNA;952728;396;;ctc
fin;CDS;953210;;;
deb;CDS;1017389;70;;
;ncRNA;1017765;758;;
fin;CDS;1018872;;;
deb;CDS;1646835;56;;
;ncRNA;1647290;182;;
fin;CDS;1647666;;comp;
deb;CDS;1739334;380;;
;tRNA;1740314;3;;cac
;tRNA;1740393;5;;cag
;tRNA;1740473;443;;aaa
fin;CDS;1740992;;comp;
deb;CDS;1846157;-183;;
;gene;1847876;588;;
fin;CDS;1848647;;;
deb;CDS;1894180;34;;
;tRNA;1895441;574;comp;ttg
fin;CDS;1896102;;;
deb;CDS;2097496;727;;
16s;rRNA;2098643;502;;
23s;rRNA;2100657;205;;
5s;rRNA;2103775;315;;
fin;CDS;2104207;;;
deb;CDS;2296804;104;;
;ncRNA;2297577;380;comp;
fin;CDS;2298150;;;
deb;CDS;2305297;275;;
;ncRNA;2306778;230;comp;
fin;CDS;2307274;;;
deb;CDS;2339219;667;;
16s;rRNA;2340990;338;;
23s;rRNA;2342840;140;;
;tRNA;2345896;3;;aac
5s;rRNA;2345974;429;;
fin;CDS;2346520;;;
deb;CDS;2351663;573;;
16s;rRNA;2352713;338;;
23s;rRNA;2354563;140;;
;tRNA;2357618;3;;aac
5s;rRNA;2357696;90;;
fin;CDS;2357903;;;
deb;CDS;2765706;282;;
16s;rRNA;2766156;503;;
23s;rRNA;2768171;202;;
5s;rRNA;2771285;5;;
;tRNA;2771407;6;;ttc
;tRNA;2771489;25;;gac
;tRNA;2771591;448;;gaa
fin;CDS;2772114;;;
deb;CDS;3556683;565;;
;tRNA;3557617;505;;gag
fin;CDS;3558197;;comp;
deb;CDS;3752035;248;comp;
;tRNA;3752901;13;comp;agt
fin;CDS;3752999;;comp;
deb;CDS;4256439;267;comp;
;tRNA;4258671;79;comp;aaa
;tRNA;4258826;7;comp;cac
;tRNA;4258909;35;comp;aga
;tRNA;4259021;752;comp;gga
fin;CDS;4259847;;;
deb;CDS;4880246;508;comp;
5s;rRNA;4880997;274;comp;
23s;rRNA;4881388;578;comp;
16s;rRNA;4884879;703;comp;
fin;CDS;4887099;;comp;
deb;CDS;6160739;343;comp;
;tRNA;6162321;242;;cca
fin;CDS;6162639;;;
deb;CDS;6165324;222;;
;tRNA;6165957;5;comp;ttc
5s;rRNA;6166038;188;comp;
fin;CDS;6166343;;;
deb;CDS;6175160;249;comp;
;tRNA;6175847;1;comp;gca
;tRNA;6175924;44;comp;atgi
5s;rRNA;6176045;138;comp;
23s;rRNA;6176300;339;comp;
16s;rRNA;6179556;572;comp;
fin;CDS;6181640;;comp;
deb;CDS;6182670;190;;
;tRNA;6183610;5;comp;aaa
5s;rRNA;6183691;159;comp;
deb;CDS;6183967;294;comp;
;tRNA;6185209;7;comp;aaa
5s;rRNA;6185292;138;comp;
23s;rRNA;6185547;339;comp;
16s;rRNA;6188803;776;comp;
fin;CDS;6191091;;comp;
deb;CDS;6199510;661;comp;
5s;rRNA;6202721;139;comp;
23s;rRNA;6202977;339;comp;
16s;rRNA;6206233;1107;comp;
5s;rRNA;6208852;138;comp;
23s;rRNA;6209107;339;comp;
16s;rRNA;6212363;507;comp;
fin;CDS;6214382;;comp;
deb;CDS;6256716;154;;
;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;CDS;6258338;;comp;
deb;CDS;6305349;135;comp;
;tRNA;6306438;281;comp;tcc
fin;CDS;6306809;;comp;
deb;CDS;6374512;125;;
;tRNA;6375810;303;comp;agg
fin;CDS;6376188;;comp;
deb;CDS;6391977;114;comp;
5s;rRNA;6392868;134;comp;
23s;rRNA;6393119;214;comp;
16s;rRNA;6396248;1125;comp;
5s;rRNA;6398885;139;comp;
23s;rRNA;6399141;214;comp;
16s;rRNA;6402270;753;comp;
fin;CDS;6404535;;comp;
deb;CDS;6436810;192;;
;tRNA;6437983;6;comp;gac
;tRNA;6438066;14;comp;gta
;tRNA;6438156;29;comp;gaa
;tRNA;6438260;10;comp;aca
;tRNA;6438345;6;comp;gac
;tRNA;6438428;16;comp;gta
;tRNA;6438520;29;comp;gaa
;tRNA;6438624;10;comp;aca
;tRNA;6438709;6;comp;gac
;tRNA;6438792;14;comp;gta
;tRNA;6438882;162;comp;gaa
fin;CDS;6439119;;comp;
deb;CDS;6477551;501;;
16s;rRNA;6480533;213;;
23s;rRNA;6482258;108;;
5s;rRNA;6485280;14;;
&lt;/pre&gt;

====cbei intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;;
cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14
;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19
;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8
;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14
;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10
;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8
;'''total 5623;&lt;201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7
1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9
1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14
4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7
6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8
5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6
2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12
3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5
4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6
4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7
3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4
4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8
5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4
1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2
2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6
4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5
3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5
4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3
4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2
4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2
6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5
2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2
4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4
4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4
3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4
2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1
3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2
3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0
4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3
1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3
4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1
1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2
3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4
3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3
776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4
2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2
5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3
2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0
3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5
4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;45;1070;2
6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2
2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0
5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0
5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2
;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1
;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1
;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0
;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1
4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0
1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3
3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0
2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0
3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21
2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293
5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;;
5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;;
1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;;
4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;;
5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;;
1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;;
330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;;
4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;;
2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;;
2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;;
4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;;
4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;;
5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;;
3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;;
1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;;
4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&amp;-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&amp;-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&amp;123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&amp;75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;&gt;0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;&lt;0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;&gt;0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;&lt;0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
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 - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total
;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11
;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;

====cbei autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;;
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;&amp;tRNA;93;85;;;;&amp;tRNA;541157;208;;;;&amp;tRNA;4258671;79;comp;
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;&amp;tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;;
;&amp;tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp;
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;&amp;tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&amp;tRNA;6183610;5;comp;
;&amp;tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp;
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;&amp;tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp;
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;&amp;tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp;
;&amp;tRNA;403922;18;;;;&amp;tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp;
;&amp;tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp;
;&amp;tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp;
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;&amp;tRNA;417956;84;;;;&amp;tRNA;2771489;25;;;;&amp;tRNA;6438709;6;comp;
;$rRNA;418117;71;;;;&amp;tRNA;2771591;448;;;;&amp;tRNA;6438792;14;comp;
;&amp;tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&amp;tRNA;6438882;162;comp;
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deb;°CDS;486264;159;;;;&amp;tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger
;&amp;tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;;
;&amp;tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;;
;&amp;tRNA;487025;12;;;;&amp;tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;;
;&amp;tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;;
;&amp;tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;85;;76;13;;
;119;;125;;90;65;deb;
;187;comp’;34;;97;85;&lt;201;9
;275;;664;;119;125;total;17
;307;;299;;125;162;taux;53%
;;;681;;135;208;;
;76;;65;;159;242;fin;
;90;comp’;120;;187;281;&lt;201;5
;125;;325;;187;299;total;18
;;;345;;248;303;taux;28%
;159;;451;;249;325;;
;187;;208;;267;345;total;
comp’;252;;354;;275;354;&lt;201;14
;97;;396;;294;396;total;35
;380;comp’;443;;307;448;taux;40%
comp’;34;comp’;574;;380;451;;
;;;448;;565;664;;
;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls
;248;;13;;34;120;deb;4
;267;comp’;752;;125;443;;7
comp’;343;;242;;190;505;fin;1
comp’;222;;;;192;574;;5
;249;;;;222;752;total;
comp’;190;;;;252;-;&lt;201;5
;294;;;;343;-;total;12
;135;;281;;;;taux;42%
comp’;125;;303;;;;;
comp’;192;;162;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;13;6;19;;;;
;total;24;23;47;;;;
;taux;54%;26%;40%;;;;
&lt;/pre&gt;

===afn===
====afn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s  6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;
&lt;/pre&gt;

====afn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]]
&lt;pre&gt;
afn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;21;
;16 atc gca;2;40;2;
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;0;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;1;
;total aas;4;140;0;
sans ;opérons;29;160;0;
;1 aa;20;180;0;
;max a;6;200;0;
;a doubles;2;;0;
;total aas;56;;27;0
total aas;;60;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;16;
;;;variance;23;
sans jaune;;;moyenne;12;
;;;variance;13;
&lt;/pre&gt;

====afn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]]
&lt;pre&gt;
afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;
&lt;/pre&gt;

====afn remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]]
&lt;pre&gt;
afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====negativicutes distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]]
&lt;pre&gt;
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
&lt;/pre&gt;
====afn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
&lt;/pre&gt;
====afn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;;
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====afn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*contrôlé le 21.7.22
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
&lt;/pre&gt;

====afn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;;
afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffrequence5
;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307
;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127
;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57
;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164
;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87
;'''total 2038;&lt;201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence-1;30;47
1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37
1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32
1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25
1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28
434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31
865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29
463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23
1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24
1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32
843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17
1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25
34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28
1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16
2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29
1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20
893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22
1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28
1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22
1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29
872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29
1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24
1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31
117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20
867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22
406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18
1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23
2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21
901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17
39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11
791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13
1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8
691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18
1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16
2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9
1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15
1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10
1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18
847959;503;36;6;300;17;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14
1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23
;;38;6;320;8;;620;;230;11
;;39;8;330;13;;640;2;235;14
;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19
;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7
;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11
;;;;370;14;;720;2;255;5
2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11
598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7
1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14
2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5
935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11
2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8
846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3
1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7
1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10
808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10
1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5
287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4
532761;-44;;;500;5;;980;;320;4
50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8
434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5
276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3
629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6
1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9
503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3
1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3
1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7
706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8
2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6
460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92
1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&amp;-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&amp;197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;92;36;-;859;dte;45;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;&gt;0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;&lt;0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;&gt;0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;&lt;0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]]

*9.6.21
&lt;pre&gt;
afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4
continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;
14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4
;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;

====afn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;
deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp
;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp
;$rRNA;26602;228;;;;&amp;tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp
;$rRNA;29736;286;;;;&amp;tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68;
fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113;
deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;;
;&amp;tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24;
fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&amp;tRNA;1555201;393;
deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp
;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp
;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&amp;tRNA;1567911;93;comp
;$rRNA;62772;266;;;;&amp;tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp
fin;°CDS;63155;;comp;;;&amp;tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158;
deb;°CDS;168443;122;;;;&amp;tRNA;712402;16;;;;&amp;tRNA;1613773;215;comp
;&amp;tRNA;169459;361;;;;&amp;tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp
fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp
deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp
;misc_binding;182746;130;comp;;;&amp;tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp
fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76;
deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&amp;tRNA;1702659;91;
;misc_binding;185671;146;;;;&amp;tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp
fin;°CDS;186056;;;;;&amp;tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512;
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;&amp;tRNA;249791;51;;;;&amp;tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp
fin;°CDS;249919;;comp;;;&amp;tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp
deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp
;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp
fin;°CDS;255255;;;;;&amp;tRNA;796654;159;;;;&amp;tRNA;1823852;6;comp
deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&amp;tRNA;1823934;8;comp
;&amp;tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&amp;tRNA;1824017;83;comp
fin;°CDS;274892;;;;;&amp;tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp
deb;°CDS;310188;131;;;;&amp;tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp
;&amp;tRNA;311123;22;;;;&amp;tRNA;842556;9;;;;&amp;tRNA;1909446;53;comp
;&amp;tRNA;311221;5;;;;&amp;tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115;
;&amp;tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136;
;&amp;tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&amp;tRNA;1911342;23;
;&amp;tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;;
fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp
deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp
;regulatory;360286;52;;;;&amp;tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;;
fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp
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;$rRNA;380482;251;;;;&amp;tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp
;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp
;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&amp;tRNA;1984782;12;comp
fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&amp;tRNA;1984869;111;comp
deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&amp;tRNA;1985054;106;comp
;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp
fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193;
deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp
;&amp;tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp
;&amp;tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&amp;tRNA;2075828;66;comp
;&amp;tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&amp;tRNA;2075970;94;comp
;&amp;tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp
;&amp;tRNA;461928;8;;;;&amp;tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp
;&amp;tRNA;462010;145;;;;&amp;tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91;
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;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp
fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&amp;tRNA;2287117;45;comp
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;&amp;tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp
;&amp;tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&amp;tRNA;2303018;45;comp
;&amp;tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp
fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp
deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&amp;tRNA;2323563;196;comp
;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;;
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deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;;
fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====afn intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;105;;105;;21;23;deb;
;;;122;comp’;361;;24;39;&lt;201;20
;;;195;comp’;51;;54;45;total;25
;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80%
;;;131;;145;;71;83;;
;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin;
;;;131;;194;;76;102;&lt;201;17
;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18
;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94%
;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;;
;;;73;;159;;119;112;total;
;2  8  9;;119;;127;;122;127;&lt;201;37
;;;71;;156;;122;145;total;43
;;;58;;102;;131;156;%;86%
;2  1;;137;;112;;131;159;;
;;;24;comp’;393;;136;194;;
;;;21;;93;;137;196;;
;;comp’;158;;215;;182;215;;
;;;76;comp’;91;;195;;;
;6  8;;379;;83;;200;;;
;;;182;;;;214;;;
;;;136;;23;;222;;;
;;;222;;39;;379;;;
;12  111;;122;;106;;393;;;
;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls
;;;451;;45;;80;51;deb;2
;;;393;comp’;196;;158;61;&lt;201;100%
;;;;;;;;91;fin;
;;;;;;;;134;&lt;201;5
;deb;fin;total;;;;;188;total;8
&lt;201;22;22;44;;;;;268;%;63%
total;27;26;53;;;;;361;total;10
taux;81%;85%;83%;;;;;393;&lt;201;70%
&lt;/pre&gt;

====afn par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;
&lt;/pre&gt;
===negativicutes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est  10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
&lt;/pre&gt;

===clostridia synthèse===
====clostridia distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]]
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;
&lt;/pre&gt;
====clostridia, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est  15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
&lt;/pre&gt;

==gamma==
===Shewanella===
====spl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]]
&lt;pre&gt;
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s  11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;
&lt;/pre&gt;
====spl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]]
&lt;pre&gt;
spl cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400;
;max a;3;80;3;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600;
;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700;
;total aas;9;140;3;;350;;140;;800;
sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900;
;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000;
;max a;15;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;15;;6;;;;;;;
;total aas;133;;103;;;0;;0;;0
total aas;;142;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;;
;;;variance;143;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;;
;;;variance;35;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====spl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]]
&lt;pre&gt;
spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
&lt;/pre&gt;
====spl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc
;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc
;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====spl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
;comp;regulatory;146483;146744;188;*;
fin;;CDS;146933;149083;;;
deb;comp;CDS;181132;181587;687;*;
;;rRNA;182275;183817;74;*;16s
;;tRNA;183892;183968;65;*;atc
;;tRNA;184034;184109;371;*;gca
;;rRNA;184481;187375;132;*;23s
;;rRNA;187508;187623;100;*;5s
;;tRNA;187724;187800;606;*;gac
fin;;CDS;188407;189432;;;
deb;comp;CDS;190429;191379;234;*;
;;tRNA;191614;191689;8;*;aca
;;tRNA;191698;191782;35;*;tac
;;tRNA;191818;191891;195;*;gga
fin;;CDS;192087;193271;;;
deb;;CDS;233942;234538;647;*;
;;rRNA;235186;236728;384;*;16s
;;rRNA;237113;240007;132;*;23s
;;rRNA;240140;240255;454;*;5s
deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*;
;;rRNA;243635;245177;348;*;16s
;;rRNA;245526;248420;133;*;23s
;;rRNA;248554;248669;68;*;5s
;;tRNA;248738;248813;17;*;acc
;;rRNA;248831;248946;703;*;5s
fin;;CDS;249650;250924;;0;
deb;;CDS;282426;283268;135;*;
;;ncRNA;283404;283755;313;*;
fin;comp;CDS;284069;285322;;;
deb;comp;CDS;413908;416529;236;*;
;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg
;;tRNA;416882;416957;41;*;cac
;;tRNA;416999;417075;58;*;cca
;;tRNA;417134;417210;320;*;cca
fin;comp;CDS;417531;419450;;;
deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*;
;;rRNA;493715;495257;349;*;16s
;;rRNA;495607;498501;132;*;23s
;;rRNA;498634;498749;768;*;5s
fin;comp;CDS;499518;500534;;;
deb;;CDS;550745;552652;-23;*;
;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga
fin;;CDS;553011;553874;;;
deb;;CDS;640018;641220;155;*;
;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca
;;tRNA;642639;642729;789;*;tca
deb;;CDS;643519;644862;988;*;
;;rRNA;645851;647393;74;*;16s
;;tRNA;647468;647544;65;*;atc
;;tRNA;647610;647685;336;*;gca
;;rRNA;648022;650916;177;*;23s
;;rRNA;651094;651209;727;*;5s
fin;;CDS;651937;653757;;0;
deb;comp;CDS;727650;727784;330;*;
;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg
fin;;CDS;728895;730808;;0;
deb;;CDS;878528;879232;406;*;
;;regulatory;879639;879784;204;*;
fin;;CDS;879989;881359;;;
deb;;CDS;1166653;1168824;117;*;
;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi
fin;comp;CDS;1169239;1171089;;;
deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*;
;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*;
fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0;
deb;;CDS;1337892;1339205;500;*;
;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca
;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc
;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca
;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc
deb;;CDS;1341198;1342432;34;*;
;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca
;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc
fin;comp;CDS;1343112;1343390;;;
deb;;CDS;1455613;1455810;913;*;
;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc
;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt
;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt
;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt
;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt
;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt
;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc
;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt
;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt
;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc
fin;;CDS;1458872;1459117;;;
deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*;
;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*;
fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0;
deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*;
;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg
fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0;
deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*;
;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta
;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta
;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta
;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta
;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta
;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta
;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta
;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta
;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta
;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta
;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta
deb;;CDS;1772396;1773805;104;*;
;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc
;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa
;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa
;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa
;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa
;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa
;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa
;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa
;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa
;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa
;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa
;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa
;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa
;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa
;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc
fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0;
deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*;
;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*;
fin;;CDS;1930887;1931621;;;
deb;;CDS;2079870;2080424;876;*;
;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s
;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s
;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s
fin;comp;CDS;2086639;2087564;;;
deb;;CDS;2142913;2143137;136;*;
;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc
fin;comp;CDS;2143485;2145269;;;
deb;;CDS;2225993;2226382;125;*;
;;regulatory;2226508;2226638;52;*;
fin;;CDS;2226691;2228829;;;
deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*;
;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf
;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf
fin;;CDS;2366975;2369110;;;
deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*;
;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca
fin;;CDS;2376525;2377169;;;
deb;;CDS;2379066;2379614;152;*;
;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc
;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc
;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta
fin;;CDS;2380631;2381200;;;
deb;;CDS;2548825;2550261;595;*;
;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc
;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc
;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta
;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc
;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta
;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc
;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta
fin;comp;CDS;2553406;2553735;;;
deb;;CDS;2556685;2557929;89;*;
;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca
fin;comp;CDS;2558294;2559073;;;
deb;;CDS;2716829;2717467;98;*;
;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc
fin;comp;CDS;2717834;2719828;;;
deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*;
;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat
;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat
;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf
;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf
;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc
;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf
;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc
;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf
fin;comp;CDS;2760829;2762043;;;
deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*;
;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac
;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac
;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac
;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac
;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac
fin;;CDS;2859892;2860968;;0;
deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*;
;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac
;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac
;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac
;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac
;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac
;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac
;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac
fin;;CDS;2867204;2869120;;;
deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*;
;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*;
fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0;
deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*;
;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac
;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac
;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac
;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac
fin;comp;CDS;2930138;2931472;;;
deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*;
;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa
;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa
;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa
;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa
;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa
;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa
fin;comp;CDS;3122035;3122760;;;
deb;;CDS;3243130;3243747;634;*;
;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*;
fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0;
deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*;
;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac
;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga
;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca
fin;;CDS;3270626;3271480;;0;
deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*;
;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf
;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc
fin;comp;CDS;3758364;3758699;;;
deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*;
;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa
;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta
;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa
;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta
;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa
;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta
;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa
;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta
;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj
;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa
;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta
;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj
fin;comp;CDS;3837555;3838646;;;
deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*;
;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg
;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg
fin;comp;CDS;3863366;3864334;;;
deb;;CDS;3865578;3866594;454;*;
;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s
;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s
;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s
fin;;CDS;3872890;3873405;;0;
deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*;
;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc
fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0;
deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*;
;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*;
fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0;
deb;;CDS;4051244;4051564;82;*;
;;ncRNA;4051647;4051828;251;*;
fin;comp;CDS;4052080;4052250;;;
deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*;
;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*;
fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0;
deb;;CDS;4146436;4146708;183;*;
;;regulatory;4146892;4146991;94;*;
fin;;CDS;4147086;4148081;;0;
deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*;
;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc
;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt
;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc
;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt
;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc
;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc
;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc
fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0;
deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*;
;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*;
fin;;CDS;4449582;4449893;;;
deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*;
;;regulatory;4453881;4453980;104;*;
fin;;CDS;4454085;4455455;;0;
deb;;CDS;4615072;4616082;798;*;
;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s
;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s
;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca
;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc
;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s
fin;comp;CDS;4622436;4623133;;;
deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*;
;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*;
fin;;CDS;5004800;5006449;;0;
deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*;
;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac
;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s
;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s
;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;
&lt;/pre&gt;

====spl intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;;
spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5
;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10
;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7
;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6
;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6
;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6
;'''total 4213;&lt;201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6
3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3
2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5
4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6
3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6
1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2
5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7
1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4
4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1
5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3
1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3
4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4
1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4
1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2
897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3
1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1
4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3
1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2
3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1
1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4
1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2
2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3
600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1
1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2
3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2
223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1
3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3
967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3
4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3
4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1
3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1
750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0
2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0
2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2
2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2
2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0
4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0
2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1
3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;41;1060;0
4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0
1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0
4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0
2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0
2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1
4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0
2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0
1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1
2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2
2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2
2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2
4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1
4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0
1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0
4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14
3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167
;;;;470;19;;1400;0;305;20;;
;;;;480;12;;1450;1;310;16;;
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;;
4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;;
4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;;
2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;;
4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;;
5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;;
4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;;
1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;;
1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;;
164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;;
5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;;
73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;;
2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;;
2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;&gt;0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;&lt;0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
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&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]]
9.6.21 Paris
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21 Paris
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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&lt;/pre&gt;

====spl autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
====spl intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_tRNA|spl intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
spl ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;;;
108 aas;pas de comp’;;;;;;;;;;;
aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
&amp;234;&amp;455;&amp;830;;;;;606;;89;113;;
8;40*3;58*3;;comp’;&amp;234;;195;;98;114;'''deb;
35;&amp;152;59;;comp’;&amp;236;comp’;320;;104;124;&lt;201;9
&amp;236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18
39;85;58*2;;;&amp;155;;789;;155;160;taux;50%
41;&amp;595;59;;comp’;330;;695;;157;176;;
58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin;
&amp;155;95;59*2;;comp’;&amp;500;comp’;545;;180;193;&lt;201;9
1172;634;&amp;255;;comp’;&amp;34;;441;;192;195;total;21
&amp;500;95;8;;;&amp;913;;1058;;255;216;taux;43%
52;479;63;;;581;;176;;427;220;;
539;132;&amp;157;;comp’;&amp;257;;705;;455;315;'''total;
52;&amp;192;103;;;&amp;104;comp’;977;;572;353;&lt;201;18
&amp;34;128*2;&amp;162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39
52;189;51;;;&amp;455;comp’;383;;595;495;taux;46%
&amp;913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;;
21;2;20;;;&amp;152;;530;;830;606;;
30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;;
32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;;
30;&amp;291;211;;;&amp;595;comp’;545;;'''-;789;;
33;30;5;;;&amp;192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls
9;85;47;;comp’;&amp;291;;315;;-23;178;'''deb;
76;107*2;55;;comp’;&amp;1011;;187;;34;184;&lt;201;4
35;&amp;1011;5;;;&amp;572;;124;;117;187;total;13
9;45;47;;;&amp;830;;193;;136;286;taux;31%
&amp;257;41;55;;;&amp;255;comp’;465;;234;320;'''fin;
37*9;26;&amp;180;;;&amp;157;;114;;236;383;&lt;201;3
39;32;167;;;&amp;162;;495;;254;465;total;10
&amp;104;33;&amp;663;;;&amp;180;;160;;257;545;taux;30%
80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;;
102*7;&amp;572;13;;;&amp;663;;113;;291;977;'''total;
253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;&lt;201;7
102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23
47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30%
;;48;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;&lt;201;13;12;25
;;;;;;;;;total;31;31;62
;;;;;;;;;taux;42%;39%;40%
&lt;/pre&gt;

===Vibrio parahaemolyticus===
====vpb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]]
&lt;pre&gt;
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
;33614..35175;;16s;@4;80
;35256..35331;;gaa;;2
;35334..35409;;aaa;;30
;35440..35515;;gta;;55
comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59
;35828..38743;;23s;;73
;38817..38932;;5s;;
;;;;;
;49997..50073;;cgg;;32
;50106..50181;;cac;+;72
;50254..50330;;cca;2 cac;49
;50380..50455;;cac;2 cca;24
;50480..50556;;cca;;
;;;;;
comp;400045..400120;;atgi;;
;;;;;
;577971..579532;;16s;;88
;579621..579696;;gcc;;12
;579709..579784;;gaa;;258
;580043..582958;;23s;;73
;583032..583147;;5s;;30
;583178..583254;;gac;;35
;583290..583366;;tgg;;
;;;;;
comp;769649..769733;;cta;+;29
comp;769763..769847;;cta;10 cta;47
comp;769895..769971;;atg;4 atg;24
comp;769996..770080;;cta;5 caa;52
comp;770133..770207;;caa;;29
comp;770237..770321;;cta;;53
comp;770375..770451;;atg;;24
comp;770476..770560;;cta;;52
comp;770613..770687;;caa;;29
comp;770717..770801;;cta;;54
comp;770856..770930;;caa;;29
comp;770960..771044;;cta;;35
comp;771080..771154;;caa;;48
comp;771203..771287;;cta;;31
comp;771319..771403;;cta;;77
comp;771481..771557;;atg;;77
comp;771635..771709;;caa;;31
comp;771741..771825;;cta;;40
comp;771866..771942;;atg;;
;;;;;
;786939..787015;;cca;;
;;;;;
comp;802315..802391;;agg;;
;;;;;
;910219..910295;;aga;;
;;;;;
comp;982089..982173;;tac;+;81
comp;982255..982339;;tac;4 tac;81
comp;982421..982505;;tac;;81
comp;982587..982671;;tac;;
;;;;;
;1124715..1124802;;tcc;;
;;;;;
;1418321..1418397;;gtc;+;32
;1418430..1418506;;gtc;2gtc;
;;;;;
comp;1988127..1988202;;ggc;+;10
comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76
comp;1988376..1988451;;ggc;;20
comp;1988472..1988545;;tgc;;
;;;;;
;2164082..2164157;;aac;;
;;;;;
;2193593..2193683;;tca;;
;;;;;
comp;2547884..2547960;;atgf;;56
comp;2548017..2548100;;ctc;;
;;;;;
;2652092..2652168;;cgt;+;56
comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57
comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57
comp;2652493..2652569;;cgt;;57
comp;2652627..2652703;;cgt;;57
comp;2652761..2652837;;cgt;;56
comp;2652894..2652970;;cgt;;210
comp;2653181..2653257;;cgt;;31
comp;2653289..2653380;;agc;@5;320
comp;2653701..2653777;;cgt;;31
comp;2653809..2653900;;agc;;
;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
comp;2741545..2741620;;acc;;100
comp;2741721..2741836;;5s;;73
comp;2741910..2744825;;23s;;257
comp;2745083..2745158;;gca;;41
comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;
&lt;/pre&gt;
====vpb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]]
&lt;pre&gt;
vpb cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200;
;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300;
;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400;
;max a;6;80;9;2;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600;
;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700;
;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800;
sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900;
;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000;
;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100;
;a doubles;8;;1;0;;;;;;
;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0
total aas;;126;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;;
;;;variance;29;22;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;;
;;;variance;17;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]]
&lt;pre&gt;
vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
&lt;/pre&gt;
====vpb1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite;
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;;
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;;
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;;
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;;
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;;
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;;
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;;
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;;
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;;
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;;
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;;
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;;
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;;
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;;
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;;
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====vpb2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;;
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;;
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;;
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra;
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vpb1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*;
;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*;
;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
&lt;/pre&gt;

=====vpb2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia albertii===
====eal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]]
&lt;pre&gt;
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s   7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
&lt;/pre&gt;

====eal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]]
&lt;pre&gt;
eal cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;13;140;0;;350;;140;;800;
sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;2;;;;;;;
;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0
total aas;;84;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;;
;;;variance;59;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]]
&lt;pre&gt;
eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;
&lt;/pre&gt;
====eal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc
;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;;
;;;;;;;;;;;;460;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====eal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
deb;;CDS;14985;15332;-348;*;
;;mobile_el;14985;16921;-1540;*;
;;gene;15382;16569;549;*;
fin;;CDS;17119;18501;;;
deb;comp;CDS;34568;34681;26;*;
;;gene;34708;38448;-4;*;
fin;;CDS;38445;39989;;;
deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*;
;;gene;99769;99909;51;*;
fin;;CDS;99961;100896;;0;
deb;comp;CDS;102850;103833;195;*;
;;gene;104029;105320;30;*;
fin;comp;CDS;105351;105914;;0;
deb;;CDS;191840;192184;85;*;
;comp;gene;192270;193340;282;*;
fin;comp;CDS;193623;194339;;0;
deb;;CDS;199369;199794;-426;*;
;;mobile_el;199369;201785;-1995;*;
fin;;CDS;199791;200141;;;
deb;;CDS;218062;218904;158;*;
;;tRNA;219063;219144;212;*;tac
;;tRNA;219357;219438;376;*;tac
fin;comp;CDS;219815;220912;;;
deb;comp;CDS;239027;239722;104;*;
;comp;gene;239827;239964;271;*;
fin;;CDS;240236;241336;;0;
deb;comp;CDS;242534;244144;22;*;
;comp;gene;244167;244856;122;*;
deb;;CDS;244979;245305;-327;*;
;;mobile_el;244979;246192;-891;*;
fin;;CDS;245302;246192;;0;
deb;;CDS;277602;278456;130;*;
;;gene;278587;280453;49;*;
fin;comp;CDS;280503;280757;;0;
deb;comp;CDS;285209;286279;9;*;
;comp;gene;286289;287587;329;*;
fin;;CDS;287917;289449;;0;
deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*;
;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*;
fin;comp;CDS;298914;299261;;;
deb;comp;CDS;300053;300712;71;*;
;comp;gene;300784;300984;220;*;
fin;;CDS;301205;301894;;;
deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*;
;;repeat_reg;304338;304360;-23;*;
;;misc_f;304338;304432;-72;*;
;;repeat_reg;304361;304409;0;*;
;;repeat_reg;304410;304432;3985;*;
fin;;CDS;308418;308762;;;
deb;;CDS;309802;310167;-366;*;
;;mobile_el;309802;311030;-906;*;
fin;;CDS;310125;311030;;;
deb;;CDS;313323;313712;-232;*;
;;repeat_reg;313481;313501;-21;*;
;;misc_f;313481;313581;-93;*;
;;repeat_reg;313489;313509;-13;*;
;;repeat_reg;313497;313517;-16;*;
;;repeat_reg;313502;313520;-11;*;
;;repeat_reg;313510;313528;276;*;
fin;comp;CDS;313805;314563;;;
deb;comp;CDS;316137;316262;245;*;
;;gene;316508;316948;113;*;
fin;comp;CDS;317062;318312;;1;
deb;;CDS;332934;333359;-426;*;
;;mobile_el;332934;335350;-1995;*;
fin;;CDS;333356;333706;;;
deb;comp;CDS;411963;412901;233;*;
;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc
fin;comp;CDS;413496;414182;;;
deb;;CDS;422060;426022;39;*;
;comp;gene;426062;426701;264;*;
fin;;CDS;426966;427097;;;
deb;comp;CDS;461328;462446;441;*;
;;tRNA;462888;462972;601;*;tca
fin;comp;CDS;463574;463717;;0;
deb;;CDS;463890;464255;-366;*;
;;mobile_el;463890;465118;-906;*;
fin;;CDS;464213;465118;;;
deb;comp;CDS;488610;488825;294;*;
;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga
;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca
fin;comp;CDS;489433;489567;;;
deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*;
;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*;
;comp;gene;523850;524032;-4;*;
fin;comp;CDS;524029;524454;;;
deb;comp;CDS;545508;546056;180;*;
;comp;gene;546237;548084;260;*;
fin;comp;CDS;548345;552805;;;
deb;;CDS;590349;590696;-348;*;
;;mobile_el;590349;592284;-1539;*;
fin;;CDS;590746;592284;;0;
deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*;
;;repeat_reg;606309;606328;-20;*;
;;misc_f;606309;606445;-117;*;
;;repeat_reg;606329;606347;0;*;
;;repeat_reg;606348;606367;0;*;
;;repeat_reg;606368;606386;0;*;
;;repeat_reg;606387;606406;0;*;
;;repeat_reg;606407;606425;0;*;
;;repeat_reg;606426;606445;1358;*;
fin;comp;CDS;607804;608298;;0;
deb;;CDS;614451;614669;479;*;
;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc
fin;;CDS;615518;615646;;0;
deb;;CDS;625353;625628;-276;*;
;;mobile_el;625353;626050;-504;*;
fin;;CDS;625547;626050;;;
deb;comp;CDS;660139;661350;273;*;
;;gene;661624;662214;34;*;
fin;comp;CDS;662249;662533;;0;
deb;;CDS;664227;664940;-14;*;
;comp;gene;664927;666254;7;*;
fin;comp;CDS;666262;668610;;;
deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*;
;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*;
fin;comp;CDS;731144;731419;;0;
deb;comp;CDS;747736;748551;79;*;
;comp;gene;748631;749979;68;*;
fin;comp;CDS;750048;750362;;0;
deb;comp;CDS;756185;756652;170;*;
;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa
;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta
;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa
;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta
;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa
fin;comp;CDS;757458;758249;;;
deb;;CDS;782199;782768;47;*;
;;gene;782816;785265;13;*;
fin;;CDS;785279;786010;;;
deb;comp;CDS;797253;797513;3;*;
;comp;gene;797517;798173;1830;*;
fin;comp;CDS;800004;803876;;;
deb;;CDS;832389;834305;223;*;
;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj
;;tRNA;834613;834694;26;*;cta
;;tRNA;834721;834792;37;*;caa
;;tRNA;834830;834901;18;*;caa
;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj
;;tRNA;835045;835116;35;*;cag
;;tRNA;835152;835223;156;*;cag
fin;comp;CDS;835380;836555;;0;
deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*;
;comp;gene;850452;851159;103;*;
fin;;CDS;851263;851817;;0;
deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*;
;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*;
fin;comp;CDS;958041;958406;;;
deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*;
;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*;
deb;comp;CDS;960106;960453;867;*;
;;gene;961321;961434;545;*;
fin;;CDS;961980;962675;;;
deb;;CDS;966714;967040;-327;*;
;;mobile_el;966714;967930;-894;*;
;;gene;967037;967156;84;*;
;;gene;967241;967930;273;*;
fin;;CDS;968204;968368;;;
deb;;CDS;968555;968701;256;*;
;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga
fin;;CDS;969280;969912;;0;
deb;;CDS;1004964;1006640;32;*;
;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*;
;;misc_f;1006673;1006819;-122;*;
;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*;
;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*;
;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*;
;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*;
fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0;
deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*;
;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*;
fin;comp;CDS;1033173;1033523;;;
deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*;
;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*;
fin;;CDS;1123029;1123934;;1;
deb;;CDS;1143090;1144676;107;*;
;comp;gene;1144784;1144987;240;*;
fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0;
deb;;CDS;1146049;1146696;709;*;
;comp;gene;1147406;1148787;9;*;
fin;comp;CDS;1148797;1149747;;;
deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*;
;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*;
fin;;CDS;1173028;1174566;;;
deb;;CDS;1177520;1178338;1243;*;
;;gene;1179582;1179752;41;*;
deb;comp;CDS;1179794;1180537;535;*;
;;gene;1181073;1182912;-1531;*;
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;;mobile_el;1181382;1182610;-906;*;
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&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli===
====eco opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]]
&lt;pre&gt;
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;
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comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ;
comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron;
comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30013]
;;;;;;;
;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron;
;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG31117]
;2947607..2947683;;atgf;;;« ;
;;;;;;;
comp;2998984..2999057;;ggg;;;;
;;;;;;;
;3110366..3110441;;ttc;;;;
;;;;;;;
;3215598..3215673;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;3318213..3318289;;atgf;;;;
;;;;;;;
comp;3322072..3322158;;ctc;;;;
;;;;;;;
comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ;
comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ;
comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ;
comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ;
comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ;
comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30044]
comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron;
;;;;;;;
comp;3708616..3708692;;ccg;;;;
;;;;;;;
;3836222..3836316;;tga;;;;
;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons]
;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30033]
;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron;
;3943704..3946607;;23s;;92;« ;
;3946700..3946819;;5s;;52;« ;
;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30023]
;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30105]
;;;;;;;
;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30017]
;3982509..3982585;;cac;;20;opéron;
;3982606..3982692;;ctg;;42;« ;
;3982735..3982811;;cca;;;« ;
;;;;;;;
;4035531..4037072;;16s;;68;opéron;
;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30043]
;4037260..4037335;;gca;;183;« ;
;4037519..4040423;;23s;;93;« ;
;4040517..4040636;;5s;;;« ;
;;;;;;;
;4166659..4168200;;16s;;171;opéron;
;4168372..4168447;;gaa;;193;;
;4168641..4171544;;23s;;92;;
;4171637..4171756;;5s;;;;
;;;;;;;
;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30101]
;4175472..4175556;;tac;;116;opéron;
;4175673..4175747;;gga;;6;« ;
;4175754..4175829;;acc;;114;« ;
;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
&lt;/pre&gt;
====eco cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]]
&lt;pre&gt;
eco cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;14;140;2;;350;;140;;800;
sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;2;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;1;;;;;;;
;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0
total aas;;86;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;;
;;;variance;60;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eco cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]
&lt;pre&gt;
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4487991/4504903]
&lt;/pre&gt;
====eco blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]]
&lt;pre&gt;
eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;
&lt;/pre&gt;
====eco distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eco données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x;
;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag
;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag
;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa
;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta
;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa
;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa
;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta
;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa
;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac
;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc
;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc
;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc
;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc
;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa
;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt
;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt
;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf
;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf
;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg
;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg
;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac
;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg
5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca
29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg
&lt;/pre&gt;
=====eco autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
deb;comp;CDS;238257;238736;9;;
;comp;gene;238746;239084;105;*;
;;gene;239190;239378;40;*;
fin;comp;CDS;239419;240189;;;
deb;;CDS;247637;248134;223;;
;comp;gene;248358;250070;1;*;
;;gene;250072;250827;70;*;
fin;;CDS;250898;251953;;;
deb;;CDS;252709;253161;305;;
;;gene;253467;253733;-32;*;
;;gene;253702;254202;56;*;
fin;comp;CDS;254259;255716;;;
deb;;CDS;256527;257771;57;;
;;misc_f;257829;257899;8;*;
;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*;
fin;comp;CDS;257923;258426;;;
deb;comp;CDS;258345;258620;55;;
;;misc_f;258676;259006;38;*;
fin;comp;CDS;259045;260100;;;
deb;;CDS;261503;262756;114;;
;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg
;;misc_f;262898;297205;-34056;*;
;comp;gene;263150;263212;115;*;
fin;comp;CDS;263328;263669;;;
deb;comp;CDS;266110;266553;-1;;
;comp;gene;266553;266774;1;*;
;comp;gene;266776;266967;216;*;
fin;comp;CDS;267184;268005;;;
deb;comp;CDS;269289;270182;23;;
;;mobile_el;270206;270540;-263;*;
;;misc_f;270278;270540;0;*;
;;mobile_el;270541;271761;-1159;*;
deb;;CDS;270603;271754;7;;
;;mobile_el;271762;272190;-427;*;
;;misc_f;271764;272190;389;*;
;;ncRNA;272580;272654;192;*;
deb;;CDS;272847;273992;-38;;
;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*;
fin;comp;CDS;274101;275081;;;
deb;comp;CDS;277756;278802;11;;
;comp;gene;278814;279162;0;*;
;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*;
fin;comp;CDS;279178;279681;;;
deb;comp;CDS;279600;279875;55;;
;;gene;279931;280104;-174;*;
;;mobile_el;279931;280111;2;*;
;comp;gene;280114;280362;-249;*;
;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*;
fin;comp;CDS;280385;280735;;;
deb;;CDS;290510;290638;-5;;
;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*;
fin;comp;CDS;290649;291152;;;
deb;comp;CDS;313141;313242;473;;
;comp;gene;313716;313805;551;*;
;;gene;314357;315244;-16;*;
;;mobile_el;315229;316483;-1193;*;
fin;;CDS;315291;315590;;;
deb;;CDS;315587;316453;-4;;
;comp;gene;316450;317136;302;*;
;;gene;317439;317567;158;*;
fin;comp;CDS;317726;318319;;;
deb;comp;CDS;380069;380842;1;;
;comp;misc_f;380844;381260;-1;*;
;;mobile_el;381260;382590;-1240;*;
fin;;CDS;381351;381716;;;
deb;;CDS;381674;382579;11;;
;comp;misc_f;382591;382872;-134;*;
fin;comp;CDS;382739;383935;;;
deb;comp;CDS;388753;389727;523;;
;;misc_f;390251;391708;-117;*;
deb;comp;CDS;391592;391648;60;;
;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*;
fin;comp;CDS;391739;392605;;;
deb;comp;CDS;392602;392901;68;;
;;misc_f;392970;394418;87;*;
fin;;CDS;394506;395129;;;
deb;;CDS;408177;408461;147;;
;;gene;408609;408950;-4;*;
fin;;CDS;408947;409030;;;
deb;comp;CDS;475982;476371;76;;
;;ncRNA;476448;476561;110;*;
fin;;CDS;476672;477025;;;
deb;comp;CDS;506603;507082;121;;
;;ncRNA;507204;507287;-2;*;
fin;comp;CDS;507286;508080;;;
deb;;CDS;527581;527949;-1;;
;;gene;527949;528659;-20;*;
;;gene;528640;529130;366;*;
;;gene;529497;529592;52;*;
fin;comp;CDS;529645;530016;;;
deb;;CDS;533011;533826;-198;;
;;ncRNA;533629;533863;52;*;
fin;;CDS;533916;535697;;;
deb;comp;CDS;563848;564480;242;;
;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga
;;misc_f;564755;586056;-21242;*;
deb;comp;CDS;564815;565978;-121;;
;comp;gene;565858;566079;18;*;
;comp;gene;566098;566361;14;*;
;;gene;566376;566687;-4;*;
;;misc_f;566684;566776;0;*;
;;mobile_el;566777;568034;-1193;*;
fin;;CDS;566842;567141;;;
deb;;CDS;567138;568004;30;;
;;misc_f;568035;568247;67;*;
fin;;CDS;568315;568647;;;
deb;;CDS;573956;574339;189;;
;comp;misc_f;574529;574586;4;*;
;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*;
deb;comp;CDS;574737;575717;68;;
;comp;misc_f;575786;576825;572;*;
fin;;CDS;577398;577613;;;
deb;;CDS;580834;581379;-26;;
;;gene;581354;581662;-129;*;
deb;;CDS;581534;582097;54;;
;comp;gene;582152;582806;68;*;
fin;;CDS;582875;583060;;;
deb;comp;CDS;606265;607383;349;;
;comp;ncRNA;607733;607792;43;*;
deb;;CDS;607836;607988;18;;
;;mobile_el;608007;609351;-1287;*;
fin;;CDS;608065;609177;;;
deb;comp;CDS;657555;657938;92;;
;;gene;658031;658818;128;*;
fin;;CDS;658947;659150;;;
deb;comp;CDS;685929;686669;11;;
;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*;
deb;comp;CDS;686839;687747;103;;
;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*;
fin;comp;CDS;687997;688977;;;
deb;;CDS;695101;696276;153;;
;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag
;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag
;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj
;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa
;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa
;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta
;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj
fin;comp;CDS;697513;699177;;;
deb;;CDS;706093;707757;478;;
;;ncRNA;708236;708333;0;*;
fin;;CDS;708334;709740;;;
deb;;CDS;715412;715906;40;;
;comp;gene;715947;716597;123;*;
;comp;gene;716721;716870;75;*;
fin;comp;CDS;716946;718265;;;
deb;;CDS;733776;734102;117;;
;;gene;734220;735653;-4;*;
fin;;CDS;735650;736219;;;
deb;;CDS;736445;736699;200;;
;;gene;736900;737961;130;*;
fin;;CDS;738092;738853;;;
deb;;CDS;764180;765049;0;;
;;ncRNA;765050;765150;2;*;
fin;comp;CDS;765153;765875;;;
deb;;CDS;779598;780389;164;;
;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa
;;tRNA;780765;780840;2;*;gta
;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa
;;tRNA;781068;781143;3;*;gta
;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa
;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa
;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa
fin;;CDS;782085;783128;;;
deb;;CDS;836351;837436;-2;;
;comp;ncRNA;837435;837531;-29;*;
fin;;CDS;837503;837562;;;
deb;comp;CDS;851014;852597;127;;
;comp;ncRNA;852725;853064;-196;*;
fin;comp;CDS;852869;852997;;;
deb;;CDS;887423;887959;19;;
;comp;ncRNA;887979;888057;76;*;
fin;comp;CDS;888134;889819;;;
deb;;CDS;923264;925540;343;;
;comp;tRNA;925884;925971;253;*;tcc
fin;comp;CDS;926225;926443;;;
deb;comp;CDS;1030759;1031418;206;;
;comp;tRNA;1031625;1031712;426;*;tca
fin;;CDS;1032139;1033257;;;
deb;comp;CDS;1049439;1049744;33;;
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;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*;
fin;;CDS;4158490;4159407;;;
deb;;CDS;4165428;4166285;373;;
16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*;
;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa
23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*;
5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*;
fin;;CDS;4172057;4173085;;;
deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;;
;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca
;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac
;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga
;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc
fin;;CDS;4175944;4177128;;;
deb;;CDS;4189786;4190325;1;;
;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*;
fin;comp;CDS;4190735;4191868;;;
deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;;
16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*;
;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa
23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*;
5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*;
fin;;CDS;4213234;4213617;;;
deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;;
;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*;
fin;comp;CDS;4220301;4222487;;;
deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;;
;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*;
fin;comp;CDS;4242626;4243516;;;
deb;;CDS;4249554;4250474;228;;
;;gene;4250703;4252283;222;*;
fin;;CDS;4252506;4253003;;;
deb;;CDS;4262840;4263082;56;;
;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*;
fin;comp;CDS;4263248;4264231;;;
deb;;CDS;4277469;4277933;-8;;
;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*;
fin;;CDS;4278479;4279828;;;
deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;;
;comp;gene;4322443;4323281;54;*;
fin;comp;CDS;4323336;4324352;;;
deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;;
;comp;gene;4362191;4362353;197;*;
;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc
fin;comp;CDS;4362733;4363308;;;
deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;;
;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*;
fin;comp;CDS;4366891;4368327;;;
deb;;CDS;4391604;4392149;210;;
;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc
;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc
;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc
fin;;CDS;4392892;4392945;;;
deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;;
;;gene;4427694;4428095;-17;*;
fin;comp;CDS;4428079;4428717;;;
deb;;CDS;4457959;4459311;176;;
;;gene;4459488;4459855;44;*;
fin;comp;CDS;4459900;4460364;;;
deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;;
;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg
;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*;
;;gene;4496750;4497940;240;*;
;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*;
fin;;CDS;4498272;4498637;;;
deb;;CDS;4498595;4499500;92;;
;comp;gene;4499593;4500791;468;*;
deb;;CDS;4501260;4501589;500;;
;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*;
fin;comp;CDS;4502103;4503431;;;
deb;;CDS;4506448;4506573;52;;
;comp;gene;4506626;4506856;4;*;
;;gene;4506861;4507109;15;*;
;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*;
;;misc_f;4507197;4507451;7;*;
;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*;
deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;;
;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*;
;comp;gene;4508684;4508942;64;*;
;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*;
;;misc_f;4509009;4509479;-1;*;
;;misc_f;4509479;4509793;10;*;
;;gene;4509804;4510133;556;*;
fin;comp;CDS;4510690;4511457;;;
deb;;CDS;4518372;4518440;31;;
;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*;
deb;;CDS;4518527;4518802;-82;;
;;gene;4518721;4519224;113;*;
fin;comp;CDS;4519338;4520324;;;
deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;;
;;ncRNA;4527977;4528066;44;*;
fin;comp;CDS;4528111;4528917;;;
deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;;
;comp;gene;4532050;4532310;126;*;
fin;comp;CDS;4532437;4533183;;;
deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;;
;comp;gene;4534430;4534675;339;*;
;;gene;4535015;4536031;565;*;
fin;;CDS;4536597;4536695;;;
deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;;
;;gene;4568998;4569918;243;*;
fin;comp;CDS;4570162;4571574;;;
deb;;CDS;4572414;4573931;203;;
;;gene;4574135;4576855;56;*;
fin;comp;CDS;4576912;4577958;;;
deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;;
;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
fin;comp;CDS;4580068;4581462;;;
deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;;
eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738
;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29
;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203
;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174
;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176
;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99
;'''total 4024;&lt;201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67
4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56
2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87
2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80
2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72
4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82
767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72
1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66
310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60
1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57
1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52
3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50
2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49
2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58
3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56
1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56
2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64
83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40
2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51
4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34
4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53
1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41
2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49
4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26
582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52
4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51
3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30
384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36
3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36
1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34
1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28
985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36
88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32
4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31
654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30
1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39
;;34;15;280;37;;total;767;210;33
;;35;12;290;38;;;;215;29
;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;37
;;37;18;310;22;;600;3992;225;16
;;38;13;320;29;;610;4;230;24
;;39;°22;330;18;;620;5;235;19
;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22
;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24
;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17
;;;;370;19;;660;3;255;19
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28
164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15
2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12
492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23
4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14
1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21
3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17
3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17
10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9
1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10
3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12
578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14
508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15
3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8
16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10
1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10
4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8
1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7
3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4
3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13
1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7
2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13
19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6
257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174
279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;&gt;0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;&lt;0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;&gt;0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;&lt;0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
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 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11
continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94
;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644
&lt;/pre&gt;

====eco autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049;
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&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;162;;67;14;;
;;;132;;327;;74;78;;
;;;114;;;;75;91;'''deb;
;;comp’;242;;;;100;100;&lt;201;10
6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17
6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59%
;;comp’;343;;253;;114;114;;
;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin;
;;comp’;735;comp’;233;;132;151;&lt;201;11
;209;;67;;159;;155;159;total;20
;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55%
;12 54;;-;;151;;206;235;;
;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total;
;;;100;;313;;210;267;&lt;201;21
;;comp’;452;;100;;280;313;total;37
;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57%
;;comp’;326;comp’;55;;750;327;;
;;;74;;;;910;379;;
;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls
;39;comp’;208;;235;;4;37;;
;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;;
;;;750;;;;124;55;'''deb;
4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;&lt;201;5
;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17
;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29%
;;;105;comp’;148;;208;148;;
;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin;
;;;206;comp’;347;;258;264;&lt;201;7
;;;458;;14;;292;347;total;11
;;;910;;91;;307;426;taux;64%
;;comp’;292;;;;326;'''-;;
;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total;
;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;&lt;201;12
;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28
;;;;;106;;569;'''-;taux;43%
;36 35;;210;;233;;735;'''-;;
;;comp’;195;;;;;;;
;34 28;comp’;38;;267;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;&lt;201;15;18;33
;;;;;;;total;34;31;65
;;;;;;;taux;44%;58%;51%
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli Nissle 1917===
====ecoN opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s  10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;;
;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
;234484..234557;;gca;;174;;;;;;;
;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;;
;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;;
;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;;
;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;*
;;;;;;;;;;;;
;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;*
;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;*
;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;*
;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;;
comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
&gt; comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;;
;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
&lt;;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
&lt;;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
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;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
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&gt;;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
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comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
&gt;;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
&lt; comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
&lt;&gt; comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
&lt; comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
&lt;;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
&gt;;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
&lt;;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp &gt;;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
&gt;;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
&lt; comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
&lt; comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
&lt;/pre&gt;

====ecoN cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]]
&lt;pre&gt;
ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]]
&lt;pre&gt;
ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;

====ecoN eco====
=====ecoN eco tableaux=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&amp;;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&amp;1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&amp;1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&amp;1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&amp;2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;;;;;237403..237518;$5s;54;&amp;116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71
;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;;
;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&amp;1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp &gt;;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&amp;2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3215598..3215673;atgi;53;;;;;;3569939..3570014;atgi;53;;;;;;;;;;
;comp;3215727..3216491;cds;;255;@ferric ;;;comp;3570068..3570832;CDS;;255;@ferric ;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco30;;;;;;;;ecoN30;comp;3670227..3670679;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3670886..3670962;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3671310..3672155;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco31;;;;;;;;ecoN31;comp;3673935..3674387;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3674594..3674670;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco32;;;;;;;;ecoN32;comp;3677794..3678246;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco33;comp;3317554..3318006;cds;206;151;@RimP;;ecoN33;comp;3681532..3681984;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
;comp;3318213..3318289;atgf;347;;;;;comp;3682191..3682267;atgf;347;;;;;;;;;;
;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco34;comp;3319988..3321613;cds;458;542;%pu-hydrolase;;ecoN34;comp;3683966..3685591;CDS;456;542;%Pet;;;;;;;;
;comp;3322072..3322158;ctc;14;;;;;comp;3686048..3686134;ctc;14;;;;;;;;;;
;comp;322173..3322505;cds;;111;@SecG-t;;;comp;3686149..3686481;CDS;;111;@SecG-p;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco35;;3422436..3423194;cds;228;253;@pu-YhdZ;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;@pu-ABC;;;;;;;;
;comp;3423423..3423542;$5s;37;&amp;120;;;;comp;3785374..3785489;$5s;39;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;3423580..3423655;acc;12;;;;;comp;3785529..3785605;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3423668..3423787;$5s;92;&amp;120;;;;comp;3785620..3785735;$5s;777;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;3423880..3426783;$23s;174;&amp;2904;;;;comp;3786513..3786588;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3426958..3427033;gca;42;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;1834;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;3427076..3427152;atc;68;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;;;;;;;;;
;comp;3427221..3428762;$16s;473;&amp;1542;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase;;;;;;;;
;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco36;comp;3706098..3707705;cds;567;536;@dip ABC;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;3708273..3708306;rpr;16;&amp;34;rpt-34;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3708323..3708358;rpr;257;&amp;36;rpt-36;;ecoN36;comp;4078635..4080242;CDS;743;536;@DppA;;;;;;;;
;comp;3708616..3708692;ccg;91;;;;;comp;4080986..4081062;ccg;91;;;;;;;;;;
;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco37;comp;3834547..3835929;cds;292;461;%pu-YicJ;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3836222..3836316;tga;108;;;;ecoN37;comp;4205966..4207348;CDS;[292;461;%glycoside-p5;;EcoN 51;comp;5252659..5253870;CDS;[300;404;(Tyr recb 404
;;3836425..3836556;pseudo;396;&amp;132;p-yicT;;;;4207641..4207735;tga;[300;;;;ok;comp;5254171..5254249;tga;[292;;
;;3836953..3838137;cds;;395;§pu-arabi;;;&gt;;4208036..4208857;CDS;;274;§p-DUF4102;;;&gt;;5254542..5255171;CDS;;210;p-glycoside
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco38;comp;3940635..3941327;cds;480;231;%pu-tr YieP;;ecoN38;comp;4338643..4339335;CDS;479;231;%FadR tr ;;;;;;;;
;;3941808..3943349;$16s;85;&amp;1542;;;;;4339815..4341342;$16s;73;&amp;1528;;;;;;;;;
;;3943435..3943510;gaa;193;;;;;;4341416..4341491;gaa;184;;;;;;;;;;
;;3943704..3946607;$23s;92;&amp;2904;;;;;4341676..4344286;$23s;83;&amp;2611;;;;;;;;;
;;3946700..3946819;$5s;52;&amp;120;;;;;4344370..4344485;$5s;53;&amp;116;;;;;;;;;
;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;EcoN 52;&gt; comp;5305902..5306228;CDS;0;109;p-hp
eco39;;3980887..3982272;cds;102;462;%pu-YifK;;ecoN39;;4377681..4379066;CDS;102;462;%aa permease;;;comp;5306229..5306302;atc;1096;;
;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;&gt; comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&amp;1255;
eco40;;4034608..4035153;cds;377;182;@porphyrine O;;ecoN40;;4460971..4461516;CDS;377;182;@porphyrine M;;;&lt; comp;5362140..5363543;CDS;;468;(IS66
;;4035531..4037072;$16s;68;&amp;1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&amp;1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;&gt;;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&amp;2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&amp;3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&amp;120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&amp;116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&amp;36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;&lt; comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&amp;1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&amp;1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&amp;2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&amp;116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&amp;120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&amp;2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&amp;116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&amp;116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&amp;2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&amp;1189;;;;&lt;;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&amp;1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&amp;2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&amp;2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&amp;116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&amp;120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;&lt; comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&amp;163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;&lt;&gt; comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&amp;36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&amp;34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;&lt; comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
&lt;/pre&gt;
=====ecoN eco noms cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]]
&lt;pre&gt;
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO,  misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note=&quot;cryptic prophage CP4-6&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note=&quot;cryptic prophage DLP12&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other  71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene=&quot;yjdQ&quot;;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
&lt;/pre&gt;
====ecoN données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;;
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;;
;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;;
;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====ecoN autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ecoN;;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur
fin;;CDS;190;255;;;;
deb;;CDS;231864;232436;365;*;;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa;
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac;
fin;;CDS;237812;238615;;1;;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac;
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg;
fin;;CDS;368927;369265;;0;;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;;
fin;;CDS;556537;556890;;0;;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga;
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag;
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag;
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj;
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa;
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa;
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta;
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj;
fin;comp;CDS;735603;737267;;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa;
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta;
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa;
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta;
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa;
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa;
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa;
fin;;CDS;809315;810358;;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;953030;953248;;;;
deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*;;
;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca;
fin;;CDS;1048604;1049722;;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga;
fin;comp;CDS;1184837;1185786;;;;
deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc;
fin;;CDS;1215296;1216234;;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc;
fin;;CDS;1217586;1218524;;;;
deb;;CDS;1457038;1458129;16;*;;
;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;;
;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac;
;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac;
fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;;
deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;;
;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc;
;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc;
fin;;CDS;1830794;1831177;;0;;
deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;;
;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc;
;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc;
fin;;CDS;1832948;1833280;;0;;
deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc;
;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc;
fin;;CDS;1835151;1835456;;;;
deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;;
;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;;
fin;;CDS;1858893;1859249;;;;
deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;;
;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta;
;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc;
;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc;
fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;;
deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;;
;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg;
deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;;
;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac;
fin;;CDS;2193884;2195146;;0;;
deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;;
;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc;
fin;;CDS;2234179;2235096;;;;
deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;;
;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac;
deb;;CDS;2236266;2237909;100;*;;
;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac;
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;;
deb;;CDS;2546968;2548728;74;*;;
;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc;
fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0;;
deb;;CDS;2717780;2718712;75;*;;
;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg;
fin;comp;CDS;2719300;2719818;;;;
deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*;;
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;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s;1542
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;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca;
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc;
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deb;comp;CDS;5440863;5441019;189;*;;
&lt;/pre&gt;

===Vibrio campbellii===
====vha opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]]
&lt;pre&gt;
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
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comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
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;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
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;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
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comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
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;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
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;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
&lt;/pre&gt;

====vha cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]]
&lt;pre&gt;
vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178
&lt;/pre&gt;

====vha blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]]
&lt;pre&gt;
vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;&lt;u&gt;86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;&lt;u&gt;371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&amp;cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&amp;cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&amp;cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;
&lt;/pre&gt;

====vha distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
&lt;/pre&gt;
====vha1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac
;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac
;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
&lt;/pre&gt;
====vha1 autres intercalaires aas====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
deb;comp;CDS;251637;253490;57;*;
;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
fin;;CDS;253934;255043;;0;
deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*;
;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
;;regulatory;2485238;2485339;116;*;
fin;;CDS;2485456;2486832;;;
deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
autres intercalaires;;vha1;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
&lt;/pre&gt;

====vha2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;;
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;;
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;;
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;;
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vha2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;
&lt;/pre&gt;

===Aeromonas media WS===
====amed opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]]
&lt;pre&gt;
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
&lt;  comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;
&lt;/pre&gt;
====amed cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]]
&lt;pre&gt;
amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157
&lt;/pre&gt;

====amed blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]]
&lt;pre&gt;
amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;
&lt;/pre&gt;
====amed distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====amed autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
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fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
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deb;;CDS;3023194;3023487;75;*;
;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc
;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc
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;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg
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deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*;
;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*;
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deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*;
;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*;
fin;;CDS;3095650;3096798;;0;
deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*;
;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca
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;;misc_f;3287630;3287752;38;*;
fin;;CDS;3287791;3288963;;0;
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;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg
fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0;
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;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac
;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac
;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac
fin;;CDS;3336456;3336731;;;
deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*;
;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*;
fin;comp;CDS;3385563;3389024;;;
deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
;;regulatory;3497555;3497645;99;*;
fin;;CDS;3497745;3498725;;;
deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*;
;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115
;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890
;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa
;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545
fin;;CDS;3512353;3515220;;;
deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg
fin;;CDS;3677664;3678182;;0;
deb;;CDS;3688045;3688872;369;*;
;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
fin;comp;CDS;3690111;3690299;;;
deb;;CDS;3886846;3887601;302;*;
;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac
;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115
;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca
;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc
;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545
fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*;
;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg
deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*;
;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac
fin;;CDS;3915324;3916262;;0;
deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*;
;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
fin;;CDS;3964119;3964703;;;
deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg
fin;comp;CDS;4027692;4028417;;;
deb;;CDS;4109413;4111986;99;*;
;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*;
;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
fin;;CDS;4121593;4122102;;;
deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*;
;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115
;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
;;regulatory;4628048;4628133;65;*;
fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
&lt;/pre&gt;

====amed données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;;
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;;
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===gamma synthèse===
====gamma distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]]
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
&lt;/pre&gt;

====gamma par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama  ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39
&lt;/pre&gt;
====gamma, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est  62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310
&lt;/pre&gt;

==alpha==
===rtb===
====rtb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;31.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
&lt;/pre&gt;

====rtb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]]
&lt;pre&gt;
rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86
&lt;/pre&gt;

====rtb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]]
====rtb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rtb données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;
;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;
12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;;
16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;;
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;;
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;;
;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;;
;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;;
;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;173;;;
&lt;/pre&gt;
=====rtb autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rtb;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7429;381;comp;
;tRNA;8851;368;comp;ttc
fin;CDS;9295;;;
deb;CDS;14663;108;;
;tRNA;18164;1394;;gaa
fin;CDS;19633;;comp;
deb;CDS;48065;278;comp;
;tRNA;48988;110;comp;atgf
fin;CDS;49175;;comp;
deb;CDS;73627;17;comp;
;tRNA;73947;139;comp;acc
fin;CDS;74161;;comp;
deb;CDS;155064;143;;
;tRNA;157307;167;;tgg
fin;CDS;157550;;;
deb;CDS;189738;411;;
;tRNA;190290;142;comp;acg
fin;CDS;190508;;comp;
deb;CDS;255010;736;;
23s;rRNA;256658;228;;
5s;rRNA;259646;173;;
fin;CDS;259934;;comp;
deb;CDS;291358;35;;
;tRNA;291879;1364;;atgj
fin;CDS;293320;;;
deb;CDS;335194;402;;
;tRNA;337399;633;;aac
fin;CDS;338107;;comp;
deb;CDS;440466;496;comp;
;tRNA;441430;31;;tgc
fin;CDS;441536;;;
deb;CDS;469056;218;comp;
;tRNA;470000;15;;aaa
;tRNA;470091;1922;;atc
fin;CDS;472090;;;
deb;CDS;564534;1530;comp;
;tRNA;567093;218;comp;tcc
fin;CDS;567399;;comp;
deb;CDS;583250;1278;;
;tRNA;585428;58;comp;tca
fin;CDS;585577;;comp;
deb;CDS;598723;26;;
;tRNA;599733;60;;cgg
;tRNA;599870;62;comp;caa
fin;CDS;600007;;comp;
deb;CDS;608541;176;comp;
;ncRNA;609386;248;comp;
fin;CDS;610018;;;
deb;CDS;644395;499;comp;
;tRNA;645245;1051;;gac
;tRNA;646373;222;comp;gcc
fin;CDS;646671;;comp;
deb;CDS;649389;452;comp;
;tRNA;650501;1274;;gtc
fin;CDS;651852;;comp;
deb;CDS;696163;1535;comp;
;tRNA;698934;1028;;cgt
fin;CDS;700039;;;
deb;CDS;727560;1164;comp;
;tRNA;729252;32;comp;cga
fin;CDS;729359;;comp;
deb;CDS;739215;181;;
;tRNA;740257;246;;ctc
deb;CDS;740590;1199;;
;tRNA;743160;1090;;ggc
fin;CDS;744325;;;
deb;CDS;775944;2466;comp;
16s;rRNA;780333;1854;comp;
fin;CDS;783686;;comp;
deb;CDS;814590;349;comp;
;tRNA;815173;68;comp;gta
fin;CDS;815317;;comp;
deb;CDS;829300;82;comp;
;tRNA;830567;95;comp;gga
;tRNA;830736;183;comp;tac
fin;CDS;831005;;;
deb;CDS;839520;382;;
;tRNA;840115;2009;;tta
fin;CDS;842210;;;
deb;CDS;876906;401;comp;
;tRNA;877991;145;;cac
fin;CDS;878213;;;
deb;CDS;911079;179;comp;
;tmRNA;911738;74;comp;
fin;CDS;912362;;;
deb;CDS;918938;951;;
;tRNA;920834;1945;;agc
fin;CDS;922871;;comp;
deb;CDS;941489;156;comp;
;ncRNA;942887;9;comp;
fin;CDS;943055;;comp;
deb;CDS;961209;41;comp;
;tRNA;962339;390;comp;atgi
fin;CDS;962806;;comp;
deb;CDS;1023375;1585;;
;tRNA;1025212;17;;cca
fin;CDS;1025306;;;
deb;CDS;1053321;2191;;
;tRNA;1056331;98;comp;aga
fin;CDS;1056506;;;
deb;CDS;1090984;14;;
;ncRNA;1091640;152;;
fin;CDS;1091886;;;
deb;CDS;1098776;40;comp;
;tRNA;1099281;145;comp;cta
fin;CDS;1099511;;comp;
deb;CDS;1102351;475;comp;
;tRNA;1103456;130;comp;aca
fin;CDS;1103661;;comp;
&lt;/pre&gt;

====rtb intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;;
rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez
;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1
;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2
;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1
;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3
;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2
;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3
;'''total 793;&lt;201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7
665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0
1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1
506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1
64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2
801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2
272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0
131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1
763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1
101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2
446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2
905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0
141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1
570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3
129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0
378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4
232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0
871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1
998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1
359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0
1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1
847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1
338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1
808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2
950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1
969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1
706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1
536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3
638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0
597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0
544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1
235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0
90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1
693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquencef;195;6;1010;1
422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1
678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1
476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1
1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2
270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2
687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1
49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1
247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0
398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0
577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2
676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2
425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1
915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0
;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2
;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0
;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2
;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2
384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0
523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44
362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793
864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;;
628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;;
1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;;
1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;;
511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;;
661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;;
710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;;
899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;;
1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;;
417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;;
276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;;
480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;;
981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;;
110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;;
415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;;
748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;;
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&amp;-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&amp;174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&amp;-36;44;-;598;poly;190;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;&gt;0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;&lt;0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;&gt;0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;&lt;0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3
continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4
;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98
&lt;/pre&gt;

====rtb autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3;
deb;     °CDS;7429;381;comp;;deb;     °CDS;564534;1530;comp;;deb;     °CDS;829300;82;comp
;     &amp;tRNA;8851;368;comp;;;     &amp;tRNA;567093;218;comp;;;     &amp;tRNA;830567;95;comp
fin;     °CDS;9295;;;;fin;     °CDS;567399;;comp;;;     &amp;tRNA;830736;183;comp
deb;     °CDS;14663;108;;;deb;     °CDS;583250;1278;;;fin;     °CDS;831005;;
;     &amp;tRNA;18164;1394;;;;     &amp;tRNA;585428;58;comp;;deb;     °CDS;839520;382;
fin;     °CDS;19633;;comp;;fin;     °CDS;585577;;comp;;;     &amp;tRNA;840115;2009;
deb;     °CDS;48065;278;comp;;deb;     °CDS;598723;26;;;fin;     °CDS;842210;;
;     &amp;tRNA;48988;110;comp;;;     &amp;tRNA;599733;60;;;deb;     °CDS;876906;401;comp
fin;     °CDS;49175;;comp;;;     &amp;tRNA;599870;62;comp;;;     &amp;tRNA;877991;145;
deb;     °CDS;73627;17;comp;;fin;     °CDS;600007;;comp;;fin;     °CDS;878213;;
;     &amp;tRNA;73947;139;comp;;deb;     °CDS;608541;176;comp;;deb;     °CDS;911079;179;comp
fin;     °CDS;74161;;comp;;;     ncRNA;609386;248;comp;;;     tmRNA;911738;74;comp
deb;     °CDS;155064;143;;;fin;     °CDS;610018;;;;fin;     °CDS;912362;;
;     &amp;tRNA;157307;167;;;deb;     °CDS;644395;499;comp;;deb;     °CDS;918938;951;
fin;     °CDS;157550;;;;;     &amp;tRNA;645245;1051;;;;     &amp;tRNA;920834;1945;
deb;     °CDS;189738;411;;;;     &amp;tRNA;646373;222;comp;;fin;     °CDS;922871;;comp
;     &amp;tRNA;190290;142;comp;;fin;     °CDS;646671;;comp;;deb;     °CDS;941489;156;comp
fin;     °CDS;190508;;comp;;deb;     °CDS;649389;452;comp;;;     ncRNA;942887;9;comp
deb;     °CDS;255010;736;;;;     &amp;tRNA;650501;1274;;;fin;     °CDS;943055;;comp
23s;     $rRNA;256658;228;;;fin;     °CDS;651852;;comp;;deb;     °CDS;961209;41;comp
5s;     $rRNA;259646;173;;;deb;     °CDS;696163;1535;comp;;;     &amp;tRNA;962339;390;comp
fin;     °CDS;259934;;comp;;;     &amp;tRNA;698934;1028;;;fin;     °CDS;962806;;comp
deb;     °CDS;291358;35;;;fin;     °CDS;700039;;;;deb;     °CDS;1023375;1585;
;     &amp;tRNA;291879;1364;;;deb;     °CDS;727560;1164;comp;;;     &amp;tRNA;1025212;17;
fin;     °CDS;293320;;;;;     &amp;tRNA;729252;32;comp;;fin;     °CDS;1025306;;
deb;     °CDS;335194;402;;;fin;     °CDS;729359;;comp;;deb;     °CDS;1053321;2191;
;     &amp;tRNA;337399;633;;;deb;     °CDS;739215;181;;;;     &amp;tRNA;1056331;98;comp
fin;     °CDS;338107;;comp;;;     &amp;tRNA;740257;246;;;fin;     °CDS;1056506;;
deb;     °CDS;440466;496;comp;;deb;     °CDS;740590;1199;;;deb;     °CDS;1090984;14;
;     &amp;tRNA;441430;31;;;;     &amp;tRNA;743160;1090;;;;     ncRNA;1091640;152;
fin;     °CDS;441536;;;;fin;     °CDS;744325;;;;fin;     °CDS;1091886;;
deb;     °CDS;469056;218;comp;;deb;     °CDS;775944;2466;comp;;deb;     °CDS;1098776;40;comp
;     &amp;tRNA;470000;15;;;16s;     $rRNA;780333;1854;comp;;;     &amp;tRNA;1099281;145;comp
;     &amp;tRNA;470091;1922;;;fin;     °CDS;783686;;comp;;fin;     °CDS;1099511;;comp
fin;     °CDS;472090;;;;deb;     °CDS;814590;349;comp;;deb;     °CDS;1102351;475;comp
;;;;;;;     &amp;tRNA;815173;68;comp;;;     &amp;tRNA;1103456;130;comp
;;;;;;fin;     °CDS;815317;;comp;;fin;     °CDS;1103661;;comp
&lt;/pre&gt;
====rtb intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;;
;;;;;;;;;;
;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb;
comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;&lt;201;9
comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19
;95;;17;;139;;40;62;taux;47%
;;;143;;167;;82;68;;
;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin;
;;;;;;;143;130;&lt;201;12
;;;35;;1364;;176;139;total;21
;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57%
;;comp’;496;;31;;278;145;;
;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total;
;;;1530;;218;;381;167;&lt;201;21
;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40
;;;26;;62;;402;222;taux;53%
;;;176;;248;;475;246;;
;;comp’;499;;222;;951;248;;
;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;;
;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;;
;;;1164;;32;;1530;1364;;
;;;181;;246;;'''-;1922;;
;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls
;;;349;;68;;218;98;'''deb;9
;;;82;comp’;183;;401;183;&lt;201;0
;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7
;;comp’;401;;145;;452;633;&lt;201;2
;;;951;comp’;1945;;496;1274;;
;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total;
;;;40;;145;;1278;1945;&lt;201;2
;;;475;;130;;1535;'''-;total;16
;;;;;;;2191;'''-;taux;13%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;9;14;23;;;;;
;;total;28;28;56;;;;;
;;taux;32%;50%;41%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===rpl===
====rpl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;30.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====rpl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89
&lt;/pre&gt;

====rpl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]]
====rpl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rpl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;;
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;;
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;;
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;;
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;;
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;;
;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;;
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;;
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
fin;comp;CDS;430965;432767;;0;
deb;;CDS;473867;474352;928;*;
;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
fin;comp;CDS;475398;475883;;;
deb;;CDS;506934;508007;183;*;
;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
deb;comp;CDS;612439;612639;143;*;
;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
deb;comp;CDS;656226;656870;296;*;
;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
fin;;CDS;777234;777863;;;
deb;;CDS;779197;780348;140;*;
;;tRNA;780489;780573;37;*;cta
fin;;CDS;780611;781075;;0;
deb;comp;CDS;786459;787982;143;*;
;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
fin;comp;CDS;856124;856357;;0;
deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
deb;;CDS;953564;954742;696;*;
;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
fin;comp;CDS;956429;957373;;;
deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*;
;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;
&lt;/pre&gt;

===rpm===
====rpm opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]]
&lt;pre&gt;
;20   m23s;17  m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s  7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp &lt;;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;*
comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;*
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;*
;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;*
;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;*
comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;*
;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;*
;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;*
comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;*
comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;*
comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;*
comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;*
;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
&gt;;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;*
;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;*
&gt;comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;*
;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;*
comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;*
;;;;;;;;;;;;*
;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;*
;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;*
;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;*
;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;*
;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;*
;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;*
;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;*
;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;*
comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;*
;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;684188..685141;;cds;;323;323;;;318;;cation transporter;*
comp;685465..685539;;gtg;+;25;;25;;;;;*
comp;685565..685639;;gtg;2 gtg;195;195;;;;;;*
;685835..686251;;cds;;;;;;139;;NUDIX hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;691078..691773;;cds;;4;4;;;232;;ComF family protein;*
;691778..691897;;23s°;;72;;;;118;;;*
;691970..692084;;5s;;114;114;;;113;;;*
comp;692199..694505;;cds;;;;;;769;;VWA domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
comp;751560..751674;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;751747..752005;;23s°;;597;*597;;;257;;;*
;752603..752814;;rpr;@4;388;*388;;;21;;CRISPR;*
;753203..753760;;cds;;;;;;186;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;839981..840214;;cds;;4;4;;;78;;hp;*
comp;840219..840478;;16s°;;568;*568;;;258;;;*
comp;841047..844388;;cds;;;;;;1114;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;874585..875391;;cds;;88;88;;;269;;phosphoadenylyl-sulfate reductase;*
;875480..875556;;cac;;81;81;;;;;;*
;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;*
;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;*
comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;*
comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;*
comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;*
comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;*
;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;*
comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;*
comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;*
comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;*
comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;*
;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;*
comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;*
comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;*
;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;*
comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;*
comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;*
comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;*
comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;*
;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;*
;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;*
;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;*
comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;*
comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;*
comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;*
comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;*
&lt; comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;*
;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;*
comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;*
comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;*
;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;*
;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;*
;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;*
comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;*
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;*
comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;*
;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;*
comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;*
comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;*
comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;*
comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;*
comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;*
;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;*
;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;*
comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;*
comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;*
comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;*
comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;*
comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;*
comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;*
;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;*
;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;*
;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;*
comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;*
comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;*
comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;*
comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;*
;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;*
;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;*
;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;*
;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;*
comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;*
comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;*
comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;*
;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;*
;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;*
;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;*
;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
&lt;;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;*
comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;*
comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;*
comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;*
;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;*
comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;*
comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;*
comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;*
comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;*
;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
&gt;;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;*
comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
&lt; comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
&lt;;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
&lt;comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*
&lt;/pre&gt;

====rpm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71
&lt;/pre&gt;

====rpm blocs====
====rpm blocs protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]]
&lt;pre&gt;
23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein
&lt;/pre&gt;
====rpm blocs construits====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]]
*Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
*: - '''*''' jaune, ffff00
*: - '''$''' orange, ff6600
*: - '''?''' cyan, 66ffff
*: - '''§''' vert, 99ff33
*: - '''&amp;''' bleu, 00ccff
*: - '''(''' gris, dddddd
*: - enlever le '''gras''', et &lt;u&gt;surligne&lt;/u&gt;.
&lt;pre&gt;
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
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&lt;/pre&gt;
====rpm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_distribution|rpm distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
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gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca &gt;1 16s;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc
2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg
4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg
35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg
31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg
;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg
;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;;;;;;;
;;;;;;;;;;;60;;;;;;;
;;;;;;;;;;;29;;;;;;;
;;;;;;;;;;;172;;;;;;;
;;;;;;;;;;;389;;;;;;;
;;;;;;;;;;;55;;;;;;;
;;;;;;;;;;;125;;;;;;;
;;;;;;;;;;;118;;;;;;;
;;;;;;;;;;;241;;;;;;;
;;;;;;;;;;;138;;;;;;;
;;;;;;;;;;;220;;;;;;;
;;;;;;;;;;;90;;;;;;;
;;;;;;;;;;;113;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpm;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
;comp;tRNA;51436;51512;129;atc
;comp;misc_f;51642;51774;62;
;comp;misc_f;51837;51932;84;
;;misc_f;52017;52217;76;
;;misc_f;52294;52918;69;
fin;;CDS;52988;53464;;
deb;;CDS;53428;53694;87;
;comp;misc_f;53782;53921;72;
;comp;misc_f;53994;54619;90;
;;misc_f;54710;54881;129;
;;tRNA;55011;55087;289;atc
;;misc_f;55377;55746;433;
fin;;CDS;56180;56440;;
deb;comp;CDS;82891;83088;116;
;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg
fin;comp;CDS;83480;84178;;
deb;;CDS;417242;417412;142;
;;tRNA;417555;417631;24;atgj
;;tRNA;417656;417732;38;atgj
fin;comp;CDS;417771;418820;;
deb;;CDS;434306;435142;672;
;;misc_f;435815;436065;82;
;;rRNA;436148;436262;51;115
;;tRNA;436314;436390;196;atgf
fin;;CDS;436587;436883;;
deb;comp;CDS;467261;468367;193;
;;misc_f;468561;468657;82;
;;rRNA;468740;468854;51;115
;;tRNA;468906;468982;125;atgf
fin;;CDS;469108;469863;;
deb;comp;CDS;534521;536161;367;
;;tRNA;536529;536603;92;acg
fin;comp;CDS;536696;537778;;
deb;;CDS;619174;620157;82;
;;regulatory;620240;620316;45;
fin;;CDS;620362;621558;;
deb;comp;CDS;658467;658931;110;
;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc
deb;;CDS;659272;660159;106;
;;tRNA;660266;660340;648;gtc
fin;comp;CDS;660989;661800;;
deb;comp;CDS;684188;685114;350;
;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg
;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg
fin;;CDS;685835;686251;;
deb;comp;CDS;691078;691803;-14;
;;misc_f;691790;691887;82;
;;rRNA;691970;692084;114;115
fin;comp;CDS;692199;694505;;
deb;;CDS;750262;751398;161;
;comp;rRNA;751560;751674;82;115
;comp;misc_f;751757;752004;598;
;;repeat_region;752603;752814;388;
fin;;CDS;753203;753760;;
deb;comp;CDS;839402;839962;163;
;comp;misc_f;840126;840415;631;
fin;comp;CDS;841047;844388;;
deb;;CDS;874585;875391;88;
;;tRNA;875480;875556;81;cac
fin;;CDS;875638;876117;;
deb;;CDS;885688;886299;176;
;;tRNA;886476;886552;144;ccc
fin;comp;CDS;886697;887233;;
deb;;CDS;932708;934243;93;
;comp;tRNA;934337;934413;35;cgt
;comp;tRNA;934449;934525;44;cgt
;comp;tRNA;934570;934646;449;cgt
fin;;CDS;935096;936175;;
deb;comp;CDS;978995;979396;138;
;comp;tRNA;979535;979609;23;ggc
;comp;tRNA;979633;979707;45;ggc
;comp;tRNA;979753;979827;29;ggc
;comp;tRNA;979857;979931;206;ggc
fin;;CDS;980138;981679;;
deb;;CDS;997575;997898;95;
;comp;tRNA;997994;998067;54;cag
;comp;tRNA;998122;998195;168;cag
fin;;CDS;998364;999509;;
deb;comp;CDS;1016768;1017427;130;
;comp;regulatory;1017558;1017770;123;
fin;comp;CDS;1017894;1019260;;
deb;;CDS;1050081;1051028;60;
;comp;tRNA;1051089;1051163;16;acc
;comp;tRNA;1051180;1051254;18;acc
;comp;tRNA;1051273;1051347;170;acc
fin;comp;CDS;1051518;1052885;;
deb;;CDS;1197836;1199341;197;
;;tRNA;1199539;1199623;126;cta
fin;;CDS;1199750;1201090;;
deb;;CDS;1206196;1206501;93;
;;tRNA;1206595;1206670;50;gta
fin;;CDS;1206721;1207092;;
deb;comp;CDS;1349719;1350132;81;
;comp;misc_f;1350214;1350534;286;
;comp;tRNA;1350821;1350897;129;atc
;comp;misc_f;1351027;1351159;11;
;comp;misc_f;1351171;1351556;-2;
fin;comp;CDS;1351555;1351782;;
deb;;CDS;1359745;1360302;176;
;;tRNA;1360479;1360555;37;gac
;;tRNA;1360593;1360669;274;gac
fin;;CDS;1360944;1361204;;
deb;;CDS;1416615;1417769;214;
;;tRNA;1417984;1418074;154;tcc
fin;comp;CDS;1418229;1419095;;
deb;comp;CDS;1454756;1457068;311;
;;ncRNA;1457380;1457769;111;
fin;;CDS;1457881;1458696;;
deb;comp;CDS;1472421;1473403;250;
;comp;tRNA;1473654;1473740;77;ttg
fin;comp;CDS;1473818;1474678;;
deb;comp;CDS;1576267;1577118;334;
;;repeat_region;1577453;1577846;905;
fin;comp;CDS;1578752;1579339;;
deb;comp;CDS;1731863;1733557;53;
;comp;regulatory;1733611;1733729;167;
fin;comp;CDS;1733897;1734196;;
deb;comp;CDS;1735298;1736380;219;
;;misc_f;1736600;1736849;82;
;;rRNA;1736932;1737046;52;115
;;tRNA;1737099;1737175;93;atgf
fin;comp;CDS;1737269;1737694;;
deb;comp;CDS;1770487;1770918;236;
;;ncRNA;1771155;1771251;22;
fin;;CDS;1771274;1773061;;
deb;comp;CDS;1812365;1813924;963;
;;misc_f;1814888;1815202;26;
deb;comp;CDS;1815229;1815837;80;
;comp;tRNA;1815918;1815991;34;gga
;comp;tRNA;1816026;1816111;195;tac
fin;;CDS;1816307;1817143;;
deb;comp;CDS;1833109;1833603;83;
;comp;tRNA;1833687;1833762;24;aag
;comp;tRNA;1833787;1833862;198;aag
fin;comp;CDS;1834061;1835224;;
deb;comp;CDS;1942676;1942888;141;
;comp;tRNA;1943030;1943121;160;agc
fin;comp;CDS;1943282;1944133;;
deb;comp;CDS;2087696;2090938;775;
;;misc_f;2091714;2091942;35;
fin;;CDS;2091978;2092247;;
deb;comp;CDS;2113248;2114603;219;
;comp;tRNA;2114823;2114899;55;aga
deb;comp;CDS;2114955;2115251;71;
;comp;tRNA;2115323;2115399;261;cca
fin;comp;CDS;2115661;2116041;;
deb;comp;CDS;2144042;2146288;185;
;;misc_f;2146474;2147259;69;
;;rRNA;2147329;2147443;52;115
;;tRNA;2147496;2147572;645;atgf
fin;comp;CDS;2148218;2148664;;
deb;;CDS;2268003;2268461;87;
;comp;tRNA;2268549;2268625;165;ccg
;comp;tRNA;2268791;2268867;56;ccg
fin;comp;CDS;2268924;2269910;;
deb;comp;CDS;2321621;2322403;74;
;;tRNA;2322478;2322554;225;ccc
fin;;CDS;2322780;2322974;;
deb;comp;CDS;2383763;2385853;216;
;;repeat_region;2386070;2386891;67;
fin;comp;CDS;2386959;2387270;;
deb;comp;CDS;2393295;2396009;1026;
;16s°;rRNA;2397036;2398062;-3;1027
fin;;CDS;2398060;2400888;;
deb;comp;CDS;2517845;2520559;229;
;comp;rRNA;2520789;2520903;82;115
;comp;misc_f;2520986;2521235;19;
;comp;misc_f;2521255;2521355;173;
fin;comp;CDS;2521529;2522152;;
deb;comp;CDS;2596508;2596738;989;
;comp;tRNA;2597728;2597815;194;tca
fin;;CDS;2598010;2599204;;
deb;comp;CDS;2621435;2622058;106;
;comp;tRNA;2622165;2622251;205;ctc
fin;;CDS;2622457;2623107;;
deb;;CDS;2631201;2631554;192;
;;tRNA;2631747;2631822;70;gcc
;;tRNA;2631893;2631968;69;gcc
;;tRNA;2632038;2632113;57;gcc
;;tRNA;2632171;2632246;166;gcc
deb;;CDS;2632413;2632965;538;
;comp;tRNA;2633504;2633579;93;aca
deb;comp;CDS;2633673;2634200;271;
;comp;tRNA;2634472;2634561;155;tcg
fin;;CDS;2634717;2635742;;
deb;comp;CDS;2655872;2656489;182;
;comp;tRNA;2656672;2656747;141;gag
fin;comp;CDS;2656889;2657674;;
deb;;CDS;2758160;2758312;110;
;comp;tRNA;2758423;2758509;94;tta
fin;comp;CDS;2758604;2759899;;
deb;;CDS;2768823;2769530;-11;
;;misc_f;2769520;2769766;81;
;;rRNA;2769848;2769962;118;115
fin;comp;CDS;2770081;2771016;;
deb;;CDS;2792922;2794778;129;
;;tRNA;2794908;2794982;92;caa
fin;comp;CDS;2795075;2795686;;
deb;;CDS;2862755;2862982;123;
;;tRNA;2863106;2863182;117;cca
;;tRNA;2863300;2863374;373;atgi
;;tRNA;2863748;2863823;157;gca
;;tRNA;2863981;2864056;15;aca
deb;;CDS;2864072;2864317;8;
;;tRNA;2864326;2864401;250;aaa
fin;;CDS;2864652;2865125;;
deb;;CDS;2867066;2868112;76;
;comp;tRNA;2868189;2868264;99;aaa
fin;comp;CDS;2868364;2868870;;
deb;comp;CDS;2887107;2888297;134;
;comp;regulatory;2888432;2888534;423;
fin;;CDS;2888958;2890178;;
deb;;CDS;2893891;2894430;25;
;;rRNA;2894456;2894570;51;115
;;tRNA;2894622;2894698;285;atgf
fin;;CDS;2894984;2895400;;
deb;comp;CDS;3034652;3035092;250;
;comp;tRNA;3035343;3035418;8;aaa
fin;comp;CDS;3035427;3035582;;
deb;comp;CDS;3252110;3252280;201;
;;repeat_region;3252482;3252814;354;
fin;comp;CDS;3253169;3254368;;
deb;comp;CDS;3305068;3306534;379;
;comp;tRNA;3306914;3306989;29;ttc
;comp;tRNA;3307019;3307094;34;ttc
;comp;tRNA;3307129;3307204;33;ttc
;comp;tRNA;3307238;3307313;60;ttc
fin;comp;CDS;3307374;3308864;;
deb;comp;CDS;3332977;3334356;54;
;;tRNA;3334411;3334487;176;cgg
fin;comp;CDS;3334664;3335983;;
deb;;CDS;3408217;3409026;91;
;comp;rRNA;3409118;3409232;81;115
;comp;misc_f;3409314;3409410;1;
fin;;CDS;3409412;3409711;;
deb;comp;CDS;3442569;3444509;193;
;comp;regulatory;3444703;3444904;173;
fin;;CDS;3445078;3445920;;
deb;comp;CDS;3456276;3461666;387;
;;tRNA;3462054;3462130;29;agg
fin;;CDS;3462160;3462951;;
deb;comp;CDS;3484140;3484604;331;
;comp;tmRNA;3484936;3485254;73;
fin;comp;CDS;3485328;3486527;;
deb;comp;CDS;3500025;3500675;210;
;;tRNA;3500886;3500959;27;tgc
;;tRNA;3500987;3501061;31;aac
;;tRNA;3501093;3501167;84;aac
fin;comp;CDS;3501252;3501659;;
deb;;CDS;3639978;3641276;172;
;;tRNA;3641449;3641525;70;gcg
;;tRNA;3641596;3641671;33;gcg
;;tRNA;3641705;3641780;389;gcg
fin;;CDS;3642170;3644392;;
deb;;CDS;3651524;3652711;55;
;;tRNA;3652767;3652843;184;cac
fin;comp;CDS;3653028;3653543;;
deb;;CDS;3710072;3710840;126;
;comp;tRNA;3710967;3711042;214;gaa
;comp;tRNA;3711257;3711332;125;gaa
fin;comp;CDS;3711458;3711664;;
deb;comp;CDS;3801285;3802196;44;
;comp;regulatory;3802241;3802347;126;
fin;;CDS;3802474;3803130;;
deb;comp;CDS;3804728;3805231;118;
;comp;tRNA;3805350;3805425;241;gag
fin;comp;CDS;3805667;3806140;;
deb;;CDS;3813820;3815895;138;
;;tRNA;3816034;3816109;220;atgi
fin;;CDS;3816330;3818993;;
deb;comp;CDS;3827982;3828878;90;
;comp;tRNA;3828969;3829042;292;ggg
fin;;CDS;3829335;3830670;;
deb;comp;CDS;3832305;3833264;311;
;;tRNA;3833576;3833662;47;ctg
;;tRNA;3833710;3833796;153;ctg
;;tRNA;3833950;3834036;48;ctg
;;tRNA;3834085;3834171;47;ctg
;;tRNA;3834219;3834305;113;ctg
fin;;CDS;3834419;3835039;;
deb;;CDS;3873358;299;81;
&lt;/pre&gt;

====rpm remarques====
=====rpm remarques texte=====
=====rpm listes=====
=====alpha codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_codes|alpha codes]]
&lt;pre&gt;
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;5/2;acg;1;aag;3;agg;1;;atg;3/1;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

=====gamma codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]]
&lt;pre&gt;
19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74
&lt;/pre&gt;

===rru===
====rru opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s  4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*
&lt;/pre&gt;

====rru cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]]
&lt;pre&gt;
rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69
&lt;/pre&gt;

====rru blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]]
&lt;pre&gt;
rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====rru distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rru données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;
;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;
;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999;
1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;;
;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;;
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;;
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;;
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;;
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;;
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;;
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;;
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca
2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;;
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;;
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;;
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;;
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;;
;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra
1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca
;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc
2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;
;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;
1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;;
35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;;
34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;;
1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;
;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;;
;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rru autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rru;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;16232;163;comp;
;tRNA;17016;253;comp;ctg
fin;CDS;17356;;;
deb;CDS;117072;37;;
;tRNA;117325;299;comp;agg
fin;CDS;117701;;;
deb;CDS;149921;147;comp;
;tRNA;151241;136;;cgg
fin;CDS;151454;;comp;
deb;CDS;189941;841;;
16s;rRNA;192510;180;;1477
;tRNA;194189;66;;atc
;tRNA;194332;347;;gca
23s;rRNA;194755;119;;2758
5s;rRNA;197647;96;;115
;tRNA;197858;287;;atgf
deb;CDS;198222;222;comp;
;repeat_region;198678;145;;
fin;CDS;200012;;comp;
deb;CDS;211593;261;comp;
;repeat_region;213597;128;;
fin;CDS;214303;;comp;
deb;CDS;305449;257;comp;
;tRNA;306906;319;;cag
fin;CDS;307299;;comp;
deb;CDS;322896;406;comp;
;tRNA;324100;98;comp;caa
fin;CDS;324273;;comp;
deb;CDS;362552;224;;
;tRNA;363106;202;;gcc
;tRNA;363384;43;;gcc
fin;CDS;363503;;comp;
deb;CDS;407067;92;;
;tRNA;407699;141;;agc
fin;CDS;407932;;;
deb;CDS;419952;57;;
;repeat_region;420333;228;;
fin;CDS;423032;;comp;
deb;CDS;466945;115;;
;tRNA;468041;83;comp;tta
fin;CDS;468210;;comp;
deb;CDS;529650;67;;
;repeat_region;530056;180;;
fin;CDS;530734;;comp;
deb;CDS;536858;111;comp;
;regulatory;537266;38;;
fin;CDS;537511;;;
deb;CDS;559038;239;comp;
;tRNA;559697;170;;aag
fin;CDS;559943;;;
deb;CDS;571949;20;;
;regulatory;572902;194;;
fin;CDS;573329;;;
deb;CDS;794877;217;comp;
;tRNA;795406;86;;tcc
fin;CDS;795583;;;
deb;CDS;908584;1193;comp;
16s;rRNA;911379;178;;1477
;tRNA;913057;66;;atc
;tRNA;913200;346;;gca
23s;rRNA;913622;118;;2758
5s;rRNA;916513;95;;115
;tRNA;916723;738;;atgf
fin;CDS;917538;;;
deb;CDS;988887;204;;
;repeat_region;989382;533;;
fin;CDS;992381;;comp;
deb;CDS;1144656;314;comp;
;ncRNA;1145438;15;comp;
fin;CDS;1145882;;comp;
deb;CDS;1159249;71;;
;tRNA;1160163;117;;gag
fin;CDS;1160356;;;
deb;CDS;1339162;168;;
;regulatory;1340533;238;;
fin;CDS;1340988;;;
deb;CDS;1362782;177;comp;
;repeat_region;1363865;208;;
fin;CDS;1364648;;comp;
deb;CDS;1464820;283;comp;
;tRNA;1465406;139;;tcg
fin;CDS;1465635;;comp;
deb;CDS;1499517;136;comp;
;regulatory;1501675;100;comp;
fin;CDS;1502001;;;
deb;CDS;1578910;1039;;
;repeat_region;1580591;284;;
fin;CDS;1582246;;comp;
deb;CDS;1692844;162;comp;
;repeat_region;1694053;193;;
fin;CDS;1696161;;comp;
deb;CDS;1706399;230;comp;
;regulatory;1707586;93;;
fin;CDS;1707876;;;
deb;CDS;1791953;116;;
;tRNA;1792276;131;comp;gaa
fin;CDS;1792483;;comp;
deb;CDS;1824299;98;;
;tRNA;1825837;150;;cta
fin;CDS;1826072;;;
deb;CDS;1833133;284;;
;tRNA;1833693;70;;gta
fin;CDS;1833839;;comp;
deb;CDS;1933548;85;;
;tRNA;1934224;63;;cca
deb;CDS;1934364;12;;
;tRNA;1934676;396;;aga
fin;CDS;1935149;;;
deb;CDS;1959133;175;;
;tRNA;1960034;215;;ccc
fin;CDS;1960326;;;
deb;CDS;1996760;164;comp;
;tRNA;1998244;261;;tca
fin;CDS;1998595;;comp;
deb;CDS;2008544;206;comp;
;regulatory;2009119;129;;
fin;CDS;2009470;;;
deb;CDS;2031997;123;;
;tRNA;2032987;186;comp;aaa
fin;CDS;2033249;;comp;
deb;CDS;2093327;295;comp;
;tRNA;2094273;81;;tgc
;tRNA;2094428;150;;aac
fin;CDS;2094653;;;
deb;CDS;2304404;89;comp;
;tRNA;2305924;178;comp;ctc
fin;CDS;2306189;;;
deb;CDS;2318681;138;comp;
;regulatory;2319857;73;;
fin;CDS;2320063;;;
deb;CDS;2331183;73;;
;tRNA;2331595;126;;atgj
fin;CDS;2331798;;comp;
deb;CDS;2411337;202;comp;
;tRNA;2412007;75;comp;cac
fin;CDS;2412159;;comp;
deb;CDS;2550773;186;comp;
;regulatory;2551172;147;;
fin;CDS;2551477;;;
deb;CDS;2559473;36;;
;tmRNA;2560658;131;;
fin;CDS;2561126;;;
deb;CDS;2667051;354;;
;repeat_region;2668113;204;;
fin;CDS;2669862;;comp;
deb;CDS;2714978;129;;
;repeat_region;2715965;262;;
fin;CDS;2716563;;;
deb;CDS;2729598;449;;
;tRNA;2731721;95;comp;atgf
5s;rRNA;2731893;119;comp;115
23s;rRNA;2732127;347;comp;2758
;tRNA;2735247;66;comp;gca
;tRNA;2735389;180;comp;atc
16s;rRNA;2735646;972;comp;1477
fin;CDS;2738117;;comp;
deb;CDS;2959802;354;comp;
;tRNA;2962229;171;comp;gtc
fin;CDS;2962475;;;
deb;CDS;3124836;151;comp;
;tRNA;3125185;343;comp;tgg
deb;CDS;3125604;93;comp;
;tRNA;3126888;27;comp;gga
;tRNA;3126989;166;comp;tac
deb;CDS;3127241;57;;
;tRNA;3128216;127;;aca
fin;CDS;3128419;;;
deb;CDS;3193350;430;comp;
;tRNA;3194938;103;comp;ttc
fin;CDS;3195117;;comp;
deb;CDS;3320745;90;;
;tRNA;3322206;60;comp;atgi
fin;CDS;3322342;;comp;
deb;CDS;3377932;140;comp;
;tRNA;3378255;165;;acc
;tRNA;3378495;237;;acc
deb;CDS;3378807;234;;
;tRNA;3379605;77;;gac
fin;CDS;3379759;;comp;
deb;CDS;3399207;262;comp;
;tRNA;3399757;56;comp;ccg
fin;CDS;3399890;;comp;
deb;CDS;3490378;84;;
;tRNA;3491233;407;;gtg
fin;CDS;3491715;;;
deb;CDS;3514107;56;comp;
;regulatory;3515291;4;comp;
;regulatory;3515401;88;comp;
fin;CDS;3515601;;comp;
deb;CDS;3523910;371;;
;repeat_region;3524497;79;;
fin;CDS;3525452;;comp;
deb;CDS;3705744;56;comp;
;regulatory;3707042;399;comp;
fin;CDS;3707518;;;
deb;CDS;3719367;163;comp;
;tRNA;3719917;95;comp;ggg
fin;CDS;3720086;;comp;
deb;CDS;3805869;130;;
5s;rRNA;3806944;116;comp;115
23s;rRNA;3807175;347;comp;2758
;tRNA;3810295;66;comp;gca
;tRNA;3810437;180;comp;atc
16s;rRNA;3810694;999;comp;1477
fin;CDS;3813192;;;
deb;CDS;3824154;103;comp;
;tRNA;3825931;387;comp;cgt
fin;CDS;3826395;;;
deb;CDS;3996560;58;comp;
;ncRNA;3998598;106;comp;
fin;CDS;3998802;;comp;
deb;CDS;4021982;27;;
;tRNA;4023191;224;comp;ttg
fin;CDS;4023502;;;
deb;CDS;4058818;187;comp;
;tRNA;4059305;179;;gcg
fin;CDS;4059560;;comp;
deb;CDS;4105626;721;comp;
;tRNA;4108039;148;comp;acg
fin;CDS;4108262;;;
deb;CDS;4261100;269;comp;
;tRNA;4262308;118;;ggc
fin;CDS;4262501;;;
&lt;/pre&gt;

====rru intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;;
rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1
;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0
;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5
;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6
;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1
;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4
;'''total 3786;&lt;201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1
3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2
844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1
3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1
3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0
3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0
1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3
3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0
566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1
1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2
3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3
2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3
93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0
409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1
400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0
1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0
3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0
3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0
550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0
2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1
1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1
1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3
2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0
3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0
2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0
3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1
1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1
742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0
3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1
139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0
880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0
1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0
2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1
90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0
961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0
1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0
2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0
2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0
55947;637;36;10;300;29;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;31;1060;0
1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0
2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0
3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0
3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0
;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0
;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0
;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0
;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0
;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0
2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0
651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0
2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0
1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0
2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1
3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786
4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;;
664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;;
3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;;
3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;;
1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;;
3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;;
1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;;
465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;;
2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;;
780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;;
2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;;
3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;;
210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;;
1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;;
622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;;
2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;;
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]]
*Légende: 
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;&gt;0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;&lt;0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;&gt;0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;&lt;0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0
total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1
diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0
 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;;
comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7
continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74
;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609
&lt;/pre&gt;

====rru autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449;
;&amp;tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&amp;tRNA;2731721;95;comp
fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp
deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp
;&amp;tRNA;117325;299;comp;;;&amp;tRNA;1465406;139;;;;&amp;tRNA;2735247;66;comp
fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&amp;tRNA;2735389;180;comp
deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp
;&amp;tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp
fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp
deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&amp;tRNA;2962229;171;comp
16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;;
;&amp;tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp
;&amp;tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&amp;tRNA;3125185;343;comp
23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp
5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&amp;tRNA;3126888;27;comp
;&amp;tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&amp;tRNA;3126989;166;comp
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;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&amp;tRNA;3128216;127;
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deb;°CDS;211593;261;comp;;;&amp;tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp
;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&amp;tRNA;3194938;103;comp
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;&amp;tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&amp;tRNA;3322206;60;comp
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;&amp;tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&amp;tRNA;3378255;165;
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;&amp;tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&amp;tRNA;3379605;77;
;&amp;tRNA;363384;43;;;;&amp;tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp
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;&amp;tRNA;407699;141;;;;&amp;tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp
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;repeat_region;420333;228;;;;&amp;tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;;
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;&amp;tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp
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;repeat_region;530056;180;;;;&amp;tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79;
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;regulatory;537266;38;;;;&amp;tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp
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;&amp;tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&amp;tRNA;3719917;95;comp
fin;°CDS;559943;;;;;&amp;tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp
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;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp
fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp
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;&amp;tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&amp;tRNA;3810437;180;comp
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16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp
;&amp;tRNA;913057;66;;;;&amp;tRNA;2412007;75;comp;;;&amp;tRNA;3825931;387;comp
;&amp;tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;;
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;&amp;tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp
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;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp
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;&amp;tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;;
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;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;;
fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====rru intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb;
;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;&lt;201;15
;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24
;81;;;;287;;73;75;taux;63%
;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;;
;27;;406;;98;;85;86;'''fin;
;165;;224;comp’;43;;89;95;&lt;201;18
;66;;92;;141;;92;98;total;25
;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72%
;;comp’;239;;170;;98;117;;
;;comp’;217;;86;;103;118;'''total;
;;;;;738;;151;127;&lt;201;33
;;;71;;117;;163;131;total;49
;;comp’;283;comp’;139;;163;141;taux;67%
;;comp’;116;;131;;175;150;;
;;;98;;150;;202;150;;
;;;284;comp’;70;;224;170;;
;;;85;;63;;234;186;;
;;;12;;396;;262;215;;
;;;175;;215;;284;237;;
;;comp’;164;comp’;261;;354;287;;
;;comp’;123;;186;;406;343;;
;;comp’;295;;150;;430;396;;
;;;89;comp’;178;;721;407;;
;;;73;comp’;126;;'''-;738;'''comp’;'''cumuls
;;;202;;75;;27;43;;
;;comp’;449;;;;37;70;'''deb;
;;;354;comp’;171;;90;77;&lt;201;10
;;;151;;343;;115;126;total;17
;;;93;comp’;166;;116;136;taux;59%
;;;57;;127;;123;139;;
;;;430;;103;;140;148;'''fin;
;;comp’;90;;60;;147;166;&lt;201;11
;;comp’;140;;237;;164;171;total;17
;;;234;comp’;77;;187;178;taux;65%
;;;262;;56;;217;179;;
;;;84;;407;;239;224;'''total;
;;;163;;95;;257;253;&lt;201;21
;;;103;comp’;387;;269;261;total;34
;;comp’;27;comp’;224;;283;299;taux;62%
;;comp’;187;comp’;179;;295;319;;
;;;721;comp’;148;;449;387;;
;;comp’;269;;118;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;25;29;54;;;;;
;;total;41;42;83;;;;;
;;taux;61%;69%;65%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===oan===
====oan opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s  4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;*
;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;*
comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;*
comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;*
comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;*
;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;*
;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;*
comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;*
comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;*
;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;*
comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;*
comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;*
comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;*
comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;*
comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;*
;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;*
;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;*
;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;*
;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;*
;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;*
comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;*
;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;*
;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;*
;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;*
;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;*
;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;*
comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;*
comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;*
;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;*
comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;*
comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;*
comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;*
comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;*
;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
&lt;comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
&gt;comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
&lt;;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
&lt;/pre&gt;

====oan cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]]
&lt;pre&gt;
oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81
&lt;/pre&gt;

====oan blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]]
&lt;pre&gt;
oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
&lt;/pre&gt;
*Détails
&lt;pre&gt;
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;
&lt;/pre&gt;

====oan distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====oan1 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;;
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;;
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;;
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;;
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;;
1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;;
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;;
26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;;
20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;
;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan1 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;85;261;;
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj   f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj   f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj  j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj  j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj   f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;
deb;;CDS;2886536;2887183;84;
&lt;/pre&gt;

====oan2 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;;
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;;
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;;
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;;
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;;
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan2 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
deb;;CDS;1067405;1068742;131;*;
;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
fin;;CDS;1218024;1218500;;;
deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*;
;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
fin;;CDS;1275426;1275572;;;
deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*;
;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
fin;;CDS;1328998;1329948;;;
deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*;
;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
fin;;CDS;1334226;1337393;;;
deb;;CDS;1473437;1474405;269;*;
;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;
&lt;/pre&gt;

===abq===
====abq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s  9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;*
;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;*
;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;*
comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;*
comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;*
comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;*
;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;*
comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;*
comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;*
comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;*
comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;*
comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;*
;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;*
;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;*
;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;*
;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;*
comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;*
;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;*
;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;*
;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;*
comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;*
;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;*
comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;*
;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;*
comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;*
comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;*
comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;*
comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;*
comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;*
comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;*
comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;*
comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;*
;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;*
comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;*
comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;*
comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;*
;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;*
comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;*
comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;*
comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;*
comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;*
comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;*
;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;*
;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;*
comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;*
comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;*
comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;*
;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;*
;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;*
;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;*
comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;*
comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;*
comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;*
comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;*
;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;*
;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;*
;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;*
comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;*
;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;*
;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;*
plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
&gt;comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;*
;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;*
;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
&lt;comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;*
comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;*
;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====abq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]]
&lt;pre&gt;
abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71
&lt;/pre&gt;

====abq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]]
&lt;pre&gt;
abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL &amp; GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 &gt;1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;;
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;;
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;;
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;
&lt;/pre&gt;

====abqp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;;
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;;
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;;
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;;
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;;
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;;
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;;
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;;
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;;
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;;
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;;
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;;
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;;
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abqp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;
&lt;/pre&gt;

===abs===
====abs opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s  5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
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;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
&lt;comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
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comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
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comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
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;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
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comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
&gt;;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
&lt;/pre&gt;

====abs cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]]
&lt;pre&gt;
abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72
&lt;/pre&gt;

====abs blocs====
=====abs blocs abrégé=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]]
&lt;pre&gt;
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL &amp; GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic  P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
&lt;/pre&gt;

=====abs blocs tableau=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]]
&lt;pre&gt;
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds &lt; 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
&lt;/pre&gt;

=====abs abq blocs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_abq_blocs|abs abq blocs]]
*Note: attention pour les couleurs de &amp; (EAL &amp; GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;*    CHA1;;*  comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;*    CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;*  hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;*  modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;*  déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;*   ;;*   d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;*   recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;*  insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;*  bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;*  comp;;*  réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;*  recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;*
comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;93530..94258;cds;60;243;SDR fam;*  CHA;;;;;2781933..2783774;cds;187;614;EAL &amp; GGDEF;*    CHA
comp;94319..94395;agg;175;;;*;;;;comp;2783962..2784077;$5s;129;§116;;*
;94571..96262;cds;;564;@hp;*  hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
comp;131833..132117;cds;206;95;YggT fam;*;;;;comp;2787321..2787397;atc;108;;;*
;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
comp;132540..133586;cds;;349;@DMT fam;*  modif;;;;comp;2789503..2790207;cds;;235;PAP2 fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;cds;170;167;xanthine;*;;;;;2843264..2843443;cds;77;60;hp;*
;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*    
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&amp;23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
;540147..540262;$5s;153;§116;;*;;;;;;;;;;*
comp;540416..542290;cds;;625;GGDEF dom;*;;;;comp;163237..164982;cds;175;582;@Hase HypA;*
;;;;;;;;;;;165158..165234;agg;59;;;*
;;;;;;;;;;;165294..166022;cds;;243;SDR fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;600048..601079;cds;79;344;@Tyr rec/int;*    comp;;;;comp;188235..189860;cds;42;542;@glycosyl;*    CHB
comp;601159..601233;acg;81;;;*;;;;comp;189903..189977;acg;81;;;*
comp;601315..603243;cds;;643;helicas RecQ;*;;;;comp;190059..191987;cds;;643;helicas RecQ;*
;;;;;;*  CHB;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;cds;169;93;hp;*;;;;comp;250833..251111;cds;169;93;hp;*
comp;656690..656765;gcc;141;;;*;;;;comp;251281..251356;gcc;141;;;*
comp;656907..657305;cds;;133;TIGR02300;*;;;;comp;251498..251893;cds;;132;TIGR02300;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;cds;209;106;50s L21;*;;;;comp;458142..458459;cds;209;106;50s L21;*
;864668..864757;tcg;79;;;*;;;;;458669..458758;tcg;63;;;*
comp;864837..865679;cds;;281;ab hydrolase;*;;;;comp;458822..459664;cds;;281;ab hydrolase f;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;2233677..2234435;cds;92;253;@hp;*    recomb;;;;comp;496776..497171;cds;162;132;cupin dom;*    CHC
comp;2234528..2234603;?gag;38;;;*;;;;comp;497334..497420;ttg;137;;;*
comp;2234642..2234717;?gag;68;;;*;;;;;497558..498085;cds;;176;disulfide;*
comp;2234786..2235836;cds;;350;@p-low Thr;*  modif;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;comp;615937..616350;cds;121;138;hp;*
comp;2293087..2293593;cds;211;169;hp;*  CHC;;;;comp;616472..616548;?ccg;206;;;*
;2293805..2293881;cgt;137;;;*;;;;comp;616755..616831;?ccg;109;;;*
;2294019..2294495;cds;5;159;GNAT fam;*;;;;comp;616941..617957;cds;;339;farnesyl;*
comp;2294501..2294576;atgi;145;;;*;;;;;;;;;;*
comp;2294722..2296683;cds;;654;sigma RpoD;*;;;;comp;748703..749161;cds;38;153;@hp;*
;;;;;;*;;;;comp;749200..749275;aca;91;;;*
;2372946..2373401;cds;86;152;MaoC fam;*;;;;comp;749367..750221;cds;144;285;23s RlmB;*
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;2374023..2375549;cds;;509;methyl trans;*;;;;;750667..751857;cds;153;397;elonga Tu;*
;;;;;;*;;;;;752011..752086;tgg;69;;;*
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comp;2418698..2419888;cds;81;397;elonga Tu;*;;;;comp;794457..795983;cds;296;509;methyl trans;*
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;2420334..2421188;cds;91;285;23s RlmB;*;;;;comp;796617..797057;cds;;147;MaoC fam;*
;2421280..2421355;aca;137;;;*;;;;;;;;;;*
;2421493..2423187;cds;;565;@ss integrase;*    recombi;;;;;870412..872373;cds;159;654;sigma RpoD;*
;;;;;;*;;;;;872533..872608;atgi;5;;;*
;2561207..2562223;cds;109;339;farnesyl;*;;;;comp;872614..873093;cds;134;160;GNAT fam;*
;2562333..2562409;?ccg;205;;;*;;;;comp;873228..873304;cgt;212;;;*
;2562615..2562691;?ccg;136;;;*;;;;;873517..874023;cds;;169;hp;*
;2562828..2563241;cds;;138;hp;*;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;;931962..933011;cds;68;350;@low Thr;*
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;2681071..2681157;ttg;162;;;*;;;;;933194..933269;?gag;72;;;*
;2681320..2681715;cds;;132;cupin dom;*;;;;comp;933342..934340;cds;;333;@SLT dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;1896604..1897080;cds;192;159;peptido Pal;*    CHD;;;;;997881..998357;cds;246;159;peptido Pal;*    CHD
comp;1897273..1897347;acc;162;;;*;;;;comp;998604..998678;acc;175;;;*
comp;1897510..1899495;cds;;662;polysacchard;*;;;;comp;998854..1000815;cds;;654;polysacchard;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;cds;165;296;DUF3108;*;;;;comp;1164137..1165048;cds;159;304;DUF3108;*
;2033754..2033828;?gtg;132;;;*;;;;;1165208..1165282;?gtg;132;;;*
;2033961..2034035;?gtg;231;;;*;;;;;1165415..1165489;?gtg;231;;;*
;2034267..2034431;cds;;55;hp;*;;;;;1165721..1165885;cds;;55;hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;cds;85;168;MerR fam;*;;;;;1242416..1242919;cds;85;168;MerR fam;*
;2113687..2113763;ccc;140;;;*;;;;;1243005..1243081;ccc;139;;;*
comp;2113904..2115682;cds;;593;cyclicN bind;*;;;;comp;1243221..1244999;cds;;593;cyclicN bind;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;cds;79;179;hp;*    CHE;;;;comp;1353398..1353895;cds;118;166;hp;*    CHE
;1808815..1808892;cca;49;;;*;;;;;1354014..1354091;cca;49;;;*
;1808942..1809238;cds;10;99;ETC complex;*;;;;;1354141..1354437;cds;10;99;ETC complex;*
;1809249..1809325;aga;442;;;*;;;;;1354448..1354524;aga;443;;;*
;1809768..1810013;cds;;82;hp;*;;;;;1354968..1355213;cds;;82;hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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comp;402509..402624;$5s;129;§116;;*;;;;comp;400806..400921;$5s;129;§116;;*
comp;402754..403402;&amp;23s°;106;§649;;*;;;;comp;401051..403803;$23s;255;§2753;;*
comp;403509..403880;&amp;16s°;502;§372;;*;;;;comp;404059..404134;gca;30;;;*
comp;404383..404577;cds;;65;hp;*;;;;comp;404165..404241;atc;108;;;*
;;;;;;*;;;;comp;404350..405850;$16s;502;§1501;;*
;501394..501756;cds;95;121;response reg;*;;;;comp;406353..406547;cds;;65;hp;*
;501852..501927;aac;4;;;*;;;;;;;;;;*
;501932..502008;gac;4;;;*;;;;;504531..504893;cds;82;121;response reg;*
;502013..502087;ggc;102;;;*;;;;;504976..505051;aac;3;;;*
comp;502190..502957;cds;83;256;Hx-t-Hx;*;;;;;505055..505131;gac;4;;;*
;503041..503667;cds;249;209;pyridoxamine;*;;;;;505136..505210;ggc;102;;;*
comp;503917..504474;&amp;16s°;547;§558;;*;;;;comp;505313..506080;cds;83;256;Hx-t-Hx;*
;505022..506005;cds;;328;@lytic dom;*    modif;;;;;506164..506790;cds;202;209;pyridoxamine;*
;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
comp;601019..603679;cds;358;887;bif CoA;*;;;;comp;507236..509988;$23s;266;§2753;;*
;604038..604113;ttc;318;;;*;;;;comp;510255..510330;gca;30;;;*
&gt;;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;*   recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
&gt;comp;131140..131621;cds;193;161;p-erythrose;*   ;;;;;512654..513568;cds;;305;@lytic dom;*
;131815..131891;atgf;202;;@ ;*  d’où?;;;;;;;;;;*
comp;132094..132276;cds;;61;hp;*;;;;comp;588108..590768;cds;340;887;bif CoA;*
;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*
&lt;/pre&gt;
====abs distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_distribution|abs distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 &gt;1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abs données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;;
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;;
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;;
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abs autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;
&lt;/pre&gt;

====absp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;;
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;;
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;;
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;;
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;;
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;;
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;;
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====absp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;
&lt;/pre&gt;

===agr===
====agr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]]
&lt;pre&gt;
59.3%GC;29.12.19 Paris;16s  5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
&lt;;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
&gt;;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
&gt;;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====agr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]]
&lt;pre&gt;
agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71
&lt;/pre&gt;

====agr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]]
&lt;pre&gt;
agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====agr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====agrc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;;
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;;
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;;
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;;
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;
&lt;/pre&gt;

====agrl données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;;
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;;
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;;
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;;
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;;
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;;
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;;
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;;
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;
;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrl autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;
&lt;/pre&gt;

===aua===
====aua opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]]
&lt;pre&gt;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
&gt;;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp &lt;;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;
&lt;/pre&gt;

====aua cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]]
&lt;pre&gt;
aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69
&lt;/pre&gt;

====aua blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]]
&lt;pre&gt;
CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein
&lt;/pre&gt;
====aua distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13
&lt;/pre&gt;
====aua données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;;
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;;
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;;
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;;
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====aua autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;aua;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;
&lt;/pre&gt;

===alpha synthèse===
====alpha distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
alpha8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]]
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
&lt;/pre&gt;

====alpha par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38
&lt;/pre&gt;
====alpha, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est  19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959
&lt;/pre&gt;

===cvi===
====cvi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s  8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====cvi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;8;1;0;-
;16 23 5s 0;0;20;16;2
;16 atc gca;8;40;20;
;16 23 5s a;0;60;6;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;6
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;16;140;0;
sans ;opérons;37;160;0;
;1 aa;22;180;0;
;max a;12;200;0;
;a doubles;12;;1;
;total aas;82;;45;8
total aas;;98;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;;
;;;variance;;
sans jaune;;;moyenne;26;86
;;;variance;18;0
&lt;/pre&gt;

====cvi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]]
&lt;pre&gt;
cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]]
&lt;pre&gt;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc
0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc
1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac
1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta
2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta
0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta
0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg
0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg
1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa
0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;;
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;;
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;;
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;;
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;;
0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;;
3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;;
25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;;
22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;;
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;;
;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;;
;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;;
;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;;
;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;;
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cvi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cvi;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;242272;116;comp;
;regulatory;243048;76;;
fin;CDS;243272;;;
deb;CDS;419401;506;comp;
;rRNA;421224;182;;16s
;tRNA;422942;86;;atc
;tRNA;423105;253;;gca
;rRNA;423434;127;;23s
;rRNA;426450;137;;5s
fin;CDS;426702;;comp;
deb;CDS;500524;447;;
;rRNA;502189;82;;16s
;tRNA;503807;12;;atc
;tRNA;503896;254;;gca
;rRNA;504226;124;;23s
;rRNA;507239;280;;5s
fin;CDS;507634;;;
deb;CDS;521304;119;comp;
;regulatory;522458;124;;
fin;CDS;522848;;;
deb;CDS;526333;31;;
;ncRNA;526676;12;;
fin;CDS;526872;;;
deb;CDS;578634;106;comp;
;ncRNA;581905;130;;
fin;CDS;582495;;;
deb;CDS;680663;177;comp;
;tRNA;682034;58;comp;ttg
fin;CDS;682177;;comp;
deb;CDS;758940;152;comp;
;tRNA;759824;57;;tac
fin;CDS;759966;;comp;
deb;CDS;877002;858;comp;
;tRNA;878775;19;comp;agg
fin;CDS;878869;;comp;
deb;CDS;952811;49;;
;tRNA;955155;329;;gcg
fin;CDS;955560;;;
deb;CDS;975236;19;;
;tRNA;975612;91;;ctc
fin;CDS;975788;;;
deb;CDS;996781;89;comp;
;regulatory;998457;72;;
fin;CDS;998621;;;
deb;CDS;1006022;155;;
;tRNA;1006822;6;;ttc
;tRNA;1006904;51;;ttc
fin;CDS;1007031;;;
deb;CDS;1057229;62;;
;tRNA;1058518;6;;agc
;tRNA;1058618;3;;cgt
;tRNA;1058698;110;;gaa
deb;CDS;1058883;173;comp;
;tRNA;1061741;3;comp;gaa
;tRNA;1061819;7;comp;cgt
;tRNA;1061903;5;comp;gaa
;tRNA;1061983;46;comp;cgt
fin;CDS;1062106;;;
deb;CDS;1153105;370;;
;rRNA;1154027;182;;16s
;tRNA;1155745;86;;atc
;tRNA;1155908;254;;gca
;rRNA;1156238;124;;23s
;rRNA;1159251;189;;5s
fin;CDS;1159555;;;
deb;CDS;1262223;190;;
;tRNA;1263556;120;comp;tcg
fin;CDS;1263766;;comp;
deb;CDS;1272648;435;;
;tRNA;1273710;180;;atgf
fin;CDS;1273967;;comp;
deb;CDS;1292860;191;;
;repeat_region;1293342;324;;
fin;CDS;1295441;;;
deb;CDS;1376752;101;;
;tRNA;1377435;23;;ggc
;tRNA;1377534;22;;ggc
;tRNA;1377632;24;;ggc
;tRNA;1377732;29;;ggc
;tRNA;1377837;45;;ggc
;tRNA;1377958;425;;tgc
fin;CDS;1378457;;comp;
deb;CDS;1385508;707;comp;
;tRNA;1387010;183;;tta
fin;CDS;1387278;;;
deb;CDS;1418833;136;comp;
;tRNA;1420085;182;;gtc
fin;CDS;1420344;;;
deb;CDS;1427387;30;;
;tRNA;1427771;204;;ccc
fin;CDS;1428052;;;
deb;CDS;1432303;98;comp;
;tRNA;1433244;32;comp;aac
;tRNA;1433352;31;comp;aac
;tRNA;1433459;211;comp;aac
fin;CDS;1433746;;;
deb;CDS;1451057;323;comp;
;repeat_region;1452712;105;;
fin;CDS;1454130;;comp;
deb;CDS;1458879;179;;
;repeat_region;1461308;144;;
fin;CDS;1462645;;;
deb;CDS;1644076;439;;
;rRNA;1646828;182;;16s
;tRNA;1648546;86;;atc
;tRNA;1648709;253;;gca
;rRNA;1649038;124;;23s
;rRNA;1652051;89;;5s
;rRNA;1652255;154;;5s
fin;CDS;1652524;;comp;
deb;CDS;1689363;107;comp;
;regulatory;1690517;42;comp;
fin;CDS;1690745;;comp;
deb;CDS;1744930;59;;
;tRNA;1746117;53;;tcc
;tRNA;1746261;360;;tcc
fin;CDS;1746712;;;
deb;CDS;1786722;25;;
;tRNA;1786963;15;;
fin;CDS;1787071;;;
deb;CDS;1899096;223;;
;repeat_region;1900978;157;;
fin;CDS;1902728;;comp;
deb;CDS;1975805;93;;
;tRNA;1978844;66;;aac
fin;CDS;1978986;;comp;
deb;CDS;2093021;230;;
;tRNA;2094372;26;;cac
;tRNA;2094474;45;;cac
;tRNA;2094595;27;;cac
;tRNA;2094698;18;;aga
;tRNA;2094793;225;;cca
fin;CDS;2095095;;comp;
deb;CDS;2186305;69;;
;tmRNA;2186992;205;;
fin;CDS;2187562;;;
deb;CDS;2192639;145;comp;
;regulatory;2193399;4;comp;
;regulatory;2193502;65;comp;
fin;CDS;2193653;;comp;
deb;CDS;2337863;-1;;
;ncRNA;2338135;0;;
fin;CDS;2338210;;;
deb;CDS;2511015;130;comp;
;tRNA;2511625;46;comp;tca
fin;CDS;2511759;;comp;
deb;CDS;2560167;264;comp;
;ncRNA;2560755;168;comp;
fin;CDS;2561022;;;
deb;CDS;2745389;71;comp;
;tRNA;2747299;7;comp;gac
;tRNA;2747383;48;comp;gta
fin;CDS;2747507;;comp;
deb;CDS;2852349;182;comp;
;tRNA;2853221;70;;cta
fin;CDS;2853376;;comp;
deb;CDS;3186574;49;comp;
;tRNA;3187082;411;;aca
fin;CDS;3187569;;;
deb;CDS;3256344;205;comp;
;tRNA;3257362;151;;gcc
fin;CDS;3257589;;comp;
deb;CDS;3261178;303;comp;
;tRNA;3262246;8;;gcc
;tRNA;3262330;11;;gaa
;tRNA;3262417;106;;gcc
fin;CDS;3262599;;comp;
deb;CDS;3368966;415;comp;
;rRNA;3371478;124;comp;5s
;rRNA;3371717;254;comp;23s
;tRNA;3374860;12;comp;gca
;tRNA;3374948;82;comp;atc
;rRNA;3375107;439;comp;16s
fin;CDS;3377082;;comp;
deb;CDS;3447322;50;comp;
;regulatory;3448389;124;comp;
fin;CDS;3448608;;;
deb;CDS;3471644;212;comp;
;tRNA;3472822;12;;gta
;tRNA;3472910;26;;gac
;tRNA;3473013;12;;gta
;tRNA;3473101;26;;gac
;tRNA;3473204;12;;gta
;tRNA;3473292;26;;gac
;tRNA;3473395;12;;gta
;tRNA;3473483;27;;gac
;tRNA;3473587;6;;gta
;tRNA;3473670;27;;gac
;tRNA;3473774;6;;gtg
;tRNA;3473857;163;;gac
fin;CDS;3474097;;;
deb;CDS;3621600;170;;
;tRNA;3622292;55;;ggg
fin;CDS;3622421;;;
deb;CDS;3727029;40;comp;
;regulatory;3728158;14;comp;
;regulatory;3728271;172;comp;
fin;CDS;3728534;;comp;
deb;CDS;3818863;213;comp;
;rRNA;3820120;124;comp;5s
;rRNA;3820359;253;comp;23s
;tRNA;3823501;86;comp;gca
;tRNA;3823663;182;comp;atc
;rRNA;3823922;437;comp;16s
deb;CDS;3825895;73;comp;
;tRNA;3828836;51;;ctg
;tRNA;3828974;33;;ctg
;tRNA;3829094;57;;ctg
;tRNA;3829238;651;;ctg
fin;CDS;3829976;;comp;
deb;CDS;3854191;770;comp;
;tRNA;3855180;61;comp;acg
;tRNA;3855317;78;comp;ccg
;tRNA;3855472;97;comp;ccg
fin;CDS;3855646;;;
deb;CDS;4058859;201;comp;
;tRNA;4059834;92;comp;atgi
fin;CDS;4060005;;comp;
deb;CDS;4244169;101;;
;rRNA;4244591;124;comp;5s
;rRNA;4244830;253;comp;23s
;tRNA;4247972;86;comp;gca
;tRNA;4248134;182;comp;atc
;rRNA;4248393;450;comp;16s
fin;CDS;4250379;;;
deb;CDS;4324029;747;comp;
;tRNA;4325718;151;comp;atgf
fin;CDS;4325946;;comp;
deb;CDS;4388195;89;comp;
;tRNA;4389268;6;comp;caa
fin;CDS;4389349;;comp;
deb;CDS;4401196;137;comp;
;tRNA;4402077;265;;cgg
fin;CDS;4402419;;comp;
deb;CDS;4433423;206;;
;rRNA;4434130;124;comp;5s
;rRNA;4434369;253;comp;23s
;tRNA;4437511;86;comp;gca
;tRNA;4437673;182;comp;atc
;rRNA;4437932;391;comp;16s
fin;CDS;4439859;;;
deb;CDS;4472951;87;;
;tRNA;4474196;35;;atgj
;tRNA;4474308;125;;atgj
fin;CDS;4474510;;;
deb;CDS;4529035;86;comp;
;tRNA;4529616;179;comp;acc
fin;CDS;4529870;;comp;
deb;CDS;4531632;64;comp;
;tRNA;4532053;10;comp;tgg
deb;CDS;4532139;40;comp;
;tRNA;4533370;24;comp;acc
;tRNA;4533469;52;comp;gga
;tRNA;4533595;139;comp;tac
fin;CDS;4533819;;comp;
deb;CDS;4549877;87;comp;
;regulatory;4551002;131;;
fin;CDS;4551282;;;
deb;CDS;4586188;194;comp;
;tRNA;4586712;38;comp;aaa
;tRNA;4586826;35;comp;aag
;tRNA;4586937;28;comp;aaa
;tRNA;4587041;37;comp;aag
;tRNA;4587154;130;comp;aaa
fin;CDS;4587360;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cvi intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;;
cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2
;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1
;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2
;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1
;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1
;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4
;'''total 4282;&lt;201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul,t %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;66;680;2
1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3
2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5
667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2
448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1
357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5
707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2
139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1
1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2
2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1
669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1
2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1
1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4
3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1
2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2
2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0
869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1
2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0
664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1
2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1
561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0
1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1
27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1
3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2
914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0
344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0
1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0
1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0
3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0
34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1
136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0
2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1
1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0
3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1
2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0
;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0
;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0
;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0
;;36;12;300;22;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;19;1060;0
;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1
;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0
;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0
;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1
;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0
;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0
;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0
;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0
;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1
'''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0
4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1
1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0
1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1
4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0
3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4
3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282
3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;;
4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;;
2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;;
1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;;
3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;;
834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;;
2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;;
2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;;
4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;;
283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;;
226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;;
387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;;
1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;;
4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;;
3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;;
4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;;
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&amp;-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&amp;204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;&gt;0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;&lt;0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;&gt;0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;&lt;0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0
370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0
390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6
continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69
;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687
&lt;/pre&gt;

====cvi autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp
;regulatory;243048;76;;;;&amp;tRNA;1427771;204;;;;&amp;tRNA;3472822;12;
fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&amp;tRNA;3472910;26;
deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&amp;tRNA;3473013;12;
;$rRNA;421224;182;;;;&amp;tRNA;1433244;32;comp;;;&amp;tRNA;3473101;26;
;&amp;tRNA;422942;86;;;;&amp;tRNA;1433352;31;comp;;;&amp;tRNA;3473204;12;
;&amp;tRNA;423105;253;;;;&amp;tRNA;1433459;211;comp;;;&amp;tRNA;3473292;26;
;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&amp;tRNA;3473395;12;
;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&amp;tRNA;3473483;27;
fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&amp;tRNA;3473587;6;
deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&amp;tRNA;3473670;27;
;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&amp;tRNA;3473774;6;
;&amp;tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&amp;tRNA;3473857;163;
;&amp;tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;;
;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170;
;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&amp;tRNA;3622292;55;
fin;°CDS;507634;;;;;&amp;tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;;
deb;°CDS;521304;119;comp;;;&amp;tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp
;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp
fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp
deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp
;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp
fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp
deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp
;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&amp;tRNA;3823501;86;comp
fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&amp;tRNA;3823663;182;comp
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;&amp;tRNA;682034;58;comp;;;&amp;tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp
fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&amp;tRNA;3828836;51;
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;&amp;tRNA;759824;57;;;;&amp;tRNA;1786963;15;;;;&amp;tRNA;3829094;57;
fin;°CDS;759966;;comp;;fin;°CDS;1787071;;;;;&amp;tRNA;3829238;651;
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;&amp;tRNA;878775;19;comp;;;repeat_region;1900978;157;;;deb;°CDS;3854191;770;comp
fin;°CDS;878869;;comp;;fin;°CDS;1902728;;comp;;;&amp;tRNA;3855180;61;comp
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;&amp;tRNA;955155;329;;;;&amp;tRNA;1978844;66;;;;&amp;tRNA;3855472;97;comp
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;&amp;tRNA;975612;91;;;;&amp;tRNA;2094372;26;;;;&amp;tRNA;4059834;92;comp
fin;°CDS;975788;;;;;&amp;tRNA;2094474;45;;;fin;°CDS;4060005;;comp
deb;°CDS;996781;89;comp;;;&amp;tRNA;2094595;27;;;deb;°CDS;4244169;101;
;regulatory;998457;72;;;;&amp;tRNA;2094698;18;;;;$rRNA;4244591;124;comp
fin;°CDS;998621;;;;;&amp;tRNA;2094793;225;;;;$rRNA;4244830;253;comp
deb;°CDS;1006022;155;;;fin;°CDS;2095095;;comp;;;&amp;tRNA;4247972;86;comp
;&amp;tRNA;1006822;6;;;deb;°CDS;2186305;69;;;;&amp;tRNA;4248134;182;comp
;&amp;tRNA;1006904;51;;;;tmRNA;2186992;205;;;;$rRNA;4248393;450;comp
fin;°CDS;1007031;;;;fin;°CDS;2187562;;;;fin;°CDS;4250379;;
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;&amp;tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&amp;tRNA;4325718;151;comp
;&amp;tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp
;&amp;tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp
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;&amp;tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp
;&amp;tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp
;&amp;tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&amp;tRNA;4402077;265;
;&amp;tRNA;1061983;46;comp;;;&amp;tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp
fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206;
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;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp
;&amp;tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&amp;tRNA;4437511;86;comp
;&amp;tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&amp;tRNA;4437673;182;comp
;$rRNA;1156238;124;;;;&amp;tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp
;$rRNA;1159251;189;;;;&amp;tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;;
fin;°CDS;1159555;;;;fin;°CDS;2747507;;comp;;deb;°CDS;4472951;87;
deb;°CDS;1262223;190;;;deb;°CDS;2852349;182;comp;;;&amp;tRNA;4474196;35;
;&amp;tRNA;1263556;120;comp;;;&amp;tRNA;2853221;70;;;;&amp;tRNA;4474308;125;
fin;°CDS;1263766;;comp;;fin;°CDS;2853376;;comp;;fin;°CDS;4474510;;
deb;°CDS;1272648;435;;;deb;°CDS;3186574;49;comp;;deb;°CDS;4529035;86;comp
;&amp;tRNA;1273710;180;;;;&amp;tRNA;3187082;411;;;;&amp;tRNA;4529616;179;comp
fin;°CDS;1273967;;comp;;fin;°CDS;3187569;;;;fin;°CDS;4529870;;comp
deb;°CDS;1292860;191;;;deb;°CDS;3256344;205;comp;;deb;°CDS;4531632;64;comp
;repeat_region;1293342;324;;;;&amp;tRNA;3257362;151;;;;&amp;tRNA;4532053;10;comp
fin;°CDS;1295441;;;;fin;°CDS;3257589;;comp;;deb;°CDS;4532139;40;comp
deb;°CDS;1376752;101;;;deb;°CDS;3261178;303;comp;;;&amp;tRNA;4533370;24;comp
;&amp;tRNA;1377435;23;;;;&amp;tRNA;3262246;8;;;;&amp;tRNA;4533469;52;comp
;&amp;tRNA;1377534;22;;;;&amp;tRNA;3262330;11;;;;&amp;tRNA;4533595;139;comp
;&amp;tRNA;1377632;24;;;;&amp;tRNA;3262417;106;;;fin;°CDS;4533819;;comp
;&amp;tRNA;1377732;29;;;fin;°CDS;3262599;;comp;;deb;°CDS;4549877;87;comp
;&amp;tRNA;1377837;45;;;deb;°CDS;3368966;415;comp;;;regulatory;4551002;131;
;&amp;tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;;
fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp
deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&amp;tRNA;3374860;12;comp;;;&amp;tRNA;4586712;38;comp
;&amp;tRNA;1387010;183;;;;&amp;tRNA;3374948;82;comp;;;&amp;tRNA;4586826;35;comp
fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&amp;tRNA;4586937;28;comp
deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&amp;tRNA;4587041;37;comp
;&amp;tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&amp;tRNA;4587154;130;comp
fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp
;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;177;;58;;19;6;deb;
;;comp’;152;comp’;57;;25;10;&lt;201;22
;;;858;;19;;30;15;total;27
;;;49;;329;;40;19;taux;81%
;;;19;;91;;49;46;;
;6;;155;;51;;59;48;fin;
;6  3;;62;comp’;110;;62;51;&lt;201;20
;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25
;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80%
;;;435;comp’;180;;86;91;;
;;;191;;324;;87;92;total;
;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;&lt;201;42
;;comp’;707;;183;;93;125;total;52
;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81%
;;;30;;204;;101;139;;
;32 31;;98;comp’;211;;130;151;;
;53;;59;;360;;155;163;;
;;;25;;15;;170;179;;
;;;93;comp’;66;;173;182;;
;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;;
;;;130;;46;;191;204;;
;7;;71;;48;;194;324;;
;;comp’;182;comp’;70;;201;329;;
;;comp’;49;;411;;230;360;;
;;comp’;205;comp’;151;;435;411;;
;8  11;comp’;303;comp’;106;;747;;;
;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls
;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb;
;;;170;;55;;73;57;&lt;201;7
;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12
;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58%
;;;201;;92;;152;97;;
;;;747;;151;;182;106;fin;
;;;89;;6;;190;110;&lt;201;9
;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14
;35;;87;;125;;212;180;taux;64%
;;;86;;179;;303;211;;
;;;64;;10;;707;225;total;
;24 52;;40;;139;;770;265;&lt;201;16
;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26
;;;;;;;-;651;taux;62%
;;;;;;;;;;
continu + comp’;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;29;58;;;;;;;
total;39;39;78;;;;;;;
taux;74%;74%;74%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;
&lt;/pre&gt;

====beta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est  52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281
&lt;/pre&gt;

====cvi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]]
*code génétique cvi
&lt;pre&gt;
cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;

===ade===
====ade opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s  2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;
&lt;/pre&gt;

====ade cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;2;1;0;
;16 23 5s 0;0;20;2;
;16 atc gca;2;40;2;2
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;4;140;2;
sans ;opérons;33;160;0;
;1 aa;27;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;0;;2;
;total aas;45;;12;2
total aas;;49;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;93;
;;;variance;90;
sans jaune;;;moyenne;39;22
;;;variance;24;0
&lt;/pre&gt;

====ade blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]]
&lt;pre&gt;
ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558
&lt;/pre&gt;
====ade distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]]
&lt;pre&gt;
delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;
;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;
;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;
;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;;
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;;
;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;;
;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75;
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;;
;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc
;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;;
1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca
2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra
1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;;
;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac
;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag
;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga
1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac
;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga
;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga
;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca
;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc
;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg
;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca
;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc
;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt
;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;
;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;
;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;
;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;
;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;
;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;
;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;
;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;
1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;;
21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;;
20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;;
0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;;
;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;
;;;;;;4569;;total;102;713;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ade autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ade;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7060;91;;
;tRNA;8147;44;;caa
fin;CDS;8265;;;
deb;CDS;20441;158;;
;tRNA;21040;220;;ttc
fin;CDS;21333;;comp;
deb;CDS;432722;119;comp;
;tRNA;433303;79;comp;ggg
fin;CDS;433458;;comp;
deb;CDS;664814;456;comp;
;tRNA;666509;6;comp;gac
;tRNA;666592;157;comp;gta
fin;CDS;666824;;;
deb;CDS;691951;157;comp;
;tRNA;693146;333;comp;ctg
fin;CDS;693563;;;
deb;CDS;849021;53;;
;tRNA;851483;36;;atgi
fin;CDS;851592;;;
deb;CDS;883315;64;;
;repeat_region;883709;98;;
fin;CDS;886703;;comp;
deb;CDS;887392;77;comp;
;repeat_region;888746;95;;
fin;CDS;892587;;;
deb;CDS;1055941;68;;
;tRNA;1057311;105;comp;gcg
fin;CDS;1057492;;;
deb;CDS;1305647;350;comp;
;tRNA;1306222;105;comp;ccc
fin;CDS;1306401;;comp;
deb;CDS;1311419;33;comp;
;ncRNA;1312049;302;comp;
fin;CDS;1312542;;;
deb;CDS;1441648;14;;
;tRNA;1442379;111;;tgc
fin;CDS;1442562;;;
deb;CDS;1492304;691;;
16s;rRNA;1495545;187;;
;tRNA;1497290;22;;atc
;tRNA;1497390;194;;gca
23s;rRNA;1497660;152;;
5s;rRNA;1500801;75;;
fin;CDS;1500993;;comp;
deb;CDS;1508769;3;;
;tRNA;1509186;60;;cag
;tRNA;1509320;130;;gag
fin;CDS;1509525;;comp;
deb;CDS;1690794;9;;
;tRNA;1691085;96;;gcc
fin;CDS;1691254;;comp;
deb;CDS;1818424;110;;
;tRNA;1819377;53;;atgf
fin;CDS;1819507;;;
deb;CDS;1968293;141;;
;regulatory;1969289;108;;
fin;CDS;1969480;;;
deb;CDS;2235017;38;;
;tRNA;2235670;77;;gtc
fin;CDS;2235819;;;
deb;CDS;2313926;38;;
;tRNA;2314981;92;comp;tga
fin;CDS;2315172;;comp;
deb;CDS;2335260;406;comp;
;tRNA;2337031;222;comp;atgj
fin;CDS;2337327;;;
deb;CDS;2375620;53;;
;tRNA;2376009;437;;gtg
fin;CDS;2376518;;;
deb;CDS;2429105;190;;
;tRNA;2429718;111;comp;acg
fin;CDS;2429902;;;
deb;CDS;2623487;62;comp;
;tRNA;2623942;15;comp;tgg
fin;CDS;2624033;;comp;
deb;CDS;2624207;65;comp;
;tRNA;2625463;22;comp;acc
;tRNA;2625558;63;comp;gga
;tRNA;2625697;46;comp;tac
;tRNA;2625826;105;comp;aca
fin;CDS;2626004;;comp;
deb;CDS;2652965;124;comp;
;tRNA;2653452;100;;ttg
fin;CDS;2653636;;;
deb;CDS;2680375;91;;
;tRNA;2680790;110;;ctc
fin;CDS;2680982;;comp;
deb;CDS;2747439;94;;
;tRNA;2747806;106;comp;agg
fin;CDS;2747986;;comp;
deb;CDS;3027884;161;comp;
;tRNA;3029047;184;;aac
fin;CDS;3029307;;;
deb;CDS;3075187;167;comp;
5s;rRNA;3076236;152;comp;
23s;rRNA;3076505;194;comp;
;tRNA;3079688;22;comp;gca
;tRNA;3079786;187;comp;atc
16s;rRNA;3080051;590;comp;
fin;CDS;3082199;;comp;
deb;CDS;3143759;230;comp;
;tRNA;3144286;306;comp;aaa
fin;CDS;3144664;;comp;
deb;CDS;3155946;78;;
;tRNA;3156732;694;;gaa
fin;CDS;3157499;;;
deb;CDS;3253083;193;comp;
;tRNA;3253990;130;;cgg
fin;CDS;3254194;;;
deb;CDS;3372825;107;;
;tmRNA;3373094;219;;
fin;CDS;3373664;;;
deb;CDS;3793550;226;;
;tRNA;3793996;386;comp;ccg
fin;CDS;3794456;;comp;
deb;CDS;3805030;111;;
;tRNA;3806164;127;;tta
fin;CDS;3806377;;comp;
deb;CDS;3914337;81;comp;
;tRNA;3915708;63;comp;cta
fin;CDS;3915853;;;
deb;CDS;3919322;179;comp;
;tRNA;3920245;248;comp;aag
;tRNA;3920566;142;comp;aga
;tRNA;3920782;18;comp;cac
;tRNA;3920873;134;comp;cga
;tRNA;3921081;76;comp;cca
fin;CDS;3921231;;comp;
deb;CDS;4031625;149;;
;regulatory;4032113;67;;
fin;CDS;4032337;;;
deb;CDS;4120462;34;;
;tRNA;4121675;246;comp;ggc
fin;CDS;4121996;;;
deb;CDS;4164508;430;;
;ncRNA;4166687;43;comp;
fin;CDS;4167140;;comp;
deb;CDS;4193348;55;comp;
;ncRNA;4195209;68;comp;
;tRNA;4195371;278;comp;tcc
;tRNA;4195739;50;comp;tcg
fin;CDS;4195880;;comp;
deb;CDS;4454313;715;comp;
;tRNA;4456675;27;;tca
;tRNA;4456792;73;;agc
;tRNA;4456957;492;;cgt
fin;CDS;4457526;;;
&lt;/pre&gt;

====ade intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]]
*'''Intercalaires entre cds, Tableau'''
&lt;pre&gt;
ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;;
ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5
;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3
;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2
;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0
;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3
;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1
;'''total 4464;&lt;201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;89;680;1
4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1
3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1
4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1
3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2
3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1
2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2
4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2
1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0
427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0
540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0
1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1
1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1
4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1
4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1
104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1
4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1
1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1
2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1
2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0
3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0
494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0
3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1
4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0
1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1
3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0
4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0
3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0
3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0
2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1
1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0
4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1
3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0
1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0
4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1
4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0
;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0
;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0
;;36;13;300;20;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;22;1060;0
;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0
;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2
;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0
;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0
;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0
;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1
;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0
adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0
3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0
4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1
1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0
4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0
4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0
3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0
3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3
2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464
3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;;
1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;;
4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;;
1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;;
526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;;
1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;;
178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;;
4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;;
1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;;
1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;;
1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;;
3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;;
23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;;
157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;;
4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;;
3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;;
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&amp;-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&amp;2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&amp;218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&amp;149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;&gt;0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;&lt;0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;&gt;0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;&lt;0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14
continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102
;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713
&lt;/pre&gt;

====ade autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp
;&amp;tRNA;8147;44;;;;&amp;tRNA;1819377;53;;;;&amp;tRNA;3144286;306;comp
fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp
deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78;
;&amp;tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&amp;tRNA;3156732;694;
fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;;
deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp
;&amp;tRNA;433303;79;comp;;;&amp;tRNA;2235670;77;;;;&amp;tRNA;3253990;130;
fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;;
deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107;
;&amp;tRNA;666509;6;comp;;;&amp;tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219;
;&amp;tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;;
fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226;
deb;°CDS;691951;157;comp;;;&amp;tRNA;2337031;222;comp;;;&amp;tRNA;3793996;386;comp
;&amp;tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp
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;&amp;tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp
fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp
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;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;;
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;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&amp;tRNA;3920566;142;comp
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;&amp;tRNA;1057311;105;comp;;;&amp;tRNA;2625558;63;comp;;;&amp;tRNA;3921081;76;comp
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deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&amp;tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149;
;&amp;tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67;
fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;;
deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&amp;tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34;
;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&amp;tRNA;4121675;246;comp
fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;;
deb;°CDS;1441648;14;;;;&amp;tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430;
;&amp;tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp
fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp
deb;°CDS;1492304;691;;;;&amp;tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp
;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp
;&amp;tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&amp;tRNA;4195371;278;comp
;&amp;tRNA;1497390;194;;;;&amp;tRNA;3029047;184;;;;&amp;tRNA;4195739;50;comp
;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp
;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp
fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&amp;tRNA;4456675;27;
deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&amp;tRNA;4456792;73;
;&amp;tRNA;1509186;60;;;;&amp;tRNA;3079688;22;comp;;;&amp;tRNA;4456957;492;
;&amp;tRNA;1509320;130;;;;&amp;tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;;
fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;;
deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;91;;44;;3;15;deb;
;;;158;comp’;220;;9;36;&lt;201;20
;;;119;;79;;14;43;total;25
;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80%
;;;157;comp’;353;;38;50;;
;;;53;;36;;53;53;fin;
;;comp’;68;comp’;105;;53;76;&lt;201;16
;;;350;;105;;62;77;total;22
;;;14;;111;;65;79;taux;73%
;60;;3;comp’;130;;78;100;;
;;;9;comp’;96;;81;105;total;
;;;110;;53;;91;105;&lt;201;36
;;;38;;77;;91;106;total;47
;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77%
;;;406;comp’;222;;110;130;;
;;;53;;437;;111;184;;
;;comp’;190;comp’;111;;119;219;;
;;;62;;15;;157;306;;
;22 63 46;;65;;105;;158;386;;
;;comp’;124;;100;;179;437;;
;;;91;comp’;110;;230;492;;
;;comp’;94;;106;;350;694;;
;;comp’;161;;184;;406;-;;
;;;230;;306;;430;-;;
;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls
;;comp’;193;;130;;34;63;deb;
;;;107;;219;;68;92;&lt;201;7
;;comp’;226;;386;;94;96;total;9
;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78%
;;;81;comp’;63;;161;110;fin;
;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;&lt;201;9
;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13
;;;430;;43;;226;130;taux;69%
;278;;;;50;;715;156;;
;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total;
;;;;;;;-;222;&lt;201;16
;;;;;;;-;246;total;22
;;;;;;;-;353;taux;73%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;25;54;;;;;;;
total;34;35;69;;;;;;;
taux;85%;71%;78%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ade par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;
&lt;/pre&gt;
====delta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est  22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670
&lt;/pre&gt;

====ade remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]]
*code génétique ade
&lt;pre&gt;
ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

==epsilon==
===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299===
====ant opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]]
*notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX&quot;;*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*
&lt;/pre&gt;

====ant cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]]
*Notes: * pour les jaunes
&lt;pre&gt;
ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132
&lt;/pre&gt;

====ant blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant remarques====
====ant distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]]
*Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste &gt;1aa. aac est un double.
&lt;pre&gt;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55
&lt;/pre&gt;

====ant données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca
1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac
;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta
;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc
;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa
;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa
1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac
;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj
;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;
;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;;
6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;;
6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;;
2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;
;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;;
;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ant autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ant;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;167574;66;;
;tRNA;168501;447;;cga
fin;CDS;169025;;;
deb;CDS;237275;305;;
16s;rRNA;237928;111;;
;tRNA;239556;19;;atc
;tRNA;239652;301;;gca
23s;rRNA;240029;202;;
5s;rRNA;243148;354;;
fin;CDS;243618;;comp;
deb;CDS;302333;155;comp;
;tRNA;303316;10;;cca
;tRNA;303404;16;;cac
;tRNA;303497;61;;aga
;tRNA;303635;96;;cta
;tRNA;303816;70;;atgf
fin;CDS;303963;;;
deb;CDS;316375;110;;
;tRNA;317454;109;;atgf
fin;CDS;317640;;;
deb;CDS;373519;120;;
;tRNA;375862;5;;ttc
;tRNA;375943;65;;tac
fin;CDS;376093;;;
deb;CDS;597419;47;;
;tRNA;598534;208;;ttg
fin;CDS;598827;;;
deb;CDS;751446;73;comp;
;tRNA;753064;16;comp;gac
;tRNA;753157;3;comp;gta
;tRNA;753236;31;comp;gaa
;tRNA;753342;8;comp;aaa
;tRNA;753426;22;comp;gac
;tRNA;753525;3;comp;gta
;tRNA;753604;42;comp;gaa
;tRNA;753721;40;comp;aaa
fin;CDS;753837;;comp;
deb;CDS;833388;142;comp;
;tRNA;834121;93;comp;ctc
fin;CDS;834298;;comp;
deb;CDS;1445917;93;;
;tRNA;1449916;270;;gaa
fin;CDS;1450262;;;
deb;CDS;1615201;29;;
;tRNA;1615572;99;;gtc
fin;CDS;1615747;;;
deb;CDS;1703617;1;;
;tRNA;1703837;12;comp;atgf
;tRNA;1703926;117;comp;caa
fin;CDS;1704118;;;
deb;CDS;1907982;-5;;
;ncRNA;1908268;28;comp;
fin;CDS;1908619;;comp;
deb;CDS;2221719;242;comp;
;tRNA;2222768;33;comp;aac
;tRNA;2222876;72;comp;aac
fin;CDS;2223023;;comp;
deb;CDS;2282678;349;comp;
;tRNA;2283792;81;comp;tcc
;tRNA;2283962;39;comp;gga
;tRNA;2284078;15;comp;atgi
;tRNA;2284170;102;comp;agc
fin;CDS;2284362;;comp;
deb;CDS;2323802;12;;
;tRNA;2324879;167;comp;acc
5s;rRNA;2325122;202;comp;
23s;rRNA;2325440;300;comp;
;tRNA;2328657;19;comp;gca
;tRNA;2328752;111;comp;atc
16s;rRNA;2328940;378;comp;
fin;CDS;2330835;;comp;
deb;CDS;2425110;353;;
;tmRNA;2427398;181;comp;
fin;CDS;2427974;;comp;
deb;CDS;2581821;192;comp;
;tRNA;2583033;45;comp;tgc
;tRNA;2583154;16;comp;tca
;tRNA;2583259;143;comp;tta
fin;CDS;2583489;;;
deb;CDS;2637277;81;comp;
;tRNA;2637541;31;comp;tgg
fin;CDS;2637648;;comp;
deb;CDS;2637824;240;comp;
;tRNA;2639273;8;comp;gga
;tRNA;2639358;69;comp;tac
;tRNA;2639512;21;comp;aca
;tRNA;2639610;41;comp;ttc
fin;CDS;2639727;;comp;
deb;CDS;2656033;231;;
5s;rRNA;2656495;223;comp;
23s;rRNA;2656834;301;comp;
;tRNA;2660052;19;comp;gca
;tRNA;2660147;111;comp;atc
16s;rRNA;2660335;292;comp;
fin;CDS;2662144;;comp;
deb;CDS;2693436;95;;
;tRNA;2695547;16;;caa
;tRNA;2695638;7;;tta
;tRNA;2695732;14;;gga
;tRNA;2695823;16;;aaa
;tRNA;2695915;14;;atgf
;tRNA;2696006;12;;atgj
;tRNA;2696095;30;;aca
;tRNA;2696202;90;;tca
fin;CDS;2696381;;;
deb;CDS;2739487;88;comp;
;Regulatory;2740208;48;comp;
fin;CDS;2740399;;comp;
deb;CDS;2825449;163;;
;repeat_region;2825927;233;;
fin;CDS;2827303;;;
deb;CDS;3082950;143;;
;tRNA;3083318;173;comp;acc
5s;rRNA;3083567;202;comp;
23s;rRNA;3083885;273;comp;
;tRNA;3087075;19;comp;gca
;tRNA;3087170;111;comp;atc
16s;rRNA;3087358;462;comp;
fin;CDS;3089337;;;
&lt;/pre&gt;

====ant intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;;
ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762
;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65
;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313
;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248
;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182
;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100
;'''total 3095;&lt;201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;Cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;51
184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36
2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34
710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33
982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45
3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47
1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44
2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60
269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42
1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54
1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49
1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56
2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56
2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31
1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47
997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38
1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34
1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45
606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31
1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35
1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27
792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33
2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24
949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24
2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24
2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21
2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32
3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16
2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4
27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15
1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15
715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15
2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15
1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14
1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12
;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11
;;34;6;280;9;;total;827;210;9
;;35;7;290;5;;;;215;10
;;36;6;300;12;;'''intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;8
;;37;7;310;5;;600;3070;225;5
;;38;6;320;3;;620;3;230;8
;;39;°9;330;7;;640;2;235;6
;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10
;;;1246;350;2;150;680;1;245;6
;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3
;;;;370;2;;720;2;255;7
;;;;380;1;;740;1;260;6
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5
3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4
2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5
1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4
1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3
2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2
641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5
1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7
3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1
542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4
2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3
907463;-38;;;500;1;;980;;320;0
984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3
1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4
1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3
1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1
2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0
3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2
531215;-32;;;570;1;;;;355;2
642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1
1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1
2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1
2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58
3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;&gt;0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;&lt;0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;&gt;0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;&lt;0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;;
comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1
continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83
Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679
&lt;/pre&gt;

====ant autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp
;&amp;tRNA;168501;447;;;;&amp;tRNA;1449916;270;;;;&amp;tRNA;2637541;31;comp
fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp
deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp
;$rRNA;237928;111;;;;&amp;tRNA;1615572;99;;;;&amp;tRNA;2639273;8;comp
;&amp;tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&amp;tRNA;2639358;69;comp
;&amp;tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&amp;tRNA;2639512;21;comp
;$rRNA;240029;202;;;;&amp;tRNA;1703837;12;comp;;;&amp;tRNA;2639610;41;comp
;$rRNA;243148;354;;;;&amp;tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp
fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231;
deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp
;&amp;tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp
;&amp;tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&amp;tRNA;2660052;19;comp
;&amp;tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&amp;tRNA;2660147;111;comp
;&amp;tRNA;303635;96;;;;&amp;tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp
;&amp;tRNA;303816;70;;;;&amp;tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp
fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95;
deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&amp;tRNA;2695547;16;
;&amp;tRNA;317454;109;;;;&amp;tRNA;2283792;81;comp;;;&amp;tRNA;2695638;7;
fin;°CDS;317640;;;;;&amp;tRNA;2283962;39;comp;;;&amp;tRNA;2695732;14;
deb;°CDS;373519;120;;;;&amp;tRNA;2284078;15;comp;;;&amp;tRNA;2695823;16;
;&amp;tRNA;375862;5;;;;&amp;tRNA;2284170;102;comp;;;&amp;tRNA;2695915;14;
;&amp;tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&amp;tRNA;2696006;12;
fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&amp;tRNA;2696095;30;
deb;°CDS;597419;47;;;;&amp;tRNA;2324879;167;comp;;;&amp;tRNA;2696202;90;
;&amp;tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;;
fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp
deb;°CDS;751446;73;comp;;;&amp;tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp
;&amp;tRNA;753064;16;comp;;;&amp;tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp
;&amp;tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163;
;&amp;tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233;
;&amp;tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;;
;&amp;tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143;
;&amp;tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&amp;tRNA;3083318;173;comp
;&amp;tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp
;&amp;tRNA;753721;40;comp;;;&amp;tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp
fin;°CDS;753837;;comp;;;&amp;tRNA;2583154;16;comp;;;&amp;tRNA;3087075;19;comp
deb;°CDS;833388;142;comp;;;&amp;tRNA;2583259;143;comp;;;&amp;tRNA;3087170;111;comp
;&amp;tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp
fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;;
&lt;/pre&gt;
====ant intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;66;;447;;29;31;'''deb;
;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;&lt;201;11
;;;110;;109;;66;41;total;14
;5;;120;;65;;73;65;taux;79%
;;;47;;208;;81;70;'''fin;
;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;&lt;201;12
;;;142;;93;;95;90;total;15
;;;93;;270;;110;93;taux;80%
;;;29;;99;;120;99;'''total;
;12;comp’;1;;117;;142;102;&lt;201;23
;33;;242;;73;;192;109;total;29
;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79%
;;comp’;12;;;;242;208;;
;45 16;;192;comp’;143;;349;270;;
;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls
;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100%
;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100%
;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100%
;;;;;;;155;-;;
;;;;;;;;;;
comp’+continu;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;15;13;28;;;;;;;
total;18;16;34;;;;;;;
%;83%;81%;82%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;
&lt;/pre&gt;

====epsilon, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est  13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676
&lt;/pre&gt;
===pub===
====pub opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====pub cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]]
&lt;pre&gt;
pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134
&lt;/pre&gt;
====pub blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*
&lt;/pre&gt;

====pub distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;&gt;1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29
&lt;/pre&gt;
====pub données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;
5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;;
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;43;80;22;75;446;;
;3;40;19;30;4;5;25;-5;1;1;7;5;5s CDS;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;1;1;26;2;52;;
;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;;
1;1;80;15;14;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;4;31;5;101;149;;
2;0;110;6;6;11;3;5;-12;3;1;6;19;tRNA tRNA;;intra
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;;
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;;
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;;
;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;;
22;28;total;235;599;total;236;600;-43;1;0;;;;;
20;28;diagr;218;537;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;222;92;13;327;;;-49;0;0;;;;;
;c;541;381;58;980;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;1386;;total;92;381;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pub autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pub;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9267;4;comp;
;tmRNA;10219;-2;;
fin;CDS;10519;;comp;
deb;CDS;38328;255;comp;
;ncRNA;39051;42;comp;
fin;CDS;39448;;comp;
deb;CDS;41060;20;;
;tRNA;41674;66;comp;atgi
;tRNA;41817;8;comp;gtc
fin;CDS;41900;;comp;
deb;CDS;114873;3;comp;
;tRNA;116151;32;comp;caa
fin;CDS;116257;;comp;
deb;CDS;319204;22;comp;
;tRNA;319571;97;comp;ggc
fin;CDS;319743;;;
deb;CDS;407852;68;comp;
;tRNA;408517;7;;ttg
fin;CDS;408609;;;
deb;CDS;414886;26;comp;
;tRNA;415434;75;comp;cgt
fin;CDS;415586;;;
deb;CDS;438405;2;;
;tRNA;440216;5;;tcc
fin;CDS;440311;;comp;
deb;CDS;461643;2;;
;tRNA;462365;101;comp;acc
fin;CDS;462540;;;
deb;CDS;466335;5;;
;tRNA;466556;88;;ttc
deb;CDS;466720;235;;
;tRNA;467168;5;;cac
fin;CDS;467248;;;
deb;CDS;496262;70;comp;
;regulatory;498528;91;comp;
fin;CDS;498707;;;
deb;CDS;509729;330;comp;
16s;rRNA;511358;98;;1475
;tRNA;512931;9;;atc
;tRNA;513017;149;;gca
;rRNA;513242;446;;2754
fin;CDS;516442;;;
deb;CDS;563601;52;;
;rRNA;564532;13;;115
fin;CDS;564660;;;
deb;CDS;567715;18;;
;tRNA;568432;6;comp;atgf
fin;CDS;568515;;comp;
deb;CDS;593396;23;comp;
;tRNA;594400;16;;cga
fin;CDS;594493;;comp;
deb;CDS;648881;24;;
;regulatory;649787;77;;
fin;CDS;649954;;;
deb;CDS;731869;9;comp;
;regulatory;732787;88;comp;
fin;CDS;732939;;comp;
deb;CDS;785951;32;;
;regulatory;786499;-13;;
fin;CDS;786575;;;
deb;CDS;842772;101;comp;
;tRNA;843125;16;;cta
fin;CDS;843226;;;
deb;CDS;846722;49;;
;tRNA;849156;13;;gta
;tRNA;849245;88;;gac
fin;CDS;849410;;;
deb;CDS;934654;31;;
;tRNA;936095;170;;aga
fin;CDS;936342;;;
deb;CDS;941232;19;;
;tRNA;942409;52;comp;aac
;tRNA;942537;128;comp;tgc
fin;CDS;942739;;;
deb;CDS;970015;200;;
;tRNA;971328;20;;aaa
fin;CDS;971424;;comp;
deb;CDS;975062;0;;
;tRNA;975329;92;comp;tca
fin;CDS;975511;;;
deb;CDS;985615;93;comp;
;tRNA;986221;4;;cca
fin;CDS;986302;;;
deb;CDS;988522;50;;
;tRNA;990267;23;;gaa
fin;CDS;990365;;;
deb;CDS;1005217;139;comp;
;regulatory;1005818;4;;
fin;CDS;1005891;;;
deb;CDS;1029539;0;;
;tRNA;1031753;68;comp;agc
fin;CDS;1031913;;;
deb;CDS;1085222;19;comp;
;tRNA;1085433;7;comp;tgg
deb;CDS;1085516;47;comp;
;tRNA;1086754;46;comp;gga
;tRNA;1086874;131;comp;tac
deb;CDS;1087091;33;;
;tRNA;1087868;4;;aca
deb;CDS;1087948;4;comp;
;tRNA;1088732;79;comp;tta
fin;CDS;1088896;;comp;
deb;CDS;1125607;4;comp;
;regulatory;1126163;3;comp;
deb;CDS;1126231;66;comp;
;regulatory;1127359;295;comp;
fin;CDS;1127719;;comp;
deb;CDS;1165696;141;;
;tRNA;1166596;64;comp;atgj
fin;CDS;1166737;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pub intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;;
pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473
;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71
;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228
;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67
;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35
;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31
;'''total 1307;&lt;201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;16
73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26
999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23
1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33
537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16
1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23
1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25
193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15
398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13
408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17
762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12
1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10
338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14
997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7
334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9
675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8
1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4
627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9
1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8
79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7
807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6
58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5
1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5
761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1
782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5
612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2
351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5
838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3
744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2
166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4
625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1
164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6
217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1
1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4
798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1
422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1
288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1
560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0
262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3
469675;181;37;5;310;1;;;;225;2
832239;177;38;2;320;2;;;;230;1
939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0
;;40;3;340;1;;;;240;1
;;reste;308;350;0;;;;245;0
;;total;1307;360;1;;;;250;1
;;;;370;0;;;;255;1
;;;;380;0;;;;260;0
;;;;390;0;;;;265;0
;;;;400;0;;;;270;1
;;;;410;1;;;;275;0
;;;;420;0;;;;280;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1
817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0
410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0
1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0
474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1
682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0
1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0
1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2
584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0
707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0
802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1
1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0
279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0
1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0
928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0
803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1
1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0
429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0
992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8
1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&amp;-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&amp;-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&amp;308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&amp;117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;&gt;0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;&lt;0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;&gt;0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;&lt;0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90
continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92
;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381
&lt;/pre&gt;

====pub autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200;
;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&amp;tRNA;971328;20;
fin;°CDS;10519;;comp;;;&amp;tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp
deb;°CDS;38328;255;comp;;;&amp;tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0;
;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&amp;tRNA;975329;92;comp
fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;;
deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp
;&amp;tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&amp;tRNA;986221;4;
;&amp;tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;;
fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50;
deb;°CDS;114873;3;comp;;;&amp;tRNA;568432;6;comp;;;&amp;tRNA;990267;23;
;&amp;tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;;
fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp
deb;°CDS;319204;22;comp;;;&amp;tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4;
;&amp;tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;;
fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0;
deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&amp;tRNA;1031753;68;comp
;&amp;tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;;
fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp
deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&amp;tRNA;1085433;7;comp
;&amp;tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp
fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&amp;tRNA;1086754;46;comp
deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&amp;tRNA;1086874;131;comp
;&amp;tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33;
fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&amp;tRNA;1087868;4;
deb;°CDS;461643;2;;;;&amp;tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp
;&amp;tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&amp;tRNA;1088732;79;comp
fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp
deb;°CDS;466335;5;;;;&amp;tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp
;&amp;tRNA;466556;88;;;;&amp;tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp
deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp
;&amp;tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp
fin;°CDS;467248;;;;;&amp;tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp
deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141;
;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&amp;tRNA;1166596;64;comp
fin;°CDS;498707;;;;;&amp;tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp
;;;;;;;&amp;tRNA;942537;128;comp;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====pub intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;comp’;20;;8;;2;4;deb;
;9;;3;;32;;3;5;&lt;201;13
;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14
comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93%
;46;;26;comp’;75;;19;7;fin;
;;;2;comp’;5;;22;8;&lt;201;14
;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14
;;;5;;88;;31;23;taux;100%
;;;235;;5;;33;32;total;
;;comp’;18;;6;;47;64;&lt;201;27
;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28
;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96%
;;;49;;88;;200;88;;
;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls
;;comp’;19;comp’;128;;0;4;;
;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11
;;comp’;0;comp’;92;;2;16;&lt;201;100%
;;comp’;93;;4;;18;20;;
;;;50;;23;;19;68;fin;11
;;comp’;0;comp’;68;;20;75;&lt;201;100%
;;;19;;7;;23;92;;
;;;47;comp’;131;;68;97;total;
;;;33;comp’;4;;93;101;&lt;201;22
;;;4;;79;;101;128;total;22
;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;24;25;49;;;;;
;;total;25;25;50;;;;;
;;taux;96%;100%;98%;;;;;
&lt;/pre&gt;

==actino==
===Actinoplanes sp. SE50/110===
====ase opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;;
;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;;
;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;;
;;;;;;;;;;;
;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;;
;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;;
;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;;
;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;;
comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;;
;;;;;;;;;;;
comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;;
comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;;
;46588..47385;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;;
;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;;
;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;;
;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;;
;574910..576340;;CDS;;;;;;477;;
;;;;;;;;;;;
comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;;
comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;;
comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;;
comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;;
comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;;
comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;;
comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;;
;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;;
;165134..166444;;CDS;;;;;;437;;
;;;;;;;;;;;
comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;;
;458877..458950;;acg;;74;74;;;;;
comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;;
;;;;;;;;;;;
;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;;
;628439..628515;;gac;;5;5;;;;;
comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;;
;;;;;;;;;;;
;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;;
;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;;
comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;;
;;;;;;;;;;;
;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;;
comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;;
;749000..749491;;CDS;;;;;;164;;
;;;;;;;;;;;
;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;;
;754798..754873;;acc;;44;;44;;;;
;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;;
;755129..755296;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;;
;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;;
;756480..756857;;CDS;;;;;;126;;
;;;;;;;;;;;
;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;;
;942060..942142;;tta;;221;221;;;;;
;942364..943218;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;;
comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;;
comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;;
;;;;;;;;;;;
;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;;
comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;;
comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;;
;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;;
comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;;
;;;;;;;;;;;
comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;;
;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;;
;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;;
comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;;
;;;;;;;;;;;
;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;;
comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;;
comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;;
;;;;;;;;;;;
comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;;
comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;;
;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;;
;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;;
;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;;
;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;;
;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;;
comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;;
;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;;
;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;;
;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;;
&lt; comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;;
;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;;
&lt;&gt;;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;;
;;;;;;;;;;;
comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;;
comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;;
;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;;
comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;;
;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;;
;;;;;;;;;;;
comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;;
;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;;
;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;;
;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;;
comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;;
;;;;;;;;;;;
comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;;
comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;;
comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;;
comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;;
comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;;
comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;;
;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;;
;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;;
comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;;
;;;;;;;;;;;
;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;;
comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;;
comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;;
comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;;
comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;;
comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;;
comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;;
comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;;
comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;;
comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;;
comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;;
;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;;
;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;;
;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;;
;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;;
;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;;
;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;;
;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;;
;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;;
;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;;
;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;;
;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;;
;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;;
;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;;
;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;;
;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;;
;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;;
;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;;
;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;;
;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;;
;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;;
;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;;
;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;;
;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;;
;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;;
;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;;
;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;;
;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;;
;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;;
;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;;
;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;;
;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;;
comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;;
;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;;
;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;;
;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;;
comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;;
comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;;
;;;;;;;;;;;
comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;;
comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;;
comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;;
comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;;
comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;;
;;;;;;;;;;;
;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;;
comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;;
comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;;
;;;;;;;;;;;
;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;;
comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;;
comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;;
comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;;
comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;;
comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;;
comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;;
;;;;;;;;;;;
;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;;
comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;;
;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;;
;;;;;;;;;;;
;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;;
comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;;
comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;;
comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;;
comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;;
;;;;;;;;;;;
;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;;
;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;;
comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;;
comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;;
comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;;
;;;;;;;;;;;
comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;;
comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;;
comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;;
;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;;
comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;;
;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;
&lt;/pre&gt;

====ase cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]]
&lt;pre&gt;
ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62
&lt;/pre&gt;

====ase blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]]
&lt;pre&gt;
ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773
&lt;/pre&gt;
====ase remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]]
====ase distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt
1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag
;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf
1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc
2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac
;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc
1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg
1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other
;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg
5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc
1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc
1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc
1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag
;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag
2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;;
;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;;
;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;;
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;;
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;;
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;;
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;;
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;;
;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;;
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;;
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;;
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;;
;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;;
;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;;
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;;
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;;
;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;;
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;;
8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;;
41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;;
32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;
2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;
;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;
;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;
;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ase autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ase;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;12497;78;;
;tRNA;13471;245;;atc
;tRNA;13790;202;;gca
fin;CDS;14065;;comp;
deb;CDS;45153;279;comp;
;tRNA;46248;257;comp;ctg
fin;CDS;46588;;;
deb;CDS;65469;387;comp;
;tRNA;66711;151;comp;ggg
fin;CDS;66936;;comp;
deb;CDS;145264;595;comp;
;tRNA;146168;15;comp;ttc
;tRNA;146260;62;comp;gac
;tRNA;146396;338;comp;gaa
fin;CDS;146807;;comp;
deb;CDS;153733;555;;
;rRNA;155650;345;;16s
;rRNA;157512;105;;23s
;rRNA;160691;377;;5s
fin;CDS;161185;;comp;
deb;CDS;164168;92;;
;tRNA;164809;274;;aaa
fin;CDS;165158;;;
deb;CDS;261106;434;;
;tRNA;262062;817;;aaa
fin;CDS;262948;;;
deb;CDS;457033;185;comp;
;tRNA;458877;74;;acg
fin;CDS;459025;;comp;
deb;CDS;568633;491;;
;rRNA;569499;345;;16s
;rRNA;571360;114;;23s
;rRNA;574548;245;;5s
fin;CDS;574910;;;
deb;CDS;627485;42;;
;tRNA;628439;8;;gac
fin;CDS;628521;;comp;
deb;CDS;643285;1343;;
;tRNA;645777;459;;agg
fin;CDS;646309;;comp;
deb;CDS;747348;430;;
;tRNA;748768;148;comp;tac
fin;CDS;749000;;;
deb;CDS;752175;94;;
;tRNA;754798;47;;acc
;tRNA;754918;138;;atgj
fin;CDS;755129;;;
deb;CDS;755829;79;;
;tRNA;756304;103;;tgg
fin;CDS;756480;;;
deb;CDS;940643;55;;
;tRNA;942060;221;;tta
fin;CDS;942364;;;
deb;CDS;1120784;33;;
;tmRNA;1121477;553;;
fin;CDS;1122412;;comp;
deb;CDS;1155560;203;comp;
;tRNA;1156105;89;comp;gcc
fin;CDS;1156267;;comp;
deb;CDS;1222705;262;;
;tRNA;1223897;244;comp;cta
fin;CDS;1224225;;comp;
deb;CDS;1237525;91;;
;tRNA;1238207;54;;cac
fin;CDS;1238337;;comp;
deb;CDS;1248040;132;comp;
;tRNA;1249399;118;;aag
;tRNA;1249593;-12;;aag
fin;CDS;1249654;;comp;
deb;CDS;1335812;296;;
;tRNA;1336393;13;comp;aga
fin;CDS;1336479;;comp;
deb;CDS;1399552;373;comp;
;tRNA;1400450;130;comp;gga
;tRNA;1400651;38;;cca
fin;CDS;1400763;;;
deb;CDS;1406634;585;comp;
;rRNA;1407435;344;;16s
;rRNA;1409295;105;;23s
;rRNA;1412474;122;;5s
fin;CDS;1412713;;comp;
deb;CDS;1519931;217;comp;
;tRNA;1520472;315;;aac
fin;CDS;1520860;;;
deb;CDS;1522138;47;;
;tRNA;1522359;827;;atgi
fin;CDS;1523260;;comp;
deb;CDS;1604562;38;;
;tRNA;1605065;1132;;gta
fin;CDS;1606269;;;
deb;CDS;1618796;261;comp;
;ncRNA;1619690;61;comp;
fin;CDS;1620155;;;
deb;CDS;1935668;362;comp;
;tRNA;1936828;131;comp;ttg
fin;CDS;1937036;;;
deb;CDS;2434657;19;;
;tRNA;2435579;151;comp;ctc
fin;CDS;2435813;;;
deb;CDS;2570204;793;comp;
;rRNA;2571618;352;;16s
;rRNA;2573486;100;;23s
;rRNA;2576661;247;;5s
fin;CDS;2577025;;comp;
deb;CDS;4900233;19;comp;
;tRNA;4901800;29;comp;tgc
;tRNA;4901908;19;comp;gcg
deb;CDS;4902001;23;comp;
;tRNA;4902345;31;comp;gac
fin;CDS;4902449;;comp;
deb;CDS;4989030;22;;
;tRNA;4989784;278;;other
fin;CDS;4990157;;comp;
deb;CDS;5443888;409;;
;tRNA;5444936;20;;ctc
;tRNA;5445030;32;;tac
fin;CDS;5445144;;comp;
deb;CDS;6208479;104;;
;tRNA;6209594;9;comp;cgg
;tRNA;6209676;17;comp;cca
;tRNA;6209767;5;comp;agc
;tRNA;6209865;4;comp;ctg
;tRNA;6209944;11;comp;cag
;tRNA;6210027;4;comp;ggc
;tRNA;6210105;3;comp;cgt
;tRNA;6210181;43;comp;gcc
;tRNA;6210298;345;comp;tgg
fin;CDS;6210715;;comp;
deb;CDS;6288256;317;comp;
;tRNA;6290910;43;comp;tga
fin;CDS;6291049;;;
deb;CDS;6397947;699;;
;tRNA;6399123;199;;tgg
;tRNA;6399396;157;;ggg
;tRNA;6399626;64;;gcc
;tRNA;6399763;81;;gag
;tRNA;6399916;141;;gga
;tRNA;6400131;144;;caa
;tRNA;6400352;1;;ttg
;tRNA;6400428;5;;acc
;tRNA;6400506;34;;ggc
deb;CDS;6400612;35;;
;tRNA;6401091;110;;cag
;tRNA;6401274;4;;ctc
;tRNA;6401352;1;;acg
;tRNA;6401429;5;;ctg
;tRNA;6401509;30;;gcg
;tRNA;6401615;5;;gac
;tRNA;6401692;1;;agc
;tRNA;6401781;6;;atc
;ncRNA;6401861;7;;
;tRNA;6402235;97;;cgt
;tRNA;6402407;14;;aag
;tRNA;6402492;11;;aga
;tRNA;6402577;1;;aaa
;tRNA;6402652;1;;atgf
;tRNA;6402729;1;;gtc
;tRNA;6402806;5;;gaa
;tRNA;6402885;44;;aac
;tRNA;6403003;1;;tcc
;tRNA;6403090;2;;gtg
;tRNA;6403166;96;;cac
;tRNA;6403333;411;;other
fin;CDS;6403817;;comp;
deb;CDS;6543191;412;;
;tRNA;6544032;152;;ctg
;tRNA;6544259;380;;gca
deb;CDS;6544712;113;;
;tRNA;6546031;178;;gac
fin;CDS;6546284;;;
deb;CDS;6934653;69;;
;tRNA;6935889;51;comp;ccc
fin;CDS;6936014;;comp;
deb;CDS;6991353;983;comp;
;rRNA;6992612;176;comp;5s
;rRNA;6992905;344;comp;23s
;rRNA;6996322;530;comp;16s
fin;CDS;6998368;;comp;
deb;CDS;7455514;167;;
;tRNA;7456776;55;comp;gtg
fin;CDS;7456903;;comp;
deb;CDS;7481701;83;;
;rRNA;7484073;175;comp;5s
;rRNA;7484365;352;comp;23s
;rRNA;7487790;799;comp;16s
fin;CDS;7490105;;comp;
deb;CDS;7670534;136;;
;tRNA;7671789;18;comp;gtc
;tRNA;7671882;38;comp;tgc
;tRNA;7671991;116;comp;ggc
fin;CDS;7672180;;comp;
deb;CDS;7710075;136;;
;tRNA;7711330;28;comp;gtc
;tRNA;7711433;38;comp;tgc
;tRNA;7711542;112;comp;ggc
fin;CDS;7711727;;;
deb;CDS;8111157;546;;
;tRNA;8112390;532;comp;gag
;tRNA;8112998;57;comp;gag
;tRNA;8113128;451;comp;cag
fin;CDS;8113651;;comp;
deb;CDS;8275151;65;;
;tRNA;8275876;419;;cgg
fin;CDS;8276367;;comp;
deb;CDS;8391343;135;comp;
;tRNA;8392786;296;comp;atgf
fin;CDS;8393159;;comp;
deb;CDS;8397029;599;comp;
;tRNA;8399713;71;comp;atgf
fin;CDS;8399858;;comp;
deb;CDS;8601686;81;comp;
;tRNA;8603210;37;comp;caa
fin;CDS;8603318;;comp;
deb;CDS;8623005;64;;
;tRNA;8623795;171;comp;gcg
fin;CDS;8624043;;comp;
deb;CDS;8821061;136;comp;
;tRNA;8822283;175;;aca
fin;CDS;8822532;;comp;
deb;CDS;8945870;190;;
;tRNA;8946954;204;;ccg
fin;CDS;8947235;;comp;
deb;CDS;8963177;104;comp;
;ncRNA;8966809;83;comp;
;tRNA;8966988;273;;tcc
fin;CDS;8967346;;comp;
deb;CDS;8969168;91;;
;tRNA;8969592;116;comp;tcg
fin;CDS;8969798;;;
deb;CDS;9077764;329;;
;tRNA;9079185;370;comp;cgt
fin;CDS;9079627;;comp;
deb;CDS;9084051;524;comp;
;tRNA;9087239;40;comp;cgt
;tRNA;9087352;408;comp;agc
fin;CDS;9087851;;;
deb;CDS;9100587;77;comp;
;tRNA;9101627;1017;;tca
fin;CDS;9102729;;comp;
&lt;/pre&gt;

====ase intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;;
ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9
;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10
;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11
;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9
;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8
;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5
;'''total 8197;&lt;201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7
3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2
5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3
9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4
5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4
6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4
2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5
7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6
355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4
6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5
744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3
7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4
713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5
56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3
7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5
1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3
6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5
3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3
6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1
7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4
4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4
3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4
1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1
8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1
8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1
5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1
1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1
9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2
3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0
1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7
6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0
3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3
6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4
8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0
5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1
204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1
6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2
;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3
;;36;26;300;51;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequence5;220;40;1060;2
;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0
;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0
;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3
;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0
;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1
;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1
;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1
;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0
1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0
1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0
3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2
5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1
2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1
7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42
2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197
3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;;
1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;;
1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;;
2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;;
5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;;
4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;;
5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;;
3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;;
5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;;
6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;;
9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;;
594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;;
6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;;
323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;;
1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;;
5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;;
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&amp;-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&amp;-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&amp;184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&amp;141;51; -;827;poly;149;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;&gt;0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;&lt;0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;&gt;0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;&lt;0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0
220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1
240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1
260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0
270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0
280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1
290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0
300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0
310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1
320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0
330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0
340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0
350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1
360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0
370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0
380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1
390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0
400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1
reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0
total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0
diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2
 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1
 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7
;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49
continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total
;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53
;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28
&lt;/pre&gt;

====ase autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412;
;&amp;tRNA;13471;245;;;;&amp;tRNA;1520472;315;;;;&amp;tRNA;6544032;152;
;&amp;tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&amp;tRNA;6544259;380;
fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113;
deb;°CDS;45153;279;comp;;;&amp;tRNA;1522359;827;;;;&amp;tRNA;6546031;178;
;&amp;tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;;
fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69;
deb;°CDS;65469;387;comp;;;&amp;tRNA;1605065;1132;;;;&amp;tRNA;6935889;51;comp
;&amp;tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp
fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp
deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp
;&amp;tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp
;&amp;tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp
;&amp;tRNA;146396;338;comp;;;&amp;tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp
fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167;
deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&amp;tRNA;7456776;55;comp
;$rRNA;155650;345;;;;&amp;tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp
;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83;
;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp
fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp
deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp
;&amp;tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp
fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136;
deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&amp;tRNA;7671789;18;comp
;&amp;tRNA;262062;817;;;;&amp;tRNA;4901800;29;comp;;;&amp;tRNA;7671882;38;comp
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;&amp;tRNA;645777;459;;;;&amp;tRNA;6209676;17;comp;;;&amp;tRNA;8275876;419;
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;&amp;tRNA;748768;148;comp;;;&amp;tRNA;6209944;11;comp;;;&amp;tRNA;8392786;296;comp
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;&amp;tRNA;942060;221;;;;&amp;tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp
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;tmRNA;1121477;553;;;;&amp;tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp
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;&amp;tRNA;1156105;89;comp;;;&amp;tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp
fin;°CDS;1156267;;comp;;;&amp;tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp
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;&amp;tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&amp;tRNA;8966988;273;
fin;°CDS;1224225;;comp;;;&amp;tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp
deb;°CDS;1237525;91;;;;&amp;tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91;
;&amp;tRNA;1238207;54;;;;&amp;tRNA;6401352;1;;;;&amp;tRNA;8969592;116;comp
fin;°CDS;1238337;;comp;;;&amp;tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;;
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;&amp;tRNA;1249399;118;;;;&amp;tRNA;6401615;5;;;;&amp;tRNA;9079185;370;comp
;&amp;tRNA;1249593;-12;;;;&amp;tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp
fin;°CDS;1249654;;comp;;;&amp;tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp
deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&amp;tRNA;9087239;40;comp
;&amp;tRNA;1336393;13;comp;;;&amp;tRNA;6402235;97;;;;&amp;tRNA;9087352;408;comp
fin;°CDS;1336479;;comp;;;&amp;tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;;
deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&amp;tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp
;&amp;tRNA;1400450;130;comp;;;&amp;tRNA;6402577;1;;;;&amp;tRNA;9101627;1017;
;&amp;tRNA;1400651;38;;;;&amp;tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp
fin;°CDS;1400763;;;;;&amp;tRNA;6402729;1;;;;;;;
deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&amp;tRNA;6402806;5;;;;;;;
;$rRNA;1407435;344;;;;&amp;tRNA;6402885;44;;;;;;;
;$rRNA;1409295;105;;;;&amp;tRNA;6403003;1;;;;;;;
;$rRNA;1412474;122;;;;&amp;tRNA;6403090;2;;;;;;;
fin;°CDS;1412713;;comp;;;&amp;tRNA;6403166;96;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;6403333;411;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;245;;78;comp’;202;;19;13;;
;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb;
;;;387;;151;;23;31;&lt;201;18
;15;;595;;338;;35;34;total;32
;62;;;;;;38;37;taux;56%
;;;92;;274;;42;38;;
;;;434;;817;;47;51;'''fin;
;;comp’;185;comp’;74;;55;55;&lt;201;16
;;;42;comp’;8;;65;71;total;28
;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57%
;;comp’;430;comp’;148;;79;103;;
;47;;94;;138;;81;116;'''total;
;;;79;;103;;91;138;&lt;201;34
;;;55;;221;;92;151;total;60
;;;203;;89;;94;171;taux;57%
;;comp’;262;;244;;113;178;;
;;;91;comp’;54;;135;221;;
;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;;
;;comp’;296;;13;;203;274;;
comp’;130;;373;;38;;279;296;;
;;comp’;217;;315;;317;315;;
;;;47;comp’;827;;362;338;;
;;;38;;1132;;373;345;;
;;;362;comp’;131;;387;370;;
;;comp’;19;comp’;151;;409;380;;
;29;;19;;19;;412;451;;
;;;23;;31;;434;817;;
;;;22;comp’;278;;524;1132;;
;20;;409;comp’;32;;595;'''-;;
5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;;
3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;;
;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls
8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;;
7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb;
11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;&lt;201;12
;152;;412;;380;;77;43;total;18
;;;113;;178;;91;54;taux;67%
;;comp’;69;;51;;104;74;;
;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin;
;18 38;comp’;136;;116;;136;116;&lt;201;12
;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23
;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34%
;;;65;comp’;419;;167;151;;
;;;135;;296;;185;175;'''total;
;;;599;;71;;217;202;&lt;201;24
;;;81;;37;;262;204;total;41
;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59%
;;comp’;136;comp’;175;;329;273;;
;;;190;comp’;204;;430;278;;
;;;;comp’;273;;546;408;;
;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;;
;;comp’;329;;370;;'''-;419;;
;40;;524;comp’;408;;'''-;459;;
;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;;
;;;;;;;'''-;1017;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;30;28;58;;;;;;;
total;50;51;101;;;;;;;
taux;60%;55%;57%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===blo===
====blo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s  4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;
&lt;/pre&gt;

====blo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]]
&lt;pre&gt;
blo cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;4;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;1;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;7;
;max a;0;80;0;
;a doubles;0;100;2;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;41;160;0;
;1 aa;31;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;4;;0;
;total aas;55;;15;0
total aas;;55;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;41;
;;;variance;24;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;16;
&lt;/pre&gt;

====blo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]]
&lt;pre&gt;
blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120
&lt;/pre&gt;
====blo remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]]

====blo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;;
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;;
;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;;
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;;
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;;
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;;
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;;
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;;
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188;
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251;
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;;
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac
;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc
;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc
;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;
0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;
&lt;/pre&gt;
=====blo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;blo;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;54774;6;comp;
;regulatory;55434;84;comp;
fin;CDS;55670;;;
deb;CDS;114598;163;;
;tRNA;115187;231;;gta
fin;CDS;115492;;;
deb;CDS;139965;-10;comp;
;regulatory;140900;336;comp;
fin;CDS;141345;;;
deb;CDS;158126;618;;
;rRNA;159245;432;;16s
;rRNA;161203;170;;23s
;rRNA;164439;188;;5s
fin;CDS;164744;;comp;
deb;CDS;205431;187;;
;tmRNA;206548;238;;
deb;CDS;207183;-17;comp;
;tRNA;207388;154;comp;tgg
fin;CDS;207612;;comp;
deb;CDS;327271;8;;
;ncRNA;327873;493;comp;
fin;CDS;328741;;;
deb;CDS;381615;190;;
;tRNA;382849;43;comp;aac
;tRNA;382968;284;comp;aac
fin;CDS;383325;;;
deb;CDS;439838;-39;;
;tRNA;440078;558;comp;aac
fin;CDS;440709;;;
deb;CDS;502556;159;comp;
;tRNA;503549;27;;ggc
;tRNA;503649;41;;tgc
;tRNA;503761;48;;gtc
;tRNA;503881;31;;gtg
;tRNA;503985;148;;ggc
fin;CDS;504209;;;
deb;CDS;518814;64;;
;tRNA;521008;216;;ccc
fin;CDS;521298;;;
deb;CDS;647871;95;comp;
;tRNA;648764;60;;ctc
fin;CDS;648912;;;
deb;CDS;745690;187;comp;
;tRNA;747296;29;comp;cgt
;tRNA;747399;117;comp;cgt
fin;CDS;747590;;comp;
deb;CDS;774507;116;;
;tRNA;775646;94;;caa
fin;CDS;775811;;;
deb;CDS;777792;218;;
;tRNA;778709;89;;gcc
;tRNA;778871;206;;gcc
fin;CDS;779150;;;
deb;CDS;790385;272;;
;tRNA;793729;467;;cca
fin;CDS;794270;;;
deb;CDS;803537;67;comp;
;tRNA;804390;204;comp;ttg
fin;CDS;804668;;;
deb;CDS;840296;192;comp;
;tRNA;841058;158;comp;tta
fin;CDS;841295;;comp;
deb;CDS;884674;174;comp;
;regulatory;885043;70;comp;
fin;CDS;885217;;comp;
deb;CDS;902480;104;comp;
;regulatory;903184;90;comp;
fin;CDS;903379;;comp;
deb;CDS;935658;336;comp;
;tRNA;937056;149;;cac
fin;CDS;937281;;;
deb;CDS;980173;251;comp;
;tRNA;981180;76;comp;aga
fin;CDS;981330;;;
deb;CDS;1200444;288;comp;
;tRNA;1202433;87;;acg
;tRNA;1202593;192;;cta
fin;CDS;1202866;;;
deb;CDS;1206664;206;comp;
;tRNA;1208139;167;;acg
fin;CDS;1208379;;comp;
deb;CDS;1263240;256;comp;
;tRNA;1264393;48;comp;gtg
;tRNA;1264514;46;comp;gtc
;tRNA;1264632;193;comp;ggc
fin;CDS;1264898;;;
deb;CDS;1279836;365;comp;
;tRNA;1280591;97;comp;cgg
fin;CDS;1280764;;;
deb;CDS;1294216;215;comp;
;tRNA;1295466;433;;atgf
fin;CDS;1295976;;;
deb;CDS;1349627;113;comp;
;tRNA;1350001;199;comp;aag
fin;CDS;1350274;;comp;
deb;CDS;1387168;75;comp;
;tRNA;1388878;175;comp;aaa
fin;CDS;1389126;;;
deb;CDS;1408202;580;comp;
;tRNA;1410594;469;;tcc
fin;CDS;1411148;;comp;
deb;CDS;1424162;142;comp;
;tRNA;1424793;39;comp;cag
;tRNA;1424907;-8;comp;gag
fin;CDS;1424972;;;
deb;CDS;1446913;71;comp;
;ncRNA;1448136;433;comp;
fin;CDS;1448664;;;
deb;CDS;1477877;47;comp;
;regulatory;1479277;128;comp;
fin;CDS;1479502;;comp;
deb;CDS;1523012;62;;
;tRNA;1524142;74;comp;ggg
fin;CDS;1524290;;comp;
deb;CDS;1533182;306;;
;tRNA;1534802;871;;ctg
fin;CDS;1535759;;;
deb;CDS;1605867;102;;
;tRNA;1606163;42;;atc
;tRNA;1606279;356;;gca
fin;CDS;1606708;;comp;
deb;CDS;1645027;314;comp;
;tRNA;1646838;130;comp;aca
fin;CDS;1647042;;comp;
deb;CDS;1704570;578;comp;
;rRNA;1705904;431;;16s
;rRNA;1707861;170;;23s
;rRNA;1711097;866;;5s
;rRNA;1712080;431;;16s
;rRNA;1714037;170;;23s
;rRNA;1717273;251;;5s
fin;CDS;1717641;;comp;
deb;CDS;1769786;55;;
;tRNA;1769952;329;;gcg
fin;CDS;1770354;;;
deb;CDS;1904329;130;;
;tRNA;1905665;37;;tgg
fin;CDS;1905778;;;
deb;CDS;1907638;573;;
;rRNA;1908904;431;;16s
;rRNA;1910861;170;;23s
;rRNA;1914097;375;;5s
fin;CDS;1914589;;;
deb;CDS;1935774;178;;
;tRNA;1936132;519;;gga
fin;CDS;1936725;;;
deb;CDS;1969854;309;comp;
;tRNA;1971396;1;;tac
;tRNA;1971479;4;;acc
;tRNA;1971555;61;;atgj
fin;CDS;1971690;;;
deb;CDS;1978293;71;;
;tRNA;1979312;376;;agc
fin;CDS;1979775;;;
deb;CDS;2014827;397;;
;tRNA;2016025;327;;tcg
fin;CDS;2016437;;;
deb;CDS;2045606;179;;
;tRNA;2047072;245;;tca
fin;CDS;2047402;;;
deb;CDS;2067227;222;comp;
;tRNA;2068640;204;comp;ccg
fin;CDS;2068918;;;
deb;CDS;2084303;271;comp;
;tRNA;2085402;69;comp;gaa
fin;CDS;2085543;;comp;
deb;CDS;2086731;224;;
;tRNA;2087969;47;;gac
;tRNA;2088090;519;;ttc
fin;CDS;2088685;;comp;
deb;CDS;2108837;333;comp;
;tRNA;2110850;422;;gac
fin;CDS;2111349;;;
deb;CDS;2129279;117;;
;tRNA;2130626;137;;atgi
fin;CDS;2130837;;;
deb;CDS;2170074;253;comp;
;tRNA;2171440;156;;agg
fin;CDS;2171669;;;
&lt;/pre&gt;

====blo intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;;
blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228
;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3
;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57
;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47
;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46
;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32
;'''total 1772;&lt;201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26
1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25
249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23
620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27
1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29
605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26
1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42
2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34
1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25
1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29
1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29
934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31
1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43
1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20
550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28
1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34
2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23
1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36
1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21
1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32
1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24
1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33
2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21
543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20
551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25
1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24
1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25
132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27
1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28
24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28
1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25
1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10
1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13
716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20
1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14
2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17
332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12
1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17
618810;586;36;4;300;17;;;;220;15
598849;559;37;4;310;13;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;225;12
1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11
1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14
1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8
1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11
733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10
986367;549;;;370;4;;700;2;255;9
1178750;549;;;380;9;;720;;260;8
1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11
;;;;400;6;;760;3;270;12
;;;;410;5;;780;3;275;15
;;;;420;11;;800;;280;7
;;;;430;3;;820;;285;4
;;;;440;3;;840;1;290;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8
516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9
267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8
822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5
513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7
287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9
398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2
1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4
1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5
1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7
2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1
946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4
2164932;-28;;;570;0;;;;355;7
1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5
794270;-25;;;590;3;34;;;365;2
2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2
268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119
1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&amp;-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&amp;159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&amp;136;51;-;861;dte;36;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;&gt;0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;&lt;0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;&gt;0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;&lt;0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1
160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7
170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0
180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2
190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1
200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0
210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0
220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0
230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0
240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0
250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1
260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0
270;6;17;;270;13;17;27;1;3;;;-28;1;1
280;11;11;;280;25;11;28;1;3;;;-29;0;0
290;4;3;;290;9;3;29;1;4;;;-30;0;0
300;5;12;;300;11;12;30;1;2;;;-31;0;1
310;6;7;;310;13;7;31;2;6;;;-32;1;0
320;5;11;;320;11;11;32;1;3;;;-33;0;0
330;3;3;;330;7;3;33;4;2;;;-34;0;0
340;7;5;;340;16;5;34;1;4;;;-35;1;0
350;2;3;;350;4;3;35;0;2;;;-36;0;0
360;6;6;;360;13;6;36;1;3;;;-37;0;0
370;3;1;;370;7;1;37;1;3;;;-38;1;0
380;5;4;;380;11;4;38;1;2;;;-39;1;0
390;2;2;;390;4;2;39;1;9;;;-40;0;0
400;3;3;;400;7;3;40;2;0;;;-41;0;0
reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0
total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1
diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0
 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16
continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18
;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210
&lt;/pre&gt;

====blo autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp
;regulatory;55434;84;comp;;;&amp;tRNA;841058;158;comp;;;&amp;tRNA;1646838;130;comp
fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp
deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp
;&amp;tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431;
fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170;
deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866;
;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431;
fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170;
deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251;
;$rRNA;159245;432;;;;&amp;tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp
;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55;
;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&amp;tRNA;1769952;329;
fin;°CDS;164744;;comp;;;&amp;tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;;
deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130;
;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&amp;tRNA;1905665;37;
deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&amp;tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;;
;&amp;tRNA;207388;154;comp;;;&amp;tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573;
fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431;
deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170;
;ncRNA;327873;493;comp;;;&amp;tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375;
fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;;
deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178;
;&amp;tRNA;382849;43;comp;;;&amp;tRNA;1264393;48;comp;;;&amp;tRNA;1936132;519;
;&amp;tRNA;382968;284;comp;;;&amp;tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;;
fin;°CDS;383325;;;;;&amp;tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp
deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&amp;tRNA;1971396;1;
;&amp;tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&amp;tRNA;1971479;4;
fin;°CDS;440709;;;;;&amp;tRNA;1280591;97;comp;;;&amp;tRNA;1971555;61;
deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;;
;&amp;tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71;
;&amp;tRNA;503649;41;;;;&amp;tRNA;1295466;433;;;;&amp;tRNA;1979312;376;
;&amp;tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;;
;&amp;tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397;
;&amp;tRNA;503985;148;;;;&amp;tRNA;1350001;199;comp;;;&amp;tRNA;2016025;327;
fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;;
deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179;
;&amp;tRNA;521008;216;;;;&amp;tRNA;1388878;175;comp;;;&amp;tRNA;2047072;245;
fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;;
deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp
;&amp;tRNA;648764;60;;;;&amp;tRNA;1410594;469;;;;&amp;tRNA;2068640;204;comp
fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;;
deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp
;&amp;tRNA;747296;29;comp;;;&amp;tRNA;1424793;39;comp;;;&amp;tRNA;2085402;69;comp
;&amp;tRNA;747399;117;comp;;;&amp;tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp
fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224;
deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&amp;tRNA;2087969;47;
;&amp;tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&amp;tRNA;2088090;519;
fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp
deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp
;&amp;tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&amp;tRNA;2110850;422;
;&amp;tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;;
fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117;
deb;°CDS;790385;272;;;;&amp;tRNA;1524142;74;comp;;;&amp;tRNA;2130626;137;
;&amp;tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;;
fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp
deb;°CDS;803537;67;comp;;;&amp;tRNA;1534802;871;;;;&amp;tRNA;2171440;156;
;&amp;tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;;
fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1606163;42;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1606279;356;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
*;;;163;;231;;'''-17;60;;
;;;-17;;154;;24;61;'''deb;
;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;&lt;201;15
;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26
;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58%
;;;24;;216;;75;117;;
;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin;
;29;;187;;117;;113;137;&lt;201;15
;;;116;;94;;116;148;total;26
;89;;218;;206;;117;149;taux;58%
;;;212;;467;;142;154;;
;;;67;comp’;204;;163;156;'''total;
;;;192;;158;;179;158;&lt;201;30
;;comp’;336;;149;;187;192;total;52
;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58%
;87;comp’;288;;192;;212;206;;
;;comp’;206;comp’;167;;218;216;;
;48 46;;256;comp’;193;;222;231;;
;;;365;comp’;97;;224;245;;
;;comp’;215;;433;;251;327;;
;;;113;;199;;256;329;;
;;;75;comp’;175;;271;376;;
;;comp’;580;comp’;469;;306;422;;
;39;;142;comp’;-8;;314;433;;
;;comp’;62;;74;;365;467;;
;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls
;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb;
;;;314;;130;;62;76;&lt;201;5
;;;65;;329;;95;97;total;13
;1  4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38%
;;;71;;376;;190;175;'''fin;
;;;397;;327;;206;193;&lt;201;6
;;;179;;245;;215;204;total;13
;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46%
;;;271;;69;;288;284;;
;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total;
;;comp’;333;;422;;333;469;&lt;201;11
;;;117;;137;;336;519;total;26
;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42%
;;;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;;;
;&lt;201;20;21;41;;;;;;
;total;39;39;78;;;;;;
;taux;51%;54%;53%;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===sma===
====sma opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;;
70%GC;30.6.19 Paris;16s  6;74;doubles;intercalaires
;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;;
;357776..357847;;gtg;;
;;;;;
comp;1219274..1219346;;gga;;
;;;;;
comp;1225751..1225823;;gga;;
;;;;;
;1675869..1675942;;atgf;;
;;;;;
comp;1965347..1965423;;ccc;;
;;;;;
comp;1992012..1992088;;ccc;;
;;;;;
comp;2222599..2222686;;ctc;;
;;;;;
comp;3072632..3072707;;acc;;
;;;;;
comp;3073568..3073684;;5s;@1;84
comp;3073769..3076918;;23s;;288
comp;3077207..3078737;;16s;;
;;;;;
comp;3295252..3295324;;gag;+;20
comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21
comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62
comp;3295573..3295645;;gag;;42
comp;3295688..3295759;;cag;;
;;;;;
;3655871..3655942;;cgg;;
;;;;;
comp;3813093..3813166;;atgf;;
;;;;;
comp;3815457..3815530;;atgf;;
;;;;;
comp;4362610..4362695;;tta;;
;;;;;
;4410534..4410608;;caa;;
;;;;;
comp;4542466..4542542;;gcg;;
;;;;;
;4589760..4589835;;agg;;
;;;;;
comp;4886830..4886906;;aca;;
;;;;;
comp;5024109..5024225;;5s;;84
comp;5024310..5027458;;23s;;288
comp;5027747..5029277;;16s;;
;;;;;
comp;5051970..5052043;;atgf;;
;;;;;
comp;5055486..5055561;;aaa;;
;;;;;
;5063087..5063159;;gaa;;47
;5063207..5063281;;gac;;24
;5063306..5063382;;ttc;;
;;;;;
;5068123..5068197;;gac;;
;;;;;
;5081640..5081711;;gga;;79
;5081791..5081866;;ggc;;
;;;;;
;5085779..5085854;;ggc;;
;;;;;
;5095224..5095311;;tcc;;
;;;;;
;5129698..5129782;;tcg;;
;;;;;
comp;5154937..5155009;;cgt;;205
comp;5155215..5155305;;agc;;
;;;;;
comp;5177691..5177777;;tca;;
;;;;;
comp;5206939..5207028;;agc;;
;;;;;
comp;5299302..5299378;;atc;;
;;;;;
;5304905..5304977;;gca;;
;;;;;
;5322106..5322192;;ctg;;
;;;;;
comp;5452769..5452842;;ggg;;
;;;;;
comp;5594481..5594554;;ccg;;
;;;;;
;5650316..5650389;;acg;;
;;;;;
;5759342..5760872;;16s;;288
;5761161..5764309;;23s;;84
;5764394..5764510;;5s;;
;;;;;
;5950170..5950251;;tac;;
;;;;;
;5956602..5956674;;acc;;46
;5956721..5956793;;atg;;
;;;;;
;5964532..5964607;;tgg;;
;;;;;
;6124386..6125916;;16s;;288
;6126205..6129353;;23s;;84
;6129438..6129554;;5s;;
;;;;;
comp;6242261..6242335;;tgc;;
;;;;;
comp;6279029..6279112;;cta;;
;;;;;
comp;6329202..6329278;;aag;;
;;;;;
comp;6335068..6335141;;aag;;
;;;;;
comp;6349312..6349385;;aag;;
;;;;;
comp;6372705..6372777;;cac;;
;;;;;
comp;6501509..6501584;;aga;;
;;;;;
comp;6604435..6604508;;gga;;153
comp;6604662..6604738;;cca;;
;;;;;
;6653846..6653918;;gcc;;
;;;;;
;6658303..6658375;;gcc;;
;;;;;
;6875603..6875675;;aac;+;5
;6875681..6875753;;aac;2 aac;166
;6875920..6875996;;atgi;;
;;;;;
;7021984..7022058;;gta;;
;;;;;
;7025336..7025415;;gtg;;
;;;;;
comp;7471270..7471342;;ttg;;
;;;;;
;7765513..7767043;;16s;;284
;7767328..7770477;;23s;;133
;7770611..7770727;;5s;;
;;;;;
comp;7937463..7937550;;ctc;;
;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;
&lt;/pre&gt;

====sma cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]]
&lt;pre&gt;
sma cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;6;20;3;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;56;160;1;
;1 aa;48;180;1;
;max a;5;200;0;
;a doubles;3;;1;
;total aas;72;;16;0
total aas;;72;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;61;
;;;variance;61;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;22;
&lt;/pre&gt;

====sma blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]]
&lt;pre&gt;
sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====sma remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]]

====sma données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;;
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;;
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;;
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;;
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;;
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;;
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;;
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114;
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;;
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;;
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;;
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;;
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;;
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
&lt;/pre&gt;
=====sma autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;
&lt;/pre&gt;

====sma distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===ksk===
====ksk opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s  9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;
&lt;/pre&gt;

====ksk cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]]
&lt;pre&gt;
ksk cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;9;1;0;-
;16 23 5s 0;9;20;4;
;16 atc gca;0;40;8;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;1;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;1;
sans ;opérons;49;160;1;
;1 aa;37;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;7;;3;
;total aas;70;;21;0
total aas;;70;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;72;
;;;variance;79;
sans jaune;;;moyenne;33;
;;;variance;18;
&lt;/pre&gt;

====ksk blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]]
&lt;pre&gt;
ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====ksk remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]]

====ksk données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ksk autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;
&lt;/pre&gt;

====ksk distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===actino synthèse===
====actino distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294
&lt;/pre&gt;

====actino distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]]
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295
&lt;/pre&gt;

====actino distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====actino par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26
&lt;/pre&gt;
====actinobacteria, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est  36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301
&lt;/pre&gt;

==cyano==
===npu===
====npu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
&gt; comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
&lt; comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
&lt;&gt; comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;
&lt;/pre&gt;

====npu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]]
&lt;pre&gt;
npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85
&lt;/pre&gt;

====npu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]]
&lt;pre&gt;
npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289
&lt;/pre&gt;
====npu remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]]
&lt;pre&gt;
gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====npu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====npu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;;
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;;
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;;
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68;
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319;
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176;
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;;
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;;
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca
;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;;
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc
6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac
34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa
28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi
;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac
;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac
;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;;
;;;;;;;;;;;50;;;;
;;;;;;;;;;;167;;;;
;;;;;;;;;;;898;;;;
;;;;;;;;;;;63;;;;
;;;;;;;;;;;481;;;;
;;;;;;;;;;;65;;;;
;;;;;;;;;;;437;;;;
;;;;;;;;;;;124;;;;
;;;;;;;;;;;100;;;;
;;;;;;;;;;;374;;;;
&lt;/pre&gt;
=====npu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj
;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj
deb;;CDS;504299;505384;216;*;
;;tRNA;505601;505673;615;*;ata
fin;;CDS;506289;507815;;;
deb;;CDS;727418;728587;5;*;
;;tRNA;728593;728664;231;*;other
fin;;CDS;728896;730239;;;
deb;comp;CDS;777899;778429;34;*;
;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt
fin;comp;CDS;778576;779829;;;
deb;;CDS;878016;878609;384;*;
;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc
fin;;CDS;879270;879491;;;
deb;comp;CDS;954493;955170;72;*;
;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga
fin;;CDS;955672;956331;;;
deb;;CDS;1054005;1054811;290;*;
;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga
fin;comp;CDS;1055223;1056383;;;
deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*;
;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other
;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other
fin;;CDS;1083187;1084788;;;
deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*;
;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg
fin;;CDS;1175983;1176855;;;
deb;;CDS;1380042;1380593;226;*;
;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc
fin;;CDS;1381012;1381380;;;
deb;;CDS;1440092;1440529;705;*;
;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other
fin;;CDS;1441450;1441650;;;
deb;;CDS;1442145;1442867;32;*;
;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc
fin;;CDS;1443337;1444770;;;
deb;;CDS;1484155;1484853;46;*;
;;ncRNA;1484900;1485316;115;*;
fin;;CDS;1485432;1486151;;;
deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*;
;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac
fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0;
deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*;
;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489
;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc
;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca
;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887
;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118
fin;comp;CDS;2026732;2026957;;;
deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*;
;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac
fin;;CDS;2305712;2308132;;0;
deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*;
;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta
fin;;CDS;3373923;3374555;;;
deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*;
;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc
fin;comp;CDS;3435881;3436813;;;
deb;;CDS;3438597;3439685;102;*;
;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa
;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other
;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac
;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca
;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca
;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf
;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta
;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg
;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc
;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg
;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca
;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta
;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg
;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa
;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag
;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac
;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca
;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt
;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc
;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac
;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa
;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg
;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi
;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc
;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other
;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac
fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0;
deb;;CDS;3448311;3448919;80;*;
;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa
fin;;CDS;3449400;3451319;;;
deb;;CDS;3675128;3675659;409;*;
;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca
fin;comp;CDS;3676203;3676421;;;
deb;;CDS;4538041;4538745;151;*;
;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg
fin;;CDS;4539176;4540357;;0;
deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*;
;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca
fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0;
deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*;
;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*;
fin;comp;CDS;5114076;5115230;;;
deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*;
;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf
fin;comp;CDS;5428065;5429018;;;
deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*;
;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc
fin;comp;CDS;5482138;5482332;;;
deb;;CDS;5510568;5511620;319;*;
;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118
;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890
;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca
;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc
;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489
fin;;CDS;5517435;5517515;;0;
deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*;
;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi
fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0;
deb;;CDS;5573827;5574450;93;*;
;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca
fin;;CDS;5574961;5575881;;;
deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*;
;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac
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deb;;CDS;5688669;5689538;75;*;
;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc
fin;comp;CDS;5690353;5692080;;;
deb;;CDS;5756596;5757801;66;*;
;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg
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deb;;CDS;6022666;6023613;294;*;
;;tmRNA;6023908;6024297;537;*;
fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0;
deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*;
;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other
fin;;CDS;6050948;6051328;;;
deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*;
;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg
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deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*;
;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489
;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc
;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca
;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889
;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118
fin;comp;CDS;6090523;6090720;;;
deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*;
;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118
;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889
;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca
;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc
;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489
fin;;CDS;6504777;6505643;;0;
deb;;CDS;6889916;6890785;61;*;
;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa
fin;comp;CDS;6891213;6892148;;;
deb;;CDS;6948457;6949644;162;*;
;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta
fin;;CDS;6950202;6950609;;0;
deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*;
;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc
fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0;
deb;;CDS;7066111;7067829;232;*;
;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa
fin;comp;CDS;7068404;7069606;;;
deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*;
;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg
fin;comp;CDS;7072224;7073345;;;
deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*;
;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg
fin;;CDS;7076598;7077374;;0;
deb;;CDS;7130044;7131132;131;*;
;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg
fin;;CDS;7131369;7131662;;0;
deb;;CDS;7224805;7225167;146;*;
;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg
fin;;CDS;7225765;7225986;;;
deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*;
;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*;
fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0;
deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*;
;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc
fin;;CDS;7348852;7349475;;;
deb;;CDS;7506243;7506593;747;*;
;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc
fin;comp;CDS;7507465;7507830;;;
deb;;CDS;7517041;7519347;167;*;
;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj
fin;comp;CDS;7519890;7520066;;;
deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*;
;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag
fin;comp;CDS;7572740;7574992;;;
deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*;
;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca
fin;;CDS;7611395;7612312;;0;
deb;;CDS;7936008;7936736;65;*;
;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg
fin;;CDS;7937312;7938874;;;
deb;;CDS;7973321;7973482;70;*;
;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc
;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac
fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0;
deb;;CDS;7975047;7975976;100;*;
;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca
fin;;CDS;7976536;7978545;;;
&lt;/pre&gt;

===pmg===
====pmg opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;;
comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;;
comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;;
;75867..77216;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;;
;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;;
;133396..133845;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;;
comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;;
;240592..241041;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;;
comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;;
;259082..259333;;CDS;;;;;;84;;
;;;;;;;;;;;
comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;;
comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;;
;274272..274832;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;;
comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;;
comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;;
;;;;;;;;;;;
;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;;
comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;;
comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;;
;322592..324074;;16s;;125;;;;;;
;324200..324273;;atc;;12;;;12;;;
;324286..324358;;gca;;256;;;;;;
;324615..327496;;23s;;60;;;;;;
;327557..327673;;5s;;43;43;;;;;
comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;;
;;;;;;;;;;;
comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;;
comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;;
comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;;
;355522..355962;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;;
comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;;
comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;;
comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;;
comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;;
;;;;;;;;;;;
;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;;
;522597..522682;;tta;;78;78;;;;;
;522761..522994;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;;
comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;;
;610638..611399;;CDS;;;;;;254;;
;;;;;;;;;;;
;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;;
comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;;
comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;;
;;;;;;;;;;;
comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;;
;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;;
;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;;
;;;;;;;;;;;
;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;;
;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;;
;869384..869671;;CDS;;;;;;96;;
;;;;;;;;;;;
;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;;
;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;;
;911421..911810;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;;
comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;;
comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;;
;;;;;;;;;;;
comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;;
;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;;
;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;;
;;;;;;;;;;;
;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;;
;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;;
comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;;
comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;;
comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;;
;;;;;;;;;;;
comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;;
;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;;
;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;;
;;;;;;;;;;;
;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;;
comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;;
comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;
&lt;/pre&gt;

====pmg cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74
&lt;/pre&gt;

====pmg blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]]
&lt;pre&gt;
pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293
&lt;/pre&gt;

====pmg remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]]
*code génétique de pmg
&lt;pre&gt;
Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc; 
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====pmg distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;;
;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;;
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra
2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;;
;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc
2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;
1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;
;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;
;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;
1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;;
26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;;
24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;;
2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;;
;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1884;;total;95;158;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmg autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;pmg;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;65120;306;;
;tmRNA;66389;44;comp;
fin;CDS;66707;;;
deb;CDS;74235;4;comp;
;tRNA;75526;259;comp;ctt
fin;CDS;75867;;;
deb;CDS;132034;49;;
;tRNA;132758;566;;aac
fin;CDS;133396;;;
deb;CDS;239249;185;comp;
;tRNA;240439;71;comp;cta
fin;CDS;240592;;;
deb;CDS;257573;77;comp;
;tRNA;258922;86;comp;cgt
fin;CDS;259082;;;
deb;CDS;272771;18;comp;
;tRNA;274058;141;comp;atgi
fin;CDS;274272;;;
deb;CDS;305431;87;;
;tRNA;305938;91;comp;ttc
fin;CDS;306102;;comp;
deb;CDS;313891;178;;
;tRNA;314651;65;comp;aca
fin;CDS;314788;;comp;
deb;CDS;320549;601;comp;
16s;rRNA;322590;125;;1483
;tRNA;324200;12;;atc
;tRNA;324286;258;;gca
;rRNA;324617;64;;2882
;rRNA;327557;43;;117
fin;CDS;327717;;comp;
deb;CDS;354976;88;comp;
;tRNA;355256;10;comp;acc
;tRNA;355338;102;comp;tac
fin;CDS;355522;;;
deb;CDS;434230;17;comp;
;tRNA;435678;149;comp;gac
deb;CDS;435901;35;comp;
;tRNA;436131;53;comp;tgg
fin;CDS;436257;;comp;
deb;CDS;521448;99;;
;tRNA;522597;78;;tta
fin;CDS;522761;;;
deb;CDS;609397;249;comp;
;tRNA;610147;404;comp;tca
fin;CDS;610638;;;
deb;CDS;656308;17;;
;ncRNA;657516;162;;
fin;CDS;657863;;;
deb;CDS;774440;210;;
;tRNA;775451;27;comp;ccc
fin;CDS;775552;;comp;
deb;CDS;828018;49;comp;
;tRNA;828442;214;;tcc
fin;CDS;828743;;;
deb;CDS;868731;29;;
;tRNA;869243;67;;atgj
fin;CDS;869384;;;
deb;CDS;909742;45;;
;tRNA;910753;591;;atgf
fin;CDS;911421;;;
deb;CDS;996073;16;;
;tRNA;996626;41;comp;gaa
fin;CDS;996740;;comp;
deb;CDS;1040019;177;comp;
;tRNA;1040313;512;;aaa
fin;CDS;1040897;;;
deb;CDS;1044863;276;;
;tRNA;1045700;188;;cca
fin;CDS;1045962;;comp;
deb;CDS;1134197;251;;
;tRNA;1134679;63;comp;tcg
fin;CDS;1134827;;comp;
deb;CDS;1163424;138;comp;
;tRNA;1164231;342;;aga
fin;CDS;1164647;;;
deb;CDS;1212124;58;;
;tRNA;1212953;129;comp;gcc
fin;CDS;1213155;;comp;
deb;CDS;1253753;525;;
;tRNA;1255649;5;;ttg
fin;CDS;1255736;;;
deb;CDS;1259549;131;comp;
;tRNA;1260916;72;;cac
fin;CDS;1261061;;;
deb;CDS;1264859;12;;
;ncRNA;1265987;47;comp;
fin;CDS;1266131;;;
deb;CDS;1275239;0;;
;tRNA;1277273;112;comp;gga
fin;CDS;1277456;;;
deb;CDS;1308006;50;;
;tRNA;1308848;67;;gtc
fin;CDS;1308987;;;
deb;CDS;1419657;54;comp;
;tRNA;1419948;100;;acg
fin;CDS;1420120;;;
deb;CDS;1453287;35;;
;tRNA;1454111;61;comp;agc
fin;CDS;1454261;;comp;
deb;CDS;1472925;94;;
;tRNA;1474027;16;;caa
fin;CDS;1474115;;;
deb;CDS;1485558;77;comp;
;tRNA;1486727;11;;cgg
fin;CDS;1486812;;comp;
deb;CDS;1500099;42;comp;
;tRNA;1501368;210;;tgc
fin;CDS;1501649;;comp;
deb;CDS;1517796;78;comp;
;tRNA;1518207;38;comp;agg
;ncRNA;1518319;21;;
fin;CDS;1518722;;;
deb;CDS;1526173;34;comp;
;regulatory;1527578;66;comp;
fin;CDS;1527743;;comp;
deb;CDS;1554202;45;comp;
;tRNA;1554679;61;comp;ggc
fin;CDS;1554812;;comp;
deb;CDS;1600898;-30;comp;
;tRNA;1601255;98;comp;gta
fin;CDS;1601425;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;;
;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253
;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45
;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189
;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126
;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84
;'''601 à max;14;0.8;'''601 à  1051;778;154;;;20;71
;'''total 1800;&lt;201;90.2;'''total  1798;74;114;-67 à 1051;;25;41
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;56
1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35
344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43
1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34
1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39
666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34
1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33
873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30
1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42
1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36
1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44
1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36
947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27
1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22
1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37
1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20
1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23
39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19
956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16
1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15
1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16
1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23
661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20
1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14
660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8
872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18
353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9
134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8
1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10
332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8
892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13
948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9
1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9
924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6
914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3
1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7
938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5
226447;435;35;8;290;6;;;;215;4
1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;7
773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8
858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6
;;39;7;330;8;;640;3;235;3
;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3
;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3
;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4
;;;;370;4;;720;;255;4
;;;;380;4;;740;;260;4
1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3
701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3
886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3
1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1
828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5
1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1
1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6
1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5
1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1
244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2
162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3
20410;-35;;;500;1;;980;;320;3
427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7
587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1
1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3
744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5
303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3
489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2
808548;-26;;;570;1;;;;355;1
1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0
1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3
1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1
27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56
975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg  intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&amp;-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&amp;-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&amp;78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&amp;153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;&gt;0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;&lt;0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;&gt;0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;&lt;0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg  intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91
continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88
;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159
&lt;/pre&gt;

====pmg autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin
deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp
;tmRNA;66389;44;comp;;;&amp;tRNA;522597;78;;;;&amp;tRNA;1260916;72;
fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;;
deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12;
;&amp;tRNA;75526;259;comp;;;&amp;tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp
fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;;
deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0;
;&amp;tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&amp;tRNA;1277273;112;comp
fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;;
deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50;
;&amp;tRNA;240439;71;comp;;;&amp;tRNA;775451;27;comp;;;&amp;tRNA;1308848;67;
fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;;
deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp
;&amp;tRNA;258922;86;comp;;;&amp;tRNA;828442;214;;;;&amp;tRNA;1419948;100;
fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;;
deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35;
;&amp;tRNA;274058;141;comp;;;&amp;tRNA;869243;67;;;;&amp;tRNA;1454111;61;comp
fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp
deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94;
;&amp;tRNA;305938;91;comp;;;&amp;tRNA;910753;591;;;;&amp;tRNA;1474027;16;
fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;;
deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp
;&amp;tRNA;314651;65;comp;;;&amp;tRNA;996626;41;comp;;;&amp;tRNA;1486727;11;
fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp
deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp
;$rRNA;322590;125;;;;&amp;tRNA;1040313;512;;;;&amp;tRNA;1501368;210;
;&amp;tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp
;&amp;tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp
;$rRNA;324617;64;;;;&amp;tRNA;1045700;188;;;;&amp;tRNA;1518207;38;comp
;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21;
fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;;
deb;°CDS;354976;88;comp;;;&amp;tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp
;&amp;tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp
;&amp;tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp
fin;°CDS;355522;;;;;&amp;tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp
deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&amp;tRNA;1554679;61;comp
;&amp;tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp
deb;°CDS;435901;35;comp;;;&amp;tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp
;&amp;tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&amp;tRNA;1601255;98;comp
fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;;
;;;;;;&amp;tRNA;1255649;5;;; ;;;;
 ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;;
&lt;/pre&gt;
====pmg intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;;;;&lt;201;29;25;54
;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67
;;;49;;566;;4;16;&lt;201;16;;taux;85%;76%;81%
;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;;
;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;;
;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;;
;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;;
;;comp’;178;;65;;45;61;&lt;201;17;;;;;
;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;;
;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;;
;;;35;;53;;50;67;;;;;;;
;;;99;;78;;77;67;total;;;;;;
;;;249;comp’;404;;78;72;&lt;201;33;;;;;
;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;;
;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;;
;;;29;;67;;99;100;;;;;;;
;;;45;;591;;185;129;;;;;;;
;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;;
;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;;
;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;;
;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;;
;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;;
;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;;
;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;;
;;comp’;131;;72;;16;71;&lt;201;13;;;;;
;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;;
;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;;
;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;;
;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;;
;;;94;;16;;58;141;&lt;201;8;;;;;
;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;;
;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;;
;;;78;;;;131;259;;;;;;;
;;;45;;61;;138;404;total;;;;;;
;;;-30;comp’;98;;177;-;&lt;201;21;;;;;
;;;;;;;178;-;total;26;;;;;
;;;;;;;210;-;%;81%;;;;;
;;;;;;;251;-;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===cyano synthèse===
====cyano distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]]

====cyano distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]]
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10
&lt;/pre&gt;

====cyano distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cyano par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;
&lt;/pre&gt;
====cyano, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est  2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946
&lt;/pre&gt;

==bacteroide==
===myr===
====myr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
&gt;;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
&lt;;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;
&lt;/pre&gt;

====myr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]]
&lt;pre&gt;
myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78
&lt;/pre&gt;

====myr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]]
&lt;pre&gt;
myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;
&lt;/pre&gt;

====myr remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]]
*code génétique de myr
&lt;pre&gt;
myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====myr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc
2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;;
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;;
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;;
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;;
;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;;
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;;
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;;
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;;
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;;
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;;
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;;
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;;
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;;
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;;
32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;;
27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;;
;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;;
;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;;
&lt;/pre&gt;
=====myr autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;myr;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;151454;273;comp;
;tRNA;153050;208;comp;tca
fin;CDS;153343;;comp;
deb;CDS;171836;177;comp;
;regulatory;174323;162;;
fin;CDS;174673;;comp;
deb;CDS;211346;123;;
;tRNA;212456;30;comp;gta
;tRNA;212561;30;comp;gta
;tRNA;212666;30;comp;gta
;tRNA;212771;42;comp;gta
;tRNA;212888;92;comp;gta
fin;CDS;213058;;comp;
deb;CDS;294948;146;comp;
;tRNA;295481;31;comp;aga
;tRNA;295586;7;comp;cca
;tRNA;295668;280;comp;agc
fin;CDS;296032;;;
deb;CDS;327067;115;;
;tRNA;328169;466;comp;aaa
deb;CDS;328708;73;;
;tRNA;328940;90;comp;ctc
;tRNA;329112;34;comp;aaa
;tRNA;329219;39;comp;aaa
;tRNA;329331;48;comp;aaa
;tRNA;329452;36;comp;aaa
;tRNA;329561;129;comp;aaa
fin;CDS;329763;;;
deb;CDS;353908;259;comp;
;rRNA;354644;109;comp;5s
;rRNA;354863;151;comp;23s
;tRNA;357898;91;comp;gca
;tRNA;358063;80;comp;atc
;rRNA;358217;266;comp;16s
;rRNA;360001;105;comp;5s
;rRNA;360216;151;comp;23s
;tRNA;363261;91;comp;gca
;tRNA;363426;80;comp;atc
;rRNA;363580;688;comp;16s
fin;CDS;365786;;comp;
deb;CDS;407344;144;comp;
;tRNA;408964;36;comp;aca
;tRNA;409074;41;comp;aca
;tRNA;409189;42;comp;aca
;tRNA;409305;41;comp;aca
;tRNA;409420;81;comp;aca
fin;CDS;409575;;comp;
deb;CDS;539601;209;comp;
;tRNA;542039;32;comp;other
fin;CDS;542191;;comp;
deb;CDS;550792;40;comp;
;tRNA;551084;40;comp;gaa
;tRNA;551196;37;comp;gaa
;tRNA;551305;38;comp;gaa
;tRNA;551415;38;comp;gaa
;tRNA;551525;38;comp;gaa
;tRNA;551635;75;comp;gaa
fin;CDS;551782;;comp;
deb;CDS;571079;165;comp;
;rRNA;574481;109;comp;5s
;rRNA;574700;119;comp;23s
;tRNA;577703;91;comp;gca
;tRNA;577868;81;comp;atc
;rRNA;578023;265;comp;16s
;rRNA;579806;108;comp;5s
;rRNA;580024;151;comp;23s
;tRNA;583069;91;comp;gca
;tRNA;583234;82;comp;atc
;rRNA;583390;1071;comp;16s
fin;CDS;585979;;comp;
deb;CDS;719558;16;comp;
;tRNA;719772;60;comp;tgg
deb;CDS;719903;58;comp;
;tRNA;721149;20;comp;acc
;tRNA;721241;30;comp;tac
;tRNA;721352;93;comp;aca
fin;CDS;721519;;comp;
deb;CDS;781522;76;;
;tRNA;782255;96;;atgf
fin;CDS;782424;;;
deb;CDS;783008;332;comp;
;tRNA;783784;113;;atgf
fin;CDS;783970;;comp;
deb;CDS;814859;544;comp;
;tRNA;815826;10;comp;cga
fin;CDS;815910;;comp;
deb;CDS;868515;40;;
;tRNA;869308;37;comp;gga
;tRNA;869418;37;comp;gga
;tRNA;869528;37;comp;gga
;tRNA;869638;37;comp;gga
;tRNA;869748;37;comp;gga
;tRNA;869858;242;comp;gga
fin;CDS;870173;;comp;
deb;CDS;887776;96;;
;regulatory;888352;64;;
fin;CDS;888516;;;
deb;CDS;900643;77;comp;
;regulatory;902862;75;comp;
fin;CDS;903026;;comp;
deb;CDS;1010425;95;;
;tRNA;1011306;221;comp;caa
;tRNA;1011598;183;comp;caa
fin;CDS;1011852;;;
deb;CDS;1110980;158;comp;
;tRNA;1112080;47;;ttg
fin;CDS;1112207;;comp;
deb;CDS;1113809;158;;
;rRNA;1114432;107;comp;5s
;rRNA;1114649;151;comp;23s
;tRNA;1117684;91;comp;gca
;tRNA;1117849;80;comp;atc
;rRNA;1118003;267;comp;16s
;rRNA;1119788;107;comp;5s
;rRNA;1120005;151;comp;23s
;tRNA;1123050;91;comp;gca
;tRNA;1123215;82;comp;atc
;rRNA;1123371;1349;comp;16s
;tRNA;1126238;90;comp;aac
fin;CDS;1126402;;comp;
deb;CDS;1214932;104;;
;tRNA;1215720;88;comp;tgc
fin;CDS;1215879;;comp;
deb;CDS;1391184;85;;
;tRNA;1391911;373;;aac
;tRNA;1392358;593;;aac
fin;CDS;1393025;;comp;
deb;CDS;1597909;635;;
;tRNA;1598862;151;;gac
;tRNA;1599087;202;;gac
;tRNA;1599366;169;;gac
fin;CDS;1599612;;comp;
deb;CDS;1604664;112;comp;
;regulatory;1606846;57;comp;
fin;CDS;1607085;;comp;
deb;CDS;1643091;132;comp;
;tRNA;1644612;186;;cta
;tRNA;1644880;314;;cta
fin;CDS;1645276;;;
deb;CDS;1721814;66;;
;tRNA;1722756;51;comp;tgg
fin;CDS;1722878;;comp;
deb;CDS;1738209;186;comp;
;tRNA;1739220;24;comp;atgi
;tRNA;1739318;69;comp;atgi
fin;CDS;1739464;;comp;
deb;CDS;1924596;-38;;
;tRNA;1926121;341;comp;tta
;tRNA;1926548;381;comp;tta
fin;CDS;1927015;;;
deb;CDS;1928728;125;;
;tRNA;1929840;147;comp;tta
deb;CDS;1930073;108;comp;
;tRNA;1930553;9;comp;tta
;tRNA;1930648;201;comp;ggc
fin;CDS;1930922;;comp;
deb;CDS;1961822;128;comp;
;tRNA;1962700;35;;ttc
;tRNA;1962808;26;;ttc
;tRNA;1962907;100;;ttc
fin;CDS;1963080;;comp;
deb;CDS;2082191;1104;;
;rRNA;2083838;82;;16s
;tRNA;2085438;91;;atc
;tRNA;2085603;151;;gca
;rRNA;2085828;108;;23s
;rRNA;2088820;156;;5s
fin;CDS;2089086;;;
deb;CDS;2147912;286;;
;tRNA;2148528;52;;cgt
;tRNA;2148654;72;;cgt
fin;CDS;2148800;;;
deb;CDS;2207990;114;comp;
;tRNA;2208800;106;comp;atgf
deb;CDS;2208979;150;comp;
;tRNA;2209756;145;comp;atgj
fin;CDS;2209975;;;
deb;CDS;2224025;53;comp;
;ncRNA;2225644;58;comp;
fin;CDS;2225810;;comp;
deb;CDS;2302059;133;;
;regulatory;2303686;199;;
fin;CDS;2304079;;;
deb;CDS;2425634;299;comp;
;tRNA;2427196;353;comp;cca
fin;CDS;2427624;;;
deb;CDS;2434061;125;comp;
;tRNA;2435179;366;comp;atgj
fin;CDS;2435619;;;
deb;CDS;2505104;88;comp;
;ncRNA;2506290;93;;
fin;CDS;2506482;;comp;
deb;CDS;2561350;1073;;
;rRNA;2564415;79;;16s
;tRNA;2566012;93;;atc
;tRNA;2566179;119;;gca
;rRNA;2566372;107;;23s
;rRNA;2569362;279;;5s
fin;CDS;2569751;;;
deb;CDS;2640485;167;comp;
;regulatory;2641078;541;comp;
fin;CDS;2641765;;;
deb;CDS;2676791;235;comp;
;tRNA;2678856;497;comp;tca
fin;CDS;2679438;;;
deb;CDS;2729998;20;;
;tRNA;2731143;22;;tgc
;tRNA;2731236;22;;tgc
;tRNA;2731329;22;;tgc
;tRNA;2731422;22;;tgc
;tRNA;2731515;294;;tgc
fin;CDS;2731880;;;
deb;CDS;2977513;497;comp;
;tRNA;2978418;61;comp;gta
fin;CDS;2978554;;comp;
deb;CDS;3228192;79;;
;tRNA;3228988;26;;cac
;tRNA;3229088;25;;cac
;tRNA;3229187;24;;cac
;tRNA;3229285;43;;cac
fin;CDS;3229402;;comp;
deb;CDS;3299472;99;;
;tmRNA;3300558;220;comp;
fin;CDS;3301177;;;
deb;CDS;3394869;90;comp;
;tRNA;3395184;215;comp;tca
fin;CDS;3395484;;comp;
deb;CDS;3457542;150;;
;tRNA;3458511;49;;tac
;tRNA;3458644;51;;tac
;tRNA;3458776;44;;tac
;tRNA;3458901;312;;tac
fin;CDS;3459294;;comp;
deb;CDS;3475368;61;comp;
;regulatory;3476731;337;comp;
fin;CDS;3477177;;;
deb;CDS;3488568;61;comp;
;regulatory;3489832;337;comp;
fin;CDS;3490278;;;
deb;CDS;3951958;595;;
;tRNA;3953963;83;;aga
;tRNA;3954120;39;;aga
fin;CDS;3954233;;comp;
deb;CDS;3975219;99;;
;tRNA;3976305;39;comp;cca
;tRNA;3976419;10;comp;cca
;tRNA;3976504;965;comp;agc
fin;CDS;3977553;;;
deb;CDS;4054689;76;;
;ncRNA;4055338;275;comp;
fin;CDS;4055928;;;
&lt;/pre&gt;

====myr intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;;
myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6
;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2
;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6
;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4
;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2
;'''601 à max;150;4.2;'''601 à  1353;802;166;;;20;108;660;8
;'''total 3555;&lt;201;77.7;'''total  3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;eréquence-1;30;70;680;3
1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3
4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2
3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10
3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4
4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2
3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10
2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2
3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6
3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4
3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5
792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4
128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5
1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3
2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2
3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2
1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3
3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1
2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1
3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0
3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1
638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3
3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1
3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3
1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2
3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2
180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1
226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0
102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2
1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0
66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1
1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2
2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2
3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3
485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1
1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1
2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0
1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1
1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14;1060;0
2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0
3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2
3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0
3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1
3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0
1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0
3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1
248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0
;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1
;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1
adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0
849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1
3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0
3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0
1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12
626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150
3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;;
569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;;
3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;;
3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;;
890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;;
1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;;
1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;;
1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;;
2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;;
2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;;
3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;;
74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;;
1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;;
1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;;
3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;;
424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;;
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&amp;-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&amp;215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;117;42;-;811;poly;86;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;&gt;0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;&lt;0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;&gt;0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;&lt;0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0
total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0
diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1
 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20
continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20
;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;

====myr autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286;
;&amp;tRNA;153050;208;comp;;;&amp;tRNA;815826;10;comp;;;&amp;tRNA;2148528;52;
fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&amp;tRNA;2148654;72;
deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;;
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&lt;/pre&gt;
====myr intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;

===fps===
====fps opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;;
comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;;
;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;;
comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;;
comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;;
comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;;
comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;;
;;;;;;;;;;;
comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;;
comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;;
comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;;
;;;;;;;;;;;
comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;;
;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;;
;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;;
;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;;
;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;;
;;;;;;;;;;;
comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;;
comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;;
comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;;
comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;;
;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;;
;;;;;;;;;;;
;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;;
;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;;
comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;;
comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;;
comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;;
comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;;
comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;;
;;;;;;;;;;;
;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;;
;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;;
;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;;
comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;;
comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;;
comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;;
comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;;
comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;;
comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;;
comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;;
comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;
&lt;/pre&gt;

====fps cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]]
&lt;pre&gt;
fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78
&lt;/pre&gt;

====fps blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]]
&lt;pre&gt;
fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418
&lt;/pre&gt;

====fps remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]]
*code génétique fps
&lt;pre&gt;
fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====fps données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;;
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;;
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;;
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;;
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;;
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;;
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;;
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;;
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;;
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;;
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;;
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;;
;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;;
23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;;
;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;2550;;total;42;209;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====fps autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;
&lt;/pre&gt;

====fps distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===bacteroide synthèse===
====bacteroide distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]]
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====bacteroide par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;
&lt;/pre&gt;
====bacteroide, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est  12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059
&lt;/pre&gt;

==tenericutes==
===abra===
====abra opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;
&lt;/pre&gt;

====abra cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]]
&lt;pre&gt;
abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74
&lt;/pre&gt;

====abra blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]]
&lt;pre&gt;
abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177
&lt;/pre&gt;

====abra remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
tenericutes;sans rRNA;&gt;1 aas 12;1aas  ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;;
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;;
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;;
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;;
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac
1;1;80;15;34;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;;
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;;
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;
10;31;total;271;979;total;271;979;-43;0;0;;;;;
9;24;diagr;256;934;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;270;8;1;279;;;-49;0;1;;;;;
;c;967;409;12;1388;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abra autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abra;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6032;39;;
;misc_binding;8642;66;;
fin;CDS;8909;;;
deb;CDS;58474;199;;
;misc_binding;59219;96;;
fin;CDS;59565;;;
deb;CDS;175843;64;;
;regulatory;176513;67;;
fin;CDS;176678;;;
deb;CDS;226433;115;;
;regulatory;226962;128;;
fin;CDS;227191;;;
deb;CDS;241700;14;;
;ncRNA;242173;222;;
fin;CDS;242490;;;
deb;CDS;253260;86;;
;tRNA;253517;215;;tac
;rRNA;253817;145;;16s
;tRNA;255489;89;;atc
;rRNA;255655;35;;23s
;rRNA;258542;11;;5s
;tRNA;258664;149;;aac
;rRNA;258890;11;;5s
;tRNA;259012;860;;aac
deb;CDS;259949;433;;
;rRNA;260487;145;;16s
;tRNA;262159;89;;atc
;rRNA;262325;35;;23s
;rRNA;265212;14;;5s
;tRNA;265337;44;;gta
;tRNA;265457;11;;aca
;tRNA;265544;7;;aaa
;tRNA;265627;8;;tta
;tRNA;265722;72;;gca
;tRNA;265870;7;;atgj
;tRNA;265954;44;;atgi
;tRNA;266075;8;;tca
;tRNA;266174;4;;atgf
;tRNA;266255;11;;gac
;tRNA;266342;140;;ttc
fin;CDS;266558;;;
deb;CDS;296513;98;;
;misc_binding;297466;30;;
fin;CDS;297705;;;
deb;CDS;326721;0;;
;misc_feature;327414;18;;
fin;CDS;327552;;;
deb;CDS;574175;-5;;
;misc_binding;574941;43;;
fin;CDS;575188;;;
deb;CDS;582446;49;;
;tRNA;584175;170;;ctc
fin;CDS;584431;;;
deb;CDS;625631;84;;
;tRNA;626402;66;comp;ggc
;tRNA;626543;17;comp;cca
;tRNA;626637;13;comp;cga
;tRNA;626727;149;comp;gac
fin;CDS;626952;;;
deb;CDS;633550;63;;
;tRNA;634774;76;comp;acc
fin;CDS;634924;;;
deb;CDS;690994;64;;
;regulatory;692351;55;;
fin;CDS;692502;;;
deb;CDS;755442;64;;
;tRNA;756613;130;comp;aag
fin;CDS;756819;;;
deb;CDS;807788;108;;
;tRNA;808325;216;;aga
fin;CDS;808618;;;
deb;CDS;818257;29;comp;
;ncRNA;818478;-2;comp;
fin;CDS;818548;;comp;
deb;CDS;829563;155;;
;tRNA;830027;27;;agg
fin;CDS;830130;;;
deb;CDS;862237;104;;
;regulatory;863109;46;;
fin;CDS;863253;;;
deb;CDS;951162;56;;
;misc_feature;951899;10;;
fin;CDS;952033;;;
deb;CDS;979156;92;;
;ncRNA;980211;41;comp;
fin;CDS;980585;;comp;
deb;CDS;1000286;45;comp;
;misc_binding;1000883;36;comp;
fin;CDS;1001128;;comp;
deb;CDS;1033802;48;comp;
;regulatory;1034516;41;comp;
;regulatory;1034632;43;comp;
fin;CDS;1034750;;comp;
deb;CDS;1043459;55;comp;
;regulatory;1044225;61;comp;
fin;CDS;1044360;;comp;
deb;CDS;1055719;197;comp;
;misc_binding;1056720;146;comp;
fin;CDS;1057073;;;
deb;CDS;1125033;53;comp;
;misc_binding;1127681;34;comp;
fin;CDS;1127899;;comp;
deb;CDS;1135303;71;comp;
;regulatory;1136025;48;comp;
fin;CDS;1136190;;comp;
deb;CDS;1176200;434;comp;
;tRNA;1177198;8;comp;tcg
;tRNA;1177300;569;comp;gcc
fin;CDS;1177945;;comp;
deb;CDS;1187918;382;;
;tRNA;1188531;66;;tcc
fin;CDS;1188688;;;
deb;CDS;1194077;206;comp;
;tRNA;1194775;10;comp;ttg
fin;CDS;1194870;;comp;
deb;CDS;1221355;217;comp;
;tmRNA;1222634;262;;
fin;CDS;1223244;;;
deb;CDS;1251487;68;comp;
;tRNA;1252398;44;;gtc
fin;CDS;1252517;;comp;
deb;CDS;1416224;301;comp;
;tRNA;1416786;92;comp;tgc
fin;CDS;1416952;;comp;
deb;CDS;1427372;415;comp;
;tRNA;1428270;9;comp;gga
;tRNA;1428353;1;comp;cca
;tRNA;1428431;8;comp;cgt
;tRNA;1428516;73;comp;gaa
fin;CDS;1428665;;comp;
deb;CDS;1431948;96;comp;
;tRNA;1432356;11;comp;aac
;rRNA;1432444;35;comp;5s
;rRNA;1432590;167;comp;23s
;rRNA;1435609;433;comp;16s
deb;CDS;1437568;860;comp;
;tRNA;1438533;11;comp;aac
;rRNA;1438621;149;comp;5s
;tRNA;1438881;11;comp;aac
;rRNA;1438969;35;comp;5s
;rRNA;1439115;168;comp;23s
;rRNA;1442135;432;comp;16s
fin;CDS;1444094;;comp;
deb;CDS;1453717;96;comp;
;regulatory;1454971;38;comp;
fin;CDS;1455181;;comp;
deb;CDS;1532381;262;comp;
;tRNA;1533315;46;comp;cta
fin;CDS;1533446;;comp;
deb;CDS;1540295;171;comp;
;tRNA;1540706;47;comp;tgg
deb;CDS;1540828;137;comp;
;tRNA;1541892;63;;cac
;tRNA;1542031;714;;caa
fin;CDS;1542819;;comp;
deb;CDS;1716869;854;comp;
;tRNA;1718041;87;comp;acg
fin;CDS;1718204;;comp;
deb;CDS;1729328;30;comp;
;regulatory;1729649;73;comp;
fin;CDS;1729832;;comp;
deb;CDS;1742909;493;comp;
;tRNA;1744152;109;comp;gaa
fin;CDS;1744337;;comp;
deb;CDS;1747424;100;comp;
;tRNA;1747827;102;comp;agc
fin;CDS;1748022;;comp;
deb;CDS;1796937;102;comp;
;regulatory;1799337;112;comp;
fin;CDS;1799628;;comp;
&lt;/pre&gt;

====abra intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]]
*'''intercalaires entre cds''', tableau.
&lt;pre&gt;
abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;;
abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5
;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417
;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13
;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157
;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56
;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94
;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42
;Total 1667;&lt;201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40
adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21
1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24
1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27
1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26
1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28
87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29
826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20
171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30
1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27
819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22
1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27
158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22
1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19
968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16
1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17
816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17
1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26
1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25
1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20
133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26
1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17
1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18
615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13
1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21
1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19
153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20
1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16
1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7
1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8
1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10
556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12
151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13
493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10
1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10
1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3
1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5
178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6
1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12
1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4
36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1
;;38;6;320;10;;620;1;230;9
;;39;3;330;4;;640;1;235;7
;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3
;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2
;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5
;;;;370;6;;720;1;255;8
adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3
1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7
1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3
1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7
169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1
353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1
758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3
891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3
1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2
1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0
1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1
1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7
1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3
1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1
738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3
1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0
1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1
904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1
1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2
844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4
986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0
1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3
526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3
1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61
251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&amp;-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&amp;21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&amp;223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;118;42;-;827;poly;85;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et faibles fréquences
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;&gt;0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;&lt;0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;&gt;0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;&lt;0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6
;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8
;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409
&lt;/pre&gt;

====abra autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]]
*Légende: ° pour cyan, &amp; pour jaune, $ pour rouge.
&lt;pre&gt;
deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens
deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp
;misc_binding;8642;66;;;;&amp;tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262;
fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;;
deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp
;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&amp;tRNA;1252398;44;
fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp
deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp
;regulatory;176513;67;;;;&amp;tRNA;756613;130;comp;;;&amp;tRNA;1416786;92;comp
fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp
deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp
;regulatory;226962;128;;;;&amp;tRNA;808325;216;;;;&amp;tRNA;1428270;9;comp
fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&amp;tRNA;1428353;1;comp
deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&amp;tRNA;1428431;8;comp
;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&amp;tRNA;1428516;73;comp
fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp
deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp
;&amp;tRNA;253517;215;;;;&amp;tRNA;830027;27;;;;&amp;tRNA;1432356;11;comp
;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp
;&amp;tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp
;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp
;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp
;&amp;tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&amp;tRNA;1438533;11;comp
;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp
;&amp;tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&amp;tRNA;1438881;11;comp
deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp
;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp
;&amp;tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp
;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp
;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp
;&amp;tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp
;&amp;tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp
;&amp;tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp
;&amp;tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&amp;tRNA;1533315;46;comp
;&amp;tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp
;&amp;tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp
;&amp;tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&amp;tRNA;1540706;47;comp
;&amp;tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp
;&amp;tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&amp;tRNA;1541892;63;
;&amp;tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&amp;tRNA;1542031;714;
;&amp;tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp
fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp
deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&amp;tRNA;1718041;87;comp
;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp
fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp
deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp
;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp
fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp
deb;°CDS;574175;-5;;;;&amp;tRNA;1177198;8;comp;;;&amp;tRNA;1744152;109;comp
;misc_binding;574941;43;;;;&amp;tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp
fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp
deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&amp;tRNA;1747827;102;comp
;&amp;tRNA;584175;170;;;;&amp;tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp
fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp
deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp
;&amp;tRNA;626402;66;comp;;;&amp;tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp
;&amp;tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;;
fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abra intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;
comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb;
;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;&lt;201;7
;;;49;;170;;96;46;total;15
;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47%
;;comp’;63;comp’;76;;108;66;;
;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin;
;;;108;;216;;171;87;&lt;201;12
;;;155;;27;;206;92;total;16
;8;;424;;569;;262;102;%;75%
;;;382;;66;;301;109;;
;;;206;;10;;382;140;total;
;;comp’;68;comp’;44;;415;170;&lt;201;19
;;;301;;92;;424;216;total;31
;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61%
;;;96;;860;;854;860;;
;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls
;;;171;;47;;63;44;deb;100%
;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;;
;;;854;;87;;68;130;fin;80%
;;;493;;109;;84;149;;
;;;100;;102;;137;714;total;90%
&lt;/pre&gt;

===apal===
====apal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s  2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]]
&lt;pre&gt;
apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91
&lt;/pre&gt;

====apal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]]
&lt;pre&gt;
apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]]
*code génétique apal
&lt;pre&gt;
apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====apal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====apal données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;;
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;;
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;;
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;;
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;;
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa
;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;;
7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;;
6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;
;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====apal autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;
&lt;/pre&gt;

===tenericutes synthèse===
====tenericutes distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]]
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf; 
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====tenericutes par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;
&lt;/pre&gt;
====tenericutes, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est  23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693
&lt;/pre&gt;

==spirochète==
===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374===
====scc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]]
*Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*
&lt;/pre&gt;

====scc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]]
*Notes: * pour le nombre de jaunes
&lt;pre&gt;
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164
&lt;/pre&gt;

====scc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]]
&lt;pre&gt;
cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;
&lt;/pre&gt;

====scc remarques====
====scc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47
&lt;/pre&gt;

====scc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;;
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;;
1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;;
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa
1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca
;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;;
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;;
1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;;
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;;
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;;
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;;
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;;
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;;
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;;
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;;
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;;
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;;
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;;
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;;
;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;;
32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;;
31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;;
;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====scc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;scc;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;215073;1194;comp;
;tRNA;216426;369;comp;gcg
fin;CDS;216868;;comp;
deb;CDS;243358;812;;
;rRNA;244983;132;;16s
;tRNA;246652;79;;atc
;rRNA;246805;72;;23s
;rRNA;249851;175;;5s
fin;CDS;250138;;comp;
deb;CDS;300128;669;;
;tRNA;302468;452;;ggg
fin;CDS;302992;;;
deb;CDS;316296;152;comp;
;tRNA;317369;176;;gac
fin;CDS;317619;;;
deb;CDS;330207;16;;
;tRNA;331021;251;comp;ttg
fin;CDS;331356;;;
deb;CDS;345290;228;comp;
;tRNA;346445;182;comp;ccg
fin;CDS;346700;;comp;
deb;CDS;422975;71;;
;tRNA;424435;252;comp;gtc
fin;CDS;424759;;;
deb;CDS;436852;237;;
;tRNA;438406;202;comp;gtg
fin;CDS;438680;;;
deb;CDS;481186;180;comp;
;tRNA;482665;82;;atgj
fin;CDS;482820;;;
deb;CDS;530805;82;;
;tRNA;532396;310;;gta
fin;CDS;532778;;;
deb;CDS;568939;102;;
;tRNA;569803;412;;gga
fin;CDS;570287;;;
deb;CDS;636017;52;;
;tRNA;636444;334;;aca
fin;CDS;636852;;comp;
deb;CDS;640192;79;;
;tmRNA;640610;334;;
fin;CDS;641322;;comp;
deb;CDS;711173;51;;
;ncRNA;712064;10;comp;
fin;CDS;712417;;comp;
deb;CDS;717326;66;;
;tRNA;717839;230;;tac
fin;CDS;718151;;;
deb;CDS;721419;67;comp;
;tRNA;723124;10;comp;gag
;tRNA;723206;104;comp;cag
fin;CDS;723381;;comp;
deb;CDS;724974;236;comp;
;tRNA;725462;124;comp;acg
fin;CDS;725658;;comp;
deb;CDS;767509;350;comp;
;rRNA;768900;72;comp;5s
;rRNA;769084;40;comp;23s
;tRNA;772098;137;comp;gca
;rRNA;772309;535;comp;16s
fin;CDS;774381;;;
deb;CDS;783089;273;;
;tRNA;784901;43;comp;gaa
;tRNA;785016;223;comp;aaa
fin;CDS;785312;;;
deb;CDS;877367;447;comp;
;rRNA;879650;72;comp;5s
;rRNA;879834;40;comp;23s
;tRNA;882848;137;comp;gca
;rRNA;883059;648;comp;16s
fin;CDS;885244;;;
deb;CDS;900855;73;;
;tRNA;901564;214;comp;ccc
fin;CDS;901852;;;
deb;CDS;928254;138;;
;tRNA;930684;32;;cac
;tRNA;930788;38;;cga
;tRNA;930900;37;;aag
;tRNA;931010;36;;cta
;tRNA;931128;423;;ggc
fin;CDS;931623;;;
deb;CDS;937885;171;;
;tRNA;939865;437;;aga
fin;CDS;940376;;;
deb;CDS;974079;223;comp;
;tRNA;974692;153;comp;ctc
deb;CDS;974929;112;comp;
;tRNA;975497;95;comp;cca
fin;CDS;975665;;;
deb;CDS;1069506;81;;
;tRNA;1070004;78;comp;tta
fin;CDS;1070166;;;
deb;CDS;1084097;24;;
;regulatory;1084535;39;;
fin;CDS;1084670;;;
deb;CDS;1113338;247;comp;
;tRNA;1114176;247;;aac
fin;CDS;1114496;;comp;
deb;CDS;1126672;173;comp;
;tRNA;1127778;193;;caa
fin;CDS;1128044;;comp;
deb;CDS;1257969;140;comp;
;tRNA;1258904;79;;agg
fin;CDS;1259057;;;
deb;CDS;1273039;217;comp;
;tRNA;1274162;103;;ttc
fin;CDS;1274338;;comp;
deb;CDS;1301674;54;;
;repeat_region;1302007;4;;
fin;CDS;1306496;;;
deb;CDS;1319568;73;;
;repeat_region;1319986;84;;
fin;CDS;1322087;;comp;
deb;CDS;1363097;432;comp;
;tRNA;1364822;213;;atgf
fin;CDS;1365108;;;
deb;CDS;1478531;196;comp;
;tRNA;1479645;256;;cgg
fin;CDS;1479975;;comp;
deb;CDS;1522454;86;comp;
;tRNA;1523230;34;;tgc
fin;CDS;1523336;;comp;
deb;CDS;1540671;186;comp;
;tRNA;1541994;351;comp;gcc
fin;CDS;1542418;;;
deb;CDS;1691238;189;;
;tRNA;1692768;564;;ctg
fin;CDS;1693416;;;
deb;CDS;1760709;185;comp;
;tRNA;1762091;316;;atgi
fin;CDS;1762481;;comp;
deb;CDS;2034849;32;comp;
;tRNA;2035061;26;comp;tgg
deb;CDS;2035161;64;comp;
;tRNA;2035402;246;comp;acc
fin;CDS;2035721;;;
deb;CDS;2185380;84;;
;tRNA;2186256;40;;tca
;tRNA;2186381;25;;agc
;tRNA;2186493;16;;cgc
;tRNA;2186583;40;;tcg
;tRNA;2186710;13;;tcc
;ncRNA;2186809;133;;
fin;CDS;2187040;;comp;
&lt;/pre&gt;

====scc intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;;
scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347
;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8
;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106
;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67
;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78
;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57
;'''total 1805;&lt;201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;36
1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30
1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31
1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39
2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33
940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27
2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14
1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36
1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26
1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22
972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31
1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26
1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27
1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33
1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22
1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23
1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21
1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20
1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21
356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20
137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18
1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20
977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19
661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16
1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14
1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17
1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13
379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15
1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12
191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12
1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16
72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12
1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10
511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14
220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14
1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11
;;34;8;280;10;;total;355;210;10
;;35;6;290;15;;;;215;20
;;36;6;300;12;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;7
;;37;4;310;11;;600;1786;225;11
;;38;9;320;16;;620;1;230;8
;;39;°10;330;8;;640;1;235;10
;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12
;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8
;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9
;;;;370;6;;720;1;255;7
;;;;380;8;;740;;260;5
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8
438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7
1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4
277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6
1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6
964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9
1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8
482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4
1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6
1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5
1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9
1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7
950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4
1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4
2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4
937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7
1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2
1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5
485333;-31;;;570;3;;;;355;4
1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8
952193;-29;;;590;2;19;;;365;4
1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2
669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97
733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&amp;-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&amp;197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;114;43;-;787;poly;162;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;&gt;0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;&lt;0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;&gt;0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;&lt;0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28
;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319
&lt;/pre&gt;

====scc autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp
;&amp;tRNA;216426;369;comp;;;&amp;tRNA;723124;10;comp;;;&amp;tRNA;1114176;247;
fin;°CDS;216868;;comp;;;&amp;tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp
deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp
;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&amp;tRNA;1127778;193;
;&amp;tRNA;246652;79;;;;&amp;tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp
;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp
;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&amp;tRNA;1258904;79;
fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;;
deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp
;&amp;tRNA;302468;452;;;;&amp;tRNA;772098;137;comp;;;&amp;tRNA;1274162;103;
fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp
deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54;
;&amp;tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4;
fin;°CDS;317619;;;;;&amp;tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;;
deb;°CDS;330207;16;;;;&amp;tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73;
;&amp;tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84;
fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp
deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp
;&amp;tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&amp;tRNA;1364822;213;
fin;°CDS;346700;;comp;;;&amp;tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;;
deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp
;&amp;tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&amp;tRNA;1479645;256;
fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp
deb;°CDS;436852;237;;;;&amp;tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp
;&amp;tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&amp;tRNA;1523230;34;
fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp
deb;°CDS;481186;180;comp;;;&amp;tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp
;&amp;tRNA;482665;82;;;;&amp;tRNA;930788;38;;;;&amp;tRNA;1541994;351;comp
fin;°CDS;482820;;;;;&amp;tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;;
deb;°CDS;530805;82;;;;&amp;tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189;
;&amp;tRNA;532396;310;;;;&amp;tRNA;931128;423;;;;&amp;tRNA;1692768;564;
fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;;
deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp
;&amp;tRNA;569803;412;;;;&amp;tRNA;939865;437;;;;&amp;tRNA;1762091;316;
fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp
deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp
;&amp;tRNA;636444;334;;;;&amp;tRNA;974692;153;comp;;;&amp;tRNA;2035061;26;comp
fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp
deb;°CDS;640192;79;;;;&amp;tRNA;975497;95;comp;;;&amp;tRNA;2035402;246;comp
;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;;
fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84;
deb;°CDS;711173;51;;;;&amp;tRNA;1070004;78;comp;;;&amp;tRNA;2186256;40;
;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&amp;tRNA;2186381;25;
fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&amp;tRNA;2186493;16;
deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&amp;tRNA;2186583;40;
;&amp;tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&amp;tRNA;2186710;13;
fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133;
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp
&lt;/pre&gt;
====scc intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;1194;;369;;32;26;deb;
;;;669;;452;;52;79;&lt;201;13
;;comp’;152;;176;;64;82;total;18
;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72%
;;;228;;182;;67;124;;
;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin;
;;comp’;237;comp’;202;;84;176;&lt;201;8
;;comp’;180;;82;;102;182;total;17
;;;82;;310;;112;213;taux;47%
;;;102;;412;;138;230;;
;;;52;comp’;334;;171;310;total;
;;;66;;230;;186;369;&lt;201;21
;10;;67;;104;;189;412;total;35
;;;236;;124;;223;423;taux;60%
;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;;
;;comp’;73;comp’;214;;236;452;;
;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;;
;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls
;;;223;;153;;16;34;deb;
;;;112;comp’;95;;71;78;&lt;201;11
;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16
;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69%
;;comp’;173;comp’;193;;86;193;;
;;comp’;140;;79;;140;202;fin;
;;comp’;217;comp’;103;;152;214;&lt;201;5
;;comp’;432;;213;;173;223;total;16
;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31%
;;comp’;86;comp’;34;;185;247;;
;;;186;comp’;351;;196;251;total;
;;;189;;564;;217;252;&lt;201;16
;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32
;;;32;;26;;247;316;taux;50%
;;;64;comp’;246;;273;334;;
;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;24;13;37;;;;;;;
total;34;33;67;;;;;;;
taux;71%;39%;55%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====scc par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;
&lt;/pre&gt;
===spirochetes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est  18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850
&lt;/pre&gt;

==archeo==
===mfi===
====mfi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;
&lt;/pre&gt;

====mfi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81
&lt;/pre&gt;

====mfi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]]
&lt;pre&gt;
mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382
&lt;/pre&gt;

====mfi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]]
&lt;pre&gt;
mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;;
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;;
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;;
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;;
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;;
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;;
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;;
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;;
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;;
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;;
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;;
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;;
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;;
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;2;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;
&lt;/pre&gt;

===mja===
====mja opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;
&lt;/pre&gt;

====mja cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]]
&lt;pre&gt;
mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74
&lt;/pre&gt;

====mja blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]]
&lt;pre&gt;
mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;
&lt;/pre&gt;

====mja remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]]
&lt;pre&gt;
mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====mja distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mja données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;;
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;;
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;;
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;;
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;;
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mja autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*'''Attention''': Correction erreur fin de génome
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;
&lt;/pre&gt;

====mja intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]]
*'''Les intercalaires négatifs:'''
&lt;pre&gt;
mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53
continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166
&lt;/pre&gt;
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;;
;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5
;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219
;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21
;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128
;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100
;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102
;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83
;'''total 1729;&lt;201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35
470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39
47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27
451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36
449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25
291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18
623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37
1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22
694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36
1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21
1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27
328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27
911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44
106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22
91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33
692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21
256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17
1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21
15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25
424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22
1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20
73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25
1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26
777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18
983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16
1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15
518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16
410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11
1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10
1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16
1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12
439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10
489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14
966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16
7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9
325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6
1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9
258119;400;35;1;290;14;;;;215;11
;;36;5;300;4;;;;220;11
;;37;4;310;5;;;;225;5
;;38;6;320;12;;;;230;12
;;39;°11;330;3;;;;235;5
;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7
;;reste;902;350;3;166;;;245;6
;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6
;;;;370;6;;;;255;4
;;;;380;5;;;;260;3
;;;;390;3;;;;265;7
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6
349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7
541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2
575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9
125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5
1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3
1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1
28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4
316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1
1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6
739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6
875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3
1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0
12869;-39;;;530;2;;;;335;5
1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1
1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2
1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1
697374;-35;;;570;0;;;;355;3
1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3
1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4
139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2
312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49
352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&amp;-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&amp;-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&amp;227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&amp;128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;&gt;0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;&lt;0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;&gt;0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;&lt;0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0
diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1
 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56
;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163
&lt;/pre&gt;

====mja autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp
;repeat_region;378;89;;;;&amp;tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532;
fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;;
deb;°CDS;96499;372;comp;;;&amp;tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238;
;&amp;tRNA;97426;91;comp;;;&amp;tRNA;863570;8;;;;&amp;tRNA;873686;102;comp
;&amp;tRNA;97629;241;;;;&amp;tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp
fin;°CDS;97958;;;;;&amp;tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp
deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&amp;tRNA;883681;123;
;&amp;tRNA;111766;19;;;;&amp;tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp
fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp
deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93;
;repeat_region;132922;114;;;;&amp;tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp
fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp
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;&amp;tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp
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;&amp;tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====mja intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
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;18;;31;;32;;133;50;;
;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin;
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;;;86;;80;;'''-;241;;
;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls
;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb;
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;;comp’;383;;177;;149;'''-;;
;;;;;;;157;'''-;'''fin;
;;;;;;;171;'''-;&lt;201;1
;;;;;;;172;'''-;total;4
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;;;;;;;220;'''-;;
;;;;;;;238;'''-;'''total;
;;;;;;;250;'''-;&lt;201;9
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;;;;;;;383;'''-;taux;50%
;;;;;;;;;;
;;;;;deb;fin;total;;;
;;;;&lt;201;14;16;30;;;
;;;;total;22;21;43;;;
;;;;taux;64%;76%;70%;;;
&lt;/pre&gt;

===mba===
====mba opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;*
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;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
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;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*
&lt;/pre&gt;

====mba cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]]
&lt;pre&gt;
mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78
&lt;/pre&gt;

====mba blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]]
&lt;pre&gt;
mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*
&lt;/pre&gt;

====mba remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]]
&lt;pre&gt;
mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mba distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;;
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;;
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;;
;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;;
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;;
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488;
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607;
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289;
;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;;
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;;
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;;
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga
1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf
2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;
17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;;
41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;;
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;
;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;;
;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mba autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mba;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;91192;137;;
;tRNA;92076;132;comp;ctc
;tRNA;92293;298;comp;ctc
fin;CDS;92676;;comp;
deb;CDS;98630;535;comp;
;tRNA;99873;222;comp;tcc
fin;CDS;100178;;comp;
deb;CDS;146979;80;comp;
;tRNA;147599;198;comp;acc
fin;CDS;147869;;comp;
deb;CDS;199345;492;comp;
;tRNA;200761;71;comp;aac
;tRNA;200905;119;comp;atgi
;tRNA;201099;790;comp;aac
fin;CDS;201962;;;
deb;CDS;260990;173;;
;tRNA;261706;673;;cgg
fin;CDS;262451;;;
deb;CDS;355894;309;;
;repeat_region;356467;137;;
fin;CDS;359947;;;
deb;CDS;463836;2075;comp;
;tRNA;466799;94;;gga
;tRNA;466965;221;;cta
fin;CDS;467271;;comp;
deb;CDS;473154;298;;
;tRNA;474022;246;comp;gag
fin;CDS;474343;;comp;
deb;CDS;692109;349;comp;
;tRNA;693337;400;;aga
fin;CDS;693812;;comp;
deb;CDS;703446;488;comp;
;tRNA;704447;307;;agg
fin;CDS;704829;;;
deb;CDS;800463;799;comp;
;tRNA;801442;137;comp;agc
;ncRNA;801664;327;comp;
fin;CDS;802306;;;
deb;CDS;1109819;15;;
;tRNA;1110029;63;;atgf
;tRNA;1110167;63;;atgf
;tRNA;1110305;273;;atgf
fin;CDS;1110653;;;
deb;CDS;1134460;235;comp;
;tRNA;1135310;65;comp;tgc
;tRNA;1135447;126;comp;tgc
fin;CDS;1135645;;comp;
deb;CDS;1137210;488;;
;rRNA;1138169;74;comp;122
;rRNA;1138365;209;comp;2833
;rRNA;1141481;835;comp;1489
fin;CDS;1143794;;;
deb;CDS;1249870;423;comp;
;tRNA;1250464;546;comp;aag
fin;CDS;1251084;;;
deb;CDS;1315521;-12;;
;tRNA;1315680;174;comp;cgc
fin;CDS;1315926;;;
deb;CDS;1516050;286;comp;
;tRNA;1516507;760;;caa
fin;CDS;1517340;;comp;
deb;CDS;1538879;36;comp;
;tRNA;1539323;1249;comp;other
fin;CDS;1540645;;comp;
deb;CDS;1546247;576;comp;
;tRNA;1548368;448;comp;aca
fin;CDS;1548890;;;
deb;CDS;1550566;745;;
;tRNA;1551506;506;comp;aca
fin;CDS;1552086;;;
deb;CDS;1621639;433;;
;tRNA;1623269;112;;tac
;tRNA;1623497;300;;gac
fin;CDS;1623870;;comp;
deb;CDS;1657967;616;comp;
;repeat_region;1660242;74;;
fin;CDS;1661656;;;
deb;CDS;1714788;154;;
;tRNA;1715224;187;comp;acg
fin;CDS;1715483;;comp;
deb;CDS;1755811;113;comp;
;tRNA;1756107;0;comp;ccg
fin;CDS;1756182;;comp;
deb;CDS;1842058;16;;
;tRNA;1842212;717;comp;gtg
fin;CDS;1843003;;;
deb;CDS;1852573;1379;comp;
;tRNA;1854261;198;comp;ccc
fin;CDS;1854537;;comp;
deb;CDS;1908225;349;comp;
;tRNA;1909339;445;comp;tgg
fin;CDS;1909976;;;
deb;CDS;1926495;183;;
;tRNA;1927362;125;comp;tcg
fin;CDS;1927571;;comp;
deb;CDS;1975038;78;;
;ncRNA;1976292;428;comp;
fin;CDS;1977078;;;
deb;CDS;2005431;2315;comp;
;tRNA;2009369;199;comp;cca
fin;CDS;2009643;;comp;
deb;CDS;2026807;314;comp;
;tRNA;2028771;513;;ggg
fin;CDS;2029356;;comp;
deb;CDS;2157926;567;;
;tRNA;2159252;349;;atgj
fin;CDS;2159712;;;
deb;CDS;2194967;718;comp;
;rRNA;2196021;209;;1489
;rRNA;2197708;74;;2833
;rRNA;2200689;607;;122
fin;CDS;2201418;;comp;
deb;CDS;2434335;603;comp;
;tRNA;2435213;223;comp;gcc
;tRNA;2435508;74;;atc
;tRNA;2435659;241;;atc
fin;CDS;2435977;;comp;
deb;CDS;2622097;1489;;
;tRNA;2625515;1102;;gta
fin;CDS;2626691;;;
deb;CDS;2650514;164;;
;tRNA;2651461;218;;cac
fin;CDS;2651751;;;
deb;CDS;2663547;318;;
;tRNA;2664987;263;comp;ggc
fin;CDS;2665322;;;
deb;CDS;2856552;134;;
;tRNA;2857544;153;comp;tca
fin;CDS;2857782;;comp;
deb;CDS;3326036;539;;
;tRNA;3327097;995;;tgc
fin;CDS;3328164;;;
deb;CDS;3994472;514;;
;tRNA;3995436;477;comp;cga
fin;CDS;3996007;;;
deb;CDS;4005709;269;;
;tRNA;4006296;860;;ttg
;repeat_region;4007239;169;;
fin;CDS;4009182;;comp;
deb;CDS;4031590;1075;comp;
;tRNA;4032947;182;;cag
fin;CDS;4033202;;comp;
deb;CDS;4041205;96;comp;
;tRNA;4042057;375;;tta
fin;CDS;4042517;;comp;
deb;CDS;4045359;718;comp;
;tRNA;4048993;35;;tta
deb;CDS;4049113;241;comp;
;tRNA;4052645;177;;tta
fin;CDS;4052907;;comp;
deb;CDS;4407561;64;;
;tRNA;4407895;675;;gcg
fin;CDS;4408642;;comp;
deb;CDS;4504139;536;comp;
;tRNA;4504837;220;comp;ctg
fin;CDS;4505142;;comp;
deb;CDS;4551177;566;comp;
;tRNA;4552418;94;;gtc
;tRNA;4552586;7;;ttc
;tRNA;4552668;61;;ggc
;tRNA;4552801;94;;gtc
;tRNA;4552969;7;;ttc
;tRNA;4553051;717;;ggc
fin;CDS;4553840;;;
deb;CDS;4617920;200;;
;tRNA;4618540;351;;gaa
deb;CDS;4618969;377;;
;tRNA;4619568;214;;gaa
fin;CDS;4619860;;comp;
deb;CDS;4673041;289;;
;rRNA;4673933;74;comp;122
;rRNA;4674129;116;comp;2833
;tRNA;4677152;85;comp;gca
;rRNA;4677310;1247;comp;1489
fin;CDS;4680035;;;
deb;CDS;4759174;89;comp;
;tRNA;4759500;655;comp;aaa
fin;CDS;4760232;;comp;
&lt;/pre&gt;

====mba intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;;
mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21
;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23
;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21
;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20
;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14
;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22
;'''total 3943;&lt;201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28
3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6
526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11
1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20
2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14
4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7
818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16
2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20
3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12
376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18
3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12
4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8
1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7
4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6
3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8
372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8
3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9
3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13
3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6
542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18
682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8
3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10
2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9
3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7
2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5
912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4
2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7
2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15
4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9
974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5
4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9
2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8
511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9
2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3
3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9
2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4
63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7
136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3
958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7
301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10
1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;230;22;1080;5
;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3
;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1
;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8
;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4
;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4
4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3
1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5
4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4
493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3
942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3
4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4
4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580
4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109
2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943
1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;;
2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;;
3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;;
2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;;
4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;;
1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;;
1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;;
82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;;
222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;;
3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;;
1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;;
1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;;
3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;;
3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;;
4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;&gt;0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;&lt;0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;&gt;0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;&lt;0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
 - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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&lt;/pre&gt;

====mba autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====mba intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;
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;'''74;;;;;;137;214;taux;33%
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;;;;;;;;;;
;deb;fin;toal;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;

===mfe===
====mfe opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_opérons|mfe opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;*
;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;*
;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;*
;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;*
comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;*
;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;*
;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;*
;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;*
comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;*
comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;*
comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;*
comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;*
comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;*
comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;*
comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;*
comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;*
;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;*
;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;*
comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;*
;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
&gt;;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;*
;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;*
comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;*
;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;*
comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;*
comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;*
comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;*
comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
&lt;/pre&gt;

====mfe cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80
&lt;/pre&gt;

====mfe blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]]
&lt;pre&gt;
mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*
&lt;/pre&gt;

====mfe remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]]
&lt;pre&gt;
mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfe distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfe données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;;
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;;
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;;
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;;
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;;
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5;
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271;
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;;
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;;
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;;
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfe autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;
&lt;/pre&gt;

===archées synthèse===
====archées distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]]
&lt;pre&gt;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;&gt;1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;
&lt;/pre&gt;
====euryarchaeota, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est  10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832
&lt;/pre&gt;

==génomes synthèse==
===Les intercalaires entre cds d'un génome===
====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]]
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a%
;;;;;;;;;;;
pub;1,307;19,910;&amp;1.63;89;&amp;15,233;;;;;;
ant;3,095;158,387;&amp;'''1.80;85;&amp;'''51,175;;;;;;
abra;1,667;17,186;&amp;1.41;81;10,310;;;;;;
pmg;1,800;48,983;&amp;1.62;85;&amp;27,213;;;;;;
mja;1,729;25,564;&amp;1.45;81;&amp;14,777;;;;;;
fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1
rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16
;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31
rru;3,786;46,193;&amp;1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16
eco;4,024;64,507;&amp;1.46;74;&amp;16,031;;;;;;
cvi;4,282;5,941;&amp;1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&amp;'''45.8;19
ade;4,464;83,541;&amp;1.51;81;&amp;18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17
bsu;4,213;110,979;&amp;1.58;79;&amp;26,323;;;;;;
cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;;
afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;;
ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31
scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;;
Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39
rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1
spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&amp;39
pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&amp;30.0;&amp;41
cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&amp;34.0;&amp;50
blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;;
myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21
mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&amp;49
&lt;/pre&gt;
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a%
pub;1 307;19 910;&amp;1,63;89;&amp;15 233;;;;;;
rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1
rru;3 786;46 193;&amp;1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16
;;;;;;;;;;;
eco;4 024;64 507;&amp;1,46;74;&amp;16 031;;;;;;
spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&amp;39
;;;;;;;;;;;
bsu;4 216;110 979;&amp;1,58;79;&amp;26 323;;;;;;
pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&amp;30,0;&amp;41
;;;;;;;;;;;
cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;;
cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&amp;34,0;&amp;50
;;;;;;;;;;;
ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31
blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;;
;;;;;;;;;;;
myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21
pmg;1 800;48 983;&amp;1,62;85;&amp;27 213;;;;;;
abra;1 667;17 186;&amp;1,41;81;10 310;;;;;;
cvi;4 282;5 941;&amp;1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&amp;45,8;19
ade;4 464;83 541;&amp;1,51;81;&amp;18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17
ant;3 095;158 387;&amp;1,80;85;&amp;51 175;;;;;;
afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;;
scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;;
mja;1 730;25 564;&amp;1,45;81;&amp;14 777;;;;;;
mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&amp;49
&lt;/pre&gt;

====Fréquences des intercalaires cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]]
&lt;pre&gt;
génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;;
gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5;gen;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5
pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438
rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573
rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714
spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723
pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725
cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726
blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639
pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604
abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723
ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690
ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632
mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529
rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;;
faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604
moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714
fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778
effectif;9   9   3;3  12  6;3  11  7;7  10  4;3  10  8;2  13  6;3  13  5;;;;;;;;;effectif;5  11  5;6  11  4;4  11  6;4  11  6;5  11  5;13  6  2; 5  9  7
&lt;/pre&gt;

====Classement des génomes cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]]
&lt;pre&gt;
gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;&lt;0;100;200;370;600;max
'''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1
'''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8
'''abra;2m;''7;&lt;u&gt;65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;&lt;u&gt;11
'''pmg;2m;&lt;u&gt;8,5;''55;''35;&lt;u&gt;11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8
'''mja;2m;°9;&lt;u&gt;64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7
;;;;;;;;;;;;;
fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8
;;;;;;;;;;;;;
rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10
;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16
;;;;;;;;;;;;;
'''rru;4M;°10;&lt;u&gt;'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;&lt;u&gt;'''221;°141;°37;°13
'''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;&lt;u&gt;''8
'''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16
'''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10
'''bsu;4M;°9,5;°72;&lt;u&gt;''64;'''29.29;°81;;°144;°495;&lt;u&gt;'''230;°98;°28;''4
'''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;&lt;u&gt;'''232;&lt;u&gt;'''158;°47;°10
'''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11
'''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28
'''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;&lt;u&gt;'''192;°439;°181;°134;°43;°11
;;;;;;;;;;;;;
Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19
;;;;;;;;;;;;;
'''rtb;1m;'''20;'''85;&lt;u&gt;109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151
'''spl;4M;'''14;'''82;&lt;u&gt;105;°17.06;°76;;''101;''371;&lt;u&gt;215;'''184;'''90;'''40
&amp;'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;&lt;u&gt;110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32
&amp;'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;&lt;u&gt;211;'''221;'''127;'''52
'''blo;2m;&lt;u&gt;11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19
'''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;&lt;u&gt;57;'''42
&amp;'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175
&lt;/pre&gt;

====Les intercalaires tRNAs-cds====
=====comparaison continu-discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]]
*Total des nuls cds-cds
&lt;pre&gt;
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
&lt;/pre&gt;
*tableau
&lt;pre&gt;
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;&lt;0;reste32;reste32%;comp’/&lt;0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
&lt;/pre&gt;

=====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]]
*Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne &quot;opérons sans&quot; dans &quot;genome.opérons&quot;). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
&lt;pre&gt;
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;

cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&amp;37,3;41;2;4,9;&amp;7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&amp;35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&amp;45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&amp;14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&amp;'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&amp;'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&amp;39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&amp;42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&amp;8,0;1;;
pub;&amp;'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&amp;7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&amp;12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
&lt;/pre&gt;

=====Les cds-cds positif-négatif=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]]
&lt;pre&gt;
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;&lt;0 %;&lt;1;reste;total;1-40;&gt;0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3

22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&amp;25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&amp;36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&amp;25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&amp;41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&amp;99;&amp;205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&amp;106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&amp;580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&amp;25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&amp;37.5;950;597;&amp;39;14;1800
pmq;7479;&amp;185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&amp;36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&amp;141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;

tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+;  xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
&lt;/pre&gt;

=====comparaison cds-cds et tRNA-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
;caractéristiques;;;;;;petit;;grand;
gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;&lt;0;inf;sup;inf;sup
abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57
ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28
mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49
pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78
pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07
;;;;;;;;;;
ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65
afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48
ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06
bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59
cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08
cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54
eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92
rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78
spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62
;;;;;;;;;;
blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73
cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68
mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36
myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85
pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68
rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27
scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12

;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;;
gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux
abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5
ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4
mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1
pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5
pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5
;;;;;;;;;;
ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1
afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9
ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3
bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9
cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8
cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4
eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5
rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0
spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3
;;;;;;;;;;
blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9
cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8
mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0
myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0
pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8
rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9
scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
;&lt;201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3
;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;;
genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;;
vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3;
oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5;
ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;&quot;
psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5;
cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; 
hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4;
npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;&quot;
apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5;
mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;&quot;
mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
;total ok;1;6;4;12;8;9;16;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les résultats'''
&lt;pre&gt;
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5
vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5
amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0
ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7
rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7
oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4
abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4
abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0
agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7
aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3
rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9
ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9
lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4
ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5
psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3
cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2
hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7
fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2
npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4
apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3
mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9
mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3
**;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7
bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2
eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9
ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;;
cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9
afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1
scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6
ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1
;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5
pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0
vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0
amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0
ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2
rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7
oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7
abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5
abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4
agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7
aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4
rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0
ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;;
lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;;
ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;;
psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;;
hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;;
fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;;
apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;;
mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;;
mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;;
**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand'''
&lt;pre&gt;
test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal;
cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453;
petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13;
grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9;
totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26;
total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26;
grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;;
;;;;;;;;;;;
test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe
cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374
petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21
grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5
totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78
total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78
grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8);
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko;
p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848;
q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152;
compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu;
cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325;
petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11;
grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8;
totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
grand sans -;(5);;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok
p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630
q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370
compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb
cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828
petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18
grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5
totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
&lt;/pre&gt;
*'''Les calculs des bornes'''
&lt;pre&gt;
;compare;test;;;;;;;;;
;afn;eco;;;;;;;;;
;0,771;21;;;;;;;;;
;0,229;5;;;;;;;;;
;;78;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs
archeo;cds total;total;&lt;0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78
mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2
mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052
mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus;
calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand
petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205
grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;;
;;;;;;;34;40;;17;29
;;;;;;;;;;;
;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3
;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup
&lt;/pre&gt;
=====Récapitulatif des taux discontinu/continu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]]
&lt;pre&gt;
&gt;0;;;&lt;0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&amp;36,5;2;6;&amp;75;1280;&amp;0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&amp;31,08;9564;1224;&amp;11,3;72019;&amp;15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&amp;25,1;&amp;3,4;75793;;28,1
&lt;/pre&gt;

=====Les taux de discontinus par classe génomique=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]]
&lt;pre&gt;
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&amp;25;°24;°6
ant;&amp;10,9;27;&amp;25;°15;°8
mja;&amp;24,2;30;13;42;&amp;36
pmg;&amp;36,0;&amp;39;14;39;&amp;41
pub;&amp;19,0;29;&amp;36;44;&amp;45
$II;;;;;
ade;&amp;11,9;&amp;36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&amp;19,3;&amp;42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&amp;57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&amp;12,3;33;18;43;&amp;35
rru;&amp;10,1;31;18;41;&amp;33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&amp;47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&amp;48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]]
*Tableau 
&lt;pre&gt;
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
 -1;1671;'''17.5;;0;0;;
 -2;4;0.0;;40;3.3;;
 -3;5;0.1;;0;0;;
 -4;&amp;4476;'''46.8;&lt;u&gt;0.38;°410;'''33.5;&lt;u&gt;0.10;
 -5;9;0.1;;3;0.2;;
 -6;4;0.0;;35;2.9;;16
 -7;139;1.5;;19;1.6;;
 -8;&amp;945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
 -9;3;0.0;;25;2.0;;14
 -10;93;1.0;;11;0.9;;
 -11;&amp;498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
 -12;2;0.0;;23;1.9;;8
 -13;94;1.0;;15;1.2;;
 -14;&amp;329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
 -15;1;0.0;;25;2.0;;12
 -16;58;0.6;;13;1.1;;
 -17;&amp;235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
 -18;5;0.1;;13;1.1;;1
 -19;43;0.4;;12;1.0;;
 -20;&amp;162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
 -21;0;0;;11;0.9;;3
 -22;22;0.2;;8;0.7;;
 -23;&amp;107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
 -24;1;0.0;;19;1.6;;8
 -25;34;0.4;;11;0.9;;
 -26;&amp;101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
 -27;2;0.0;;6;0.5;; -2
 -28;19;0.2;;8;0.7;;
 -29;&amp;61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
 -30;0;0;;5;0.4;; -3
 -31;16;0.2;;8;0.7;;
 -32;&amp;45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
 -33;0;0;;3;0.2;; -4
 -34;15;0.2;;7;0.6;;
 -35;&amp;35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
 -36;0;0;;3;0.2;;0
 -37;9;0.1;;3;0.2;;
 -38;&amp;31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
 -39;0;0;;3;0.2;; -4
 -40;5;0.1;;7;0.6;;
 -41;&amp;34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
 -42;0;0;;4;0.3;; -2
 -43;16;0.2;;6;0.5;;
 -44;&amp;24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
 -45;0;0;;2;0.2;; -1
 -46;5;0.1;;3;0.2;;
 -47;&amp;11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
 -48;0;0;;2;0.2;; -2
 -49;11;0.1;;4;0.3;;
 -50;&amp;9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences des &lt;span id=&quot;nd50&quot;&gt;négatifs&lt;/span&gt;, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
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65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
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79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
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-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
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-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
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-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
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-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]]
*Tableau
&lt;pre&gt;
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu   50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]]
&lt;pre&gt;
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&amp;0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&amp;2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&amp;492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&amp;4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&amp;0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&amp;0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&amp;16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
&lt;/pre&gt;
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus=====
======Tableau cds-cds négatifs discontinus======
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]]
&lt;pre&gt;
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰  ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&amp;45;§38;7;56;&amp;&lt;u&gt;70.4;1307;&amp;47;51;&amp;92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&amp;55;§29;16;55;&amp;48.9;1800;&amp;33;38;&amp;88
3;'''ase;17;?48;55;123;&amp;&lt;u&gt;226;?21;24;54;&amp;42.9;&lt;u&gt;'''8197;&amp;&lt;u&gt;109;31;&amp;&lt;u&gt;335
4;'''mja;0;@19;3;8;&amp;30;@63;10;27;&amp;32.4;1730;&amp;26;46;&amp;56
5;'''ant;0;@20;5;18;&amp;43;@47;12;42;&amp;26.8;3095;&amp;40;48;&amp;83
6;'''eco;10;§15;6;18;&amp;39;§38;15;46;&amp;23.4;'''4024;&amp;45;48;&amp;84
7;'''ade;9;?4;17;36;&amp;57;?7;30;63;&amp;22.8;'''4464;&amp;36;35;&amp;93
8;'''rru;5;?6;13;22;&amp;41;?15;32;54;&amp;19.5;'''3786;&amp;28;38;&amp;69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&amp;43;?16;37;47;&amp;16.1;'''4282;&amp;25;36;&amp;68
10;'''scc;1;§9;3;12;&amp;24;§38;13;50;&amp;15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&amp;27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor=&quot;#e8f2a8&quot;|;;?;bgcolor=&quot;#bbe333&quot;|;;@;bgcolor=&quot;#ff00ff&quot;|;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;cdmc&quot;&gt;Coefficient&lt;/span&gt; de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
&lt;pre&gt;
	14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs continus		14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs discontinus				
gen	r50	“5	“6	“7	“8	total	cds	r80	“5	“6	“7	“8	total
abra	13	211	0	11	174	409	1667	0	2	3	0	3	8
ade	9	607	0	25	72	713	4464	9	36	4	17	36	102
afn	9	167	2	20	105	303	2039	1	1	1	1	0	4
ant	6	387	1	33	252	679	3095	0	40	20	5	18	83
ase	28	1054	3	70	145	1300	8197	17	109	48	55	123	352
blo	2	161	1	10	36	210	1772	2	3	1	4	8	18
bsu	17	305	0	42	209	573	4215	4	14	5	7	5	35
cbei	4	153	0	32	200	389	5622	0	4	2	2	3	11
cbn	0	62	0	23	82	167	2491	0	0	5	0	4	9
cvi	4	493	0	38	152	687	4282	1	25	7	16	20	69
eco	22	423	0	47	152	644	4024	10	45	15	6	18	94
mba	6	152	7	34	108	307	3943	0	6	3	3	10	22
mja	6	78	0	17	62	163	1730	0	26	19	3	8	56
myr	0	133	0	22	127	282	3555	0	9	5	1	5	20
pmg	2	105	0	10	41	158	1800	0	33	16	9	30	88
pmq	16	466	1	44	226	753	7223	1	14	8	5	14	42
pub	3	233	2	14	129	381	1307	0	47	17	3	25	92
rru	11	475	0	26	97	609	3786	5	28	6	13	22	74
rtb	0	43	0	9	46	98	793	0	1	0	0	3	4
scc	6	195	1	22	95	319	1805	1	3	9	3	12	28
spl	5	262	0	30	117	414	4213	0	7	1	1	3	12
total	169	6165	18	579	2627	9558	72023	51	453	195	154	370	1223
&lt;/pre&gt;
*Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
&lt;pre&gt;
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. 
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails======
*Fréquences &lt;span id=&quot;disc80&quot;&gt;des&lt;/span&gt; discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
&lt;/pre&gt;

======Restes des cds-cds négatifs======
*Restes &lt;span id=&quot;rcdsn&quot;&gt;des&lt;/span&gt; cds-cds négatifs
&lt;pre&gt;
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]]
*Tableau cds-cds-c
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;&lt;u&gt;'''37;&lt;u&gt;'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&amp;5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&amp;7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&amp;77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;&lt;u&gt;'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&amp;32.1;1054;&amp;81;158.6;&amp;&lt;u&gt;8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&amp;25.8;607;&amp;&lt;u&gt;85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&amp;72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&amp;78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&amp;177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&amp;219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;&lt;u&gt;'''5.9;211;°52;&amp;245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&amp;&lt;u&gt;292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
&lt;/pre&gt;
*Tableau cds-cds-x
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;&lt;u&gt;'''67;&amp;121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&amp;87;&amp;5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&amp;118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&amp;48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&amp;32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&amp;93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&amp;7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;&lt;u&gt;'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&amp;&lt;u&gt;8 197;?21;31;&amp;42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;&lt;u&gt;'''13;4464;?7;35;&amp;22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&amp;23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&amp;16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&amp;19.5
'''scc;108;12.2;53;&amp;177;'''25;°1 805;§38;11;&amp;15.5
'''ant;125;10.7;&amp;81;&amp;219;&amp;74;3095;@47;48;&amp;26.8
'''abra;127;6.6;&amp;104;&amp;245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&amp;99;&amp;&lt;u&gt;292;&amp;&lt;u&gt;190;'''1 307;§38;51;&amp;&lt;u&gt;70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences &lt;span id=&quot;fncont&quot;&gt;des&lt;/span&gt; intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
&lt;pre&gt;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max  40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&amp;pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max  50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&amp;cbei;708;18;{{tri1|18}}d2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&amp;'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&amp;mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max  50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&amp;'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor=&quot;#66ffff&quot;|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor=&quot;#ffff00&quot;|;;&amp;;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&amp;mba;348;17;
[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&amp;cbei;708;18;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&amp;pmq;813;19;
§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&amp;'''scc;71;20;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&amp;'''blo;138;21;
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]]
*Légende
&lt;pre&gt;
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30  ‰ ;;;teff;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&amp;pmq;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&amp;cbei;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&amp;[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&amp;'''blo;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&amp;[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&amp;mba;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&amp;mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&amp;'''scc;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;&lt;u&gt;2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&amp;pmq;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&amp;cbei;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&amp;'''blo;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;&lt;u&gt;3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&amp;mba;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&amp;'''scc;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]]
*Légende
*Tableau
&lt;pre&gt;
Sc+  40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&amp;'''1.7;4;13;&amp;-10.7;$131;pr1;'''rtb;&amp;'''39;&amp;27;&amp;18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&amp;981;6;8;13;13;$0;2;58;&amp;-11.0;&amp;367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&amp;882;7;11;11;34;&amp;5.8;4;43;&amp;-11.3;&amp;630;pro1;'''rru;&amp;32;&amp;28;&amp;13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&amp;897;6;10;13;50;&amp;9.3;1;58;&amp;-9.0;&amp;815;pro;'''cvi;&amp;30;&amp;30;&amp;17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&amp;929;5;9;19;51;&amp;8.0;2;63;&amp;-14.7;&amp;876;pro;'''ade;&amp;30;&amp;32;&amp;15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&amp;923;7;9;14;88;&amp;'''37.0;1;109;&amp;-15.8;&amp;836;pro;'''ant;&amp;'''37;&amp;39;&amp;14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&amp;894;5;9;13;61;&amp;12.0;2;54;&amp;-13.7;&amp;902;pro;'''eco;&amp;27;&amp;35;&amp;17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&amp;881;6;10;13;33;&amp;5.0;2;53;&amp;-10.0;&amp;683;pro1;'''spl;&amp;30;&amp;31;&amp;15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&amp;9.3;4;32;&amp;-14.0;&amp;474;pro-a;'''mja;$23;&amp;31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&amp;922;7;12;23;46;&amp;4.6;2;78;&amp;-11.0;&amp;899;pro1-a;'''myr;&amp;'''42;$25;&amp;16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&amp;895;7;12;4;33;&amp;5.8;1;58;&amp;-9.0;&amp;420;pro1;'''abra;&amp;'''41;&amp;30;&amp;14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;fc40&quot;&gt;Données&lt;/span&gt;
&lt;pre&gt;
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]]
*Légende
&lt;pre&gt;
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+  40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15   611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]]
*Les tRNA-tRNA x+
&lt;pre&gt;
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 &quot;8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210&quot;
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;
&lt;/pre&gt;

===Les blocs à tRNA===
===Les cds dans les blocs à tRNA===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]]
&lt;pre&gt;
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328  ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;&lt; ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp &lt; ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;
&lt;/pre&gt;

==Les totaux des génomes par type==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]]
*Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).
&lt;pre&gt;
;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;1;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;abra;;14; ;;;;;;abra;12;;;;;;;;abra;0;;;;;;;;abra;;; ;16;1;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal &gt;1aa 1aa duplicata;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
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aca ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
2 tta;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
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;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
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;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
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;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;39
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctc;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
3 aac;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
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2 atgf;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
tgg;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
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;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
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;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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aaa 2 +5 et 4 &gt;1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
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;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;22;;;;;;;;;3;;;;;;;;;16
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
&gt;1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
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;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
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;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
;cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
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;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
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;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;5;;;;;;;;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;93
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;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
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;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
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;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;25;;;;;;;;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;;;;;;;;
;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca &gt;1 16s;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;36;;;;;;;;;4;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;41;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;38;;;;;;;;;20;;;;;;;;;10;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
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;abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;39;;;;;;;;;20;;;;;;;;;10;;;;;;;;;
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;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;35;;;;;;;;;5;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;30;;;;;;;;;10;;;;;;;;;13;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;22;;;;;;;;;37;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;continus;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ttc2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ggc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;aac3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;tcc2;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;cac3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;(gaa cgt)2;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;beta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta gac)5 gtg gac;beta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;beta;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+&gt;a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;
&lt;/pre&gt;
===Les totaux des types===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]]
&lt;pre&gt;
bacts;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666
&lt;/pre&gt;

===La référence +5s &gt;3===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_&gt;3|La référence +5s &gt;3]]
&lt;pre&gt;
La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===totaux par rapport au groupe de référence===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114
&lt;/pre&gt;

==Caractérisation des tRNAs==
===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_&gt;1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication]]
&lt;pre&gt;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;
&lt;/pre&gt;
====Construction du tableau avec les sous-totaux====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]]
*Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]]
*Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie &quot;formule&quot; pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
*Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;6;80;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;;
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;;
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
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atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
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ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23;;beta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
delta1;;;;;;;45;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18;;delta1;;;;;;;;;delta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;2;aac;0;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;0;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
&lt;/pre&gt;
===Les processus +16s -16s -5s 1-3aas===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_-5s_1-3aas|Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas]]
====Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_1-3aas_-5s_comparés_à_la_référence|Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence]]
&lt;pre&gt;
;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135
&lt;/pre&gt;
====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]]
&lt;pre&gt;
+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000
&lt;/pre&gt;

====Classement des tRNAs avec les 8 processus====  
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]]
&lt;pre&gt;
;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-
&lt;/pre&gt;

==Les intercalaires dans les genome.cumuls==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]]
*'''Récapitulatif des chapitres cumuls'''
* - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
* - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
* - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
&lt;pre&gt;
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;
&lt;/pre&gt;</text>
      <sha1>g5anz6hm8icsj8egqwbkr44qk7z3gfe</sha1>
    </revision>
    <revision>
      <id>880645</id>
      <parentid>880644</parentid>
      <timestamp>2022-07-22T20:49:57Z</timestamp>
      <contributor>
        <username>Mekkiwik</username>
        <id>5298</id>
      </contributor>
      <comment>/* rtb autres intercalaires aas */</comment>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="1880431" xml:space="preserve">{{Annexe
  | idfaculté = biologie
  | numéro    = 12
  | niveau    = 
  | précédent = [[../archeo/]]
  | suivant = [[../Apmq/]]
}}
__TOC__
==bacilli==
===Bacillus subtilis===
====bsu====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] 
&lt;pre&gt;
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====bsu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]]
&lt;pre&gt;
bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====bsu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta
;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca
;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa
;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta
;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc
1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta
;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt
;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca
;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca
;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc
;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc
2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt
1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca
;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca
;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt
1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga
1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf
;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac
;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc
;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa
2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta
1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf
;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac
;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc
;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca
;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac
;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg
;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac
;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa
;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc
;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc
;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta
;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg
;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa
;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc
;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac
1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc
;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga
;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac
12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc
12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac
0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj
;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca
;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg
;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====bsu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;bsu;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6994;350;;
;rRNA;9810;99;;16s
;tRNA;11464;11;;atc
;tRNA;11552;81;;gca
;rRNA;11709;55;;23s
;rRNA;14692;36;;5s
fin;CDS;14847;;comp;
deb;CDS;19968;52;;
;misc_RNA;20611;56;;
deb;CDS;20880;134;;
;tRNA;22292;111;;tca
fin;CDS;22496;;comp;
deb;CDS;25852;41;;
;misc_RNA;26379;81;;
fin;CDS;26814;;;
deb;CDS;29772;243;;
;rRNA;30279;99;;16s
;tRNA;31932;11;;atc
;tRNA;32020;81;;gca
;rRNA;32177;133;;23s
;rRNA;35237;175;;5s
fin;CDS;35531;;;
deb;CDS;69626;168;;
;tRNA;70181;9;;atgj
;tRNA;70267;199;;gaa
fin;CDS;70538;;;
deb;CDS;88727;309;;
;rRNA;90536;164;;16s
;rRNA;92254;55;;23s
;rRNA;95237;20;;5s
;tRNA;95375;4;;gta
;tRNA;95455;36;;aca
;tRNA;95567;6;;aaa
;tRNA;95649;40;;cta
;tRNA;95772;14;;ggc
;tRNA;95861;9;;tta
;tRNA;95956;27;;cgt
;tRNA;96060;9;;cca
;tRNA;96146;170;;gca
;rRNA;96392;164;;16s
;rRNA;98110;55;;23s
;rRNA;101093;237;;5s
fin;CDS;101449;;;
deb;CDS;119111;45;;
;misc_RNA;119855;65;;
fin;CDS;120061;;;
deb;CDS;152937;56;;
;misc_RNA;153737;48;;
fin;CDS;153842;;;
deb;CDS;159779;349;comp;
;rRNA;160893;164;;16s
;rRNA;162610;55;;23s
;rRNA;165591;46;;5s
;tRNA;165754;4;;aac
;tRNA;165830;56;;acc
;tRNA;165959;30;;ggc
;tRNA;166064;27;;cgt
;tRNA;166168;8;;cca
;tRNA;166253;171;;gca
;rRNA;166500;164;;16s
;rRNA;168218;55;;23s
;rRNA;171197;183;;5s
;rRNA;171498;164;;16s
;rRNA;173214;55;;23s
;rRNA;176197;767;;5s
fin;CDS;177083;;;
deb;CDS;193570;179;comp;
;tRNA;194205;3;;gaa
;tRNA;194283;4;;gta
;tRNA;194363;22;;aca
;tRNA;194458;4;;tac
;tRNA;194547;227;;caa
fin;CDS;194849;;;
deb;CDS;198497;173;;
;misc_RNA;200017;89;;
fin;CDS;200277;;;
deb;CDS;275838;56;;
;misc_RNA;276815;97;;
fin;CDS;277160;;;
deb;CDS;473803;103;;
;misc_RNA;474329;133;;
fin;CDS;474731;;;
deb;CDS;483845;135;;
;misc_RNA;486092;196;;
fin;CDS;486432;;;
deb;CDS;528129;122;;
;tRNA;528704;4;;aac
;tRNA;528783;29;;agc
;tRNA;528903;11;;gaa
;tRNA;528986;26;;caa
;tRNA;529087;11;;aaa
;tRNA;529174;80;;cta
;tRNA;529336;82;;ctc
fin;CDS;529505;;comp;
deb;CDS;532292;30;;
;misc_RNA;532583;115;;
fin;CDS;532758;;;
deb;CDS;559264;67;;
;misc_RNA;559532;540;;
fin;CDS;560151;;;
deb;CDS;625125;54;;
;misc_RNA;626346;175;;
fin;CDS;626622;;;
deb;CDS;634651;333;comp;
;tRNA;635110;13;;cgt
;tRNA;635200;159;;gga
;rRNA;635433;167;;16s
;rRNA;637155;55;;23s
;rRNA;640138;13;;5s
;tRNA;640268;60;;atgf
;tRNA;640405;180;;gac
fin;CDS;640662;;;
deb;CDS;692740;143;;
;misc_RNA;694425;134;;
fin;CDS;694662;;;
deb;CDS;698092;79;;
;misc_RNA;698369;140;;
fin;CDS;698612;;;
deb;CDS;945520;291;;
;rRNA;946696;167;;16s
;rRNA;948418;111;;23s
;rRNA;951457;9;;5s
;tRNA;951582;5;;aac
;tRNA;951662;34;;tcc
;tRNA;951788;9;;gaa
;tRNA;951869;9;;gta
;tRNA;951954;11;;atgf
;tRNA;952042;12;;gac
;tRNA;952131;5;;ttc
;tRNA;952212;22;;aca
;tRNA;952307;5;;tac
;tRNA;952397;24;;tgg
;tRNA;952495;9;;cac
;tRNA;952580;49;;caa
;tRNA;952701;5;;ggc
;tRNA;952781;7;;tgc
;tRNA;952859;265;;tta
;tRNA;953213;78;;ttg
fin;CDS;953373;;comp;
deb;CDS;954893;69;;
;misc_RNA;955655;132;;
fin;CDS;955895;;;
deb;CDS;966671;193;comp;
;tRNA;967065;90;;gga
fin;CDS;967229;;comp;
deb;CDS;1178757;89;;
;misc_RNA;1180685;106;;
fin;CDS;1180909;;;
deb;CDS;1218113;58;;
;misc_RNA;1219164;470;;
fin;CDS;1219849;;;
deb;CDS;1233133;104;;
;misc_RNA;1233405;70;;
fin;CDS;1233614;;;
deb;CDS;1240356;61;;
;misc_RNA;1242262;78;;
fin;CDS;1242449;;;
deb;CDS;1257414;167;;
;misc_RNA;1258304;67;;
fin;CDS;1258492;;;
deb;CDS;1261426;172;comp;
;tRNA;1262789;840;;gtc
fin;CDS;1263702;;comp;
deb;CDS;1375777;32;;
;misc_RNA;1376328;77;;
fin;CDS;1376517;;;
deb;CDS;1377243;87;;
;misc_RNA;1378233;52;;
fin;CDS;1378496;;;
deb;CDS;1383320;127;;
;misc_RNA;1385736;132;;
fin;CDS;1386024;;;
deb;CDS;1391040;96;;
;misc_RNA;1391739;101;;
fin;CDS;1391953;;;
deb;CDS;1395371;113;;
;misc_RNA;1395622;237;;
fin;CDS;1396013;;;
deb;CDS;1409912;55;;
;misc_RNA;1410633;-113;;
fin;CDS;1410654;;;
deb;CDS;1423241;92;;
;misc_RNA;1424527;83;;
fin;CDS;1424767;;;
deb;CDS;1425641;38;;
;misc_RNA;1426876;84;;
fin;CDS;1427061;;;
deb;CDS;1438092;138;;
;misc_RNA;1439274;129;;
fin;CDS;1439448;;;
deb;CDS;1456092;46;;
;misc_RNA;1457005;30;;
fin;CDS;1457187;;;
deb;CDS;1482248;85;;
;misc_RNA;1483557;476;;
fin;CDS;1484117;;;
deb;CDS;1533327;368;;
;misc_RNA;1534070;-161;;
fin;CDS;1534120;;;
deb;CDS;1568924;2;;
;misc_RNA;1569199;199;;
fin;CDS;1569519;;;
;misc_RNA;1607367;87;;
deb;CDS;1612521;62;;
;misc_RNA;1613078;52;;
fin;CDS;1613357;;;
deb;CDS;1617210;39;;
;misc_RNA;1618161;26;;
deb;CDS;1618304;3;;
;misc_RNA;1618853;52;;
deb;CDS;1619023;0;;
;misc_RNA;1620331;30;;
fin;CDS;1620476;;;
deb;CDS;1629320;144;;
;misc_RNA;1630115;161;;
fin;CDS;1630382;;;
deb;CDS;1675171;78;;
;misc_RNA;1675981;19;;
fin;CDS;1676042;;;
deb;CDS;1727133;10;;
;misc_RNA;1731457;101;;
fin;CDS;1731776;;;
deb;CDS;1778337;183;;
;misc_RNA;1780404;63;;
fin;CDS;1780618;;;
deb;CDS;1914630;-4;;
;misc_RNA;1914992;-52;;
fin;CDS;1915221;;;
deb;CDS;1916955;198;;
;misc_RNA;1917501;58;;
fin;CDS;1917639;;;
deb;CDS;2002637;93;;
;tRNA;2003276;52;comp;agg
fin;CDS;2003401;;comp;
deb;CDS;2024042;83;;
;misc_RNA;2025160;148;;
fin;CDS;2025400;;;
deb;CDS;2069262;170;;
;misc_RNA;2069732;-233;;
fin;CDS;2069883;;;
deb;CDS;2076206;469;;
;misc_RNA;2079096;10;;
fin;CDS;2079214;;;
deb;CDS;2094010;123;;
;misc_RNA;2095909;238;;
fin;CDS;2096350;;;
deb;CDS;2159981;-1389;;
;misc_RNA;2160390;-630;;
fin;CDS;2160565;;;
deb;CDS;2162108;-2547;;
;misc_feature;2163068;420;;
;misc_RNA;2164643;682;;
fin;CDS;2165577;;;
deb;CDS;2208328;61;;
;ncRNA;2208590;-26;;
fin;CDS;2208855;;;
deb;CDS;2219514;-23;;
;misc_RNA;2219743;-66;;
fin;CDS;2219784;;;
deb;CDS;2273594;-6;;
;misc_RNA;2273705;104;;
fin;CDS;2273989;;;
deb;CDS;2319440;88;;
;misc_RNA;2320113;141;;
fin;CDS;2320355;;;
deb;CDS;2330075;87;;
;misc_RNA;2331320;58;;
fin;CDS;2331779;;;
deb;CDS;2410017;-9;;
;misc_RNA;2410581;197;;
fin;CDS;2411086;;;
deb;CDS;2430258;129;;
;misc_RNA;2431473;119;;
fin;CDS;2431737;;;
deb;CDS;2471787;133;;
;misc_RNA;2472880;25;;
fin;CDS;2473151;;;
deb;CDS;2548245;73;;
;misc_RNA;2549407;168;;
fin;CDS;2549775;;;
deb;CDS;2562966;86;comp;
;tRNA;2563889;66;;caa
fin;CDS;2564026;;comp;
deb;CDS;2607762;82;;
;misc_RNA;2608732;39;;
fin;CDS;2608946;;;
deb;CDS;2624785;39;;
;misc_RNA;2625952;69;;
fin;CDS;2626112;;;
deb;CDS;2646594;292;;
;misc_RNA;2647405;-208;;
fin;CDS;2647456;;;
deb;CDS;2678240;-77;;
;misc_RNA;2678343;233;;
deb;CDS;2678799;-13;;
;misc_RNA;2678876;127;;
fin;CDS;2679142;;;
deb;CDS;2773356;136;;
;misc_RNA;2773783;6;;
fin;CDS;2773890;;;
;misc_RNA;2800890;43;;
deb;CDS;2813643;83;;
;misc_RNA;2814491;51;;
fin;CDS;2814743;;;
deb;CDS;2816535;89;;
;misc_RNA;2817899;59;;
fin;CDS;2818191;;;
deb;CDS;2855518;13;;
;misc_RNA;2855840;57;;
fin;CDS;2855973;;;
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;misc_RNA;2869366;165;;
fin;CDS;2869754;;;
deb;CDS;2895248;121;;
;misc_RNA;2897094;447;;
fin;CDS;2897788;;;
deb;CDS;2898931;63;;
;tRNA;2899816;130;comp;aga
fin;CDS;2900020;;comp;
deb;CDS;2909520;125;;
;misc_RNA;2910872;64;;
fin;CDS;2911116;;;
deb;CDS;2952828;61;;
;misc_RNA;2953411;244;;
fin;CDS;2953795;;;
deb;CDS;2959257;43;;
;misc_RNA;2961232;106;;
fin;CDS;2961586;;;
deb;CDS;3033696;153;;
;misc_RNA;3035589;8;;
fin;CDS;3035730;;;
deb;CDS;3036603;23;;
;misc_RNA;3037895;44;;
fin;CDS;3038213;;;
deb;CDS;3102629;109;;
;misc_RNA;3105153;102;;
fin;CDS;3105470;;;
deb;CDS;3127825;167;;
;misc_RNA;3129195;196;;
fin;CDS;3129530;;;
deb;CDS;3169763;232;comp;
;tRNA;3171879;25;comp;gaa
;tRNA;3171976;3;comp;agc
;tRNA;3172070;10;comp;aac
;tRNA;3172155;15;comp;atc
;tRNA;3172247;10;comp;gga
;tRNA;3172331;17;comp;cac
;tRNA;3172424;12;comp;ttc
;tRNA;3172512;11;comp;gac
;tRNA;3172600;17;comp;atgf
;tRNA;3172694;6;comp;tca
;tRNA;3172793;2;comp;atgi
;tRNA;3172872;19;comp;atgj
;tRNA;3172968;5;comp;gca
;tRNA;3173046;15;comp;cca
;tRNA;3173138;9;comp;cgt
;tRNA;3173224;14;comp;tta
;tRNA;3173324;5;comp;ggc
;tRNA;3173404;10;comp;ctg
;tRNA;3173501;37;comp;aaa
;tRNA;3173614;32;comp;aca
;tRNA;3173722;20;comp;gta
;rRNA;3173818;55;comp;5s
;rRNA;3173991;167;comp;23s
;rRNA;3177086;464;comp;16s
;misc_RNA;3179105;99;;
fin;CDS;3179306;;;
deb;CDS;3187503;124;;
;misc_RNA;3188173;72;;
fin;CDS;3188414;;;
deb;CDS;3193863;106;;
;tRNA;3194455;107;comp;gcc
fin;CDS;3194635;;comp;
deb;CDS;3334646;423;;
;ncRNA;3335414;205;;
fin;CDS;3335751;;;
deb;CDS;3359995;156;;
;misc_RNA;3360937;-211;;
fin;CDS;3360974;;;
deb;CDS;3363266;105;;
;misc_RNA;3364397;114;;
fin;CDS;3364618;;;
deb;CDS;3403493;108;;
;misc_RNA;3404546;158;;
fin;CDS;3404835;;;
deb;CDS;3419656;103;;
;misc_RNA;3421169;116;;
fin;CDS;3421465;;;
deb;CDS;3449732;185;;
;misc_RNA;3450712;176;;
fin;CDS;3451248;;;
deb;CDS;3489910;68;;
;misc_RNA;3491322;97;;
fin;CDS;3491655;;;
deb;CDS;3544642;284;;
;tRNA;3545889;269;comp;cgg
fin;CDS;3546234;;;
deb;CDS;3854256;53;;
;misc_RNA;3856226;31;;
;misc_RNA;3856479;81;;
fin;CDS;3856782;;;
deb;CDS;3946394;0;;
;misc_RNA;3946910;41;;
fin;CDS;3947158;;;
;misc_RNA;3988840;388;;
deb;CDS;3997221;65;;
;misc_RNA;3997775;82;;
deb;CDS;3997964;68;;
;misc_RNA;3999166;77;;
fin;CDS;3999350;;;
deb;CDS;4004288;386;;
;misc_RNA;4005523;126;;
fin;CDS;4005752;;;
deb;CDS;4095915;89;;
;misc_RNA;4096997;6;;
fin;CDS;4097416;;;
deb;CDS;4153696;383;comp;
;tRNA;4154787;35;comp;ttc
;tRNA;4154895;81;comp;gac
;tRNA;4155053;9;comp;gaa
;tRNA;4155134;223;comp;aaa
fin;CDS;4155433;;comp;
deb;CDS;4169166;189;;
;misc_RNA;4169802;125;;
fin;CDS;4170045;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;
bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608
;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27
;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165
;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94
;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254
;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190
;'''total 4213;&lt;201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122
390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126
3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153
2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100
2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65
2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54
1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60
2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62
785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78
3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84
2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69
875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83
1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51
2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59
2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57
873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57
1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73
1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65
1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61
1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66
2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61
548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51
674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42
554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62
2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48
4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54
376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46
661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53
820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38
560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42
2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40
1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32
1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27
3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32
552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21
1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34
2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24
2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15
2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16
3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;17
4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27
599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24
;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19
;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19
;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15
;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15
;;;;380;11;;720;0;260;11
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20
387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15
3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17
2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12
2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11
1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8
2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7
1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8
3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8
2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8
538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4
1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7
238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5
1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4
2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12
2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5
3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6
2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5
2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6
2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2
989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4
2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2
2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136
;;;;total;4213;;total;4213;total;4213
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&amp;-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&amp;12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&amp;211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&amp;145;50;-;850;poly;104;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;&gt;0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;&lt;0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;&gt;0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;&lt;0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6
290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0
330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1
340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3
350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0
360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1
370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2
380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0
390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1
400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8
reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0
total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3
diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2
 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30
continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35
;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573
&lt;/pre&gt;

====bsu autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125;
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;&amp;tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65;
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;&amp;tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77;
;&amp;tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;;
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;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;;
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;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;;
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;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&amp;tRNA;4154895;81;comp
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&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&amp;tRNA;4155134;223;comp
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&amp;tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] 
&lt;pre&gt;
bsu-lmo  comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;
&lt;/pre&gt;

===Listeria monocytogenes===
====lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]]
&lt;pre&gt;
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;
&lt;/pre&gt;
====lmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa
;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc
;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac
;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc
2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga
1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac
1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc
1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac
;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf
;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca
;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi
1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj
;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca
1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca
;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt
;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta
;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc
;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta
;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa
;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca
;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta
;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg
;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc
;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc
;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa
;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac
;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg
;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac
;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc
;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac
;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf
;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta
;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa
1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc
;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac
;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;;
1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;;
;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;;
;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;;
1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;;
10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;;
9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;;
0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;;
;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;;
;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====lmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Construction: remarque sur les nombreux regulatory
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
&lt;/pre&gt;

====lmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]]
&lt;pre&gt;
lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;
&lt;/pre&gt;

===lam===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]]
&lt;pre&gt;
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;
&lt;/pre&gt;
===lam blocs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]]
&lt;pre&gt;
lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;
&lt;/pre&gt;
====lam distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
&gt;1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lam données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;;
;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc
;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;;
;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;;
;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac
3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta
;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra
;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca
3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig
1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta
;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa
1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca
1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta
;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt
1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca
;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj
;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi
;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf
;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc
;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga
1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc
;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc
;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc
;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac
;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;;
;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc
;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc
;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc
;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg
;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa
;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca
;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf
;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac
;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc
;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac
;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg
;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac
;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa
15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc
15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca
;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt
;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca
&lt;/pre&gt;
=====lam autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
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deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
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;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
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;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
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;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
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fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
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;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
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;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
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fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
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fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
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;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
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fin;;CDS;551940;553055;;;
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fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
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;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
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;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
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fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
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;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
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fin;;CDS;771984;772877;;;
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;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
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fin;;CDS;918110;919498;;;
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;;misc_b;924711;924950;42;*;
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;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
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deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
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;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
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;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
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deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
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deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
&lt;/pre&gt;

===ppm===
====opérons====
=====ppm chromosome=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide=====
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide MAJ=====
&lt;pre&gt;
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
&lt;/pre&gt;
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
&lt;/pre&gt;
====ppm blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]]
&lt;pre&gt;
ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]]
*Chromosome
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
&lt;/pre&gt;
*Plasmide
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
&lt;/pre&gt;
====ppm données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca
;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg
;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt
;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc
;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa
;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac
;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf
;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta
;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa
2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc
;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac
;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga
3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca
1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt
1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc
;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta
;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa
1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa
;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta
;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa
3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc
;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac
1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;;
1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;;
4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;;
1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;;
1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;;
1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;;
;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;;
;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;;
;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;;
;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;;
;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;;
;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;;
;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;;
;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;;
;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;;
;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;;
1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;;
;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;;
2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;;
23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;;
21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;;
0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;;
;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;
;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;
;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;
;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
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fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
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deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
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;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
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;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
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deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
&lt;/pre&gt;

===pmq===
====pmq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]]
&lt;pre&gt;
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
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;185113..185189;atgf;;14;;;14;;
;185204..185280;gac;;48;;;48;;
;185329..185404;ttc;;5;;;5;;
;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
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;260590..260665;aac;;3;;;3;;
;260669..260744;gta;;19;;;19;;
;260764..260840;gac;;20;;;20;;
;260861..260933;ttc;;15;;;15;;
;260949..261021;aaa;;10;;;10;;
;261032..261118;ctg;;3;;;3;;
;261122..261196;ggc;;12;;;12;;
;261209..261280;tgc;;15;;;15;;
;261296..261369;cgt;;5;;;5;;
;261375..261448;cca;;158;;;*158;;
;261607..261682;gca;;4;;;4;;
;261687..261759;acc;;5;;;5;;
;261765..261854;tcg;;19;;;19;;
;261874..261961;agc;;17;;;17;;
;261979..262054;gtc;;5;;;5;;
;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
;585869..585942;aga;;187;187;;;;187
;586130..586885;CDS;;85587;;;;252;
;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
;672968..673043;aac;;7;;7;;;
;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
;701671..701747;atgf;;4;;;4;;
;701752..701825;tgg;;9;;;9;;
;701835..701909;caa;;8;;;8;;
;701918..701990;aaa;;18;;;18;;
;702009..702095;ctg;;4;;;4;;
;702100..702174;ggc;;11;;;11;;
;702186..702259;cgt;;12;;;12;;
;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577
;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
;1074588..1076136;16s;;260;;;;;
;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;;
;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
;1600724..1600799;aac;;4;;;4;;
;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;;
;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;;
;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74;
;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;;
comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;;
comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
&lt;/pre&gt;
====pmq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;
&lt;/pre&gt;
====pmq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]]
&lt;pre&gt;
Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234
&lt;/pre&gt;
====pmq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
&lt;/pre&gt;
====pmq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc
;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf
;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj
;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc
1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca
1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca
;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc
;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa
;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac
1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac
;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca
;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa
2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc
;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg
;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc
;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa
;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt
;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa
2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg
15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf
13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc
0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa
;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;;
;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;;
;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pmq;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9206;318;;
;rRNA;10595;280;;16s
;rRNA;12412;97;;23s
;rRNA;15439;178;;5s
fin;CDS;15734;;;
deb;CDS;20252;47;;
;tRNA;21580;137;;tca
fin;CDS;21807;;;
deb;CDS;25422;222;;
;tRNA;26388;183;comp;cgg
fin;CDS;26644;;;
deb;CDS;178456;299;;
;rRNA;179754;266;;16s
;rRNA;181557;170;;23s
;rRNA;184657;15;;5s
;tRNA;184789;29;;agc
;tRNA;184906;39;;atgj
;tRNA;185022;15;;gta
;tRNA;185113;14;;atgf
;tRNA;185204;48;;gac
;tRNA;185329;5;;ttc
;tRNA;185410;9;;aca
;tRNA;185495;15;;tac
;tRNA;185595;183;;aaa
fin;CDS;185854;;comp;
deb;CDS;217565;129;comp;
;tRNA;218276;261;comp;cgg
fin;CDS;218612;;;
deb;CDS;230970;186;;
;tmRNA;231642;140;;
fin;CDS;232145;;;
deb;CDS;253921;673;;
;rRNA;255200;280;;16s
;rRNA;257017;97;;23s
;rRNA;260044;55;;5s
;tRNA;260216;19;;atc
;tRNA;260312;16;;gca
;tRNA;260404;9;;gaa
;tRNA;260485;20;;tac
;tRNA;260590;3;;aac
;tRNA;260669;19;;gta
;tRNA;260764;20;;gac
;tRNA;260861;15;;ttc
;tRNA;260949;10;;aaa
;tRNA;261032;3;;ctg
;tRNA;261122;12;;ggc
;tRNA;261209;15;;tgc
;tRNA;261296;5;;cgt
;tRNA;261375;158;;cca
;tRNA;261607;4;;gca
;tRNA;261687;5;;acc
;tRNA;261765;19;;tcg
;tRNA;261874;17;;agc
;tRNA;261979;5;;gtc
;tRNA;262060;39;;acg
;tRNA;262174;41;;tcc
;tRNA;262304;283;;ctc
fin;CDS;262670;;;
deb;CDS;578195;320;;
;rRNA;579376;269;;16s
;rRNA;581183;168;;23s
;rRNA;584281;31;;5s
;tRNA;584429;10;;aac
;tRNA;584512;38;;tcc
;tRNA;584639;11;;gaa
;tRNA;584722;17;;gta
;tRNA;584815;15;;atgf
;tRNA;584907;67;;gac
;tRNA;585051;11;;acg
;tRNA;585137;10;;cac
;tRNA;585223;5;;caa
;tRNA;585303;17;;aaa
;tRNA;585396;40;;ggc
;tRNA;585511;24;;ggc
;tRNA;585610;8;;ttg
;tRNA;585698;19;;cca
;tRNA;585794;1;;gga
;tRNA;585869;187;;aga
fin;CDS;586130;;;
deb;CDS;672473;18;;
;tRNA;672968;7;;aac
;tRNA;673051;297;;agc
;tRNA;673436;9;;gaa
;tRNA;673517;180;;ctc
fin;CDS;673780;;;
deb;CDS;674382;159;;
;tRNA;675438;64;;ctc
fin;CDS;675585;;;
deb;CDS;694284;793;;
;rRNA;696430;272;;16s
;rRNA;698239;96;;23s
;rRNA;701265;43;;5s
;tRNA;701425;11;;atc
;tRNA;701510;5;;gaa
;tRNA;701590;5;;gtc
;tRNA;701671;4;;atgf
;tRNA;701752;9;;tgg
;tRNA;701835;8;;caa
;tRNA;701918;18;;aaa
;tRNA;702009;7;;ctg
;tRNA;702100;11;;ggc
;tRNA;702186;12;;cgt
;tRNA;702272;577;;cca
fin;CDS;702926;;;
deb;CDS;1073441;377;;
;rRNA;1074592;271;;16s
;rRNA;1076400;170;;23s
;rRNA;1079500;9;;5s
;tRNA;1079626;6;;aac
;tRNA;1079708;38;;tcc
;tRNA;1079835;11;;gaa
;tRNA;1079918;17;;gta
;tRNA;1080011;13;;atgf
;tRNA;1080101;49;;gac
;tRNA;1080227;4;;ttc
;tRNA;1080307;13;;aca
;tRNA;1080396;8;;tac
;tRNA;1080490;13;;tgg
;tRNA;1080574;26;;cac
;tRNA;1080676;9;;caa
;tRNA;1080757;12;;ggc
;tRNA;1080844;10;;tgc
;tRNA;1080928;20;;tta
;tRNA;1081037;3;;cgt
;tRNA;1081117;150;;ttg
fin;CDS;1081347;;;
deb;CDS;1210625;354;;
;tRNA;1213874;16;;gca
;tRNA;1213966;12;;gaa
;tRNA;1214050;16;;gta
;tRNA;1214142;17;;gac
;tRNA;1214236;9;;cac
;tRNA;1214321;9;;caa
;tRNA;1214405;8;;aaa
;tRNA;1214486;3;;ctg
;tRNA;1214576;169;;ggc
fin;CDS;1214817;;comp;
deb;CDS;1594387;533;;
;rRNA;1595199;263;;16s
;rRNA;1596999;96;;23s
;rRNA;1600025;43;;5s
;tRNA;1600185;19;;atc
;tRNA;1600281;17;;gca
;tRNA;1600374;8;;gaa
;tRNA;1600454;5;;gta
;tRNA;1600535;10;;aca
;tRNA;1600621;18;;tac
;tRNA;1600724;4;;aac
;tRNA;1600804;21;;gta
;tRNA;1600901;12;;atgf
;tRNA;1600990;34;;gac
;tRNA;1601101;13;;cac
;tRNA;1601190;8;;caa
;tRNA;1601273;17;;aaa
;tRNA;1601363;13;;ctc
;tRNA;1601462;5;;ctg
;tRNA;1601554;14;;ggc
;tRNA;1601643;10;;tgc
;tRNA;1601724;5;;cgt
;tRNA;1601803;105;;cca
fin;CDS;1601982;;;
deb;CDS;1834781;106;;
;tRNA;1835367;137;;gcc
fin;CDS;1835577;;comp;
deb;CDS;2147627;89;;
;ncRNA;2148556;114;;
fin;CDS;2148850;;;
deb;CDS;2207093;192;comp;
;tRNA;2208284;49;;ctg
;tRNA;2208417;315;;ctg
fin;CDS;2208816;;;
deb;CDS;3456514;256;;
;tRNA;3457043;142;;ccc
fin;CDS;3457262;;;
deb;CDS;5004536;394;comp;
;tRNA;5005554;40;comp;ctc
;tRNA;5005677;13;comp;tcc
;tRNA;5005779;19;comp;atgj
;tRNA;5005872;167;comp;tcg
;ncRNA;5006126;132;;
fin;CDS;5006353;;;
deb;CDS;6383256;228;comp;
;tRNA;6384402;72;;gtc
fin;CDS;6384547;;comp;
deb;CDS;6390912;142;comp;
;tRNA;6391273;7;comp;tta
;tRNA;6391366;19;comp;atgi
;tRNA;6391462;75;comp;atgf
fin;CDS;6391614;;comp;
deb;CDS;6561157;118;;
;ncRNA;6563228;95;comp;
fin;CDS;6563744;;comp;
deb;CDS;7354507;342;;
;tRNA;7355080;28;comp;ctc
;tRNA;7355191;12;comp;tcc
;tRNA;7355292;14;comp;atgf
;tRNA;7355383;14;comp;atgj
;tRNA;7355474;8;comp;agc
;tRNA;7355570;4;comp;tcg
;tRNA;7355664;4;comp;acc
;tRNA;7355741;119;comp;gca
;ncRNA;7355936;36;;
;tRNA;7356067;6;comp;cca
;tRNA;7356147;104;comp;cgt
;tRNA;7356325;7;comp;ggc
;tRNA;7356404;9;comp;ctg
;tRNA;7356500;9;comp;aaa
;tRNA;7356582;9;comp;caa
;tRNA;7356666;17;comp;cac
;tRNA;7356759;12;comp;gac
;tRNA;7356848;4;comp;gta
;tRNA;7356928;15;comp;aac
;tRNA;7357019;8;comp;tac
;tRNA;7357112;5;comp;aca
;tRNA;7357193;15;comp;gaa
;tRNA;7357280;9;comp;gcc
;tRNA;7357365;54;comp;atc
;rRNA;7357493;113;comp;5s
;rRNA;7357723;269;comp;23s
;rRNA;7360922;399;comp;16s
fin;CDS;7362858;;;
deb;CDS;7618150;280;;
;tRNA;7619123;335;comp;ggg
fin;CDS;7619529;;;
deb;CDS;7666633;104;comp;
;tRNA;7668174;5;comp;ggg
;tRNA;7668250;106;comp;cca
;tRNA;7668433;11;comp;cgt
;tRNA;7668518;5;comp;ggc
;tRNA;7668598;13;comp;ctg
;tRNA;7668698;16;comp;ctc
;tRNA;7668800;10;comp;aaa
;tRNA;7668883;28;comp;tac
;tRNA;7668996;12;comp;ttc
;rRNA;7669084;161;comp;5s
;rRNA;7669362;268;comp;23s
;rRNA;7672563;533;comp;16s
fin;CDS;7674633;;;
deb;CDS;7853177;84;comp;
;tRNA;7853819;230;comp;cac
;tRNA;7854123;404;comp;cac
fin;CDS;7854601;;comp;
deb;CDS;8100441;123;comp;
;rRNA;8100978;169;comp;5s
;rRNA;8101264;259;comp;23s
;rRNA;8104437;321;comp;16s
fin;CDS;8106295;;comp;
deb;CDS;8151918;460;comp;
;rRNA;8152909;96;comp;5s
;rRNA;8153128;269;comp;23s
;rRNA;8156327;272;comp;16s
fin;CDS;8158136;;comp;
deb;CDS;8256928;86;;
;tRNA;8257833;5;comp;gga
;tRNA;8257909;16;comp;cca
;tRNA;8258002;4;comp;cgt
;tRNA;8258083;8;comp;ggc
;tRNA;8258166;42;comp;cta
;tRNA;8258291;8;comp;aaa
;tRNA;8258375;9;comp;caa
;tRNA;8258459;4;comp;tgg
;tRNA;8258537;5;comp;atgf
;tRNA;8258619;5;comp;gtc
;tRNA;8258700;11;comp;gaa
;tRNA;8258786;43;comp;atc
;rRNA;8258903;96;comp;5s
;rRNA;8259116;267;comp;23s
;rRNA;8262313;302;comp;16s
fin;CDS;8264152;;comp;
deb;CDS;8322744;393;comp;
;rRNA;8323599;96;comp;5s
;rRNA;8323812;269;comp;23s
;rRNA;8327015;365;comp;16s
fin;CDS;8328917;;comp;
deb;CDS;8351919;396;comp;
;tRNA;8354811;149;comp;atgj
fin;CDS;8355034;;comp;
deb;CDS;8389988;296;;
;rRNA;8390809;96;comp;5s
;rRNA;8391022;270;comp;23s
;rRNA;8394222;230;comp;16s
fin;CDS;8395989;;comp;
deb;CDS;8399622;208;comp;
;ncRNA;8400892;47;comp;
fin;CDS;8401203;;comp;
deb;CDS;8616478;417;comp;
;tRNA;8617342;157;;gac
fin;CDS;8617576;;;
deb;CDS;8724363;455;;
;tRNA;8725070;165;comp;tcg
fin;CDS;8725326;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;;
pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;;
pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15
;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10
;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6
;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6
;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10
;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8
;'''total 7223;&lt;201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5
6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6
6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4
4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5
3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5
1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5
1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5
1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4
8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6
6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5
4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4
1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3
4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5
2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3
896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5
6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6
2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1
1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1
1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7
2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2
3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2
4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3
1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3
880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3
5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2
5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4
8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5
7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2
7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2
5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2
8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0
359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2
7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2
1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2
3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1
1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2
7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2
5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2
3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4
3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquence5;225;65;1070;0
933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1
8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3
1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1
1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1
1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0
2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0
5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0
7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1
247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1
1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1
7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0
2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3
;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1
;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27
4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232
5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;;
1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;;
5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;;
3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;;
5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;;
7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;;
2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;;
4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;;
2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;;
2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;;
1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;;
7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;;
1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;;
3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;;
6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;;
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&amp;-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&amp;143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;113;46;-;886;dte;51;Sf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;&gt;0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;&lt;0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;&gt;0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;&lt;0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51
comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4
continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42
;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753
&lt;/pre&gt;

====pmq autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp
;$rRNA;10595;280;;;;&amp;tRNA;672968;7;;;;&amp;tRNA;1835367;137;;;;&amp;tRNA;7668174;5;comp
;$rRNA;12412;97;;;;&amp;tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&amp;tRNA;7668250;106;comp
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;;;;;;;&amp;tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
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;;;187;;129;149;&lt;201;11
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;;;577;;256;165;;
;;;150;;354;180;'''total;
;354;comp’;169;;394;187;&lt;201;19
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;394;;;;86;72;;
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;;;;;;;;
;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;
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taux;50%;73%;62%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===lbu===
====lbu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]]
&lt;pre&gt;
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;
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comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;;
comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;;
comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;;
comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;;
comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;;
comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;;
comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;;
comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;;
comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;;
comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;;
comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;;
comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;;
comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;;
comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;;
comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;;
comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;;
comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;;
comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;;
comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
&lt;/pre&gt;

====lbu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]]
&lt;pre&gt;
lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122
&lt;/pre&gt;
====lbu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]]
&lt;pre&gt;
lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====lbu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
&lt;/pre&gt;
====lbu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga
;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta
;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====lbu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
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&lt;/pre&gt;

===ban*===
====ban opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;;
comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;;
comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;;
comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500;
;;;;;;;;;;
comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824;
comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;;
comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160
comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161;
;;;;;;;;;;
comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190
comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;;
comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;;
comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;;
comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;;
comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;;
comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90;
;;;;;;;;;;
comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131;
comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
&lt;/pre&gt;

====ban cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]]
&lt;pre&gt;
ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124
&lt;/pre&gt;
====ban blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]]
&lt;pre&gt;
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ban distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
&lt;/pre&gt;
====ban données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;;
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;;
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;;
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;;
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;;
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;;
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;;
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;;
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;;
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;;
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;;
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;;
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ban autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;
&lt;/pre&gt;

====ban séquences====
&lt;pre&gt;
33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
===bacilli synthèse===
====bacilli distribution par génome====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]]
&lt;pre&gt;
baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution par type====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====bacilli par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci  ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;
&lt;/pre&gt;
====bacilli, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est  43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
&lt;/pre&gt;

==clostridia==
===psor===
====psor opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]]
&lt;pre&gt;
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
&lt;/pre&gt;

====psor cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]]
&lt;pre&gt;
psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121
&lt;/pre&gt;

====psor blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]]
&lt;pre&gt;
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====psor distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====psor données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;;
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;;
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;;
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;;
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;;
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;;
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;;
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;;
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;;
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;;
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;;
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;;
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;;
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;;
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;;
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;;
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;;
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;;
7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;;
;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;;
;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====psor autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
;;tRNA;30434;30518;15;tac
;;tRNA;30534;30617;14;cta
;;tRNA;30632;30708;7;aga
;;tRNA;30716;30791;11;caa
;;tRNA;30803;30878;6;aaa
;;tRNA;30885;30973;3;tca
;;tRNA;30977;31052;9;ttc
;;tRNA;31062;31138;8;atgj
;;tRNA;31147;31223;21;atgi
;;tRNA;31245;31321;6;cca
;;tRNA;31328;31404;4;cac
;;tRNA;31409;31482;25;tgc
;;tRNA;31508;31596;13;tta
;;tRNA;31610;31685;15;atgf
;;tRNA;31701;31775;9;gaa
;;tRNA;31785;31858;6;gga
;;tRNA;31865;31940;5;gta
;;tRNA;31946;32022;16;gac
;;tRNA;32039;32114;4;aac
;;tRNA;32119;32193;4;aca
;;tRNA;32198;32282;15;tac
;;tRNA;32298;32381;11;cta
;;tRNA;32393;32467;13;ggc
;;tRNA;32481;32557;7;aga
;;tRNA;32565;32640;11;caa
;;tRNA;32652;32727;6;aaa
;;tRNA;32734;32822;3;tca
;;tRNA;32826;32901;9;ttc
;;tRNA;32911;32987;8;atgj
;;tRNA;32996;33072;21;atgi
;;tRNA;33094;33170;6;cca
;;tRNA;33177;33253;9;cac
;;tRNA;33263;33338;21;aaa
;;tRNA;33360;33433;6;tgc
;;tRNA;33440;33516;10;cgt
;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
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deb;comp;CDS;3549752;3549886;0;
&lt;/pre&gt;

===cdc===
====cdc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_opérons|cdc opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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dir   ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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dir    ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;;
dir    ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;;
dir    ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213;
comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;;
dir    ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;;
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dir    ;150645..150718;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;150724..150799;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;150805..150881;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;150892..150966;;ggc;;9;;75;9;;;
dir    ;150976..151049;;aga;;975;*975;74;;;;
dir    ;152025..152864;;cds;;;;840;;280;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase
dir   ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;;
dir   ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;;
dir   ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177;
dir   ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir    ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87;
dir    ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;;
dir    ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;;
dir    ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;;
dir    ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;;
dir    ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein
comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318;
dir    ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir   ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir   ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;;
&lt;dir   ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir   ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase
&lt;/pre&gt;

====cdc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144
&lt;/pre&gt;

====cdc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]]
&lt;pre&gt;
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
&lt;/pre&gt;
====cdc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;;
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;;
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;;
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;;
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;;
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;;
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;;
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;;
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;;
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;;
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
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;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503
fin;comp;CDS;3949723;3949917;;;
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;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
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;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;
&lt;/pre&gt;

====cdc psor====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]]
&lt;pre&gt;
cdc-psor  comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
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gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
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gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
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atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
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cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52;
tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7;
gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10;
aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0
gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0
gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0
gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31;
gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor  coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t.  -2+2;24;;
&lt;/pre&gt;

===cdc8===
====cdc8 opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir   ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir   ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir   ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir   ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir   ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir   ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir   ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir   ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir   ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir   ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir   ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir   ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir   ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir   ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir   ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir   ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir   ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir   ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir   ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir   ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir   ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir   ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir   ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir   ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir   ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir   ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir   ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir   ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir   ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir   ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir   ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
dir   ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;;
dir   ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir   ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir   ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir   ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir   ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir   ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir   ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir   ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir   ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir   ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir   ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir   ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir   ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir   ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir   ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir   ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir   ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir   ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir   ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir   ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
&lt;&gt; comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
dir   ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir   ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir   ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir   ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir   ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir    ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir    ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir    ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir    ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir    ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir    ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir    ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir    ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir    ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
&lt;comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir    ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir    ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir    ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir    ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir    ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir    ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir    ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir    ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir    ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir    ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir    ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir    ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir    ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir    ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
&lt;&gt;comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir    ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir    ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
&gt;comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir    ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir    ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir    ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir    ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir    ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir    ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir    ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir    ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir    ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir    ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir    ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir    ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir    ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir    ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir    ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir    ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir    ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir    ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir    ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir    ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir    ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir    ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir    ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir    ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir    ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir    ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir    ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir    ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir    ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir    ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir    ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
&lt;dir    ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir    ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir    ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97
&lt;/pre&gt;
====cdc8 blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]]
&lt;pre&gt;
cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 43====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]]
&lt;pre&gt;
cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6
cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13
ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11
aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3
aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3
atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21;
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14
cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1
gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2
cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 18====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_18|cdc8 cdc psor 18]]
&lt;pre&gt;
cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas;
cds;214;;;;;16s;321;16s;196;
cds;554;;;;;23s;181;23s;213;
cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5;
cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2
23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0
aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4;
tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10
gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11;
aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19;
caa;11;caa;11;0;;caa;89;aga;6;-1
aaa;2;aaa;2;0;;tca;3;caa;12;
tca;18;tca;17;-1;;ttc;6;aaa;6;
agc;8;agc;8;0;;atgj;11;tca;11;
cca;85;cca;85;0;;atgi;29;agc;6;
tgg;60;tgg;60;0;;cca;7;cca;6;
cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11;
atc;3;atc;3;0;;aaa;353;tgg;31;
ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6;
;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas;
cds;214;5s;5;;;;;cds;214;
cds;554;tta;13;;;;;cds;554;
cds;0;atg;15;;;cdc8;19aas;cds;0;
cds;167;gaa;9;;;16s;321;cds;167;
23s°;132;gga;6;;;23s;181;23s°;132;
5s;6;gta;5;0;;5s;6;5s;6;
aac;4;gac;16;;;aac;6;aac;4;
gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5;
gta;5;aac;4;;;atgf;7;gta;5;0
gac;11;aca;4;-10;;gaa;9;gac;11;2
aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0
tac;9;gga;19;9;;gta;5;tac;9;
gga;10;aga;6;-3;;gac;9;gga;10;
aga;9;caa;12;1;;aca;14;aga;9;2
caa;11;aaa;6;4;;tac;10;caa;11;
aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18;
agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85;
tgg;60;tgg;31;-29;;ttc;6;tgg;60;
cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5;
atc;3;atc;6;3;;atgi;29;atc;3;
ttc;7;ttc;13;6;;cca;7;ttc;7;
atgj;114;atg;138;24;;cac;8;atgj;114;
;;;;;;aaa;353;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 9====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_9|cdc8 cdc psor 9]]
&lt;pre&gt;
cdc8;18aas;cdc8;9aas;;;cdc8;9aas;cdc;9aas;
cds;214;;;;;cds;281;16s;52;
cds;554;;;;;16s°;100;gca;373;
cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126;
cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7;
23s°;132;23s°;126;;;aac;6;aac;5;-1
5s;6;5s;7;;;tta;15;tta;15;0
aac;4;aac;6;;;atgf;7;atgf;7;0
gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6
gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1
gac;11;gaa;8;;;gta;5;gta;5;0
aca;14;gga;4;;;gac;10;gac;10;0
tac;9;gta;5;0;;ggc;9;ggc;9;0
gga;10;gac;10;;;aga;954;aga;975;21
aga;9;ggc;9;;;cds;;cds;;
caa;11;aga;954;;;;;;;
aaa;2;cds;;;;cdc8;I4;cdc;VIII1;
tca;18;;;;;;;16s;68;
agc;8;;;;;16s;217;gca;271;
cca;85;;;;;23s;126;23s;126;0
tgg;60;;;;;5s;216;5s;213;-3
cca;5;;;;;cds;372;cds;372;0
atc;3;;;;;cds;21;cds;21;0
ttc;7;;;;;cds;778;cds;776;-2
atgj;114;;;;;16s;261;16s;52;
;;;;;;23s;201;gca;373;
cdc8;19aas;cdc8;9aas;;;5s;5;23s;126;-75
;;cds;281;;;;;5s;7;2
16s;321;16s°;100;;;;;;;
23s;181;23s°;126;;;psor;VII1;cdc8;VII1;
5s;6;5s;7;;;CDS;431;cds;179;
aac;6;aac;6;0;;16s;54;16s;161;
tta;15;tta;15;9;;gca;114;5s;201;
atgf;7;atgf;7;-8;;23s;193;23s;217;
gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108;
gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2
gta;5;gta;5;0;;atg;123;tta;5;0
gac;9;gac;10;;;16s;54;5s;201;8
aca;14;ggc;9;;;gca;114;23s;375;261
tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2
cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23
aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
caa;89;;;;;atg;123;gca;248;
tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2
ttc;6;;;;;gca;114;16s°;321;134
atgj;11;;;;;23s;78;23s;100;
atgi;29;;;;;5s;100;16s°;320;
cca;7;;;;;CDS;;23s°;100;
cac;8;;;;;;;23s’;126;
aaa;353;;;;;;;5s;127;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc protéines====
=====Alignement sur cdc=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc|Alignement sur cdc]]
&lt;pre&gt;
;cdc;;;;;;cdc8;;;;;
ordre;Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;Peptoclostridium difficile M68;;;;;
0;dir    ;9857..10630;cds;179;774;SigB;dir    ;4194196..4196423;23s’;100;2228;
;dir    ;10810..12317;16s;52;1508;;dir    ;4196524..4197091;16s°;320;568;
;dir    ;12370..12445;gca;249;76;;dir    ;4197412..4199044;23s°;100;1633;
1;dir    ;12695..15596;23s;111;2902;;dir    ;4199145..4201593;23s’;126;2449;
;dir    ;15708..15824;5s;126;117;;dir    ;4201720..4201836;5s;127;117;
;dir    ;15951..16460;cds;11;510;NadR;dir    ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR
;dir    ;16472..17353;cds;457;882;mecano;dir    ;4202485..4203366;cds;458;882;mecano
;dir    ;17811..19082;cds;319;1272;S-ligase;dir    ;4203825..4205096;cds;320;1272;S-ligase
;dir   ;19402..19857;cds;0;456;Nuc-de;dir    ;4205417..4205872;cds;0;456;Nuc-de
;dir   ;19858..19949;tcc;37;92;;dir    ;4205873..4205964;tcc;37;92;
2;dir   ;19987..20251;ncRNA;76;265;;dir    ;4206002..4206266;ncRNA;76;265;
;dir   ;20328..21965;cds;;1638;III-tau;dir    ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau
;;;;;;;;;;;;
;comp;23419..24624;cds;505;1206;Glyco-tr;dir   ;4306341..4307538;16s;0;1198;
;dir    ;25130..26637;16s;279;1508;;dir   ;4307539..4308225;cds;100;687;xylose
;dir    ;26917..29816;23s;180;2900;;dir   ;1..796;23s°;181;796;
;dir    ;29997..30113;5s;6;117;;dir   ;978..1094;5s;6;117;
3;dir    ;30120..30194;aac;6;75;;dir   ;1101..1175;aac;6;75;
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&lt;/pre&gt;

=====Alignement sur cdc8=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc8|Alignement sur cdc8]]
&lt;pre&gt;
;cdc8;;;;;;;cdc8;;;;;;;psor;;;;
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;dir    ;1850896..1852626;cds;109;1731; NhaC;;insert;dir    ;4228054..4228129;gta;5;76;;3446642..3446718;gac;16;;
11;dir    ;1852736..1852816;cta;334;81;;;insert;dir    ;4228135..4228211;gac;9;77;;3446550..3446625;aac;31;;
;dir    ;1853151..1853666;cds;;516;HXXEE;;insert;dir    ;4228221..4228295;aca;14;75;;3446443..3446518;aac;4;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4228310..4228394;tac;10;85;;3446364..3446438;aca;4;;
;dir    ;3024038..3024715;cds;150;678;SrtB;;insert;dir    ;4228405..4228488;cta;28;84;;3446275..3446359;tac;11;;
;comp;3024866..3024940;aca;93;75;;;insert;dir    ;4228517..4228593;aga;7;77;;3446190..3446263;gga;19;;
12;comp;3025034..3027933;23s;184;2900;;;insert;dir    ;4228601..4228676;caa;89;76;;3446094..3446170;aga;6;;
;comp;3028118..3029625;16s;374;1508;;;insert;dir    ;4228766..4228854;tca;3;89;;3446012..3446087;caa;12;;
;dir    ;3030000..3030938;cds;;939;lactam;;insert;dir    ;4228858..4228933;ttc;6;76;;3445924..3445999;aaa;6;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4228940..4229016;atgj;11;77;;3445829..3445917;tca;11;;
;dir    ;3805298..3806743;cds;208;1446;Y-r2;;insert;dir    ;4229028..4229104;atgi;29;77;;3445727..3445817;agc;6;;
;comp;3806952..3807028;agg;61;77;;;insert;dir    ;4229134..4229210;cca;7;77;;3445644..3445720;cca;6;;
;&lt;comp;3807090..3808790;cds;;1701;fdHa;;insert;dir    ;4229218..4229294;cac;8;77;;3445561..3445637;atg;11;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4229303..4229378;aaa;353;76;;3445474..3445549;tgg;31;;
;comp;3875816..3876886;cds;452;1071;ABC;;insert;comp;4229732..4229848;5s;126;117;;3445366..3445442;cca;6;;
;comp;3877339..3877455;5s;125;117;;;insert;comp;4229975..4232010;23s’;582;2036;;3445283..3445359;atc;6;;
13;comp;3877581..3880480;23s;261;2900;;;;dir    ;4232593..4234098;16s;217;1506;;3445201..3445276;ttc;13;;
;comp;3880742..3882249;16s;190;1508;;;;dir    ;4234316..4237215;23s;126;2900;;3445111..3445187;atg;;;
;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir    ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;;
;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;;
;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir    ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;;
;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir    ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;;
14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir    ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;;
;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir    ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;;
;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir    ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda
;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir    ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir    ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir    ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir    ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;&lt;dir    ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir   ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir   ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc création de cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]]
&lt;pre&gt;
;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;&lt;4307539..4308225;687;;;;
CHAP;&lt;4213228..&gt;4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc abrégé protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]]
&lt;pre&gt;
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor stats====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]]
&lt;pre&gt;
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total)         ;4 025;3 807;3 528
CDS (total)           ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding)        ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding)          ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA)           ;155;116;160
RRNAs  (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs        ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs     ;108;83;105
ncRNAs    ;4;4;4
Pseudo Genes (total)  ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)       ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)         ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)      ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)  ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays         ;4;9; - 
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
&lt;/pre&gt;
====cdc8 distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
&lt;/pre&gt;
====cdc8 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc8 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc8;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;misc_f;1;795;182;*;
;;rRNA;978;1094;6;*;117
;;tRNA;1101;1175;6;*;aac
;;tRNA;1182;1267;15;*;tta
;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf
;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa
;;tRNA;1450;1523;5;*;gga
;;tRNA;1529;1604;5;*;gta
;;tRNA;1610;1686;9;*;gac
;;tRNA;1696;1770;14;*;aca
;;tRNA;1785;1869;10;*;tac
;;tRNA;1880;1963;28;*;cta
;;tRNA;1992;2068;7;*;aga
;;tRNA;2076;2151;89;*;caa
;;tRNA;2241;2329;3;*;tca
;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc
;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj
;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi
;;tRNA;2609;2685;7;*;cca
;;tRNA;2693;2769;8;*;cac
;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa
;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc
;;tRNA;2941;3015;6;*;aac
;;tRNA;3022;3107;15;*;tta
;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf
;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa
;;tRNA;3290;3363;5;*;gga
;;tRNA;3369;3444;5;*;gta
;;tRNA;3450;3526;9;*;gac
;;tRNA;3536;3610;14;*;aca
;;tRNA;3625;3709;9;*;tac
;;tRNA;3719;3802;24;*;cta
;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc
;;tRNA;3926;4002;9;*;aga
;;tRNA;4012;4087;8;*;caa
;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa
;;tRNA;4174;4262;3;*;tca
;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc
;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj
;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi
;;tRNA;4530;4606;8;*;cac
;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa
;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc
;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt
;;tRNA;4868;4943;75;*;gta
fin;;CDS;5019;5432;;;
deb;;CDS;43312;43797;94;*;
;;misc_b;43892;44100;63;*;
fin;;CDS;44164;45882;;;
deb;;CDS;57549;58247;51;*;
;;misc_f;58299;58427;42;*;
fin;;CDS;58470;58976;;;
deb;;CDS;93984;94736;291;*;
;;misc_f;95028;95862;232;*;
;;misc_f;96095;96344;50;*;
;;misc_f;96395;96725;9;*;
;;misc_f;96735;97600;139;*;
;;rRNA;97740;97856;7;*;117
;;tRNA;97864;97938;6;*;aac
;;tRNA;97945;98030;15;*;tta
;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf
;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa
;;tRNA;98212;98285;4;*;gga
;;tRNA;98290;98365;5;*;gta
;;tRNA;98371;98447;10;*;gac
;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc
;;tRNA;98542;98615;954;*;aga
fin;;CDS;99570;100409;;;
deb;comp;CDS;119142;119651;188;*;
;;regulatory;119840;119943;135;*;
fin;;CDS;120079;121272;;;
deb;;CDS;141169;142335;59;*;
;;regulatory;142395;142512;124;*;
fin;;CDS;142637;143242;;;
deb;;CDS;192887;194019;59;*;
;;regulatory;194079;194180;220;*;
fin;;CDS;194401;195936;;;
deb;;CDS;240412;241887;526;*;
;;regulatory;242414;242504;406;*;
fin;;CDS;242911;243228;;;
deb;comp;CDS;309950;310076;16;*;
;;misc_f;310093;310425;9;*;
;;misc_f;310435;311300;139;*;
;;rRNA;311440;311556;177;*;117
fin;;CDS;311734;312342;;0;
deb;;CDS;318620;320392;131;*;
;;regulatory;320524;320716;181;*;
fin;;CDS;320898;321650;;;
deb;comp;CDS;522666;523493;205;*;
;;regulatory;523699;523805;69;*;
fin;;CDS;523875;524195;;0;
deb;;CDS;605941;606543;375;*;
;;misc_b;606919;607151;63;*;
fin;;CDS;607215;609134;;;
deb;;CDS;727895;728629;644;*;
;;regulatory;729274;729350;262;*;
fin;;CDS;729613;730869;;;
deb;;CDS;801271;802068;383;*;
;;misc_b;802452;802685;49;*;
fin;;CDS;802735;803754;;;
deb;comp;CDS;861856;862620;258;*;
;;tRNA;862879;862969;87;*;agc
fin;;CDS;863057;863845;;;
deb;;CDS;869869;871935;594;*;
;;misc_b;872530;872740;225;*;
fin;;CDS;872966;873781;;;
deb;;CDS;1044480;1044926;147;*;
;;misc_b;1045074;1045320;122;*;
fin;;CDS;1045443;1047185;;;
deb;;CDS;1106477;1107451;240;*;
;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503
;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897
;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga
;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117
fin;;CDS;1112980;1114998;;;
deb;;CDS;1157234;1158145;114;*;
;;ncRNA;1158260;1158440;182;*;
fin;;CDS;1158623;1159840;;0;
deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*;
;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg
fin;;CDS;1199993;1202641;;;
deb;;CDS;1235339;1235707;91;*;
;;regulatory;1235799;1235905;102;*;
fin;;CDS;1236008;1237213;;0;
deb;;CDS;1360996;1362075;141;*;
;;misc_b;1362217;1362455;67;*;
fin;;CDS;1362523;1365162;;;
deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*;
;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*;
fin;comp;CDS;1527677;1528351;;;
deb;;CDS;1597387;1598331;288;*;
;;regulatory;1598620;1598726;105;*;
fin;;CDS;1598832;1599797;;;
deb;;CDS;1625872;1627965;660;*;
;;repeat_region;1628626;1629050;897;*;
fin;;CDS;1629948;1630766;;0;
deb;;CDS;1634212;1635180;151;*;
;;misc_b;1635332;1635584;72;*;
fin;;CDS;1635657;1636865;;0;
deb;;CDS;1682039;1682800;159;*;
;;misc_b;1682960;1683217;112;*;
fin;;CDS;1683330;1683569;;;
deb;;CDS;1719185;1719346;735;*;
;;repeat_region;1720082;1720376;117;*;
fin;;CDS;1720494;1721246;;;
deb;;CDS;1767472;1769328;81;*;
;;misc_b;1769410;1769650;65;*;
;;misc_b;1769716;1769951;84;*;
fin;;CDS;1770036;1771253;;;
deb;;CDS;1792609;1792920;92;*;
;;regulatory;1793013;1793105;99;*;
fin;;CDS;1793205;1793999;;;
deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*;
;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*;
deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*;
;;regulatory;1850577;1850753;142;*;
deb;;CDS;1850896;1852626;109;*;
;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta
deb;;CDS;1853151;1853666;475;*;
;;regulatory;1854142;1854246;209;*;
fin;;CDS;1854456;1855490;;;
deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*;
;;repeat_region;1864377;1864796;406;*;
fin;;CDS;1865203;1865490;;0;
deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*;
;;regulatory;1884745;1884788;100;*;
fin;;CDS;1884889;1885857;;;
deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*;
;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*;
deb;;CDS;1901879;1904362;88;*;
;;regulatory;1904451;1904562;141;*;
fin;;CDS;1904704;1906005;;;
deb;;CDS;1917211;1917642;430;*;
;;misc_b;1918073;1918284;162;*;
fin;;CDS;1918447;1919736;;;
deb;;CDS;1979975;1981282;85;*;
;;misc_b;1981368;1981630;125;*;
fin;;CDS;1981756;1982559;;;
deb;;CDS;1991720;1992457;110;*;
;;misc_b;1992568;1992775;252;*;
fin;;CDS;1993028;1994227;;;
deb;;CDS;2033932;2036589;53;*;
;;regulatory;2036643;2036745;109;*;
fin;;CDS;2036855;2038120;;;
deb;comp;CDS;2174937;2175227;130;*;
;comp;regulatory;2175358;2175457;617;*;
;;regulatory;2176075;2176164;52;*;
fin;;CDS;2176217;2176393;;0;
deb;comp;CDS;2183867;2184418;151;*;
;comp;misc_b;2184570;2184833;435;*;
fin;comp;CDS;2185269;2185667;;;
deb;comp;CDS;2186020;2186505;82;*;
;comp;regulatory;2186588;2186681;177;*;
fin;;CDS;2186859;2186990;;0;
deb;comp;CDS;2226535;2227569;253;*;
;comp;misc_b;2227823;2228036;218;*;
fin;comp;CDS;2228255;2229019;;0;
deb;comp;CDS;2242205;2243398;81;*;
;comp;regulatory;2243480;2243648;110;*;
fin;comp;CDS;2243759;2244376;;;
deb;comp;CDS;2309004;2310380;93;*;
;comp;regulatory;2310474;2310576;248;*;
fin;;CDS;2310825;2312171;;;
deb;comp;CDS;2323975;2324883;801;*;
;;misc_b;2325685;2325916;107;*;
fin;;CDS;2326024;2327505;;;
deb;comp;CDS;2460052;2461448;76;*;
;comp;misc_b;2461525;2461758;168;*;
fin;comp;CDS;2461927;2462130;;;
deb;comp;CDS;2499750;2501870;427;*;
;;regulatory;2502298;2502386;188;*;
fin;;CDS;2502575;2503942;;0;
deb;;CDS;2537491;2537691;179;*;
;;regulatory;2537871;2537960;53;*;
fin;;CDS;2538014;2538190;;;
deb;comp;CDS;2560005;2560577;182;*;
;comp;regulatory;2560760;2560861;105;*;
fin;comp;CDS;2560967;2562118;;;
deb;comp;CDS;2591255;2591626;103;*;
;comp;regulatory;2591730;2591840;331;*;
fin;comp;CDS;2592172;2593866;;0;
deb;comp;CDS;2628443;2629147;63;*;
;comp;regulatory;2629211;2629305;195;*;
fin;comp;CDS;2629501;2630373;;;
deb;comp;CDS;2730963;2731670;150;*;
;comp;tRNA;2731821;2731917;264;*;tga
fin;comp;CDS;2732182;2733021;;;
deb;comp;CDS;2754962;2756278;86;*;
;comp;misc_b;2756365;2756576;78;*;
fin;comp;CDS;2756655;2757476;;0;
deb;comp;CDS;2776950;2777333;227;*;
;;regulatory;2777561;2777658;54;*;
fin;;CDS;2777713;2777889;;;
deb;comp;CDS;2781702;2781962;296;*;
;;repeat_region;2782259;2782547;284;*;
fin;comp;CDS;2782832;2782990;;;
deb;comp;CDS;2886981;2887679;42;*;
;comp;misc_b;2887722;2887962;90;*;
fin;comp;CDS;2888053;2889456;;0;
deb;comp;CDS;2894447;2897554;91;*;
;comp;misc_b;2897646;2897878;174;*;
fin;comp;CDS;2898053;2898580;;;
deb;comp;CDS;2989453;2990454;58;*;
;comp;misc_b;2990513;2990768;133;*;
fin;comp;CDS;2990902;2992092;;;
deb;comp;CDS;3000110;3000763;328;*;
;;regulatory;3001092;3001193;72;*;
fin;;CDS;3001266;3002609;;;
deb;comp;CDS;3020733;3023294;277;*;
;comp;ncRNA;3023572;3023906;131;*;
deb;;CDS;3024038;3024715;150;*;
;comp;tRNA;3024866;3024940;94;*;aca
;comp;rRNA;3025035;3027932;188;*;2898
;comp;rRNA;3028121;3029623;376;*;1503
fin;;CDS;3030000;3030938;;0;
deb;comp;CDS;3132071;3137992;123;*;
;comp;regulatory;3138116;3138201;171;*;
fin;comp;CDS;3138373;3139776;;;
deb;comp;CDS;3174601;3175263;99;*;
;comp;regulatory;3175363;3175448;185;*;
deb;comp;CDS;3175634;3178552;117;*;
;comp;regulatory;3178670;3178755;127;*;
fin;comp;CDS;3178883;3180061;;;
deb;comp;CDS;3301782;3302912;227;*;
;comp;regulatory;3303140;3303320;52;*;
fin;comp;CDS;3303373;3304266;;;
deb;comp;CDS;3438913;3440304;144;*;
;comp;regulatory;3440449;3440628;271;*;
fin;comp;CDS;3440900;3442552;;;
deb;;CDS;3574620;3575798;143;*;
;comp;tmRNA;3575942;3576291;157;*;
fin;comp;CDS;3576449;3576904;;0;
deb;;CDS;3665386;3666267;77;*;
;;regulatory;3666345;3666519;177;*;
fin;;CDS;3666697;3667698;;;
deb;comp;CDS;3691428;3693545;581;*;
;comp;regulatory;3694127;3694212;402;*;
fin;comp;CDS;3694615;3695928;;;
deb;comp;CDS;3704323;3706989;75;*;
;comp;misc_b;3707065;3707327;301;*;
fin;comp;CDS;3707629;3708456;;;
deb;comp;CDS;3721959;3722636;579;*;
;comp;regulatory;3723216;3723299;232;*;
fin;comp;CDS;3723532;3724374;;;
deb;comp;CDS;3756858;3757937;295;*;
;;regulatory;3758233;3758348;174;*;
fin;;CDS;3758523;3759893;;0;
deb;;CDS;3805298;3806743;208;*;
;comp;tRNA;3806952;3807028;67;*;agg
fin;comp;CDS;3807096;3808790;;;
deb;comp;CDS;3837718;3838119;795;*;
;;regulatory;3838915;3839011;53;*;
fin;;CDS;3839065;3839241;;;
deb;comp;CDS;3875816;3876886;452;*;
;comp;rRNA;3877339;3877455;126;*;117
;comp;rRNA;3877582;3880479;265;*;2898
;comp;rRNA;3880745;3882247;192;*;1503
fin;comp;CDS;3882440;3883018;;;
deb;comp;CDS;3898798;3900297;129;*;
;comp;regulatory;3900427;3900606;66;*;
fin;comp;CDS;3900673;3901287;;;
deb;comp;CDS;3978202;3978723;161;*;
;comp;regulatory;3978885;3978970;840;*;
fin;comp;CDS;3979811;3980761;;;
deb;comp;CDS;4005267;4007204;83;*;
;comp;misc_b;4007288;4007534;65;*;
fin;comp;CDS;4007600;4008121;;;
deb;comp;CDS;4017523;4017714;118;*;
;comp;rRNA;4017833;4017949;127;*;117
;comp;rRNA;4018077;4020974;325;*;2898
;comp;rRNA;4021300;4022802;294;*;1503
fin;comp;CDS;4023097;4023291;;;
deb;;CDS;4135881;4136873;383;*;
;comp;tRNA;4137257;4137331;33;*;aca
;comp;tRNA;4137365;4137440;4;*;gta
;comp;tRNA;4137445;4137519;6;*;gaa
;comp;tRNA;4137526;4137601;331;*;aaa
fin;comp;CDS;4137933;4139222;;;
deb;;CDS;4178197;4178970;181;*;
;;rRNA;4179152;4180587;161;*;1436
;comp;rRNA;4180749;4180865;202;*;117
;comp;rRNA;4181068;4183958;221;*;2891
;comp;rRNA;4184180;4185682;110;*;1503
;comp;tRNA;4185793;4185869;11;*;atgi
;comp;tRNA;4185881;4185969;5;*;tta
;comp;rRNA;4185975;4186091;202;*;117
;comp;rRNA;4186294;4189191;376;*;2898
;comp;tRNA;4189568;4189643;68;*;gca
;comp;misc_f;4189712;4190683;11;*;
;comp;misc_f;4190695;4190811;54;*;
;;rRNA;4190866;4192222;55;*;1357
;;tRNA;4192278;4192353;944;*;gca
;;misc_f;4193298;4193707;18;*;
;;misc_f;4193726;4193858;352;*;
;;rRNA;4194211;4196212;72;*;2002
;;misc_f;4196285;4196423;100;*;
;;misc_f;4196524;4196885;57;*;
;;misc_f;4196943;4197075;351;*;
;;misc_f;4197427;4197972;7;*;
;;misc_f;4197980;4198700;48;*;
;;misc_f;4198749;4199044;211;*;
;;misc_f;4199256;4201580;139;*;
;;rRNA;4201720;4201836;127;*;117
fin;;CDS;4201964;4202473;;;
deb;;CDS;4202485;4203366;127;*;
;;misc_b;4203494;4203699;125;*;
fin;;CDS;4203825;4205096;;;
deb;;CDS;4205417;4205872;0;*;
;;tRNA;4205873;4205964;37;*;tcc
;;ncRNA;4206002;4206266;76;*;
fin;;CDS;4206343;4207980;;;
deb;comp;CDS;4209435;4210639;498;*;
;;rRNA;4211138;4212640;587;*;1503
fin;comp;CDS;4213228;4213837;;;
deb;comp;CDS;4213961;4214620;81;*;
;;rRNA;4214702;4216184;371;*;1483
;;misc_f;4216556;4217003;238;*;
;comp;misc_f;4217242;4217961;7;*;
;comp;misc_f;4217969;4218514;265;*;
;comp;tRNA;4218780;4218855;68;*;gca
;comp;misc_f;4218924;4219056;18;*;
;comp;misc_f;4219075;4219471;605;*;
;comp;rRNA;4220077;4221579;181;*;1503
deb;comp;CDS;4221761;4222206;388;*;
;;rRNA;4222595;4224097;325;*;1503
;;rRNA;4224423;4227320;182;*;2898
;;rRNA;4227503;4227619;6;*;117
;;tRNA;4227626;4227700;6;*;aac
;;tRNA;4227707;4227792;15;*;tta
;;tRNA;4227808;4227883;7;*;atgf
;;tRNA;4227891;4227965;9;*;gaa
;;tRNA;4227975;4228048;5;*;gga
;;tRNA;4228054;4228129;5;*;gta
;;tRNA;4228135;4228211;9;*;gac
;;tRNA;4228221;4228295;14;*;aca
;;tRNA;4228310;4228394;10;*;tac
;;tRNA;4228405;4228488;28;*;cta
;;tRNA;4228517;4228593;7;*;aga
;;tRNA;4228601;4228676;89;*;caa
;;tRNA;4228766;4228854;3;*;tca
;;tRNA;4228858;4228933;6;*;ttc
;;tRNA;4228940;4229013;14;*;atgj
;;tRNA;4229028;4229104;29;*;atgi
;;tRNA;4229134;4229210;7;*;cca
;;tRNA;4229218;4229294;8;*;cac
;;tRNA;4229303;4229378;353;*;aaa
;comp;rRNA;4229732;4229848;139;*;117
;comp;misc_f;4229988;4230853;1;*;
;comp;misc_f;4230855;4231585;11;*;
;comp;misc_f;4231597;4232010;584;*;
;;rRNA;4232595;4234095;221;*;1501
;;rRNA;4234317;4237214;127;*;2898
;;rRNA;4237342;4237458;216;*;117
fin;comp;CDS;4237675;4238859;;0;
deb;;CDS;4241605;4242144;780;*;
;;rRNA;4242925;4244456;265;*;1532
;;rRNA;4244722;4247618;202;*;2897
;;rRNA;4247821;4247937;5;*;117
;;tRNA;4247943;4248031;11;*;tta
;;tRNA;4248043;4248119;110;*;atgi
;;rRNA;4248230;4249732;202;*;1503
;;misc_f;4249935;4250480;184;*;
fin;;CDS;4250665;4250923;;;
deb;;CDS;4250940;4251038;87;*;
;comp;rRNA;4251126;4253130;390;*;2005
;comp;tRNA;4253521;4253596;68;*;gca
;comp;misc_f;4253665;4253797;18;*;
;comp;misc_f;4253816;4254229;294;*;
fin;;CDS;4254524;4254712;;;
deb;;CDS;4303117;4303305;167;*;
;;misc_f;4303473;4304013;15;*;
;;misc_f;4304029;4304286;145;*;
;;rRNA;4304432;4304548;6;*;117
;;tRNA;4304555;4304629;4;*;aac
;;tRNA;4304634;4304708;5;*;gaa
;;tRNA;4304714;4304789;5;*;gta
;;tRNA;4304795;4304871;11;*;gac
;;tRNA;4304883;4304957;14;*;aca
;;tRNA;4304972;4305056;9;*;tac
;;tRNA;4305066;4305139;10;*;gga
;;tRNA;4305150;4305226;9;*;aga
;;tRNA;4305236;4305311;11;*;caa
;;tRNA;4305323;4305398;2;*;aaa
;;tRNA;4305401;4305489;18;*;tca
;;tRNA;4305508;4305598;8;*;agc
;;tRNA;4305607;4305683;85;*;cca
;;tRNA;4305769;4305844;60;*;tgg
;;tRNA;4305905;4305981;5;*;cca
;;tRNA;4305987;4306063;3;*;atc
;;tRNA;4306067;4306142;7;*;ttc
;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj
;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335
deb;;CDS;4307680;4308225;0;*;
&lt;/pre&gt;

===cbc===
====cbc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;
&lt;/pre&gt;
====cbc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbc* cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;5;1;0;0
;16 23 5s 0;1;20;22;1
;16 atc gca;0;40;3;1
;16 23 5s a;3;60;2;0
;max a;2;80;0;0
;a doubles;1;100;1;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;6;140;0;0
sans ;opérons;17;160;0;0
;1 aa;10;180;0;0
;max a;11;200;0;0
;a doubles;4;;0;0
;total aas;46;;28;2
total aas;;52;;;
remarques;;4;;;
avec jaune;;;moyenne;17;15
;;;variance;19;
sans jaune;;;moyenne;15;
;;;variance;14;
&lt;/pre&gt;
====cbc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]]
&lt;pre&gt;
cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
&lt;/pre&gt;
====cbc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;;
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;;
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc
6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc
1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;;0;363;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;
;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;;
;;;;;;3674;;total;7;288;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;
&lt;/pre&gt;

===cbn===
====cbn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;10;1;0;0
;16 23 5s 0;3;20;34;9
;16 gca atc;2;40;7;0
;16 23 5s a;4;60;3;0
;max a;8;80;1;1
;a doubles;1;100;0;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;22;140;0;0
sans ;opérons;18;160;1;0
;1 aa;12;180;0;0
;max a;22;200;0;0
;a doubles;6;;0;0
;total aas;64;;46;10
total aas;;86;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;17;
;;;variance;25;
sans jaune;;;moyenne;14;14
;;;variance;15;17
&lt;/pre&gt;
====cbn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]]
&lt;pre&gt;
cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;&gt;1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;
====cbn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa
;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta
;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac
;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca
;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca
;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj
;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf
;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj
;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf
;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta
;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac
;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc
;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc
;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga
;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc
;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga
;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga
;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa
;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa
;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag
;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga
;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga
;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag
;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga
;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga
;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc
;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta
;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa
2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa
10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac
8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag
0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga
;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca
;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac
;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta
;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac
;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca
;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca
&lt;/pre&gt;
=====cbn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbn;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;20118;206;comp;
;tRNA;20666;214;;acg
fin;CDS;20956;;;
deb;CDS;34861;307;comp;
;tRNA;36413;12;;gaa
;tRNA;36500;13;;gta
;tRNA;36589;5;;gac
;tRNA;36671;18;;aca
;tRNA;36765;12;;gaa
;tRNA;36852;13;;gta
;tRNA;36941;5;;gac
;tRNA;37023;106;;aca
fin;CDS;37205;;comp;
deb;CDS;135851;168;comp;
;tRNA;137366;131;comp;cca
fin;CDS;137573;;comp;
deb;CDS;161395;158;;
;tRNA;161964;5;;tta
;tRNA;162058;5;;atgf
;tRNA;162139;46;;atgj
;tRNA;162262;5;;tta
;tRNA;162356;30;;atgf
;tRNA;162462;46;;atgj
;tRNA;162585;5;;tta
;tRNA;162679;480;;atgf
fin;CDS;163235;;comp;
deb;CDS;174610;115;;
;tRNA;176258;275;;aac
fin;CDS;176608;;;
deb;CDS;178351;453;;
;rRNA;180181;237;;16s
;rRNA;181930;48;;23s
;tRNA;184882;14;;aac
;rRNA;184971;7;;5s
;tRNA;185095;435;;aac
fin;CDS;185605;;comp;
deb;CDS;221558;140;;
;tRNA;222409;106;;aac
fin;CDS;222591;;;
deb;CDS;577193;60;;
;tRNA;578417;67;comp;cag
fin;CDS;578560;;comp;
deb;CDS;943937;261;comp;
;tRNA;944747;348;comp;ttg
fin;CDS;945182;;;
deb;CDS;954881;59;;
;tRNA;955546;82;;ctt
fin;CDS;955713;;;
deb;CDS;1025682;379;;
;tRNA;1026946;17;;gta
;tRNA;1027039;14;;gac
;tRNA;1027130;4;;ttc
;tRNA;1027210;8;;ggc
;tRNA;1027293;57;;tgc
;tRNA;1027425;265;;tgc
fin;CDS;1027765;;;
deb;CDS;1679540;6;;
;gene;1680008;128;comp;
fin;CDS;1681704;;comp;
deb;CDS;1865810;45;;
;gene;1866395;88;;
fin;CDS;1867620;;comp;
deb;CDS;2029941;104;;
;tRNA;2030816;48;comp;aac
;rRNA;2030939;97;comp;23s
;tRNA;2033939;7;comp;atc
;tRNA;2034023;124;comp;gca
;rRNA;2034223;423;comp;16s
fin;CDS;2036154;;comp;
deb;CDS;2149914;128;comp;
;rRNA;2150504;34;comp;5s
;rRNA;2150655;237;comp;23s
;rRNA;2153797;424;comp;16s
fin;CDS;2155729;;comp;
deb;CDS;2168490;590;;
;rRNA;2169533;35;comp;5s
;rRNA;2169677;237;comp;23s
;rRNA;2172816;111;comp;16s
fin;CDS;2174439;;;
deb;CDS;2281037;144;;
;rRNA;2283779;98;comp;5s
;rRNA;2283983;237;comp;23s
;rRNA;2287123;111;comp;16s
deb;CDS;2288746;117;comp;
;tRNA;2289103;15;comp;gga
;tRNA;2289192;7;comp;atc
;tRNA;2289276;233;comp;gca
fin;CDS;2289585;;comp;
deb;CDS;2349136;199;comp;
;tRNA;2350598;21;comp;cga
;tRNA;2350696;28;comp;gga
;tRNA;2350798;4;comp;aaa
;tRNA;2350878;4;comp;caa
;tRNA;2350957;5;comp;cac
;tRNA;2351038;3;comp;aag
;tRNA;2351116;6;comp;aga
;tRNA;2351199;4;comp;gga
;tRNA;2351277;21;comp;cca
;tRNA;2351374;5;comp;aag
;tRNA;2351455;5;comp;aga
;tRNA;2351537;5;comp;gga
;tRNA;2351616;3;comp;ggc
;tRNA;2351694;22;comp;cta
;tRNA;2351800;4;comp;aaa
;tRNA;2351880;4;comp;caa
;tRNA;2351959;5;comp;cac
;tRNA;2352040;5;comp;aag
;tRNA;2352121;5;comp;aga
;tRNA;2352203;5;comp;gga
;tRNA;2352282;6;comp;ggc
;tRNA;2352363;73;comp;cca
fin;CDS;2352512;;comp;
deb;CDS;2430767;295;comp;
;tRNA;2432784;58;comp;tgg
fin;CDS;2432918;;comp;
deb;CDS;2453380;324;comp;
;tRNA;2454880;39;comp;tac
;tRNA;2455004;8;comp;gta
;tRNA;2455088;4;comp;tac
;tRNA;2455177;255;comp;aca
fin;CDS;2455508;;;
deb;CDS;2696774;138;comp;
;rRNA;2697803;34;comp;5s
;rRNA;2697946;237;comp;23s
;rRNA;2701084;423;comp;16s
deb;CDS;2703019;183;comp;
;tRNA;2703946;311;comp;aaa
;tRNA;2704333;13;comp;ttc
;rRNA;2704422;336;comp;5s
;tRNA;2704867;15;comp;ttc
;rRNA;2704958;100;comp;5s
;rRNA;2705165;237;comp;23s
;rRNA;2708303;346;comp;16s
fin;CDS;2710157;;comp;
deb;CDS;2720030;80;comp;
;tRNA;2721253;5;comp;aaa
;rRNA;2721334;98;comp;5s
;rRNA;2721549;237;comp;23s
;rRNA;2724689;393;comp;16s
fin;CDS;2726593;;comp;
deb;CDS;2730964;245;comp;
;tRNA;2731902;61;comp;gag
;tRNA;2732038;6;comp;caa
;tRNA;2732119;4;comp;aga
;tRNA;2732200;19;comp;gga
;tRNA;2732293;16;comp;cta
;tRNA;2732393;4;comp;gaa
;rRNA;2732472;100;comp;5s
;rRNA;2732689;95;comp;23s
;tRNA;2735687;3;comp;atc
;tRNA;2735767;77;comp;gca
;rRNA;2735920;402;comp;16s
fin;CDS;2737834;;comp;
deb;CDS;2740228;408;comp;
;tRNA;2742262;111;comp;tcc
deb;CDS;2742463;64;comp;
;tRNA;2743220;69;comp;tcg
deb;CDS;2743382;65;comp;
;tRNA;2743891;130;comp;agg
fin;CDS;2744098;;;
deb;CDS;2746633;95;comp;
;tRNA;2748534;144;comp;cgt
;tRNA;2748755;23;comp;agc
;tRNA;2748869;69;comp;tca
;tRNA;2749029;61;comp;tca
fin;CDS;2749181;;comp;
deb;CDS;2758098;125;comp;
;tRNA;2758688;4;comp;gca
;tRNA;2758768;3;comp;atgi
;rRNA;2758848;76;comp;5s
;rRNA;2759041;237;comp;23s
;rRNA;2762179;369;comp;16s
fin;CDS;2764060;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cbn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;;
cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176
;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116
;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66
;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121
;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93
;'''total 2491;&lt;201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79
624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50
834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64
1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44
1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50
1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60
2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35
1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56
754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41
1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32
1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38
1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35
627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37
1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40
2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46
1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28
1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26
841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35
1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31
2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41
390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33
943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25
2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29
1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30
2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31
261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21
1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31
2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34
2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30
1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27
1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25
1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23
2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31
2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23
923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23
313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19
1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19
1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17
262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;24
;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25
;;38;9;320;12;;620;1;230;16
;;39;°17;330;16;;640;2;235;17
;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17
;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15
;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13
;;;;370;14;;720;2;255;15
;;;;380;13;;740;2;260;15
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10
1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11
369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9
1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5
430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9
1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10
1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15
733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17
271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6
913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5
1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9
1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3
1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13
1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3
2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5
1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11
783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4
2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9
2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10
292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4
2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8
2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6
1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143
500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&amp;-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&amp;184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&amp;120;45;-;891;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;&gt;0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;&lt;0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;&gt;0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;&lt;0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
370;6;8;;370;12;5;37;2;11;;;-38;0;0
380;6;7;;380;12;4;38;1;8;;;-39;0;0
390;1;6;;390;2;4;39;7;10;;;-40;0;0
400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0
total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0
diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1
 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8
continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9
;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167
&lt;/pre&gt;

====cbn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp
;&amp;tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&amp;tRNA;2454880;39;comp
fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&amp;tRNA;2455004;8;comp
deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&amp;tRNA;2455088;4;comp
;&amp;tRNA;36413;12;;;;&amp;tRNA;2030816;48;comp;;;&amp;tRNA;2455177;255;comp
;&amp;tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;;
;&amp;tRNA;36589;5;;;;&amp;tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp
;&amp;tRNA;36671;18;;;;&amp;tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp
;&amp;tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp
;&amp;tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp
;&amp;tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp
;&amp;tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&amp;tRNA;2703946;311;comp
fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&amp;tRNA;2704333;13;comp
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;&amp;tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&amp;tRNA;2704867;15;comp
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;&amp;tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp
;&amp;tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp
;&amp;tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp
;&amp;tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp
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;$rRNA;180181;237;;;;&amp;tRNA;2350598;21;comp;;;&amp;tRNA;2732293;16;comp
;$rRNA;181930;48;;;;&amp;tRNA;2350696;28;comp;;;&amp;tRNA;2732393;4;comp
;&amp;tRNA;184882;14;;;;&amp;tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp
;$rRNA;184971;7;;;;&amp;tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp
;&amp;tRNA;185095;435;;;;&amp;tRNA;2350957;5;comp;;;&amp;tRNA;2735687;3;comp
fin;°CDS;185605;;comp;;;&amp;tRNA;2351038;3;comp;;;&amp;tRNA;2735767;77;comp
deb;°CDS;221558;140;;;;&amp;tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp
;&amp;tRNA;222409;106;;;;&amp;tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp
fin;°CDS;222591;;;;;&amp;tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp
deb;°CDS;577193;60;;;;&amp;tRNA;2351374;5;comp;;;&amp;tRNA;2742262;111;comp
;&amp;tRNA;578417;67;comp;;;&amp;tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp
fin;°CDS;578560;;comp;;;&amp;tRNA;2351537;5;comp;;;&amp;tRNA;2743220;69;comp
deb;°CDS;943937;261;comp;;;&amp;tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp
;&amp;tRNA;944747;348;comp;;;&amp;tRNA;2351694;22;comp;;;&amp;tRNA;2743891;130;comp
fin;°CDS;945182;;;;;&amp;tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;;
deb;°CDS;954881;59;;;;&amp;tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp
;&amp;tRNA;955546;82;;;;&amp;tRNA;2351959;5;comp;;;&amp;tRNA;2748534;144;comp
fin;°CDS;955713;;;;;&amp;tRNA;2352040;5;comp;;;&amp;tRNA;2748755;23;comp
deb;°CDS;1025682;379;;;;&amp;tRNA;2352121;5;comp;;;&amp;tRNA;2748869;69;comp
;&amp;tRNA;1026946;17;;;;&amp;tRNA;2352203;5;comp;;;&amp;tRNA;2749029;61;comp
;&amp;tRNA;1027039;14;;;;&amp;tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp
;&amp;tRNA;1027130;4;;;;&amp;tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp
;&amp;tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&amp;tRNA;2758688;4;comp
;&amp;tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&amp;tRNA;2758768;3;comp
;&amp;tRNA;1027425;265;;;;&amp;tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp
fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp
deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp
;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp
fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
comp’;206;;214;;59;58;;
comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb;
;168;;131;;65;67;&lt;201;12
;158;comp’;480;;80;69;total;18
;115;;275;;98;73;taux;67%
;;comp’;435;;115;82;;
;140;;106;;125;106;'''fin;
comp’;60;;67;;140;111;&lt;201;9
;261;comp’;348;;158;131;total;12
;59;;82;;168;214;taux;75%
;379;;265;;183;265;;
comp’;104;;;;199;275;'''total;
;199;;73;;245;;&lt;201;21
;295;;58;;261;;total;30
;324;comp’;255;;295;;taux;70%
;183;;;;324;;;
;80;;;;379;;;
;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls
;408;;111;;60;106;'''deb;2
;64;;69;;104;130;;4
;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2
;98;;61;;307;348;;6
;125;;;;'''-;435;'''total;
;;;;;'''-;480;&lt;201;4
;;;;;;;total;10
;;;;;;;taux;40%
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;14;11;25;;;;
;total;22;18;40;;;;
;taux;64%;61%;63%;;;;
&lt;/pre&gt;

===cle===
====cle opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]]
&lt;pre&gt;
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s  11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
;10449..11981;;16s;;72;;
;12054..12171;;5s;;4;;
;12176..12248;;gca;;262;;
;12511..15414;;23s;;55;;
;15470..15543;;gac;;61;;61
;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
;15792..15872;;tac;;12;;12
;15885..15961;;atgj;;3;;3
;15965..16040;;ttc;;3;;3
;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
;46235..47767;;16s;@3;21284;;
;;;;;;;
;69052..71964;;23s;;;;
;;;;;4873;;
;76838..78371;;16s;;72;;
;78444..78561;;5s;;5;;
;78567..78639;;gca;;282;;
;78922..81829;;23s;;;;
;;;;;904;;
;82734..82851;;5s;;4;;
;82856..82928;;ggc;;;;
;;;;;1463;;
;84392..85929;;16s;;72;;
;86002..86119;;5s;;4;;
;86124..86196;;gca;;280;;
;86477..89386;;23s;;;;
;;;;;7380;;
;96767..96884;;5s;;89;;
;96974..97047;;ggc;;;;
;;;;;5082;;
;102130..102204;;cag;;;;
;;;;;;;
;104716..104799;;tta;;13;13;
;104813..104898;;tca;;;;
;;;;;;;
;141499..143034;;16s;;138;;
;143173..143290;;5s;;7;;
;143298..143374;;atc; ;258;;
;143633..146538;;23s;;;;
;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
;151090..151161;;gaa;;457;;
;151619..153160;;16s;;605;;
;153766..156671;;23s;;475;;
;157147..157219;;aaa;;9;;9
;157229..157299;;gga;;6;;6
;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
;161725..161797;;ggc;;;;
;;;;;11104;;
;172902..172973;;gaa;;23;23;
;172997..173071;;cca;;45;45;
;173117..173189;;aaa;;11;11;
;173201..173274;;gac;;56;56;
;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
;173682..173754;;aca;;26;26;
;173781..173861;;tac;;10;10;
;173872..173948;;atgj;;31;31;
;173980..174052;;ttc;;;;
;;;;;248498;;
;422551..424086;;16s;;;;
;;;;;113898;;
;537985..540890;;23s;;;;
;;;;;25153;;
;566044..566117;;cac;;23;23;
;566141..566212;;caa;;32;32;
;566245..566330;;tca;;;;
;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
;573592..573709;;5s;;4;;
;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
;602278..603812;;16s;;137;;
;603950..604067;;5s;;;;
;;;;;11014;;
;615082..617987;;23s;;;;
;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
;737624..737696;;ggc;;;;
;;;;;3291;;
;740988..741058;;gga;;;;
;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
;1231377..1234282;;23s;;110;;
;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
&lt;/pre&gt;

====cle cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]]
&lt;pre&gt;
cle cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;19;1;1;0
;16 5 aa 23;5;20;14;15
;16 5 atc gca;2;40;10;6
;solo;11;60;2;5
;max a;14;80;1;1
;a doubles;2;100;0;0
;indéterminé;1;120;0;0
;total aas;46;140;0;0
sans ;opérons;29;160;1;0
;1 aa;19;180;0;0
;max a;10;200;1;0
;a doubles;2;;0;0
;total aas;59;;30;27
total aas;;105;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;29;
;;;variance;41;
sans jaune;;;moyenne;19;22
;;;variance;16;19
&lt;/pre&gt;
====cle blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]]
&lt;pre&gt;
cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;
&lt;/pre&gt;
====cle distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====cle données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;;
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;;
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;;
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;;
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cle autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc
fin;;CDS;97802;98497;;;
deb;comp;CDS;101240;101917;212;*;
;;tRNA;102130;102201;409;*;cag
fin;comp;CDS;102611;103510;;;
deb;comp;CDS;103635;104501;214;*;
;;tRNA;104716;104799;13;*;tta
;;tRNA;104813;104898;262;*;tca
fin;;CDS;105161;106408;;;
deb;comp;CDS;135278;135838;80;*;
;comp;regulatory;135919;136018;495;*;
fin;;CDS;136514;138715;;;
deb;;CDS;140906;141175;325;*;
;;rRNA;141501;143026;146;*;1526
;;rRNA;143173;143290;7;*;118
;;tRNA;143298;143371;262;*;atc
;;rRNA;143634;146537;299;*;2904
fin;;CDS;146837;147139;;0;
deb;;CDS;149226;150632;335;*;
;;rRNA;150968;151085;4;*;118
;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa
;;rRNA;151621;153153;613;*;1533
;;rRNA;153767;156670;476;*;2904
;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa
;;tRNA;157229;157299;6;*;gga
;;tRNA;157306;157379;487;*;aga
fin;;CDS;157867;158490;;;
deb;comp;CDS;160912;161418;184;*;
;;rRNA;161603;161720;4;*;118
;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc
fin;comp;CDS;161848;162624;;;
deb;comp;CDS;162740;165070;522;*;
;;misc_b;165593;165910;56;*;
fin;;CDS;165967;167493;;;
deb;comp;CDS;171336;172279;622;*;
;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa
;;tRNA;172997;173071;45;*;cca
;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa
;;tRNA;173201;173274;56;*;gac
;;tRNA;173331;173403;7;*;gta
;;tRNA;173411;173494;187;*;tta
;;tRNA;173682;173754;26;*;aca
;;tRNA;173781;173861;10;*;tac
;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj
;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc
fin;;CDS;174260;174673;;;
deb;comp;CDS;190039;190368;288;*;
;;misc_b;190657;190881;79;*;
fin;;CDS;190961;192721;;;
deb;comp;CDS;421861;422205;347;*;
;;rRNA;422553;424078;228;*;1526
fin;comp;CDS;424307;425017;;0;
deb;;CDS;459976;460971;367;*;
;;regulatory;461339;461464;137;*;
fin;;CDS;461602;462906;;0;
deb;comp;CDS;473892;474338;416;*;
;;regulatory;474755;474880;137;*;
fin;;CDS;475018;476358;;;
deb;;CDS;536211;537422;563;*;
;;rRNA;537986;540889;357;*;2904
fin;;CDS;541247;541735;;0;
deb;;CDS;564995;565951;92;*;
;;tRNA;566044;566117;23;*;cac
;;tRNA;566141;566212;32;*;caa
;;tRNA;566245;566330;289;*;tca
fin;;CDS;566620;567750;;;
deb;;CDS;570670;571383;602;*;
;;rRNA;571986;573512;79;*;1527
;;rRNA;573592;573709;4;*;118
;;tRNA;573714;573786;283;*;gca
;;rRNA;574070;576974;187;*;2905
fin;;CDS;577162;578526;;;
deb;;CDS;601262;601948;331;*;
;;rRNA;602280;603805;144;*;1526
;;rRNA;603950;604067;301;*;118
fin;;CDS;604369;605106;;;
deb;;CDS;614484;614675;407;*;
;;rRNA;615083;617986;260;*;2904
fin;comp;CDS;618247;619251;;0;
deb;;CDS;685823;686155;210;*;
;;misc_b;686366;686632;51;*;
fin;;CDS;686684;686965;;;
deb;comp;CDS;736286;737200;301;*;
;;rRNA;737502;737619;4;*;118
;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc
fin;;CDS;738186;738905;;;
deb;;CDS;740293;740862;125;*;
;;tRNA;740988;741058;322;*;gga
fin;;CDS;741381;742271;;;
deb;;CDS;757105;759717;121;*;
;;tRNA;759839;759920;66;*;cta
fin;comp;CDS;759987;760835;;0;
deb;;CDS;786859;787458;71;*;
;;misc_b;787530;787823;195;*;
fin;;CDS;788019;789995;;;
deb;;CDS;825593;830971;885;*;
;;regulatory;831857;832030;230;*;
fin;;CDS;832261;833262;;;
deb;comp;CDS;910521;911774;224;*;
;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt
;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt
fin;;CDS;912659;914539;;0;
deb;;CDS;1015700;1016551;80;*;
;;misc_b;1016632;1016837;131;*;
fin;;CDS;1016969;1018252;;0;
deb;;CDS;1034743;1035147;44;*;
;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga
fin;comp;CDS;1035408;1036631;;;
deb;;CDS;1060209;1061090;61;*;
;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg
fin;;CDS;1061457;1061942;;0;
deb;;CDS;1135668;1136111;264;*;
;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc
fin;;CDS;1136591;1137205;;;
deb;;CDS;1181242;1181676;81;*;
;;ncRNA;1181758;1182021;95;*;
fin;comp;CDS;1182117;1183028;;;
deb;;CDS;1228173;1228862;323;*;
;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526
;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118
;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc
;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca
;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904
;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac
;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa
;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc
;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac
;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc
fin;;CDS;1234979;1235152;;;
deb;;CDS;1279854;1280135;75;*;
;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf
fin;;CDS;1280409;1281519;;;
deb;;CDS;1282595;1283137;112;*;
;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga
;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga
;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac
;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa
;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa
;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta
;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga
;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga
;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa
fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0;
deb;;CDS;1298530;1299468;91;*;
;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc
;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca
fin;comp;CDS;1299939;1300463;;;
deb;;CDS;1317893;1318795;58;*;
;;misc_b;1318854;1319058;143;*;
fin;;CDS;1319202;1320467;;;
deb;;CDS;1330208;1331050;68;*;
;;regulatory;1331119;1331225;168;*;
fin;;CDS;1331394;1332701;;;
deb;;CDS;1344739;1346154;53;*;
;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg
fin;;CDS;1346415;1347350;;;
deb;;CDS;1361763;1362872;473;*;
;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg
fin;comp;CDS;1363883;1365469;;;
deb;;CDS;1501342;1502331;88;*;
;;misc_b;1502420;1502635;130;*;
fin;;CDS;1502766;1505162;;0;
deb;;CDS;1514802;1515092;141;*;
;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa
;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca
;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa
fin;;CDS;1515712;1516611;;;
deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*;
;;misc_b;1538316;1538527;148;*;
fin;;CDS;1538676;1539512;;;
deb;;CDS;1558609;1559226;150;*;
;;ncRNA;1559377;1559568;105;*;
fin;;CDS;1559674;1560162;;;
deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*;
;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg
fin;;CDS;1597563;1600298;;0;
deb;;CDS;1776389;1777042;54;*;
;;regulatory;1777097;1777202;89;*;
fin;;CDS;1777292;1778305;;;
deb;;CDS;1809551;1811686;53;*;
;;regulatory;1811740;1811862;110;*;
fin;;CDS;1811973;1812599;;0;
deb;;CDS;1897547;1898221;77;*;
;;misc_b;1898299;1898549;46;*;
fin;;CDS;1898596;1899603;;;
deb;;CDS;2051328;2051531;445;*;
;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc
fin;comp;CDS;2052165;2053262;;;
deb;;CDS;2064667;2065113;238;*;
;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata
fin;;CDS;2065455;2066012;;;
deb;;CDS;2089815;2090282;195;*;
;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc
fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0;
deb;;CDS;2125666;2126805;19;*;
;;misc_b;2126825;2127056;63;*;
fin;;CDS;2127120;2127326;;;
deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*;
;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*;
fin;;CDS;2291890;2293848;;0;
deb;;CDS;2378236;2379462;104;*;
;;misc_b;2379567;2379785;50;*;
fin;;CDS;2379836;2380420;;;
deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*;
;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac
;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc
fin;;CDS;2394801;2396147;;;
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;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*;
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deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*;
;;ncRNA;2575001;2575351;65;*;
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;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*;
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deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*;
;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg
fin;;CDS;2592535;2593464;;0;
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;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg
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;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag
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deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*;
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;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*;
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deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*;
;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag
fin;comp;CDS;2881759;2882100;;;
deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*;
;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*;
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deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*;
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;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj
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;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj
;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta
;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg
;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac
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;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*;
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;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*;
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;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca
;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt
;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt
;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta
;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta
;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac
;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi
;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca
;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa
;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac
;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904
;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca
;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc
;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118
;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526
;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc
;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca
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;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta
;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj
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;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*;
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;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*;
fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;
&lt;/pre&gt;

===hmo===
====hmo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]]
&lt;pre&gt;
57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
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;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
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;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
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comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
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comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
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;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
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comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
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;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
&gt;;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
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;;;;;;;;;;
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;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
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;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
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;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
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;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
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;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
&lt;/pre&gt;

====hmo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]]
&lt;pre&gt;
hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128
&lt;/pre&gt;

====hmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]]
&lt;pre&gt;
hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;;
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;;
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;;
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;;
;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;;
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;;
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;;
;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====hmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
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;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
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;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
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;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
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deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
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;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
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;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
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;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
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;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
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;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
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deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
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fin;;CDS;1994619;1995368;;;
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;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
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;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
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;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
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;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
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;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
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deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
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;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
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;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
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;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
&lt;/pre&gt;

===cbei===
====cbei opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]]
&lt;pre&gt;
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
&lt;;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
;2098638..2100154;;16s;;502;;;;;
;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
;2340985..2342501;;16s;;338;;;;;
;2342840..2345755;;23s;;140;;;;;
;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429
;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
;2768171..2771082;;23s;;202;;;;;
;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;;
comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;;
comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;;
comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;;
comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;;
comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
&lt;/pre&gt;

====cbei cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206
&lt;/pre&gt;

====cbei blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]]
&lt;pre&gt;
cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 &gt;1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 &gt;1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
&lt;/pre&gt;
====cbei données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite;
;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca
;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca
;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga
;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac
;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa
;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa
;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta
;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag
;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa
;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa
;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta
;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc
;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac
;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta
;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac
;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac
;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag
;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa
;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa
;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac
;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga
;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga
;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta
;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca
;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac
;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta
;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa
4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca
13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac
9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta
0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbei autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbei;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
;tRNA;15;1;;atgi
;tRNA;93;85;;gca
fin;CDS;254;;;
deb;CDS;2710;119;;
;tRNA;3057;30;;tca
;tRNA;3178;241;;agc
;tRNA;3510;18;;tca
;tRNA;3619;125;;agc
fin;CDS;3835;;;
deb;CDS;13821;187;;
;tRNA;14914;34;;cgt
fin;CDS;15023;;comp;
deb;CDS;124928;275;;
;tRNA;125614;20;;tta
;tRNA;125723;7;;atgf
;tRNA;125806;6;;atgj
;tRNA;125889;22;;tta
;tRNA;126000;7;;atgf
;tRNA;126083;6;;atgj
;tRNA;126166;21;;tta
;tRNA;126276;70;;atgf
;tRNA;126422;21;;tta
;tRNA;126532;664;;atgf
fin;CDS;127272;;;
deb;CDS;138638;307;;
;tRNA;140451;234;;aac
;tRNA;140760;439;;aac
;tRNA;141274;299;;aac
fin;CDS;141648;;;
deb;CDS;144627;548;;
16s;rRNA;146198;140;;
;tRNA;147850;3;;gca
;tRNA;147929;111;;atc
23s;rRNA;148117;70;;
5s;rRNA;151101;5;;
;tRNA;151223;4;;ttc
;tRNA;151303;681;;tgc
fin;CDS;152059;;;
deb;CDS;177450;76;;
;tRNA;178174;65;;acc
fin;CDS;178315;;;
deb;CDS;313730;90;;
;tRNA;316298;4;;cta
;tRNA;316387;120;;ggg
fin;CDS;316582;;comp;
deb;CDS;402474;125;;
;tRNA;403079;17;;cca
;tRNA;403172;149;;gga
;tRNA;403395;6;;aga
;tRNA;403478;16;;cca
;tRNA;403570;35;;gga
;tRNA;403679;5;;aga
;tRNA;403761;3;;cac
;tRNA;403840;7;;caa
;tRNA;403922;18;;aaa
;tRNA;404016;5;;cta
;tRNA;404106;25;;ggc
;tRNA;404206;5;;gga
;tRNA;404285;57;;aag
;tRNA;404418;7;;caa
;tRNA;404500;18;;aaa
;tRNA;404594;5;;cta
;tRNA;404684;25;;ggc
;tRNA;404784;46;;gga
;tRNA;404904;325;;cga
fin;CDS;405306;;;
deb;CDS;413861;390;;
16s;rRNA;416312;132;;
;tRNA;417956;84;;atc
23s;rRNA;418117;71;;
;tRNA;421103;345;;aac
fin;CDS;421523;;;
deb;CDS;486264;159;;
;tRNA;486828;9;;tac
;tRNA;486922;27;;gta
;tRNA;487025;12;;aca
;tRNA;487112;9;;tac
;tRNA;487206;30;;gta
;tRNA;487312;12;;aca
;tRNA;487399;451;;tac
fin;CDS;487935;;;
deb;CDS;540067;187;;
;tRNA;541157;208;;tgg
fin;CDS;541440;;;
deb;CDS;541918;252;comp;
;tRNA;543238;354;;
fin;CDS;543667;;;
deb;CDS;772270;262;;
;tmRNA;774356;871;;
fin;CDS;775585;;;
deb;CDS;892419;565;;
16s;rRNA;893905;137;;
;tRNA;895554;118;;gca
23s;rRNA;895748;204;;
5s;rRNA;898866;552;;
fin;CDS;899535;;;
deb;CDS;900798;709;;
16s;rRNA;902758;339;;
23s;rRNA;904609;273;;
5s;rRNA;907796;69;;
fin;CDS;907982;;comp;
deb;CDS;951995;97;;
;tRNA;952728;396;;ctc
fin;CDS;953210;;;
deb;CDS;1017389;70;;
;ncRNA;1017765;758;;
fin;CDS;1018872;;;
deb;CDS;1646835;56;;
;ncRNA;1647290;182;;
fin;CDS;1647666;;comp;
deb;CDS;1739334;380;;
;tRNA;1740314;3;;cac
;tRNA;1740393;5;;cag
;tRNA;1740473;443;;aaa
fin;CDS;1740992;;comp;
deb;CDS;1846157;-183;;
;gene;1847876;588;;
fin;CDS;1848647;;;
deb;CDS;1894180;34;;
;tRNA;1895441;574;comp;ttg
fin;CDS;1896102;;;
deb;CDS;2097496;727;;
16s;rRNA;2098643;502;;
23s;rRNA;2100657;205;;
5s;rRNA;2103775;315;;
fin;CDS;2104207;;;
deb;CDS;2296804;104;;
;ncRNA;2297577;380;comp;
fin;CDS;2298150;;;
deb;CDS;2305297;275;;
;ncRNA;2306778;230;comp;
fin;CDS;2307274;;;
deb;CDS;2339219;667;;
16s;rRNA;2340990;338;;
23s;rRNA;2342840;140;;
;tRNA;2345896;3;;aac
5s;rRNA;2345974;429;;
fin;CDS;2346520;;;
deb;CDS;2351663;573;;
16s;rRNA;2352713;338;;
23s;rRNA;2354563;140;;
;tRNA;2357618;3;;aac
5s;rRNA;2357696;90;;
fin;CDS;2357903;;;
deb;CDS;2765706;282;;
16s;rRNA;2766156;503;;
23s;rRNA;2768171;202;;
5s;rRNA;2771285;5;;
;tRNA;2771407;6;;ttc
;tRNA;2771489;25;;gac
;tRNA;2771591;448;;gaa
fin;CDS;2772114;;;
deb;CDS;3556683;565;;
;tRNA;3557617;505;;gag
fin;CDS;3558197;;comp;
deb;CDS;3752035;248;comp;
;tRNA;3752901;13;comp;agt
fin;CDS;3752999;;comp;
deb;CDS;4256439;267;comp;
;tRNA;4258671;79;comp;aaa
;tRNA;4258826;7;comp;cac
;tRNA;4258909;35;comp;aga
;tRNA;4259021;752;comp;gga
fin;CDS;4259847;;;
deb;CDS;4880246;508;comp;
5s;rRNA;4880997;274;comp;
23s;rRNA;4881388;578;comp;
16s;rRNA;4884879;703;comp;
fin;CDS;4887099;;comp;
deb;CDS;6160739;343;comp;
;tRNA;6162321;242;;cca
fin;CDS;6162639;;;
deb;CDS;6165324;222;;
;tRNA;6165957;5;comp;ttc
5s;rRNA;6166038;188;comp;
fin;CDS;6166343;;;
deb;CDS;6175160;249;comp;
;tRNA;6175847;1;comp;gca
;tRNA;6175924;44;comp;atgi
5s;rRNA;6176045;138;comp;
23s;rRNA;6176300;339;comp;
16s;rRNA;6179556;572;comp;
fin;CDS;6181640;;comp;
deb;CDS;6182670;190;;
;tRNA;6183610;5;comp;aaa
5s;rRNA;6183691;159;comp;
deb;CDS;6183967;294;comp;
;tRNA;6185209;7;comp;aaa
5s;rRNA;6185292;138;comp;
23s;rRNA;6185547;339;comp;
16s;rRNA;6188803;776;comp;
fin;CDS;6191091;;comp;
deb;CDS;6199510;661;comp;
5s;rRNA;6202721;139;comp;
23s;rRNA;6202977;339;comp;
16s;rRNA;6206233;1107;comp;
5s;rRNA;6208852;138;comp;
23s;rRNA;6209107;339;comp;
16s;rRNA;6212363;507;comp;
fin;CDS;6214382;;comp;
deb;CDS;6256716;154;;
;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;CDS;6258338;;comp;
deb;CDS;6305349;135;comp;
;tRNA;6306438;281;comp;tcc
fin;CDS;6306809;;comp;
deb;CDS;6374512;125;;
;tRNA;6375810;303;comp;agg
fin;CDS;6376188;;comp;
deb;CDS;6391977;114;comp;
5s;rRNA;6392868;134;comp;
23s;rRNA;6393119;214;comp;
16s;rRNA;6396248;1125;comp;
5s;rRNA;6398885;139;comp;
23s;rRNA;6399141;214;comp;
16s;rRNA;6402270;753;comp;
fin;CDS;6404535;;comp;
deb;CDS;6436810;192;;
;tRNA;6437983;6;comp;gac
;tRNA;6438066;14;comp;gta
;tRNA;6438156;29;comp;gaa
;tRNA;6438260;10;comp;aca
;tRNA;6438345;6;comp;gac
;tRNA;6438428;16;comp;gta
;tRNA;6438520;29;comp;gaa
;tRNA;6438624;10;comp;aca
;tRNA;6438709;6;comp;gac
;tRNA;6438792;14;comp;gta
;tRNA;6438882;162;comp;gaa
fin;CDS;6439119;;comp;
deb;CDS;6477551;501;;
16s;rRNA;6480533;213;;
23s;rRNA;6482258;108;;
5s;rRNA;6485280;14;;
&lt;/pre&gt;

====cbei intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;;
cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14
;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19
;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8
;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14
;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10
;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8
;'''total 5623;&lt;201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7
1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9
1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14
4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7
6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8
5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6
2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12
3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5
4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6
4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7
3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4
4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8
5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4
1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2
2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6
4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5
3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5
4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3
4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2
4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2
6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5
2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2
4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4
4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4
3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4
2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1
3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2
3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0
4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3
1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3
4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1
1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2
3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4
3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3
776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4
2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2
5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3
2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0
3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5
4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;45;1070;2
6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2
2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0
5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0
5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2
;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1
;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1
;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0
;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1
4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0
1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3
3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0
2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0
3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21
2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293
5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;;
5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;;
1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;;
4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;;
5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;;
1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;;
330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;;
4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;;
2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;;
2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;;
4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;;
4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;;
5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;;
3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;;
1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;;
4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&amp;-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&amp;-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&amp;123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&amp;75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;&gt;0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;&lt;0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;&gt;0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;&lt;0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
 - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11
continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total
;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11
;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;

====cbei autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;;
;&amp;tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp;
;&amp;tRNA;93;85;;;;&amp;tRNA;541157;208;;;;&amp;tRNA;4258671;79;comp;
fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&amp;tRNA;4258826;7;comp;
deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&amp;tRNA;4258909;35;comp;
;&amp;tRNA;3057;30;;;;&amp;tRNA;543238;354;;;;&amp;tRNA;4259021;752;comp;
;&amp;tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;;
;&amp;tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp;
;&amp;tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp;
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;&amp;tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp;
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;&amp;tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;;
;&amp;tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;;
;&amp;tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&amp;tRNA;6165957;5;comp;
;&amp;tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp;
;&amp;tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;;
;&amp;tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp;
;&amp;tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&amp;tRNA;6175847;1;comp;
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;&amp;tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp;
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;&amp;tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;;
;&amp;tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&amp;tRNA;6183610;5;comp;
;&amp;tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp;
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;&amp;tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp;
;&amp;tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp;
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;&amp;tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;;
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deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&amp;tRNA;6438520;29;comp;
;$rRNA;416312;132;;;;&amp;tRNA;2771407;6;;;;&amp;tRNA;6438624;10;comp;
;&amp;tRNA;417956;84;;;;&amp;tRNA;2771489;25;;;;&amp;tRNA;6438709;6;comp;
;$rRNA;418117;71;;;;&amp;tRNA;2771591;448;;;;&amp;tRNA;6438792;14;comp;
;&amp;tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&amp;tRNA;6438882;162;comp;
fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp;
deb;°CDS;486264;159;;;;&amp;tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger
;&amp;tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;;
;&amp;tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;;
;&amp;tRNA;487025;12;;;;&amp;tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;;
;&amp;tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;;
;&amp;tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;85;;76;13;;
;119;;125;;90;65;deb;
;187;comp’;34;;97;85;&lt;201;9
;275;;664;;119;125;total;17
;307;;299;;125;162;taux;53%
;;;681;;135;208;;
;76;;65;;159;242;fin;
;90;comp’;120;;187;281;&lt;201;5
;125;;325;;187;299;total;18
;;;345;;248;303;taux;28%
;159;;451;;249;325;;
;187;;208;;267;345;total;
comp’;252;;354;;275;354;&lt;201;14
;97;;396;;294;396;total;35
;380;comp’;443;;307;448;taux;40%
comp’;34;comp’;574;;380;451;;
;;;448;;565;664;;
;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls
;248;;13;;34;120;deb;4
;267;comp’;752;;125;443;;7
comp’;343;;242;;190;505;fin;1
comp’;222;;;;192;574;;5
;249;;;;222;752;total;
comp’;190;;;;252;-;&lt;201;5
;294;;;;343;-;total;12
;135;;281;;;;taux;42%
comp’;125;;303;;;;;
comp’;192;;162;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;13;6;19;;;;
;total;24;23;47;;;;
;taux;54%;26%;40%;;;;
&lt;/pre&gt;

===afn===
====afn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s  6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;
&lt;/pre&gt;

====afn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]]
&lt;pre&gt;
afn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;21;
;16 atc gca;2;40;2;
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;0;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;1;
;total aas;4;140;0;
sans ;opérons;29;160;0;
;1 aa;20;180;0;
;max a;6;200;0;
;a doubles;2;;0;
;total aas;56;;27;0
total aas;;60;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;16;
;;;variance;23;
sans jaune;;;moyenne;12;
;;;variance;13;
&lt;/pre&gt;

====afn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]]
&lt;pre&gt;
afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;
&lt;/pre&gt;

====afn remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]]
&lt;pre&gt;
afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====negativicutes distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]]
&lt;pre&gt;
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
&lt;/pre&gt;
====afn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
&lt;/pre&gt;
====afn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;;
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====afn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*contrôlé le 21.7.22
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
&lt;/pre&gt;

====afn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;;
afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffrequence5
;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307
;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127
;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57
;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164
;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87
;'''total 2038;&lt;201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence-1;30;47
1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37
1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32
1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25
1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28
434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31
865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29
463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23
1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24
1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32
843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17
1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25
34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28
1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16
2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29
1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20
893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22
1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28
1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22
1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29
872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29
1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24
1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31
117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20
867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22
406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18
1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23
2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21
901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17
39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11
791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13
1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8
691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18
1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16
2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9
1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15
1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10
1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18
847959;503;36;6;300;17;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14
1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23
;;38;6;320;8;;620;;230;11
;;39;8;330;13;;640;2;235;14
;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19
;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7
;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11
;;;;370;14;;720;2;255;5
2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11
598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7
1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14
2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5
935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11
2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8
846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3
1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7
1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10
808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10
1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5
287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4
532761;-44;;;500;5;;980;;320;4
50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8
434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5
276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3
629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6
1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9
503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3
1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3
1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7
706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8
2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6
460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92
1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&amp;-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&amp;197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;92;36;-;859;dte;45;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;&gt;0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;&lt;0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;&gt;0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;&lt;0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]]

*9.6.21
&lt;pre&gt;
afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4
continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;
14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4
;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;

====afn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;
deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp
;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp
;$rRNA;26602;228;;;;&amp;tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp
;$rRNA;29736;286;;;;&amp;tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68;
fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113;
deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;;
;&amp;tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24;
fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&amp;tRNA;1555201;393;
deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp
;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp
;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&amp;tRNA;1567911;93;comp
;$rRNA;62772;266;;;;&amp;tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp
fin;°CDS;63155;;comp;;;&amp;tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158;
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;&amp;tRNA;169459;361;;;;&amp;tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp
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;misc_binding;182746;130;comp;;;&amp;tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp
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deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&amp;tRNA;1702659;91;
;misc_binding;185671;146;;;;&amp;tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp
fin;°CDS;186056;;;;;&amp;tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512;
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;&amp;tRNA;249791;51;;;;&amp;tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp
fin;°CDS;249919;;comp;;;&amp;tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp
deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp
;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp
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;&amp;tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&amp;tRNA;1824017;83;comp
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;&amp;tRNA;311123;22;;;;&amp;tRNA;842556;9;;;;&amp;tRNA;1909446;53;comp
;&amp;tRNA;311221;5;;;;&amp;tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115;
;&amp;tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136;
;&amp;tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&amp;tRNA;1911342;23;
;&amp;tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;;
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;&amp;tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp
;&amp;tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&amp;tRNA;2075828;66;comp
;&amp;tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&amp;tRNA;2075970;94;comp
;&amp;tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp
;&amp;tRNA;461928;8;;;;&amp;tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp
;&amp;tRNA;462010;145;;;;&amp;tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91;
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;&amp;tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp
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;&amp;tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp
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;&amp;tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====afn intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;105;;105;;21;23;deb;
;;;122;comp’;361;;24;39;&lt;201;20
;;;195;comp’;51;;54;45;total;25
;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80%
;;;131;;145;;71;83;;
;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin;
;;;131;;194;;76;102;&lt;201;17
;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18
;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94%
;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;;
;;;73;;159;;119;112;total;
;2  8  9;;119;;127;;122;127;&lt;201;37
;;;71;;156;;122;145;total;43
;;;58;;102;;131;156;%;86%
;2  1;;137;;112;;131;159;;
;;;24;comp’;393;;136;194;;
;;;21;;93;;137;196;;
;;comp’;158;;215;;182;215;;
;;;76;comp’;91;;195;;;
;6  8;;379;;83;;200;;;
;;;182;;;;214;;;
;;;136;;23;;222;;;
;;;222;;39;;379;;;
;12  111;;122;;106;;393;;;
;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls
;;;451;;45;;80;51;deb;2
;;;393;comp’;196;;158;61;&lt;201;100%
;;;;;;;;91;fin;
;;;;;;;;134;&lt;201;5
;deb;fin;total;;;;;188;total;8
&lt;201;22;22;44;;;;;268;%;63%
total;27;26;53;;;;;361;total;10
taux;81%;85%;83%;;;;;393;&lt;201;70%
&lt;/pre&gt;

====afn par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;
&lt;/pre&gt;
===negativicutes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est  10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
&lt;/pre&gt;

===clostridia synthèse===
====clostridia distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]]
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;
&lt;/pre&gt;
====clostridia, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est  15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
&lt;/pre&gt;

==gamma==
===Shewanella===
====spl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]]
&lt;pre&gt;
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s  11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;
&lt;/pre&gt;
====spl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]]
&lt;pre&gt;
spl cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400;
;max a;3;80;3;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600;
;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700;
;total aas;9;140;3;;350;;140;;800;
sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900;
;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000;
;max a;15;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;15;;6;;;;;;;
;total aas;133;;103;;;0;;0;;0
total aas;;142;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;;
;;;variance;143;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;;
;;;variance;35;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====spl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]]
&lt;pre&gt;
spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
&lt;/pre&gt;
====spl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc
;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc
;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====spl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
;comp;regulatory;146483;146744;188;*;
fin;;CDS;146933;149083;;;
deb;comp;CDS;181132;181587;687;*;
;;rRNA;182275;183817;74;*;16s
;;tRNA;183892;183968;65;*;atc
;;tRNA;184034;184109;371;*;gca
;;rRNA;184481;187375;132;*;23s
;;rRNA;187508;187623;100;*;5s
;;tRNA;187724;187800;606;*;gac
fin;;CDS;188407;189432;;;
deb;comp;CDS;190429;191379;234;*;
;;tRNA;191614;191689;8;*;aca
;;tRNA;191698;191782;35;*;tac
;;tRNA;191818;191891;195;*;gga
fin;;CDS;192087;193271;;;
deb;;CDS;233942;234538;647;*;
;;rRNA;235186;236728;384;*;16s
;;rRNA;237113;240007;132;*;23s
;;rRNA;240140;240255;454;*;5s
deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*;
;;rRNA;243635;245177;348;*;16s
;;rRNA;245526;248420;133;*;23s
;;rRNA;248554;248669;68;*;5s
;;tRNA;248738;248813;17;*;acc
;;rRNA;248831;248946;703;*;5s
fin;;CDS;249650;250924;;0;
deb;;CDS;282426;283268;135;*;
;;ncRNA;283404;283755;313;*;
fin;comp;CDS;284069;285322;;;
deb;comp;CDS;413908;416529;236;*;
;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg
;;tRNA;416882;416957;41;*;cac
;;tRNA;416999;417075;58;*;cca
;;tRNA;417134;417210;320;*;cca
fin;comp;CDS;417531;419450;;;
deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*;
;;rRNA;493715;495257;349;*;16s
;;rRNA;495607;498501;132;*;23s
;;rRNA;498634;498749;768;*;5s
fin;comp;CDS;499518;500534;;;
deb;;CDS;550745;552652;-23;*;
;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga
fin;;CDS;553011;553874;;;
deb;;CDS;640018;641220;155;*;
;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca
;;tRNA;642639;642729;789;*;tca
deb;;CDS;643519;644862;988;*;
;;rRNA;645851;647393;74;*;16s
;;tRNA;647468;647544;65;*;atc
;;tRNA;647610;647685;336;*;gca
;;rRNA;648022;650916;177;*;23s
;;rRNA;651094;651209;727;*;5s
fin;;CDS;651937;653757;;0;
deb;comp;CDS;727650;727784;330;*;
;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg
fin;;CDS;728895;730808;;0;
deb;;CDS;878528;879232;406;*;
;;regulatory;879639;879784;204;*;
fin;;CDS;879989;881359;;;
deb;;CDS;1166653;1168824;117;*;
;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi
fin;comp;CDS;1169239;1171089;;;
deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*;
;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*;
fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0;
deb;;CDS;1337892;1339205;500;*;
;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca
;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc
;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca
;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc
deb;;CDS;1341198;1342432;34;*;
;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca
;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc
fin;comp;CDS;1343112;1343390;;;
deb;;CDS;1455613;1455810;913;*;
;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc
;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt
;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt
;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt
;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt
;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt
;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc
;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt
;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt
;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc
fin;;CDS;1458872;1459117;;;
deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*;
;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*;
fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0;
deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*;
;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg
fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0;
deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*;
;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta
;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta
;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta
;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta
;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta
;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta
;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta
;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta
;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta
;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta
;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta
deb;;CDS;1772396;1773805;104;*;
;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc
;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa
;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa
;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa
;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa
;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa
;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa
;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa
;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa
;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa
;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa
;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa
;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa
;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa
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;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s
;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s
;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;
&lt;/pre&gt;

====spl intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;;
spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5
;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10
;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7
;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6
;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6
;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6
;'''total 4213;&lt;201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6
3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3
2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5
4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6
3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6
1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2
5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7
1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4
4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1
5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3
1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3
4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4
1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4
1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2
897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3
1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1
4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3
1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2
3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1
1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4
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3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3
967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3
4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3
4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1
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750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0
2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0
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2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0
4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0
2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1
3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;41;1060;0
4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0
1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0
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2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1
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;;;;470;19;;1400;0;305;20;;
;;;;480;12;;1450;1;310;16;;
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;;
4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;;
4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;;
2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;;
4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;;
5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;;
4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;;
1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;;
1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;;
164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;;
5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;;
73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;;
2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;;
2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;&gt;0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;&lt;0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;&gt;0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;&lt;0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0
270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1
280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2
290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0
300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0
310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3
320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0
330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1
340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0
350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0
360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0
370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1
380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0
390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0
400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1
reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0
total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1
diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0
 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;5
;;;;;;;;;;;;total;12;414
;;;;;;;;;;;;-52;1;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]]
9.6.21 Paris
&lt;pre&gt;
spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12
continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 Paris
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12
;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414
&lt;/pre&gt;

====spl autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp
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;;;;;;fin;°CDS;2366975;;;;;&amp;tRNA;3270084;465;comp;;;;;;
;;;;;;deb;°CDS;2374251;254;comp;;fin;°CDS;3270626;;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;2376218;216;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;2376525;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_tRNA|spl intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
spl ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;;;
108 aas;pas de comp’;;;;;;;;;;;
aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
&amp;234;&amp;455;&amp;830;;;;;606;;89;113;;
8;40*3;58*3;;comp’;&amp;234;;195;;98;114;'''deb;
35;&amp;152;59;;comp’;&amp;236;comp’;320;;104;124;&lt;201;9
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58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin;
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21;2;20;;;&amp;152;;530;;830;606;;
30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;;
32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;;
30;&amp;291;211;;;&amp;595;comp’;545;;'''-;789;;
33;30;5;;;&amp;192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls
9;85;47;;comp’;&amp;291;;315;;-23;178;'''deb;
76;107*2;55;;comp’;&amp;1011;;187;;34;184;&lt;201;4
35;&amp;1011;5;;;&amp;572;;124;;117;187;total;13
9;45;47;;;&amp;830;;193;;136;286;taux;31%
&amp;257;41;55;;;&amp;255;comp’;465;;234;320;'''fin;
37*9;26;&amp;180;;;&amp;157;;114;;236;383;&lt;201;3
39;32;167;;;&amp;162;;495;;254;465;total;10
&amp;104;33;&amp;663;;;&amp;180;;160;;257;545;taux;30%
80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;;
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102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23
47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30%
;;48;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;&lt;201;13;12;25
;;;;;;;;;total;31;31;62
;;;;;;;;;taux;42%;39%;40%
&lt;/pre&gt;

===Vibrio parahaemolyticus===
====vpb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]]
&lt;pre&gt;
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
;33614..35175;;16s;@4;80
;35256..35331;;gaa;;2
;35334..35409;;aaa;;30
;35440..35515;;gta;;55
comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59
;35828..38743;;23s;;73
;38817..38932;;5s;;
;;;;;
;49997..50073;;cgg;;32
;50106..50181;;cac;+;72
;50254..50330;;cca;2 cac;49
;50380..50455;;cac;2 cca;24
;50480..50556;;cca;;
;;;;;
comp;400045..400120;;atgi;;
;;;;;
;577971..579532;;16s;;88
;579621..579696;;gcc;;12
;579709..579784;;gaa;;258
;580043..582958;;23s;;73
;583032..583147;;5s;;30
;583178..583254;;gac;;35
;583290..583366;;tgg;;
;;;;;
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;;;;;
;786939..787015;;cca;;
;;;;;
comp;802315..802391;;agg;;
;;;;;
;910219..910295;;aga;;
;;;;;
comp;982089..982173;;tac;+;81
comp;982255..982339;;tac;4 tac;81
comp;982421..982505;;tac;;81
comp;982587..982671;;tac;;
;;;;;
;1124715..1124802;;tcc;;
;;;;;
;1418321..1418397;;gtc;+;32
;1418430..1418506;;gtc;2gtc;
;;;;;
comp;1988127..1988202;;ggc;+;10
comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76
comp;1988376..1988451;;ggc;;20
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;;;;;
;2164082..2164157;;aac;;
;;;;;
;2193593..2193683;;tca;;
;;;;;
comp;2547884..2547960;;atgf;;56
comp;2548017..2548100;;ctc;;
;;;;;
;2652092..2652168;;cgt;+;56
comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57
comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57
comp;2652493..2652569;;cgt;;57
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comp;2652894..2652970;;cgt;;210
comp;2653181..2653257;;cgt;;31
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comp;2653701..2653777;;cgt;;31
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;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
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comp;2741910..2744825;;23s;;257
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comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
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comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
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comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
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comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
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comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
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comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
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comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;
&lt;/pre&gt;
====vpb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]]
&lt;pre&gt;
vpb cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200;
;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300;
;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400;
;max a;6;80;9;2;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600;
;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700;
;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800;
sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900;
;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000;
;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100;
;a doubles;8;;1;0;;;;;;
;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0
total aas;;126;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;;
;;;variance;29;22;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;;
;;;variance;17;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]]
&lt;pre&gt;
vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
&lt;/pre&gt;
====vpb1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite;
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;;
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;;
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;;
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;;
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;;
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;;
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;;
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;;
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;;
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;;
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;;
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;;
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;;
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;;
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;;
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====vpb2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;;
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;;
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;;
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra;
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vpb1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*;
;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*;
;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*;
;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
&lt;/pre&gt;

=====vpb2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia albertii===
====eal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]]
&lt;pre&gt;
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s   7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
&lt;/pre&gt;

====eal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]]
&lt;pre&gt;
eal cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;13;140;0;;350;;140;;800;
sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;2;;;;;;;
;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0
total aas;;84;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;;
;;;variance;59;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]]
&lt;pre&gt;
eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;
&lt;/pre&gt;
====eal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc
;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;;
;;;;;;;;;;;;460;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====eal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
deb;;CDS;14985;15332;-348;*;
;;mobile_el;14985;16921;-1540;*;
;;gene;15382;16569;549;*;
fin;;CDS;17119;18501;;;
deb;comp;CDS;34568;34681;26;*;
;;gene;34708;38448;-4;*;
fin;;CDS;38445;39989;;;
deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*;
;;gene;99769;99909;51;*;
fin;;CDS;99961;100896;;0;
deb;comp;CDS;102850;103833;195;*;
;;gene;104029;105320;30;*;
fin;comp;CDS;105351;105914;;0;
deb;;CDS;191840;192184;85;*;
;comp;gene;192270;193340;282;*;
fin;comp;CDS;193623;194339;;0;
deb;;CDS;199369;199794;-426;*;
;;mobile_el;199369;201785;-1995;*;
fin;;CDS;199791;200141;;;
deb;;CDS;218062;218904;158;*;
;;tRNA;219063;219144;212;*;tac
;;tRNA;219357;219438;376;*;tac
fin;comp;CDS;219815;220912;;;
deb;comp;CDS;239027;239722;104;*;
;comp;gene;239827;239964;271;*;
fin;;CDS;240236;241336;;0;
deb;comp;CDS;242534;244144;22;*;
;comp;gene;244167;244856;122;*;
deb;;CDS;244979;245305;-327;*;
;;mobile_el;244979;246192;-891;*;
fin;;CDS;245302;246192;;0;
deb;;CDS;277602;278456;130;*;
;;gene;278587;280453;49;*;
fin;comp;CDS;280503;280757;;0;
deb;comp;CDS;285209;286279;9;*;
;comp;gene;286289;287587;329;*;
fin;;CDS;287917;289449;;0;
deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*;
;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*;
fin;comp;CDS;298914;299261;;;
deb;comp;CDS;300053;300712;71;*;
;comp;gene;300784;300984;220;*;
fin;;CDS;301205;301894;;;
deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*;
;;repeat_reg;304338;304360;-23;*;
;;misc_f;304338;304432;-72;*;
;;repeat_reg;304361;304409;0;*;
;;repeat_reg;304410;304432;3985;*;
fin;;CDS;308418;308762;;;
deb;;CDS;309802;310167;-366;*;
;;mobile_el;309802;311030;-906;*;
fin;;CDS;310125;311030;;;
deb;;CDS;313323;313712;-232;*;
;;repeat_reg;313481;313501;-21;*;
;;misc_f;313481;313581;-93;*;
;;repeat_reg;313489;313509;-13;*;
;;repeat_reg;313497;313517;-16;*;
;;repeat_reg;313502;313520;-11;*;
;;repeat_reg;313510;313528;276;*;
fin;comp;CDS;313805;314563;;;
deb;comp;CDS;316137;316262;245;*;
;;gene;316508;316948;113;*;
fin;comp;CDS;317062;318312;;1;
deb;;CDS;332934;333359;-426;*;
;;mobile_el;332934;335350;-1995;*;
fin;;CDS;333356;333706;;;
deb;comp;CDS;411963;412901;233;*;
;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc
fin;comp;CDS;413496;414182;;;
deb;;CDS;422060;426022;39;*;
;comp;gene;426062;426701;264;*;
fin;;CDS;426966;427097;;;
deb;comp;CDS;461328;462446;441;*;
;;tRNA;462888;462972;601;*;tca
fin;comp;CDS;463574;463717;;0;
deb;;CDS;463890;464255;-366;*;
;;mobile_el;463890;465118;-906;*;
fin;;CDS;464213;465118;;;
deb;comp;CDS;488610;488825;294;*;
;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga
;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca
fin;comp;CDS;489433;489567;;;
deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*;
;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*;
;comp;gene;523850;524032;-4;*;
fin;comp;CDS;524029;524454;;;
deb;comp;CDS;545508;546056;180;*;
;comp;gene;546237;548084;260;*;
fin;comp;CDS;548345;552805;;;
deb;;CDS;590349;590696;-348;*;
;;mobile_el;590349;592284;-1539;*;
fin;;CDS;590746;592284;;0;
deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*;
;;repeat_reg;606309;606328;-20;*;
;;misc_f;606309;606445;-117;*;
;;repeat_reg;606329;606347;0;*;
;;repeat_reg;606348;606367;0;*;
;;repeat_reg;606368;606386;0;*;
;;repeat_reg;606387;606406;0;*;
;;repeat_reg;606407;606425;0;*;
;;repeat_reg;606426;606445;1358;*;
fin;comp;CDS;607804;608298;;0;
deb;;CDS;614451;614669;479;*;
;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc
fin;;CDS;615518;615646;;0;
deb;;CDS;625353;625628;-276;*;
;;mobile_el;625353;626050;-504;*;
fin;;CDS;625547;626050;;;
deb;comp;CDS;660139;661350;273;*;
;;gene;661624;662214;34;*;
fin;comp;CDS;662249;662533;;0;
deb;;CDS;664227;664940;-14;*;
;comp;gene;664927;666254;7;*;
fin;comp;CDS;666262;668610;;;
deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*;
;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*;
fin;comp;CDS;731144;731419;;0;
deb;comp;CDS;747736;748551;79;*;
;comp;gene;748631;749979;68;*;
fin;comp;CDS;750048;750362;;0;
deb;comp;CDS;756185;756652;170;*;
;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa
;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta
;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa
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fin;;CDS;4699942;4701063;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli===
====eco opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]]
&lt;pre&gt;
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;
50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP
;223771..225312;;16s;;68;opéron;
;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30045]
;225500..225575;;gca;;183;« ;
;225759..228662;;23s;;93;« ;
;228756..228875;;5s;@1;52;« ;
;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30024]
;;;;;;;
;236931..237007;;gac;;;;
;;;;;;;
;262871..262946;;acg;;;;
;;;;;;;
;564723..564799;;aga;;;;
;;;;;;;
comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron;
comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30029]
comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ;
comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ;
comp;696865..696939;;caa;;23;« ;
comp;696963..697047;;cta;;9;« ;
comp;697057..697133;;atg;;;;
;;;;;;;
;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30055]
;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron;
;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ;
;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6389]
;781147..781222;;aaa;;146;opéron;
;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6391]
;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6392]
;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30055&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
;;;;;;;
comp;1031625..1031712;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;1097565..1097652;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr;
comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron;
comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30106]
;;;;;;;
; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30111]
; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron;
;;;;;;«RNA 67pb;
comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1983402/2000314]
comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ;
comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron;
;;;;;;;
comp;2043468..2043557;;tcg;;;;
;;;;;;;
;2044549..2044624;;aac;;;;
;;;;;;;
comp;2058027..2058102;;aac;;;;
;;;;;;;
; 2059851..2059926;;aac;;;;
;;;;;;;
;2062260..2062335;;aac;;;;
;;;;;;;
;2286211..2286287;;ccc;;;;
;;;;;;;
;2466309..2466383;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30012]
comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron;
;;;;;;;
;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30110]
;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron;
;2521173..2521248;;gta;;4;« ;
;2521253..2521328;;aaa;;;« ;
;;;;;;;
comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron;
comp;2726281..2729184;;23s;;184;;
comp;2729369..2729444;;gaa;;171;;
comp;2729616..2731157;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2785762..2785837;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ;
comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ;
comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ;
comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron;
comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30013]
;;;;;;;
;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron;
;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG31117]
;2947607..2947683;;atgf;;;« ;
;;;;;;;
comp;2998984..2999057;;ggg;;;;
;;;;;;;
;3110366..3110441;;ttc;;;;
;;;;;;;
;3215598..3215673;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;3318213..3318289;;atgf;;;;
;;;;;;;
comp;3322072..3322158;;ctc;;;;
;;;;;;;
comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ;
comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ;
comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ;
comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ;
comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ;
comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30044]
comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron;
;;;;;;;
comp;3708616..3708692;;ccg;;;;
;;;;;;;
;3836222..3836316;;tga;;;;
;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons]
;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30033]
;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron;
;3943704..3946607;;23s;;92;« ;
;3946700..3946819;;5s;;52;« ;
;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30023]
;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30105]
;;;;;;;
;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30017]
;3982509..3982585;;cac;;20;opéron;
;3982606..3982692;;ctg;;42;« ;
;3982735..3982811;;cca;;;« ;
;;;;;;;
;4035531..4037072;;16s;;68;opéron;
;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30043]
;4037260..4037335;;gca;;183;« ;
;4037519..4040423;;23s;;93;« ;
;4040517..4040636;;5s;;;« ;
;;;;;;;
;4166659..4168200;;16s;;171;opéron;
;4168372..4168447;;gaa;;193;;
;4168641..4171544;;23s;;92;;
;4171637..4171756;;5s;;;;
;;;;;;;
;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30101]
;4175472..4175556;;tac;;116;opéron;
;4175673..4175747;;gga;;6;« ;
;4175754..4175829;;acc;;114;« ;
;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
&lt;/pre&gt;
====eco cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]]
&lt;pre&gt;
eco cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;14;140;2;;350;;140;;800;
sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;2;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;1;;;;;;;
;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0
total aas;;86;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;;
;;;variance;60;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eco cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]
&lt;pre&gt;
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4487991/4504903]
&lt;/pre&gt;
====eco blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]]
&lt;pre&gt;
eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;
&lt;/pre&gt;
====eco distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eco données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x;
;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag
;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag
;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa
;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta
;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa
;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa
;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta
;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa
;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac
;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc
;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc
;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc
;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc
;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa
;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt
;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt
;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf
;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf
;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg
;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg
;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac
;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg
5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca
29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg
&lt;/pre&gt;
=====eco autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
;;ncRNA;92485;92658;507;*;
fin;;CDS;93166;94653;;;
deb;comp;CDS;188712;189506;205;;
;;ncRNA;189712;189847;26;*;
fin;;CDS;189874;190599;;;
deb;;CDS;193521;194717;66;;
;;ncRNA;194784;194844;58;*;
fin;;CDS;194903;195664;;;
deb;;CDS;222833;223408;362;;
16s;;rRNA;223771;225312;68;*;
;;tRNA;225381;225457;42;*;atc
23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca
5s;;rRNA;225759;228662;93;*;
;;rRNA;228756;228875;52;*;
;;tRNA;228928;229004;162;*;gac
fin;;CDS;229167;229970;;;
deb;;CDS;236067;236798;132;;
;;tRNA;236931;237007;327;*;gac
fin;;CDS;237335;238120;;;
deb;comp;CDS;238257;238736;9;;
;comp;gene;238746;239084;105;*;
;;gene;239190;239378;40;*;
fin;comp;CDS;239419;240189;;;
deb;;CDS;247637;248134;223;;
;comp;gene;248358;250070;1;*;
;;gene;250072;250827;70;*;
fin;;CDS;250898;251953;;;
deb;;CDS;252709;253161;305;;
;;gene;253467;253733;-32;*;
;;gene;253702;254202;56;*;
fin;comp;CDS;254259;255716;;;
deb;;CDS;256527;257771;57;;
;;misc_f;257829;257899;8;*;
;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*;
fin;comp;CDS;257923;258426;;;
deb;comp;CDS;258345;258620;55;;
;;misc_f;258676;259006;38;*;
fin;comp;CDS;259045;260100;;;
deb;;CDS;261503;262756;114;;
;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg
;;misc_f;262898;297205;-34056;*;
;comp;gene;263150;263212;115;*;
fin;comp;CDS;263328;263669;;;
deb;comp;CDS;266110;266553;-1;;
;comp;gene;266553;266774;1;*;
;comp;gene;266776;266967;216;*;
fin;comp;CDS;267184;268005;;;
deb;comp;CDS;269289;270182;23;;
;;mobile_el;270206;270540;-263;*;
;;misc_f;270278;270540;0;*;
;;mobile_el;270541;271761;-1159;*;
deb;;CDS;270603;271754;7;;
;;mobile_el;271762;272190;-427;*;
;;misc_f;271764;272190;389;*;
;;ncRNA;272580;272654;192;*;
deb;;CDS;272847;273992;-38;;
;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*;
fin;comp;CDS;274101;275081;;;
deb;comp;CDS;277756;278802;11;;
;comp;gene;278814;279162;0;*;
;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*;
fin;comp;CDS;279178;279681;;;
deb;comp;CDS;279600;279875;55;;
;;gene;279931;280104;-174;*;
;;mobile_el;279931;280111;2;*;
;comp;gene;280114;280362;-249;*;
;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*;
fin;comp;CDS;280385;280735;;;
deb;;CDS;290510;290638;-5;;
;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*;
fin;comp;CDS;290649;291152;;;
deb;comp;CDS;313141;313242;473;;
;comp;gene;313716;313805;551;*;
;;gene;314357;315244;-16;*;
;;mobile_el;315229;316483;-1193;*;
fin;;CDS;315291;315590;;;
deb;;CDS;315587;316453;-4;;
;comp;gene;316450;317136;302;*;
;;gene;317439;317567;158;*;
fin;comp;CDS;317726;318319;;;
deb;comp;CDS;380069;380842;1;;
;comp;misc_f;380844;381260;-1;*;
;;mobile_el;381260;382590;-1240;*;
fin;;CDS;381351;381716;;;
deb;;CDS;381674;382579;11;;
;comp;misc_f;382591;382872;-134;*;
fin;comp;CDS;382739;383935;;;
deb;comp;CDS;388753;389727;523;;
;;misc_f;390251;391708;-117;*;
deb;comp;CDS;391592;391648;60;;
;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*;
fin;comp;CDS;391739;392605;;;
deb;comp;CDS;392602;392901;68;;
;;misc_f;392970;394418;87;*;
fin;;CDS;394506;395129;;;
deb;;CDS;408177;408461;147;;
;;gene;408609;408950;-4;*;
fin;;CDS;408947;409030;;;
deb;comp;CDS;475982;476371;76;;
;;ncRNA;476448;476561;110;*;
fin;;CDS;476672;477025;;;
deb;comp;CDS;506603;507082;121;;
;;ncRNA;507204;507287;-2;*;
fin;comp;CDS;507286;508080;;;
deb;;CDS;527581;527949;-1;;
;;gene;527949;528659;-20;*;
;;gene;528640;529130;366;*;
;;gene;529497;529592;52;*;
fin;comp;CDS;529645;530016;;;
deb;;CDS;533011;533826;-198;;
;;ncRNA;533629;533863;52;*;
fin;;CDS;533916;535697;;;
deb;comp;CDS;563848;564480;242;;
;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga
;;misc_f;564755;586056;-21242;*;
deb;comp;CDS;564815;565978;-121;;
;comp;gene;565858;566079;18;*;
;comp;gene;566098;566361;14;*;
;;gene;566376;566687;-4;*;
;;misc_f;566684;566776;0;*;
;;mobile_el;566777;568034;-1193;*;
fin;;CDS;566842;567141;;;
deb;;CDS;567138;568004;30;;
;;misc_f;568035;568247;67;*;
fin;;CDS;568315;568647;;;
deb;;CDS;573956;574339;189;;
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;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*;
;;misc_f;4509009;4509479;-1;*;
;;misc_f;4509479;4509793;10;*;
;;gene;4509804;4510133;556;*;
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;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
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deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;;
eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738
;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29
;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203
;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174
;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176
;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99
;'''total 4024;&lt;201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67
4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56
2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87
2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80
2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72
4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82
767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72
1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66
310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60
1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57
1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52
3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50
2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49
2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58
3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56
1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56
2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64
83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40
2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51
4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34
4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53
1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41
2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49
4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26
582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52
4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51
3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30
384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36
3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36
1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34
1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28
985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36
88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32
4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31
654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30
1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39
;;34;15;280;37;;total;767;210;33
;;35;12;290;38;;;;215;29
;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;37
;;37;18;310;22;;600;3992;225;16
;;38;13;320;29;;610;4;230;24
;;39;°22;330;18;;620;5;235;19
;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22
;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24
;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17
;;;;370;19;;660;3;255;19
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28
164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15
2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12
492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23
4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14
1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21
3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17
3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17
10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9
1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10
3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12
578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14
508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15
3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8
16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10
1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10
4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8
1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7
3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4
3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13
1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7
2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13
19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6
257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174
279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;&gt;0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;&lt;0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;&gt;0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;&lt;0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11
continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94
;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644
&lt;/pre&gt;

====eco autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116;
;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121;
fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;;
deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4;
;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0;
fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713;
deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;;
;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24;
fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94;
deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;;
;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104;
deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245;
;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&amp;tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;;
fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261;
deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382;
;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;;
fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274;
deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149;
;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152;
;&amp;tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;;
;&amp;tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628;
;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1;
;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049;
;&amp;tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73;
fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247;
deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;;
;&amp;tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417;
fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311;
deb;°CDS;238257;9;;;;&amp;tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98;
;gene;238746;105;;;;&amp;tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149;
;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;;
fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245;
deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16;
;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;;
;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&amp;tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4;
fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11;
deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;;
;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48;
;gene;253702;56;;;deb;°CDS;1380148;13;;;;gene;2470803;-29;;;;ncRNA;3700136;363;
fin;°CDS;254259;;;;;gene;1380821;-1;;;deb;°CDS;2471077;26;;;fin;°CDS;3700563;;
deb;°CDS;256527;57;;;;gene;1381789;44;;;;gene;2471544;49;;;deb;°CDS;3706098;910;comp
;misc_f;257829;8;;;fin;°CDS;1381947;;;;fin;°CDS;2472112;;;;;&amp;tRNA;3708616;91;comp
;mobile;257908;-753;;;deb;°CDS;1394891;121;;;deb;°CDS;2476310;73;;;fin;°CDS;3708784;;comp
fin;°CDS;257923;;;;;mobile;1396044;-1127;;;;gene;2476584;95;;;deb;°CDS;3720448;-153;
deb;°CDS;258345;55;;;fin;°CDS;1396112;;;;fin;°CDS;2476694;;;;;gene;3720448;0;
;misc_f;258676;38;;;deb;°CDS;1404741;8;;;deb;°CDS;2513042;28;;;;mobile;3720633;-1396;
fin;°CDS;259045;;;;;ncRNA;1405658;227;;;;mobile;2514273;-1287;;;fin;°CDS;3720680;;
deb;°CDS;261503;114;;;fin;°CDS;1405979;;;;fin;°CDS;2514331;;;;deb;°CDS;3721198;26;
;&amp;tRNA;262871;-49;;;deb;°CDS;1408050;95;;;deb;°CDS;2515643;208;;;;gene;3722076;222;
;misc_f;262898;-34056;;;;ncRNA;1409129;57;;;;&amp;tRNA;2518041;39;comp;;fin;°CDS;3722328;;
;gene;263150;115;;;fin;°CDS;1409308;;;;;&amp;tRNA;2518156;235;comp;;deb;°CDS;3750086;31;
fin;°CDS;263328;;;;deb;°CDS;1411013;-50;;;fin;°CDS;2518467;;comp;;;gene;3750813;3;
deb;°CDS;266110;-1;;;;misc_f;1411899;-22959;;;deb;°CDS;2519257;258;comp;;;gene;3750918;18;
;gene;266553;1;;;fin;°CDS;1412000;;;;;&amp;tRNA;2520931;44;;;fin;°CDS;3751128;;
;gene;266776;216;;;deb;°CDS;1413531;-185;;;;&amp;tRNA;2521051;46;;;deb;°CDS;3766337;41;
fin;°CDS;267184;;;;;ncRNA;1413556;-2;;;;&amp;tRNA;2521173;4;;;;gene;3767221;254;
deb;°CDS;269289;23;;;fin;°CDS;1413733;;;;;&amp;tRNA;2521253;264;;;deb;°CDS;3768177;0;
;mobile;270206;-263;;;deb;°CDS;1422752;32;;;fin;°CDS;2521593;;comp;;;gene;3768639;1;
;misc_f;270278;0;;;;gene;1423345;-245;;;deb;°CDS;2557318;11;;;;gene;3768892;88;
;mobile;270541;-1159;;;fin;°CDS;1423400;;;;;misc_f;2558691;-6623;;;deb;°CDS;3769345;267;
deb;°CDS;270603;7;;;deb;°CDS;1426454;-94;;;fin;°CDS;2558858;;;;;gene;3769948;96;
;mobile;271762;-427;;;;misc_f;1427389;0;;;deb;°CDS;2639301;19;;;fin;°CDS;3770243;;
;misc_f;271764;389;;;;mobile;1427599;-1049;;;;ncRNA;2640595;-1;;;deb;°CDS;3807064;67;
;ncRNA;272580;192;;;deb;°CDS;1427746;69;;;fin;°CDS;2640686;;;;;ncRNA;3808166;301;
deb;°CDS;272847;-38;;;;misc_f;1428796;64;;;deb;°CDS;2652494;515;;;fin;°CDS;3808540;;
;mobile;273955;-1049;;;fin;°CDS;1429049;;;;;ncRNA;2653855;-2;;;deb;°CDS;3834547;292;comp
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fin;°CDS;1032139;;;;;misc_f;2070277;311;;;fin;°CDS;3350689;;;;;mobile;4518472;-713;
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;mobile;1049778;-713;;;;ncRNA;2071317;27;;;;misc_f;3365185;0;;;;gene;4518721;113;
fin;°CDS;1049833;;;;fin;°CDS;2071539;;;;;mobile;3365556;-1049;;;fin;°CDS;4519338;;
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;gene;1081356;57;;;;gene;2078549;-103;;;;misc_f;3366755;-4;;;;ncRNA;4527977;44;
fin;°CDS;1082243;;;;fin;°CDS;2078575;;;;fin;°CDS;3366926;;;;fin;°CDS;4528111;;
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;mobile;1094245;-1228;;;;misc_f;2101396;4;;;;gene;3404495;0;;;;gene;4532050;126;
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;gene;1095544;-4;;;;misc_f;2102944;1;;;deb;°CDS;3418390;430;;;;gene;4534430;339;
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;&amp;tRNA;1097565;233;comp;;deb;°CDS;2152469;182;;;fin;°CDS;3420134;;;;fin;°CDS;4536597;;
fin;°CDS;1097886;;;;;ncRNA;2153311;-106;;;deb;°CDS;3422436;228;;;deb;°CDS;4567287;478;
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;ncRNA;1146589;36;;;;ncRNA;2153646;-101;;;;&amp;tRNA;3423580;12;;;fin;°CDS;4570162;;
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;gene;1204170;-234;;;;gene;2167602;168;;;fin;°CDS;3429236;;;;fin;°CDS;4580068;;
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;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&amp;tRNA;4606079;34;comp
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;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&amp;tRNA;4606315;267;comp
;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;162;;67;14;;
;;;132;;327;;74;78;;
;;;114;;;;75;91;'''deb;
;;comp’;242;;;;100;100;&lt;201;10
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6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59%
;;comp’;343;;253;;114;114;;
;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin;
;;comp’;735;comp’;233;;132;151;&lt;201;11
;209;;67;;159;;155;159;total;20
;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55%
;12 54;;-;;151;;206;235;;
;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total;
;;;100;;313;;210;267;&lt;201;21
;;comp’;452;;100;;280;313;total;37
;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57%
;;comp’;326;comp’;55;;750;327;;
;;;74;;;;910;379;;
;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls
;39;comp’;208;;235;;4;37;;
;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;;
;;;750;;;;124;55;'''deb;
4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;&lt;201;5
;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17
;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29%
;;;105;comp’;148;;208;148;;
;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin;
;;;206;comp’;347;;258;264;&lt;201;7
;;;458;;14;;292;347;total;11
;;;910;;91;;307;426;taux;64%
;;comp’;292;;;;326;'''-;;
;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total;
;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;&lt;201;12
;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28
;;;;;106;;569;'''-;taux;43%
;36 35;;210;;233;;735;'''-;;
;;comp’;195;;;;;;;
;34 28;comp’;38;;267;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;&lt;201;15;18;33
;;;;;;;total;34;31;65
;;;;;;;taux;44%;58%;51%
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli Nissle 1917===
====ecoN opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s  10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;;
;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
;234484..234557;;gca;;174;;;;;;;
;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;;
;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;;
;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;;
;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;*
;;;;;;;;;;;;
;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;*
;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
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;;;;;;;;;;;;
;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;*
;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;*
;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;;
comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
&gt; comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;;
;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
&lt;;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
&lt;;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
&gt;;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
&lt; comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
&lt;&gt; comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
&lt; comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
&lt;;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
&gt;;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
&lt;;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp &gt;;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
&gt;;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
&lt; comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
&lt; comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
&lt;/pre&gt;

====ecoN cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]]
&lt;pre&gt;
ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]]
&lt;pre&gt;
ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;

====ecoN eco====
=====ecoN eco tableaux=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&amp;;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&amp;1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&amp;1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&amp;1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&amp;2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;;;;;237403..237518;$5s;54;&amp;116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71
;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;;
;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&amp;1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp &gt;;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&amp;2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;;
;;564723..564799;aga;15;;;;;;632286..632362;aga;15;;;;;comp;5344729..5346282;$16s;]1063;&amp;1554;
;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;;
;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&amp;1554;
eco5;;695101..696276;cds;31;392;@octaprenyl;;ecoN5;;733188..734363;CDS;153;392;@octaprenyl;;;comp;5349516..5350088;CDS;[187;191;]D-glycero
;comp;696308..696378;rpr;51;&amp;71;rpt71;;;comp;734517..734591;°cag;37;;;;;&gt;;5350276..5350914;CDS;;213;ABC MetN
;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&amp;120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&amp;120;
;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&amp;2904;
;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;;
;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;;
;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&amp;1542;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA
eco6;;779598..780389;cds;164;264;@ cell CpoB;;ecoN6;;807377..808169;CDS;164;264;@ p-cell CpoB;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;]pu-ABC
;;780554..780629;°aaa;135;;;;;;808334..808409;°aaa;35;;;;;comp;3785374..3785489;$5s;]39;&amp;116;
;;780765..780840;gta;2;;;;;;808445..808520;gta;2;;;;;comp;3785529..3785605;acc;]14;;
;;780843..780918;°aaa;149;;;;;;808523..808598;°aaa;51;;;;;comp;3785620..3785735;$5s;]777;&amp;116;
;;781068..781143;gta;3;;;;;;808650..808725;gta;3;;;;;comp;3786513..3786588;acc;]14;;
;;781147..781222;°aaa;146;;;;;;808729..808804;°aaa;48;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;]1834;&amp;116;
;;781369..781444;°aaa;132;;;;;;808853..808928;°aaa;33;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;
;;781577..781652;°aaa;432;;;;;;808962..809037;°aaa;277;;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco7;;923264..925540;cds;343;759;@ATP ClpA;;ecoN7;;950069..952345;CDS;343;759;@ATP ClpA;;EcoN 59;&gt;;5433568..5433687;CDS;39;40;§p-Nam
;comp;925884..925971;tcc;253;;;;;comp;952689..952776;tcc;253;;;;ok;comp;5433727..5433814;tcc;253;;
;comp;926225..926443;cds;;73;@tif IF-1;;;comp;953030..953248;CDS;;73;@tif IF-1;;;comp;5434068..5434286;CDS;;73;@tif IF-1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;;
;comp;1031625..1031712;tca;426;;;;;comp;1048090..1048177;tca;426;;;;;;;;;;
;;1032139..1033257;cds;;373;@Hnase1;;;;1048604..1049722;CDS;;373;@Hnase1;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt; comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;1097886..1098824;cds;;313;@glyoxylate A;;;;1215296..1216234;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;;
;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco12;;1286709..1286984;cds;81;92;§p-un-YchS;;ecoN12;;1457038..1458129;CDS;16;364;§acyl-CoA ;;;;;;;;
;comp;1287066..1287236;ncRNA;-150;&amp;171;§RttR sRNA;;;comp;1458146..1458277;ncRNA;46;44;§RtT sRNA;;;;;;;;
;comp;1287087..1287176;cds;67;30;§tpr;;;comp;1458324..1458408;°tac;33;;;;;;;;;;
;comp;1287244..1287328;°tac;209;;;;;comp;1458442..1458526;°tac;159;;;;;;;;;;
;comp;1287538..1287622;°tac;159;;;;;comp;1458686..1459528;CDS;;281;@fTHF;;;;;;;;
;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN13;comp;1829066..1830322;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco13;;;;;;;;;;1830630..1830706;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;*****;°gtc;*****;;;;;;1830711..1830787;°gtc;6;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;&lt;;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN14;comp;1831218..1832474;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&lt;;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco15;comp;1744871..1746127;cds;307;419;%adhes YdhQ;;ecoN15;comp;1833321..1834577;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
;; 1746435..1746511;°gtc;4;;;;;;1834885..1834961;°gtc;4;;;;;;;;;;
;; 1746516..1746592;°gtc;107;;;;;;1834966..1835042;°gtc;108;;;;;;;;;;
;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco16;comp;1990954..1991619;cds;195;222;@UPF0149 YecA;;ecoN16;comp;2115794..2116459;CDS;195;222;@UPF0149 YecA;;;;;;;;
;comp;1991815..1991901;tta;12;;;;;comp;2116655..2116741;tta;12;;;;;;;;;;
;comp;1991914..1991987;tgc;54;;;;;comp;2116754..2116827;tgc;53;;;;;;;;;;
;comp;1992042..1992117;ggc;151;;;;;comp;2116881..2116956;ggc;151;;;;;;;;;;
;comp;1992269..1992817;cds;;183;@glycerolP;;;comp;2117108..2117656;CDS;;183;@CDP-diacyl;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco17;;2042368..2042898;cds;569;177;§pu-cytochrom;;ecoN17;comp;2191451..2192287;CDS;278;279;§hp-279;;;;;;;;
;comp;2043468..2043557;tcg;93;;;;;comp;2192566..2192655;tcg;93;;;;;;;;;;
;;2043651..2044448;cds;100;266;%Mtf;;;;2192749..2193546;CDS;100;266;%MtfA;;;;;;;;
;;2044549..2044624;aac;313;;;;;;2193647..2193722;aac;161;;;;;;;;;;
;;2044938..2052014;cds;;2359;§Inv-adhesin;;;;2193884..2195146;CDS;;421;§Tyr recb-421;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco18;;2056858..2057574;cds;452;239;@pu-tr-YeeN;;ecoN18;;2232607..2233323;CDS;453;239;@tr-YebC;;;;;;;;
;comp;2058027..2058102;aac;[100;;;;;comp;2233777..2233852;acc;[326;;;;;;;;;;
;comp;2058203..2059846;cds;[4;548;@exporter;;;;2234179..2235096;CDS;[101;306;@tr-nitrogen;;;;;;;;
;; 2059851..2059926;aac;[37;;;;;;2235198..2236148;CDS;[37;317;@tr-Cbl;;;;;;;;
;comp;2059964..2060914;cds;[101;317;tact Cbl;;;comp;2236186..2236261;aac;[4;;;;;;;;;;
;comp;2061016..2061933;cds;[326;306;tr-Nac;;;;2236266..2237909;CDS;[100;548;trp-YeeO;;;;;;;;
;;2062260..2062335;aac;55;;;;;;2238010..2238085;aac;161;;;;;;;;;;
;comp;2062391..2063323;cds;;311;§ErfK;;;;2238247..2239518;CDS;;424;§Tyr recb 424;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco19;;2284376..2286136;cds;74;587;@pu-cardiolip;;ecoN19;;2546968..2548728;CDS;74;587;@cardiolipine;;;;;;;;
;;2286211..2286287;ccc;102;;;;;;2548803..2548879;ccc;101;;;;;;;;;;
;comp;2286390..2288914;cds;;842;§adhes YejO;;;comp;2548981..2549136;CDS;;52;§barrel;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2466309..2466383;agg;161;;;;;;2718788..2718862;agg;437;;;;;;;;;;
;;2466545..2467702;cds;;386;§KpLE1;;;comp;2719300..2719830;CDS;;177;§OmpH;;;ecoN;;;;;
;;2466369..2476583;#phage;;3405;pp CPS-53;;;;;;;;;;EcoN 53;comp;5321144..5321869;CDS;206;242;§p-His kinase
;;;;;;;;ecoN21;comp;2768744..2770933;CDS;206;730;@sensor;;ok;comp;5322076..5322151;°gcc;39;;
eco21;comp;2515643..2517832;cds;208;730;@pu-sensor;;;comp;2771140..2771215;°gcc;39;;;;;comp;5322191..5322266;°gcc;39;;
;comp;2518041..2518116;°gcc;39;;;;;comp;2771255..2771330;°gcc;220;;;;;comp;5322306..5322381;°gcc;220;;
;comp;2518156..2518231;°gcc;235;;;;;;2771551..2771910;CDS;;120;%pu-tr 120;;;;5322602..5322961;CDS;;120;%pu-tr 120
;;2518467..2518811;cds;;115;%pu- YfeC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco22;comp;2519257..2520672;cds;258;472;@Glu ligase;;ecoN22;comp;2772355..2773770;CDS;258;472;@Glu ligase;;;ecoN;;;;;
;;2520931..2521006;°gta;44;;;;;;2774029..2774104;°gta;43;;;;EcoN 54;comp;5323406..5324821;CDS;258;472;@Glu ligase
;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;&lt;;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
;;2521539..2521567;rpr;25;&amp;29;rpt-29;;;comp;2774536..2775420;CDS;;295;@LysR;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;&gt;;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
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;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;EcoN 52;&gt; comp;5305902..5306228;CDS;0;109;p-hp
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;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;&gt; comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&amp;1255;
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;;4035531..4037072;$16s;68;&amp;1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&amp;1738;;;;;;;;;
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;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&amp;2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&amp;3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
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;;4040865..4040900;rpr;5;&amp;36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
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;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&amp;2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&amp;116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&amp;116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&amp;2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&amp;1189;;;;&lt;;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&amp;1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&amp;2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&amp;2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&amp;116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&amp;120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&amp;163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;&lt;&gt; comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&amp;36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&amp;34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;&lt; comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
&lt;/pre&gt;
=====ecoN eco noms cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]]
&lt;pre&gt;
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO,  misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note=&quot;cryptic prophage CP4-6&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note=&quot;cryptic prophage DLP12&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other  71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene=&quot;yjdQ&quot;;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
&lt;/pre&gt;
====ecoN données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;;
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;;
;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;;
;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====ecoN autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ecoN;;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur
fin;;CDS;190;255;;;;
deb;;CDS;231864;232436;365;*;;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa;
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac;
fin;;CDS;237812;238615;;1;;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac;
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg;
fin;;CDS;368927;369265;;0;;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;;
fin;;CDS;556537;556890;;0;;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga;
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag;
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag;
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj;
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;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa;
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;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta;
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;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s;2890
;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca;
;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc;
;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s;1542
;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca;
;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc;
;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s;1542
fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0;;
deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*;;
;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca;
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc;
;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s;1493
fin;comp;CDS;5363061;5363543;;;;
deb;;CDS;5425965;5426201;150;*;;
;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg;
;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg;
fin;comp;CDS;5426617;5427150;;;;
deb;;CDS;5433568;5433687;39;*;;
;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;;
deb;comp;CDS;5440863;5441019;189;*;;
&lt;/pre&gt;

===Vibrio campbellii===
====vha opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]]
&lt;pre&gt;
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;;
comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;;
comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;;
comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;;
comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156
comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182;
;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
comp;190817..190933;;5s;;107;;;;;
comp;191041..193955;;23s;;290;;;;;
comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;;
comp;194365..194441;;atc;;97;;;;;
comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;;
comp;196468..196584;;5s;;77;;;;;
comp;196662..199576;;23s;;290;;;;;
comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;;
comp;199986..200062;;atc;;97;;;;;
comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853
comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712;
;;;;;;;;;;
comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101
comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;;
comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;;
comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;;
comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;;
;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308;
;;;;;;;;;;
comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546
comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;;
comp;243159..243235;;gac;;32;;;;;
comp;243268..243384;;5s;;117;;;;;
comp;243502..246404;;23s;;310;;;;;
comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;;
comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;;
comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;;
comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554
;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;;
comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;;
comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83
comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45;
;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
;449605..451162;;16s;;122;;;;;
;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
;468291..468367;;cca;;46;;46;;;
;468414..468489;;cac;;64;;64;;;
;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242;
;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
&lt;/pre&gt;

====vha cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]]
&lt;pre&gt;
vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178
&lt;/pre&gt;

====vha blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]]
&lt;pre&gt;
vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;&lt;u&gt;86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;&lt;u&gt;371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&amp;cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&amp;cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&amp;cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;
&lt;/pre&gt;

====vha distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
&lt;/pre&gt;
====vha1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac
;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac
;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
&lt;/pre&gt;
====vha1 autres intercalaires aas====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
deb;comp;CDS;251637;253490;57;*;
;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
fin;;CDS;253934;255043;;0;
deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*;
;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
;;regulatory;2485238;2485339;116;*;
fin;;CDS;2485456;2486832;;;
deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
autres intercalaires;;vha1;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
&lt;/pre&gt;

====vha2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;;
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;;
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;;
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;;
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vha2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;
&lt;/pre&gt;

===Aeromonas media WS===
====amed opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]]
&lt;pre&gt;
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
&lt;  comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;
&lt;/pre&gt;
====amed cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]]
&lt;pre&gt;
amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157
&lt;/pre&gt;

====amed blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]]
&lt;pre&gt;
amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;
&lt;/pre&gt;
====amed distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====amed autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
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;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
;;regulatory;4628048;4628133;65;*;
fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
&lt;/pre&gt;

====amed données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;;
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;;
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===gamma synthèse===
====gamma distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]]
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
&lt;/pre&gt;

====gamma par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama  ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39
&lt;/pre&gt;
====gamma, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est  62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310
&lt;/pre&gt;

==alpha==
===rtb===
====rtb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;31.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
&lt;/pre&gt;

====rtb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]]
&lt;pre&gt;
rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86
&lt;/pre&gt;

====rtb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]]
====rtb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rtb données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;
;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;
12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;;
16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;;
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;;
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;;
;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;;
;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;;
;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;173;;;
&lt;/pre&gt;
=====rtb autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;rtb;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7429;8469;381;*;
;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc
fin;;CDS;9295;10278;;;
deb;;CDS;14663;18055;108;*;
;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa
fin;comp;CDS;19633;20106;;;
deb;comp;CDS;48065;48709;278;*;
;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf
fin;comp;CDS;49175;49411;;;
deb;comp;CDS;73627;73929;17;*;
;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc
fin;comp;CDS;74161;75417;;;
deb;;CDS;155064;157163;143;*;
;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg
fin;;CDS;157550;157750;;;
deb;comp;CDS;189738;189878;411;*;
;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg
fin;comp;CDS;190508;192814;;;
deb;;CDS;255010;255921;736;*;
;;rRNA;256658;259417;228;*;23s
;;rRNA;259646;259760;173;*;5s
fin;comp;CDS;259934;261007;;;
deb;;CDS;291358;291843;35;*;
;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj
fin;comp;CDS;293320;293805;;;
deb;;CDS;335194;336996;402;*;
;;tRNA;337399;337473;633;*;aac
fin;comp;CDS;338107;338793;;;
deb;comp;CDS;440466;440933;496;*;
;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc
fin;;CDS;441536;442456;;;
deb;comp;CDS;469056;469781;218;*;
;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa
;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc
fin;;CDS;472090;472662;;;
deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*;
;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc
fin;comp;CDS;567399;568145;;;
deb;;CDS;583250;584149;1278;*;
;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca
fin;comp;CDS;585577;586569;;0;
deb;;CDS;598723;599706;26;*;
;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg
;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa
fin;comp;CDS;600007;601779;;;
deb;comp;CDS;608541;609209;176;*;
;comp;ncRNA;609386;609769;248;*;
fin;;CDS;610018;612660;;;
deb;comp;CDS;644395;644745;499;*;
;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac
;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc
fin;comp;CDS;646671;647276;;;
deb;comp;CDS;649389;650048;452;*;
;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc
fin;comp;CDS;651852;652094;;;
deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*;
;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt
fin;;CDS;700039;705720;;0;
deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*;
;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga
fin;comp;CDS;729359;729574;;;
deb;;CDS;739215;740075;181;*;
;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc
deb;;CDS;740590;741960;1199;*;
;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc
fin;;CDS;744325;744753;;;
deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*;
;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s
fin;comp;CDS;783686;785485;;;
deb;comp;CDS;814590;814823;349;*;
;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta
fin;comp;CDS;815317;815589;;;
deb;comp;CDS;829300;830484;82;*;
;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga
;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac
fin;;CDS;831005;831733;;;
deb;comp;CDS;839520;839732;382;*;
;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta
fin;;CDS;842210;842446;;;
deb;comp;CDS;876906;877589;401;*;
;;tRNA;877991;878067;145;*;cac
fin;;CDS;878213;879943;;;
deb;comp;CDS;911079;911558;179;*;
;comp;tmRNA;911738;912287;74;*;
fin;;CDS;912362;913186;;;
deb;;CDS;918938;919882;951;*;
;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc
fin;comp;CDS;922871;924049;;;
deb;comp;CDS;941489;942730;156;*;
;comp;ncRNA;942887;943045;9;*;
fin;comp;CDS;943055;943372;;;
deb;comp;CDS;961209;962297;41;*;
;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi
fin;comp;CDS;962806;963273;;;
deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*;
;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca
fin;;CDS;1025306;1025521;;;
deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*;
;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga
fin;;CDS;1056506;1056823;;;
deb;;CDS;1090984;1091625;14;*;
;;ncRNA;1091640;1091733;152;*;
fin;;CDS;1091886;1093411;;;
deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*;
;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta
fin;comp;CDS;1099511;1100662;;;
deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*;
;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca
fin;comp;CDS;1103661;1103996;;;
&lt;/pre&gt;

====rtb intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;;
rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez
;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1
;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2
;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1
;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3
;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2
;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3
;'''total 793;&lt;201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7
665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0
1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1
506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1
64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2
801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2
272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0
131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1
763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1
101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2
446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2
905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0
141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1
570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3
129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0
378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4
232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0
871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1
998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1
359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0
1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1
847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1
338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1
808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2
950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1
969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1
706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1
536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3
638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0
597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0
544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1
235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0
90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1
693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquencef;195;6;1010;1
422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1
678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1
476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1
1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2
270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2
687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1
49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1
247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0
398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0
577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2
676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2
425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1
915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0
;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2
;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0
;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2
;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2
384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0
523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44
362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793
864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;;
628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;;
1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;;
1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;;
511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;;
661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;;
710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;;
899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;;
1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;;
417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;;
276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;;
480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;;
981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;;
110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;;
415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;;
748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;;
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&amp;-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&amp;174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&amp;-36;44;-;598;poly;190;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;&gt;0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;&lt;0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;&gt;0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;&lt;0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3
continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4
;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98
&lt;/pre&gt;

====rtb autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3;
deb;     °CDS;7429;381;comp;;deb;     °CDS;564534;1530;comp;;deb;     °CDS;829300;82;comp
;     &amp;tRNA;8851;368;comp;;;     &amp;tRNA;567093;218;comp;;;     &amp;tRNA;830567;95;comp
fin;     °CDS;9295;;;;fin;     °CDS;567399;;comp;;;     &amp;tRNA;830736;183;comp
deb;     °CDS;14663;108;;;deb;     °CDS;583250;1278;;;fin;     °CDS;831005;;
;     &amp;tRNA;18164;1394;;;;     &amp;tRNA;585428;58;comp;;deb;     °CDS;839520;382;
fin;     °CDS;19633;;comp;;fin;     °CDS;585577;;comp;;;     &amp;tRNA;840115;2009;
deb;     °CDS;48065;278;comp;;deb;     °CDS;598723;26;;;fin;     °CDS;842210;;
;     &amp;tRNA;48988;110;comp;;;     &amp;tRNA;599733;60;;;deb;     °CDS;876906;401;comp
fin;     °CDS;49175;;comp;;;     &amp;tRNA;599870;62;comp;;;     &amp;tRNA;877991;145;
deb;     °CDS;73627;17;comp;;fin;     °CDS;600007;;comp;;fin;     °CDS;878213;;
;     &amp;tRNA;73947;139;comp;;deb;     °CDS;608541;176;comp;;deb;     °CDS;911079;179;comp
fin;     °CDS;74161;;comp;;;     ncRNA;609386;248;comp;;;     tmRNA;911738;74;comp
deb;     °CDS;155064;143;;;fin;     °CDS;610018;;;;fin;     °CDS;912362;;
;     &amp;tRNA;157307;167;;;deb;     °CDS;644395;499;comp;;deb;     °CDS;918938;951;
fin;     °CDS;157550;;;;;     &amp;tRNA;645245;1051;;;;     &amp;tRNA;920834;1945;
deb;     °CDS;189738;411;;;;     &amp;tRNA;646373;222;comp;;fin;     °CDS;922871;;comp
;     &amp;tRNA;190290;142;comp;;fin;     °CDS;646671;;comp;;deb;     °CDS;941489;156;comp
fin;     °CDS;190508;;comp;;deb;     °CDS;649389;452;comp;;;     ncRNA;942887;9;comp
deb;     °CDS;255010;736;;;;     &amp;tRNA;650501;1274;;;fin;     °CDS;943055;;comp
23s;     $rRNA;256658;228;;;fin;     °CDS;651852;;comp;;deb;     °CDS;961209;41;comp
5s;     $rRNA;259646;173;;;deb;     °CDS;696163;1535;comp;;;     &amp;tRNA;962339;390;comp
fin;     °CDS;259934;;comp;;;     &amp;tRNA;698934;1028;;;fin;     °CDS;962806;;comp
deb;     °CDS;291358;35;;;fin;     °CDS;700039;;;;deb;     °CDS;1023375;1585;
;     &amp;tRNA;291879;1364;;;deb;     °CDS;727560;1164;comp;;;     &amp;tRNA;1025212;17;
fin;     °CDS;293320;;;;;     &amp;tRNA;729252;32;comp;;fin;     °CDS;1025306;;
deb;     °CDS;335194;402;;;fin;     °CDS;729359;;comp;;deb;     °CDS;1053321;2191;
;     &amp;tRNA;337399;633;;;deb;     °CDS;739215;181;;;;     &amp;tRNA;1056331;98;comp
fin;     °CDS;338107;;comp;;;     &amp;tRNA;740257;246;;;fin;     °CDS;1056506;;
deb;     °CDS;440466;496;comp;;deb;     °CDS;740590;1199;;;deb;     °CDS;1090984;14;
;     &amp;tRNA;441430;31;;;;     &amp;tRNA;743160;1090;;;;     ncRNA;1091640;152;
fin;     °CDS;441536;;;;fin;     °CDS;744325;;;;fin;     °CDS;1091886;;
deb;     °CDS;469056;218;comp;;deb;     °CDS;775944;2466;comp;;deb;     °CDS;1098776;40;comp
;     &amp;tRNA;470000;15;;;16s;     $rRNA;780333;1854;comp;;;     &amp;tRNA;1099281;145;comp
;     &amp;tRNA;470091;1922;;;fin;     °CDS;783686;;comp;;fin;     °CDS;1099511;;comp
fin;     °CDS;472090;;;;deb;     °CDS;814590;349;comp;;deb;     °CDS;1102351;475;comp
;;;;;;;     &amp;tRNA;815173;68;comp;;;     &amp;tRNA;1103456;130;comp
;;;;;;fin;     °CDS;815317;;comp;;fin;     °CDS;1103661;;comp
&lt;/pre&gt;
====rtb intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;;
;;;;;;;;;;
;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb;
comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;&lt;201;9
comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19
;95;;17;;139;;40;62;taux;47%
;;;143;;167;;82;68;;
;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin;
;;;;;;;143;130;&lt;201;12
;;;35;;1364;;176;139;total;21
;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57%
;;comp’;496;;31;;278;145;;
;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total;
;;;1530;;218;;381;167;&lt;201;21
;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40
;;;26;;62;;402;222;taux;53%
;;;176;;248;;475;246;;
;;comp’;499;;222;;951;248;;
;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;;
;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;;
;;;1164;;32;;1530;1364;;
;;;181;;246;;'''-;1922;;
;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls
;;;349;;68;;218;98;'''deb;9
;;;82;comp’;183;;401;183;&lt;201;0
;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7
;;comp’;401;;145;;452;633;&lt;201;2
;;;951;comp’;1945;;496;1274;;
;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total;
;;;40;;145;;1278;1945;&lt;201;2
;;;475;;130;;1535;'''-;total;16
;;;;;;;2191;'''-;taux;13%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;9;14;23;;;;;
;;total;28;28;56;;;;;
;;taux;32%;50%;41%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===rpl===
====rpl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;30.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====rpl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89
&lt;/pre&gt;

====rpl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]]
====rpl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rpl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;;
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;;
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;;
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;;
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;;
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;;
;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;;
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;;
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
fin;comp;CDS;430965;432767;;0;
deb;;CDS;473867;474352;928;*;
;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
fin;comp;CDS;475398;475883;;;
deb;;CDS;506934;508007;183;*;
;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
deb;comp;CDS;612439;612639;143;*;
;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
deb;comp;CDS;656226;656870;296;*;
;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
fin;;CDS;777234;777863;;;
deb;;CDS;779197;780348;140;*;
;;tRNA;780489;780573;37;*;cta
fin;;CDS;780611;781075;;0;
deb;comp;CDS;786459;787982;143;*;
;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
fin;comp;CDS;856124;856357;;0;
deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
deb;;CDS;953564;954742;696;*;
;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
fin;comp;CDS;956429;957373;;;
deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*;
;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;
&lt;/pre&gt;

===rpm===
====rpm opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]]
&lt;pre&gt;
;20   m23s;17  m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s  7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp &lt;;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;*
comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;*
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;*
;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;*
;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
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comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
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;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
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;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
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;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
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comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;*
;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
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;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
&lt;;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
&gt;;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
&gt;;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
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comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
&lt; comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
&lt;;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
&lt;comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*
&lt;/pre&gt;

====rpm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71
&lt;/pre&gt;

====rpm blocs====
====rpm blocs protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]]
&lt;pre&gt;
23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein
&lt;/pre&gt;
====rpm blocs construits====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]]
*Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
*: - '''*''' jaune, ffff00
*: - '''$''' orange, ff6600
*: - '''?''' cyan, 66ffff
*: - '''§''' vert, 99ff33
*: - '''&amp;''' bleu, 00ccff
*: - '''(''' gris, dddddd
*: - enlever le '''gras''', et &lt;u&gt;surligne&lt;/u&gt;.
&lt;pre&gt;
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&amp;3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;232;&amp;methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;;b8;;&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&amp;glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&amp;methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;&lt;u&gt;1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&amp;3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;&lt;u&gt;1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;&lt;u&gt;1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&amp;glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;
&lt;/pre&gt;
====rpm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_distribution|rpm distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca &gt;1 16s;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc
2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg
4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg
35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg
31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg
;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg
;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;;;;;;;
;;;;;;;;;;;60;;;;;;;
;;;;;;;;;;;29;;;;;;;
;;;;;;;;;;;172;;;;;;;
;;;;;;;;;;;389;;;;;;;
;;;;;;;;;;;55;;;;;;;
;;;;;;;;;;;125;;;;;;;
;;;;;;;;;;;118;;;;;;;
;;;;;;;;;;;241;;;;;;;
;;;;;;;;;;;138;;;;;;;
;;;;;;;;;;;220;;;;;;;
;;;;;;;;;;;90;;;;;;;
;;;;;;;;;;;113;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpm;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
;comp;tRNA;51436;51512;129;atc
;comp;misc_f;51642;51774;62;
;comp;misc_f;51837;51932;84;
;;misc_f;52017;52217;76;
;;misc_f;52294;52918;69;
fin;;CDS;52988;53464;;
deb;;CDS;53428;53694;87;
;comp;misc_f;53782;53921;72;
;comp;misc_f;53994;54619;90;
;;misc_f;54710;54881;129;
;;tRNA;55011;55087;289;atc
;;misc_f;55377;55746;433;
fin;;CDS;56180;56440;;
deb;comp;CDS;82891;83088;116;
;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg
fin;comp;CDS;83480;84178;;
deb;;CDS;417242;417412;142;
;;tRNA;417555;417631;24;atgj
;;tRNA;417656;417732;38;atgj
fin;comp;CDS;417771;418820;;
deb;;CDS;434306;435142;672;
;;misc_f;435815;436065;82;
;;rRNA;436148;436262;51;115
;;tRNA;436314;436390;196;atgf
fin;;CDS;436587;436883;;
deb;comp;CDS;467261;468367;193;
;;misc_f;468561;468657;82;
;;rRNA;468740;468854;51;115
;;tRNA;468906;468982;125;atgf
fin;;CDS;469108;469863;;
deb;comp;CDS;534521;536161;367;
;;tRNA;536529;536603;92;acg
fin;comp;CDS;536696;537778;;
deb;;CDS;619174;620157;82;
;;regulatory;620240;620316;45;
fin;;CDS;620362;621558;;
deb;comp;CDS;658467;658931;110;
;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc
deb;;CDS;659272;660159;106;
;;tRNA;660266;660340;648;gtc
fin;comp;CDS;660989;661800;;
deb;comp;CDS;684188;685114;350;
;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg
;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg
fin;;CDS;685835;686251;;
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&lt;/pre&gt;

====rpm remarques====
=====rpm remarques texte=====
=====rpm listes=====
=====alpha codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_codes|alpha codes]]
&lt;pre&gt;
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
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ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
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ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
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gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

=====gamma codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]]
&lt;pre&gt;
19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74
&lt;/pre&gt;

===rru===
====rru opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s  4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*
&lt;/pre&gt;

====rru cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]]
&lt;pre&gt;
rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69
&lt;/pre&gt;

====rru blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]]
&lt;pre&gt;
rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====rru distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rru données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;
;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;
;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999;
1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;;
;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;;
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;;
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;;
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;;
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;;
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;;
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;;
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca
2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;;
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;;
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;;
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;;
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;;
;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra
1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca
;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc
2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;
;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;
1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;;
35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;;
34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;;
1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;
;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;;
;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rru autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rru;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;16232;163;comp;
;tRNA;17016;253;comp;ctg
fin;CDS;17356;;;
deb;CDS;117072;37;;
;tRNA;117325;299;comp;agg
fin;CDS;117701;;;
deb;CDS;149921;147;comp;
;tRNA;151241;136;;cgg
fin;CDS;151454;;comp;
deb;CDS;189941;841;;
16s;rRNA;192510;180;;1477
;tRNA;194189;66;;atc
;tRNA;194332;347;;gca
23s;rRNA;194755;119;;2758
5s;rRNA;197647;96;;115
;tRNA;197858;287;;atgf
deb;CDS;198222;222;comp;
;repeat_region;198678;145;;
fin;CDS;200012;;comp;
deb;CDS;211593;261;comp;
;repeat_region;213597;128;;
fin;CDS;214303;;comp;
deb;CDS;305449;257;comp;
;tRNA;306906;319;;cag
fin;CDS;307299;;comp;
deb;CDS;322896;406;comp;
;tRNA;324100;98;comp;caa
fin;CDS;324273;;comp;
deb;CDS;362552;224;;
;tRNA;363106;202;;gcc
;tRNA;363384;43;;gcc
fin;CDS;363503;;comp;
deb;CDS;407067;92;;
;tRNA;407699;141;;agc
fin;CDS;407932;;;
deb;CDS;419952;57;;
;repeat_region;420333;228;;
fin;CDS;423032;;comp;
deb;CDS;466945;115;;
;tRNA;468041;83;comp;tta
fin;CDS;468210;;comp;
deb;CDS;529650;67;;
;repeat_region;530056;180;;
fin;CDS;530734;;comp;
deb;CDS;536858;111;comp;
;regulatory;537266;38;;
fin;CDS;537511;;;
deb;CDS;559038;239;comp;
;tRNA;559697;170;;aag
fin;CDS;559943;;;
deb;CDS;571949;20;;
;regulatory;572902;194;;
fin;CDS;573329;;;
deb;CDS;794877;217;comp;
;tRNA;795406;86;;tcc
fin;CDS;795583;;;
deb;CDS;908584;1193;comp;
16s;rRNA;911379;178;;1477
;tRNA;913057;66;;atc
;tRNA;913200;346;;gca
23s;rRNA;913622;118;;2758
5s;rRNA;916513;95;;115
;tRNA;916723;738;;atgf
fin;CDS;917538;;;
deb;CDS;988887;204;;
;repeat_region;989382;533;;
fin;CDS;992381;;comp;
deb;CDS;1144656;314;comp;
;ncRNA;1145438;15;comp;
fin;CDS;1145882;;comp;
deb;CDS;1159249;71;;
;tRNA;1160163;117;;gag
fin;CDS;1160356;;;
deb;CDS;1339162;168;;
;regulatory;1340533;238;;
fin;CDS;1340988;;;
deb;CDS;1362782;177;comp;
;repeat_region;1363865;208;;
fin;CDS;1364648;;comp;
deb;CDS;1464820;283;comp;
;tRNA;1465406;139;;tcg
fin;CDS;1465635;;comp;
deb;CDS;1499517;136;comp;
;regulatory;1501675;100;comp;
fin;CDS;1502001;;;
deb;CDS;1578910;1039;;
;repeat_region;1580591;284;;
fin;CDS;1582246;;comp;
deb;CDS;1692844;162;comp;
;repeat_region;1694053;193;;
fin;CDS;1696161;;comp;
deb;CDS;1706399;230;comp;
;regulatory;1707586;93;;
fin;CDS;1707876;;;
deb;CDS;1791953;116;;
;tRNA;1792276;131;comp;gaa
fin;CDS;1792483;;comp;
deb;CDS;1824299;98;;
;tRNA;1825837;150;;cta
fin;CDS;1826072;;;
deb;CDS;1833133;284;;
;tRNA;1833693;70;;gta
fin;CDS;1833839;;comp;
deb;CDS;1933548;85;;
;tRNA;1934224;63;;cca
deb;CDS;1934364;12;;
;tRNA;1934676;396;;aga
fin;CDS;1935149;;;
deb;CDS;1959133;175;;
;tRNA;1960034;215;;ccc
fin;CDS;1960326;;;
deb;CDS;1996760;164;comp;
;tRNA;1998244;261;;tca
fin;CDS;1998595;;comp;
deb;CDS;2008544;206;comp;
;regulatory;2009119;129;;
fin;CDS;2009470;;;
deb;CDS;2031997;123;;
;tRNA;2032987;186;comp;aaa
fin;CDS;2033249;;comp;
deb;CDS;2093327;295;comp;
;tRNA;2094273;81;;tgc
;tRNA;2094428;150;;aac
fin;CDS;2094653;;;
deb;CDS;2304404;89;comp;
;tRNA;2305924;178;comp;ctc
fin;CDS;2306189;;;
deb;CDS;2318681;138;comp;
;regulatory;2319857;73;;
fin;CDS;2320063;;;
deb;CDS;2331183;73;;
;tRNA;2331595;126;;atgj
fin;CDS;2331798;;comp;
deb;CDS;2411337;202;comp;
;tRNA;2412007;75;comp;cac
fin;CDS;2412159;;comp;
deb;CDS;2550773;186;comp;
;regulatory;2551172;147;;
fin;CDS;2551477;;;
deb;CDS;2559473;36;;
;tmRNA;2560658;131;;
fin;CDS;2561126;;;
deb;CDS;2667051;354;;
;repeat_region;2668113;204;;
fin;CDS;2669862;;comp;
deb;CDS;2714978;129;;
;repeat_region;2715965;262;;
fin;CDS;2716563;;;
deb;CDS;2729598;449;;
;tRNA;2731721;95;comp;atgf
5s;rRNA;2731893;119;comp;115
23s;rRNA;2732127;347;comp;2758
;tRNA;2735247;66;comp;gca
;tRNA;2735389;180;comp;atc
16s;rRNA;2735646;972;comp;1477
fin;CDS;2738117;;comp;
deb;CDS;2959802;354;comp;
;tRNA;2962229;171;comp;gtc
fin;CDS;2962475;;;
deb;CDS;3124836;151;comp;
;tRNA;3125185;343;comp;tgg
deb;CDS;3125604;93;comp;
;tRNA;3126888;27;comp;gga
;tRNA;3126989;166;comp;tac
deb;CDS;3127241;57;;
;tRNA;3128216;127;;aca
fin;CDS;3128419;;;
deb;CDS;3193350;430;comp;
;tRNA;3194938;103;comp;ttc
fin;CDS;3195117;;comp;
deb;CDS;3320745;90;;
;tRNA;3322206;60;comp;atgi
fin;CDS;3322342;;comp;
deb;CDS;3377932;140;comp;
;tRNA;3378255;165;;acc
;tRNA;3378495;237;;acc
deb;CDS;3378807;234;;
;tRNA;3379605;77;;gac
fin;CDS;3379759;;comp;
deb;CDS;3399207;262;comp;
;tRNA;3399757;56;comp;ccg
fin;CDS;3399890;;comp;
deb;CDS;3490378;84;;
;tRNA;3491233;407;;gtg
fin;CDS;3491715;;;
deb;CDS;3514107;56;comp;
;regulatory;3515291;4;comp;
;regulatory;3515401;88;comp;
fin;CDS;3515601;;comp;
deb;CDS;3523910;371;;
;repeat_region;3524497;79;;
fin;CDS;3525452;;comp;
deb;CDS;3705744;56;comp;
;regulatory;3707042;399;comp;
fin;CDS;3707518;;;
deb;CDS;3719367;163;comp;
;tRNA;3719917;95;comp;ggg
fin;CDS;3720086;;comp;
deb;CDS;3805869;130;;
5s;rRNA;3806944;116;comp;115
23s;rRNA;3807175;347;comp;2758
;tRNA;3810295;66;comp;gca
;tRNA;3810437;180;comp;atc
16s;rRNA;3810694;999;comp;1477
fin;CDS;3813192;;;
deb;CDS;3824154;103;comp;
;tRNA;3825931;387;comp;cgt
fin;CDS;3826395;;;
deb;CDS;3996560;58;comp;
;ncRNA;3998598;106;comp;
fin;CDS;3998802;;comp;
deb;CDS;4021982;27;;
;tRNA;4023191;224;comp;ttg
fin;CDS;4023502;;;
deb;CDS;4058818;187;comp;
;tRNA;4059305;179;;gcg
fin;CDS;4059560;;comp;
deb;CDS;4105626;721;comp;
;tRNA;4108039;148;comp;acg
fin;CDS;4108262;;;
deb;CDS;4261100;269;comp;
;tRNA;4262308;118;;ggc
fin;CDS;4262501;;;
&lt;/pre&gt;

====rru intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;;
rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1
;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0
;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5
;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6
;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1
;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4
;'''total 3786;&lt;201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1
3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2
844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1
3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1
3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0
3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0
1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3
3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0
566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1
1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2
3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3
2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3
93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0
409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1
400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0
1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0
3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0
3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0
550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0
2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1
1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1
1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3
2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0
3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0
2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0
3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1
1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1
742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0
3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1
139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0
880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0
1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0
2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1
90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0
961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0
1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0
2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0
2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0
55947;637;36;10;300;29;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;31;1060;0
1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0
2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0
3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0
3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0
;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0
;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0
;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0
;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0
;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0
2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0
651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0
2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0
1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0
2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1
3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786
4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;;
664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;;
3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;;
3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;;
1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;;
3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;;
1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;;
465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;;
2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;;
780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;;
2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;;
3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;;
210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;;
1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;;
622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;;
2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;;
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]]
*Légende: 
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;&gt;0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;&lt;0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;&gt;0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;&lt;0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0
390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0
total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1
diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0
 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;;
comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7
continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74
;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609
&lt;/pre&gt;

====rru autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449;
;&amp;tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&amp;tRNA;2731721;95;comp
fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp
deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp
;&amp;tRNA;117325;299;comp;;;&amp;tRNA;1465406;139;;;;&amp;tRNA;2735247;66;comp
fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&amp;tRNA;2735389;180;comp
deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp
;&amp;tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp
fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp
deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&amp;tRNA;2962229;171;comp
16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;;
;&amp;tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp
;&amp;tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&amp;tRNA;3125185;343;comp
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5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&amp;tRNA;3126888;27;comp
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&lt;/pre&gt;
====rru intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb;
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;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;;
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;;;98;;150;;202;150;;
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;;;175;;215;;284;237;;
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;;;73;comp’;126;;'''-;738;'''comp’;'''cumuls
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;;;430;;103;;140;148;'''fin;
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;;;103;comp’;387;;269;261;total;34
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;;comp’;187;comp’;179;;295;319;;
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;;comp’;269;;118;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
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;;taux;61%;69%;65%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===oan===
====oan opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s  4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
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;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
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;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
&lt;comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
&gt;comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
&lt;;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
&lt;/pre&gt;

====oan cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]]
&lt;pre&gt;
oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81
&lt;/pre&gt;

====oan blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]]
&lt;pre&gt;
oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
&lt;/pre&gt;
*Détails
&lt;pre&gt;
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;
&lt;/pre&gt;

====oan distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====oan1 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;;
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;;
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;;
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;;
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;;
1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;;
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;;
26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;;
20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;
;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan1 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;85;261;;
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj   f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj   f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj  j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj  j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj   f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;
deb;;CDS;2886536;2887183;84;
&lt;/pre&gt;

====oan2 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;;
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;;
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;;
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;;
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;;
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan2 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
deb;;CDS;1067405;1068742;131;*;
;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
fin;;CDS;1218024;1218500;;;
deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*;
;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*;
fin;;CDS;1275426;1275572;;;
deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*;
;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
fin;;CDS;1328998;1329948;;;
deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*;
;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
fin;;CDS;1334226;1337393;;;
deb;;CDS;1473437;1474405;269;*;
;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;
&lt;/pre&gt;

===abq===
====abq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s  9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;*
;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;*
;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;*
comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;*
comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;*
comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;*
;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;*
comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;*
comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;*
comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;*
comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;*
comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;*
;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;*
;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;*
;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;*
;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;*
comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;*
;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;*
;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;*
;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;*
comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;*
;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;*
comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;*
;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;*
comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;*
comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;*
comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;*
comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;*
comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;*
comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;*
comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;*
comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;*
;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;*
comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;*
comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;*
comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;*
;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;*
comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;*
comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;*
comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;*
comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;*
comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;*
;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;*
;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;*
comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;*
comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;*
comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;*
;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;*
;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;*
;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;*
comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;*
comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;*
comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;*
comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;*
;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;*
;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;*
;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;*
comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;*
;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;*
;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;*
plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
&gt;comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;*
comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;*
;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;*
;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
&lt;comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;*
comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;*
;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====abq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]]
&lt;pre&gt;
abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71
&lt;/pre&gt;

====abq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]]
&lt;pre&gt;
abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL &amp; GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 &gt;1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;;
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;;
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;;
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;
&lt;/pre&gt;

====abqp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;;
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;;
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;;
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;;
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;;
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;;
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;;
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;;
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;;
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;;
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;;
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;;
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;;
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abqp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;
&lt;/pre&gt;

===abs===
====abs opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s  5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
&lt;comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
&gt;;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
&lt;/pre&gt;

====abs cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]]
&lt;pre&gt;
abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72
&lt;/pre&gt;

====abs blocs====
=====abs blocs abrégé=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]]
&lt;pre&gt;
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL &amp; GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic  P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
&lt;/pre&gt;

=====abs blocs tableau=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]]
&lt;pre&gt;
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds &lt; 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
&lt;/pre&gt;

=====abs abq blocs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_abq_blocs|abs abq blocs]]
*Note: attention pour les couleurs de &amp; (EAL &amp; GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;*    CHA1;;*  comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;*    CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;*  hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;*  modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;*  déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;*   ;;*   d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;*   recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;*  insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;*  bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;*  comp;;*  réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;*  recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;*
comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;93530..94258;cds;60;243;SDR fam;*  CHA;;;;;2781933..2783774;cds;187;614;EAL &amp; GGDEF;*    CHA
comp;94319..94395;agg;175;;;*;;;;comp;2783962..2784077;$5s;129;§116;;*
;94571..96262;cds;;564;@hp;*  hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
comp;131833..132117;cds;206;95;YggT fam;*;;;;comp;2787321..2787397;atc;108;;;*
;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
comp;132540..133586;cds;;349;@DMT fam;*  modif;;;;comp;2789503..2790207;cds;;235;PAP2 fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;cds;170;167;xanthine;*;;;;;2843264..2843443;cds;77;60;hp;*
;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*    
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&amp;23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
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;1157455..1157530;ttc;178;;;*;;;;;;;;;;*
;1157709..1158686;cds;;326;fucosyl;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;629856..631229;cds;154;458;tetratricopep;*   PL1H;;;;comp;1441708..1443066;cds;153;453;hp;*   PL1H
;631384..631458;acc;1;;;*;;;;;1443220..1443294;acc;1;;;*
;631460..631535;gcg;99;;;*;;;;;1443296..1443371;gcg;99;;;*
;631635..631711;gac;35;;;*;;;;;1443471..1443547;gac;44;;;*
;631747..631821;gtc;1;;;*;;;;;1443592..1443666;gtc;1;;;*
;631823..631896;cag;153;;;*;;;;;1443668..1443741;cag;137;;;*
;632050..632259;cds;;70;@hp;*   comp;;;;comp;1443879..1446428;cds;;850;@dip ABC;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;1577667..1578095;cds;457;143;DUF1489;*   PL1I;;;;;1566394..1566612;cds;193;73;@hp;*   PL1I
;1578553..1580043;$16s;110;§1491;@ ;*  bloc?;;;;comp;1566806..1566921;$5s;128;§116;;*
;1580154..1580230;atc;31;;;*;;;;comp;1567050..1569802;$23s;254;§2753;;*
;1580262..1580337;gca;269;;;*;;;;comp;1570057..1570132;gca;30;;;*
;1580607..1581986;&amp;23s°;100;§1380;;*  réunion;;;;comp;1570163..1570239;atc;94;;;*
;1582087..1582616;&amp;23s°;123;§530;;*;;;;comp;1570334..1571834;$16s;444;§1501;@ ;*
;1582740..1582855;$5s;100;§116;;*;;;;comp;1572279..1572707;cds;;143;DUF1489;*
;1582956..1583032;atgf;706;;;*  d’où?;;;;;;;;;;
;1583739..1585157;cds;;473;@pyruvate kin;*  comp;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;338004..339383;cds;116;460;hp;*   PL1J;;;;;1723583..1724962;cds;94;460;hp;*   PL1J
comp;339500..339586;ctc;257;;;*;;;;comp;1725057..1725143;ctc;475;;;*
comp;339844..340836;cds;;331;@ab hydrolase;*  comp;;;;;1725619..1726311;cds;;231;FadR fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;474173..477079;cds;298;969;PAS dom;*   PL1K;;;;;1757680..1760568;cds;308;963;PAS dom;*   PL1K
;477378..477464;ctg;30;;;*;;;;;1760877..1760963;ctg;29;;;*
;477495..477570;gcc;238;;;*;;;;;1760993..1761068;gcc;247;;;*
;477809..478123;cds;;105;@hp;*  comp;;;;comp;1761316..1761840;cds;;175;@Hx-t-Hx;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;599223..600230;cds;245;336;inorganic  P;*;;;;;1854042..1855049;cds;135;336;inorganic  P;*
comp;600476..600550;ggc;351;;;*;;;;comp;1855185..1855259;ggc;243;;;*
;600902..602071;cds;;390;@AG cyclase;*   recomb;;;;;1855503..1858685;cds;;1061;@AAA fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
&gt;comp;699265..699846;cds;210;194;p-hp;*   PL1L;;;;&gt;comp;1883235..1883816;cds;210;194;P-hp;*   PL1L
;700057..700132;aac;4;;;*;;;;;1884027..1884102;aac;4;;;*
;700137..700213;gac;32;;;*;;;;;1884107..1884183;gac;32;;;*
comp;700246..700851;cds;;202;hp;*;;;;comp;1884216..1884821;cds;;202;hp;*
plasmide2;;;;;;*;;;;plasmide2;;;;;;*
;271302..272090;cds;529;263;@ATP bind;*  comp;;;;comp;51090..51836;cds;481;249;sigma-70 fam;*
;272620..272695;tgg;480;;;*;;;;comp;52318..52393;tgg;363;;;*
;273176..273922;cds;;249;sigma-70 fam;*;;;;;52757..53587;cds;;277;@hp;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;449562..450338;cds;465;259;@IclR fam;*    modif;;;;comp;809229..810019;cds;870;264;@IS5 fam;*
;450804..452289;$16s;584;§1486;;*;;;;comp;810890..810966;atgf;96;;;*
;452874..453640;&amp;23s°;128;§767;;*;;;;comp;811063..811178;$5s;127;§116;;*
;453769..453884;$5s;101;§116;;*;;;;comp;811306..814058;$23s;266;§2753;;*
;453986..454062;atgf;359;;;*;;;;comp;814325..814400;gca;30;;;*
comp;454422..457751;cds;;1110;@NERD dom;*  comp;;;;comp;814431..814507;atc;108;;;*
;;;;;;;;;;comp;814616..816106;$16s;452;§1491;;*
;;;;;;;;;;comp;816559..817443;cds;;295;@Hx-t-Hx dom;*
plasmide4;;;;;;;;;;plasmide4;;;;;;*
;2176963..2177427;cds;107;155;@membrane p;*    comp;;;;;196992..199346;cds;148;785;mecano ion;*   PL4A
comp;2177535..2177610;gcc;30;;;*  ;;;;;199495..199581;ctg;30;;;*
comp;2177641..2177727;ctg;135;;;*  CH;;;;;199612..199687;gcc;188;;;*
comp;2177863..2180208;cds;;782;mecano ion;*;;;;;199876..201333;cds;;486;@hp;*
;;;;;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;cds;208;637;@polymerase;*   recomb;;;;;237538..238578;cds;92;347;@response reg;*  PL4B
comp;248896..248972;cgg;96;;;*;;;;comp;238671..238747;cgg;96;;;*
comp;249069..249983;cds;;305;ab hydrolase;*  PL4B;;;;comp;238844..239821;cds;;326;ab hydrolase;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
;319641..319943;cds;134;101;STAS dom;*;;;;comp;257739..258470;cds;125;244;lipoyl LipB;*
comp;320078..320164;ctc;125;;;*;;;;;258596..258682;ctc;123;;;*
;320290..321018;cds;;243;lipoyl LipB;*;;;;comp;258806..259108;cds;;101;STAS dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;cds;281;387;PQQ;*;;;;comp;399367..400527;cds;278;387;PQQ;*
comp;402509..402624;$5s;129;§116;;*;;;;comp;400806..400921;$5s;129;§116;;*
comp;402754..403402;&amp;23s°;106;§649;;*;;;;comp;401051..403803;$23s;255;§2753;;*
comp;403509..403880;&amp;16s°;502;§372;;*;;;;comp;404059..404134;gca;30;;;*
comp;404383..404577;cds;;65;hp;*;;;;comp;404165..404241;atc;108;;;*
;;;;;;*;;;;comp;404350..405850;$16s;502;§1501;;*
;501394..501756;cds;95;121;response reg;*;;;;comp;406353..406547;cds;;65;hp;*
;501852..501927;aac;4;;;*;;;;;;;;;;*
;501932..502008;gac;4;;;*;;;;;504531..504893;cds;82;121;response reg;*
;502013..502087;ggc;102;;;*;;;;;504976..505051;aac;3;;;*
comp;502190..502957;cds;83;256;Hx-t-Hx;*;;;;;505055..505131;gac;4;;;*
;503041..503667;cds;249;209;pyridoxamine;*;;;;;505136..505210;ggc;102;;;*
comp;503917..504474;&amp;16s°;547;§558;;*;;;;comp;505313..506080;cds;83;256;Hx-t-Hx;*
;505022..506005;cds;;328;@lytic dom;*    modif;;;;;506164..506790;cds;202;209;pyridoxamine;*
;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
comp;601019..603679;cds;358;887;bif CoA;*;;;;comp;507236..509988;$23s;266;§2753;;*
;604038..604113;ttc;318;;;*;;;;comp;510255..510330;gca;30;;;*
&gt;;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;*   recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
&gt;comp;131140..131621;cds;193;161;p-erythrose;*   ;;;;;512654..513568;cds;;305;@lytic dom;*
;131815..131891;atgf;202;;@ ;*  d’où?;;;;;;;;;;*
comp;132094..132276;cds;;61;hp;*;;;;comp;588108..590768;cds;340;887;bif CoA;*
;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*
&lt;/pre&gt;
====abs distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_distribution|abs distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 &gt;1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abs données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;;
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;;
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;;
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abs autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;
&lt;/pre&gt;

====absp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;;
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;;
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;;
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;;
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;;
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;;
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;;
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====absp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;
&lt;/pre&gt;

===agr===
====agr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]]
&lt;pre&gt;
59.3%GC;29.12.19 Paris;16s  5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
&lt;;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
&gt;;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
&gt;;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====agr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]]
&lt;pre&gt;
agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71
&lt;/pre&gt;

====agr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]]
&lt;pre&gt;
agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====agr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====agrc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;;
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;;
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;;
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;;
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;
&lt;/pre&gt;

====agrl données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;;
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;;
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;;
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;;
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;;
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;;
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;;
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;;
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;
;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrl autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;
&lt;/pre&gt;

===aua===
====aua opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]]
&lt;pre&gt;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
&gt;;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp &lt;;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;
&lt;/pre&gt;

====aua cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]]
&lt;pre&gt;
aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69
&lt;/pre&gt;

====aua blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]]
&lt;pre&gt;
CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein
&lt;/pre&gt;
====aua distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13
&lt;/pre&gt;
====aua données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;;
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;;
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;;
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;;
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====aua autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;aua;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;
&lt;/pre&gt;

===alpha synthèse===
====alpha distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
alpha8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]]
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
&lt;/pre&gt;

====alpha par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38
&lt;/pre&gt;
====alpha, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est  19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959
&lt;/pre&gt;

===cvi===
====cvi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s  8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====cvi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;8;1;0;-
;16 23 5s 0;0;20;16;2
;16 atc gca;8;40;20;
;16 23 5s a;0;60;6;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;6
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;16;140;0;
sans ;opérons;37;160;0;
;1 aa;22;180;0;
;max a;12;200;0;
;a doubles;12;;1;
;total aas;82;;45;8
total aas;;98;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;;
;;;variance;;
sans jaune;;;moyenne;26;86
;;;variance;18;0
&lt;/pre&gt;

====cvi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]]
&lt;pre&gt;
cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]]
&lt;pre&gt;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc
0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc
1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac
1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta
2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta
0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta
0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg
0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg
1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa
0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;;
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;;
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;;
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;;
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;;
0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;;
3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;;
25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;;
22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;;
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;;
;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;;
;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;;
;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;;
;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;;
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cvi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cvi;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;242272;116;comp;
;regulatory;243048;76;;
fin;CDS;243272;;;
deb;CDS;419401;506;comp;
;rRNA;421224;182;;16s
;tRNA;422942;86;;atc
;tRNA;423105;253;;gca
;rRNA;423434;127;;23s
;rRNA;426450;137;;5s
fin;CDS;426702;;comp;
deb;CDS;500524;447;;
;rRNA;502189;82;;16s
;tRNA;503807;12;;atc
;tRNA;503896;254;;gca
;rRNA;504226;124;;23s
;rRNA;507239;280;;5s
fin;CDS;507634;;;
deb;CDS;521304;119;comp;
;regulatory;522458;124;;
fin;CDS;522848;;;
deb;CDS;526333;31;;
;ncRNA;526676;12;;
fin;CDS;526872;;;
deb;CDS;578634;106;comp;
;ncRNA;581905;130;;
fin;CDS;582495;;;
deb;CDS;680663;177;comp;
;tRNA;682034;58;comp;ttg
fin;CDS;682177;;comp;
deb;CDS;758940;152;comp;
;tRNA;759824;57;;tac
fin;CDS;759966;;comp;
deb;CDS;877002;858;comp;
;tRNA;878775;19;comp;agg
fin;CDS;878869;;comp;
deb;CDS;952811;49;;
;tRNA;955155;329;;gcg
fin;CDS;955560;;;
deb;CDS;975236;19;;
;tRNA;975612;91;;ctc
fin;CDS;975788;;;
deb;CDS;996781;89;comp;
;regulatory;998457;72;;
fin;CDS;998621;;;
deb;CDS;1006022;155;;
;tRNA;1006822;6;;ttc
;tRNA;1006904;51;;ttc
fin;CDS;1007031;;;
deb;CDS;1057229;62;;
;tRNA;1058518;6;;agc
;tRNA;1058618;3;;cgt
;tRNA;1058698;110;;gaa
deb;CDS;1058883;173;comp;
;tRNA;1061741;3;comp;gaa
;tRNA;1061819;7;comp;cgt
;tRNA;1061903;5;comp;gaa
;tRNA;1061983;46;comp;cgt
fin;CDS;1062106;;;
deb;CDS;1153105;370;;
;rRNA;1154027;182;;16s
;tRNA;1155745;86;;atc
;tRNA;1155908;254;;gca
;rRNA;1156238;124;;23s
;rRNA;1159251;189;;5s
fin;CDS;1159555;;;
deb;CDS;1262223;190;;
;tRNA;1263556;120;comp;tcg
fin;CDS;1263766;;comp;
deb;CDS;1272648;435;;
;tRNA;1273710;180;;atgf
fin;CDS;1273967;;comp;
deb;CDS;1292860;191;;
;repeat_region;1293342;324;;
fin;CDS;1295441;;;
deb;CDS;1376752;101;;
;tRNA;1377435;23;;ggc
;tRNA;1377534;22;;ggc
;tRNA;1377632;24;;ggc
;tRNA;1377732;29;;ggc
;tRNA;1377837;45;;ggc
;tRNA;1377958;425;;tgc
fin;CDS;1378457;;comp;
deb;CDS;1385508;707;comp;
;tRNA;1387010;183;;tta
fin;CDS;1387278;;;
deb;CDS;1418833;136;comp;
;tRNA;1420085;182;;gtc
fin;CDS;1420344;;;
deb;CDS;1427387;30;;
;tRNA;1427771;204;;ccc
fin;CDS;1428052;;;
deb;CDS;1432303;98;comp;
;tRNA;1433244;32;comp;aac
;tRNA;1433352;31;comp;aac
;tRNA;1433459;211;comp;aac
fin;CDS;1433746;;;
deb;CDS;1451057;323;comp;
;repeat_region;1452712;105;;
fin;CDS;1454130;;comp;
deb;CDS;1458879;179;;
;repeat_region;1461308;144;;
fin;CDS;1462645;;;
deb;CDS;1644076;439;;
;rRNA;1646828;182;;16s
;tRNA;1648546;86;;atc
;tRNA;1648709;253;;gca
;rRNA;1649038;124;;23s
;rRNA;1652051;89;;5s
;rRNA;1652255;154;;5s
fin;CDS;1652524;;comp;
deb;CDS;1689363;107;comp;
;regulatory;1690517;42;comp;
fin;CDS;1690745;;comp;
deb;CDS;1744930;59;;
;tRNA;1746117;53;;tcc
;tRNA;1746261;360;;tcc
fin;CDS;1746712;;;
deb;CDS;1786722;25;;
;tRNA;1786963;15;;
fin;CDS;1787071;;;
deb;CDS;1899096;223;;
;repeat_region;1900978;157;;
fin;CDS;1902728;;comp;
deb;CDS;1975805;93;;
;tRNA;1978844;66;;aac
fin;CDS;1978986;;comp;
deb;CDS;2093021;230;;
;tRNA;2094372;26;;cac
;tRNA;2094474;45;;cac
;tRNA;2094595;27;;cac
;tRNA;2094698;18;;aga
;tRNA;2094793;225;;cca
fin;CDS;2095095;;comp;
deb;CDS;2186305;69;;
;tmRNA;2186992;205;;
fin;CDS;2187562;;;
deb;CDS;2192639;145;comp;
;regulatory;2193399;4;comp;
;regulatory;2193502;65;comp;
fin;CDS;2193653;;comp;
deb;CDS;2337863;-1;;
;ncRNA;2338135;0;;
fin;CDS;2338210;;;
deb;CDS;2511015;130;comp;
;tRNA;2511625;46;comp;tca
fin;CDS;2511759;;comp;
deb;CDS;2560167;264;comp;
;ncRNA;2560755;168;comp;
fin;CDS;2561022;;;
deb;CDS;2745389;71;comp;
;tRNA;2747299;7;comp;gac
;tRNA;2747383;48;comp;gta
fin;CDS;2747507;;comp;
deb;CDS;2852349;182;comp;
;tRNA;2853221;70;;cta
fin;CDS;2853376;;comp;
deb;CDS;3186574;49;comp;
;tRNA;3187082;411;;aca
fin;CDS;3187569;;;
deb;CDS;3256344;205;comp;
;tRNA;3257362;151;;gcc
fin;CDS;3257589;;comp;
deb;CDS;3261178;303;comp;
;tRNA;3262246;8;;gcc
;tRNA;3262330;11;;gaa
;tRNA;3262417;106;;gcc
fin;CDS;3262599;;comp;
deb;CDS;3368966;415;comp;
;rRNA;3371478;124;comp;5s
;rRNA;3371717;254;comp;23s
;tRNA;3374860;12;comp;gca
;tRNA;3374948;82;comp;atc
;rRNA;3375107;439;comp;16s
fin;CDS;3377082;;comp;
deb;CDS;3447322;50;comp;
;regulatory;3448389;124;comp;
fin;CDS;3448608;;;
deb;CDS;3471644;212;comp;
;tRNA;3472822;12;;gta
;tRNA;3472910;26;;gac
;tRNA;3473013;12;;gta
;tRNA;3473101;26;;gac
;tRNA;3473204;12;;gta
;tRNA;3473292;26;;gac
;tRNA;3473395;12;;gta
;tRNA;3473483;27;;gac
;tRNA;3473587;6;;gta
;tRNA;3473670;27;;gac
;tRNA;3473774;6;;gtg
;tRNA;3473857;163;;gac
fin;CDS;3474097;;;
deb;CDS;3621600;170;;
;tRNA;3622292;55;;ggg
fin;CDS;3622421;;;
deb;CDS;3727029;40;comp;
;regulatory;3728158;14;comp;
;regulatory;3728271;172;comp;
fin;CDS;3728534;;comp;
deb;CDS;3818863;213;comp;
;rRNA;3820120;124;comp;5s
;rRNA;3820359;253;comp;23s
;tRNA;3823501;86;comp;gca
;tRNA;3823663;182;comp;atc
;rRNA;3823922;437;comp;16s
deb;CDS;3825895;73;comp;
;tRNA;3828836;51;;ctg
;tRNA;3828974;33;;ctg
;tRNA;3829094;57;;ctg
;tRNA;3829238;651;;ctg
fin;CDS;3829976;;comp;
deb;CDS;3854191;770;comp;
;tRNA;3855180;61;comp;acg
;tRNA;3855317;78;comp;ccg
;tRNA;3855472;97;comp;ccg
fin;CDS;3855646;;;
deb;CDS;4058859;201;comp;
;tRNA;4059834;92;comp;atgi
fin;CDS;4060005;;comp;
deb;CDS;4244169;101;;
;rRNA;4244591;124;comp;5s
;rRNA;4244830;253;comp;23s
;tRNA;4247972;86;comp;gca
;tRNA;4248134;182;comp;atc
;rRNA;4248393;450;comp;16s
fin;CDS;4250379;;;
deb;CDS;4324029;747;comp;
;tRNA;4325718;151;comp;atgf
fin;CDS;4325946;;comp;
deb;CDS;4388195;89;comp;
;tRNA;4389268;6;comp;caa
fin;CDS;4389349;;comp;
deb;CDS;4401196;137;comp;
;tRNA;4402077;265;;cgg
fin;CDS;4402419;;comp;
deb;CDS;4433423;206;;
;rRNA;4434130;124;comp;5s
;rRNA;4434369;253;comp;23s
;tRNA;4437511;86;comp;gca
;tRNA;4437673;182;comp;atc
;rRNA;4437932;391;comp;16s
fin;CDS;4439859;;;
deb;CDS;4472951;87;;
;tRNA;4474196;35;;atgj
;tRNA;4474308;125;;atgj
fin;CDS;4474510;;;
deb;CDS;4529035;86;comp;
;tRNA;4529616;179;comp;acc
fin;CDS;4529870;;comp;
deb;CDS;4531632;64;comp;
;tRNA;4532053;10;comp;tgg
deb;CDS;4532139;40;comp;
;tRNA;4533370;24;comp;acc
;tRNA;4533469;52;comp;gga
;tRNA;4533595;139;comp;tac
fin;CDS;4533819;;comp;
deb;CDS;4549877;87;comp;
;regulatory;4551002;131;;
fin;CDS;4551282;;;
deb;CDS;4586188;194;comp;
;tRNA;4586712;38;comp;aaa
;tRNA;4586826;35;comp;aag
;tRNA;4586937;28;comp;aaa
;tRNA;4587041;37;comp;aag
;tRNA;4587154;130;comp;aaa
fin;CDS;4587360;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cvi intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;;
cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2
;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1
;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2
;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1
;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1
;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4
;'''total 4282;&lt;201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul,t %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;66;680;2
1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3
2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5
667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2
448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1
357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5
707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2
139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1
1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2
2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1
669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1
2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1
1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4
3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1
2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2
2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0
869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1
2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0
664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1
2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1
561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0
1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1
27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1
3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2
914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0
344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0
1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0
1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0
3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0
34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1
136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0
2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1
1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0
3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1
2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0
;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0
;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0
;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0
;;36;12;300;22;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;19;1060;0
;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1
;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0
;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0
;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1
;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0
;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0
;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0
;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0
;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1
'''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0
4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1
1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0
1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1
4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0
3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4
3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282
3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;;
4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;;
2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;;
1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;;
3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;;
834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;;
2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;;
2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;;
4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;;
283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;;
226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;;
387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;;
1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;;
4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;;
3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;;
4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;;
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&amp;-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&amp;204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118
10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;&gt;0;1097;-2;3;0
20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;&lt;0;69;-3;0;0
30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375
40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0
50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0
60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;&gt;0;2414;-7;2;10
70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;&lt;0;687;-8;0;56
80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0
90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6
100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31
110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0
120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10
130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21
140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0
150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4
160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16
170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0
180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3
190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12
200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0
210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1
220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4
230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0
240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2
250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3
260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0
270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0
280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2
290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0
300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1
310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0
320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0
330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0
340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1
350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0
360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0
370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2
380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0
390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1
400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1
reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0
total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0
diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3
 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6
continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69
;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687
&lt;/pre&gt;

====cvi autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;1377435;23;;;;&amp;tRNA;3262246;8;;;;&amp;tRNA;4533469;52;comp
;&amp;tRNA;1377534;22;;;;&amp;tRNA;3262330;11;;;;&amp;tRNA;4533595;139;comp
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;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;177;;58;;19;6;deb;
;;comp’;152;comp’;57;;25;10;&lt;201;22
;;;858;;19;;30;15;total;27
;;;49;;329;;40;19;taux;81%
;;;19;;91;;49;46;;
;6;;155;;51;;59;48;fin;
;6  3;;62;comp’;110;;62;51;&lt;201;20
;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25
;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80%
;;;435;comp’;180;;86;91;;
;;;191;;324;;87;92;total;
;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;&lt;201;42
;;comp’;707;;183;;93;125;total;52
;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81%
;;;30;;204;;101;139;;
;32 31;;98;comp’;211;;130;151;;
;53;;59;;360;;155;163;;
;;;25;;15;;170;179;;
;;;93;comp’;66;;173;182;;
;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;;
;;;130;;46;;191;204;;
;7;;71;;48;;194;324;;
;;comp’;182;comp’;70;;201;329;;
;;comp’;49;;411;;230;360;;
;;comp’;205;comp’;151;;435;411;;
;8  11;comp’;303;comp’;106;;747;;;
;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls
;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb;
;;;170;;55;;73;57;&lt;201;7
;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12
;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58%
;;;201;;92;;152;97;;
;;;747;;151;;182;106;fin;
;;;89;;6;;190;110;&lt;201;9
;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14
;35;;87;;125;;212;180;taux;64%
;;;86;;179;;303;211;;
;;;64;;10;;707;225;total;
;24 52;;40;;139;;770;265;&lt;201;16
;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26
;;;;;;;-;651;taux;62%
;;;;;;;;;;
continu + comp’;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;29;58;;;;;;;
total;39;39;78;;;;;;;
taux;74%;74%;74%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;
&lt;/pre&gt;

====beta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est  52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281
&lt;/pre&gt;

====cvi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]]
*code génétique cvi
&lt;pre&gt;
cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;

===ade===
====ade opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s  2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;
&lt;/pre&gt;

====ade cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;2;1;0;
;16 23 5s 0;0;20;2;
;16 atc gca;2;40;2;2
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;4;140;2;
sans ;opérons;33;160;0;
;1 aa;27;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;0;;2;
;total aas;45;;12;2
total aas;;49;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;93;
;;;variance;90;
sans jaune;;;moyenne;39;22
;;;variance;24;0
&lt;/pre&gt;

====ade blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]]
&lt;pre&gt;
ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558
&lt;/pre&gt;
====ade distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]]
&lt;pre&gt;
delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;
;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;
;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;
;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;;
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;;
;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;;
;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75;
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;;
;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc
;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;;
1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca
2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra
1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;;
;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac
;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag
;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga
1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac
;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga
;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga
;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca
;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc
;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg
;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca
;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc
;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt
;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;
;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;
;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;
;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;
;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;
;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;
;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;
;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;
1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;;
21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;;
20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;;
0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;;
;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;
;;;;;;4569;;total;102;713;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ade autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ade;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7060;91;;
;tRNA;8147;44;;caa
fin;CDS;8265;;;
deb;CDS;20441;158;;
;tRNA;21040;220;;ttc
fin;CDS;21333;;comp;
deb;CDS;432722;119;comp;
;tRNA;433303;79;comp;ggg
fin;CDS;433458;;comp;
deb;CDS;664814;456;comp;
;tRNA;666509;6;comp;gac
;tRNA;666592;157;comp;gta
fin;CDS;666824;;;
deb;CDS;691951;157;comp;
;tRNA;693146;333;comp;ctg
fin;CDS;693563;;;
deb;CDS;849021;53;;
;tRNA;851483;36;;atgi
fin;CDS;851592;;;
deb;CDS;883315;64;;
;repeat_region;883709;98;;
fin;CDS;886703;;comp;
deb;CDS;887392;77;comp;
;repeat_region;888746;95;;
fin;CDS;892587;;;
deb;CDS;1055941;68;;
;tRNA;1057311;105;comp;gcg
fin;CDS;1057492;;;
deb;CDS;1305647;350;comp;
;tRNA;1306222;105;comp;ccc
fin;CDS;1306401;;comp;
deb;CDS;1311419;33;comp;
;ncRNA;1312049;302;comp;
fin;CDS;1312542;;;
deb;CDS;1441648;14;;
;tRNA;1442379;111;;tgc
fin;CDS;1442562;;;
deb;CDS;1492304;691;;
16s;rRNA;1495545;187;;
;tRNA;1497290;22;;atc
;tRNA;1497390;194;;gca
23s;rRNA;1497660;152;;
5s;rRNA;1500801;75;;
fin;CDS;1500993;;comp;
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;tRNA;1509186;60;;cag
;tRNA;1509320;130;;gag
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;tRNA;1819377;53;;atgf
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;regulatory;1969289;108;;
fin;CDS;1969480;;;
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;tRNA;2235670;77;;gtc
fin;CDS;2235819;;;
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;tRNA;2314981;92;comp;tga
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;tRNA;2376009;437;;gtg
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;tRNA;2653452;100;;ttg
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;tRNA;2680790;110;;ctc
fin;CDS;2680982;;comp;
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;tRNA;3029047;184;;aac
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;tRNA;3079786;187;comp;atc
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fin;CDS;3082199;;comp;
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;tRNA;3144286;306;comp;aaa
fin;CDS;3144664;;comp;
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;tRNA;3156732;694;;gaa
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;tRNA;3253990;130;;cgg
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deb;CDS;3372825;107;;
;tmRNA;3373094;219;;
fin;CDS;3373664;;;
deb;CDS;3793550;226;;
;tRNA;3793996;386;comp;ccg
fin;CDS;3794456;;comp;
deb;CDS;3805030;111;;
;tRNA;3806164;127;;tta
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deb;CDS;3914337;81;comp;
;tRNA;3915708;63;comp;cta
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deb;CDS;3919322;179;comp;
;tRNA;3920245;248;comp;aag
;tRNA;3920566;142;comp;aga
;tRNA;3920782;18;comp;cac
;tRNA;3920873;134;comp;cga
;tRNA;3921081;76;comp;cca
fin;CDS;3921231;;comp;
deb;CDS;4031625;149;;
;regulatory;4032113;67;;
fin;CDS;4032337;;;
deb;CDS;4120462;34;;
;tRNA;4121675;246;comp;ggc
fin;CDS;4121996;;;
deb;CDS;4164508;430;;
;ncRNA;4166687;43;comp;
fin;CDS;4167140;;comp;
deb;CDS;4193348;55;comp;
;ncRNA;4195209;68;comp;
;tRNA;4195371;278;comp;tcc
;tRNA;4195739;50;comp;tcg
fin;CDS;4195880;;comp;
deb;CDS;4454313;715;comp;
;tRNA;4456675;27;;tca
;tRNA;4456792;73;;agc
;tRNA;4456957;492;;cgt
fin;CDS;4457526;;;
&lt;/pre&gt;

====ade intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]]
*'''Intercalaires entre cds, Tableau'''
&lt;pre&gt;
ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;;
ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5
;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3
;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2
;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0
;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3
;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1
;'''total 4464;&lt;201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;89;680;1
4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1
3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1
4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1
3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2
3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1
2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2
4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2
1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0
427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0
540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0
1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1
1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1
4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1
4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1
104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1
4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1
1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1
2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1
2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0
3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0
494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0
3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1
4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0
1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1
3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0
4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0
3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0
3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0
2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1
1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0
4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1
3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0
1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0
4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1
4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0
;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0
;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0
;;36;13;300;20;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;22;1060;0
;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0
;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2
;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0
;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0
;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0
;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1
;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0
adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0
3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0
4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1
1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0
4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0
4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0
3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0
3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3
2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464
3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;;
1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;;
4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;;
1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;;
526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;;
1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;;
178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;;
4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;;
1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;;
1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;;
1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;;
3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;;
23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;;
157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;;
4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;;
3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;;
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&amp;-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&amp;2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&amp;218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&amp;149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;&gt;0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;&lt;0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;&gt;0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;&lt;0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14
continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102
;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713
&lt;/pre&gt;

====ade autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp
;&amp;tRNA;8147;44;;;;&amp;tRNA;1819377;53;;;;&amp;tRNA;3144286;306;comp
fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp
deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78;
;&amp;tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&amp;tRNA;3156732;694;
fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;;
deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp
;&amp;tRNA;433303;79;comp;;;&amp;tRNA;2235670;77;;;;&amp;tRNA;3253990;130;
fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;;
deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107;
;&amp;tRNA;666509;6;comp;;;&amp;tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219;
;&amp;tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;;
fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226;
deb;°CDS;691951;157;comp;;;&amp;tRNA;2337031;222;comp;;;&amp;tRNA;3793996;386;comp
;&amp;tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp
fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111;
deb;°CDS;849021;53;;;;&amp;tRNA;2376009;437;;;;&amp;tRNA;3806164;127;
;&amp;tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp
fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp
deb;°CDS;883315;64;;;;&amp;tRNA;2429718;111;comp;;;&amp;tRNA;3915708;63;comp
;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;;
fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp
deb;°CDS;887392;77;comp;;;&amp;tRNA;2623942;15;comp;;;&amp;tRNA;3920245;248;comp
;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&amp;tRNA;3920566;142;comp
fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&amp;tRNA;3920782;18;comp
deb;°CDS;1055941;68;;;;&amp;tRNA;2625463;22;comp;;;&amp;tRNA;3920873;134;comp
;&amp;tRNA;1057311;105;comp;;;&amp;tRNA;2625558;63;comp;;;&amp;tRNA;3921081;76;comp
fin;°CDS;1057492;;;;;&amp;tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp
deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&amp;tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149;
;&amp;tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67;
fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;;
deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&amp;tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34;
;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&amp;tRNA;4121675;246;comp
fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;;
deb;°CDS;1441648;14;;;;&amp;tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430;
;&amp;tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp
fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp
deb;°CDS;1492304;691;;;;&amp;tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp
;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp
;&amp;tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&amp;tRNA;4195371;278;comp
;&amp;tRNA;1497390;194;;;;&amp;tRNA;3029047;184;;;;&amp;tRNA;4195739;50;comp
;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp
;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp
fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&amp;tRNA;4456675;27;
deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&amp;tRNA;4456792;73;
;&amp;tRNA;1509186;60;;;;&amp;tRNA;3079688;22;comp;;;&amp;tRNA;4456957;492;
;&amp;tRNA;1509320;130;;;;&amp;tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;;
fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;;
deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;91;;44;;3;15;deb;
;;;158;comp’;220;;9;36;&lt;201;20
;;;119;;79;;14;43;total;25
;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80%
;;;157;comp’;353;;38;50;;
;;;53;;36;;53;53;fin;
;;comp’;68;comp’;105;;53;76;&lt;201;16
;;;350;;105;;62;77;total;22
;;;14;;111;;65;79;taux;73%
;60;;3;comp’;130;;78;100;;
;;;9;comp’;96;;81;105;total;
;;;110;;53;;91;105;&lt;201;36
;;;38;;77;;91;106;total;47
;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77%
;;;406;comp’;222;;110;130;;
;;;53;;437;;111;184;;
;;comp’;190;comp’;111;;119;219;;
;;;62;;15;;157;306;;
;22 63 46;;65;;105;;158;386;;
;;comp’;124;;100;;179;437;;
;;;91;comp’;110;;230;492;;
;;comp’;94;;106;;350;694;;
;;comp’;161;;184;;406;-;;
;;;230;;306;;430;-;;
;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls
;;comp’;193;;130;;34;63;deb;
;;;107;;219;;68;92;&lt;201;7
;;comp’;226;;386;;94;96;total;9
;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78%
;;;81;comp’;63;;161;110;fin;
;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;&lt;201;9
;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13
;;;430;;43;;226;130;taux;69%
;278;;;;50;;715;156;;
;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total;
;;;;;;;-;222;&lt;201;16
;;;;;;;-;246;total;22
;;;;;;;-;353;taux;73%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;25;54;;;;;;;
total;34;35;69;;;;;;;
taux;85%;71%;78%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ade par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;
&lt;/pre&gt;
====delta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est  22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670
&lt;/pre&gt;

====ade remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]]
*code génétique ade
&lt;pre&gt;
ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

==epsilon==
===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299===
====ant opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]]
*notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX&quot;;*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*
&lt;/pre&gt;

====ant cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]]
*Notes: * pour les jaunes
&lt;pre&gt;
ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132
&lt;/pre&gt;

====ant blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant remarques====
====ant distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]]
*Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste &gt;1aa. aac est un double.
&lt;pre&gt;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55
&lt;/pre&gt;

====ant données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca
1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac
;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta
;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc
;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa
;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa
1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac
;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj
;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;
;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;;
6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;;
6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;;
2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;
;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;;
;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ant autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ant;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;167574;66;;
;tRNA;168501;447;;cga
fin;CDS;169025;;;
deb;CDS;237275;305;;
16s;rRNA;237928;111;;
;tRNA;239556;19;;atc
;tRNA;239652;301;;gca
23s;rRNA;240029;202;;
5s;rRNA;243148;354;;
fin;CDS;243618;;comp;
deb;CDS;302333;155;comp;
;tRNA;303316;10;;cca
;tRNA;303404;16;;cac
;tRNA;303497;61;;aga
;tRNA;303635;96;;cta
;tRNA;303816;70;;atgf
fin;CDS;303963;;;
deb;CDS;316375;110;;
;tRNA;317454;109;;atgf
fin;CDS;317640;;;
deb;CDS;373519;120;;
;tRNA;375862;5;;ttc
;tRNA;375943;65;;tac
fin;CDS;376093;;;
deb;CDS;597419;47;;
;tRNA;598534;208;;ttg
fin;CDS;598827;;;
deb;CDS;751446;73;comp;
;tRNA;753064;16;comp;gac
;tRNA;753157;3;comp;gta
;tRNA;753236;31;comp;gaa
;tRNA;753342;8;comp;aaa
;tRNA;753426;22;comp;gac
;tRNA;753525;3;comp;gta
;tRNA;753604;42;comp;gaa
;tRNA;753721;40;comp;aaa
fin;CDS;753837;;comp;
deb;CDS;833388;142;comp;
;tRNA;834121;93;comp;ctc
fin;CDS;834298;;comp;
deb;CDS;1445917;93;;
;tRNA;1449916;270;;gaa
fin;CDS;1450262;;;
deb;CDS;1615201;29;;
;tRNA;1615572;99;;gtc
fin;CDS;1615747;;;
deb;CDS;1703617;1;;
;tRNA;1703837;12;comp;atgf
;tRNA;1703926;117;comp;caa
fin;CDS;1704118;;;
deb;CDS;1907982;-5;;
;ncRNA;1908268;28;comp;
fin;CDS;1908619;;comp;
deb;CDS;2221719;242;comp;
;tRNA;2222768;33;comp;aac
;tRNA;2222876;72;comp;aac
fin;CDS;2223023;;comp;
deb;CDS;2282678;349;comp;
;tRNA;2283792;81;comp;tcc
;tRNA;2283962;39;comp;gga
;tRNA;2284078;15;comp;atgi
;tRNA;2284170;102;comp;agc
fin;CDS;2284362;;comp;
deb;CDS;2323802;12;;
;tRNA;2324879;167;comp;acc
5s;rRNA;2325122;202;comp;
23s;rRNA;2325440;300;comp;
;tRNA;2328657;19;comp;gca
;tRNA;2328752;111;comp;atc
16s;rRNA;2328940;378;comp;
fin;CDS;2330835;;comp;
deb;CDS;2425110;353;;
;tmRNA;2427398;181;comp;
fin;CDS;2427974;;comp;
deb;CDS;2581821;192;comp;
;tRNA;2583033;45;comp;tgc
;tRNA;2583154;16;comp;tca
;tRNA;2583259;143;comp;tta
fin;CDS;2583489;;;
deb;CDS;2637277;81;comp;
;tRNA;2637541;31;comp;tgg
fin;CDS;2637648;;comp;
deb;CDS;2637824;240;comp;
;tRNA;2639273;8;comp;gga
;tRNA;2639358;69;comp;tac
;tRNA;2639512;21;comp;aca
;tRNA;2639610;41;comp;ttc
fin;CDS;2639727;;comp;
deb;CDS;2656033;231;;
5s;rRNA;2656495;223;comp;
23s;rRNA;2656834;301;comp;
;tRNA;2660052;19;comp;gca
;tRNA;2660147;111;comp;atc
16s;rRNA;2660335;292;comp;
fin;CDS;2662144;;comp;
deb;CDS;2693436;95;;
;tRNA;2695547;16;;caa
;tRNA;2695638;7;;tta
;tRNA;2695732;14;;gga
;tRNA;2695823;16;;aaa
;tRNA;2695915;14;;atgf
;tRNA;2696006;12;;atgj
;tRNA;2696095;30;;aca
;tRNA;2696202;90;;tca
fin;CDS;2696381;;;
deb;CDS;2739487;88;comp;
;Regulatory;2740208;48;comp;
fin;CDS;2740399;;comp;
deb;CDS;2825449;163;;
;repeat_region;2825927;233;;
fin;CDS;2827303;;;
deb;CDS;3082950;143;;
;tRNA;3083318;173;comp;acc
5s;rRNA;3083567;202;comp;
23s;rRNA;3083885;273;comp;
;tRNA;3087075;19;comp;gca
;tRNA;3087170;111;comp;atc
16s;rRNA;3087358;462;comp;
fin;CDS;3089337;;;
&lt;/pre&gt;

====ant intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;;
ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762
;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65
;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313
;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248
;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182
;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100
;'''total 3095;&lt;201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;Cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;51
184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36
2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34
710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33
982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45
3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47
1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44
2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60
269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42
1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54
1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49
1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56
2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56
2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31
1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47
997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38
1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34
1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45
606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31
1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35
1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27
792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33
2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24
949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24
2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24
2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21
2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32
3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16
2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4
27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15
1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15
715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15
2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15
1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14
1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12
;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11
;;34;6;280;9;;total;827;210;9
;;35;7;290;5;;;;215;10
;;36;6;300;12;;'''intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;8
;;37;7;310;5;;600;3070;225;5
;;38;6;320;3;;620;3;230;8
;;39;°9;330;7;;640;2;235;6
;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10
;;;1246;350;2;150;680;1;245;6
;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3
;;;;370;2;;720;2;255;7
;;;;380;1;;740;1;260;6
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5
3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4
2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5
1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4
1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3
2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2
641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5
1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7
3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1
542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4
2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3
907463;-38;;;500;1;;980;;320;0
984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3
1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4
1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3
1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1
2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0
3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2
531215;-32;;;570;1;;;;355;2
642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1
1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1
2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1
2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58
3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;&gt;0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;&lt;0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;&gt;0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;&lt;0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;;
comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1
continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83
Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679
&lt;/pre&gt;

====ant autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp
;&amp;tRNA;168501;447;;;;&amp;tRNA;1449916;270;;;;&amp;tRNA;2637541;31;comp
fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp
deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp
;$rRNA;237928;111;;;;&amp;tRNA;1615572;99;;;;&amp;tRNA;2639273;8;comp
;&amp;tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&amp;tRNA;2639358;69;comp
;&amp;tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&amp;tRNA;2639512;21;comp
;$rRNA;240029;202;;;;&amp;tRNA;1703837;12;comp;;;&amp;tRNA;2639610;41;comp
;$rRNA;243148;354;;;;&amp;tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp
fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231;
deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp
;&amp;tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp
;&amp;tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&amp;tRNA;2660052;19;comp
;&amp;tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&amp;tRNA;2660147;111;comp
;&amp;tRNA;303635;96;;;;&amp;tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp
;&amp;tRNA;303816;70;;;;&amp;tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp
fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95;
deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&amp;tRNA;2695547;16;
;&amp;tRNA;317454;109;;;;&amp;tRNA;2283792;81;comp;;;&amp;tRNA;2695638;7;
fin;°CDS;317640;;;;;&amp;tRNA;2283962;39;comp;;;&amp;tRNA;2695732;14;
deb;°CDS;373519;120;;;;&amp;tRNA;2284078;15;comp;;;&amp;tRNA;2695823;16;
;&amp;tRNA;375862;5;;;;&amp;tRNA;2284170;102;comp;;;&amp;tRNA;2695915;14;
;&amp;tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&amp;tRNA;2696006;12;
fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&amp;tRNA;2696095;30;
deb;°CDS;597419;47;;;;&amp;tRNA;2324879;167;comp;;;&amp;tRNA;2696202;90;
;&amp;tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;;
fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp
deb;°CDS;751446;73;comp;;;&amp;tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp
;&amp;tRNA;753064;16;comp;;;&amp;tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp
;&amp;tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163;
;&amp;tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233;
;&amp;tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;;
;&amp;tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143;
;&amp;tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&amp;tRNA;3083318;173;comp
;&amp;tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp
;&amp;tRNA;753721;40;comp;;;&amp;tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp
fin;°CDS;753837;;comp;;;&amp;tRNA;2583154;16;comp;;;&amp;tRNA;3087075;19;comp
deb;°CDS;833388;142;comp;;;&amp;tRNA;2583259;143;comp;;;&amp;tRNA;3087170;111;comp
;&amp;tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp
fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;;
&lt;/pre&gt;
====ant intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;66;;447;;29;31;'''deb;
;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;&lt;201;11
;;;110;;109;;66;41;total;14
;5;;120;;65;;73;65;taux;79%
;;;47;;208;;81;70;'''fin;
;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;&lt;201;12
;;;142;;93;;95;90;total;15
;;;93;;270;;110;93;taux;80%
;;;29;;99;;120;99;'''total;
;12;comp’;1;;117;;142;102;&lt;201;23
;33;;242;;73;;192;109;total;29
;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79%
;;comp’;12;;;;242;208;;
;45 16;;192;comp’;143;;349;270;;
;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls
;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100%
;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100%
;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100%
;;;;;;;155;-;;
;;;;;;;;;;
comp’+continu;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;15;13;28;;;;;;;
total;18;16;34;;;;;;;
%;83%;81%;82%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;
&lt;/pre&gt;

====epsilon, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est  13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676
&lt;/pre&gt;
===pub===
====pub opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====pub cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]]
&lt;pre&gt;
pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134
&lt;/pre&gt;
====pub blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*
&lt;/pre&gt;

====pub distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;&gt;1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29
&lt;/pre&gt;
====pub données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;
5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;;
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;43;80;22;75;446;;
;3;40;19;30;4;5;25;-5;1;1;7;5;5s CDS;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;1;1;26;2;52;;
;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;;
1;1;80;15;14;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;4;31;5;101;149;;
2;0;110;6;6;11;3;5;-12;3;1;6;19;tRNA tRNA;;intra
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;;
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;;
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;;
;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;;
22;28;total;235;599;total;236;600;-43;1;0;;;;;
20;28;diagr;218;537;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;222;92;13;327;;;-49;0;0;;;;;
;c;541;381;58;980;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;1386;;total;92;381;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pub autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pub;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9267;4;comp;
;tmRNA;10219;-2;;
fin;CDS;10519;;comp;
deb;CDS;38328;255;comp;
;ncRNA;39051;42;comp;
fin;CDS;39448;;comp;
deb;CDS;41060;20;;
;tRNA;41674;66;comp;atgi
;tRNA;41817;8;comp;gtc
fin;CDS;41900;;comp;
deb;CDS;114873;3;comp;
;tRNA;116151;32;comp;caa
fin;CDS;116257;;comp;
deb;CDS;319204;22;comp;
;tRNA;319571;97;comp;ggc
fin;CDS;319743;;;
deb;CDS;407852;68;comp;
;tRNA;408517;7;;ttg
fin;CDS;408609;;;
deb;CDS;414886;26;comp;
;tRNA;415434;75;comp;cgt
fin;CDS;415586;;;
deb;CDS;438405;2;;
;tRNA;440216;5;;tcc
fin;CDS;440311;;comp;
deb;CDS;461643;2;;
;tRNA;462365;101;comp;acc
fin;CDS;462540;;;
deb;CDS;466335;5;;
;tRNA;466556;88;;ttc
deb;CDS;466720;235;;
;tRNA;467168;5;;cac
fin;CDS;467248;;;
deb;CDS;496262;70;comp;
;regulatory;498528;91;comp;
fin;CDS;498707;;;
deb;CDS;509729;330;comp;
16s;rRNA;511358;98;;1475
;tRNA;512931;9;;atc
;tRNA;513017;149;;gca
;rRNA;513242;446;;2754
fin;CDS;516442;;;
deb;CDS;563601;52;;
;rRNA;564532;13;;115
fin;CDS;564660;;;
deb;CDS;567715;18;;
;tRNA;568432;6;comp;atgf
fin;CDS;568515;;comp;
deb;CDS;593396;23;comp;
;tRNA;594400;16;;cga
fin;CDS;594493;;comp;
deb;CDS;648881;24;;
;regulatory;649787;77;;
fin;CDS;649954;;;
deb;CDS;731869;9;comp;
;regulatory;732787;88;comp;
fin;CDS;732939;;comp;
deb;CDS;785951;32;;
;regulatory;786499;-13;;
fin;CDS;786575;;;
deb;CDS;842772;101;comp;
;tRNA;843125;16;;cta
fin;CDS;843226;;;
deb;CDS;846722;49;;
;tRNA;849156;13;;gta
;tRNA;849245;88;;gac
fin;CDS;849410;;;
deb;CDS;934654;31;;
;tRNA;936095;170;;aga
fin;CDS;936342;;;
deb;CDS;941232;19;;
;tRNA;942409;52;comp;aac
;tRNA;942537;128;comp;tgc
fin;CDS;942739;;;
deb;CDS;970015;200;;
;tRNA;971328;20;;aaa
fin;CDS;971424;;comp;
deb;CDS;975062;0;;
;tRNA;975329;92;comp;tca
fin;CDS;975511;;;
deb;CDS;985615;93;comp;
;tRNA;986221;4;;cca
fin;CDS;986302;;;
deb;CDS;988522;50;;
;tRNA;990267;23;;gaa
fin;CDS;990365;;;
deb;CDS;1005217;139;comp;
;regulatory;1005818;4;;
fin;CDS;1005891;;;
deb;CDS;1029539;0;;
;tRNA;1031753;68;comp;agc
fin;CDS;1031913;;;
deb;CDS;1085222;19;comp;
;tRNA;1085433;7;comp;tgg
deb;CDS;1085516;47;comp;
;tRNA;1086754;46;comp;gga
;tRNA;1086874;131;comp;tac
deb;CDS;1087091;33;;
;tRNA;1087868;4;;aca
deb;CDS;1087948;4;comp;
;tRNA;1088732;79;comp;tta
fin;CDS;1088896;;comp;
deb;CDS;1125607;4;comp;
;regulatory;1126163;3;comp;
deb;CDS;1126231;66;comp;
;regulatory;1127359;295;comp;
fin;CDS;1127719;;comp;
deb;CDS;1165696;141;;
;tRNA;1166596;64;comp;atgj
fin;CDS;1166737;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pub intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;;
pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473
;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71
;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228
;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67
;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35
;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31
;'''total 1307;&lt;201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;16
73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26
999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23
1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33
537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16
1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23
1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25
193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15
398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13
408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17
762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12
1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10
338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14
997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7
334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9
675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8
1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4
627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9
1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8
79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7
807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6
58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5
1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5
761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1
782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5
612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2
351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5
838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3
744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2
166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4
625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1
164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6
217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1
1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4
798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1
422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1
288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1
560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0
262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3
469675;181;37;5;310;1;;;;225;2
832239;177;38;2;320;2;;;;230;1
939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0
;;40;3;340;1;;;;240;1
;;reste;308;350;0;;;;245;0
;;total;1307;360;1;;;;250;1
;;;;370;0;;;;255;1
;;;;380;0;;;;260;0
;;;;390;0;;;;265;0
;;;;400;0;;;;270;1
;;;;410;1;;;;275;0
;;;;420;0;;;;280;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1
817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0
410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0
1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0
474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1
682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0
1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0
1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2
584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0
707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0
802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1
1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0
279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0
1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0
928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0
803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1
1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0
429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0
992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8
1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&amp;-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&amp;-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&amp;308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&amp;117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;&gt;0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;&lt;0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;&gt;0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;&lt;0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90
continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92
;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381
&lt;/pre&gt;

====pub autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200;
;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&amp;tRNA;971328;20;
fin;°CDS;10519;;comp;;;&amp;tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp
deb;°CDS;38328;255;comp;;;&amp;tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0;
;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&amp;tRNA;975329;92;comp
fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;;
deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp
;&amp;tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&amp;tRNA;986221;4;
;&amp;tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;;
fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50;
deb;°CDS;114873;3;comp;;;&amp;tRNA;568432;6;comp;;;&amp;tRNA;990267;23;
;&amp;tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;;
fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp
deb;°CDS;319204;22;comp;;;&amp;tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4;
;&amp;tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;;
fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0;
deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&amp;tRNA;1031753;68;comp
;&amp;tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;;
fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp
deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&amp;tRNA;1085433;7;comp
;&amp;tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp
fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&amp;tRNA;1086754;46;comp
deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&amp;tRNA;1086874;131;comp
;&amp;tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33;
fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&amp;tRNA;1087868;4;
deb;°CDS;461643;2;;;;&amp;tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp
;&amp;tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&amp;tRNA;1088732;79;comp
fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp
deb;°CDS;466335;5;;;;&amp;tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp
;&amp;tRNA;466556;88;;;;&amp;tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp
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;&amp;tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp
fin;°CDS;467248;;;;;&amp;tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp
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;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&amp;tRNA;1166596;64;comp
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;;;;;;;&amp;tRNA;942537;128;comp;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====pub intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;comp’;20;;8;;2;4;deb;
;9;;3;;32;;3;5;&lt;201;13
;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14
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;;;2;comp’;5;;22;8;&lt;201;14
;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14
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;;;235;;5;;33;32;total;
;;comp’;18;;6;;47;64;&lt;201;27
;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28
;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96%
;;;49;;88;;200;88;;
;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls
;;comp’;19;comp’;128;;0;4;;
;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11
;;comp’;0;comp’;92;;2;16;&lt;201;100%
;;comp’;93;;4;;18;20;;
;;;50;;23;;19;68;fin;11
;;comp’;0;comp’;68;;20;75;&lt;201;100%
;;;19;;7;;23;92;;
;;;47;comp’;131;;68;97;total;
;;;33;comp’;4;;93;101;&lt;201;22
;;;4;;79;;101;128;total;22
;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;24;25;49;;;;;
;;total;25;25;50;;;;;
;;taux;96%;100%;98%;;;;;
&lt;/pre&gt;

==actino==
===Actinoplanes sp. SE50/110===
====ase opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
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;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
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;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
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;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;
&lt;/pre&gt;

====ase cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]]
&lt;pre&gt;
ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62
&lt;/pre&gt;

====ase blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]]
&lt;pre&gt;
ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773
&lt;/pre&gt;
====ase remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]]
====ase distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt
1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag
;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf
1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc
2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac
;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc
1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg
1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other
;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg
5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc
1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc
1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc
1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag
;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag
2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;;
;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;;
;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;;
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;;
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;;
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;;
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;;
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;;
;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;;
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;;
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;;
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;;
;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;;
;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;;
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;;
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;;
;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;;
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;;
8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;;
41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;;
32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;
2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;
;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;
;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;
;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ase autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ase;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;12497;78;;
;tRNA;13471;245;;atc
;tRNA;13790;202;;gca
fin;CDS;14065;;comp;
deb;CDS;45153;279;comp;
;tRNA;46248;257;comp;ctg
fin;CDS;46588;;;
deb;CDS;65469;387;comp;
;tRNA;66711;151;comp;ggg
fin;CDS;66936;;comp;
deb;CDS;145264;595;comp;
;tRNA;146168;15;comp;ttc
;tRNA;146260;62;comp;gac
;tRNA;146396;338;comp;gaa
fin;CDS;146807;;comp;
deb;CDS;153733;555;;
;rRNA;155650;345;;16s
;rRNA;157512;105;;23s
;rRNA;160691;377;;5s
fin;CDS;161185;;comp;
deb;CDS;164168;92;;
;tRNA;164809;274;;aaa
fin;CDS;165158;;;
deb;CDS;261106;434;;
;tRNA;262062;817;;aaa
fin;CDS;262948;;;
deb;CDS;457033;185;comp;
;tRNA;458877;74;;acg
fin;CDS;459025;;comp;
deb;CDS;568633;491;;
;rRNA;569499;345;;16s
;rRNA;571360;114;;23s
;rRNA;574548;245;;5s
fin;CDS;574910;;;
deb;CDS;627485;42;;
;tRNA;628439;8;;gac
fin;CDS;628521;;comp;
deb;CDS;643285;1343;;
;tRNA;645777;459;;agg
fin;CDS;646309;;comp;
deb;CDS;747348;430;;
;tRNA;748768;148;comp;tac
fin;CDS;749000;;;
deb;CDS;752175;94;;
;tRNA;754798;47;;acc
;tRNA;754918;138;;atgj
fin;CDS;755129;;;
deb;CDS;755829;79;;
;tRNA;756304;103;;tgg
fin;CDS;756480;;;
deb;CDS;940643;55;;
;tRNA;942060;221;;tta
fin;CDS;942364;;;
deb;CDS;1120784;33;;
;tmRNA;1121477;553;;
fin;CDS;1122412;;comp;
deb;CDS;1155560;203;comp;
;tRNA;1156105;89;comp;gcc
fin;CDS;1156267;;comp;
deb;CDS;1222705;262;;
;tRNA;1223897;244;comp;cta
fin;CDS;1224225;;comp;
deb;CDS;1237525;91;;
;tRNA;1238207;54;;cac
fin;CDS;1238337;;comp;
deb;CDS;1248040;132;comp;
;tRNA;1249399;118;;aag
;tRNA;1249593;-12;;aag
fin;CDS;1249654;;comp;
deb;CDS;1335812;296;;
;tRNA;1336393;13;comp;aga
fin;CDS;1336479;;comp;
deb;CDS;1399552;373;comp;
;tRNA;1400450;130;comp;gga
;tRNA;1400651;38;;cca
fin;CDS;1400763;;;
deb;CDS;1406634;585;comp;
;rRNA;1407435;344;;16s
;rRNA;1409295;105;;23s
;rRNA;1412474;122;;5s
fin;CDS;1412713;;comp;
deb;CDS;1519931;217;comp;
;tRNA;1520472;315;;aac
fin;CDS;1520860;;;
deb;CDS;1522138;47;;
;tRNA;1522359;827;;atgi
fin;CDS;1523260;;comp;
deb;CDS;1604562;38;;
;tRNA;1605065;1132;;gta
fin;CDS;1606269;;;
deb;CDS;1618796;261;comp;
;ncRNA;1619690;61;comp;
fin;CDS;1620155;;;
deb;CDS;1935668;362;comp;
;tRNA;1936828;131;comp;ttg
fin;CDS;1937036;;;
deb;CDS;2434657;19;;
;tRNA;2435579;151;comp;ctc
fin;CDS;2435813;;;
deb;CDS;2570204;793;comp;
;rRNA;2571618;352;;16s
;rRNA;2573486;100;;23s
;rRNA;2576661;247;;5s
fin;CDS;2577025;;comp;
deb;CDS;4900233;19;comp;
;tRNA;4901800;29;comp;tgc
;tRNA;4901908;19;comp;gcg
deb;CDS;4902001;23;comp;
;tRNA;4902345;31;comp;gac
fin;CDS;4902449;;comp;
deb;CDS;4989030;22;;
;tRNA;4989784;278;;other
fin;CDS;4990157;;comp;
deb;CDS;5443888;409;;
;tRNA;5444936;20;;ctc
;tRNA;5445030;32;;tac
fin;CDS;5445144;;comp;
deb;CDS;6208479;104;;
;tRNA;6209594;9;comp;cgg
;tRNA;6209676;17;comp;cca
;tRNA;6209767;5;comp;agc
;tRNA;6209865;4;comp;ctg
;tRNA;6209944;11;comp;cag
;tRNA;6210027;4;comp;ggc
;tRNA;6210105;3;comp;cgt
;tRNA;6210181;43;comp;gcc
;tRNA;6210298;345;comp;tgg
fin;CDS;6210715;;comp;
deb;CDS;6288256;317;comp;
;tRNA;6290910;43;comp;tga
fin;CDS;6291049;;;
deb;CDS;6397947;699;;
;tRNA;6399123;199;;tgg
;tRNA;6399396;157;;ggg
;tRNA;6399626;64;;gcc
;tRNA;6399763;81;;gag
;tRNA;6399916;141;;gga
;tRNA;6400131;144;;caa
;tRNA;6400352;1;;ttg
;tRNA;6400428;5;;acc
;tRNA;6400506;34;;ggc
deb;CDS;6400612;35;;
;tRNA;6401091;110;;cag
;tRNA;6401274;4;;ctc
;tRNA;6401352;1;;acg
;tRNA;6401429;5;;ctg
;tRNA;6401509;30;;gcg
;tRNA;6401615;5;;gac
;tRNA;6401692;1;;agc
;tRNA;6401781;6;;atc
;ncRNA;6401861;7;;
;tRNA;6402235;97;;cgt
;tRNA;6402407;14;;aag
;tRNA;6402492;11;;aga
;tRNA;6402577;1;;aaa
;tRNA;6402652;1;;atgf
;tRNA;6402729;1;;gtc
;tRNA;6402806;5;;gaa
;tRNA;6402885;44;;aac
;tRNA;6403003;1;;tcc
;tRNA;6403090;2;;gtg
;tRNA;6403166;96;;cac
;tRNA;6403333;411;;other
fin;CDS;6403817;;comp;
deb;CDS;6543191;412;;
;tRNA;6544032;152;;ctg
;tRNA;6544259;380;;gca
deb;CDS;6544712;113;;
;tRNA;6546031;178;;gac
fin;CDS;6546284;;;
deb;CDS;6934653;69;;
;tRNA;6935889;51;comp;ccc
fin;CDS;6936014;;comp;
deb;CDS;6991353;983;comp;
;rRNA;6992612;176;comp;5s
;rRNA;6992905;344;comp;23s
;rRNA;6996322;530;comp;16s
fin;CDS;6998368;;comp;
deb;CDS;7455514;167;;
;tRNA;7456776;55;comp;gtg
fin;CDS;7456903;;comp;
deb;CDS;7481701;83;;
;rRNA;7484073;175;comp;5s
;rRNA;7484365;352;comp;23s
;rRNA;7487790;799;comp;16s
fin;CDS;7490105;;comp;
deb;CDS;7670534;136;;
;tRNA;7671789;18;comp;gtc
;tRNA;7671882;38;comp;tgc
;tRNA;7671991;116;comp;ggc
fin;CDS;7672180;;comp;
deb;CDS;7710075;136;;
;tRNA;7711330;28;comp;gtc
;tRNA;7711433;38;comp;tgc
;tRNA;7711542;112;comp;ggc
fin;CDS;7711727;;;
deb;CDS;8111157;546;;
;tRNA;8112390;532;comp;gag
;tRNA;8112998;57;comp;gag
;tRNA;8113128;451;comp;cag
fin;CDS;8113651;;comp;
deb;CDS;8275151;65;;
;tRNA;8275876;419;;cgg
fin;CDS;8276367;;comp;
deb;CDS;8391343;135;comp;
;tRNA;8392786;296;comp;atgf
fin;CDS;8393159;;comp;
deb;CDS;8397029;599;comp;
;tRNA;8399713;71;comp;atgf
fin;CDS;8399858;;comp;
deb;CDS;8601686;81;comp;
;tRNA;8603210;37;comp;caa
fin;CDS;8603318;;comp;
deb;CDS;8623005;64;;
;tRNA;8623795;171;comp;gcg
fin;CDS;8624043;;comp;
deb;CDS;8821061;136;comp;
;tRNA;8822283;175;;aca
fin;CDS;8822532;;comp;
deb;CDS;8945870;190;;
;tRNA;8946954;204;;ccg
fin;CDS;8947235;;comp;
deb;CDS;8963177;104;comp;
;ncRNA;8966809;83;comp;
;tRNA;8966988;273;;tcc
fin;CDS;8967346;;comp;
deb;CDS;8969168;91;;
;tRNA;8969592;116;comp;tcg
fin;CDS;8969798;;;
deb;CDS;9077764;329;;
;tRNA;9079185;370;comp;cgt
fin;CDS;9079627;;comp;
deb;CDS;9084051;524;comp;
;tRNA;9087239;40;comp;cgt
;tRNA;9087352;408;comp;agc
fin;CDS;9087851;;;
deb;CDS;9100587;77;comp;
;tRNA;9101627;1017;;tca
fin;CDS;9102729;;comp;
&lt;/pre&gt;

====ase intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;;
ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9
;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10
;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11
;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9
;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8
;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5
;'''total 8197;&lt;201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7
3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2
5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3
9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4
5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4
6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4
2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5
7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6
355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4
6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5
744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3
7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4
713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5
56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3
7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5
1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3
6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5
3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3
6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1
7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4
4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4
3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4
1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1
8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1
8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1
5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1
1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1
9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2
3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0
1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7
6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0
3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3
6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4
8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0
5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1
204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1
6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2
;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3
;;36;26;300;51;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequence5;220;40;1060;2
;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0
;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0
;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3
;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0
;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1
;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1
;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1
;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0
1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0
1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0
3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2
5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1
2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1
7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42
2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197
3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;;
1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;;
1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;;
2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;;
5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;;
4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;;
5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;;
3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;;
5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;;
6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;;
9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;;
594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;;
6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;;
323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;;
1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;;
5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;;
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&amp;-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&amp;-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&amp;184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&amp;141;51; -;827;poly;149;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;&gt;0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;&lt;0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;&gt;0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;&lt;0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0
220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1
240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1
260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0
270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0
280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1
290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0
300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0
310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1
320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0
330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0
340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0
350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1
360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0
370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0
380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1
390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0
400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1
reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0
total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0
diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2
 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1
 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
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;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
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*14.8.21
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&lt;/pre&gt;

====ase autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====ase intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;'''-;1017;;
;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;

===blo===
====blo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
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;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;
&lt;/pre&gt;

====blo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]]
&lt;pre&gt;
blo cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;4;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;1;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;7;
;max a;0;80;0;
;a doubles;0;100;2;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;41;160;0;
;1 aa;31;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;4;;0;
;total aas;55;;15;0
total aas;;55;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;41;
;;;variance;24;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;16;
&lt;/pre&gt;

====blo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]]
&lt;pre&gt;
blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120
&lt;/pre&gt;
====blo remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]]

====blo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;;
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;;
;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;;
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;;
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;;
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;;
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;;
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;;
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188;
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251;
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;;
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac
;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc
;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc
;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;
0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;
&lt;/pre&gt;
=====blo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;blo;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;54774;6;comp;
;regulatory;55434;84;comp;
fin;CDS;55670;;;
deb;CDS;114598;163;;
;tRNA;115187;231;;gta
fin;CDS;115492;;;
deb;CDS;139965;-10;comp;
;regulatory;140900;336;comp;
fin;CDS;141345;;;
deb;CDS;158126;618;;
;rRNA;159245;432;;16s
;rRNA;161203;170;;23s
;rRNA;164439;188;;5s
fin;CDS;164744;;comp;
deb;CDS;205431;187;;
;tmRNA;206548;238;;
deb;CDS;207183;-17;comp;
;tRNA;207388;154;comp;tgg
fin;CDS;207612;;comp;
deb;CDS;327271;8;;
;ncRNA;327873;493;comp;
fin;CDS;328741;;;
deb;CDS;381615;190;;
;tRNA;382849;43;comp;aac
;tRNA;382968;284;comp;aac
fin;CDS;383325;;;
deb;CDS;439838;-39;;
;tRNA;440078;558;comp;aac
fin;CDS;440709;;;
deb;CDS;502556;159;comp;
;tRNA;503549;27;;ggc
;tRNA;503649;41;;tgc
;tRNA;503761;48;;gtc
;tRNA;503881;31;;gtg
;tRNA;503985;148;;ggc
fin;CDS;504209;;;
deb;CDS;518814;64;;
;tRNA;521008;216;;ccc
fin;CDS;521298;;;
deb;CDS;647871;95;comp;
;tRNA;648764;60;;ctc
fin;CDS;648912;;;
deb;CDS;745690;187;comp;
;tRNA;747296;29;comp;cgt
;tRNA;747399;117;comp;cgt
fin;CDS;747590;;comp;
deb;CDS;774507;116;;
;tRNA;775646;94;;caa
fin;CDS;775811;;;
deb;CDS;777792;218;;
;tRNA;778709;89;;gcc
;tRNA;778871;206;;gcc
fin;CDS;779150;;;
deb;CDS;790385;272;;
;tRNA;793729;467;;cca
fin;CDS;794270;;;
deb;CDS;803537;67;comp;
;tRNA;804390;204;comp;ttg
fin;CDS;804668;;;
deb;CDS;840296;192;comp;
;tRNA;841058;158;comp;tta
fin;CDS;841295;;comp;
deb;CDS;884674;174;comp;
;regulatory;885043;70;comp;
fin;CDS;885217;;comp;
deb;CDS;902480;104;comp;
;regulatory;903184;90;comp;
fin;CDS;903379;;comp;
deb;CDS;935658;336;comp;
;tRNA;937056;149;;cac
fin;CDS;937281;;;
deb;CDS;980173;251;comp;
;tRNA;981180;76;comp;aga
fin;CDS;981330;;;
deb;CDS;1200444;288;comp;
;tRNA;1202433;87;;acg
;tRNA;1202593;192;;cta
fin;CDS;1202866;;;
deb;CDS;1206664;206;comp;
;tRNA;1208139;167;;acg
fin;CDS;1208379;;comp;
deb;CDS;1263240;256;comp;
;tRNA;1264393;48;comp;gtg
;tRNA;1264514;46;comp;gtc
;tRNA;1264632;193;comp;ggc
fin;CDS;1264898;;;
deb;CDS;1279836;365;comp;
;tRNA;1280591;97;comp;cgg
fin;CDS;1280764;;;
deb;CDS;1294216;215;comp;
;tRNA;1295466;433;;atgf
fin;CDS;1295976;;;
deb;CDS;1349627;113;comp;
;tRNA;1350001;199;comp;aag
fin;CDS;1350274;;comp;
deb;CDS;1387168;75;comp;
;tRNA;1388878;175;comp;aaa
fin;CDS;1389126;;;
deb;CDS;1408202;580;comp;
;tRNA;1410594;469;;tcc
fin;CDS;1411148;;comp;
deb;CDS;1424162;142;comp;
;tRNA;1424793;39;comp;cag
;tRNA;1424907;-8;comp;gag
fin;CDS;1424972;;;
deb;CDS;1446913;71;comp;
;ncRNA;1448136;433;comp;
fin;CDS;1448664;;;
deb;CDS;1477877;47;comp;
;regulatory;1479277;128;comp;
fin;CDS;1479502;;comp;
deb;CDS;1523012;62;;
;tRNA;1524142;74;comp;ggg
fin;CDS;1524290;;comp;
deb;CDS;1533182;306;;
;tRNA;1534802;871;;ctg
fin;CDS;1535759;;;
deb;CDS;1605867;102;;
;tRNA;1606163;42;;atc
;tRNA;1606279;356;;gca
fin;CDS;1606708;;comp;
deb;CDS;1645027;314;comp;
;tRNA;1646838;130;comp;aca
fin;CDS;1647042;;comp;
deb;CDS;1704570;578;comp;
;rRNA;1705904;431;;16s
;rRNA;1707861;170;;23s
;rRNA;1711097;866;;5s
;rRNA;1712080;431;;16s
;rRNA;1714037;170;;23s
;rRNA;1717273;251;;5s
fin;CDS;1717641;;comp;
deb;CDS;1769786;55;;
;tRNA;1769952;329;;gcg
fin;CDS;1770354;;;
deb;CDS;1904329;130;;
;tRNA;1905665;37;;tgg
fin;CDS;1905778;;;
deb;CDS;1907638;573;;
;rRNA;1908904;431;;16s
;rRNA;1910861;170;;23s
;rRNA;1914097;375;;5s
fin;CDS;1914589;;;
deb;CDS;1935774;178;;
;tRNA;1936132;519;;gga
fin;CDS;1936725;;;
deb;CDS;1969854;309;comp;
;tRNA;1971396;1;;tac
;tRNA;1971479;4;;acc
;tRNA;1971555;61;;atgj
fin;CDS;1971690;;;
deb;CDS;1978293;71;;
;tRNA;1979312;376;;agc
fin;CDS;1979775;;;
deb;CDS;2014827;397;;
;tRNA;2016025;327;;tcg
fin;CDS;2016437;;;
deb;CDS;2045606;179;;
;tRNA;2047072;245;;tca
fin;CDS;2047402;;;
deb;CDS;2067227;222;comp;
;tRNA;2068640;204;comp;ccg
fin;CDS;2068918;;;
deb;CDS;2084303;271;comp;
;tRNA;2085402;69;comp;gaa
fin;CDS;2085543;;comp;
deb;CDS;2086731;224;;
;tRNA;2087969;47;;gac
;tRNA;2088090;519;;ttc
fin;CDS;2088685;;comp;
deb;CDS;2108837;333;comp;
;tRNA;2110850;422;;gac
fin;CDS;2111349;;;
deb;CDS;2129279;117;;
;tRNA;2130626;137;;atgi
fin;CDS;2130837;;;
deb;CDS;2170074;253;comp;
;tRNA;2171440;156;;agg
fin;CDS;2171669;;;
&lt;/pre&gt;

====blo intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;;
blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228
;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3
;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57
;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47
;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46
;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32
;'''total 1772;&lt;201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26
1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25
249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23
620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27
1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29
605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26
1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42
2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34
1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25
1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29
1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29
934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31
1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43
1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20
550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28
1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34
2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23
1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36
1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21
1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32
1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24
1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33
2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21
543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20
551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25
1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24
1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25
132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27
1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28
24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28
1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25
1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10
1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13
716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20
1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14
2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17
332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12
1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17
618810;586;36;4;300;17;;;;220;15
598849;559;37;4;310;13;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;225;12
1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11
1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14
1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8
1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11
733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10
986367;549;;;370;4;;700;2;255;9
1178750;549;;;380;9;;720;;260;8
1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11
;;;;400;6;;760;3;270;12
;;;;410;5;;780;3;275;15
;;;;420;11;;800;;280;7
;;;;430;3;;820;;285;4
;;;;440;3;;840;1;290;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8
516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9
267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8
822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5
513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7
287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9
398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2
1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4
1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5
1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7
2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1
946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4
2164932;-28;;;570;0;;;;355;7
1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5
794270;-25;;;590;3;34;;;365;2
2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2
268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119
1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&amp;-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&amp;159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&amp;136;51;-;861;dte;36;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;&gt;0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;&lt;0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;&gt;0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;&lt;0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
150;15;30;;150;33;30;15;1;14;;;-16;0;1
160;24;25;;160;54;25;16;0;8;;;-17;1;7
170;12;43;;170;27;43;17;0;9;;;-18;0;0
180;20;33;;180;45;33;18;1;5;;;-19;1;2
190;8;15;;190;18;15;19;1;3;;;-20;1;1
200;10;24;;200;22;24;20;1;4;;;-21;0;0
210;15;14;;210;33;14;21;0;7;;;-22;1;0
220;16;16;;220;36;16;22;2;6;;;-23;0;0
230;12;11;;230;27;11;23;2;8;;;-24;0;0
240;5;17;;240;11;17;24;3;4;;;-25;1;0
250;9;12;;250;20;12;25;1;6;;;-26;0;1
260;6;11;;260;13;11;26;3;7;;;-27;0;0
270;6;17;;270;13;17;27;1;3;;;-28;1;1
280;11;11;;280;25;11;28;1;3;;;-29;0;0
290;4;3;;290;9;3;29;1;4;;;-30;0;0
300;5;12;;300;11;12;30;1;2;;;-31;0;1
310;6;7;;310;13;7;31;2;6;;;-32;1;0
320;5;11;;320;11;11;32;1;3;;;-33;0;0
330;3;3;;330;7;3;33;4;2;;;-34;0;0
340;7;5;;340;16;5;34;1;4;;;-35;1;0
350;2;3;;350;4;3;35;0;2;;;-36;0;0
360;6;6;;360;13;6;36;1;3;;;-37;0;0
370;3;1;;370;7;1;37;1;3;;;-38;1;0
380;5;4;;380;11;4;38;1;2;;;-39;1;0
390;2;2;;390;4;2;39;1;9;;;-40;0;0
400;3;3;;400;7;3;40;2;0;;;-41;0;0
reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0
total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1
diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0
 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16
continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18
;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210
&lt;/pre&gt;

====blo autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp
;regulatory;55434;84;comp;;;&amp;tRNA;841058;158;comp;;;&amp;tRNA;1646838;130;comp
fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp
deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp
;&amp;tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431;
fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170;
deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866;
;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431;
fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170;
deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251;
;$rRNA;159245;432;;;;&amp;tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp
;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55;
;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&amp;tRNA;1769952;329;
fin;°CDS;164744;;comp;;;&amp;tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;;
deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130;
;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&amp;tRNA;1905665;37;
deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&amp;tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;;
;&amp;tRNA;207388;154;comp;;;&amp;tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573;
fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431;
deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170;
;ncRNA;327873;493;comp;;;&amp;tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375;
fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;;
deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178;
;&amp;tRNA;382849;43;comp;;;&amp;tRNA;1264393;48;comp;;;&amp;tRNA;1936132;519;
;&amp;tRNA;382968;284;comp;;;&amp;tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;;
fin;°CDS;383325;;;;;&amp;tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp
deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&amp;tRNA;1971396;1;
;&amp;tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&amp;tRNA;1971479;4;
fin;°CDS;440709;;;;;&amp;tRNA;1280591;97;comp;;;&amp;tRNA;1971555;61;
deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;;
;&amp;tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71;
;&amp;tRNA;503649;41;;;;&amp;tRNA;1295466;433;;;;&amp;tRNA;1979312;376;
;&amp;tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;;
;&amp;tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397;
;&amp;tRNA;503985;148;;;;&amp;tRNA;1350001;199;comp;;;&amp;tRNA;2016025;327;
fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;;
deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179;
;&amp;tRNA;521008;216;;;;&amp;tRNA;1388878;175;comp;;;&amp;tRNA;2047072;245;
fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;;
deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp
;&amp;tRNA;648764;60;;;;&amp;tRNA;1410594;469;;;;&amp;tRNA;2068640;204;comp
fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;;
deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp
;&amp;tRNA;747296;29;comp;;;&amp;tRNA;1424793;39;comp;;;&amp;tRNA;2085402;69;comp
;&amp;tRNA;747399;117;comp;;;&amp;tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp
fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224;
deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&amp;tRNA;2087969;47;
;&amp;tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&amp;tRNA;2088090;519;
fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp
deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp
;&amp;tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&amp;tRNA;2110850;422;
;&amp;tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;;
fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117;
deb;°CDS;790385;272;;;;&amp;tRNA;1524142;74;comp;;;&amp;tRNA;2130626;137;
;&amp;tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;;
fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp
deb;°CDS;803537;67;comp;;;&amp;tRNA;1534802;871;;;;&amp;tRNA;2171440;156;
;&amp;tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;;
fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1606163;42;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1606279;356;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
*;;;163;;231;;'''-17;60;;
;;;-17;;154;;24;61;'''deb;
;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;&lt;201;15
;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26
;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58%
;;;24;;216;;75;117;;
;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin;
;29;;187;;117;;113;137;&lt;201;15
;;;116;;94;;116;148;total;26
;89;;218;;206;;117;149;taux;58%
;;;212;;467;;142;154;;
;;;67;comp’;204;;163;156;'''total;
;;;192;;158;;179;158;&lt;201;30
;;comp’;336;;149;;187;192;total;52
;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58%
;87;comp’;288;;192;;212;206;;
;;comp’;206;comp’;167;;218;216;;
;48 46;;256;comp’;193;;222;231;;
;;;365;comp’;97;;224;245;;
;;comp’;215;;433;;251;327;;
;;;113;;199;;256;329;;
;;;75;comp’;175;;271;376;;
;;comp’;580;comp’;469;;306;422;;
;39;;142;comp’;-8;;314;433;;
;;comp’;62;;74;;365;467;;
;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls
;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb;
;;;314;;130;;62;76;&lt;201;5
;;;65;;329;;95;97;total;13
;1  4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38%
;;;71;;376;;190;175;'''fin;
;;;397;;327;;206;193;&lt;201;6
;;;179;;245;;215;204;total;13
;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46%
;;;271;;69;;288;284;;
;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total;
;;comp’;333;;422;;333;469;&lt;201;11
;;;117;;137;;336;519;total;26
;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42%
;;;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;;;
;&lt;201;20;21;41;;;;;;
;total;39;39;78;;;;;;
;taux;51%;54%;53%;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===sma===
====sma opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;;
70%GC;30.6.19 Paris;16s  6;74;doubles;intercalaires
;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;;
;357776..357847;;gtg;;
;;;;;
comp;1219274..1219346;;gga;;
;;;;;
comp;1225751..1225823;;gga;;
;;;;;
;1675869..1675942;;atgf;;
;;;;;
comp;1965347..1965423;;ccc;;
;;;;;
comp;1992012..1992088;;ccc;;
;;;;;
comp;2222599..2222686;;ctc;;
;;;;;
comp;3072632..3072707;;acc;;
;;;;;
comp;3073568..3073684;;5s;@1;84
comp;3073769..3076918;;23s;;288
comp;3077207..3078737;;16s;;
;;;;;
comp;3295252..3295324;;gag;+;20
comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21
comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62
comp;3295573..3295645;;gag;;42
comp;3295688..3295759;;cag;;
;;;;;
;3655871..3655942;;cgg;;
;;;;;
comp;3813093..3813166;;atgf;;
;;;;;
comp;3815457..3815530;;atgf;;
;;;;;
comp;4362610..4362695;;tta;;
;;;;;
;4410534..4410608;;caa;;
;;;;;
comp;4542466..4542542;;gcg;;
;;;;;
;4589760..4589835;;agg;;
;;;;;
comp;4886830..4886906;;aca;;
;;;;;
comp;5024109..5024225;;5s;;84
comp;5024310..5027458;;23s;;288
comp;5027747..5029277;;16s;;
;;;;;
comp;5051970..5052043;;atgf;;
;;;;;
comp;5055486..5055561;;aaa;;
;;;;;
;5063087..5063159;;gaa;;47
;5063207..5063281;;gac;;24
;5063306..5063382;;ttc;;
;;;;;
;5068123..5068197;;gac;;
;;;;;
;5081640..5081711;;gga;;79
;5081791..5081866;;ggc;;
;;;;;
;5085779..5085854;;ggc;;
;;;;;
;5095224..5095311;;tcc;;
;;;;;
;5129698..5129782;;tcg;;
;;;;;
comp;5154937..5155009;;cgt;;205
comp;5155215..5155305;;agc;;
;;;;;
comp;5177691..5177777;;tca;;
;;;;;
comp;5206939..5207028;;agc;;
;;;;;
comp;5299302..5299378;;atc;;
;;;;;
;5304905..5304977;;gca;;
;;;;;
;5322106..5322192;;ctg;;
;;;;;
comp;5452769..5452842;;ggg;;
;;;;;
comp;5594481..5594554;;ccg;;
;;;;;
;5650316..5650389;;acg;;
;;;;;
;5759342..5760872;;16s;;288
;5761161..5764309;;23s;;84
;5764394..5764510;;5s;;
;;;;;
;5950170..5950251;;tac;;
;;;;;
;5956602..5956674;;acc;;46
;5956721..5956793;;atg;;
;;;;;
;5964532..5964607;;tgg;;
;;;;;
;6124386..6125916;;16s;;288
;6126205..6129353;;23s;;84
;6129438..6129554;;5s;;
;;;;;
comp;6242261..6242335;;tgc;;
;;;;;
comp;6279029..6279112;;cta;;
;;;;;
comp;6329202..6329278;;aag;;
;;;;;
comp;6335068..6335141;;aag;;
;;;;;
comp;6349312..6349385;;aag;;
;;;;;
comp;6372705..6372777;;cac;;
;;;;;
comp;6501509..6501584;;aga;;
;;;;;
comp;6604435..6604508;;gga;;153
comp;6604662..6604738;;cca;;
;;;;;
;6653846..6653918;;gcc;;
;;;;;
;6658303..6658375;;gcc;;
;;;;;
;6875603..6875675;;aac;+;5
;6875681..6875753;;aac;2 aac;166
;6875920..6875996;;atgi;;
;;;;;
;7021984..7022058;;gta;;
;;;;;
;7025336..7025415;;gtg;;
;;;;;
comp;7471270..7471342;;ttg;;
;;;;;
;7765513..7767043;;16s;;284
;7767328..7770477;;23s;;133
;7770611..7770727;;5s;;
;;;;;
comp;7937463..7937550;;ctc;;
;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;
&lt;/pre&gt;

====sma cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]]
&lt;pre&gt;
sma cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;6;20;3;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;56;160;1;
;1 aa;48;180;1;
;max a;5;200;0;
;a doubles;3;;1;
;total aas;72;;16;0
total aas;;72;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;61;
;;;variance;61;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;22;
&lt;/pre&gt;

====sma blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]]
&lt;pre&gt;
sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====sma remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]]

====sma données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;;
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;;
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;;
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;;
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;;
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;;
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;;
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114;
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;;
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;;
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;;
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;;
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;;
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
&lt;/pre&gt;
=====sma autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;
&lt;/pre&gt;

====sma distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===ksk===
====ksk opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s  9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;
&lt;/pre&gt;

====ksk cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]]
&lt;pre&gt;
ksk cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;9;1;0;-
;16 23 5s 0;9;20;4;
;16 atc gca;0;40;8;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;1;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;1;
sans ;opérons;49;160;1;
;1 aa;37;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;7;;3;
;total aas;70;;21;0
total aas;;70;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;72;
;;;variance;79;
sans jaune;;;moyenne;33;
;;;variance;18;
&lt;/pre&gt;

====ksk blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]]
&lt;pre&gt;
ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====ksk remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]]

====ksk données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ksk autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;
&lt;/pre&gt;

====ksk distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===actino synthèse===
====actino distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294
&lt;/pre&gt;

====actino distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]]
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295
&lt;/pre&gt;

====actino distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====actino par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26
&lt;/pre&gt;
====actinobacteria, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est  36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301
&lt;/pre&gt;

==cyano==
===npu===
====npu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
&gt; comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
&lt; comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
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comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
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;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
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;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
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;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
&lt;&gt; comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;
&lt;/pre&gt;

====npu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]]
&lt;pre&gt;
npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85
&lt;/pre&gt;

====npu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]]
&lt;pre&gt;
npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289
&lt;/pre&gt;
====npu remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]]
&lt;pre&gt;
gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====npu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====npu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;;
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;;
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;;
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68;
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319;
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176;
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;;
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;;
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca
;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;;
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc
6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac
34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa
28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi
;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac
;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac
;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;;
;;;;;;;;;;;50;;;;
;;;;;;;;;;;167;;;;
;;;;;;;;;;;898;;;;
;;;;;;;;;;;63;;;;
;;;;;;;;;;;481;;;;
;;;;;;;;;;;65;;;;
;;;;;;;;;;;437;;;;
;;;;;;;;;;;124;;;;
;;;;;;;;;;;100;;;;
;;;;;;;;;;;374;;;;
&lt;/pre&gt;
=====npu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj
;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj
deb;;CDS;504299;505384;216;*;
;;tRNA;505601;505673;615;*;ata
fin;;CDS;506289;507815;;;
deb;;CDS;727418;728587;5;*;
;;tRNA;728593;728664;231;*;other
fin;;CDS;728896;730239;;;
deb;comp;CDS;777899;778429;34;*;
;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt
fin;comp;CDS;778576;779829;;;
deb;;CDS;878016;878609;384;*;
;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc
fin;;CDS;879270;879491;;;
deb;comp;CDS;954493;955170;72;*;
;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga
fin;;CDS;955672;956331;;;
deb;;CDS;1054005;1054811;290;*;
;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga
fin;comp;CDS;1055223;1056383;;;
deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*;
;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other
;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other
fin;;CDS;1083187;1084788;;;
deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*;
;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg
fin;;CDS;1175983;1176855;;;
deb;;CDS;1380042;1380593;226;*;
;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc
fin;;CDS;1381012;1381380;;;
deb;;CDS;1440092;1440529;705;*;
;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other
fin;;CDS;1441450;1441650;;;
deb;;CDS;1442145;1442867;32;*;
;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc
fin;;CDS;1443337;1444770;;;
deb;;CDS;1484155;1484853;46;*;
;;ncRNA;1484900;1485316;115;*;
fin;;CDS;1485432;1486151;;;
deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*;
;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac
fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0;
deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*;
;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489
;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc
;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca
;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887
;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118
fin;comp;CDS;2026732;2026957;;;
deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*;
;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac
fin;;CDS;2305712;2308132;;0;
deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*;
;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta
fin;;CDS;3373923;3374555;;;
deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*;
;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc
fin;comp;CDS;3435881;3436813;;;
deb;;CDS;3438597;3439685;102;*;
;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa
;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other
;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac
;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca
;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca
;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf
;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta
;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg
;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc
;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg
;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca
;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta
;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg
;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa
;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag
;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac
;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca
;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt
;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc
;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac
;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa
;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg
;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi
;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc
;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other
;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac
fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0;
deb;;CDS;3448311;3448919;80;*;
;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa
fin;;CDS;3449400;3451319;;;
deb;;CDS;3675128;3675659;409;*;
;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca
fin;comp;CDS;3676203;3676421;;;
deb;;CDS;4538041;4538745;151;*;
;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg
fin;;CDS;4539176;4540357;;0;
deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*;
;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca
fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0;
deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*;
;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*;
fin;comp;CDS;5114076;5115230;;;
deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*;
;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf
fin;comp;CDS;5428065;5429018;;;
deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*;
;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc
fin;comp;CDS;5482138;5482332;;;
deb;;CDS;5510568;5511620;319;*;
;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118
;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890
;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca
;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc
;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489
fin;;CDS;5517435;5517515;;0;
deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*;
;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi
fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0;
deb;;CDS;5573827;5574450;93;*;
;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca
fin;;CDS;5574961;5575881;;;
deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*;
;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac
fin;comp;CDS;5656038;5656589;;;
deb;;CDS;5688669;5689538;75;*;
;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc
fin;comp;CDS;5690353;5692080;;;
deb;;CDS;5756596;5757801;66;*;
;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg
fin;comp;CDS;5758078;5758233;;;
deb;;CDS;6022666;6023613;294;*;
;;tmRNA;6023908;6024297;537;*;
fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0;
deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*;
;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other
fin;;CDS;6050948;6051328;;;
deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*;
;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg
fin;comp;CDS;6077435;6078040;;;
deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*;
;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489
;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc
;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca
;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889
;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118
fin;comp;CDS;6090523;6090720;;;
deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*;
;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118
;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889
;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca
;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc
;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489
fin;;CDS;6504777;6505643;;0;
deb;;CDS;6889916;6890785;61;*;
;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa
fin;comp;CDS;6891213;6892148;;;
deb;;CDS;6948457;6949644;162;*;
;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta
fin;;CDS;6950202;6950609;;0;
deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*;
;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc
fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0;
deb;;CDS;7066111;7067829;232;*;
;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa
fin;comp;CDS;7068404;7069606;;;
deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*;
;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg
fin;comp;CDS;7072224;7073345;;;
deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*;
;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg
fin;;CDS;7076598;7077374;;0;
deb;;CDS;7130044;7131132;131;*;
;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg
fin;;CDS;7131369;7131662;;0;
deb;;CDS;7224805;7225167;146;*;
;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg
fin;;CDS;7225765;7225986;;;
deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*;
;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*;
fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0;
deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*;
;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc
fin;;CDS;7348852;7349475;;;
deb;;CDS;7506243;7506593;747;*;
;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc
fin;comp;CDS;7507465;7507830;;;
deb;;CDS;7517041;7519347;167;*;
;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj
fin;comp;CDS;7519890;7520066;;;
deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*;
;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag
fin;comp;CDS;7572740;7574992;;;
deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*;
;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca
fin;;CDS;7611395;7612312;;0;
deb;;CDS;7936008;7936736;65;*;
;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg
fin;;CDS;7937312;7938874;;;
deb;;CDS;7973321;7973482;70;*;
;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc
;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac
fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0;
deb;;CDS;7975047;7975976;100;*;
;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca
fin;;CDS;7976536;7978545;;;
&lt;/pre&gt;

===pmg===
====pmg opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;;
comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;;
comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;;
;75867..77216;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;;
;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;;
;133396..133845;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;;
comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;;
;240592..241041;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;;
comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;;
;259082..259333;;CDS;;;;;;84;;
;;;;;;;;;;;
comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;;
comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;;
;274272..274832;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;;
comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;;
comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;;
;;;;;;;;;;;
;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;;
comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;;
comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;;
;322592..324074;;16s;;125;;;;;;
;324200..324273;;atc;;12;;;12;;;
;324286..324358;;gca;;256;;;;;;
;324615..327496;;23s;;60;;;;;;
;327557..327673;;5s;;43;43;;;;;
comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;;
;;;;;;;;;;;
comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;;
comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;;
comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;;
;355522..355962;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;;
comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;;
comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;;
comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;;
comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;;
;;;;;;;;;;;
;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;;
;522597..522682;;tta;;78;78;;;;;
;522761..522994;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;;
comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;;
;610638..611399;;CDS;;;;;;254;;
;;;;;;;;;;;
;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;;
comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;;
comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;;
;;;;;;;;;;;
comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;;
;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;;
;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;;
;;;;;;;;;;;
;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;;
;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;;
;869384..869671;;CDS;;;;;;96;;
;;;;;;;;;;;
;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;;
;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;;
;911421..911810;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;;
comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;;
comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;;
;;;;;;;;;;;
comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;;
;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;;
;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;;
;;;;;;;;;;;
;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;;
;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;;
comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;;
comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;;
comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;;
;;;;;;;;;;;
comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;;
;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;;
;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;;
;;;;;;;;;;;
;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;;
comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;;
comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;
&lt;/pre&gt;

====pmg cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74
&lt;/pre&gt;

====pmg blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]]
&lt;pre&gt;
pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293
&lt;/pre&gt;

====pmg remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]]
*code génétique de pmg
&lt;pre&gt;
Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc; 
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====pmg distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;;
;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;;
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra
2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;;
;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc
2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;
1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;
;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;
;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;
1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;;
26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;;
24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;;
2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;;
;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1884;;total;95;158;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmg autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;pmg;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;65120;306;;
;tmRNA;66389;44;comp;
fin;CDS;66707;;;
deb;CDS;74235;4;comp;
;tRNA;75526;259;comp;ctt
fin;CDS;75867;;;
deb;CDS;132034;49;;
;tRNA;132758;566;;aac
fin;CDS;133396;;;
deb;CDS;239249;185;comp;
;tRNA;240439;71;comp;cta
fin;CDS;240592;;;
deb;CDS;257573;77;comp;
;tRNA;258922;86;comp;cgt
fin;CDS;259082;;;
deb;CDS;272771;18;comp;
;tRNA;274058;141;comp;atgi
fin;CDS;274272;;;
deb;CDS;305431;87;;
;tRNA;305938;91;comp;ttc
fin;CDS;306102;;comp;
deb;CDS;313891;178;;
;tRNA;314651;65;comp;aca
fin;CDS;314788;;comp;
deb;CDS;320549;601;comp;
16s;rRNA;322590;125;;1483
;tRNA;324200;12;;atc
;tRNA;324286;258;;gca
;rRNA;324617;64;;2882
;rRNA;327557;43;;117
fin;CDS;327717;;comp;
deb;CDS;354976;88;comp;
;tRNA;355256;10;comp;acc
;tRNA;355338;102;comp;tac
fin;CDS;355522;;;
deb;CDS;434230;17;comp;
;tRNA;435678;149;comp;gac
deb;CDS;435901;35;comp;
;tRNA;436131;53;comp;tgg
fin;CDS;436257;;comp;
deb;CDS;521448;99;;
;tRNA;522597;78;;tta
fin;CDS;522761;;;
deb;CDS;609397;249;comp;
;tRNA;610147;404;comp;tca
fin;CDS;610638;;;
deb;CDS;656308;17;;
;ncRNA;657516;162;;
fin;CDS;657863;;;
deb;CDS;774440;210;;
;tRNA;775451;27;comp;ccc
fin;CDS;775552;;comp;
deb;CDS;828018;49;comp;
;tRNA;828442;214;;tcc
fin;CDS;828743;;;
deb;CDS;868731;29;;
;tRNA;869243;67;;atgj
fin;CDS;869384;;;
deb;CDS;909742;45;;
;tRNA;910753;591;;atgf
fin;CDS;911421;;;
deb;CDS;996073;16;;
;tRNA;996626;41;comp;gaa
fin;CDS;996740;;comp;
deb;CDS;1040019;177;comp;
;tRNA;1040313;512;;aaa
fin;CDS;1040897;;;
deb;CDS;1044863;276;;
;tRNA;1045700;188;;cca
fin;CDS;1045962;;comp;
deb;CDS;1134197;251;;
;tRNA;1134679;63;comp;tcg
fin;CDS;1134827;;comp;
deb;CDS;1163424;138;comp;
;tRNA;1164231;342;;aga
fin;CDS;1164647;;;
deb;CDS;1212124;58;;
;tRNA;1212953;129;comp;gcc
fin;CDS;1213155;;comp;
deb;CDS;1253753;525;;
;tRNA;1255649;5;;ttg
fin;CDS;1255736;;;
deb;CDS;1259549;131;comp;
;tRNA;1260916;72;;cac
fin;CDS;1261061;;;
deb;CDS;1264859;12;;
;ncRNA;1265987;47;comp;
fin;CDS;1266131;;;
deb;CDS;1275239;0;;
;tRNA;1277273;112;comp;gga
fin;CDS;1277456;;;
deb;CDS;1308006;50;;
;tRNA;1308848;67;;gtc
fin;CDS;1308987;;;
deb;CDS;1419657;54;comp;
;tRNA;1419948;100;;acg
fin;CDS;1420120;;;
deb;CDS;1453287;35;;
;tRNA;1454111;61;comp;agc
fin;CDS;1454261;;comp;
deb;CDS;1472925;94;;
;tRNA;1474027;16;;caa
fin;CDS;1474115;;;
deb;CDS;1485558;77;comp;
;tRNA;1486727;11;;cgg
fin;CDS;1486812;;comp;
deb;CDS;1500099;42;comp;
;tRNA;1501368;210;;tgc
fin;CDS;1501649;;comp;
deb;CDS;1517796;78;comp;
;tRNA;1518207;38;comp;agg
;ncRNA;1518319;21;;
fin;CDS;1518722;;;
deb;CDS;1526173;34;comp;
;regulatory;1527578;66;comp;
fin;CDS;1527743;;comp;
deb;CDS;1554202;45;comp;
;tRNA;1554679;61;comp;ggc
fin;CDS;1554812;;comp;
deb;CDS;1600898;-30;comp;
;tRNA;1601255;98;comp;gta
fin;CDS;1601425;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;;
;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253
;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45
;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189
;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126
;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84
;'''601 à max;14;0.8;'''601 à  1051;778;154;;;20;71
;'''total 1800;&lt;201;90.2;'''total  1798;74;114;-67 à 1051;;25;41
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;56
1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35
344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43
1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34
1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39
666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34
1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33
873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30
1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42
1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36
1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44
1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36
947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27
1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22
1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37
1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20
1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23
39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19
956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16
1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15
1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16
1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23
661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20
1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14
660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8
872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18
353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9
134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8
1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10
332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8
892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13
948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9
1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9
924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6
914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3
1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7
938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5
226447;435;35;8;290;6;;;;215;4
1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;7
773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8
858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6
;;39;7;330;8;;640;3;235;3
;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3
;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3
;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4
;;;;370;4;;720;;255;4
;;;;380;4;;740;;260;4
1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3
701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3
886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3
1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1
828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5
1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1
1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6
1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5
1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1
244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2
162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3
20410;-35;;;500;1;;980;;320;3
427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7
587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1
1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3
744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5
303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3
489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2
808548;-26;;;570;1;;;;355;1
1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0
1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3
1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1
27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56
975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg  intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&amp;-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&amp;-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&amp;78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&amp;153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;&gt;0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;&lt;0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;&gt;0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;&lt;0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg  intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91
continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88
;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159
&lt;/pre&gt;

====pmg autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin
deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp
;tmRNA;66389;44;comp;;;&amp;tRNA;522597;78;;;;&amp;tRNA;1260916;72;
fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;;
deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12;
;&amp;tRNA;75526;259;comp;;;&amp;tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp
fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;;
deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0;
;&amp;tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&amp;tRNA;1277273;112;comp
fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;;
deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50;
;&amp;tRNA;240439;71;comp;;;&amp;tRNA;775451;27;comp;;;&amp;tRNA;1308848;67;
fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;;
deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp
;&amp;tRNA;258922;86;comp;;;&amp;tRNA;828442;214;;;;&amp;tRNA;1419948;100;
fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;;
deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35;
;&amp;tRNA;274058;141;comp;;;&amp;tRNA;869243;67;;;;&amp;tRNA;1454111;61;comp
fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp
deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94;
;&amp;tRNA;305938;91;comp;;;&amp;tRNA;910753;591;;;;&amp;tRNA;1474027;16;
fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;;
deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp
;&amp;tRNA;314651;65;comp;;;&amp;tRNA;996626;41;comp;;;&amp;tRNA;1486727;11;
fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp
deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp
;$rRNA;322590;125;;;;&amp;tRNA;1040313;512;;;;&amp;tRNA;1501368;210;
;&amp;tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp
;&amp;tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp
;$rRNA;324617;64;;;;&amp;tRNA;1045700;188;;;;&amp;tRNA;1518207;38;comp
;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21;
fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;;
deb;°CDS;354976;88;comp;;;&amp;tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp
;&amp;tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp
;&amp;tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp
fin;°CDS;355522;;;;;&amp;tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp
deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&amp;tRNA;1554679;61;comp
;&amp;tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp
deb;°CDS;435901;35;comp;;;&amp;tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp
;&amp;tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&amp;tRNA;1601255;98;comp
fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;;
;;;;;;&amp;tRNA;1255649;5;;; ;;;;
 ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;;
&lt;/pre&gt;
====pmg intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;;;;&lt;201;29;25;54
;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67
;;;49;;566;;4;16;&lt;201;16;;taux;85%;76%;81%
;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;;
;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;;
;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;;
;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;;
;;comp’;178;;65;;45;61;&lt;201;17;;;;;
;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;;
;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;;
;;;35;;53;;50;67;;;;;;;
;;;99;;78;;77;67;total;;;;;;
;;;249;comp’;404;;78;72;&lt;201;33;;;;;
;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;;
;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;;
;;;29;;67;;99;100;;;;;;;
;;;45;;591;;185;129;;;;;;;
;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;;
;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;;
;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;;
;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;;
;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;;
;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;;
;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;;
;;comp’;131;;72;;16;71;&lt;201;13;;;;;
;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;;
;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;;
;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;;
;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;;
;;;94;;16;;58;141;&lt;201;8;;;;;
;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;;
;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;;
;;;78;;;;131;259;;;;;;;
;;;45;;61;;138;404;total;;;;;;
;;;-30;comp’;98;;177;-;&lt;201;21;;;;;
;;;;;;;178;-;total;26;;;;;
;;;;;;;210;-;%;81%;;;;;
;;;;;;;251;-;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===cyano synthèse===
====cyano distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]]

====cyano distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]]
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10
&lt;/pre&gt;

====cyano distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cyano par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;
&lt;/pre&gt;
====cyano, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est  2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946
&lt;/pre&gt;

==bacteroide==
===myr===
====myr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
&gt;;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
&lt;;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;
&lt;/pre&gt;

====myr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]]
&lt;pre&gt;
myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78
&lt;/pre&gt;

====myr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]]
&lt;pre&gt;
myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;
&lt;/pre&gt;

====myr remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]]
*code génétique de myr
&lt;pre&gt;
myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====myr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc
2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;;
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;;
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;;
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;;
;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;;
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;;
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;;
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;;
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;;
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;;
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;;
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;;
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;;
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;;
32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;;
27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;;
;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;;
;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;;
&lt;/pre&gt;
=====myr autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;myr;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;151454;273;comp;
;tRNA;153050;208;comp;tca
fin;CDS;153343;;comp;
deb;CDS;171836;177;comp;
;regulatory;174323;162;;
fin;CDS;174673;;comp;
deb;CDS;211346;123;;
;tRNA;212456;30;comp;gta
;tRNA;212561;30;comp;gta
;tRNA;212666;30;comp;gta
;tRNA;212771;42;comp;gta
;tRNA;212888;92;comp;gta
fin;CDS;213058;;comp;
deb;CDS;294948;146;comp;
;tRNA;295481;31;comp;aga
;tRNA;295586;7;comp;cca
;tRNA;295668;280;comp;agc
fin;CDS;296032;;;
deb;CDS;327067;115;;
;tRNA;328169;466;comp;aaa
deb;CDS;328708;73;;
;tRNA;328940;90;comp;ctc
;tRNA;329112;34;comp;aaa
;tRNA;329219;39;comp;aaa
;tRNA;329331;48;comp;aaa
;tRNA;329452;36;comp;aaa
;tRNA;329561;129;comp;aaa
fin;CDS;329763;;;
deb;CDS;353908;259;comp;
;rRNA;354644;109;comp;5s
;rRNA;354863;151;comp;23s
;tRNA;357898;91;comp;gca
;tRNA;358063;80;comp;atc
;rRNA;358217;266;comp;16s
;rRNA;360001;105;comp;5s
;rRNA;360216;151;comp;23s
;tRNA;363261;91;comp;gca
;tRNA;363426;80;comp;atc
;rRNA;363580;688;comp;16s
fin;CDS;365786;;comp;
deb;CDS;407344;144;comp;
;tRNA;408964;36;comp;aca
;tRNA;409074;41;comp;aca
;tRNA;409189;42;comp;aca
;tRNA;409305;41;comp;aca
;tRNA;409420;81;comp;aca
fin;CDS;409575;;comp;
deb;CDS;539601;209;comp;
;tRNA;542039;32;comp;other
fin;CDS;542191;;comp;
deb;CDS;550792;40;comp;
;tRNA;551084;40;comp;gaa
;tRNA;551196;37;comp;gaa
;tRNA;551305;38;comp;gaa
;tRNA;551415;38;comp;gaa
;tRNA;551525;38;comp;gaa
;tRNA;551635;75;comp;gaa
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;tRNA;1123050;91;comp;gca
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;rRNA;1123371;1349;comp;16s
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;tRNA;1926121;341;comp;tta
;tRNA;1926548;381;comp;tta
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;tRNA;1930648;201;comp;ggc
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;tRNA;1962700;35;;ttc
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;tRNA;1962907;100;;ttc
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;tRNA;2085438;91;;atc
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;rRNA;2088820;156;;5s
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;ncRNA;2225644;58;comp;
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;regulatory;2303686;199;;
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;tRNA;2427196;353;comp;cca
fin;CDS;2427624;;;
deb;CDS;2434061;125;comp;
;tRNA;2435179;366;comp;atgj
fin;CDS;2435619;;;
deb;CDS;2505104;88;comp;
;ncRNA;2506290;93;;
fin;CDS;2506482;;comp;
deb;CDS;2561350;1073;;
;rRNA;2564415;79;;16s
;tRNA;2566012;93;;atc
;tRNA;2566179;119;;gca
;rRNA;2566372;107;;23s
;rRNA;2569362;279;;5s
fin;CDS;2569751;;;
deb;CDS;2640485;167;comp;
;regulatory;2641078;541;comp;
fin;CDS;2641765;;;
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;tRNA;2678856;497;comp;tca
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;tRNA;2731143;22;;tgc
;tRNA;2731236;22;;tgc
;tRNA;2731329;22;;tgc
;tRNA;2731422;22;;tgc
;tRNA;2731515;294;;tgc
fin;CDS;2731880;;;
deb;CDS;2977513;497;comp;
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;tRNA;3228988;26;;cac
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;tRNA;3229285;43;;cac
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;tmRNA;3300558;220;comp;
fin;CDS;3301177;;;
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;tRNA;3395184;215;comp;tca
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;tRNA;3458511;49;;tac
;tRNA;3458644;51;;tac
;tRNA;3458776;44;;tac
;tRNA;3458901;312;;tac
fin;CDS;3459294;;comp;
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;regulatory;3476731;337;comp;
fin;CDS;3477177;;;
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;regulatory;3489832;337;comp;
fin;CDS;3490278;;;
deb;CDS;3951958;595;;
;tRNA;3953963;83;;aga
;tRNA;3954120;39;;aga
fin;CDS;3954233;;comp;
deb;CDS;3975219;99;;
;tRNA;3976305;39;comp;cca
;tRNA;3976419;10;comp;cca
;tRNA;3976504;965;comp;agc
fin;CDS;3977553;;;
deb;CDS;4054689;76;;
;ncRNA;4055338;275;comp;
fin;CDS;4055928;;;
&lt;/pre&gt;

====myr intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;;
myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6
;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2
;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6
;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4
;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2
;'''601 à max;150;4.2;'''601 à  1353;802;166;;;20;108;660;8
;'''total 3555;&lt;201;77.7;'''total  3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;eréquence-1;30;70;680;3
1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3
4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2
3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10
3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4
4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2
3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10
2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2
3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6
3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4
3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5
792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4
128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5
1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3
2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2
3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2
1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3
3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1
2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1
3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0
3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1
638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3
3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1
3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3
1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2
3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2
180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1
226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0
102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2
1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0
66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1
1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2
2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2
3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3
485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1
1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1
2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0
1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1
1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14;1060;0
2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0
3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2
3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0
3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1
3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0
1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0
3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1
248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0
;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1
;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1
adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0
849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1
3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0
3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0
1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12
626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150
3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;;
569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;;
3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;;
3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;;
890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;;
1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;;
1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;;
1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;;
2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;;
2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;;
3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;;
74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;;
1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;;
1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;;
3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;;
424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;;
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&amp;-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&amp;215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;117;42;-;811;poly;86;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;&gt;0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;&lt;0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;&gt;0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;&lt;0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
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300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
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 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;

====myr autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====myr intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
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;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls
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;31  7;;146;comp’;280;;20;32;&lt;201;18
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;;;209;;32;;76;69;'''fin;
;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;&lt;201;15
;;;16;;60;;85;75;total;22
;20 30;;58;;93;;90;81;%;68%
;;;76;;96;;90;88;;
;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total;
;;;54;;10;;114;93;&lt;201;33
;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48
;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69%
;;comp’;158;comp’;47;;146;147;;
;;;;comp’;90;;150;201;;
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;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;;
;;comp’;125;;147;;497;-;;
;9;;108;;201;;595;-;;
;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls
;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb;
;;;114;;106;;40;43;&lt;201;12
;;;150;comp’;145;;66;47;total;13
;;;299;comp’;353;;73;90;%;92%
;;;125;comp’;366;;95;100;;
;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin;
;22*4;;20;;294;;115;129;&lt;201;10
;;;497;;61;;123;145;total;18
;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56%
;;;90;;220;;128;183;;
;;;90;;215;;132;280;'''total;
;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;&lt;201;22
;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31
;;;;;;;_;366;%;71%
;;;;;;;_;381;;
;;;;;;;_;466;;
;;;;;;;_;497;;
;;;;;;;_;593;;
;;deb;fin;total;;;;;;
;&lt;201;30;25;55;;;;;;
;total;39;40;79;;;;;;
;taux;77%;63%;70%;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===fps===
====fps opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;;
comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;;
comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;;
;;;;;;;;;;;
;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;;
comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;;
comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;;
;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;;
comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;;
;192053..193441;;CDS;;;;;;463;;
;;;;;;;;;;;
comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;;
comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;;
comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;;
;;;;;;;;;;;
comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;;
comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;;
comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;;
;;;;;;;;;;;
comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;;
;374503..374576;;caa;;47;47;;;;;
comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;;
;;;;;;;;;;;
comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;;
comp;466843..466920;;cca;;163;163;;;;;
;467084..468346;;CDS;;;;;;421;;
;;;;;;;;;;;
;507944..508621;;CDS;;1042;*1042;;;226;;
;509664..511163;;16s;;110;;;;1500;;
;511274..511350;;atc;;158;;;158;;;
;511509..511585;;gca;;213;;;;;;
;511799..514683;;23s;;156;;;;2885;;
;514840..514945;;5s;;204;204;;;106;;
;515150..515902;;CDS;;;;;;251;;
;;;;;;;;;;;
;596537..597679;;CDS;;312;312;;;381;;
comp;597992..598074;;ctc;+;40;;40;;;;
comp;598115..598190;;aaa;2 aaa;23;;23;;;;
comp;598214..598289;;aaa;;128;128;;;;;
;598418..598936;;CDS;;;;;;173;;
;;;;;;;;;;;
;642117..643595;;CDS;;91;91;;;493;;
;643687..643758;;gaa;+;31;;31;;;;
;643790..643864;;gaa;2 gaa;162;162;;;;;
;644027..644278;;CDS;;1149;*1149;;;84;;
;645428..646927;;16s;;110;;;;1500;;
;647038..647114;;atc;;158;;;158;;;
;647273..647349;;gca;;213;;;;;;
;647563..650447;;23s;;156;;;;2885;;
;650604..650709;;5s;;931;*931;;;106;;
;651641..653437;;CDS;;;;;;599;;
;;;;;;;;;;;
;726614..727399;;CDS;;207;207;;;262;;
comp;727607..727684;;gta;;81;81;;;;;
comp;727766..728980;;CDS;;;;;;405;;
;;;;;;;;;;;
;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;;
comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;;
comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;;
;;;;;;;;;;;
;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;;
;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;;
;897383..897955;;CDS;;;;;;191;;
;;;;;;;;;;;
comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;;
;984298..984384;;agc;;15;;15;;;;
;984400..984477;;cca;;30;;30;;;;
;984508..984584;;aga;;93;93;;;;;
;984678..985880;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;;
;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;;
;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;;
;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;;
;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;;
;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;;
comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;;
comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;;
comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;;
comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;;
comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;;
comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;;
;;;;;;;;;;;
;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;;
;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;;
;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;;
comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;;
comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;;
comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;;
comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;;
comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;;
;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;;
comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;;
comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;;
comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;;
comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;;
;;;;;;;;;;;
comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;;
comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;;
comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;;
;;;;;;;;;;;
comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;;
;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;;
;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;;
;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;;
comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;;
;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;;
;;;;;;;;;;;
comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;;
comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;;
comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;;
comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;;
;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;;
;;;;;;;;;;;
;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;;
;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;;
comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;;
comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;;
comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;;
comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;;
comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;;
;;;;;;;;;;;
;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;;
;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;;
;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;;
comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;;
;;;;;;;;;;;
comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;;
comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;;
comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;;
comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;;
comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;;
comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;;
comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;;
comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;;
comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;;
comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;;
comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;
&lt;/pre&gt;

====fps cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]]
&lt;pre&gt;
fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78
&lt;/pre&gt;

====fps blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]]
&lt;pre&gt;
fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418
&lt;/pre&gt;

====fps remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]]
*code génétique fps
&lt;pre&gt;
fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====fps données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;;
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;;
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;;
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;;
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;;
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;;
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;;
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;;
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;;
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;;
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;;
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;;
;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;;
23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;;
;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;2550;;total;42;209;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====fps autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;
&lt;/pre&gt;

====fps distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===bacteroide synthèse===
====bacteroide distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]]
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====bacteroide par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;
&lt;/pre&gt;
====bacteroide, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est  12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059
&lt;/pre&gt;

==tenericutes==
===abra===
====abra opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;
&lt;/pre&gt;

====abra cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]]
&lt;pre&gt;
abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74
&lt;/pre&gt;

====abra blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]]
&lt;pre&gt;
abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177
&lt;/pre&gt;

====abra remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
tenericutes;sans rRNA;&gt;1 aas 12;1aas  ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;;
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;;
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;;
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;;
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac
1;1;80;15;34;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;;
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;;
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;
10;31;total;271;979;total;271;979;-43;0;0;;;;;
9;24;diagr;256;934;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;270;8;1;279;;;-49;0;1;;;;;
;c;967;409;12;1388;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abra autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abra;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6032;39;;
;misc_binding;8642;66;;
fin;CDS;8909;;;
deb;CDS;58474;199;;
;misc_binding;59219;96;;
fin;CDS;59565;;;
deb;CDS;175843;64;;
;regulatory;176513;67;;
fin;CDS;176678;;;
deb;CDS;226433;115;;
;regulatory;226962;128;;
fin;CDS;227191;;;
deb;CDS;241700;14;;
;ncRNA;242173;222;;
fin;CDS;242490;;;
deb;CDS;253260;86;;
;tRNA;253517;215;;tac
;rRNA;253817;145;;16s
;tRNA;255489;89;;atc
;rRNA;255655;35;;23s
;rRNA;258542;11;;5s
;tRNA;258664;149;;aac
;rRNA;258890;11;;5s
;tRNA;259012;860;;aac
deb;CDS;259949;433;;
;rRNA;260487;145;;16s
;tRNA;262159;89;;atc
;rRNA;262325;35;;23s
;rRNA;265212;14;;5s
;tRNA;265337;44;;gta
;tRNA;265457;11;;aca
;tRNA;265544;7;;aaa
;tRNA;265627;8;;tta
;tRNA;265722;72;;gca
;tRNA;265870;7;;atgj
;tRNA;265954;44;;atgi
;tRNA;266075;8;;tca
;tRNA;266174;4;;atgf
;tRNA;266255;11;;gac
;tRNA;266342;140;;ttc
fin;CDS;266558;;;
deb;CDS;296513;98;;
;misc_binding;297466;30;;
fin;CDS;297705;;;
deb;CDS;326721;0;;
;misc_feature;327414;18;;
fin;CDS;327552;;;
deb;CDS;574175;-5;;
;misc_binding;574941;43;;
fin;CDS;575188;;;
deb;CDS;582446;49;;
;tRNA;584175;170;;ctc
fin;CDS;584431;;;
deb;CDS;625631;84;;
;tRNA;626402;66;comp;ggc
;tRNA;626543;17;comp;cca
;tRNA;626637;13;comp;cga
;tRNA;626727;149;comp;gac
fin;CDS;626952;;;
deb;CDS;633550;63;;
;tRNA;634774;76;comp;acc
fin;CDS;634924;;;
deb;CDS;690994;64;;
;regulatory;692351;55;;
fin;CDS;692502;;;
deb;CDS;755442;64;;
;tRNA;756613;130;comp;aag
fin;CDS;756819;;;
deb;CDS;807788;108;;
;tRNA;808325;216;;aga
fin;CDS;808618;;;
deb;CDS;818257;29;comp;
;ncRNA;818478;-2;comp;
fin;CDS;818548;;comp;
deb;CDS;829563;155;;
;tRNA;830027;27;;agg
fin;CDS;830130;;;
deb;CDS;862237;104;;
;regulatory;863109;46;;
fin;CDS;863253;;;
deb;CDS;951162;56;;
;misc_feature;951899;10;;
fin;CDS;952033;;;
deb;CDS;979156;92;;
;ncRNA;980211;41;comp;
fin;CDS;980585;;comp;
deb;CDS;1000286;45;comp;
;misc_binding;1000883;36;comp;
fin;CDS;1001128;;comp;
deb;CDS;1033802;48;comp;
;regulatory;1034516;41;comp;
;regulatory;1034632;43;comp;
fin;CDS;1034750;;comp;
deb;CDS;1043459;55;comp;
;regulatory;1044225;61;comp;
fin;CDS;1044360;;comp;
deb;CDS;1055719;197;comp;
;misc_binding;1056720;146;comp;
fin;CDS;1057073;;;
deb;CDS;1125033;53;comp;
;misc_binding;1127681;34;comp;
fin;CDS;1127899;;comp;
deb;CDS;1135303;71;comp;
;regulatory;1136025;48;comp;
fin;CDS;1136190;;comp;
deb;CDS;1176200;434;comp;
;tRNA;1177198;8;comp;tcg
;tRNA;1177300;569;comp;gcc
fin;CDS;1177945;;comp;
deb;CDS;1187918;382;;
;tRNA;1188531;66;;tcc
fin;CDS;1188688;;;
deb;CDS;1194077;206;comp;
;tRNA;1194775;10;comp;ttg
fin;CDS;1194870;;comp;
deb;CDS;1221355;217;comp;
;tmRNA;1222634;262;;
fin;CDS;1223244;;;
deb;CDS;1251487;68;comp;
;tRNA;1252398;44;;gtc
fin;CDS;1252517;;comp;
deb;CDS;1416224;301;comp;
;tRNA;1416786;92;comp;tgc
fin;CDS;1416952;;comp;
deb;CDS;1427372;415;comp;
;tRNA;1428270;9;comp;gga
;tRNA;1428353;1;comp;cca
;tRNA;1428431;8;comp;cgt
;tRNA;1428516;73;comp;gaa
fin;CDS;1428665;;comp;
deb;CDS;1431948;96;comp;
;tRNA;1432356;11;comp;aac
;rRNA;1432444;35;comp;5s
;rRNA;1432590;167;comp;23s
;rRNA;1435609;433;comp;16s
deb;CDS;1437568;860;comp;
;tRNA;1438533;11;comp;aac
;rRNA;1438621;149;comp;5s
;tRNA;1438881;11;comp;aac
;rRNA;1438969;35;comp;5s
;rRNA;1439115;168;comp;23s
;rRNA;1442135;432;comp;16s
fin;CDS;1444094;;comp;
deb;CDS;1453717;96;comp;
;regulatory;1454971;38;comp;
fin;CDS;1455181;;comp;
deb;CDS;1532381;262;comp;
;tRNA;1533315;46;comp;cta
fin;CDS;1533446;;comp;
deb;CDS;1540295;171;comp;
;tRNA;1540706;47;comp;tgg
deb;CDS;1540828;137;comp;
;tRNA;1541892;63;;cac
;tRNA;1542031;714;;caa
fin;CDS;1542819;;comp;
deb;CDS;1716869;854;comp;
;tRNA;1718041;87;comp;acg
fin;CDS;1718204;;comp;
deb;CDS;1729328;30;comp;
;regulatory;1729649;73;comp;
fin;CDS;1729832;;comp;
deb;CDS;1742909;493;comp;
;tRNA;1744152;109;comp;gaa
fin;CDS;1744337;;comp;
deb;CDS;1747424;100;comp;
;tRNA;1747827;102;comp;agc
fin;CDS;1748022;;comp;
deb;CDS;1796937;102;comp;
;regulatory;1799337;112;comp;
fin;CDS;1799628;;comp;
&lt;/pre&gt;

====abra intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]]
*'''intercalaires entre cds''', tableau.
&lt;pre&gt;
abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;;
abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5
;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417
;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13
;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157
;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56
;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94
;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42
;Total 1667;&lt;201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40
adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21
1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24
1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27
1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26
1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28
87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29
826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20
171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30
1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27
819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22
1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27
158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22
1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19
968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16
1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17
816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17
1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26
1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25
1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20
133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26
1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17
1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18
615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13
1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21
1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19
153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20
1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16
1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7
1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8
1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10
556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12
151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13
493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10
1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10
1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3
1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5
178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6
1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12
1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4
36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1
;;38;6;320;10;;620;1;230;9
;;39;3;330;4;;640;1;235;7
;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3
;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2
;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5
;;;;370;6;;720;1;255;8
adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3
1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7
1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3
1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7
169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1
353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1
758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3
891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3
1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2
1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0
1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1
1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7
1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3
1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1
738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3
1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0
1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1
904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1
1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2
844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4
986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0
1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3
526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3
1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61
251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&amp;-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&amp;21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&amp;223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;118;42;-;827;poly;85;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et faibles fréquences
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;&gt;0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;&lt;0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;&gt;0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;&lt;0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6
;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8
;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409
&lt;/pre&gt;

====abra autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]]
*Légende: ° pour cyan, &amp; pour jaune, $ pour rouge.
&lt;pre&gt;
deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens
deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp
;misc_binding;8642;66;;;;&amp;tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262;
fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;;
deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp
;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&amp;tRNA;1252398;44;
fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp
deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp
;regulatory;176513;67;;;;&amp;tRNA;756613;130;comp;;;&amp;tRNA;1416786;92;comp
fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp
deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp
;regulatory;226962;128;;;;&amp;tRNA;808325;216;;;;&amp;tRNA;1428270;9;comp
fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&amp;tRNA;1428353;1;comp
deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&amp;tRNA;1428431;8;comp
;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&amp;tRNA;1428516;73;comp
fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp
deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp
;&amp;tRNA;253517;215;;;;&amp;tRNA;830027;27;;;;&amp;tRNA;1432356;11;comp
;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp
;&amp;tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp
;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp
;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp
;&amp;tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&amp;tRNA;1438533;11;comp
;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp
;&amp;tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&amp;tRNA;1438881;11;comp
deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp
;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp
;&amp;tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp
;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp
;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp
;&amp;tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp
;&amp;tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp
;&amp;tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp
;&amp;tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&amp;tRNA;1533315;46;comp
;&amp;tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp
;&amp;tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp
;&amp;tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&amp;tRNA;1540706;47;comp
;&amp;tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp
;&amp;tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&amp;tRNA;1541892;63;
;&amp;tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&amp;tRNA;1542031;714;
;&amp;tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp
fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp
deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&amp;tRNA;1718041;87;comp
;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp
fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp
deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp
;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp
fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp
deb;°CDS;574175;-5;;;;&amp;tRNA;1177198;8;comp;;;&amp;tRNA;1744152;109;comp
;misc_binding;574941;43;;;;&amp;tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp
fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp
deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&amp;tRNA;1747827;102;comp
;&amp;tRNA;584175;170;;;;&amp;tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp
fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp
deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp
;&amp;tRNA;626402;66;comp;;;&amp;tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp
;&amp;tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;;
fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abra intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;
comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb;
;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;&lt;201;7
;;;49;;170;;96;46;total;15
;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47%
;;comp’;63;comp’;76;;108;66;;
;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin;
;;;108;;216;;171;87;&lt;201;12
;;;155;;27;;206;92;total;16
;8;;424;;569;;262;102;%;75%
;;;382;;66;;301;109;;
;;;206;;10;;382;140;total;
;;comp’;68;comp’;44;;415;170;&lt;201;19
;;;301;;92;;424;216;total;31
;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61%
;;;96;;860;;854;860;;
;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls
;;;171;;47;;63;44;deb;100%
;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;;
;;;854;;87;;68;130;fin;80%
;;;493;;109;;84;149;;
;;;100;;102;;137;714;total;90%
&lt;/pre&gt;

===apal===
====apal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s  2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]]
&lt;pre&gt;
apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91
&lt;/pre&gt;

====apal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]]
&lt;pre&gt;
apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]]
*code génétique apal
&lt;pre&gt;
apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====apal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====apal données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;;
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;;
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;;
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;;
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;;
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa
;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;;
7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;;
6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;
;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====apal autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;
&lt;/pre&gt;

===tenericutes synthèse===
====tenericutes distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]]
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf; 
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====tenericutes par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;
&lt;/pre&gt;
====tenericutes, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est  23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693
&lt;/pre&gt;

==spirochète==
===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374===
====scc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]]
*Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*
&lt;/pre&gt;

====scc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]]
*Notes: * pour le nombre de jaunes
&lt;pre&gt;
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164
&lt;/pre&gt;

====scc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]]
&lt;pre&gt;
cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;
&lt;/pre&gt;

====scc remarques====
====scc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47
&lt;/pre&gt;

====scc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;;
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;;
1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;;
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa
1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca
;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;;
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;;
1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;;
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;;
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;;
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;;
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;;
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;;
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;;
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;;
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;;
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;;
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;;
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;;
;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;;
32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;;
31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;;
;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====scc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;scc;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;215073;1194;comp;
;tRNA;216426;369;comp;gcg
fin;CDS;216868;;comp;
deb;CDS;243358;812;;
;rRNA;244983;132;;16s
;tRNA;246652;79;;atc
;rRNA;246805;72;;23s
;rRNA;249851;175;;5s
fin;CDS;250138;;comp;
deb;CDS;300128;669;;
;tRNA;302468;452;;ggg
fin;CDS;302992;;;
deb;CDS;316296;152;comp;
;tRNA;317369;176;;gac
fin;CDS;317619;;;
deb;CDS;330207;16;;
;tRNA;331021;251;comp;ttg
fin;CDS;331356;;;
deb;CDS;345290;228;comp;
;tRNA;346445;182;comp;ccg
fin;CDS;346700;;comp;
deb;CDS;422975;71;;
;tRNA;424435;252;comp;gtc
fin;CDS;424759;;;
deb;CDS;436852;237;;
;tRNA;438406;202;comp;gtg
fin;CDS;438680;;;
deb;CDS;481186;180;comp;
;tRNA;482665;82;;atgj
fin;CDS;482820;;;
deb;CDS;530805;82;;
;tRNA;532396;310;;gta
fin;CDS;532778;;;
deb;CDS;568939;102;;
;tRNA;569803;412;;gga
fin;CDS;570287;;;
deb;CDS;636017;52;;
;tRNA;636444;334;;aca
fin;CDS;636852;;comp;
deb;CDS;640192;79;;
;tmRNA;640610;334;;
fin;CDS;641322;;comp;
deb;CDS;711173;51;;
;ncRNA;712064;10;comp;
fin;CDS;712417;;comp;
deb;CDS;717326;66;;
;tRNA;717839;230;;tac
fin;CDS;718151;;;
deb;CDS;721419;67;comp;
;tRNA;723124;10;comp;gag
;tRNA;723206;104;comp;cag
fin;CDS;723381;;comp;
deb;CDS;724974;236;comp;
;tRNA;725462;124;comp;acg
fin;CDS;725658;;comp;
deb;CDS;767509;350;comp;
;rRNA;768900;72;comp;5s
;rRNA;769084;40;comp;23s
;tRNA;772098;137;comp;gca
;rRNA;772309;535;comp;16s
fin;CDS;774381;;;
deb;CDS;783089;273;;
;tRNA;784901;43;comp;gaa
;tRNA;785016;223;comp;aaa
fin;CDS;785312;;;
deb;CDS;877367;447;comp;
;rRNA;879650;72;comp;5s
;rRNA;879834;40;comp;23s
;tRNA;882848;137;comp;gca
;rRNA;883059;648;comp;16s
fin;CDS;885244;;;
deb;CDS;900855;73;;
;tRNA;901564;214;comp;ccc
fin;CDS;901852;;;
deb;CDS;928254;138;;
;tRNA;930684;32;;cac
;tRNA;930788;38;;cga
;tRNA;930900;37;;aag
;tRNA;931010;36;;cta
;tRNA;931128;423;;ggc
fin;CDS;931623;;;
deb;CDS;937885;171;;
;tRNA;939865;437;;aga
fin;CDS;940376;;;
deb;CDS;974079;223;comp;
;tRNA;974692;153;comp;ctc
deb;CDS;974929;112;comp;
;tRNA;975497;95;comp;cca
fin;CDS;975665;;;
deb;CDS;1069506;81;;
;tRNA;1070004;78;comp;tta
fin;CDS;1070166;;;
deb;CDS;1084097;24;;
;regulatory;1084535;39;;
fin;CDS;1084670;;;
deb;CDS;1113338;247;comp;
;tRNA;1114176;247;;aac
fin;CDS;1114496;;comp;
deb;CDS;1126672;173;comp;
;tRNA;1127778;193;;caa
fin;CDS;1128044;;comp;
deb;CDS;1257969;140;comp;
;tRNA;1258904;79;;agg
fin;CDS;1259057;;;
deb;CDS;1273039;217;comp;
;tRNA;1274162;103;;ttc
fin;CDS;1274338;;comp;
deb;CDS;1301674;54;;
;repeat_region;1302007;4;;
fin;CDS;1306496;;;
deb;CDS;1319568;73;;
;repeat_region;1319986;84;;
fin;CDS;1322087;;comp;
deb;CDS;1363097;432;comp;
;tRNA;1364822;213;;atgf
fin;CDS;1365108;;;
deb;CDS;1478531;196;comp;
;tRNA;1479645;256;;cgg
fin;CDS;1479975;;comp;
deb;CDS;1522454;86;comp;
;tRNA;1523230;34;;tgc
fin;CDS;1523336;;comp;
deb;CDS;1540671;186;comp;
;tRNA;1541994;351;comp;gcc
fin;CDS;1542418;;;
deb;CDS;1691238;189;;
;tRNA;1692768;564;;ctg
fin;CDS;1693416;;;
deb;CDS;1760709;185;comp;
;tRNA;1762091;316;;atgi
fin;CDS;1762481;;comp;
deb;CDS;2034849;32;comp;
;tRNA;2035061;26;comp;tgg
deb;CDS;2035161;64;comp;
;tRNA;2035402;246;comp;acc
fin;CDS;2035721;;;
deb;CDS;2185380;84;;
;tRNA;2186256;40;;tca
;tRNA;2186381;25;;agc
;tRNA;2186493;16;;cgc
;tRNA;2186583;40;;tcg
;tRNA;2186710;13;;tcc
;ncRNA;2186809;133;;
fin;CDS;2187040;;comp;
&lt;/pre&gt;

====scc intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;;
scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347
;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8
;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106
;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67
;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78
;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57
;'''total 1805;&lt;201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;36
1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30
1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31
1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39
2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33
940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27
2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14
1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36
1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26
1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22
972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31
1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26
1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27
1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33
1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22
1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23
1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21
1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20
1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21
356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20
137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18
1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20
977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19
661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16
1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14
1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17
1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13
379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15
1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12
191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12
1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16
72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12
1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10
511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14
220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14
1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11
;;34;8;280;10;;total;355;210;10
;;35;6;290;15;;;;215;20
;;36;6;300;12;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;7
;;37;4;310;11;;600;1786;225;11
;;38;9;320;16;;620;1;230;8
;;39;°10;330;8;;640;1;235;10
;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12
;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8
;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9
;;;;370;6;;720;1;255;7
;;;;380;8;;740;;260;5
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8
438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7
1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4
277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6
1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6
964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9
1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8
482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4
1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6
1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5
1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9
1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7
950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4
1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4
2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4
937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7
1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2
1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5
485333;-31;;;570;3;;;;355;4
1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8
952193;-29;;;590;2;19;;;365;4
1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2
669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97
733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&amp;-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&amp;197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;114;43;-;787;poly;162;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;&gt;0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;&lt;0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;&gt;0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;&lt;0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28
;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319
&lt;/pre&gt;

====scc autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp
;&amp;tRNA;216426;369;comp;;;&amp;tRNA;723124;10;comp;;;&amp;tRNA;1114176;247;
fin;°CDS;216868;;comp;;;&amp;tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp
deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp
;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&amp;tRNA;1127778;193;
;&amp;tRNA;246652;79;;;;&amp;tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp
;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp
;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&amp;tRNA;1258904;79;
fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;;
deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp
;&amp;tRNA;302468;452;;;;&amp;tRNA;772098;137;comp;;;&amp;tRNA;1274162;103;
fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp
deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54;
;&amp;tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4;
fin;°CDS;317619;;;;;&amp;tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;;
deb;°CDS;330207;16;;;;&amp;tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73;
;&amp;tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84;
fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp
deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp
;&amp;tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&amp;tRNA;1364822;213;
fin;°CDS;346700;;comp;;;&amp;tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;;
deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp
;&amp;tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&amp;tRNA;1479645;256;
fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp
deb;°CDS;436852;237;;;;&amp;tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp
;&amp;tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&amp;tRNA;1523230;34;
fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp
deb;°CDS;481186;180;comp;;;&amp;tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp
;&amp;tRNA;482665;82;;;;&amp;tRNA;930788;38;;;;&amp;tRNA;1541994;351;comp
fin;°CDS;482820;;;;;&amp;tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;;
deb;°CDS;530805;82;;;;&amp;tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189;
;&amp;tRNA;532396;310;;;;&amp;tRNA;931128;423;;;;&amp;tRNA;1692768;564;
fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;;
deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp
;&amp;tRNA;569803;412;;;;&amp;tRNA;939865;437;;;;&amp;tRNA;1762091;316;
fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp
deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp
;&amp;tRNA;636444;334;;;;&amp;tRNA;974692;153;comp;;;&amp;tRNA;2035061;26;comp
fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp
deb;°CDS;640192;79;;;;&amp;tRNA;975497;95;comp;;;&amp;tRNA;2035402;246;comp
;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;;
fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84;
deb;°CDS;711173;51;;;;&amp;tRNA;1070004;78;comp;;;&amp;tRNA;2186256;40;
;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&amp;tRNA;2186381;25;
fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&amp;tRNA;2186493;16;
deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&amp;tRNA;2186583;40;
;&amp;tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&amp;tRNA;2186710;13;
fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133;
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp
&lt;/pre&gt;
====scc intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;1194;;369;;32;26;deb;
;;;669;;452;;52;79;&lt;201;13
;;comp’;152;;176;;64;82;total;18
;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72%
;;;228;;182;;67;124;;
;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin;
;;comp’;237;comp’;202;;84;176;&lt;201;8
;;comp’;180;;82;;102;182;total;17
;;;82;;310;;112;213;taux;47%
;;;102;;412;;138;230;;
;;;52;comp’;334;;171;310;total;
;;;66;;230;;186;369;&lt;201;21
;10;;67;;104;;189;412;total;35
;;;236;;124;;223;423;taux;60%
;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;;
;;comp’;73;comp’;214;;236;452;;
;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;;
;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls
;;;223;;153;;16;34;deb;
;;;112;comp’;95;;71;78;&lt;201;11
;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16
;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69%
;;comp’;173;comp’;193;;86;193;;
;;comp’;140;;79;;140;202;fin;
;;comp’;217;comp’;103;;152;214;&lt;201;5
;;comp’;432;;213;;173;223;total;16
;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31%
;;comp’;86;comp’;34;;185;247;;
;;;186;comp’;351;;196;251;total;
;;;189;;564;;217;252;&lt;201;16
;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32
;;;32;;26;;247;316;taux;50%
;;;64;comp’;246;;273;334;;
;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;24;13;37;;;;;;;
total;34;33;67;;;;;;;
taux;71%;39%;55%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====scc par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;
&lt;/pre&gt;
===spirochetes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est  18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850
&lt;/pre&gt;

==archeo==
===mfi===
====mfi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;
&lt;/pre&gt;

====mfi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81
&lt;/pre&gt;

====mfi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]]
&lt;pre&gt;
mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382
&lt;/pre&gt;

====mfi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]]
&lt;pre&gt;
mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;;
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;;
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;;
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;;
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;;
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;;
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;;
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;;
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;;
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;;
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;;
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;;
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;;
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;2;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;
&lt;/pre&gt;

===mja===
====mja opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;
&lt;/pre&gt;

====mja cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]]
&lt;pre&gt;
mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74
&lt;/pre&gt;

====mja blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]]
&lt;pre&gt;
mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;
&lt;/pre&gt;

====mja remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]]
&lt;pre&gt;
mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====mja distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mja données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;;
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;;
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;;
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;;
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;;
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mja autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*'''Attention''': Correction erreur fin de génome
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;
&lt;/pre&gt;

====mja intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]]
*'''Les intercalaires négatifs:'''
&lt;pre&gt;
mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53
continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166
&lt;/pre&gt;
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;;
;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5
;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219
;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21
;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128
;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100
;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102
;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83
;'''total 1729;&lt;201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35
470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39
47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27
451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36
449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25
291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18
623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37
1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22
694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36
1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21
1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27
328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27
911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44
106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22
91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33
692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21
256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17
1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21
15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25
424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22
1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20
73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25
1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26
777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18
983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16
1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15
518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16
410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11
1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10
1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16
1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12
439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10
489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14
966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16
7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9
325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6
1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9
258119;400;35;1;290;14;;;;215;11
;;36;5;300;4;;;;220;11
;;37;4;310;5;;;;225;5
;;38;6;320;12;;;;230;12
;;39;°11;330;3;;;;235;5
;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7
;;reste;902;350;3;166;;;245;6
;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6
;;;;370;6;;;;255;4
;;;;380;5;;;;260;3
;;;;390;3;;;;265;7
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6
349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7
541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2
575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9
125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5
1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3
1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1
28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4
316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1
1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6
739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6
875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3
1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0
12869;-39;;;530;2;;;;335;5
1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1
1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2
1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1
697374;-35;;;570;0;;;;355;3
1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3
1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4
139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2
312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49
352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&amp;-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&amp;-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&amp;227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&amp;128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;&gt;0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;&lt;0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;&gt;0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;&lt;0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
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400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
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 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163
&lt;/pre&gt;

====mja autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484;
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;&amp;tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484;
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;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473;
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;&amp;tRNA;358768;23;;;;&amp;tRNA;764021;50;;;;;;;
;&amp;tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;
====mja intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb;
;23;comp’;250;;19;;39;19;&lt;201;6
;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8
;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75%
;18;;31;;32;;133;50;;
;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin;
;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;&lt;201;15
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;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88%
;8;comp’;48;;103;;'''-;95;;
;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total;
;34;;402;;63;;'''-;103;&lt;201;21
;;;133;;;;'''-;154;total;25
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;;;179;;41;;'''-;177;;
;;;86;;80;;'''-;241;;
;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls
;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb;
;;;39;;1;;64;229;&lt;201;8
;;comp’;210;;243;;65;230;total;14
;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57%
;;comp’;383;;177;;149;'''-;;
;;;;;;;157;'''-;'''fin;
;;;;;;;171;'''-;&lt;201;1
;;;;;;;172;'''-;total;4
;;;;;;;210;'''-;taux;25%
;;;;;;;220;'''-;;
;;;;;;;238;'''-;'''total;
;;;;;;;250;'''-;&lt;201;9
;;;;;;;306;'''-;total;18
;;;;;;;383;'''-;taux;50%
;;;;;;;;;;
;;;;;deb;fin;total;;;
;;;;&lt;201;14;16;30;;;
;;;;total;22;21;43;;;
;;;;taux;64%;76%;70%;;;
&lt;/pre&gt;

===mba===
====mba opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
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comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;*
;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;*
comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;*
comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;*
comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;*
&gt;comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;*
comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
&lt;;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;*
;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;*
comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
&gt;;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*
&lt;/pre&gt;

====mba cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]]
&lt;pre&gt;
mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78
&lt;/pre&gt;

====mba blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]]
&lt;pre&gt;
mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*
&lt;/pre&gt;

====mba remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]]
&lt;pre&gt;
mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mba distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;;
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;;
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;;
;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;;
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;;
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488;
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607;
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289;
;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;;
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;;
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;;
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga
1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf
2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;
17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;;
41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;;
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;
;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;;
;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mba autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mba;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;91192;137;;
;tRNA;92076;132;comp;ctc
;tRNA;92293;298;comp;ctc
fin;CDS;92676;;comp;
deb;CDS;98630;535;comp;
;tRNA;99873;222;comp;tcc
fin;CDS;100178;;comp;
deb;CDS;146979;80;comp;
;tRNA;147599;198;comp;acc
fin;CDS;147869;;comp;
deb;CDS;199345;492;comp;
;tRNA;200761;71;comp;aac
;tRNA;200905;119;comp;atgi
;tRNA;201099;790;comp;aac
fin;CDS;201962;;;
deb;CDS;260990;173;;
;tRNA;261706;673;;cgg
fin;CDS;262451;;;
deb;CDS;355894;309;;
;repeat_region;356467;137;;
fin;CDS;359947;;;
deb;CDS;463836;2075;comp;
;tRNA;466799;94;;gga
;tRNA;466965;221;;cta
fin;CDS;467271;;comp;
deb;CDS;473154;298;;
;tRNA;474022;246;comp;gag
fin;CDS;474343;;comp;
deb;CDS;692109;349;comp;
;tRNA;693337;400;;aga
fin;CDS;693812;;comp;
deb;CDS;703446;488;comp;
;tRNA;704447;307;;agg
fin;CDS;704829;;;
deb;CDS;800463;799;comp;
;tRNA;801442;137;comp;agc
;ncRNA;801664;327;comp;
fin;CDS;802306;;;
deb;CDS;1109819;15;;
;tRNA;1110029;63;;atgf
;tRNA;1110167;63;;atgf
;tRNA;1110305;273;;atgf
fin;CDS;1110653;;;
deb;CDS;1134460;235;comp;
;tRNA;1135310;65;comp;tgc
;tRNA;1135447;126;comp;tgc
fin;CDS;1135645;;comp;
deb;CDS;1137210;488;;
;rRNA;1138169;74;comp;122
;rRNA;1138365;209;comp;2833
;rRNA;1141481;835;comp;1489
fin;CDS;1143794;;;
deb;CDS;1249870;423;comp;
;tRNA;1250464;546;comp;aag
fin;CDS;1251084;;;
deb;CDS;1315521;-12;;
;tRNA;1315680;174;comp;cgc
fin;CDS;1315926;;;
deb;CDS;1516050;286;comp;
;tRNA;1516507;760;;caa
fin;CDS;1517340;;comp;
deb;CDS;1538879;36;comp;
;tRNA;1539323;1249;comp;other
fin;CDS;1540645;;comp;
deb;CDS;1546247;576;comp;
;tRNA;1548368;448;comp;aca
fin;CDS;1548890;;;
deb;CDS;1550566;745;;
;tRNA;1551506;506;comp;aca
fin;CDS;1552086;;;
deb;CDS;1621639;433;;
;tRNA;1623269;112;;tac
;tRNA;1623497;300;;gac
fin;CDS;1623870;;comp;
deb;CDS;1657967;616;comp;
;repeat_region;1660242;74;;
fin;CDS;1661656;;;
deb;CDS;1714788;154;;
;tRNA;1715224;187;comp;acg
fin;CDS;1715483;;comp;
deb;CDS;1755811;113;comp;
;tRNA;1756107;0;comp;ccg
fin;CDS;1756182;;comp;
deb;CDS;1842058;16;;
;tRNA;1842212;717;comp;gtg
fin;CDS;1843003;;;
deb;CDS;1852573;1379;comp;
;tRNA;1854261;198;comp;ccc
fin;CDS;1854537;;comp;
deb;CDS;1908225;349;comp;
;tRNA;1909339;445;comp;tgg
fin;CDS;1909976;;;
deb;CDS;1926495;183;;
;tRNA;1927362;125;comp;tcg
fin;CDS;1927571;;comp;
deb;CDS;1975038;78;;
;ncRNA;1976292;428;comp;
fin;CDS;1977078;;;
deb;CDS;2005431;2315;comp;
;tRNA;2009369;199;comp;cca
fin;CDS;2009643;;comp;
deb;CDS;2026807;314;comp;
;tRNA;2028771;513;;ggg
fin;CDS;2029356;;comp;
deb;CDS;2157926;567;;
;tRNA;2159252;349;;atgj
fin;CDS;2159712;;;
deb;CDS;2194967;718;comp;
;rRNA;2196021;209;;1489
;rRNA;2197708;74;;2833
;rRNA;2200689;607;;122
fin;CDS;2201418;;comp;
deb;CDS;2434335;603;comp;
;tRNA;2435213;223;comp;gcc
;tRNA;2435508;74;;atc
;tRNA;2435659;241;;atc
fin;CDS;2435977;;comp;
deb;CDS;2622097;1489;;
;tRNA;2625515;1102;;gta
fin;CDS;2626691;;;
deb;CDS;2650514;164;;
;tRNA;2651461;218;;cac
fin;CDS;2651751;;;
deb;CDS;2663547;318;;
;tRNA;2664987;263;comp;ggc
fin;CDS;2665322;;;
deb;CDS;2856552;134;;
;tRNA;2857544;153;comp;tca
fin;CDS;2857782;;comp;
deb;CDS;3326036;539;;
;tRNA;3327097;995;;tgc
fin;CDS;3328164;;;
deb;CDS;3994472;514;;
;tRNA;3995436;477;comp;cga
fin;CDS;3996007;;;
deb;CDS;4005709;269;;
;tRNA;4006296;860;;ttg
;repeat_region;4007239;169;;
fin;CDS;4009182;;comp;
deb;CDS;4031590;1075;comp;
;tRNA;4032947;182;;cag
fin;CDS;4033202;;comp;
deb;CDS;4041205;96;comp;
;tRNA;4042057;375;;tta
fin;CDS;4042517;;comp;
deb;CDS;4045359;718;comp;
;tRNA;4048993;35;;tta
deb;CDS;4049113;241;comp;
;tRNA;4052645;177;;tta
fin;CDS;4052907;;comp;
deb;CDS;4407561;64;;
;tRNA;4407895;675;;gcg
fin;CDS;4408642;;comp;
deb;CDS;4504139;536;comp;
;tRNA;4504837;220;comp;ctg
fin;CDS;4505142;;comp;
deb;CDS;4551177;566;comp;
;tRNA;4552418;94;;gtc
;tRNA;4552586;7;;ttc
;tRNA;4552668;61;;ggc
;tRNA;4552801;94;;gtc
;tRNA;4552969;7;;ttc
;tRNA;4553051;717;;ggc
fin;CDS;4553840;;;
deb;CDS;4617920;200;;
;tRNA;4618540;351;;gaa
deb;CDS;4618969;377;;
;tRNA;4619568;214;;gaa
fin;CDS;4619860;;comp;
deb;CDS;4673041;289;;
;rRNA;4673933;74;comp;122
;rRNA;4674129;116;comp;2833
;tRNA;4677152;85;comp;gca
;rRNA;4677310;1247;comp;1489
fin;CDS;4680035;;;
deb;CDS;4759174;89;comp;
;tRNA;4759500;655;comp;aaa
fin;CDS;4760232;;comp;
&lt;/pre&gt;

====mba intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;;
mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21
;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23
;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21
;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20
;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14
;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22
;'''total 3943;&lt;201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28
3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6
526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11
1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20
2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14
4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7
818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16
2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20
3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12
376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18
3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12
4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8
1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7
4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6
3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8
372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8
3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9
3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13
3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6
542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18
682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8
3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10
2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9
3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7
2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5
912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4
2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7
2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15
4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9
974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5
4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9
2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8
511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9
2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3
3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9
2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4
63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7
136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3
958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7
301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10
1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;230;22;1080;5
;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3
;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1
;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8
;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4
;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4
4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3
1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5
4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4
493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3
942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3
4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4
4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580
4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109
2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943
1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;;
2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;;
3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;;
2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;;
4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;;
1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;;
1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;;
82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;;
222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;;
3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;;
1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;;
1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;;
3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;;
3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;;
4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;&gt;0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;&lt;0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;&gt;0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;&lt;0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
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150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
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210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
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;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

====mba autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp
&lt;/pre&gt;
====mba intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb;
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;;;349;comp’;445;;1489;-;;
;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls
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;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb;
;;;567;;349;;96;177;&lt;201;7
'''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21
;'''74;;;;;;137;214;taux;33%
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;;;164;;218;;183;241;'''fin;
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;;;269;;;;318;445;'''total;
;;comp’;1075;comp’;182;;349;448;&lt;201;11
;;comp’;96;comp’;375;;488;477;total;42
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;;;377;comp’;214;;2075;790;;
;;;89;;655;; ;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;toal;;;;;;;
&lt;201;16;12;28;;;;;;;
total;46;44;90;;;;;;;
taux;35%;27%;31%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===mfe===
====mfe opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_opérons|mfe opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
40.2%GC;3.2.20 Paris;16s  3;56;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina sp. WH1;;;;;;;;;;;;
comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;*
;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;*
;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;*
;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;*
;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;*
;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;*
;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;*
;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;*
comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;*
comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;*
;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;*
comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;*
comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;*
;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;*
comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;*
;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;*
comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;*
;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;*
comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;*
comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;*
comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;*
comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;*
;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;*
&gt;;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;*
comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;*
comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;*
;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;*
comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;*
comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;*
comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;*
comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;*
comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;*
comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;*
comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;*
comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;*
comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;*
;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;*
comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;*
;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;*
;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;*
comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;*
;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;*
;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;*
comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;*
;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;*
;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;*
;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;*
comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;*
comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;*
comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;*
comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;*
comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;*
comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;*
comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;*
comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;*
;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;*
;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;*
comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;*
;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
&gt;;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;*
;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;*
comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;*
;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;*
comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;*
comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;*
comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;*
comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
&lt;/pre&gt;

====mfe cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80
&lt;/pre&gt;

====mfe blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]]
&lt;pre&gt;
mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*
&lt;/pre&gt;

====mfe remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]]
&lt;pre&gt;
mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfe distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfe données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;;
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;;
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;;
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;;
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;;
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5;
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271;
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;;
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;;
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;;
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfe autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;
&lt;/pre&gt;

===archées synthèse===
====archées distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]]
&lt;pre&gt;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;&gt;1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;
&lt;/pre&gt;
====euryarchaeota, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est  10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832
&lt;/pre&gt;

==génomes synthèse==
===Les intercalaires entre cds d'un génome===
====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]]
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a%
;;;;;;;;;;;
pub;1,307;19,910;&amp;1.63;89;&amp;15,233;;;;;;
ant;3,095;158,387;&amp;'''1.80;85;&amp;'''51,175;;;;;;
abra;1,667;17,186;&amp;1.41;81;10,310;;;;;;
pmg;1,800;48,983;&amp;1.62;85;&amp;27,213;;;;;;
mja;1,729;25,564;&amp;1.45;81;&amp;14,777;;;;;;
fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1
rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16
;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31
rru;3,786;46,193;&amp;1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16
eco;4,024;64,507;&amp;1.46;74;&amp;16,031;;;;;;
cvi;4,282;5,941;&amp;1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&amp;'''45.8;19
ade;4,464;83,541;&amp;1.51;81;&amp;18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17
bsu;4,213;110,979;&amp;1.58;79;&amp;26,323;;;;;;
cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;;
afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;;
ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31
scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;;
Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39
rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1
spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&amp;39
pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&amp;30.0;&amp;41
cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&amp;34.0;&amp;50
blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;;
myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21
mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&amp;49
&lt;/pre&gt;
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a%
pub;1 307;19 910;&amp;1,63;89;&amp;15 233;;;;;;
rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1
rru;3 786;46 193;&amp;1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16
;;;;;;;;;;;
eco;4 024;64 507;&amp;1,46;74;&amp;16 031;;;;;;
spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&amp;39
;;;;;;;;;;;
bsu;4 216;110 979;&amp;1,58;79;&amp;26 323;;;;;;
pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&amp;30,0;&amp;41
;;;;;;;;;;;
cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;;
cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&amp;34,0;&amp;50
;;;;;;;;;;;
ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31
blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;;
;;;;;;;;;;;
myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21
pmg;1 800;48 983;&amp;1,62;85;&amp;27 213;;;;;;
abra;1 667;17 186;&amp;1,41;81;10 310;;;;;;
cvi;4 282;5 941;&amp;1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&amp;45,8;19
ade;4 464;83 541;&amp;1,51;81;&amp;18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17
ant;3 095;158 387;&amp;1,80;85;&amp;51 175;;;;;;
afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;;
scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;;
mja;1 730;25 564;&amp;1,45;81;&amp;14 777;;;;;;
mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&amp;49
&lt;/pre&gt;

====Fréquences des intercalaires cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]]
&lt;pre&gt;
génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;;
gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5;gen;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5
pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438
rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573
rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714
spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723
pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725
cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726
blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639
pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604
abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723
ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690
ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632
mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529
rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;;
faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604
moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714
fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778
effectif;9   9   3;3  12  6;3  11  7;7  10  4;3  10  8;2  13  6;3  13  5;;;;;;;;;effectif;5  11  5;6  11  4;4  11  6;4  11  6;5  11  5;13  6  2; 5  9  7
&lt;/pre&gt;

====Classement des génomes cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]]
&lt;pre&gt;
gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;&lt;0;100;200;370;600;max
'''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1
'''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8
'''abra;2m;''7;&lt;u&gt;65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;&lt;u&gt;11
'''pmg;2m;&lt;u&gt;8,5;''55;''35;&lt;u&gt;11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8
'''mja;2m;°9;&lt;u&gt;64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7
;;;;;;;;;;;;;
fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8
;;;;;;;;;;;;;
rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10
;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16
;;;;;;;;;;;;;
'''rru;4M;°10;&lt;u&gt;'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;&lt;u&gt;'''221;°141;°37;°13
'''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;&lt;u&gt;''8
'''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16
'''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10
'''bsu;4M;°9,5;°72;&lt;u&gt;''64;'''29.29;°81;;°144;°495;&lt;u&gt;'''230;°98;°28;''4
'''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;&lt;u&gt;'''232;&lt;u&gt;'''158;°47;°10
'''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11
'''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28
'''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;&lt;u&gt;'''192;°439;°181;°134;°43;°11
;;;;;;;;;;;;;
Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19
;;;;;;;;;;;;;
'''rtb;1m;'''20;'''85;&lt;u&gt;109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151
'''spl;4M;'''14;'''82;&lt;u&gt;105;°17.06;°76;;''101;''371;&lt;u&gt;215;'''184;'''90;'''40
&amp;'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;&lt;u&gt;110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32
&amp;'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;&lt;u&gt;211;'''221;'''127;'''52
'''blo;2m;&lt;u&gt;11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19
'''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;&lt;u&gt;57;'''42
&amp;'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175
&lt;/pre&gt;

====Les intercalaires tRNAs-cds====
=====comparaison continu-discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]]
*Total des nuls cds-cds
&lt;pre&gt;
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
&lt;/pre&gt;
*tableau
&lt;pre&gt;
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;&lt;0;reste32;reste32%;comp’/&lt;0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
&lt;/pre&gt;

=====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]]
*Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne &quot;opérons sans&quot; dans &quot;genome.opérons&quot;). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
&lt;pre&gt;
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;

cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&amp;37,3;41;2;4,9;&amp;7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&amp;35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&amp;45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&amp;14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&amp;'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&amp;'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&amp;39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&amp;42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&amp;8,0;1;;
pub;&amp;'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&amp;7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&amp;12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
&lt;/pre&gt;

=====Les cds-cds positif-négatif=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]]
&lt;pre&gt;
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;&lt;0 %;&lt;1;reste;total;1-40;&gt;0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3

22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&amp;25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&amp;36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&amp;25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&amp;41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&amp;99;&amp;205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&amp;106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&amp;580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&amp;25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&amp;37.5;950;597;&amp;39;14;1800
pmq;7479;&amp;185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&amp;36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&amp;141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;

tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+;  xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
&lt;/pre&gt;

=====comparaison cds-cds et tRNA-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
;caractéristiques;;;;;;petit;;grand;
gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;&lt;0;inf;sup;inf;sup
abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57
ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28
mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49
pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78
pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07
;;;;;;;;;;
ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65
afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48
ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06
bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59
cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08
cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54
eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92
rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78
spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62
;;;;;;;;;;
blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73
cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68
mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36
myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85
pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68
rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27
scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12

;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;;
gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux
abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5
ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4
mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1
pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5
pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5
;;;;;;;;;;
ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1
afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9
ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3
bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9
cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8
cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4
eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5
rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0
spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3
;;;;;;;;;;
blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9
cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8
mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0
myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0
pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8
rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9
scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
;&lt;201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3
;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;;
genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;;
vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3;
oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5;
ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;&quot;
psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5;
cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; 
hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4;
npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;&quot;
apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5;
mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;&quot;
mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
;total ok;1;6;4;12;8;9;16;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les résultats'''
&lt;pre&gt;
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5
vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5
amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0
ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7
rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7
oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4
abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4
abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0
agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7
aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3
rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9
ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9
lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4
ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5
psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3
cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2
hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7
fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2
npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4
apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3
mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9
mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3
**;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7
bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2
eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9
ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;;
cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9
afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1
scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6
ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1
;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5
pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0
vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0
amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0
ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2
rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7
oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7
abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5
abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4
agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7
aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4
rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0
ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;;
lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;;
ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;;
psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;;
hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;;
fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;;
apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;;
mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;;
mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;;
**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand'''
&lt;pre&gt;
test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal;
cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453;
petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13;
grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9;
totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26;
total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26;
grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;;
;;;;;;;;;;;
test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe
cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374
petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21
grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5
totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78
total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78
grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8);
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko;
p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848;
q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152;
compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu;
cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325;
petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11;
grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8;
totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
grand sans -;(5);;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok
p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630
q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370
compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb
cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828
petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18
grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5
totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
&lt;/pre&gt;
*'''Les calculs des bornes'''
&lt;pre&gt;
;compare;test;;;;;;;;;
;afn;eco;;;;;;;;;
;0,771;21;;;;;;;;;
;0,229;5;;;;;;;;;
;;78;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs
archeo;cds total;total;&lt;0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78
mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2
mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052
mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus;
calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand
petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205
grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;;
;;;;;;;34;40;;17;29
;;;;;;;;;;;
;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3
;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup
&lt;/pre&gt;
=====Récapitulatif des taux discontinu/continu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]]
&lt;pre&gt;
&gt;0;;;&lt;0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&amp;36,5;2;6;&amp;75;1280;&amp;0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&amp;31,08;9564;1224;&amp;11,3;72019;&amp;15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&amp;25,1;&amp;3,4;75793;;28,1
&lt;/pre&gt;

=====Les taux de discontinus par classe génomique=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]]
&lt;pre&gt;
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&amp;25;°24;°6
ant;&amp;10,9;27;&amp;25;°15;°8
mja;&amp;24,2;30;13;42;&amp;36
pmg;&amp;36,0;&amp;39;14;39;&amp;41
pub;&amp;19,0;29;&amp;36;44;&amp;45
$II;;;;;
ade;&amp;11,9;&amp;36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&amp;19,3;&amp;42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&amp;57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&amp;12,3;33;18;43;&amp;35
rru;&amp;10,1;31;18;41;&amp;33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&amp;47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&amp;48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]]
*Tableau 
&lt;pre&gt;
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
 -1;1671;'''17.5;;0;0;;
 -2;4;0.0;;40;3.3;;
 -3;5;0.1;;0;0;;
 -4;&amp;4476;'''46.8;&lt;u&gt;0.38;°410;'''33.5;&lt;u&gt;0.10;
 -5;9;0.1;;3;0.2;;
 -6;4;0.0;;35;2.9;;16
 -7;139;1.5;;19;1.6;;
 -8;&amp;945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
 -9;3;0.0;;25;2.0;;14
 -10;93;1.0;;11;0.9;;
 -11;&amp;498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
 -12;2;0.0;;23;1.9;;8
 -13;94;1.0;;15;1.2;;
 -14;&amp;329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
 -15;1;0.0;;25;2.0;;12
 -16;58;0.6;;13;1.1;;
 -17;&amp;235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
 -18;5;0.1;;13;1.1;;1
 -19;43;0.4;;12;1.0;;
 -20;&amp;162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
 -21;0;0;;11;0.9;;3
 -22;22;0.2;;8;0.7;;
 -23;&amp;107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
 -24;1;0.0;;19;1.6;;8
 -25;34;0.4;;11;0.9;;
 -26;&amp;101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
 -27;2;0.0;;6;0.5;; -2
 -28;19;0.2;;8;0.7;;
 -29;&amp;61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
 -30;0;0;;5;0.4;; -3
 -31;16;0.2;;8;0.7;;
 -32;&amp;45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
 -33;0;0;;3;0.2;; -4
 -34;15;0.2;;7;0.6;;
 -35;&amp;35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
 -36;0;0;;3;0.2;;0
 -37;9;0.1;;3;0.2;;
 -38;&amp;31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
 -39;0;0;;3;0.2;; -4
 -40;5;0.1;;7;0.6;;
 -41;&amp;34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
 -42;0;0;;4;0.3;; -2
 -43;16;0.2;;6;0.5;;
 -44;&amp;24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
 -45;0;0;;2;0.2;; -1
 -46;5;0.1;;3;0.2;;
 -47;&amp;11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
 -48;0;0;;2;0.2;; -2
 -49;11;0.1;;4;0.3;;
 -50;&amp;9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences des &lt;span id=&quot;nd50&quot;&gt;négatifs&lt;/span&gt;, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]]
*Tableau
&lt;pre&gt;
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu   50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]]
&lt;pre&gt;
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&amp;0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&amp;2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&amp;492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&amp;4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&amp;0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&amp;0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&amp;16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
&lt;/pre&gt;
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus=====
======Tableau cds-cds négatifs discontinus======
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]]
&lt;pre&gt;
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰  ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&amp;45;§38;7;56;&amp;&lt;u&gt;70.4;1307;&amp;47;51;&amp;92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&amp;55;§29;16;55;&amp;48.9;1800;&amp;33;38;&amp;88
3;'''ase;17;?48;55;123;&amp;&lt;u&gt;226;?21;24;54;&amp;42.9;&lt;u&gt;'''8197;&amp;&lt;u&gt;109;31;&amp;&lt;u&gt;335
4;'''mja;0;@19;3;8;&amp;30;@63;10;27;&amp;32.4;1730;&amp;26;46;&amp;56
5;'''ant;0;@20;5;18;&amp;43;@47;12;42;&amp;26.8;3095;&amp;40;48;&amp;83
6;'''eco;10;§15;6;18;&amp;39;§38;15;46;&amp;23.4;'''4024;&amp;45;48;&amp;84
7;'''ade;9;?4;17;36;&amp;57;?7;30;63;&amp;22.8;'''4464;&amp;36;35;&amp;93
8;'''rru;5;?6;13;22;&amp;41;?15;32;54;&amp;19.5;'''3786;&amp;28;38;&amp;69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&amp;43;?16;37;47;&amp;16.1;'''4282;&amp;25;36;&amp;68
10;'''scc;1;§9;3;12;&amp;24;§38;13;50;&amp;15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&amp;27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor=&quot;#e8f2a8&quot;|;;?;bgcolor=&quot;#bbe333&quot;|;;@;bgcolor=&quot;#ff00ff&quot;|;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;cdmc&quot;&gt;Coefficient&lt;/span&gt; de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
&lt;pre&gt;
	14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs continus		14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs discontinus				
gen	r50	“5	“6	“7	“8	total	cds	r80	“5	“6	“7	“8	total
abra	13	211	0	11	174	409	1667	0	2	3	0	3	8
ade	9	607	0	25	72	713	4464	9	36	4	17	36	102
afn	9	167	2	20	105	303	2039	1	1	1	1	0	4
ant	6	387	1	33	252	679	3095	0	40	20	5	18	83
ase	28	1054	3	70	145	1300	8197	17	109	48	55	123	352
blo	2	161	1	10	36	210	1772	2	3	1	4	8	18
bsu	17	305	0	42	209	573	4215	4	14	5	7	5	35
cbei	4	153	0	32	200	389	5622	0	4	2	2	3	11
cbn	0	62	0	23	82	167	2491	0	0	5	0	4	9
cvi	4	493	0	38	152	687	4282	1	25	7	16	20	69
eco	22	423	0	47	152	644	4024	10	45	15	6	18	94
mba	6	152	7	34	108	307	3943	0	6	3	3	10	22
mja	6	78	0	17	62	163	1730	0	26	19	3	8	56
myr	0	133	0	22	127	282	3555	0	9	5	1	5	20
pmg	2	105	0	10	41	158	1800	0	33	16	9	30	88
pmq	16	466	1	44	226	753	7223	1	14	8	5	14	42
pub	3	233	2	14	129	381	1307	0	47	17	3	25	92
rru	11	475	0	26	97	609	3786	5	28	6	13	22	74
rtb	0	43	0	9	46	98	793	0	1	0	0	3	4
scc	6	195	1	22	95	319	1805	1	3	9	3	12	28
spl	5	262	0	30	117	414	4213	0	7	1	1	3	12
total	169	6165	18	579	2627	9558	72023	51	453	195	154	370	1223
&lt;/pre&gt;
*Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
&lt;pre&gt;
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. 
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails======
*Fréquences &lt;span id=&quot;disc80&quot;&gt;des&lt;/span&gt; discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
&lt;/pre&gt;

======Restes des cds-cds négatifs======
*Restes &lt;span id=&quot;rcdsn&quot;&gt;des&lt;/span&gt; cds-cds négatifs
&lt;pre&gt;
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]]
*Tableau cds-cds-c
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;&lt;u&gt;'''37;&lt;u&gt;'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&amp;5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&amp;7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&amp;77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;&lt;u&gt;'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&amp;32.1;1054;&amp;81;158.6;&amp;&lt;u&gt;8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&amp;25.8;607;&amp;&lt;u&gt;85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&amp;72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&amp;78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&amp;177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&amp;219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;&lt;u&gt;'''5.9;211;°52;&amp;245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&amp;&lt;u&gt;292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
&lt;/pre&gt;
*Tableau cds-cds-x
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;&lt;u&gt;'''67;&amp;121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&amp;87;&amp;5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&amp;118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&amp;48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&amp;32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&amp;93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&amp;7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;&lt;u&gt;'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&amp;&lt;u&gt;8 197;?21;31;&amp;42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;&lt;u&gt;'''13;4464;?7;35;&amp;22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&amp;23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&amp;16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&amp;19.5
'''scc;108;12.2;53;&amp;177;'''25;°1 805;§38;11;&amp;15.5
'''ant;125;10.7;&amp;81;&amp;219;&amp;74;3095;@47;48;&amp;26.8
'''abra;127;6.6;&amp;104;&amp;245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&amp;99;&amp;&lt;u&gt;292;&amp;&lt;u&gt;190;'''1 307;§38;51;&amp;&lt;u&gt;70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences &lt;span id=&quot;fncont&quot;&gt;des&lt;/span&gt; intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
&lt;pre&gt;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max  40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&amp;pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max  50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&amp;cbei;708;18;{{tri1|18}}d2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&amp;'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&amp;mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max  50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&amp;'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor=&quot;#66ffff&quot;|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor=&quot;#ffff00&quot;|;;&amp;;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&amp;mba;348;17;
[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&amp;cbei;708;18;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&amp;pmq;813;19;
§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&amp;'''scc;71;20;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&amp;'''blo;138;21;
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]]
*Légende
&lt;pre&gt;
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30  ‰ ;;;teff;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&amp;pmq;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&amp;cbei;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&amp;[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&amp;'''blo;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&amp;[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&amp;mba;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&amp;mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&amp;'''scc;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;&lt;u&gt;2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&amp;pmq;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&amp;cbei;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&amp;'''blo;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;&lt;u&gt;3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&amp;mba;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&amp;'''scc;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]]
*Légende
*Tableau
&lt;pre&gt;
Sc+  40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&amp;'''1.7;4;13;&amp;-10.7;$131;pr1;'''rtb;&amp;'''39;&amp;27;&amp;18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&amp;981;6;8;13;13;$0;2;58;&amp;-11.0;&amp;367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&amp;882;7;11;11;34;&amp;5.8;4;43;&amp;-11.3;&amp;630;pro1;'''rru;&amp;32;&amp;28;&amp;13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&amp;897;6;10;13;50;&amp;9.3;1;58;&amp;-9.0;&amp;815;pro;'''cvi;&amp;30;&amp;30;&amp;17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&amp;929;5;9;19;51;&amp;8.0;2;63;&amp;-14.7;&amp;876;pro;'''ade;&amp;30;&amp;32;&amp;15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&amp;923;7;9;14;88;&amp;'''37.0;1;109;&amp;-15.8;&amp;836;pro;'''ant;&amp;'''37;&amp;39;&amp;14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&amp;894;5;9;13;61;&amp;12.0;2;54;&amp;-13.7;&amp;902;pro;'''eco;&amp;27;&amp;35;&amp;17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&amp;881;6;10;13;33;&amp;5.0;2;53;&amp;-10.0;&amp;683;pro1;'''spl;&amp;30;&amp;31;&amp;15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&amp;9.3;4;32;&amp;-14.0;&amp;474;pro-a;'''mja;$23;&amp;31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&amp;922;7;12;23;46;&amp;4.6;2;78;&amp;-11.0;&amp;899;pro1-a;'''myr;&amp;'''42;$25;&amp;16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&amp;895;7;12;4;33;&amp;5.8;1;58;&amp;-9.0;&amp;420;pro1;'''abra;&amp;'''41;&amp;30;&amp;14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;fc40&quot;&gt;Données&lt;/span&gt;
&lt;pre&gt;
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]]
*Légende
&lt;pre&gt;
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+  40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15   611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]]
*Les tRNA-tRNA x+
&lt;pre&gt;
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 &quot;8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210&quot;
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;
&lt;/pre&gt;

===Les blocs à tRNA===
===Les cds dans les blocs à tRNA===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]]
&lt;pre&gt;
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328  ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;&lt; ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp &lt; ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;
&lt;/pre&gt;

==Les totaux des génomes par type==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]]
*Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).
&lt;pre&gt;
;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
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;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
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;blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
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;gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
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;gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
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;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;;;;;;;;;;
;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;72
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
3 gga;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
2 tta;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
gga 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca 1;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;4
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
gga 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aca 1;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;4;tcc;;tac;4;tgc;2
1-3 aas;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;tta 2;atc;1;acc;;aac;5;agc;1
tta 2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;atgi 2;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;1
atgi 2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;3;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;4;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9;;;;;;;;;;;cdc8;;;2 *;89;;4;99
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas;;;;;;;;
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
gca;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi;;;;;;;;
atgi;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac;;;;;;;;
aac;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc;;;;;;;;
ttc;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2;;;;;;;;
aac2;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;48;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
2 aac;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
1-3aas;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atgi;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
gca;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
2 aaa;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
2 ttc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
aac;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
-16s;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
atc;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;&gt;1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
gca;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
gga;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;38;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
16s5saa23s;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
4 ggc;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
gaa;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
-16s;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
tcc;ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
tca;cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
agc;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;39
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctc;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
3 aac;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
aaa;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
2 atgf;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
tgg;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
cgg;tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aac 3 -5 et 3 &gt;1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
aaa 2 +5 et 4 &gt;1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
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;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;22;;;;;;;;;3;;;;;;;;;16
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
&gt;1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;15;;;;;;;;;22;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;6;;;;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;22;;;;;;;;;2;;;;;;;;;138
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;49;;;;;;;;;7;;;;;;;;;16
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
;cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;5;;;;;;;;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;93
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
;att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;25;;;;;;;;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;22;;;;;;;;;37;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ggc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;aac3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;tcc2;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;cac3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;(gaa cgt)2;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;beta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta gac)5 gtg gac;beta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;beta;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
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;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
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(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
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tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
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ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
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acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+&gt;a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;
&lt;/pre&gt;
===Les totaux des types===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]]
&lt;pre&gt;
bacts;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666
&lt;/pre&gt;

===La référence +5s &gt;3===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_&gt;3|La référence +5s &gt;3]]
&lt;pre&gt;
La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===totaux par rapport au groupe de référence===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114
&lt;/pre&gt;

==Caractérisation des tRNAs==
===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_&gt;1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication]]
&lt;pre&gt;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;
&lt;/pre&gt;
====Construction du tableau avec les sous-totaux====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]]
*Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]]
*Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie &quot;formule&quot; pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
*Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;6;80;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;;
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;;
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
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atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
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ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
&lt;/pre&gt;
===Les processus +16s -16s -5s 1-3aas===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_-5s_1-3aas|Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas]]
====Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_1-3aas_-5s_comparés_à_la_référence|Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence]]
&lt;pre&gt;
;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135
&lt;/pre&gt;
====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]]
&lt;pre&gt;
+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000
&lt;/pre&gt;

====Classement des tRNAs avec les 8 processus====  
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]]
&lt;pre&gt;
;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-
&lt;/pre&gt;

==Les intercalaires dans les genome.cumuls==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]]
*'''Récapitulatif des chapitres cumuls'''
* - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
* - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
* - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
&lt;pre&gt;
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;
&lt;/pre&gt;</text>
      <sha1>brg0cl9yfczw9ata6buc1vsp7dcortb</sha1>
    </revision>
    <revision>
      <id>880658</id>
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      <timestamp>2022-07-23T10:51:11Z</timestamp>
      <contributor>
        <username>Mekkiwik</username>
        <id>5298</id>
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      <comment>/* pub autres intercalaires aas */</comment>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="1881425" xml:space="preserve">{{Annexe
  | idfaculté = biologie
  | numéro    = 12
  | niveau    = 
  | précédent = [[../archeo/]]
  | suivant = [[../Apmq/]]
}}
__TOC__
==bacilli==
===Bacillus subtilis===
====bsu====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] 
&lt;pre&gt;
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;;
43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal
;;;;
;9810..11364;16s;@2;99
;11464..11540;atc;;11
;11552..11627;gca;;81
;11709..14636;23s;;55
;14692..14810;5s;;
;;;;
; 22292..22384;tca;;
;;;;
;30279..31832;16s;;99
;31932..32008;atc;;11
;32020..32095;gca;;81
;32177..35103;23s;;133
;35237..35355;5s;;
;;;;
;70181..70257;atg;;9
;70267..70338;gaa;;
;;;;
;90536..92089;16s;@1;164
;92254..95181;23s;;55
;95237..95354;5s;;20
;95375..95450;gta;;4
;95455..95530;aca;;36
;95567..95642;aaa;;6
;95649..95731;cta;;40
;95772..95846;ggc;;14
;95861..95946;tta;;9
;95956..96032;cgt;;27
;96060..96136;cca;;9
;96146..96221;gca;;170
;96392..97945;16s;;164
;98110..101037;23s;;55
;101093..101211;5s;;
;;;;
;160893..162445;16s;;164
;162610..165535;23s;;55
;165591..165707;5s;;46
;165754..165825;aac;;4
;165830..165902;acc;;56
;165959..166033;ggc;;30
;166064..166140;cgt;;27
;166168..166244;cca;;8
;166253..166328;gca;;171
;166500..168053;16s;;164
;168218..171141;23s;;55
;171197..171314;5s;;183
;171498..173049;16s;;164
;173214..176141;23s;;55
;176197..176315;5s;;
;;;;
;194205..194279;gaa;;3
;194283..194358;gta;;4
;194363..194435;aca;;22
;194458..194542;tac;;4
;194547..194621;caa;;
;;;;
;528704..528778;aac;;4
;528783..528873;agc;;29
;528903..528974;gaa;;11
;528986..529060;caa;;26
;529087..529162;aaa;;11
;529174..529255;cta;;80
;529336..529422;ctc;;
;;;;
;635110..635186;cgt;;13
;635200..635273;gga;;159
;635433..636987;16s;;167
;637155..640082;23s;;55
;640138..640254;5s;;13
;640268..640344;atgf;;60
;640405..640481;gac;;
;;;;
;946696..948250;16s;;167
;948418..951345;23s;;111
;951457..951572;5s;;9
;951582..951656;aac;;5
;951662..951753;tcc;;34
;951788..951859;gaa;;9
;951869..951944;gta;;9
;951954..952030;atgf;;11
;952042..952118;gac;;12
;952131..952206;ttc;;5
;952212..952284;aca;;22
;952307..952391;tac;;5
;952397..952470;tgg;;24
;952495..952570;cac;;9
;952580..952651;caa;;49
;952701..952775;ggc;;5
;952781..952851;tgc;;7
;952859..952947;tta;@3;265
;953213..953294;ttg;;
;;;;
;967065..967138;gga;;
;;;;
;1262789..1262861;gtc;;
;;;;
comp;2003276..2003348;agg;;
;;;;
;2563889..2563959;caa;;
;;;;
comp;2899816..2899889;aga;;
;;;;
comp;3171879..3171950;gaa;;25
comp;3171976..3172066;agc;;3
comp;3172070..3172144;aac;;10
comp;3172155..3172231;atc;;15
comp;3172247..3172320;gga;;10
comp;3172331..3172406;cac;;17
comp;3172424..3172499;ttc;;12
comp;3172512..3172588;gac;;11
comp;3172600..3172676;atgf;;17
comp;3172694..3172786;tca;;6
comp;3172793..3172869;atgi;;2
comp;3172872..3172948;atgj;;19
comp;3172968..3173040;gca;;5
comp;3173046..3173122;cca;;15
comp;3173138..3173214;cgt;;9
comp;3173224..3173309;tta;;14
comp;3173324..3173398;ggc;;5
comp;3173404..3173490;ctg;;10
comp;3173501..3173576;aaa;;37
comp;3173614..3173689;aca;;32
comp;3173722..3173797;gta;;20
comp;3173818..3173935;5s;;55
comp;3173991..3176918;23s;;167
comp;3177086..3178640;16s;;
;;;;
comp;3194455..3194527;gcc;;
;;;;
comp;3545889..3545964;cgg;;
;;;;
comp;4154787..4154859;ttc;;35
comp;4154895..4154971;gac;;81
comp;4155053..4155124;gaa;;9
comp;4155134..4155209;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====bsu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]]
&lt;pre&gt;
bsu blocs;;;;;;;;;
Types;;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3
16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164
23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55
5s;9;20;46;20;;5s;;;
;5;32;4;4;;;;;
;aac;gta;aac;gta;;;;;
;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;;
III;;;;;;IV;;;
16s;99;99;;;;cgt;13;;
atc;11;11;;;;gga;159;;
gca;81;81;;;;16s;167;;
23s;55;133;;;;23s;55;;
5s;;;;;;5s;13;;
;;;;;;atgf;60;;
;;;;;;gac;;;
Groupes;;;;;;;;;
;16s;164;;;;16s;164;;
I3;23s;55;;;I4;23s;55;;
;5s;46;;;;5s;20;;
;aac;4;;;;gta;4;;
;**4aas;8;;;;** 7aas;9;;
;gca;171;;;;gca;170;;
II1;16s;164;;;II3;16s;164;;
;23s;55;;;;23s;55;;
II2;5s;183;;;;5s;;;
;16s;164;;;;;;;
;23s;55;;;;;;;
;5s;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====bsu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;170;;gca;4;;gta
;0;20;46;398;2;2;31;-3;0;0;199;82;171;;gca;36;;aca
;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;159;;gga;6;;aaa
;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;16s tRNA;;;40;;cta
;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;2* 99;;atc;14;;ggc
1;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;tRNA 23s;;;9;;tta
;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;2* 81;;gca;27;;cgt
;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;5s tRNA;;;9;;cca
;0;90;22;112;9;3;16;-10;1;5;107;93;2* 20;;gta;**;;gca
;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;46;;aac;4;;aac
1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;13;;atgf;56;;acc
;0;120;39;87;12;3;53;-13;0;6;;63;9;;aac;30;;ggc
2;2;130;41;86;13;5;46;-14;1;19;;106;tRNA tRNA;;intra;27;;cgt
1;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;2* 11;;atc gca;8;;cca
;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;tRNA tRNA;;;**;;gca
;0;160;34;66;16;3;31;-17;0;18;CDS 16s;;9;;atgj;13;;cgt
1;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;350;349;**;;gaa;**;;gga
1;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;243;;3;;gaa;60;;atgf
;0;190;25;34;19;5;23;-20;1;11;309;;4;;gta;**;;gac
1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;291;;22;;aca;5;;aac
;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;5s 16s;;4;;tac;34;;tcc
;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;183;;**;;caa;9;;gaa
2;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;16s 23s;;4;;aac;9;;gta
1;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;5* 164;;29;;agc;11;;atgf
;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;3* 167;;11;;gaa;12;;gac
;0;260;13;13;26;13;12;-27;0;0;23s 5s;;26;;caa;5;;ttc
;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;8* 55;;11;;aaa;22;;aca
;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;133;;80;;cta;5;;tac
;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;111;;**;;ctc;24;;tgg
;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;5s CDS;;35;;ttc;9;;cac
;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;175;36;81;;gac;49;;caa
;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;237;;9;;gaa;5;;ggc
;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;767;;**;;aaa;7;;tgc
;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;265;;tta
;0;350;5;6;35;16;11;-36;0;0;;;;;;**;;ttg
;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;25;;gaa
;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;3;;agc
;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;10;;aac
1;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;15;;atc
;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;10;;gga
;0;reste;60;49;reste;786;1555;-42;1;0;;;;;;17;;cac
12;12;total;1090;2515;total;1090;2515;-43;0;3;;;;;;12;;ttc
12;12;diagr;1028;2441;diagr;302;935;-44;0;2;;;;;;11;;gac
0;0; t30;144;814;;;;-45;0;0;;;;;;17;;atgf
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;6;;tca
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;2;;atgi
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;19;;atgj
;x;1088;35;2;1125;;;-49;0;1;;;;;;5;;gca
;c;2490;573;25;3088;;;-50;0;2;;;;;;15;;cca
;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;9;;cgt
;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;14;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg
;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====bsu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;bsu;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6994;350;;
;rRNA;9810;99;;16s
;tRNA;11464;11;;atc
;tRNA;11552;81;;gca
;rRNA;11709;55;;23s
;rRNA;14692;36;;5s
fin;CDS;14847;;comp;
deb;CDS;19968;52;;
;misc_RNA;20611;56;;
deb;CDS;20880;134;;
;tRNA;22292;111;;tca
fin;CDS;22496;;comp;
deb;CDS;25852;41;;
;misc_RNA;26379;81;;
fin;CDS;26814;;;
deb;CDS;29772;243;;
;rRNA;30279;99;;16s
;tRNA;31932;11;;atc
;tRNA;32020;81;;gca
;rRNA;32177;133;;23s
;rRNA;35237;175;;5s
fin;CDS;35531;;;
deb;CDS;69626;168;;
;tRNA;70181;9;;atgj
;tRNA;70267;199;;gaa
fin;CDS;70538;;;
deb;CDS;88727;309;;
;rRNA;90536;164;;16s
;rRNA;92254;55;;23s
;rRNA;95237;20;;5s
;tRNA;95375;4;;gta
;tRNA;95455;36;;aca
;tRNA;95567;6;;aaa
;tRNA;95649;40;;cta
;tRNA;95772;14;;ggc
;tRNA;95861;9;;tta
;tRNA;95956;27;;cgt
;tRNA;96060;9;;cca
;tRNA;96146;170;;gca
;rRNA;96392;164;;16s
;rRNA;98110;55;;23s
;rRNA;101093;237;;5s
fin;CDS;101449;;;
deb;CDS;119111;45;;
;misc_RNA;119855;65;;
fin;CDS;120061;;;
deb;CDS;152937;56;;
;misc_RNA;153737;48;;
fin;CDS;153842;;;
deb;CDS;159779;349;comp;
;rRNA;160893;164;;16s
;rRNA;162610;55;;23s
;rRNA;165591;46;;5s
;tRNA;165754;4;;aac
;tRNA;165830;56;;acc
;tRNA;165959;30;;ggc
;tRNA;166064;27;;cgt
;tRNA;166168;8;;cca
;tRNA;166253;171;;gca
;rRNA;166500;164;;16s
;rRNA;168218;55;;23s
;rRNA;171197;183;;5s
;rRNA;171498;164;;16s
;rRNA;173214;55;;23s
;rRNA;176197;767;;5s
fin;CDS;177083;;;
deb;CDS;193570;179;comp;
;tRNA;194205;3;;gaa
;tRNA;194283;4;;gta
;tRNA;194363;22;;aca
;tRNA;194458;4;;tac
;tRNA;194547;227;;caa
fin;CDS;194849;;;
deb;CDS;198497;173;;
;misc_RNA;200017;89;;
fin;CDS;200277;;;
deb;CDS;275838;56;;
;misc_RNA;276815;97;;
fin;CDS;277160;;;
deb;CDS;473803;103;;
;misc_RNA;474329;133;;
fin;CDS;474731;;;
deb;CDS;483845;135;;
;misc_RNA;486092;196;;
fin;CDS;486432;;;
deb;CDS;528129;122;;
;tRNA;528704;4;;aac
;tRNA;528783;29;;agc
;tRNA;528903;11;;gaa
;tRNA;528986;26;;caa
;tRNA;529087;11;;aaa
;tRNA;529174;80;;cta
;tRNA;529336;82;;ctc
fin;CDS;529505;;comp;
deb;CDS;532292;30;;
;misc_RNA;532583;115;;
fin;CDS;532758;;;
deb;CDS;559264;67;;
;misc_RNA;559532;540;;
fin;CDS;560151;;;
deb;CDS;625125;54;;
;misc_RNA;626346;175;;
fin;CDS;626622;;;
deb;CDS;634651;333;comp;
;tRNA;635110;13;;cgt
;tRNA;635200;159;;gga
;rRNA;635433;167;;16s
;rRNA;637155;55;;23s
;rRNA;640138;13;;5s
;tRNA;640268;60;;atgf
;tRNA;640405;180;;gac
fin;CDS;640662;;;
deb;CDS;692740;143;;
;misc_RNA;694425;134;;
fin;CDS;694662;;;
deb;CDS;698092;79;;
;misc_RNA;698369;140;;
fin;CDS;698612;;;
deb;CDS;945520;291;;
;rRNA;946696;167;;16s
;rRNA;948418;111;;23s
;rRNA;951457;9;;5s
;tRNA;951582;5;;aac
;tRNA;951662;34;;tcc
;tRNA;951788;9;;gaa
;tRNA;951869;9;;gta
;tRNA;951954;11;;atgf
;tRNA;952042;12;;gac
;tRNA;952131;5;;ttc
;tRNA;952212;22;;aca
;tRNA;952307;5;;tac
;tRNA;952397;24;;tgg
;tRNA;952495;9;;cac
;tRNA;952580;49;;caa
;tRNA;952701;5;;ggc
;tRNA;952781;7;;tgc
;tRNA;952859;265;;tta
;tRNA;953213;78;;ttg
fin;CDS;953373;;comp;
deb;CDS;954893;69;;
;misc_RNA;955655;132;;
fin;CDS;955895;;;
deb;CDS;966671;193;comp;
;tRNA;967065;90;;gga
fin;CDS;967229;;comp;
deb;CDS;1178757;89;;
;misc_RNA;1180685;106;;
fin;CDS;1180909;;;
deb;CDS;1218113;58;;
;misc_RNA;1219164;470;;
fin;CDS;1219849;;;
deb;CDS;1233133;104;;
;misc_RNA;1233405;70;;
fin;CDS;1233614;;;
deb;CDS;1240356;61;;
;misc_RNA;1242262;78;;
fin;CDS;1242449;;;
deb;CDS;1257414;167;;
;misc_RNA;1258304;67;;
fin;CDS;1258492;;;
deb;CDS;1261426;172;comp;
;tRNA;1262789;840;;gtc
fin;CDS;1263702;;comp;
deb;CDS;1375777;32;;
;misc_RNA;1376328;77;;
fin;CDS;1376517;;;
deb;CDS;1377243;87;;
;misc_RNA;1378233;52;;
fin;CDS;1378496;;;
deb;CDS;1383320;127;;
;misc_RNA;1385736;132;;
fin;CDS;1386024;;;
deb;CDS;1391040;96;;
;misc_RNA;1391739;101;;
fin;CDS;1391953;;;
deb;CDS;1395371;113;;
;misc_RNA;1395622;237;;
fin;CDS;1396013;;;
deb;CDS;1409912;55;;
;misc_RNA;1410633;-113;;
fin;CDS;1410654;;;
deb;CDS;1423241;92;;
;misc_RNA;1424527;83;;
fin;CDS;1424767;;;
deb;CDS;1425641;38;;
;misc_RNA;1426876;84;;
fin;CDS;1427061;;;
deb;CDS;1438092;138;;
;misc_RNA;1439274;129;;
fin;CDS;1439448;;;
deb;CDS;1456092;46;;
;misc_RNA;1457005;30;;
fin;CDS;1457187;;;
deb;CDS;1482248;85;;
;misc_RNA;1483557;476;;
fin;CDS;1484117;;;
deb;CDS;1533327;368;;
;misc_RNA;1534070;-161;;
fin;CDS;1534120;;;
deb;CDS;1568924;2;;
;misc_RNA;1569199;199;;
fin;CDS;1569519;;;
;misc_RNA;1607367;87;;
deb;CDS;1612521;62;;
;misc_RNA;1613078;52;;
fin;CDS;1613357;;;
deb;CDS;1617210;39;;
;misc_RNA;1618161;26;;
deb;CDS;1618304;3;;
;misc_RNA;1618853;52;;
deb;CDS;1619023;0;;
;misc_RNA;1620331;30;;
fin;CDS;1620476;;;
deb;CDS;1629320;144;;
;misc_RNA;1630115;161;;
fin;CDS;1630382;;;
deb;CDS;1675171;78;;
;misc_RNA;1675981;19;;
fin;CDS;1676042;;;
deb;CDS;1727133;10;;
;misc_RNA;1731457;101;;
fin;CDS;1731776;;;
deb;CDS;1778337;183;;
;misc_RNA;1780404;63;;
fin;CDS;1780618;;;
deb;CDS;1914630;-4;;
;misc_RNA;1914992;-52;;
fin;CDS;1915221;;;
deb;CDS;1916955;198;;
;misc_RNA;1917501;58;;
fin;CDS;1917639;;;
deb;CDS;2002637;93;;
;tRNA;2003276;52;comp;agg
fin;CDS;2003401;;comp;
deb;CDS;2024042;83;;
;misc_RNA;2025160;148;;
fin;CDS;2025400;;;
deb;CDS;2069262;170;;
;misc_RNA;2069732;-233;;
fin;CDS;2069883;;;
deb;CDS;2076206;469;;
;misc_RNA;2079096;10;;
fin;CDS;2079214;;;
deb;CDS;2094010;123;;
;misc_RNA;2095909;238;;
fin;CDS;2096350;;;
deb;CDS;2159981;-1389;;
;misc_RNA;2160390;-630;;
fin;CDS;2160565;;;
deb;CDS;2162108;-2547;;
;misc_feature;2163068;420;;
;misc_RNA;2164643;682;;
fin;CDS;2165577;;;
deb;CDS;2208328;61;;
;ncRNA;2208590;-26;;
fin;CDS;2208855;;;
deb;CDS;2219514;-23;;
;misc_RNA;2219743;-66;;
fin;CDS;2219784;;;
deb;CDS;2273594;-6;;
;misc_RNA;2273705;104;;
fin;CDS;2273989;;;
deb;CDS;2319440;88;;
;misc_RNA;2320113;141;;
fin;CDS;2320355;;;
deb;CDS;2330075;87;;
;misc_RNA;2331320;58;;
fin;CDS;2331779;;;
deb;CDS;2410017;-9;;
;misc_RNA;2410581;197;;
fin;CDS;2411086;;;
deb;CDS;2430258;129;;
;misc_RNA;2431473;119;;
fin;CDS;2431737;;;
deb;CDS;2471787;133;;
;misc_RNA;2472880;25;;
fin;CDS;2473151;;;
deb;CDS;2548245;73;;
;misc_RNA;2549407;168;;
fin;CDS;2549775;;;
deb;CDS;2562966;86;comp;
;tRNA;2563889;66;;caa
fin;CDS;2564026;;comp;
deb;CDS;2607762;82;;
;misc_RNA;2608732;39;;
fin;CDS;2608946;;;
deb;CDS;2624785;39;;
;misc_RNA;2625952;69;;
fin;CDS;2626112;;;
deb;CDS;2646594;292;;
;misc_RNA;2647405;-208;;
fin;CDS;2647456;;;
deb;CDS;2678240;-77;;
;misc_RNA;2678343;233;;
deb;CDS;2678799;-13;;
;misc_RNA;2678876;127;;
fin;CDS;2679142;;;
deb;CDS;2773356;136;;
;misc_RNA;2773783;6;;
fin;CDS;2773890;;;
;misc_RNA;2800890;43;;
deb;CDS;2813643;83;;
;misc_RNA;2814491;51;;
fin;CDS;2814743;;;
deb;CDS;2816535;89;;
;misc_RNA;2817899;59;;
fin;CDS;2818191;;;
deb;CDS;2855518;13;;
;misc_RNA;2855840;57;;
fin;CDS;2855973;;;
deb;CDS;2866664;59;;
;misc_RNA;2869366;165;;
fin;CDS;2869754;;;
deb;CDS;2895248;121;;
;misc_RNA;2897094;447;;
fin;CDS;2897788;;;
deb;CDS;2898931;63;;
;tRNA;2899816;130;comp;aga
fin;CDS;2900020;;comp;
deb;CDS;2909520;125;;
;misc_RNA;2910872;64;;
fin;CDS;2911116;;;
deb;CDS;2952828;61;;
;misc_RNA;2953411;244;;
fin;CDS;2953795;;;
deb;CDS;2959257;43;;
;misc_RNA;2961232;106;;
fin;CDS;2961586;;;
deb;CDS;3033696;153;;
;misc_RNA;3035589;8;;
fin;CDS;3035730;;;
deb;CDS;3036603;23;;
;misc_RNA;3037895;44;;
fin;CDS;3038213;;;
deb;CDS;3102629;109;;
;misc_RNA;3105153;102;;
fin;CDS;3105470;;;
deb;CDS;3127825;167;;
;misc_RNA;3129195;196;;
fin;CDS;3129530;;;
deb;CDS;3169763;232;comp;
;tRNA;3171879;25;comp;gaa
;tRNA;3171976;3;comp;agc
;tRNA;3172070;10;comp;aac
;tRNA;3172155;15;comp;atc
;tRNA;3172247;10;comp;gga
;tRNA;3172331;17;comp;cac
;tRNA;3172424;12;comp;ttc
;tRNA;3172512;11;comp;gac
;tRNA;3172600;17;comp;atgf
;tRNA;3172694;6;comp;tca
;tRNA;3172793;2;comp;atgi
;tRNA;3172872;19;comp;atgj
;tRNA;3172968;5;comp;gca
;tRNA;3173046;15;comp;cca
;tRNA;3173138;9;comp;cgt
;tRNA;3173224;14;comp;tta
;tRNA;3173324;5;comp;ggc
;tRNA;3173404;10;comp;ctg
;tRNA;3173501;37;comp;aaa
;tRNA;3173614;32;comp;aca
;tRNA;3173722;20;comp;gta
;rRNA;3173818;55;comp;5s
;rRNA;3173991;167;comp;23s
;rRNA;3177086;464;comp;16s
;misc_RNA;3179105;99;;
fin;CDS;3179306;;;
deb;CDS;3187503;124;;
;misc_RNA;3188173;72;;
fin;CDS;3188414;;;
deb;CDS;3193863;106;;
;tRNA;3194455;107;comp;gcc
fin;CDS;3194635;;comp;
deb;CDS;3334646;423;;
;ncRNA;3335414;205;;
fin;CDS;3335751;;;
deb;CDS;3359995;156;;
;misc_RNA;3360937;-211;;
fin;CDS;3360974;;;
deb;CDS;3363266;105;;
;misc_RNA;3364397;114;;
fin;CDS;3364618;;;
deb;CDS;3403493;108;;
;misc_RNA;3404546;158;;
fin;CDS;3404835;;;
deb;CDS;3419656;103;;
;misc_RNA;3421169;116;;
fin;CDS;3421465;;;
deb;CDS;3449732;185;;
;misc_RNA;3450712;176;;
fin;CDS;3451248;;;
deb;CDS;3489910;68;;
;misc_RNA;3491322;97;;
fin;CDS;3491655;;;
deb;CDS;3544642;284;;
;tRNA;3545889;269;comp;cgg
fin;CDS;3546234;;;
deb;CDS;3854256;53;;
;misc_RNA;3856226;31;;
;misc_RNA;3856479;81;;
fin;CDS;3856782;;;
deb;CDS;3946394;0;;
;misc_RNA;3946910;41;;
fin;CDS;3947158;;;
;misc_RNA;3988840;388;;
deb;CDS;3997221;65;;
;misc_RNA;3997775;82;;
deb;CDS;3997964;68;;
;misc_RNA;3999166;77;;
fin;CDS;3999350;;;
deb;CDS;4004288;386;;
;misc_RNA;4005523;126;;
fin;CDS;4005752;;;
deb;CDS;4095915;89;;
;misc_RNA;4096997;6;;
fin;CDS;4097416;;;
deb;CDS;4153696;383;comp;
;tRNA;4154787;35;comp;ttc
;tRNA;4154895;81;comp;gac
;tRNA;4155053;9;comp;gaa
;tRNA;4155134;223;comp;aaa
fin;CDS;4155433;;comp;
deb;CDS;4169166;189;;
;misc_RNA;4169802;125;;
fin;CDS;4170045;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;
bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608
;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27
;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165
;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94
;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254
;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190
;'''total 4213;&lt;201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122
390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126
3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153
2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100
2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65
2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54
1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60
2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62
785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78
3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84
2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69
875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83
1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51
2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59
2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57
873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57
1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73
1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65
1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61
1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66
2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61
548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51
674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42
554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62
2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48
4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54
376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46
661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53
820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38
560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42
2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40
1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32
1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27
3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32
552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21
1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34
2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24
2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15
2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16
3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;17
4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27
599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24
;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19
;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19
;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15
;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15
;;;;380;11;;720;0;260;11
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20
387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15
3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17
2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12
2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11
1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8
2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7
1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8
3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8
2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8
538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4
1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7
238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5
1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4
2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12
2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5
3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6
2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5
2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6
2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2
989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4
2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2
2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136
;;;;total;4213;;total;4213;total;4213
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&amp;-41;352;-1040;112;790;286;min50
51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&amp;12;-27;-230;64;954;75;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&amp;211;68;;617;poly;173;SF
51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&amp;145;50;-;850;poly;104;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;;
41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;;
1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;;
bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc-
0;2;25;;0;2;10;0;2;25;&gt;0;1088;-1;0;72
10;28;231;;10;27;95;1;3;41;&lt;0;35;-2;0;4
20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0
30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229
40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0
50;81;84;;50;79;34;5;3;19;&gt;0;2490;-6;2;0
60;22;92;;60;21;38;6;0;21;&lt;0;573;-7;1;11
70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75
80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0
90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5
100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43
110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0
120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6
130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19
140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0
150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5
160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18
170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0
180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4
190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11
200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0
210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2
220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8
230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0
240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1
250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8
260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0
270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0
280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6
290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0
300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1
310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2
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330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1
340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3
350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0
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370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2
380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0
390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1
400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8
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 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;2
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;reste;7;17
;;;;;;;;;;;;total;35;573
&lt;/pre&gt;

====bsu  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30
continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35
;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573
&lt;/pre&gt;

====bsu autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;11464;11;;;;&amp;tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;;
;&amp;tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61;
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;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;;
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fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;;
deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0;
;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41;
fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;;
deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp
;&amp;tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp
;&amp;tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;;
;&amp;tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65;
;&amp;tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82;
;&amp;tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68;
;&amp;tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77;
;&amp;tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;;
fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386;
deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126;
;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;;
fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89;
deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6;
;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;;
fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp
deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&amp;tRNA;4154787;35;comp
;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&amp;tRNA;4154895;81;comp
fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&amp;tRNA;4155053;9;comp
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&amp;tRNA;4155134;223;comp
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&amp;tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&amp;emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&amp;emsp*;;;;;;&amp;emsp*;;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1
après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3
atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4
gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;

====bsu lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] 
&lt;pre&gt;
bsu-lmo  comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff
gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167;
agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111;
aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9;
atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5;
gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34;
cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9;
ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9;
gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0
atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0
tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5;
atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22;
atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5;
gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24;
cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9;
cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49;
tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5;
ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7;
ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265;
aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;;
aca;32;aca;8;-24;gga;15;;;
gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164;
5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55;
23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20;
16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28
;;;;;;;aca;36;-1
16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4
23s;111;atc;46;;;;cta;40;35
5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0
aac;5;23s;80;;;;tta;9;0
tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12
gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4
gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170;
atgf;11;gaa;56;47;;;;;
gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff
ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127;
aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46;
tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172;
tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80;
cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14;
caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6;
ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33;
tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56;
tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21;
ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2
;;;;;cca;22;gac;4;0
16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20;
23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7;
5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15;
gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29;
aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5;
aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19;
cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45;
ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;;
tta;9;tta;12;3;gga;25;;;
cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244;
cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80;
gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13;
;;;;;gaa;;gta;8;0
;;;;;;;aca;41;0
;;;;;;;aaa;5;0
;;;;;;;cta;14;-1
;;;;;;;ggc;21;7
;;;;;;;tta;12;3
;;;;;;;cgt;10;0
;;;;;;;cca;19;-3
;;;;;;;gca;341;
;;;;;;;;;
bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome;
gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence
gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1
aca;22;tac;11;;-14;;;-6;
tac;4;caa;6;;-13;;;-5;
caa;;aaa;;;-12;;;-4;1
;;;;;-11;;;-3;1
aga;;aga;;;-10;;;-2;
;;;;;-9;1;;-1;2
cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9
;;;;;-7;1;;1;
gga;;gga;;;-6;;;2;1
;;;;;-5;3;;3;1
gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1
;;;;;-3;;;5;
agg;;cgt;;;-2;;;6;
;;;;;-1;2;;7;1
caa;;ctc;;;0;2;;;2
;;;;;1;1;;total;20
gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11
;;;;;3;1;;;
tca;;;;;4;2;;;
;;;;;5;1;;;
atg;9;aac;3;;6;;;;
gaa;;agc;;;7;1;;;
;;;;;8;;;;
;;gaa;27;;9;1;;;
;;gac;;;10;3;;;
;;;;;11;1;;;
cgt;13;16s;127;;12;1;;;
gga;159;atc;46;;13;1;;;
16s;167;gca;172;;14;1;;;
23s;55;23s;80;;15;;;;
5s;13;5s;14;;;7;;;
atgf;60;aac;24;;total;39;;;
gac;;acc;;; -2+2;6;;;
&lt;/pre&gt;

===Listeria monocytogenes===
====lmo====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]]
&lt;pre&gt;
Listeria monocytogenes EGD-e;;;;
37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal
;82705..82777;aag;;
;237466..239020;16s;@1;244
;239265..242195;23s;;80
;242276..242385;5s;;13
;242399..242471;gta;;8
;242480..242555;aca;;41
;242597..242669;aaa;;5
;242675..242756;cta;;14
;242771..242842;ggc;;21
;242864..242949;tta;;12
;242962..243035;cgt;;10
;243046..243119;cca;;19
;243139..243214;gca;;341
;243556..245041;16s;;244
;245286..248216;23s;;80
;248297..248406;5s;;
;;;;
;677464..677553;tcg;;
;;;;
;936656..936728;aac;;3
;936732..936819;agc;;
;;;;
;940017..940088;gaa;;27
;940116..940188;gac;;
;;;;
;970867..970937;gga;;
;;;;
;1266675..1266748;aga;;
;;;;
comp;1740916..1740987;gaa;;5
comp;1740993..1741083;agc;;34
comp;1741118..1741190;aac;;6
comp;1741197..1741270;atc;;25
comp;1741296..1741366;gga;;23
comp;1741390..1741462;cac;;28
comp;1741491..1741563;ttc;;4
comp;1741568..1741643;gac;;4
comp;1741648..1741721;atgf;;42
comp;1741764..1741853;tca;;22
comp;1741876..1741949;atgi;;11
comp;1741961..1742034;atgj;;42
comp;1742077..1742149;gca;;22
comp;1742172..1742245;cca;;10
comp;1742256..1742329;cgt;;9
comp;1742339..1742424;tta;;14
comp;1742439..1742513;ggc;;15
comp;1742529..1742610;cta;;5
comp;1742616..1742688;aaa;;41
comp;1742730..1742805;aca;;8
comp;1742814..1742886;gta;;13
comp;1742900..1743009;5s;;81
comp;1743091..1746021;23s;;244
comp;1746266..1747811;16s;;
;;;;
;1776112..1776183;cgt;;
;;;;
comp;1848821..1848930;5s;;81
comp;1849012..1851942;23s;;244
comp;1852187..1853732;16s;;
;;;;
;2162187..2162273;ctc;;
;;;;
;2215375..2215446;gaa;;157
;2215604..2215677;acg;;9
;2215687..2215770;tac;;11
;2215782..2215856;caa;;6
;2215863..2215935;aaa;;
;;;;
comp;2436493..2436576;ttg;;45
comp;2436622..2436695;tgc;;19
comp;2436715..2436786;ggc;;5
comp;2436792..2436863;caa;;29
comp;2436893..2436965;cac;;15
comp;2436981..2437054;tgg;;7
comp;2437062..2437145;tac;;20
comp;2437166..2437238;ttc;;4
comp;2437243..2437318;gac;;6
comp;2437325..2437398;atgf;;21
comp;2437420..2437495;gta;;56
comp;2437552..2437623;gaa;;33
comp;2437657..2437745;tcc;;6
comp;2437752..2437827;aac;;14
comp;2437842..2437951;5s;;80
comp;2438032..2440962;23s;;172
comp;2441135..2441210;gca;;46
comp;2441257..2441330;atc;;127
comp;2441458..2443003;16s;@2;
;;;;
comp;2540230..2540301;cgg;;
;;;;
comp;2672664..2672736;acc;;24
comp;2672761..2672836;aac;;14
comp;2672851..2672960;5s;;80
comp;2673041..2675971;23s;;172
comp;2676144..2676219;gca;;46
comp;2676266..2676339;atc;;127
comp;2676467..2678012;16s;;
;;;;
;2930362..2930434;gtc;;
&lt;/pre&gt;
====lmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig
;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa
;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc
;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac
;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc
2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga
1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac
1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc
1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac
;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf
;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca
;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi
1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj
;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca
1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca
;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt
;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta
;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc
;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta
;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa
;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca
;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta
;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg
;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc
;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc
;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa
;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac
;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg
;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac
;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc
;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac
;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf
;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta
;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa
1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc
;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac
;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;;
1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;;
;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;;
;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;;
;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;;
1;0;reste;37;51;reste;456;1082;-42;;0;;;;;;;;
10;15;total;587;1849;total;587;1848;-43;;0;;;;;;;;
9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;;
0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;
;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;;
;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;
;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;;
;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====lmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Construction: remarque sur les nombreux regulatory
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;81661;82617;87;*;
;;tRNA;82705;82777;181;*;aag
fin;;CDS;82959;84437;;;
deb;;CDS;235524;237020;445;*;
;;rRNA;237466;239020;244;*;1555
;;rRNA;239265;242195;80;*;2931
;;rRNA;242276;242385;13;*;110
;;tRNA;242399;242471;8;*;gta
;;tRNA;242480;242555;41;*;aca
;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa
;;tRNA;242675;242756;14;*;cta
;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc
;;tRNA;242864;242949;12;*;tta
;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt
;;tRNA;243046;243119;19;*;cca
;;tRNA;243139;243214;341;*;gca
;;rRNA;243556;245041;244;*;1486
;;rRNA;245286;248216;80;*;2931
;;rRNA;248297;248406;148;*;110
fin;;CDS;248555;249013;;;
deb;;CDS;676802;677395;68;*;
;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg
fin;;CDS;678494;679123;;;
deb;;CDS;936136;936603;52;*;
;;tRNA;936656;936728;3;*;aac
;;tRNA;936732;936819;382;*;agc
fin;;CDS;937202;937594;;;
deb;;CDS;939106;939819;197;*;
;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa
;;tRNA;940116;940188;127;*;gac
fin;;CDS;940316;940696;;;
deb;comp;CDS;969549;970496;370;*;
;;tRNA;970867;970937;99;*;gga
fin;;CDS;971037;972176;;;
deb;;CDS;1266040;1266564;110;*;
;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga
fin;;CDS;1267115;1268473;;0;
deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*;
;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa
;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc
;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac
;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc
;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga
;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac
;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc
;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac
;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf
;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca
;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi
;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj
;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca
;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca
;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt
;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta
;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc
;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta
;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa
;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca
;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta
;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110
;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931
;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546
fin;comp;CDS;1748263;1748709;;;
deb;;CDS;1774991;1775983;128;*;
;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt
fin;comp;CDS;1776257;1776829;;;
deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*;
;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110
;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931
;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546
fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0;
deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*;
;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc
fin;comp;CDS;2162323;2164011;;;
deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*;
;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa
;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg
;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac
;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa
;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa
fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0;
deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*;
;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg
;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc
;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc
;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa
;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac
;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg
;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac
;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc
;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac
;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf
;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta
;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa
;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc
;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac
;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110
;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931
;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca
;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc
;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546
fin;comp;CDS;2443368;2444126;;;
deb;;CDS;2539838;2540173;56;*;
;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg
fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0;
deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*;
;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc
;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac
;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110
;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931
;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca
;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc
;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546
fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0;
deb;;CDS;2929315;2930340;21;*;
;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc
fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
&lt;/pre&gt;

====lmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]]
&lt;pre&gt;
lmo blocs;;;;;;;;
Types;;;;;;;;
I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2
16s;;244;;244;;16s;244;244
23s;;81;;80;;23s;80;81
5s;;13;;13;;5s;;
;;8;;8;;;;
;;gta;;gta;;;;
;;**20aas;;**8aas;;;;
III;;;;;;IV;;
16s;127;127;;;;;;
atc;46;46;;;;;;
gca;172;172;;;;;;
23s;80;80;;;;;;
5s;14;14;;;;;;
;6;24;;;;;;
;aac;aac;;;;;;
;**13aas;acc;;;;;;
Groupes;;;;;;;;
;;;;;;16s;244;
;;;;;I4;23s;80;
;;;;;;5s;13;
;;;;;;gta;8;
;;;;;;**7aas;19;
;;;;;;gca;341;
;;;;;;16s;244;
;;;;;II1;23s;80;
;;;;;;5s;;
&lt;/pre&gt;

===lam===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]]
&lt;pre&gt;
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;;
38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal
;447399..448972;16s;@1;125
;449098..449172;atc;;52
;449225..449297;gca;;115
;449413..452324;23s;;68
;452393..452509;5s;;4
;452514..452586;gta;;2
;452589..452661;aaa;;13
;452675..452756;cta;;23
;452780..452852;aca;;10
;452863..452934;ggc;;11
;452946..453031;tta;;8
;453040..453113;cgt;;5
;453119..453192;cca;;29
;453222..453295;atg;;12
;453308..453381;atgi;;27
;453409..453482;atgf;;3
;453486..453559;gac;;6
;453566..453638;ttc;;19
;453658..453728;gga;;5
;453734..453808;atc;;2
;453811..453900;agc;;
;;;;
;57091..58664;16s;;125
;58790..58864;atc;;52
;58917..58989;gca;;115
;59105..62016;23s;;68
;62085..62201;5s;;13
;62215..62287;aac;;
;;;;
;469566..471139;16s;@2;9
;471149..471334;cds1; hp 186;-3
;471332..474243;23s;;68
;474312..474428;5s;;13
;474442..474514;aac;;
;;;;
comp;1709284..1709374;tcc;;10
comp;1709385..1709457;aac;;13
comp;1709471..1709587;5s;;68
comp;1709656..1712567;23s;;-3
comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9
comp;1712760..1714333;16s;;
;;;;
comp;79386..79458;aag;;
;;;;
comp;79913..79985;aag;;
;;;;
;193922..193994;acc;;
;;;;
comp;210866..210939;ggg;;
;;;;
;287678..287752;ggc;+;111
;287864..287938;ggc;3 ggc;109
;288048..288122;ggc;;35
;288158..288231;ccg;;
;;;;
;457611..457682;gaa;;35
;457718..457804;tca;;9
;457814..457887;atgf;;3
;457891..457964;gac;;6
;457971..458046;ttc;;4
;458051..458132;tac;;4
;458137..458207;tgg;;12
;458220..458295;cac;;4
;458300..458371;caa;;23
;458395..458465;tgc;;40
;458506..458590;ttg;;
;;;;
;474442..474514;aac;;
;;;;
;507688..507760;acg;;
;;;;
;526886..526957;caa;;
;;;;
;551550..551631;tac;;34
;551666..551737;caa;;
;;;;
;567329..567416;ctt;;
;;;;
;583327..583413;tca;;6
;583420..583493;gac;;7
;583501..583576;cac;;4
;583581..583653;gta;;
;;;;
;642034..642106;agg;;
;;;;
comp;729370..729441;cgg;;
;;;;
;784793..784864;gag;;
;;;;
;917887..917975;tcg;;
;;;;
;1456724..1456800;aga;;
;;;;
;1681218..1681301;ctg;;
;;;;
comp;1707998..1708070;gta;;5
comp;1708076..1708147;gaa;;
;;;;
;1987190..1987263;cgt;;8
;1987272..1987345;cca;;
&lt;/pre&gt;
===lam blocs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]]
&lt;pre&gt;
lam blocs;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds1;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;4;117;aac;;
gta;;;;;
;;;;;
16s;125;1574;16s;9;1574
atc;52;;cds2;-3;62
gca;115;;23s;68;2912
23s;68;2912;5s;13;117
5s;13;117;aac;;
aac;;;;;
&lt;/pre&gt;
====lam distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
&gt;1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====lam données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;16s tRNA;;
;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;2* 133;;atc
;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;tRNA 23s;;
;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;2* 118;;gca
1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;5s tRNA;;
;0;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;3* 13;;aac
3;3;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;4;;gta
;0;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;tRNA tRNA;;intra
;0;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;2* 52;;atc gca
3;3;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;tRNA tRNA;;contig
1;1;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;2;;gta
;0;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;13;;aaa
1;1;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;23;;cta
1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;10;;aca
1;1;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;11;;ggc
1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;8;;tta
;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;5;;cgt
1;1;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;29;;cca
;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;12;;atgj
;0;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;27;;atgi
;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;3;;atgf
;0;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;6;;gac
1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;19;;ttc
;0;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;5;;gga
1;1;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;2;;atc
;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;**;;agc
;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;10;;tcc
;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;**;;aac
;0;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;CDS 16s;;tRNA tRNA;;
;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;562;513;111;;ggc
;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;744;649;112;;ggc
;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;16s 23s;;35;;ggc
;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;2* 203;;**;;ccg
;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;23s 5s;;35;;gaa
;0;340;3;2;34;1;4;-35;;1;4* 69;;9;;tca
;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;3;;atgf
;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;6;;gac
;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;7;;ttc
;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;4;;tac
;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;12;;tgg
;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;7;;cac
;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;23;;caa
15;15;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;40;;tgc
15;15;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;**;;ttg
0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;6;;tca
;;;;;;;;-46;;1;;;7;;gac
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;4;;cac
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;**;;gta
;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;5;;gta
;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;**;;gaa
;;;;;2018;152;;reste;;0;;;8;;cgt
;;;;;;2170;;total;15;272;;;**;;cca
&lt;/pre&gt;
=====lam autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;lam;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;19323;20024;163;*;
;;tRNA;20188;20261;222;*;act
fin;;CDS;20484;21764;;;
deb;;CDS;56117;56530;562;*;
;;rRNA;57093;58656;133;*;1564
;;tRNA;58790;58864;52;*;atc
;;tRNA;58917;58989;118;*;gca
;;rRNA;59108;62015;69;*;2908
;;rRNA;62085;62201;13;*;117
;;tRNA;62215;62287;85;*;aac
fin;comp;CDS;62373;63296;;0;
deb;comp;CDS;78479;79216;169;*;
;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag
deb;comp;CDS;79573;79794;118;*;
;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag
fin;;CDS;80121;80837;;;
deb;comp;CDS;108050;109663;110;*;
;comp;regulatory;109774;109947;47;*;
fin;comp;CDS;109995;110627;;0;
deb;;CDS;193447;193782;139;*;
;;tRNA;193922;193994;71;*;acc
fin;;CDS;194066;195379;;;
deb;;CDS;210147;210809;59;*;
;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg
fin;comp;CDS;210981;211580;;0;
deb;;CDS;213163;213804;53;*;
;;regulatory;213858;214021;76;*;
fin;;CDS;214098;216761;;;
deb;comp;CDS;243078;243656;73;*;
;comp;regulatory;243730;243827;60;*;
fin;comp;CDS;243888;244490;;1;
deb;comp;CDS;287010;287465;212;*;
;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc
;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc
;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc
;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg
fin;;CDS;288308;288763;;;
deb;comp;CDS;363306;363677;90;*;
;;misc_f;363768;363889;43;*;
fin;;CDS;363933;364445;;;
deb;;CDS;366810;367316;45;*;
;;ncRNA;367362;367456;54;*;
fin;;CDS;367511;369319;;;
deb;comp;CDS;445892;446887;513;*;
;;rRNA;447401;448964;133;*;1564
;;tRNA;449098;449172;52;*;atc
;;tRNA;449225;449297;118;*;gca
;;rRNA;449416;452323;69;*;2908
;;rRNA;452393;452509;4;*;117
;;tRNA;452514;452586;2;*;gta
;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa
;;tRNA;452675;452756;23;*;cta
;;tRNA;452780;452852;10;*;aca
;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc
;;tRNA;452946;453031;8;*;tta
;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt
;;tRNA;453119;453192;29;*;cca
;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj
;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi
;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf
;;tRNA;453486;453559;6;*;gac
;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc
;;tRNA;453658;453728;5;*;gga
;;tRNA;453734;453808;2;*;atc
;;tRNA;453811;453900;168;*;agc
fin;;CDS;454069;454491;;;
deb;;CDS;454491;457388;222;*;
;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa
;;tRNA;457718;457804;9;*;tca
;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf
;;tRNA;457891;457964;6;*;gac
;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc
;;tRNA;458051;458132;4;*;tac
;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg
;;tRNA;458220;458292;7;*;cac
;;tRNA;458300;458371;23;*;caa
;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc
;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg
fin;;CDS;458712;459875;;;
deb;;CDS;467495;468823;744;*;
;;rRNA;469568;471131;203;*;1564
;;rRNA;471335;474242;69;*;2908
;;rRNA;474312;474428;13;*;117
;;tRNA;474442;474514;337;*;aac
fin;;CDS;474852;475862;;;
deb;;CDS;507082;507630;57;*;
;;tRNA;507688;507760;59;*;acg
fin;comp;CDS;507820;509192;;0;
deb;;CDS;526021;526704;181;*;
;;tRNA;526886;526957;278;*;caa
fin;;CDS;527236;528015;;;
deb;;CDS;528027;528719;574;*;
;;regulatory;529294;529457;80;*;
fin;;CDS;529538;532225;;;
deb;comp;CDS;546953;548239;77;*;
;comp;regulatory;548317;548377;91;*;
fin;comp;CDS;548469;548831;;;
deb;;CDS;551035;551484;65;*;
;;tRNA;551550;551631;34;*;tac
;;tRNA;551666;551737;202;*;caa
fin;;CDS;551940;553055;;;
deb;;CDS;566792;567247;81;*;
;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt
fin;;CDS;567500;568147;;;
deb;;CDS;582725;583225;101;*;
;;tRNA;583327;583413;6;*;tca
;;tRNA;583420;583493;7;*;gac
;;tRNA;583501;583576;4;*;cac
;;tRNA;583581;583653;71;*;gta
fin;;CDS;583725;585191;;0;
deb;;CDS;606557;608326;26;*;
;;regulatory;608353;608445;50;*;
fin;;CDS;608496;609074;;;
deb;comp;CDS;609745;610383;156;*;
;;misc_b;610540;610782;243;*;
fin;;CDS;611026;611766;;;
deb;;CDS;640648;641976;57;*;
;;tRNA;642034;642106;39;*;agg
fin;comp;CDS;642146;642334;;0;
deb;;CDS;728387;729252;117;*;
;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg
fin;;CDS;729681;730712;;;
deb;;CDS;770203;771387;52;*;
;;tmRNA;771440;771806;177;*;
fin;;CDS;771984;772877;;;
deb;comp;CDS;783691;784704;88;*;
;;tRNA;784793;784864;33;*;gag
fin;;CDS;784898;784993;;0;
deb;comp;CDS;877491;878846;218;*;
;;regulatory;879065;879235;91;*;
fin;;CDS;879327;880637;;;
deb;comp;CDS;916780;917757;129;*;
;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg
fin;;CDS;918110;919498;;;
deb;comp;CDS;923642;924574;136;*;
;;misc_b;924711;924950;42;*;
fin;;CDS;924993;925847;;;
deb;;CDS;982901;983617;27;*;
;;regulatory;983645;983759;77;*;
fin;;CDS;983837;984526;;;
deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*;
;;regulatory;1012604;1012662;43;*;
fin;;CDS;1012706;1013095;;;
deb;;CDS;1095103;1095633;116;*;
;;misc_b;1095750;1096001;60;*;
fin;;CDS;1096062;1097180;;;
deb;;CDS;1152540;1155044;66;*;
;;misc_b;1155111;1155358;64;*;
fin;;CDS;1155423;1156802;;;
deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*;
;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*;
fin;comp;CDS;1213702;1214121;;;
deb;;CDS;1322695;1324020;55;*;
;;misc_b;1324076;1324319;57;*;
fin;;CDS;1324377;1325738;;0;
deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*;
;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*;
fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0;
deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*;
;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga
fin;comp;CDS;1456900;1458480;;;
deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*;
;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*;
fin;comp;CDS;1594500;1594850;;;
deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*;
;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*;
fin;comp;CDS;1607050;1608747;;;
deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*;
;;tRNA;1681218;1681301;161;*;
fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg
deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*;
;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*;
;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta
;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa
deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*;
;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc
;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac
;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117
;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908
;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564
fin;comp;CDS;1714981;1716288;;;
deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*;
;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*;
fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0;
deb;;CDS;1985984;1986976;213;*;
;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt
;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca
deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*;
;;misc_b;1988584;1988828;71;*;
fin;;CDS;1988900;1989913;;0;
deb;;CDS;2017560;2019416;56;*;
;;misc_f;2019473;2019530;40;*;
fin;;CDS;2019571;2020740;;;
deb;;CDS;2039362;2040669;131;*;
;;regulatory;2040801;2040898;72;*;
fin;;CDS;2040971;2042281;;;
deb;;CDS;2043158;2043412;56;*;
;;misc_b;2043469;2043702;76;*;
fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
&lt;/pre&gt;

===ppm===
====opérons====
=====ppm chromosome=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;
;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363;
;11961..13519;;16s;;280;;;;;
;13800..16728;;23s;;143;;;;;
;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232
;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140;
;;;;;;;;;;
comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345;
;113147..114705;;16s;;207;;;;;
;114913..117843;;23s;;76;;;;;
;117920..118036;;5s;;343;343;;;;
;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486;
;;;;;;;;;;
;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90
;124560..124648;;tca;;145;145;;;;
;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114;
;;;;;;;;;;
;180728..181003;;CDS;;412;;;;92;
;181416..182974;;16s;;108;;;;;
;183083..183199;;5s;@1;39;;;;;
;183239..183315;;atc;;20;;;20;;
;183336..183411;;gca;;128;;;;;
;183540..186468;;23s;;130;;;;;
;186599..186690;;agc;;28;;;28;;
;186719..186795;;atgj;;10;;;10;;
;186806..186881;;gta;;4;;;4;;
;186886..186961;;aca;;19;;;19;;
;186981..187057;;gac;;77;;;77;;
;187135..187210;;ttc;;6;;;6;;
;187217..187302;;tac;;7;;;7;;
;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154
;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211
comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;;
;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346;
;;;;;;;;;;
;453754..455364;;CDS;;392;;;;537;
;455757..457315;;16s;;207;;;;;
;457523..460453;;23s;;76;;;;;
;460530..460646;;5s;;34;;;;;
;460681..460757;;atc;;22;;;22;;
;460780..460855;;gca;;4;;;4;;
;460860..460935;;aac;;34;;;34;;
;460970..461043;;atgj;;3;;;3;;
;461047..461138;;agc;;31;;;31;;
;461170..461241;;gaa;;6;;;6;;
;461248..461323;;gta;;10;;;10;;
;461334..461407;;atgf;;25;;;25;;
;461433..461509;;gac;;50;;;50;;
;461560..461635;;ttc;;22;;;22;;
;461658..461733;;aca;;5;;;5;;
;461739..461824;;tac;;16;;;16;;
;461841..461913;;cac;;18;;;18;;
;461932..462006;;caa;;4;;;4;;
;462011..462086;;aaa;;15;;;15;;
;462102..462189;;ctg;;6;;;6;;
;462196..462270;;ggc;;10;;;10;;
;462281..462351;;tgc;;26;;;26;;
;462378..462454;;cgt;;22;;;22;;
;462477..462550;;cca;;9;;;9;;
;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204
comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368;
;;;;;;;;;;
;465476..466216;;CDS;;524;;;;247;
;466741..468299;;16s;;207;;;;;
;468507..471434;;23s;;76;;;;;
;471511..471627;;5s;;629;;;;;
;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444;
;;;;;;;;;;
;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249;
;578911..580469;;16s;;207;;;;;
;580677..583607;;23s;;76;;;;;
;583684..583800;;5s;;82;;;;;
;583883..583958;;gca;;4;;;4;;
;583963..584038;;aac;;3;;;3;;
;584042..584133;;tcc;;19;;;19;;
;584153..584224;;gaa;;9;;;9;;
;584234..584309;;gta;;29;;;29;;
;584339..584412;;atgf;;25;;;25;;
;584438..584514;;gac;;13;;;13;;
;584528..584603;;aca;;4;;;4;;
;584608..584693;;tac;;102;;;102;;
;584796..584870;;caa;;4;;;4;;
;584875..584950;;aaa;;12;;;12;;
;584963..585043;;cta;;10;;;10;;
;585054..585128;;ggc;;5;;;5;;
;585134..585210;;cgt;;12;;;12;;
;585223..585302;;ttg;;7;;;7;;
;585310..585386;;cca;;7;;;7;;
;585394..585464;;gga;;1 133;;;;;
;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321;
;;;;;;;;;;
;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73
;609998..610069;;acg;;1 613;;;;;
comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116;
;;;;;;;;;;
;752841..754124;;CDS;;611;;;;428;
;754736..756294;;16s;;208;;;;;
;756503..759431;;23s;;75;;;;;
;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183
comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142;
;;;;;;;;;;
;933311..934681;;CDS;;449;;;;457;
;935131..936689;;16s;;221;;;;;
;936911..939839;;23s;;76;;;;;
;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216
;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331;
;;;;;;;;;;
;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44
;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;;
;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;;
comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292;
;;;;;;;;;;
comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254;
;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;;
;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;;
;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162
;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152;
;;;;;;;;;;
comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246;
;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148
comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162;
;;;;;;;;;;
;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269;
;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;;
comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424;
;;;;;;;;;;
;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107
;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;;
;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346;
;;;;;;;;;;
;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129
;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;;
;1876377..1876449;;aag;;520;;;;;
comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335;
;;;;;;;;;;
comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147;
;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91
comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177;
;;;;;;;;;;
comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179;
;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;;
;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171;
;;;;;;;;;;
;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530;
;2448874..2450432;;16s;;400;;;;;
;2450833..2453761;;23s;;143;;;;;
;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236
comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370;
;;;;;;;;;;
;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386;
;2643756..2645314;;16s;;343;;;;;
;2645658..2648586;;23s;;144;;;;;
;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156
;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75;
;;;;;;;;;;
comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139
;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;;
comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110;
;;;;;;;;;;
;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144;
comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249
;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53;
;;;;;;;;;;
;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266;
comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;;
comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67;
;;;;;;;;;;
;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122
comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;;
comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107
comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;;
comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;;
comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;;
comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;;
comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;;
comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;;
comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;;
comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;;
comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;;
comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;;
comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;;
comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;;
comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;;
comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;;
comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543;
;;;;;;;;;;
comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311;
;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;;
;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255;
;;;;;;;;;;
;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448;
comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;;
;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98;
;;;;;;;;;;
;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87;
comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;;
comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;;
comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;;
comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;;
comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;;
comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;;
comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;;
comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;;
comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;;
comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;;
comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;;
comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;;
comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;;
comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;;
comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;;
comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110;
;;;;;;;;;;
comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931;
comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;;
comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;;
comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;;
comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;;
comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;;
comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;;
comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;;
comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;;
comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;;
comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;;
comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;;
comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;;
comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;;
comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;;
comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;;
comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;;
comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;;
comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77;
;;;;;;;;;;
comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163
comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;;
comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;;
comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;;
comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;;
comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672;
;;;;;;;;;;
;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106;
comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77
comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide=====
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;;
;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85;
;4711..4803;;agc;+;5;;5;;;
;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;;
;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;;
;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;;
;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;;
;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;;
;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;;
;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;;
;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;;
;5611..5686;;gac;;125;;125;;;
;5812..5887;;gga;;10;;10;;;
;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;;
;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;;
;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;;
;6158..6231;;caa;;4;;4;;;
;6236..6311;;atgi;;5;;5;;;
;6317..6392;;aac;;4;;4;;;
;6397..6470;;tgg;;131;;131;;;
;6602..6678;;gaa;;5;;5;;;
;6684..6757;;ggc;;55;;55;;;
;6813..6885;;ttc;;22;;22;;;
;6908..6983;;cga;;4;;4;;;
;6988..7065;;cca;;5;;5;;;
;7071..7155;;ttg;;5;;5;;;
;7161..7235;;atc;;5;;5;;;
;7241..7317;;atgf;;5;;5;;;
;7323..7398;;gca;;109;;109;;;
;7508..7584;;cga;;3;;3;;;
;7588..7668;;cta;;13;;13;;;
;7682..7758;;atc;;8;;8;;;
;7767..7841;;aac;;4;;4;;;
;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33
;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124;
;8301..8378;;gac;;8;;8;;;
;8387..8473;;tac;;86;;86;;;
;8560..8632;;aaa;;14;;14;;;
;8647..8720;;gga;;4;;4;;;
;8725..8800;;ttc;;7;;7;;;
;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;;
comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206;
;9690..9771;;tta;;3;;3;;;
;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35
comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101;
;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18
comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105;
;;;;;;;;;;
comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94
;11694..11768;;aga;;103;103;;;;
;11872..12312;;CDS;;195;;;;147;
;;;;;;;;;;
comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83;
;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72
;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295;
;;;;;;;;;;
;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;;
;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;;
;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;;
;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;;
;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119
;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70;
;;;;;;;;;;
comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88;
comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248
comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80;
;;;;;;;;;;
comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24
comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;;
comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81;
;;;;;;;;;;
comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161
comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;;
;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150;
;510118..1;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm plasmide MAJ=====
&lt;pre&gt;
plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;;
23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;;
;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires
3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536
4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5
4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63
4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7
5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6
5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101
5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4
5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4
5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6
5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5
5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125
5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10
5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4
5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9
6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4
;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4
6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5
6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4
6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131
6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5
6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55
6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22
6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4
6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5
7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5
7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5
7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5
7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109
7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3
7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13
7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8
7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4
7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33
7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24
8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8
8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86
8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14
8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4
8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7
8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100
8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89
9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3
9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35
9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150
;;;;;;;;;;
10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116
10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18
10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216
;;;;;;;;;;
11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94
11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103
11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195
;;;;;;;;;;
12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293
****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72
13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226
;;;;;;;;;;
14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8
14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7
14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3
14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5
14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119
14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044
;;;;;;;;;;
227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444
227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248
228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401
;;;;;;;;;;
229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24
230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289
****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231
;;;;;;;;;;
230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161
231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977
232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050
510118..1;;;;;;510118..1;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]]
*Chromosome&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0
;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1
;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2
;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2
;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2
;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3
;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3
;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2
sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1
;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3
;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1
;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22
total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150
remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58
jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
&lt;/pre&gt;
*Plasmide&lt;br&gt;
&lt;pre&gt;
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;;
plasmide;;;;;;;;;;;;
;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;;
;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd
avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4
;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0
;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1
;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1
;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1
;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0
;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0
;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1
sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0
;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0
;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0
;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1
;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9
total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89
remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77
;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
&lt;/pre&gt;
====ppm blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]]
&lt;pre&gt;
ppm blocs;;;;;;;
cds;392;;cds;1116;;cds;493
$16s;207;;$16s;207;;$16s;400
$23s;76;;$23s;76;;$23s;76
$5s;34;;$5s;82;;$5s;18
atc;22;;gca;4;;aac;3
19aas;*;;15aas;*;;9aas;*
gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107
cds;;;cds;;;cds;
;;;;;;;
cds;367;;cds;412;;cds;380
$16s;93;;$16s;108;;$16s;89
$5s;38;;$5s;39;;gca;185
atc;20;;atc;20;;$23s;76
gca;129;;gca;128;;$5s;163
$23s;76;;$23s;130;;cds;
$5s;18;;agc;28;;;
aac;3;;6aas;*;;;
9aas;*;;aaa;154;;;
gga;726;;cds;;;;
cds;;;;;;;
;;;;;;;
cds;327;'''616’;524;611;449;540;426
$16s;280;207;207;208;221;400;343
$23s;143;76;76;75;76;143;144
$5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156
cds;;;;;;;
;;;;;;;
$5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
&lt;/pre&gt;

====ppm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]]
*Chromosome
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
&lt;/pre&gt;
*Plasmide
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
&lt;/pre&gt;
====ppm données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca
;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg
;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt
;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc
;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa
;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac
;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf
;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta
;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa
2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc
;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac
;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga
3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca
1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt
1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc
;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta
;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa
1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa
;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta
;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa
3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc
;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac
1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;;
1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;;
4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;;
1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;;
1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;;
1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;;
;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;;
;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;;
;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;;
;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;;
;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;;
;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;;
;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;;
;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;;
;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;;
;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;;
1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;;
;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;;
2;4;reste;151;221;reste;1196;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;;
23;20;total;1267;3176;total;1259;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;;
21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;;
0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;;
;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;
;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;
;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;
;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ppm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ppm;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;10545;11633;323;*;
;;rRNA;11957;13510;290;*;1554
;;rRNA;13801;16726;145;*;2926
;;rRNA;16872;16988;232;*;117
fin;;CDS;17221;17640;;0;
deb;comp;CDS;111496;112530;612;*;
;;rRNA;113143;114696;217;*;1554
;;rRNA;114914;117842;77;*;2929
;;rRNA;117920;118036;343;*;117
fin;;CDS;118380;119837;;;
deb;;CDS;123186;124469;90;*;
;;tRNA;124560;124648;145;*;tca
fin;;CDS;124794;125135;;;
deb;;CDS;176747;176944;111;*;
;;ncRNA;177056;177322;155;*;
fin;;CDS;177478;179229;;;
deb;;CDS;180728;181003;408;*;
;;rRNA;181412;182965;117;*;1554
;;rRNA;183083;183199;39;*;117
;;tRNA;183239;183315;20;*;atc
;;tRNA;183336;183411;129;*;gca
;;rRNA;183541;186467;131;*;2927
;;tRNA;186599;186690;28;*;agc
;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj
;;tRNA;186806;186881;4;*;gta
;;tRNA;186886;186961;19;*;aca
;;tRNA;186981;187057;77;*;gac
;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc
;;tRNA;187217;187302;7;*;tac
;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa
fin;;CDS;187540;188682;;;
deb;comp;CDS;212745;213326;226;*;
;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg
fin;;CDS;213884;214921;;;
deb;;CDS;224658;225137;255;*;
;;tmRNA;225393;225757;618;*;
fin;;CDS;226376;227050;;;
deb;;CDS;453754;455364;388;*;
;;rRNA;455753;457306;217;*;1554
;;rRNA;457524;460452;77;*;2929
;;rRNA;460530;460646;34;*;117
;;tRNA;460681;460757;22;*;atc
;;tRNA;460780;460855;4;*;gca
;;tRNA;460860;460935;34;*;aac
;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj
;;tRNA;461047;461138;31;*;agc
;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa
;;tRNA;461248;461323;10;*;gta
;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf
;;tRNA;461433;461509;50;*;gac
;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc
;;tRNA;461658;461733;5;*;aca
;;tRNA;461739;461824;16;*;tac
;;tRNA;461841;461913;18;*;cac
;;tRNA;461932;462006;4;*;caa
;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa
;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg
;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc
;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc
;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt
;;tRNA;462477;462550;9;*;cca
;;tRNA;462560;462630;204;*;gga
fin;comp;CDS;462835;463938;;;
deb;;CDS;465476;466216;520;*;
;;rRNA;466737;468290;217;*;1554
;;rRNA;468508;471432;78;*;2925
;;rRNA;471511;471627;176;*;117
fin;comp;CDS;471804;471962;;0;
deb;comp;CDS;578235;578336;570;*;
;;rRNA;578907;580460;217;*;1554
;;rRNA;580678;583605;78;*;2928
;;rRNA;583684;583800;82;*;117
;;tRNA;583883;583958;4;*;gca
;;tRNA;583963;584038;3;*;aac
;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc
;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa
;;tRNA;584234;584309;29;*;gta
;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf
;;tRNA;584438;584514;13;*;gac
;;tRNA;584528;584603;4;*;aca
;;tRNA;584608;584693;102;*;tac
;;tRNA;584796;584870;4;*;caa
;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa
;;tRNA;584963;585043;10;*;cta
;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc
;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt
;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg
;;tRNA;585310;585386;7;*;cca
;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga
fin;;CDS;586598;587560;;0;
deb;;CDS;609577;609924;73;*;
;;tRNA;609998;610069;94;*;acg
fin;comp;CDS;610164;610445;;;
deb;;CDS;752841;754124;607;*;
;;rRNA;754732;756285;218;*;1554
;;rRNA;756504;759429;77;*;2926
;;rRNA;759507;759623;183;*;117
fin;comp;CDS;759807;760232;;0;
deb;;CDS;933311;934681;445;*;
;;rRNA;935127;936680;231;*;1554
;;rRNA;936912;939838;77;*;2927
;;rRNA;939916;940032;216;*;117
fin;;CDS;940249;941241;;;
deb;;CDS;1462425;1462937;44;*;
;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac
;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc
fin;comp;CDS;1463270;1464145;;;
deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*;
;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa
;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa
;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc
fin;;CDS;1465725;1466180;;;
deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*;
;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc
fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0;
deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*;
;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc
fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0;
deb;;CDS;1617541;1619682;107;*;
;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga
fin;;CDS;1620126;1621163;;;
deb;;CDS;1875693;1876160;129;*;
;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc
;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag
fin;comp;CDS;1876970;1877974;;;
deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*;
;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg
fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0;
deb;;CDS;1982038;1982799;58;*;
;;ncRNA;1982858;1983052;216;*;
fin;;CDS;1983269;1983661;;0;
deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*;
;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg
fin;;CDS;2010623;2011135;;;
deb;;CDS;2443744;2448333;536;*;
;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554
;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927
;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117
fin;comp;CDS;2454258;2455367;;;
deb;;CDS;2642172;2643329;422;*;
;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554
;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927
;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117
fin;;CDS;2649231;2650082;;;
deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*;
;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc
fin;comp;CDS;3534740;3535069;;;
deb;;CDS;3639395;3639562;504;*;
;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta
fin;;CDS;3640402;3640560;;;
deb;;CDS;3668653;3669450;247;*;
;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj
fin;comp;CDS;3670034;3670234;;;
deb;;CDS;3724691;3725086;122;*;
;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi
fin;comp;CDS;3725406;3725570;;;
deb;;CDS;3796407;3797627;286;*;
;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*;
fin;comp;CDS;3798392;3798958;;;
deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*;
;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca
;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg
;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt
;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc
;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa
;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac
;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf
;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta
;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa
;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc
;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac
;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117
;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928
;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554
fin;comp;CDS;4345935;4347563;;;
deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*;
;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga
fin;;CDS;4395619;4396383;;0;
deb;;CDS;4446278;4447621;207;*;
;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga
fin;;CDS;4448077;4448370;;0;
deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*;
;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg
;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc
;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc
;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa
;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac
;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg
;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac
;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca
;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc
;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac
;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf
;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta
;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa
;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc
;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac
fin;comp;CDS;4709150;4710085;;;
deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*;
;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga
;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca
;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt
;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc
;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta
;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa
;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa
;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta
;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa
;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc
;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac
;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117
;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928
;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca
;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc
;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117
;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554
fin;comp;CDS;4997245;4997475;;;
deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*;
;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117
;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928
;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca
;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554
fin;comp;CDS;5064379;5066394;;;
deb;;CDS;5714294;5714611;206;*;
;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg
fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
&lt;/pre&gt;

===pmq===
====pmq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]]
&lt;pre&gt;
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;;
;9206..10276;CDS;;322;322;;;357;
;10599..12139;16s;;269;;;;;
;12409..15343;23s;;95;;;;;
;15439..15555;5s;;178;178;;;;178
;15734..17190;CDS;;3061;;;;486;
;;;;;;;;;
;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47
;21580..21666;tca;;140;140;;;;
;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117;
;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61;
;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48;
comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62;
comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777;
;;;;;;;;;
;25422..26165;CDS;;220;220;;;248;
comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183
;26644..27168;CDS;;151287;;;;175;
;;;;;;;;;
;178456..179454;CDS;;298;298;;;333;
;179753..181299;16s;;254;;;;;
;181554..184488;23s;;168;;;;;
;184657..184773;5s;;15;;;;;
;184789..184876;agc;;29;;;29;;
;184906..184982;atgj;;39;;;39;;
;185022..185097;gta;;15;;;15;;
;185113..185189;atgf;;14;;;14;;
;185204..185280;gac;;48;;;48;;
;185329..185404;ttc;;5;;;5;;
;185410..185485;aca;;9;;;9;;
;185495..185579;tac;;15;;;15;;
;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183
comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417;
;;;;;;;;;
comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129
comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;;
;218612..219643;CDS;;34238;;;;344;
;;;;;;;;;
;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215;
;255204..256745;16s;;268;;;;;
;257014..259948;23s;;95;;;;;
;260044..260160;5s;;55;;;;;
;260216..260292;atc;;19;;;19;;
;260312..260387;gca;+;16;;;16;;
;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;;
;260485..260569;tac;;20;;;20;;
;260590..260665;aac;;3;;;3;;
;260669..260744;gta;;19;;;19;;
;260764..260840;gac;;20;;;20;;
;260861..260933;ttc;;15;;;15;;
;260949..261021;aaa;;10;;;10;;
;261032..261118;ctg;;3;;;3;;
;261122..261196;ggc;;12;;;12;;
;261209..261280;tgc;;15;;;15;;
;261296..261369;cgt;;5;;;5;;
;261375..261448;cca;;158;;;*158;;
;261607..261682;gca;;4;;;4;;
;261687..261759;acc;;5;;;5;;
;261765..261854;tcg;;19;;;19;;
;261874..261961;agc;;17;;;17;;
;261979..262054;gtc;;5;;;5;;
;262060..262134;acg;;39;;;39;;
;262174..262262;tcc;;41;;;41;;
;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283
;262670..263515;CDS;;314679;;;;282;
;;;;;;;;;
;578195..579055;CDS;;324;324;;;287;
;579380..580921;16s;;258;;;;;
;581180..584114;23s;;166;;;;;
;584281..584397;5s;;31;;;;;
;584429..584505;aac;;6;;;6;;
;584512..584600;tcc;;38;;;38;;
;584639..584710;gaa;;11;;;11;;
;584722..584797;gta;;17;;;17;;
;584815..584891;atgf;;15;;;15;;
;584907..584983;gac;;67;;;67;;
;585051..585125;acg;;11;;;11;;
;585137..585212;cac;;10;;;10;;
;585223..585297;caa;;5;;;5;;
;585303..585378;aaa;;17;;;17;;
;585396..585470;ggc;+;40;;;40;;
;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;;
;585610..585692;ttg;;5;;;5;;
;585698..585774;cca;;19;;;19;;
;585794..585867;gga;;1;;;1;;
;585869..585942;aga;;187;187;;;;187
;586130..586885;CDS;;85587;;;;252;
;;;;;;;;;
;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18
;672968..673043;aac;;7;;7;;;
;673051..673138;agc;@2;297;;297;;;
;673436..673507;gaa;;9;;9;;;
;673517..673599;ctc;;180;180;;;;
;673780..674199;CDS;;182;;;;140;
;;;;;;;;;
;674382..675278;CDS;;159;159;;;299;
;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64
;675585..675833;CDS;;18450;;;;83;
;;;;;;;;;
;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451;
;696434..697974;16s;;261;;;;;
;698236..701170;23s;;94;;;;;
;701265..701381;5s;;43;;;;;
;701425..701498;atc;;11;;;11;;
;701510..701584;gaa;;5;;;5;;
;701590..701665;gtc;;5;;;5;;
;701671..701747;atgf;;4;;;4;;
;701752..701825;tgg;;9;;;9;;
;701835..701909;caa;;8;;;8;;
;701918..701990;aaa;;18;;;18;;
;702009..702095;ctg;;4;;;4;;
;702100..702174;ggc;;11;;;11;;
;702186..702259;cgt;;12;;;12;;
;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577
;702926..703120;CDS;;370320;;;;65;
;;;;;;;;;
;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258;
;1074588..1076136;16s;;260;;;;;
;1076397..1079331;23s;;168;;;;;
;1079500..1079616;5s;;9;;;;;
;1079626..1079701;aac;;6;;;6;;
;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;;
;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;;
;1079918..1079993;gta;;17;;;17;;
;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;;
;1080101..1080177;gac;;49;;;49;;
;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;;
;1080307..1080382;aca;;13;;;13;;
;1080396..1080481;tac;;8;;;8;;
;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;;
;1080574..1080649;cac;;26;;;26;;
;1080676..1080747;caa;;9;;;9;;
;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;;
;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;;
;1080928..1081016;tta;;20;;;20;;
;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;;
;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147
;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209;
;;;;;;;;;
;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972;
;1213874..1213949;gca;;16;;16;;;
;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;;
;1214050..1214125;gta;;16;;16;;;
;1214142..1214218;gac;;17;;17;;;
;1214236..1214311;cac;;9;;9;;;
;1214321..1214395;caa;;9;;9;;;
;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;;
;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;;
;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169
comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262;
;;;;;;;;;
;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93;
;1595203..1596743;16s;;252;;;;;
;1596996..1599930;23s;;94;;;;;
;1600025..1600141;5s;;43;;;;;
;1600185..1600261;atc;;19;;;19;;
;1600281..1600356;gca;;17;;;17;;
;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;;
;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;;
;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;;
;1600621..1600705;tac;;18;;;18;;
;1600724..1600799;aac;;4;;;4;;
;1600804..1600879;gta;;21;;;21;;
;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;;
;1600990..1601066;gac;;34;;;34;;
;1601101..1601176;cac;;13;;;13;;
;1601190..1601264;caa;;8;;;8;;
;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;;
;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;;
;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;;
;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;;
;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;;
;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;;
;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105
;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88;
;;;;;;;;;
;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106
;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;;
comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134;
;;;;;;;;;
comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192
;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;;
;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;;
;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379;
;;;;;;;;;
;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91;
;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142
;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74;
;;;;;;;;;
comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127
comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;;
comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;;
comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;;
comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;;
;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32;
;;;;;;;;;
comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306;
;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69
comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304;
;;;;;;;;;
comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142
comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;;
comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;;
comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;;
comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184;
;;;;;;;;;
;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342
comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;;
comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;;
comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;;
comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;;
comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;;
comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;;
comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;;
comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;;
;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;;
comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;;
comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;;
comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;;
comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;;
comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;;
comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;;
comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;;
comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;;
comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;;
comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;;
comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;;
comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;;
comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;;
comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;;
comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;;
comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;;
comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;;
comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;;
;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180;
;;;;;;;;;
;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280
comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;;
;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311;
;;;;;;;;;
comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104
comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;;
comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;;
comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;;
comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;;
comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;;
comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;;
comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;;
comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;;
comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;;
comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;;
comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;;
comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;;
;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250;
;;;;;;;;;
comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57
comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;;
comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;;
comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67;
;;;;;;;;;
comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123
comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;;
comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;;
comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;;
comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114;
;;;;;;;;;
comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460
comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;;
comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;;
comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;;
;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109;
;;;;;;;;;
;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83
comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;;
comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;;
comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;;
comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;;
comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;;
comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;;
comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;;
comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;;
comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;;
comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;;
comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;;
comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;;
comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;;
comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;;
comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;;
comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73;
;;;;;;;;;
comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393
comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;;
comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;;
comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;;
comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499;
;;;;;;;;;
comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832;
comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149
comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168;
;;;;;;;;;
;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296
comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;;
comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;;
comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;;
comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89;
;;;;;;;;;
comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149;
;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157
;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322;
;;;;;;;;;
;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84;
comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165
comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78;
;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
&lt;/pre&gt;
====pmq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmq;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd
avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8
;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10
;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6
;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3
;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4
;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0
;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0
;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0
sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0
;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0
;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0
;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0
;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31
total aas;;173;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213
;;;variance;;20;;;;;;184;122
sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;;
;;;variance;12;11;;106;;49;;;
&lt;/pre&gt;
====pmq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]]
&lt;pre&gt;
Les blocs à rRNAs pmq;;;;;
CDS;298;324;373;12;
16s;254;258;260;159;
23s;168;166;168;256;
5s;15;31;9;537;
1er aa;agc;aac;aac;ttc;
aas;9;16;17;9;
CDS;183;187;147;104;
;;;;;
CDS;677;797;537;54;43
16s;268;261;252;112;94
23s;95;94;94;258;255
5s;55;43;43;403;306
atc / aas;22;11;19;23;12
CDS;283;577;105;342;83
;;;;;
CDS;322;123;460;393;296
16s;269;167;94;94;94
23s;95;248;258;258;259
5s;178;325;456;369;234
&lt;/pre&gt;
====pmq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2  5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
&lt;/pre&gt;
====pmq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;23s 5s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;2* 97;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc
;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;2* 170;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc
;0;30;22;273;3;1;35;-4;11;384;283;261;168;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf
;0;40;16;249;4;1;34;-5;0;1;187;169;6* 96;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj
;1;50;22;194;5;1;28;-6;3;1;18;137;113;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc
;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;161;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg
;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;169;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc
1;1;80;47;168;8;2;12;-9;1;0;64;72;5s CDS;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca
1;1;90;44;163;9;4;10;-10;1;8;577;342;178;296;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA
;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;123;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca
;3;110;53;123;11;1;23;-12;0;0;354;335;460;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt
;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;393;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc
;1;130;77;120;13;1;43;-14;2;27;106;417;5s tRNA;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg
1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;15;;agc;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa
;4;150;64;119;15;3;39;-16;0;5;256;;55;;atc;19;;gta;17;;gta;9;;caa
;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;54;;atc;20;;gac;13;;atgf;17;;cac
1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;3* 43;;atc;15;;ttc;49;;gac;12;;gac
;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;9;;aac;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta
2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;31;;aac;3;;ctg;13;;aca;15;;aac
1;0;200;65;94;20;0;24;-21;0;0;104;;12;;ttc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac
;0;210;65;86;21;6;37;-22;1;5;84;;tRNA tRNA;;;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca
;0;220;58;86;22;1;32;-23;0;13;404;;7;;aac;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa
2;0;230;52;79;23;3;23;-24;0;0;396;;297;;agc;158;;cca;9;;caa;9;;gcc
;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;9;;gaa;4;;gca;12;;ggc;**;;atc
;0;250;47;74;25;0;28;-26;3;13;157;;**;;ctc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg
;1;260;41;66;26;5;15;-27;0;0;165;;16;;gca;19;;tcg;20;;tta;106;;cca
1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;CDS 16s;;12;;gaa;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt
1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;318;399;16;;gta;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc
;1;290;30;44;29;0;25;-30;0;0;299;533;17;;gac;39;;acg;19;;atc;13;;ctg
;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;673;;9;;cac;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc
;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;320;;9;;caa;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa
;1;320;28;32;32;2;20;-33;0;0;793;;8;;aaa;10;;aac;5;;gta;28;;tac
;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;377;;3;;ctg;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc
1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;533;;**;;ggc;11;;gaa;18;;tac;5;;gga
1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;321;;49;;ctg;17;;gta;4;;aac;16;;cca
;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;272;;**;;ctg;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt
;0;370;14;26;37;3;24;-38;0;2;302;;40;;ctc;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc
;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;365;;13;;tcc;11;;acg;34;;gac;42;;cta
;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;230;;19;;atgj;10;;cac;13;;cac;8;;aaa
;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;16s 23s;;**;;tcg;5;;caa;8;;caa;9;;caa
2;2;reste;266;353;reste;1812;3361;-42;0;0;2* 280;;7;;tta;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg
15;27;total;1885;4543;total;1885;4543;-43;0;0;266;;19;;atgi;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf
13;25;diagr;1614;4164;diagr;68;1156;-44;1;3;272;;**;;atgf;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc
0;1; t30;52;907;;;;-45;0;0;271;;230;;cac;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa
;;;;;;;;-46;0;1;263;;**;;cac;19;;cca;10;;tgc;**;;atc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;4* 269;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;268;;;;;**;;aga;**;;cca;;;
;x;1880;42;5;1927;;;-49;0;2;259;;;;;;;;;;;;;
;c;4517;753;26;5296;;;-50;0;1;267;;;;;;;;;;;;;
;;;;;7223;256;;reste;5;16;270;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;pmq;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;9206;318;;
;rRNA;10595;280;;16s
;rRNA;12412;97;;23s
;rRNA;15439;178;;5s
fin;CDS;15734;;;
deb;CDS;20252;47;;
;tRNA;21580;137;;tca
fin;CDS;21807;;;
deb;CDS;25422;222;;
;tRNA;26388;183;comp;cgg
fin;CDS;26644;;;
deb;CDS;178456;299;;
;rRNA;179754;266;;16s
;rRNA;181557;170;;23s
;rRNA;184657;15;;5s
;tRNA;184789;29;;agc
;tRNA;184906;39;;atgj
;tRNA;185022;15;;gta
;tRNA;185113;14;;atgf
;tRNA;185204;48;;gac
;tRNA;185329;5;;ttc
;tRNA;185410;9;;aca
;tRNA;185495;15;;tac
;tRNA;185595;183;;aaa
fin;CDS;185854;;comp;
deb;CDS;217565;129;comp;
;tRNA;218276;261;comp;cgg
fin;CDS;218612;;;
deb;CDS;230970;186;;
;tmRNA;231642;140;;
fin;CDS;232145;;;
deb;CDS;253921;673;;
;rRNA;255200;280;;16s
;rRNA;257017;97;;23s
;rRNA;260044;55;;5s
;tRNA;260216;19;;atc
;tRNA;260312;16;;gca
;tRNA;260404;9;;gaa
;tRNA;260485;20;;tac
;tRNA;260590;3;;aac
;tRNA;260669;19;;gta
;tRNA;260764;20;;gac
;tRNA;260861;15;;ttc
;tRNA;260949;10;;aaa
;tRNA;261032;3;;ctg
;tRNA;261122;12;;ggc
;tRNA;261209;15;;tgc
;tRNA;261296;5;;cgt
;tRNA;261375;158;;cca
;tRNA;261607;4;;gca
;tRNA;261687;5;;acc
;tRNA;261765;19;;tcg
;tRNA;261874;17;;agc
;tRNA;261979;5;;gtc
;tRNA;262060;39;;acg
;tRNA;262174;41;;tcc
;tRNA;262304;283;;ctc
fin;CDS;262670;;;
deb;CDS;578195;320;;
;rRNA;579376;269;;16s
;rRNA;581183;168;;23s
;rRNA;584281;31;;5s
;tRNA;584429;10;;aac
;tRNA;584512;38;;tcc
;tRNA;584639;11;;gaa
;tRNA;584722;17;;gta
;tRNA;584815;15;;atgf
;tRNA;584907;67;;gac
;tRNA;585051;11;;acg
;tRNA;585137;10;;cac
;tRNA;585223;5;;caa
;tRNA;585303;17;;aaa
;tRNA;585396;40;;ggc
;tRNA;585511;24;;ggc
;tRNA;585610;8;;ttg
;tRNA;585698;19;;cca
;tRNA;585794;1;;gga
;tRNA;585869;187;;aga
fin;CDS;586130;;;
deb;CDS;672473;18;;
;tRNA;672968;7;;aac
;tRNA;673051;297;;agc
;tRNA;673436;9;;gaa
;tRNA;673517;180;;ctc
fin;CDS;673780;;;
deb;CDS;674382;159;;
;tRNA;675438;64;;ctc
fin;CDS;675585;;;
deb;CDS;694284;793;;
;rRNA;696430;272;;16s
;rRNA;698239;96;;23s
;rRNA;701265;43;;5s
;tRNA;701425;11;;atc
;tRNA;701510;5;;gaa
;tRNA;701590;5;;gtc
;tRNA;701671;4;;atgf
;tRNA;701752;9;;tgg
;tRNA;701835;8;;caa
;tRNA;701918;18;;aaa
;tRNA;702009;7;;ctg
;tRNA;702100;11;;ggc
;tRNA;702186;12;;cgt
;tRNA;702272;577;;cca
fin;CDS;702926;;;
deb;CDS;1073441;377;;
;rRNA;1074592;271;;16s
;rRNA;1076400;170;;23s
;rRNA;1079500;9;;5s
;tRNA;1079626;6;;aac
;tRNA;1079708;38;;tcc
;tRNA;1079835;11;;gaa
;tRNA;1079918;17;;gta
;tRNA;1080011;13;;atgf
;tRNA;1080101;49;;gac
;tRNA;1080227;4;;ttc
;tRNA;1080307;13;;aca
;tRNA;1080396;8;;tac
;tRNA;1080490;13;;tgg
;tRNA;1080574;26;;cac
;tRNA;1080676;9;;caa
;tRNA;1080757;12;;ggc
;tRNA;1080844;10;;tgc
;tRNA;1080928;20;;tta
;tRNA;1081037;3;;cgt
;tRNA;1081117;150;;ttg
fin;CDS;1081347;;;
deb;CDS;1210625;354;;
;tRNA;1213874;16;;gca
;tRNA;1213966;12;;gaa
;tRNA;1214050;16;;gta
;tRNA;1214142;17;;gac
;tRNA;1214236;9;;cac
;tRNA;1214321;9;;caa
;tRNA;1214405;8;;aaa
;tRNA;1214486;3;;ctg
;tRNA;1214576;169;;ggc
fin;CDS;1214817;;comp;
deb;CDS;1594387;533;;
;rRNA;1595199;263;;16s
;rRNA;1596999;96;;23s
;rRNA;1600025;43;;5s
;tRNA;1600185;19;;atc
;tRNA;1600281;17;;gca
;tRNA;1600374;8;;gaa
;tRNA;1600454;5;;gta
;tRNA;1600535;10;;aca
;tRNA;1600621;18;;tac
;tRNA;1600724;4;;aac
;tRNA;1600804;21;;gta
;tRNA;1600901;12;;atgf
;tRNA;1600990;34;;gac
;tRNA;1601101;13;;cac
;tRNA;1601190;8;;caa
;tRNA;1601273;17;;aaa
;tRNA;1601363;13;;ctc
;tRNA;1601462;5;;ctg
;tRNA;1601554;14;;ggc
;tRNA;1601643;10;;tgc
;tRNA;1601724;5;;cgt
;tRNA;1601803;105;;cca
fin;CDS;1601982;;;
deb;CDS;1834781;106;;
;tRNA;1835367;137;;gcc
fin;CDS;1835577;;comp;
deb;CDS;2147627;89;;
;ncRNA;2148556;114;;
fin;CDS;2148850;;;
deb;CDS;2207093;192;comp;
;tRNA;2208284;49;;ctg
;tRNA;2208417;315;;ctg
fin;CDS;2208816;;;
deb;CDS;3456514;256;;
;tRNA;3457043;142;;ccc
fin;CDS;3457262;;;
deb;CDS;5004536;394;comp;
;tRNA;5005554;40;comp;ctc
;tRNA;5005677;13;comp;tcc
;tRNA;5005779;19;comp;atgj
;tRNA;5005872;167;comp;tcg
;ncRNA;5006126;132;;
fin;CDS;5006353;;;
deb;CDS;6383256;228;comp;
;tRNA;6384402;72;;gtc
fin;CDS;6384547;;comp;
deb;CDS;6390912;142;comp;
;tRNA;6391273;7;comp;tta
;tRNA;6391366;19;comp;atgi
;tRNA;6391462;75;comp;atgf
fin;CDS;6391614;;comp;
deb;CDS;6561157;118;;
;ncRNA;6563228;95;comp;
fin;CDS;6563744;;comp;
deb;CDS;7354507;342;;
;tRNA;7355080;28;comp;ctc
;tRNA;7355191;12;comp;tcc
;tRNA;7355292;14;comp;atgf
;tRNA;7355383;14;comp;atgj
;tRNA;7355474;8;comp;agc
;tRNA;7355570;4;comp;tcg
;tRNA;7355664;4;comp;acc
;tRNA;7355741;119;comp;gca
;ncRNA;7355936;36;;
;tRNA;7356067;6;comp;cca
;tRNA;7356147;104;comp;cgt
;tRNA;7356325;7;comp;ggc
;tRNA;7356404;9;comp;ctg
;tRNA;7356500;9;comp;aaa
;tRNA;7356582;9;comp;caa
;tRNA;7356666;17;comp;cac
;tRNA;7356759;12;comp;gac
;tRNA;7356848;4;comp;gta
;tRNA;7356928;15;comp;aac
;tRNA;7357019;8;comp;tac
;tRNA;7357112;5;comp;aca
;tRNA;7357193;15;comp;gaa
;tRNA;7357280;9;comp;gcc
;tRNA;7357365;54;comp;atc
;rRNA;7357493;113;comp;5s
;rRNA;7357723;269;comp;23s
;rRNA;7360922;399;comp;16s
fin;CDS;7362858;;;
deb;CDS;7618150;280;;
;tRNA;7619123;335;comp;ggg
fin;CDS;7619529;;;
deb;CDS;7666633;104;comp;
;tRNA;7668174;5;comp;ggg
;tRNA;7668250;106;comp;cca
;tRNA;7668433;11;comp;cgt
;tRNA;7668518;5;comp;ggc
;tRNA;7668598;13;comp;ctg
;tRNA;7668698;16;comp;ctc
;tRNA;7668800;10;comp;aaa
;tRNA;7668883;28;comp;tac
;tRNA;7668996;12;comp;ttc
;rRNA;7669084;161;comp;5s
;rRNA;7669362;268;comp;23s
;rRNA;7672563;533;comp;16s
fin;CDS;7674633;;;
deb;CDS;7853177;84;comp;
;tRNA;7853819;230;comp;cac
;tRNA;7854123;404;comp;cac
fin;CDS;7854601;;comp;
deb;CDS;8100441;123;comp;
;rRNA;8100978;169;comp;5s
;rRNA;8101264;259;comp;23s
;rRNA;8104437;321;comp;16s
fin;CDS;8106295;;comp;
deb;CDS;8151918;460;comp;
;rRNA;8152909;96;comp;5s
;rRNA;8153128;269;comp;23s
;rRNA;8156327;272;comp;16s
fin;CDS;8158136;;comp;
deb;CDS;8256928;86;;
;tRNA;8257833;5;comp;gga
;tRNA;8257909;16;comp;cca
;tRNA;8258002;4;comp;cgt
;tRNA;8258083;8;comp;ggc
;tRNA;8258166;42;comp;cta
;tRNA;8258291;8;comp;aaa
;tRNA;8258375;9;comp;caa
;tRNA;8258459;4;comp;tgg
;tRNA;8258537;5;comp;atgf
;tRNA;8258619;5;comp;gtc
;tRNA;8258700;11;comp;gaa
;tRNA;8258786;43;comp;atc
;rRNA;8258903;96;comp;5s
;rRNA;8259116;267;comp;23s
;rRNA;8262313;302;comp;16s
fin;CDS;8264152;;comp;
deb;CDS;8322744;393;comp;
;rRNA;8323599;96;comp;5s
;rRNA;8323812;269;comp;23s
;rRNA;8327015;365;comp;16s
fin;CDS;8328917;;comp;
deb;CDS;8351919;396;comp;
;tRNA;8354811;149;comp;atgj
fin;CDS;8355034;;comp;
deb;CDS;8389988;296;;
;rRNA;8390809;96;comp;5s
;rRNA;8391022;270;comp;23s
;rRNA;8394222;230;comp;16s
fin;CDS;8395989;;comp;
deb;CDS;8399622;208;comp;
;ncRNA;8400892;47;comp;
fin;CDS;8401203;;comp;
deb;CDS;8616478;417;comp;
;tRNA;8617342;157;;gac
fin;CDS;8617576;;;
deb;CDS;8724363;455;;
;tRNA;8725070;165;comp;tcg
fin;CDS;8725326;;comp;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;;
pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;;
pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15
;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10
;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6
;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6
;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10
;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8
;'''total 7223;&lt;201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5
6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6
6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4
4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5
3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5
1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5
1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5
1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4
8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6
6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5
4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4
1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3
4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5
2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3
896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5
6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6
2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1
1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1
1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7
2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2
3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2
4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3
1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3
880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3
5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2
5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4
8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5
7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2
7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2
5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2
8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0
359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2
7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2
1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2
3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1
1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2
7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2
5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2
3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4
3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquence5;225;65;1070;0
933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1
8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3
1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1
1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1
1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0
2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0
5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0
7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1
247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1
1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1
7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0
2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3
;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1
;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27
4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232
5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;;
1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;;
5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;;
3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;;
5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;;
7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;;
2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;;
4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;;
2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;;
2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;;
1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;;
7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;;
1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;;
3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;;
6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;;
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&amp;-29;229;-645;79;946;263;min70
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-13;112;-388;63;937;287;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&amp;143;54;;806;poly;140;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;113;46;-;886;dte;51;Sf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;;
41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;;
1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc-
0;5;26;;0;3;6;0;5;26;&gt;0;1880;-1;0;80
10;15;298;;10;9;72;1;1;52;&lt;0;42;-2;3;0
20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1
30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384
40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1
50;22;194;;50;14;47;5;1;28;&gt;0;4517;-6;3;1
60;24;156;;60;15;37;6;1;32;&lt;0;753;-7;0;5
70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76
80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0
90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8
100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32
110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0
120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7
130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27
140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0
150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5
160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17
170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0
180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1
190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14
200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0
210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5
220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13
230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0
240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3
250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13
260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0
270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0
280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8
290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0
300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2
310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8
320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0
330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2
340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6
350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0
360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2
370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2
380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0
390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1
400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5
reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0
total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0
diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3
 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;2
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;5;16
;;;;;;;;;;;;total;42;753
&lt;/pre&gt;

====pmq  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51
comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4
continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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&lt;/pre&gt;

====pmq autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;585396;40;;;;&amp;tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;585610;8;;;;&amp;tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585698;19;;;;&amp;tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585794;1;;;;&amp;tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;585869;187;;;;&amp;tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;&amp;tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmq intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;47;;137;;18;64;'''deb;
comp’;222;comp’;183;;47;75;&lt;201;8
;;comp’;183;;84;105;total;12
;129;comp’;261;;104;137;taux;67%
;;;283;;106;142;'''fin;
;;;187;;129;149;&lt;201;11
;18;;180;;142;150;total;15
;159;;64;;159;157;taux;73%
;;;577;;256;165;;
;;;150;;354;180;'''total;
;354;comp’;169;;394;187;&lt;201;19
;;;105;;396;283;total;27
;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70%
comp’;192;;315;;'''-;404;;
;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls
;394;;;;86;72;;
comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2
;142;;75;;222;169;;8
comp’;342;;;;228;183;;
comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5
;104;;;;342;261;;7
;84;;404;;417;335;'''total;
comp’;86;;;;455;'''-;&lt;201;7
;396;;149;;;;total;15
comp’;417;;157;;;;taux;47%
comp’;455;;165;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;
&lt;201;10;16;26;;;;;
total;20;22;42;;;;;
taux;50%;73%;62%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===lbu===
====lbu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]]
&lt;pre&gt;
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;;
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128
;19366..19438;act;@1;195;195;;;;
;19634..20371;CDS;;6912;;;;246;
;;;;;;;;;
;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834;
;30062..30134;act;;134;134;;;;134
;30269..30907;CDS;;11768;;;;213;
;;;;;;;;;
;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191;
;43700..45271;16s;;209;;;;;
;45481..48391;23s;;69;;;;;
;48461..48577;5s;;275;275;;;;275
;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80;
;;;;;;;;;
comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56
comp;106604..106679;aag;;125;125;;;;
;106805..107533;CDS;;103754;;;;243;
;;;;;;;;;
;211288..212553;CDS;;94;94;;;422;
;212648..212720;acc;;23;23;;;;23
comp&lt;;212744..213262;CDS;;64997;;;;173;
;;;;;;;;;
;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69
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;279250..280275;CDS;;44047;;;;342;
;;;;;;;;;
comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117
;325067..325138;ggc;+;4;;4;;;
;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;;
;325325..325399;ggc;;155;155;;;;
;325555..326016;CDS;;37886;;;;154;
;;;;;;;;;
;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98
;364493..364564;caa;;614;*614;;;;
;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394;
;;;;;;;;;
;366347..367402;CDS;;75;75;;;352;
;367478..367559;tac;;5;;5;;;
;367565..367636;caa;;62;62;;;;62
&lt;;367699..368318;CDS;;14127;;;;207;
;;;;;;;;;
;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30
;382938..383026;ctt;;118;118;;;;
;383145..383768;CDS;;70441;;;;208;
;;;;;;;;;
;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61
;455591..455665;agg;;341;341;;;;
;456007..457035;CDS;;75557;;;;343;
;;;;;;;;;
;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82
comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;;
;533739..534782;CDS;;48963;;;;348;
;;;;;;;;;
;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57
comp;584786..584858;cag;;5;;5;;;
comp;584864..584935;gag;;170;170;;;;
;585106..586110;CDS;;94988;;;;335;
;;;;;;;;;
;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548;
;683260..684831;16s;;106;;;;;
;684938..685011;atc;;69;;;69;;
;685081..685153;gca;;127;;;;;
;685281..688191;23s;;68;;;;;
;688260..688376;5s;;208;208;;;;208
comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406;
;;;;;;;;;
comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134
comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;;
;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922;
;;;;;;;;;
;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54
;787059..787142;ctg;;109;109;;;;
comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207;
;;;;;;;;;
comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641;
;792481..794052;16s;;105;;;;;
;794158..794231;atc;;69;;;69;;
;794301..794373;gca;;126;;;;;
;794500..797410;23s;;69;;;;;
;797480..797596;5s;;87;87;;;;87
;797684..798559;CDS;;36;;;;292;
;;;;;;;;;
comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528;
;800709..800781;aac;@2;3;;3;;;
;800785..800858;cca;;24;;24;;;
;800883..800954;ggc;;30;;30;;;
;800985..801058;cgt;;2;;2;;;
;801061..801133;gta;;3;;3;;;
;801137..801208;gaa;;42;;42;;;
;801251..801338;tca;;9;;9;;;
;801348..801421;atgf;;3;;3;;;
;801425..801498;gac;;6;;6;;;
;801505..801577;ttc;;8;;8;;;
;801586..801667;tac;;4;;4;;;
;801672..801742;tgg;;13;;13;;;
;801756..801831;cac;;26;;26;;;
;801858..801928;tgc;;28;;28;;;
;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356
;802398..802961;CDS;;284259;;;;188;
;;;;;;;;;
comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157
comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;;
comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299;
;;;;;;;;;
comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188
comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;;
;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793;
;;;;;;;;;
comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98
;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;;
comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173;
;;;;;;;;;
comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161
comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;;
comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;;
comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;;
comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;;
comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;;
comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;;
comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;;
comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;;
comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;;
comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;;
;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309;
;;;;;;;;;
comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125;
comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;;
comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;;
comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;;
comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;;
comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;;
comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;;
comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;;
comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153
comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64;
;;;;;;;;;
comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268;
comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;;
comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;;
comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;;
comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;;
comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130
comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288;
;;;;;;;;;
;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106
comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;;
comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;;
;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;;
;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177;
;;;;;;;;;
comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308;
comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154
comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413;
;;;;;;;;;
;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303
comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;;
comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167;
;;;;;;;;;
;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460;
comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;;
comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;;
comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;;
comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;;
comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189
;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63;
;;;;;;;;;
comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151
comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;;
comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;;
comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;;
comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;;
comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;;
comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;;
comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;;
comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;;
comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;;
comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;;
comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;;
comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;;
comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;;
comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;;
comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;;
comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;;
comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;;
comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;;
comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;;
comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;;
comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;;
comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;;
comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;;
comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;;
comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;;
comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;;
comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476;
;;;;;;;;;
comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156
comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;;
comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;;
comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;;
comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;;
comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;;
comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289;
;;;;;;;;;
comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298
comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;;
comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;;
comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;;
comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182;
comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138
comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;;
comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;;
comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;;
comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;;
comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;;
comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;;
comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;;
comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;;
comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;;
comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
&lt;/pre&gt;

====lbu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]]
&lt;pre&gt;
lbu cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5
;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11
;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19
;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11
;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11
;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2
;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1
;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2
sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1
;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0
;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64
total aas;;98;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320
;;;variance;;;;;;81;;182
sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275
;;;variance;12;29;;85;;50;;122
&lt;/pre&gt;
====lbu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]]
&lt;pre&gt;
lbu blocs;;;;;;;
cds;'''277’;;cds;156;;cds;298
$5s;68;;$5s;68;;$5s;68
$23s;126;;$23s;126;;$23s;208
gca;69;;gca;69;;$16s;436
atc;105;;atc;105;;cds;-8
$16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138
cds;;;cds;;;gac;3
;;;;;;4aas;*
cds;518;;cds;'''613’;;aac;7
$16s;106;;$16s;105;;$5s;68
atc;69;;atc;69;;$23s;208
gca;127;;gca;126;;$16s;501
$23s;68;;$23s;69;;cds;
$5s;'''208’;;$5s;87;;;
cds;;;cds;;;;
;;;;;;;
cds;161;;cds hp;451;;cds;200
gta;3;;$16s;209;;gac;26
3aas;*;;$23s;69;;3aas;*
aac;7;;$5s;275;;ggc;36
$5s;69;;cds hp;;;$5s;68
$23s;126;;;;;$23s;208
gca;69;;;;;$16s;153
atc;105;;;;;cds;
$16s;'''547’;;;;;;
cds;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====lbu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
&lt;/pre&gt;
====lbu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;114;;atc;4;;ggc
1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;4* 113;;atc;108;;ccg
;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;tRNA 23s;;;**;;ggc
;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;128;;gca;5;;tac
;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;4* 127;;gca;**;;caa
1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;5s tRNA;;;5;;cag
1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;2* 7;;aac;**;;gag
;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;36;;ggc;3;;aac
1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;tRNA tRNA;;intra;24;;cca
1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;5* 69;;atc gca;30;;ggc
2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;tRNA tRNA;;contigu;2;;cgt
1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;3;;gta;3;;gta
2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;138;;gaa;42;;gaa
;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;6;;atgj;9;;tca
;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;8;;tcc;3;;atgf
;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;**;;aac;6;;gac
1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;26;;gac;8;;ttc
;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;3;;gaa;4;;tac
1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;2;;gta;13;;tgg
;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;35;;cgt;29;;cac
1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;**;;ggc;28;;tgc
;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;2;;gta;**;;ttg
1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;35;;cgt;34;;aag
;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;19;;ggc;33;;aag
;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;3;;cca;33;;aag
;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;**;;aac;33;;aag
;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;**;;aag
;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;3;;gta
;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;-;151;gaa
1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;**;;ctt
1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;CDS 16s;;;;;17;;ttg
;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;451;613;;;;28;;ttg
;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;518;547;;;;29;;tgc
;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;510;295;;;;13;;cac
;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;258;;;;;4;;tgg
;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;298;;;;;8;;tac
;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;501;;;;;6;;ttc
;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;23s 5s;;;;;3;;gac
;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;3* 71;;;;;9;;atgf
;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;6* 701;;;;;42;;tca
2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;16s 23s;;;;;261;;gaa
18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;218;;;;;2;;agc
16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;3* 217;;;;;3;;atc
1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;5s CDS;;;;;14;;gga
;;;;;;;;-46;;2;308;208;;;;17;;ttc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;87;277;;;;11;;atgf
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;156;;;;;12;;atgi
;x;409;20;2;431;;;-49;;1;298;;;;;36;;atgj
;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;6;;cca
;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;5;;cgt
;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;15;;tta
;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta
;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta
&lt;/pre&gt;
=====lbu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;lbu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;18533;19237;128;*;
;;tRNA;19366;19438;195;*;act
fin;;CDS;19634;20371;;;
deb;;CDS;29805;29966;95;*;
;;tRNA;30062;30134;134;*;act
fin;;CDS;30269;30907;;;
deb;;CDS;42676;43248;451;*;
;;rRNA;43700;45263;218;*;1564
;;rRNA;45482;48389;71;*;2908
;;rRNA;48461;48577;308;*;117
fin;;CDS;48886;49215;;;
deb;;CDS;64875;65066;71;*;
;;misc_b;65138;65377;147;*;
fin;;CDS;65525;65743;;;
deb;comp;CDS;105771;106547;59;*;
;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag
fin;;CDS;106805;107533;;;
deb;comp;CDS;118390;119745;29;*;
;comp;regulatory;119775;119862;185;*;
fin;;CDS;120048;121523;;;
deb;comp;CDS;134737;136320;120;*;
;comp;regulatory;136441;136616;92;*;
fin;comp;CDS;136709;137335;;0;
deb;;CDS;211288;212553;94;*;
;;tRNA;212648;212720;11;*;acc
fin;comp;CDS;212732;213079;;;
deb;;CDS;215354;216541;50;*;
;;misc_b;216592;216828;95;*;
fin;;CDS;216924;217778;;;
deb;comp;CDS;242936;243505;67;*;
;comp;regulatory;243573;243670;189;*;
fin;;CDS;243860;245017;;;
deb;;CDS;278260;278928;69;*;
;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg
fin;;CDS;279250;280275;;;
deb;;CDS;280740;281354;106;*;
;;regulatory;281461;281624;89;*;
fin;;CDS;281714;284404;;;
deb;comp;CDS;324323;324949;117;*;
;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc
;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg
;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc
fin;;CDS;325555;326016;;;
deb;;CDS;363903;364394;98;*;
;;tRNA;364493;364564;119;*;caa
fin;;CDS;364684;364854;;;
deb;;CDS;366347;367402;75;*;
;;tRNA;367478;367559;5;*;tac
;;tRNA;367565;367636;137;*;caa
fin;;CDS;367774;368166;;;
deb;;CDS;382446;382907;30;*;
;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt
fin;;CDS;383145;383768;;;
deb;;CDS;425577;426662;66;*;
;;regulatory;426729;426825;44;*;
fin;;CDS;426870;427439;;0;
deb;;CDS;454210;455529;61;*;
;;tRNA;455591;455665;341;*;agg
fin;;CDS;456007;457035;;;
deb;;CDS;532593;533285;85;*;
;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg
fin;;CDS;533739;534782;;;
deb;;CDS;574078;575265;66;*;
;;tmRNA;575332;575693;294;*;
fin;;CDS;575988;576143;;;
deb;;CDS;583246;584728;57;*;
;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag
;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag
fin;;CDS;585106;586110;;;
deb;;CDS;673933;676341;66;*;
;;misc_b;676408;676655;83;*;
fin;;CDS;676739;677599;;;
deb;;CDS;681099;682741;518;*;
;;rRNA;683260;684823;114;*;1564
;;tRNA;684938;685011;69;*;atc
;;tRNA;685081;685153;128;*;gca
;;rRNA;685282;688189;70;*;2908
;;rRNA;688260;688376;208;*;117
fin;comp;CDS;688585;689738;;;
deb;;CDS;727702;728421;27;*;
;;regulatory;728449;728564;80;*;
fin;;CDS;728645;729349;;;
deb;comp;CDS;745596;745751;204;*;
;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg
fin;;CDS;746832;749597;;;
deb;;CDS;755313;756185;29;*;
;;repeat_region;756215;757463;258;*;
fin;;CDS;757722;758336;;;
deb;;CDS;786339;787004;54;*;
;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg
fin;comp;CDS;787252;787872;;0;
deb;comp;CDS;789978;791867;613;*;
;;rRNA;792481;794044;113;*;1564
;;tRNA;794158;794231;69;*;atc
;;tRNA;794301;794373;127;*;gca
;;rRNA;794501;797408;71;*;2908
;;rRNA;797480;797596;87;*;117
fin;;CDS;797684;798559;;0;
deb;comp;CDS;798596;800178;530;*;
;;tRNA;800709;800781;3;*;aac
;;tRNA;800785;800858;24;*;cca
;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc
;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt
;;tRNA;801061;801133;3;*;gta
;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa
;;tRNA;801251;801338;9;*;tca
;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf
;;tRNA;801425;801498;6;*;gac
;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc
;;tRNA;801586;801667;4;*;tac
;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg
;;tRNA;801756;801828;29;*;cac
;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc
;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg
fin;;CDS;802398;804017;;;
deb;;CDS;862229;862693;29;*;
;;ncRNA;862723;863083;125;*;
fin;;CDS;863209;864333;;;
deb;comp;CDS;905582;905794;173;*;
;comp;misc_b;905968;906185;390;*;
fin;;CDS;906576;907085;;0;
deb;comp;CDS;952333;952842;390;*;
;;misc_b;953233;953450;173;*;
fin;;CDS;953624;953836;;;
deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*;
;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa
fin;comp;CDS;1088887;1089033;;;
deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*;
;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*;
fin;;CDS;1243403;1243759;;0;
deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*;
;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga
fin;;CDS;1266254;1268632;;;
deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*;
;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*;
fin;comp;CDS;1299025;1299375;;;
deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*;
;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*;
fin;;CDS;1310399;1311799;;0;
deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*;
;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg
fin;comp;CDS;1354409;1355976;;;
deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*;
;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*;
;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta
;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa
;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj
;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc
;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac
;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117
;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909
;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca
;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc
;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564
fin;;CDS;1375678;1376604;;;
deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*;
;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*;
fin;comp;CDS;1420821;1421330;;;
deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*;
;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*;
fin;;CDS;1435654;1436972;;;
deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*;
;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac
;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa
;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta
;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt
;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc
;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117
;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908
;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564
fin;comp;CDS;1485881;1487044;;;
deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*;
;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag
;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag
;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag
;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag
;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag
fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0;
deb;;CDS;1509394;1510872;106;*;
;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta
;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa
;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt
fin;;CDS;1511480;1512010;;0;
deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*;
;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg
fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0;
deb;;CDS;1554441;1554638;303;*;
;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc
fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0;
deb;;CDS;1556799;1558178;277;*;
;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117
;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908
;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca
;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act
;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564
fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0;
deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*;
;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg
;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg
;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc
;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac
;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg
;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac
;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc
;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac
;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf
;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca
;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa
;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc
;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc
;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga
;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc
;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf
;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi
;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj
;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca
;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt
;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta
;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc
;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca
;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta
;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa
;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta
fin;comp;CDS;1587254;1588681;;;
deb;comp;CDS;1589221;1590557;156;*;
;comp;rRNA;1590714;1590830;70;*;117
;comp;rRNA;1590901;1593808;127;*;2908
;comp;tRNA;1593936;1594008;69;*;gca
;comp;tRNA;1594078;1594151;113;*;act
;comp;rRNA;1594265;1595828;295;*;1564
fin;;CDS;1596124;1596324;;0;
deb;comp;CDS;1787130;1788440;298;*;
;comp;rRNA;1788739;1788855;70;*;117
;comp;rRNA;1788926;1791833;217;*;2908
;comp;rRNA;1792051;1793614;507;*;1564
fin;comp;CDS;1794122;1794325;;;
deb;comp;CDS;1795068;1795472;102;*;
;comp;tRNA;1795575;1795648;3;*;gac
;comp;tRNA;1795652;1795724;2;*;gta
;comp;tRNA;1795727;1795800;35;*;cgt
;comp;tRNA;1795836;1795907;19;*;ggc
;comp;tRNA;1795927;1796000;3;*;cca
;comp;tRNA;1796004;1796076;7;*;aac
;comp;rRNA;1796084;1796200;70;*;117
;comp;rRNA;1796271;1799178;217;*;2908
;comp;rRNA;1799396;1800959;501;*;1564
fin;comp;CDS;1801461;1802087;;;
deb;;CDS;1813522;1815336;60;*;
;;misc_f;1815397;1815445;52;*;
fin;;CDS;1815498;1816658;;0;
&lt;/pre&gt;

===ban*===
====ban opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé
35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;;
;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188
;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;;
comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63;
;;;;;;;;;;
comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130
comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;;
comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;;
comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;;
comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;;
comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;;
comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;;
comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;;
comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;;
comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;;
comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;;
comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;;
comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;;
comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;;
comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;;
comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;;
comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;;
comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;;
comp;1104305..1104380;;aca;;4;;;4;;
comp;1104385..1104460;;gta;;4;;;;;
comp;1104465..1104580;;5s;;97;;;;;
comp;1104678..1107604;;23s;;141;;;;;
comp;1107746..1109299;;16s;;694;*694;;;;
;1109994..1113038;;CDS;;;;;;*1015;
;;;;;;;;;;
comp;1306706..1307848;;CDS;;198;198;;;381;
comp;1308047..1308120;;gga;;115;115;;;;115
comp;1308236..1308889;;CDS;;;;;;218;
;;;;;;;;;;
;1312025..1312345;;CDS;;207;207;;;107;207
comp;1312553..1312637;;ttg;;10;;;10;;
comp;1312648..1312718;;tgc;;14;;;14;;
comp;1312733..1312807;;ggc;;5;;;5;;
comp;1312813..1312887;;caa;;63;;;63;;
comp;1312951..1313026;;cac;;19;;;19;;
comp;1313046..1313119;;tgg;;7;;;7;;
comp;1313127..1313210;;tac;;17;;;17;;
comp;1313228..1313303;;gta;;5;;;5;;
comp;1313309..1313383;;gaa;;24;;;24;;
comp;1313408..1313480;;acc;;4;;;4;;
comp;1313485..1313559;;aac;;9;;;;;
comp;1313569..1313684;;5s;;96;;;;;
comp;1313781..1316709;;23s;;141;;;;;
comp;1316851..1318405;;16s;;386;*386;;;;
;1318792..1319148;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1556278..1556507;;CDS;;57;57;;;77;57
comp;1556565..1556680;;5s;;49;;;;;
comp;1556730..1560126;;23s;;173;;;;;
comp;1560300..1562132;;16s;;476;*476;;;;
;1562609..1563322;;CDS;;;;;;238;
;;;;;;;;;;
&gt;;1566949..1567219;;CDS;;99;99;;;90;99
comp;1567319..1567434;;5s;;46;;;;;
comp;1567481..1570409;;23s;;142;;;;;
comp;1570552..1572115;;16s;;451;*451;;;;
;1572567..1574498;;CDS;;;;;;*644;
;;;;;;;;;;
;1579539..1580615;;CDS;;14;14;;;359;14
comp;1580630..1580745;;5s;;45;;;;;
comp;1580791..1583912;;23s;;153;;;;;
comp;1584066..1585720;;16s;;294;294;;;;
comp;1586015..1587520;;CDS;;;;;;*502;
;;;;;;;;;;
comp;1600693..1601166;;CDS;;174;174;;;158;
comp;1601341..1601416;;gac;;3;;;3;;
comp;1601420..1601496;;atgf;;12;;;;;
comp;1601509..1601624;;5s;@1;46;;;;;
comp;1601671..1604598;;23s;;141;;;;;
comp;1604740..1606294;;16s;;75;;;;;
comp;1606370..1606440;;gga;;1;;1;;;
comp;1606442..1606518;;cca;+;4;;4;;;
comp;1606523..1606599;;cgt;Séquence 10;3;;3;;;
comp;1606603..1606691;;tta;;16;;16;;;
comp;1606708..1606782;;ggc;;29;;29;;;
comp;1606812..1606892;;cta;;14;;14;;;
comp;1606907..1606982;;aaa;;5;;5;;;
comp;1606988..1607062;;caa;;87;;*87;;;
comp;1607150..1607225;;gac;;46;;46;;;
comp;1607272..1607347;;gta;;4;;4;;;
comp;1607352..1607426;;gaa;;1;;1;;;
comp;1607428..1607502;;aac;2 aac;8;;8;;;
comp;1607511..1607587;;atc;;11;;11;;;
comp;1607599..1607669;;tgg;;6;;6;;;
comp;1607676..1607748;;aca;;9;;9;;;
comp;1607758..1607833;;ttc;;8;;8;;;
comp;1607842..1607917;;gac;;4;;4;;;
comp;1607922..1607998;;atgf;;20;;20;;;
comp;1608019..1608111;;tca;2 tca;54;;54;;;
comp;1608166..1608258;;tca;;20;;20;;;
comp;1608279..1608351;;gca;;16;;16;;;
comp;1608368..1608441;;cca;;10;;10;;;
comp;1608452..1608525;;cgt;;3;;3;;;
comp;1608529..1608617;;tta;;16;;16;;;
comp;1608634..1608708;;ggc;;29;;29;;;
comp;1608738..1608818;;cta;;13;;13;;;
comp;1608832..1608907;;aaa;;5;;5;;;
comp;1608913..1608987;;caa;;87;;*87;;;
comp;1609075..1609150;;gac;;46;;46;;;
comp;1609197..1609272;;gta;;4;;4;;;
comp;1609277..1609351;;gaa;;8;;8;;;
comp;1609360..1609450;;agc;;3;;3;;;
comp;1609454..1609528;;aac;;114;114;;;;114
comp;1609643..1610101;;CDS;;;;;;153;
;;;;;;;;;;
comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114
comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;;
comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;;
comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;;
comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;;
comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;;
comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;;
comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;;
comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;;
comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;;
comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;;
comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;;
comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;;
comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73;
;;;;;;;;;;
comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206
comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;;
comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;;
comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;;
comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500;
;;;;;;;;;;
comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824;
comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;;
comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160
comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161;
;;;;;;;;;;
comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190
comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;;
comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;;
comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;;
comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;;
comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;;
comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90;
;;;;;;;;;;
comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131;
comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156
comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425;
;;;;;;;;;;
;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34
comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;;
comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;;
comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;;
comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;;
comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;;
comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824;
;;;;;;;;;;
;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139
;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;;
;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;;
;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;;
;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;;
;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236;
;;;;;;;;;;
comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205
;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;;
;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436;
;;;;;;;;;;
comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227;
;2429900..2431456;;16s;;139;;;;;
;2431596..2434524;;23s;;97;;;;;
;2434622..2434737;;5s;;4;;;;;
;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;;
;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;;
;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;;
;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;;
;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;;
;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;;
;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;;
;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;;
;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;;
;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;;
;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;;
;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;;
;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;;
;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;;
;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;;
;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;;
;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;;
;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;;
;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;;
;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;;
;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59
;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37;
;;;;;;;;;;
;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109
;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;;
;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;;
;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67;
;;;;;;;;;;
comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253;
;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221
;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
&lt;/pre&gt;

====ban cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]]
&lt;pre&gt;
ban* cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10
;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9
;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6
;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4
;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4
;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1
;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1
;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0
sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2
;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0
;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0
;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38
total aas;;112;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274
;;;variance;21;14;;143;;62;;238
sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191
;;;variance;14;;;71;;;;124
&lt;/pre&gt;
====ban blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]]
&lt;pre&gt;
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;;
cds;694’;;cds;386’;;cds;114;
16s;141;;16s;141;;aac;*;
23s;97;;23s;96;;31aas;1;
5s;4;;5s;9;;gga;75;
gta;*;;aac;*;;16s;141;
17aas;1;;9aas;10;;23s;46;
gaa;130;;ttg;207’;;5s;12;
cds;;;cds;;;atgf;3;
;;;;;;gac;174;
cds;223;;cds;404’;;cds;;
16s;141;;16s;139;;;;
23s;82;;23s;97;;cds;217;240
5s;9;;5s;4;;16s;130;130
aac;*;;gta;4;;atc;8;8
7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76
gca;114;;gaa;59;;23s;44;44
cds;;;cds;;;5s;190;34’
;;;;;;cds;;
cds;476’;451’;294;372;;;;
16s;173;142;153;141;;;;
23s;49;46;45;45;;;;
5s;57’;99’;14’;206;;;;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ban distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
&lt;/pre&gt;
====ban données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;16s tRNA;;;tRNA tRNA;suite;contigu;tRNA tRNA;suite;contigu
;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;2* 132;;atc;14;;tgc;10;;gca
;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;;;;5;;ggc;5;;ggc
;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;tRNA 16s;;;63;;caa;5;;aaa
;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;76;;gaa;19;;cac;65;;caa
;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;tRNA 23s;;gca;7;;tgg;17;;tac
;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;80;;;17;;tac;5;;gta
;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;79;;;5;;gta;24;;gaa
;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;5s tRNA;;;24;;gaa;4;;acc
;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;2* 4;;gta;4;;acc;**;;aac
;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;2* 9;;aac;**;;aac;4;;gta
;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;12;;atgf;3;;gac;9;;aca
;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;tRNA tRNA;;intra;**;;atgf;22;;cac
;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;2* 8;;atc gca;1;;gga;29;;cta
;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;tRNA tRNA;;;4;;cca;16;;ggc
;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;13;;gaa;3;;cgt;3;;tta
;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;**;;atgj;16;;tta;10;;cgt
;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;139;;;29;;ggc;16;;cca
;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;CDS 16s;;13;;aaa;14;;cta;20;;gca
;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;295;695;21;;gaa;5;;aaa;54;;tca
;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;224;387;41;;gac;87;;caa;20;;cta
2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;373;477;**;;ttc;46;;gac;1;;atgf
;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;218;452;1;;gga;4;;gta;12;;gac
;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;241;404;**;;aga;1;;gaa;14;;ttc
;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;23s 5s;;tRNA tRNA;;contigu;8;;aac;10;;aca
1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;2* 101;;1;;gaa;11;;atc;13;;aaa
;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;100;;8;;aac;6;;tgg;10;;gga
;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;3* 50;;11;;atc;9;;aca;7;;atc
;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;2* 49;;6;;tgg;8;;ttc;7;;aac
;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;86;;9;;aca;4;;gac;6;;agc
;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;2* 48;;9;;ttc;20;;atgf;**;;gaa
;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;16s 23s;;4;;gac;54;;tca;;;
;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;5* 146;;20;;atgf;20;;tca;;;
;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;147;;54;;tca;16;;gca;;;
;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;177;;20;;tca;10;;cca;;;
;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;158;;16;;gca;3;;cgt;;;
;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;144;;10;;cca;16;;tta;;;
;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;5s CDS;;3;;cgt;29;;ggc;;;
;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;190;57;16;;tta;13;;cta;;;
;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;206;99;29;;ggc;5;;aaa;;;
;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;14;22;;cta;87;;caa;;;
1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;34;9;;cac;46;;gac;;;
4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;4;;aca;4;;gta;;;
3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;**;;gta;8;;gaa;;;
0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;3;;agc;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;aac;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;;;;
;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;;;;
;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ban autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ban;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;342504;342953;175;*;
;comp;ncRNA;343129;343312;21;*;
;comp;ncRNA;343334;343516;116;*;
fin;comp;CDS;343633;344466;;;
deb;comp;CDS;359943;361082;180;*;
;comp;ncRNA;361263;361653;87;*;
fin;comp;CDS;361741;362079;;;
deb;;CDS;618142;618366;188;*;
;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc
fin;comp;CDS;619047;619235;;;
deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*;
;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa
;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac
;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc
;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg
;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca
;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc
;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac
;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf
;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca
;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca
;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca
;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca
;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt
;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta
;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc
;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta
;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac
;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca
;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta
;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116
;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920
;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551
fin;;CDS;1109994;1113038;;0;
deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*;
;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga
fin;comp;CDS;1308236;1308889;;;
deb;;CDS;1312025;1312345;210;*;
;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg
;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc
;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc
;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa
;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac
;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg
;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac
;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta
;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa
;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc
;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac
;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116
;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922
;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552
fin;;CDS;1318792;1319148;;0;
deb;;CDS;1556278;1556507;57;*;
;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116
;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395
;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829
fin;;CDS;1562609;1563322;;;
deb;;CDS;1566949;1567219;99;*;
;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116
;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922
;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561
fin;;CDS;1572567;1574498;;;
deb;;CDS;1579539;1580615;14;*;
;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116
;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115
;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652
fin;comp;CDS;1586015;1587520;;;
deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*;
;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac
;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf
;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116
;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921
;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552
;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga
;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca
;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt
;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta
;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc
;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta
;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa
;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa
;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac
;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta
;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa
;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac
;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc
;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg
;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca
;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc
;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac
;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf
;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca
;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca
;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca
;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca
;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt
;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta
;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc
;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta
;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa
;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa
;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac
;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta
;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa
;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc
;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac
fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0;
deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*;
;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca
;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc
;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa
;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa
;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac
;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta
;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa
;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc
;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac
;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116
;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922
;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550
fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0;
deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*;
;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116
;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921
;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551
fin;comp;CDS;1772981;1774480;;;
deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*;
;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa
;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj
fin;comp;CDS;1790767;1791249;;;
deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*;
;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116
;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922
;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca
;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc
;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552
fin;comp;CDS;1826137;1826406;;;
deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*;
;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*;
fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0;
deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*;
;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca
fin;comp;CDS;1833408;1834682;;;
deb;;CDS;1839668;1840669;34;*;
;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116
;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921
;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca
;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc
;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552
fin;comp;CDS;1845954;1848425;;;
deb;;CDS;1873838;1875127;139;*;
;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa
;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa
;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac
;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc
fin;;CDS;1876042;1876749;;;
deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*;
;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg
fin;;CDS;2218386;2219693;;;
deb;;CDS;2250178;2250645;126;*;
;;tmRNA;2250772;2251126;407;*;
fin;;CDS;2251534;2252211;;;
deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*;
;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555
;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922
;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116
;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta
;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca
;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac
;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta
;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc
;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta
;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt
;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca
;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca
;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca
;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta
;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf
;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac
;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc
;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca
;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa
;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga
;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc
;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac
;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc
;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa
fin;;CDS;2437330;2438274;;0;
deb;;CDS;2798971;2799474;109;*;
;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga
;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga
fin;;CDS;2800143;2800343;;0;
deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*;
;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi
fin;;CDS;2992904;2993515;;;
&lt;/pre&gt;

====ban séquences====
&lt;pre&gt;
33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter
;;;;;;;
gga;1;;;;;ttg;10
cca;4;;;;;tgc;14
cgt;3;;;;;ggc;5
tta;16;;;;;caa;63
ggc;29;;;;;cac;19
cta;14;;;;;tgg;7
aaa;5;;;;;tac;17
caa;87;;;;;gta;5
gac;46;gaa;6;;;gaa;24
gta;4;agc;7;;;acc;4
gaa;1;aac;7;gaa;1;aac;
aac;8;atc;10;aac;8;;
atc;11;gga;13;atc;11;;
tgg;6;aaa;10;tgg;6;;
aca;9;aca;14;aca;9;;
ttc;8;ttc;12;ttc;9;;
gac;4;gac;1;gac;4;;
atgf;20;atgf;20;atgf;20;;
tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter
tca;20;tca;20;tca;20;;
gca;16;gca;16;gca;16;gca;10
cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5
cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5
tta;16;tta;16;tta;16;caa;65
ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17
cta;13;cta;22;cta;22;gta;5
aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24
caa;87;aca;4;aca;4;acc;4
gac;46;gta;;gta;;aac;
gta;4;;;;;;
gaa;8;;;;;;
agc;3;;;;;;
aac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
===bacilli synthèse===
====bacilli distribution par génome====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
bsu;18;8;;52;2;4;;2;86
lmo;9;8;;44;;4;;2;67
lam;22;14;;16;;4;3;4;63
ppm;67;21;;68;;5;;;161
pmq;22;11;;138;;0;2;;173
lbu;49;16;;16;;10;7;;98
ban;8;5;;60;33;4;;2;112
;;;;;;;;;
total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]]
&lt;pre&gt;
baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43
atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc;
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1
ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
baci8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
&lt;/pre&gt;

====bacilli distribution par type====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427
atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====bacilli par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;43;21;5;13;;;82;
16;moyen;27;59;4;135;2;31;227;
14;fort;13;115;3;279;8;2;418;
; ;83;195;12;427;10;33;760;
10;g+cga;16;12;5;5;;;38;
2;agg+cgg;11;0;;;;;11;
4;carre ccc;12;5;;8;;;25;
5;autres;4;4;;;;;8;
;;43;21;5;13;;;82;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci  ‰;ref. ‰
21;faible;57;28;7;17;;;108;26
16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324
14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650
;;109;257;16;562;13;43;760;729
10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10
2;agg+cgg;14;;;;;;14;
4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16
5;autres;5;5;;;;;11;
;;57;28;7;17;;;108;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;baci8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;148;72;17;238;26;52;11;
16;moyen;93;203;14;310;324;33;30;
14;fort;45;397;10;452;650;16;59;
;;286;672;41;290;729;83;195;
10;g+cga;55;41;17;114;;37;;
2;agg+cgg;38;;;38;;26;;
4;carre ccc;41;17;;59;;28;;
5;autres;14;14;;28;;9;;
;;148;72;17;238;;43;;
&lt;/pre&gt;
====bacilli, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;;
32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;290
atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5
atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7
ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4
gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10
tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga;
ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8
cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2
gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9
ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7
atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3
ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3
;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290
29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100
att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt;
ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71
atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100
ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57
gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143
tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga;
ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114
cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29
gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129
ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100
atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43
ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114
gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43
;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143
rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt;
ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67
atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60
ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44
gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104
tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100
ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1
cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78
gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est  43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15
ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94
atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40
ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
&lt;/pre&gt;

==clostridia==
===psor===
====psor opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]]
&lt;pre&gt;
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;;
;9847..10620;CDS;;205;205;;;258;
;10826..12332;16s;;196;;;;;
;12529..15445;23s;;78;;;;;
;15524..15640;5s;;85;85;;;;85
;15726..15947;CDS;;;;;;74;
;;;;;;;;;
;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3
;19301..19393;tcc;;27;;;;;
;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;;
;19838..21478;CDS;;;;;;*547;
;;;;;;;;;
;24343..24570;CDS;;309;309;;;76;
;24880..26386;16s;;196;;;;;
;26583..29499;23s;;122;;;;;
;29622..29738;5s;;5;;;5;;
;29744..29832;tta;+;13;;;13;;
;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;;
;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;;
;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;;
;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;;
;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;;
;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;;
;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;;
;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;;
;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;;
;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;;
;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;;
;30803..30878;aaa;;6;;;6;;
;30885..30973;tca;;3;;;3;;
;30977..31052;ttc;;9;;;9;;
;31062..31138;atgj;;8;;;8;;
;31147..31223;atgi;;21;;;21;;
;31245..31321;cca;;6;;;6;;
;31328..31404;cac;;4;;;4;;
;31409..31482;tgc;;25;;;25;;
;31508..31596;tta;;13;;;13;;
;31610..31685;atgf;;15;;;15;;
;31701..31775;gaa;;9;;;9;;
;31785..31858;gga;;6;;;6;;
;31865..31940;gta;;5;;;5;;
;31946..32022;gac;;16;;;16;;
;32039..32114;aac;;4;;;4;;
;32119..32193;aca;;4;;;4;;
;32198..32282;tac;;15;;;15;;
;32298..32381;cta;;11;;;11;;
;32393..32467;ggc;;13;;;13;;
;32481..32557;aga;;7;;;7;;
;32565..32640;caa;;11;;;11;;
;32652..32727;aaa;;6;;;6;;
;32734..32822;tca;;3;;;3;;
;32826..32901;ttc;;9;;;9;;
;32911..32987;atgj;;8;;;8;;
;32996..33072;atgi;;21;;;21;;
;33094..33170;cca;;6;;;6;;
;33177..33253;cac;;9;;;9;;
;33263..33338;aaa;;21;;;21;;
;33360..33433;tgc;;6;;;6;;
;33440..33516;cgt;;10;;;;;
;33527..33602;gta;;162;162;;;;162
;33765..34016;CDS;;;;;;84;
;;;;;;;;;
;34042..34455;CDS;;249;249;;;138;
;34705..36211;16s;;196;;;;;
;36408..39324;23s;;78;;;;;
;39403..39519;5s;;402;*402;;;;
comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64;
;40462..41968;16s;;196;;;;;
;42165..45081;23s;;78;;;;;
;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180
;45457..47394;CDS;;;;;;*646;
;;;;;;;;;
;101428..102144;CDS;;276;276;;;239;
;102421..103927;16s;;54;;;;;
;103982..104057;gca;;114;;;;;
;104172..107096;23s;;41;;;;;
;107138..107211;gga;;11;;;;;
;107223..107339;5s;;99;99;;;;99
comp;107439..108617;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;
;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180;
;112316..113822;16s;;54;;;;;
;113877..113952;gca;;114;;;;;
;114067..116982;23s;;193;;;;;
;117176..117292;5s;;5;;;;;
;117298..117386;tta;;9;;;9;;
;117396..117472;atgi;;123;;;;;
;117596..119102;16s;;54;;;;;
;119157..119232;gca;;114;;;;;
;119347..122263;23s;;193;;;;;
;122457..122573;5s;;5;;;;;
;122579..122667;tta;;9;;;9;;
;122677..122753;atgi;;123;;;;;
;122877..124383;16s;;54;;;;;
;124438..124513;gca;;114;;;;;
;124628..127549;23s;;78;;;;;
;127628..127744;5s;;100;100;;;;100
;127845..129260;CDS;;;;;;472;
;;;;;;;;;
;215388..216260;CDS;;264;264;;;291;
;216525..218030;16s;;123;;;;;
;218154..218229;gca;;152;;;;;
;218382..221296;23s;;50;;;;;
;221347..221420;gga;;12;;;;;
;221433..221549;5s;;109;109;;;;109
;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94;
;222466..223972;16s;;196;;;;;
;224169..227083;23s;;144;;;;;
;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228
;227573..227989;CDS;;;;;;139;
;;;;;;;;;
;449964..450266;CDS;;253;253;;;101;
;450520..452026;16s;;196;;;;;
;452223..455139;23s;;144;;;;;
;455284..455400;5s;;112;112;;;;112
comp;455513..456616;CDS;;;;;;368;
;;;;;;;;;
;498418..499074;CDS;;189;189;;;219;
;499264..500770;16s;;118;;;;;
;500889..500964;gca;;95;;;;;
;501060..503976;23s;;144;;;;;
;504121..504237;5s;;131;131;;;;131
;504369..504551;CDS;;;;;;61;
;;;;;;;;;
;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41
comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;;
;550683..553325;CDS;;;;;;*881;
;;;;;;;;;
;608009..608683;CDS;;195;195;;;225;
;608879..608975;tga;;37;37;;;;37
comp;609013..609732;CDS;;;;;;240;
;;;;;;;;;
;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71
;816727..816800;tgc;;12;;12;;;
;816813..816888;aac;;3;;3;;;
;816892..816966;aca;;285;285;;;;
;817252..818727;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;
;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111
;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;;
;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710;
;;;;;;;;;
;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135
;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;;
;1446127..1446813;CDS;;;;;;229;
;;;;;;;;;
;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306
comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;;
;2268493..2269758;CDS;;;;;;422;
;;;;;;;;;
;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40
comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;;
comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;;
comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;;
comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416;
;;;;;;;;;
;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37
comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;;
comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;
comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245
comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;;
comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;;
comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;;
comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;;
comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193;
;;;;;;;;;
comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124
comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;;
comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;;
comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;;
comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;;
comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;;
;3309857..3310504;CDS;;;;;;216;
;;;;;;;;;
comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142
comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;;
comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;;
comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;;
comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;;
comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;;
comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;;
comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;;
comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;;
comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;;
comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;;
comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;;
comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;;
comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;;
comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;;
comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;;
comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;;
comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;;
comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;;
comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;;
comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;;
comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;;
comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;;
comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;;
comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;;
comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;;
comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;;
comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;;
comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;;
comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;;
comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;;
comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;;
comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;;
comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;;
comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;;
comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;;
comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68;
;;;;;;;;;
comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129
comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;;
comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;;
comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;;
comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;;
comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;;
comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;;
comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;;
comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;;
;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
&lt;/pre&gt;

====psor cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]]
&lt;pre&gt;
psor cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8
;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13
;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4
;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4
;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1
;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1
;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1
sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1
;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0
;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1
;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1
;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44
total aas;;104;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304
;;;variance;5;6;;121;;73;;257
sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220
;;;variance;;;;90;;45;;121
&lt;/pre&gt;

====psor blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]]
&lt;pre&gt;
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;CDS;124;;;
;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;;
CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5
16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213
23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196
5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239
CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;;
V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;;;;;;;;;;;;;
CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5;
16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40;
gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112;
23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109;
gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138;
5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;;
CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;
;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;;
VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;;
;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;;
;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;;
;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;;
;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;;
;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;;
VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;;
;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;;
;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;;
;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;;
;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;;
;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;;
VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;;
;gca;114;;23s;78;;;;;;;;
;23s;78;;5s;180;;;;;;;;
;5s;100;;CDS;;;;;;;;;
;CDS;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====psor distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====psor données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;23;0;0;23;-1;;52;3;41;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;4* 54;;gca;13;;tta;13;;atgj
;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;123;;gca;15;;atgf;6;;ttc
;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;118;;gca;9;;gaa;6;;atc
2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;109;;gca;6;;gga;31;;cca
1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;tRNA 23s;;;5;;gta;11;;tgg
;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;4* 114;;gca;16;;gac;6;;atgi
;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;152;;gca;4;;aac;6;;cca
;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;95;;gca;4;;aca;11;;agc
;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;109;;gca;15;;tac;6;;tca
;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;23s tRNA;;;14;;cta;12;;aaa
;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;41;;gga;7;;aga;6;;caa
;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;CDS 16s;;50;;gga;11;;caa;19;;aga
;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;205;348;107;;gga;6;;aaa;11;;gga
1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;309;264;116;;aca;3;;tca;4;;tac
;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;249;364;5s tRNA;;;9;;ttc;4;;aca
;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;276;;4* 5;;tta;8;;atgj;31;;aac
;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;431;;5;;gaa;21;;atgi;16;;aac
;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;525;;tRNA 5s;;;6;;cca;5;;gac
;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;253;;11;;gga;4;;cac;6;;gta
;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;189;;2* 12;;gga;25;;tgc;9;;gga
;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;276;;11;;aca;13;;tta;15;;gaa
;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;253;;tRNA tRNA;;intra;15;;atgf;13;;atgf
;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;239;;2* 9;;tta atgi;9;;gaa;**;;tta
;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;6;;gga;;;
;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;5* 78;;12;;tgc;5;;gta;;;
;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;122;;3;;aac;16;;gac;;;
;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;2* 193;;**;;aca;4;;aac;;;
;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;3* 144;;8;;gta;4;;aca;;;
1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;40;;20;;gaa;15;;tac;;;
;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;213;;10;;aaa;11;;cta;;;
1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;16s 23s;;10;;aca;13;;ggc;;;
;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;8* 196;;7;;gac;7;;aga;;;
;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;194;;9;;gta;11;;caa;;;
;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;137;;5;;gaa;6;;aaa;;;
;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;5s CDS;;**;;aaa;3;;tca;;;
;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;85;402;;;;9;;ttc;;;
;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;180;99;;;;8;;atgj;;;
;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;100;112;;;;21;;atgi;;;
;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;109;40;;;;6;;cca;;;
;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;228;;;;;9;;cac;;;
1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;131;;;;;21;;aaa;;;
7;12;total;692;2350;total;692;2350;-43;;0;245;;;;;6;;tgc;;;
6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;10;;cgt;;;
0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;**;;gta;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;7;;aga;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;9;;ggc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;5;;gac;;;
;x;692;3;0;695;;;-49;;0;;;;;;8;;gta;;;
;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;**;;gaa;;;
;;;;;3280;227;;reste;1;1;;;;;;;;;;;
;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====psor autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;psor;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;1;1332;;
deb;;CDS;9847;10620;205;
;;rRNA;10826;12332;196;1507
;;rRNA;12529;15445;78;2917
;;rRNA;15524;15640;85;117
fin;;CDS;15726;15947;;
deb;;CDS;18845;19297;3;
;;tRNA;19301;19393;27;tcc
;;ncRNA;19421;19685;152;
fin;;CDS;19838;21478;;
deb;;CDS;24343;24570;309;
;;rRNA;24880;26386;196;1507
;;rRNA;26583;29499;122;2917
;;rRNA;29622;29738;5;117
;;tRNA;29744;29832;13;tta
;;tRNA;29846;29921;15;atgf
;;tRNA;29937;30011;9;gaa
;;tRNA;30021;30094;6;gga
;;tRNA;30101;30176;5;gta
;;tRNA;30182;30258;16;gac
;;tRNA;30275;30350;4;aac
;;tRNA;30355;30429;4;aca
;;tRNA;30434;30518;15;tac
;;tRNA;30534;30617;14;cta
;;tRNA;30632;30708;7;aga
;;tRNA;30716;30791;11;caa
;;tRNA;30803;30878;6;aaa
;;tRNA;30885;30973;3;tca
;;tRNA;30977;31052;9;ttc
;;tRNA;31062;31138;8;atgj
;;tRNA;31147;31223;21;atgi
;;tRNA;31245;31321;6;cca
;;tRNA;31328;31404;4;cac
;;tRNA;31409;31482;25;tgc
;;tRNA;31508;31596;13;tta
;;tRNA;31610;31685;15;atgf
;;tRNA;31701;31775;9;gaa
;;tRNA;31785;31858;6;gga
;;tRNA;31865;31940;5;gta
;;tRNA;31946;32022;16;gac
;;tRNA;32039;32114;4;aac
;;tRNA;32119;32193;4;aca
;;tRNA;32198;32282;15;tac
;;tRNA;32298;32381;11;cta
;;tRNA;32393;32467;13;ggc
;;tRNA;32481;32557;7;aga
;;tRNA;32565;32640;11;caa
;;tRNA;32652;32727;6;aaa
;;tRNA;32734;32822;3;tca
;;tRNA;32826;32901;9;ttc
;;tRNA;32911;32987;8;atgj
;;tRNA;32996;33072;21;atgi
;;tRNA;33094;33170;6;cca
;;tRNA;33177;33253;9;cac
;;tRNA;33263;33338;21;aaa
;;tRNA;33360;33433;6;tgc
;;tRNA;33440;33516;10;cgt
;;tRNA;33527;33602;162;gta
fin;;CDS;33765;34016;;
deb;;CDS;34042;34455;249;
;;rRNA;34705;36211;196;1507
;;rRNA;36408;39324;78;2917
;;rRNA;39403;39519;402;117
deb;comp;CDS;39922;40113;348;
;;rRNA;40462;41968;196;1507
;;rRNA;42165;45081;78;2917
;;rRNA;45160;45276;180;117
fin;;CDS;45457;47394;;
deb;;CDS;101428;102144;276;
;;rRNA;102421;103927;54;1507
;;tRNA;103982;104057;114;gca
;;rRNA;104172;107096;41;2925
;;tRNA;107138;107211;11;gga
;;rRNA;107223;107339;99;117
fin;comp;CDS;107439;108617;;
deb;;CDS;111345;111884;431;
;;rRNA;112316;113822;54;1507
;;tRNA;113877;113952;114;gca
;;rRNA;114067;116982;193;2916
;;rRNA;117176;117292;5;117
;;tRNA;117298;117386;9;tta
;;tRNA;117396;117472;123;atgi
;;rRNA;117596;119102;54;1507
;;tRNA;119157;119232;114;gca
;;rRNA;119347;122263;193;2917
;;rRNA;122457;122573;5;117
;;tRNA;122579;122667;9;tta
;;tRNA;122677;122753;123;atgi
;;rRNA;122877;124383;54;1507
;;tRNA;124438;124513;114;gca
;;rRNA;124628;127549;78;2922
;;rRNA;127628;127744;100;117
fin;;CDS;127845;129260;;
deb;;CDS;157173;157352;467;
;;regulatory;157820;157903;46;
fin;;CDS;157950;158441;;
deb;comp;CDS;215388;216260;264;
;;rRNA;216525;218030;123;1506
;;tRNA;218154;218229;152;gca
;;rRNA;218382;221296;50;2915
;;tRNA;221347;221420;12;gga
;;rRNA;221433;221549;109;117
deb;;CDS;221659;221940;525;
;;rRNA;222466;223972;196;1507
;;rRNA;224169;227083;144;2915
;;rRNA;227228;227344;228;117
fin;;CDS;227573;227989;;
deb;;CDS;349139;349594;119;
;;tmRNA;349714;350063;508;
fin;;CDS;350572;351813;;
deb;;CDS;449964;450266;253;
;;rRNA;450520;452026;196;1507
;;rRNA;452223;455139;144;2917
;;rRNA;455284;455400;112;117
fin;comp;CDS;455513;456616;;
deb;;CDS;498418;499074;189;
;;rRNA;499264;500770;118;1507
;;tRNA;500889;500964;95;gca
;;rRNA;501060;503976;144;2917
;;rRNA;504121;504237;131;117
fin;;CDS;504369;504551;;
deb;;CDS;535194;536090;85;
;;ncRNA;536176;536362;27;
fin;comp;CDS;536390;537400;;
deb;;CDS;546886;550416;41;
;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg
fin;;CDS;550683;553325;;
deb;;CDS;608009;608683;195;
;;tRNA;608879;608975;37;tga
fin;comp;CDS;609013;609732;;
deb;;CDS;664519;665208;281;
;;regulatory;665490;665566;155;
fin;;CDS;665722;667788;;
deb;;CDS;815939;816655;71;
;;tRNA;816727;816800;12;tgc
;;tRNA;816813;816888;3;aac
;;tRNA;816892;816966;285;aca
fin;;CDS;817252;818727;;
deb;;CDS;871627;872337;134;
;;regulatory;872472;872649;13;
fin;;CDS;872663;873685;;
deb;;CDS;982641;983897;103;
;;regulatory;984001;984104;104;
fin;;CDS;984209;985012;;
deb;;CDS;1284870;1288097;111;
;;tRNA;1288209;1288297;426;cta
fin;;CDS;1288724;1290853;;
deb;;CDS;1445161;1445664;135;
;;tRNA;1445800;1445868;258;other
fin;;CDS;1446127;1446813;;
deb;comp;CDS;2027435;2028427;53;
;comp;regulatory;2028481;2028580;345;
fin;;CDS;2028926;2029534;;
deb;comp;CDS;2147128;2147418;106;
;comp;regulatory;2147525;2147625;50;
fin;comp;CDS;2147676;2148425;;
deb;comp;CDS;2251779;2252747;98;
;comp;regulatory;2252846;2252890;465;
fin;;CDS;2253356;2254267;;
deb;;CDS;2267513;2267698;306;
;comp;tRNA;2268005;2268088;404;cta
fin;;CDS;2268493;2269758;;
deb;comp;CDS;2360030;2361127;237;
;comp;regulatory;2361365;2361480;190;
fin;comp;CDS;2361671;2362552;;
deb;comp;CDS;2523189;2523929;207;
;comp;regulatory;2524137;2524320;75;
fin;comp;CDS;2524396;2525256;;
deb;comp;CDS;2548808;2552788;57;
;comp;regulatory;2552846;2552929;39;
;comp;regulatory;2552969;2553052;39;
;comp;regulatory;2553092;2553175;39;
;comp;regulatory;2553215;2553298;63;
fin;comp;CDS;2553362;2554816;;
deb;comp;CDS;2701048;2701620;93;
;comp;regulatory;2701714;2701815;171;
fin;comp;CDS;2701987;2702790;;
deb;comp;CDS;2732519;2732845;274;
;comp;regulatory;2733120;2733211;363;
fin;comp;CDS;2733575;2735470;;
deb;comp;CDS;2850976;2851347;95;
;comp;regulatory;2851443;2851563;450;
fin;comp;CDS;2852014;2853708;;
deb;comp;CDS;3090637;3091464;131;
;comp;ncRNA;3091596;3091935;54;
fin;comp;CDS;3091990;3093003;;
deb;;CDS;3094098;3094784;40;
;comp;rRNA;3094825;3094941;78;117
;comp;rRNA;3095020;3097936;194;2917
;comp;rRNA;3098131;3099637;276;1507
fin;comp;CDS;3099914;3101161;;
deb;;CDS;3159922;3160827;37;
;comp;tRNA;3160865;3160956;120;agc
fin;comp;CDS;3161077;3161376;;
deb;comp;CDS;3274188;3274733;245;
;comp;rRNA;3274979;3275095;12;117
;comp;tRNA;3275108;3275181;107;gga
;comp;rRNA;3275289;3278214;137;2926
;comp;rRNA;3278352;3279858;253;1507
fin;comp;CDS;3280112;3280690;;
deb;comp;CDS;3299331;3300842;101;
;comp;regulatory;3300944;3301122;20;
fin;comp;CDS;3301143;3301745;;
deb;comp;CDS;3303104;3304150;124;
;comp;regulatory;3304275;3304459;96;
;comp;rRNA;3304556;3304672;11;117
;comp;tRNA;3304684;3304758;116;aca
;comp;rRNA;3304875;3307789;196;2915
;comp;rRNA;3307986;3309492;364;1507
fin;;CDS;3309857;3310504;;
deb;comp;CDS;3368437;3369900;236;
;comp;regulatory;3370137;3370238;63;
fin;comp;CDS;3370302;3370706;;
deb;comp;CDS;3407639;3408244;120;
;comp;regulatory;3408365;3408485;61;
fin;comp;CDS;3408547;3409716;;
deb;comp;CDS;3420136;3421329;134;
;comp;regulatory;3421464;3421568;139;
fin;;CDS;3421708;3422217;;
deb;comp;CDS;3438683;3439531;142;
;comp;tRNA;3439674;3439750;7;aga
;comp;tRNA;3439758;3439832;9;ggc
;comp;tRNA;3439842;3439918;5;gac
;comp;tRNA;3439924;3439999;8;gta
;comp;tRNA;3440008;3440082;5;gaa
;comp;rRNA;3440088;3440204;40;117
;comp;rRNA;3440245;3443168;112;2924
;comp;tRNA;3443281;3443356;109;gca
;comp;rRNA;3443466;3444972;138;1507
;comp;tRNA;3445111;3445187;13;atgj
;comp;tRNA;3445201;3445276;6;ttc
;comp;tRNA;3445283;3445359;6;atc
;comp;tRNA;3445366;3445442;31;cca
;comp;tRNA;3445474;3445549;11;tgg
;comp;tRNA;3445561;3445637;6;atgi
;comp;tRNA;3445644;3445720;6;cca
;comp;tRNA;3445727;3445817;11;agc
;comp;tRNA;3445829;3445917;6;tca
;comp;tRNA;3445924;3445999;12;aaa
;comp;tRNA;3446012;3446087;6;caa
;comp;tRNA;3446094;3446170;19;aga
;comp;tRNA;3446190;3446263;11;gga
;comp;tRNA;3446275;3446359;4;tac
;comp;tRNA;3446364;3446438;4;aca
;comp;tRNA;3446443;3446518;31;aac
;comp;tRNA;3446550;3446625;16;aac
;comp;tRNA;3446642;3446718;5;gac
;comp;tRNA;3446724;3446799;6;gta
;comp;tRNA;3446806;3446879;9;gga
;comp;tRNA;3446889;3446963;15;gaa
;comp;tRNA;3446979;3447054;13;atgf
;comp;tRNA;3447068;3447156;5;tta
;comp;rRNA;3447162;3447278;213;117
;comp;rRNA;3447492;3450406;196;2915
;comp;rRNA;3450603;3452109;239;1507
fin;comp;CDS;3452349;3452552;;
deb;comp;CDS;3479880;3480509;30;
;comp;regulatory;3480540;3480623;335;
fin;comp;CDS;3480959;3484165;;
deb;comp;CDS;3523330;3524046;129;
;comp;tRNA;3524176;3524251;8;gta
;comp;tRNA;3524260;3524334;20;gaa
;comp;tRNA;3524355;3524430;10;aaa
;comp;tRNA;3524441;3524515;10;aca
;comp;tRNA;3524526;3524602;7;gac
;comp;tRNA;3524610;3524685;9;gta
;comp;tRNA;3524695;3524769;5;gaa
;comp;tRNA;3524775;3524850;289;aaa
fin;;CDS;3525140;3526039;;
deb;comp;CDS;3549752;3549886;0;
&lt;/pre&gt;

===cdc===
====cdc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_opérons|cdc opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;;
dir    ;9857..10630;;cds;;179;179;774;;258;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;10810..12317;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;12370..12445;;gca;;249;;76;;;;
dir    ;12695..15596;;23s;;111;;2902;;;;
dir    ;15708..15824;;5s;;126;126;117;;;126;
dir    ;15951..16460;;cds;;;;510;;170;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir   ;19402..19857;;cds;;0;0;456;;152;0;nucleoside deaminase
dir   ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;;
dir   ;19987..20251;;ncRNA;@1;76;76;265;;;;
dir   ;20328..21965;;cds;;;;1638;;546;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;23419..24624;;cds;;505;*505;1206;;402;;glycosyl transferase
dir    ;25130..26637;;16s;;279;;1508;;;;
dir    ;26917..29816;;23s;+;180;;2900;;;;
dir    ;29997..30113;;5s;3 aaa;6;;117;;;;
dir    ;30120..30194;;aac;3 gta;6;;75;6;;;
dir    ;30201..30286;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;30302..30377;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;30385..30459;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;30469..30542;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;30548..30623;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;30629..30705;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;30715..30789;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;30804..30888;;tac;;8;;85;8;;;
dir    ;30897..30980;;cta;;29;;84;29;;;
dir    ;31010..31086;;aga;;7;;77;7;;;
dir    ;31094..31169;;caa;;88;;76;88;;;
dir    ;31258..31346;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;31350..31425;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;31432..31508;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;31520..31596;;atgi;;23;;77;23;;;
dir    ;31620..31696;;cca;;7;;77;7;;;
dir    ;31704..31780;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;31789..31864;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;31872..31945;;tgc;;6;;74;6;;;
dir    ;31952..32026;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;32032..32117;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;32133..32208;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;32216..32290;;gaa;;9;;75;9;;;
dir    ;32300..32373;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;32379..32454;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;32460..32536;;gac;;9;;77;9;;;
dir    ;32546..32620;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;32635..32719;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;32729..32812;;cta;;23;;84;23;;;
dir    ;32836..32910;;ggc;;24;;75;24;;;
dir    ;32935..33011;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;33021..33096;;caa;;8;;76;8;;;
dir    ;33105..33180;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;33183..33271;;tca;;3;;89;3;;;
dir    ;33275..33350;;ttc;;6;;76;6;;;
dir    ;33357..33433;;atgj;;11;;77;11;;;
dir    ;33445..33521;;atgi;;17;;77;17;;;
dir    ;33539..33615;;cac;;8;;77;8;;;
dir    ;33624..33699;;aaa;;7;;76;7;;;
dir    ;33707..33780;;tgc;;7;;74;7;;;
dir    ;33788..33864;;cgt;;12;;77;12;;;
dir    ;33877..33952;;gta;;75;75;76;;;75;
dir    ;34028..34441;;cds;;308;308;414;;138;;hp
dir    ;34750..38181;;cds;;;;3432;;1144;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;127011..127715;;cds;;281;281;705;;235;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir    ;127997..129505;;16s;;279;;1509;;;;
dir    ;129785..132685;;23s;+;131;;2901;;;;
dir    ;132817..132933;;5s;2 cca;6;;117;;;;
dir    ;132940..133014;;aac;;4;;75;4;;;
dir    ;133019..133093;;gaa;;5;;75;5;;;
dir    ;133099..133174;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;133180..133256;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;133267..133341;;aca;;14;;75;14;;;
dir    ;133356..133440;;tac;;9;;85;9;;;
dir    ;133450..133523;;gga;;10;;74;10;;;
dir    ;133534..133610;;aga;;9;;77;9;;;
dir    ;133620..133695;;caa;;11;;76;11;;;
dir    ;133707..133782;;aaa;;2;;76;2;;;
dir    ;133785..133873;;tca;;17;;89;17;;;
dir    ;133891..133981;;agc;;8;;91;8;;;
dir    ;133990..134066;;cca;;85;;77;85;;;
dir    ;134152..134227;;tgg;;60;;76;60;;;
dir    ;134288..134364;;cca;;6;;77;6;;;
dir    ;134371..134447;;atc;;3;;77;3;;;
dir    ;134451..134526;;ttc;;7;;76;7;;;
dir    ;134534..134610;;atgj;;114;;77;;;;
dir    ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;;
dir    ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;;
dir    ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213;
comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;;
dir    ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;;
dir    ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;;
dir    ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;;
dir    ;150292..150366;;aac;;5;;75;5;;;
dir    ;150372..150457;;tta;;15;;86;15;;;
dir    ;150473..150548;;atgf;;7;;76;7;;;
dir    ;150556..150630;;gaa;;14;;75;14;;;
dir    ;150645..150718;;gga;;5;;74;5;;;
dir    ;150724..150799;;gta;;5;;76;5;;;
dir    ;150805..150881;;gac;;10;;77;10;;;
dir    ;150892..150966;;ggc;;9;;75;9;;;
dir    ;150976..151049;;aga;;975;*975;74;;;;
dir    ;152025..152864;;cds;;;;840;;280;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase
dir   ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;;
dir   ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;;
dir   ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177;
dir   ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir    ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87;
dir    ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;;
dir    ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;;
dir    ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;;
dir    ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;;
dir    ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein
comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318;
dir    ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir   ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir   ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;;
&lt;dir   ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB
comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;;
comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;;
comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;;
dir   ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;;
comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;;
comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191;
comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein
comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;;
comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;;
comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;;
comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp
comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC
comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;;
comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;;
comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;;
comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326;
comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase
&lt;/pre&gt;

====cdc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3
;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5
;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7
;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5
;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3
;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3
;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1
;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2
sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1
;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1
;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31
total aas;;83;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378
;;;variance;;15;;283;;94;;259
sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286
;;;variance;;5;;107;;;;144
&lt;/pre&gt;

====cdc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]]
&lt;pre&gt;
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;;
cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;;
;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2
IV2;16s;279;;;;;;;;;;;;
;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;;
;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281
;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279
;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131
;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6
;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4
VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;;
;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1
;23s;126;;;;;;;;;;;;
;5s;213;;;;;;;;;;;;
;cds;372;;;;;;;;;;;;
;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1;
;cds;776;;;;;;;;;;cds;21;
X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776;
;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52;
;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373;
;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126;
;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7;
;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5;
;aga;975;;;;;;;;;;;;
;cds;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
&lt;/pre&gt;
====cdc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;3* 55;;gca;6;;aac;4;;aac
;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gaa
;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;116;;atgj;7;;atgf;5;;gta
;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;tRNA 23s;;;9;;gaa;10;;gac
;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;250;;gca;5;;gga;14;;aca
;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;272;;;5;;gta;9;;tac
;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;374;;;9;;gac;10;;gga
;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;23s tRNA;;;14;;aca;9;;aga
;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;CDS 16s;;92;;gga;8;;tac;11;;caa
;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;181;507;95;;aca;29;;cta;2;;aaa
;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;283;342;5s tRNA;;;7;;aga;17;;tca
;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;778;;2* 6;;aac;88;;caa;8;;agc
;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;585;;7;;aac;3;;tca;85;;cca
;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;241;;tRNA 5s;;;6;;ttc;60;;tgg
;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;193;;8;;gga;14;;atgj;6;;cca
1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;284;;tRNA tRNA;;;23;;atgi;3;;atc
;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;23s 5s;;33;;aca;7;;cca;7;;ttc
;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;114;;4;;gta;8;;cac;**;;atgj
;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;181;;6;;gaa;7;;aaa;5;;aac
;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;132;;**;;aaa;6;;tgc;15;;tta
;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;5* 127;;;;;5;;aac;7;;atgf
;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;16s 23s;;;;;15;;tta;14;;gaa
;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;2* 283;;;;;7;;atgf;5;;gga
;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;315;;;;;9;;gaa;5;;gta
;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;324;;;;;5;;gga;10;;gac
1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;188;;;;;5;;gta;9;;ggc
;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;285;;;;;9;;gac;**;;aga
;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;221;;;;;14;;aca;;;
;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;;;
;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;126;213;;;;23;;cta;;;
;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;177;;;;;24;;ggc;;;
1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;273;;;;;9;;aga;;;
;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;454;;;;;8;;caa;;;
;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;119;;;;;2;;aaa;;;
;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;3;;tca;;;
;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;6;;ttc;;;
;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;14;;atgj;;;
;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;9857;10630;181;*;
;;rRNA;10812;12314;55;*;1503
;;tRNA;12370;12445;250;*;gca
;;rRNA;12696;15593;114;*;2898
;;rRNA;15708;15824;126;*;117
fin;;CDS;15951;16460;;;
deb;;CDS;16472;17353;126;*;
;;misc_b;17480;17686;124;*;
fin;;CDS;17811;19082;;;
deb;;CDS;19402;19857;0;*;
;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc
;;ncRNA;19987;20251;76;*;
fin;;CDS;20328;21965;;;
deb;comp;CDS;23419;24624;507;*;
;;rRNA;25132;26634;283;*;1503
;;rRNA;26918;29815;181;*;2898
;;rRNA;29997;30113;6;*;117
;;tRNA;30120;30194;6;*;aac
;;tRNA;30201;30286;15;*;tta
;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf
;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa
;;tRNA;30469;30542;5;*;gga
;;tRNA;30548;30623;5;*;gta
;;tRNA;30629;30705;9;*;gac
;;tRNA;30715;30789;14;*;aca
;;tRNA;30804;30888;8;*;tac
;;tRNA;30897;30980;29;*;cta
;;tRNA;31010;31086;7;*;aga
;;tRNA;31094;31169;88;*;caa
;;tRNA;31258;31346;3;*;tca
;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc
;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj
;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi
;;tRNA;31620;31696;7;*;cca
;;tRNA;31704;31780;8;*;cac
;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa
;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc
;;tRNA;31952;32026;5;*;aac
;;tRNA;32032;32117;15;*;tta
;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf
;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa
;;tRNA;32300;32373;5;*;gga
;;tRNA;32379;32454;5;*;gta
;;tRNA;32460;32536;9;*;gac
;;tRNA;32546;32620;14;*;aca
;;tRNA;32635;32719;9;*;tac
;;tRNA;32729;32812;23;*;cta
;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc
;;tRNA;32935;33011;9;*;aga
;;tRNA;33021;33096;8;*;caa
;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa
;;tRNA;33183;33271;3;*;tca
;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc
;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj
;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi
;;tRNA;33539;33615;8;*;cac
;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa
;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc
;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt
;;tRNA;33877;33952;75;*;gta
fin;;CDS;34028;34441;;;
deb;;CDS;72345;72830;94;*;
;;misc_b;72925;73133;63;*;
fin;;CDS;73197;74912;;;
deb;;CDS;90506;91204;51;*;
;;misc_f;91256;91384;42;*;
fin;;CDS;91427;91933;;;
deb;;CDS;127011;127715;283;*;
;;rRNA;127999;129502;283;*;1504
;;rRNA;129786;132684;132;*;2899
;;rRNA;132817;132933;6;*;117
;;tRNA;132940;133014;4;*;aac
;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa
;;tRNA;133099;133174;5;*;gta
;;tRNA;133180;133256;10;*;gac
;;tRNA;133267;133341;14;*;aca
;;tRNA;133356;133440;9;*;tac
;;tRNA;133450;133523;10;*;gga
;;tRNA;133534;133610;9;*;aga
;;tRNA;133620;133695;11;*;caa
;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa
;;tRNA;133785;133873;17;*;tca
;;tRNA;133891;133981;8;*;agc
;;tRNA;133990;134066;85;*;cca
;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg
;;tRNA;134288;134364;6;*;cca
;;tRNA;134371;134447;3;*;atc
;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc
;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj
;;rRNA;134727;136128;55;*;1402
;;tRNA;136184;136259;272;*;gca
;;rRNA;136532;139429;127;*;2898
;;rRNA;139557;139673;213;*;117
fin;comp;CDS;139887;141071;;0;
deb;;CDS;143817;144356;778;*;
;;rRNA;145135;146637;55;*;1503
;;tRNA;146693;146768;374;*;gca
;;rRNA;147143;150040;127;*;2898
;;rRNA;150168;150284;7;*;117
;;tRNA;150292;150366;5;*;aac
;;tRNA;150372;150457;15;*;tta
;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf
;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa
;;tRNA;150645;150718;5;*;gga
;;tRNA;150724;150799;5;*;gta
;;tRNA;150805;150881;10;*;gac
;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc
;;tRNA;150976;151049;975;*;aga
fin;;CDS;152025;152864;;;
deb;comp;CDS;171557;172066;188;*;
;;regulatory;172255;172358;136;*;
fin;;CDS;172495;173688;;;
deb;;CDS;193614;194780;59;*;
;;regulatory;194840;194957;124;*;
fin;;CDS;195082;195687;;;
deb;;CDS;253195;254327;59;*;
;;regulatory;254387;254488;220;*;
fin;;CDS;254709;256244;;;
deb;;CDS;309184;310275;308;*;
;;regulatory;310584;310674;406;*;
fin;;CDS;311081;311398;;;
deb;;CDS;378341;380728;585;*;
;;rRNA;381314;382816;315;*;1503
;;rRNA;383132;386029;127;*;2898
;;rRNA;386157;386273;177;*;117
fin;;CDS;386451;387059;;0;
deb;;CDS;393173;394945;131;*;
;;regulatory;395077;395269;188;*;
fin;;CDS;395458;396210;;;
deb;comp;CDS;518815;519642;205;*;
;;regulatory;519848;519954;69;*;
fin;;CDS;520024;520344;;0;
deb;;CDS;601016;601618;560;*;
;;misc_b;602179;602417;63;*;
fin;;CDS;602481;604400;;;
deb;;CDS;703255;703989;800;*;
;;regulatory;704790;704866;264;*;
fin;;CDS;705131;706387;;;
deb;;CDS;774245;775042;343;*;
;;misc_b;775386;775620;49;*;
fin;;CDS;775670;776689;;;
deb;comp;CDS;833130;833894;258;*;
;;tRNA;834153;834243;87;*;agc
fin;;CDS;834331;835119;;;
deb;;CDS;840990;843056;591;*;
;;misc_b;843648;843858;225;*;
fin;;CDS;844084;844899;;;
deb;;CDS;1027707;1028153;147;*;
;;misc_b;1028301;1028547;123;*;
fin;;CDS;1028671;1030413;;;
deb;;CDS;1089165;1090139;241;*;
;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503
;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898
;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga
;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117
fin;;CDS;1095670;1097688;;;
deb;;CDS;1140023;1140928;114;*;
;;ncRNA;1141043;1141223;182;*;
fin;;CDS;1141406;1142623;;0;
deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*;
;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg
fin;;CDS;1184734;1187382;;;
deb;;CDS;1221766;1222134;91;*;
;;regulatory;1222226;1222332;102;*;
fin;;CDS;1222435;1223640;;0;
deb;;CDS;1292920;1293819;907;*;
;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*;
fin;;CDS;1296897;1297052;;;
deb;;CDS;1347580;1348659;142;*;
;;misc_b;1348802;1349040;67;*;
fin;;CDS;1349108;1351747;;;
deb;;CDS;1503182;1503538;530;*;
;;repeat_region;1504069;1504755;391;*;
fin;comp;CDS;1505147;1506880;;;
deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*;
;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*;
fin;comp;CDS;1513062;1513736;;;
deb;;CDS;1583597;1584714;449;*;
;;regulatory;1585164;1585270;105;*;
fin;;CDS;1585376;1586341;;;
deb;;CDS;1612685;1614778;660;*;
;;repeat_region;1615439;1615732;167;*;
fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0;
deb;;CDS;1620655;1621623;151;*;
;;misc_b;1621775;1622027;71;*;
fin;;CDS;1622099;1623307;;0;
deb;;CDS;1668527;1669288;160;*;
;;misc_b;1669449;1669706;112;*;
fin;;CDS;1669819;1670058;;;
deb;;CDS;1708973;1709134;741;*;
;;repeat_region;1709876;1710232;238;*;
fin;;CDS;1710471;1710659;;;
deb;;CDS;1710778;1711644;452;*;
;;repeat_region;1712097;1712386;122;*;
fin;;CDS;1712509;1713036;;;
deb;;CDS;1745654;1747510;82;*;
;;misc_b;1747593;1747833;65;*;
;;misc_b;1747899;1748134;84;*;
fin;;CDS;1748219;1749436;;;
deb;;CDS;1770800;1771111;92;*;
;;regulatory;1771204;1771296;99;*;
fin;;CDS;1771396;1772190;;;
deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*;
;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*;
deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*;
;;regulatory;1835448;1835624;143;*;
deb;;CDS;1835768;1837498;109;*;
;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta
;;regulatory;1838585;1838689;209;*;
fin;;CDS;1838899;1839933;;;
deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*;
;;repeat_region;1849663;1850878;408;*;
fin;;CDS;1851287;1851574;;0;
deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*;
;;regulatory;1870833;1870876;100;*;
fin;;CDS;1870977;1871945;;;
deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*;
;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*;
deb;;CDS;1887967;1890450;87;*;
;;regulatory;1890538;1890649;141;*;
fin;;CDS;1890791;1892092;;;
deb;;CDS;1903300;1903731;430;*;
;;misc_b;1904162;1904373;162;*;
fin;;CDS;1904536;1905825;;;
deb;;CDS;1963260;1964567;85;*;
;;misc_b;1964653;1964915;125;*;
fin;;CDS;1965041;1965844;;;
deb;;CDS;1974995;1975732;110;*;
;;misc_b;1975843;1976050;252;*;
fin;;CDS;1976303;1977502;;;
deb;;CDS;2015338;2017995;53;*;
;;regulatory;2018049;2018151;109;*;
fin;;CDS;2018261;2019526;;;
deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*;
;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*;
;;regulatory;2143958;2144047;52;*;
fin;;CDS;2144100;2144276;;0;
deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*;
;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*;
fin;comp;CDS;2155032;2155430;;;
deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*;
;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*;
deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*;
;;regulatory;2157412;2157509;54;*;
fin;;CDS;2157564;2157740;;;
deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*;
;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*;
fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0;
deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*;
;;repeat_region;2200186;2200869;830;*;
fin;comp;CDS;2201700;2202572;;;
deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*;
;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*;
fin;comp;CDS;2209489;2210106;;;
deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*;
;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*;
fin;;CDS;2276688;2278034;;;
deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*;
;;misc_b;2291548;2291779;107;*;
fin;;CDS;2291887;2293368;;;
deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*;
;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*;
fin;comp;CDS;2434700;2434903;;;
deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*;
;;regulatory;2476388;2476476;189;*;
fin;;CDS;2476666;2478033;;0;
deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*;
;;regulatory;2502116;2502205;53;*;
fin;;CDS;2502259;2502435;;;
deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*;
;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*;
fin;comp;CDS;2525213;2526364;;;
deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*;
;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*;
fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0;
deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*;
;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*;
fin;comp;CDS;2596567;2597583;;;
deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*;
;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga
fin;comp;CDS;2696703;2697542;;;
deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*;
;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*;
fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0;
deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*;
;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*;
fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0;
deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*;
;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*;
fin;comp;CDS;2858087;2858614;;;
deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*;
;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*;
fin;comp;CDS;2948632;2949822;;;
deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*;
;;regulatory;2958868;2958969;72;*;
fin;;CDS;2959042;2960385;;;
deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*;
;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*;
deb;;CDS;2981767;2982444;159;*;
;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca
;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898
;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503
fin;;CDS;2987705;2988643;;0;
deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*;
;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*;
fin;comp;CDS;3096356;3097759;;;
deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*;
;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*;
deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*;
;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*;
fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0;
deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*;
;;repeat_region;3244625;3246042;183;*;
fin;comp;CDS;3246226;3246492;;;
deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*;
;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*;
fin;comp;CDS;3276416;3277309;;;
deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*;
;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*;
fin;comp;CDS;3407875;3409527;;;
deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*;
;;repeat_region;3491430;3492052;252;*;
fin;comp;CDS;3492305;3494290;;;
deb;;CDS;3508604;3509509;673;*;
;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*;
fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0;
deb;;CDS;3600566;3601447;77;*;
;;regulatory;3601525;3601699;172;*;
fin;;CDS;3601872;3602873;;;
deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*;
;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*;
fin;comp;CDS;3640186;3641013;;;
deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*;
;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*;
fin;comp;CDS;3656089;3656931;;;
deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*;
;;regulatory;3690789;3690904;174;*;
fin;;CDS;3691079;3692449;;0;
deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*;
;;regulatory;3750238;3750334;53;*;
fin;;CDS;3750388;3750564;;;
deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*;
;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117
;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898
;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503
fin;comp;CDS;3794009;3794587;;;
deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*;
;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*;
fin;comp;CDS;3812242;3812856;;;
deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*;
;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*;
fin;comp;CDS;3906737;3907687;;;
deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*;
;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*;
fin;comp;CDS;3934329;3934850;;;
deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*;
;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117
;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898
;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503
fin;comp;CDS;3949723;3949917;;;
deb;;CDS;4084445;4085437;382;*;
;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca
;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta
;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa
;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa
fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;
&lt;/pre&gt;

====cdc psor====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]]
&lt;pre&gt;
cdc-psor  comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff
cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281;
16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279;
23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131;
5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6;
aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4;
tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5;
atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5;
gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10;
gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14;
gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0
gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0
tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11;
cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2;
aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2
caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8;
tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85;
ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60;
atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6;
atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3;
cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7;
cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114;
aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;;
tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776;
aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52;
tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373;
atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126;
gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7;
gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5;
gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0
gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1
aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0
tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5;
cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5;
ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10;
aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0
caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3
aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0
tca;3;tca;3;0;tca;3;;;
ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;;
atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;;
atgi;17;atg;21;;atgi;17;;;
cac;8;cca;6;;cac;8;;;
aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;;
tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;;
cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;;
gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;;
cds;;gta;162;;cds;;;;
;;CDS;;;;;;;
;;;;;psor;;psor;intercal;diff
cds;776;;;;CDS;309;CDS;239;
16s;52;;;;16s;196;16s;196;
gca;373;;;;23s;122;23s;213;
23s;126;;;;5s;5;5s;5;
5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0
aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0
tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0
atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0
gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0
gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0
gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31;
gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4;
ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0
aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4
cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5
;;;;;caa;11;aga;6;-1
cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1
16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0
23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11;
5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6;
aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6;
gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11;
gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31;
gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6;
aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0
tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0
gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0
aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0
caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0
aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0
tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112;
agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0
cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5;
tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8;
cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5;
atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1
ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1
atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0
16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;;
;;cca;6;0;ttc;9;;;
;;atc;6;3;atg;8;;;
;;ttc;13;6;atg;21;;;
;;atg;138;;cca;6;;;
;;16s;;;cac;9;;;
;;;;;aaa;21;;;
;;CDS;129;;tgc;6;;;
;;gta;8;;cgt;10;;;
;;gaa;20;;gta;162;;;
;;aaa;10;;CDS;;;;
cds;382;aca;10;;;;;;
aca;33;gac;7;;;;;;
gta;4;gta;9;5;;;;;
gaa;6;gaa;5;-1;;;;;
aaa;326;aaa;289;;;;;;
cds;;CDS;;;;;;;
;;;;;;;;;
cdc-psor  coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;;
cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;;
cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;;
tcc;37;tcc;27;;;-14;;;
ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;;
cds;;CDS;;;;-12;1;;
;;;;;;-11;1;;
cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;;
ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;;
cds;;CDS;;;;-8;;;
;;;;;;-7;;;
cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;;
cta;231;cta;426;;;-5;;;
cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;;
;;;;;;-3;3;;
cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;;
agc;87;agc;120;;;-1;4;;
cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;;
;;;;;;1;4;;
;;CDS;306;62;;2;1;;
;;cta;404;422;;3;4;;
;;CDS;;;;4;2;;
;;;;;;5;1;;
;;CDS;135;;;6;2;;
;;other;258;;;7;1;;
;;CDS;;;;8;2;;
;;;;;;9;1;;
;;CDS;195;;;10;;;
;;tga;37;;;11;;;
;;CDS;;;;12;;;
;;;;;;13;;;
;;CDS;71;;;14;1;;
;;tgc;12;;;15;;;
;;aac;3;;;;;;
;;aca;285;;;total;49;;
;;CDS;;;;sous t.  -2+2;24;;
&lt;/pre&gt;

===cdc8===
====cdc8 opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]]
&lt;pre&gt;
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s  16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines
Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;;
dir   ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase
dir   ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein
dir   ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein
dir   ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp
dir   ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;;
dir   ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;;
dir   ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;;
dir   ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;;
dir   ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;;
dir   ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;;
dir   ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;;
dir   ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;;
dir   ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;;
dir   ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;;
dir   ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;;
dir   ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;;
dir   ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;;
dir   ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;;
dir   ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;;
dir   ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0;
dir   ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase
dir   ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;;
dir   ;978..1094;;5s;;6;;;;117;;
dir   ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;;
dir   ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;;
dir   ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;;
dir   ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;;
dir   ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;;
dir   ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;;
dir   ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;;
dir   ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;;
dir   ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;;
dir   ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;;
dir   ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;;
dir   ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;;
dir   ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;;
dir   ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;;
dir   ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;;
dir   ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;;
dir   ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;;
dir   ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;;
dir   ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;;
dir   ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;;
dir   ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;;
dir   ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;;
dir   ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;;
dir   ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;;
dir   ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;;
dir   ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;;
dir   ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;;
dir   ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;;
dir   ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75;
dir   ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp
dir   ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase
;;;;;;;;;;;
dir   ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
dir   ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;;
dir   ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;;
dir   ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;;
dir   ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;;
dir   ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;;
dir   ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;;
dir   ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;;
dir   ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;;
dir   ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;;
dir   ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;;
dir   ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;;
dir   ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;;
dir   ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein
;;;;;;;;;;;
dir   ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase
&lt;&gt; comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
dir   ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;;
dir   ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;;
dir   ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein
;;;;;;;;;;;
comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator
dir   ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87;
dir   ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
dir    ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;;
dir    ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;;
dir    ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;;
dir    ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;;
dir    ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
;;;;;;;;;;;
comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein
comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318;
dir    ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I
;;;;;;;;;;;
dir    ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
dir    ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;;
dir    ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
dir    ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB
comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;;
comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;;
comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;;
dir    ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
;;;;;;;;;;;
dir    ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase
comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61;
&lt;comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha
;;;;;;;;;;;
comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein
comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;;
comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;;
comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190;
comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
;;;;;;;;;;;
comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein
comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;;
comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;;
comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;;
comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp
comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC
comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;;
comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;;
comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;;
comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331;
comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase
;;;;;;;;;;;
dir    ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
dir    ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;;
comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;;
comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;;
comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;;
comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;;
comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;;
comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;;
comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;;
comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;;
comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;;
dir    ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;;
dir    ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;;
dir    ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;;
dir    ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;;
dir    ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;;
dir    ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;;
dir    ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;;
dir    ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;;
dir    ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127;
dir    ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR
;;;;;;;;;;;
dir    ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase
dir    ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;;
dir    ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;;
dir    ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau
;;;;;;;;;;;
comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase
;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;;
;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100;
&lt;&gt;comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein
;;;;;;;;;;;
comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
dir    ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;;
dir    ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;;
comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;;
comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;;
comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;;
comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;;
comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179;
&gt;comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
dir    ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;;
dir    ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;;
dir    ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;;
dir    ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;;
dir    ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;;
dir    ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;;
dir    ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;;
dir    ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;;
dir    ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;;
dir    ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;;
dir    ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;;
dir    ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;;
dir    ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;;
dir    ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;;
dir    ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;;
dir    ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;;
dir    ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;;
dir    ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;;
dir    ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;;
dir    ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;;
dir    ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;;
dir    ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;;
comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;;
comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;;
dir    ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;;
dir    ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;;
dir    ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216;
comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
dir    ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
dir    ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
dir    ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;;
dir    ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;;
dir    ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;;
dir    ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;;
dir    ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;;
dir    ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;;
dir    ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100;
&lt;dir    ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp
comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;;
comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;;
comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;;
dir    ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp
dir    ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]]
&lt;pre&gt;
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6
;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8
;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11
;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5
;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5
;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5
;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1
;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1
sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1
;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0
;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0
;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1
;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44
total aas;;108;;;;;;;;;
remarques;;7;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330
;;;variance;;16;;252;;109;;234
sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208
;;;variance;;6;;117;;;;97
&lt;/pre&gt;
====cdc8 blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]]
&lt;pre&gt;
cdc8 blocs;;;;;;;;
Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal
;cds;554;;cds;150;;cds;496
;cds;0;;aca;93;;16s;321
;cds;168;;23s;184;;23s°;100
;23s°;133;III;16s;374;;cds;111
IV2;5s;7;;cds;;;cds;228
;aac;5;;;;;16s;321
;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101
;atgj;115;;5s;125;;23s°;250
IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52
;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100
;23s°;182;;cds;;;23s°;217
;5s;7;;;;;16s;179
;aac;7;;cds;118;;cds;386
;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321
;gta;76;;23s;321;;23s;181
;cds;308;I3;16s;292;;5s;6
;cds;;;cds;;;aac;6
;;;;;;;**17aas;8
;cds;281;;cds;179;;aaa;353
;16s°;100;;16s;161;;5s;126
;23s°;126;;5s;201;;23s;582
X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217
;aac;6;;16s;108;;23s;126
;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216
;aga;954;;tta;5;;cds;372
;cds;;;5s;201;;cds;21
;;;;23s;375;;cds;778
;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261
;cds;1;;16s’;100;;23s;201
;23s°;126;;16s’;52;;5s;5
;5s;177;;gca;248;;tta;11
;cds;;;23s°;100;;atgi;108
;;;;16s°;321;;16s;184
;cds;238;;23s;100;;23s°;100
II;16s;320;;16s°;320;;cds;112
;23s;91;;23s°;100;;23s’;375
;gga;8;;23s’;126;;gca;52
;5s;273;;5s;127;;16s°;282
;cds;;;cds;;;cds;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 43====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]]
&lt;pre&gt;
cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas;
16s;1;;;;;16s;1;;;
cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196;
23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122;
5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5;
aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5
cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14
aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0
caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11;
tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6;
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3
atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3
cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4;
tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25;
aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2
tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8
atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0
gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1
gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10
tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6
cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13
ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11
aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2
caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3
aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4
tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0
ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3
atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3
atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21;
cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;
aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1
tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14
cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1
gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2
cds;;cds;;;;cds;;gta;162;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 18====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_18|cdc8 cdc psor 18]]
&lt;pre&gt;
cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas;
cds;214;;;;;16s;321;16s;196;
cds;554;;;;;23s;181;23s;213;
cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5;
cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2
23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8
5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0
aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1
gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0
gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16;
gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31;
aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4;
tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10
gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11;
aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19;
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cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11;
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ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6;
atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6;
;;;;;;;;ttc;13;
;;psor;23aas;;;;;atg;138;
;;16s;196;;;;;;;
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aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2;
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agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8;
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;;;;;;aaa;353;;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor 9====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_9|cdc8 cdc psor 9]]
&lt;pre&gt;
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gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6
gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1
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;;;;;;23s;201;gca;373;
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gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108;
gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2
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aga;7;;;;;tta;9;16s’;52;
caa;89;;;;;atg;123;gca;248;
tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2
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cca;7;;;;;CDS;;23s°;100;
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aaa;353;;;;;;;5s;127;
;;;;;;;;cds;;
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc protéines====
=====Alignement sur cdc=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc|Alignement sur cdc]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;

=====Alignement sur cdc8=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Alignement_sur_cdc8|Alignement sur cdc8]]
&lt;pre&gt;
;cdc8;;;;;;;cdc8;;;;;;;psor;;;;
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;;;;;;;;;dir    ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR;;;;;
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6;dir   ;97740..97856;5s;7;117;;;;dir    ;4205873..4205964;tcc;37;92;;;;;;
;dir   ;97864..97938;aac;6;75;;;2;dir    ;4206002..4206266;ncRNA;76;265;;;;;;
;dir   ;;**7aas;6;;;;;dir    ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau;;;;;
;dir   ;98542..98615;aga;954;74;;;;;;;;;;;;;;
;dir   ;99570..100409;cds;;840;TIGR;;insert;comp;4209435..4210639;cds;496;1205;Glyco-tr;;;;;
;;;;;;;;insert;;4211136..4212643;16s;321;1508;;;;;;
;&lt;&gt; cp;309950..310076;cds;1;127;seleno;;insert;;4212965..4213127;23s°;100;163;;;;;;
;dir   ;310078..311313;23s°;126;1236;;;insert;&lt;&gt;comp;4213228..4213849;cds;;622;CHAP;;;;;
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;dir   ;311734..312342;cds;;609;DedA;;insert;comp;4213961..4214620;cds;228;660;A-1chlor;;;;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4214849..4216199;16s;321;1351;;;;;;
;comp;861856..862620;cds;258;765;DeoR;;insert;dir    ;4216521..4217008;23s°;101;488;;;;;;
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;;;;;;;;insert;comp;4218908..4219471;16s°;100;564;;;;;;
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;;;;;;;;insert;dir    ;4228940..4229016;atgj;11;77;;3445829..3445917;tca;11;;
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;comp;3806952..3807028;agg;61;77;;;insert;dir    ;4229134..4229210;cca;7;77;;3445644..3445720;cca;6;;
;&lt;comp;3807090..3808790;cds;;1701;fdHa;;insert;dir    ;4229218..4229294;cac;8;77;;3445561..3445637;atg;11;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4229303..4229378;aaa;353;76;;3445474..3445549;tgg;31;;
;comp;3875816..3876886;cds;452;1071;ABC;;insert;comp;4229732..4229848;5s;126;117;;3445366..3445442;cca;6;;
;comp;3877339..3877455;5s;125;117;;;insert;comp;4229975..4232010;23s’;582;2036;;3445283..3445359;atc;6;;
13;comp;3877581..3880480;23s;261;2900;;;;dir    ;4232593..4234098;16s;217;1506;;3445201..3445276;ttc;13;;
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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir    ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;;
;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;;
;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir    ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;;
;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir    ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;;
14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir    ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;;
;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir    ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;;
;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir    ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda
;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir    ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;;
;dir    ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir    ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;;
;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir    ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;;
15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;&lt;dir    ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;;
;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;;
;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;;
;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;;
;;;;;;;;insert;dir    ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;;
;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;;
;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;;
;;;;;;;;insert;dir   ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;;
;;;;;;;;;dir   ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;;
;;;;;;;;;dir   ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;;
;;;;;;;;4;dir   ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc création de cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]]
&lt;pre&gt;
;;création de cds;;;;
;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs
seleno A;309950..310076;127;0;;-;
Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-;
;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;;
;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;;
;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;;
;2120221..2121348;1128;;;;
;2785863..2786042;180;;;;
;3564835..3565434;600;;;;
Y-r2;3805298..3806743;1446;;;;
Y-r1;4299490..4300134;645;;;;
Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-;
;379952..380503;552;429510..430061;552;;
;456588..456776;189;461727..462398;672;;
;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;;
;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;;
;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;;
;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;;
;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;;
;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;;
;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;;
;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;;
;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;;
;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;;
;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;;
;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;;
;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;;
;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;;
;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;;
;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;;
;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;;
;4286854..4287222;369;;;;
;4288799..4289518;720;;;;
;4300349..4300807;459;;;;
xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0;
;&lt;4307539..4308225;687;;;;
CHAP;&lt;4213228..&gt;4213849;622;0;;-;
A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0;
SigB2;4221761..4222206;446;0;;0;
fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-;
R-deca;0;;0;;127845..129260;1416
;;;;;876023..877522;1500
phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263
;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;;
;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;;
;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;;
;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;;
;4254725..4256002;1278;;;;
;4260531..4261586;1056;;;;
;4262058..4262474;417;;;;
hp-204;4254509..4254712;204;;;;
phagePP;4254725..4256002;1278;;;;
phageHM;4255980..4256741;762;;;;
hp;;;3840525..3841067;543;;
phagePP;;;3841162..3842367;1206;;
hydrolase;;;3842345..3842512;168;;
terminase;;;;;1487770..1489491;1722
phagePP;;;;;1489507..1490769;1263
Clp;;;;;1490762..1491607;846
&lt;/pre&gt;

====cdc8 cdc abrégé protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]]
&lt;pre&gt;
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
ABC;ABC transporter ATP-binding protein
Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
cad;cadmium-translocating P-type ATPase
CHAP;CHAP domain-containing protein
CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
DedA;DedA family protein
DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator
DnaC;DNA replication protein DnaC
DUF378;DUF378 domain-containing protein
fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha
flagellar;flagellar motor protein
Glyco-tr;glycosyl transferase
Helix;helix-turn-helix domain-containing protein
hp-1740;hp-1740
hp-204;hp-204
hp-282;hp-282
hp-414;hp-414
HXXEE;HXXEE domain-containing protein
III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau
K-ligase;lysine--tRNA ligase
S-ligase;serine--tRNA ligase
lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase
Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase
MBOAT;MBOAT family protein
mecano;mechanosensitive ion channel
NadR;transcription repressor NadR
NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein
Nuc-de;nucleoside deaminase
phagePP;phage portal protein
PolyI;DNA polymerase I
precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase
pyruvate;pyruvate carboxylase
R-deca;arginine decarboxylase
seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex  selenoprotein A
SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
SrtB;sortase SrtB
succinate;adenylosuccinate synthase
TIGR;TIGR00159 family protein
xylose;xylose isomerase
Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1
Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
&lt;/pre&gt;
====cdc8 cdc psor stats====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]]
&lt;pre&gt;
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor
date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018
DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458
Genes (total)         ;4 025;3 807;3 528
CDS (total)           ;3 870;3 691;3 368
Genes (coding)        ;3 763;3 615;3 327
CDS (coding)          ;3 763;3 615;3 327
Genes (RNA)           ;155;116;160
RRNAs  (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
complete rRNAs        ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17
tRNAs     ;108;83;105
ncRNAs    ;4;4;4
Pseudo Genes (total)  ;107;76;41
Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41
Pseudo Genes (frameshifted)       ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41
Pseudo Genes (incomplete)         ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41
Pseudo Genes (internal stop)      ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41
Pseudo Genes (multiple problems)  ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41
CRISPR Arrays         ;4;9; - 
;;;
Décompte du 19.11.19;;;
hypothetical protein;609;523;1 256
hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
&lt;/pre&gt;
====cdc8 distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
&lt;/pre&gt;
====cdc8 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig
;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;55;;gca;6;;aac;6;;aac
;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;tRNA 16s;;;15;;tta;15;;tta
;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;2* 110;;atgi;7;;atgf;7;;atgf
;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;116;;atgj;9;;gaa;9;;gaa
;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;tRNA 23s;;;5;;gga;5;;gga
;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;376;;gca;5;;gta;5;;gta
;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;23s tRNA;;;9;;gac;9;;gac
;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;94;;aca;14;;aca;14;;aca
;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;8;;gga;10;;tac;10;;tac
;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;5s tRNA;;;28;;cta;28;;cta
;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;CDS 16s;;3* 6;;aac;7;;aga;7;;aga
;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;240;376;7;;aac;89;;caa;89;;caa
;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;192;498;2* 5;;tta;3;;tca;3;;tca
;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;294;81;-;353;aaa;6;;ttc;6;;ttc
1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;181;388;tRNA tRNA;;intra;14;;atgj;14;;atgj
;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;181;;2* 11;;atgi;29;;atgi;29;;atgi
;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;780;;**;;tta;7;;cca;7;;cca
;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;16s 23s;;tRNA tRNA;;;8;;cac;8;;cac
;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;324;;33;;aca;7;;aaa;**;;aaa
;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;188;;4;;gta;6;;tgc;4;;aac
1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;2* 265;;6;;gaa;6;;aac;5;;gaa
;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;2* 325;;**;;aaa;15;;tta;5;;gta
;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;2* 221;;;;;7;;atgf;11;;gac
;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;23s 5s;;;;;9;;gaa;14;;aca
;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;126;;;;;5;;gga;9;;tac
1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;2* 127;;;;;5;;gta;10;;gga
;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;3* 202;;;;;9;;gac;9;;aga
;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;182;;;;;14;;aca;11;;caa
;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;5s CDS;;;;;9;;tac;2;;aaa
;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;177;216;;;;24;;cta;18;;tca
;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;273;;;;;24;;ggc;8;;agc
1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;452;;;;;9;;aga;85;;cca
;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;118;;;;;8;;caa;60;;tgg
;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;127;;;;;2;;aaa;5;;cca
;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;5s 16s;;;;;3;;tca;3;;atc
;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;-;161;;;;6;;ttc;7;;ttc
;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;14;;atgj;**;;atgj
;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;17;;atgi;;;
1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;8;;cac;;;
;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;7;;aaa;;;
;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;7;;tgc;;;
5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;12;;cgt;;;
5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;**;;gta;;;
0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;
;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;;;;
;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;;;;
;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cdc8 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_autres_intercalaires_aas|cdc8 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cdc8;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;misc_f;1;795;182;*;
;;rRNA;978;1094;6;*;117
;;tRNA;1101;1175;6;*;aac
;;tRNA;1182;1267;15;*;tta
;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf
;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa
;;tRNA;1450;1523;5;*;gga
;;tRNA;1529;1604;5;*;gta
;;tRNA;1610;1686;9;*;gac
;;tRNA;1696;1770;14;*;aca
;;tRNA;1785;1869;10;*;tac
;;tRNA;1880;1963;28;*;cta
;;tRNA;1992;2068;7;*;aga
;;tRNA;2076;2151;89;*;caa
;;tRNA;2241;2329;3;*;tca
;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc
;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj
;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi
;;tRNA;2609;2685;7;*;cca
;;tRNA;2693;2769;8;*;cac
;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa
;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc
;;tRNA;2941;3015;6;*;aac
;;tRNA;3022;3107;15;*;tta
;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf
;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa
;;tRNA;3290;3363;5;*;gga
;;tRNA;3369;3444;5;*;gta
;;tRNA;3450;3526;9;*;gac
;;tRNA;3536;3610;14;*;aca
;;tRNA;3625;3709;9;*;tac
;;tRNA;3719;3802;24;*;cta
;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc
;;tRNA;3926;4002;9;*;aga
;;tRNA;4012;4087;8;*;caa
;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa
;;tRNA;4174;4262;3;*;tca
;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc
;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj
;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi
;;tRNA;4530;4606;8;*;cac
;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa
;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc
;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt
;;tRNA;4868;4943;75;*;gta
fin;;CDS;5019;5432;;;
deb;;CDS;43312;43797;94;*;
;;misc_b;43892;44100;63;*;
fin;;CDS;44164;45882;;;
deb;;CDS;57549;58247;51;*;
;;misc_f;58299;58427;42;*;
fin;;CDS;58470;58976;;;
deb;;CDS;93984;94736;291;*;
;;misc_f;95028;95862;232;*;
;;misc_f;96095;96344;50;*;
;;misc_f;96395;96725;9;*;
;;misc_f;96735;97600;139;*;
;;rRNA;97740;97856;7;*;117
;;tRNA;97864;97938;6;*;aac
;;tRNA;97945;98030;15;*;tta
;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf
;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa
;;tRNA;98212;98285;4;*;gga
;;tRNA;98290;98365;5;*;gta
;;tRNA;98371;98447;10;*;gac
;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc
;;tRNA;98542;98615;954;*;aga
fin;;CDS;99570;100409;;;
deb;comp;CDS;119142;119651;188;*;
;;regulatory;119840;119943;135;*;
fin;;CDS;120079;121272;;;
deb;;CDS;141169;142335;59;*;
;;regulatory;142395;142512;124;*;
fin;;CDS;142637;143242;;;
deb;;CDS;192887;194019;59;*;
;;regulatory;194079;194180;220;*;
fin;;CDS;194401;195936;;;
deb;;CDS;240412;241887;526;*;
;;regulatory;242414;242504;406;*;
fin;;CDS;242911;243228;;;
deb;comp;CDS;309950;310076;16;*;
;;misc_f;310093;310425;9;*;
;;misc_f;310435;311300;139;*;
;;rRNA;311440;311556;177;*;117
fin;;CDS;311734;312342;;0;
deb;;CDS;318620;320392;131;*;
;;regulatory;320524;320716;181;*;
fin;;CDS;320898;321650;;;
deb;comp;CDS;522666;523493;205;*;
;;regulatory;523699;523805;69;*;
fin;;CDS;523875;524195;;0;
deb;;CDS;605941;606543;375;*;
;;misc_b;606919;607151;63;*;
fin;;CDS;607215;609134;;;
deb;;CDS;727895;728629;644;*;
;;regulatory;729274;729350;262;*;
fin;;CDS;729613;730869;;;
deb;;CDS;801271;802068;383;*;
;;misc_b;802452;802685;49;*;
fin;;CDS;802735;803754;;;
deb;comp;CDS;861856;862620;258;*;
;;tRNA;862879;862969;87;*;agc
fin;;CDS;863057;863845;;;
deb;;CDS;869869;871935;594;*;
;;misc_b;872530;872740;225;*;
fin;;CDS;872966;873781;;;
deb;;CDS;1044480;1044926;147;*;
;;misc_b;1045074;1045320;122;*;
fin;;CDS;1045443;1047185;;;
deb;;CDS;1106477;1107451;240;*;
;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503
;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897
;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga
;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117
fin;;CDS;1112980;1114998;;;
deb;;CDS;1157234;1158145;114;*;
;;ncRNA;1158260;1158440;182;*;
fin;;CDS;1158623;1159840;;0;
deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*;
;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg
fin;;CDS;1199993;1202641;;;
deb;;CDS;1235339;1235707;91;*;
;;regulatory;1235799;1235905;102;*;
fin;;CDS;1236008;1237213;;0;
deb;;CDS;1360996;1362075;141;*;
;;misc_b;1362217;1362455;67;*;
fin;;CDS;1362523;1365162;;;
deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*;
;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*;
fin;comp;CDS;1527677;1528351;;;
deb;;CDS;1597387;1598331;288;*;
;;regulatory;1598620;1598726;105;*;
fin;;CDS;1598832;1599797;;;
deb;;CDS;1625872;1627965;660;*;
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;;tRNA;4306150;4306226;116;*;atgj
;;rRNA;4306343;4307677;2;*;1335
deb;;CDS;4307680;4308225;0;*;
&lt;/pre&gt;

===cbc===
====cbc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  5;;52;doubles;intercalaires
Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;;
comp;1309334..1309408;;Glu;gag;;
;;;;;;
comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8
comp;1386021..1386134;;5s;;;108
comp;1386243..1389140;;23s;;;228
comp;1389369..1390866;;16s;;@1;
;;;;;;
comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7
comp;1393080..1393193;;5s;;;108
comp;1393302..1396199;;23s;;;228
comp;1396428..1397925;;16s;;;
;;;;;;
comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1412183..1412259;;Arg;agg;;
;;;;;;
comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84
comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20
comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306
comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20
comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4;
;;;;;;
comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3
comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8
comp;1426133..1426246;;5s;;;79
comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117
comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;;
;;;;;;
;1694943..1695017;;Gln;cag;;
;;;;;;
comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5
comp;1722670..1722745;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;;
;;;;;;
comp;1842698..1842811;;5s;;;108
comp;1842920..1845817;;23s;;;228
comp;1846046..1847543;;16s;;;
;;;;;;
;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17
;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9
;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4
;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5
;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18
;1890966..1891041;;Val;gta;;7
;1891049..1891125;;Asp;gac;;57
;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17
;1891275..1891350;;Val;gta;;9
;1891360..1891436;;Asp;gac;;4
;1891441..1891516;;Thr;aca;;
;;;;;;
comp;1948153..1948228;;Pro;cca;;
;;;;;;
;1969157..1969245;;Leu;tta;;4
;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53
;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10
;1969465..1969541;;Met;atg;;
;;;;;;
;1987541..1989040;;16s;;@3;226
;1989267..1992166;;23s;;;93
;1992260..1992375;;5s;;;7
;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27
;1992485..1992559;;Asn;aac;;
;;;;;;
;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18
;2013332..2013407;;Thr;acc;;
;;;;;;
;2222515..2222590;;Trp;tgg;;
;;;;;;
;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7
;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6
;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5
;2295012..2295087;;Lys;aag;;26
;2295114..2295189;;Pro;cca;;29
;2295219..2295292;;Gly;gga;;24
;2295317..2295393;;Arg;cga;;
;;;;;;
;2402556..2402631;;Val;gta;;5
;2402637..2402713;;Asp;gac;;3
;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4
;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9
;2402881..2402954;;Cys;tgc;;
;;;;;;
;2517305..2517391;;Leu;ttg;;
;;;;;;
;2548708..2548792;;Leu;ctc;;
;;;;;;
;2583298..2583388;;SeC;tga;;
&lt;/pre&gt;
====cbc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbc* cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;5;1;0;0
;16 23 5s 0;1;20;22;1
;16 atc gca;0;40;3;1
;16 23 5s a;3;60;2;0
;max a;2;80;0;0
;a doubles;1;100;1;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;6;140;0;0
sans ;opérons;17;160;0;0
;1 aa;10;180;0;0
;max a;11;200;0;0
;a doubles;4;;0;0
;total aas;46;;28;2
total aas;;52;;;
remarques;;4;;;
avec jaune;;;moyenne;17;15
;;;variance;19;
sans jaune;;;moyenne;15;
;;;variance;14;
&lt;/pre&gt;
====cbc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]]
&lt;pre&gt;
cbc* blocs;;;;
aac;8;7;-;
5s;108;108;108;226
23s;228;228;228;93
16s;;;-;7
;;;;
gca;3;;;
atgi;8;;;
5s;79;;;
16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa
tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;
cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
&lt;/pre&gt;
====cbc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;5s tRNA;;
;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;8;;aac
;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;7;;ttc
1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;8;;atgi
1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;7;;aac
;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;tRNA tRNA;;contig
;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;3;;gca
;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;**;;atgi
;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;27;;aac
1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;**;;aac
;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;tRNA tRNA;;
1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;84;;cgt
;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;20;;agc
;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;306;;tca
;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;20;;agc
;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;**;;tca
;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;9;;gta
;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;4;;gac
;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;5;;aca
1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;18;;gaa
;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;7;;gta
;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;57;;gac
;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;17;;gaa
1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;9;;gta
;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;4;;gac
;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;**;;aca
;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;4;;tta
;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;53;;atgf
;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;10;;atgf
;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;**;;atgj
;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;CDS 16s;;18;;ggg
;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;909;;**;;acc
;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;387;;7;;cca
;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;117;;6;;gga
;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;416;;5;;aga
;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;570;;26;;aag
;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;16s 23s;;29;;cca
;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;3* 228;;24;;gga
;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;226;;**;;cga
;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;23s 5s;;5;;gta
;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;3* 108;;3;;gac
2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;93;;4;;ttc
8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;16s 5s;;9;;ggc
6;24;diagr;546;2222;diagr;33;765;-44;1;1;79;;**;;tgc
1;0; t30;18;657;;;;-45;;0;5s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;;0;363;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;718;7;1;726;;;-49;;0;;;;;
;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;
;;;;;3586;88;;reste;1;4;;;;;
;;;;;;3674;;total;7;288;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbc;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*;
;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag
fin;comp;CDS;1309828;1312056;;;
deb;;CDS;1384971;1385834;103;*;
;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac
;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114
;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898
;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498
deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*;
;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc
;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114
;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898
;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498
fin;comp;CDS;1398313;1399257;;;
deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*;
;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc
fin;comp;CDS;1408919;1409365;;;
deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*;
;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg
fin;;CDS;1412444;1412764;;;
deb;;CDS;1414541;1415428;35;*;
;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt
;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc
;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca
;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc
;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca
fin;comp;CDS;1416611;1417891;;;
deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*;
;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca
;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi
;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114
;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498
fin;comp;CDS;1427941;1428051;;;
deb;;CDS;1694365;1694889;53;*;
;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag
fin;;CDS;1695188;1695592;;;
deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*;
;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac
;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca
fin;;CDS;1722973;1723695;;;
deb;;CDS;1840498;1841406;30;*;
;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc
deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*;
;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114
;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898
;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498
fin;comp;CDS;1847960;1850440;;;
deb;;CDS;1889552;1890361;172;*;
;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa
;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta
;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac
;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca
;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa
;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta
;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac
;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa
;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta
;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac
;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca
fin;comp;CDS;1891607;1892584;;;
deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*;
;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca
fin;comp;CDS;1948306;1948614;;;
deb;;CDS;1968610;1969014;142;*;
;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta
;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf
;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf
;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj
fin;;CDS;1969870;1972257;;;
deb;;CDS;1985594;1986970;570;*;
;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500
;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900
;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116
;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac
;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac
fin;;CDS;1992747;1994819;;;
deb;;CDS;2012533;2013174;64;*;
;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg
;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc
fin;;CDS;2013490;2014683;;;
deb;;CDS;2222077;2222463;51;*;
;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg
fin;;CDS;2222830;2224086;;0;
deb;;CDS;2294151;2294621;145;*;
;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca
;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga
;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga
;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag
;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca
;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga
;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga
fin;;CDS;2295781;2297040;;;
deb;;CDS;2401601;2402491;64;*;
;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta
;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac
;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc
;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc
;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc
fin;;CDS;2403268;2403963;;;
deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*;
;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg
fin;comp;CDS;2517976;2518125;;;
deb;;CDS;2548065;2548610;97;*;
;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc
fin;;CDS;2549349;2549786;;0;
deb;;CDS;2580636;2582543;754;*;
;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga
fin;;CDS;2584134;2585648;;;
&lt;/pre&gt;

===cbn===
====cbn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]]
&lt;pre&gt;
28%GC;30.6.19 Paris;16s  10;86;doubles;intercal;aa;avec aa
;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;;
;20666..20741;;acg;;;;
;;;;;;;
;36413..36487;;gaa;+;12;12;
;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13;
;36589..36665;;gac;2 gta;5;5;
;36671..36746;;aca;2 gac;18;18;
;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12;
;36852..36927;;gta;;13;13;
;36941..37017;;gac;;5;5;
;37023..37098;;aca;;;;
;;;;;;;
;137366..137441;;cca;;;;
;;;;;;;
;161964..162052;;tta;+;5;5;
;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5;
;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46;
;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5;
;162356..162431;;atgf;;30;30;
;162462..162538;;atgj;;46;46;
;162585..162673;;tta;;5;5;
;162679..162754;;atgf;;;;
;;;;;;;
;76258..176332;;aac;;;;
;;;;;;;
;180177..181695;;16s;@5;233;;
;181929..184836;;23s;;45;;
;184882..184956;;aac;+;14;;
;184971..185087;;5s;;7;;
;185095..185169;;aac;2 aac;;;
;;;;;;;
;222409..222484;;acc;;;;
;;;;;;;
comp;578417..578492;;cag;;;;
;;;;;;;
comp;944747..944833;;ttg;;;;
;;;;;;;
;955546..955630;;ctt;;;;
;;;;;;;
;1026946..1027021;;gta;;17;17;17
;1027039..1027115;;gac;;14;14;14
;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4
;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8
;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57
;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;;
;;;;;;;
comp;2030816..2030890;;aac;;45;;
comp;2030936..2033842;;23s;;96;;
comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7
comp;2034023..2034098;;gca;;121;;
comp;2034220..2035734;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2283768..2283884;;5s;;95;;
comp;2283980..2286886;;23s;;233;;
comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;;
comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15
comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7
comp;2289276..2289351;;gca;;;;
;;;;;;;
comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21;
comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28;
comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4;
comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4;
comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5;
comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3;
comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6;
comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4;
comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21;
comp;2351374..2351449;;aag;;5;5;
comp;2351455..2351531;;aga;;5;5;
comp;2351537..2351610;;gga;;5;5;
comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3;
comp;2351694..2351777;;cta;;22;22;
comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4;
comp;2351880..2351954;;caa;;4;4;
comp;2351959..2352034;;cac;;5;5;
comp;2352040..2352115;;aag;;5;5;
comp;2352121..2352197;;aga;;5;5;
comp;2352203..2352276;;gga;;5;5;
comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6;
comp;2352363..2352438;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;2432784..2432859;;tgg;;;;
;;;;;;;
comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39;
comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8;
comp;2455088..2455172;;tac;;4;4;
comp;2455177..2455252;;aca;;;;
;;;;;;;
comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;;
comp;2697943..2700847;;23s;;233;;
comp;2701081..2702599;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311
comp;2704333..2704408;;ttc;;5;;
comp;2704414..2704530;;5s;;336;;
comp;2704867..2704942;;ttc;;5;;
comp;2704948..2705064;;5s;;97;;
comp;2705162..2708066;;23s;;233;;
comp;2708300..2709814;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;;
comp;2721334..2721450;;5s;;95;;
comp;2721546..2724452;;23s;;233;;
comp;2724686..2726203;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61
comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6
comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4
comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19
comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16
comp;2732393..2732467;;gaa;;4;;
comp;2732472..2732588;;5s;;97;;
comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;;
comp;2735687..2735763;;atc;;3;;
comp;2735767..2735842;;gca;;74;;
comp;2735917..2737435;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2742262..2742351;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;2743220..2743312;;tcg;;;;
;;;;;;;
comp;2743891..2743967;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144;
comp;2748755..2748845;;agc;;23;23;
comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69;
comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;;
;;;;;;;
comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4
comp;2758768..2758844;;atgi;;3;;
comp;2758848..2758964;;5s;;73;;
comp;2759038..2761942;;23s;;233;;
comp;2762176..2763694;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2150504..2150620;;5s;;31;;
comp;2150652..2153560;;23s;;233;;
comp;2153794..2155308;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2169525..2169641;;5s;;32;;
comp;2169674..2172579;;23s;;233;;
comp;2172813..2174331;;16s;;;;
;;;;;;;
sur plasmide;;;tgg;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;10;1;0;0
;16 23 5s 0;3;20;34;9
;16 gca atc;2;40;7;0
;16 23 5s a;4;60;3;0
;max a;8;80;1;1
;a doubles;1;100;0;0
;spéciaux;1;120;0;0
;total aas;22;140;0;0
sans ;opérons;18;160;1;0
;1 aa;12;180;0;0
;max a;22;200;0;0
;a doubles;6;;0;0
;total aas;64;;46;10
total aas;;86;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;17;
;;;variance;25;
sans jaune;;;moyenne;14;14
;;;variance;15;17
&lt;/pre&gt;
====cbn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]]
&lt;pre&gt;
cbn blocs;;;;;;
5s;31;31;32;;;
23s;233;233;233;;;
16s;;;;;;
;;;;;ttc;5
;;;;;5s;336
aaa;5;3;;;ttc;5
5s;95;73;5s;95;5s;97
23s;233;233;23s;233;23s;233
16s;aaa;atgi;16s;464;16s;
;;;gga;15;;
16s;233;;;;;
23s;45;;;;;
aac;14;;;;;
5s;7;;;;;
aac;;;;;;
gaa;4;;;;;
5s;97;aac;45;;;
23s;94;23s;96;;;
atc;3;atc;7;;;
gca;74;gca;121;;;
16s;;16s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;&gt;1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;
====cbn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;1;10;0;1;10;-1;;34;214;206;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;10;172;1;1;37;-2;;0;168;307;124;;gca;12;;gaa
;0;20;3;211;2;1;31;-3;;0;131;106;77;;gca;13;;gta
;0;30;19;147;3;2;13;-4;;28;158;480;tRNA 23s;;;5;;gac
;0;40;24;90;4;2;12;-5;;0;115;435;97;;atc;18;;aca
;0;50;34;60;5;0;17;-6;1;0;275;60;95;;atc;12;;gaa
1;2;60;28;67;6;0;13;-7;;5;140;348;23s tRNA;;;13;;gta
;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;2* 48;;aac;5;;gac
;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;255;5s tRNA;;;**;;aca
;1;90;13;59;9;1;10;-10;;6;261;130;7;;aac;5;;tta
;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;;13;;ttc;5;;atgf
2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;15;;ttc;46;;atgj
;3;120;16;50;12;0;32;-13;;2;379;;5;;aaa;5;;tta
1;1;130;24;50;13;0;22;-14;;7;265;;4;;gaa;30;;atgf
;2;140;4;50;14;0;22;-15;;0;117;;3;;atgi;46;;atgj
;0;150;12;49;15;0;23;-16;;3;233;;tRNA 5s;;;5;;tta
;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;199;;336;;ttc;**;;atgf
;1;170;16;48;17;1;16;-18;;0;73;;tRNA tRNA;;intra;17;;gta
;0;180;16;36;18;0;20;-19;;2;295;;7;;gca atc;14;;gac
;1;190;12;42;19;1;14;-20;;7;58;;3;;gca atc;4;;ttc
;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;324;;tRNA tRNA;;contig;8;;ggc
1;0;210;11;27;21;0;20;-22;;1;183;;311;;aaa;57;;tgc
;1;220;12;29;22;1;17;-23;;2;80;;**;;ttc;**;;tgc
;0;230;11;30;23;3;12;-24;;0;245;;61;;gag;15;;gga
;1;240;15;19;24;1;13;-25;;1;408;;6;;caa;7;;atc
;1;250;14;14;25;1;19;-26;;2;111;;4;;aga;**;;gca
1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;64;;19;;gga;21;;cga
;2;270;11;10;27;3;17;-28;;1;69;;16;;cta;28;;gga
;1;280;6;8;28;3;13;-29;;5;65;;**;;gaa;4;;aaa
;0;290;9;10;29;2;12;-30;;0;95;;4;;gca;4;;caa
;1;300;11;21;30;3;14;-31;;1;61;;**;;atgi;5;;cac
1;0;310;4;7;31;2;11;-32;;1;125;;;;;3;;aag
;0;320;5;7;32;2;5;-33;;0;CDS 16s;;;;;6;;aga
;1;330;5;11;33;4;11;-34;;0;453;111;;;;4;;gga
;0;340;11;5;34;0;8;-35;;2;423;;;;;21;;cca
1;0;350;4;9;35;1;6;-36;;0;424;;;;;5;;aag
;0;360;2;12;36;3;8;-37;;0;111;;;;;5;;aga
;0;370;6;8;37;2;11;-38;;0;423;;;;;5;;gga
;1;380;6;7;38;1;8;-39;;0;346;;;;;3;;ggc
;0;390;1;6;39;7;10;-40;;0;393;;;;;22;;cta
;0;400;5;4;40;2;12;-41;;1;402;;;;;4;;aaa
2;1;reste;54;62;reste;485;1143;-42;;0;369;;;;;4;;caa
10;32;total;544;1773;total;542;1773;-43;;0;16s 23s;;;;;5;;cac
8;31;diagr;489;1701;diagr;56;620;-44;;1;8* 237;;;;;5;;aag
0;0; t30;32;530;;;;-45;;0;23s 5s;;;;;5;;aga
;;;;;;;;-46;;1;2* 34;;;;;5;;gga
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;35;;;;;6;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;2* 98;;;;;**;;cca
;x;541;9;1;551;;;-49;;0;2* 100;;;;;39;;tac
;c;1763;167;10;1940;;;-50;;0;76;;;;;8;;gta
;;;;;2491;147;;reste;0;0;5s CDS;;;;;4;;tac
;;;;;;2638;;total;9;167;128;590;;;;**;;aca
;;;;;;;;;;;138;144;;;;144;;cgt
;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc
;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca
&lt;/pre&gt;
=====cbn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbn;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;20118;206;comp;
;tRNA;20666;214;;acg
fin;CDS;20956;;;
deb;CDS;34861;307;comp;
;tRNA;36413;12;;gaa
;tRNA;36500;13;;gta
;tRNA;36589;5;;gac
;tRNA;36671;18;;aca
;tRNA;36765;12;;gaa
;tRNA;36852;13;;gta
;tRNA;36941;5;;gac
;tRNA;37023;106;;aca
fin;CDS;37205;;comp;
deb;CDS;135851;168;comp;
;tRNA;137366;131;comp;cca
fin;CDS;137573;;comp;
deb;CDS;161395;158;;
;tRNA;161964;5;;tta
;tRNA;162058;5;;atgf
;tRNA;162139;46;;atgj
;tRNA;162262;5;;tta
;tRNA;162356;30;;atgf
;tRNA;162462;46;;atgj
;tRNA;162585;5;;tta
;tRNA;162679;480;;atgf
fin;CDS;163235;;comp;
deb;CDS;174610;115;;
;tRNA;176258;275;;aac
fin;CDS;176608;;;
deb;CDS;178351;453;;
;rRNA;180181;237;;16s
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;tRNA;184882;14;;aac
;rRNA;184971;7;;5s
;tRNA;185095;435;;aac
fin;CDS;185605;;comp;
deb;CDS;221558;140;;
;tRNA;222409;106;;aac
fin;CDS;222591;;;
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deb;CDS;954881;59;;
;tRNA;955546;82;;ctt
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;tRNA;1026946;17;;gta
;tRNA;1027039;14;;gac
;tRNA;1027130;4;;ttc
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;tRNA;1027293;57;;tgc
;tRNA;1027425;265;;tgc
fin;CDS;1027765;;;
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;gene;1680008;128;comp;
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;gene;1866395;88;;
fin;CDS;1867620;;comp;
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;tRNA;2030816;48;comp;aac
;rRNA;2030939;97;comp;23s
;tRNA;2033939;7;comp;atc
;tRNA;2034023;124;comp;gca
;rRNA;2034223;423;comp;16s
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;rRNA;2169533;35;comp;5s
;rRNA;2169677;237;comp;23s
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fin;CDS;2174439;;;
deb;CDS;2281037;144;;
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;tRNA;2289192;7;comp;atc
;tRNA;2289276;233;comp;gca
fin;CDS;2289585;;comp;
deb;CDS;2349136;199;comp;
;tRNA;2350598;21;comp;cga
;tRNA;2350696;28;comp;gga
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;tRNA;2350878;4;comp;caa
;tRNA;2350957;5;comp;cac
;tRNA;2351038;3;comp;aag
;tRNA;2351116;6;comp;aga
;tRNA;2351199;4;comp;gga
;tRNA;2351277;21;comp;cca
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;tRNA;2351800;4;comp;aaa
;tRNA;2351880;4;comp;caa
;tRNA;2351959;5;comp;cac
;tRNA;2352040;5;comp;aag
;tRNA;2352121;5;comp;aga
;tRNA;2352203;5;comp;gga
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;tRNA;2352363;73;comp;cca
fin;CDS;2352512;;comp;
deb;CDS;2430767;295;comp;
;tRNA;2432784;58;comp;tgg
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deb;CDS;2453380;324;comp;
;tRNA;2454880;39;comp;tac
;tRNA;2455004;8;comp;gta
;tRNA;2455088;4;comp;tac
;tRNA;2455177;255;comp;aca
fin;CDS;2455508;;;
deb;CDS;2696774;138;comp;
;rRNA;2697803;34;comp;5s
;rRNA;2697946;237;comp;23s
;rRNA;2701084;423;comp;16s
deb;CDS;2703019;183;comp;
;tRNA;2703946;311;comp;aaa
;tRNA;2704333;13;comp;ttc
;rRNA;2704422;336;comp;5s
;tRNA;2704867;15;comp;ttc
;rRNA;2704958;100;comp;5s
;rRNA;2705165;237;comp;23s
;rRNA;2708303;346;comp;16s
fin;CDS;2710157;;comp;
deb;CDS;2720030;80;comp;
;tRNA;2721253;5;comp;aaa
;rRNA;2721334;98;comp;5s
;rRNA;2721549;237;comp;23s
;rRNA;2724689;393;comp;16s
fin;CDS;2726593;;comp;
deb;CDS;2730964;245;comp;
;tRNA;2731902;61;comp;gag
;tRNA;2732038;6;comp;caa
;tRNA;2732119;4;comp;aga
;tRNA;2732200;19;comp;gga
;tRNA;2732293;16;comp;cta
;tRNA;2732393;4;comp;gaa
;rRNA;2732472;100;comp;5s
;rRNA;2732689;95;comp;23s
;tRNA;2735687;3;comp;atc
;tRNA;2735767;77;comp;gca
;rRNA;2735920;402;comp;16s
fin;CDS;2737834;;comp;
deb;CDS;2740228;408;comp;
;tRNA;2742262;111;comp;tcc
deb;CDS;2742463;64;comp;
;tRNA;2743220;69;comp;tcg
deb;CDS;2743382;65;comp;
;tRNA;2743891;130;comp;agg
fin;CDS;2744098;;;
deb;CDS;2746633;95;comp;
;tRNA;2748534;144;comp;cgt
;tRNA;2748755;23;comp;agc
;tRNA;2748869;69;comp;tca
;tRNA;2749029;61;comp;tca
fin;CDS;2749181;;comp;
deb;CDS;2758098;125;comp;
;tRNA;2758688;4;comp;gca
;tRNA;2758768;3;comp;atgi
;rRNA;2758848;76;comp;5s
;rRNA;2759041;237;comp;23s
;rRNA;2762179;369;comp;16s
fin;CDS;2764060;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cbn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;;
cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176
;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116
;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66
;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121
;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93
;'''total 2491;&lt;201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79
624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50
834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64
1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44
1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50
1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60
2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35
1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56
754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41
1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32
1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38
1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35
627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37
1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40
2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46
1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28
1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26
841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35
1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31
2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41
390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33
943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25
2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29
1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30
2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31
261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21
1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31
2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34
2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30
1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27
1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25
1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23
2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31
2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23
923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23
313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19
1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19
1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17
262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;24
;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25
;;38;9;320;12;;620;1;230;16
;;39;°17;330;16;;640;2;235;17
;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17
;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15
;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13
;;;;370;14;;720;2;255;15
;;;;380;13;;740;2;260;15
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10
1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11
369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9
1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5
430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9
1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10
1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15
733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17
271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6
913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5
1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9
1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3
1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13
1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3
2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5
1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11
783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4
2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9
2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10
292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4
2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8
2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6
1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143
500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&amp;-50;394;-1048;106;855;263;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&amp;184;63;-;652;poly;203;SF
31 à 400;;;-;;;;;&amp;120;45;-;891;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;;
1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc-
0;1;10;;0;2;6;0;1;10;&gt;0;543;-1;0;34
10;10;172;;10;20;101;1;1;37;&lt;0;9;-2;0;0
20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0
30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28
40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0
50;34;60;;50;70;35;5;0;17;&gt;0;1763;-6;1;0
60;28;67;;60;57;39;6;0;13;&lt;0;167;-7;0;5
70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30
80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0
90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6
100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total;2493;-11;2;13
110;12;42;;110;25;25;11;0;22;;;-12;1;0
120;16;50;;120;33;29;12;0;32;;;-13;0;2
130;24;50;;130;49;29;13;0;22;;;-14;0;7
140;4;50;;140;8;29;14;0;22;;;-15;0;0
150;12;49;;150;25;29;15;0;23;;;-16;0;3
160;7;45;;160;14;26;16;1;20;;;-17;1;10
170;16;48;;170;33;28;17;1;16;;;-18;0;0
180;16;36;;180;33;21;18;0;20;;;-19;0;2
190;12;42;;190;25;25;19;1;14;;;-20;0;7
200;15;31;;200;31;18;20;0;20;;;-21;1;0
210;11;27;;210;22;16;21;0;20;;;-22;0;1
220;12;29;;220;25;17;22;1;17;;;-23;0;2
230;11;30;;230;22;18;23;3;12;;;-24;0;0
240;15;19;;240;31;11;24;1;13;;;-25;0;1
250;14;14;;250;29;8;25;1;19;;;-26;0;2
260;14;16;;260;29;9;26;2;10;;;-27;1;0
270;11;10;;270;22;6;27;3;17;;;-28;0;1
280;6;8;;280;12;5;28;3;13;;;-29;0;5
290;9;10;;290;18;6;29;2;12;;;-30;0;0
300;11;21;;300;22;12;30;3;14;;;-31;0;1
310;4;7;;310;8;4;31;2;11;;;-32;0;1
320;5;7;;320;10;4;32;2;5;;;-33;0;0
330;5;11;;330;10;6;33;4;11;;;-34;0;0
340;11;5;;340;22;3;34;0;8;;;-35;0;2
350;4;9;;350;8;5;35;1;6;;;-36;0;0
360;2;12;;360;4;7;36;3;8;;;-37;0;0
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400;5;4;;400;10;2;40;2;12;;;-41;0;1
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 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;9;167
&lt;/pre&gt;

====cbn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9
;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167
&lt;/pre&gt;

====cbn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
====cbn intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
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comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb;
;168;;131;;65;67;&lt;201;12
;158;comp’;480;;80;69;total;18
;115;;275;;98;73;taux;67%
;;comp’;435;;115;82;;
;140;;106;;125;106;'''fin;
comp’;60;;67;;140;111;&lt;201;9
;261;comp’;348;;158;131;total;12
;59;;82;;168;214;taux;75%
;379;;265;;183;265;;
comp’;104;;;;199;275;'''total;
;199;;73;;245;;&lt;201;21
;295;;58;;261;;total;30
;324;comp’;255;;295;;taux;70%
;183;;;;324;;;
;80;;;;379;;;
;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls
;408;;111;;60;106;'''deb;2
;64;;69;;104;130;;4
;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2
;98;;61;;307;348;;6
;125;;;;'''-;435;'''total;
;;;;;'''-;480;&lt;201;4
;;;;;;;total;10
;;;;;;;taux;40%
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;14;11;25;;;;
;total;22;18;40;;;;
;taux;64%;61%;63%;;;;
&lt;/pre&gt;

===cle===
====cle opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]]
&lt;pre&gt;
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s  11;104;doubles;intercalaires;;
;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;;
;10157..10246;;agc;@1;202;;
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;12054..12171;;5s;;4;;
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;12511..15414;;23s;;55;;
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;15605..15677;;gta;;7;;7
;15685..15757;;aca;;34;;34
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;16044..16116;;aaa;;;;
;;;;;30118;;
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;;;;;;;
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;;;;;4873;;
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;;;;;904;;
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;;;;;1463;;
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;;;;;5082;;
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;;;;;;;
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;;;;;;;
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;;;;;;;
;150968..151085;;5s;@4;4;;
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;157306..157379;;aga;;;;
;;;;;4223;;
;161603..161720;;5s;;4;;
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;;;;;11104;;
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;173117..173189;;aaa;;11;11;
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;173331..173403;;gta;;7;7;
;173411..173494;;tta;;187;187;
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;;;;;248498;;
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;;;;;113898;;
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;;;;;25153;;
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;;;;;;;
;571984..573519;;16s;;72;;
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;573714..573786;;gca;;282;;
;574069..576975;;23s;;;;
;;;;;25302;;
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;;;;;11014;;
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;;;;;21159;;
;639147..639362;;16s°;@5;;;
;;;;;98139;;
;737502..737619;;5s;;4;;
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;;;;;3291;;
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;;;;;;;
;759839..759920;;cta;;;;
;;;;;;;
;911999..912083;;ctt;+;148;148;
;912232..912316;;ctt;2 ctt;;;
;;;;;;;
;1035192..1035265;;cga;;;;
;;;;;;;
;1061152..1061225;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;1136376..1136448;;ccc;;;;
;;;;;;;
;1229184..1230718;;16s;@2;72;;
;1230791..1230908;;5s;;7;;
;1230916..1230989;;atc;;53;;53
;1231043..1231115;;gca;;261;;
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;1234393..1234464;;aac;+;9;;9
;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6
;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23
;1234646..1234717;;aac;;58;;58
;1234776..1234846;;tgc;;;;
;;;;;;;
;1280211..1280283;;atgf;;;;
;;;;;;;
;1283250..1283320;;gga;+;5;5;
;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5;
;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31;
;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23;
;1283605..1283677;;aaa;;30;30;
;1283708..1283792;;cta;;23;23;
;1283816..1283886;;gga;;5;5;
;1283892..1283965;;aga;;6;6;
;1283972..1284043;;caa;;;;
;;;;;;;
;1299560..1299632;;ggc;;4;4;
;1299637..1299711;;cca;;;;
;;;;;;;
;1346208..1346290;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1363346..1363428;;ctg;;;;
;;;;;;;
;1515234..1515305;;gaa;;62;62;
;1515368..1515442;;cca;;22;22;
;1515465..1515537;;aaa;;;;
;;;;;;;
;1597292..1597364;;acg;;;;
;;;;;;;
;1611976..1612042;;acg;;;;
;;;;;;;
;2065352..2065425;;ata;;;;
;;;;;;;
comp;2090478..2090550;;acc;;;;
;;;;;;;
;2394421..2394501;;tac;;3;3;
;2394505..2394577;;ttc;;;;
;;;;;;;
;2592342..2592422;;ttg;;;;
;;;;;;;
;2606024..2606104;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;2737232..2737304;;gcc;;;;
;;;;;;;
comp;2798802..2798874;;aag;;;;
;;;;;;;
comp;2881571..2881642;;gag;;;;
;;;;;;;
comp;3215471..3215545;;cca;;;;
;;;;;;;
comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7;
comp;3252663..3252735;;gta;;4;4;
comp;3252740..3252813;;gac;;10;10;
comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20;
comp;3252917..3252988;;aac;;;;
;;;;;683;;
comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7
comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9
comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18
comp;3253929..3254000;;aac;;60;;
comp;3254061..3256967;;23s;;;;
;;;;;362637;;
comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4
comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50
comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27
comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3
comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47
comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22
comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23
comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14
comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9
comp;3620481..3620552;;aac;;110;;
comp;3620663..3623568;;23s;;261;;
comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53
comp;3623956..3624029;;atc;;7;;
comp;3624037..3624154;;5s;;72;;
comp;3624227..3625761;;16s;;149;;
comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33
comp;3626033..3626118;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;3714637..3714709;;gta;;1;1;
comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
&lt;/pre&gt;

====cle cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]]
&lt;pre&gt;
cle cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;19;1;1;0
;16 5 aa 23;5;20;14;15
;16 5 atc gca;2;40;10;6
;solo;11;60;2;5
;max a;14;80;1;1
;a doubles;2;100;0;0
;indéterminé;1;120;0;0
;total aas;46;140;0;0
sans ;opérons;29;160;1;0
;1 aa;19;180;0;0
;max a;10;200;1;0
;a doubles;2;;0;0
;total aas;59;;30;27
total aas;;105;;;
remarques;;5;;;
avec jaune;;;moyenne;29;
;;;variance;41;
sans jaune;;;moyenne;19;22
;;;variance;16;19
&lt;/pre&gt;
====cle blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]]
&lt;pre&gt;
cle blocs;;;
Solitaires;;;
16s;*2;16s°;@5
;;;
23s;*3;;
;;;
5s;3*4;89;
ggc;;;
;;;
aac;60;;
23s;;;
;;;
16s;137;;
5s;;;
;;;
16s;72;72;72
5s;5;4;4
gca;282;280;282
23s;;;
;;;
;;agc;202
16s;138;16s;72
5s;7;5s;4
atc;258;gca;262
23s;;23s;55
;;gac;61
;;;
;;;
;;aac;110
16s;72;23s;261
5s;7;gca;53
atc;53;atc;7
gca;261;5s;72
23s;110;16s;149
aac;9;tcc;33
;;;
;;;
5s;4;;@4
gaa;457;;
16s;605;;
23s;475;;
aaa;9;;
&lt;/pre&gt;
====cle distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga;
ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====cle données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;;61;;gac;13;;tta
;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;;7;;gta;**;;tca
;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;;34;;aca;23;;gaa
;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;;12;;tac;45;;cca
1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;;3;;atgj;11;;aaa
;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;;3;;ttc;56;;gac
1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;;**;;aaa;7;;gta
;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;16s CDS;;;9;;aaa;187;;tta
1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;695;228;;6;;gga;26;;aca
;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s 5s;;;**;;aga;10;;tac
;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;6* 79;;;9;;aac;31;;atgj
;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;146;;;6;;gaa;**;;ttc
1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;144;;;23;;tgc;23;;cac
1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;16s 23s;;;58;;aac;32;;caa
3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;613;;;**;;tgc;**;;tca
1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;CDS 5s;;;7;;atgj;148;;ctt
;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;335;228;;9;;gta;**;;ctt
;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;;343;;18;;tgg;5;;gga
;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;;184;;**;;aac;5;;aga
1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;;301;;4;;aca;31;;cac
1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;5s CDS;;;50;;cgt;23;;caa
2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;301;;;27;;cgt;30;;aaa
2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;tRNA 16s;;;6;;tta;26;;cta
;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;204;;agc;47;;gta;5;;gga
;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;459;;gaa;25;;gac;6;;aga
;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;151;;tcc;23;;atgi;**;;caa
1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;23s tRNA;;;14;;aca;4;;ggc
;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;56;;gac;9;;gaa;**;;cca
;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;476;;aaa;**;;aac;62;;gaa
;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;2* 111;;aac;33;;tcc;22;;cca
;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;61;;aac;**;;tca;**;;aaa
;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;tRNA 23s;;;;;;3;;tac
;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;263;;gca;;;;**;;ttc
;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;2* 283;;gca;;;;7;;atgj
;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;284;;gca;;;;4;;gta
;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;262;;atc;;;;10;;gac
;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;2* 262;;gca;;;;20;;tgg
;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;5s tRNA;;;;;;**;;aac
;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;3* 4;;gca;;;;4;;gta
;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;5;;gca;;;;**;;atgj
7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;89;;ggc;;;;;;
23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;3* 7;;atc;;;;;;
16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;4;;gaa;;;;;;
0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;3* 4;;ggc;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;310;;tRNA tRNA;;intra;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;2* 53;;atc;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;**;;gca;;;;;;
;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;
;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;
;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;
;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cle autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cle;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;8716;9735;421;*;
;;tRNA;10157;10246;204;*;agc
;;rRNA;10451;11974;79;*;1524
;;rRNA;12054;12171;4;*;118
;;tRNA;12176;12248;263;*;gca
;;rRNA;12512;15413;56;*;2902
;;tRNA;15470;15543;61;*;gac
;;tRNA;15605;15677;7;*;gta
;;tRNA;15685;15757;34;*;aca
;;tRNA;15792;15872;12;*;tac
;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj
;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc
;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa
fin;;CDS;16238;16705;;;
deb;;CDS;44432;45799;437;*;
;;rRNA;46237;47760;695;*;1524
fin;;CDS;48456;50240;;0;
deb;;CDS;66902;68521;531;*;
;;rRNA;69053;71963;313;*;2911
fin;;CDS;72277;72981;;;
deb;;CDS;72981;76196;643;*;
;;rRNA;76840;78364;79;*;1525
;;rRNA;78444;78561;5;*;118
;;tRNA;78567;78639;283;*;gca
;;rRNA;78923;81828;188;*;2906
deb;comp;CDS;82017;82505;228;*;
;;rRNA;82734;82851;4;*;118
;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc
deb;;CDS;83204;84091;302;*;
;;rRNA;84394;85922;79;*;1529
;;rRNA;86002;86119;4;*;118
;;tRNA;86124;86196;284;*;gca
;;rRNA;86481;89385;237;*;2905
fin;;CDS;89623;90231;;;
deb;comp;CDS;94411;96423;343;*;
;;rRNA;96767;96884;89;*;118
;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc
fin;;CDS;97802;98497;;;
deb;comp;CDS;101240;101917;212;*;
;;tRNA;102130;102201;409;*;cag
fin;comp;CDS;102611;103510;;;
deb;comp;CDS;103635;104501;214;*;
;;tRNA;104716;104799;13;*;tta
;;tRNA;104813;104898;262;*;tca
fin;;CDS;105161;106408;;;
deb;comp;CDS;135278;135838;80;*;
;comp;regulatory;135919;136018;495;*;
fin;;CDS;136514;138715;;;
deb;;CDS;140906;141175;325;*;
;;rRNA;141501;143026;146;*;1526
;;rRNA;143173;143290;7;*;118
;;tRNA;143298;143371;262;*;atc
;;rRNA;143634;146537;299;*;2904
fin;;CDS;146837;147139;;0;
deb;;CDS;149226;150632;335;*;
;;rRNA;150968;151085;4;*;118
;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa
;;rRNA;151621;153153;613;*;1533
;;rRNA;153767;156670;476;*;2904
;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa
;;tRNA;157229;157299;6;*;gga
;;tRNA;157306;157379;487;*;aga
fin;;CDS;157867;158490;;;
deb;comp;CDS;160912;161418;184;*;
;;rRNA;161603;161720;4;*;118
;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc
fin;comp;CDS;161848;162624;;;
deb;comp;CDS;162740;165070;522;*;
;;misc_b;165593;165910;56;*;
fin;;CDS;165967;167493;;;
deb;comp;CDS;171336;172279;622;*;
;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa
;;tRNA;172997;173071;45;*;cca
;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa
;;tRNA;173201;173274;56;*;gac
;;tRNA;173331;173403;7;*;gta
;;tRNA;173411;173494;187;*;tta
;;tRNA;173682;173754;26;*;aca
;;tRNA;173781;173861;10;*;tac
;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj
;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc
fin;;CDS;174260;174673;;;
deb;comp;CDS;190039;190368;288;*;
;;misc_b;190657;190881;79;*;
fin;;CDS;190961;192721;;;
deb;comp;CDS;421861;422205;347;*;
;;rRNA;422553;424078;228;*;1526
fin;comp;CDS;424307;425017;;0;
deb;;CDS;459976;460971;367;*;
;;regulatory;461339;461464;137;*;
fin;;CDS;461602;462906;;0;
deb;comp;CDS;473892;474338;416;*;
;;regulatory;474755;474880;137;*;
fin;;CDS;475018;476358;;;
deb;;CDS;536211;537422;563;*;
;;rRNA;537986;540889;357;*;2904
fin;;CDS;541247;541735;;0;
deb;;CDS;564995;565951;92;*;
;;tRNA;566044;566117;23;*;cac
;;tRNA;566141;566212;32;*;caa
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fin;;CDS;566620;567750;;;
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;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg
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;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta
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;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca
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;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac
;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904
;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca
;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc
;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118
;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526
;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc
;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca
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;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta
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;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*;
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;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*;
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;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*;
fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;
&lt;/pre&gt;

===hmo===
====hmo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]]
&lt;pre&gt;
57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;;
;103699..104088;;CDS;;380;;;;130;
;;;;;;;;;;
;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186
comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;;
comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;;
comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241
comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202
comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245;
;;;;;;;;;;
comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260
comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;;
comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;;
comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;;
comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;;
comp;221086..221160;;caa;;103;;;;;
comp;221264..224182;;23s;;237;;;;;
comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;;
comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;;
comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;;
comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325;
;;;;;;;;;;
comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178
comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;;
comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;;
comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;;
comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214;
;;;;;;;;;;
comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95;
;388241..388317;;ccc;;7;;7;;;
;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47
comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95;
;;;;;;;;;;
comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423;
comp;978944..981860;;23s;;237;;;;;
comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;;
comp;982238..982354;;5s;;328;;;;;
comp;982683..984208;;16s;;460;;;;;
comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;;
comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207
comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875;
;;;;;;;;;;
comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105
comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;;
comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;;
comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428;
;;;;;;;;;;
;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121
comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;;
;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109;
;;;;;;;;;;
;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398;
;1123467..1124998;;16s;;328;;;;;
;1125327..1125443;;5s;;64;;;;;
;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;;
;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337
&gt;;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238;
;;;;;;;;;;
;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167;
;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56
comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386;
;;;;;;;;;;
;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129
;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;;
;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;;
;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62
;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;;
;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663;
;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39
;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89;
;;;;;;;;;;
;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91;
;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151
;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177
;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;;
;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;;
;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;;
;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446;
;;;;;;;;;;
;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491;
;1353254..1354786;;16s;;252;;;;;
;1355039..1355155;;5s;;64;;;;;
;1355220..1355296;;atc;;194;;;;;
;1355491..1358408;;23s;;112;;;;;
;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109
comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74;
;;;;;;;;;;
;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139;
comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238
;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363;
;;;;;;;;;;
;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68
;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;;
;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;;
;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;;
comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72
;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;;
;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;;
comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156;
;;;;;;;;;;
;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240;
;1818806..1820337;;16s;;252;;;;;
;1820590..1820706;;5s;;64;;;;;
;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;;
;1820854..1820929;;gca;;229;;;;;
;1821159..1824076;;23s;;112;;;;;
;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;;
;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243
;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142;
;;;;;;;;;;
;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372;
;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41
;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275;
;;;;;;;;;;
;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116;
;2280539..2282070;;16s;;253;;;;;
;2282324..2282440;;5s;;64;;;;;
;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;;
;2282815..2285735;;23s;;119;;;;;
;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;;
;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;;
;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;;
;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;;
;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;;
;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;;
;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;;
;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;;
;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;;
;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;;
;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;;
;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;;
;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;;
;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;;
;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;;
;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;;
;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;;
;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;;
;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352
;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155;
;;;;;;;;;;
comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339;
comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;;
comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81
comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63;
;;;;;;;;;;
;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464
;2328412..2329943;;16s;;327;;;;;
;2330271..2330387;;5s;;226;;;;;
;2330614..2333532;;23s;;98;;;;;
;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;;
;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;;
;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89
comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246;
;;;;;;;;;;
;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155
comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;;
;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231;
;2344500..2346025;;16s;;252;;;;;
;2346278..2346394;;5s;;64;;;;;
;2346459..2346535;;atc;;141;;;;;
;2346677..2349594;;23s;;100;;;;;
;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;;
;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102
;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341;
;;;;;;;;;;
;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271
comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;;
;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111;
;;;;;;;;;;
;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69
;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;;
;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127;
;;;;;;;;;;
;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208;
comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;;
comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175
;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112;
comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;;
comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;;
comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;;
comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;;
comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;;
comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;;
comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10
comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66
;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;;
comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288;
;;;;;;;;;;
;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109
;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;;
;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;;
;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;;
;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;;
;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;;
;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;;
;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;;
comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419;
;;;;;;;;;;
comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219
comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;;
comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;;
comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;;
comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;;
comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;;
comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;;
comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;;
comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;;
comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;;
comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;;
comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;;
comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;;
comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;;
comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;;
comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;;
comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;;
comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;;
comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;;
comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;;
comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;;
;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102;
;;;;;;;;;;
;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109
comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;;
comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;;
comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;;
comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;;
comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404;
;;;;;;;;;;
comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
&lt;/pre&gt;

====hmo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]]
&lt;pre&gt;
hmo cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10
;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16
;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14
;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8
;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11
;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0
;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2
;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0
sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1
;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0
;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0
;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0
;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62
total aas;;109;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230
;;;variance;6;7;;120;;71;;128
&lt;/pre&gt;

====hmo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]]
&lt;pre&gt;
hmo blocs;;;;;tgg
CDS ;541;651;588;779;460
16s;253;328;328;253;328
5s;64;64;64;64;64
gcc;234;237;233;233;237
23s;119;103;337;109;439
tcc;tcc;caa;cds;cds;cds
;;;;;
CDS;704;563;;CDS ;464
16s;252;252;;16s;327
5s;64;64;;5s;226
atc;194;141;;23s;98
23s;112;100;;aaa;
aac;aac;aac;;;
;;;;;
;;ggc;;;
CDS;487;505;;;
16s;252;328;;;
5s;64;64;;;
atc;6;6;;;
gca;229;236;;;
23s;112;219;;;
aac;aac;cds;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3
tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
&lt;/pre&gt;
====hmo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;23s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;;
;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;103;;caa;5;;gac;1;;ggc
;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;2* 112;;aac;10;;gta;**;;ctg
;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;119;;tcc;4;;gaa;65;;cta
;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;98;;aaa;18;;aaa;60;;aga
;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;100;;aac;**;;caa;**;;cca
1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;tRNA 23s;;;6;;aac;7;;ccc
;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;2* 241;;gcc;**;;atgf;**;;tac
1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;2* 237;;gcc;6;;tcc;5;;tgg
1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;198;;atc;10;;ccg;**;;cgg
1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;233;;gca;14;;gga;75;;gac
;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;238;;gcc;1;;cac;**;;gaa
1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;145;;atc;9;;tgc;85;;cgt
1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;240;;gca;3;;gtc;**;;agg
1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;5s tRNA;;;6;;ttc;5;;atgf
;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;5* 64;;gcc;4;;tac;7;;atgj
2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;4* 64;;atc;17;;caa;**;;gaa
;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;tRNA tRNA;;intra;4;;aaa;4;;gac
2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;2* 6;;atc;5;;gaa;3;;ttc
1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;**;;gca;5;;gta;**;;ggc
;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;;7;;gac;18;;tgc
;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;;43;;agc;**;;tta
1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;;30;;ccc;9;;gtc
1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;;3;;ctg;**;;cgg
1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;;4;;ggc;4;;gtc
;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;;4;;cgt;**;;atgj
1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;;**;;acc;7;;ctc
;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;4;;aaa;18;;acc
1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;8;;acc;14;;tgg
;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;**;;ctc;19;;ggg
;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;6;;aac;7;;ggc
;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;CDS 16s;;;;;**;;atgf;8;;ttg
1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;652;;;;;1;;ggc;-;293;gtg
1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;20;;;;;32;;ctg;**;;ccg
;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;559;;;;;42;;ccc;2;;gaa
;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;705;;;;;4;;cgt;6;;ttc
;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;488;;;;;120;;ggc;4;;tac
;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;542;;;;;42;;atgj;18;;caa
;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;459;;;;;16;;agc;4;;aaa
;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;558;;;;;6;;atgf;9;;ggc
;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;506;;;;;7;;aac;**;;cac
4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;774;;;;;4;;gaa;;;
23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;5s 23s;;;;;18;;aaa;;;
19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;230;;;;;4;;caa;;;
0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;16s 5s;;;;;91;;tac;;;
;;;;;;;;-46;0;0;4* 337;;;;;7;;gtc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;3* 261;;;;;**;;tgc;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;2* 262;;;;;;;;;;
;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;336;;;;;;;;;;
;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;23s CDS;;;;;;;;;;
;;;;;2670;223;;reste;2;0;463;109;;;;;;;;;
;;;;;;2893;;total;11;332;322;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;223;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====hmo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;hmo;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;83932;85227;106;*;
;comp;regulatory;85334;85456;283;*;
fin;;CDS;85740;86651;;;
deb;;CDS;104469;105695;186;*;
;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc
;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg
deb;comp;CDS;106366;106902;268;*;
;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca
fin;comp;CDS;107449;108138;;;
deb;comp;CDS;119439;119855;458;*;
;comp;regulatory;120314;120402;165;*;
fin;comp;CDS;120568;129390;;;
deb;comp;CDS;219956;220483;260;*;
;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac
;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta
;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa
;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa
;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa
;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915
;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc
;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117
;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522
fin;comp;CDS;227188;228162;;;
deb;;CDS;268169;269791;139;*;
;;repeat_region;269931;271232;197;*;
fin;comp;CDS;271430;272362;;;
deb;comp;CDS;326955;328250;268;*;
;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta
;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga
;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca
fin;comp;CDS;329057;329254;;;
deb;;CDS;377234;378433;102;*;
;;ncRNA;378536;378894;134;*;
fin;;CDS;379029;380159;;;
deb;;CDS;384528;384812;140;*;
;;misc_b;384953;385256;391;*;
fin;;CDS;385648;387258;;0;
deb;comp;CDS;387821;388105;135;*;
;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc
;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac
fin;;CDS;389423;390235;;0;
deb;comp;CDS;562422;562793;296;*;
;;regulatory;563090;563272;296;*;
fin;;CDS;563569;564243;;;
deb;comp;CDS;574512;575822;83;*;
;comp;regulatory;575906;576021;352;*;
fin;;CDS;576374;577480;;0;
deb;comp;CDS;600853;602214;294;*;
;;repeat_region;602509;603596;212;*;
fin;comp;CDS;603809;605377;;;
deb;;CDS;644127;645932;398;*;
;comp;tmRNA;646331;646683;325;*;
fin;;CDS;647009;648202;;0;
deb;comp;CDS;977236;978480;463;*;
;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913
;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc
;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117
;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522
deb;comp;CDS;984234;984509;159;*;
;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg
;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg
fin;comp;CDS;985032;987656;;;
deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*;
;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac
;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa
fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0;
deb;;CDS;1056587;1058014;121;*;
;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga
fin;;CDS;1058407;1058733;;;
deb;;CDS;1121685;1122878;589;*;
;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522
;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117
;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc
;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914
fin;;CDS;1129057;1129959;;;
deb;;CDS;1145930;1146832;103;*;
;;misc_b;1146936;1147145;99;*;
fin;;CDS;1147245;1148408;;;
deb;;CDS;1154724;1155224;99;*;
;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca
fin;comp;CDS;1155470;1156627;;;
deb;;CDS;1169978;1171828;129;*;
;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt
;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg
deb;;CDS;1172354;1172812;62;*;
;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg
fin;;CDS;1173518;1174330;;;
deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*;
;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc
;;ncRNA;1183552;1183817;122;*;
fin;;CDS;1183940;1185760;;0;
deb;;CDS;1195726;1195998;181;*;
;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg
fin;;CDS;1196461;1197051;;;
deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*;
;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*;
fin;;CDS;1203521;1205617;;;
deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*;
;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf
;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj
;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa
fin;;CDS;1286293;1287630;;0;
deb;;CDS;1351078;1352549;705;*;
;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523
;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117
;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc
;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914
;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac
fin;;CDS;1359027;1360454;;0;
deb;;CDS;1387701;1388411;58;*;
;;misc_f;1388470;1388647;25;*;
fin;;CDS;1388673;1389203;;;
deb;;CDS;1498482;1498898;535;*;
;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg
fin;;CDS;1499748;1500836;;0;
deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*;
;;regulatory;1555254;1555354;211;*;
fin;;CDS;1555566;1556966;;0;
deb;;CDS;1733682;1734398;211;*;
;;regulatory;1734610;1734715;150;*;
fin;;CDS;1734866;1736005;;;
deb;;CDS;1763019;1763858;68;*;
;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac
;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc
;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc
deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*;
;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc
;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta
fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0;
deb;;CDS;1817623;1818318;488;*;
;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522
;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117
;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc
;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca
;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914
;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac
;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf
fin;;CDS;1824589;1825014;;;
deb;;CDS;1854540;1855880;78;*;
;;regulatory;1855959;1856148;170;*;
;;regulatory;1856319;1856511;32;*;
fin;;CDS;1856544;1857368;;;
deb;;CDS;1882378;1883172;126;*;
;;regulatory;1883299;1883521;158;*;
fin;;CDS;1883680;1884993;;;
deb;;CDS;1993213;1994328;99;*;
;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi
fin;;CDS;1994619;1995368;;;
deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*;
;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*;
fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0;
deb;;CDS;2073488;2074249;237;*;
;;regulatory;2074487;2074659;123;*;
fin;;CDS;2074783;2076180;;;
deb;;CDS;2145684;2146346;57;*;
;;regulatory;2146404;2146520;136;*;
fin;;CDS;2146657;2147781;;;
deb;;CDS;2279650;2279997;542;*;
;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522
;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117
;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc
;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917
;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc
;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg
;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga
;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac
;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc
;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc
;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc
;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac
;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa
;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa
;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa
;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta
;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac
;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc
;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc
;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg
;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc
;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt
;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc
fin;;CDS;2287879;2288343;;;
deb;;CDS;2303367;2303639;73;*;
;;regulatory;2303713;2303896;104;*;
fin;;CDS;2304001;2304804;;;
deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*;
;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc
;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg
fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0;
deb;;CDS;2326619;2327947;459;*;
;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528
;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117
;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915
;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa
;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc
;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc
fin;comp;CDS;2333967;2334704;;;
deb;;CDS;2342094;2342804;158;*;
;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc
deb;;CDS;2343253;2343936;558;*;
;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522
;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117
;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc
;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914
;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac
;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf
fin;;CDS;2349978;2350976;;;
deb;;CDS;2375597;2375872;14;*;
;;regulatory;2375887;2376057;106;*;
fin;;CDS;2376164;2377375;;;
deb;;CDS;2464578;2465114;271;*;
;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca
fin;;CDS;2465894;2466226;;0;
deb;;CDS;2471030;2471977;69;*;
;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg
fin;;CDS;2472282;2472431;;;
deb;;CDS;2478637;2479455;61;*;
;;misc_b;2479517;2479758;48;*;
fin;;CDS;2479807;2480301;;;
deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*;
;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*;
fin;;CDS;2489334;2491055;;;
deb;;CDS;2495461;2496048;402;*;
;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc
;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj
deb;;CDS;2496785;2497120;217;*;
;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc
;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc
;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg
;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg
;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc
;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg
;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg
;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg
fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0;
deb;;CDS;2525576;2528362;87;*;
;;ncRNA;2528450;2528627;152;*;
fin;;CDS;2528780;2529436;;;
deb;;CDS;2554799;2554984;109;*;
;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa
;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc
;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac
;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa
;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa
;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc
;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac
fin;comp;CDS;2555793;2557220;;;
deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*;
;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914
;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca
;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc
;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117
;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522
;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc
;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg
;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc
;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt
;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc
;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj
;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc
;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf
;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac
;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa
;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa
;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa
;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac
;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc
;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc
fin;;CDS;2801419;2801724;;;
deb;;CDS;3032538;3032729;109;*;
;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915
;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc
;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117
;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522
fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
&lt;/pre&gt;

===cbei===
====cbei opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]]
&lt;pre&gt;
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;;
Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé
;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827;
;6480528..6482044;;16s;;213;;;;;
;6482258..6485171;;23s;;108;;;;;
;6485280..6485394;;5s;;14;;;;;
;15..91;;atgi;;1;;;1;;
;93..168;;gca;;85;85;;;;85
;254..769;;CDS;;1940;;;;172;
;;;;;;;;;;
;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119
;3057..3147;;tca;+;30;;30;;;
;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;;
;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;;
;3619..3709;;agc;;125;125;;;;
;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172;
;;;;;;;;;;
;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302;
;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34
comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297;
;;;;;;;;;;
;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275
;125614..125702;;tta;+;20;;20;;;
;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;;
;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;;
;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;;
;126000..126075;;atgf;;7;;7;;;
;126083..126159;;atgj;;6;;6;;;
;126166..126254;;tta;;21;;21;;;
;126276..126351;;atgf;;70;;70;;;
;126422..126510;;tta;;21;;21;;;
;126532..126607;;atgf;;664;664;;;;
;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804;
;;;;;;;;;;
;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502;
;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;;
;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;;
;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299
;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464;
;;;;;;;;;;
comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341;
;146193..147709;;16s;;140;;;;;
;147850..147925;;gca;;3;;;3;;
;147929..148005;;atc;;111;;;;;
;148117..151030;;23s;;70;;;;;
;151101..151217;;5s;;5;;;5;;
;151223..151298;;ttc;;4;;;;;
;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167
;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99;
;;;;;;;;;;
;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216;
;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65
;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398;
;;;;;;;;;;
;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90
;316298..316382;;cta;;4;;4;;;
;316387..316461;;ggg;;120;120;;;;
comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135;
;;;;;;;;;;
;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125
;403079..403154;;cca;+;17;;17;;;
;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;;
;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;;
;403478..403553;;cca;;16;;16;;;
;403570..403643;;gga;;35;;35;;;
;403679..403755;;aga;;5;;5;;;
;403761..403836;;cac;;3;;3;;;
;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;;
;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;;
;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;;
;404106..404180;;ggc;;25;;25;;;
;404206..404279;;gga;;5;;5;;;
;404285..404360;;aag;;57;;57;;;
;404418..404492;;caa;;7;;7;;;
;404500..404575;;aaa;;18;;18;;;
;404594..404678;;cta;;5;;5;;;
;404684..404758;;ggc;;25;;25;;;
;404784..404857;;gga;;46;;46;;;
;404904..404980;;cga;;325;325;;;;
&lt;;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54;
;;;;;;;;;;
;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687;
;416307..417823;;16s;@5;132;;;;;
;417956..418032;;atc;;84;;;;;
;418117..421031;;23s;;71;;;;;
;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345
;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309;
;;;;;;;;;;
;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159
;486828..486912;;tac;+;9;;9;;;
;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;;
;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;;
;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;;
;487206..487281;;gta;;30;;30;;;
;487312..487386;;aca;;12;;12;;;
;487399..487483;;tac;;451;451;;;;
;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392;
;;;;;;;;;;
;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187
;541157..541231;;tgg;;208;208;;;;
;541440..541820;;CDS;;97;;;;127;
;;;;;;;;;;
comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252
;543238..543312;;tgg;;354;354;;;;
;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339;
;;;;;;;;;;
;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307;
;893900..895416;;16s;;137;;;;;
;895554..895629;;gca;;118;;;;;
;895748..898661;;23s;;204;;;;;
;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552
;899535..900446;;CDS;;351;;;;304;
;;;;;;;;;;
;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417;
;902753..904269;;16s;;339;;;;;
;904609..907522;;23s;;273;;;;;
;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69
comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156;
;;;;;;;;;;
;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97
;952728..952813;;ctc;;396;396;;;;
;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570;
;;;;;;;;;;
;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380
;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;;
;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;;
;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;;
comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453;
;;;;;;;;;;
;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34
comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;;
;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231;
;;;;;;;;;;
;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140;
;2098638..2100154;;16s;;502;;;;;
;2100657..2103569;;23s;;205;;;;;
;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315
;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233;
;;;;;;;;;;
;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368;
;2340985..2342501;;16s;;338;;;;;
;2342840..2345755;;23s;;140;;;;;
;2345896..2345970;;aac;;3;;;;;
;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429
;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523;
;;;;;;;;;;
;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159;
;2352708..2354224;;16s;;338;;;;;
;2354563..2357477;;23s;;140;;;;;
;2357618..2357692;;aac;;3;;;;;
;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90
;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138;
;;;;;;;;;;
;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142;
;2766151..2767667;;16s;;503;;;;;
;2768171..2771082;;23s;;202;;;;;
;2771285..2771401;;5s;;5;;;;;
;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;;
;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;;
;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448
;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917;
;;;;;;;;;;
;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565
;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;;
comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381;
;;;;;;;;;;
comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245
comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;;
comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472;
;;;;;;;;;;
comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267
comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;;
comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;;
comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;;
comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;;
;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508
comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;;
comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;;
comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;;
comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312;
;;;;;;;;;;
comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413;
;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242
;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215;
;;;;;;;;;;
;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137;
comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;;
comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188
;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244;
;;;;;;;;;;
comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249
comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;;
comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;;
comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;;
comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;;
comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;;
comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269;
;;;;;;;;;;
;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190
comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;;
comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159
comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294
comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;;
comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;;
comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;;
comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;;
comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371;
;;;;;;;;;;
comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850;
comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;;
comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;;
comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;;
comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;;
comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;;
comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502
comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316;
;;;;;;;;;;
comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123
comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;;
comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392;
;;;;;;;;;;
;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125
comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;;
comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797;
;;;;;;;;;;
comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114
comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;;
comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;;
comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;;
comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;;
comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;;
comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;;
comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191;
;;;;;;;;;;
;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327;
comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;;
comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;;
comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;;
comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;;
comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;;
comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;;
comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;;
comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;;
comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;;
comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;;
comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162
comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
&lt;/pre&gt;

====cbei cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]]
&lt;pre&gt;
cbei cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4
;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19
;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11
;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20
;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6
;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3
;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2
;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1
sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4
;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1
;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0
;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0
;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71
total aas;;93;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328
;;;variance;17;9;;225;;111;;206
&lt;/pre&gt;

====cbei blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]]
&lt;pre&gt;
cbei blocs;;;;
16s;213;503;339;
23s;108;202;138;
5s;14;5;44;
atgi;atgi;ttc;atgi;
;;;;
16s;339;502;578;
23s;273;205;274;
5s;;;;
;;;;
aaa;5;;;
5s;159;5s;139;134
cds;294;23s;339;214
aaa;7;16s;1102;1120
5s;138;5s;138;139
23s;339;23s;339;214
16s;;16s;;
;;;;
16s;338;338;16s;140
23s;140;140;gca;3
aac;3;3;atc;111
5s;aac;aac;23s;70
;;;5s;5
;;;ttc;
;;;;
16s;137;;16s;132
gca;118;;atc;84
23s;204;;23s;71
5s;;;aac;
;;;;
ttc;5;;;
5s;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]]
&lt;pre&gt;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
aac 3 -5 et 3 &gt;1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;
aaa 2 +5 et 4 &gt;1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2
des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
&lt;/pre&gt;
====cbei données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;0;19;0;0;19;-1;;71;85;34;5s 16s;;;tRNA tRNA;;intra;tRNA tRNA;suite;
;0;10;6;249;1;3;55;-2;;0;119;120;1107;;;3;;gca atc;17;;cca
;1;20;12;375;2;1;39;-3;;0;125;252;1125;;;tRNA tRNA;;contig;149;;gga
;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;5s CDS;;;1;;atgi;6;;aga
2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;552;69;;**;;gca;16;;cca
;0;50;10;119;5;0;17;-6;;0;664;574;315;188;;4;;ttc;35;;gga
;0;60;24;126;6;1;16;-7;;8;307;505;429;114;;**;;tgc;5;;aga
;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;90;;;6;;ttc;3;;cac
;1;80;25;95;8;0;15;-9;;0;681;343;508;;;25;;gac;7;;caa
;2;90;19;100;9;0;23;-10;;5;76;222;159;;;**;;gaa;18;;aaa
;1;100;33;101;10;1;17;-11;;38;65;190;661;;;1;;gca;5;;cta
;0;110;34;103;11;3;48;-12;;0;90;125;23s 5s;;;**;;atgi;25;;ggc
1;1;120;29;89;12;2;51;-13;;4;125;192;70;;;tRNA tRNA;;;5;;gga
1;2;130;34;79;13;0;41;-14;;21;325;;204;;;30;;tca;57;;aag
;1;140;38;85;14;0;47;-15;;0;345;;273;;;241;;agc;7;;caa
;0;150;31;103;15;1;43;-16;;3;159;;205;;;18;;tca;18;;aaa
;1;160;47;86;16;2;29;-17;;21;451;;202;;;**;;agc;5;;cta
;1;170;32;86;17;0;25;-18;;0;187;;274;;;20;;tta;25;;ggc
;0;180;30;78;18;0;38;-19;;2;208;;138;;;7;;atgf;46;;gga
1;2;190;33;68;19;2;23;-20;;11;354;;138;;;6;;atgj;**;;cga
1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;139;;;22;;tta;9;;tac
;1;210;38;63;21;2;32;-22;;1;396;;138;;;7;;atgf;27;;gta
;0;220;23;76;22;0;25;-23;;9;380;;134;;;6;;atgj;12;;aca
1;0;230;28;60;23;0;18;-24;;0;448;;139;;;21;;tta;9;;tac
;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;108;;;70;;atgf;30;;gta
;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;16s tRNA;;;21;;tta;12;;aca
1;0;260;23;60;26;1;22;-27;;0;13;;140;;gca;**;;atgf;**;;tac
;1;270;17;62;27;0;18;-28;;4;267;;132;;atc;234;;aac;3;;cac
;1;280;21;62;28;1;11;-29;;5;242;;137;;gca;439;;aac;5;;cag
;1;290;18;48;29;2;16;-30;;0;249;;tRNA 23s;;;**;;aac;**;;aaa
;2;300;26;53;30;1;18;-31;;0;294;;111;;atc;3;;gca;79;;aaa
;2;310;21;38;31;0;18;-32;;0;135;;84;;atc;**;;atc;7;;cac
;0;320;24;38;32;1;13;-33;;0;281;;71;;aac;4;;cta;35;;aga
;1;330;23;46;33;1;11;-34;;0;303;;118;;gca;**;;ggg;**;;gga
;0;340;17;36;34;2;12;-35;;4;162;;140;;aac;;;;6;;gac
1;1;350;18;40;35;0;13;-36;;0;CDS 16s;;140;;aac;;;;14;;gta
;1;360;15;28;36;1;9;-37;;1;548;;5s tRNA;;;;;;29;;gaa
;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;390;;5;;ttc;;;;10;;aca
;1;380;18;35;38;2;11;-39;;0;565;;3;;aac;;;;6;;gac
;0;390;20;37;39;2;15;-40;;1;709;;3;;aac;;;;16;;gta
;1;400;13;25;40;1;16;-41;;1;727;;5;;ttc;;;;29;;gaa
4;5;reste;262;597;reste;1177;3037;-42;;0;667;;5;;ttc;;;;10;;aca
13;35;total;1208;4015;total;1212;4010;-43;;1;573;;44;;atgi;;;;6;;gac
9;30;diagr;946;3399;diagr;35;954;-44;;2;282;;5;;aaa;;;;14;;gta
0;1; t30;25;828;;;;-45;;0;703;;7;;aaa;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;1;0;572;;14;;atgi;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;776;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;507;;;;;;;;;;
;x;1212;10;0;1222;;;-49;;1;753;;;;;;;;;;
;c;3991;390;19;4400;;;-50;;1;501;;;;;;;;;;
;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;
;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cbei autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cbei;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
;tRNA;15;1;;atgi
;tRNA;93;85;;gca
fin;CDS;254;;;
deb;CDS;2710;119;;
;tRNA;3057;30;;tca
;tRNA;3178;241;;agc
;tRNA;3510;18;;tca
;tRNA;3619;125;;agc
fin;CDS;3835;;;
deb;CDS;13821;187;;
;tRNA;14914;34;;cgt
fin;CDS;15023;;comp;
deb;CDS;124928;275;;
;tRNA;125614;20;;tta
;tRNA;125723;7;;atgf
;tRNA;125806;6;;atgj
;tRNA;125889;22;;tta
;tRNA;126000;7;;atgf
;tRNA;126083;6;;atgj
;tRNA;126166;21;;tta
;tRNA;126276;70;;atgf
;tRNA;126422;21;;tta
;tRNA;126532;664;;atgf
fin;CDS;127272;;;
deb;CDS;138638;307;;
;tRNA;140451;234;;aac
;tRNA;140760;439;;aac
;tRNA;141274;299;;aac
fin;CDS;141648;;;
deb;CDS;144627;548;;
16s;rRNA;146198;140;;
;tRNA;147850;3;;gca
;tRNA;147929;111;;atc
23s;rRNA;148117;70;;
5s;rRNA;151101;5;;
;tRNA;151223;4;;ttc
;tRNA;151303;681;;tgc
fin;CDS;152059;;;
deb;CDS;177450;76;;
;tRNA;178174;65;;acc
fin;CDS;178315;;;
deb;CDS;313730;90;;
;tRNA;316298;4;;cta
;tRNA;316387;120;;ggg
fin;CDS;316582;;comp;
deb;CDS;402474;125;;
;tRNA;403079;17;;cca
;tRNA;403172;149;;gga
;tRNA;403395;6;;aga
;tRNA;403478;16;;cca
;tRNA;403570;35;;gga
;tRNA;403679;5;;aga
;tRNA;403761;3;;cac
;tRNA;403840;7;;caa
;tRNA;403922;18;;aaa
;tRNA;404016;5;;cta
;tRNA;404106;25;;ggc
;tRNA;404206;5;;gga
;tRNA;404285;57;;aag
;tRNA;404418;7;;caa
;tRNA;404500;18;;aaa
;tRNA;404594;5;;cta
;tRNA;404684;25;;ggc
;tRNA;404784;46;;gga
;tRNA;404904;325;;cga
fin;CDS;405306;;;
deb;CDS;413861;390;;
16s;rRNA;416312;132;;
;tRNA;417956;84;;atc
23s;rRNA;418117;71;;
;tRNA;421103;345;;aac
fin;CDS;421523;;;
deb;CDS;486264;159;;
;tRNA;486828;9;;tac
;tRNA;486922;27;;gta
;tRNA;487025;12;;aca
;tRNA;487112;9;;tac
;tRNA;487206;30;;gta
;tRNA;487312;12;;aca
;tRNA;487399;451;;tac
fin;CDS;487935;;;
deb;CDS;540067;187;;
;tRNA;541157;208;;tgg
fin;CDS;541440;;;
deb;CDS;541918;252;comp;
;tRNA;543238;354;;
fin;CDS;543667;;;
deb;CDS;772270;262;;
;tmRNA;774356;871;;
fin;CDS;775585;;;
deb;CDS;892419;565;;
16s;rRNA;893905;137;;
;tRNA;895554;118;;gca
23s;rRNA;895748;204;;
5s;rRNA;898866;552;;
fin;CDS;899535;;;
deb;CDS;900798;709;;
16s;rRNA;902758;339;;
23s;rRNA;904609;273;;
5s;rRNA;907796;69;;
fin;CDS;907982;;comp;
deb;CDS;951995;97;;
;tRNA;952728;396;;ctc
fin;CDS;953210;;;
deb;CDS;1017389;70;;
;ncRNA;1017765;758;;
fin;CDS;1018872;;;
deb;CDS;1646835;56;;
;ncRNA;1647290;182;;
fin;CDS;1647666;;comp;
deb;CDS;1739334;380;;
;tRNA;1740314;3;;cac
;tRNA;1740393;5;;cag
;tRNA;1740473;443;;aaa
fin;CDS;1740992;;comp;
deb;CDS;1846157;-183;;
;gene;1847876;588;;
fin;CDS;1848647;;;
deb;CDS;1894180;34;;
;tRNA;1895441;574;comp;ttg
fin;CDS;1896102;;;
deb;CDS;2097496;727;;
16s;rRNA;2098643;502;;
23s;rRNA;2100657;205;;
5s;rRNA;2103775;315;;
fin;CDS;2104207;;;
deb;CDS;2296804;104;;
;ncRNA;2297577;380;comp;
fin;CDS;2298150;;;
deb;CDS;2305297;275;;
;ncRNA;2306778;230;comp;
fin;CDS;2307274;;;
deb;CDS;2339219;667;;
16s;rRNA;2340990;338;;
23s;rRNA;2342840;140;;
;tRNA;2345896;3;;aac
5s;rRNA;2345974;429;;
fin;CDS;2346520;;;
deb;CDS;2351663;573;;
16s;rRNA;2352713;338;;
23s;rRNA;2354563;140;;
;tRNA;2357618;3;;aac
5s;rRNA;2357696;90;;
fin;CDS;2357903;;;
deb;CDS;2765706;282;;
16s;rRNA;2766156;503;;
23s;rRNA;2768171;202;;
5s;rRNA;2771285;5;;
;tRNA;2771407;6;;ttc
;tRNA;2771489;25;;gac
;tRNA;2771591;448;;gaa
fin;CDS;2772114;;;
deb;CDS;3556683;565;;
;tRNA;3557617;505;;gag
fin;CDS;3558197;;comp;
deb;CDS;3752035;248;comp;
;tRNA;3752901;13;comp;agt
fin;CDS;3752999;;comp;
deb;CDS;4256439;267;comp;
;tRNA;4258671;79;comp;aaa
;tRNA;4258826;7;comp;cac
;tRNA;4258909;35;comp;aga
;tRNA;4259021;752;comp;gga
fin;CDS;4259847;;;
deb;CDS;4880246;508;comp;
5s;rRNA;4880997;274;comp;
23s;rRNA;4881388;578;comp;
16s;rRNA;4884879;703;comp;
fin;CDS;4887099;;comp;
deb;CDS;6160739;343;comp;
;tRNA;6162321;242;;cca
fin;CDS;6162639;;;
deb;CDS;6165324;222;;
;tRNA;6165957;5;comp;ttc
5s;rRNA;6166038;188;comp;
fin;CDS;6166343;;;
deb;CDS;6175160;249;comp;
;tRNA;6175847;1;comp;gca
;tRNA;6175924;44;comp;atgi
5s;rRNA;6176045;138;comp;
23s;rRNA;6176300;339;comp;
16s;rRNA;6179556;572;comp;
fin;CDS;6181640;;comp;
deb;CDS;6182670;190;;
;tRNA;6183610;5;comp;aaa
5s;rRNA;6183691;159;comp;
deb;CDS;6183967;294;comp;
;tRNA;6185209;7;comp;aaa
5s;rRNA;6185292;138;comp;
23s;rRNA;6185547;339;comp;
16s;rRNA;6188803;776;comp;
fin;CDS;6191091;;comp;
deb;CDS;6199510;661;comp;
5s;rRNA;6202721;139;comp;
23s;rRNA;6202977;339;comp;
16s;rRNA;6206233;1107;comp;
5s;rRNA;6208852;138;comp;
23s;rRNA;6209107;339;comp;
16s;rRNA;6212363;507;comp;
fin;CDS;6214382;;comp;
deb;CDS;6256716;154;;
;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;CDS;6258338;;comp;
deb;CDS;6305349;135;comp;
;tRNA;6306438;281;comp;tcc
fin;CDS;6306809;;comp;
deb;CDS;6374512;125;;
;tRNA;6375810;303;comp;agg
fin;CDS;6376188;;comp;
deb;CDS;6391977;114;comp;
5s;rRNA;6392868;134;comp;
23s;rRNA;6393119;214;comp;
16s;rRNA;6396248;1125;comp;
5s;rRNA;6398885;139;comp;
23s;rRNA;6399141;214;comp;
16s;rRNA;6402270;753;comp;
fin;CDS;6404535;;comp;
deb;CDS;6436810;192;;
;tRNA;6437983;6;comp;gac
;tRNA;6438066;14;comp;gta
;tRNA;6438156;29;comp;gaa
;tRNA;6438260;10;comp;aca
;tRNA;6438345;6;comp;gac
;tRNA;6438428;16;comp;gta
;tRNA;6438520;29;comp;gaa
;tRNA;6438624;10;comp;aca
;tRNA;6438709;6;comp;gac
;tRNA;6438792;14;comp;gta
;tRNA;6438882;162;comp;gaa
fin;CDS;6439119;;comp;
deb;CDS;6477551;501;;
16s;rRNA;6480533;213;;
23s;rRNA;6482258;108;;
5s;rRNA;6485280;14;;
&lt;/pre&gt;

====cbei intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;;
cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14
;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19
;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8
;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14
;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10
;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8
;'''total 5623;&lt;201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7
1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9
1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14
4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7
6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8
5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6
2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12
3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5
4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6
4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7
3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4
4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8
5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4
1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2
2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6
4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5
3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5
4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3
4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2
4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2
6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5
2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2
4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4
4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4
3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4
2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1
3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2
3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0
4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3
1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3
4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1
1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2
3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4
3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3
776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4
2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2
5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3
2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0
3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5
4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;225;45;1070;2
6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2
2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0
5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0
5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2
;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1
;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1
;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0
;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1
4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0
1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3
3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0
2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0
3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21
2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293
5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;;
5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;;
1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;;
4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;;
5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;;
1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;;
330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;;
4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;;
2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;;
2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;;
4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;;
4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;;
5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;;
3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;;
1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;;
4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&amp;-46;339;-824;83;780;246;min50
31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&amp;-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&amp;123;50;-;566;poly;214;SF
31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&amp;75;37;-;929;dte;8;Sf
* diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;;
41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;;
1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;;
cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc
0;0;19;;0;0;6;0;0;19;&gt;0;1212;-1;;71;;410;17;31
10;6;249;;10;6;73;1;3;55;&lt;0;10;-2;;0;;420;12;32
20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26
30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25
40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23
50;10;119;;50;11;35;5;0;17;&gt;0;3991;-6;;0;;460;13;26
60;24;126;;60;25;37;6;1;16;&lt;0;390;-7;;8;;470;11;17
70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21
80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15
90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18
100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16
110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17
120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18
130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20
140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13
150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15
160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14
170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16
180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11
190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11
200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12
210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15
220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5
230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10
240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8
250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5
260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10
270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3
280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8
290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8
300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4
310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6
320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3
330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7
340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3
350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5
360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6
370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3
380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8
390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3
400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79
reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517
total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;;
diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;;
 - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;;
;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;;
;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
&lt;/pre&gt;

====cbei  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11
continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total
;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11
;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389
&lt;/pre&gt;

====cbei autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;;
;&amp;tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp;
;&amp;tRNA;93;85;;;;&amp;tRNA;541157;208;;;;&amp;tRNA;4258671;79;comp;
fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&amp;tRNA;4258826;7;comp;
deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&amp;tRNA;4258909;35;comp;
;&amp;tRNA;3057;30;;;;&amp;tRNA;543238;354;;;;&amp;tRNA;4259021;752;comp;
;&amp;tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;;
;&amp;tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp;
;&amp;tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp;
fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp;
deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp;
;&amp;tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp;
fin;°CDS;15023;;comp;;;&amp;tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp;
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;&amp;tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;;
;&amp;tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;;
;&amp;tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&amp;tRNA;6165957;5;comp;
;&amp;tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp;
;&amp;tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;;
;&amp;tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp;
;&amp;tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&amp;tRNA;6175847;1;comp;
;&amp;tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&amp;tRNA;6175924;44;comp;
;&amp;tRNA;126422;21;;;;&amp;tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp;
;&amp;tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp;
fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp;
deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp;
;&amp;tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;;
;&amp;tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&amp;tRNA;6183610;5;comp;
;&amp;tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp;
fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp;
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;$rRNA;146198;140;;;;&amp;tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp;
;&amp;tRNA;147850;3;;;;&amp;tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp;
;&amp;tRNA;147929;111;;;;&amp;tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp;
;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp;
;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp;
;&amp;tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp;
;&amp;tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp;
fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp;
deb;°CDS;177450;76;;;;&amp;tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp;
;&amp;tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp;
fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp;
deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp;
;&amp;tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;;
;&amp;tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp;
fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp;
deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp;
;&amp;tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&amp;tRNA;6306438;281;comp;
;&amp;tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp;
;&amp;tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;;
;&amp;tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&amp;tRNA;6375810;303;comp;
;&amp;tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp;
;&amp;tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp;
;&amp;tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp;
;&amp;tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp;
;&amp;tRNA;403922;18;;;;&amp;tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp;
;&amp;tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp;
;&amp;tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp;
;&amp;tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp;
;&amp;tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp;
;&amp;tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;;
;&amp;tRNA;404500;18;;;;&amp;tRNA;2357618;3;;;;&amp;tRNA;6437983;6;comp;
;&amp;tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&amp;tRNA;6438066;14;comp;
;&amp;tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&amp;tRNA;6438156;29;comp;
;&amp;tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&amp;tRNA;6438260;10;comp;
;&amp;tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&amp;tRNA;6438345;6;comp;
fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&amp;tRNA;6438428;16;comp;
deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&amp;tRNA;6438520;29;comp;
;$rRNA;416312;132;;;;&amp;tRNA;2771407;6;;;;&amp;tRNA;6438624;10;comp;
;&amp;tRNA;417956;84;;;;&amp;tRNA;2771489;25;;;;&amp;tRNA;6438709;6;comp;
;$rRNA;418117;71;;;;&amp;tRNA;2771591;448;;;;&amp;tRNA;6438792;14;comp;
;&amp;tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&amp;tRNA;6438882;162;comp;
fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp;
deb;°CDS;486264;159;;;;&amp;tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger
;&amp;tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;;
;&amp;tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;;
;&amp;tRNA;487025;12;;;;&amp;tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;;
;&amp;tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;;
;&amp;tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====cbei intercalaires tRNA-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;;
comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;85;;76;13;;
;119;;125;;90;65;deb;
;187;comp’;34;;97;85;&lt;201;9
;275;;664;;119;125;total;17
;307;;299;;125;162;taux;53%
;;;681;;135;208;;
;76;;65;;159;242;fin;
;90;comp’;120;;187;281;&lt;201;5
;125;;325;;187;299;total;18
;;;345;;248;303;taux;28%
;159;;451;;249;325;;
;187;;208;;267;345;total;
comp’;252;;354;;275;354;&lt;201;14
;97;;396;;294;396;total;35
;380;comp’;443;;307;448;taux;40%
comp’;34;comp’;574;;380;451;;
;;;448;;565;664;;
;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls
;248;;13;;34;120;deb;4
;267;comp’;752;;125;443;;7
comp’;343;;242;;190;505;fin;1
comp’;222;;;;192;574;;5
;249;;;;222;752;total;
comp’;190;;;;252;-;&lt;201;5
;294;;;;343;-;total;12
;135;;281;;;;taux;42%
comp’;125;;303;;;;;
comp’;192;;162;;;;;
;;;;;;;;
;;deb;fin;total;;;;
;&lt;201;13;6;19;;;;
;total;24;23;47;;;;
;taux;54%;26%;40%;;;;
&lt;/pre&gt;

===afn===
====afn opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;;
56%GC;30.6.19 Paris;16s  6;60;doubles;intercalaires
;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;;
;24678..26242;;16s;@1;359
;26602..29507;;23s;;228
;29736..29852;;5s;;
;;;;;
;36819..36894;;acg;;
;;;;;
;57713..59277;;16s;;359
;59637..62543;;23s;;228
;62772..62888;;5s;;
;;;;;
;169459..169534;;gcc;;
;;;;;
;249791..249867;;agg;;
;;;;;
comp;274627..274703;;cgt;;
;;;;;
;311123..311198;;aca;;22
;311221..311305;;tac;;5
;311311..311386;;atg;;3
;311390..311465;;acc;;6
;311472..311548;;atgf;;
;;;;;
;380482..382046;;16s;;251
;382298..385204;;23s;;229
;385434..385550;;5s;;
;;;;;
;461553..461627;;aac;;3
;461631..461705;;gaa;;8
;461714..461789;;gta;;50
;461840..461916;;cca;;11
;461928..462001;;gga;;8
;462010..462086;;aga;;
;;;;;
;526984..527070;;ctg;+;30
;527101..527186;;ctc;2 ctg;52
;527239..527325;;ctg;;
;;;;;
;578049..578123;;ggc;;
;;;;;
;636984..638548;;16s;@2;94
;638643..638719;;atc;;66
;638786..638861;;gca;;273
;639135..642040;;23s;;139
;642180..642296;;5s;;
;;;;;
;712229..712304;;cac;;18
;712323..712398;;caa;;3
;712402..712477;;aaa;;16
;712494..712577;;cta;;
;;;;;
comp;724421..724497;;gtc;;
;;;;;
;774880..774956;;gac;;4
;774961..775036;;ttc;;8
;775045..775119;;ggc;;9
;775129..775202;;tgc;;13
;775216..775304;;tta;;
;;;;;
;796654..796728;;cgg;;
;;;;;
;842393..842469;;gac;;2
;842472..842547;;ttc;;8
;842556..842630;;ggc;;9
;842640..842713;;tgc;;
;;;;;
;889670..889746;;ccc;;
;;;;;
;906136..906210;;aac;;
;;;;;
;1022783..1022859;;gac;;2
;1022862..1022936;;ggc;;1
;1022938..1023011;;tgg;;
;;;;;
;1555201..1555277;;ccg;;
;;;;;
comp;1567911..1567999;;tca;;
;;;;;
comp;1613773..1613863;;agc;;
;;;;;
;1702659..1702744;;ttg;;
;;;;;
comp;1711770..1711886;;5s;;228
comp;1712115..1715021;;23s;;359
comp;1715381..1716945;;16s;;
;;;;;
comp;1823852..1823927;;gta;;6
comp;1823934..1824008;;gaa;;8
comp;1824017..1824092;;aag;;
;;;;;
;1909446..1909536;;tcc;;
;;;;;
comp;1911342..1911429;;tcg;;
;;;;;
comp;1974984..1975058;;atgi;;
;;;;;
comp;1984782..1984856;;gag;;12
comp;1984869..1984942;;cag;+;111
comp;1985054..1985127;;cag;2 cag;
;;;;;
comp;2072279..2072395;;5s;;228
comp;2072624..2075529;;23s;;298
comp;2075828..2075903;;gca;;66
comp;2075970..2076046;;atc;;94
comp;2076141..2077705;;16s;;
;;;;;
;2148343..2148418;;gcg;;
;;;;;
comp;2287117..2287192;;aaa;;
;;;;;
comp;2303018..2303094;;gtg;;
;;;;;
comp;2323563..2323636;;ggg;;
&lt;/pre&gt;

====afn cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]]
&lt;pre&gt;
afn cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;21;
;16 atc gca;2;40;2;
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;0;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;1;
;total aas;4;140;0;
sans ;opérons;29;160;0;
;1 aa;20;180;0;
;max a;6;200;0;
;a doubles;2;;0;
;total aas;56;;27;0
total aas;;60;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;16;
;;;variance;23;
sans jaune;;;moyenne;12;
;;;variance;13;
&lt;/pre&gt;

====afn blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]]
&lt;pre&gt;
afn blocs;;;;;;
16s;359;1565;359;1565;251;1565
23s;228;2906;228;2907;229;2907
5s;;117;;117;;117
;;;;;;
16s;94;1565;;5s;228;117
atc;66;;;23s;298;2906
gca;273;;;gca;66;
23s;139;2906;;atc;94;
5s;;117;;16s;;1565
;;;;;;
5s;228;117;;;;
23s;359;2907;;;;
16s;;1565;;;;
&lt;/pre&gt;

====afn remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]]
&lt;pre&gt;
afn;;;;;;;60
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====negativicutes distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]]
&lt;pre&gt;
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;;
genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt
9;;582;;;571;;;;;;;;58;;;
atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1
ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga;
ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg;
ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19
9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt
;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11
atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8
ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9
cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2
gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7
atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8
;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423
;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
&lt;/pre&gt;
====afn distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
&lt;/pre&gt;
====afn données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;16s 23s;;;tRNA tRNA;;intra
;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;3* 359;;;2* 66;;atc gca
;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;251;;;tRNA tRNA;;
;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;23s 5s;;;22;;aca
;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;4* 228;;;5;;tac
;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;229;;;3;;atgj
1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;139;;;6;;acc
2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;;**;;atgf
1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;;3;;aac
;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;;8;;gaa
1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;;50;;gta
;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;;11;;cca
;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;16s tRNA;;;8;;gga
;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;2* 94;;atc;**;;aga
1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;tRNA 23s;;;30;;ctg
;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;273;;gca;52;;ctc
1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;298;;gca;**;;ctg
;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;18;;cac
;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;3;;caa
1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;16;;aaa
1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;**;;cta
;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;4;;gac
;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;8;;ttc
;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;9;;ggc
;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;13;;tgc
;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;**;;tta
;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;2;;gac
1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;8;;ttc
;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;9;;ggc
;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;**;;tgc
;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;2;;gac
;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;1;;ggc
;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;**;;tgg
;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;6;;gta
;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;8;;gaa
;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;**;;aag
;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;12;;gag
1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;111;;cag
;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;**;;cag
;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;
1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;
;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;
12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;
12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;
0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;319;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;346;;;;;;;
;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;485;;;;;;;
;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;300;;;;;;;
;;;;;2038;154;;reste;1;9;391;;;;;;;
;;;;;;2192;;total;4;303;265;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====afn autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*contrôlé le 21.7.22
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;afn;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;23699;24358;319;*;
;;rRNA;24678;26242;359;*;16s
;;rRNA;26602;29507;228;*;23s
;;rRNA;29736;29852;286;*;5s
fin;;CDS;30139;30339;;0;
deb;;CDS;35919;36713;105;*;
;;tRNA;36819;36894;105;*;acg
fin;;CDS;37000;37914;;;
deb;;CDS;56077;57366;346;*;
;;rRNA;57713;59277;359;*;16s
;;rRNA;59637;62543;228;*;23s
;;rRNA;62772;62888;266;*;5s
fin;comp;CDS;63155;64390;;0;
deb;;CDS;168443;169336;122;*;
;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc
fin;comp;CDS;169896;170894;;;
deb;comp;CDS;181646;182656;89;*;
;comp;misc_b;182746;182986;130;*;
fin;comp;CDS;183117;183803;;;
deb;comp;CDS;183775;185160;510;*;
;;misc_b;185671;185909;146;*;
fin;;CDS;186056;187753;;;
deb;;CDS;249164;249595;195;*;
;;tRNA;249791;249867;51;*;agg
fin;comp;CDS;249919;250062;;;
deb;;CDS;253385;254824;90;*;
;;misc_b;254915;255170;84;*;
fin;;CDS;255255;256238;;;
deb;comp;CDS;273899;274426;200;*;
;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt
fin;;CDS;274892;276166;;;
deb;;CDS;310188;310991;131;*;
;;tRNA;311123;311198;22;*;aca
;;tRNA;311221;311305;5;*;tac
;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj
;;tRNA;311390;311465;6;*;acc
;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf
fin;;CDS;311623;312816;;;
deb;;CDS;359181;360227;58;*;
;;regulatory;360286;360394;52;*;
fin;;CDS;360447;361625;;;
deb;;CDS;378908;379996;485;*;
;;rRNA;380482;382046;251;*;16s
;;rRNA;382298;385204;229;*;23s
;;rRNA;385434;385550;262;*;5s
fin;comp;CDS;385813;386838;;;
deb;;CDS;414288;416231;246;*;
;;regulatory;416478;416590;98;*;
fin;;CDS;416689;417768;;;
deb;;CDS;460654;461286;266;*;
;;tRNA;461553;461627;3;*;aac
;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa
;;tRNA;461714;461789;50;*;gta
;;tRNA;461840;461916;11;*;cca
;;tRNA;461928;462001;8;*;gga
;;tRNA;462010;462086;145;*;aga
fin;;CDS;462232;463230;;;
deb;;CDS;466993;468717;232;*;
;;misc_b;468950;469148;36;*;
fin;;CDS;469185;471839;;;
deb;;CDS;526396;526929;54;*;
;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg
;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc
;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg
fin;comp;CDS;527594;528586;;0;
deb;comp;CDS;570200;571507;65;*;
;comp;regulatory;571573;571669;209;*;
fin;;CDS;571879;575394;;;
deb;;CDS;577378;577917;131;*;
;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc
fin;;CDS;578318;579067;;;
deb;;CDS;635289;636683;300;*;
;;rRNA;636984;638548;94;*;16s
;;tRNA;638643;638719;66;*;atc
;;tRNA;638786;638861;273;*;gca
;;rRNA;639135;642040;139;*;23s
;;rRNA;642180;642296;296;*;5s
fin;;CDS;642593;643381;;0;
deb;;CDS;677296;678177;181;*;
;;misc_f;678359;678410;368;*;
fin;;CDS;678779;679798;;;
deb;;CDS;711704;712132;96;*;
;;tRNA;712229;712304;18;*;cac
;;tRNA;712323;712398;3;*;caa
;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa
;;tRNA;712494;712577;61;*;cta
fin;comp;CDS;712639;712809;;0;
deb;;CDS;723480;724340;80;*;
;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc
fin;;CDS;724632;725645;;;
deb;;CDS;774399;774665;214;*;
;;tRNA;774880;774956;4;*;gac
;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc
;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc
;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc
;;tRNA;775216;775304;111;*;tta
fin;;CDS;775416;776684;;;
deb;;CDS;796146;796580;73;*;
;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg
fin;;CDS;796888;797310;;;
deb;;CDS;841590;842273;119;*;
;;tRNA;842393;842469;2;*;gac
;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc
;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc
;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc
fin;;CDS;842841;843362;;;
deb;;CDS;881739;882029;121;*;
;;repeat_reg;882151;886170;278;*;
fin;;CDS;886449;887618;;;
deb;;CDS;889017;889598;71;*;
;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc
fin;;CDS;889903;891513;;;
deb;;CDS;905286;906077;58;*;
;;tRNA;906136;906210;102;*;aac
fin;;CDS;906313;907125;;;
deb;;CDS;913707;915986;78;*;
;;regulatory;916065;916164;91;*;
fin;;CDS;916256;917077;;;
deb;;CDS;947642;948565;32;*;
;;ncRNA;948598;948943;38;*;
fin;;CDS;948982;949302;;;
deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*;
;;misc_b;1018936;1019130;36;*;
fin;;CDS;1019167;1020189;;;
deb;;CDS;1020207;1022645;137;*;
;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac
;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc
;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg
fin;;CDS;1023124;1023423;;;
deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*;
;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*;
fin;;CDS;1113303;1114085;;;
deb;;CDS;1305277;1306137;298;*;
;;regulatory;1306436;1306545;70;*;
fin;;CDS;1306616;1307653;;;
deb;;CDS;1328649;1328930;26;*;
;;tmRNA;1328957;1329305;406;*;
fin;comp;CDS;1329712;1332120;;;
deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*;
;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*;
fin;comp;CDS;1404901;1406295;;;
deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*;
;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*;
fin;comp;CDS;1487523;1488698;;;
deb;;CDS;1536256;1537929;68;*;
;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur
fin;;CDS;1538188;1539855;;0;
deb;;CDS;1553542;1555176;24;*;
;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg
fin;comp;CDS;1555671;1556342;;;
deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*;
;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca
fin;comp;CDS;1568093;1568569;;;
deb;;CDS;1612826;1613614;158;*;
;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc
fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0;
deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*;
;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*;
fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0;
deb;;CDS;1701767;1702582;76;*;
;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg
fin;comp;CDS;1702836;1703666;;;
deb;;CDS;1710214;1711257;512;*;
;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s
;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s
;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s
fin;comp;CDS;1717337;1718857;;;
deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*;
;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta
;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa
;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag
fin;comp;CDS;1824176;1825210;;;
deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*;
;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc
;;ncRNA;1909590;1909689;115;*;
deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*;
;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg
fin;comp;CDS;1911453;1911932;;;
deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*;
;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*;
fin;;CDS;1913387;1914049;;;
deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*;
;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi
fin;comp;CDS;1975098;1976867;;;
deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*;
;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag
;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag
;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag
fin;comp;CDS;1985234;1985980;;;
deb;;CDS;2070538;2072085;193;*;
;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s
;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s
;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca
;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc
;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s
fin;comp;CDS;2077971;2079029;;;
deb;;CDS;2147697;2148251;91;*;
;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg
fin;comp;CDS;2148489;2148716;;;
deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*;
;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa
fin;comp;CDS;2287238;2288464;;;
deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*;
;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg
fin;comp;CDS;2303140;2303844;;;
deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*;
;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg
fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
&lt;/pre&gt;

====afn intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;;
afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffrequence5
;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307
;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11
;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127
;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57
;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164
;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87
;'''total 2038;&lt;201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;&lt;u&gt;fréquenceffréquence-1;30;47
1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37
1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32
1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25
1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28
434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31
865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29
463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23
1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24
1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32
843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17
1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25
34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28
1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16
2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29
1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20
893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22
1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28
1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22
1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29
872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29
1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24
1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31
117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20
867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22
406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18
1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23
2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21
901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17
39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11
791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13
1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8
691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18
1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16
2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9
1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15
1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10
1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18
847959;503;36;6;300;17;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14
1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23
;;38;6;320;8;;620;;230;11
;;39;8;330;13;;640;2;235;14
;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19
;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7
;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11
;;;;370;14;;720;2;255;5
2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11
598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7
1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14
2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5
935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11
2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8
846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3
1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7
1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10
808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10
1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5
287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4
532761;-44;;;500;5;;980;;320;4
50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8
434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5
276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3
629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6
1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9
503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3
1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3
1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7
706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8
2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6
460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92
1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&amp;-95;712;-1690;137;722;250;min50
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&amp;197;65;;425;poly;297;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;92;36;-;859;dte;45;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;;
1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc-
0;2;9;;0;6;7;0;2;9;&gt;0;344;-1;0;38
10;4;180;;10;12;136;1;1;38;&lt;0;4;-2;0;0
20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0
30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129
40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0
50;15;38;;50;46;29;5;0;13;&gt;0;1376;-6;0;1
60;16;44;;60;49;33;6;0;9;&lt;0;303;-7;0;6
70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41
80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1
90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1
100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total;2038;-11;0;19
110;10;32;;110;30;24;11;1;28;;;-12;0;0
120;8;42;;120;24;32;12;0;46;;;-13;0;5
130;16;42;;130;49;32;13;1;29;;;-14;0;8
140;21;34;;140;64;26;14;0;22;;;-15;0;0
150;13;29;;150;40;22;15;0;37;;;-16;0;3
160;14;27;;160;43;20;16;0;24;;;-17;0;10
170;10;28;;170;30;21;17;0;10;;;-18;0;0
180;2;22;;180;6;17;18;0;25;;;-19;0;2
190;13;13;;190;40;10;19;1;12;;;-20;0;6
200;13;12;;200;40;9;20;0;15;;;-21;0;0
210;10;15;;210;30;11;21;1;20;;;-22;0;0
220;12;20;;220;37;15;22;1;13;;;-23;0;4
230;9;25;;230;27;19;23;0;11;;;-24;0;0
240;12;21;;240;37;16;24;1;9;;;-25;0;0
250;6;12;;250;18;9;25;0;9;;;-26;0;4
260;7;9;;260;21;7;26;1;5;;;-27;0;0
270;5;16;;270;15;12;27;1;14;;;-28;0;0
280;6;10;;280;18;8;28;0;10;;;-29;0;3
290;5;6;;290;15;5;29;2;3;;;-30;0;0
300;8;9;;300;24;7;30;1;10;;;-31;0;2
310;4;11;;310;12;8;31;2;5;;;-32;0;2
320;4;4;;320;12;3;32;2;5;;;-33;0;0
330;4;9;;330;12;7;33;2;3;;;-34;0;0
340;1;8;;340;3;6;34;5;5;;;-35;0;3
350;3;9;;350;9;7;35;2;6;;;-36;0;0
360;2;8;;360;6;6;36;3;3;;;-37;0;1
370;4;10;;370;12;8;37;0;8;;;-38;0;2
380;3;5;;380;9;4;38;3;3;;;-39;0;0
390;3;4;;390;9;3;39;2;6;;;-40;1;0
400;1;6;;400;3;5;40;0;4;;;-41;0;1
reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0
total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0
diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1
 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;reste;1;9
;;;;;;;;;;;;total;4;303
&lt;/pre&gt;

====afn  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]]

*9.6.21
&lt;pre&gt;
afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4
continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;
14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4
;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303
&lt;/pre&gt;

====afn autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;
deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp
;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp
;$rRNA;26602;228;;;;&amp;tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp
;$rRNA;29736;286;;;;&amp;tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68;
fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113;
deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;;
;&amp;tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24;
fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&amp;tRNA;1555201;393;
deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp
;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp
;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&amp;tRNA;1567911;93;comp
;$rRNA;62772;266;;;;&amp;tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp
fin;°CDS;63155;;comp;;;&amp;tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158;
deb;°CDS;168443;122;;;;&amp;tRNA;712402;16;;;;&amp;tRNA;1613773;215;comp
;&amp;tRNA;169459;361;;;;&amp;tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp
fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp
deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp
;misc_binding;182746;130;comp;;;&amp;tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp
fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76;
deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&amp;tRNA;1702659;91;
;misc_binding;185671;146;;;;&amp;tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp
fin;°CDS;186056;;;;;&amp;tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512;
deb;°CDS;249164;195;;;;&amp;tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp
;&amp;tRNA;249791;51;;;;&amp;tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp
fin;°CDS;249919;;comp;;;&amp;tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp
deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp
;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp
fin;°CDS;255255;;;;;&amp;tRNA;796654;159;;;;&amp;tRNA;1823852;6;comp
deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&amp;tRNA;1823934;8;comp
;&amp;tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&amp;tRNA;1824017;83;comp
fin;°CDS;274892;;;;;&amp;tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp
deb;°CDS;310188;131;;;;&amp;tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp
;&amp;tRNA;311123;22;;;;&amp;tRNA;842556;9;;;;&amp;tRNA;1909446;53;comp
;&amp;tRNA;311221;5;;;;&amp;tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115;
;&amp;tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136;
;&amp;tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&amp;tRNA;1911342;23;
;&amp;tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;;
fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp
deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp
;regulatory;360286;52;;;;&amp;tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;;
fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp
deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&amp;tRNA;1974984;39;comp
;$rRNA;380482;251;;;;&amp;tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp
;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp
;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&amp;tRNA;1984782;12;comp
fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&amp;tRNA;1984869;111;comp
deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&amp;tRNA;1985054;106;comp
;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp
fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193;
deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp
;&amp;tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp
;&amp;tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&amp;tRNA;2075828;66;comp
;&amp;tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&amp;tRNA;2075970;94;comp
;&amp;tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp
;&amp;tRNA;461928;8;;;;&amp;tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp
;&amp;tRNA;462010;145;;;;&amp;tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91;
fin;°CDS;462232;;;;;&amp;tRNA;1022938;112;;;;&amp;tRNA;2148343;70;
deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp
;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp
fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&amp;tRNA;2287117;45;comp
deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp
;&amp;tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp
;&amp;tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&amp;tRNA;2303018;45;comp
;&amp;tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp
fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp
deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&amp;tRNA;2323563;196;comp
;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;;
fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;;
deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;;
fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====afn intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;105;;105;;21;23;deb;
;;;122;comp’;361;;24;39;&lt;201;20
;;;195;comp’;51;;54;45;total;25
;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80%
;;;131;;145;;71;83;;
;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin;
;;;131;;194;;76;102;&lt;201;17
;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18
;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94%
;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;;
;;;73;;159;;119;112;total;
;2  8  9;;119;;127;;122;127;&lt;201;37
;;;71;;156;;122;145;total;43
;;;58;;102;;131;156;%;86%
;2  1;;137;;112;;131;159;;
;;;24;comp’;393;;136;194;;
;;;21;;93;;137;196;;
;;comp’;158;;215;;182;215;;
;;;76;comp’;91;;195;;;
;6  8;;379;;83;;200;;;
;;;182;;;;214;;;
;;;136;;23;;222;;;
;;;222;;39;;379;;;
;12  111;;122;;106;;393;;;
;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls
;;;451;;45;;80;51;deb;2
;;;393;comp’;196;;158;61;&lt;201;100%
;;;;;;;;91;fin;
;;;;;;;;134;&lt;201;5
;deb;fin;total;;;;;188;total;8
&lt;201;22;22;44;;;;;268;%;63%
total;27;26;53;;;;;361;total;10
taux;81%;85%;83%;;;;;393;&lt;201;70%
&lt;/pre&gt;

====afn par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;3;2;;;;16;
16;moyen;5;12;;;;4;21;
14;fort;4;19;;;;;23;
; ;20;34;2;;;4;60;
10;g+cga;6;2;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;11;3;2;;;;16;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;183;50;33;;;;267;26
16;moyen;83;200;0;;;67;350;324
14;fort;67;317;0;;;;383;650
; ;333;567;33;;;67;60;729
10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10
2;agg+cga;33;;;;;;33;
4;carre ccc;50;17;;;;;67;16
5;autres;;;;;;;;
;;183;50;33;;;;267;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;afn;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;196;54;36;286;26;55;9;
16;moyen;89;214;;304;324;25;35;
14;fort;71;339;;411;650;20;56;
; ;357;607;36;56;729;20;34;
10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;;
2;agg+cga;36;;;36;;18;;
4;carre ccc;54;18;;71;16;27;;
5;autres;;;;;;;;
;;196;54;36;286;;11;;
&lt;/pre&gt;
===negativicutes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4
tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56
11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;5600
atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200
atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100
ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400
tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100
cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;
gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100
gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600
rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39
atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11
ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10
gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17
tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0
cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100
gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est  10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33
ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22
atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0
ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
&lt;/pre&gt;

===clostridia synthèse===
====clostridia distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
psor;12;5;4;72;;7;;4;104
cdc;4;4;2;70;;3;;;83
cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108
cbc*;36;10;;0;;0;;6;52
cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86
cle;40;19;;26;3;9;;8;105
hmo;37;12;;39;;11;;10;109
cbei;63;11;3;0;;4;;12;93
;;;;;;;;;
total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]]
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55
atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc;
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc;
tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga;
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5
ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55
;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302
atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11
att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10
atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5
ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14
cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15
ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg;
ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====clostridia par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;31;19;2;6;2;5;65;
16;moyen;36;66;4;101;20;42;269;
14;fort;11;155;2;195;29;14;406;
; ;78;240;8;302;51;61;740;
10;g+cga;16;13;;2;;;31;
2;agg+cgg;5;2;;;1;;8;
4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13;
5;autres;6;;2;;;;8;
;;31;19;2;6;2;5;65;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26
16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324
14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650
; ;105;324;11;408;69;82;740;729
10;g+cga;22;18;;3;;;42;10
2;agg+cgg;7;3;;;1;;11;
4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16
5;autres;8;0;3;0;;;11;
;;42;26;3;8;3;7;88;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;clos8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;95;58;6;160;26;40;8;
16;moyen;110;202;12;325;324;46;28;
14;fort;34;475;6;515;650;14;65;
; ;239;736;25;326;729;78;240;
10;g+cga;49;40;;89;10;52;;
2;agg+cgg;15;6;;21;;16;;
4;carre ccc;12;12;;25;16;13;;
5;autres;18;;6;25;;19;;
;;95;58;6;160;;31;;
&lt;/pre&gt;
====clostridia, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;326
atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6
atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8
ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4
gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11
tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3
ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10
cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4
gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7
atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6
ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1
gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3
;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326
27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138
att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13
ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75
atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100
ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50
gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138
tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38
ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125
cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50
gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175
ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88
atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75
ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13
gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38
;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063
rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34
atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7
ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49
gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17
tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32
ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0
cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9
gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est  15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2
ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12
atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20
ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76
gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
&lt;/pre&gt;

==gamma==
===Shewanella===
====spl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]]
&lt;pre&gt;
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s  11;147;doubles;intercalaires
;Shewanella pealeana;;;;
;45136..46685;;16s;@1;339
;47025..49946;;23s;;112
;50059..50174;;5s;;
;;;;;
;51490..53039;;16s;;339
;53379..56298;;23s;;114
;56413..56528;;5s;;
;;;;;
;182271..183820;;16s;@2;71
;183892..183968;;atc;;65
;184034..184109;;gca;;364
;184474..187395;;23s;;112
;187508..187623;;5s;;100
;187724..187800;;gac;;
;;;;;
;191614..191689;;aca;;8
;191698..191782;;tac;;35
;191818..191891;;gga;;
;;;;;
;235182..236731;;16s;;374
;237106..240025;;23s;;114
;240140..240255;;5s;;
;;;;;
;243631..245180;;16s;;338
;245519..248440;;23s;;113
;248554..248669;;5s;;68
;248738..248813;;acc;;17
;248831..248946;;5s;;
;;;;;
;416766..416842;;cgg;;39
;416882..416957;;cac;;41
;416999..417075;;cca;+;58
;417134..417210;;cca;2 cca;
;;;;;
;493711..495260;;16s;;339
;495600..498519;;23s;;114
;498634..498749;;5s;;
;;;;;
;641376..641466;;tca;@3;1172
;642639..642729;;tca;;
;;;;;
;645847..647396;;16s;;71
;647468..647544;;atc;;65
;647610..647685;;gca;;329
;648015..650937;;23s;;156
;651094..651209;;5s;;
;;;;;
;728115..728199;;ttg;;
;;;;;
comp;1168942..1169018;;atgi;;
;;;;;
comp;1339706..1339781;;aca;+;52
comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539
comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52
comp;1340577..1340652;;ttc;;
;;;;;
comp;1342467..1342542;;aca;;52
comp;1342595..1342670;;ttc;;
;;;;;
;1456724..1456815;;agc;;21
;1456837..1456913;;cgt;+;30
;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32
;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30
;1457160..1457236;;cgt;;33
;1457270..1457346;;cgt;;9
;1457356..1457447;;agc;;76
;1457524..1457600;;cgt;;35
;1457636..1457712;;cgt;;9
;1457722..1457813;;agc;;
;;;;;
comp;1627363..1627438;;agg;;
;;;;;
comp;1770483..1770558;;gta;+;37
comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37
comp;1770709..1770784;;gta;;37
comp;1770822..1770897;;gta;;37
comp;1770935..1771010;;gta;;37
comp;1771048..1771123;;gta;;37
comp;1771161..1771236;;gta;;37
comp;1771274..1771349;;gta;;37
comp;1771387..1771462;;gta;;37
comp;1771500..1771575;;gta;;39
comp;1771615..1771690;;gta;;
;;;;;
;1773910..1773985;;gcc;+;80
;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102
;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102
;1774422..1774497;;gaa;;102
;1774600..1774675;;gaa;;102
;1774778..1774853;;gaa;;102
;1774956..1775031;;gaa;;102
;1775134..1775209;;gaa;;102
;1775312..1775387;;gaa;;253
;1775641..1775716;;gaa;;102
;1775819..1775894;;gaa;;102
;1775997..1776072;;gaa;;102
;1776175..1776250;;gaa;;102
;1776353..1776428;;gaa;;47
;1776476..1776551;;gcc;;
;;;;;
;2081297..2082846;;16s;;338
;2083185..2086104;;23s;;114
;2086219..2086334;;5s;;
;;;;;
comp;2143274..2143350;;ccc;;
;;;;;
comp;2366164..2366240;;atgf;+;40
comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40
comp;2366398..2366474;;atgf;;40
comp;2366515..2366591;;atgf;;
;;;;;
;2376218..2376308;;tca;;
;;;;;
;2379767..2379842;;ggc;;13
;2379856..2379929;;tgc;;85
;2380015..2380100;;tta;;
;;;;;
;2550857..2550932;;ggc;;13
;2550946..2551019;;tgc;+;95
;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634
;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95
;2552004..2552089;;tta;;479
;2552569..2552642;;tgc;;132
;2552775..2552860;;tta;;
;;;;;
;2558019..2558109;;tca;;
;;;;;
comp;2717566..2717655;;tcc;;
;;;;;
comp;2759730..2759806;;atgf;+;189
comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45
comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2
comp;2760197..2760273;;atgf;;35
comp;2760309..2760385;;gtc;;13
comp;2760399..2760475;;atgf;;
;;;;;
;2858823..2858907;;tac;+;30
;2858938..2859022;;tac;5 tac;85
;2859108..2859192;;tac;;107
;2859300..2859384;;tac;;107
;2859492..2859576;;tac;;
;;;;;
;2866268..2866343;;aac;+;45
;2866389..2866464;;aac;7aac;41
;2866506..2866581;;aac;;26
;2866608..2866683;;aac;;32
;2866716..2866791;;aac;;33
;2866825..2866900;;aac;;40
;2866941..2867016;;aac;;
;;;;;
comp;2929429..2929505;;gac;+;97
comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97
comp;2929777..2929853;;gac;;83
comp;2929937..2930013;;gac;;
;;;;;
comp;3120289..3120364;;aaa;+;58
comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58
comp;3120557..3120632;;aaa;;58
comp;3120691..3120766;;aaa;;59
comp;3120826..3120901;;aaa;;57
comp;3120959..3121034;;aaa;;58
comp;3121093..3121168;;aaa;;58
comp;3121227..3121302;;aaa;;59
comp;3121362..3121437;;aaa;;58
comp;3121496..3121571;;aaa;;59
comp;3121631..3121706;;aaa;;59
comp;3121766..3121841;;aaa;;
;;;;;
comp;3269860..3269935;;cac;;8
comp;3269944..3270020;;aga;;63
comp;3270084..3270160;;cca;;
;;;;;
comp;3757983..3758059;;atgf;;
comp;3758163..3758249;;ctc;;
;;;;;
comp;3835257..3835331;;caa;+;51
comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131
comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20
comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96
comp;3835875..3835949;;caa;;49
comp;3835999..3836083;;cta;;211
comp;3836295..3836371;;atg;;5
comp;3836377..3836451;;caa;;47
comp;3836499..3836583;;cta;;55
comp;3836639..3836715;;atg;;5
comp;3836721..3836795;;caa;;47
comp;3836843..3836927;;cta;;55
comp;3836983..3837059;;atg;;
;;;;;
comp;3862885..3862961;;tgg;+;167
comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg;
;;;;;
comp;3867049..3867164;;5s;;114
comp;3867279..3870198;;23s;;338
comp;3870537..3872086;;16s;;
;;;;;
;3882154..3882229;;ttc;;
;;;;;
comp;4331488..4331563;;ggc;+;130
comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47
comp;4331817..4331892;;ggc;;162
comp;4332055..4332130;;ggc;;16
comp;4332147..4332222;;ggc;;48
comp;4332271..4332346;;ggc;;
;;;;;
comp;4616881..4616996;;5s;;112
comp;4617109..4620030;;23s;;364
comp;4620395..4620470;;gca;;65
comp;4620536..4620612;;atc;;71
comp;4620684..4622233;;16s;;
;;;;;
comp;5129770..5129846;;gac;;100
comp;5129947..5130062;;5s;;115
comp;5130178..5133097;;23s; ;339
comp;5133437..5134986;;16s;;
&lt;/pre&gt;
====spl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]]
&lt;pre&gt;
spl cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400;
;max a;3;80;3;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600;
;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700;
;total aas;9;140;3;;350;;140;;800;
sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900;
;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000;
;max a;15;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;15;;6;;;;;;;
;total aas;133;;103;;;0;;0;;0
total aas;;142;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;;
;;;variance;143;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;;
;;;variance;35;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====spl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]]
&lt;pre&gt;
spl blocs;;;;;;;
16s;339;339;374;339;338;338;
23s;112;114;114;114;114;114;
5s;;;;;;;
;;;;;;;
16s;71;71;71;16s;338;16s;339
atc;65;65;65;23s;113;23s;115
gca;364;329;364;5s;68;5s;100
23s;112;156;112;acc;17;gac;
5s;100;;;5s;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
&lt;/pre&gt;
====spl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;5s CDS;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;16s 23s;;;tRNA tRNA;;suite;tRNA tRNA;;suite
;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;4* 349;;;37;;gta;45;;aac
;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;384;;;37;;gta;41;;aac
;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;3* 348;;;37;;gta;26;;aac
1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;5s CDS;;;37;;gta;32;;aac
;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;703;339;;37;;gta;33;;aac
;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;727;454;;37;;gta;40;;aac
;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;;768;;37;;gta;**;;aac
;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;;304;;37;;gta;97;;gac
;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;454;;37;;gta;97;;gac
1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;798;;39;;gta;83;;gac
;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;16s tRNA;;;**;;gta;**;;gac
1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;3* 74;;atc;80;;gcc;58;;aaa
;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;tRNA 23s;;;102;;gaa;58;;aaa
1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;371;;gca;102;;gaa;58;;aaa
;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;336;;gca;102;;gaa;59;;aaa
;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;371;;gca;102;;gaa;57;;aaa
;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;5s tRNA;;;102;;gaa;58;;aaa
;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;100;;gac;102;;gaa;58;;aaa
2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;68;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;100;;gac;253;;gaa;58;;aaa
;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;tRNA 5s;;;102;;gaa;59;;aaa
;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;17;;acc;102;;gaa;59;;aaa
;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;tRNA tRNA;;intra;102;;gaa;**;;aaa
2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;3* 65;;atc gca;102;;gaa;8;;cac
;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;tRNA tRNA;;;47;;gaa;63;;aga
1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;8;;aca;**;;gcc;**;;cca
;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;35;;tac;40;;atgf;103;;atgf
;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;**;;gga;40;;atgf;**;;ctc
2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;39;;cgg;40;;atgf;51;;caa
1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;41;;cac;**;;atgf;131;;cta
;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;58;;cca;13;;ggc;20;;caa
1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;**;;cca;85;;tgc;96;;cta
1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;1172;;tca;**;;tta;49;;caa
;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;**;;tca;13;;ggc;211;;cta
;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;52;;aca;95;;tgc;5;;atgj
;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;539;;ttc;634;;tta;47;;caa
;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;52;;aca;95;;tgc;55;;cta
;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;**;;ttc;479;;tta;5;;atgj
1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;CDS 16s ;;52;;aca;132;;tgc;47;;caa
;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;647;614;**;;ttc;**;;tta;55;;cta
7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;988;687;21;;agc;128;;cat;**;;atgj
23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;876;1908;30;;cgt;128;;cat;167;;tgg
15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;206;1178;32;;cgt;189;;atgf;**;;tgg
0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;611;807;30;;cgt;45;;atgf;20;;ggc
;;;;;;;;-46;;0;5s 16s;;33;;cgt;2;;gtc;13;;ggt
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;1319;;9;;cgt;35;;atgf;47;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;23s 5s;;76;;agc;13;;gtc;47;;ggc
;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;8* 132;;35;;cgt;**;;atgf;15;;ggt
;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;2* 133;;9;;cgt;30;;tac;16;;ggc
;;;;;4213;253;;reste;1;5;177;;**;;agc;85;;tac;48;;ggc
;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;107;;tac;**;;ggc
;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====spl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;spl;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;43968;44525;614;*;
;;rRNA;45140;46682;349;*;16s
;;rRNA;47032;49926;132;*;23s
;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s
;;rRNA;51494;53036;349;*;16s
;;rRNA;53386;56280;132;*;23s
;;rRNA;56413;56528;339;*;5s
fin;comp;CDS;56868;57011;;;
deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*;
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;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s
fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;
&lt;/pre&gt;

====spl intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;;
spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5
;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10
;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7
;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6
;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6
;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6
;'''total 4213;&lt;201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6
3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3
2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5
4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6
3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6
1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2
5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7
1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4
4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1
5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3
1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3
4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4
1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4
1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2
897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3
1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1
4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3
1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2
3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1
1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4
1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2
2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3
600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1
1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2
3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2
223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1
3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3
967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3
4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3
4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1
3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1
750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0
2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0
2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2
2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2
2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0
4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0
2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1
3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;41;1060;0
4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0
1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0
4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0
2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0
2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1
4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0
2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0
1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1
2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2
2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2
2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2
4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1
4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0
1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0
4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14
3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167
;;;;470;19;;1400;0;305;20;;
;;;;480;12;;1450;1;310;16;;
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;;
4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;;
4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;;
2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;;
4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;;
5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;;
4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;;
1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;;
1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;;
164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;;
5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;;
73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;;
2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;;
2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50
31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF
31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;;
41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;;
1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc-
0;1;17;;0;1;8;0;1;17;&gt;0;1300;-1;0;126
10;8;284;;10;7;128;1;0;46;&lt;0;12;-2;2;0
20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0
30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136
40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0
50;16;75;;50;15;34;5;1;16;&gt;0;2469;-6;0;0
60;39;80;;60;36;36;6;2;13;&lt;0;414;-7;0;10
70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46
80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0
90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8
100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28
110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0
120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5
130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15
140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0
150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3
160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8
170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0
180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1
190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7
200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0
210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0
220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4
230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0
240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0
250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2
260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0
270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1
280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2
290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0
300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0
310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3
320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0
330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1
340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0
350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0
360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0
370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1
380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0
390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0
400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1
reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0
total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1
diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0
 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;5
;;;;;;;;;;;;total;12;414
;;;;;;;;;;;;-52;1;
&lt;/pre&gt;

====spl  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]]
9.6.21 Paris
&lt;pre&gt;
spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12
continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 Paris
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12
;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414
&lt;/pre&gt;

====spl autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp
;$rRNA;45140;349;;;;&amp;tRNA;1339706;52;comp;;;&amp;tRNA;2379767;13;;;;&amp;tRNA;3757983;103;comp
;$rRNA;47032;132;;;;&amp;tRNA;1339834;539;comp;;;&amp;tRNA;2379856;85;;;;&amp;tRNA;3758163;114;comp
;$rRNA;50059;1319;;;;&amp;tRNA;1340449;52;comp;;;&amp;tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp
;$rRNA;51494;349;;;;&amp;tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp
;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&amp;tRNA;3835257;51;comp
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;;;;;;fin;°CDS;2376525;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====spl intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_tRNA|spl intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
spl ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;;;
108 aas;pas de comp’;;;;;;;;;;;
aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
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;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;deb;fin;total
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;;;;;;;;;taux;42%;39%;40%
&lt;/pre&gt;

===Vibrio parahaemolyticus===
====vpb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]]
&lt;pre&gt;
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
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;;;;;
;2735697..2735772;;ttc;+;64
;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7
;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70
;2736066..2736141;;aac;2 aac;71
;2736213..2736288;;aca;;7
;2736296..2736371;;ttc;;43
;2736415..2736490;;aac;;
;;;;;
;2738623..2738698;;ttc;;51
;2738750..2738825;;aca;+;21
;2738847..2738922;;aac;2 aca;39
;2738962..2739037;;aca;2 aac;15
;2739053..2739128;;aac;;
;;;;;
comp;2741263..2741339;;gac;;31
comp;2741371..2741487;;5s;;57
comp;2741545..2741620;;acc;;100
comp;2741721..2741836;;5s;;73
comp;2741910..2744825;;23s;;257
comp;2745083..2745158;;gca;;41
comp;2745200..2745276;;atc;;56
comp;2745333..2746894;;16s;;
;;;;;
comp;2755928..2756012;;ttg;;
;;;;;
comp;2847646..2847722;;tgg;;68
comp;2847791..2847867;;gac;;30
comp;2847898..2848013;;5s;;73
comp;2848087..2851002;;23s;;258
comp;2851261..2851336;;gaa;;80
comp;2851417..2852978;;16s;;
;;;;;
comp;2987485..2987561;;atgf;+;56
comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18
comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35
comp;2987824..2987899;;ggc;;50
comp;2987950..2988025;;ggc;;49
comp;2988075..2988150;;ggc;;49
comp;2988200..2988275;;ggc;;30
comp;2988306..2988382;;atgf;;55
comp;2988438..2988513;;ggc;;30
comp;2988544..2988620;;atgf;;39
comp;2988660..2988735;;ggc;;19
comp;2988755..2988831;;atgf;;35
comp;2988867..2988942;;ggc;;
;;;;;
comp;3060924..3061000;;tgg;;68
comp;3061069..3061145;;gac;;30
comp;3061176..3061291;;5s;;73
comp;3061365..3064280;;23s;;257
comp;3064538..3064613;;gta;;14
comp;3064628..3064703;;gca;;32
comp;3064736..3064811;;aaa;;2
comp;3064814..3064889;;gaa;;80
comp;3064970..3066531;;16s;@3;319
comp;3066851..3066966;;5s;;73
comp;3067040..3069955;;23s;;261
comp;3070217..3071778;;16s;;
;;;;;
comp;3105094..3105169;;acc;;13
comp;3105183..3105257;;gga;;35
comp;3105293..3105377;;tac;;36
comp;3105414..3105489;;aca;;
;;;;;
comp;3111073..3111149;;gac;;30
comp;3111180..3111295;;5s;;73
comp;3111369..3114284;;23s;;261
comp;3114546..3116107;;16s;@1;317
comp;3116425..3116540;;5s;;73
comp;3116614..3119529;;23s;;261
comp;3119791..3121352;;16s;;
;;;;;
comp;3175944..3176034;;tca;;69
comp;3176104..3176219;;5s;;73
comp;3176293..3179211;;23s;;257
comp;3179469..3179544;;gca;;41
comp;3179586..3179662;;atc;;56
comp;3179719..3181280;;16s;@2;
;;;;;
comp;3217187..3217263;;gac;;30
comp;3217294..3217409;;5s;;73
comp;3217483..3220398;;23s;;59
;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55
comp;3220711..3220786;;gta;;30
comp;3220817..3220892;;aaa;;2
comp;3220895..3220970;;gaa;;80
comp;3221051..3222612;;16s;;
Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;;
;132908..134469;;16s;;80
;134550..134625;;gaa;;2
;134628..134703;;aaa;;16
;134720..134795;;gca;;14
;134810..134885;;gta;;54
comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19
;135142..138059;;23s;;73
;138133..138248;;5s;;69
;138318..138408;;tca;;
;;;;;
comp;192886..192969;;ctc;;
;;;;;
comp;591931..592021;;tca;;
;;;;;
comp;1009457..1009530;;tgc;;73
comp;1009604..1009690;;tta;;
;;;;;
comp;1021568..1021641;;tgc;;73
comp;1021715..1021801;;tta;;
;;;;;
comp;1029973..1030048;;ggc;;3
comp;1030052..1030125;;tgc;;
&lt;/pre&gt;
====vpb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]]
&lt;pre&gt;
vpb cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200;
;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300;
;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400;
;max a;6;80;9;2;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600;
;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700;
;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800;
sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900;
;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000;
;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100;
;a doubles;8;;1;0;;;;;;
;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0
total aas;;126;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;;
;;;variance;29;22;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;;
;;;variance;17;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]]
&lt;pre&gt;
vpb blocs;;;;;;;
16s;80;16s;80;16s;80;;
gaa;2;gaa;2;gaa;2;;
aaa;30;aaa;30;aaa;16;;
gta;55;gta;55;gca;14;;
cds 198;59;cds 198;59;gta;54;;
23s;73;23s;73;cds 180;19;;
5s;;5s;30;23s;73;;
;;gac;;5s;69;;
;;;;tca;;;
;;;;;;;
16s;56;16s;56;16s;88;16s;80
atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258
gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73
23s;73;23s;73;23s;73;5s;30
5s;100;5s;69;5s;30;gac;
acc;57;tca;;gac;;;
5s;31;;;;;;
gac;;;;;;;
;;;;;;;
16s;261;16s;261;;;;
23s;73;23s;73;;;;
5s;319;5s;317;;;;
16s;80;16s;261;;;;
gaa;2;23s;73;;;;
aaa;32;5s;30;;;;
gca;14;gac;;;;;
gta;257;;;;;;
23s;73;;;;;;
5s;30;;;;;;
gac;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====vpb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
&lt;/pre&gt;
====vpb1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;;c;x;
;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;suite;
;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;97;;gcc;32;;cgg;64;;ttc
;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;2* 65;;atc;72;;cac;7;;aca
;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;4* 89;;gaa;49;;cac;70;;ttc
;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;tRNA 23s;;;24;;cac;71;;aac
;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;2* 264;;gca;**;;cac;7;;aca
;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;2* 265;;gaa;29;;cta;43;;ttc
;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;264;;gta;47;;cta;**;;aac
;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;2* 319;;gta;24;;atgj;51;;ttc
;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s tRNA;;;52;;cta;21;;aca
3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;5* 30;;gac;29;;caa;39;;aac
;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;31;;gac;53;;cta;15;;aca
;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;100;;acc;24;;atgj;**;;aac
;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;69;;tca;52;;cta;56;;atgf
2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;tRNA 5s;;;29;;caa;18;;ggc
;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;57;;acc;54;;cta;35;;atgf
;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;tRNA tRNA;intra;;29;;caa;50;;ggc
1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;2;;gaa;35;;cta;49;;ggc
;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;30;;aaa;48;;caa;49;;ggc
;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;**;;gta;31;;cta;30;;ggc
;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;12;;gcc;77;;cta;55;;atgf
2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;**;;gaa;77;;atgj;30;;ggc
;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;41;;gca;31;;caa;39;;atgf
;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;**;;atc;40;;cta;19;;ggc
;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;14;;gta;**;;atgj;35;;atgf
1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;32;;gca;81;;tac;**;;ggc
1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;2;;aaa;81;;tac;13;;acc
;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;**;;gaa;81;;tac;35;;gga
;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;CDS 16s;;41;;gca;**;;tac;36;;tac
2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;454;556;**;;atc;32;;gtc;**;;aca
;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;504;496;30;;gta;**;;gtc;;;
1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;487;;2;;aaa;10;;ggc;;;
;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;575;;**;;gaa;76;;tta;;;
;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;817;;tRNA tRNA;contig;;20;;ggc;;;
1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;472;;35;;gac;**;;tgc;;;
;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;5s 16s;;**;;tgg;56;;atgf;;;
;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;319;;2* 68;;tgg;**;;ctc;;;
;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;317;;**;;gac;56;;cgt;;;
;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;16s 23s;;;;;57;;cgt;;;
;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;3* 277;;;;;57;;cgt;;;
;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;23s 5s;;;;;57;;cgt;;;
6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;10* 91;;;;;57;;cgt;;;
20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;5s CDS;;;;;56;;cgt;;;
14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;110;;;;210;;cgt;;;
0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;;**;;agc;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;31;;cgt;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;**;;agc;;;
;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;
;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;
;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====vpb2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;16s tRNA;;
;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;89;;gaa
;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;tRNA 23s;;
1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;263;;gta
1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;5s tRNA;;
;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;69;;tca
;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;tRNA tRNA;intra;
;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;2;;gaa
;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;CDS 16s;;16;;aaa
;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;468;;14;;gca
;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;**;;gta
;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;
;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;91;;73;;tgc
;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;**;;tta
;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;73;;tgc
;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;**;;tta
;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;3;;ggc
;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;**;;tgc
;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;
;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;
;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;
;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;
;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;
;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;
;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;
;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;
;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;
;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;
;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;
;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;
;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;
;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;
1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;
1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;
;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;
;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;
;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;
;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;
;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;
;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;
;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;
4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;
8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;
4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;
1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;1;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;
;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;
;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vpb1 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb1;;;;;
deb;;CDS;32632;33159;454;*;
;;rRNA;33614;35166;89;*;1553
;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa
;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa
;;tRNA;35440;35515;319;*;gta
;;rRNA;35835;38725;91;*;2891
;;rRNA;38817;38932;110;*;116
fin;comp;CDS;39043;39933;;0;
deb;comp;CDS;49246;49659;337;*;
;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg
;;tRNA;50106;50181;72;*;cac
;;tRNA;50254;50330;49;*;cac
;;tRNA;50380;50455;24;*;cac
;;tRNA;50480;50556;243;*;cac
fin;comp;CDS;50800;51525;;0;
deb;;CDS;330209;330847;37;*;
;;regulatory;330885;331020;72;*;
fin;;CDS;331093;332085;;;
deb;comp;CDS;398957;399760;284;*;
;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi
fin;comp;CDS;400261;402123;;;
deb;;CDS;447282;448145;166;*;
;;ncRNA;448312;448741;175;*;
fin;;CDS;448917;449867;;;
deb;comp;CDS;503781;504251;439;*;
;;misc_f;504691;504810;54;*;
fin;;CDS;504865;507324;;;
deb;comp;CDS;568478;569656;13;*;
;comp;misc_f;569670;569792;107;*;
fin;comp;CDS;569900;570226;;;
deb;;CDS;574893;577466;504;*;
;;rRNA;577971;579523;97;*;1553
;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc
;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa
;;rRNA;580050;582940;91;*;2891
;;rRNA;583032;583147;30;*;116
;;tRNA;583178;583254;35;*;gac
;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg
fin;;CDS;583733;584065;;;
deb;comp;CDS;670277;672010;111;*;
;comp;tmRNA;672122;672489;67;*;
fin;comp;CDS;672557;673042;;0;
deb;;CDS;768334;769509;139;*;
;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta
;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta
;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj
;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta
;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa
;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta
;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj
;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta
;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa
;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta
;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa
;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta
;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa
;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta
;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta
;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj
;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa
;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta
;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj
fin;comp;CDS;771961;772221;;;
deb;comp;CDS;786539;786679;259;*;
;;tRNA;786939;787015;290;*;cca
fin;comp;CDS;787306;788178;;0;
deb;comp;CDS;801540;802046;268;*;
;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg
fin;comp;CDS;802571;803704;;0;
deb;comp;CDS;909155;910015;203;*;
;;tRNA;910219;910295;50;*;aga
fin;;CDS;910346;910864;;;
deb;;CDS;980739;981611;477;*;
;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac
;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac
;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac
;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac
fin;;CDS;982954;984048;;;
deb;;CDS;997215;999218;137;*;
;;ncRNA;999356;999452;132;*;
fin;;CDS;999585;1000319;;0;
deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*;
;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*;
fin;comp;CDS;1082664;1083668;;;
deb;;CDS;1124121;1124570;144;*;
;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc
fin;;CDS;1125260;1126897;;;
deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*;
;;regulatory;1171480;1171660;113;*;
fin;;CDS;1171774;1173375;;0;
deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*;
;;misc_f;1177347;1177484;54;*;
fin;;CDS;1177539;1178435;;;
deb;;CDS;1417803;1418141;179;*;
;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc
;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc
fin;comp;CDS;1418602;1419771;;;
deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*;
;;regulatory;1803776;1803877;118;*;
fin;;CDS;1803996;1805372;;0;
deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*;
;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc
;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta
;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc
;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc
fin;comp;CDS;1988936;1989493;;;
deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*;
;;misc_f;2000710;2000813;125;*;
fin;;CDS;2000939;2002516;;;
deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*;
;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*;
fin;;CDS;2158460;2159353;;0;
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;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac
fin;;CDS;2164485;2165063;;;
deb;;CDS;2191631;2193439;153;*;
;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca
fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0;
deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*;
;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf
;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc
fin;comp;CDS;2548116;2548454;;;
deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*;
;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt
;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt
;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt
;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc
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;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt
;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc
fin;comp;CDS;2654144;2654341;;;
deb;;CDS;2699087;2699395;8;*;
;;ncRNA;2699404;2699588;4;*;
fin;;CDS;2699593;2700186;;;
deb;;CDS;2734457;2735596;100;*;
;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc
;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca
;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc
;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac
;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca
;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc
;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac
deb;;CDS;2736763;2738388;234;*;
;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc
;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca
;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac
;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca
;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac
deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*;
;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac
;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117
;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc
;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116
;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891
;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca
;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc
;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553
fin;comp;CDS;2747382;2748635;;;
deb;;CDS;2754342;2755625;302;*;
;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg
fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0;
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;;regulatory;2839663;2839841;102;*;
fin;;CDS;2839944;2841296;;0;
deb;;CDS;2847001;2847189;456;*;
;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg
;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac
;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116
;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891
;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa
;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553
fin;comp;CDS;2853554;2854333;;;
deb;;CDS;2985737;2986864;620;*;
;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf
;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc
;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf
;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc
;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc
;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf
;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc
;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf
;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc
;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf
;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc
fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0;
deb;;CDS;3060116;3060827;96;*;
;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg
;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac
;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116
;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891
;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta
;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca
;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa
;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa
;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553
;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116
;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891
;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553
fin;comp;CDS;3072596;3074731;;;
deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*;
;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc
;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga
;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac
;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca
fin;;CDS;3105696;3106619;;0;
deb;;CDS;3109235;3110575;497;*;
;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac
;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116
;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891
;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553
;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116
;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891
;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553
fin;;CDS;3121909;3122364;;1;
deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*;
;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*;
fin;;CDS;3126190;3127299;;0;
deb;;CDS;3173798;3174979;964;*;
;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca
;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116
;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894
;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca
;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc
;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553
fin;comp;CDS;3181753;3182466;;;
deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*;
;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*;
fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0;
deb;;CDS;3216111;3217093;93;*;
;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac
;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116
;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891
;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta
;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa
;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa
;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553
fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
&lt;/pre&gt;

=====vpb2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vpb2;;;;;
deb;comp;CDS;126972;127829;96;*;
;comp;regulatory;127926;128033;312;*;
fin;;CDS;128346;129731;;;
deb;;CDS;131915;132439;468;*;
;;rRNA;132908;134460;89;*;1553
;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa
;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa
;;tRNA;134720;134795;14;*;gca
;;tRNA;134810;134885;263;*;gta
;;rRNA;135149;138041;91;*;2893
;;rRNA;138133;138248;69;*;116
;;tRNA;138318;138408;501;*;tca
fin;comp;CDS;138910;139266;;;
deb;comp;CDS;192242;192853;32;*;
;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc
fin;;CDS;193533;194741;;0;
deb;;CDS;590953;591906;24;*;
;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca
fin;;CDS;592351;593031;;0;
deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*;
;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc
;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta
fin;;CDS;1010369;1012618;;0;
deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*;
;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc
;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta
fin;;CDS;1022339;1023970;;;
deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*;
;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc
;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc
fin;comp;CDS;1030348;1031802;;;
deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*;
;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga
fin;comp;CDS;1125302;1126159;;;
deb;;CDS;1291846;1292463;104;*;
;;regulatory;1292568;1292708;113;*;
fin;;CDS;1292822;1293478;;;
deb;;CDS;1311512;1311652;298;*;
;;regulatory;1311951;1312050;89;*;
fin;;CDS;1312140;1313153;;;
deb;;CDS;1632173;1633153;424;*;
;;regulatory;1633578;1633682;100;*;
fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia albertii===
====eal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]]
&lt;pre&gt;
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s   7;89;doubles;intercalaires
Escherichia albertii;;;;;
;219063..219144;;tac;+;212
;219357..219438;;tac;2 tac;
;;;;;
;413135..413219;;tcc;;
;;;;;
;462888..462972;;tca;;
;;;;;
comp;489120..489191;;gga;;6
comp;489198..489270;;aca;;
;;;;;
;615149..615233;;tcc;;
;;;;;
comp;756823..756895;;aaa;+;5
comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48
comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5
comp;757100..757172;;gta;;48
comp;757221..757293;;aaa;;
;;;;;
;834529..834602;;atgj;+;10
;834613..834694;;cta;2atgj ;26
;834721..834792;;caa;2caa ;37
;834830..834901;;caa;2 cag;18
;834920..834993;;atgj;;51
;835045..835116;;cag;;35
;835152..835223;;cag;;
;;;;;
comp;968958..969031;;aga;;
;;;;;
comp;1192416..1192488;;acg;;
;;;;;
comp;1269526..1269599;;gac;;
;;;;;
comp;1277040..1277113;;gac;;52
comp;1277166..1277285;;5s;@1;169
comp;1277455..1280377;;23s;;186
comp;1280564..1280636;;gca;;45
comp;1280682..1280755;;atc;;70
comp;1280826..1282367;;16s;;
;;;;;
;1567231..1567314;;ctg;+;31
;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35
;1567465..1567548;;ctg;;
;;;;;
comp;1657309..1657390;;ttg;;
;;;;;
comp;1765401..1765473;;ggc;+;159
comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;1795516..1795588;;ttc;;
;;;;;
comp;2006002..2006121;;5s;;169
comp;2006291..2009214;;23s;;186
comp;2009401..2009473;;gca;;45
comp;2009519..2009592;;atc;;70
comp;2009663..2011202;;16s;;
;;;;;
comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117
comp;2043359..2043431;;acc;;9
comp;2043441..2043512;;gga;;119
comp;2043632..2043713;;tac;;11
comp;2043725..2043797;;aca;@3;
;;;;;
comp;2047429..2047548;;5s;;169
comp;2047718..2050648;;23s;;186
comp;2050835..2050907;;gca;;45
comp;2050953..2051026;;atc;;68
comp;2051095..2052636;;16s;;
;;;;;
comp;2208305..2208424;;5s;@2;169
comp;2208594..2211517;;23s;;198
comp;2211716..2211788;;gaa;;85
comp;2211874..2213418;;16s;;
;;;;;
comp;2267554..2267627;;cca;;43
comp;2267671..2267754;;ctg;;23
comp;2267778..2267850;;cac;;61
comp;2267912..2267985;;cgg;;
;;;;;
comp;2305358..2305430;;tgg;;11
comp;2305442..2305515;;gac;;52
comp;2305568..2305687;;5s;;169
comp;2305857..2308779;;23s;;198
comp;2308978..2309050;;gaa;;85
comp;2309136..2310676;;16s;;
;;;;;
comp;2426158..2426248;;tga;;
;;;;;
;2556305..2556378;;ccg;;
;;;;;
;2810766..2812307;;16s;;85
;2812393..2812465;;gaa;;198
;2812664..2815586;;23s;;169
;2815756..2815875;;5s;;151
;2816027..2816099;;acc;;40
;2816140..2816259;;5s;;
;;;;;
;2911129..2911212;;ctc;;
;;;;;
; 2913088..2913161;;atgf;;
;;;;;
comp;3010332..3010404;;atgi;;
;;;;;
comp;3177717..3177789;;ttc;;
;;;;;
;3301617..3301687;;ggg;;
;;;;;
comp;3366868..3366941;;atgf;+;37
comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37
comp;3367090..3367163;;atgf;;
;;;;;
;3469914..3470003;;agc;;6
;3470010..3470083;;cgt;+;201
;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200
; 3470559..3470632;;cgt;;
;;;;;
;3505321..3505393;;atgi;;
;;;;;
;3563056..3564598;;16s;;85
;3564684..3564756;;gaa;;198
;3564955..3567876;;23s;;169
;3568046..3568165;;5s;;
;;;;;
comp;3779750..3779822;;aaa;;7
comp;3779830..3779902;;gta;+;47
comp;3779950..3780022;;gta;2 gta;
;;;;;
;3782718..3782790;;gcc;+;42
;3782833..3782905;;gcc;2 gcc;
;;;;;
comp;3810369..3810440;;agg;;
;;;;;
comp;3993500..3993573;;ccc;;
;;;;;
comp;4232176..4232248;;aac;;
;;;;;
;4233996..4234068;;aac;;
;;;;;
comp;4242952..4243024;;aac;;
;;;;;
comp;4248342..4248414;;aac;;
;;;;;
;4249406..4249492;;tcg;;
;;;;;
;4256696..4256768;;atgi;;100
;4256869..4256942;;aga;;
;;;;;
;4317980..4318052;;ggc;;56
;4318109..4318179;;tgc;;14
;4318194..4318277;;tta;;
;;;;;
comp;4556753..4556826;;gtc;+;7
comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
&lt;/pre&gt;

====eal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]]
&lt;pre&gt;
eal cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;13;140;0;;350;;140;;800;
sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;1;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;2;;;;;;;
;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0
total aas;;84;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;;
;;;variance;59;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]]
&lt;pre&gt;
eal blocs;;;
16s;70;70;68
atc;45;45;45
gca;186;186;186
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;85;85
gaa;198;198;198
23s;169;169;169
5s;52;;
gac;;;
;;;
16s;85;;
gaa;198;;
23s;169;;
5s;151;;
acc;40;;
5s;;;
&lt;/pre&gt;
====eal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eal données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;2* 70;;atc;212;;tac
1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;68;;atc;**;;tac
;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;4* 85;;gaa;6;;gga
1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;tRNA 23s;;;**;;aca
2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;3* 186;;gca;5;;aaa
3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;4* 198;;gaa;48;;gta
;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;5s tRNA;;;5;;aaa
2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;2* 52;;gac;48;;gta
;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;151;;acc;**;;aaa
2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;tRNA 5s;;;10;;atgj
1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;40;;acc;26;;cta
1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;tRNA tRNA;intra;;37;;caa
1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;3* 45;;atc gca;18;;caa
1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;tRNA tRNA;contig;;51;;atgj
;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;11;;tgg;35;;cag
1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;**;;gac;**;;cag
1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;;31;;ctg
;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;;35;;ctg
1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;**;;ctg
1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;159;;ggc
;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;**;;ggc
;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;9;;acc
;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;119;;gga
3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;11;;tac
2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;**;;aca
1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;43;;cca
;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;23;;ctc
2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;61;;cac
;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;**;;cgg
1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;37;;atgf
;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;37;;atgf
;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;**;;atgf
1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;6;;agc
;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;201;;cgt
1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;200;;cgt
;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;**;;cgt
1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;7;;aaa
1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;47;;gta
;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;**;;gta
;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;42;;gcc
3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;**;;gcc
35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;CDS 16s;;;;;100;;atgi
32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;364;339;;;;**;;aga
1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;370;477;;;;56;;ggc
;;;;;;;;-46;1;1;161;467;;;;14;;tgc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;264;;;;**;;tta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;3;0;23s 5s;;;;;7;;gtc
;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;7* 169;;;;;**;;gtc
;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;5s CDS;;;;;;;
;;;;;4207;537;;reste;7;4;300;113;;;;;;
;;;;;;4744;;total;119;617;56;98;;;;;;
;;;;;;;;;;;;460;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====eal autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;eal;;;;;
deb;;CDS;1006;1392;99;*;
;comp;gene;1492;5941;-3070;*;
fin;;CDS;2872;2988;;;
deb;;CDS;3611;3976;-366;*;
;;mobile_el;3611;4839;-906;*;
fin;;CDS;3934;4839;;;
deb;;CDS;14985;15332;-348;*;
;;mobile_el;14985;16921;-1540;*;
;;gene;15382;16569;549;*;
fin;;CDS;17119;18501;;;
deb;comp;CDS;34568;34681;26;*;
;;gene;34708;38448;-4;*;
fin;;CDS;38445;39989;;;
deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*;
;;gene;99769;99909;51;*;
fin;;CDS;99961;100896;;0;
deb;comp;CDS;102850;103833;195;*;
;;gene;104029;105320;30;*;
fin;comp;CDS;105351;105914;;0;
deb;;CDS;191840;192184;85;*;
;comp;gene;192270;193340;282;*;
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deb;;CDS;199369;199794;-426;*;
;;mobile_el;199369;201785;-1995;*;
fin;;CDS;199791;200141;;;
deb;;CDS;218062;218904;158;*;
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;;tRNA;219357;219438;376;*;tac
fin;comp;CDS;219815;220912;;;
deb;comp;CDS;239027;239722;104;*;
;comp;gene;239827;239964;271;*;
fin;;CDS;240236;241336;;0;
deb;comp;CDS;242534;244144;22;*;
;comp;gene;244167;244856;122;*;
deb;;CDS;244979;245305;-327;*;
;;mobile_el;244979;246192;-891;*;
fin;;CDS;245302;246192;;0;
deb;;CDS;277602;278456;130;*;
;;gene;278587;280453;49;*;
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deb;comp;CDS;285209;286279;9;*;
;comp;gene;286289;287587;329;*;
fin;;CDS;287917;289449;;0;
deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*;
;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*;
fin;comp;CDS;298914;299261;;;
deb;comp;CDS;300053;300712;71;*;
;comp;gene;300784;300984;220;*;
fin;;CDS;301205;301894;;;
deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*;
;;repeat_reg;304338;304360;-23;*;
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;;repeat_reg;304361;304409;0;*;
;;repeat_reg;304410;304432;3985;*;
fin;;CDS;308418;308762;;;
deb;;CDS;309802;310167;-366;*;
;;mobile_el;309802;311030;-906;*;
fin;;CDS;310125;311030;;;
deb;;CDS;313323;313712;-232;*;
;;repeat_reg;313481;313501;-21;*;
;;misc_f;313481;313581;-93;*;
;;repeat_reg;313489;313509;-13;*;
;;repeat_reg;313497;313517;-16;*;
;;repeat_reg;313502;313520;-11;*;
;;repeat_reg;313510;313528;276;*;
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;;mobile_el;332934;335350;-1995;*;
fin;;CDS;333356;333706;;;
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;comp;gene;426062;426701;264;*;
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;;mobile_el;463890;465118;-906;*;
fin;;CDS;464213;465118;;;
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;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca
fin;comp;CDS;489433;489567;;;
deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*;
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;comp;gene;523850;524032;-4;*;
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deb;comp;CDS;545508;546056;180;*;
;comp;gene;546237;548084;260;*;
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fin;;CDS;590746;592284;;0;
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;;misc_f;606309;606445;-117;*;
;;repeat_reg;606329;606347;0;*;
;;repeat_reg;606348;606367;0;*;
;;repeat_reg;606368;606386;0;*;
;;repeat_reg;606387;606406;0;*;
;;repeat_reg;606407;606425;0;*;
;;repeat_reg;606426;606445;1358;*;
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deb;;CDS;614451;614669;479;*;
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fin;;CDS;615518;615646;;0;
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;;mobile_el;625353;626050;-504;*;
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;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta
;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa
;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta
;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa
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;;tRNA;834830;834901;18;*;caa
;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj
;;tRNA;835045;835116;35;*;cag
;;tRNA;835152;835223;156;*;cag
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;comp;tRNA;1277040;1277113;52;*;gac
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;comp;tRNA;1280682;1280755;70;*;atc
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;;tRNA;1567465;1567548;41;*;ctg
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fin;;CDS;1592764;1593105;;0;
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;comp;gene;1617869;1619230;24;*;
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;comp;gene;1620590;1621672;318;*;
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deb;;CDS;1643482;1644588;269;*;
;;gene;1644858;1645271;9;*;
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;;mobile_el;1646137;1648072;-1539;*;
fin;;CDS;1646534;1648072;;;
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;;mobile_el;1648204;1649432;-906;*;
fin;;CDS;1648527;1649432;;;
deb;;CDS;1652275;1652700;434;*;
;;gene;1653135;1653353;-219;*;
;;mobile_el;1653135;1654347;-891;*;
fin;;CDS;1653457;1654347;;0;
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;comp;tRNA;1657309;1657390;195;*;ttg
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;comp;gene;1715652;1717169;32;*;
fin;comp;CDS;1717202;1718458;;;
deb;;CDS;1726606;1728678;122;*;
;;gene;1728801;1730049;101;*;
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deb;comp;CDS;1737392;1737697;15;*;
;comp;gene;1737713;1739111;348;*;
fin;;CDS;1739460;1740182;;0;
deb;comp;CDS;1740186;1741799;-1614;*;
;comp;mobile_el;1740186;1742601;-772;*;
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deb;;CDS;1763989;1765128;272;*;
;comp;tRNA;1765401;1765473;159;*;ggc
;comp;tRNA;1765633;1765705;210;*;ggc
fin;comp;CDS;1765916;1766473;;0;
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;;tRNA;1795516;1795588;120;*;ttc
fin;comp;CDS;1795709;1795831;;0;
deb;;CDS;1851873;1852316;38;*;
;;gene;1852355;1852567;267;*;
fin;comp;CDS;1852835;1853443;;;
deb;comp;CDS;1859763;1861121;141;*;
;comp;gene;1861263;1862016;-24;*;
fin;;CDS;1861993;1862127;;;
deb;;CDS;1865164;1868547;84;*;
;comp;gene;1868632;1868922;48;*;
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deb;;CDS;1870491;1870619;0;*;
;comp;gene;1870620;1871063;79;*;
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deb;;CDS;1949708;1953091;84;*;
;comp;gene;1953176;1953466;48;*;
fin;comp;CDS;1953515;1953784;;;
deb;comp;CDS;1981727;1981849;173;*;
;;gene;1982023;1983165;229;*;
fin;;CDS;1983395;1983667;;0;
deb;;CDS;2005445;2005888;113;*;
;comp;rRNA;2006002;2006121;169;*;120
;comp;rRNA;2006291;2009214;186;*;2924
;comp;tRNA;2009401;2009473;45;*;gca
;comp;tRNA;2009519;2009592;70;*;atc
;comp;rRNA;2009663;2011202;339;*;1540
fin;;CDS;2011542;2011730;;;
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deb;comp;CDS;4137317;4138369;255;*;
;;gene;4138625;4139629;-66;*;
deb;comp;CDS;4139564;4140067;-504;*;
;comp;mobile_el;4139564;4140261;-276;*;
fin;comp;CDS;4139986;4140261;;;
deb;;CDS;4155516;4155818;-303;*;
;;mobile_el;4155516;4156684;-840;*;
deb;;CDS;4155845;4156684;8;*;
;;gene;4156693;4156833;772;*;
fin;comp;CDS;4157606;4159459;;0;
deb;comp;CDS;4217020;4217574;2;*;
;comp;gene;4217577;4218935;-4;*;
fin;comp;CDS;4218932;4219480;;;
deb;;CDS;4231182;4232117;58;*;
;comp;tRNA;4232176;4232248;100;*;aac
deb;comp;CDS;4232349;4233833;162;*;
;;tRNA;4233996;4234068;71;*;aac
fin;comp;CDS;4234140;4235642;;;
deb;comp;CDS;4238007;4242296;655;*;
;comp;tRNA;4242952;4243024;324;*;aac
fin;;CDS;4243349;4243624;;;
deb;comp;CDS;4244552;4246090;-1539;*;
;comp;mobile_el;4244552;4246433;-294;*;
;comp;gene;4246140;4246433;4;*;
;;gene;4246438;4246626;-189;*;
;;mobile_el;4246438;4247675;-1072;*;
;;gene;4246604;4246804;-20;*;
fin;;CDS;4246785;4247675;;;
deb;;CDS;4247983;4248300;41;*;
;comp;tRNA;4248342;4248414;100;*;aac
deb;comp;CDS;4248515;4249312;93;*;
;;tRNA;4249406;4249492;55;*;tcg
fin;comp;CDS;4249548;4250573;;;
deb;;CDS;4255597;4256646;49;*;
;;tRNA;4256696;4256768;100;*;atgi
;;tRNA;4256869;4256942;502;*;aga
deb;;CDS;4257445;4257576;916;*;
;;mobile_el;4258493;4258858;-43;*;
fin;;CDS;4258816;4260225;;0;
deb;;CDS;4261965;4262312;-348;*;
;;mobile_el;4261965;4263900;-1539;*;
fin;;CDS;4262362;4263900;;;
deb;;CDS;4278068;4278370;12;*;
;;gene;4278383;4279027;137;*;
fin;;CDS;4279165;4280583;;;
deb;comp;CDS;4287685;4287954;8;*;
;comp;gene;4287963;4288700;-1;*;
fin;comp;CDS;4288700;4289068;;;
deb;comp;CDS;4304648;4305058;24;*;
;comp;gene;4305083;4306483;264;*;
fin;;CDS;4306748;4308007;;;
deb;;CDS;4317280;4317828;151;*;
;;tRNA;4317980;4318052;56;*;ggc
;;tRNA;4318109;4318179;14;*;tgc
;;tRNA;4318194;4318277;712;*;tta
;;gene;4318990;4319154;-165;*;
;;mobile_el;4318990;4320203;-1072;*;
;;gene;4319132;4319332;-20;*;
fin;;CDS;4319313;4320203;;0;
deb;;CDS;4377172;4377537;-366;*;
;;mobile_el;4377172;4378400;-906;*;
fin;;CDS;4377495;4378400;;;
deb;;CDS;4378416;4378562;151;*;
;;gene;4378714;4380770;-4;*;
fin;comp;CDS;4380767;4381429;;;
deb;comp;CDS;4437118;4437621;42;*;
;comp;gene;4437664;4439143;179;*;
fin;comp;CDS;4439323;4440657;;;
deb;;CDS;4448284;4448556;1106;*;
;;gene;4449663;4450085;305;*;
fin;;CDS;4450391;4451527;;;
deb;;CDS;4461624;4462049;-426;*;
;;mobile_el;4461624;4464040;-1995;*;
fin;;CDS;4462046;4462396;;;
deb;comp;CDS;4483177;4484004;198;*;
;;gene;4484203;4484540;298;*;
fin;;CDS;4484839;4485159;;;
deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*;
;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc
;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc
fin;;CDS;4557206;4558462;;0;
deb;;CDS;4580951;4581385;46;*;
;comp;gene;4581432;4581897;273;*;
fin;;CDS;4582171;4583292;;;
deb;;CDS;4603717;4604412;51;*;
;;gene;4604464;4604628;-165;*;
;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*;
;;gene;4604606;4604806;-20;*;
fin;;CDS;4604787;4605677;;0;
deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*;
;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*;
fin;comp;CDS;4658477;4658842;;;
deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*;
;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*;
fin;comp;CDS;4662051;4662401;;;
deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*;
;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*;
fin;;CDS;4681342;4681845;;0;
deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*;
;;gene;4698399;4698569;7;*;
;;gene;4698577;4699832;109;*;
fin;;CDS;4699942;4701063;;0;
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli===
====eco opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]]
&lt;pre&gt;
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;
50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP
;223771..225312;;16s;;68;opéron;
;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30045]
;225500..225575;;gca;;183;« ;
;225759..228662;;23s;;93;« ;
;228756..228875;;5s;@1;52;« ;
;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30024]
;;;;;;;
;236931..237007;;gac;;;;
;;;;;;;
;262871..262946;;acg;;;;
;;;;;;;
;564723..564799;;aga;;;;
;;;;;;;
comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron;
comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30029]
comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ;
comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ;
comp;696865..696939;;caa;;23;« ;
comp;696963..697047;;cta;;9;« ;
comp;697057..697133;;atg;;;;
;;;;;;;
;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30055]
;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron;
;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ;
;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6389]
;781147..781222;;aaa;;146;opéron;
;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6391]
;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=G6392]
;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30055&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
;;;;;;;
comp;1031625..1031712;;tca;;;;
;;;;;;;
comp;1097565..1097652;;tcc;;;;
;;;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr;
comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron;
comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30106]
;;;;;;;
; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30111]
; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron;
;;;;;;«RNA 67pb;
comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1983402/2000314]
comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ;
comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron;
;;;;;;;
comp;2043468..2043557;;tcg;;;;
;;;;;;;
;2044549..2044624;;aac;;;;
;;;;;;;
comp;2058027..2058102;;aac;;;;
;;;;;;;
; 2059851..2059926;;aac;;;;
;;;;;;;
;2062260..2062335;;aac;;;;
;;;;;;;
;2286211..2286287;;ccc;;;;
;;;;;;;
;2466309..2466383;;agg;;;;
;;;;;;;
comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30012]
comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron;
;;;;;;;
;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30110]
;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron;
;2521173..2521248;;gta;;4;« ;
;2521253..2521328;;aaa;;;« ;
;;;;;;;
comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron;
comp;2726281..2729184;;23s;;184;;
comp;2729369..2729444;;gaa;;171;;
comp;2729616..2731157;;16s;;;;
;;;;;;;
comp;2785762..2785837;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ;
comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ;
comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ;
comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron;
comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30013]
;;;;;;;
;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron;
;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG31117]
;2947607..2947683;;atgf;;;« ;
;;;;;;;
comp;2998984..2999057;;ggg;;;;
;;;;;;;
;3110366..3110441;;ttc;;;;
;;;;;;;
;3215598..3215673;;atgi;;;;
;;;;;;;
comp;3318213..3318289;;atgf;;;;
;;;;;;;
comp;3322072..3322158;;ctc;;;;
;;;;;;;
comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ;
comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ;
comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ;
comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ;
comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ;
comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30044]
comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron;
;;;;;;;
comp;3708616..3708692;;ccg;;;;
;;;;;;;
;3836222..3836316;;tga;;;;
;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons]
;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30033]
;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron;
;3943704..3946607;;23s;;92;« ;
;3946700..3946819;;5s;;52;« ;
;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30023]
;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30105]
;;;;;;;
;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30017]
;3982509..3982585;;cac;;20;opéron;
;3982606..3982692;;ctg;;42;« ;
;3982735..3982811;;cca;;;« ;
;;;;;;;
;4035531..4037072;;16s;;68;opéron;
;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30043]
;4037260..4037335;;gca;;183;« ;
;4037519..4040423;;23s;;93;« ;
;4040517..4040636;;5s;;;« ;
;;;;;;;
;4166659..4168200;;16s;;171;opéron;
;4168372..4168447;;gaa;;193;;
;4168641..4171544;;23s;;92;;
;4171637..4171756;;5s;;;;
;;;;;;;
;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30101]
;4175472..4175556;;tac;;116;opéron;
;4175673..4175747;;gga;;6;« ;
;4175754..4175829;;acc;;114;« ;
;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ;
;;;;;;;
;4208147..4209688;;16s;;85;opéron;
;4209774..4209849;;gaa;;193;;
;4210043..4212946;;23s;;93;;
;4213040..4213159;;5s;;;;
;;;;;;;
comp;4362551..4362626;;ttc;;;;
;;;;;;;
;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron;
;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30040]
;4392583..4392658;;ggc;;;« ;
;;;;;;;
;4496405..4496489;;ttg;;;;
;;;;;;;
comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron;
comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&amp;id=EG30051]
comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
&lt;/pre&gt;
====eco cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]]
&lt;pre&gt;
eco cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100;
;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200;
;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300;
;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400;
;max a;3;80;1;;200;;80;;500;
;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600;
;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700;
;total aas;14;140;2;;350;;140;;800;
sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900;
;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000;
;max a;7;200;2;;500;;200;;1100;
;a doubles;10;;1;;;;;;;
;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0
total aas;;86;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;;
;;;variance;60;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====eco cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]
&lt;pre&gt;
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;;
clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes;
;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;;
;223771..225312;;16s;68;;;;;
;225381..225457;;atc;42;;;;;
;225500..225575;;gca;183;;;;;
;225759..228662;;23s;93;;;;;
;228756..228875;;5s;52;;;;;
;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;;
;229167..229970;;cds;;268;;;;
;;;;;;;;;
comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien;
comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;;
comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;;
comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;;
comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;;
comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;;
;;;;;;;;;
;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;;
comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;;
comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;;
comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;;
comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;;
comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;;
comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;;
;3429236..3429790;;cds;;185;;;;
;;;;;;;;;
comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;;
;3941808..3943349;;16s;85;;;;;
;3943435..3943510;;gaa;193;;;;;
;3943704..3946607;;23s;92;;;;;
;3946700..3946819;;5s;52;;;;;
;3946872..3946948;;gac;8;;;;;
;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien;
comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;;
;;;;;;;;;
;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;;
;4035531..4037072;;16s;68;;;;;
;4037141..4037217;;atc;42;;;;;
;4037260..4037335;;gca;183;;;;;
;4037519..4040423;;23s;93;;;;;
;4040517..4040636;;5s;228;;;;;
;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien;
comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;;
;;;;;;;;;
;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;;
;4166659..4168200;;16s;171;;;;;
;4168372..4168447;;gaa;193;;;;;
;4168641..4171544;;23s;92;;;;;
;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4172057..4173085;;cds;;343;;;;
;;;;;;;;;
comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;;
;4208147..4209688;;16s;85;;;;;
;4209774..4209849;;gaa;193;;;;;
;4210043..4212946;;23s;93;;;;;
;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien;
;4213234..4213617;;cds;;128;;;;
;;;;;;;;;
;695101..696276;;cds;31;392;;;;
comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien;
comp;696430..696504;;cag;37;;;;;
comp;696542..696616;;cag;47;;;;;
comp;696664..696740;;atg;15;;;;;
comp;696756..696830;;caa;34;;;;;
comp;696865..696939;;caa;23;;;;;
comp;696963..697047;;cta;9;;;;;
comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien;
comp;697513..699177;;cds;;555;;;;
;;;;;;;;;
;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien;
;780554..780629;;aaa;135;;;;;
;780765..780840;;gta;2;;;;;
;780843..780918;;aaa;149;;;;;
;781068..781143;;gta;3;;;;;
;781147..781222;;aaa;146;;;;;
;781369..781444;;aaa;132;;;;;
;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma;
;782085..783128;;cds;;348;;;;
;;;;;;;;;
;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;;
comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;;
comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;;
comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;;
comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;;
comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;;
;;;;;;;;;
solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien
;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=228513/245425]
;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=262297/263521]
;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=564149/565373]
comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=EG30096&amp;chromosome=COLI-K12]
comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1023213/1040125]
comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=1089153/1106065]
comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2035057/2051969]
;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2036131/2053043]
comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2049609/2066521]
; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2051433/2068345]
;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2053842/2070754]
;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2277793/2294705]
;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2457890/2474802]
comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2777344/2794256]
comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=2990565/3007477]
;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3101948/3118860]
;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3207180/3224092]
comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3309795/3326707]
comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3313659/3330571]
comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3700198/3717110]
;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=3827813/3844725]
comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4354133/4371045]
;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&amp;object=NIL&amp;chromosome=COLI-K12&amp;orgids=ECOLI&amp;bp-range=4487991/4504903]
&lt;/pre&gt;
====eco blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]]
&lt;pre&gt;
eco blocs;;;;
16s;68;16s;68;68
atc;42;atc;42;42
gca;174;gca;183;183
23s;92;23s;93;93
5s;12;5s;52;
acc;37;gac;;
5s;;;;
;;;;
16s;85;171;171;85
gaa;193;184;193;193
23s;92;92;92;93
5s;52;;;
gac;;;;
&lt;/pre&gt;
====eco distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
&lt;/pre&gt;
====eco données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;;c;x;
;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;2* 171;;gaa;37;;cag
;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;3* 68;;atc;47;;cag
;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;2* 85;;gaa;15;;atgj
2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;tRNA 23s;;;34;;caa
;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;184;;gaa;23;;caa
2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;174;;gca;9;;cta
;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;3* 193;;gaa;**;;atgj
1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;2* 183;;gca;135;;aaa
;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;5s tRNA;;;2;;gta
2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;12;;acc;149;;aaa
;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;2* 52;;gac;3;;gta
;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;tRNA 5s;;;146;;aaa
1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;37;;acc;132;;aaa
;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;tRNA tRNA;;intra;**;;aaa
1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;3* 42;;atc gca;209;;tac
1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;;**;;tac
;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;;4;;gtc
;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;;**;;gtc
;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;12;;tta
1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;54;;tgc
1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;**;;ggc
;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;39;;ggc
;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;**;;ggc
2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;44;;gta
1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;46;;gta
1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;4;;gta
1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;**;;aaa
;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;198;;cgt
;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;62;;cgt
1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;198;;cgt
1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;3;;cgt
;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;**;;agc
1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;33;;atgf
;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;33;;atgf
2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;**;;atgf
;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;8;;gac
1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;CDS 16s ;;;;;**;;tgg
;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;362;473;;;;57;;cgg
;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;442;480;;;;20;;cac
;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;377;614;;;;42;;ctg
5;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;373;;;;;**;;cca
29;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;23s 5s;;;;;8;;aca
24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;3* 93;;;;;116;;tac
1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;4* 92;;;;;6;;gga
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;;**;;acc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;300;81;;;;36;;ggc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;1;74;228;;;;35;;ggc
;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;269;;;;**;;ggc
;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;34;;ctg
;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;28;;ctg
;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;**;;ctg
&lt;/pre&gt;
=====eco autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
;autres intercalaires;;eco27622;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas
deb;;CDS;14168;15298;88;;
;;mobile_el;15387;16731;-1287;*;
fin;;CDS;15445;16557;;;
deb;comp;CDS;16751;16960;-9;;
;;ncRNA;16952;17010;478;*;
fin;;CDS;17489;18655;;;
deb;;CDS;18715;19620;175;;
;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*;
fin;comp;CDS;19811;20314;;;
deb;comp;CDS;74497;75480;35;;
;comp;ncRNA;75516;75608;35;*;
deb;comp;CDS;75644;77299;67;;
;;ncRNA;77367;77593;-206;*;
fin;;CDS;77388;77519;;;
deb;;CDS;91413;93179;-695;;
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;;gene;4574135;4576855;56;*;
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deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;;
;;ncRNA;4579835;4579911;156;*;
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deb;;CDS;4605804;4606040;38;;
;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg
;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg
;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg
fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;;
eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738
;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29
;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203
;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174
;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176
;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99
;'''total 4024;&lt;201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67
4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56
2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87
2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80
2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72
4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82
767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72
1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66
310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60
1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57
1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52
3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50
2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49
2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58
3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56
1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56
2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64
83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40
2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51
4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34
4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53
1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41
2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49
4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26
582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52
4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51
3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30
384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36
3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36
1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34
1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28
985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36
88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32
4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31
654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30
1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39
;;34;15;280;37;;total;767;210;33
;;35;12;290;38;;;;215;29
;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;37
;;37;18;310;22;;600;3992;225;16
;;38;13;320;29;;610;4;230;24
;;39;°22;330;18;;620;5;235;19
;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22
;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24
;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17
;;;;370;19;;660;3;255;19
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28
164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15
2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12
492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23
4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14
1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21
3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17
3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17
10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9
1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10
3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12
578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14
508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15
3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8
16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10
1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10
4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8
1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7
3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4
3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13
1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7
2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13
19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6
257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174
279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50
31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF
31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;;
;400;200;250;;corrélation;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;;
41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;;
1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;;
eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc-
0;13;16;0;13;16;0;13;8;&gt;0;1062;-1;0;163
10;36;341;1;4;43;10;36;160;&lt;0;94;-2;2;0
20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0
30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260
40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0
50;79;73;5;1;13;50;79;34;&gt;0;2195;-6;0;0
60;51;103;6;4;12;60;51;48;&lt;0;644;-7;1;14
70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59
80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0
90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6
100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34
110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0
120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3
130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15
140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0
150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2
160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10
170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0
180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4
190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8
200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0
210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3
220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6
230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0
240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2
250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7
260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0
270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3
280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4
290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0
300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1
310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5
320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0
330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0
340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1
350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0
360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1
370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1
380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0
390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0
400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0
reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0
total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8
diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1
 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;reste;11;21
;;;;;;;;;;;total;94;644
&lt;/pre&gt;

====eco  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11
continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94
;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644
&lt;/pre&gt;

====eco autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116;
;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121;
fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;;
deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4;
;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0;
fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713;
deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;;
;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24;
fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94;
deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;;
;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104;
deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245;
;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&amp;tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;;
fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261;
deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382;
;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;;
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;gene;1204401;11;;;deb;°CDS;2168712;81;;;;gene;3559848;16;;;;&amp;tRNA;4606079;34;comp
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;;;;;;;mobile;2170171;-1193;;;;;;;;;;&amp;tRNA;4606315;267;comp
;;;;;;fin;°CDS;2170236;;;;;;;;;;fin;°CDS;4606669;;comp
&lt;/pre&gt;

====eco intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_tRNA|eco intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
eco;intercalaires tRNAs;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;162;;67;14;;
;;;132;;327;;74;78;;
;;;114;;;;75;91;'''deb;
;;comp’;242;;;;100;100;&lt;201;10
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6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59%
;;comp’;343;;253;;114;114;;
;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin;
;;comp’;735;comp’;233;;132;151;&lt;201;11
;209;;67;;159;;155;159;total;20
;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55%
;12 54;;-;;151;;206;235;;
;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total;
;;;100;;313;;210;267;&lt;201;21
;;comp’;452;;100;;280;313;total;37
;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57%
;;comp’;326;comp’;55;;750;327;;
;;;74;;;;910;379;;
;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls
;39;comp’;208;;235;;4;37;;
;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;;
;;;750;;;;124;55;'''deb;
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;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17
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;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin;
;;;206;comp’;347;;258;264;&lt;201;7
;;;458;;14;;292;347;total;11
;;;910;;91;;307;426;taux;64%
;;comp’;292;;;;326;'''-;;
;8;;;comp’;95;;343;'''-;'''total;
;57 20 42;;102;;146;;361;'''-;&lt;201;12
;8 116 6;comp’;361;;114;;452;'''-;total;28
;;;;;106;;569;'''-;taux;43%
;36 35;;210;;233;;735;'''-;;
;;comp’;195;;;;;;;
;34 28;comp’;38;;267;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;deb;fin;total
;;;;;;;&lt;201;15;18;33
;;;;;;;total;34;31;65
;;;;;;;taux;44%;58%;51%
&lt;/pre&gt;

===Escherichia coli Nissle 1917===
====ecoN opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;;
50%GC;21.8.19 Paris;16s  10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;;
Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;;
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;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;;
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;;;;;;;;;;;;
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;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;;
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;;;;;;;;;;;;
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;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;;
;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;
;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;*
comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;;
comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;;
comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;;
comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;;
comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;;
comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;;
comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;;
comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;*
;;;;;;;;;;;;
;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;*
;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;;
;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;;
;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;;
;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;;
;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;;
;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;;
;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;;
;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;*
;;;;;;;;;;;;
;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;*
comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;*
comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;;
;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;*
;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;;
&gt; comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;*
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;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;*
comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;;
;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;*
;;;;;;;;;;;;
;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;*
comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA;
comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;;
comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;;
comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;;
&lt;;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;;
&lt;;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;*
;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;;
;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;;
;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;*
comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;;
comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;;
comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;;
comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;*
comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;;
;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;*
;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;;
;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;*
comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;;
;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;*
comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;;
;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;*
;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;;
;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;*
;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;;
comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;*
;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;;
comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;*
comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;;
;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;;
;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;;
;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;;
;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;;
comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;*
comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;;
comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;;
comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;;
comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;;
comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;*
comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;;
comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;;
comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;;
comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;;
comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;;
comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;;
comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;*
;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;;
;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;;
;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;;
;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;*
comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;;
comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;*
;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;;
;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;*
;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;;
comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;;
&gt;;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;*
comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;;
;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;*
comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;;
comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;*
;;;;;;;;;;;;
;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;;
comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;;
comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;;
comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;;
comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;;
comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;;
;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;*
comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;;
comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;;
&gt;;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;;
;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;;
;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;;
;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;;
;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;;
;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;;
comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;*
;;;;;;;;;;;;
;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;*
;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;;
;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;;
;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;;
;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;;
;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;*
;;;;;;;;;;;;
;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;*
;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;;
;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;;
;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;;
;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;;
;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;;
comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;*
;;;;;;;;;;;;
;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;*
;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;;
;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;;
;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;;
;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;*
;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;;
;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;;
;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;;
;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;;
;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;*
;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;;
;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;*
;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;;
;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;;
;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;;
;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
&lt; comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;*
comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;;
comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;*
;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;;
;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;;
;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;;
;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;*
;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;;
&lt;&gt; comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;;
comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;;
comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;*
;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;;
;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;;
;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;;
;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;*
comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;*
comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;;
&lt; comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;*
;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;;
;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;;
;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;;
;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;;
;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;;
;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;;
;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;;
;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;*
comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;*
comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;;
comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;;
&lt;;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;;
&gt;;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;*
comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;;
;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;*
comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;;
comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;;
comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;;
;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;*
;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;;
;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;;
&lt;;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;*
;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;;
comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;*
;;;;;;;;;;;;
comp &gt;;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;;
comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;;
comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;;
comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;;
comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;;
comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;;
comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;*
&gt;;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;*
;;;;;;;;;;;;
&gt; comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;;
comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;;
comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;;
&lt; comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;*
comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;*
comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;;
comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;;
&lt; comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
&gt;;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;*
comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;;
comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
&lt;/pre&gt;

====ecoN cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]]
&lt;pre&gt;
ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0
;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1
;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6
;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8
;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8
;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7
;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11
;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11
sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6
;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9
;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12
;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0
;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79
total aas;;121;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172
;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79
sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;;
;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]]
&lt;pre&gt;
ecoN blocs;;;;;;;;;;;;
gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs
cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s
16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189
gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255
gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520
23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520
5s;54;116;;;;;;;;;;1528
gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552
cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554
;;;;;;gaa;12;;;;;1554
cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554
5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738
23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;;
gaa;431;;;;;;;;;;;
16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s
cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447
;;;;;;gca;42;;;;;2472
cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472
16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588
cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611
gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813
23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291
5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452
cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;;
;;;;;;;;;;;;5s
cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11
5s;39;116;;;;gca;42;;;;;
acc;14;;;;;atc;56;;;;;
5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;;
acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;;
5s;1834;116;;;;;;;;;;
gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;;
cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;;
;;;;;;5s;83;116;;;;
cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;;
16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;;
atc;42;;;;;;;;;;;
gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;;
23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;;
5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;;
cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;;
;;;;;;atc;42;;;;;
cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;;
16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;;
gaa;184;;;;;gaa;185;;;;;
23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;;
5s;53;116;;;;5s;76;116;;;;
gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;;
tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;;
cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ecoN distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
&lt;/pre&gt;

====ecoN eco====
=====ecoN eco tableaux=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;;
;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&amp;;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;;
;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;;
;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;;
;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;;
cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds
eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA
;;223771..225312;$16s;68;&amp;1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&amp;1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&amp;1520;
;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;;
;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;;
;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&amp;2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66
;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;;;;;237403..237518;$5s;54;&amp;116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71
;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;;
;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero
;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&amp;1542;
eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;;
;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;;
;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&amp;2904;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&amp;120;
eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;;
;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB
;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp &gt;;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32
;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&amp;2813;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;;
eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;;
;;564723..564799;aga;15;;;;;;632286..632362;aga;15;;;;;comp;5344729..5346282;$16s;]1063;&amp;1554;
;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;;
;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&amp;1554;
eco5;;695101..696276;cds;31;392;@octaprenyl;;ecoN5;;733188..734363;CDS;153;392;@octaprenyl;;;comp;5349516..5350088;CDS;[187;191;]D-glycero
;comp;696308..696378;rpr;51;&amp;71;rpt71;;;comp;734517..734591;°cag;37;;;;;&gt;;5350276..5350914;CDS;;213;ABC MetN
;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ
;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&amp;120;
;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;;
;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&amp;120;
;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&amp;2904;
;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;;
;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;;
;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&amp;1542;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA
eco6;;779598..780389;cds;164;264;@ cell CpoB;;ecoN6;;807377..808169;CDS;164;264;@ p-cell CpoB;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;]pu-ABC
;;780554..780629;°aaa;135;;;;;;808334..808409;°aaa;35;;;;;comp;3785374..3785489;$5s;]39;&amp;116;
;;780765..780840;gta;2;;;;;;808445..808520;gta;2;;;;;comp;3785529..3785605;acc;]14;;
;;780843..780918;°aaa;149;;;;;;808523..808598;°aaa;51;;;;;comp;3785620..3785735;$5s;]777;&amp;116;
;;781068..781143;gta;3;;;;;;808650..808725;gta;3;;;;;comp;3786513..3786588;acc;]14;;
;;781147..781222;°aaa;146;;;;;;808729..808804;°aaa;48;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;]1834;&amp;116;
;;781369..781444;°aaa;132;;;;;;808853..808928;°aaa;33;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;;
;;781577..781652;°aaa;432;;;;;;808962..809037;°aaa;277;;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase
;;782085..783128;cds;;348;@quino;;;;809315..810358;CDS;;348;@quino NadA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco7;;923264..925540;cds;343;759;@ATP ClpA;;ecoN7;;950069..952345;CDS;343;759;@ATP ClpA;;EcoN 59;&gt;;5433568..5433687;CDS;39;40;§p-Nam
;comp;925884..925971;tcc;253;;;;;comp;952689..952776;tcc;253;;;;ok;comp;5433727..5433814;tcc;253;;
;comp;926225..926443;cds;;73;@tif IF-1;;;comp;953030..953248;CDS;;73;@tif IF-1;;;comp;5434068..5434286;CDS;;73;@tif IF-1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;;
;comp;1031625..1031712;tca;426;;;;;comp;1048090..1048177;tca;426;;;;;;;;;;
;;1032139..1033257;cds;;373;@Hnase1;;;;1048604..1049722;CDS;;373;@Hnase1;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco9;;;;;;;;ecoN9;;1183656..1184018;CDS;463;121;hp-121;;;;;;;;
;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt; comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco10;;1095843..1096829;cds;735;329;§un-YcdU;;ecoN10;;1213982..1214809;CDS;165;276;§DUF4942;;;;;;;;
;comp;1097565..1097652;tcc;233;;;;;comp;1214975..1215062;tcc;233;;;;;;;;;;
;;1097886..1098824;cds;;313;@glyoxylate A;;;;1215296..1216234;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;;
;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco12;;1286709..1286984;cds;81;92;§p-un-YchS;;ecoN12;;1457038..1458129;CDS;16;364;§acyl-CoA ;;;;;;;;
;comp;1287066..1287236;ncRNA;-150;&amp;171;§RttR sRNA;;;comp;1458146..1458277;ncRNA;46;44;§RtT sRNA;;;;;;;;
;comp;1287087..1287176;cds;67;30;§tpr;;;comp;1458324..1458408;°tac;33;;;;;;;;;;
;comp;1287244..1287328;°tac;209;;;;;comp;1458442..1458526;°tac;159;;;;;;;;;;
;comp;1287538..1287622;°tac;159;;;;;comp;1458686..1459528;CDS;;281;@fTHF;;;;;;;;
;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN13;comp;1829066..1830322;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco13;;;;;;;;;;1830630..1830706;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;*****;°gtc;*****;;;;;;1830711..1830787;°gtc;6;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;&lt;;1830794..1831177;CDS;;128;§p-MdtK;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN14;comp;1831218..1832474;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
eco14;;*****;°gtc;*****;;;;;;1832782..1832858;°gtc;4;;;;;;;;;;
;;;°gtc;;;;;;;1832863..1832939;°gtc;8;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&lt;;1832948..1833280;CDS;;111;§p-MATE;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco15;comp;1744871..1746127;cds;307;419;%adhes YdhQ;;ecoN15;comp;1833321..1834577;CDS;307;419;%hp-419;;;;;;;;
;; 1746435..1746511;°gtc;4;;;;;;1834885..1834961;°gtc;4;;;;;;;;;;
;; 1746516..1746592;°gtc;107;;;;;;1834966..1835042;°gtc;108;;;;;;;;;;
;;1746700..1747005;cds;;102;@pu-YdhR;;;;1835151..1835456;CDS;;102;@mono-O2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;1991914..1991987;tgc;54;;;;;comp;2116754..2116827;tgc;53;;;;;;;;;;
;comp;1992042..1992117;ggc;151;;;;;comp;2116881..2116956;ggc;151;;;;;;;;;;
;comp;1992269..1992817;cds;;183;@glycerolP;;;comp;2117108..2117656;CDS;;183;@CDP-diacyl;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2043651..2044448;cds;100;266;%Mtf;;;;2192749..2193546;CDS;100;266;%MtfA;;;;;;;;
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;;2044938..2052014;cds;;2359;§Inv-adhesin;;;;2193884..2195146;CDS;;421;§Tyr recb-421;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;; 2059851..2059926;aac;[37;;;;;;2235198..2236148;CDS;[37;317;@tr-Cbl;;;;;;;;
;comp;2059964..2060914;cds;[101;317;tact Cbl;;;comp;2236186..2236261;aac;[4;;;;;;;;;;
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;;2062260..2062335;aac;55;;;;;;2238010..2238085;aac;161;;;;;;;;;;
;comp;2062391..2063323;cds;;311;§ErfK;;;;2238247..2239518;CDS;;424;§Tyr recb 424;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2286211..2286287;ccc;102;;;;;;2548803..2548879;ccc;101;;;;;;;;;;
;comp;2286390..2288914;cds;;842;§adhes YejO;;;comp;2548981..2549136;CDS;;52;§barrel;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2466309..2466383;agg;161;;;;;;2718788..2718862;agg;437;;;;;;;;;;
;;2466545..2467702;cds;;386;§KpLE1;;;comp;2719300..2719830;CDS;;177;§OmpH;;;ecoN;;;;;
;;2466369..2476583;#phage;;3405;pp CPS-53;;;;;;;;;;EcoN 53;comp;5321144..5321869;CDS;206;242;§p-His kinase
;;;;;;;;ecoN21;comp;2768744..2770933;CDS;206;730;@sensor;;ok;comp;5322076..5322151;°gcc;39;;
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;comp;2518041..2518116;°gcc;39;;;;;comp;2771255..2771330;°gcc;220;;;;;comp;5322306..5322381;°gcc;220;;
;comp;2518156..2518231;°gcc;235;;;;;;2771551..2771910;CDS;;120;%pu-tr 120;;;;5322602..5322961;CDS;;120;%pu-tr 120
;;2518467..2518811;cds;;115;%pu- YfeC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco22;comp;2519257..2520672;cds;258;472;@Glu ligase;;ecoN22;comp;2772355..2773770;CDS;258;472;@Glu ligase;;;ecoN;;;;;
;;2520931..2521006;°gta;44;;;;;;2774029..2774104;°gta;43;;;;EcoN 54;comp;5323406..5324821;CDS;258;472;@Glu ligase
;;2521051..2521126;°gta;46;;;;;;2774148..2774223;°gta;46;;;;ok;;5325080..5325155;°gta;44;;
;;2521173..2521248;°gta;4;;;;;;2774270..2774345;°gta;4;;;;;;5325200..5325275;°gta;0;;
;;2521253..2521328;aaa;210;;;;;;2774350..2774425;aaa;110;;;;;&lt;;5325276..5325389;CDS;;38;§p-pu-tr 38
;;2521539..2521567;rpr;25;&amp;29;rpt-29;;;comp;2774536..2775420;CDS;;295;@LysR;;;;;;;;
;comp;2521593..2522477;cds;;295; @XapR;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;2726069..2726188;$5s;92;&amp;120;;;;comp;2960827..2960942;$5s;83;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;2726281..2729184;$23s;184;&amp;2904;;;;comp;2961026..2965477;$23s;184;&amp;4452;;;;;;;;;
;comp;2729369..2729444;gaa;171;;;;;comp;2965662..2965737;gaa;431;;;;;;;;;;
;comp;2729616..2731157;$16s;442;&amp;1542;;;;comp;2966169..2967720;$16s;441;&amp;1552;;;;;;;;;
;comp;2731600..2734173;cds;;858;@ClpB;;;comp;2968162..2970735;CDS;;858;@ClpB dep;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco24;comp;2784529..2785011;cds;750;161;DUF5507;;ecoN24;;;;;;;;;;;;;;
;comp;2785762..2785837;atgi;559;;;;;;;****atgi*****;;;;;;;;;;;
;;2786397..2788649;cds;;751;pu-unYgaQ;;ecoN25;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;comp;3027207..3027773;CDS;280;189;@fructose 6;;;;;;;;
eco25;comp;2816937..2817503;cds;280;189;@fructose;;;comp;3028054..3028130;°cgt;63;;;;;;;;;;
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;comp;2818059..2818135;°cgt;62;;;;;comp;3028333..3028409;°cgt;62;;;;;;;;;;
;comp;2818198..2818274;°cgt;198;;;;;comp;3028472..3028548;°cgt;64;;;;;;;;;;
;comp;2818473..2818549;°cgt;3;;;;;comp;3028613..3028689;°cgt;3;;;;;;;;;;
;comp;2818553..2818645;agc;315;;;;;comp;3028693..3028785;agc;315;;;;;;;;;;
;comp;2818961..2819146;cds;;62;@Csr;;;comp;3029101..3029286;CDS;;62;@CsrA;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;2947387..2947463;°atgf;33;;;;;;3158643..3158719;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947497..2947573;°atgf;33;;;;;;3158753..3158829;°atgf;33;;;;;;;;;;
;;2947607..2947683;°atgf;73;;;;;;3158863..3158939;°atgf;635;;;;;;;;;;
;comp;2947757..2949010;cds;;418;§Ala C;;;;3159575..3160075;CDS;;167;§sscs VI;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3110590..3111126;cds;;179;§pu-ssM;;;;3342134..3343399;CDS;;422;§arm-type;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;&gt;;3671310..3672155;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3674594..3674670;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3675018..3675869;CDS;;284;§p-Arg-sc 284;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;comp;3678453..3678529;atgf;347;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;&gt;;3678877..3679722;CDS;;282;§p-Arg-sc 282;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco33;comp;3317554..3318006;cds;206;151;@RimP;;ecoN33;comp;3681532..3681984;CDS;206;151;@RimP;;;;;;;;
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;;3318637..3319980;cds;;448;@Arg-suc;;;;3682615..3683958;CDS;;448;@Arg-suc;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco34;comp;3319988..3321613;cds;458;542;%pu-hydrolase;;ecoN34;comp;3683966..3685591;CDS;456;542;%Pet;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3423668..3423787;$5s;92;&amp;120;;;;comp;3785620..3785735;$5s;777;&amp;116;;;;;;;;;
;comp;3423880..3426783;$23s;174;&amp;2904;;;;comp;3786513..3786588;acc;14;;;;;;;;;;
;comp;3426958..3427033;gca;42;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;1834;&amp;116;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;comp;3708273..3708306;rpr;16;&amp;34;rpt-34;;;;;;;;;;;;;;;;
;;3708323..3708358;rpr;257;&amp;36;rpt-36;;ecoN36;comp;4078635..4080242;CDS;743;536;@DppA;;;;;;;;
;comp;3708616..3708692;ccg;91;;;;;comp;4080986..4081062;ccg;91;;;;;;;;;;
;comp;3708784..3710475;cds;;564;@kdo2;;;comp;4081154..4082845;CDS;;564;@kdo2;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;3836222..3836316;tga;108;;;;ecoN37;comp;4205966..4207348;CDS;[292;461;%glycoside-p5;;EcoN 51;comp;5252659..5253870;CDS;[300;404;(Tyr recb 404
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco38;comp;3940635..3941327;cds;480;231;%pu-tr YieP;;ecoN38;comp;4338643..4339335;CDS;479;231;%FadR tr ;;;;;;;;
;;3941808..3943349;$16s;85;&amp;1542;;;;;4339815..4341342;$16s;73;&amp;1528;;;;;;;;;
;;3943435..3943510;gaa;193;;;;;;4341416..4341491;gaa;184;;;;;;;;;;
;;3943704..3946607;$23s;92;&amp;2904;;;;;4341676..4344286;$23s;83;&amp;2611;;;;;;;;;
;;3946700..3946819;$5s;52;&amp;120;;;;;4344370..4344485;$5s;53;&amp;116;;;;;;;;;
;;3946872..3946948;gac;8;;;;;;4344539..4344615;gac;8;;;;;;;;;;
;;3946957..3947032;tgg;95;;;;;;4344624..4344699;tgg;95;;;;;;;;;;
;comp;3947128..3947967;cds;;280;@HdfR;;;comp;4344795..4345634;CDS;;280;@HdfR HTH;;;;;;;;
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;;3982375..3982451;cgg;57;;;;;;4379169..4379245;cgg;58;;;;ecoN ?;;5307399..5308450;CDS;;351;(p-Ada
;;3982509..3982585;cac;20;;;;;;4379304..4379379;cac;20;;;;;;;;;;
;;3982606..3982692;ctg;42;;;;;;4379400..4379486;ctg;42;;;;EcoN 57;&gt; comp;5359583..5360512;CDS;120;310;(Tyr recb 310
;;3982735..3982811;cca;146;;;;;;4379529..4379605;cca;146;;;;;comp;5360633..5360708;gca;[42;;
;;3982958..3984193;cds;;412;%pu-AslB;;;;4379752..4380987;CDS;;412;%ans maturase;;ecoN40;comp;5360751..5360827;atc;[56;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5360884..5362138;°16s’;1;&amp;1255;
eco40;;4034608..4035153;cds;377;182;@porphyrine O;;ecoN40;;4460971..4461516;CDS;377;182;@porphyrine M;;;&lt; comp;5362140..5363543;CDS;;468;(IS66
;;4035531..4037072;$16s;68;&amp;1542;;;;;4461894..4463631;$16s;[56;&amp;1738;;;;;;;;;
;;4037141..4037217;atc;42;;;;;;4463688..4463764;atc;[42;;;;EcoN 55;&gt;;5375524..5376270;CDS;891;249;(p-AI-2E
;;4037260..4037335;gca;183;;;;;;4463807..4463882;gca;165;;;;;;5377162..5377237;gaa;1047;;eco 435
;;4037519..4040423;$23s;93;&amp;2905;;;;;4464048..4467338;$23s;83;&amp;3291;;;ecoN ?;comp;5378285..5379589;CDS;;435;isocitrate
;;4040517..4040636;$5s;228;&amp;120;;;;;4467422..4467537;$5s;104;&amp;116;;;;;;;;;
;;4040865..4040900;rpr;5;&amp;36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR
;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;;
;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;&lt; comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol
eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;;
;;4166659..4168200;$16s;171;&amp;1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&amp;1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;;
;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;;
;;4168641..4171544;$23s;92;&amp;2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&amp;116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;;
;;4171637..4171756;$5s;300;&amp;120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;;
;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&amp;2472;
;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&amp;116;
eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128
;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase
;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;;
;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase
;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128
;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&amp;116;
;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&amp;2447;
;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&amp;1189;;;;&lt;;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus
eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;;
;;4208147..4209688;$16s;85;&amp;1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;;
;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&amp;2472;;;;;;;;;
;;4210043..4212946;$23s;93;&amp;2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&amp;116;;;;;;;;;
;;4213040..4213159;$5s;74;&amp;120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;;
;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;;
eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;&lt; comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;;
;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&amp;163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;;
;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;;
;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;;
;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;;
;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;;
;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;;
;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;;
;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;;
;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;&lt;&gt; comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;;
;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435
;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;;
;;4606559..4606594;rpr;22;&amp;36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;;
;comp;4606617..4606650;rpr;18;&amp;34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;;
;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;&lt; comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
&lt;/pre&gt;
=====ecoN eco noms cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]]
&lt;pre&gt;
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;;
tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;*
permease;aa permease;amino acid permease;;;;;*
ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;*
desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;*
adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;*
adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO,  misc_feature ;;;;;*
hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;*
hydrolase ;AICAR2;bifunctional  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;*
amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;*
maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;*
synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;*
integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;*
synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;*
protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;*
kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;*
kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;*
transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;*
tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;*
cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;*
transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;*
division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;*
chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;*
chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;*
storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;*
storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;*
hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;*
phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;*
ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;*
polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;*
ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;*
DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;*
DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;*
peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;*
exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;*
tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;*
phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;*
phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;*
deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;*
protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;*
protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;*
glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;*
glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;*
transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;*
transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;*
anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;*
ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;*
racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;*
dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;*
reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;*
permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;*
symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;*
peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;*
synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;*
transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;*
reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;*
permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;*
tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;*
tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;*
hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;*
hp;hp-121;hp-121;;;;;
hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;*
hp;hp-18;hp-18;;;;;*
adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;*
transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;*
lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;*
transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;*
kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;*
prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;*
lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;*
tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;*
reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;*
GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;*
GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;*
oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;*
titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;*
tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;*
glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;*
glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;*
reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;*
reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;*
transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;*
hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;*
rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;*
protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;*
transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;*
transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;*
division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;*
DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;*
transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;*
kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;*
hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;*
integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;*
transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;*
transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;*
transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;*
transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;*
amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;*
tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;*
gene;p-yicT;p-yicT;;;;;*
transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;*
protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;*
dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;*
oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;*
prophage;pp CP4-6;note=&quot;cryptic prophage CP4-6&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;*
prophage;pp DLP12;note=&quot;cryptic prophage DLP12&quot;     misc_feature;;;;;*
prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;*
protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;*
protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;*
tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;*
ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;*
exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;*
sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;*
cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;*
cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;*
hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;*
integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;*
peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;*
GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;*
protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;*
tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;*
tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;*
tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;*
protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;*
oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;*
ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;*
transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;*
transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;*
prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;*
tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;*
synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;*
synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;*
ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;*
rpt;rpt-29;rpt-29;;;;;
rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;*
rpt;rpt71;rpt_type=other  71;;;;;*
sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;*
translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;*
translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;*
translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;*
esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;*
ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;*
protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;*
protein;stress;stress response protein;;;;;*
tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;*
translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;*
protein;tpr;protamine-like protein;;;;;*
tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;*
tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;*
tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;*
tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;*
transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;*
transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;*
translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;*
translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;*
integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;*
reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;*
protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;*
protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;*
protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;*
protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;*
protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;*
protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;*
gene;yjdQ;gene=&quot;yjdQ&quot;;;;;;*
DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;*
transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
&lt;/pre&gt;
====ecoN données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa
fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;;c;x;
;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;;tRNA tRNA;;suite
1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;;4;;gtc
1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;;**;;gtc
;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;;4;;gtc
4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;;**;;gtc
;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;;12;;tta
1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;;53;;tgc
;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;23s 5s;;;**;;ggc
;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;6* 95;;;39;;gcc
;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;1881;;;**;;gcc
2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;23s CDS;;;43;;gta
1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;331;;;46;;gta
1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;385;;;4;;gta
2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;5s CDS;;;**;;aaa
;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;323;62;;63;;cgt
1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;136;104;;62;;cgt
1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;3* 76;;;62;;cgt
2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;16s tRNA;;;64;;cgt
;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;3* 85;;gaa;3;;cgt
;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;443;;gaa;**;;agc
1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;375;;gaa;33;;atgf
1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;4* 68;;atc;33;;atgf
2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;tRNA 16s;;;**;;atgf
;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;1063;;gca;8;;gac
2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;tRNA 23s;;;**;;tgg
;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;269;;gaa;58;;cgg
2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;2* 193;;gaa;20;;cac
;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;2* 194;;gaa;42;;ctg
1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;174;;gca;**;;cca
;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;183;;;8;;aca
2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;5s tRNA;;;116;;tac
3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;54;;gac;6;;gga
1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;2* 14;;acc;**;;acc
1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;53;;gac;36;;ggc
;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;tRNA 5s;;;35;;ggc
5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;39;;acc;**;;ggc
;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;777;;acc;34;;ctg
1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;1360;;gaa;28;;ctg
;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;1112;;gaa;**;;ctg
;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;tRNA tRNA;;intra;1472;;gaa
;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;4* 42;;atc gca;42;;atc
7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;tRNA tRNA;;début;2351;;atc
46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;37;;cag;**;;gaa
39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;48;;cag;39;;gcc
2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;15;;atgj;39;;gcc
;;;;;;;;-46;0;0;106;39;34;;caa;**;;gcc
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;23;;caa;44;;gta
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;10;;cta;**;;gta
;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;**;;atgj;28;;ctg
;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;35;;aaa;**;;ctg
;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;2;;gta;;;
;;;;;;5308;;total;105;782;300;;51;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;3;;gta;;;
;;;;;;;;;;;206;;48;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;0;;33;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;120;;**;;aaa;;;
;;;;;;;;;;;63;;33;;tac;;;
;;;;;;;;;;;253;;**;;tac;;;
&lt;/pre&gt;
=====ecoN autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ecoN;;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas;longueur
fin;;CDS;190;255;;;;
deb;;CDS;231864;232436;365;*;;
;;rRNA;232802;234309;85;*;16s;1508
;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa;
;;rRNA;234741;237307;95;*;23s;2567
;;rRNA;237403;237518;54;*;5s;116
;;tRNA;237573;237649;162;*;gac;
fin;;CDS;237812;238615;;1;;
deb;;CDS;244934;245665;132;*;;
;;tRNA;245798;245874;120;*;gac;
fin;comp;CDS;245995;246852;;0;;
deb;;CDS;367329;368582;114;*;;
;;tRNA;368697;368772;154;*;acg;
fin;;CDS;368927;369265;;0;;
deb;comp;CDS;555847;556158;162;*;;
;;ncRNA;556321;556417;119;*;;
fin;;CDS;556537;556890;;0;;
deb;;CDS;632056;632253;32;*;;
;;tRNA;632286;632362;15;*;aga;
fin;comp;CDS;632378;632979;;0;;
deb;;CDS;733188;734363;153;*;;
;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag;
;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag;
;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj;
;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa;
;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa;
;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta;
;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj;
fin;comp;CDS;735603;737267;;;;
deb;;CDS;807377;808169;164;*;;
;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa;
;;tRNA;808445;808520;2;*;gta;
;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa;
;;tRNA;808650;808725;3;*;gta;
;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa;
;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa;
;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa;
fin;;CDS;809315;810358;;;;
deb;;CDS;950069;952345;343;*;;
;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;953030;953248;;;;
deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*;;
;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca;
fin;;CDS;1048604;1049722;;;;
deb;;CDS;1183734;1184018;463;*;;
;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga;
fin;comp;CDS;1184837;1185786;;;;
deb;;CDS;1213982;1214809;165;*;;
;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc;
fin;;CDS;1215296;1216234;;;;
deb;;CDS;1216586;1217098;165;*;;
;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc;
fin;;CDS;1217586;1218524;;;;
deb;;CDS;1457038;1458129;16;*;;
;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*;;
;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac;
;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac;
fin;comp;CDS;1458686;1459528;;;;
deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*;;
;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc;
;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc;
fin;;CDS;1830794;1831177;;0;;
deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*;;
;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc;
;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc;
fin;;CDS;1832948;1833280;;0;;
deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*;;
;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc;
;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc;
fin;;CDS;1835151;1835456;;;;
deb;;CDS;1857352;1858464;185;*;;
;;ncRNA;1858650;1858757;135;*;;
fin;;CDS;1858893;1859249;;;;
deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*;;
;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta;
;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc;
;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc;
fin;comp;CDS;2117108;2117656;;;;
deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*;;
;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg;
deb;;CDS;2192749;2193546;100;*;;
;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac;
fin;;CDS;2193884;2195146;;0;;
deb;;CDS;2232607;2233323;453;*;;
;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc;
fin;;CDS;2234179;2235096;;;;
deb;;CDS;2235198;2236148;37;*;;
;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac;
deb;;CDS;2236266;2237909;100;*;;
;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac;
fin;;CDS;2238247;2239518;;0;;
deb;;CDS;2546968;2548728;74;*;;
;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc;
fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0;;
deb;;CDS;2717780;2718712;75;*;;
;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg;
fin;comp;CDS;2719300;2719818;;;;
deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*;;
;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc;
;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc;
fin;;CDS;2771551;2771910;;;;
deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*;;
;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta;
;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta;
;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta;
;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa;
fin;comp;CDS;2774536;2775420;;;;
deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*;;
;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s;116
;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s;2645
;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa;
;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s;1540
fin;comp;CDS;2968162;2970735;;;;
deb;;CDS;2991343;2991825;214;*;;
;;tmRNA;2992040;2992402;88;*;;
fin;comp;CDS;2992491;2992679;;;;
deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*;;
;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt;
;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt;
;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt;
;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt;
;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt;
;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc;
fin;comp;CDS;3029101;3029286;;;;
deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*;;
;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf;
;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf;
;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf;
fin;;CDS;3159575;3160075;;;;
deb;;CDS;3230172;3231401;316;*;;
;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg;
fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0;;
deb;;CDS;3287195;3287524;41;*;;
;;ncRNA;3287566;3287749;20;*;;
fin;;CDS;3287770;3288372;;0;;
deb;;CDS;3341048;3341755;105;*;;
;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc;
fin;;CDS;3342134;3343399;;;;
deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*;;
;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi;
fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0;;
deb;;CDS;3620528;3620746;556;*;;
;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*;;
fin;comp;CDS;3621712;3622857;;;;
deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*;;
;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf;
fin;;CDS;3671310;3672155;;0;;
deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*;;
;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf;
fin;;CDS;3675018;3675869;;1;;
deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*;;
;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf;
fin;;CDS;3678877;3679722;;0;;
deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*;;
;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf;
fin;;CDS;3682615;3683958;;0;;
deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*;;
;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc;
fin;comp;CDS;3686149;3686481;;;;
deb;;CDS;3784553;3785311;62;*;;
;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s;116
;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc;
;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s;116
;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc;
;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s;116
;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa;
fin;;CDS;3789989;3790543;;1;;
deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*;;
;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg;
fin;comp;CDS;4081154;4082845;;;;
deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*;;
;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga;
fin;;CDS;4208036;4208857;;;;
deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*;;
;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s;1516
;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa;
;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s;2590
;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s;116
;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac;
;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg;
fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0;;
deb;;CDS;4377681;4379066;102;*;;
;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg;
;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac;
;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg;
;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca;
fin;;CDS;4379752;4380987;;0;;
deb;;CDS;4460971;4461516;377;*;;
;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s;1726
;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc;
;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca;
;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s;3270
;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s;116
fin;comp;CDS;4467642;4468169;;;;
deb;;CDS;4605577;4606434;374;*;;
;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s;1542
;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa;
;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s;116
fin;;CDS;4610166;4611194;;;;
deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*;;
;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca;
;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac;
;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga;
;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc;
fin;;CDS;4614053;4615237;;;;
deb;;CDS;4646462;4648150;436;*;;
;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa;
;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s;2451
;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s;116
fin;;CDS;4651595;4651978;;0;;
deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*;;
;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc;
fin;comp;CDS;4835341;4835916;;;;
deb;;CDS;4864628;4865173;210;*;;
;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc;
;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc;
;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc;
fin;;CDS;4865916;4865969;;1;;
deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*;;
;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg;
fin;comp;CDS;4975517;4976055;;;;
deb;;CDS;5042527;5042763;38;*;;
;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg;
;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg;
;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg;
fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0;;
deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*;;
;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s;1508
;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa;
fin;comp;CDS;5082543;5082754;;;;
deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*;;
;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa;
deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*;;
;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa;
;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc;
;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc;
;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa;
;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s;2451
;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s;116
fin;;CDS;5101169;5101552;;0;;
deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*;;
;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s;116
;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s;2491
fin;comp;CDS;5128754;5129323;;;;
deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*;;
;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga;
fin;;CDS;5254542;5255171;;;;
deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*;;
;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc;
fin;;CDS;5307399;5308450;;;;
deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*;;
;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc;
;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc;
;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc;
fin;;CDS;5322602;5322961;;;;
deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*;;
;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta;
;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta;
fin;;CDS;5325276;5325389;;0;;
deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*;;
;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s;2890
;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca;
;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc;
;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s;1542
;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca;
;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc;
;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s;1542
fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0;;
deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*;;
;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca;
;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc;
;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s;1493
fin;comp;CDS;5363061;5363543;;;;
deb;;CDS;5425965;5426201;150;*;;
;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg;
;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg;
fin;comp;CDS;5426617;5427150;;;;
deb;;CDS;5433568;5433687;39;*;;
;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc;
fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;;
deb;comp;CDS;5440863;5441019;189;*;;
&lt;/pre&gt;

===Vibrio campbellii===
====vha opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]]
&lt;pre&gt;
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;;
comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;;
comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39;
;;;;;;;;;;
;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529
comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;;
comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;;
comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;;
comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;;
comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;;
comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;;
comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;;
comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;;
comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;;
comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;;
comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;;
comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156
comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182;
;;;;;;;;;;
;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101
comp;190817..190933;;5s;;107;;;;;
comp;191041..193955;;23s;;290;;;;;
comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;;
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comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;;
comp;196468..196584;;5s;;77;;;;;
comp;196662..199576;;23s;;290;;;;;
comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;;
comp;199986..200062;;atc;;97;;;;;
comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853
comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712;
;;;;;;;;;;
comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101
comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;;
comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;;
comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;;
comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;;
;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308;
;;;;;;;;;;
comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546
comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;;
comp;243159..243235;;gac;;32;;;;;
comp;243268..243384;;5s;;117;;;;;
comp;243502..246404;;23s;;310;;;;;
comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;;
comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;;
comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;;
comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554
;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152;
;;;;;;;;;;
;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121
comp;311418..311508;;tca;;91;;;;;
comp;311600..311716;;5s;;108;;;;;
comp;311825..314739;;23s;;289;;;;;
comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;;
comp;315148..315224;;atc;;56;;;;;
comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471
comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238;
;;;;;;;;;;
;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345;
comp;359453..359529;;gac;;31;;;;;
comp;359561..359677;;5s;;108;;;;;
comp;359786..362700;;23s;;310;;;;;
comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;;
comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;;
comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;;
comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83
comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45;
;;;;;;;;;;
;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83
;449605..451162;;16s;;122;;;;;
;451285..451360;;gaa;;2;;;2;;
;451363..451438;;aaa;;9;;;9;;
;451448..451523;;gca;;37;;;37;;
;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51
comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16
;451890..454804;;23s;;77;;;;;
;454882..454998;;5s;;32;;;;;
;455031..455107;;gac;;162;162;;;;
comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138;
;468027..468103;;cgg;;35;;35;;;
;468139..468214;;cac;;76;;76;;;
;468291..468367;;cca;;46;;46;;;
;468414..468489;;cac;;64;;64;;;
;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194
comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242;
;;;;;;;;;;
comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138
comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;;
comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621;
;;;;;;;;;;
;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55;
;1020248..1021805;;16s;;129;;;;;
;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;;
;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55
comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16
;1022385..1025299;;23s;;111;;;;;
;1025411..1025527;;5s;;31;;;;;
;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;;
;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3
comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61;
;;;;;;;;;;
;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392;
comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;;
comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;;
comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;;
comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;;
comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;;
comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;;
comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;;
comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;;
comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;;
comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26
comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71;
;;;;;;;;;;
comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47;
;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243
comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62;
;;;;;;;;;;
;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194;
comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68
comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378;
;;;;;;;;;;
comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204
;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;;
;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536;
;;;;;;;;;;
;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291;
comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;;
comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;;
comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;;
comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282
;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366;
;;;;;;;;;;
;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144
;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;;
;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129;
;;;;;;;;;;
;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113;
;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;;
;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149
;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763
comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;;
comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;;
comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;;
comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400
comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186;
;;;;;;;;;;
;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62
;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;;
;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215;
;;;;;;;;;;
comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1
;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;;
;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766;
;;;;;;;;;;
;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139
;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;;
;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152;
comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;;
comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18
comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189
comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;;
comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;;
comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;;
comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;;
comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;;
comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;;
comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;;
comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;;
comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;;
comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66;
;;;;;;;;;;
;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108
;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;;
;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;;
;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;;
;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;;
;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;;
;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;;
;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;;
;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542;
;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;;
;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;;
;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;;
;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;;
;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156
comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561
comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;;
comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;;
comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;;
comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;;
comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13
comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35
comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;;
comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;;
comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557
comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417;
;;;;;;;;;;
comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198;
comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177
comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222;
;;;;;;;;;;
;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578
comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;;
comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;;
comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;;
comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;;
comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;;
comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;;
comp;3765351;;16s;début;;;;;;
Chromosome II;;;;;;;;;;
comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135;
comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329
;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227;
;;;;;;;;;;
;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244
;882885..882958;;tgc;;302;302;;;;
;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155;
;;;;;;;;;;
;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245
;886895..886981;;tta;;97;;97;;;
;887079..887154;;ggc;;5;;5;;;
;887160..887233;;tgc;;317;317;;;;
;887551..889074;;CDS;;465;;;;508;
;;;;;;;;;;
comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263;
;890715..890801;;tta;+;53;;53;;;
;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;;
;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366
;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114;
;;;;;;;;;;
;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17
;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;;
comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272;
;;;;;;;;;;
;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36
;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29
;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204;
;;;;;;;;;;
;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62
;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;;
comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58;
;;;;;;;;;;
comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420;
comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;;
comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;;
comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;;
comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;;
comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;;
comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;;
comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;;
comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83
comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
&lt;/pre&gt;

====vha cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]]
&lt;pre&gt;
vha cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17
;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17
;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10
;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13
;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6
;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4
;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2
;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2
sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1
;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0
;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0
;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72
total aas;;121;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266
;;;variance;;19;;;;;;199
sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240
;;;variance;25;;;114;;59;;178
&lt;/pre&gt;

====vha blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]]
&lt;pre&gt;
vha blocs;;;;;;;
cds;853;cds;471;cds;103
$16s;97;$16s;56;$16s;&lt;u&gt;86
atc;43;atc;43;$16s;97
gca;290;gca;289;atc;43
$23s;77;$23s;108;gca;290
$5s;&lt;u&gt;371;$5s;91;$23s;111
$16s;97;tca;121;$5s;68
atc;43;cds;;gac;578
gca;290;;;cds;
$23s;107;;;;
$5s;101;;;;
cds;;;;;
;;;;;
cds;554;cds;83;cds;119
$16s;122;$16s;82;$16s;129
gaa;2;gaa;2;gcc;41
aaa;30;aaa;30;gaa;55
gta;310;gta;310;&amp;cds;16
$23s;117;$23s;108;$23s;111
$5s;32;$5s;31;$5s;31
gac;68;gac;147;gac;35
tgg;546;cds;;tgg;3
cds;;;;cds;
;;;;;
cds;83;cds;83;cds;557
$16s;114;$16s;122;$16s;97
gaa;2;gaa;2;atc;43
aaa;24;aaa;9;gca;35
gca;35;gca;37;&amp;cds;-13
gta;306;gta;51;$23s;111
$23s;77;&amp;cds;16;$5s;100
$5s;90;$23s;77;acc;57
tca;84;$5s;32;$5s;31
cds;;gac;162;gac;561
;;cds;;cds;
&lt;/pre&gt;

====vha distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc;
tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
&lt;/pre&gt;
====vha1 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;4* 102;;atc;13;;acc
;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;65;;atc;35;;gga
;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;2* 127;;gaa;52;;tac
;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;91;;gaa;**;;aca
;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;134;;gcc;35;;cgg
;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;tRNA 23s;;;76;;cac
;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;3* 297;;gca;46;;cca
;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;2* 317;;gta;64;;cac
1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;296;;gca;**;;cca
;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;272;;gca;54;;cta
;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;260;;gta;46;;caa
;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;264;;gaa;21;;cta
1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;5s tRNA;;;18;;cta
;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;2* 32;;gac;23;;atgj
1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;3* 31;;gac;70;;cta
2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;68;;gac;79;;atgj
1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;91;;tca;31;;caa
;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;100;;acc;39;;cta
;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;tRNA 5s;;;**;;atgj
1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;57;;acc;100;;tac
2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;tRNA tRNA;;intra;100;;tac
;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;5* 43;;gca;100;;tac
;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;**;;atc;**;;tac
;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;2* 30;;gta;46;;gtc
;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;2;;aaa;**;;gtc
2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;**;;gaa;11;;ggc
;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;2;;gaa;78;;tta
;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;9;;aaa;37;;ggc
1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;37;;gca;**;;tgc
;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;CDS 16s;;**;;gta;56;;atgf
;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;631;554;41;;gcc;**;;ctc
;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;853;492;**;;gaa;59;;cgt
1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;471;;tRNA tRNA;;contig;57;;cgt
;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;451;;68;;tgg;57;;cgt
;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;543;;**;;gac;57;;cgt
;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;557;;35;;gac;57;;cgt
1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;16s 16s;;**;;tgg;85;;cgt
;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;0;deb fin chr c;tRNA tRNA;;;29;;agc
;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;5s 16s;;158;;atgf;31;;cgt
;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;371;;35;;ggc;**;;agc
4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;23s 5s;;35;;ggc;51;;ttc
18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;125;;18;;ggc;7;;aca
14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;2* 95;;39;;atgf;43;;ttc
0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;135;;90;;ggc;69;;aac
;;;;;;;;-46;0;0;2* 126;;39;;atgf;10;;aca
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;3* 129;;18;;ggc;42;;ttc
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;5s CDS;;39;;atgf;**;;aac
;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;101;18;;ggc;51;;ttc
;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;39;;atgf;21;;aca
;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;**;;ggc;39;;aac
;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;15;;aca
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac
&lt;/pre&gt;
====vha1 autres intercalaires aas====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha1;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
fin;;CDS;249209;249664;;1;
deb;comp;CDS;251637;253490;57;*;
;comp;regulatory;253548;253749;184;*;
fin;;CDS;253934;255043;;0;
deb;;CDS;310261;311296;121;*;
;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca
;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117
;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890
;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca
;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc
;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553
fin;comp;CDS;317314;318027;;;
deb;comp;CDS;352647;354587;165;*;
;comp;regulatory;354753;354851;61;*;
fin;comp;CDS;354913;355296;;;
deb;;CDS;358270;359305;147;*;
;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac
;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117
;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890
;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta
;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa
;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa
;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553
fin;;CDS;365407;365958;;0;
deb;;CDS;448626;449153;451;*;
;;rRNA;449605;451157;127;*;1553
;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa
;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa
;;tRNA;451448;451523;37;*;gca
;;tRNA;451561;451636;260;*;gta
;;rRNA;451897;454786;95;*;2890
;;rRNA;454882;454998;32;*;117
;;tRNA;455031;455107;162;*;gac
fin;comp;CDS;455270;455566;;;
deb;comp;CDS;467252;467665;361;*;
;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg
;;tRNA;468139;468214;76;*;cac
;;tRNA;468291;468367;46;*;cca
;;tRNA;468414;468489;64;*;cac
;;tRNA;468554;468630;194;*;cca
fin;comp;CDS;468825;469550;;0;
deb;;CDS;769806;770444;32;*;
;;regulatory;770477;770626;68;*;
fin;;CDS;770695;771687;;;
deb;comp;CDS;835239;835550;138;*;
;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi
fin;comp;CDS;835910;837772;;;
deb;;CDS;883125;883988;533;*;
;;ncRNA;884522;884950;176;*;
fin;;CDS;885127;886077;;;
deb;comp;CDS;941166;941636;439;*;
;;misc_f;942076;942195;53;*;
fin;;CDS;942249;944708;;;
deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*;
;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*;
fin;comp;CDS;1012097;1012423;;;
deb;;CDS;1017131;1019704;543;*;
;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553
;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc
;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa
;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890
;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117
;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac
;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg
fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0;
deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*;
;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*;
fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0;
deb;;CDS;1251399;1252574;158;*;
;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta
;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa
;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta
;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta
;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj
;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta
;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj
;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa
;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta
;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj
fin;comp;CDS;1254204;1255295;;;
deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*;
;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca
fin;;CDS;1269697;1270497;;0;
deb;;CDS;1286065;1286571;88;*;
;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg
fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0;
deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*;
;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga
fin;;CDS;1405993;1407685;;;
deb;;CDS;1457636;1458508;407;*;
;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac
;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac
;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac
;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac
fin;;CDS;1459838;1460935;;;
deb;;CDS;1470331;1472328;142;*;
;;ncRNA;1472471;1472567;143;*;
fin;;CDS;1472711;1473337;;;
deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*;
;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*;
fin;comp;CDS;1588362;1589366;;;
deb;;CDS;1631304;1631753;144;*;
;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc
fin;;CDS;1632298;1632684;;;
deb;;CDS;1842140;1843741;180;*;
;;misc_f;1843922;1844060;53;*;
fin;;CDS;1844114;1845010;;;
deb;;CDS;2183098;2183436;179;*;
;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc
;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc
fin;;CDS;2183965;2185344;;;
deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*;
;;regulatory;2485238;2485339;116;*;
fin;;CDS;2485456;2486832;;;
deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*;
;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc
;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta
;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc
;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc
fin;comp;CDS;2768385;2768942;;;
deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*;
;;misc_f;2780102;2780205;125;*;
fin;;CDS;2780331;2781896;;;
deb;;CDS;2851424;2851855;62;*;
;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga
fin;;CDS;2852356;2852970;;0;
deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*;
;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*;
fin;;CDS;2978344;2979249;;0;
deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*;
;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac
fin;;CDS;2986852;2989149;;;
deb;;CDS;3050023;3051831;139;*;
;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca
fin;comp;CDS;3052383;3053693;;;
deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*;
;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf
;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc
fin;comp;CDS;3438861;3439199;;;
deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*;
;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt
;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt
;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt
;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt
;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc
;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt
;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc
fin;comp;CDS;3555755;3555952;;;
deb;;CDS;3603439;3603747;8;*;
;;ncRNA;3603756;3603940;5;*;
fin;;CDS;3603946;3604539;;;
deb;;CDS;3639165;3640295;108;*;
;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc
;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca
;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc
;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac
;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca
;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc
;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac
deb;;CDS;3641451;3643076;233;*;
;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc
;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca
;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac
;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca
;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac
deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*;
;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac
;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117
;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc
;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117
;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890
;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca
;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc
;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553
fin;comp;CDS;3652241;3653491;;;
deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*;
;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg
fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0;
deb;;CDS;3758223;3759258;578;*;
;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac
;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117
;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890
;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca
;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc
;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
autres intercalaires;;vha1;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;;;;;;;
;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384
fin;comp;CDS;2016;2795;;;
deb;;CDS;104112;105239;529;*;
;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf
;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc
;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc
;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc
;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf
;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc
;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf
;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc
;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf
;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc
;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf
;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc
fin;comp;CDS;107370;107915;;0;
deb;;CDS;189680;190715;101;*;
;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117
;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890
;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca
;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc
;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553
;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117
;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890
;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca
;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc
;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553
fin;comp;CDS;202571;204706;;;
deb;comp;CDS;234302;235486;101;*;
;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc
;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga
;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac
;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca
fin;;CDS;236206;237129;;0;
deb;comp;CDS;241274;242467;546;*;
;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg
;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac
;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117
;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878
;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta
;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa
;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa
;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553
&lt;/pre&gt;

====vha2 données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;16s tRNA;;
;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;123;;gaa
;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;tRNA 23s;;
;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;313;;gta
;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;5s tRNA;;
;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;90;;tca
;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;tRNA tRNA;;intra
;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;35;;gta
;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;24;;gca
;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;2;;aaa
;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;CDS 16s;;**;;gaa
;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;448;;tRNA tRNA;;
;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;23s 5s;;97;;tta
;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;95;;5;;ggc
;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;**;;tgc
;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;53;;tta
;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;181;;tgc
;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;**;;tgc
;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;
;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;
;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;
;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;
;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;
;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;
;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;
;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;
;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;
1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;
;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;
;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;
;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;
1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;
;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;
;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;
;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;
;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;
1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;
;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;
5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;
0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;
;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;
;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;
;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====vha2 autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;vha2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;545001;545657;173;*;
;comp;regulatory;545831;545971;122;*;
fin;comp;CDS;546094;546711;;;
deb;comp;CDS;673809;674132;412;*;
;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca
fin;;CDS;674965;675645;;;
deb;;CDS;881183;882640;244;*;
;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc
fin;;CDS;883261;883725;;;
deb;;CDS;884955;886649;245;*;
;;tRNA;886895;886981;97;*;tta
;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc
;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc
fin;;CDS;887551;889074;;;
deb;comp;CDS;889540;890328;386;*;
;;tRNA;890715;890801;53;*;tta
;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc
;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc
fin;;CDS;891550;891992;;;
deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*;
;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga
fin;comp;CDS;1336407;1337222;;;
deb;;CDS;1582077;1582217;305;*;
;;regulatory;1582523;1582622;100;*;
fin;;CDS;1582723;1583730;;;
deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*;
;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc
fin;;CDS;1842819;1843430;;0;
deb;;CDS;1921130;1921561;62;*;
;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga
fin;comp;CDS;1922036;1922209;;;
deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*;
;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca
;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117
;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890
;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta
;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca
;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa
;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa
;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553
fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0;
deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*;
;;regulatory;1949765;1949875;108;*;
fin;;CDS;1949984;1950871;;;
&lt;/pre&gt;

===Aeromonas media WS===
====amed opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]]
&lt;pre&gt;
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Aeromonas media WS;;;;;;;;;;
;6590..7159;;CDS;;3;;;;190;
;;;;;;;;;;
comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399;
;8872..10421;;16s;;66;;;;;
;10488..10564;;atc;;10;;;10;;
;10575..10650;;gca;;231;;;;;
;10882..13800;;23s;;98;;;;;
;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386
;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106;
;;;;;;;;;;
;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47
;117898..117973;;ttc;;52;;52;;;
;118026..118101;;aca;;3;;3;;;
;118105..118180;;ttc;;45;;45;;;
;118226..118301;;aac;;252;252;;;;
;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340;
;;;;;;;;;;
comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103
comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;;
comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;;
comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;;
comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;;
comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;;
comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487;
;;;;;;;;;;
;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190
;320883..320959;;atgi;;244;244;;;;
comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859;
;;;;;;;;;;
;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117;
;387247..388802;;16s;;268;;;;;
;389071..389146;;gaa;;245;;;;;
;389392..392312;;23s;;104;;;;;
;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268
comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538;
;;;;;;;;;;
;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64
comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;;
comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;;
;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74;
;;;;;;;;;;
;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177
;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;;
;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;;
;501197..501272;;ggc;;38;;38;;;
;501311..501386;;ggc;;25;;25;;;
;501412..501487;;ggc;;23;;23;;;
;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;;
comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70;
;;;;;;;;;;
;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236
;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;;
;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;;
;507593..507668;;gcc;;58;;58;;;
;507727..507802;;gcc;;40;;40;;;
;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;;
;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28;
;;;;;;;;;;
;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9
;642812..642896;;ctc;;91;;91;;;
;642988..643064;;atgf;;166;166;;;;
;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153;
;;;;;;;;;;
;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195
comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;;
comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;;
comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;;
comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;;
comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;;
comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;;
comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;;
comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;;
comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364;
;;;;;;;;;;
comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104
comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21
comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299;
;;;;;;;;;;
comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131
comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;;
comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448;
;;;;;;;;;;
comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479;
comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;;
comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164
comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91;
;;;;;;;;;;
comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316;
comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;;
comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49
;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71;
;;;;;;;;;;
;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181
;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;;
;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287;
;;;;;;;;;;
comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327;
comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177
comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206;
;;;;;;;;;;
;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154;
;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127
;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595;
;;;;;;;;;;
comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163
comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;;
comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;;
comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437;
;;;;;;;;;;
comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151
comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;;
comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;;
comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;;
;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286;
;;;;;;;;;;
;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69;
comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132
;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671;
;;;;;;;;;;
;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104
comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;;
comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;;
comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;;
comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;;
comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;;
comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460;
;;;;;;;;;;
comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145
comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;;
comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;;
comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;;
comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;;
comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;;
comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;;
comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;;
comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;;
comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240;
;;;;;;;;;;
comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402;
comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;;
comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;;
comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181
comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271
;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;;
;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536;
;;;;;;;;;;
;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87
;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;;
&lt;  comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113;
;;;;;;;;;;
comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170;
;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;;
;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121
comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284;
;;;;;;;;;;
;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119
comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;;
comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;;
;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590;
;;;;;;;;;;
;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75
comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;;
comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;;
;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146;
;;;;;;;;;;
;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133
comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;;
;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306;
;;;;;;;;;;
comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123;
comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198
;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250;
;;;;;;;;;;
;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50
;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;;
comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309;
;;;;;;;;;;
;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363;
;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;;
;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;;
;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135
;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92;
;;;;;;;;;;
comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275
comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;;
comp;3506764..3509682;;23s;;229;;;;;
comp;3509912..3509987;;gaa;;218;;;;;
comp;3510206..3511760;;16s;;592;*592;;;;
;3512353..3515220;;CDS;;161083;;;;*956;
;;;;;;;;;;
comp;3676304..3677323;;CDS;;113;113;;;340;
comp;3677437..3677521;;ttg;;49;49;;;;49
;3677571..3678182;;CDS;;9862;;;;204;
;;;;;;;;;;
;3688045..3688872;;CDS;;369;*369;;;276;
comp;3689242..3689318;;cgt;+;25;;25;;;
comp;3689344..3689420;;cgt;5 cgt;25;;25;;;
comp;3689446..3689522;;cgt;;26;;26;;;
comp;3689549..3689625;;cgt;;98;;98;;;
comp;3689724..3689800;;cgt;;4;;4;;;
comp;3689805..3689897;;agc;;213;213;;;;213
comp;3690111..3690299;;CDS;;196546;;;;63;
;;;;;;;;;;
;3886846..3887601;;CDS;;302;302;;;252;302
comp;3887904..3887980;;gac;;98;;;;;
comp;3888079..3888193;;5s;;105;;;;;
comp;3888299..3891217;;23s;;231;;;;;
comp;3891449..3891524;;gca;;10;;;10;;
comp;3891535..3891611;;atc;;66;;;;;
comp;3891678..3893232;;16s;;420;*420;;;;
comp;3893653..3894195;;CDS;;18750;;;;181;
;;;;;;;;;;
comp;3912946..3913317;;CDS;;60;60;;;124;
comp;3913378..3913454;;tgg;;52;52;;;;52
comp;3913507..3914691;;CDS;@3;171;171;;;395;171
comp;3914863..3914937;;gga;;38;;38;;;
comp;3914976..3915060;;tac;;263;263;;;;
;3915324..3916262;;CDS;;45900;;;;313;
;;;;;;;;;;
comp;3962163..3963533;;CDS;;306;306;;;457;
comp;3963840..3963916;;tgg;;202;202;;;;202
;3964119..3964703;;CDS;;59641;;;;195;
;;;;;;;;;;
comp;4024345..4026816;;CDS;;658;*658;;;*824;
comp;4027475..4027551;;ccg;;140;140;;;;140
comp;4027692..4028417;;CDS;;80995;;;;242;
;;;;;;;;;;
;4109413..4111986;;CDS;;99;99;;;*858;
comp;4112086..4112200;;5s;;101;;;;;
comp;4112302..4115220;;23s;;231;;;;;
comp;4115452..4115527;;gaa;;192;;;;;
comp;4115720..4117273;;16s;;94;94;;;;94
comp;4117368..4117547;;CDS;;32227;;;;60;
;;;;;;;;;;
comp;4149775..4150248;;CDS;;204;204;;;158;204
comp;4150453..4150529;;cca;;58;;58;;;
comp;4150588..4150673;;ctg;;20;;20;;;
comp;4150694..4150769;;cac;;49;;49;;;
comp;4150819..4150895;;cgg;;258;258;;;;
;4151154..4151744;;CDS;;74862;;;;197;
;;;;;;;;;;
;4226607..4227725;;CDS;;428;*428;;;373;
;4228154..4229708;;16s;;192;;;;;
;4229901..4229976;;gaa;;229;;;;;
;4230206..4233124;;23s;;104;;;;;
;4233229..4233343;;5s;;106;;;;;
;4233450..4233525;;acc;;23;;;;;
;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164
;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322;
;;;;;;;;;;
comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514;
;4356309..4357863;;16s;;268;;;;;
;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;;
;4358438..4361364;;23s;;102;;;;;
;4361467..4361581;;5s;;106;;;;;
;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233
;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415;
;;;;;;;;;;
;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198;
;4435664..4437217;;16s;;219;;;;;
;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;;
;4437742..4440657;;23s;;103;;;;;
;4440761..4440875;;5s;;98;;;;;
;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167
;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279;
;;;;;;;;;;
comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180;
;4482991..4484545;;16s;;513;;;;;
;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;;
comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;;
comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;;
comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94
comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74;
;;;;;;;;;;
comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345;
comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;;
comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;;
comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;;
comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;;
comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;;
comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;;
comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;;
comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;;
comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;;
comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;;
comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;;
comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;;
comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;;
comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174
comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272;
;;;;;;;;;;
comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275
comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;;
comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;;
comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;;
comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;;
comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;;
comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;;
;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399;
;;;;;;;;;;
comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190;
&lt;/pre&gt;
====amed cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]]
&lt;pre&gt;
amed cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14
;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21
;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15
;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18
;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11
;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6
;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3
;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0
sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4
;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1
;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0
;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2
;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95
total aas;;127;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;;
;;;variance;34;;;;;77;;
sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274
;;;variance;;;;122;;;;157
&lt;/pre&gt;

====amed blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]]
&lt;pre&gt;
amed blocs;;;;;
cds;512;cds;302;cds;275
16s;66;gac;98;gac;95
atc;10;5s;105;5s;101
gca;231;23s;231;23s;231
23s;98;gca;10;gca;10
5s;386;atc;66;atc;66
;;16s;420;16s;512
;;;;;
cds;514;275;99;;
16s;268;101;101;;
gaa;245;229;231;;
23s;104;218;192;;
5s;268;592;94;;
;;;;;
cds;428;CDS;622;cds;465
16s;192;16s;268;16s;219
gaa;229;gaa;230;gaa;229
23s;104;23s;102;23s;103
5s;106;5s;106;5s;98
acc;23;acc;233;gac;167
5s;164;;;;
&lt;/pre&gt;
====amed distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc;
ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====amed autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;amed;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7163;8359;516;*;
;;rRNA;8876;10415;72;*;1540
;;tRNA;10488;10564;10;*;atc
;;tRNA;10575;10650;238;*;gca
;;rRNA;10889;13778;120;*;2890
;;rRNA;13899;14013;386;*;115
fin;;CDS;14400;14717;;;
deb;;CDS;45743;46576;187;*;
;;ncRNA;46764;47150;46;*;
fin;;CDS;47197;48777;;0;
deb;;CDS;117188;117850;47;*;
;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc
;;tRNA;118026;118101;3;*;aca
;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc
;;tRNA;118226;118301;252;*;aac
fin;;CDS;118554;119573;;;
deb;comp;CDS;170063;170329;103;*;
;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg
;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg
;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg
;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg
;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg
fin;comp;CDS;171193;172653;;;
deb;;CDS;318836;320692;190;*;
;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi
fin;comp;CDS;321204;323780;;;
deb;;CDS;386382;386732;518;*;
;;rRNA;387251;388796;274;*;1546
;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa
;;rRNA;389399;392290;126;*;2892
;;rRNA;392417;392531;268;*;115
fin;comp;CDS;392800;394413;;0;
deb;;CDS;476261;476482;64;*;
;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac
;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc
fin;comp;CDS;477585;478565;;;
deb;;CDS;500269;500814;177;*;
;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc
;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc
;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc
;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc
;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc
;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc
fin;comp;CDS;501950;502159;;;
deb;;CDS;505552;507110;236;*;
;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc
;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc
;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc
;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc
;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc
;;regulatory;508390;508473;148;*;
fin;;CDS;508622;511627;;0;
deb;;CDS;642476;642802;9;*;
;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc
;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf
fin;;CDS;643231;643689;;;
deb;;CDS;772218;774050;195;*;
;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta
;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj
;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa
;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa
;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj
;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa
;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa
;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj
fin;comp;CDS;775301;776392;;;
deb;comp;CDS;779541;780488;173;*;
;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa
fin;comp;CDS;780716;781630;;;
deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*;
;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc
fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0;
deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*;
;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac
;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga
fin;comp;CDS;1227205;1228818;;;
deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*;
;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac
deb;;CDS;1242791;1244527;181;*;
;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc
fin;;CDS;1244880;1246145;;0;
deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*;
;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc
fin;comp;CDS;1409014;1409631;;;
deb;;CDS;1444233;1444688;146;*;
;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc
fin;;CDS;1445050;1446834;;;
deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*;
;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac
fin;comp;CDS;1463079;1464389;;;
deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*;
;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac
;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga
;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca
fin;;CDS;1528350;1529207;;0;
deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*;
;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac
fin;;CDS;1589991;1592003;;;
deb;;CDS;1649438;1651867;104;*;
;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc
;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc
;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc
;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc
;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc
fin;comp;CDS;1652615;1653994;;;
deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*;
;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*;
fin;;CDS;1735864;1736109;;;
deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*;
;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf
;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf
;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf
;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf
;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf
;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf
;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf
fin;comp;CDS;1934853;1935572;;;
deb;;CDS;1977322;1978332;353;*;
;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*;
fin;;CDS;1978874;1979143;;0;
deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*;
;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*;
fin;;CDS;1981667;1981849;;0;
deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*;
;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*;
fin;comp;CDS;1998543;1999331;;;
deb;;CDS;2154455;2154631;277;*;
;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*;
fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0;
deb;;CDS;2234810;2235142;16;*;
;;ncRNA;2235159;2235341;133;*;
fin;comp;CDS;2235475;2236674;;;
deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*;
;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta
;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc
;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc
fin;comp;CDS;2428519;2429073;;;
deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*;
;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc
fin;;CDS;2548142;2548282;;;
deb;;CDS;2658354;2659094;87;*;
;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg
fin;;CDS;2659372;2659665;;0;
deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*;
;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*;
fin;;CDS;2828377;2830089;;;
deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*;
;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac
;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac
fin;comp;CDS;2859484;2863335;;;
deb;;CDS;2953473;2953961;121;*;
;;tmRNA;2954083;2954442;177;*;
fin;;CDS;2954620;2955903;;;
deb;;CDS;2978639;2979358;119;*;
;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga
;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg
fin;;CDS;2979932;2981701;;;
deb;;CDS;3023194;3023487;75;*;
;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc
;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc
fin;;CDS;3024018;3027455;;0;
deb;;CDS;3044891;3045361;133;*;
;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg
fin;;CDS;3045965;3046882;;;
deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*;
;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*;
fin;;CDS;3054079;3054915;;0;
deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*;
;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*;
fin;;CDS;3095650;3096798;;0;
deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*;
;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca
fin;;CDS;3269003;3269752;;0;
deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*;
;;misc_f;3287630;3287752;38;*;
fin;;CDS;3287791;3288963;;0;
deb;;CDS;3290470;3291624;50;*;
;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg
fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0;
deb;;CDS;3334670;3335758;230;*;
;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac
;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac
;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac
fin;;CDS;3336456;3336731;;;
deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*;
;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*;
fin;comp;CDS;3385563;3389024;;;
deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*;
;;regulatory;3497555;3497645;99;*;
fin;;CDS;3497745;3498725;;;
deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*;
;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115
;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890
;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa
;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545
fin;;CDS;3512353;3515220;;;
deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*;
;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg
fin;;CDS;3677664;3678182;;0;
deb;;CDS;3688045;3688872;369;*;
;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt
;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt
;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt
;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt
;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc
fin;comp;CDS;3690111;3690299;;;
deb;;CDS;3886846;3887601;302;*;
;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac
;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115
;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890
;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca
;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc
;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545
fin;comp;CDS;3893653;3894195;;;
deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*;
;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg
deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*;
;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga
;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac
fin;;CDS;3915324;3916262;;0;
deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*;
;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg
fin;;CDS;3964119;3964703;;;
deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*;
;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg
fin;comp;CDS;4027692;4028417;;;
deb;;CDS;4109413;4111986;99;*;
;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115
;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890
;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa
;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544
fin;;CDS;4117897;4118388;;0;
deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*;
;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*;
fin;;CDS;4121593;4122102;;;
deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*;
;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca
;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg
;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac
;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg
fin;;CDS;4151154;4151744;;;
deb;;CDS;4226547;4227725;432;*;
;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545
;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa
;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890
;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115
;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc
;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115
fin;;CDS;4233828;4234793;;;
deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*;
;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545
;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa
;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898
;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115
;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc
fin;;CDS;4361997;4363241;;;
deb;;CDS;4434674;4435198;469;*;
;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544
;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa
;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890
;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115
;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac
fin;;CDS;4441218;4442054;;0;
deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*;
;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545
;;misc_f;4485087;4486108;236;*;
;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa
;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546
fin;comp;CDS;4488749;4489795;;;
deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*;
;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta
;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta
;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta
;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa
;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta
;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa
;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta
;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag
;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta
;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag
;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta
;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa
fin;comp;CDS;4563461;4564267;;;
deb;;CDS;4626091;4627785;262;*;
;;regulatory;4628048;4628133;65;*;
fin;;CDS;4628199;4629623;;;
deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*;
;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac
;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115
;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894
;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca
;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc
;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545
fin;;CDS;4642284;4643480;;0;
deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*;
;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*;
fin;;CDS;4701243;4702160;;;
&lt;/pre&gt;

====amed données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;;52;;ttc;40;;tta
;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;;3;;aca;35;;tgc
;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;;45;;ttc;**;;ggc
;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;;**;;aac;30;;tac
;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;;71;;ctg;**;;tac
;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;;46;;ctg;104;;gga
1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;23s 5s;;;46;;ctg;**;;ggg
1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;2* 120;;;51;;ctg;57;;tgc
;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;2* 126;;;**;;ctg;**;;ggc
;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;2* 123;;;5;;aac;32;;tac
1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;127;;;**;;ttc;45;;tac
1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;124;;;24;;ggc;**;;tac
3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;122;;;29;;ggc;25;;cgt
2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;5s CDS;;;38;;ggc;25;;cgt
1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;386;268;;25;;ggc;26;;cgt
;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;275;99;;23;;ggc;98;;cgt
;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;164;;;**;;ggc;4;;cgt
;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;16s tRNA;;;28;;gcc;**;;agc
;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;3* 72;;atc;66;;gcc;38;;gga
2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;2* 274;;gaa;58;;gcc;**;;tac
3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;2* 198;;gaa;40;;gcc;58;;cca
;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;224;;gaa;**;;gcc;20;;ctg
;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;225;;gaa;91;;ctc;49;;cac
;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;tRNA 23s;;;**;;atgf;**;;cgg
2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;3* 238;;gca;8;;cta;18;;gta
1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;252;;gaa;38;;atgj;34;;aaa
1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;3* 236;;gaa;47;;caa;18;;gta
1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;237;;gaa;17;;caa;23;;aaa
;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;238;;gaa;35;;atgj;18;;gta
;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;5s tRNA;;;47;;caa;23;;aaa
1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;98;;gac;13;;caa;18;;gta
;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;2* 106;;acc;**;;atgj;34;;aaa
;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;98;;gac;2;;aac;22;;gta
;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;95;;gac;**;;gga;46;;aag
;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;tRNA 5s;;;123;;cac;22;;gta
;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;23;;acc;36;;aga;46;;aag
2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;tRNA tRNA;;intra;**;;cca;32;;gta
1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;3* 10;;atc;36;;gtc;**;;aaa
;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;**;;gca;26;;gtc;;;
;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;15;;gtc;;;
1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;11;;gtc;;;
25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;**;;gtc;;;
24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;110;;atgf;;;
0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;101;;atgf;;;
;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;101;;atgf;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;103;;atgf;;;
;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;102;;atgf;;;
;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;102;;atgf;;;
;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;92;;atgf;;;
;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;**;;atgf;;;
;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===gamma synthèse===
====gamma distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
spl;46;8;;;;6;79;3;142
vpb;60;11;;;;21;22;12;126
vha;51;14;;;;26;19;11;121
amed;47;16;;;;13;46;5;127
eal;25;23;;;;10;23;4;85
eco;20;23;;;;10;29;4;86
ecoN;20;34;;;;17;44;6;121
;;;;;;;;;
total;269;129;0;0;0;103;262;45;808
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]]
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148
atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148
&lt;/pre&gt;

====gamma distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
&lt;/pre&gt;

====gamma par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;37;18;39;;;2;96;
16;moyen;51;104;31;;21;52;259;
14;fort;41;147;192;;24;49;453;
; ;129;269;262;;45;103;808;
10;g+cga;15;3;6;;;;24;
2;agg+cgg;7;7;;;;;14;
4;carre ccc;11;8;33;;;2;54;
5;autres;4;;;;;;4;
;;37;18;39;;;2;96;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama  ‰;ref. ‰
21;faible;46;22;48;;;2;119;26
16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324
14;fort;51;182;238;;30;61;561;650
;;160;333;324;;56;127;808;729
10;g+cga;19;4;7;;;;30;10
2;agg+cgg;9;9;;;;;17;
4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;46;22;48;;;2;119;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;gama7;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15
16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12
14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73
;;195;408;397;660;729;129;269;262
10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15
2;agg+cgg;11;11;;21;;19;;
4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85
5;autres;6;;;6;;11;;
;;56;27;59;142;;37;;39
&lt;/pre&gt;
====gamma, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;660
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18
atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11
ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40
gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4
ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10
cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga;
gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7
ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4
;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660
27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686
att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257
atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157
ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571
gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657
tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57
ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143
cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga;
gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200
ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57
atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100
ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100
gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57
;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429
rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100
ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56
atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34
ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48
gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47
tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11
ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5
cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100
gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est  62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43
ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310
&lt;/pre&gt;

==alpha==
===rtb===
====rtb opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;31.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;;
comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;*
;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;;;;;;;;;;;;*
;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;*
comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;*
comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;*
comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;*
;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;*
;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;*
comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;;;;;;;;;;;;*
;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;*
;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;*
comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;*
;;;;;;;;;;;;*
;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;*
comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;*
;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;*
comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;*
;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;*
;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;*
;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;*
comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;*
comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;*
comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;*
comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;*
comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;*
comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;*
;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;*
comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;*
;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;*
comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;*
comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;*
;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;*
;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;*
;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;*
comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;*
comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;*
comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;*
comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;*
comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;*
comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;*
;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;*
;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;*
;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;*
;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;*
comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;*
comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;;;;;;;;;;;;*
;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;*
;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;*
;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
;;;;;;;;;;;;*
;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;*
comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;*
;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;*
comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;*
comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
&lt;/pre&gt;

====rtb cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]]
&lt;pre&gt;
rtb cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1
;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4
;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7
;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4
sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3
;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20
;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61
total aas;;33;;;;21;1430;;;;;;
remarques;;1;;;;;491;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;;
;;;variance;;;;665;;;;291;;
sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176
;;;variance;40;;;148;;;;176;;86
&lt;/pre&gt;

====rtb blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]]
====rtb distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rtb données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;15;;aaa
;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;**;;atc
;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;60;;cgg
;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;**;;caa
;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;1051;;gac
;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;**;;gcc
;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;95;;gga
;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;**;;tac
;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;
1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;
;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;
;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;
;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;
;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;
;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;
;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;
;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;
;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;
1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;
;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;
1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;
;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;
;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;
;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;
;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;
;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;
;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;
;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;
;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;
;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;
;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;
;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;
;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;
;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;
;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;
1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;
;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;
;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;
;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;
12;12;reste;66;100;reste;176;371;-42;0;0;130;;;;
16;42;total;186;505;total;185;506;-43;0;0;CDS 16s;;;;
4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;1854;;;;
0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;16s CDS;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;2466;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;CDS 23s;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;736;;;;
;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;23s 5s;;;;
;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;228;;;;
;;;;;793;75;;reste;0;0;5s CDS;;;;
;;;;;;868;;total;4;98;;173;;;
&lt;/pre&gt;
=====rtb autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;rtb;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;7429;8469;381;*;
;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc
fin;;CDS;9295;10278;;;
deb;;CDS;14663;18055;108;*;
;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa
fin;comp;CDS;19633;20106;;;
deb;comp;CDS;48065;48709;278;*;
;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf
fin;comp;CDS;49175;49411;;;
deb;comp;CDS;73627;73929;17;*;
;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc
fin;comp;CDS;74161;75417;;;
deb;;CDS;155064;157163;143;*;
;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg
fin;;CDS;157550;157750;;;
deb;comp;CDS;189738;189878;411;*;
;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg
fin;comp;CDS;190508;192814;;;
deb;;CDS;255010;255921;736;*;
;;rRNA;256658;259417;228;*;23s
;;rRNA;259646;259760;173;*;5s
fin;comp;CDS;259934;261007;;;
deb;;CDS;291358;291843;35;*;
;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj
fin;comp;CDS;293320;293805;;;
deb;;CDS;335194;336996;402;*;
;;tRNA;337399;337473;633;*;aac
fin;comp;CDS;338107;338793;;;
deb;comp;CDS;440466;440933;496;*;
;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc
fin;;CDS;441536;442456;;;
deb;comp;CDS;469056;469781;218;*;
;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa
;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc
fin;;CDS;472090;472662;;;
deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*;
;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc
fin;comp;CDS;567399;568145;;;
deb;;CDS;583250;584149;1278;*;
;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca
fin;comp;CDS;585577;586569;;0;
deb;;CDS;598723;599706;26;*;
;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg
;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa
fin;comp;CDS;600007;601779;;;
deb;comp;CDS;608541;609209;176;*;
;comp;ncRNA;609386;609769;248;*;
fin;;CDS;610018;612660;;;
deb;comp;CDS;644395;644745;499;*;
;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac
;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc
fin;comp;CDS;646671;647276;;;
deb;comp;CDS;649389;650048;452;*;
;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc
fin;comp;CDS;651852;652094;;;
deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*;
;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt
fin;;CDS;700039;705720;;0;
deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*;
;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga
fin;comp;CDS;729359;729574;;;
deb;;CDS;739215;740075;181;*;
;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc
deb;;CDS;740590;741960;1199;*;
;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc
fin;;CDS;744325;744753;;;
deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*;
;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s
fin;comp;CDS;783686;785485;;;
deb;comp;CDS;814590;814823;349;*;
;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta
fin;comp;CDS;815317;815589;;;
deb;comp;CDS;829300;830484;82;*;
;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga
;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac
fin;;CDS;831005;831733;;;
deb;comp;CDS;839520;839732;382;*;
;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta
fin;;CDS;842210;842446;;;
deb;comp;CDS;876906;877589;401;*;
;;tRNA;877991;878067;145;*;cac
fin;;CDS;878213;879943;;;
deb;comp;CDS;911079;911558;179;*;
;comp;tmRNA;911738;912287;74;*;
fin;;CDS;912362;913186;;;
deb;;CDS;918938;919882;951;*;
;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc
fin;comp;CDS;922871;924049;;;
deb;comp;CDS;941489;942730;156;*;
;comp;ncRNA;942887;943045;9;*;
fin;comp;CDS;943055;943372;;;
deb;comp;CDS;961209;962297;41;*;
;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi
fin;comp;CDS;962806;963273;;;
deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*;
;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca
fin;;CDS;1025306;1025521;;;
deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*;
;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga
fin;;CDS;1056506;1056823;;;
deb;;CDS;1090984;1091625;14;*;
;;ncRNA;1091640;1091733;152;*;
fin;;CDS;1091886;1093411;;;
deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*;
;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta
fin;comp;CDS;1099511;1100662;;;
deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*;
;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca
fin;comp;CDS;1103661;1103996;;;
&lt;/pre&gt;

====rtb intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;;
rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez
;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1
;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2
;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1
;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3
;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2
;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3
;'''total 793;&lt;201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7
665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0
1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1
506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1
64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2
801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2
272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0
131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1
763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1
101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2
446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2
905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0
141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1
570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3
129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0
378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4
232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0
871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1
998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1
359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0
1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1
847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1
338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1
808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2
950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1
969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1
706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1
536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3
638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0
597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0
544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1
235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0
90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1
693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''&lt;u&gt;fréquencef;195;6;1010;1
422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1
678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1
476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1
1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2
270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2
687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1
49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1
247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0
398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0
577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2
676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2
425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1
915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0
;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2
;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0
;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2
;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2
384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0
523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44
362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793
864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;;
628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;;
1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;;
1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;;
511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;;
661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;;
710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;;
899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;;
1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;;
417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;;
276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;;
480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;;
981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;;
110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;;
415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;;
748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;;
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;;
rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;;
afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;;
51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;;
46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&amp;-36;279;-782;91;569;258;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&amp;174;61;-;487;poly;82;Sm
31 à 400;;;;;;;;&amp;-36;44;-;598;poly;190;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;;
1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc-
0;1;4;;0;8;10;0;1;4;&gt;0;184;-1;0;10
10;2;64;;10;17;159;1;0;10;&lt;0;4;-2;1;0
20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0
30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33
40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0
50;3;7;;50;25;17;5;2;2;&gt;0;502;-6;0;0
60;4;9;;60;34;22;6;0;5;&lt;0;98;-7;0;2
70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16
80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total;604;-9;0;0
90;6;7;;90;51;17;9;0;7;;;-10;0;1
100;5;20;;100;42;50;10;0;2;;;-11;0;2
110;6;17;;110;51;42;11;1;5;;;-12;0;0
120;3;17;;120;25;42;12;0;5;;;-13;0;3
130;3;18;;130;25;45;13;0;3;;;-14;1;6
140;5;21;;140;42;52;14;1;4;;;-15;0;0
150;3;14;;150;25;35;15;0;5;;;-16;0;1
160;4;13;;160;34;32;16;1;5;;;-17;0;7
170;4;17;;170;34;42;17;0;1;;;-18;0;0
180;4;12;;180;34;30;18;0;3;;;-19;0;0
190;4;11;;190;34;27;19;0;3;;;-20;0;2
200;2;9;;200;17;22;20;0;3;;;-21;0;0
210;3;4;;210;25;10;21;0;2;;;-22;0;1
220;3;4;;220;25;10;22;0;2;;;-23;0;3
230;3;8;;230;25;20;23;1;0;;;-24;0;0
240;3;5;;240;25;12;24;0;4;;;-25;0;1
250;3;6;;250;25;15;25;0;3;;;-26;0;5
260;4;5;;260;34;12;26;0;2;;;-27;0;0
270;4;2;;270;34;5;27;0;0;;;-28;0;0
280;3;0;;280;25;0;28;0;2;;;-29;0;0
290;4;2;;290;34;5;29;0;2;;;-30;0;0
300;0;1;;300;0;2;30;0;0;;;-31;0;0
310;2;1;;310;17;2;31;0;0;;;-32;0;1
320;0;3;;320;0;7;32;1;2;;;-33;0;0
330;0;2;;330;0;5;33;0;3;;;-34;0;0
340;1;1;;340;8;2;34;0;0;;;-35;1;1
350;1;2;;350;8;5;35;0;1;;;-36;0;0
360;0;2;;360;0;5;36;0;1;;;-37;0;0
370;0;2;;370;0;5;37;0;2;;;-38;0;2
380;0;0;;380;0;0;38;0;0;;;-39;0;0
390;0;1;;390;0;2;39;0;2;;;-40;0;0
400;2;3;;400;17;7;40;1;2;;;-41;0;1
reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0
total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0
diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0
 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;0;0
;;;;;;;;;;;;total;4;98
&lt;/pre&gt;

====rtb  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3
continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4
;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98
&lt;/pre&gt;

====rtb autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3;
deb;     °CDS;7429;381;comp;;deb;     °CDS;564534;1530;comp;;deb;     °CDS;829300;82;comp
;     &amp;tRNA;8851;368;comp;;;     &amp;tRNA;567093;218;comp;;;     &amp;tRNA;830567;95;comp
fin;     °CDS;9295;;;;fin;     °CDS;567399;;comp;;;     &amp;tRNA;830736;183;comp
deb;     °CDS;14663;108;;;deb;     °CDS;583250;1278;;;fin;     °CDS;831005;;
;     &amp;tRNA;18164;1394;;;;     &amp;tRNA;585428;58;comp;;deb;     °CDS;839520;382;
fin;     °CDS;19633;;comp;;fin;     °CDS;585577;;comp;;;     &amp;tRNA;840115;2009;
deb;     °CDS;48065;278;comp;;deb;     °CDS;598723;26;;;fin;     °CDS;842210;;
;     &amp;tRNA;48988;110;comp;;;     &amp;tRNA;599733;60;;;deb;     °CDS;876906;401;comp
fin;     °CDS;49175;;comp;;;     &amp;tRNA;599870;62;comp;;;     &amp;tRNA;877991;145;
deb;     °CDS;73627;17;comp;;fin;     °CDS;600007;;comp;;fin;     °CDS;878213;;
;     &amp;tRNA;73947;139;comp;;deb;     °CDS;608541;176;comp;;deb;     °CDS;911079;179;comp
fin;     °CDS;74161;;comp;;;     ncRNA;609386;248;comp;;;     tmRNA;911738;74;comp
deb;     °CDS;155064;143;;;fin;     °CDS;610018;;;;fin;     °CDS;912362;;
;     &amp;tRNA;157307;167;;;deb;     °CDS;644395;499;comp;;deb;     °CDS;918938;951;
fin;     °CDS;157550;;;;;     &amp;tRNA;645245;1051;;;;     &amp;tRNA;920834;1945;
deb;     °CDS;189738;411;;;;     &amp;tRNA;646373;222;comp;;fin;     °CDS;922871;;comp
;     &amp;tRNA;190290;142;comp;;fin;     °CDS;646671;;comp;;deb;     °CDS;941489;156;comp
fin;     °CDS;190508;;comp;;deb;     °CDS;649389;452;comp;;;     ncRNA;942887;9;comp
deb;     °CDS;255010;736;;;;     &amp;tRNA;650501;1274;;;fin;     °CDS;943055;;comp
23s;     $rRNA;256658;228;;;fin;     °CDS;651852;;comp;;deb;     °CDS;961209;41;comp
5s;     $rRNA;259646;173;;;deb;     °CDS;696163;1535;comp;;;     &amp;tRNA;962339;390;comp
fin;     °CDS;259934;;comp;;;     &amp;tRNA;698934;1028;;;fin;     °CDS;962806;;comp
deb;     °CDS;291358;35;;;fin;     °CDS;700039;;;;deb;     °CDS;1023375;1585;
;     &amp;tRNA;291879;1364;;;deb;     °CDS;727560;1164;comp;;;     &amp;tRNA;1025212;17;
fin;     °CDS;293320;;;;;     &amp;tRNA;729252;32;comp;;fin;     °CDS;1025306;;
deb;     °CDS;335194;402;;;fin;     °CDS;729359;;comp;;deb;     °CDS;1053321;2191;
;     &amp;tRNA;337399;633;;;deb;     °CDS;739215;181;;;;     &amp;tRNA;1056331;98;comp
fin;     °CDS;338107;;comp;;;     &amp;tRNA;740257;246;;;fin;     °CDS;1056506;;
deb;     °CDS;440466;496;comp;;deb;     °CDS;740590;1199;;;deb;     °CDS;1090984;14;
;     &amp;tRNA;441430;31;;;;     &amp;tRNA;743160;1090;;;;     ncRNA;1091640;152;
fin;     °CDS;441536;;;;fin;     °CDS;744325;;;;fin;     °CDS;1091886;;
deb;     °CDS;469056;218;comp;;deb;     °CDS;775944;2466;comp;;deb;     °CDS;1098776;40;comp
;     &amp;tRNA;470000;15;;;16s;     $rRNA;780333;1854;comp;;;     &amp;tRNA;1099281;145;comp
;     &amp;tRNA;470091;1922;;;fin;     °CDS;783686;;comp;;fin;     °CDS;1099511;;comp
fin;     °CDS;472090;;;;deb;     °CDS;814590;349;comp;;deb;     °CDS;1102351;475;comp
;;;;;;;     &amp;tRNA;815173;68;comp;;;     &amp;tRNA;1103456;130;comp
;;;;;;fin;     °CDS;815317;;comp;;fin;     °CDS;1103661;;comp
&lt;/pre&gt;
====rtb intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;;
;;;;;;;;;;
;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb;
comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;&lt;201;9
comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19
;95;;17;;139;;40;62;taux;47%
;;;143;;167;;82;68;;
;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin;
;;;;;;;143;130;&lt;201;12
;;;35;;1364;;176;139;total;21
;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57%
;;comp’;496;;31;;278;145;;
;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total;
;;;1530;;218;;381;167;&lt;201;21
;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40
;;;26;;62;;402;222;taux;53%
;;;176;;248;;475;246;;
;;comp’;499;;222;;951;248;;
;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;;
;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;;
;;;1164;;32;;1530;1364;;
;;;181;;246;;'''-;1922;;
;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls
;;;349;;68;;218;98;'''deb;9
;;;82;comp’;183;;401;183;&lt;201;0
;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7
;;comp’;401;;145;;452;633;&lt;201;2
;;;951;comp’;1945;;496;1274;;
;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total;
;;;40;;145;;1278;1945;&lt;201;2
;;;475;;130;;1535;'''-;total;16
;;;;;;;2191;'''-;taux;13%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;9;14;23;;;;;
;;total;28;28;56;;;;;
;;taux;32%;50%;41%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===rpl===
====rpl opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]]
&lt;pre&gt;
29.0%GC;30.12.19 Paris;16s  1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;;
comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;*
comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;*
comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;*
comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;*
comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;*
comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;*
;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;*
;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;*
;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;*
;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;*
comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;*
;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;*
;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;*
comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;*
;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;*
;;;;;;;;;;;;*
;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;*
;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;*
comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;*
comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;*
;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;*
comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;*
;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;*
;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;*
comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;*
comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;*
;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;*
comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;*
;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;*
comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;*
comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;*
;;;;;;;;;;;;*
;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;*
comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;*
comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;*
;;;;;;;;;;;;*
;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;*
comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;*
comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;*
comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;*
;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;*
comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;*
comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;*
comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;*
comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;*
comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;*
comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;*
comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;*
comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;*
;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;*
;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;*
;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;*
;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;*
;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;*
;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;*
;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;*
comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;*
comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;*
comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;*
;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;*
;;;;;;;;;;;;*
;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;*
comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;*
;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;*
comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;*
comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;*
;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;*
;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;*
;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;*
comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;*
;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====rpl cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpl cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0
;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2
;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9
;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4
;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2
;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5
sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3
;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5
;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20
;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60
total aas;;33;;;;21;1204;;;;;;
remarques;;1;;;;;453;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;;
;;;variance;;;;558;;;;271;;
sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172
;;;variance;45;;;140;;;;145;;89
&lt;/pre&gt;

====rpl blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]]
====rpl distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8
&lt;/pre&gt;
====rpl données intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;tRNA tRNA;;
;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;;830;gcc
;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;**;;gac
;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;;49;caa
;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;**;;cgg
;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;15;;atc
;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;**;;aaa
;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;105;;tac
;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;**;;gga
;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;
1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;
;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;
;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;
;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;
;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;
;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;
;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;
;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;
;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;
1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;
;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;
;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;
1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;
;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;
;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;
;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;
;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;
;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;
;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;
;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;
;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;
;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;
;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;
;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;
1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;
1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;
2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;
1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;
;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;CDS 16s;;;;
;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;1458;;;;
11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;16s CDS;;;;
19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;1463;;;;
8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;CDS 23s;;;;
0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;719;;;;
;;;;;;;;-46;;0;23s 5s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;261;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;5s CDS;;;;
;x;183;5;0;188;;;-49;;0;-;183;;;
;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;
;;;;;;893;;total;5;103;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpl autres intercalaires aas=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*;
;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc
deb;comp;CDS;34380;35750;256;*;
;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc
fin;comp;CDS;36284;37144;;0;
deb;;CDS;46825;47040;31;*;
;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca
fin;;CDS;49111;49650;;;
deb;comp;CDS;71150;76816;933;*;
;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt
fin;;CDS;79006;80241;;;
deb;;CDS;121704;121946;984;*;
;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc
fin;;CDS;123454;124113;;;
deb;;CDS;126222;126827;236;*;
;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc
;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac
fin;;CDS;128412;128915;;;
deb;comp;CDS;160532;163174;244;*;
;;ncRNA;163419;163803;171;*;
fin;;CDS;163975;164643;;;
deb;;CDS;171237;173012;50;*;
;;tRNA;173063;173137;49;*;caa
;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg
fin;comp;CDS;173282;174265;;;
deb;;CDS;186344;187336;58;*;
;;tRNA;187395;187484;354;*;tca
fin;comp;CDS;187839;188738;;;
deb;;CDS;203097;203846;219;*;
;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc
fin;;CDS;205611;206639;;0;
deb;comp;CDS;299321;300853;419;*;
;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc
;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa
fin;;CDS;301660;302400;;;
deb;comp;CDS;328700;329635;22;*;
;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc
fin;;CDS;330232;330699;;;
deb;;CDS;429121;429807;723;*;
;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac
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;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj
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;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115
;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761
fin;comp;CDS;512047;512958;;;
deb;;CDS;577419;579725;138;*;
;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg
fin;comp;CDS;580966;581169;;0;
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;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg
fin;comp;CDS;613002;615101;;;
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;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf
fin;comp;CDS;657363;657599;;;
deb;comp;CDS;678911;679213;19;*;
;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc
fin;comp;CDS;679467;680723;;;
deb;;CDS;745691;746194;1999;*;
;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa
fin;comp;CDS;748378;749594;;;
deb;comp;CDS;756703;757686;363;*;
;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc
fin;;CDS;758690;759730;;;
deb;;CDS;776202;776537;154;*;
;;tRNA;776692;776766;467;*;aca
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;comp;ncRNA;788126;788219;14;*;
fin;comp;CDS;788234;788875;;0;
deb;comp;CDS;823242;823559;98;*;
;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga
fin;comp;CDS;825706;826527;;;
deb;comp;CDS;854241;854456;17;*;
;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca
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deb;;CDS;915034;915501;391;*;
;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi
fin;;CDS;916011;917099;;;
deb;;CDS;934616;934933;9;*;
;;ncRNA;934943;935101;153;*;
fin;;CDS;935255;936496;;0;
deb;;CDS;953564;954742;696;*;
;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc
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deb;comp;CDS;963044;963856;74;*;
;;tmRNA;963931;964460;185;*;
fin;;CDS;964646;965125;;;
deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*;
;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac
fin;;CDS;1011731;1012414;;;
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;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta
fin;;CDS;1048497;1048709;;;
deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*;
;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac
;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga
fin;;CDS;1057509;1058693;;;
deb;;CDS;1072391;1072663;62;*;
;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta
fin;comp;CDS;1073983;1074648;;;
deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*;
;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499
fin;;CDS;1108356;17;;;
&lt;/pre&gt;

===rpm===
====rpm opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]]
&lt;pre&gt;
;20   m23s;17  m16s;;;;;;;;;;
;;9 m16s seuls;;;;;;;;;;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;;
64.7%GC;26.12.19 Paris;16s  7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;;
comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;*
comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;*
comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;*
comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;*
;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp &lt;;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;*
comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;*
comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;*
comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;*
;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;*
comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;*
comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;*
comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;*
comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;*
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;*
;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;*
;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;*
;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;*
comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;*
comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;*
comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;*
comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;*
;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;*
;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;*
;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;*
comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;*
;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;*
;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;*
comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;*
comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;*
comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;*
comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;*
;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;*
;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;*
&gt;;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;*
comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;*
;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;*
;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;*
;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;*
;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;*
&gt;comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;*
;;;;;;;;;;;;*
;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;*
;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;*
;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;*
comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;*
;;;;;;;;;;;;*
;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;*
;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;*
;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;*
;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;*
;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;*
;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;*
;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;*
;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;*
;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;*
;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;*
;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;*
comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;*
;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;*
comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;684188..685141;;cds;;323;323;;;318;;cation transporter;*
comp;685465..685539;;gtg;+;25;;25;;;;;*
comp;685565..685639;;gtg;2 gtg;195;195;;;;;;*
;685835..686251;;cds;;;;;;139;;NUDIX hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;691078..691773;;cds;;4;4;;;232;;ComF family protein;*
;691778..691897;;23s°;;72;;;;118;;;*
;691970..692084;;5s;;114;114;;;113;;;*
comp;692199..694505;;cds;;;;;;769;;VWA domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;750262..751398;;cds;;161;161;;;379;;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE;*
comp;751560..751674;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;751747..752005;;23s°;;597;*597;;;257;;;*
;752603..752814;;rpr;@4;388;*388;;;21;;CRISPR;*
;753203..753760;;cds;;;;;;186;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;839981..840214;;cds;;4;4;;;78;;hp;*
comp;840219..840478;;16s°;;568;*568;;;258;;;*
comp;841047..844388;;cds;;;;;;1114;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;874585..875391;;cds;;88;88;;;269;;phosphoadenylyl-sulfate reductase;*
;875480..875556;;cac;;81;81;;;;;;*
;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;*
;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;*
comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;*
comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;*
comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;*
comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;*
;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;*
comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;*
comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;*
comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;*
comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;*
;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;*
comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;*
comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;*
;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;*
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comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;*
comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;*
comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;*
;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;*
;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;*
;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;*
;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;*
comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;*
comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;*
comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;*
comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;*
&lt; comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;*
;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;*
;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;*
;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;*
;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;*
comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;*
comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;*
comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;*
;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;*
;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;*
;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;*
comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;*
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;*
comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;*
comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;*
;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;*
comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;*
comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;*
comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;*
comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;*
comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;*
;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;*
;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;*
comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;*
comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;*
comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;*
comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;*
comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;*
comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;*
;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;*
;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;*
;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;*
comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;*
comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;*
comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;*
comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;*
;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;*
;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;*
;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;*
;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;*
comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;*
comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;*
comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;*
comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;*
;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;*
;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;*
;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;*
;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;*
;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;*
;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;*
&lt;;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;*
;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;*
comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;*
comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;*
comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;*
;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;*
comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;*
comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;*
comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;*
comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;*
;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;*
;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;*
comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;*
;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;*
comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;*
;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;*
;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;*
;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;*
;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;*
;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;*
;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;*
&gt;;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;*
comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;*
;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;*
;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;*
;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;*
comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;*
comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;*
comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;*
comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;*
comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;*
comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;*
comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;*
;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;*
&lt; comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;*
comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;*
comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;*
&lt;;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;*
;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;*
;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;*
;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;*
;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;*
comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;*
;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;*
;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;*
;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;*
;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;*
;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;*
&lt;comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;*
comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;*
comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;*
comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;*
;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;*
;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;*
comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;*
comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;*
;;;;;;;;;;;;*
;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;*
;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;*
comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;*
;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;*
;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;*
;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;*
;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;*
;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;*
;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;*
&lt;/pre&gt;

====rpm cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]]
&lt;pre&gt;
rpm cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0
;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0
;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3
;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10
;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10
;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14
;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13
;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11
sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6
;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9
;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9
;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56
;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141
total aas;;92;;;;;;;;;;;
remarques;;5;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;;
;;;variance;75;;;197;;;;248;;
sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170
;;;variance;16;;;112;;;;134;;71
&lt;/pre&gt;

====rpm blocs====
====rpm blocs protéines====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]]
&lt;pre&gt;
23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF;ComF family protein
CRISPR;CRISPR
DUF262;DUF262 domain-containing protein
FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco;glycosyltransferase
HAMP;HAMP domain-containing protein
LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl;methyltransferase
NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon;p-elongation factor Tu
p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco;p-glycosyltransferase
P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1
p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans;p-transposase
PAS;PAS domain-containing protein
peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage;phage portal protein
phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho;polyphosphate kinase
respons;response regulator
SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1;SEL1-like repeat protein
tetra;tetratricopeptide repeat protein
TraY;TraY domain-containing protein
trypsin;trypsin-like serine protease
type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA;VWA domain-containing protein
winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein
&lt;/pre&gt;
====rpm blocs construits====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]]
*Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite:
*: - '''*''' jaune, ffff00
*: - '''$''' orange, ff6600
*: - '''?''' cyan, 66ffff
*: - '''§''' vert, 99ff33
*: - '''&amp;''' bleu, 00ccff
*: - '''(''' gris, dddddd
*: - enlever le '''gras''', et &lt;u&gt;surligne&lt;/u&gt;.
&lt;pre&gt;
rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;
;;;;;;;;;;comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;;
;;;;;;;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;492;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;;b9
comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;;;;;;;;;;;;
comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;;b7;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;1028;
;;;;;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;'''1445;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;;b8
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;1026;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;208;&amp;3-isop-sub;986;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;b5;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;;b7
comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;595;;;;;;;;;;;
;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;;;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;232;&amp;methyl;964;
;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;b9;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
;;;;;;;;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;640;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;;b6
comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;;;;;;;;;;;;
comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;;b8;;&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;405;
;;;;;;;;;;comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;;
comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;;;;comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;
;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;;;;3408217..3409026;;cds;;270;hp;;b4
;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;b10;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;'''1238;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;1755;;;;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;;;;;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;b2;;;468906..468982;;atgf;125;;;;
;;;;;;;;;;;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;
;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;;;;;;;;;;;
;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;;;;;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;1468;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
comp;5018..5093;;gca;?182;;;;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;;b10
comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;;;;;;;;;;;
;5723..6664;;cds;;314;SEL1;;b6;;comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;2905;
;;;;;;;;;;;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;
comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;;;;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;
;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;;;;;2147496..2147572;;atgf;645;;;;
;34470..34546;;atc;?216;;;;;;comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;;b2
;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;b7;;;;;;;;;;
comp;35636..35750;;$5s;72;§113;;;;;comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;;;comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0;;comp;27703..27779;;atc;?112;;;;
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;b4;;comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;;
;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;;;;&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;b1
;43016..43092;;atc;?213;;;;;;;;;;;;;;
;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;b8;;comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;b5;;comp;38805..38881;;atc;?112;;;;
;;;;;;;;;;comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;;b0
comp;49761..51017;;cds;128;419;&amp;glyco;1331;;;;;;;;;;;
comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;51436..51512;;atc;?112;;;;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;'''1023;
comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;;b9;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;b3
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;b3;;;;;;;;;;
;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;;;;;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;
;55011..55087;;atc;?216;;;697;;;;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;'''540;
;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;;;;2894622..2894698;;atgf;285;;;;
;56180..56440;;cds;;87;hp;;b10;;;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;
;;;Fait: 4 blocs sans aas;;;;;;;;;;;Fait: 5 blocs atc, gca;;;;
sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait
comp;35636..35750;;$5s;?72;§113;;;b0;;;5723..6664;;cds;;314;SEL1;'''1349;b6
comp;35823..38589;;$23s;?215;§2765;;'''2765;;;comp;5276..5684;;*16s°;38;§407;;;
comp;38805..38881;;atc;?112;;;;;;comp;5018..5093;;gca;?182;;;;
comp;38994..40502;;$16s;260;§1507;;'''1507;;;comp;4225..4821;;*23s°;?196;§595;;;
;;;;;;;;;;comp;3322..4194;;cds;30;291;LysM ;1468;
comp;24015..24287;;cds;250;91;TraY;;b1;;&gt;;2768823..2769518;;cds;-12;(232;&amp;methyl;964;
comp;24538..24652;;$5s;?71;§113;;;;;;2769507..2769776;;*23s°;?71;§268;;;
comp;24724..27490;;$23s;?212;§2765;;'''2765;;;;2769848..2769962;;$5s;118;§113;;;
comp;27703..27779;;atc;?112;;;;;;comp;2770081..2771016;;cds;;312;tetra;'''2432;
comp;27892..28378;;*16s°;18;§485;;'''1208;;;;;;;;;;;
&lt;&gt;;28397..29119;;cds;;241;p-EscV;;;;comp;841047..844388;;cds;;1114;&amp;respons;'''898;b7
;;;;;;;;;;comp;840219..840478;;*16s°;568;§258;;492;
comp;3727874..3729085;;cds;828;404;hp;'''1755;b2;;comp;839981..840214;;cds;4;78;hp;;
;3729914..3730068;;*16s°;87;§153;;&lt;u&gt;1365;;;comp;32782..33759;;cds;190;326;&amp;glyco;;
;3730156..3730545;;cds;;130;hp;;;;;33950..34357;;*16s°;?112;§406;;406;
comp;2144042..2146288;;cds;308;749;HAMP;;;;;34470..34546;;atc;?216;;;;
;2146597..2147256;;*23s°;?72;§658;;;;;;34763..35591;;*23s°;44;§827;;827;
;2147329..2147443;;$5s;?52;§113;;;;;comp;2521529..2522152;;cds;189;(208;&amp;3-isop-sub;986;
;2147496..2147572;;atgf;645;;;;;;comp;2520976..2521339;;*23s°;?72;§362;;;
comp;2148218..2148664;;cds;;149;hp;'''2905;;;comp;2520789..2520903;;$5s;229;§113;;&lt;u&gt;1238;
;;;;;;;;;;comp;2517845..2520559;;cds;;905;&amp;phospho;'''1813;
;21325..22362;;cds;586;346;hp;'''1493;b3;;;;;;;;;;
;22949..23237;;*16s°;85;§287;;&lt;u&gt;1325;;;;;;;;;;;
comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;;;comp;2096348..2097337;;cds;;330;&amp;trypsin;'''927;b8
;52011..52881;;*23s°;106;§869;;1346;;;comp;2095539..2095733;;*16s°;614;§193;;640;
;52988..53464;;cds;-37;159;hp;;;;comp;2095044..2095490;;cds;48;149;hp;;
&gt;;53428..53694;;cds;86;89;p-glyco;;;;;42615..42903;;*16s°;?112;§287;;287;
comp;53781..54709;;*23s°;26;§927;;1194;;;;43016..43092;;atc;?213;;;;
;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;237;;;;43306..44132;;*23s°;-1;§825;;825;
;436148..436262;;$5s;?51;§113;;;;;;753203..753760;;cds;388;186;hp;;
;436314..436390;;atgf;196;;;;;;;752603..752814;;rpr;597;71;CRISPR;1028;
;436587..436883;;cds;;99;hp;'''2777;;;comp;751747..752005;;*23s°;?72;§257;;;
;;;;;;;;;;comp;751560..751674;;$5s;161;§113;;;
&lt;;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;'''1383;b4;;;750262..751398;;cds;;379;&amp;FeFe;'''1853;
;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;;;;;;;;;
comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;;;comp;2087696..2090938;;cds;705;1081;PAS;'''986;b9
comp;40763..42629;;*23s°;-15;§1865;;1865;;;;2091644..2091826;;*16s°;7;§181;;595;
&lt;;3409412..3409711;;cds;1;100;p-IS5;;;;;2091834..2092247;;cds;;138;hp;;
comp;3409304..3409410;;*23s°;?71;§105;;405;;;comp;51625..52017;;*16s°;-7;§391;;391;
comp;3409118..3409232;;$5s;91;§113;;;;;comp;51436..51512;;atc;?112;;;;
;3408217..3409026;;cds;;270;hp;'''2270;;;comp;51146..51221;;*23s°;?214;§74;;;
;;;;;;;;;;comp;49761..51017;;cds;128;(419;&amp;glyco;1331;
comp;1812365..1813924;;cds;894;520;&amp;peptido;;b5;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;;
;1814819..1815040;;*16s°;-7;§222;;'''1026;;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;814;
&lt;comp;1815034..1815837;;cds;;268;p-elon;;;;;691970..692084;;$5s;114;§113;;;
comp;44132..44835;;*23s°;-5;§702;;993;;;comp;692199..694505;;cds;;769;VWA;'''2145;
;44831..45121;;cds;;97;hp;;;;;;;;;;;;
comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505;;;comp;2393295..2396009;;cds;1003;905;&amp;cas3;'''1066;b10
comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;;;;;2397013..2397919;;*16s°;2;§905;;905;
comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;;;;;2397922..2400888;;cds;;989;hp;;
comp &lt;;12458..13198;;cds;;247;p-trans;'''2498;;;;54736..54898;;*16s°;?112;§161;;161;
;;;;;;;;;;;55011..55087;;atc;?216;;;;
;;;;;;;;;;;55304..55741;;*23s°;438;§436;;;
;2893891..2894430;;cds;25;180;&amp;phage;;;;;56180..56440;;cds;;87;hp;697;
;2894456..2894570;;$5s;?51;§113;;(540;;;comp;1735298..1736380;;cds;209;361;DUF262;1351;
;2894622..2894698;;atgf;285;;;;;;;1736590..1736859;;*23s°;?72;§268;;;
;2894984..2895400;;cds;;139;p-hp;;;;;1736932..1737046;;$5s;?52;§113;;;
;;;;;;;;;;;1737099..1737175;;atgf;93;;;;
;1213113..1214459;;cds;210;449;&amp;acetyl;(1445;;;comp;1737269..1737694;;cds;;142;type II;'''2048;
comp;1214670..1214874;;*16s°;600;§203;;;;;;;;;;;;;
comp;1215475..1216716;;cds;;414;&amp;polypho;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;434306..435142;;cds;512;279;&amp;CDP;;
comp;467261..468370;;cds;167;370;&amp;3-isop;(1238;;;;435655..435842;;*16s°;-6;§186;;(1023;
;468538..468667;;*23s°;?72;§128;;;;;;435837..436075;;*23s°;?72;§237;;;
;468740..468854;;$5s;?51;§113;;;;;;436148..436262;;$5s;?51;§113;;237;
;468906..468982;;atgf;125;;;;;;;436314..436390;;atgf;196;;;;
;469108..469863;;cds;;252;&amp;SAM;;;;;436587..436883;;cds;;99;hp;;
&lt;/pre&gt;
====rpm distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_distribution|rpm distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;aac2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca &gt;1 16s;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rpm données intercalaires==== autres intercalaires aas
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;4;9;0;4;16;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;néant;;;24;;atgj
;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;;**;;atgj
;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;;25;;gtg
1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;;**;;gtg
;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;;35;;cgt
2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;;44;;cgt
;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;23s 5s;;;**;;cgt
2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;68;;;23;;ggc
2;4;90;21;68;9;0;20;-10;0;6;88;206;16s tRNA;;;45;;ggc
5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;116;;atc;29;;ggc
1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;tRNA 23s;;;**;;ggc
;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;240;;atc;54;;cag
1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;243;;atc;**;;cag
;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;5s tRNA;;;16;;acc
1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;51;;atgf;18;;acc
3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;51;;atgf;**;;acc
1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;52;;atgf;37;;gac
1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;52;;atgf;**;;gac
1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;51;;atgf;34;;gga
3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;**;;tac
3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;24;;aag
;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;**;;aag
;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;165;;ccg
;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;**;;ccg
;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;70;;gcc
;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;69;;gcc
;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;57;;gcc
;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;**;;gcc
;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;117;;cca
1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;373;;atgi
;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;157;;gca
1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;**;;aca
;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;29;;ttc
;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;34;;ttc
;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;33;;ttc
;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;**;;ttc
1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;27;;tgc
;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;31;;aac
1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;**;;aac
;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;;;;;70;;gcg
4;2;reste;99;76;reste;847;1263;-42;1;0;141;;;;;33;;gcg
35;65;total;898;1846;total;906;1853;-43;0;4;94;;;;;**;;gcg
31;63;diagr;795;1761;diagr;55;574;-44;1;2;129;;;;;214;;gaa
0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;;;;;**;;gaa
;;;;;;;;-46;0;0;15;;;;;47;;ctg
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;;;;;153;;ctg
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;;;;;48;;ctg
;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;;;;;47;;ctg
;c;1837;603;9;2449;;;-50;0;2;285;;;;;**;;ctg
;;;;;3401;244;;reste;16;32;250;;;;;;;
;;;;;;3645;;total;46;603;8;;;;;;;
;;;;;;;;;;;379;;;;;;;
;;;;;;;;;;;60;;;;;;;
;;;;;;;;;;;29;;;;;;;
;;;;;;;;;;;172;;;;;;;
;;;;;;;;;;;389;;;;;;;
;;;;;;;;;;;55;;;;;;;
;;;;;;;;;;;125;;;;;;;
;;;;;;;;;;;118;;;;;;;
;;;;;;;;;;;241;;;;;;;
;;;;;;;;;;;138;;;;;;;
;;;;;;;;;;;220;;;;;;;
;;;;;;;;;;;90;;;;;;;
;;;;;;;;;;;113;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rpm autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rpm;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
deb;comp;CDS;3322;4086;198;
;comp;misc_f;4285;4778;239;
;comp;tRNA;5018;5093;199;gca
;comp;misc_f;5293;5425;62;
;comp;misc_f;5488;5583;7;
fin;;CDS;5591;6664;;
deb;comp;CDS;12473;13267;173;
;comp;rRNA;13441;13555;82;115
;comp;misc_f;13638;13881;-8;
fin;comp;CDS;13874;15127;;
deb;;CDS;21325;22362;656;
;;misc_f;23019;23290;32;
fin;comp;CDS;23323;23490;;
deb;comp;CDS;24015;24287;250;
;comp;rRNA;24538;24652;68;115
;comp;rRNA;24721;27462;240;2742
;comp;tRNA;27703;27779;129;atc
;comp;misc_f;27909;28041;5;
;comp;misc_f;28047;28494;-14;
fin;;CDS;28481;29194;;
deb;comp;CDS;32782;33759;290;
;;misc_f;34050;34145;62;
;;misc_f;34208;34340;129;
;;tRNA;34470;34546;259;atc
;;misc_f;34806;35299;7;
;comp;misc_f;35307;35750;69;
;comp;rRNA;35820;38561;243;2742
;comp;tRNA;38805;38881;116;atc
;comp;rRNA;38998;40479;268;1482
;;misc_f;40748;45159;-2406;
;;misc_f;42754;42886;129;
;;tRNA;43016;43092;256;atc
;;misc_f;43349;43842;7;
;;misc_f;43850;44142;601;
fin;;CDS;44744;45121;;
deb;;CDS;45496;45768;576;
;;misc_f;46345;47084;10;
fin;comp;CDS;47095;47433;;
deb;comp;CDS;49761;51017;418;
;comp;tRNA;51436;51512;129;atc
;comp;misc_f;51642;51774;62;
;comp;misc_f;51837;51932;84;
;;misc_f;52017;52217;76;
;;misc_f;52294;52918;69;
fin;;CDS;52988;53464;;
deb;;CDS;53428;53694;87;
;comp;misc_f;53782;53921;72;
;comp;misc_f;53994;54619;90;
;;misc_f;54710;54881;129;
;;tRNA;55011;55087;289;atc
;;misc_f;55377;55746;433;
fin;;CDS;56180;56440;;
deb;comp;CDS;82891;83088;116;
;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg
fin;comp;CDS;83480;84178;;
deb;;CDS;417242;417412;142;
;;tRNA;417555;417631;24;atgj
;;tRNA;417656;417732;38;atgj
fin;comp;CDS;417771;418820;;
deb;;CDS;434306;435142;672;
;;misc_f;435815;436065;82;
;;rRNA;436148;436262;51;115
;;tRNA;436314;436390;196;atgf
fin;;CDS;436587;436883;;
deb;comp;CDS;467261;468367;193;
;;misc_f;468561;468657;82;
;;rRNA;468740;468854;51;115
;;tRNA;468906;468982;125;atgf
fin;;CDS;469108;469863;;
deb;comp;CDS;534521;536161;367;
;;tRNA;536529;536603;92;acg
fin;comp;CDS;536696;537778;;
deb;;CDS;619174;620157;82;
;;regulatory;620240;620316;45;
fin;;CDS;620362;621558;;
deb;comp;CDS;658467;658931;110;
;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc
deb;;CDS;659272;660159;106;
;;tRNA;660266;660340;648;gtc
fin;comp;CDS;660989;661800;;
deb;comp;CDS;684188;685114;350;
;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg
;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg
fin;;CDS;685835;686251;;
deb;comp;CDS;691078;691803;-14;
;;misc_f;691790;691887;82;
;;rRNA;691970;692084;114;115
fin;comp;CDS;692199;694505;;
deb;;CDS;750262;751398;161;
;comp;rRNA;751560;751674;82;115
;comp;misc_f;751757;752004;598;
;;repeat_region;752603;752814;388;
fin;;CDS;753203;753760;;
deb;comp;CDS;839402;839962;163;
;comp;misc_f;840126;840415;631;
fin;comp;CDS;841047;844388;;
deb;;CDS;874585;875391;88;
;;tRNA;875480;875556;81;cac
fin;;CDS;875638;876117;;
deb;;CDS;885688;886299;176;
;;tRNA;886476;886552;144;ccc
fin;comp;CDS;886697;887233;;
deb;;CDS;932708;934243;93;
;comp;tRNA;934337;934413;35;cgt
;comp;tRNA;934449;934525;44;cgt
;comp;tRNA;934570;934646;449;cgt
fin;;CDS;935096;936175;;
deb;comp;CDS;978995;979396;138;
;comp;tRNA;979535;979609;23;ggc
;comp;tRNA;979633;979707;45;ggc
;comp;tRNA;979753;979827;29;ggc
;comp;tRNA;979857;979931;206;ggc
fin;;CDS;980138;981679;;
deb;;CDS;997575;997898;95;
;comp;tRNA;997994;998067;54;cag
;comp;tRNA;998122;998195;168;cag
fin;;CDS;998364;999509;;
deb;comp;CDS;1016768;1017427;130;
;comp;regulatory;1017558;1017770;123;
fin;comp;CDS;1017894;1019260;;
deb;;CDS;1050081;1051028;60;
;comp;tRNA;1051089;1051163;16;acc
;comp;tRNA;1051180;1051254;18;acc
;comp;tRNA;1051273;1051347;170;acc
fin;comp;CDS;1051518;1052885;;
deb;;CDS;1197836;1199341;197;
;;tRNA;1199539;1199623;126;cta
fin;;CDS;1199750;1201090;;
deb;;CDS;1206196;1206501;93;
;;tRNA;1206595;1206670;50;gta
fin;;CDS;1206721;1207092;;
deb;comp;CDS;1349719;1350132;81;
;comp;misc_f;1350214;1350534;286;
;comp;tRNA;1350821;1350897;129;atc
;comp;misc_f;1351027;1351159;11;
;comp;misc_f;1351171;1351556;-2;
fin;comp;CDS;1351555;1351782;;
deb;;CDS;1359745;1360302;176;
;;tRNA;1360479;1360555;37;gac
;;tRNA;1360593;1360669;274;gac
fin;;CDS;1360944;1361204;;
deb;;CDS;1416615;1417769;214;
;;tRNA;1417984;1418074;154;tcc
fin;comp;CDS;1418229;1419095;;
deb;comp;CDS;1454756;1457068;311;
;;ncRNA;1457380;1457769;111;
fin;;CDS;1457881;1458696;;
deb;comp;CDS;1472421;1473403;250;
;comp;tRNA;1473654;1473740;77;ttg
fin;comp;CDS;1473818;1474678;;
deb;comp;CDS;1576267;1577118;334;
;;repeat_region;1577453;1577846;905;
fin;comp;CDS;1578752;1579339;;
deb;comp;CDS;1731863;1733557;53;
;comp;regulatory;1733611;1733729;167;
fin;comp;CDS;1733897;1734196;;
deb;comp;CDS;1735298;1736380;219;
;;misc_f;1736600;1736849;82;
;;rRNA;1736932;1737046;52;115
;;tRNA;1737099;1737175;93;atgf
fin;comp;CDS;1737269;1737694;;
deb;comp;CDS;1770487;1770918;236;
;;ncRNA;1771155;1771251;22;
fin;;CDS;1771274;1773061;;
deb;comp;CDS;1812365;1813924;963;
;;misc_f;1814888;1815202;26;
deb;comp;CDS;1815229;1815837;80;
;comp;tRNA;1815918;1815991;34;gga
;comp;tRNA;1816026;1816111;195;tac
fin;;CDS;1816307;1817143;;
deb;comp;CDS;1833109;1833603;83;
;comp;tRNA;1833687;1833762;24;aag
;comp;tRNA;1833787;1833862;198;aag
fin;comp;CDS;1834061;1835224;;
deb;comp;CDS;1942676;1942888;141;
;comp;tRNA;1943030;1943121;160;agc
fin;comp;CDS;1943282;1944133;;
deb;comp;CDS;2087696;2090938;775;
;;misc_f;2091714;2091942;35;
fin;;CDS;2091978;2092247;;
deb;comp;CDS;2113248;2114603;219;
;comp;tRNA;2114823;2114899;55;aga
deb;comp;CDS;2114955;2115251;71;
;comp;tRNA;2115323;2115399;261;cca
fin;comp;CDS;2115661;2116041;;
deb;comp;CDS;2144042;2146288;185;
;;misc_f;2146474;2147259;69;
;;rRNA;2147329;2147443;52;115
;;tRNA;2147496;2147572;645;atgf
fin;comp;CDS;2148218;2148664;;
deb;;CDS;2268003;2268461;87;
;comp;tRNA;2268549;2268625;165;ccg
;comp;tRNA;2268791;2268867;56;ccg
fin;comp;CDS;2268924;2269910;;
deb;comp;CDS;2321621;2322403;74;
;;tRNA;2322478;2322554;225;ccc
fin;;CDS;2322780;2322974;;
deb;comp;CDS;2383763;2385853;216;
;;repeat_region;2386070;2386891;67;
fin;comp;CDS;2386959;2387270;;
deb;comp;CDS;2393295;2396009;1026;
;16s°;rRNA;2397036;2398062;-3;1027
fin;;CDS;2398060;2400888;;
deb;comp;CDS;2517845;2520559;229;
;comp;rRNA;2520789;2520903;82;115
;comp;misc_f;2520986;2521235;19;
;comp;misc_f;2521255;2521355;173;
fin;comp;CDS;2521529;2522152;;
deb;comp;CDS;2596508;2596738;989;
;comp;tRNA;2597728;2597815;194;tca
fin;;CDS;2598010;2599204;;
deb;comp;CDS;2621435;2622058;106;
;comp;tRNA;2622165;2622251;205;ctc
fin;;CDS;2622457;2623107;;
deb;;CDS;2631201;2631554;192;
;;tRNA;2631747;2631822;70;gcc
;;tRNA;2631893;2631968;69;gcc
;;tRNA;2632038;2632113;57;gcc
;;tRNA;2632171;2632246;166;gcc
deb;;CDS;2632413;2632965;538;
;comp;tRNA;2633504;2633579;93;aca
deb;comp;CDS;2633673;2634200;271;
;comp;tRNA;2634472;2634561;155;tcg
fin;;CDS;2634717;2635742;;
deb;comp;CDS;2655872;2656489;182;
;comp;tRNA;2656672;2656747;141;gag
fin;comp;CDS;2656889;2657674;;
deb;;CDS;2758160;2758312;110;
;comp;tRNA;2758423;2758509;94;tta
fin;comp;CDS;2758604;2759899;;
deb;;CDS;2768823;2769530;-11;
;;misc_f;2769520;2769766;81;
;;rRNA;2769848;2769962;118;115
fin;comp;CDS;2770081;2771016;;
deb;;CDS;2792922;2794778;129;
;;tRNA;2794908;2794982;92;caa
fin;comp;CDS;2795075;2795686;;
deb;;CDS;2862755;2862982;123;
;;tRNA;2863106;2863182;117;cca
;;tRNA;2863300;2863374;373;atgi
;;tRNA;2863748;2863823;157;gca
;;tRNA;2863981;2864056;15;aca
deb;;CDS;2864072;2864317;8;
;;tRNA;2864326;2864401;250;aaa
fin;;CDS;2864652;2865125;;
deb;;CDS;2867066;2868112;76;
;comp;tRNA;2868189;2868264;99;aaa
fin;comp;CDS;2868364;2868870;;
deb;comp;CDS;2887107;2888297;134;
;comp;regulatory;2888432;2888534;423;
fin;;CDS;2888958;2890178;;
deb;;CDS;2893891;2894430;25;
;;rRNA;2894456;2894570;51;115
;;tRNA;2894622;2894698;285;atgf
fin;;CDS;2894984;2895400;;
deb;comp;CDS;3034652;3035092;250;
;comp;tRNA;3035343;3035418;8;aaa
fin;comp;CDS;3035427;3035582;;
deb;comp;CDS;3252110;3252280;201;
;;repeat_region;3252482;3252814;354;
fin;comp;CDS;3253169;3254368;;
deb;comp;CDS;3305068;3306534;379;
;comp;tRNA;3306914;3306989;29;ttc
;comp;tRNA;3307019;3307094;34;ttc
;comp;tRNA;3307129;3307204;33;ttc
;comp;tRNA;3307238;3307313;60;ttc
fin;comp;CDS;3307374;3308864;;
deb;comp;CDS;3332977;3334356;54;
;;tRNA;3334411;3334487;176;cgg
fin;comp;CDS;3334664;3335983;;
deb;;CDS;3408217;3409026;91;
;comp;rRNA;3409118;3409232;81;115
;comp;misc_f;3409314;3409410;1;
fin;;CDS;3409412;3409711;;
deb;comp;CDS;3442569;3444509;193;
;comp;regulatory;3444703;3444904;173;
fin;;CDS;3445078;3445920;;
deb;comp;CDS;3456276;3461666;387;
;;tRNA;3462054;3462130;29;agg
fin;;CDS;3462160;3462951;;
deb;comp;CDS;3484140;3484604;331;
;comp;tmRNA;3484936;3485254;73;
fin;comp;CDS;3485328;3486527;;
deb;comp;CDS;3500025;3500675;210;
;;tRNA;3500886;3500959;27;tgc
;;tRNA;3500987;3501061;31;aac
;;tRNA;3501093;3501167;84;aac
fin;comp;CDS;3501252;3501659;;
deb;;CDS;3639978;3641276;172;
;;tRNA;3641449;3641525;70;gcg
;;tRNA;3641596;3641671;33;gcg
;;tRNA;3641705;3641780;389;gcg
fin;;CDS;3642170;3644392;;
deb;;CDS;3651524;3652711;55;
;;tRNA;3652767;3652843;184;cac
fin;comp;CDS;3653028;3653543;;
deb;;CDS;3710072;3710840;126;
;comp;tRNA;3710967;3711042;214;gaa
;comp;tRNA;3711257;3711332;125;gaa
fin;comp;CDS;3711458;3711664;;
deb;comp;CDS;3801285;3802196;44;
;comp;regulatory;3802241;3802347;126;
fin;;CDS;3802474;3803130;;
deb;comp;CDS;3804728;3805231;118;
;comp;tRNA;3805350;3805425;241;gag
fin;comp;CDS;3805667;3806140;;
deb;;CDS;3813820;3815895;138;
;;tRNA;3816034;3816109;220;atgi
fin;;CDS;3816330;3818993;;
deb;comp;CDS;3827982;3828878;90;
;comp;tRNA;3828969;3829042;292;ggg
fin;;CDS;3829335;3830670;;
deb;comp;CDS;3832305;3833264;311;
;;tRNA;3833576;3833662;47;ctg
;;tRNA;3833710;3833796;153;ctg
;;tRNA;3833950;3834036;48;ctg
;;tRNA;3834085;3834171;47;ctg
;;tRNA;3834219;3834305;113;ctg
fin;;CDS;3834419;3835039;;
deb;;CDS;3873358;299;81;
&lt;/pre&gt;

====rpm remarques====
=====rpm remarques texte=====
=====rpm listes=====
=====alpha codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_codes|alpha codes]]
&lt;pre&gt;
rpm;25;;;;;95;88;;rru;12;;;;;55;51;;rpl;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;1;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;7;acc;3;aac;2;agc;1;;atc;4;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;1;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;2;aca;2;aaa;4;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;5/2;acg;1;aag;3;agg;1;;atg;3/1;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;3;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abq;20;;;;;88;83;;oan;11;;;;;61;52;;rtb;2;;;;;33;31
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;4;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;0;cac;1;cgt;1
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;8;gaa;1;gga;1;;gta;1;gca;4;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;1
atg;3/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;5/2;acg;1;aag;1;agg;1;;atg;1/1;acg;1;aag;0;agg;0
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;1;gcg;0;gag;1;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abs;20;;;;;85;76;;agr;9;;;;;58;51;;aua;12;;;;;55;55
ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;;;ttt;;tct;;tat;;tgt;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;3;agc;1;;atc;5;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;2;gcc;3;gac;4;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;3;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;0
gta;1;gca;4;gaa;1;gga;2;;gta;1;gca;5;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atg;5/1;acg;1;aag;2;agg;1;;atg;6/1;acg;1;aag;1;agg;0;;atg;4;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;3;ccg;2;cag;2;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

=====gamma codes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]]
&lt;pre&gt;
19/01/20;Paris;;;;;;
gamma;10500;1161;;;;88462;86720
ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2
att;1;act;6;aat;2;agt;0
ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0
gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6
ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345
atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256
ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520
gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151
tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762
ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784
cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156
gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347
ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340
atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298
ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182
gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855
;;;;;;;
indices;;;;;;;
gamma;904;1161;;;;88462;7469
ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17
att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0
ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0
gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52
ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116
atc;290;acc;158;aac;317;agc;108
ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303
gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358
tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66
ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154
cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4
gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116
ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115
atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112
ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102
gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74
&lt;/pre&gt;

===rru===
====rru opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;;
64.97%GC;26.12.19 Paris;16s  4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;*
comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;*
;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;*
comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;*
;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;*
;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;*
comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;*
;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;*
;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;*
;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;*
;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;*
;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;*
;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;*
comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;*
;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;*
comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;*
comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;*
comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;*
;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;*
;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;*
comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;*
;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;*
comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;*
comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;*
;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;*
;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;*
comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;*
;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;*
;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;*
comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;*
;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;*
;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;*
;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;*
;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;*
;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;*
;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;*
;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;*
;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;*
;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;*
;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;*
comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;*
;;;;;;;;;;;;*
;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;*
comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;*
comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;*
;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;*
;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;*
comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;*
;;;;;;;;;;;;*
;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;*
;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;*
;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;*
;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;*
;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;*
;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;*
;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;*
;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;*
comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;*
;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;*
comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;*
comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;*
comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;*
;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;*
;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;*
comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;*
;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;*
;;;;;;;;;;;;*
;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;*
;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;*
comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;*
comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;*
comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;*
comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;*
comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;*
comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;*
comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;*
comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;*
comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;*
comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;*
comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;*
;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;*
comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;*
comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;*
;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;*
;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;*
comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;*
comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;*
;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;*
comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;*
comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;*
;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;*
;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;*
;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;*
;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;*
comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;*
comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;*
comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;*
;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;*
;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;*
comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;*
comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;*
comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;*
comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;*
comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;*
comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;*
comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;*
;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;*
comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;*
;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;*
;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;*
;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;*
comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;*
comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;*
comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;*
;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;*
;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;*
;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;*
&lt;/pre&gt;

====rru cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]]
&lt;pre&gt;
rru cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300
avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0
;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3
;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4
;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12
;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10
;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4
;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5
sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8
;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3
;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35
;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;;
;;;variance;79;0;;333;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140
;;;variance;;;;83;;;;132;;69
&lt;/pre&gt;

====rru blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]]
&lt;pre&gt;
rru blocs;;;;;;;
cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp
16s;184;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;362;;;gca;362;;
23s;119;2758;;23s;119;2758;
5s;96;115;;5s;95;115;
atgf;287;;;atgf;449;;
cds;;78;hp;cds;;558;macrocin
;;;;;;;
cds;-102;534;peptidase;;;;
Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase
16s;182;1477;;16s;184;1477;
atc;66;;;atc;66;;
gca;361;;;gca;362;;
23s;118;2758;;23s;116;2758;
5s;95;115;;5s;130;115;
atgf;573;;;cds;;315;inner
cds;;1496;hp;;;;
;;;;;;;
sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;;
inner;inner-membrane translocator;;;;;;
macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;;
peptidase;peptidase M23B;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====rru distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====rru données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;
;0;10;47;242;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;
;1;20;50;189;2;3;31;-3;0;0;98;299;972;999;
1;0;30;51;116;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;
1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;
1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;23s 5s;;
;3;60;34;100;6;2;18;-7;0;5;83;257;2* 119;;
1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;118;;
1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;116;;
1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;16s tRNA;;atc
;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;180;;
;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;178;;
2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;180;;
2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;180;;
3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;tRNA 23s;;gca
2;3;150;28;55;15;8;13;-16;1;2;284;70;347;;
;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;346;;
2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;261;347;;
3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;347;;
1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;396;295;5s tRNA;;
;0;200;23;43;20;2;12;-21;1;0;175;178;96;;atgf
;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;95;;atgf
1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;95;;atgf
1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;tRNA tRNA;;intra
1;2;240;15;24;24;7;10;-25;1;1;89;166;4*66;;atc gca
;0;250;16;23;25;5;16;-26;2;2;73;90;tRNA tRNA;;
2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;202;;gcc
2;1;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;**;;gcc
;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;81;;tgc
2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;**;;aac
2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;27;;gga
;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;**;;tac
1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;165;;acc
;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;**;;acc
;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;
;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;
;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;
;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;
;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;
1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;
;1;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;
1;5;reste;88;72;reste;787;1498;-42;0;0;84;;;;
35;48;total;963;2140;total;963;2140;-43;0;1;407;;;;
34;43;diagr;874;2056;diagr;175;630;-44;0;0;163;;;;
1;1; t30;148;547;;;;-45;1;0;95;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;
;x;962;74;1;1037;;;-49;1;0;;;;;
;c;2128;609;12;2749;;;-50;1;0;;;;;
;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;
;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====rru autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;rru;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;16232;163;comp;
;tRNA;17016;253;comp;ctg
fin;CDS;17356;;;
deb;CDS;117072;37;;
;tRNA;117325;299;comp;agg
fin;CDS;117701;;;
deb;CDS;149921;147;comp;
;tRNA;151241;136;;cgg
fin;CDS;151454;;comp;
deb;CDS;189941;841;;
16s;rRNA;192510;180;;1477
;tRNA;194189;66;;atc
;tRNA;194332;347;;gca
23s;rRNA;194755;119;;2758
5s;rRNA;197647;96;;115
;tRNA;197858;287;;atgf
deb;CDS;198222;222;comp;
;repeat_region;198678;145;;
fin;CDS;200012;;comp;
deb;CDS;211593;261;comp;
;repeat_region;213597;128;;
fin;CDS;214303;;comp;
deb;CDS;305449;257;comp;
;tRNA;306906;319;;cag
fin;CDS;307299;;comp;
deb;CDS;322896;406;comp;
;tRNA;324100;98;comp;caa
fin;CDS;324273;;comp;
deb;CDS;362552;224;;
;tRNA;363106;202;;gcc
;tRNA;363384;43;;gcc
fin;CDS;363503;;comp;
deb;CDS;407067;92;;
;tRNA;407699;141;;agc
fin;CDS;407932;;;
deb;CDS;419952;57;;
;repeat_region;420333;228;;
fin;CDS;423032;;comp;
deb;CDS;466945;115;;
;tRNA;468041;83;comp;tta
fin;CDS;468210;;comp;
deb;CDS;529650;67;;
;repeat_region;530056;180;;
fin;CDS;530734;;comp;
deb;CDS;536858;111;comp;
;regulatory;537266;38;;
fin;CDS;537511;;;
deb;CDS;559038;239;comp;
;tRNA;559697;170;;aag
fin;CDS;559943;;;
deb;CDS;571949;20;;
;regulatory;572902;194;;
fin;CDS;573329;;;
deb;CDS;794877;217;comp;
;tRNA;795406;86;;tcc
fin;CDS;795583;;;
deb;CDS;908584;1193;comp;
16s;rRNA;911379;178;;1477
;tRNA;913057;66;;atc
;tRNA;913200;346;;gca
23s;rRNA;913622;118;;2758
5s;rRNA;916513;95;;115
;tRNA;916723;738;;atgf
fin;CDS;917538;;;
deb;CDS;988887;204;;
;repeat_region;989382;533;;
fin;CDS;992381;;comp;
deb;CDS;1144656;314;comp;
;ncRNA;1145438;15;comp;
fin;CDS;1145882;;comp;
deb;CDS;1159249;71;;
;tRNA;1160163;117;;gag
fin;CDS;1160356;;;
deb;CDS;1339162;168;;
;regulatory;1340533;238;;
fin;CDS;1340988;;;
deb;CDS;1362782;177;comp;
;repeat_region;1363865;208;;
fin;CDS;1364648;;comp;
deb;CDS;1464820;283;comp;
;tRNA;1465406;139;;tcg
fin;CDS;1465635;;comp;
deb;CDS;1499517;136;comp;
;regulatory;1501675;100;comp;
fin;CDS;1502001;;;
deb;CDS;1578910;1039;;
;repeat_region;1580591;284;;
fin;CDS;1582246;;comp;
deb;CDS;1692844;162;comp;
;repeat_region;1694053;193;;
fin;CDS;1696161;;comp;
deb;CDS;1706399;230;comp;
;regulatory;1707586;93;;
fin;CDS;1707876;;;
deb;CDS;1791953;116;;
;tRNA;1792276;131;comp;gaa
fin;CDS;1792483;;comp;
deb;CDS;1824299;98;;
;tRNA;1825837;150;;cta
fin;CDS;1826072;;;
deb;CDS;1833133;284;;
;tRNA;1833693;70;;gta
fin;CDS;1833839;;comp;
deb;CDS;1933548;85;;
;tRNA;1934224;63;;cca
deb;CDS;1934364;12;;
;tRNA;1934676;396;;aga
fin;CDS;1935149;;;
deb;CDS;1959133;175;;
;tRNA;1960034;215;;ccc
fin;CDS;1960326;;;
deb;CDS;1996760;164;comp;
;tRNA;1998244;261;;tca
fin;CDS;1998595;;comp;
deb;CDS;2008544;206;comp;
;regulatory;2009119;129;;
fin;CDS;2009470;;;
deb;CDS;2031997;123;;
;tRNA;2032987;186;comp;aaa
fin;CDS;2033249;;comp;
deb;CDS;2093327;295;comp;
;tRNA;2094273;81;;tgc
;tRNA;2094428;150;;aac
fin;CDS;2094653;;;
deb;CDS;2304404;89;comp;
;tRNA;2305924;178;comp;ctc
fin;CDS;2306189;;;
deb;CDS;2318681;138;comp;
;regulatory;2319857;73;;
fin;CDS;2320063;;;
deb;CDS;2331183;73;;
;tRNA;2331595;126;;atgj
fin;CDS;2331798;;comp;
deb;CDS;2411337;202;comp;
;tRNA;2412007;75;comp;cac
fin;CDS;2412159;;comp;
deb;CDS;2550773;186;comp;
;regulatory;2551172;147;;
fin;CDS;2551477;;;
deb;CDS;2559473;36;;
;tmRNA;2560658;131;;
fin;CDS;2561126;;;
deb;CDS;2667051;354;;
;repeat_region;2668113;204;;
fin;CDS;2669862;;comp;
deb;CDS;2714978;129;;
;repeat_region;2715965;262;;
fin;CDS;2716563;;;
deb;CDS;2729598;449;;
;tRNA;2731721;95;comp;atgf
5s;rRNA;2731893;119;comp;115
23s;rRNA;2732127;347;comp;2758
;tRNA;2735247;66;comp;gca
;tRNA;2735389;180;comp;atc
16s;rRNA;2735646;972;comp;1477
fin;CDS;2738117;;comp;
deb;CDS;2959802;354;comp;
;tRNA;2962229;171;comp;gtc
fin;CDS;2962475;;;
deb;CDS;3124836;151;comp;
;tRNA;3125185;343;comp;tgg
deb;CDS;3125604;93;comp;
;tRNA;3126888;27;comp;gga
;tRNA;3126989;166;comp;tac
deb;CDS;3127241;57;;
;tRNA;3128216;127;;aca
fin;CDS;3128419;;;
deb;CDS;3193350;430;comp;
;tRNA;3194938;103;comp;ttc
fin;CDS;3195117;;comp;
deb;CDS;3320745;90;;
;tRNA;3322206;60;comp;atgi
fin;CDS;3322342;;comp;
deb;CDS;3377932;140;comp;
;tRNA;3378255;165;;acc
;tRNA;3378495;237;;acc
deb;CDS;3378807;234;;
;tRNA;3379605;77;;gac
fin;CDS;3379759;;comp;
deb;CDS;3399207;262;comp;
;tRNA;3399757;56;comp;ccg
fin;CDS;3399890;;comp;
deb;CDS;3490378;84;;
;tRNA;3491233;407;;gtg
fin;CDS;3491715;;;
deb;CDS;3514107;56;comp;
;regulatory;3515291;4;comp;
;regulatory;3515401;88;comp;
fin;CDS;3515601;;comp;
deb;CDS;3523910;371;;
;repeat_region;3524497;79;;
fin;CDS;3525452;;comp;
deb;CDS;3705744;56;comp;
;regulatory;3707042;399;comp;
fin;CDS;3707518;;;
deb;CDS;3719367;163;comp;
;tRNA;3719917;95;comp;ggg
fin;CDS;3720086;;comp;
deb;CDS;3805869;130;;
5s;rRNA;3806944;116;comp;115
23s;rRNA;3807175;347;comp;2758
;tRNA;3810295;66;comp;gca
;tRNA;3810437;180;comp;atc
16s;rRNA;3810694;999;comp;1477
fin;CDS;3813192;;;
deb;CDS;3824154;103;comp;
;tRNA;3825931;387;comp;cgt
fin;CDS;3826395;;;
deb;CDS;3996560;58;comp;
;ncRNA;3998598;106;comp;
fin;CDS;3998802;;comp;
deb;CDS;4021982;27;;
;tRNA;4023191;224;comp;ttg
fin;CDS;4023502;;;
deb;CDS;4058818;187;comp;
;tRNA;4059305;179;;gcg
fin;CDS;4059560;;comp;
deb;CDS;4105626;721;comp;
;tRNA;4108039;148;comp;acg
fin;CDS;4108262;;;
deb;CDS;4261100;269;comp;
;tRNA;4262308;118;;ggc
fin;CDS;4262501;;;
&lt;/pre&gt;

====rru intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;;
rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1
;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0
;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5
;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6
;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1
;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4
;'''total 3786;&lt;201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1
3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2
844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1
3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1
3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0
3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0
1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3
3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0
566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1
1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2
3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3
2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3
93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0
409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1
400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0
1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0
3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0
3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0
550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0
2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1
1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1
1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3
2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0
3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0
2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0
3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1
1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1
742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0
3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1
139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0
880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0
1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0
2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1
90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0
961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0
1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0
2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0
2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0
55947;637;36;10;300;29;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;31;1060;0
1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0
2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0
3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0
3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0
;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0
;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0
;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0
;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0
;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0
2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0
651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0
2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0
1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0
2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1
3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786
4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;;
664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;;
3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;;
3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;;
1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;;
3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;;
1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;;
465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;;
2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;;
780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;;
2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;;
3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;;
210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;;
1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;;
622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;;
2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;;
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]]
*Légende: 
*Tableaux
&lt;pre&gt;
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40
31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF
31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;;
41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;;
1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;;
rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;1;6;0;1;12;&gt;0;962;-1;0;81
10;47;242;;10;54;118;1;4;21;&lt;0;74;-2;1;0
20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0
30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394
40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0
50;23;99;;50;26;48;5;4;29;&gt;0;2128;-6;2;0
60;34;100;;60;39;49;6;2;18;&lt;0;609;-7;0;5
70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42
80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0
90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6
100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22
110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0
120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4
130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11
140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0
150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2
160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11
170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0
180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4
190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3
200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0
210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0
220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1
230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0
240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1
250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2
260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0
270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0
280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2
290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0
300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2
310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1
320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0
330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1
340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0
350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0
360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0
370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0
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390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0
400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2
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 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;reste;9;11
;;;;;;;;;;;;total;74;609
&lt;/pre&gt;

====rru  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;;
comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74
;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609
&lt;/pre&gt;

====rru autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;
;;;;;;;;;;;;;;;;
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;&amp;tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;;
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&lt;/pre&gt;
====rru intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb;
;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;&lt;201;15
;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24
;81;;;;287;;73;75;taux;63%
;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;;
;27;;406;;98;;85;86;'''fin;
;165;;224;comp’;43;;89;95;&lt;201;18
;66;;92;;141;;92;98;total;25
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;;comp’;239;;170;;98;117;;
;;comp’;217;;86;;103;118;'''total;
;;;;;738;;151;127;&lt;201;33
;;;71;;117;;163;131;total;49
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;;comp’;116;;131;;175;150;;
;;;98;;150;;202;150;;
;;;284;comp’;70;;224;170;;
;;;85;;63;;234;186;;
;;;12;;396;;262;215;;
;;;175;;215;;284;237;;
;;comp’;164;comp’;261;;354;287;;
;;comp’;123;;186;;406;343;;
;;comp’;295;;150;;430;396;;
;;;89;comp’;178;;721;407;;
;;;73;comp’;126;;'''-;738;'''comp’;'''cumuls
;;;202;;75;;27;43;;
;;comp’;449;;;;37;70;'''deb;
;;;354;comp’;171;;90;77;&lt;201;10
;;;151;;343;;115;126;total;17
;;;93;comp’;166;;116;136;taux;59%
;;;57;;127;;123;139;;
;;;430;;103;;140;148;'''fin;
;;comp’;90;;60;;147;166;&lt;201;11
;;comp’;140;;237;;164;171;total;17
;;;234;comp’;77;;187;178;taux;65%
;;;262;;56;;217;179;;
;;;84;;407;;239;224;'''total;
;;;163;;95;;257;253;&lt;201;21
;;;103;comp’;387;;269;261;total;34
;;comp’;27;comp’;224;;283;299;taux;62%
;;comp’;187;comp’;179;;295;319;;
;;;721;comp’;148;;449;387;;
;;comp’;269;;118;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;25;29;54;;;;;
;;total;41;42;83;;;;;
;;taux;61%;69%;65%;;;;;
&lt;/pre&gt;

===oan===
====oan opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;oan;;genome;;;;;;;;;
56.1%GC;27.12.19 Paris;16s  4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;;
chromosom1;;;;;;;;;;;;
;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;*
;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;*
;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;*
comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;*
comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;*
comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;*
;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;*
;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;*
comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;*
comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;*
;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;*
comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;*
comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;*
comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;*
comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;*
comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;*
;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;*
;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;*
;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;*
;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;*
;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;*
comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;*
;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;*
;;;;;;;;;;;;*
;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;*
;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;*
;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;*
;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;*
;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;*
;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;*
;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;*
;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;*
;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;*
comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;*
comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;*
comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;*
;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;*
comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;*
comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;*
comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;*
comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;*
comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;*
;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;*
;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;*
;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;*
comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;*
comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;*
comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;*
comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;*
comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;*
;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;*
;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;*
comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;*
;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;*
;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;*
;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
;;;;;;;;;;;;*
;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;*
comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;*
;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;*
comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;*
;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;*
;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;*
comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;*
comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;*
comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;*
comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;*
comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;*
;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;*
comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;*
comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;*
&lt;comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;*
comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;*
comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;*
comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;*
;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;*
comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;*
comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;*
;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;*
;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;*
comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;*
comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;*
comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;*
;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;*
;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;*
;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;*
chromosom2;;;;;;;;;;;;*
;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;*
;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;*
comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;*
comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;*
comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;*
;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;*
;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;*
;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;*
&gt;comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;*
;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;*
;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;*
;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;*
comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;*
comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;*
comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;*
comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;*
;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;*
comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;*
;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;*
comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;*
;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;*
;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;*
;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;*
comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;*
;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;*
comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;*
;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;*
;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;*
&gt;comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;*
comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;*
comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;*
comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;*
&lt;;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;*
comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;*
comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;*
comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;*
;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;*
;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;*
;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;*
&lt;/pre&gt;

====oan cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]]
&lt;pre&gt;
oan cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0
;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0
;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4
;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18
;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8
;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9
;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3
;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6
sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4
;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6
;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8
;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35
;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101
total aas;;60;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;;
;;;variance;111;0;;268;;;;180;;
sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150
;;;variance;;;;117;;;;132;;81
&lt;/pre&gt;

====oan blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]]
&lt;pre&gt;
oan blocs;;;;
Constantes;;;;
cds;;intercal;cdsa;
16s;;268;1489;
atc;;11;;
gca;;39;;
cds;;38;63;P-hp
23s;;186;2919;
5s;;54;115;
atgf;;;;
cds;;;;
Variations;;;;
blocs 16s;;intercal;cdsa;
1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
;;;;
1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator
;;360;314;LysR family transcriptional regulator
;;;;
456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase
;;-44;552;recombinase family protein
;;;;
1602079..1603567;;743;294;ATPase
;;363;57;LysR family transcriptional regulator
&lt;/pre&gt;
*Détails
&lt;pre&gt;
cds;743’;713;677;998’
16s;268;268;268;268
atc;11;11;11;11
gca;39’;39’;39’;39’
cds;38’;38’;38’;38’
23s;186;186;186;186
5s;54;54;54;54
atgf;363;-44';360;363
cds;;;;
&lt;/pre&gt;

====oan distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====oan1 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;
1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;
;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;23s 5s;;
2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;2* 194;;
;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;16s tRNA;;
;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;2*273;;atc
1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;tRNA 23s;;
1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;2* 270;;gca
;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;5s tRNA;;
1;1;90;23;42;9;4;14;-10;1;3;333;186;2* 54;;atgf
;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;tRNA tRNA;;intra
1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;2* 11;;atc gca
;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;tRNA tRNA;;
;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;146;;gaa
;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;**;;gaa
1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;24;;tac
1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;**;;gga
;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;245;;gac
;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;**;;gac
2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;
1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;
;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;
1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;
;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;
;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;
;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;
;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;
;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;
;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;
1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;
;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;
;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;
1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;
1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;
;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;
;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;
1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;
;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;
1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;
1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;
1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;
5;5;reste;70;70;reste;651;1044;-42;0;0;123;;;;
26;44;total;771;1516;total;771;1516;-43;0;0;156;;;;
20;39;diagr;689;1437;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;
3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;
;c;1507;402;9;1918;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2744;106;;reste;3;4;;;;;
;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan1 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;oan1;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas
fin;;CDS;85;261;;
deb;comp;CDS;20987;21391;93;
;;ncRNA;21485;21582;117;
fin;;CDS;21700;23517;;
deb;;CDS;34057;34446;224;
;;tRNA;34671;34746;95;gcc
fin;;CDS;34842;35480;;
deb;comp;CDS;36750;37604;244;
;comp;regulatory;37849;38001;259;
fin;;CDS;38261;40249;;
deb;;CDS;223549;224394;164;
;;tRNA;224559;224635;109;ccg
fin;comp;CDS;224745;225806;;
deb;comp;CDS;295366;296238;86;
;comp;regulatory;296325;296481;233;
fin;;CDS;296715;298838;;
deb;comp;CDS;337757;338197;158;
;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc
fin;comp;CDS;338603;338818;;
deb;comp;CDS;344419;344598;147;
;;tRNA;344746;344820;397;acc
fin;;CDS;345218;346030;;
deb;comp;CDS;351922;353328;167;
;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt
fin;comp;CDS;353732;355285;;
deb;comp;CDS;424109;425302;91;
;comp;regulatory;425394;425473;298;
fin;;CDS;425772;426863;;
deb;comp;CDS;725472;726479;219;
;;tRNA;726699;726773;172;caa
fin;;CDS;726946;729048;;
deb;comp;CDS;934613;934987;333;
;comp;tRNA;935321;935397;114;agg
fin;comp;CDS;935512;936675;;
deb;;CDS;1049919;1051202;24;
;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg
fin;comp;CDS;1051905;1053539;;
deb;comp;CDS;1081066;1083021;999;
;;rRNA;1084021;1085503;273;1483
;;tRNA;1085777;1085853;11;atc
;;tRNA;1085865;1085940;270;gca
;;rRNA;1086211;1089117;194;2907
;;rRNA;1089312;1089426;54;115
;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj   f
fin;;CDS;1089921;1090091;;
deb;;CDS;1096454;1096912;7;
;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg
fin;;CDS;1097362;1097751;;
deb;comp;CDS;1202605;1203609;41;
;comp;regulatory;1203651;1203765;95;
fin;;CDS;1203861;1204517;;
deb;;CDS;1263516;1263881;88;
;;ncRNA;1263970;1264128;99;
fin;;CDS;1264228;1265223;;
deb;;CDS;1311344;1311823;211;
;;tRNA;1312035;1312109;88;gag
fin;;CDS;1312198;1312467;;
deb;;CDS;1344750;1345565;678;
;;rRNA;1346244;1347726;273;1483
;;tRNA;1348000;1348076;11;atc
;;tRNA;1348088;1348163;270;gca
;;rRNA;1348434;1351340;194;2907
;;rRNA;1351535;1351649;54;115
;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj   f
fin;;CDS;1352144;1353082;;
deb;;CDS;1354558;1355604;85;
;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc
fin;comp;CDS;1355901;1357280;;
deb;comp;CDS;1386666;1387982;819;
;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc
fin;;CDS;1389266;1389589;;
deb;comp;CDS;1405236;1405859;139;
;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg
fin;comp;CDS;1406232;1406852;;
deb;comp;CDS;1604615;1604854;26;
;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj  j
fin;comp;CDS;1604969;1605214;;
deb;;CDS;1639492;1640289;-44;
;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj  j
fin;;CDS;1640509;1641465;;
deb;comp;CDS;1778816;1779571;385;
;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi
fin;;CDS;1780299;1780844;;
deb;;CDS;1818096;1818755;175;
;;ncRNA;1818931;1819358;205;
fin;;CDS;1819564;1820313;;
deb;;CDS;1881047;1881754;33;
;comp;tmRNA;1881788;1882155;188;
fin;;CDS;1882344;1882655;;
deb;;CDS;1917737;1918849;108;
;;regulatory;1918958;1919182;154;
fin;;CDS;1919337;1921202;;
deb;;CDS;1945985;1946374;721;
;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag
fin;;CDS;1947750;1948412;;
deb;;CDS;1973835;1975286;48;
;;regulatory;1975335;1975573;50;
fin;;CDS;1975624;1975812;;
deb;comp;CDS;2014813;2015097;103;
;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa
;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa
fin;comp;CDS;2015697;2016962;;
deb;comp;CDS;2039366;2040226;318;
;;tRNA;2040545;2040629;24;tac
;;tRNA;2040654;2040727;139;gga
deb;;CDS;2040867;2042042;65;
;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg
fin;;CDS;2042604;2042804;;
deb;;CDS;2168416;2168658;28;
;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg
fin;;CDS;2169050;2169946;;
deb;comp;CDS;2244184;2245050;112;
;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta
fin;;CDS;2245446;2246705;;
deb;;CDS;2267888;2268835;305;
;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc
fin;comp;CDS;2269292;2270185;;
deb;;CDS;2332394;2333530;393;
;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg
fin;comp;CDS;2334170;2335792;;
deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650;
;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg
fin;comp;CDS;2342418;2344424;;
deb;comp;CDS;2369668;2370441;152;
;;tRNA;2370594;2370669;987;aca
fin;comp;CDS;2371657;2372076;;
deb;comp;CDS;2442729;2443145;299;
;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj   f
fin;comp;CDS;2443590;2443781;;
deb;comp;CDS;2449947;2451311;156;
;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta
fin;comp;CDS;2451787;2452356;;
deb;comp;CDS;2548914;2550098;513;
;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac
;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac
fin;;CDS;2551339;2551956;;
deb;;CDS;2604616;2605908;824;
;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta
fin;comp;CDS;2607073;2607996;;
deb;;CDS;2641040;2641360;97;
;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc
fin;;CDS;2641629;2642357;;
deb;;CDS;2696299;2697183;54;
;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga
deb;comp;CDS;2697438;2697743;156;
;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca
fin;;CDS;2698163;2698309;;
deb;comp;CDS;2771579;2772697;584;
;;tRNA;2773282;2773372;203;agc
fin;;CDS;2773576;2774643;;
deb;;CDS;2886536;2887183;84;
&lt;/pre&gt;

====oan2 données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;
;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;
1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;23s 5s;;
;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;2* 194;;
;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;16s tRNA;;
;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;2* 273;;atc
;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;tRNA 23s;;
;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;2* 270;;gca
;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;5s tRNA;;
;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;2* 54;;atgf
;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;tRNA tRNA;;intra
1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;2* 11;;atc gca
;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;
;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;
;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;
;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;
1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;
1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;
;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;
;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;
;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;
;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;
1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;
;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;
;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;
;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;
;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;
;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;
;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;
;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;
;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;
;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;
2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;
;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;
;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;
1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;
;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;
;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;
1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;
;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;
10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;
9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;
1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;
;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====oan2 autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;oan2;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;149537;151504;355;*;
;;tRNA;151860;151955;14;*;tga
fin;comp;CDS;151970;152605;;;
deb;;CDS;249965;250795;64;*;
;;regulatory;250860;251074;365;*;
fin;;CDS;251440;251661;;;
deb;comp;CDS;298403;299422;300;*;
;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag
fin;comp;CDS;300158;300460;;;
deb;;CDS;455428;456111;714;*;
;;rRNA;456826;458308;273;*;1483
;;tRNA;458582;458658;11;*;atc
;;tRNA;458670;458745;270;*;gca
;;rRNA;459016;461922;194;*;2907
;;rRNA;462117;462231;54;*;115
;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf
fin;comp;CDS;462319;463974;;;
deb;comp;CDS;572059;572721;545;*;
;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other
fin;comp;CDS;573978;575285;;;
deb;comp;CDS;611464;611742;88;*;
;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc
fin;;CDS;612293;612814;;;
deb;;CDS;850872;851594;138;*;
;;regulatory;851733;851842;43;*;
fin;;CDS;851886;852806;;;
deb;;CDS;991265;991999;217;*;
;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca
fin;;CDS;992630;992884;;;
deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*;
;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa
fin;;CDS;1033957;1035651;;;
deb;;CDS;1067405;1068742;131;*;
;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc
fin;;CDS;1069687;1069905;;;
deb;;CDS;1081639;1082031;103;*;
;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac
fin;;CDS;1082378;1082653;;;
deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*;
;;regulatory;1217787;1217947;76;*;
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;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*;
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;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac
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;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg
fin;comp;CDS;1474907;1475239;;;
deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*;
;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf
;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115
;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907
;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca
;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc
;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483
fin;;CDS;1604311;1605192;;;
deb;;CDS;1720169;1720531;113;*;
;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc
fin;;CDS;1721185;1721838;;;
&lt;/pre&gt;

===abq===
====abq opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abq;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;29.12.19 Paris;16s  9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;*
comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;*
;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;*
;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;*
comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;*
;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;*
;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
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;;;;;;;;;;;;*
comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;*
;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;*
comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;*
;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;*
;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
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;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;*
comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;*
comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;*
;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;*
comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;*
comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;*
;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;*
comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;*
comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
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comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;*
comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;*
comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;*
comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
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comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;*
;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;*
comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;*
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comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;*
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;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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plasmide2;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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plasmide4;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
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plasmide5;;;;;;;;;;;;*
;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;*
;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;*
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plasmide1;;;;@3;;;;;;;;*
&gt;comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;*
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comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;*
comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;*
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;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;*
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;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;*
;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;*
;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;*
;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;*
;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;*
;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;*
&lt;comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;*
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comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;*
;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;*
;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;*
comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;*
comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;*
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;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;*
comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;*
comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;;;;;;;;;;;;*
;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;*
comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;*
;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;*
;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;*
;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;*
;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;*
;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;*
;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;*
comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;*
comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;*
comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;*
comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;*
comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;*
comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;*
comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;*
;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;*
;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;*
;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;*
comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;*
;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;*
;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====abq cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]]
&lt;pre&gt;
abq cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0
;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0
;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2
;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9
;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8
;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11
;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6
;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6
;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8
;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46
;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116
total aas;;87;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;;
;;;variance;72;0;;175;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166
;;;variance;;;;74;;;;142;;71
&lt;/pre&gt;

====abq blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]]
&lt;pre&gt;
abq blocs;;;;;;;;;;;;;;;
bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489
$16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501;
atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;;
gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;;
$23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753;
$5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116;
cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL &amp; GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp
;;;;;;;;;;;;;;;
cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;;
$16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;;
atc;30;;;30;;;30;;;;;;;;
gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam;
$23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;;
$5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;;
atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam;
cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abq distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 &gt;1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abq données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;16s tRNA;;
1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;2* 114;;atc
;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;tRNA 23s;;
;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;267;;gca
;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;256;;gca
;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;tRNA tRNA;;intra
;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;2* 30;;atc gca
1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;tRNA tRNA;;
3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;206;;ccg
;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;**;;ccg
;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;60;;tac
1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;**;;gga
1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;76;;aag
1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;**;;aag
2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;38;;gag
2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;**;;gag
1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;132;;gtg
2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;**;;gtg
1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;220;;aac
1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;**;;tgc
;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;164;;gac
2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;**;;gta
2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;109;;cac
;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;**;;cac
1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;
1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;
;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;
;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;
;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;
;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;
1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;
;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;
;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;
;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;
1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;
;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;
;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;
1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;CDS 16s;;;;
;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;496;779;;;
;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;2* 134;;;;
1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;5s CDS;;;;
27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;236;187;;;
26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;
;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;
;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abq autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abq;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;125527;126444;127;*;
;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg
fin;;CDS;126854;127138;;;
deb;comp;CDS;163237;164982;175;*;
;;tRNA;165158;165234;59;*;agg
fin;;CDS;165294;166022;;;
deb;comp;CDS;188235;189860;42;*;
;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg
fin;comp;CDS;190059;191987;;;
deb;comp;CDS;250833;251111;169;*;
;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc
fin;comp;CDS;251498;251893;;0;
deb;;CDS;409912;410451;134;*;
;;ncRNA;410586;410683;99;*;
fin;;CDS;410783;412645;;;
deb;comp;CDS;458142;458459;209;*;
;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg
fin;comp;CDS;458822;459664;;;
deb;comp;CDS;496776;497171;162;*;
;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg
fin;;CDS;497558;498085;;;
deb;comp;CDS;599094;599591;554;*;
;comp;ncRNA;600146;600563;62;*;
fin;comp;CDS;600626;601336;;;
deb;comp;CDS;615937;616350;121;*;
;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg
;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg
fin;comp;CDS;616941;617957;;0;
deb;comp;CDS;748703;749161;38;*;
;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca
deb;comp;CDS;749367;750221;144;*;
;;tRNA;750366;750451;60;*;tac
;;tRNA;750512;750585;81;*;gga
deb;;CDS;750667;751857;153;*;
;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg
fin;;CDS;752156;752353;;;
deb;comp;CDS;794457;795983;296;*;
;;tRNA;796280;796355;76;*;aag
;;tRNA;796432;796507;109;*;aag
fin;comp;CDS;796617;797057;;;
deb;;CDS;870412;872373;159;*;
;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi
deb;comp;CDS;872614;873093;134;*;
;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt
fin;;CDS;873517;874023;;;
deb;;CDS;931977;933011;68;*;
;;tRNA;933080;933155;38;*;gag
;;tRNA;933194;933269;72;*;gag
fin;comp;CDS;933342;934340;;0;
deb;;CDS;965995;966240;85;*;
;;regulatory;966326;966425;175;*;
fin;;CDS;966601;967713;;;
deb;;CDS;987790;988104;13;*;
;;ncRNA;988118;988277;39;*;
fin;;CDS;988317;988940;;;
deb;;CDS;997881;998357;246;*;
;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc
fin;comp;CDS;998854;1000815;;;
deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*;
;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg
;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg
fin;;CDS;1165721;1165885;;;
deb;;CDS;1242416;1242919;85;*;
;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc
fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0;
deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*;
;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca
deb;;CDS;1354141;1354437;10;*;
;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga
fin;;CDS;1354968;1355213;;0;
deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*;
;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac
;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc
fin;;CDS;1371285;1371941;;;
deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*;
;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116
;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747
;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca
;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc
;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485
fin;;CDS;1433795;1437778;;;
deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*;
;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*;
fin;;CDS;1555610;1555798;;0;
deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*;
;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa
fin;comp;CDS;1577739;1579538;;;
deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*;
;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac
;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta
fin;comp;CDS;1724224;1724496;;;
deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*;
;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta
fin;comp;CDS;1732069;1733634;;;
deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*;
;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac
;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac
fin;;CDS;1735935;1736273;;;
deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*;
;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*;
fin;;CDS;1820802;1821179;;0;
deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*;
;;tmRNA;1863539;1863915;31;*;
fin;;CDS;1863947;1864516;;;
deb;;CDS;1951126;1951752;149;*;
;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac
fin;comp;CDS;1952062;1952424;;;
deb;;CDS;1996903;1997244;595;*;
;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj
fin;comp;CDS;1998046;1999179;;;
deb;;CDS;2086487;2088658;156;*;
;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc
fin;;CDS;2089124;2090002;;;
deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*;
;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*;
fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0;
deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*;
;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta
fin;;CDS;2304565;2304732;;0;
deb;;CDS;2482875;2484518;365;*;
;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc
fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0;
deb;;CDS;2526814;2528505;73;*;
;;regulatory;2528579;2528683;49;*;
fin;;CDS;2528733;2529680;;1;
deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*;
;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc
fin;;CDS;2642238;2642915;;;
deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*;
;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg
fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0;
deb;;CDS;2781933;2783774;187;*;
;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116
;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747
;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca
;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc
;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495
fin;comp;CDS;2789503;2790207;;;
deb;;CDS;2843264;2843443;77;*;
;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt
fin;;CDS;2843768;2844268;;0;
deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*;
;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*;
fin;;CDS;2887988;2888500;;;
&lt;/pre&gt;

====abqp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;16s tRNA;;atc
;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;2* 114;;
1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;100;;
;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;tRNA 23s;;gca
1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;2* 256;;
;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;255;;
;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;5s tRNA;;
;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;2* 96;;atgf
;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;tRNA tRNA;;intra
;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;3* 30;;atc gca
1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;tRNA tRNA;;
;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;29;;ctg
;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;**;;gcc
;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;4;;aac
2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;**;;gac
;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;1;;acc
;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;CDS 16s;;99;;gcg
1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;444;734;44;;gac
1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;472;1;;gtc
;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;643;**;;cag
2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;5s CDS;;;;
;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;-;193;;;
1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;23s CDS;;;;
1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;-;151;;;
;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;23s 5s;;;;
2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;2* 134;;;;
;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;133;;;;
;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;
;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;
;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;
;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;
;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;
;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;
;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;
;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;
1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;
;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;
1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;
;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;
1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;
16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;
15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;
1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;
;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;
;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abqp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abqp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;115594;115896;394;*;
;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf
;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116
;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747
;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca
;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc
;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485
fin;;CDS;122233;123597;;0;
deb;;CDS;138420;138878;54;*;
;;regulatory;138933;139152;115;*;
fin;;CDS;139268;141196;;;
deb;comp;CDS;217550;218176;123;*;
;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg
fin;;CDS;218615;219604;;;
deb;comp;CDS;241293;242384;76;*;
;comp;regulatory;242461;242590;232;*;
fin;comp;CDS;242823;243398;;;
deb;comp;CDS;300477;301733;472;*;
;;rRNA;302206;303690;114;*;1485
;;tRNA;303805;303881;30;*;atc
;;tRNA;303912;303987;256;*;gca
;;rRNA;304244;306990;134;*;2747
;;rRNA;307125;307240;96;*;116
;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf
fin;comp;CDS;307575;307805;;0;
deb;;CDS;353736;354107;193;*;
;;regulatory;354301;354527;305;*;
fin;;CDS;354833;355231;;;
deb;comp;CDS;358353;360380;175;*;
;;regulatory;360556;360807;103;*;
fin;;CDS;360911;361297;;0;
deb;;CDS;366313;366825;113;*;
;;regulatory;366939;367191;109;*;
fin;;CDS;367301;369220;;;
deb;comp;CDS;466493;467710;231;*;
;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca
fin;comp;CDS;468237;468809;;;
deb;;CDS;512242;512790;136;*;
;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa
fin;;CDS;513212;514036;;;
deb;;CDS;931813;933912;79;*;
;;tRNA;933992;934066;382;*;caa
fin;comp;CDS;934449;935270;;;
deb;comp;CDS;948715;949743;199;*;
;;tRNA;949943;950016;246;*;cag
fin;comp;CDS;950263;950616;;;
deb;;CDS;970933;972006;19;*;
;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc
fin;;CDS;972317;972550;;0;
deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*;
;;regulatory;1162741;1162957;38;*;
fin;;CDS;1162996;1164069;;;
deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*;
;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc
fin;comp;CDS;1303691;1303876;;;
deb;;CDS;1349865;1350929;151;*;
;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747
;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495
fin;;CDS;1356235;1356726;;;
deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*;
;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc
;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg
;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac
;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc
;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag
fin;comp;CDS;1443879;1444727;;;
deb;;CDS;1566394;1566612;193;*;
;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116
;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747
;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca
;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc
;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495
fin;comp;CDS;1572279;1572707;;;
deb;;CDS;1722755;1724962;94;*;
;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc
fin;;CDS;1725562;1726311;;;
deb;;CDS;1757680;1760568;308;*;
;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg
;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc
fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0;
deb;;CDS;1854042;1855049;135;*;
;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc
fin;;CDS;1855611;1858685;;0;
deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*;
;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac
;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac
fin;comp;CDS;1884216;1884821;;;
&lt;/pre&gt;

===abs===
====abs opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]]
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
;abs;;genome;;;;;;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;16s  5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;*
;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;*
comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;*
comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;*
comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;*
;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;*
;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;*
comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;*
;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;*
comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;*
;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;*
;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;*
;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;*
comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;*
comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;*
comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;*
comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;*
;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;*
comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;*
;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;*
;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;*
;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;*
comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;*
comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;*
comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;*
comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;*
;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;*
;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;*
;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;*
;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;*
;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;*
;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;*
;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;*
;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;*
;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;*
;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;*
;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;*
;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;*
;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;*
;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;*
comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;*
comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;*
;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;*
comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;*
comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;*
comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;*
comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;*
&lt;comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;*
comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;*
comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;*
;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;*
;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;*
;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;*
;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;*
comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;*
;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;*
comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;*
comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;*
comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;*
comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;*
comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;*
;;;;;;;;;;;;*
;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;*
comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;*
comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;*
comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;*
;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;*
;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;*
comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;*
comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;*
;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;*
comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;*
comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;*
;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;*
comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;*
comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;*
comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;*
;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;*
;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;*
;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;*
;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;*
;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;*
;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;*
;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;*
comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;*
comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;*
plasmide1;;;@3;;;;;;;;;*
;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;*
comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;*
;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;*
;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;*
;;;;;;;;;;;;*
;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;*
comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;*
comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;*
;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;*
;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;*
;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;*
;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;*
comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;*
;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;*
;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;*
;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;*
;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;*
;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;*
;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;*
;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;*
;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;*
;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;*
comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;*
comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;*
comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;*
comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;*
comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;*
comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;*
;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;*
;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;*
;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;*
;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;*
;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;*
;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;*
;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;*
comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;*
;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;*
;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;*
;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;*
comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;*
comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;*
comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;*
;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;*
;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;*
;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;*
;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;*
;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;*
;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;*
;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;*
;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;*
plasmide2;;;;;;;;;;;;*
;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;*
;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;*
;;;;;;;;;;;;*
;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;*
;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;*
;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;*
;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;*
;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;*
comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;*
plasmide4;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;*
;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;*
comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;*
;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;*
comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;*
;;;;;;;;;;;;*
;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;*
comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;*
comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;*
comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;*
;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;*
comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;*
comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;*
comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;*
comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;*
;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;*
;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;*
;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;*
comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;*
comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;*
;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;*
;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;*
&gt;;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;*
plasmide6;;;;;;;;;;;;*
;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;*
;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;*
;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);*
&lt;/pre&gt;

====abs cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]]
&lt;pre&gt;
abs cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300;
avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0
;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0
;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3
;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10
;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9
;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8
;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13
;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9
sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6
;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8
;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7
;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48
;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121
total aas;;;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;;
;;;variance;72;1;;168;;;;230;;
sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166
;;;variance;;;;72;;;;137;;72
&lt;/pre&gt;

====abs blocs====
=====abs blocs abrégé=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]]
&lt;pre&gt;
abs abq;;;
abrégé;nom;;
23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;*
50s L21;50S ribosomal protein L21;;*
AAA fam;AAA family ATPase;;*
ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;*
ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;*
AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;*
ak reductase;aldo/keto reductase;;*
ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;*
bacteriofer;bacterioferritin;;*
bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;*
bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;*
chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;*
cupin dom;cupin domain-containing protein;;*
cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;*
diG cyclase;diguanylate cyclase;;*
dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;*
disulfide;disulfide bond formation protein B;;*
DMT fam;DMT family transporter;;*
DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;*
DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;*
DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;*
DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;*
EAL &amp; GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;*
elonga Tu;elongation factor Tu;;*
ETC complex;ETC complex I subunit;;*
exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;*
FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;*
FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;*
farnesyl;farnesyltranstransferase;;*
fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;*
GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;*
glycosyl;glycosyltransferase;;*
GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;*
gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;*
Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;*
helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;*
HU bind;HU family DNA-binding protein;;*
Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;*
Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;*
IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;*
inorganic  P;inorganic phosphate transporter;;*
IS3 fam;IS3 family transposase;;*
IS5 fam;IS5 family transposase;;*
L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;*
lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;*
low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;*
lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;*
malate G;malate synthase G;;*
malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;*
MaoC fam;MaoC family dehydratase;;*
MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;*
mecano ion;mechanosensitive ion channel;;*
membrane p;membrane protein;;*
menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;*
MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;*
methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;*
N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;*
N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;*
NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;*
NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;*
NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;*
NERD dom;NERD domain-containing protein;;*
nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;*
non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;*
osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;*
p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;*
p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;*
P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;*
p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;*
p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;*
p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;*
PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;*
PAS dom;PAS domain-containing protein;;*
PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;*
PAS S-box;PAS domain S-box protein;;*
peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;*
peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;*
polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;*
polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;*
Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;*
PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;*
Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;*
pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;*
pyruvate kin;pyruvate kinase;;*
recombinase;recombinase family protein;;*
response reg;response regulator;;*
restriction end;restriction endonuclease;;*
ribonucleaseD;ribonuclease D;;*
RraA fam;RraA family protein;;*
SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;*
sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;*
sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;*
SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;*
ss integrase;site-specific integrase;;*
Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;*
STAS dom;STAS domain-containing protein;;*
subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;*
tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;*
TIGR02300;TIGR02300 family protein;;*
trigger factor;trigger factor;;*
tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;*
Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;*
UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;*
xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;*
YggT fam;YggT family protein;;*
YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;*
&lt;/pre&gt;

=====abs blocs tableau=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]]
&lt;pre&gt;
abs blocs;;;;;;;;;;;
gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé
cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR
16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491;
atc;30;;;atc;32;;;atc;31;;
gca;271;;;gca;272;;;gca;271;;
23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753;
5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT
cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;457;143;DUF1489;;;;;;;;
16s;110;1491;;;;;;;;;
atc;31;;;;;;;;;;
gca;269;;;;;10 cds &lt; 259 sur 20;;;;;
23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;;
23s°;123;530;;;;;;;;;
5s;100;116;;;;;;;;;
atgf;706;;;;;;;;;;
cds;;473;pyruvat;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2
16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084;
23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678;
5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116;
atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF
cds;;1110;NERD;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
cds;775;1328;non-rib;cds;738;448;peptido;cds;249;209;pyridox
16s°;100;389;;16s°;193;;;16s°;547;558;
16s°;522;671;;atgf;437;;;cds;;328;lytic
cds;;160;DUF2141;cds;;637;PAS;;;;
&lt;/pre&gt;

=====abs abq blocs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_abq_blocs|abs abq blocs]]
*Note: attention pour les couleurs de &amp; (EAL &amp; GDDEF) et de ? (d'où?) 3 fois
&lt;pre&gt;
;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;;
;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;;
68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines;
Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;
chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;;
;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;*    CHA1;;*  comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;*    CHA1
comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;*  hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;*
comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;*  modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;*
;;;;;;;;*  déplacé;;;;;;;;*
comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;*   ;;*   d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;*
;17144..17218;ggc;670;;;*;;*   recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;*
;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;*  insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;*
;;;;;;*;;*  bloc?;;;;;;;;*
;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;*  comp;;*  réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;*
comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;*  recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;*
comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;93530..94258;cds;60;243;SDR fam;*  CHA;;;;;2781933..2783774;cds;187;614;EAL &amp; GGDEF;*    CHA
comp;94319..94395;agg;175;;;*;;;;comp;2783962..2784077;$5s;129;§116;;*
;94571..96262;cds;;564;@hp;*  hp caracter;;;;comp;2784207..2786959;$23s;255;§2753;;*
;;;;;;*;;;;comp;2787215..2787290;gca;30;;;*
comp;131833..132117;cds;206;95;YggT fam;*;;;;comp;2787321..2787397;atc;108;;;*
;132324..132399;gcg;140;;;*;;;;comp;2787506..2789006;$16s;496;§1501;;*
comp;132540..133586;cds;;349;@DMT fam;*  modif;;;;comp;2789503..2790207;cds;;235;PAP2 fam;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;483582..484082;cds;170;167;xanthine;*;;;;;2843264..2843443;cds;77;60;hp;*
;484253..484329;cgt;77;;;*;;;;comp;2843521..2843597;cgt;170;;;*
comp;484407..484586;cds;;60;hp;*;;;;;2843768..2844268;cds;;167;xanthine;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;536869..537573;cds;495;235;PAP2 fam;*;;;;;125527..126444;cds;127;306;@restriction end;*    
;538069..539152;?16s’;189;§1084;;*;;;;comp;126572..126647;gcg;206;;;*
;539342..540019;&amp;23s°;127;§678;;*;;;;;126854..127138;cds;;95;YggT fam;*
;540147..540262;$5s;153;§116;;*;;;;;;;;;;*
comp;540416..542290;cds;;625;GGDEF dom;*;;;;comp;163237..164982;cds;175;582;@Hase HypA;*
;;;;;;;;;;;165158..165234;agg;59;;;*
;;;;;;;;;;;165294..166022;cds;;243;SDR fam;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;600048..601079;cds;79;344;@Tyr rec/int;*    comp;;;;comp;188235..189860;cds;42;542;@glycosyl;*    CHB
comp;601159..601233;acg;81;;;*;;;;comp;189903..189977;acg;81;;;*
comp;601315..603243;cds;;643;helicas RecQ;*;;;;comp;190059..191987;cds;;643;helicas RecQ;*
;;;;;;*  CHB;;;;;;;;;;*
comp;656242..656520;cds;169;93;hp;*;;;;comp;250833..251111;cds;169;93;hp;*
comp;656690..656765;gcc;141;;;*;;;;comp;251281..251356;gcc;141;;;*
comp;656907..657305;cds;;133;TIGR02300;*;;;;comp;251498..251893;cds;;132;TIGR02300;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
comp;864141..864458;cds;209;106;50s L21;*;;;;comp;458142..458459;cds;209;106;50s L21;*
;864668..864757;tcg;79;;;*;;;;;458669..458758;tcg;63;;;*
comp;864837..865679;cds;;281;ab hydrolase;*;;;;comp;458822..459664;cds;;281;ab hydrolase f;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
;2233677..2234435;cds;92;253;@hp;*    recomb;;;;comp;496776..497171;cds;162;132;cupin dom;*    CHC
comp;2234528..2234603;?gag;38;;;*;;;;comp;497334..497420;ttg;137;;;*
comp;2234642..2234717;?gag;68;;;*;;;;;497558..498085;cds;;176;disulfide;*
comp;2234786..2235836;cds;;350;@p-low Thr;*  modif;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;comp;615937..616350;cds;121;138;hp;*
comp;2293087..2293593;cds;211;169;hp;*  CHC;;;;comp;616472..616548;?ccg;206;;;*
;2293805..2293881;cgt;137;;;*;;;;comp;616755..616831;?ccg;109;;;*
;2294019..2294495;cds;5;159;GNAT fam;*;;;;comp;616941..617957;cds;;339;farnesyl;*
comp;2294501..2294576;atgi;145;;;*;;;;;;;;;;*
comp;2294722..2296683;cds;;654;sigma RpoD;*;;;;comp;748703..749161;cds;38;153;@hp;*
;;;;;;*;;;;comp;749200..749275;aca;91;;;*
;2372946..2373401;cds;86;152;MaoC fam;*;;;;comp;749367..750221;cds;144;285;23s RlmB;*
comp;2373488..2373563;?aag;74;;;*;;;;;750366..750451;tac;60;;;*
comp;2373638..2373713;?aag;309;;;*;;;;;750512..750585;gga;81;;;*
;2374023..2375549;cds;;509;methyl trans;*;;;;;750667..751857;cds;153;397;elonga Tu;*
;;;;;;*;;;;;752011..752086;tgg;69;;;*
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comp;2418470..2418545;tgg;152;;;*;;;;;;;;;;*
comp;2418698..2419888;cds;81;397;elonga Tu;*;;;;comp;794457..795983;cds;296;509;methyl trans;*
comp;2419970..2420043;gga;60;;;*;;;;;796280..796355;?aag;76;;;*
comp;2420104..2420189;tac;144;;;*;;;;;796432..796507;?aag;109;;;*
;2420334..2421188;cds;91;285;23s RlmB;*;;;;comp;796617..797057;cds;;147;MaoC fam;*
;2421280..2421355;aca;137;;;*;;;;;;;;;;*
;2421493..2423187;cds;;565;@ss integrase;*    recombi;;;;;870412..872373;cds;159;654;sigma RpoD;*
;;;;;;*;;;;;872533..872608;atgi;5;;;*
;2561207..2562223;cds;109;339;farnesyl;*;;;;comp;872614..873093;cds;134;160;GNAT fam;*
;2562333..2562409;?ccg;205;;;*;;;;comp;873228..873304;cgt;212;;;*
;2562615..2562691;?ccg;136;;;*;;;;;873517..874023;cds;;169;hp;*
;2562828..2563241;cds;;138;hp;*;;;;;;;;;;*
;;;;;;*;;;;;931962..933011;cds;68;350;@low Thr;*
comp;2680406..2680930;cds;140;175;disulfide;*;;;;;933080..933155;?gag;38;;;*
;2681071..2681157;ttg;162;;;*;;;;;933194..933269;?gag;72;;;*
;2681320..2681715;cds;;132;cupin dom;*;;;;comp;933342..934340;cds;;333;@SLT dom;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;
;1896604..1897080;cds;192;159;peptido Pal;*    CHD;;;;;997881..998357;cds;246;159;peptido Pal;*    CHD
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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comp;1878959..1879074;$5s;123;§116;;*;;;;comp;1427970..1428085;$5s;129;§116;;*
comp;1879198..1881950;$23s;272;§2753;;*;;;;comp;1428215..1430967;$23s;266;§2753;;*
comp;1882223..1882298;gca;32;;;*;;;;comp;1431234..1431309;gca;30;;;*
comp;1882331..1882407;atc;110;;;*;;;;comp;1431340..1431416;atc;108;;;*
comp;1882518..1883224;&amp;16s°;100;§707;;*;;;;comp;1431525..1433015;$16s;779;§1491;;*
&lt;comp;1883325..1883763;cds;;146;@p-erythrose;*  comp;;;;;1433795..1437778;cds;;1328;@non ribosom;*
;;;;;;;;;;;;;;;;
comp;2163405..2167388;cds;775;1328;@non ribosom;*  déplacé;;;;;;;;;;
;2168164..2168552;&amp;16s°;100;§389;;*;;;;;;;;;;
comp;2168653..2169323;&amp;16s°;522;§671;;*     d’où?;;;;;;;;;;
comp;2169846..2170325;cds;;160;DUF2141;*;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
;927651..927896;cds;392;82;hp;*    CHF;;;;comp;1576457..1577296;cds;243;280;ak reductase;*    CHF
;928289..928371;tta;175;;;*;;;;comp;1577540..1577615;gaa;123;;;*
;928547..929164;cds;;206;@hp;*   recombi;;;;comp;1577739..1579538;cds;;600;ss-DNA;*
;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;1149458..1149532;gtc;106;;;*;;;;comp;1723802..1723878;gac;164;;;*
comp;1149639..1151516;cds;;626;@chemotaxis p;*    modif;;;;comp;1724043..1724117;gta;106;;;*
;;;;;;*;;;;comp;1724224..1724496;cds;;91;HU bind;*
;1243974..1245108;cds;131;378;tRNA MnmA;*;;;;;;;;;;*
;1245240..1245314;atgj;354;;;*;;;;comp;1730385..1731719;cds;91;445;trigger factor;*
comp;1245669..1246637;cds;;323;@NAD diP;*   recombi;;;;comp;1731811..1731895;cta;173;;;*
;;;;;;*;;;;comp;1732069..1733634;cds;106;522;malonyl CoA;*
;1279875..1280237;cds;74;121;hp;*;;;;comp;1733741..1735207;cds;129;489;bif NAD;*
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;;;;;;*;;;;;1735935..1736273;cds;;113;P-II nitrogen;*
comp;1500772..1501110;cds;338;113;P-II nitrogen;*;;;;;;;;;;*
;1501449..1501524;?cac;109;;;*;;;;;1951126..1951752;cds;149;209;nitrogen NifQ;*
;1501634..1501709;?cac;129;;;*;;;;;1951902..1951987;tac;74;;;*
;1501839..1503305;cds;106;489;bif NAD;*;;;;comp;1952062..1952424;cds;;121;hp;*
;1503412..1504977;cds;173;522;malonyl CoA;*;;;;;;;;;;*
;1505151..1505235;cta;91;;;*;;;;;1996903..1997244;cds;595;114;@hp;*
;1505327..1506661;cds;;445;trigger factor;*;;;;comp;1997840..1997914;atgj;131;;;*
;;;;;;*;;;;comp;1998046..1999179;cds;;378;tRNA MnmA;*
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;1512123..1512197;gta;163;;;*;;;;;2086487..2088658;cds;156;724;@malate G;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;comp;1354091..1355591;$16s;676;§1501;;*
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;*;;;;;;;;;;*
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;;;;;;*;;;;comp;506993..507108;$5s;127;§116;;*
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&gt;;604432..605613;cds;;394;@ss integrase;*   recomb;;;;comp;510361..510437;atc;110;;;*
;;;;;;;;;;comp;510548..512038;$16s;615;§1491;;*
&gt;comp;131140..131621;cds;193;161;p-erythrose;*   ;;;;;512654..513568;cds;;305;@lytic dom;*
;131815..131891;atgf;202;;@ ;*  d’où?;;;;;;;;;;*
comp;132094..132276;cds;;61;hp;*;;;;comp;588108..590768;cds;340;887;bif CoA;*
;;;;;;;;;;;591109..591184;ttc;286;;;*
;;;;;;;;;;;591471..592979;cds;;503;@FAD bind;*
plasmide6;;;;;;;;;;plasmide5;;;;;;*
;88804..89472;cds;397;223;RraA fam;*;;;;;86421..87089;cds;455;223;RraA fam;*
;89870..89944;ggc;249;;;*;;;;;87545..87619;ggc;193;;;*
;90194..91186;cds;;331;UDP-N-acetyl;*;;;;;87813..88865;cds;;351;UDP-N-acetyl;*
&lt;/pre&gt;
====abs distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_distribution|abs distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 &gt;1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;;
&lt;/pre&gt;
====abs données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;tRNA 23s;;
1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;272;;gca
;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;tRNA tRNA;;contig
;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;32;;atc gca
;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;tRNA tRNA;;
;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;109;;cac
;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;**;;cac
;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;163;;gta
5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;**;;gac
1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;219;;aac
1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;**;;tgc
2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;132;;gtg
1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;**;;gtg
;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;30;;gcc
3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;**;;ctg
1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;38;;gag
;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;**;;gag
3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;74;;aag
1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;**;;aag
1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;60;;gga
1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;**;;tac
2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;205;;ccg
2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;**;;ccg
;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;
1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;
;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;
;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;
;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;
;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;
;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;
;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;
1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;
;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;
;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;
1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;
;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;
1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;23s 5s;;;;
1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;128;;;;
;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;244;153;;;
;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;
;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;
30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;
30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;
1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;
;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;
;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abs autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abs;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;16414;16980;163;*;
;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc
fin;;CDS;17889;18566;;;
deb;;CDS;84790;85017;114;*;
;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg
fin;comp;CDS;85241;85900;;0;
deb;comp;CDS;93530;94258;60;*;
;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg
fin;;CDS;94571;96262;;0;
deb;comp;CDS;131833;132117;206;*;
;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg
fin;comp;CDS;132540;133586;;;
deb;comp;CDS;440193;440705;127;*;
;;regulatory;440833;440912;76;*;
fin;;CDS;440989;442197;;;
deb;comp;CDS;483582;484082;170;*;
;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt
fin;comp;CDS;484407;484586;;0;
deb;;CDS;536869;537573;506;*;
;;misc_f;538080;538894;491;*;
;;misc_f;539386;539554;19;*;
;;misc_f;539574;539733;19;*;
;;misc_f;539753;540001;145;*;
;;rRNA;540147;540262;153;*;116
fin;comp;CDS;540416;542290;;0;
deb;;CDS;600048;601079;79;*;
;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg
fin;comp;CDS;601315;603243;;;
deb;comp;CDS;656242;656520;169;*;
;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc
fin;comp;CDS;656907;657305;;0;
deb;;CDS;815905;816444;135;*;
;;ncRNA;816580;816677;99;*;
fin;;CDS;816777;818633;;;
deb;comp;CDS;864141;864458;209;*;
;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg
fin;comp;CDS;864837;865679;;;
deb;comp;CDS;927934;928101;187;*;
;;tRNA;928289;928371;175;*;tta
fin;;CDS;928547;929164;;;
deb;;CDS;946069;947757;64;*;
;;regulatory;947822;947974;151;*;
fin;;CDS;948126;948812;;;
deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*;
;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc
fin;comp;CDS;1149639;1151516;;;
deb;;CDS;1244040;1245108;131;*;
;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj
fin;comp;CDS;1245669;1246637;;;
deb;;CDS;1279875;1280237;74;*;
;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac
fin;comp;CDS;1280546;1281172;;;
deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*;
;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*;
fin;;CDS;1370855;1371793;;;
deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*;
;;regulatory;1414851;1414948;69;*;
fin;;CDS;1415018;1416172;;;
deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*;
;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac
;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac
fin;;CDS;1501839;1503305;;;
deb;;CDS;1503412;1504977;173;*;
;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta
fin;;CDS;1505327;1506661;;;
deb;;CDS;1511745;1512017;105;*;
;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta
;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac
fin;;CDS;1512782;1513150;;;
deb;;CDS;1657596;1659397;123;*;
;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa
fin;;CDS;1659831;1660671;;;
deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*;
;;regulatory;1672248;1672360;116;*;
fin;;CDS;1672477;1674318;;0;
deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*;
;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca
deb;;CDS;1808942;1809238;10;*;
;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga
fin;;CDS;1809768;1810013;;0;
deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*;
;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac
;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc
fin;;CDS;1826102;1826758;;;
deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*;
;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116
;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748
;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca
;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc
;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*;
fin;comp;CDS;1883325;1883763;;;
deb;;CDS;1886482;1886796;13;*;
;;ncRNA;1886810;1886969;39;*;
fin;;CDS;1887009;1887617;;;
deb;;CDS;1896604;1897080;192;*;
;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc
fin;comp;CDS;1897510;1899495;;;
deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*;
;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg
;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg
fin;;CDS;2034267;2034431;;;
deb;;CDS;2113098;2113601;85;*;
;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc
fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0;
deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*;
;;misc_f;2168202;2168532;294;*;
;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*;
fin;comp;CDS;2169846;2170325;;;
deb;;CDS;2176963;2177427;107;*;
;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc
;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg
fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0;
deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*;
;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*;
fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0;
deb;;CDS;2233677;2234435;92;*;
;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag
;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag
fin;comp;CDS;2234786;2235821;;;
deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*;
;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt
deb;;CDS;2294016;2294495;5;*;
;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi
fin;comp;CDS;2294722;2296683;;;
deb;;CDS;2372946;2373401;86;*;
;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag
;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag
fin;;CDS;2374023;2375549;;1;
deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*;
;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg
deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*;
;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga
;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac
deb;;CDS;2420334;2421188;91;*;
;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca
fin;;CDS;2421493;2423187;;;
deb;;CDS;2561207;2562223;109;*;
;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg
;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg
fin;;CDS;2562828;2563241;;0;
deb;;CDS;2577826;2578533;62;*;
;;ncRNA;2578596;2578998;554;*;
fin;;CDS;2579553;2580050;;;
deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*;
;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg
fin;;CDS;2681320;2681715;;;
deb;;CDS;2856509;2858152;365;*;
;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc
fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0;
deb;;CDS;2940550;2940948;67;*;
;;regulatory;2941016;2941120;49;*;
fin;;CDS;2941170;2942093;;0;
&lt;/pre&gt;

====absp données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;16s tRNA;;
;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;2* 116;;atc
;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;113;;atc
;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;tRNA 23s;;
1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;272;;gca
;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;270;;gca
1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;5s tRNA;;
;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;100;;atgf
;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;tRNA tRNA;;intra
1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;30;;atc gca
;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;2* 31;;atc gca
;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;tRNA tRNA;;
1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;30;;ctg
;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;**;;gcc
;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;CDS 16s;;1;;acc
;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;457;486;99;;gcg
;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;642;35;;gac
;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;23s 5s;;1;;gtc
1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;128;;**;;cag
;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;132;;4;;aac
1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;23s CDS;;**;;gac
;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;-;151;;;
1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;5s CDS;;;;
1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;-;153;;;
;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;
1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;
;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;
;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;
;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;
;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;
;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;
1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;
;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;
;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;
;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;
1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;
;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;
;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;
;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;
;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;
11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;
11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;
0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====absp autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;absp;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;198109;199200;84;*;
;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa
fin;comp;CDS;199496;200044;;;
deb;;CDS;243776;244348;205;*;
;;tRNA;244554;244643;143;*;tca
fin;;CDS;244787;245683;;0;
deb;;CDS;338004;339383;116;*;
;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc
fin;comp;CDS;339844;340836;;;
deb;comp;CDS;364473;365501;200;*;
;;tRNA;365702;365775;746;*;cag
fin;;CDS;366522;367214;;;
deb;;CDS;474173;477079;298;*;
;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg
;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc
fin;;CDS;477809;478123;;;
deb;comp;CDS;496623;497399;289;*;
;;regulatory;497689;497905;38;*;
fin;;CDS;497944;499011;;;
deb;;CDS;599223;600230;245;*;
;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc
fin;;CDS;600902;602071;;;
deb;comp;CDS;629856;631205;178;*;
;;tRNA;631384;631458;1;*;acc
;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg
;;tRNA;631635;631711;35;*;gac
;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc
;;tRNA;631823;631896;153;*;cag
fin;;CDS;632050;632259;;;
deb;comp;CDS;699265;699843;213;*;
;;tRNA;700057;700132;4;*;aac
;;tRNA;700137;700213;32;*;gac
fin;comp;CDS;700246;700851;;;
deb;;CDS;909530;909766;153;*;
;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116
;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747
;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca
;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc
;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485
fin;;CDS;915457;916713;;;
deb;comp;CDS;975367;977091;141;*;
;;regulatory;977233;977362;74;*;
fin;;CDS;977437;978516;;;
deb;comp;CDS;998160;999149;229;*;
;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg
fin;;CDS;999589;1000215;;;
deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*;
;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*;
fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0;
deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*;
;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485
;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc
;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca
;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748
fin;comp;CDS;1104284;1105390;;;
deb;;CDS;1157171;1157356;98;*;
;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc
fin;;CDS;1157709;1158686;;;
deb;;CDS;1394614;1396740;453;*;
;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc
fin;comp;CDS;1397340;1397858;;;
deb;;CDS;1399009;1399830;301;*;
;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa
fin;comp;CDS;1400286;1402385;;;
deb;;CDS;1577667;1578095;457;*;
;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485
;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc
;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca
;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004
;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116
;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf
fin;;CDS;1583739;1585157;;0;
&lt;/pre&gt;

===agr===
====agr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]]
&lt;pre&gt;
59.3%GC;29.12.19 Paris;16s  5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;;
chromosoml;;;;;;;;;;;;
comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;*
;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;*
;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;*
;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;*
comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;*
comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;*
comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;*
comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;*
comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;*
;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;*
;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;*
;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;*
;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;*
;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;*
;;;;;;;;;;;;*
;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;*
comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;*
comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;*
comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;*
comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;*
;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;*
;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;*
;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;*
;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;*
;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;*
comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;*
;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;*
;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;*
;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;*
;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;*
;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;*
;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;*
chromosomc;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;*
;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;*
;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;*
;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;*
&lt;comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;*
;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;*
;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;*
;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;*
;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;*
comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;*
;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;*
comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;*
comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;*
;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;*
;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;*
comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;*
comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;*
;;;;;;;;;;;;*
;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;*
;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;*
;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;*
;;;;;;;;;;;;*
;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;*
;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;*
comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;*
;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;*
comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;*
;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;*
;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;*
comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);*
;;;;;;;;;;;;*
comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;*
;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;*
comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;*
;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;*
comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;*
;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;*
;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;*
comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;*
;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;*
comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;*
;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;*
comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;*
;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;*
;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;*
;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;*
;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;*
comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;*
comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;*
comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;*
comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;*
comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;*
;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;*
;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;*
;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;*
;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;*
comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;;;;;;;;;;;;*
;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;*
;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;*
comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;*
comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;*
&lt;;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;*
comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;*
comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;*
;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;*
;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;*
;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;*
;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;*
comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;*
comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;*
comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;*
comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;*
;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;;;;;;;;;;;;*
;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;*
comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;*
;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;*
comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;*
;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;*
;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;*
;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;*
;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;*
;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;*
comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;*
comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;*
comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;*
&gt;;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;*
comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;*
comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;*
comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;*
&gt;;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;*
&lt;/pre&gt;

====agr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]]
&lt;pre&gt;
agr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0
;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1
;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3
;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17
;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13
;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14
;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5
;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1
sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3
;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7
;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4
;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21
;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89
total aas;;57;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;;
;;;variance;;0;;134;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137
;;;variance;;;;76;;;;131;;71
&lt;/pre&gt;

====agr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]]
&lt;pre&gt;
agr blocs;;;;;;;;;
chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;
cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp
16s;337;1491;;337;1491;;337;1491;
atc;59;;;59;;;59;;
gca;146;;;146;;;146;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp
23s;242;2814;;242;2814;;242;2814;
5s;257;115;;257;115;;257;115;
atgf;311;;;203;;;633;;
cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane
chromosomc;;;;;;;;;
cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;;
16s;337;1491;;337;1491;;;;
atc;59;;;59;;;;;
gca;146;;;146;;;;;
cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;;
23s;242;2814;;242;2814;;;;
5s;257;115;;287;115;;;;
atgf;196;;;535;;;;;
cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;;
;;;;;;;;;
;;;;;;;;;
CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;;
helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;;
2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;;
membrane;membrane protein;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====agr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5
&lt;/pre&gt;
====agrc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;cont;x;aa
;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;16s tRNA;;
1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;2* 342;;atc
;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;tRNA 23s;;
;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;2* 585;;gca
;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;5s tRNA;;
1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;257;;atgf
1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;287;;atgf
1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;tRNA tRNA;;intra
;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;2* 59;;atc gca
;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;tRNA tRNA;;
1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;41;;gac
;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;**;;gac
;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;452;;gaa
1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;**;;gaa
2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;26;;gga
;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;**;;tac
3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;
1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;
2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;
1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;
1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;
2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;
2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;
;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;
1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;
1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;
;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;
4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;
;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;
;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;
;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;
;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;
;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;
;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;
;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;
1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;CDS 16s;;;;
;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;689;;;
1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;585;;;
1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;23s 5s;;;;
;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;2* 249;;;;
;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;
2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;
31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;
29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;
1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;
;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;
;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;
;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;
;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agr-c;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;54088;56574;669;*;
;;rRNA;57244;58728;342;*;1485
;;tRNA;59071;59147;59;*;atc
;;tRNA;59207;59282;585;*;gca
;;rRNA;59868;62674;249;*;2807
;;rRNA;62924;63038;257;*;115
;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf
fin;;CDS;63569;65377;;;
deb;;CDS;70038;70667;131;*;
;;regulatory;70799;71023;255;*;
fin;;CDS;71279;71500;;;
deb;comp;CDS;99269;101146;162;*;
;comp;ncRNA;101309;101405;77;*;
fin;;CDS;101483;101899;;;
deb;comp;CDS;125821;127722;287;*;
;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc
fin;;CDS;128320;128637;;;
deb;;CDS;227621;228004;240;*;
;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg
fin;comp;CDS;228452;228757;;;
deb;;CDS;376801;378219;217;*;
;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt
fin;;CDS;378688;379500;;;
deb;comp;CDS;407277;407435;167;*;
;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg
fin;comp;CDS;407816;408778;;;
deb;comp;CDS;424611;425795;42;*;
;comp;regulatory;425838;425916;73;*;
deb;;CDS;425990;427087;56;*;
;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg
fin;;CDS;427372;428058;;;
deb;;CDS;458659;459081;285;*;
;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc
fin;comp;CDS;459689;460033;;;
deb;comp;CDS;493759;494025;155;*;
;;tRNA;494181;494255;195;*;acc
fin;comp;CDS;494451;495686;;;
deb;comp;CDS;564938;568684;361;*;
;;tRNA;569046;569122;166;*;cac
fin;;CDS;569289;570920;;;
deb;comp;CDS;763448;764356;202;*;
;;tRNA;764559;764633;263;*;caa
fin;comp;CDS;764897;766630;;;
deb;comp;CDS;767020;767439;264;*;
;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg
fin;comp;CDS;767940;768260;;;
deb;;CDS;829597;830517;91;*;
;;regulatory;830609;830834;165;*;
fin;;CDS;831000;831182;;;
deb;comp;CDS;960360;960701;163;*;
;;tRNA;960865;960955;778;*;agc
fin;;CDS;961734;962801;;;
deb;;CDS;1095507;1096961;76;*;
;;misc_f;1097038;1097093;74;*;
fin;;CDS;1097168;1098649;;;
deb;;CDS;1123408;1124136;141;*;
;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta
fin;;CDS;1124611;1127115;;;
deb;;CDS;1154411;1154803;91;*;
;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac
fin;;CDS;1155146;1155424;;;
deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*;
;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc
fin;;CDS;1163461;1163997;;;
deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*;
;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta
deb;;CDS;1195428;1195709;123;*;
;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac
;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac
fin;;CDS;1196463;1196828;;;
deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*;
;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*;
fin;comp;CDS;1368601;1368786;;;
deb;;CDS;1421863;1422201;134;*;
;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca
fin;comp;CDS;1423010;1423237;;;
deb;;CDS;1440191;1441231;40;*;
;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*;
fin;;CDS;1441716;1441916;;;
deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*;
;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf
fin;comp;CDS;1469500;1470450;;;
deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*;
;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc
fin;;CDS;1509716;1510447;;;
deb;;CDS;1531160;1531933;447;*;
;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa
;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa
fin;comp;CDS;1533112;1534914;;;
deb;;CDS;1584509;1584763;155;*;
;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag
fin;comp;CDS;1585129;1585674;;;
deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*;
;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*;
fin;comp;CDS;1601353;1602183;;;
deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*;
;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta
fin;;CDS;1614879;1615025;;;
deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*;
;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc
fin;comp;CDS;1673447;1673599;;;
deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*;
;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa
fin;;CDS;1746162;1746743;;;
deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*;
;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca
deb;;CDS;1772714;1773019;51;*;
;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga
fin;comp;CDS;1773155;1773892;;;
deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*;
;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg
fin;comp;CDS;1903039;1903845;;;
deb;;CDS;1908698;1908892;70;*;
;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga
;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac
fin;;CDS;1909357;1910244;;;
deb;;CDS;1922447;1922800;55;*;
;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca
fin;;CDS;1923202;1924878;;;
deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*;
;;tmRNA;1963579;1963951;229;*;
fin;;CDS;1964181;1964693;;;
deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*;
;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*;
fin;comp;CDS;2027181;2028371;;;
deb;;CDS;2079925;2080287;156;*;
;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi
fin;;CDS;2080698;2081441;;;
deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*;
;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg
fin;;CDS;2277025;2277264;;;
deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*;
;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc
fin;;CDS;2389063;2391024;;;
deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*;
;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf
;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115
;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807
;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca
;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc
;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485
fin;;CDS;2499134;2500084;;;
deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*;
;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*;
fin;;CDS;2521850;2522101;;;
deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*;
;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*;
fin;comp;CDS;2682317;2682709;;;
deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*;
;;regulatory;2685376;2685452;82;*;
fin;;CDS;2685535;2686461;;;
deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*;
;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*;
fin;;CDS;2792665;2793282;;;
&lt;/pre&gt;

====agrl données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;16s tRNA;;
;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;3* 342;;atc
;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;tRNA 23s;;
;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;3* 585;;gca
;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;5s tRNA;;
;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;3* 257;;atgf
;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;tRNA tRNA;;intra
;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;3* 59;;atc gca
1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;tRNA tRNA;;
;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;-;793;ggc
;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;CDS 16s;;**;;atgj
;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;581;714;;;
;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;2136;;;;
1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;23s 5s;;;;
;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;3* 249;;;;
;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;
;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;
;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;
;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;
;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;
;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;
1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;
;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;
;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;
;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;
;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;
1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;
;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;
;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;
;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;
1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;
;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;
;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;
;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;
;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;
;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;
;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;
;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;
;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;
;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;
;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;
5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;
5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;
0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;
;c;1038;307;2;1347;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1871;41;;reste;0;0;;;;;
;;;;;;1912;;total;25;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====agrl autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;agrl;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;784904;786193;181;*;
;;regulatory;786375;786477;128;*;
fin;;CDS;786606;787391;;;
deb;comp;CDS;928915;929946;164;*;
;comp;regulatory;930111;930346;39;*;
fin;comp;CDS;930386;931264;;0;
deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*;
;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg
fin;;CDS;1065922;1066437;;0;
deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*;
;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc
;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj
fin;comp;CDS;1180451;1181647;;;
deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*;
;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*;
fin;comp;CDS;1214025;1214402;;;
deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*;
;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg
fin;comp;CDS;1321612;1322493;;;
deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*;
;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc
fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0;
deb;;CDS;1425957;1426682;561;*;
;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485
;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc
;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca
;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807
;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115
;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf
fin;;CDS;1433684;1434118;;;
deb;;CDS;1503534;1504520;122;*;
;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag
fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0;
deb;;CDS;1605356;1605856;71;*;
;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc
fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0;
deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*;
;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485
;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc
;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca
;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807
;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115
;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf
fin;comp;CDS;1694454;1694645;;;
deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*;
;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485
;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc
;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca
;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807
;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115
;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf
fin;;CDS;2110273;2110680;;;
&lt;/pre&gt;

===aua===
====aua opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]]
&lt;pre&gt;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;;
67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines;
Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;
pAU20rrn;;;;;;;;;;;;
;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;*
comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;;
comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;;
comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp;
comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;;
comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;;
comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;;
comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp;
;;;;;;;;;;;;
Chromosome;;;;;;;;;;;;
comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;;
;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;;
;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;;
;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;;
comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;;
comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;;
comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;;
;;;;;;;;;;;;
;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;;
;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;;
;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;;
comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;;
comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;;
;;;;;;;;;;;;
;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;;
comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;;
;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;;
comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;;
;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;;
;;;;;;;;;;;;
;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;;
;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;;
comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;;
;;;;;;;;;;;;
;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;;
comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;;
comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;;
comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;;
;;;;;;;;;;;;
;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;;
;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;;
;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;;
;;;;;;;;;;;;
;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;;
comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;;
;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;;
;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;;
;;;;;;;;;;;;
;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;;
comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;;
comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;;
;;;;;;;;;;;;
&gt;;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;;
comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;;
;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;;
;;;;;;;;;;;;
;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;;
comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;;
comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;;
comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;;
comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;;
comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;;
;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;;
;;;;;;;;;;;;
;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;;
;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;;
;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;;
;;;;;;;;;;;;
;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;;
comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;;
comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;;
comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;;
comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;;
;;;;;;;;;;;;
;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;;
comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;;
comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;;
comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;;
;;;;;;;;;;;;
;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;;
;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;;
;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;;
;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;;
;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;;
comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;;
;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;;
;;;;;;;;;;;;
;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;;
;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;;
;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;;
comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;;
comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;;
;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;;
comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;;
comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;;
;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;;
comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;;
comp &lt;;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;;
;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;;
;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;;
;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;;
;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;;
comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;;
comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;;
;;;;;;;;;;;;
;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;;
comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;;
;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;;
comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;;
comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;;
comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;;
;;;;;;;;;;;;
;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;;
comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;;
comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;;
;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;;
comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;;
comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;;
comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;;
comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;;
;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;;
;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;;
comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;;
comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;;
comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;;
;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;;
;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;;
comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;;
comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;;
;;;;;;;;;;;;
;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;;
;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;;
;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;;
;;;;;;;;;;;;
;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;;
comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;;
comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;;
comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;;
;;;;;;;;;;;;
comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;;
;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;;
comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;;
&lt;/pre&gt;

====aua cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]]
&lt;pre&gt;
aua cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0
;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0
;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1
;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7
;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8
;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7
;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2
;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7
sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3
;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5
;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3
;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35
;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78
total aas;;55;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;;
;;;variance;;;;;;;;;;
sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158
;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69
&lt;/pre&gt;

====aua blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]]
&lt;pre&gt;
CDS ;1752;153;hp
16s;233;1486;
atc;33;;
gca;142;;
CDS;-15;117;hp
23s;82;2829;
5s;461;115;
CDS ;;235;replication initiation protein
&lt;/pre&gt;
====aua distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13
&lt;/pre&gt;
====aua données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;16s tRNA;;
1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;233;;atc
1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;tRNA 23s;;
;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;478;;gca
;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;tRNA tRNA;;intra
;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;33;;atc gca
1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;tRNA tRNA;;
2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;-;404;ggc
;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;44;;atgf
;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;**;;atgf
;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;51;;cgt
;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;**;;cgt
;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;-;161;ttc
1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;**;;acc
1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;128;;gtc
;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;186;;gtc
1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;**;;gtc
1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;140;;gaa
2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;**;;gaa
1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;58;;gac
;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;-;270;gac
1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;**;;gta
;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;-;173;ccg
2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;**;;caa
2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;132;;ctc
2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;**;;ctc
1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;24;;gga
;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;**;;tac
1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;208;;ggc
;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;**;;ggg
2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;
1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;
1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;
1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;
1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;
1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;
;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;
2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;
;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;
;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;
;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;
4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;
35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;
30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;
2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;CDS 16s;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;1752;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;23s 5s;;;;
;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;82;;;;
;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;5s CDS;;;;
;;;;;3356;117;;reste;9;10;-;461;;;
;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====aua autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;aua;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157474;158811;438;*;
;;regulatory;159250;159351;138;*;
fin;;CDS;159490;160275;;;
deb;comp;CDS;170900;171925;368;*;
;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg
fin;;CDS;172509;172772;;;
deb;comp;CDS;330094;330690;338;*;
;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc
;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf
;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf
fin;comp;CDS;331961;333217;;0;
deb;;CDS;344949;346025;589;*;
;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg
fin;;CDS;347365;348471;;0;
deb;comp;CDS;393335;395344;812;*;
;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc
fin;comp;CDS;396672;397094;;0;
deb;;CDS;636089;637537;640;*;
;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg
fin;;CDS;638436;638738;;;
deb;;CDS;680871;681065;46;*;
;;regulatory;681112;681214;62;*;
fin;;CDS;681277;683100;;;
deb;comp;CDS;762422;762607;31;*;
;comp;regulatory;762639;762877;116;*;
fin;comp;CDS;762994;763371;;;
deb;;CDS;894578;894772;102;*;
;;regulatory;894875;895098;119;*;
fin;;CDS;895218;896204;;;
deb;comp;CDS;924507;925466;529;*;
;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc
fin;;CDS;926435;926767;;;
deb;comp;CDS;973959;974375;30;*;
;;ncRNA;974406;974502;208;*;
fin;comp;CDS;974711;975313;;0;
deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*;
;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*;
deb;;CDS;1216789;1217439;60;*;
;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg
fin;comp;CDS;1217645;1218760;;;
deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*;
;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt
;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt
fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0;
deb;;CDS;1401921;1402442;142;*;
;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac
fin;;CDS;1402837;1402989;;;
deb;;CDS;1544580;1546277;455;*;
;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc
;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc
fin;;CDS;1547459;1549516;;0;
deb;;CDS;1609269;1610216;278;*;
;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg
fin;comp;CDS;1610693;1611427;;;
deb;;CDS;1619798;1621321;102;*;
;;regulatory;1621424;1621513;147;*;
fin;;CDS;1621661;1622968;;;
deb;;CDS;1683255;1683581;209;*;
;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag
fin;;CDS;1684445;1685734;;;
deb;;CDS;1700827;1701852;300;*;
;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc
;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc
;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc
fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0;
deb;;CDS;1946715;1946936;6;*;
;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi
fin;;CDS;1947145;1947345;;0;
deb;;CDS;1981934;1983139;139;*;
;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc
fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0;
deb;;CDS;1996083;1997171;243;*;
;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg
fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0;
deb;;CDS;2082120;2083970;0;*;
;;regulatory;2083971;2084083;157;*;
fin;;CDS;2084241;2085203;;;
deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*;
;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg
fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0;
deb;;CDS;2363764;2364786;18;*;
;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa
;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa
fin;comp;CDS;2365164;2366240;;;
deb;;CDS;2367774;2368247;105;*;
;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca
deb;;CDS;2368473;2368778;36;*;
;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga
fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0;
deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*;
;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa
fin;;CDS;2403133;2403870;;;
deb;;CDS;2419602;2420852;13;*;
;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca
fin;;CDS;2421233;2421934;;;
deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*;
;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac
;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac
;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta
fin;comp;CDS;2603034;2603312;;;
deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*;
;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta
fin;;CDS;2610317;2610460;;;
deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*;
;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc
deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*;
;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac
fin;;CDS;2643084;2644127;;;
deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*;
;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta
fin;;CDS;2653525;2653725;;0;
deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*;
;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf
fin;comp;CDS;2753581;2754180;;;
deb;;CDS;2768127;2769224;63;*;
;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg
;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa
fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0;
deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*;
;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc
fin;comp;CDS;2789480;2790022;;;
deb;;CDS;2927857;2928789;136;*;
;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc
;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc
fin;;CDS;2929403;2930164;;;
deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*;
;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg
fin;comp;CDS;2971517;2972374;;;
deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*;
;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga
;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac
fin;;CDS;2975231;2976097;;0;
deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*;
;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca
fin;comp;CDS;2981402;2981752;;;
deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*;
;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag
fin;comp;CDS;3064375;3064803;;;
deb;;CDS;3082739;3084151;84;*;
;;tmRNA;3084236;3084602;54;*;
fin;;CDS;3084657;3085265;;;
deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*;
;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj
fin;;CDS;3195406;3196356;;0;
deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*;
;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag
fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1;
deb;;CDS;3243122;3243553;99;*;
;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*;
fin;comp;CDS;3243892;3244527;;;
deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*;
;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*;
fin;comp;CDS;3302993;3303622;;;
deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*;
;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac
fin;;CDS;3400685;3400924;;;
deb;;CDS;3401737;3403497;227;*;
;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc
;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg
fin;comp;CDS;3404157;3404834;;;
deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*;
;;regulatory;3406062;3406139;56;*;
fin;;CDS;3406196;3407389;;;
deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*;
;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg
fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0;
&lt;/pre&gt;

===alpha synthèse===
====alpha distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
alpha8;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
rtb;8;25;;;;0;;;33
rpm;7;30;;;;8;42;5;92
rru;4;36;;;;8;4;3;55
oan;6;41;;;;8;;4;59
abq;20;38;;;;16;10;3;87
abs;20;39;;;;8;10;3;80
agr;5;35;;;;10;2;5;57
aua;10;30;;;;2;13;;55
;;;;;;;;;
total;80;274;0;0;0;60;81;23;518
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]]
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83
atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc;
tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga;
ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83
&lt;/pre&gt;

====alpha distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
&lt;/pre&gt;

====alpha par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;90;14;38;;;;142;
16;moyen;103;15;16;;;60;134;
14;fort;81;51;27;;23;;182;
; ;274;80;81;;23;60;518;
10;g+cga;46;6;27;;;;79;
2;agg+cgg;13;1;;;;;14;
4;carre ccc;30;7;11;;;;48;
5;autres;1;;;;;;1;
;;90;14;38;;;;142;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;174;27;73;;;;274;26
16;moyen;199;29;31;;;116;259;324
14;fort;156;98;52;;44;;351;650
;;529;154;156;;44;116;518;729
10;g+cga;89;12;52;;;;153;10
2;agg+cgg;25;2;0;;;;27;
4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16
5;autres;2;0;0;;;;2;
;;174;27;73;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47
16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20
14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33
;;630;184;186;435;729;274;80;81
10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71
2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;;
4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29
5;autres;2;0;0;2;;1;;
;;207;32;87;326;;90;;38
&lt;/pre&gt;
====alpha, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;435
atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8
atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga;
gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7
;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435
27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88
att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100
atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100
ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163
gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275
tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13
ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100
cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga;
gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100
ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125
atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75
ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100
gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88
;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438
rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5
atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100
gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est  19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959
&lt;/pre&gt;

===cvi===
====cvi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;;
65%GC;30.6.19 Paris;16s  8;98;doubles;intercalaires
;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;;
;421217..422762;;16s;@1;179
;422942..423018;;atc;;86
;423105..423180;;gca;;249
;423430..426324;;23s;;125
;426450..426564;;5s;;
;;;;;
;502182..503727;;16s;;79
;503807..503883;;atc;;12
;503896..503971;;gca;;250
;504222..507116;;23s;;122
;507239..507353;;5s;;
;;;;;
comp;682034..682118;;ttg;;
;;;;;
;759824..759908;;tac;;
;;;;;
comp;878775..878849;;agg;;
;;;;;
;955155..955230;;gcg;;
;;;;;
;975612..975696;;ctc;;
;;;;;
;1006822..1006897;;ttc;+;6
;1006904..1006979;;ttc;2 ttc;
;;;;;
;1058518..1058611;;agc;;6
;1058618..1058694;;cgt;;3
;1058698..1058772;;gaa;;
;;;;;
comp;1061741..1061815;;gaa;+;3
comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7
comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5
comp;1061983..1062059;;cgt;;
;;;;;
;1154020..1155565;;16s;;179
;1155745..1155821;;atc;;86
;1155908..1155983;;gca;;250
;1156234..1159128;;23s;;122
;1159251..1159365;;5s;;
;;;;;
comp;1263556..1263645;;tcg;;
;;;;;
;1273710..1273786;;atgf;;
;;;;;
;1377435..1377510;;ggc;+;23
;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22
;1377632..1377707;;ggc;;24
;1377732..1377807;;ggc;;29
;1377837..1377912;;ggc;;45
;1377958..1378031;;tgc;;
;;;;;
;1387010..1387094;;tta;;
;;;;;
;1420085..1420161;;gtc;;
;;;;;
;1427771..1427847;;ccc;;
;;;;;
comp;1433244..1433319;;aac;+;32
comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31
comp;1433459..1433534;;aac;;
;;;;;
;1646821..1648366;;16s;;179
;1648546..1648622;;atc;;86
;1648709..1648784;;gca;;249
;1649034..1651928;;23s;;122
;1652051..1652165;;5s;;89
;1652255..1652369;;5s;;
;;;;;
;1746117..1746207;;tcc;+;53
;1746261..1746351;;tcc;2 tcc;
;;;;;
;1978844..1978919;;aac;;
;;;;;
comp;2094372..2094447;;cac;+;26
comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45
comp;2094595..2094670;;cac;;27
comp;2094698..2094774;;aga;;18
comp;2094793..2094869;;cca;;
;;;;;
comp;2511625..2511712;;tca;;
;;;;;
comp;2747299..2747375;;gac;;7
comp;2747383..2747458;;gta;;
;;;;;
;2853221..2853305;;cta;;
;;;;;
;3187082..3187157;;aca;;
;;;;;
;3257362..3257437;;gcc;;
;;;;;
;3262246..3262321;;gcc;+;8
;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11
;3262417..3262492;;gcc;;
;;;;;
comp;3371478..3371592;;5s;;122
comp;3371715..3374609;;23s;;250
comp;3374860..3374935;;gca;;12
comp;3374948..3375024;;atc;;79
comp;3375104..3376649;;16s;;
;;;;;
;3472822..3472897;;gta;+;12
;3472910..3472986;;gac;5 gta;26
;3473013..3473088;;gta;6 gac;12
;3473101..3473177;;gac;1gtg;26
;3473204..3473279;;gta;;12
;3473292..3473368;;gac;;26
;3473395..3473470;;gta;;12
;3473483..3473559;;gac;;27
;3473587..3473663;;gtg;;6
;3473670..3473746;;gac;;27
;3473774..3473850;;gtg;;6
;3473857..3473933;;gac;;
;;;;;
;3622292..3622365;;ggg;;
;;;;;
comp;3820120..3820234;;5s;;122
comp;3820357..3823251;;23s;;249
comp;3823501..3823576;;gca;;86
comp;3823663..3823739;;atc;;179
comp;3823919..3825464;;16s;;
;;;;;
;3828836..3828922;;ctg;+;51
;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33
;3829094..3829180;;ctg;;57
;3829238..3829324;;ctg;;
;;;;;
;3854547..3854622;;caa;@2;*557
;3855180..3855255;;acg;;61
;3855317..3855393;;ccg;+;78
;3855472..3855548;;ccg;2 ccg;
;;;;;
comp;4059834..4059912;;atgi;;
;;;;;
comp;4244591..4244705;;5s;;122
comp;4244828..4247722;;23s;;249
comp;4247972..4248047;;gca;;86
comp;4248134..4248210;;atc;;179
comp;4248390..4249935;;16s;;
;;;;;
comp;4325718..4325794;;atgf;;
;;;;;
comp;4389268..4389342;;caa;;
;;;;;
;4402077..4402153;;cgg;;
;;;;;
comp;4434130..4434244;;5s;;122
comp;4434367..4437261;;23s;;249
comp;4437511..4437586;;gca;;86
comp;4437673..4437749;;atc;;179
comp;4437929..4439474;;16s;;
;;;;;
;4474196..4474272;;atg;+;35
;4474308..4474384;;atg;2 atg;
;;;;;
comp;4529616..4529690;;acc;;
;;;;;
comp;4532053..4532128;;tgg;;
;;;;;
comp;4533370..4533444;;acc;;24
comp;4533469..4533542;;gga;;52
comp;4533595..4533679;;tac;;
;;;;;
comp;4586712..4586787;;aaa;+;38
comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35
comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28
comp;4587041..4587116;;aag;;37
comp;4587154..4587229;;aaa;;
&lt;/pre&gt;

====cvi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;8;1;0;-
;16 23 5s 0;0;20;16;2
;16 atc gca;8;40;20;
;16 23 5s a;0;60;6;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;6
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;16;140;0;
sans ;opérons;37;160;0;
;1 aa;22;180;0;
;max a;12;200;0;
;a doubles;12;;1;
;total aas;82;;45;8
total aas;;98;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;;
;;;variance;;
sans jaune;;;moyenne;26;86
;;;variance;18;0
&lt;/pre&gt;

====cvi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]]
&lt;pre&gt;
cvi blocs;;;;;;
16s;179;1546;79;1546;179;1546
atc;86;;12;;86;
gca;249;;250;;250;
23s;125;2895;122;2895;122;2895
5s;;115;;115;;115
;;;;;;
;;;;;;
5s;122;115;122;115;122;115
23s;250;2895;249;2895;249;2895
gca;12;;86;;86;
atc;79;;179;;179;
16s;;1546;;1546;;1546
;;;;;;
16s;179;1546;;5s;122;115
atc;86;;;23s;249;2895
gca;249;;;gca;86;
23s;122;2895;;atc;179;
5s;89;115;;16s;;1546
5s;;115;;;;
&lt;/pre&gt;
====cvi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]]
&lt;pre&gt;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;suite
0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;;7;;gac
0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;110;370;450;;**;;gta
0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;46;439;391;;8;;gcc
0;1;40;17;116;4;6;30;-5;0;0;49;190;439;;;11;;gaa
2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;180;437;;;**;;gcc
1;4;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;425;23s 5s;;;12;;gta
2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;707;127;;;26;;gac
1;1;80;56;140;8;5;13;-9;1;0;155;136;7* 124;;;12;;gta
0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;51;211;5s CDS;;;26;;gac
1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;62;66;280;137;;12;;gta
2;1;110;35;82;11;2;42;-12;1;0;173;225;189;154;;26;;gac
0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;120;182;415;101;;12;;gta
0;3;130;43;84;13;4;35;-14;0;21;435;70;213;206;;27;;gac
2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;101;49;5s 5s;;;6;;gta
0;0;150;20;51;15;4;21;-16;0;4;183;205;89;;;27;;gac
2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;182;151;16s tRNA;;;6;;gtg
0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;30;303;6* 182;;atc;**;;gac
1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;204;106;2* 82;;atc;51;;ctg
2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;98;212;tRNA 23s;;;33;;ctg
0;1;200;36;30;20;1;14;-21;1;0;59;73;3* 254;;gca;57;;ctg
1;2;210;23;35;21;1;16;-22;1;1;360;651;5* 253;;gca;**;;ctg
2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;25;97;tRNA tRNA;;intra;61;;acg
1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;15;137;6* 86;;atc gca;78;;ccg
0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;93;265;2* 12;;atc gca;;;ccg
0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;230;;tRNA tRNA;;;35;;atgj
0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;130;;6;;ttc;**;;atgj
1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;46;;**;;ttc;24;;acc
0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;71;;6;;agc;52;;gga
0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;48;;3;;cgt;**;;tac
0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;411;;**;;gaa;38;;aaa
1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;163;;3;;gaa;35;;aag
0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;170;;7;;cgt;28;;aaa
0;1;330;2;9;33;4;13;-34;0;0;55;;5;;gaa;37;;aag
0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;770;;**;;cgt;**;;aaa
0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;201;;23;;ggc;;;
0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;92;;22;;ggc;;;
0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;747;;24;;ggc;;;
0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;151;;29;;ggc;;;
0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;89;;45;;ggc;;;
0;0;400;5;6;40;1;15;-41;2;1;6;;**;;tgc;;;
3;5;reste;89;94;reste;967;1599;-42;0;0;87;;32;;aac;;;
25;51;total;1102;2424;total;1102;2424;-43;1;0;125;;31;;aac;;;
22;46;diagr;1008;2320;diagr;130;815;-44;0;3;86;;**;;aac;;;
0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;179;;53;;tcc;;;
;;;;;;;;-46;0;0;64;;**;;tcc;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;10;;26;;cac;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;40;;45;;cac;;;
;x;1097;69;5;1171;;;-49;1;0;139;;27;;cac;;;
;c;2414;687;10;3111;;;-50;1;0;194;;18;;aga;;;
;;;;;4282;205;;reste;6;4;130;;**;;cca;;;
;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====cvi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;cvi;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;242272;116;comp;
;regulatory;243048;76;;
fin;CDS;243272;;;
deb;CDS;419401;506;comp;
;rRNA;421224;182;;16s
;tRNA;422942;86;;atc
;tRNA;423105;253;;gca
;rRNA;423434;127;;23s
;rRNA;426450;137;;5s
fin;CDS;426702;;comp;
deb;CDS;500524;447;;
;rRNA;502189;82;;16s
;tRNA;503807;12;;atc
;tRNA;503896;254;;gca
;rRNA;504226;124;;23s
;rRNA;507239;280;;5s
fin;CDS;507634;;;
deb;CDS;521304;119;comp;
;regulatory;522458;124;;
fin;CDS;522848;;;
deb;CDS;526333;31;;
;ncRNA;526676;12;;
fin;CDS;526872;;;
deb;CDS;578634;106;comp;
;ncRNA;581905;130;;
fin;CDS;582495;;;
deb;CDS;680663;177;comp;
;tRNA;682034;58;comp;ttg
fin;CDS;682177;;comp;
deb;CDS;758940;152;comp;
;tRNA;759824;57;;tac
fin;CDS;759966;;comp;
deb;CDS;877002;858;comp;
;tRNA;878775;19;comp;agg
fin;CDS;878869;;comp;
deb;CDS;952811;49;;
;tRNA;955155;329;;gcg
fin;CDS;955560;;;
deb;CDS;975236;19;;
;tRNA;975612;91;;ctc
fin;CDS;975788;;;
deb;CDS;996781;89;comp;
;regulatory;998457;72;;
fin;CDS;998621;;;
deb;CDS;1006022;155;;
;tRNA;1006822;6;;ttc
;tRNA;1006904;51;;ttc
fin;CDS;1007031;;;
deb;CDS;1057229;62;;
;tRNA;1058518;6;;agc
;tRNA;1058618;3;;cgt
;tRNA;1058698;110;;gaa
deb;CDS;1058883;173;comp;
;tRNA;1061741;3;comp;gaa
;tRNA;1061819;7;comp;cgt
;tRNA;1061903;5;comp;gaa
;tRNA;1061983;46;comp;cgt
fin;CDS;1062106;;;
deb;CDS;1153105;370;;
;rRNA;1154027;182;;16s
;tRNA;1155745;86;;atc
;tRNA;1155908;254;;gca
;rRNA;1156238;124;;23s
;rRNA;1159251;189;;5s
fin;CDS;1159555;;;
deb;CDS;1262223;190;;
;tRNA;1263556;120;comp;tcg
fin;CDS;1263766;;comp;
deb;CDS;1272648;435;;
;tRNA;1273710;180;;atgf
fin;CDS;1273967;;comp;
deb;CDS;1292860;191;;
;repeat_region;1293342;324;;
fin;CDS;1295441;;;
deb;CDS;1376752;101;;
;tRNA;1377435;23;;ggc
;tRNA;1377534;22;;ggc
;tRNA;1377632;24;;ggc
;tRNA;1377732;29;;ggc
;tRNA;1377837;45;;ggc
;tRNA;1377958;425;;tgc
fin;CDS;1378457;;comp;
deb;CDS;1385508;707;comp;
;tRNA;1387010;183;;tta
fin;CDS;1387278;;;
deb;CDS;1418833;136;comp;
;tRNA;1420085;182;;gtc
fin;CDS;1420344;;;
deb;CDS;1427387;30;;
;tRNA;1427771;204;;ccc
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deb;CDS;1432303;98;comp;
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fin;CDS;1433746;;;
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;repeat_region;1452712;105;;
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;repeat_region;1461308;144;;
fin;CDS;1462645;;;
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;rRNA;1646828;182;;16s
;tRNA;1648546;86;;atc
;tRNA;1648709;253;;gca
;rRNA;1649038;124;;23s
;rRNA;1652051;89;;5s
;rRNA;1652255;154;;5s
fin;CDS;1652524;;comp;
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;regulatory;1690517;42;comp;
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;tRNA;1746117;53;;tcc
;tRNA;1746261;360;;tcc
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;tRNA;1786963;15;;
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;repeat_region;1900978;157;;
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;tRNA;1978844;66;;aac
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;tRNA;2094372;26;;cac
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;tRNA;2094595;27;;cac
;tRNA;2094698;18;;aga
;tRNA;2094793;225;;cca
fin;CDS;2095095;;comp;
deb;CDS;2186305;69;;
;tmRNA;2186992;205;;
fin;CDS;2187562;;;
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;regulatory;2193399;4;comp;
;regulatory;2193502;65;comp;
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;ncRNA;2338135;0;;
fin;CDS;2338210;;;
deb;CDS;2511015;130;comp;
;tRNA;2511625;46;comp;tca
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;ncRNA;2560755;168;comp;
fin;CDS;2561022;;;
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;tRNA;2747299;7;comp;gac
;tRNA;2747383;48;comp;gta
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;tRNA;2853221;70;;cta
fin;CDS;2853376;;comp;
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;tRNA;3187082;411;;aca
fin;CDS;3187569;;;
deb;CDS;3256344;205;comp;
;tRNA;3257362;151;;gcc
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deb;CDS;3261178;303;comp;
;tRNA;3262246;8;;gcc
;tRNA;3262330;11;;gaa
;tRNA;3262417;106;;gcc
fin;CDS;3262599;;comp;
deb;CDS;3368966;415;comp;
;rRNA;3371478;124;comp;5s
;rRNA;3371717;254;comp;23s
;tRNA;3374860;12;comp;gca
;tRNA;3374948;82;comp;atc
;rRNA;3375107;439;comp;16s
fin;CDS;3377082;;comp;
deb;CDS;3447322;50;comp;
;regulatory;3448389;124;comp;
fin;CDS;3448608;;;
deb;CDS;3471644;212;comp;
;tRNA;3472822;12;;gta
;tRNA;3472910;26;;gac
;tRNA;3473013;12;;gta
;tRNA;3473101;26;;gac
;tRNA;3473204;12;;gta
;tRNA;3473292;26;;gac
;tRNA;3473395;12;;gta
;tRNA;3473483;27;;gac
;tRNA;3473587;6;;gta
;tRNA;3473670;27;;gac
;tRNA;3473774;6;;gtg
;tRNA;3473857;163;;gac
fin;CDS;3474097;;;
deb;CDS;3621600;170;;
;tRNA;3622292;55;;ggg
fin;CDS;3622421;;;
deb;CDS;3727029;40;comp;
;regulatory;3728158;14;comp;
;regulatory;3728271;172;comp;
fin;CDS;3728534;;comp;
deb;CDS;3818863;213;comp;
;rRNA;3820120;124;comp;5s
;rRNA;3820359;253;comp;23s
;tRNA;3823501;86;comp;gca
;tRNA;3823663;182;comp;atc
;rRNA;3823922;437;comp;16s
deb;CDS;3825895;73;comp;
;tRNA;3828836;51;;ctg
;tRNA;3828974;33;;ctg
;tRNA;3829094;57;;ctg
;tRNA;3829238;651;;ctg
fin;CDS;3829976;;comp;
deb;CDS;3854191;770;comp;
;tRNA;3855180;61;comp;acg
;tRNA;3855317;78;comp;ccg
;tRNA;3855472;97;comp;ccg
fin;CDS;3855646;;;
deb;CDS;4058859;201;comp;
;tRNA;4059834;92;comp;atgi
fin;CDS;4060005;;comp;
deb;CDS;4244169;101;;
;rRNA;4244591;124;comp;5s
;rRNA;4244830;253;comp;23s
;tRNA;4247972;86;comp;gca
;tRNA;4248134;182;comp;atc
;rRNA;4248393;450;comp;16s
fin;CDS;4250379;;;
deb;CDS;4324029;747;comp;
;tRNA;4325718;151;comp;atgf
fin;CDS;4325946;;comp;
deb;CDS;4388195;89;comp;
;tRNA;4389268;6;comp;caa
fin;CDS;4389349;;comp;
deb;CDS;4401196;137;comp;
;tRNA;4402077;265;;cgg
fin;CDS;4402419;;comp;
deb;CDS;4433423;206;;
;rRNA;4434130;124;comp;5s
;rRNA;4434369;253;comp;23s
;tRNA;4437511;86;comp;gca
;tRNA;4437673;182;comp;atc
;rRNA;4437932;391;comp;16s
fin;CDS;4439859;;;
deb;CDS;4472951;87;;
;tRNA;4474196;35;;atgj
;tRNA;4474308;125;;atgj
fin;CDS;4474510;;;
deb;CDS;4529035;86;comp;
;tRNA;4529616;179;comp;acc
fin;CDS;4529870;;comp;
deb;CDS;4531632;64;comp;
;tRNA;4532053;10;comp;tgg
deb;CDS;4532139;40;comp;
;tRNA;4533370;24;comp;acc
;tRNA;4533469;52;comp;gga
;tRNA;4533595;139;comp;tac
fin;CDS;4533819;;comp;
deb;CDS;4549877;87;comp;
;regulatory;4551002;131;;
fin;CDS;4551282;;;
deb;CDS;4586188;194;comp;
;tRNA;4586712;38;comp;aaa
;tRNA;4586826;35;comp;aag
;tRNA;4586937;28;comp;aaa
;tRNA;4587041;37;comp;aag
;tRNA;4587154;130;comp;aaa
fin;CDS;4587360;;comp;
&lt;/pre&gt;

====cvi intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;;
cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2
;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1
;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2
;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1
;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1
;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4
;'''total 4282;&lt;201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul,t %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;66;680;2
1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3
2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5
667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2
448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1
357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5
707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2
139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1
1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2
2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1
669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1
2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1
1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4
3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1
2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2
2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0
869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1
2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0
664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1
2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1
561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0
1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1
27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1
3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2
914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0
344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0
1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0
1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0
3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0
34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1
136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0
2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1
1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0
3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1
2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0
;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0
;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0
;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0
;;36;12;300;22;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;19;1060;0
;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1
;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0
;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0
;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1
;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0
;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0
;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0
;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0
;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1
'''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0
4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1
1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0
1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1
4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0
3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4
3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282
3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;;
4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;;
2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;;
1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;;
3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;;
834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;;
2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;;
2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;;
4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;;
283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;;
226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;;
387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;;
1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;;
4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;;
3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;;
4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;;
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&amp;-44;372;-1071;112;852;282;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&amp;204;67;;649;poly;203;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;149;52;-;808;poly;107;tF
corrélations
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;;
41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;;
1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc-
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;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;1;0
;;;;;;;;;;;;;reste;6;4
;;;;;;;;;;;;;total;69;687
&lt;/pre&gt;

====cvi  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
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&lt;/pre&gt;

====cvi autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
====cvi intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;
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;;;435;comp’;180;;86;91;;
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;;;30;;204;;101;139;;
;32 31;;98;comp’;211;;130;151;;
;53;;59;;360;;155;163;;
;;;25;;15;;170;179;;
;;;93;comp’;66;;173;182;;
;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;;
;;;130;;46;;191;204;;
;7;;71;;48;;194;324;;
;;comp’;182;comp’;70;;201;329;;
;;comp’;49;;411;;230;360;;
;;comp’;205;comp’;151;;435;411;;
;8  11;comp’;303;comp’;106;;747;;;
;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls
;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb;
;;;170;;55;;73;57;&lt;201;7
;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12
;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58%
;;;201;;92;;152;97;;
;;;747;;151;;182;106;fin;
;;;89;;6;;190;110;&lt;201;9
;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14
;35;;87;;125;;212;180;taux;64%
;;;86;;179;;303;211;;
;;;64;;10;;707;225;total;
;24 52;;40;;139;;770;265;&lt;201;16
;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26
;;;;;;;-;651;taux;62%
;;;;;;;;;;
continu + comp’;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;29;58;;;;;;;
total;39;39;78;;;;;;;
taux;74%;74%;74%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cvi par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;9;7;2;;;;18;
16;moyen;7;3;11;;;16;37;
14;fort;6;27;10;;;;43;
; ;22;37;23;;;16;98;
10;g+cga;3;5;2;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;2;;;;;6;
5;autres;;;;;;;0;
;;9;7;2;;;;18;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;92;71;20;;;;184;26
16;moyen;71;31;112;;;163;378;324
14;fort;61;276;102;;;;439;650
; ;224;378;235;;;163;98;729
10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10
2;agg+cga;20;;;;;;20;
4;carre ccc;41;20;;;;;61;16
5;autres;;;;;;;0;
;;92;71;20;;;;184;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cvi;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9
16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48
14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43
; ;268;451;280;82;729;22;37;23
10;g+cgg;37;61;24;122;10;;;
2;agg+cga;24;;;24;;;;
4;carre ccc;49;24;;73;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;110;85;24;220;;;;
&lt;/pre&gt;

====beta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;82
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1
;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82
11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200
att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100
atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100
ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300
gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500
tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga;
gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100
ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100
ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100
gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100
;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200
rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30
atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12
cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga;
gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est  52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281
&lt;/pre&gt;

====cvi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]]
*code génétique cvi
&lt;pre&gt;
cvi;;;;;98;;99
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1
atc;8;acc;2;aac;4;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;
gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1
gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;

===ade===
====ade opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;;
75%GC;30.6.19 Paris;16s  2;49;doubles;intercalaires
;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;;
;8147..8220;;caa;;
;;;;;
;21040..21112;;ttc;;
;;;;;
comp;433303..433378;;ggg;;
;;;;;
comp;666509..666585;;gac;;6
comp;666592..666666;;gta;;
;;;;;
comp;693146..693229;;ctg;;
;;;;;
;851483..851555;;atg;;
;;;;;
comp;1057311..1057386;;gcg;;
;;;;;
comp;1306222..1306295;;ccc;;
;;;;;
;1442379..1442450;;tgc;;
;;;;;
;1495545..1497102;;16s;@1;187
;1497290..1497367;;atc;;22
;1497390..1497465;;gca;;194
;1497660..1500648;;23s;;152
;1500801..1500917;;5s;;
;;;;;
;1509186..1509259;;cag;;60
;1509320..1509394;;gag;;
;;;;;
;1691085..1691160;;gcc;;
;;;;;
;819377..1819453;;atg;;
;;;;;
;2235670..2235741;;gtc;;
;;;;;
comp;2314981..2315079;;tga;;
;;;;;
comp;2337031..2337104;;atg;;
;;;;;
;2376009..2376080;;gtg;;
;;;;;
comp;2429718..2429790;;acg;;
;;;;;
comp;2623942..2624017;;tgg;;
;;;;;
comp;2625463..2625535;;acc;;22
comp;2625558..2625633;;gga;;63
comp;2625697..2625779;;tac;;46
comp;2625826..2625898;;aca;;
;;;;;
;2653452..2653535;;ttg;;
;;;;;
;2680790..2680871;;ctc;;
;;;;;
comp;2747806..2747879;;agg;;
;;;;;
;3029047..3029122;;aac;;
;;;;;
comp;3076236..3076352;;5s;;152
comp;3076505..3079493;;23s;;194
comp;3079688..3079763;;gca;;22
comp;3079786..3079863;;atc;;187
comp;3080051..3081608;;16s;;
;;;;;
comp;3144286..3144357;;aaa;;
;;;;;
;3156732..3156804;;gaa;;
;;;;;
;3253990..3254063;;cgg;;
;;;;;
comp;3793996..3794069;;ccg;;
;;;;;
;3806164..3806249;;tta;;
;;;;;
comp;3915708..3915789;;cta;;
;;;;;
comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248
comp;3920566..3920639;;aga;;*140
comp;3920780..3920854;;cac;;18
comp;3920873..3920946;;cga;;*134
comp;3921081..3921154;;cca;;
;;;;;
comp;4121675..4121749;;ggc;;
;;;;;
comp;4195371..4195460;;tcc;;*278
comp;4195739..4195829;;tcg;;
;;;;;
;4456675..4456764;;tca;;27
;4456792..4456883;;agc;;73
;4456957..4457033;;cgt;;
&lt;/pre&gt;

====ade cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]]
&lt;pre&gt;
cvi cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;2;1;0;
;16 23 5s 0;0;20;2;
;16 atc gca;2;40;2;2
;16 23 5s a;0;60;2;
;max a;2;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;4;140;2;
sans ;opérons;33;160;0;
;1 aa;27;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;0;;2;
;total aas;45;;12;2
total aas;;49;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;93;
;;;variance;90;
sans jaune;;;moyenne;39;22
;;;variance;24;0
&lt;/pre&gt;

====ade blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]]
&lt;pre&gt;
ade blocs;;;;;
16s;187;1558;5s;152;117
atc;22;;23s;194;2989
gca;194;;gca;22;
23s;152;2989;atc;187;
5s;;117;16s;;1558
&lt;/pre&gt;
====ade distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]]
&lt;pre&gt;
delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;
;1;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;
;2;20;104;251;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;
;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;23s 5s;;
2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;2* 152;;
;2;50;22;93;5;7;19;-6;2;0;456;130;5s CDS;;
;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;167;75;
2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;16s tRNA;;
;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;2* 187;;atc
;1;90;48;99;9;14;51;-10;1;2;350;190;tRNA 23s;;
1;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;2* 194;;gca
2;4;110;48;76;11;4;32;-12;1;0;14;124;tRNA tRNA;;intra
1;3;120;44;84;12;12;42;-13;3;7;111;110;2* 22;;atc gca
3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;tRNA tRNA;;
;0;140;46;63;14;7;28;-15;1;0;9;161;6;;gac
;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;**;;gta
1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;60;;cag
1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;**;;gag
;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;22;;acc
1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;63;;gga
1;0;200;33;22;20;6;12;-21;0;0;406;246;46;;tac
;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;**;;aca
1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;248;;aag
2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;142;;aga
;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;18;;cac
1;0;250;27;12;25;4;14;-26;0;6;65;;134;;cga
;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;**;;cca
;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;278;;tcc
;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;**;;tcg
;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;27;;tca
;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;73;;agc
;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;**;;cgt
;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;
;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;
1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;
;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;
;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;
;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;
;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;
;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;
;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;
1;5;reste;69;80;reste;994;1446;-42;0;0;50;;;;
21;42;total;1310;2339;total;1310;2339;-43;0;0;492;;;;
20;37;diagr;1229;2242;diagr;304;876;-44;0;0;;;;;
0;3; t30;271;752;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;2;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;1298;102;12;1412;;;-49;1;0;;;;;
;c;2322;713;17;3052;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;
;;;;;;4569;;total;102;713;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ade autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ade;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;7060;91;;
;tRNA;8147;44;;caa
fin;CDS;8265;;;
deb;CDS;20441;158;;
;tRNA;21040;220;;ttc
fin;CDS;21333;;comp;
deb;CDS;432722;119;comp;
;tRNA;433303;79;comp;ggg
fin;CDS;433458;;comp;
deb;CDS;664814;456;comp;
;tRNA;666509;6;comp;gac
;tRNA;666592;157;comp;gta
fin;CDS;666824;;;
deb;CDS;691951;157;comp;
;tRNA;693146;333;comp;ctg
fin;CDS;693563;;;
deb;CDS;849021;53;;
;tRNA;851483;36;;atgi
fin;CDS;851592;;;
deb;CDS;883315;64;;
;repeat_region;883709;98;;
fin;CDS;886703;;comp;
deb;CDS;887392;77;comp;
;repeat_region;888746;95;;
fin;CDS;892587;;;
deb;CDS;1055941;68;;
;tRNA;1057311;105;comp;gcg
fin;CDS;1057492;;;
deb;CDS;1305647;350;comp;
;tRNA;1306222;105;comp;ccc
fin;CDS;1306401;;comp;
deb;CDS;1311419;33;comp;
;ncRNA;1312049;302;comp;
fin;CDS;1312542;;;
deb;CDS;1441648;14;;
;tRNA;1442379;111;;tgc
fin;CDS;1442562;;;
deb;CDS;1492304;691;;
16s;rRNA;1495545;187;;
;tRNA;1497290;22;;atc
;tRNA;1497390;194;;gca
23s;rRNA;1497660;152;;
5s;rRNA;1500801;75;;
fin;CDS;1500993;;comp;
deb;CDS;1508769;3;;
;tRNA;1509186;60;;cag
;tRNA;1509320;130;;gag
fin;CDS;1509525;;comp;
deb;CDS;1690794;9;;
;tRNA;1691085;96;;gcc
fin;CDS;1691254;;comp;
deb;CDS;1818424;110;;
;tRNA;1819377;53;;atgf
fin;CDS;1819507;;;
deb;CDS;1968293;141;;
;regulatory;1969289;108;;
fin;CDS;1969480;;;
deb;CDS;2235017;38;;
;tRNA;2235670;77;;gtc
fin;CDS;2235819;;;
deb;CDS;2313926;38;;
;tRNA;2314981;92;comp;tga
fin;CDS;2315172;;comp;
deb;CDS;2335260;406;comp;
;tRNA;2337031;222;comp;atgj
fin;CDS;2337327;;;
deb;CDS;2375620;53;;
;tRNA;2376009;437;;gtg
fin;CDS;2376518;;;
deb;CDS;2429105;190;;
;tRNA;2429718;111;comp;acg
fin;CDS;2429902;;;
deb;CDS;2623487;62;comp;
;tRNA;2623942;15;comp;tgg
fin;CDS;2624033;;comp;
deb;CDS;2624207;65;comp;
;tRNA;2625463;22;comp;acc
;tRNA;2625558;63;comp;gga
;tRNA;2625697;46;comp;tac
;tRNA;2625826;105;comp;aca
fin;CDS;2626004;;comp;
deb;CDS;2652965;124;comp;
;tRNA;2653452;100;;ttg
fin;CDS;2653636;;;
deb;CDS;2680375;91;;
;tRNA;2680790;110;;ctc
fin;CDS;2680982;;comp;
deb;CDS;2747439;94;;
;tRNA;2747806;106;comp;agg
fin;CDS;2747986;;comp;
deb;CDS;3027884;161;comp;
;tRNA;3029047;184;;aac
fin;CDS;3029307;;;
deb;CDS;3075187;167;comp;
5s;rRNA;3076236;152;comp;
23s;rRNA;3076505;194;comp;
;tRNA;3079688;22;comp;gca
;tRNA;3079786;187;comp;atc
16s;rRNA;3080051;590;comp;
fin;CDS;3082199;;comp;
deb;CDS;3143759;230;comp;
;tRNA;3144286;306;comp;aaa
fin;CDS;3144664;;comp;
deb;CDS;3155946;78;;
;tRNA;3156732;694;;gaa
fin;CDS;3157499;;;
deb;CDS;3253083;193;comp;
;tRNA;3253990;130;;cgg
fin;CDS;3254194;;;
deb;CDS;3372825;107;;
;tmRNA;3373094;219;;
fin;CDS;3373664;;;
deb;CDS;3793550;226;;
;tRNA;3793996;386;comp;ccg
fin;CDS;3794456;;comp;
deb;CDS;3805030;111;;
;tRNA;3806164;127;;tta
fin;CDS;3806377;;comp;
deb;CDS;3914337;81;comp;
;tRNA;3915708;63;comp;cta
fin;CDS;3915853;;;
deb;CDS;3919322;179;comp;
;tRNA;3920245;248;comp;aag
;tRNA;3920566;142;comp;aga
;tRNA;3920782;18;comp;cac
;tRNA;3920873;134;comp;cga
;tRNA;3921081;76;comp;cca
fin;CDS;3921231;;comp;
deb;CDS;4031625;149;;
;regulatory;4032113;67;;
fin;CDS;4032337;;;
deb;CDS;4120462;34;;
;tRNA;4121675;246;comp;ggc
fin;CDS;4121996;;;
deb;CDS;4164508;430;;
;ncRNA;4166687;43;comp;
fin;CDS;4167140;;comp;
deb;CDS;4193348;55;comp;
;ncRNA;4195209;68;comp;
;tRNA;4195371;278;comp;tcc
;tRNA;4195739;50;comp;tcg
fin;CDS;4195880;;comp;
deb;CDS;4454313;715;comp;
;tRNA;4456675;27;;tca
;tRNA;4456792;73;;agc
;tRNA;4456957;492;;cgt
fin;CDS;4457526;;;
&lt;/pre&gt;

====ade intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]]
*'''Intercalaires entre cds, Tableau'''
&lt;pre&gt;
ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;;
ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5;intercal;&lt;u&gt;'''frequencez
;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5
;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3
;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2
;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0
;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3
;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1
;'''total 4464;&lt;201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;89;680;1
4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1
3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1
4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1
3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2
3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1
2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2
4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2
1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0
427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0
540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0
1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1
1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1
4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1
4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1
104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1
4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1
1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1
2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1
2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0
3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0
494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0
3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1
4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0
1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1
3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0
4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0
3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0
3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0
2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1
1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0
4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1
3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0
1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0
4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1
4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0
;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0
;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0
;;36;13;300;20;;intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;22;1060;0
;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0
;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2
;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0
;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0
;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0
;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1
;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0
adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0
3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0
4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1
1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0
4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0
4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0
3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0
3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3
2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464
3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;;
1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;;
4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;;
1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;;
526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;;
1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;;
178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;;
4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;;
1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;;
1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;;
1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;;
3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;;
23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;;
157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;;
4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;;
3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;;
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&amp;-61;489;-1310;125;843;267;min50
31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&amp;2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&amp;218;70;-;610;poly;232;SF
31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&amp;149;51;-;854;poly;103;tF
;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc-
41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70
1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0
ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;&gt;0;1298;-4;33;537
10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;&lt;0;102;-5;0;0
20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0
30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6
40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20
50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;&gt;0;2322;-9;0;0
60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;&lt;0;713;-10;1;2
70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17
80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0
90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7
100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12
110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0
120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3
130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4
140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0
150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2
160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3
170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0
180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2
190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6
200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0
210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0
220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6
230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0
240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0
250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2
260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0
270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0
280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1
290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0
300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2
310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1
320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0
330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1
340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0
350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0
360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0
370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0
380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0
390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0
400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0
reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0
total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0
diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0
 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0
 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;15;9
;;;;;;;;;;;;;total;102;713
&lt;/pre&gt;

====ade  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;;
comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14
continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102
;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713
&lt;/pre&gt;

====ade autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp
;&amp;tRNA;8147;44;;;;&amp;tRNA;1819377;53;;;;&amp;tRNA;3144286;306;comp
fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp
deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78;
;&amp;tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&amp;tRNA;3156732;694;
fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;;
deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp
;&amp;tRNA;433303;79;comp;;;&amp;tRNA;2235670;77;;;;&amp;tRNA;3253990;130;
fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;;
deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107;
;&amp;tRNA;666509;6;comp;;;&amp;tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219;
;&amp;tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;;
fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226;
deb;°CDS;691951;157;comp;;;&amp;tRNA;2337031;222;comp;;;&amp;tRNA;3793996;386;comp
;&amp;tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp
fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111;
deb;°CDS;849021;53;;;;&amp;tRNA;2376009;437;;;;&amp;tRNA;3806164;127;
;&amp;tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp
fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp
deb;°CDS;883315;64;;;;&amp;tRNA;2429718;111;comp;;;&amp;tRNA;3915708;63;comp
;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;;
fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp
deb;°CDS;887392;77;comp;;;&amp;tRNA;2623942;15;comp;;;&amp;tRNA;3920245;248;comp
;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&amp;tRNA;3920566;142;comp
fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&amp;tRNA;3920782;18;comp
deb;°CDS;1055941;68;;;;&amp;tRNA;2625463;22;comp;;;&amp;tRNA;3920873;134;comp
;&amp;tRNA;1057311;105;comp;;;&amp;tRNA;2625558;63;comp;;;&amp;tRNA;3921081;76;comp
fin;°CDS;1057492;;;;;&amp;tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp
deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&amp;tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149;
;&amp;tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67;
fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;;
deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&amp;tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34;
;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&amp;tRNA;4121675;246;comp
fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;;
deb;°CDS;1441648;14;;;;&amp;tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430;
;&amp;tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp
fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp
deb;°CDS;1492304;691;;;;&amp;tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp
;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp
;&amp;tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&amp;tRNA;4195371;278;comp
;&amp;tRNA;1497390;194;;;;&amp;tRNA;3029047;184;;;;&amp;tRNA;4195739;50;comp
;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp
;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp
fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&amp;tRNA;4456675;27;
deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&amp;tRNA;4456792;73;
;&amp;tRNA;1509186;60;;;;&amp;tRNA;3079688;22;comp;;;&amp;tRNA;4456957;492;
;&amp;tRNA;1509320;130;;;;&amp;tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;;
fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;;
deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ade intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;91;;44;;3;15;deb;
;;;158;comp’;220;;9;36;&lt;201;20
;;;119;;79;;14;43;total;25
;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80%
;;;157;comp’;353;;38;50;;
;;;53;;36;;53;53;fin;
;;comp’;68;comp’;105;;53;76;&lt;201;16
;;;350;;105;;62;77;total;22
;;;14;;111;;65;79;taux;73%
;60;;3;comp’;130;;78;100;;
;;;9;comp’;96;;81;105;total;
;;;110;;53;;91;105;&lt;201;36
;;;38;;77;;91;106;total;47
;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77%
;;;406;comp’;222;;110;130;;
;;;53;;437;;111;184;;
;;comp’;190;comp’;111;;119;219;;
;;;62;;15;;157;306;;
;22 63 46;;65;;105;;158;386;;
;;comp’;124;;100;;179;437;;
;;;91;comp’;110;;230;492;;
;;comp’;94;;106;;350;694;;
;;comp’;161;;184;;406;-;;
;;;230;;306;;430;-;;
;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls
;;comp’;193;;130;;34;63;deb;
;;;107;;219;;68;92;&lt;201;7
;;comp’;226;;386;;94;96;total;9
;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78%
;;;81;comp’;63;;161;110;fin;
;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;&lt;201;9
;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13
;;;430;;43;;226;130;taux;69%
;278;;;;50;;715;156;;
;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total;
;;;;;;;-;222;&lt;201;16
;;;;;;;-;246;total;22
;;;;;;;-;353;taux;73%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;29;25;54;;;;;;;
total;34;35;69;;;;;;;
taux;85%;71%;78%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ade par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;12;5;;;;;17;
16;moyen;9;6;;;;4;19;
14;fort;6;7;;;;;13;
; ;27;18;;;;4;49;
10;g+cga;5;5;;;;;10;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;1;;;;;;1;
;;12;5;;;;;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;245;102;;;;;347;26
16;moyen;184;122;;;;82;388;324
14;fort;122;143;;;;;265;650
; ;551;367;;;;82;49;729
10;g+cgg;102;102;;;;;204;10
2;agg+cga;41;;;;;;41;
4;carre ccc;82;;;;;;82;16
5;autres;20;;;;;;20;
;;245;102;;;;;347;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;ade;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;267;111;;378;26;44;28;
16;moyen;200;133;;333;324;33;33;
14;fort;133;156;;289;650;22;39;
; ;600;400;;45;729;27;18;
10;g+cgg;111;111;;222;10;42;;
2;agg+cga;44;;;44;;17;;
4;carre ccc;89;;;89;16;33;;
5;autres;22;;;22;;8;;
;;267;111;;378;;12;;
&lt;/pre&gt;
====delta, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;à faire;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45
11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100
gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500
rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7
atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35
gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est  22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670
&lt;/pre&gt;

====ade remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]]
*code génétique ade
&lt;pre&gt;
ade;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;

==epsilon==
===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299===
====ant opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]]
*notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;;
28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;;
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;*
;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;;
;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;*
;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;;
;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;;
;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;;
;240029..242945;;23s;;202;;;;;;;
;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;;
comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;*
;;;;;;;;;;;;
comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;*
;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;;
;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;;
;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;;
;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;;
;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;;
;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX&quot;;*
;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;;
;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;*
;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;;
;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;;
;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;*
;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;;
;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;*
comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;;
comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;;
comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;;
comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;;
comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;;
comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;;
comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;;
comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;;
comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;*
comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;;
comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;*
;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;;
;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp;
;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;;
;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp;
comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;;
comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;;
;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp;
comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;;
comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;;
comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;*
comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;;
comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;;
comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;;
comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;;
comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;*
;;;;;;;;;;;;
;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;*
comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;;
comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;;
comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;;
comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;;
comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;*
comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;;
comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;;
comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;;
;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;;
comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;*
comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;;
comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;;
comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;;
comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;;
comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;*
comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;;
comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;;
comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;;
comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;;
comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;;
comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;*
;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;;
;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;;
;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;;
;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;;
;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;;
;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;;
;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;;
;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;;
;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;*
comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;;
comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;;
comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;;
comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;;
comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;;
comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;;
;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;*
&lt;/pre&gt;

====ant cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]]
*Notes: * pour les jaunes
&lt;pre&gt;
ant cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8
;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5
;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12
;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7
;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2
;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2
;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1
;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2
sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0
;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0
;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0
;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1
;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40
total aas;;55;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301
;;;variance;22;88;;121;;73;;240
sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239
;;;variance;;;;102;;33;;132
&lt;/pre&gt;

====ant blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s ant;;;;;;;;
cds;143;12;;cds;231;;cds;305
acc;173;167;;5s;223;;16s;111
5s;202;202;;23s;301;;atc;19
23s;273;300;;gca;19;;gca;301
gca;19;19;;atc;111;;23s;202
atc;111;111;;16s;292;;5s;354
16s;462;378;;cds;;;cds;
cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant remarques====
====ant distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]]
*Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste &gt;1aa. aac est un double.
&lt;pre&gt;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;38;7;;2;;8;55
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;ant;;;;;;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;4;acc;2;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;24;;28;;3;;55
&lt;/pre&gt;

====ant données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;82;479;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;;10;;cca
1;0;20;52;230;2;16;54;-3;0;0;70;117;378;;;16;;cac
;1;30;35;74;3;3;56;-4;40;221;110;12;292;;;61;;aga
;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;23s 5s;;;96;;cta
;2;50;15;63;5;11;22;-6;7;0;120;143;3* 202;;;**;;atgf
;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;223;;;5;;ttc
;3;70;19;83;7;7;14;-8;5;98;47;;5s CDS;;;**;;tac
;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;-;354;;16;;gac
;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;-;231;;3;;gta
;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;16s tRNA;;;31;;gaa
;3;110;32;40;11;5;43;-12;3;1;142;;4* 111;;atc;8;;aaa
1;1;120;25;51;12;7;45;-13;0;9;93;;tRNA 23s;;;22;;gac
;0;130;27;35;13;8;31;-14;1;34;93;;2* 301;;gca;3;;gta
;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;300;;gca;42;;gaa
2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;273;;gca;**;;aaa
1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;5s tRNA;;;12;;atgf
;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;167;;acc;**;;caa
;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;173;;acc;33;;aac
;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;tRNA tRNA;;intra;**;;aac
;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;4* 19;;atc gca;81;;tcc
;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;39;;gga
;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;15;;atgi
;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;**;;agc
;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;45;;tgc
;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;16;;tca
;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;**;;tta
;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;8;;gga
;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;69;;tac
;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;21;;aca
;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;**;;ttc
;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;16;;caa
;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;7;;tta
;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;14;;gga
;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;16;;aaa
;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;14;;atgf
;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;12;;atgj
;0;370;1;1;37;1;6;-38;1;3;;;;;;30;;aca
;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;**;;tca
;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;
;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;
;1;reste;21;30;reste;436;810;-42;0;0;;;;;;;;
6;28;total;631;1702;total;631;1702;-43;1;0;;;;;;;;
6;27;diagr;601;1616;diagr;186;836;-44;0;0;;;;;;;;
2;1; t30;169;783;;;;-45;0;0;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;
;x;622;83;9;714;;;-49;1;0;;;;;;;;
;c;1646;679;56;2381;;;-50;0;0;;;;;;;;
;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;
;;;;;;3190;;total;83;679;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ant autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires ;;ant;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;167574;66;;
;tRNA;168501;447;;cga
fin;CDS;169025;;;
deb;CDS;237275;305;;
16s;rRNA;237928;111;;
;tRNA;239556;19;;atc
;tRNA;239652;301;;gca
23s;rRNA;240029;202;;
5s;rRNA;243148;354;;
fin;CDS;243618;;comp;
deb;CDS;302333;155;comp;
;tRNA;303316;10;;cca
;tRNA;303404;16;;cac
;tRNA;303497;61;;aga
;tRNA;303635;96;;cta
;tRNA;303816;70;;atgf
fin;CDS;303963;;;
deb;CDS;316375;110;;
;tRNA;317454;109;;atgf
fin;CDS;317640;;;
deb;CDS;373519;120;;
;tRNA;375862;5;;ttc
;tRNA;375943;65;;tac
fin;CDS;376093;;;
deb;CDS;597419;47;;
;tRNA;598534;208;;ttg
fin;CDS;598827;;;
deb;CDS;751446;73;comp;
;tRNA;753064;16;comp;gac
;tRNA;753157;3;comp;gta
;tRNA;753236;31;comp;gaa
;tRNA;753342;8;comp;aaa
;tRNA;753426;22;comp;gac
;tRNA;753525;3;comp;gta
;tRNA;753604;42;comp;gaa
;tRNA;753721;40;comp;aaa
fin;CDS;753837;;comp;
deb;CDS;833388;142;comp;
;tRNA;834121;93;comp;ctc
fin;CDS;834298;;comp;
deb;CDS;1445917;93;;
;tRNA;1449916;270;;gaa
fin;CDS;1450262;;;
deb;CDS;1615201;29;;
;tRNA;1615572;99;;gtc
fin;CDS;1615747;;;
deb;CDS;1703617;1;;
;tRNA;1703837;12;comp;atgf
;tRNA;1703926;117;comp;caa
fin;CDS;1704118;;;
deb;CDS;1907982;-5;;
;ncRNA;1908268;28;comp;
fin;CDS;1908619;;comp;
deb;CDS;2221719;242;comp;
;tRNA;2222768;33;comp;aac
;tRNA;2222876;72;comp;aac
fin;CDS;2223023;;comp;
deb;CDS;2282678;349;comp;
;tRNA;2283792;81;comp;tcc
;tRNA;2283962;39;comp;gga
;tRNA;2284078;15;comp;atgi
;tRNA;2284170;102;comp;agc
fin;CDS;2284362;;comp;
deb;CDS;2323802;12;;
;tRNA;2324879;167;comp;acc
5s;rRNA;2325122;202;comp;
23s;rRNA;2325440;300;comp;
;tRNA;2328657;19;comp;gca
;tRNA;2328752;111;comp;atc
16s;rRNA;2328940;378;comp;
fin;CDS;2330835;;comp;
deb;CDS;2425110;353;;
;tmRNA;2427398;181;comp;
fin;CDS;2427974;;comp;
deb;CDS;2581821;192;comp;
;tRNA;2583033;45;comp;tgc
;tRNA;2583154;16;comp;tca
;tRNA;2583259;143;comp;tta
fin;CDS;2583489;;;
deb;CDS;2637277;81;comp;
;tRNA;2637541;31;comp;tgg
fin;CDS;2637648;;comp;
deb;CDS;2637824;240;comp;
;tRNA;2639273;8;comp;gga
;tRNA;2639358;69;comp;tac
;tRNA;2639512;21;comp;aca
;tRNA;2639610;41;comp;ttc
fin;CDS;2639727;;comp;
deb;CDS;2656033;231;;
5s;rRNA;2656495;223;comp;
23s;rRNA;2656834;301;comp;
;tRNA;2660052;19;comp;gca
;tRNA;2660147;111;comp;atc
16s;rRNA;2660335;292;comp;
fin;CDS;2662144;;comp;
deb;CDS;2693436;95;;
;tRNA;2695547;16;;caa
;tRNA;2695638;7;;tta
;tRNA;2695732;14;;gga
;tRNA;2695823;16;;aaa
;tRNA;2695915;14;;atgf
;tRNA;2696006;12;;atgj
;tRNA;2696095;30;;aca
;tRNA;2696202;90;;tca
fin;CDS;2696381;;;
deb;CDS;2739487;88;comp;
;Regulatory;2740208;48;comp;
fin;CDS;2740399;;comp;
deb;CDS;2825449;163;;
;repeat_region;2825927;233;;
fin;CDS;2827303;;;
deb;CDS;3082950;143;;
;tRNA;3083318;173;comp;acc
5s;rRNA;3083567;202;comp;
23s;rRNA;3083885;273;comp;
;tRNA;3087075;19;comp;gca
;tRNA;3087170;111;comp;atc
16s;rRNA;3087358;462;comp;
fin;CDS;3089337;;;
&lt;/pre&gt;

====ant intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;;
ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762
;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65
;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313
;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248
;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182
;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100
;'''total 3095;&lt;201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;Cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;51
184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36
2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34
710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33
982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45
3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47
1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44
2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60
269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42
1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54
1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49
1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56
2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56
2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31
1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47
997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38
1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34
1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45
606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31
1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35
1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27
792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33
2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24
949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24
2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24
2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21
2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32
3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16
2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4
27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15
1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15
715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15
2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15
1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14
1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12
;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11
;;34;6;280;9;;total;827;210;9
;;35;7;290;5;;;;215;10
;;36;6;300;12;;'''intercal;&lt;u&gt;'''frequencef;220;8
;;37;7;310;5;;600;3070;225;5
;;38;6;320;3;;620;3;230;8
;;39;°9;330;7;;640;2;235;6
;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10
;;;1246;350;2;150;680;1;245;6
;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3
;;;;370;2;;720;2;255;7
;;;;380;1;;740;1;260;6
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5
3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4
2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5
1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4
1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3
2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2
641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5
1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7
3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1
542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4
2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3
907463;-38;;;500;1;;980;;320;0
984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3
1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4
1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3
1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1
2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0
3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2
531215;-32;;;570;1;;;;355;2
642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1
1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1
2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1
2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58
3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40
31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF
31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF
;;;;;;;;;;;;;;
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;;
;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;;
;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;;
ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu
0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;&gt;0;622;-1;0;164
10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;&lt;0;83;-2;0;0
20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0
30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221
40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2
50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;&gt;0;1646;-6;7;0
60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;&lt;0;679;-7;0;12
70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98
80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0
90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7
100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46
110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1
120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9
130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34
140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0
150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0
160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24
170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0
180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2
190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19
200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0
210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0
220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9
230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0
240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2
250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5
260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0
270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0
280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7
290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0
300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1
310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5
320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0
330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0
340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2
350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0
360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3
380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0
390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0
400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0
reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0
total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0
diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0
 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;1;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;;total;83;679
&lt;/pre&gt;

====ant  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;;
comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1
continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6
&lt;/pre&gt;
*14.8.21 
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83
Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679
&lt;/pre&gt;

====ant autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp
;&amp;tRNA;168501;447;;;;&amp;tRNA;1449916;270;;;;&amp;tRNA;2637541;31;comp
fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp
deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp
;$rRNA;237928;111;;;;&amp;tRNA;1615572;99;;;;&amp;tRNA;2639273;8;comp
;&amp;tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&amp;tRNA;2639358;69;comp
;&amp;tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&amp;tRNA;2639512;21;comp
;$rRNA;240029;202;;;;&amp;tRNA;1703837;12;comp;;;&amp;tRNA;2639610;41;comp
;$rRNA;243148;354;;;;&amp;tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp
fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231;
deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp
;&amp;tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp
;&amp;tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&amp;tRNA;2660052;19;comp
;&amp;tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&amp;tRNA;2660147;111;comp
;&amp;tRNA;303635;96;;;;&amp;tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp
;&amp;tRNA;303816;70;;;;&amp;tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp
fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95;
deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&amp;tRNA;2695547;16;
;&amp;tRNA;317454;109;;;;&amp;tRNA;2283792;81;comp;;;&amp;tRNA;2695638;7;
fin;°CDS;317640;;;;;&amp;tRNA;2283962;39;comp;;;&amp;tRNA;2695732;14;
deb;°CDS;373519;120;;;;&amp;tRNA;2284078;15;comp;;;&amp;tRNA;2695823;16;
;&amp;tRNA;375862;5;;;;&amp;tRNA;2284170;102;comp;;;&amp;tRNA;2695915;14;
;&amp;tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&amp;tRNA;2696006;12;
fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&amp;tRNA;2696095;30;
deb;°CDS;597419;47;;;;&amp;tRNA;2324879;167;comp;;;&amp;tRNA;2696202;90;
;&amp;tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;;
fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp
deb;°CDS;751446;73;comp;;;&amp;tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp
;&amp;tRNA;753064;16;comp;;;&amp;tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp
;&amp;tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163;
;&amp;tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233;
;&amp;tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;;
;&amp;tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143;
;&amp;tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&amp;tRNA;3083318;173;comp
;&amp;tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp
;&amp;tRNA;753721;40;comp;;;&amp;tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp
fin;°CDS;753837;;comp;;;&amp;tRNA;2583154;16;comp;;;&amp;tRNA;3087075;19;comp
deb;°CDS;833388;142;comp;;;&amp;tRNA;2583259;143;comp;;;&amp;tRNA;3087170;111;comp
;&amp;tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp
fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;;
&lt;/pre&gt;
====ant intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;66;;447;;29;31;'''deb;
;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;&lt;201;11
;;;110;;109;;66;41;total;14
;5;;120;;65;;73;65;taux;79%
;;;47;;208;;81;70;'''fin;
;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;&lt;201;12
;;;142;;93;;95;90;total;15
;;;93;;270;;110;93;taux;80%
;;;29;;99;;120;99;'''total;
;12;comp’;1;;117;;142;102;&lt;201;23
;33;;242;;73;;192;109;total;29
;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79%
;;comp’;12;;;;242;208;;
;45 16;;192;comp’;143;;349;270;;
;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls
;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100%
;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100%
;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100%
;;;;;;;155;-;;
;;;;;;;;;;
comp’+continu;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;15;13;28;;;;;;;
total;18;16;34;;;;;;;
%;83%;81%;82%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====ant par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;ant;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;;;;;;3;
16;moyen;2;12;;;2;8;24;
14;fort;2;24;2;;;;28;
; ;7;36;2;0;2;8;55;
10;g+cga;1;;;;;;1;
2;agg+cgg;;;;;;;0;
4;carre ccc;2;;;;;;2;
5;autres;;;;;;;0;
;;3;0;0;0;0;0;3;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;55;;;;;;55;26
16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324
14;fort;36;436;36;;;;509;650
;;127;655;36;0;36;145;55;729
10;g+cga;18;;;;;;18;10
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;36;;;;;;36;16
5;autres;;;;;;;;
;;55;0;0;0;0;0;55;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;67;;;67;26;;0;
16;moyen;44;267;;311;324;;33;
14;fort;44;533;44;622;650;;67;
;;156;800;44;45;729;;36;
10;g+cga;22;;;22;10;;;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;44;;;44;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;67;;;67;;;;
&lt;/pre&gt;

====epsilon, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;45
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45
11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4500
atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100
atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100
ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;
gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc;
tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100
cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100
gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300
ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100
atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg;
ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500
rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1
atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt;
gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0
gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est  13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100
;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676
&lt;/pre&gt;
===pub===
====pub opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;;
29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;;
Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;*
comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;;
comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;;
comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;*
comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;;
comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;*
comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;;
;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;*
;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;;
;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;*
comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;;
;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;*
;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;;
comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;*
comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;;
;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;
;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;*
;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;;
;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;*
;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;;
;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;;
;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;;
;513017..513092;;gca;;149;;;;;;;
;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;;
;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;;;;;;;;;
;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;;
;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;*
;;;;;;;;;;;;
;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;*
comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;;
comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;*
;;;;;;;;;;;;
comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;*
;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;;
comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;*
;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;;
;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;*
;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;;
;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;;
;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;*
;;;;;;;;;;;;
;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;*
;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;;
;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;*
comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;;
comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;;
;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;*
;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;;
comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;*
comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;;
;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;*
;;;;;;;;;;;;
comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;*
;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;;
;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;*
;;;;;;;;;;;;
;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;*
;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;;
;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;*
;;;;;;;;;;;;
;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;*
comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;;
;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;;
comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;*
comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;;
comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;;
;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;*
;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;;
comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;*
comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;;
comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;*
comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;;
comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;*
&lt;/pre&gt;

====pub cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]]
&lt;pre&gt;
pub cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11
;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8
;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11
;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7
;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6
;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2
;autres;;120;;;300;;120;;700;2
;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2
sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1
;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000;
;max a;2;200;;;500;;200;;1100;
;a doubles;0;;;;;;;1;;
;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50
total aas;;31;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299
;;;variance;22;0;;85;;61;;203
sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237
;;;variance;;;;55;;16;;134
&lt;/pre&gt;
====pub blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]]
&lt;pre&gt;
Blocs 16s pub;;;;
cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;*
16s;98;1475;;
atc;9;77;;
gca;149;76;;
23s;446;2754;;
cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;*
;;;;
cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;*
5s;13;115;;
cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;*
&lt;/pre&gt;

====pub distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;pub;;;;;;31
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;8;21;;;;2;31
;;1aa;1;11;9;;
;;&gt;1aa;1;2;5;;
distribution;scc;;min;inter;max;;29
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total
;13;;14;;2;;29
&lt;/pre&gt;
====pub données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;;
3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330;
5;2;20;15;51;2;11;58;-3;0;0;32;68;23s CDS;;
1;3;30;15;30;3;6;37;-4;43;80;22;75;446;;
;3;40;19;30;4;5;25;-5;1;1;7;5;5s CDS;;
;3;50;17;32;5;4;26;-6;1;1;26;2;52;;
;0;60;19;29;6;2;13;-7;1;2;2;101;13;;
2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;16s tRNA;;
1;1;80;15;14;8;2;13;-9;7;0;88;23;98;;
;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;tRNA 23s;;
3;0;100;7;9;10;0;8;-11;4;31;5;101;149;;
2;0;110;6;6;11;3;5;-12;3;1;6;19;tRNA tRNA;;intra
;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;9;;atc gca
1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;tRNA tRNA;;
1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;66;;atgi
1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;**;;gtc
;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;13;;gta
;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;**;;gac
;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;52;;aac
;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;**;;tgc
;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;46;;gga
;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;**;;tac
;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;;;
;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;;
;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;;
;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;;
;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;;
;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;;
;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;;
;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;;
;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;;
;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;;
;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;;
;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;;
;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;;
;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;;
;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;;
;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;;
;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;;
;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;;
;0;reste;4;4;reste;135;175;-42;0;0;;;;;
22;28;total;235;599;total;236;600;-43;1;0;;;;;
20;28;diagr;218;537;diagr;88;367;-44;0;1;;;;;
9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;222;92;13;327;;;-49;0;0;;;;;
;c;541;381;58;980;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;1386;;total;92;381;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pub autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;pub;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;9267;10214;4;*;
;;tmRNA;10219;10520;-2;*;
fin;comp;CDS;10519;10890;;0;
deb;comp;CDS;38328;38795;255;*;
;comp;ncRNA;39051;39405;42;*;
fin;comp;CDS;39448;40191;;;
deb;;CDS;41060;41653;20;*;
;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi
;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc
fin;comp;CDS;41900;43723;;;
deb;comp;CDS;114873;116147;3;*;
;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa
fin;comp;CDS;116257;117102;;0;
deb;comp;CDS;319204;319548;22;*;
;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc
fin;;CDS;319743;320384;;0;
deb;comp;CDS;407852;408448;68;*;
;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg
fin;;CDS;408609;410315;;;
deb;comp;CDS;414886;415407;26;*;
;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt
fin;;CDS;415586;416773;;;
deb;;CDS;438405;440213;2;*;
;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc
fin;comp;CDS;440311;441081;;;
deb;;CDS;461643;462362;2;*;
;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc
fin;;CDS;462540;462737;;;
deb;;CDS;466335;466550;5;*;
;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc
deb;;CDS;466720;466932;235;*;
;;tRNA;467168;467242;5;*;cac
fin;;CDS;467248;468645;;;
deb;comp;CDS;496262;498457;70;*;
;comp;regulatory;498528;498615;91;*;
fin;;CDS;498707;499813;;1;
deb;comp;CDS;509729;511027;330;*;
;;rRNA;511358;512832;98;*;1475
;;tRNA;512931;513007;9;*;atc
;;tRNA;513017;513092;149;*;gca
;;rRNA;513242;515995;446;*;2754
fin;;CDS;516442;516975;;;
deb;;CDS;563601;564479;52;*;
;;rRNA;564532;564646;13;*;115
fin;;CDS;564660;564785;;;
deb;;CDS;567715;568413;18;*;
;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf
fin;comp;CDS;568515;568709;;;
deb;comp;CDS;593396;594376;23;*;
;;tRNA;594400;594476;16;*;cga
fin;comp;CDS;594493;595425;;;
deb;;CDS;648881;649762;24;*;
;;regulatory;649787;649876;77;*;
fin;;CDS;649954;651060;;;
deb;comp;CDS;731869;732777;9;*;
;comp;regulatory;732787;732850;88;*;
fin;comp;CDS;732939;733529;;0;
deb;;CDS;785951;786466;32;*;
;;regulatory;786499;786587;-13;*;
fin;;CDS;786575;788023;;;
deb;comp;CDS;842772;843023;101;*;
;;tRNA;843125;843209;16;*;cta
fin;;CDS;843226;844659;;;
deb;;CDS;846722;849106;49;*;
;;tRNA;849156;849231;13;*;gta
;;tRNA;849245;849321;88;*;gac
fin;;CDS;849410;849778;;;
deb;;CDS;934654;936063;31;*;
;;tRNA;936095;936171;170;*;aga
fin;;CDS;936342;937382;;;
deb;;CDS;941232;942389;19;*;
;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac
;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc
fin;;CDS;942739;945366;;;
deb;;CDS;970015;971127;200;*;
;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa
fin;comp;CDS;971424;972251;;0;
deb;;CDS;975062;975328;0;*;
;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca
fin;;CDS;975511;976392;;;
deb;comp;CDS;985615;986127;93;*;
;;tRNA;986221;986297;4;*;cca
fin;;CDS;986302;986583;;;
deb;;CDS;988522;990216;50;*;
;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa
fin;;CDS;990365;990598;;;
deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*;
;;regulatory;1005818;1005886;4;*;
fin;;CDS;1005891;1007219;;1;
deb;;CDS;1029539;1031752;0;*;
;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc
fin;;CDS;1031913;1033166;;;
deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*;
;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg
deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*;
;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga
;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac
deb;;CDS;1087091;1087834;33;*;
;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca
deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*;
;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta
fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1;
deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*;
;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*;
deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*;
;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*;
fin;comp;CDS;1127719;1127925;;;
deb;;CDS;1165696;1166454;141;*;
;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj
fin;comp;CDS;1166737;1166964;;;
&lt;/pre&gt;

====pub intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;;
pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;'''frequence5
;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473
;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71
;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228
;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67
;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35
;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31
;'''total 1307;&lt;201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;'''frequence1;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;'''fréquence-1;30;16
73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26
999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23
1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33
537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16
1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23
1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25
193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15
398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13
408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17
762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12
1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10
338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14
997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7
334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9
675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8
1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4
627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9
1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8
79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7
807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6
58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5
1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5
761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1
782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5
612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2
351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5
838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3
744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2
166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4
625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1
164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6
217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1
1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4
798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1
422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1
288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1
560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0
262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3
469675;181;37;5;310;1;;;;225;2
832239;177;38;2;320;2;;;;230;1
939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0
;;40;3;340;1;;;;240;1
;;reste;308;350;0;;;;245;0
;;total;1307;360;1;;;;250;1
;;;;370;0;;;;255;1
;;;;380;0;;;;260;0
;;;;390;0;;;;265;0
;;;;400;0;;;;270;1
;;;;410;1;;;;275;0
;;;;420;0;;;;280;1
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1
817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0
410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0
1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0
474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1
682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0
1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0
1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2
584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0
707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0
802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1
1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0
279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0
1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0
928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0
803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1
1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0
429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0
992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8
1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&amp;-236;1732;-3869;256;559;245;min30
31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&amp;-48;403;-1093;97;945;280;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&amp;308;88;;221;poly;338;SF
31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&amp;117;36;-;580;poly;365;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc-
41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152
1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0
pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0
0;13;58;;0;60;108;&gt;0;222;0;13;58;;-4;43;80
10;39;256;;10;179;477;&lt;0;92;1;4;52;;-5;1;1
20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1
30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2
40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42
50;17;32;;50;78;60;&gt;0;541;5;4;26;;-9;7;0
60;19;29;;60;87;54;&lt;0;381;6;2;13;;-10;0;2
70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31
80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1
90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2
100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18
110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0
120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2
130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9
140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0
150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1
160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10
170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0
180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1
190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5
200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0
210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1
220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3
230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0
240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1
250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1
260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0
270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1
280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1
290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0
300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1
310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2
320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0
330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0
340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2
350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0
360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0
370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2
380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0
390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0
400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1
reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0
total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0
diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2
 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;0;3
;;;;;;;;;;;;;total;92;381
&lt;/pre&gt;

====pub  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90
continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92
;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381
&lt;/pre&gt;

====pub autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3;
deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200;
;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&amp;tRNA;971328;20;
fin;°CDS;10519;;comp;;;&amp;tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp
deb;°CDS;38328;255;comp;;;&amp;tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0;
;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&amp;tRNA;975329;92;comp
fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;;
deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp
;&amp;tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&amp;tRNA;986221;4;
;&amp;tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;;
fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50;
deb;°CDS;114873;3;comp;;;&amp;tRNA;568432;6;comp;;;&amp;tRNA;990267;23;
;&amp;tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;;
fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp
deb;°CDS;319204;22;comp;;;&amp;tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4;
;&amp;tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;;
fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0;
deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&amp;tRNA;1031753;68;comp
;&amp;tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;;
fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp
deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&amp;tRNA;1085433;7;comp
;&amp;tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp
fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&amp;tRNA;1086754;46;comp
deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&amp;tRNA;1086874;131;comp
;&amp;tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33;
fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&amp;tRNA;1087868;4;
deb;°CDS;461643;2;;;;&amp;tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp
;&amp;tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&amp;tRNA;1088732;79;comp
fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp
deb;°CDS;466335;5;;;;&amp;tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp
;&amp;tRNA;466556;88;;;;&amp;tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp
deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp
;&amp;tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp
fin;°CDS;467248;;;;;&amp;tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp
deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141;
;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&amp;tRNA;1166596;64;comp
fin;°CDS;498707;;;;;&amp;tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp
;;;;;;;&amp;tRNA;942537;128;comp;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====pub intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;;
;;;;;;;;;;
;66;comp’;20;;8;;2;4;deb;
;9;;3;;32;;3;5;&lt;201;13
;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14
comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93%
;46;;26;comp’;75;;19;7;fin;
;;;2;comp’;5;;22;8;&lt;201;14
;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14
;;;5;;88;;31;23;taux;100%
;;;235;;5;;33;32;total;
;;comp’;18;;6;;47;64;&lt;201;27
;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28
;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96%
;;;49;;88;;200;88;;
;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls
;;comp’;19;comp’;128;;0;4;;
;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11
;;comp’;0;comp’;92;;2;16;&lt;201;100%
;;comp’;93;;4;;18;20;;
;;;50;;23;;19;68;fin;11
;;comp’;0;comp’;68;;20;75;&lt;201;100%
;;;19;;7;;23;92;;
;;;47;comp’;131;;68;97;total;
;;;33;comp’;4;;93;101;&lt;201;22
;;;4;;79;;101;128;total;22
;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100%
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;
;;;deb;fin;total;;;;;
;;&lt;201;24;25;49;;;;;
;;total;25;25;50;;;;;
;;taux;96%;100%;98%;;;;;
&lt;/pre&gt;

==actino==
===Actinoplanes sp. SE50/110===
====ase opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;;
71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;;
;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;;
;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;;
;13790..13862;;gca;;202;202;;;;;
comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;;
;;;;;;;;;;;
;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;;
;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;;
;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;;
;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;;
comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;;
;;;;;;;;;;;
comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;;
comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;;
;46588..47385;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;;
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;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;;
;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;;
;574910..576340;;CDS;;;;;;477;;
;;;;;;;;;;;
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comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;;
comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;;
comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;;
comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;;
comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;;
;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;;
;165134..166444;;CDS;;;;;;437;;
;;;;;;;;;;;
comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;;
;458877..458950;;acg;;74;74;;;;;
comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;;
;;;;;;;;;;;
;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;;
;628439..628515;;gac;;5;5;;;;;
comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;;
;;;;;;;;;;;
;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;;
;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;;
comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;;
;;;;;;;;;;;
;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;;
comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;;
;749000..749491;;CDS;;;;;;164;;
;;;;;;;;;;;
;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;;
;754798..754873;;acc;;44;;44;;;;
;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;;
;755129..755296;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;;
;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;;
;756480..756857;;CDS;;;;;;126;;
;;;;;;;;;;;
;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;;
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;942364..943218;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;;
comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;;
comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;;
;;;;;;;;;;;
;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;;
comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;;
comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;;
;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;;
comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;;
;;;;;;;;;;;
comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;;
;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;;
;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;;
comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;;
;;;;;;;;;;;
;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;;
comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;;
comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;;
;;;;;;;;;;;
comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;;
comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;;
;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;;
;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;;
;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;;
;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;;
;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;;
comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;;
;;;;;;;;;;;
comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;;
;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;;
;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;;
;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;;
&lt; comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;;
;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;;
&lt;&gt;;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;;
;;;;;;;;;;;
comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;;
comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;;
;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;;
comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;;
;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;;
;;;;;;;;;;;
comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;;
;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;;
;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;;
;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;;
comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;;
;;;;;;;;;;;
comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;;
comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;;
comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;;
comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;;
comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;;
comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;;
;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;;
;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;;
comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;;
;;;;;;;;;;;
;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;;
comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;;
comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;;
comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;;
comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;;
comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;;
comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;;
comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;;
comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;;
comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;;
comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;;
;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;;
;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;;
;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;;
;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;;
;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;;
;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;;
;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;;
;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;;
;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;;
;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;;
;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;;
;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;;
;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;;
;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;;
;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;;
;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;;
;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;;
;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;;
;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;;
;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;;
;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;;
;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;;
;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;;
;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;;
;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;;
;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;;
;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;;
;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;;
;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;;
;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;;
;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;;
comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;;
;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;;
;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;;
;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;;
comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;;
comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;;
;;;;;;;;;;;
comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;;
comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;;
comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;;
comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;;
comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;;
;;;;;;;;;;;
;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;;
comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;;
comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;;
;;;;;;;;;;;
;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;;
comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;;
comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;;
comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;;
comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;;
;;;;;;;;;;;
;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;;
comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;;
comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;;
;;;;;;;;;;;
;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;;
comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;;
comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;;
comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;;
;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;;
;;;;;;;;;;;
;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;;
comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;;
comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;;
comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;;
comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;;
;;;;;;;;;;;
;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;;
;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;;
comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;;
comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;;
comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;;
;;;;;;;;;;;
comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;;
comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;;
comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;;
;;;;;;;;;;;
comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;;
comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;;
comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;;
;;;;;;;;;;;
;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;;
comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;;
comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;;
;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;;
comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;;
;;;;;;;;;;;
;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;;
;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;;
comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;;
;;;;;;;;;;;
comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;;
comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;;
;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;;
comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;;
;;;;;;;;;;;
;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;;
comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;;
;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;;
;;;;;;;;;;;
;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;;
comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;;
comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;;
;;;;;;;;;;;
comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;;
comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;;
comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;;
;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;;
;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;;
comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;;
&lt;/pre&gt;

====ase cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]]
&lt;pre&gt;
ase cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1
;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1
;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3
;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10
;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9
;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8
;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8
;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5
sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5
;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4
;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43
;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103
total aas;;98;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;;
;;;variance;98;;;206;;;;173;;
sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179
;;;variance;21;;;104;;;;111;;62
&lt;/pre&gt;

====ase blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]]
&lt;pre&gt;
ase blocs;;;;;;
CDS;556;454;492;125;586;72
16s;308;1524;308;1523;307;1523
23s;99;3109;108;3109;99;3109
5s;134;117;245;117;122;117
CDS;;349;;477;;266
;;;;;;
CDS;794;207;531;419;800;209
16s;315;1523;307;1523;315;1523
23s;98;3106;170;3108;169;3108
5s;247;117;174;117;83;117
CDS;;146;;162;;773
&lt;/pre&gt;
====ase remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]]
====ase distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;;245;;atc;97;;cgt
1;3;20;93;279;2;5;59;-3;0;0;387;185;491;793;;**;;gca;14;;aag
;2;30;92;196;3;23;38;-4;91;885;151;74;530;;;15;;ttc;11;;aga
1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;595;8;799;;;62;;gac;1;;aaa
1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;338;459;16s 23s;;;**;;gaa;1;;atgf
1;3;60;130;183;6;12;28;-7;11;18;92;430;2* 345;;;47;;acc;1;;gtc
2;1;70;137;193;7;12;31;-8;6;71;274;148;2* 344;;;**;;atgj;5;;gaa
2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;434;262;2* 352;;;118;;aag;44;;aac
;2;90;104;171;9;17;53;-10;4;9;817;54;23s 5s;;;**;;aag;1;;tcc
1;3;100;101;126;10;12;67;-11;17;22;42;132;2* 105;;;-;130;gga;2;;gtg
1;1;110;95;122;11;9;49;-12;5;0;1343;-12;114;;;**;;cca;96;;cac
2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;94;296;100;;;29;;tgc;**;;other
;0;130;96;96;13;8;33;-14;18;12;138;217;176;;;**;;gcg;152;;ctg
5;2;140;89;88;14;5;26;-15;11;1;79;827;175;;;20;;ctc;**;;gca
1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;103;131;5s CDS;;;**;;tac;18;;gtc
1;1;160;73;82;16;17;28;-17;12;6;55;19;245;377;;9;;cgg;38;;tgc
1;0;170;66;71;17;6;23;-18;4;0;221;151;983;122;;17;;cca;**;;ggc
1;2;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;203;278;;247;;5;;agc;532;;gag
1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;89;32;;83;;4;;ctg;57;;gag
;0;200;65;58;20;8;35;-21;1;0;244;104;;;;11;;cag;**;;cag
2;1;210;55;45;21;15;20;-22;2;3;91;43;tRNA CDS;suite;;4;;ggc;40;;cgt
1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;13;411;34;77;;3;;cgt;**;;agc
;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;373;69;35;1017;;43;;gcc;;;
;0;240;39;37;24;10;14;-25;1;5;38;167;412;;;**;;tgg;;;
;1;250;41;48;25;11;18;-26;8;5;315;136;380;;;199;;tgg;;;
1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;47;136;113;;;157;;ggg;;;
1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;38;112;178;;;64;;gcc;;;
2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;1132;546;51;;;81;;gag;;;
;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;362;419;55;;;141;;gga;;;
1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;19;64;116;;;144;;caa;;;
;0;310;31;21;31;1;22;-32;7;4;19;136;451;;;1;;ttg;;;
;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;23;175;65;;;5;;acc;;;
1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;31;204;135;;;**;;ggc;;;
;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;22;273;296;;;110;;cag;;;
;1;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;409;91;599;;;4;;ctc;;;
;0;360;24;19;36;7;19;-37;1;2;345;116;71;;;1;;acg;;;
;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;317;329;81;;;5;;ctg;;;
;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;699;408;37;;;30;;gcg;;;
;1;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;;171;;;5;;gac;;;
;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;;190;;;1;;agc;;;
8;11;reste;259;295;reste;2268;2688;-42;2;0;;;370;;;**;;atc;;;
41;60;total;2679;3866;total;2679;3866;-43;2;1;;;524;;;;;;;;
32;49;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;
2;5; t30;326;939;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;
;x;2657;352;22;3031;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;
;c;3853;1300;13;5166;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;
;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;
;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ase autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ase;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;12497;78;;
;tRNA;13471;245;;atc
;tRNA;13790;202;;gca
fin;CDS;14065;;comp;
deb;CDS;45153;279;comp;
;tRNA;46248;257;comp;ctg
fin;CDS;46588;;;
deb;CDS;65469;387;comp;
;tRNA;66711;151;comp;ggg
fin;CDS;66936;;comp;
deb;CDS;145264;595;comp;
;tRNA;146168;15;comp;ttc
;tRNA;146260;62;comp;gac
;tRNA;146396;338;comp;gaa
fin;CDS;146807;;comp;
deb;CDS;153733;555;;
;rRNA;155650;345;;16s
;rRNA;157512;105;;23s
;rRNA;160691;377;;5s
fin;CDS;161185;;comp;
deb;CDS;164168;92;;
;tRNA;164809;274;;aaa
fin;CDS;165158;;;
deb;CDS;261106;434;;
;tRNA;262062;817;;aaa
fin;CDS;262948;;;
deb;CDS;457033;185;comp;
;tRNA;458877;74;;acg
fin;CDS;459025;;comp;
deb;CDS;568633;491;;
;rRNA;569499;345;;16s
;rRNA;571360;114;;23s
;rRNA;574548;245;;5s
fin;CDS;574910;;;
deb;CDS;627485;42;;
;tRNA;628439;8;;gac
fin;CDS;628521;;comp;
deb;CDS;643285;1343;;
;tRNA;645777;459;;agg
fin;CDS;646309;;comp;
deb;CDS;747348;430;;
;tRNA;748768;148;comp;tac
fin;CDS;749000;;;
deb;CDS;752175;94;;
;tRNA;754798;47;;acc
;tRNA;754918;138;;atgj
fin;CDS;755129;;;
deb;CDS;755829;79;;
;tRNA;756304;103;;tgg
fin;CDS;756480;;;
deb;CDS;940643;55;;
;tRNA;942060;221;;tta
fin;CDS;942364;;;
deb;CDS;1120784;33;;
;tmRNA;1121477;553;;
fin;CDS;1122412;;comp;
deb;CDS;1155560;203;comp;
;tRNA;1156105;89;comp;gcc
fin;CDS;1156267;;comp;
deb;CDS;1222705;262;;
;tRNA;1223897;244;comp;cta
fin;CDS;1224225;;comp;
deb;CDS;1237525;91;;
;tRNA;1238207;54;;cac
fin;CDS;1238337;;comp;
deb;CDS;1248040;132;comp;
;tRNA;1249399;118;;aag
;tRNA;1249593;-12;;aag
fin;CDS;1249654;;comp;
deb;CDS;1335812;296;;
;tRNA;1336393;13;comp;aga
fin;CDS;1336479;;comp;
deb;CDS;1399552;373;comp;
;tRNA;1400450;130;comp;gga
;tRNA;1400651;38;;cca
fin;CDS;1400763;;;
deb;CDS;1406634;585;comp;
;rRNA;1407435;344;;16s
;rRNA;1409295;105;;23s
;rRNA;1412474;122;;5s
fin;CDS;1412713;;comp;
deb;CDS;1519931;217;comp;
;tRNA;1520472;315;;aac
fin;CDS;1520860;;;
deb;CDS;1522138;47;;
;tRNA;1522359;827;;atgi
fin;CDS;1523260;;comp;
deb;CDS;1604562;38;;
;tRNA;1605065;1132;;gta
fin;CDS;1606269;;;
deb;CDS;1618796;261;comp;
;ncRNA;1619690;61;comp;
fin;CDS;1620155;;;
deb;CDS;1935668;362;comp;
;tRNA;1936828;131;comp;ttg
fin;CDS;1937036;;;
deb;CDS;2434657;19;;
;tRNA;2435579;151;comp;ctc
fin;CDS;2435813;;;
deb;CDS;2570204;793;comp;
;rRNA;2571618;352;;16s
;rRNA;2573486;100;;23s
;rRNA;2576661;247;;5s
fin;CDS;2577025;;comp;
deb;CDS;4900233;19;comp;
;tRNA;4901800;29;comp;tgc
;tRNA;4901908;19;comp;gcg
deb;CDS;4902001;23;comp;
;tRNA;4902345;31;comp;gac
fin;CDS;4902449;;comp;
deb;CDS;4989030;22;;
;tRNA;4989784;278;;other
fin;CDS;4990157;;comp;
deb;CDS;5443888;409;;
;tRNA;5444936;20;;ctc
;tRNA;5445030;32;;tac
fin;CDS;5445144;;comp;
deb;CDS;6208479;104;;
;tRNA;6209594;9;comp;cgg
;tRNA;6209676;17;comp;cca
;tRNA;6209767;5;comp;agc
;tRNA;6209865;4;comp;ctg
;tRNA;6209944;11;comp;cag
;tRNA;6210027;4;comp;ggc
;tRNA;6210105;3;comp;cgt
;tRNA;6210181;43;comp;gcc
;tRNA;6210298;345;comp;tgg
fin;CDS;6210715;;comp;
deb;CDS;6288256;317;comp;
;tRNA;6290910;43;comp;tga
fin;CDS;6291049;;;
deb;CDS;6397947;699;;
;tRNA;6399123;199;;tgg
;tRNA;6399396;157;;ggg
;tRNA;6399626;64;;gcc
;tRNA;6399763;81;;gag
;tRNA;6399916;141;;gga
;tRNA;6400131;144;;caa
;tRNA;6400352;1;;ttg
;tRNA;6400428;5;;acc
;tRNA;6400506;34;;ggc
deb;CDS;6400612;35;;
;tRNA;6401091;110;;cag
;tRNA;6401274;4;;ctc
;tRNA;6401352;1;;acg
;tRNA;6401429;5;;ctg
;tRNA;6401509;30;;gcg
;tRNA;6401615;5;;gac
;tRNA;6401692;1;;agc
;tRNA;6401781;6;;atc
;ncRNA;6401861;7;;
;tRNA;6402235;97;;cgt
;tRNA;6402407;14;;aag
;tRNA;6402492;11;;aga
;tRNA;6402577;1;;aaa
;tRNA;6402652;1;;atgf
;tRNA;6402729;1;;gtc
;tRNA;6402806;5;;gaa
;tRNA;6402885;44;;aac
;tRNA;6403003;1;;tcc
;tRNA;6403090;2;;gtg
;tRNA;6403166;96;;cac
;tRNA;6403333;411;;other
fin;CDS;6403817;;comp;
deb;CDS;6543191;412;;
;tRNA;6544032;152;;ctg
;tRNA;6544259;380;;gca
deb;CDS;6544712;113;;
;tRNA;6546031;178;;gac
fin;CDS;6546284;;;
deb;CDS;6934653;69;;
;tRNA;6935889;51;comp;ccc
fin;CDS;6936014;;comp;
deb;CDS;6991353;983;comp;
;rRNA;6992612;176;comp;5s
;rRNA;6992905;344;comp;23s
;rRNA;6996322;530;comp;16s
fin;CDS;6998368;;comp;
deb;CDS;7455514;167;;
;tRNA;7456776;55;comp;gtg
fin;CDS;7456903;;comp;
deb;CDS;7481701;83;;
;rRNA;7484073;175;comp;5s
;rRNA;7484365;352;comp;23s
;rRNA;7487790;799;comp;16s
fin;CDS;7490105;;comp;
deb;CDS;7670534;136;;
;tRNA;7671789;18;comp;gtc
;tRNA;7671882;38;comp;tgc
;tRNA;7671991;116;comp;ggc
fin;CDS;7672180;;comp;
deb;CDS;7710075;136;;
;tRNA;7711330;28;comp;gtc
;tRNA;7711433;38;comp;tgc
;tRNA;7711542;112;comp;ggc
fin;CDS;7711727;;;
deb;CDS;8111157;546;;
;tRNA;8112390;532;comp;gag
;tRNA;8112998;57;comp;gag
;tRNA;8113128;451;comp;cag
fin;CDS;8113651;;comp;
deb;CDS;8275151;65;;
;tRNA;8275876;419;;cgg
fin;CDS;8276367;;comp;
deb;CDS;8391343;135;comp;
;tRNA;8392786;296;comp;atgf
fin;CDS;8393159;;comp;
deb;CDS;8397029;599;comp;
;tRNA;8399713;71;comp;atgf
fin;CDS;8399858;;comp;
deb;CDS;8601686;81;comp;
;tRNA;8603210;37;comp;caa
fin;CDS;8603318;;comp;
deb;CDS;8623005;64;;
;tRNA;8623795;171;comp;gcg
fin;CDS;8624043;;comp;
deb;CDS;8821061;136;comp;
;tRNA;8822283;175;;aca
fin;CDS;8822532;;comp;
deb;CDS;8945870;190;;
;tRNA;8946954;204;;ccg
fin;CDS;8947235;;comp;
deb;CDS;8963177;104;comp;
;ncRNA;8966809;83;comp;
;tRNA;8966988;273;;tcc
fin;CDS;8967346;;comp;
deb;CDS;8969168;91;;
;tRNA;8969592;116;comp;tcg
fin;CDS;8969798;;;
deb;CDS;9077764;329;;
;tRNA;9079185;370;comp;cgt
fin;CDS;9079627;;comp;
deb;CDS;9084051;524;comp;
;tRNA;9087239;40;comp;cgt
;tRNA;9087352;408;comp;agc
fin;CDS;9087851;;;
deb;CDS;9100587;77;comp;
;tRNA;9101627;1017;;tca
fin;CDS;9102729;;comp;
&lt;/pre&gt;

====ase intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;;
ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9
;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10
;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11
;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9
;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8
;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5
;'''total 8197;&lt;201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7
3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2
5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3
9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4
5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4
6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4
2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5
7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6
355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4
6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5
744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3
7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4
713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5
56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3
7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5
1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3
6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5
3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3
6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1
7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4
4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4
3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4
1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1
8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1
8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1
5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1
1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1
9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2
3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0
1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7
6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0
3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3
6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4
8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0
5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1
204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1
6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2
;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3
;;36;26;300;51;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequence5;220;40;1060;2
;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0
;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0
;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3
;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0
;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1
;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1
;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1
;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0
1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0
1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0
3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2
5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1
2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1
7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42
2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197
3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;;
1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;;
1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;;
2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;;
5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;;
4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;;
5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;;
3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;;
5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;;
6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;;
9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;;
594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;;
6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;;
323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;;
1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;;
5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;;
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations;;;;;;;;;;;;;;
ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&amp;-43;352;-987;104;910;273;min50
31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&amp;-18;182;-637;85;976;337;2 parties
droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste; -;R2;note;R2’;
1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&amp;184;63; -;694;poly;216;SF
31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&amp;141;51; -;827;poly;149;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;;
41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;;
1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;
ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu
0;22;13;0;22;13;;0;9;4;&gt;0;2657;;-1;0;168;-51;3;0
10;141;464;1;20;60;;10;59;130;&lt;0;352;;-2;18;0;-52;0;3
20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0
30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0
40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1
50;101;178;5;10;43;;50;42;50;&gt;0;3853;;-6;2;0;-56;4;0
60;130;183;6;12;28;;60;54;51;&lt;0;1300;;-7;11;18;-57;1;0
70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0
80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2
90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0
100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0
110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0
120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0
130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0
140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0
150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0
160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1
170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0
180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0
190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2
200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0
210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0
220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0
230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1
240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0
250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1
260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0
270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0
280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1
290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0
300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0
310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1
320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0
330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0
340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0
350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1
360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0
370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0
380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1
390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0
400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1
reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0
total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0
diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2
 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1
 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7
;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28
&lt;/pre&gt;

====ase  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;
comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49
continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total
;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53
;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28
&lt;/pre&gt;

====ase autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412;
;&amp;tRNA;13471;245;;;;&amp;tRNA;1520472;315;;;;&amp;tRNA;6544032;152;
;&amp;tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&amp;tRNA;6544259;380;
fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113;
deb;°CDS;45153;279;comp;;;&amp;tRNA;1522359;827;;;;&amp;tRNA;6546031;178;
;&amp;tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;;
fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69;
deb;°CDS;65469;387;comp;;;&amp;tRNA;1605065;1132;;;;&amp;tRNA;6935889;51;comp
;&amp;tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp
fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp
deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp
;&amp;tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp
;&amp;tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp
;&amp;tRNA;146396;338;comp;;;&amp;tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp
fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167;
deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&amp;tRNA;7456776;55;comp
;$rRNA;155650;345;;;;&amp;tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp
;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83;
;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp
fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp
deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp
;&amp;tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp
fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136;
deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&amp;tRNA;7671789;18;comp
;&amp;tRNA;262062;817;;;;&amp;tRNA;4901800;29;comp;;;&amp;tRNA;7671882;38;comp
fin;°CDS;262948;;;;;&amp;tRNA;4901908;19;comp;;;&amp;tRNA;7671991;116;comp
deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp
;&amp;tRNA;458877;74;;;;&amp;tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136;
fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&amp;tRNA;7711330;28;comp
deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&amp;tRNA;7711433;38;comp
;$rRNA;569499;345;;;;&amp;tRNA;4989784;278;;;;&amp;tRNA;7711542;112;comp
;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;;
;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546;
fin;°CDS;574910;;;;;&amp;tRNA;5444936;20;;;;&amp;tRNA;8112390;532;comp
deb;°CDS;627485;42;;;;&amp;tRNA;5445030;32;;;;&amp;tRNA;8112998;57;comp
;&amp;tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&amp;tRNA;8113128;451;comp
fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp
deb;°CDS;643285;1343;;;;&amp;tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65;
;&amp;tRNA;645777;459;;;;&amp;tRNA;6209676;17;comp;;;&amp;tRNA;8275876;419;
fin;°CDS;646309;;comp;;;&amp;tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp
deb;°CDS;747348;430;;;;&amp;tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp
;&amp;tRNA;748768;148;comp;;;&amp;tRNA;6209944;11;comp;;;&amp;tRNA;8392786;296;comp
fin;°CDS;749000;;;;;&amp;tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp
deb;°CDS;752175;94;;;;&amp;tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp
;&amp;tRNA;754798;47;;;;&amp;tRNA;6210181;43;comp;;;&amp;tRNA;8399713;71;comp
;&amp;tRNA;754918;138;;;;&amp;tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp
fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp
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;&amp;tRNA;756304;103;;;;&amp;tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp
fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64;
deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&amp;tRNA;8623795;171;comp
;&amp;tRNA;942060;221;;;;&amp;tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp
fin;°CDS;942364;;;;;&amp;tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp
deb;°CDS;1120784;33;;;;&amp;tRNA;6399626;64;;;;&amp;tRNA;8822283;175;
;tmRNA;1121477;553;;;;&amp;tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp
fin;°CDS;1122412;;comp;;;&amp;tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190;
deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&amp;tRNA;6400131;144;;;;&amp;tRNA;8946954;204;
;&amp;tRNA;1156105;89;comp;;;&amp;tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp
fin;°CDS;1156267;;comp;;;&amp;tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp
deb;°CDS;1222705;262;;;;&amp;tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp
;&amp;tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&amp;tRNA;8966988;273;
fin;°CDS;1224225;;comp;;;&amp;tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp
deb;°CDS;1237525;91;;;;&amp;tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91;
;&amp;tRNA;1238207;54;;;;&amp;tRNA;6401352;1;;;;&amp;tRNA;8969592;116;comp
fin;°CDS;1238337;;comp;;;&amp;tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;;
deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&amp;tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329;
;&amp;tRNA;1249399;118;;;;&amp;tRNA;6401615;5;;;;&amp;tRNA;9079185;370;comp
;&amp;tRNA;1249593;-12;;;;&amp;tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp
fin;°CDS;1249654;;comp;;;&amp;tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp
deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&amp;tRNA;9087239;40;comp
;&amp;tRNA;1336393;13;comp;;;&amp;tRNA;6402235;97;;;;&amp;tRNA;9087352;408;comp
fin;°CDS;1336479;;comp;;;&amp;tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;;
deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&amp;tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp
;&amp;tRNA;1400450;130;comp;;;&amp;tRNA;6402577;1;;;;&amp;tRNA;9101627;1017;
;&amp;tRNA;1400651;38;;;;&amp;tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp
fin;°CDS;1400763;;;;;&amp;tRNA;6402729;1;;;;;;;
deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&amp;tRNA;6402806;5;;;;;;;
;$rRNA;1407435;344;;;;&amp;tRNA;6402885;44;;;;;;;
;$rRNA;1409295;105;;;;&amp;tRNA;6403003;1;;;;;;;
;$rRNA;1412474;122;;;;&amp;tRNA;6403090;2;;;;;;;
fin;°CDS;1412713;;comp;;;&amp;tRNA;6403166;96;;;;;;;
;;;;;;;&amp;tRNA;6403333;411;;;;;;;
;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====ase intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;245;;78;comp’;202;;19;13;;
;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb;
;;;387;;151;;23;31;&lt;201;18
;15;;595;;338;;35;34;total;32
;62;;;;;;38;37;taux;56%
;;;92;;274;;42;38;;
;;;434;;817;;47;51;'''fin;
;;comp’;185;comp’;74;;55;55;&lt;201;16
;;;42;comp’;8;;65;71;total;28
;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57%
;;comp’;430;comp’;148;;79;103;;
;47;;94;;138;;81;116;'''total;
;;;79;;103;;91;138;&lt;201;34
;;;55;;221;;92;151;total;60
;;;203;;89;;94;171;taux;57%
;;comp’;262;;244;;113;178;;
;;;91;comp’;54;;135;221;;
;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;;
;;comp’;296;;13;;203;274;;
comp’;130;;373;;38;;279;296;;
;;comp’;217;;315;;317;315;;
;;;47;comp’;827;;362;338;;
;;;38;;1132;;373;345;;
;;;362;comp’;131;;387;370;;
;;comp’;19;comp’;151;;409;380;;
;29;;19;;19;;412;451;;
;;;23;;31;;434;817;;
;;;22;comp’;278;;524;1132;;
;20;;409;comp’;32;;595;'''-;;
5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;;
3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;;
;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls
8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;;
7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb;
11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;&lt;201;12
;152;;412;;380;;77;43;total;18
;;;113;;178;;91;54;taux;67%
;;comp’;69;;51;;104;74;;
;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin;
;18 38;comp’;136;;116;;136;116;&lt;201;12
;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23
;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34%
;;;65;comp’;419;;167;151;;
;;;135;;296;;185;175;'''total;
;;;599;;71;;217;202;&lt;201;24
;;;81;;37;;262;204;total;41
;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59%
;;comp’;136;comp’;175;;329;273;;
;;;190;comp’;204;;430;278;;
;;;;comp’;273;;546;408;;
;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;;
;;comp’;329;;370;;'''-;419;;
;40;;524;comp’;408;;'''-;459;;
;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;;
;;;;;;;'''-;1017;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;30;28;58;;;;;;;
total;50;51;101;;;;;;;
taux;60%;55%;57%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===blo===
====blo opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;;
60%GC;30.6.19 Paris;16s  4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires
;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;;
;115187..115260;;val;gta;;
;;;;;;
;159243..160772;;16s;;@1;430
;161203..164268;;23s;;;168
;164437..164556;;5s;;;
;;;;;;
comp;207382..207457;;tgg;tgg;;
;;;;;;
comp;382849..382924;;aac;aac;+;43
comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac;
;;;;;;
comp;440078..440150;;aac;aac;;
;;;;;;
;503549..503624;;gly;ggc;+;24
;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41
;503761..503835;;val;gtc;;45
;503881..503953;;val;gtg;;31
;503985..504060;;gly;ggc;;
;;;;;;
;521008..521084;;pro;ccc;;
;;;;;;
;648764..648851;;leu;ctc;;
;;;;;;
comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29
comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt;
;;;;;;
;775646..775716;;gln;caa;;
;;;;;;
;778709..778784;;ala;gcc;+;86
;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc;
;;;;;;
;793729..793805;;pro;cca;;
;;;;;;
comp;804390..804463;;leu;ttg;;
;;;;;;
comp;841055..841136;;leu;tta;;
;;;;;;
;937056..937131;;cac;cac;;
;;;;;;
comp;981177..981253;;arg;aga;;
;;;;;;
;1202433..1202505;;thr;acg;;87
;1202593..1202676;;leu;cta;;
;;;;;;
;1208139..1208211;;thr;acg;;
;;;;;;
comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48
comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46
comp;1264632..1264704;;gly;ggc;;
;;;;;;
comp;1280591..1280666;;arg;cgg;;
;;;;;;
;1295466..1295542;;atg;atgf;;
;;;;;;
comp;1350001..1350074;;lys;aag;;
;;;;;;
comp;1388875..1388950;;lys;aaa;;
;;;;;;
;1410594..1410681;;ser;tcc;;
;;;;;;
comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36
comp;1424904..1424979;;glu;gag;;
;;;;;;
comp;1524142..1524215;;gly;ggg;;
;;;;;;
;1534802..1534887;;leu;ctg;;
;;;;;;
;1606163..1606236;;ile;atc;;42
;1606279..1606351;;ala;gca;;
;;;;;;
comp;1646835..1646911;;thr;aca;;
;;;;;;
;1705902..1707431;;16s;;;429
;1707861..1710926;;23s;;;168
;1711095..1711215;;5s;;;
;;;;;;
;1712083..1713614;;16s;;;422
;1714037..1717102;;23s;;;168
;1717271..1717390;;5s;;;
;;;;;;
;1769952..1770027;;ala;gcg;;
;;;;;;
;1905665..1905740;;tgg;tgg;;
;;;;;;
;1908902..1910431;;16s;;;428
;1910860..1913926;;23s;;;168
;1914095..1914214;;5s;;;
;;;;;;
;1936132..1936205;;gly;gga;;
;;;;;;
;1971396..1971477;;tac;tac;;1
;1971479..1971550;;thr;acc;;4
;1971555..1971631;;atg;atgj;;
;;;;;;
;1979312..1979401;;ser;agc;;
;;;;;;
;2016025..2016112;;ser;tcg;;
;;;;;;
;2047072..2047159;;ser;tca;;
;;;;;;
comp;2068637..2068713;;pro;ccg;;
;;;;;;
comp;2085402..2085473;;glu;gaa;;
;;;;;;
;2087969..2088042;;gac;gac;;47
;2088090..2088165;;ttc;ttc;;
;;;;;;
;2110850..2110926;;gac;gac;;
;;;;;;
;2130626..2130699;;atg;atgi;;
;;;;;;
;2171440..2171512;;arg;agg;;
&lt;/pre&gt;

====blo cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]]
&lt;pre&gt;
blo cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;4;1;1;-
;16 23 5s 0;4;20;1;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;7;
;max a;0;80;0;
;a doubles;0;100;2;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;41;160;0;
;1 aa;31;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;4;;0;
;total aas;55;;15;0
total aas;;55;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;41;
;;;variance;24;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;16;
&lt;/pre&gt;

====blo blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]]
&lt;pre&gt;
blo blocs;;;;
16s;430;1530;422;1532
23s;168;3066;168;3066
5s;;120;;120
;;;;
16s;429;1530;428;1530
23s;168;3066;168;3067
5s;;121;;120
&lt;/pre&gt;
====blo remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]]

====blo distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====blo données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;aa
2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;
;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;
;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;
;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s 16s;;
;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;866;;
;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;16s 23s;;
;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;432;;
1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;3* 431;;
1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;23s 5s;;
;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;4* 170;;
2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;5s CDS;;
;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;375;188;
;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;251;
;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;tRNA tRNA;;
;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;43;;aac
;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;**;;aac
1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;27;;ggc
1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;41;;tgc
1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;48;;gtc
1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;31;;gtg
1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;**;;ggc
3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;29;;cgt
1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;**;;cgt
;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;89;;gcc
;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;**;;gcc
;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;87;;acg
1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;**;;cta
;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;48;;gtg
;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;46;;gtc
2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;**;;ggc
;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;39;;cag
1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;**;;gag
;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;42;;atc
;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;**;;gca
2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;1;;tac
;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;4;;acc
1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;**;;atgj
;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;47;;gac
;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;**;;ttc
;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;
;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;
4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;
26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;
20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;
0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;
;;;;;;;;-46;;0;327;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;
;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;
;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;
;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;
;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;
;;;;;;;;;;;422;;;;
;;;;;;;;;;;117;;;;
;;;;;;;;;;;137;;;;
;;;;;;;;;;;156;;;;
&lt;/pre&gt;
=====blo autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;blo;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;54774;6;comp;
;regulatory;55434;84;comp;
fin;CDS;55670;;;
deb;CDS;114598;163;;
;tRNA;115187;231;;gta
fin;CDS;115492;;;
deb;CDS;139965;-10;comp;
;regulatory;140900;336;comp;
fin;CDS;141345;;;
deb;CDS;158126;618;;
;rRNA;159245;432;;16s
;rRNA;161203;170;;23s
;rRNA;164439;188;;5s
fin;CDS;164744;;comp;
deb;CDS;205431;187;;
;tmRNA;206548;238;;
deb;CDS;207183;-17;comp;
;tRNA;207388;154;comp;tgg
fin;CDS;207612;;comp;
deb;CDS;327271;8;;
;ncRNA;327873;493;comp;
fin;CDS;328741;;;
deb;CDS;381615;190;;
;tRNA;382849;43;comp;aac
;tRNA;382968;284;comp;aac
fin;CDS;383325;;;
deb;CDS;439838;-39;;
;tRNA;440078;558;comp;aac
fin;CDS;440709;;;
deb;CDS;502556;159;comp;
;tRNA;503549;27;;ggc
;tRNA;503649;41;;tgc
;tRNA;503761;48;;gtc
;tRNA;503881;31;;gtg
;tRNA;503985;148;;ggc
fin;CDS;504209;;;
deb;CDS;518814;64;;
;tRNA;521008;216;;ccc
fin;CDS;521298;;;
deb;CDS;647871;95;comp;
;tRNA;648764;60;;ctc
fin;CDS;648912;;;
deb;CDS;745690;187;comp;
;tRNA;747296;29;comp;cgt
;tRNA;747399;117;comp;cgt
fin;CDS;747590;;comp;
deb;CDS;774507;116;;
;tRNA;775646;94;;caa
fin;CDS;775811;;;
deb;CDS;777792;218;;
;tRNA;778709;89;;gcc
;tRNA;778871;206;;gcc
fin;CDS;779150;;;
deb;CDS;790385;272;;
;tRNA;793729;467;;cca
fin;CDS;794270;;;
deb;CDS;803537;67;comp;
;tRNA;804390;204;comp;ttg
fin;CDS;804668;;;
deb;CDS;840296;192;comp;
;tRNA;841058;158;comp;tta
fin;CDS;841295;;comp;
deb;CDS;884674;174;comp;
;regulatory;885043;70;comp;
fin;CDS;885217;;comp;
deb;CDS;902480;104;comp;
;regulatory;903184;90;comp;
fin;CDS;903379;;comp;
deb;CDS;935658;336;comp;
;tRNA;937056;149;;cac
fin;CDS;937281;;;
deb;CDS;980173;251;comp;
;tRNA;981180;76;comp;aga
fin;CDS;981330;;;
deb;CDS;1200444;288;comp;
;tRNA;1202433;87;;acg
;tRNA;1202593;192;;cta
fin;CDS;1202866;;;
deb;CDS;1206664;206;comp;
;tRNA;1208139;167;;acg
fin;CDS;1208379;;comp;
deb;CDS;1263240;256;comp;
;tRNA;1264393;48;comp;gtg
;tRNA;1264514;46;comp;gtc
;tRNA;1264632;193;comp;ggc
fin;CDS;1264898;;;
deb;CDS;1279836;365;comp;
;tRNA;1280591;97;comp;cgg
fin;CDS;1280764;;;
deb;CDS;1294216;215;comp;
;tRNA;1295466;433;;atgf
fin;CDS;1295976;;;
deb;CDS;1349627;113;comp;
;tRNA;1350001;199;comp;aag
fin;CDS;1350274;;comp;
deb;CDS;1387168;75;comp;
;tRNA;1388878;175;comp;aaa
fin;CDS;1389126;;;
deb;CDS;1408202;580;comp;
;tRNA;1410594;469;;tcc
fin;CDS;1411148;;comp;
deb;CDS;1424162;142;comp;
;tRNA;1424793;39;comp;cag
;tRNA;1424907;-8;comp;gag
fin;CDS;1424972;;;
deb;CDS;1446913;71;comp;
;ncRNA;1448136;433;comp;
fin;CDS;1448664;;;
deb;CDS;1477877;47;comp;
;regulatory;1479277;128;comp;
fin;CDS;1479502;;comp;
deb;CDS;1523012;62;;
;tRNA;1524142;74;comp;ggg
fin;CDS;1524290;;comp;
deb;CDS;1533182;306;;
;tRNA;1534802;871;;ctg
fin;CDS;1535759;;;
deb;CDS;1605867;102;;
;tRNA;1606163;42;;atc
;tRNA;1606279;356;;gca
fin;CDS;1606708;;comp;
deb;CDS;1645027;314;comp;
;tRNA;1646838;130;comp;aca
fin;CDS;1647042;;comp;
deb;CDS;1704570;578;comp;
;rRNA;1705904;431;;16s
;rRNA;1707861;170;;23s
;rRNA;1711097;866;;5s
;rRNA;1712080;431;;16s
;rRNA;1714037;170;;23s
;rRNA;1717273;251;;5s
fin;CDS;1717641;;comp;
deb;CDS;1769786;55;;
;tRNA;1769952;329;;gcg
fin;CDS;1770354;;;
deb;CDS;1904329;130;;
;tRNA;1905665;37;;tgg
fin;CDS;1905778;;;
deb;CDS;1907638;573;;
;rRNA;1908904;431;;16s
;rRNA;1910861;170;;23s
;rRNA;1914097;375;;5s
fin;CDS;1914589;;;
deb;CDS;1935774;178;;
;tRNA;1936132;519;;gga
fin;CDS;1936725;;;
deb;CDS;1969854;309;comp;
;tRNA;1971396;1;;tac
;tRNA;1971479;4;;acc
;tRNA;1971555;61;;atgj
fin;CDS;1971690;;;
deb;CDS;1978293;71;;
;tRNA;1979312;376;;agc
fin;CDS;1979775;;;
deb;CDS;2014827;397;;
;tRNA;2016025;327;;tcg
fin;CDS;2016437;;;
deb;CDS;2045606;179;;
;tRNA;2047072;245;;tca
fin;CDS;2047402;;;
deb;CDS;2067227;222;comp;
;tRNA;2068640;204;comp;ccg
fin;CDS;2068918;;;
deb;CDS;2084303;271;comp;
;tRNA;2085402;69;comp;gaa
fin;CDS;2085543;;comp;
deb;CDS;2086731;224;;
;tRNA;2087969;47;;gac
;tRNA;2088090;519;;ttc
fin;CDS;2088685;;comp;
deb;CDS;2108837;333;comp;
;tRNA;2110850;422;;gac
fin;CDS;2111349;;;
deb;CDS;2129279;117;;
;tRNA;2130626;137;;atgi
fin;CDS;2130837;;;
deb;CDS;2170074;253;comp;
;tRNA;2171440;156;;agg
fin;CDS;2171669;;;
&lt;/pre&gt;

====blo intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]]
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;;
blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228
;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3
;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57
;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47
;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46
;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32
;'''total 1772;&lt;201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26
1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25
249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23
620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27
1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29
605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26
1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42
2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34
1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25
1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29
1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29
934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31
1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43
1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20
550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28
1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34
2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23
1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36
1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21
1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32
1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24
1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33
2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21
543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20
551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25
1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24
1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25
132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27
1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28
24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28
1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25
1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10
1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13
716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20
1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14
2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17
332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12
1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17
618810;586;36;4;300;17;;;;220;15
598849;559;37;4;310;13;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;225;12
1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11
1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14
1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8
1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11
733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10
986367;549;;;370;4;;700;2;255;9
1178750;549;;;380;9;;720;;260;8
1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11
;;;;400;6;;760;3;270;12
;;;;410;5;;780;3;275;15
;;;;420;11;;800;;280;7
;;;;430;3;;820;;285;4
;;;;440;3;;840;1;290;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8
516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9
267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8
822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5
513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7
287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9
398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2
1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4
1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5
1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7
2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1
946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4
2164932;-28;;;570;0;;;;355;7
1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5
794270;-25;;;590;3;34;;;365;2
2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2
268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119
1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&amp;-5.7;69;-354;69;868;404;min40
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;28;-174;163;38;897;207;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&amp;159;58;;827;dte;41;Sf
31 à 400;;;;;;;;&amp;136;51;-;861;dte;36;tf
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;
;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;;
41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;;
1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc-
0;2;1;;0;4;1;0;2;1;&gt;0;497;-1;0;52
10;17;87;;10;38;88;1;1;12;&lt;0;18;-2;1;0
20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0
30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109
40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0
50;16;40;;50;36;40;5;3;9;&gt;0;1044;-6;0;1
60;17;51;;60;38;51;6;1;9;&lt;0;210;-7;0;1
70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8
80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0
90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3
100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total;1772;-11;0;9
110;15;42;;110;33;42;11;1;10;;;-12;0;0
120;17;40;;120;38;40;12;0;7;;;-13;0;0
130;18;38;;130;40;38;13;1;7;;;-14;1;10
140;16;38;;140;36;38;14;2;3;;;-15;0;0
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 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;total;18;210
&lt;/pre&gt;

====blo  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

====blo autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;
====blo intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
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&lt;/pre&gt;

===sma===
====sma opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
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comp;6372705..6372777;;cac;;
;;;;;
comp;6501509..6501584;;aga;;
;;;;;
comp;6604435..6604508;;gga;;153
comp;6604662..6604738;;cca;;
;;;;;
;6653846..6653918;;gcc;;
;;;;;
;6658303..6658375;;gcc;;
;;;;;
;6875603..6875675;;aac;+;5
;6875681..6875753;;aac;2 aac;166
;6875920..6875996;;atgi;;
;;;;;
;7021984..7022058;;gta;;
;;;;;
;7025336..7025415;;gtg;;
;;;;;
comp;7471270..7471342;;ttg;;
;;;;;
;7765513..7767043;;16s;;284
;7767328..7770477;;23s;;133
;7770611..7770727;;5s;;
;;;;;
comp;7937463..7937550;;ctc;;
;;;;;
comp;8122352..8122426;;gtc;+;40
comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19
comp;8122558..8122629;;gtc;;1
comp;8122631..8122704;;tgc;;38
comp;8122743..8122815;;ggc;;
;;;;;
;8129564..8129635;;gtg;;
;;;;;
;8139938..8140012;;gtg;;
;;;;;
;8328596..8330126;;16s;;288
;8330415..8333563;;23s;;84
;8333648..8333764;;5s;;
;;;;;
;8576989..8577062;;ccc;;
&lt;/pre&gt;

====sma cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]]
&lt;pre&gt;
sma cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;6;1;1;-
;16 23 5s 0;6;20;3;
;16 atc gca;0;40;4;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;2;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;0;
sans ;opérons;56;160;1;
;1 aa;48;180;1;
;max a;5;200;0;
;a doubles;3;;1;
;total aas;72;;16;0
total aas;;72;;;
remarques;;1;;;
avec jaune;;;moyenne;61;
;;;variance;61;
sans jaune;;;moyenne;34;
;;;variance;22;
&lt;/pre&gt;

====sma blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]]
&lt;pre&gt;
sma blocs;;;;;;
5s;84;117;84;117;288;1531
23s;288;3150;288;3149;84;3149
16s;;1531;;1531;;117
;;;;;;
16s;288;1531;284;1531;288;1531
23s;84;3149;133;3150;84;3149
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====sma remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]]

====sma données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;
;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;
;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;
;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;
2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;
3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;16s 23s;;
5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;5* 312;;
;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;308;;
3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;23s 5s;;
1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;5* 89;;
4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;138;;
2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;5s CDS;;
1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;114;114;
2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;134;;
4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;77;;
1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;144;;
1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;150;;
1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;tRNA tRNA;;
1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;37;;other
4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;37;;other
1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;34;;other
;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;**;;tct
1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;20;;gag
2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;21;;cag
1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;62;;gag
1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;42;;gag
;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;**;;cag
2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;47;;gaa
;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;24;;gac
;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;**;;ttc
;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;79;;gga
2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;**;;ggc
;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;205;;cgt
;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;**;;agc
2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;46;;acc
;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;**;;atgj
;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;-;153;gga
;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;**;;cca
3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;5;;aac
1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;166;;aac
;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;**;;atgi
7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;40;;gtc
59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;19;;gtc
51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;1;;gtc
0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;38;;tgc
;;;;;;;;-46;1;0;117;377;**;;ggc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;
;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;
;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;
;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;
;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;
;;;;;;;;;;;105;97;;;
;;;;;;;;;;;544;101;;;
;;;;;;;;;;;39;187;;;
;;;;;;;;;;;285;127;;;
;;;;;;;;;;;;155;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
;;;;;;;;;;;;76;;;
&lt;/pre&gt;
=====sma autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;sma;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;357102;357266;509;*;
;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg
fin;;CDS;357964;359805;;;
deb;;CDS;615881;616378;467;*;
;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg
fin;;CDS;618207;618728;;;
deb;;CDS;1218971;1219141;132;*;
;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga
fin;;CDS;1219827;1220234;;;
deb;;CDS;1674937;1675689;179;*;
;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf
fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0;
deb;;CDS;1964411;1965265;84;*;
;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc
fin;;CDS;1965523;1966050;;;
deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*;
;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc
fin;;CDS;1992287;1992997;;;
deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*;
;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc
fin;;CDS;2223369;2223569;;0;
deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*;
;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other
;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other
;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other
;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct
fin;;CDS;2803964;2804761;;;
deb;;CDS;3069826;3072573;58;*;
;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc
deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*;
;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117
;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124
;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526
fin;comp;CDS;3079351;3081036;;;
deb;;CDS;3294558;3295202;49;*;
;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag
;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag
;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag
;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag
;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag
fin;comp;CDS;3295851;3296585;;;
deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*;
;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg
fin;comp;CDS;3656330;3657742;;;
deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*;
;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf
deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*;
;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf
fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0;
deb;;CDS;4361587;4362429;183;*;
;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta
fin;;CDS;4363118;4363888;;;
deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*;
;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa
fin;;CDS;4410718;4412166;;;
deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*;
;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg
fin;comp;CDS;4542661;4544010;;;
deb;;CDS;4588309;4589343;416;*;
;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg
fin;;CDS;4590262;4590483;;0;
deb;;CDS;4885883;4886776;56;*;
;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca
fin;;CDS;4887143;4888279;;;
deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*;
;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117
;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123
;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526
fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0;
deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*;
;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf
fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0;
deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*;
;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa
fin;comp;CDS;5055705;5057240;;;
deb;;CDS;5061300;5062937;149;*;
;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa
;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac
;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc
fin;;CDS;5063566;5063820;;;
deb;;CDS;5064051;5068028;94;*;
;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac
fin;;CDS;5068384;5068575;;0;
deb;;CDS;5081122;5081439;200;*;
;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga
;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc
fin;;CDS;5082037;5083050;;;
deb;;CDS;5085108;5085755;23;*;
;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc
fin;comp;CDS;5085906;5086805;;;
deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*;
;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*;
;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc
fin;;CDS;5095582;5098305;;;
deb;;CDS;5129099;5129632;65;*;
;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg
fin;;CDS;5129966;5130373;;;
deb;;CDS;5154416;5154820;116;*;
;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt
;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc
fin;;CDS;5155522;5155989;;;
deb;;CDS;5170356;5170676;133;*;
;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca
fin;comp;CDS;5171214;5171450;;;
deb;;CDS;5177342;5177554;136;*;
;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca
fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0;
deb;;CDS;5206071;5206901;40;*;
;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc
fin;comp;CDS;5207285;5207524;;;
deb;;CDS;5298444;5299181;120;*;
;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc
fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0;
deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*;
;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca
fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0;
deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*;
;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg
fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0;
deb;;CDS;5451109;5452428;340;*;
;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg
fin;;CDS;5453112;5453279;;;
deb;;CDS;5593279;5593761;719;*;
;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg
fin;comp;CDS;5594588;5595373;;;
deb;;CDS;5648606;5650207;108;*;
;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg
fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0;
deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*;
;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526
;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123
;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117
fin;;CDS;5764588;5765232;;;
deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*;
;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac
fin;;CDS;5951660;5951977;;0;
deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*;
;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc
;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj
fin;;CDS;5956882;5957046;;;
deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*;
;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg
fin;;CDS;5964712;5964999;;;
deb;;CDS;6122773;6123780;607;*;
;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526
;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123
;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117
fin;comp;CDS;6129669;6130979;;;
deb;;CDS;6202121;6202654;102;*;
;;tmRNA;6202757;6203145;383;*;
fin;;CDS;6203529;6204158;;0;
deb;;CDS;6240993;6242183;80;*;
;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc
fin;;CDS;6242641;6244095;;;
deb;;CDS;6278382;6278984;44;*;
;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta
fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0;
deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*;
;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag
fin;;CDS;6329508;6330707;;;
deb;;CDS;6333360;6335009;58;*;
;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag
fin;comp;CDS;6335273;6336031;;;
deb;;CDS;6347684;6349207;104;*;
;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag
fin;comp;CDS;6349376;6350023;;;
deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*;
;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac
fin;comp;CDS;6372895;6373497;;;
deb;;CDS;6500479;6501345;166;*;
;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga
fin;;CDS;6501895;6503502;;;
deb;;CDS;6603863;6604057;377;*;
;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga
;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca
fin;;CDS;6604924;6606315;;;
deb;;CDS;6653086;6653748;97;*;
;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc
fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0;
deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*;
;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc
fin;comp;CDS;6658504;6660114;;;
deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*;
;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac
;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac
;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi
fin;;CDS;6876418;6876726;;0;
deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*;
;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta
fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0;
deb;;CDS;7024786;7024941;400;*;
;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg
fin;comp;CDS;7025513;7025833;;;
deb;;CDS;7092672;7093520;145;*;
;;ncRNA;7093666;7094071;529;*;
fin;comp;CDS;7094601;7095764;;;
deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*;
;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg
fin;;CDS;7471444;7472100;;0;
deb;;CDS;7764232;7764873;641;*;
;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526
;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124
;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117
fin;;CDS;7770872;7772263;;;
deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*;
;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc
fin;;CDS;7937738;7939063;;;
deb;;CDS;8121931;8122224;127;*;
;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc
;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc
;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc
;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc
;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc
fin;;CDS;8122971;8124014;;;
deb;;CDS;8129024;8129458;105;*;
;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg
fin;;CDS;8130180;8131466;;;
deb;;CDS;8139440;8139898;39;*;
;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg
fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0;
deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*;
;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526
;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123
;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117
fin;;CDS;8333915;8334523;;;
deb;;CDS;8575186;8576703;285;*;
;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc
fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0;
&lt;/pre&gt;

====sma distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===ksk===
====ksk opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;;
72%GC;30.6.19 Paris;16s  9;74;doubles;intercalaires
;Kitasatospora setae KM-6054;;;;
comp;631024..631098;;act;;
;;;;;
;976172..976245;;tgc;;
;;;;;
comp;1615691..1615765;;gtg;+;206
comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg;
;;;;;
;1621501..1621576;;ggc;;76
;1621653..1621726;;tgc;;36
;1621763..1621834;;gtc;+;34
;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37
;1621978..1622052;;gtc;;
;;;;;
comp;1707344..1707460;;5s;@1;73
comp;1707534..1710667;;23s;;267
comp;1710935..1712463;;16s;;
;;;;;
comp;1888620..1888736;;5s;;73
comp;1888810..1891942;;23s;;267
comp;1892210..1893738;;16s;;
;;;;;
;1970574..1970661;;ctc;;
;;;;;
;2264495..2264580;;ttg;;
;;;;;
comp;2741186..2741257;;gta;;
;;;;;
comp;2788071..2788147;;atgi;;
;;;;;
comp;2790422..2790494;;aac;+;5
comp;2790500..2790572;;aac;2 aac;
;;;;;
comp;2887231..2887303;;gcc;+;269
comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38
comp;2887684..2887756;;gcc;@2;
;;;;;
comp;2932411..2932487;;cca;;151
direct;2932639..2932712;;gga;;
;;;;;
comp;2982955..2983071;;5s;;73
comp;2983145..2986276;;23s;;266
comp;2986543..2988071;;16s;;
;;;;;
;3018063..3018138;;cac;;
;;;;;
;3036654..3036730;;aag;;
;;;;;
;3044201..3044277;;aag;;
;;;;;
;3111827..3111900;;aag;;129
;3112030..3112103;;aag;;
;;;;;
;3157748..3157834;;cta;;
;;;;;
;3210241..3210315;;tgc;;
;;;;;
comp;3289891..3290007;;5s;;73
comp;3290081..3293213;;23s;;267
comp;3293481..3295009;;16s;;
;;;;;
comp;3608705..3608777;;tgg;;
;;;;;
comp;3616894..3616969;;atgj;;42
comp;3617012..3617084;;acc;;
;;;;;
comp;3618677..3618757;;tac;;
;;;;;
comp;3851412..3851488;;aca;;
;;;;;
comp;3987214..3987290;;acg;;
;;;;;
;4071208..4071281;;ccg;;
;;;;;
;4095099..4095186;;tcc;;
;;;;;
;4142544..4142633;;tcg;;
;;;;;
comp;4160864..4160939;;cgt;+;35
comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240
comp;4161291..4161381;;agc;@;
;;;;;
comp;4177523..4177608;;tca;;
;;;;;
comp;4240397..4240470;;ggg;;
;;;;;
;4285828..4285900;;ggc;+;51
;4285952..4286027;;ggc;2 ggc;
;;;;;
;4383368..4383444;;atc;;
;;;;;
;4385556..4385631;;gca;;
;;;;;
;4401492..4401575;;ctg;;
;;;;;
comp;4622975..4623048;;gac;;
;;;;;
comp;4640883..4640959;;ttc;;34
comp;4640994..4641067;;gac;;42
comp;4641110..4641182;;gaa;;
;;;;;
;4651832..4651904;;aaa;;
;;;;;
comp;4773547..4773620;;atgf;;
;;;;;
comp;4774128..4774201;;atgf;;
;;;;;
;4796510..4798038;;16s;;267
;4798306..4801439;;23s;;71
;4801511..4801627;;5s;;
;;;;;
;5027433..5027508;;agg;;
;;;;;
;5076388..5076464;;gcg;;
;;;;;
;5123784..5123856;;acc;;
;;;;;
;5132819..5132892;;caa;;
;;;;;
comp;5216466..5216550;;tta;;
;;;;;
;5430075..5430148;;atgf;;
;;;;;
comp;5530949..5531020;;cgg;;
;;;;;
;5714968..5715039;;cag;;21
;5715061..5715133;;gag;+;38
;5715172..5715244;;gag;3 gag;13
;5715258..5715330;;gag;2 cag;4
;5715335..5715409;;cag;;
;;;;;
;5853168..5854696;;16s;;256
;5854953..5858085;;23s;;73
;5858159..5858275;;5s;;
;;;;;
;5932168..5933696;;16s;;256
;5933953..5937085;;23s;;71
;5937157..5937273;;5s;;
;;;;;
;6074082..6075610;;16s;;264
;6075875..6079006;;23s; ;73
;6079080..6079196;;5s;;
;;;;;
comp;6104344..6104419;;aga;;
;;;;;
;6400221..6401749;;16s;;267
;6402017..6405146;;23s; ;106
;6405253..6405369;;5s;;
;;;;;
;6485836..6485909;;ccc;;
;;;;;
;7355279..7355354;;tgc;;19
;7355374..7355449;;ggc;;
;;;;;
comp;7461078..7461165;;ctc;;
&lt;/pre&gt;

====ksk cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]]
&lt;pre&gt;
ksk cumuls;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs
avec rRNA;opérons;9;1;0;-
;16 23 5s 0;9;20;4;
;16 atc gca;0;40;8;
;16 23 5s a;0;60;3;
;max a;0;80;1;
;a doubles;0;100;0;
;spéciaux;0;120;0;
;total aas;0;140;1;
sans ;opérons;49;160;1;
;1 aa;37;180;0;
;max a;5;200;0;
;a doubles;7;;3;
;total aas;70;;21;0
total aas;;70;;;
remarques;;2;;;
avec jaune;;;moyenne;72;
;;;variance;79;
sans jaune;;;moyenne;33;
;;;variance;18;
&lt;/pre&gt;

====ksk blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]]
&lt;pre&gt;
ksk blocs;;;;;;
;;;;;;
5s;73;117;73;117;73;117
23s;267;3134;267;3133;266;3132
16s;;1529;;1529;;1529
;;;;;;
16s;73;117;267;1529;256;1529
23s;267;3133;71;3134;73;3133
5s;;1529;;117;;117
;;;;;;
16s;256;1529;264;1529;267;1529
23s;71;3133;73;3132;106;3130
5s;;117;;117;;117
&lt;/pre&gt;
====ksk remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]]

====ksk données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa
1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;
1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;;35;;other
;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;;**;;other
;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;;209;;gtg
;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;;**;;gtg
2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;;79;;ggc
;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;;36;;tgc
3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;;34;;gtc
5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;16s 23s;;;37;;gtc
;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;5* 291;;;**;;gtc
3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;290;;;5;;aac
1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;2* 280;;;**;;aac
2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;288;;;269;;gcc
;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;23s 5s;;;38;;gcc
2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;6* 78;;;**;;gcc
;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;2* 76;;;-;151;cca
2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;108;;;**;;gga
;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;5s CDS;;;18;;cga
3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;101;82;;18;;cga
1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;182;;;18;;other
;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;251;;;18;;cga
1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;553;;;**;;other
2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;205;;;129;;aag
;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;271;;;**;;aag
1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;3080;;;42;;atgj
1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;239;;;**;;acc
2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;35;;cgt
2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;240;;cgt
;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;**;;agc
;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;51;;ggc
2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;**;;ggc
3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;34;;ttc
1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;42;;gac
;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;**;;gaa
;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;21;;cag
1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;38;;gag
1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;13;;gag
;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;4;;gag
;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;**;;gag
;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;22;;tgc
;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;**;;ggc
8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;
51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;
42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;
1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;
;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;
;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;
;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;
;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;
;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====ksk autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;ksk;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;629741;630835;188;*;
;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act
fin;comp;CDS;631239;632909;;;
deb;comp;CDS;975508;975957;214;*;
;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc
fin;;CDS;976309;977706;;0;
deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*;
;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other
;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other
fin;;CDS;1015442;1015951;;;
deb;;CDS;1614812;1615585;108;*;
;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg
;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg
fin;;CDS;1616509;1616922;;;
deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*;
;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc
;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc
;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc
;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc
;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc
fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0;
deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*;
;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117
;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108
;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524
fin;;CDS;1713134;1713583;;;
deb;;CDS;1888172;1888537;82;*;
;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117
;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107
;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524
fin;comp;CDS;1894356;1895450;;;
deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*;
;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc
fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0;
deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*;
;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg
fin;;CDS;2264686;2265490;;0;
deb;;CDS;2661716;2662345;70;*;
;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*;
fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1;
deb;;CDS;2740927;2741106;79;*;
;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta
fin;;CDS;2741430;2742695;;;
deb;;CDS;2785520;2787781;292;*;
;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi
fin;;CDS;2788447;2789340;;;
deb;;CDS;2789514;2790302;119;*;
;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac
;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac
fin;;CDS;2790882;2791175;;;
deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*;
;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc
;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc
;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc
fin;comp;CDS;2887913;2888560;;;
deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*;
;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca
;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga
fin;comp;CDS;2932864;2933883;;;
deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*;
;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117
;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106
;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524
fin;comp;CDS;2988595;2989311;;;
deb;;CDS;3017346;3017948;114;*;
;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac
fin;;CDS;3018315;3018761;;0;
deb;;CDS;3036003;3036545;108;*;
;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag
fin;;CDS;3036829;3037074;;1;
deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*;
;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag
fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0;
deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*;
;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga
;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga
;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other
;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga
;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other
fin;;CDS;3075000;3076004;;;
deb;;CDS;3110984;3111742;84;*;
;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag
;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag
fin;;CDS;3112416;3114647;;;
deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*;
;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta
fin;comp;CDS;3157902;3158507;;;
deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*;
;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc
fin;comp;CDS;3211763;3211972;;;
deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*;
;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*;
fin;comp;CDS;3234529;3235011;;;
deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*;
;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117
;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107
;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524
fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0;
deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*;
;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg
fin;;CDS;3609088;3610326;;;
deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*;
;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj
;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc
deb;;CDS;3617348;3618601;75;*;
;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac
fin;;CDS;3618972;3619460;;;
deb;;CDS;3848397;3851321;93;*;
;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca
fin;;CDS;3851803;3852900;;;
deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*;
;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg
fin;comp;CDS;3987408;3988070;;;
deb;;CDS;4070175;4071119;88;*;
;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg
fin;;CDS;4071684;4073162;;;
deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*;
;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*;
;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc
fin;;CDS;4095513;4095974;;;
deb;;CDS;4142060;4142491;52;*;
;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg
fin;;CDS;4142793;4143458;;0;
deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*;
;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt
;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt
;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc
fin;;CDS;4161583;4164981;;0;
deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*;
;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca
fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0;
deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*;
;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg
fin;;CDS;4240628;4240849;;;
deb;;CDS;4285356;4285673;154;*;
;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc
;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc
fin;;CDS;4286186;4287187;;;
deb;;CDS;4381966;4383351;16;*;
;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc
fin;;CDS;4383727;4384749;;;
deb;;CDS;4385317;4385445;110;*;
;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca
fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0;
deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*;
;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg
fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0;
deb;;CDS;4622363;4622569;405;*;
;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac
fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0;
deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*;
;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc
;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac
;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa
fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0;
deb;;CDS;4651026;4651709;122;*;
;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa
fin;;CDS;4652150;4652317;;0;
deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*;
;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf
deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*;
;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf
fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0;
deb;;CDS;4794735;4795958;553;*;
;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524
;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108
;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117
fin;;CDS;4801908;4802828;;;
deb;;CDS;5026285;5027319;113;*;
;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg
fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1;
deb;;CDS;5075303;5076238;149;*;
;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg
fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0;
deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*;
;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc
fin;;CDS;5124024;5124683;;;
deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*;
;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa
fin;;CDS;5133014;5134459;;;
deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*;
;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta
fin;;CDS;5216901;5217674;;;
deb;;CDS;5427006;5430017;57;*;
;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf
fin;;CDS;5430408;5432459;;;
deb;;CDS;5530116;5530868;80;*;
;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg
fin;;CDS;5531204;5531737;;;
deb;;CDS;5713254;5714768;199;*;
;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag
;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag
;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag
;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag
;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag
fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0;
deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*;
;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524
;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107
;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117
fin;;CDS;5858481;5859890;;;
deb;;CDS;5930032;5931717;452;*;
;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524
;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107
;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117
fin;;CDS;5937545;5938228;;0;
deb;;CDS;6072887;6073678;405;*;
;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524
;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106
;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117
fin;;CDS;6082277;6082420;;;
deb;;CDS;6103592;6104206;140;*;
;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga
fin;;CDS;6105169;6105423;;;
deb;;CDS;6398346;6399611;611;*;
;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524
;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107
;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117
fin;;CDS;6405609;6406436;;;
deb;;CDS;6484449;6485687;148;*;
;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc
fin;comp;CDS;6486729;6487430;;;
deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*;
;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc
fin;;CDS;7353681;7353821;;;
deb;;CDS;7353841;7355253;25;*;
;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc
;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc
fin;;CDS;7355479;7356687;;0;
deb;;CDS;7459688;7460983;94;*;
;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc
fin;;CDS;7461436;7462761;;;
&lt;/pre&gt;

====ksk distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===actino synthèse===
====actino distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
actino;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
ase;58;32;;;;0;6;;96
blo;19;31;;;;0;6;;56
sma;17;48;;;;0;7;;72
ksk;14;37;;;;0;19;;70
total;108;148;0;0;0;0;38;0;294
&lt;/pre&gt;

====actino distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]]
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295
&lt;/pre&gt;

====actino distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38
atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;
ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4
gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;
ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====actino par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;55;28;26;;;;109;
16;moyen;50;38;;;;;88;
14;fort;43;42;12;;;;97;
; ;148;108;38;;;;294;
10;g+cga;31;18;15;;;;64;
2;agg+cgg;8;1;;;;;9;
4;carre ccc;15;9;11;;;;35;
5;autres;1;;;;;;1;
;;55;28;26;;;;109;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;187;95;88;;;;371;26
16;moyen;170;129;;;;;299;324
14;fort;146;143;41;;;;330;650
; ;503;367;129;;;;294;729
10;g+cga;105;61;51;;;;218;10
2;agg+cgg;27;3;;;;;31;
4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16
5;autres;3;;;;;;3;
;;187;95;88;;;;371;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;actino4;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68
16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 
14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32
; ;503;367;129;294;729;148;108;38
10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58
2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4;
4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42
5;autres;3;;;3;;2;;
;;187;95;88;371;;55;28;26
&lt;/pre&gt;
====actinobacteria, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;294
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294
26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250
atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175
ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225
gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350
tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125
cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga;
gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175
ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175
atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100
ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125
gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125
;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350
rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53
atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100
gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est  36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301
&lt;/pre&gt;

==cyano==
===npu===
====npu opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;;
41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;;
;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;;
comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;;
comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;;
;;;;;;;;;;;
comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;;
comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;;
comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;;
;;;;;;;;;;;
;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;;
;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;;
;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;;
;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;;
;;;;;;;;;;;
comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;;
;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;;
comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;;
;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;;
;879270..879491;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;;
;952725..952796;;acc;;310;310;;;;;
comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;;
comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;;
;955672..956331;;CDS;;;;;;220;;
;;;;;;;;;;;
; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;;
comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;;
comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;;
;;;;;;;;;;;
comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;;
comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;;
;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;;
;;;;;;;;;;;
;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;;
comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;;
;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;;
;;;;;;;;;;;
;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;;
;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;;
;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;;
;;;;;;;;;;;
comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;;
comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;;
comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;;
;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;;
;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;;
;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;;
;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;;
;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;;
&gt; comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;;
;;;;;;;;;;;
comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;;
;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;;
;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;;
;;;;;;;;;;;
comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;;
;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;;
;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;;
;;;;;;;;;;;
comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;;
comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;;
comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;;
;;;;;;;;;;;
;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;;
comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;;
comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;;
comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;;
comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;;
comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;;
comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;;
comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;;
comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;;
comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;;
comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;;
comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;;
comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;;
comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;;
comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;;
comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;;
comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;;
comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;;
comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;;
comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;;
comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;;
comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;;
comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;;
;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;;
;;;;;;;;;;;
;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;;
;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;;
;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;;
;;;;;;;;;;;
comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;;
comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;;
comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;;
;;;;;;;;;;;
comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;;
comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;;
comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;;
;;;;;;;;;;;
comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;;
comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;;
comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;;
;;;;;;;;;;;
;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;;
comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;;
comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;;
comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;;
comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;;
comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;;
comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;;
;;;;;;;;;;;
comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;;
;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;;
comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;;
;;;;;;;;;;;
;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;;
comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;;
;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
&lt; comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;;
comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;;
comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;;
;;;;;;;;;;;
;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;;
;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;;
comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;;
;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;;
comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;;
comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;;
comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;;
;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;;
;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;;
;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;;
;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;;
;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;;
comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;;
comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;;
comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;;
comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;;
comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;;
comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;;
;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;;
;;;;;;;;;;;
;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;;
;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;;
comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;;
;;;;;;;;;;;
;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;;
;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;;
;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;;
;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;;
comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;;
;;;;;;;;;;;
;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;;
comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;;
comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;;
;;;;;;;;;;;
comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;;
comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;;
comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;;
;;;;;;;;;;;
comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;;
;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;;
;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;;
comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;;
;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;;
;;;;;;;;;;;
;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;;
;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;;
;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;;
;;;;;;;;;;;
comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;;
;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;;
;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;;
;;;;;;;;;;;
;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;;
comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;;
comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;;
;;;;;;;;;;;
;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;;
;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;;
&lt;&gt; comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;;
;;;;;;;;;;;
comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;;
comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;;
comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;;
;;;;;;;;;;;
comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;;
comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;;
;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;;
;;;;;;;;;;;
;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;;
;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;;
;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;;
;;;;;;;;;;;
;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;;
comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;;
comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;;
comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;;
;;;;;;;;;;;
;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;;
;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;;
;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;;
&lt;/pre&gt;

====npu cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]]
&lt;pre&gt;
npu cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0
;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0
;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10
;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9
;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7
;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3
;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10
;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7
sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4
;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6
;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9
;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29
;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94
total aas;;72;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;;
;;;variance;43;0;;254;;;;171;;
sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188
;;;variance;17;;;111;;;;122;;85
&lt;/pre&gt;

====npu blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]]
&lt;pre&gt;
npu blocs;;;;
CDS;317;313;676;287
16s;123;1497;123;1497
atc;79;;79;
gca;249;;249;
23s;59;2897;59;2899
5s;230;118;176;118
CDS;;160;;66
;;;;
CDS;319;351;149;320
5s;59;118;59;118
23s;249;2900;249;2899
gca;82;;79;
atc;123;;123;
16s;682;1497;315;1497
CDS;;412;;289
&lt;/pre&gt;
====npu remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]]
&lt;pre&gt;
gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1
cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====npu distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====npu données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;
;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;
;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;
;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;
3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;
;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;23s 5s;;
1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;4* 61;;
1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;5s CDS;;
2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;149;68;
;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;319;
1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;176;
2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;16s tRNA;;
;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;4* 131;;atc
1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;tRNA 23s;;
3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;4* 260;;gca
1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;tRNA tRNA;;intra
1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;4* 82;;atc gca
;2;170;48;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;tRNA tRNA;;
1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;-1;;atgj
;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;**;;atgj
;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;44;;other
;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;**;;other
;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;156;;aaa
1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;7;;other
2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;6;;cac
;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;48;;gca
;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;8;;aca
;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;10;;atgf
;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;4;;cta
2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;6;;ccg
1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;5;;ctc
1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;3;;ctg
;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;1;;cca
1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;6;;tta
;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;6;;ttg
1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;3;;caa
1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;5;;cag
;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;6;;aac
;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;81;;aca
;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;4;;cgt
1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;;4;;agc
6;11;reste;535;586;reste;2104;3377;-42;0;0;171;;7;;tac
34;62;total;2306;3999;total;2306;3999;-43;0;1;61;;62;;gaa
28;51;diagr;1767;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;;3;;tgg
0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;;11;;atgi
;;;;;;;;-46;1;0;270;;3;;tgc
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;;4;;other
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;;**;;gac
;x;2302;67;4;2373;;;-49;0;0;95;;88;;acc
;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;;**;;tac
;;;;;6774;157;;reste;12;22;378;;;;
;;;;;;6931;;total;67;402;127;;;;
;;;;;;;;;;;50;;;;
;;;;;;;;;;;167;;;;
;;;;;;;;;;;898;;;;
;;;;;;;;;;;63;;;;
;;;;;;;;;;;481;;;;
;;;;;;;;;;;65;;;;
;;;;;;;;;;;437;;;;
;;;;;;;;;;;124;;;;
;;;;;;;;;;;100;;;;
;;;;;;;;;;;374;;;;
&lt;/pre&gt;
=====npu autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;npu;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;199270;199464;237;*;
;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg
fin;comp;CDS;199809;200906;;0;
deb;comp;CDS;352653;353060;690;*;
;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc
fin;comp;CDS;353970;354548;;;
deb;;CDS;503259;503606;145;*;
;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj
;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj
deb;;CDS;504299;505384;216;*;
;;tRNA;505601;505673;615;*;ata
fin;;CDS;506289;507815;;;
deb;;CDS;727418;728587;5;*;
;;tRNA;728593;728664;231;*;other
fin;;CDS;728896;730239;;;
deb;comp;CDS;777899;778429;34;*;
;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt
fin;comp;CDS;778576;779829;;;
deb;;CDS;878016;878609;384;*;
;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc
fin;;CDS;879270;879491;;;
deb;comp;CDS;954493;955170;72;*;
;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga
fin;;CDS;955672;956331;;;
deb;;CDS;1054005;1054811;290;*;
;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga
fin;comp;CDS;1055223;1056383;;;
deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*;
;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other
;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other
fin;;CDS;1083187;1084788;;;
deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*;
;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg
fin;;CDS;1175983;1176855;;;
deb;;CDS;1380042;1380593;226;*;
;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc
fin;;CDS;1381012;1381380;;;
deb;;CDS;1440092;1440529;705;*;
;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other
fin;;CDS;1441450;1441650;;;
deb;;CDS;1442145;1442867;32;*;
;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc
fin;;CDS;1443337;1444770;;;
deb;;CDS;1484155;1484853;46;*;
;;ncRNA;1484900;1485316;115;*;
fin;;CDS;1485432;1486151;;;
deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*;
;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac
fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0;
deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*;
;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489
;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc
;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca
;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887
;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118
fin;comp;CDS;2026732;2026957;;;
deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*;
;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac
fin;;CDS;2305712;2308132;;0;
deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*;
;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta
fin;;CDS;3373923;3374555;;;
deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*;
;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc
fin;comp;CDS;3435881;3436813;;;
deb;;CDS;3438597;3439685;102;*;
;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa
;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other
;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac
;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca
;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca
;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf
;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta
;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg
;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc
;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg
;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca
;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta
;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg
;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa
;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag
;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac
;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca
;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt
;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc
;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac
;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa
;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg
;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi
;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc
;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other
;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac
fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0;
deb;;CDS;3448311;3448919;80;*;
;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa
fin;;CDS;3449400;3451319;;;
deb;;CDS;3675128;3675659;409;*;
;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca
fin;comp;CDS;3676203;3676421;;;
deb;;CDS;4538041;4538745;151;*;
;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg
fin;;CDS;4539176;4540357;;0;
deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*;
;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca
fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0;
deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*;
;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*;
fin;comp;CDS;5114076;5115230;;;
deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*;
;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf
fin;comp;CDS;5428065;5429018;;;
deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*;
;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc
fin;comp;CDS;5482138;5482332;;;
deb;;CDS;5510568;5511620;319;*;
;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118
;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890
;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca
;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc
;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489
fin;;CDS;5517435;5517515;;0;
deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*;
;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi
fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0;
deb;;CDS;5573827;5574450;93;*;
;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca
fin;;CDS;5574961;5575881;;;
deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*;
;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac
fin;comp;CDS;5656038;5656589;;;
deb;;CDS;5688669;5689538;75;*;
;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc
fin;comp;CDS;5690353;5692080;;;
deb;;CDS;5756596;5757801;66;*;
;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg
fin;comp;CDS;5758078;5758233;;;
deb;;CDS;6022666;6023613;294;*;
;;tmRNA;6023908;6024297;537;*;
fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0;
deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*;
;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other
fin;;CDS;6050948;6051328;;;
deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*;
;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg
fin;comp;CDS;6077435;6078040;;;
deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*;
;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489
;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc
;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca
;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889
;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118
fin;comp;CDS;6090523;6090720;;;
deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*;
;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118
;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889
;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca
;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc
;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489
fin;;CDS;6504777;6505643;;0;
deb;;CDS;6889916;6890785;61;*;
;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa
fin;comp;CDS;6891213;6892148;;;
deb;;CDS;6948457;6949644;162;*;
;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta
fin;;CDS;6950202;6950609;;0;
deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*;
;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc
fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0;
deb;;CDS;7066111;7067829;232;*;
;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa
fin;comp;CDS;7068404;7069606;;;
deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*;
;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg
fin;comp;CDS;7072224;7073345;;;
deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*;
;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg
fin;;CDS;7076598;7077374;;0;
deb;;CDS;7130044;7131132;131;*;
;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg
fin;;CDS;7131369;7131662;;0;
deb;;CDS;7224805;7225167;146;*;
;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg
fin;;CDS;7225765;7225986;;;
deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*;
;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*;
fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0;
deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*;
;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc
fin;;CDS;7348852;7349475;;;
deb;;CDS;7506243;7506593;747;*;
;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc
fin;comp;CDS;7507465;7507830;;;
deb;;CDS;7517041;7519347;167;*;
;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj
fin;comp;CDS;7519890;7520066;;;
deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*;
;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag
fin;comp;CDS;7572740;7574992;;;
deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*;
;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca
fin;;CDS;7611395;7612312;;0;
deb;;CDS;7936008;7936736;65;*;
;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg
fin;;CDS;7937312;7938874;;;
deb;;CDS;7973321;7973482;70;*;
;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc
;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac
fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0;
deb;;CDS;7975047;7975976;100;*;
;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca
fin;;CDS;7976536;7978545;;;
&lt;/pre&gt;

===pmg===
====pmg opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;;
comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;;
comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;;
;75867..77216;;CDS;;;;;;450;;
;;;;;;;;;;;
;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;;
;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;;
;133396..133845;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;;
comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;;
;240592..241041;;CDS;;;;;;150;;
;;;;;;;;;;;
comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;;
comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;;
;259082..259333;;CDS;;;;;;84;;
;;;;;;;;;;;
comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;;
comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;;
;274272..274832;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;;
comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;;
comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;;
;;;;;;;;;;;
;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;;
comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;;
comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;;
;322592..324074;;16s;;125;;;;;;
;324200..324273;;atc;;12;;;12;;;
;324286..324358;;gca;;256;;;;;;
;324615..327496;;23s;;60;;;;;;
;327557..327673;;5s;;43;43;;;;;
comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;;
;;;;;;;;;;;
comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;;
comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;;
comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;;
;355522..355962;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;;
comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;;
comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;;
comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;;
comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;;
;;;;;;;;;;;
;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;;
;522597..522682;;tta;;78;78;;;;;
;522761..522994;;CDS;;;;;;78;;
;;;;;;;;;;;
comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;;
comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;;
;610638..611399;;CDS;;;;;;254;;
;;;;;;;;;;;
;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;;
comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;;
comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;;
;;;;;;;;;;;
comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;;
;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;;
;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;;
;;;;;;;;;;;
;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;;
;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;;
;869384..869671;;CDS;;;;;;96;;
;;;;;;;;;;;
;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;;
;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;;
;911421..911810;;CDS;;;;;;130;;
;;;;;;;;;;;
;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;;
comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;;
comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;;
;;;;;;;;;;;
comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;;
;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;;
;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;;
;;;;;;;;;;;
;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;;
;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;;
comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;;
;;;;;;;;;;;
;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;;
comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;;
comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;;
;;;;;;;;;;;
comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;;
;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;;
;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;;
;;;;;;;;;;;
;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;;
comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;;
comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;;
;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;;
;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;;
;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;;
;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;;
;;;;;;;;;;;
;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;;
comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;;
;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;;
;;;;;;;;;;;
;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;;
;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;;
;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;;
;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;;
;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;;
comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;;
comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;;
;;;;;;;;;;;
;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;;
;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;;
;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;;
;;;;;;;;;;;
comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;;
;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;;
comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;;
;;;;;;;;;;;
comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;;
;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;;
comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;;
comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;;
;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;;
;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;;
;;;;;;;;;;;
comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;;
comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;;
comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;;
;;;;;;;;;;;
comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;;
comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;;
;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;;
&lt;/pre&gt;

====pmg cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]]
&lt;pre&gt;
pmg cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300
avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2
;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6
;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4
;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9
;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5
;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4
;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4
sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8
;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2
;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1
;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24
;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;;
;;;variance;0;0;;146;;;;147;;
sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170
;;;variance;;;;76;;;;130;;74
&lt;/pre&gt;

====pmg blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]]
&lt;pre&gt;
pmg bloc;;
CDS;603;480
16s;125;1483
atc;12;
gca;256;
23s;60;2882
5s;43;117
CDS;;293
&lt;/pre&gt;

====pmg remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]]
*code génétique de pmg
&lt;pre&gt;
Remarques;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc; 
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====pmg distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;0;0;11;34;0;11;34;-1;0;36;4;259;16s tRNA;;
;2;10;117;198;1;18;17;-2;0;0;49;71;125;;atc
2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;tRNA 23s;;
;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;185;141;258;;gca
1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;tRNA tRNA;;intra
2;5;50;22;51;5;9;18;-6;2;0;18;178;12;;atc gca
2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;tRNA tRNA;;
;6;70;22;50;7;9;10;-8;11;13;65;404;10;;acc
2;4;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;**;;tac
2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;
1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;
1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;
1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;
;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;
2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;
1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;
;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;
;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;
2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;
1;1;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;
;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;
2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;
;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;
;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;
;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;
;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;
2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;
;0;270;3;3;27;4;11;-28;1;0;129;;;;
;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;
;0;290;3;3;29;0;8;-30;1;0;5;;;;
;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;
;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;
;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;
;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;
;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;
;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;
;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;
;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;
;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;
;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;
;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;
1;4;reste;27;21;reste;390;467;-42;1;0;CDS 16s;;;;
26;40;total;597;950;total;597;950;-43;1;0;-;601;;;
24;36;diagr;559;895;diagr;196;449;-44;0;1;23s 5s;;;;
2;7; t30;182;385;;;;-45;0;0;64;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;5s CDS;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;-;43;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;586;95;11;692;;;-49;0;0;;;;;
;c;916;158;34;1108;;;-50;0;2;;;;;
;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;
;;;;;;1884;;total;95;158;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====pmg autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;pmg;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;65120;306;;
;tmRNA;66389;44;comp;
fin;CDS;66707;;;
deb;CDS;74235;4;comp;
;tRNA;75526;259;comp;ctt
fin;CDS;75867;;;
deb;CDS;132034;49;;
;tRNA;132758;566;;aac
fin;CDS;133396;;;
deb;CDS;239249;185;comp;
;tRNA;240439;71;comp;cta
fin;CDS;240592;;;
deb;CDS;257573;77;comp;
;tRNA;258922;86;comp;cgt
fin;CDS;259082;;;
deb;CDS;272771;18;comp;
;tRNA;274058;141;comp;atgi
fin;CDS;274272;;;
deb;CDS;305431;87;;
;tRNA;305938;91;comp;ttc
fin;CDS;306102;;comp;
deb;CDS;313891;178;;
;tRNA;314651;65;comp;aca
fin;CDS;314788;;comp;
deb;CDS;320549;601;comp;
16s;rRNA;322590;125;;1483
;tRNA;324200;12;;atc
;tRNA;324286;258;;gca
;rRNA;324617;64;;2882
;rRNA;327557;43;;117
fin;CDS;327717;;comp;
deb;CDS;354976;88;comp;
;tRNA;355256;10;comp;acc
;tRNA;355338;102;comp;tac
fin;CDS;355522;;;
deb;CDS;434230;17;comp;
;tRNA;435678;149;comp;gac
deb;CDS;435901;35;comp;
;tRNA;436131;53;comp;tgg
fin;CDS;436257;;comp;
deb;CDS;521448;99;;
;tRNA;522597;78;;tta
fin;CDS;522761;;;
deb;CDS;609397;249;comp;
;tRNA;610147;404;comp;tca
fin;CDS;610638;;;
deb;CDS;656308;17;;
;ncRNA;657516;162;;
fin;CDS;657863;;;
deb;CDS;774440;210;;
;tRNA;775451;27;comp;ccc
fin;CDS;775552;;comp;
deb;CDS;828018;49;comp;
;tRNA;828442;214;;tcc
fin;CDS;828743;;;
deb;CDS;868731;29;;
;tRNA;869243;67;;atgj
fin;CDS;869384;;;
deb;CDS;909742;45;;
;tRNA;910753;591;;atgf
fin;CDS;911421;;;
deb;CDS;996073;16;;
;tRNA;996626;41;comp;gaa
fin;CDS;996740;;comp;
deb;CDS;1040019;177;comp;
;tRNA;1040313;512;;aaa
fin;CDS;1040897;;;
deb;CDS;1044863;276;;
;tRNA;1045700;188;;cca
fin;CDS;1045962;;comp;
deb;CDS;1134197;251;;
;tRNA;1134679;63;comp;tcg
fin;CDS;1134827;;comp;
deb;CDS;1163424;138;comp;
;tRNA;1164231;342;;aga
fin;CDS;1164647;;;
deb;CDS;1212124;58;;
;tRNA;1212953;129;comp;gcc
fin;CDS;1213155;;comp;
deb;CDS;1253753;525;;
;tRNA;1255649;5;;ttg
fin;CDS;1255736;;;
deb;CDS;1259549;131;comp;
;tRNA;1260916;72;;cac
fin;CDS;1261061;;;
deb;CDS;1264859;12;;
;ncRNA;1265987;47;comp;
fin;CDS;1266131;;;
deb;CDS;1275239;0;;
;tRNA;1277273;112;comp;gga
fin;CDS;1277456;;;
deb;CDS;1308006;50;;
;tRNA;1308848;67;;gtc
fin;CDS;1308987;;;
deb;CDS;1419657;54;comp;
;tRNA;1419948;100;;acg
fin;CDS;1420120;;;
deb;CDS;1453287;35;;
;tRNA;1454111;61;comp;agc
fin;CDS;1454261;;comp;
deb;CDS;1472925;94;;
;tRNA;1474027;16;;caa
fin;CDS;1474115;;;
deb;CDS;1485558;77;comp;
;tRNA;1486727;11;;cgg
fin;CDS;1486812;;comp;
deb;CDS;1500099;42;comp;
;tRNA;1501368;210;;tgc
fin;CDS;1501649;;comp;
deb;CDS;1517796;78;comp;
;tRNA;1518207;38;comp;agg
;ncRNA;1518319;21;;
fin;CDS;1518722;;;
deb;CDS;1526173;34;comp;
;regulatory;1527578;66;comp;
fin;CDS;1527743;;comp;
deb;CDS;1554202;45;comp;
;tRNA;1554679;61;comp;ggc
fin;CDS;1554812;;comp;
deb;CDS;1600898;-30;comp;
;tRNA;1601255;98;comp;gta
fin;CDS;1601425;;;
&lt;/pre&gt;

====pmg intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;;
;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253
;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45
;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189
;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126
;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84
;'''601 à max;14;0.8;'''601 à  1051;778;154;;;20;71
;'''total 1800;&lt;201;90.2;'''total  1798;74;114;-67 à 1051;;25;41
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;56
1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35
344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43
1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34
1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39
666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34
1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33
873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30
1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42
1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36
1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44
1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36
947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27
1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22
1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37
1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20
1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23
39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19
956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16
1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15
1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16
1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23
661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20
1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14
660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8
872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18
353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9
134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8
1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10
332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8
892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13
948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9
1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9
924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6
914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3
1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7
938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5
226447;435;35;8;290;6;;;;215;4
1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;&lt;u&gt;frequencef;220;7
773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8
858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6
;;39;7;330;8;;640;3;235;3
;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3
;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3
;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4
;;;;370;4;;720;;255;4
;;;;380;4;;740;;260;4
1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3
701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3
886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3
1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1
828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5
1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1
1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6
1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5
1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1
244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2
162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3
20410;-35;;;500;1;;980;;320;3
427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7
587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1
1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3
744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5
303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3
489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2
808548;-26;;;570;1;;;;355;1
1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0
1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3
1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1
27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56
975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg  intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&amp;-107;844;-2106;170;869;263;min60
31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&amp;-35;327;-1017;107;973;311;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&amp;78;69;;501;poly;368;SF
31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&amp;153;49;-;687;poly;286;SF
;;;;;;;;;;;;;;
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;;
pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;;
ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;;
326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;;
221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux.
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc-
41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36
1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0
pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0
0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;&gt;0;586;-4;40;69
10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;&lt;0;95;-5;0;0
20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0
30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1
40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13
50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;&gt;0;916;-9;1;0
60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;&lt;0;158;-10;0;2
70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11
80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0
90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3
100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total;1800;-14;3;6
110;16;27;;110;29;30;;11;1;19;;;-15;3;0
120;12;23;;120;21;26;;12;2;14;;;-16;3;2
130;14;17;;130;25;19;;13;5;14;;;-17;4;3
140;26;17;;140;47;19;;14;6;6;;;-18;1;0
150;15;7;;150;27;8;;15;5;12;;;-19;0;0
160;14;13;;160;25;15;;16;4;10;;;-20;3;1
170;9;9;;170;16;10;;17;5;11;;;-21;2;0
180;12;9;;180;21;10;;18;6;11;;;-22;2;0
190;13;5;;190;23;6;;19;2;6;;;-23;2;0
200;8;1;;200;14;1;;20;3;13;;;-24;2;0
210;7;5;;210;13;6;;21;2;2;;;-25;0;2
220;6;5;;220;11;6;;22;4;7;;;-26;1;3
230;6;8;;230;11;9;;23;4;4;;;-27;1;0
240;3;3;;240;5;3;;24;5;8;;;-28;1;0
250;5;2;;250;9;2;;25;0;5;;;-29;0;0
260;6;2;;260;11;2;;26;2;6;;;-30;1;0
270;3;3;;270;5;3;;27;4;11;;;-31;0;0
280;3;1;;280;5;1;;28;3;9;;;-32;1;0
290;3;3;;290;5;3;;29;0;8;;;-33;0;0
300;8;3;;300;14;3;;30;2;11;;;-34;0;0
310;2;1;;310;4;1;;31;4;3;;;-35;1;0
320;2;4;;320;4;4;;32;1;9;;;-36;0;0
330;5;3;;330;9;3;;33;1;7;;;-37;0;0
340;6;2;;340;11;2;;34;1;1;;;-38;1;0
350;5;0;;350;9;0;;35;1;7;;;-39;0;0
360;0;1;;360;0;1;;36;1;11;;;-40;0;0
370;2;2;;370;4;2;;37;0;6;;;-41;0;1
380;1;3;;380;2;3;;38;2;6;;;-42;1;0
390;1;0;;390;2;0;;39;1;6;;;-43;1;0
400;1;2;;400;2;2;;40;2;8;;;-44;0;1
reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0
total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0
diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0
 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;2
;;;;;;;;;;;;;reste;2;2
;;;;;;;;;;;;;total;95;158
&lt;/pre&gt;

====pmg   intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg  intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91
continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88
;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159
&lt;/pre&gt;

====pmg autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin
deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp
;tmRNA;66389;44;comp;;;&amp;tRNA;522597;78;;;;&amp;tRNA;1260916;72;
fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;;
deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12;
;&amp;tRNA;75526;259;comp;;;&amp;tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp
fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;;
deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0;
;&amp;tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&amp;tRNA;1277273;112;comp
fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;;
deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50;
;&amp;tRNA;240439;71;comp;;;&amp;tRNA;775451;27;comp;;;&amp;tRNA;1308848;67;
fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;;
deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp
;&amp;tRNA;258922;86;comp;;;&amp;tRNA;828442;214;;;;&amp;tRNA;1419948;100;
fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;;
deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35;
;&amp;tRNA;274058;141;comp;;;&amp;tRNA;869243;67;;;;&amp;tRNA;1454111;61;comp
fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp
deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94;
;&amp;tRNA;305938;91;comp;;;&amp;tRNA;910753;591;;;;&amp;tRNA;1474027;16;
fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;;
deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp
;&amp;tRNA;314651;65;comp;;;&amp;tRNA;996626;41;comp;;;&amp;tRNA;1486727;11;
fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp
deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp
;$rRNA;322590;125;;;;&amp;tRNA;1040313;512;;;;&amp;tRNA;1501368;210;
;&amp;tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp
;&amp;tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp
;$rRNA;324617;64;;;;&amp;tRNA;1045700;188;;;;&amp;tRNA;1518207;38;comp
;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21;
fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;;
deb;°CDS;354976;88;comp;;;&amp;tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp
;&amp;tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp
;&amp;tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp
fin;°CDS;355522;;;;;&amp;tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp
deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&amp;tRNA;1554679;61;comp
;&amp;tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp
deb;°CDS;435901;35;comp;;;&amp;tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp
;&amp;tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&amp;tRNA;1601255;98;comp
fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;;
;;;;;;&amp;tRNA;1255649;5;;; ;;;;
 ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;;
&lt;/pre&gt;
====pmg intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total
;;;;;;;;;;;;&lt;201;29;25;54
;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67
;;;49;;566;;4;16;&lt;201;16;;taux;85%;76%;81%
;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;;
;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;;
;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;;
;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;;
;;comp’;178;;65;;45;61;&lt;201;17;;;;;
;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;;
;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;;
;;;35;;53;;50;67;;;;;;;
;;;99;;78;;77;67;total;;;;;;
;;;249;comp’;404;;78;72;&lt;201;33;;;;;
;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;;
;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;;
;;;29;;67;;99;100;;;;;;;
;;;45;;591;;185;129;;;;;;;
;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;;
;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;;
;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;;
;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;;
;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;;
;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;;
;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;;
;;comp’;131;;72;;16;71;&lt;201;13;;;;;
;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;;
;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;;
;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;;
;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;;
;;;94;;16;;58;141;&lt;201;8;;;;;
;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;;
;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;;
;;;78;;;;131;259;;;;;;;
;;;45;;61;;138;404;total;;;;;;
;;;-30;comp’;98;;177;-;&lt;201;21;;;;;
;;;;;;;178;-;total;26;;;;;
;;;;;;;210;-;%;81%;;;;;
;;;;;;;251;-;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===cyano synthèse===
====cyano distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]]

====cyano distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]]
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99
;;;;;;;
cyano2;;;;;;;
atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;5;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;5;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;4;;;;;10;10
&lt;/pre&gt;

====cyano distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4
atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;
cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====cyano par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;19;4;;;;;23;
16;moyen;27;10;2;;;10;49;
14;fort;26;9;2;;;;37;
; ;72;23;4;;;10;109;
10;g+cga;8;2;;;;;10;
2;agg+cgg;4;;;;;;4;
4;carre ccc;6;2;;;;;8;
5;autres;1;;;;;;1;
;;19;4;;;;;23;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;174;37;;;;;211;26
16;moyen;248;92;18;;;92;450;324
14;fort;239;83;18;;;;339;650
; ;661;211;37;;;92;109;729
10;g+cgg;73;18;;;;;92;10
2;agg+cga;37;;;;;;37;
4;carre ccc;55;18;;;;;73;16
5;autres;9;;;;;;9;
;;174;37;;;;;211;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;cyano2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;192;40;;232;26;26;17;
16;moyen;273;101;20;394;324;38;43;
14;fort;263;91;20;374;650;36;39;
; ;727;232;40;99;729;72;23;
10;g+cgg;81;20;;101;10;42;;
2;agg+cga;40;;;40;;21;;
4;carre ccc;61;20;;81;16;32;;
5;autres;10;;;10;;5;;
;;192;40;;232;;19;;
&lt;/pre&gt;
====cyano, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;99
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3
atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga;
gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99
27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150
atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150
ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150
gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100
tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100
cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga;
gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100
ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150
atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100
ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100
gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50
;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950
rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35
att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25
atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7
tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga;
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12
cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100
gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est  2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946
&lt;/pre&gt;

==bacteroide==
===myr===
====myr opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;;
34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd
Myroides sp. A21;;;;;;;;;;
comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441;
comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;;
comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378;
;;;;;;;;;;
;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329;
comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;;
comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;;
comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;;
comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;;
comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;;
comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406;
;;;;;;;;;;
comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129;
comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;;
comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;;
comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;;
;296032..297210;;CDS;;;;;;393;
;;;;;;;;;;
;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329;
comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;;
comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;;
comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;;
comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;;
comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;;
comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;;
comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;;
;329763..330281;;CDS;;;;;;173;
;;;;;;;;;;
comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159;
comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110;
comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884;
comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;;
comp;358060..358136;;atc;;75;;;;;
comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524;
comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110;
comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894;
comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;;
comp;363423..363499;;atc;;75;;;;;
comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524;
comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396;
;;;;;;;;;;
comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492;
comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;;
comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;;
comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;;
comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;;
comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;;
comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88;
;;;;;;;;;;
comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84;
comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;;
comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;;
comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;;
comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;;
comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;;
comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;;
comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492;
;;;;;;;;;;
comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079;
comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110;
comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884;
comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;;
comp;577865..577941;;atc;;76;;;;;
comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524;
comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110;
comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894;
comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;;
comp;583231..583307;;atc;;77;;;;;
comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524;
comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189;
;;;;;;;;;;
comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66;
comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;;
comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396;
comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;;
comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;;
comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;;
comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100;
;;;;;;;;;;
;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219;
;782255..782330;;atgf;;93;93;;;;
;782424..782978;;CDS;;;;;;185;
;;;;;;;;;;
comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148;
;783784..783859;;atgf;;110;110;;;;
comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639;
;;;;;;;;;;
comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141;
comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;;
comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151;
;;;;;;;;;;
;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251;
comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;;
comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;;
comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;;
comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;;
comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;;
comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;;
;870173..870646;;CDS;;;;;;158;
;;;;;;;;;;
;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262;
comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;;
comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;;
;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068;
;;;;;;;;;;
comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314;
;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;;
comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165;
;;;;;;;;;;
;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155;
comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110;
comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884;
comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;;
comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;;
comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524;
comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110;
comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894;
comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;;
comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;;
comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524;
comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;;
comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448;
;;;;;;;;;;
;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228;
comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;;
comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119;
;;;;;;;;;;
;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214;
;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;;
;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;;
comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145;
;;;;;;;;;;
;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106;
;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;;
;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;;
;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;;
comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182;
;;;;;;;;;;
comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463;
;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;;
;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;;
;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280;
;;;;;;;;;;
;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292;
comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;;
comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275;
comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;;
comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;;
comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134;
;;;;;;;;;;
&gt;;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521;
comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;;
comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;;
&lt;;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24;
;;;;;;;;;;
;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329;
comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;;
comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124;
comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;;
comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;;
comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866;
;;;;;;;;;;
comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250;
;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;;
;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;;
;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;;
comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329;
;;;;;;;;;;
;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181;
;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524;
;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;;
;2085603..2085679;;gca;;150;;;;;
;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884;
;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110;
;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286;
;;;;;;;;;;
;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110;
;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;;
;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;;
;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163;
;;;;;;;;;;
comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232;
comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;;
comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209;
comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;;
;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129;
;;;;;;;;;;
comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421;
comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;;
;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314;
;;;;;;;;;;
comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331;
comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;;
;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217;
;;;;;;;;;;
;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664;
;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524;
;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;;
;2566179..2566255;;gca;;118;;;;;
;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883;
;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110;
;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610;
;;;;;;;;;;
comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610;
comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;;
;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651;
;;;;;;;;;;
comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136;
comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;;
comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125;
;;;;;;;;;;
;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239;
;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;;
;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;;
;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;;
;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;;
comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392;
;;;;;;;;;;
comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75;
comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;;
comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467;
;;;;;;;;;;
;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273;
;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;;
;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;;
;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;;
;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;;
comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374;
;;;;;;;;;;
;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470;
;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;;
;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;;
comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160;
;;;;;;;;;;
;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329;
comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;;
comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;;
comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;;
;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203;
&lt;/pre&gt;

====myr cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]]
&lt;pre&gt;
myr cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0
;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4
;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4
;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10
;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6
;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6
sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3
;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5
;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6
;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26
;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79
total aas;;101;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;;
;;;variance;120;0;;242;;;;209;;
sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189
;;;variance;13;;;90;;;;122;;78
&lt;/pre&gt;

====myr blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]]
&lt;pre&gt;
myr blocs;;;;;;;
CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155
5s;107;110;107;110;5s;105;110
23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;76;;atc;75;
16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524
5s;103;110;106;110;5s;105;110
23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894
gca;88;;88;;gca;88;
atc;75;;77;;atc;77;
16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524
CDS;;396;;189;aac;90;
;;;;;CDS;;448
;;;;;;;
CDS;1103;181;1072;664;;;
16s;77;1524;74;1524;;;
atc;88;;90;;;;
gca;150;;118;;;;
23s;106;2884;105;2883;;;
5s;156;110;279;110;;;
CDS;;286;;644;;;
&lt;/pre&gt;

====myr remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]]
*code génétique de myr
&lt;pre&gt;
myr;;;;;;;101
atgi;2;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1
atc;8;acc;1;aac;3;agc;2
ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1
tta;4;tca;3;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;6;aga;3
cta;2;cca;4;caa;2;cga;1
gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====myr distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2
cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;
fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa
1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite
;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;;30;;gta;52;;cgt
;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;;30;;gta;**;;cgt
;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;;30;;gta;22;;tgc
2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;;42;;gta;22;;tgc
2;0;50;50;69;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s 16s;;;**;;gta;22;;tgc
;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;266;;;31;;aga;22;;tgc
1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;265;;;7;;cca;**;;tgc
1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;267;;;**;;agc;26;;cac
;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;23s 5s;;;90;;ctc;25;;cac
3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;2* 109;;;34;;aaa;24;;cac
1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;105;;;39;;aaa;**;;cac
2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;2* 108;;;48;;aaa;49;;tac
4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;3* 107;;;36;;aaa;51;;tac
1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;5s CDS;;;**;;aaa;44;;tac
1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;259;;;36;;aca;**;;tac
1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;165;;;41;;aca;83;;aga
1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;156;;;42;;aca;**;;aga
;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;242;-38;279;;;41;;aca;39;;cca
1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;90;381;16s tRNA;;;**;;aca;10;;cca
;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;88;125;3* 80;;atc;40;;gaa;**;;agc
;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;85;128;81;;atc;37;;gaa;;;
;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;635;100;3* 82;;atc;38;;gaa;;;
;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;314;145;79;;atc;38;;gaa;;;
;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;51;353;tRNA 23s;;;38;;gaa;;;
;1;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;186;366;6*151;;gca;**;;gaa;;;
;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;69;497;2* 119;;gca;20;;acc;;;
;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;147;43;tRNA 16s;;;30;;tac;;;
1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;108;312;90;;aac;**;;aca;;;
;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;201;39;tRNA tRNA;;intra;37;;gga;;;
;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;286;99;7* 91;;atc gca;37;;gga;;;
;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;72;965;93;;atc gca;37;;gga;;;
1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;114;;;;;37;;gga;;;
;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;106;;;;;37;;gga;;;
1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;150;;;;;**;;gga;;;
;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;299;;;;;221;;caa;;;
1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;125;;;;;**;;caa;;;
1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;235;;;;;373;;aac;;;
;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;20;;;;;**;;aac;;;
1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;294;;;;;151;;gac;;;
;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;497;;;;;202;;gac;;;
4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;61;;;;;**;;gac;;;
32;47;total;979;2274;total;979;2274;-43;0;0;79;;;;;186;;cta;;;
27;43;diagr;828;2081;diagr;97;899;-44;0;1;90;;;;;**;;cta;;;
0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;215;;;;;24;;atgi;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;**;;atgi;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;341;;tta;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;**;;tta;;;
;x;974;20;5;999;;;-49;0;0;;;;;;9;;tta;;;
;c;2261;282;13;2556;;;-50;0;0;;;;;;**;;ggc;;;
;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;35;;ttc;;;
;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;26;;ttc;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;;
&lt;/pre&gt;
=====myr autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;myr;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;151454;273;comp;
;tRNA;153050;208;comp;tca
fin;CDS;153343;;comp;
deb;CDS;171836;177;comp;
;regulatory;174323;162;;
fin;CDS;174673;;comp;
deb;CDS;211346;123;;
;tRNA;212456;30;comp;gta
;tRNA;212561;30;comp;gta
;tRNA;212666;30;comp;gta
;tRNA;212771;42;comp;gta
;tRNA;212888;92;comp;gta
fin;CDS;213058;;comp;
deb;CDS;294948;146;comp;
;tRNA;295481;31;comp;aga
;tRNA;295586;7;comp;cca
;tRNA;295668;280;comp;agc
fin;CDS;296032;;;
deb;CDS;327067;115;;
;tRNA;328169;466;comp;aaa
deb;CDS;328708;73;;
;tRNA;328940;90;comp;ctc
;tRNA;329112;34;comp;aaa
;tRNA;329219;39;comp;aaa
;tRNA;329331;48;comp;aaa
;tRNA;329452;36;comp;aaa
;tRNA;329561;129;comp;aaa
fin;CDS;329763;;;
deb;CDS;353908;259;comp;
;rRNA;354644;109;comp;5s
;rRNA;354863;151;comp;23s
;tRNA;357898;91;comp;gca
;tRNA;358063;80;comp;atc
;rRNA;358217;266;comp;16s
;rRNA;360001;105;comp;5s
;rRNA;360216;151;comp;23s
;tRNA;363261;91;comp;gca
;tRNA;363426;80;comp;atc
;rRNA;363580;688;comp;16s
fin;CDS;365786;;comp;
deb;CDS;407344;144;comp;
;tRNA;408964;36;comp;aca
;tRNA;409074;41;comp;aca
;tRNA;409189;42;comp;aca
;tRNA;409305;41;comp;aca
;tRNA;409420;81;comp;aca
fin;CDS;409575;;comp;
deb;CDS;539601;209;comp;
;tRNA;542039;32;comp;other
fin;CDS;542191;;comp;
deb;CDS;550792;40;comp;
;tRNA;551084;40;comp;gaa
;tRNA;551196;37;comp;gaa
;tRNA;551305;38;comp;gaa
;tRNA;551415;38;comp;gaa
;tRNA;551525;38;comp;gaa
;tRNA;551635;75;comp;gaa
fin;CDS;551782;;comp;
deb;CDS;571079;165;comp;
;rRNA;574481;109;comp;5s
;rRNA;574700;119;comp;23s
;tRNA;577703;91;comp;gca
;tRNA;577868;81;comp;atc
;rRNA;578023;265;comp;16s
;rRNA;579806;108;comp;5s
;rRNA;580024;151;comp;23s
;tRNA;583069;91;comp;gca
;tRNA;583234;82;comp;atc
;rRNA;583390;1071;comp;16s
fin;CDS;585979;;comp;
deb;CDS;719558;16;comp;
;tRNA;719772;60;comp;tgg
deb;CDS;719903;58;comp;
;tRNA;721149;20;comp;acc
;tRNA;721241;30;comp;tac
;tRNA;721352;93;comp;aca
fin;CDS;721519;;comp;
deb;CDS;781522;76;;
;tRNA;782255;96;;atgf
fin;CDS;782424;;;
deb;CDS;783008;332;comp;
;tRNA;783784;113;;atgf
fin;CDS;783970;;comp;
deb;CDS;814859;544;comp;
;tRNA;815826;10;comp;cga
fin;CDS;815910;;comp;
deb;CDS;868515;40;;
;tRNA;869308;37;comp;gga
;tRNA;869418;37;comp;gga
;tRNA;869528;37;comp;gga
;tRNA;869638;37;comp;gga
;tRNA;869748;37;comp;gga
;tRNA;869858;242;comp;gga
fin;CDS;870173;;comp;
deb;CDS;887776;96;;
;regulatory;888352;64;;
fin;CDS;888516;;;
deb;CDS;900643;77;comp;
;regulatory;902862;75;comp;
fin;CDS;903026;;comp;
deb;CDS;1010425;95;;
;tRNA;1011306;221;comp;caa
;tRNA;1011598;183;comp;caa
fin;CDS;1011852;;;
deb;CDS;1110980;158;comp;
;tRNA;1112080;47;;ttg
fin;CDS;1112207;;comp;
deb;CDS;1113809;158;;
;rRNA;1114432;107;comp;5s
;rRNA;1114649;151;comp;23s
;tRNA;1117684;91;comp;gca
;tRNA;1117849;80;comp;atc
;rRNA;1118003;267;comp;16s
;rRNA;1119788;107;comp;5s
;rRNA;1120005;151;comp;23s
;tRNA;1123050;91;comp;gca
;tRNA;1123215;82;comp;atc
;rRNA;1123371;1349;comp;16s
;tRNA;1126238;90;comp;aac
fin;CDS;1126402;;comp;
deb;CDS;1214932;104;;
;tRNA;1215720;88;comp;tgc
fin;CDS;1215879;;comp;
deb;CDS;1391184;85;;
;tRNA;1391911;373;;aac
;tRNA;1392358;593;;aac
fin;CDS;1393025;;comp;
deb;CDS;1597909;635;;
;tRNA;1598862;151;;gac
;tRNA;1599087;202;;gac
;tRNA;1599366;169;;gac
fin;CDS;1599612;;comp;
deb;CDS;1604664;112;comp;
;regulatory;1606846;57;comp;
fin;CDS;1607085;;comp;
deb;CDS;1643091;132;comp;
;tRNA;1644612;186;;cta
;tRNA;1644880;314;;cta
fin;CDS;1645276;;;
deb;CDS;1721814;66;;
;tRNA;1722756;51;comp;tgg
fin;CDS;1722878;;comp;
deb;CDS;1738209;186;comp;
;tRNA;1739220;24;comp;atgi
;tRNA;1739318;69;comp;atgi
fin;CDS;1739464;;comp;
deb;CDS;1924596;-38;;
;tRNA;1926121;341;comp;tta
;tRNA;1926548;381;comp;tta
fin;CDS;1927015;;;
deb;CDS;1928728;125;;
;tRNA;1929840;147;comp;tta
deb;CDS;1930073;108;comp;
;tRNA;1930553;9;comp;tta
;tRNA;1930648;201;comp;ggc
fin;CDS;1930922;;comp;
deb;CDS;1961822;128;comp;
;tRNA;1962700;35;;ttc
;tRNA;1962808;26;;ttc
;tRNA;1962907;100;;ttc
fin;CDS;1963080;;comp;
deb;CDS;2082191;1104;;
;rRNA;2083838;82;;16s
;tRNA;2085438;91;;atc
;tRNA;2085603;151;;gca
;rRNA;2085828;108;;23s
;rRNA;2088820;156;;5s
fin;CDS;2089086;;;
deb;CDS;2147912;286;;
;tRNA;2148528;52;;cgt
;tRNA;2148654;72;;cgt
fin;CDS;2148800;;;
deb;CDS;2207990;114;comp;
;tRNA;2208800;106;comp;atgf
deb;CDS;2208979;150;comp;
;tRNA;2209756;145;comp;atgj
fin;CDS;2209975;;;
deb;CDS;2224025;53;comp;
;ncRNA;2225644;58;comp;
fin;CDS;2225810;;comp;
deb;CDS;2302059;133;;
;regulatory;2303686;199;;
fin;CDS;2304079;;;
deb;CDS;2425634;299;comp;
;tRNA;2427196;353;comp;cca
fin;CDS;2427624;;;
deb;CDS;2434061;125;comp;
;tRNA;2435179;366;comp;atgj
fin;CDS;2435619;;;
deb;CDS;2505104;88;comp;
;ncRNA;2506290;93;;
fin;CDS;2506482;;comp;
deb;CDS;2561350;1073;;
;rRNA;2564415;79;;16s
;tRNA;2566012;93;;atc
;tRNA;2566179;119;;gca
;rRNA;2566372;107;;23s
;rRNA;2569362;279;;5s
fin;CDS;2569751;;;
deb;CDS;2640485;167;comp;
;regulatory;2641078;541;comp;
fin;CDS;2641765;;;
deb;CDS;2676791;235;comp;
;tRNA;2678856;497;comp;tca
fin;CDS;2679438;;;
deb;CDS;2729998;20;;
;tRNA;2731143;22;;tgc
;tRNA;2731236;22;;tgc
;tRNA;2731329;22;;tgc
;tRNA;2731422;22;;tgc
;tRNA;2731515;294;;tgc
fin;CDS;2731880;;;
deb;CDS;2977513;497;comp;
;tRNA;2978418;61;comp;gta
fin;CDS;2978554;;comp;
deb;CDS;3228192;79;;
;tRNA;3228988;26;;cac
;tRNA;3229088;25;;cac
;tRNA;3229187;24;;cac
;tRNA;3229285;43;;cac
fin;CDS;3229402;;comp;
deb;CDS;3299472;99;;
;tmRNA;3300558;220;comp;
fin;CDS;3301177;;;
deb;CDS;3394869;90;comp;
;tRNA;3395184;215;comp;tca
fin;CDS;3395484;;comp;
deb;CDS;3457542;150;;
;tRNA;3458511;49;;tac
;tRNA;3458644;51;;tac
;tRNA;3458776;44;;tac
;tRNA;3458901;312;;tac
fin;CDS;3459294;;comp;
deb;CDS;3475368;61;comp;
;regulatory;3476731;337;comp;
fin;CDS;3477177;;;
deb;CDS;3488568;61;comp;
;regulatory;3489832;337;comp;
fin;CDS;3490278;;;
deb;CDS;3951958;595;;
;tRNA;3953963;83;;aga
;tRNA;3954120;39;;aga
fin;CDS;3954233;;comp;
deb;CDS;3975219;99;;
;tRNA;3976305;39;comp;cca
;tRNA;3976419;10;comp;cca
;tRNA;3976504;965;comp;agc
fin;CDS;3977553;;;
deb;CDS;4054689;76;;
;ncRNA;4055338;275;comp;
fin;CDS;4055928;;;
&lt;/pre&gt;

====myr intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;;
myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;fréquencez
;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6
;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2
;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6
;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4
;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2
;'''601 à max;150;4.2;'''601 à  1353;802;166;;;20;108;660;8
;'''total 3555;&lt;201;77.7;'''total  3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5
adresse;intercalx;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;eréquence-1;30;70;680;3
1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3
4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2
3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10
3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4
4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2
3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10
2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2
3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6
3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4
3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5
792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4
128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5
1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3
2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2
3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2
1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3
3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1
2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1
3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0
3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1
638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3
3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1
3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3
1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2
3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2
180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1
226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0
102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2
1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0
66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1
1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2
2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2
3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3
485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1
1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1
2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0
1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1
1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;&lt;u&gt;fréquencef;220;14;1060;0
2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0
3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2
3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0
3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1
3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0
1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0
3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1
248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0
;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1
;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1
adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0
849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1
3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0
3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0
1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12
626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150
3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;;
569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;;
3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;;
3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;;
890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;;
1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;;
1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;;
1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;;
2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;;
2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;;
3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;;
74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;;
1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;;
1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;;
3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;;
424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;;
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&amp;-94;717;-1739;143;742;254;min50
31 à 400;;;;;;;;&amp;7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-7;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&amp;215;69;;452;poly;290;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;117;42;-;811;poly;86;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''.
*Corrélations et fréquences faibles 
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;;
41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;;
1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc-
0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;&gt;0;974;-1;0;71
10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;&lt;0;20;-2;0;0
20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2
30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60
40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0
50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;&gt;0;2261;-6;3;0
60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;&lt;0;282;-7;0;10
70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34
80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0
90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3
100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28
110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0
120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1
130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22
140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0
150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2
160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15
170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0
180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1
190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6
200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0
210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0
220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7
230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0
240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1
250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4
260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0
270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0
280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3
290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0
300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0
310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1
320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0
330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3
340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1
350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0
360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0
370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2
380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0
390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0
400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2
reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0
total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0
diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1
 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0
 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;;reste;1;0
;;;;;;;;;;;;;total;20;282
&lt;/pre&gt;

====myr  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20
continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20
;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282
&lt;/pre&gt;

====myr autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286;
;&amp;tRNA;153050;208;comp;;;&amp;tRNA;815826;10;comp;;;&amp;tRNA;2148528;52;
fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&amp;tRNA;2148654;72;
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;regulatory;174323;162;;;;&amp;tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp
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;&amp;tRNA;212561;30;comp;;;&amp;tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;;
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;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====myr intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;;
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;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls
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&lt;/pre&gt;

===fps===
====fps opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;;
32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;
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comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;;
comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;;
comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;;
;;;;;;;;;;;
;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;;
;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;;
;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;;
;;;;;;;;;;;
comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;;
;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;;
comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;;
;;;;;;;;;;;
comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;;
;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;;
comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;;
comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;;
&lt;/pre&gt;

====fps cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]]
&lt;pre&gt;
fps cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0
;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1
;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4
;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6
;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8
;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2
;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5
;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5
sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4
;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2
;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4
;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24
;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65
total aas;;49;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;;
;;;variance;85;0;;374;;;;276;;
sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181
;;;variance;9;;;82;;;;126;;78
&lt;/pre&gt;

====fps blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]]
&lt;pre&gt;
fps blocs;;;;;;
CDS;1042;226;1149;84;1082;649
16s;110;1500;110;1500;110;1500
atc;158;;158;;158;
gca;213;;213;;213;
23s;156;2885;156;2885;156;2885
5s;204;106;931;106;282;106
CDS;;251;;599;;322
;;;;;;
;;;105;129;;
CDS;1079;487;116;846;288;112
5s;156;106;156;106;156;106
23s;213;2885;213;2885;213;2885
gca;158;;158;;158;
atc;110;;110;;110;
16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500
CDS;;230;;968;;418
&lt;/pre&gt;

====fps remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]]
*code génétique fps
&lt;pre&gt;
fps;;;;;;;49
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1
atc;6;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====fps données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;7;12;0;7;12;-1;0;60;104;46;16s tRNA;;
;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;6* 105;;atc
;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;tRNA 23s;;
;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;6* 214;;gca
1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;tRNA tRNA;;intra
2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;6* 161;;atc gca
;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;tRNA tRNA;;
1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;-;296;ttg
;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;**;;cta
;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;43;;ctc
2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;26;;aaa
2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;**;;aaa
;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;31;;gaa
1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;**;;gaa
3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;15;;agc
1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;33;;cca
1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;**;;aga
1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;34;;atgf
1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;**;;atgf
;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;43;;ggc
;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;**;;tta
1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;86;;acc
;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;141;;tac
;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;**;;aca
1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;
;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;
1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;
;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;
;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;
1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;
;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;
2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;CDS 16s;;;;
1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;1035;1075;;;
;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;1142;1269;;;
;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;1563;;;;
;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;1003;;;;
;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;23s 5s;;;;
;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;6* 154;;;;
;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;5s CDS;;;;
;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;202;268;;;
;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;280;;;
;4;reste;74;101;reste;495;1052;-42;0;0;;268;;;
23;31;total;559;1625;total;559;1625;-43;0;0;;114;;;
23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;286;;;
0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;552;42;7;601;;;-49;0;0;;;;;
;c;1613;209;12;1834;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;2435;115;;reste;0;3;;;;;
;;;;;;2550;;total;42;209;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====fps autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;fps;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;3517;4200;46;*;
;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga
fin;comp;CDS;4422;4781;;0;
deb;;CDS;113561;114154;107;*;
;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac
fin;comp;CDS;114483;115817;;;
deb;comp;CDS;190346;191287;175;*;
;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg
;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta
fin;;CDS;192053;193441;;;
deb;;CDS;295793;295996;133;*;
;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi
fin;comp;CDS;296290;296694;;0;
deb;comp;CDS;318122;319414;899;*;
;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac
fin;comp;CDS;320474;321400;;;
deb;comp;CDS;371118;374351;151;*;
;;tRNA;374503;374573;50;*;caa
fin;comp;CDS;374624;375631;;0;
deb;comp;CDS;431782;433344;51;*;
;comp;ncRNA;433396;433502;51;*;
fin;comp;CDS;433554;433847;;;
deb;comp;CDS;464114;466717;128;*;
;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca
fin;;CDS;467084;468346;;0;
deb;;CDS;507944;508621;1035;*;
;;rRNA;509657;511168;105;*;1512
;;tRNA;511274;511347;161;*;atc
;;tRNA;511509;511582;214;*;gca
;;rRNA;511797;514683;154;*;2887
;;rRNA;514838;514947;202;*;110
fin;;CDS;515150;515902;;;
deb;;CDS;586281;586805;94;*;
;;regulatory;586900;587164;29;*;
fin;;CDS;587194;589056;;;
deb;;CDS;596537;597679;312;*;
;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc
;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa
;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa
fin;;CDS;598418;598936;;1;
deb;;CDS;642117;643595;91;*;
;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa
;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa
deb;;CDS;644027;644278;1142;*;
;;rRNA;645421;646932;105;*;1512
;;tRNA;647038;647111;161;*;atc
;;tRNA;647273;647346;214;*;gca
;;rRNA;647561;650447;154;*;2887
;;rRNA;650602;650711;268;*;110
fin;comp;CDS;650980;651266;;0;
deb;;CDS;659297;660505;37;*;
;;tmRNA;660543;660939;63;*;
fin;comp;CDS;661003;661833;;;
deb;;CDS;726614;727399;210;*;
;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta
fin;comp;CDS;727766;728980;;0;
deb;;CDS;852715;853170;131;*;
;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac
fin;comp;CDS;853451;854167;;0;
deb;;CDS;897041;897184;75;*;
;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt
fin;;CDS;897383;897955;;0;
deb;comp;CDS;982868;984043;254;*;
;;tRNA;984298;984384;15;*;agc
;;tRNA;984400;984474;33;*;cca
;;tRNA;984508;984581;96;*;aga
fin;;CDS;984678;985880;;1;
deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*;
;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512
;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc
;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca
;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887
;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110
fin;comp;CDS;1119253;1120218;;;
deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*;
;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta
fin;comp;CDS;1125312;1125686;;;
deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*;
;;ncRNA;1142245;1142342;13;*;
fin;;CDS;1142356;1142553;;;
deb;;CDS;1285061;1285477;148;*;
;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac
fin;;CDS;1286184;1286810;;;
deb;;CDS;1311356;1311642;268;*;
;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110
;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887
;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca
;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc
;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512
deb;;CDS;1318471;1319160;0;*;
;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*;
fin;;CDS;1319822;1323886;;;
deb;;CDS;1325084;1325431;419;*;
;;repeat_region;1325851;1326881;279;*;
fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0;
deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*;
;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca
fin;comp;CDS;1397524;1398660;;;
deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*;
;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca
fin;comp;CDS;1623009;1623275;;;
deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*;
;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf
;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf
fin;;CDS;1817348;1817794;;;
deb;;CDS;1859580;1860149;308;*;
;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj
fin;;CDS;1860675;1861067;;;
deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*;
;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga
fin;comp;CDS;1905708;1906157;;;
deb;;CDS;1995546;1996253;35;*;
;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga
fin;;CDS;1996643;1997074;;;
deb;;CDS;2088524;2089369;114;*;
;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110
;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887
;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca
;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc
;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512
fin;comp;CDS;2096338;2099241;;;
deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*;
;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*;
fin;comp;CDS;2146693;2148675;;;
deb;;CDS;2182840;2185440;138;*;
;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc
;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta
fin;comp;CDS;2185876;2190132;;;
deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*;
;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg
deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*;
;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc
;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac
;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca
fin;comp;CDS;2298124;2298426;;;
deb;;CDS;2506720;2507055;286;*;
;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110
;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887
;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca
;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc
;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512
fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0;
deb;;CDS;2632307;2633335;53;*;
;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc
fin;;CDS;2633723;2634982;;;
deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*;
;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc
fin;comp;CDS;2753569;2757033;;;
deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*;
;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc
fin;comp;CDS;2801995;2802585;;;
&lt;/pre&gt;

====fps distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===bacteroide synthèse===
====bacteroide distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
myr;11;16;;;1;16;57;;101
fps;11;20;;;;12;6;;49
total;22;36;0;0;1;28;63;0;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution du total====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]]
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;85;36;;;1 -16s tac;28;150
&lt;/pre&gt;

====bacteroide distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;
atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;
gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6
ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====bacteroide par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;3;2;0;;;;5;
16;moyen;16;10;12;;;28;66;
14;fort;17;10;51;;;1;79;
; ;36;22;63;;;29;150;
10;g+cga;2;;;;;;2;
2;agg+cgg;;;;;;;;
4;carre ccc;1;2;;;;;3;
5;autres;;;;;;;;
;;3;2;;;;;5;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;20;13;;;;;33;26
16;moyen;107;67;80;;;187;440;324
14;fort;113;67;340;;;7;527;650
; ;240;147;420;;;193;150;729
10;g+cgg;13;;;;;;13;10
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;7;13;;;;;20;16
5;autres;;;;;;;;
;;20;13;;;;;33;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bact2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;25;17;;41;26;8;9;
16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19
14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81
; ;298;182;521;121;729;36;22;63
10;g+cgg;17;;;17;10;;;
2;agg+cga;;;;;;;;
4;carre ccc;8;17;;25;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;25;17;;41;;;;
&lt;/pre&gt;
====bacteroide, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;121
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2
atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3
ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4
cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2
gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121
27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250
att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100
atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150
ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150
gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100
tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga;
ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200
cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100
gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350
ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150
atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg;
ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050
rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100
ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16
atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34
tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100
ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46
cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58
gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est  12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059
&lt;/pre&gt;

==tenericutes==
===abra===
====abra opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;;
35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;;
;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;;
;253517..253601;;tac;;214;;;;;;
;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;;
;255489..255565;;atc;;88;;;;;;
;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;;
;258542..258652;;5s;;11;;;;111;;
;258664..258740;;aac;;149;;;;;;
;258890..259000;;5s;;11;;;;111;;
;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;;
;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;;
;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;;
;262159..262235;;atc;;88;;;;;;
;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;;
;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;;
;265337..265412;;gta;;44;;;44;;;
;265457..265532;;aca;;11;;;11;;;
;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;;
;265627..265713;;tta;;8;;;8;;;
;265722..265797;;gca;;72;;;72;;;
;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;;
;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;;
;266075..266165;;tca;;8;;;8;;;
;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;;
;266255..266330;;gac;;11;;;11;;;
;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;;
;266555..267409;;CDS;;;;;;285;;
;;;;;;;;;;;
;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;;
;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;;
;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;;
;;;;;;;;;;;
;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;;
comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;;
comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;;
comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;;
comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;;
;626952..627599;;CDS;;;;;;216;;
;;;;;;;;;;;
;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;;
comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;;
;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;;
;;;;;;;;;;;
;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;;
comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;;
;756819..757373;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;;
;808325..808401;;aga;;216;216;;;;;
;808618..808854;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;;
;830027..830102;;agg;;27;27;;;;;
;830130..831458;;CDS;;;;;;443;;
;;;;;;;;;;;
comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;;
comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;;
comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;;
comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;;
;;;;;;;;;;;
;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;;
;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;;
;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;;
;;;;;;;;;;;
comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;;
comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;;
comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;;
;;;;;;;;;;;
comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;;
;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;;
comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;;
;;;;;;;;;;;
comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;;
comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;;
comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;;
;;;;;;;;;;;
comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;;
comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;;
comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;;
comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;;
comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;;
comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;;
;;;;;;;;;;;
comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;;
comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;;
comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;;
comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;;
comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;;
comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;;
comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;;
comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;;
comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;;
comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;;
comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;;
comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;;
comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;;
;;;;;;;;;;;
comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;;
comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;;
comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;;
;;;;;;;;;;;
comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;;
comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;;
comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;;
;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;;
;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;;
comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;;
;;;;;;;;;;;
comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;;
comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;;
comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;;
;;;;;;;;;;;
comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;;
comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;;
comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;;
comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;;
comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;;
&lt;/pre&gt;

====abra cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]]
&lt;pre&gt;
abra cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0
;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3
;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5
;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5
;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3
;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3
sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2
;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0
;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12
;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40
total aas;;45;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;;
;;;variance;;;;226;;;;187;;
sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148
;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74
&lt;/pre&gt;

====abra blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]]
&lt;pre&gt;
abra blocs;;
CDS;86;58
tac;214;
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;11;111
aac;149;
5s;11;111
aac;860;
CDS;432;35
16s;137;1536
atc;88;
23s;34;2854
5s;14;111
gta;44;
;;
CDS;96;104
aac;11;
5s;34;111
23s;158;2854
16s;432;1535
CDS;860;35
aac;11;
5s;149;111
aac;11;
5s;34;111
23s;159;2854
16s;431;1536
CDS;;177
&lt;/pre&gt;

====abra remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
abra;;;;;;;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]]
*code génétique abra
&lt;pre&gt;
tenericutes;sans rRNA;&gt;1 aas 12;1aas  ;avant 16s;après 5s;après 16s;
abra;;gac gaa;14;1;16;2;45
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;2;acc;1;aac;5;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;2;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====abra données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;tRNA 16s;;
;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;215;;tac
;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;16s tRNA;;
;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;2* 145;;atc
;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;tRNA 23s;;
1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;2* 89;;atc
;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;5s tRNA;;
3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;5* 11;;aac
1;1;80;15;34;8;0;15;-9;1;0;27;137;14;;gta
1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;tRNA 5s;;
;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;2* 149;;aac
;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;tRNA tRNA;;contig
;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;44;;gta
1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;11;;aca
1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;7;;aaa
1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;8;;tta
;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;72;;gca
;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;7;;atgj
;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;44;;atgi
;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;8;;tca
;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;4;;atgf
;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;11;;gac
;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;**;;ttc
;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;tRNA tRNA;;
;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;66;;ggc
;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;17;;cca
;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;13;;cga
;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;**;;gac
;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;8;;tcg
;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;**;;gcc
;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;CDS 16s;;9;;gga
;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;433;;1;;cca
;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;433;;8;;cgt
;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;432;;**;;gaa
;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;16s 23s;;63;;cac
;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;167;;**;;caa
;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;168;;;;
;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;23s 5s;;;;
;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;4* 35;;;;
;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;
;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;
1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;
10;31;total;271;979;total;271;979;-43;0;0;;;;;
9;24;diagr;256;934;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;
0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;270;8;1;279;;;-49;0;1;;;;;
;c;967;409;12;1388;;;-50;0;1;;;;;
;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;
;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====abra autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;abra;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;6032;39;;
;misc_binding;8642;66;;
fin;CDS;8909;;;
deb;CDS;58474;199;;
;misc_binding;59219;96;;
fin;CDS;59565;;;
deb;CDS;175843;64;;
;regulatory;176513;67;;
fin;CDS;176678;;;
deb;CDS;226433;115;;
;regulatory;226962;128;;
fin;CDS;227191;;;
deb;CDS;241700;14;;
;ncRNA;242173;222;;
fin;CDS;242490;;;
deb;CDS;253260;86;;
;tRNA;253517;215;;tac
;rRNA;253817;145;;16s
;tRNA;255489;89;;atc
;rRNA;255655;35;;23s
;rRNA;258542;11;;5s
;tRNA;258664;149;;aac
;rRNA;258890;11;;5s
;tRNA;259012;860;;aac
deb;CDS;259949;433;;
;rRNA;260487;145;;16s
;tRNA;262159;89;;atc
;rRNA;262325;35;;23s
;rRNA;265212;14;;5s
;tRNA;265337;44;;gta
;tRNA;265457;11;;aca
;tRNA;265544;7;;aaa
;tRNA;265627;8;;tta
;tRNA;265722;72;;gca
;tRNA;265870;7;;atgj
;tRNA;265954;44;;atgi
;tRNA;266075;8;;tca
;tRNA;266174;4;;atgf
;tRNA;266255;11;;gac
;tRNA;266342;140;;ttc
fin;CDS;266558;;;
deb;CDS;296513;98;;
;misc_binding;297466;30;;
fin;CDS;297705;;;
deb;CDS;326721;0;;
;misc_feature;327414;18;;
fin;CDS;327552;;;
deb;CDS;574175;-5;;
;misc_binding;574941;43;;
fin;CDS;575188;;;
deb;CDS;582446;49;;
;tRNA;584175;170;;ctc
fin;CDS;584431;;;
deb;CDS;625631;84;;
;tRNA;626402;66;comp;ggc
;tRNA;626543;17;comp;cca
;tRNA;626637;13;comp;cga
;tRNA;626727;149;comp;gac
fin;CDS;626952;;;
deb;CDS;633550;63;;
;tRNA;634774;76;comp;acc
fin;CDS;634924;;;
deb;CDS;690994;64;;
;regulatory;692351;55;;
fin;CDS;692502;;;
deb;CDS;755442;64;;
;tRNA;756613;130;comp;aag
fin;CDS;756819;;;
deb;CDS;807788;108;;
;tRNA;808325;216;;aga
fin;CDS;808618;;;
deb;CDS;818257;29;comp;
;ncRNA;818478;-2;comp;
fin;CDS;818548;;comp;
deb;CDS;829563;155;;
;tRNA;830027;27;;agg
fin;CDS;830130;;;
deb;CDS;862237;104;;
;regulatory;863109;46;;
fin;CDS;863253;;;
deb;CDS;951162;56;;
;misc_feature;951899;10;;
fin;CDS;952033;;;
deb;CDS;979156;92;;
;ncRNA;980211;41;comp;
fin;CDS;980585;;comp;
deb;CDS;1000286;45;comp;
;misc_binding;1000883;36;comp;
fin;CDS;1001128;;comp;
deb;CDS;1033802;48;comp;
;regulatory;1034516;41;comp;
;regulatory;1034632;43;comp;
fin;CDS;1034750;;comp;
deb;CDS;1043459;55;comp;
;regulatory;1044225;61;comp;
fin;CDS;1044360;;comp;
deb;CDS;1055719;197;comp;
;misc_binding;1056720;146;comp;
fin;CDS;1057073;;;
deb;CDS;1125033;53;comp;
;misc_binding;1127681;34;comp;
fin;CDS;1127899;;comp;
deb;CDS;1135303;71;comp;
;regulatory;1136025;48;comp;
fin;CDS;1136190;;comp;
deb;CDS;1176200;434;comp;
;tRNA;1177198;8;comp;tcg
;tRNA;1177300;569;comp;gcc
fin;CDS;1177945;;comp;
deb;CDS;1187918;382;;
;tRNA;1188531;66;;tcc
fin;CDS;1188688;;;
deb;CDS;1194077;206;comp;
;tRNA;1194775;10;comp;ttg
fin;CDS;1194870;;comp;
deb;CDS;1221355;217;comp;
;tmRNA;1222634;262;;
fin;CDS;1223244;;;
deb;CDS;1251487;68;comp;
;tRNA;1252398;44;;gtc
fin;CDS;1252517;;comp;
deb;CDS;1416224;301;comp;
;tRNA;1416786;92;comp;tgc
fin;CDS;1416952;;comp;
deb;CDS;1427372;415;comp;
;tRNA;1428270;9;comp;gga
;tRNA;1428353;1;comp;cca
;tRNA;1428431;8;comp;cgt
;tRNA;1428516;73;comp;gaa
fin;CDS;1428665;;comp;
deb;CDS;1431948;96;comp;
;tRNA;1432356;11;comp;aac
;rRNA;1432444;35;comp;5s
;rRNA;1432590;167;comp;23s
;rRNA;1435609;433;comp;16s
deb;CDS;1437568;860;comp;
;tRNA;1438533;11;comp;aac
;rRNA;1438621;149;comp;5s
;tRNA;1438881;11;comp;aac
;rRNA;1438969;35;comp;5s
;rRNA;1439115;168;comp;23s
;rRNA;1442135;432;comp;16s
fin;CDS;1444094;;comp;
deb;CDS;1453717;96;comp;
;regulatory;1454971;38;comp;
fin;CDS;1455181;;comp;
deb;CDS;1532381;262;comp;
;tRNA;1533315;46;comp;cta
fin;CDS;1533446;;comp;
deb;CDS;1540295;171;comp;
;tRNA;1540706;47;comp;tgg
deb;CDS;1540828;137;comp;
;tRNA;1541892;63;;cac
;tRNA;1542031;714;;caa
fin;CDS;1542819;;comp;
deb;CDS;1716869;854;comp;
;tRNA;1718041;87;comp;acg
fin;CDS;1718204;;comp;
deb;CDS;1729328;30;comp;
;regulatory;1729649;73;comp;
fin;CDS;1729832;;comp;
deb;CDS;1742909;493;comp;
;tRNA;1744152;109;comp;gaa
fin;CDS;1744337;;comp;
deb;CDS;1747424;100;comp;
;tRNA;1747827;102;comp;agc
fin;CDS;1748022;;comp;
deb;CDS;1796937;102;comp;
;regulatory;1799337;112;comp;
fin;CDS;1799628;;comp;
&lt;/pre&gt;

====abra intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]]
*'''intercalaires entre cds''', tableau.
&lt;pre&gt;
abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;;
abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5
;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417
;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13
;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157
;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56
;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94
;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42
;Total 1667;&lt;201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40
adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21
1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24
1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27
1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26
1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28
87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29
826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20
171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30
1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27
819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22
1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27
158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22
1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19
968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16
1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17
816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17
1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26
1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25
1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20
133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26
1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17
1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18
615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13
1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21
1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19
153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20
1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16
1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7
1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8
1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10
556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12
151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13
493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10
1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10
1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3
1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5
178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6
1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12
1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4
36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1
;;38;6;320;10;;620;1;230;9
;;39;3;330;4;;640;1;235;7
;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3
;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2
;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5
;;;;370;6;;720;1;255;8
adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3
1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7
1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3
1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7
169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1
353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1
758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3
891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3
1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2
1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0
1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1
1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7
1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3
1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1
738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3
1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0
1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1
904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1
1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2
844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4
986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0
1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3
526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3
1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61
251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;;
abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;;
abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;;
myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;;
94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;;
71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;;
;;;;;;;;;;;;;;
diagrammes;;;;;;;;;;;;;;
abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&amp;-99;750;-1818;148;702;253;min60
31 à 400;;;;;;;;&amp;21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&amp;223;71;;425;poly;277;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;118;42;-;827;poly;85;tF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et faibles fréquences
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;;
41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;;
1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;;
abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc-
0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;&gt;0;270;-1;0;68
10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;&lt;0;8;-2;0;0
20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0
30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141
40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2
50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;&gt;0;967;-6;0;0
60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;&lt;0;409;-7;0;1
70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70
80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total;1388;-9;1;0
90;9;32;;90;35;34;;9;2;16;;;-10;0;3
100;10;23;;100;39;25;;10;1;12;;;-11;0;34
110;8;35;;110;31;37;;11;0;19;;;-12;1;0
120;16;29;;120;63;31;;12;1;33;;;-13;0;1
130;12;31;;130;47;33;;13;0;13;;;-14;1;24
140;7;24;;140;27;26;;14;3;11;;;-15;0;0
150;10;30;;150;39;32;;15;1;13;;;-16;0;1
160;10;26;;160;39;28;;16;0;7;;;-17;1;16
170;2;13;;170;8;14;;17;1;6;;;-18;0;0
180;8;14;;180;31;15;;18;0;11;;;-19;0;1
190;9;14;;190;35;15;;19;1;7;;;-20;0;12
200;4;9;;200;16;10;;20;2;7;;;-21;0;0
210;4;7;;210;16;7;;21;2;5;;;-22;0;1
220;3;13;;220;12;14;;22;0;7;;;-23;0;6
230;2;8;;230;8;9;;23;1;14;;;-24;1;0
240;7;3;;240;27;3;;24;2;4;;;-25;0;1
250;1;6;;250;4;6;;25;0;5;;;-26;1;4
260;3;8;;260;12;9;;26;2;5;;;-27;0;0
270;3;7;;270;12;7;;27;2;3;;;-28;0;0
280;2;6;;280;8;6;;28;1;1;;;-29;0;1
290;1;3;;290;4;3;;29;0;3;;;-30;0;0
300;4;1;;300;16;1;;30;0;4;;;-31;0;1
310;0;1;;310;0;1;;31;0;4;;;-32;0;1
320;2;8;;320;8;9;;32;2;6;;;-33;0;0
330;2;2;;330;8;2;;33;1;3;;;-34;0;0
340;0;1;;340;0;1;;34;3;1;;;-35;0;2
350;2;1;;350;8;1;;35;1;3;;;-36;0;0
360;2;2;;360;8;2;;36;3;6;;;-37;0;0
370;0;6;;370;0;6;;37;2;4;;;-38;0;2
380;1;4;;380;4;4;;38;3;3;;;-39;0;0
390;0;4;;390;0;4;;39;1;2;;;-40;0;0
400;4;1;;400;16;1;;40;1;2;;;-41;0;0
reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0
total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0
diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0
 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;;-47;0;1
;;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;;-50;0;1
;;;;;;;;;;;;;reste;0;13
;;;;;;;;;;;;;total;8;409
&lt;/pre&gt;

====abra  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6
;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8
;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409
&lt;/pre&gt;

====abra autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]]
*Légende: ° pour cyan, &amp; pour jaune, $ pour rouge.
&lt;pre&gt;
deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens
deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp
;misc_binding;8642;66;;;;&amp;tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262;
fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;;
deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp
;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&amp;tRNA;1252398;44;
fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp
deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp
;regulatory;176513;67;;;;&amp;tRNA;756613;130;comp;;;&amp;tRNA;1416786;92;comp
fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp
deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp
;regulatory;226962;128;;;;&amp;tRNA;808325;216;;;;&amp;tRNA;1428270;9;comp
fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&amp;tRNA;1428353;1;comp
deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&amp;tRNA;1428431;8;comp
;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&amp;tRNA;1428516;73;comp
fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp
deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp
;&amp;tRNA;253517;215;;;;&amp;tRNA;830027;27;;;;&amp;tRNA;1432356;11;comp
;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp
;&amp;tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp
;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp
;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp
;&amp;tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&amp;tRNA;1438533;11;comp
;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp
;&amp;tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&amp;tRNA;1438881;11;comp
deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp
;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp
;&amp;tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp
;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp
;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp
;&amp;tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp
;&amp;tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp
;&amp;tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp
;&amp;tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&amp;tRNA;1533315;46;comp
;&amp;tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp
;&amp;tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp
;&amp;tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&amp;tRNA;1540706;47;comp
;&amp;tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp
;&amp;tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&amp;tRNA;1541892;63;
;&amp;tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&amp;tRNA;1542031;714;
;&amp;tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp
fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp
deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&amp;tRNA;1718041;87;comp
;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp
fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp
deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp
;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp
fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp
deb;°CDS;574175;-5;;;;&amp;tRNA;1177198;8;comp;;;&amp;tRNA;1744152;109;comp
;misc_binding;574941;43;;;;&amp;tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp
fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp
deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&amp;tRNA;1747827;102;comp
;&amp;tRNA;584175;170;;;;&amp;tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp
fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp
deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp
;&amp;tRNA;626402;66;comp;;;&amp;tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp
;&amp;tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;;
;&amp;tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;;
fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====abra intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires &lt;201;;;
comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb;
;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;&lt;201;7
;;;49;;170;;96;46;total;15
;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47%
;;comp’;63;comp’;76;;108;66;;
;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin;
;;;108;;216;;171;87;&lt;201;12
;;;155;;27;;206;92;total;16
;8;;424;;569;;262;102;%;75%
;;;382;;66;;301;109;;
;;;206;;10;;382;140;total;
;;comp’;68;comp’;44;;415;170;&lt;201;19
;;;301;;92;;424;216;total;31
;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61%
;;;96;;860;;854;860;;
;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls
;;;171;;47;;63;44;deb;100%
;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;;
;;;854;;87;;68;130;fin;80%
;;;493;;109;;84;149;;
;;;100;;102;;137;714;total;90%
&lt;/pre&gt;

===apal===
====apal opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;;
29%GC;16.8.19 Paris;16s  2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;;
;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;;
;162726..162816;;agc;;9;;9;;;;
;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;;
;163028..163522;;CDS;;;;;;165;;
;;;;;;;;;;;
comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;;
comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;;
comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;;
;206516..206591;;cac;;14;;14;;;;
;206606..206680;;caa;;34;;34;;;;
;206715..206797;;cta;;168;168;;;;;
;206966..207208;;CDS;;;;;;81;;
;;;;;;;;;;;
;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;;
;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;;
;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;;
;301161..301268;;5s;;51;;;;108;;
;301320..301396;;aac;;118;118;;;;;
;301515..301835;;CDS;;;;;;107;;
;;;;;;;;;;;
;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;;
;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;;
;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;;
;305297..305373;;cca;;13;;13;;;;
;305387..305461;;gga;;86;86;;;;;
;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;;
;;;;;;;;;;;
;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;;
;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;;
comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;;
;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;;
;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;;
;;;;;;;;;;;
;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;;
comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;;
;442508..443650;;CDS;;;;;;381;;
;;;;;;;;;;;
;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;;
comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;;
;444498..444695;;CDS;;;;;;66;;
;;;;;;;;;;;
;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;;
;646440..646516;;aga;;251;251;;;;;
;646768..647322;;CDS;;;;;;185;;
;;;;;;;;;;;
;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;;
;670557..670632;;cgg;;1;;;;;;
;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;;
;670856..671359;;CDS;;;;;;168;;
;;;;;;;;;;;
comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;;
comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;;
;838244..838888;;CDS;;;;;;215;;
;;;;;;;;;;;
comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;;
comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;;
comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;;
;;;;;;;;;;;
comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;;
comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;;
comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;;
comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;;
comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;;
comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;;
comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;;
comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;;
comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;;
comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;;
comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;;
comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;;
comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;;
comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;;
comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;;
comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;;
comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;;
comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;;
comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;;
comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;;
comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]]
&lt;pre&gt;
apal cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1
;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4
;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1
;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0
;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3
;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2
;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1
;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2
;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10
;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27
total aas;;35;;;;;;;;;;;
remarques;;2;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;;
;;;variance;;;;100;;;;208;;
sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177
;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91
&lt;/pre&gt;

====apal blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]]
&lt;pre&gt;
apal blocs;;;;;
gta;21;;CDS;347;
5s;34;108;16s;128;1523
23s;50;2838;23s;34;2838
gca;6;;5s;51;108
atc;110;;aac;118;
16s;206;1523;CDS;;
tac;114;;;;
CDS;;;;;
&lt;/pre&gt;

====apal remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]]
*code génétique apal
&lt;pre&gt;
apal;;;;;;;35
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1
gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;1;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====apal distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====apal données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;16s tRNA;;
;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;118;;atc
;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;tRNA 16s;;
;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;206;;tac
1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;tRNA 23s;;gca
;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;51;;
;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;5s tRNA;;
;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;51;;aac
;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;21;;gta
;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;tRNA tRNA;;intra
2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;6;;atc gca
;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;tRNA tRNA;;contig
;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;7;;ttc
;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;4;;gac
2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;55;;atgf
;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;22;;tca
;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;4;;atgi
;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;45;;atgj
;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;5;;gca
;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;20;;tta
;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;6;;aaa
;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;15;;aca
1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;CDS 16s;;**;;gta
;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;347;;tRNA tRNA;;
;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;206;;9;;agc
;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;16s 23s;;**;;gaa
;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;137;;14;;cac
;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;23s 5s;;34;;caa
;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;35;;**;;cta
;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;9;;gaa
;0;300;0;3;30;2;3;-31;;0;;;71;;cgt
;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;13;;cca
;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;**;;gga
;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;1;;cgg
;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;**;;tcc
;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;
;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;
;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;
;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;
;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;
;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;
1;0;reste;5;38;reste;160;518;-42;;0;;;;;
7;22;total;190;919;total;190;919;-43;;0;;;;;
6;22;diagr;185;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;
0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;190;6;0;196;;;-49;;0;;;;;
;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;
;;;;;1409;97;;reste;;2;;;;;
;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====apal autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;apal;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
fin;;CDS;292;1638;;;
deb;;CDS;82590;85343;109;*;
;;regulatory;85453;85552;216;*;
fin;;CDS;85769;86557;;;
deb;;CDS;86565;87845;35;*;
;;misc_binding;87881;88073;51;*;
fin;;CDS;88125;89402;;;
deb;;CDS;161706;162593;132;*;
;;tRNA;162726;162816;9;*;agc
;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa
fin;;CDS;163028;163522;;;
deb;comp;CDS;205002;205226;72;*;
;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg
deb;comp;CDS;205447;206382;133;*;
;;tRNA;206516;206591;14;*;cac
;;tRNA;206606;206680;34;*;caa
;;tRNA;206715;206797;168;*;cta
fin;;CDS;206966;207208;;;
deb;comp;CDS;278906;279901;56;*;
;comp;misc_binding;279958;280136;8;*;
fin;comp;CDS;280145;281908;;0;
deb;;CDS;294770;296290;347;*;
;;rRNA;296638;298152;137;*;1515
;;rRNA;298290;301125;35;*;2836
;;rRNA;301161;301268;51;*;108
;;tRNA;301320;301396;139;*;aac
fin;;CDS;301536;301835;;;
deb;;CDS;303638;304993;70;*;
;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa
;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt
;;tRNA;305297;305373;13;*;cca
;;tRNA;305387;305461;137;*;gga
fin;;CDS;305599;308184;;;
deb;;CDS;310206;311093;42;*;
;;repeat_region;311136;314336;391;*;
fin;;CDS;314728;315327;;;
deb;;CDS;326174;327313;91;*;
;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc
fin;comp;CDS;328006;328539;;0;
deb;;CDS;426740;427501;5;*;
;;misc_binding;427507;427707;40;*;
fin;;CDS;427748;428767;;;
deb;;CDS;435096;436751;48;*;
;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc
fin;;CDS;437100;438890;;;
deb;;CDS;441323;442294;38;*;
;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc
fin;;CDS;442508;443650;;;
deb;;CDS;443640;444197;93;*;
;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc
fin;;CDS;444498;444695;;;
deb;;CDS;480393;481697;56;*;
;;regulatory;481754;481850;51;*;
fin;;CDS;481902;483050;;;
deb;;CDS;575929;577302;54;*;
;;regulatory;577357;577432;44;*;
fin;;CDS;577477;578175;;;
deb;;CDS;583894;584502;19;*;
;;regulatory;584522;584597;56;*;
fin;;CDS;584654;585274;;;
deb;;CDS;644468;646315;124;*;
;;tRNA;646440;646516;251;*;aga
fin;;CDS;646768;647322;;;
deb;;CDS;669786;670511;45;*;
;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg
;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc
fin;;CDS;670856;671359;;;
deb;;CDS;778517;780295;54;*;
;;misc_binding;780350;780540;55;*;
fin;;CDS;780596;783169;;;
deb;comp;CDS;837575;837796;157;*;
;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag
fin;;CDS;838244;838888;;;
deb;comp;CDS;859225;859602;141;*;
;;regulatory;859744;859842;69;*;
fin;;CDS;859912;860478;;0;
deb;;CDS;900888;901286;41;*;
;;ncRNA;901328;901664;157;*;
fin;;CDS;901822;906708;;;
deb;;CDS;930603;931235;52;*;
;;tmRNA;931288;931628;154;*;
fin;;CDS;931783;934152;;;
deb;comp;CDS;997671;998201;47;*;
;comp;misc_binding;998249;998458;29;*;
fin;comp;CDS;998488;998940;;;
deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*;
;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*;
fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0;
deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*;
;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg
fin;comp;CDS;1173368;1175038;;;
deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*;
;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*;
fin;;CDS;1297734;1298978;;;
deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*;
;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*;
fin;comp;CDS;1396412;1397101;;;
deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*;
;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*;
fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0;
deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*;
;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*;
fin;comp;CDS;1426549;1427391;;;
deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*;
;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac
deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*;
;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc
;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac
;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf
;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca
;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi
;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj
;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca
;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta
;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa
;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca
;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta
;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108
;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836
;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca
;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc
;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515
;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac
fin;comp;CDS;1464803;1464973;;;
deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*;
;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*;
fin;comp;CDS;1474878;1475336;;;
deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*;
;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*;
fin;comp;CDS;1548747;1549406;;;
deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*;
&lt;/pre&gt;

===tenericutes synthèse===
====tenericutes distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
abra;12;14; ;11;1;2;;5;45
apal;9;9; ;11;1;4;;1;35
total;21;23;0;22;2;6;0;6;80
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]]
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2
tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66
;;;;;;;
tener2;;;;;;;14
atgi; ;tct;;tat;;atgf; 
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;2;tgc;
atc;4;acc;;aac;6;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;;caa;;cga;
gta;;gca;2;gaa;;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj; ;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;6 1-3aas;2;6;66
&lt;/pre&gt;

====tenericutes distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]]
*Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
&lt;pre&gt;
tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22
atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;
tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;
cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga;
ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;;
&lt;/pre&gt;

====tenericutes par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;7;3;;;;;10;
16;moyen;13;4;;10;;6;33;
14;fort;3;14;;12;6;2;37;
; ;23;21;;22;6;8;80;
10;g+cga;3;2;;;;;5;
2;agg+cgg;1;;;;;;1;
4;carre ccc;3;1;;;;;4;
5;autres;;;;;;;;
;;7;3;;;;;10;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;88;38;;;;;125;26
16;moyen;163;50;;125;;75;413;324
14;fort;38;175;;150;75;25;463;650
; ;288;263;;275;75;100;80;729
10;g+cgg;38;25;;;;;63;10
2;agg+cga;13;;;;;;13;
4;carre ccc;38;13;;;;;50;16
5;autres;;;;;;;;
;;88;38;;;;;125;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;tener2;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;159;68;;227;26;30;14;
16;moyen;295;91;;386;324;57;19;
14;fort;68;318;;386;650;13;67;
; ;523;477;;44;729;23;21;
10;g+cgg;68;45;;114;10;;;
2;agg+cga;23;;;23;;;;
4;carre ccc;68;23;;91;16;;;
5;autres;;;;;;;;
;;159;68;;227;;;;
&lt;/pre&gt;
====tenericutes, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]]
&lt;pre&gt;
tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2
atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2
gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2
cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1
gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2
atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44
27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;
atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100
atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100
ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100
gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100
tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100
cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50
gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100
ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100
atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50
ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200
rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt;
ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100
ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1
atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1
ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28
gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44
tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100
ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3
cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24
gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est  23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0
atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56
ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100
gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693
&lt;/pre&gt;

==spirochète==
===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374===
====scc opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]]
*Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc.
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;;
50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;;
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine;
comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp;
comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;;
comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;*
;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;;
;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;;
;246805..249778;;23s;;72;;;;;;;
;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;;
;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;*
;;;;;;;;;;;;
;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;*
;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;;
;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;*
;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;;
;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;*
;;;;;;;;;;;;
;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;*
comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;;
;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp;
comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;;
comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;*
comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;;
;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;*
comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;;
;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;*
;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;;
;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;*
;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;;
;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;*
;;;;;;;;;;;;
;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;*
;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;;
;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp;
;;;;;;;;;;;;
;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;*
;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;;
comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;*
comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;;
;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;*
comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;;
comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;;
comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp;
comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;;
comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;*
comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;;
comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;;
comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;;
comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;;
;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;
;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;*
comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;;
comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;;
;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;*
comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;;
comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;;
comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;;
comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;;
;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;
;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;*
comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;;
;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;*
;;;;;;;;;;;;
;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;*
;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;;
;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;;
;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;;
;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;;
;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;;
;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;*
;;;;;;;;;;;;
;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;*
;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;;
;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;;
comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;*
comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;;
;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;*
;;;;;;;;;;;;
;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp;
comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;;
;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;*
;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;;
comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;*
;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;;
comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;*
;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;;
;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;*
;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;;
comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;*
;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;;
;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp;
;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;;
comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp;
;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;;
comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp;
;;;;;;;;;;;;
comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;*
comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;;
;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;*
;;;;;;;;;;;;
;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;*
;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;;
;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp;
;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;;
comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;*
comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;;
comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;*
comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;;
;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;
;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;*
;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;;
;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;;
;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;;
;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;;
;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;;
;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;;
comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;*
&lt;/pre&gt;

====scc cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]]
*Notes: * pour le nombre de jaunes
&lt;pre&gt;
scc cumuls;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa
avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9
;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11
;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16
;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11
;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9
;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6
;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5
;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2
sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1
;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2
;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100;
;a doubles;0;;;;;*6;;*4;;
;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72
total aas;;47;;;;;;;*4;;*6
remarques;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343
;;;variance;11;47;;196;;108;;215
sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299
;;;variance;;;;110;;64;;164
&lt;/pre&gt;

====scc blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]]
&lt;pre&gt;
cds;812;;cds;350;447
16s;132;;5s;72;72
atc;79;;23s;40;40
23s;72;;gca;137;137
5s;175;;16s;535;648
cds;;;cds;;
&lt;/pre&gt;

====scc remarques====
====scc distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]]
&lt;pre&gt;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;14;30;;;;3;47
;;;;;;;
;;;;;;;
distribution;scc;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;inter;;max;;min;;total
;17;;13;;17;;47
&lt;/pre&gt;

====scc données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;16s tRNA;;
;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;132;;atc
1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;2* 137;;gca
;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;tRNA 23s;;
1;1;40;11;50;4;1;7;-5;0;0;176;252;79;;atc
;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;2* 40;;gca
;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;tRNA tRNA;;
;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;10;;gag
3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;**;;cag
2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;43;;gaa
1;0;100;27;28;10;1;20;-11;4;15;102;223;**;;aaa
1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;32;;cac
;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;38;;cga
;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;37;;aag
1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;230;81;36;;cta
;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;67;78;**;;ggc
1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;104;247;40;;tca
;0;170;15;12;17;1;7;-18;1;0;236;247;25;;agc
2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;124;173;16;;cgc
1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;138;193;40;;tcg
2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;423;140;**;;tcc
1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;171;217;;;
2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;437;103;;;
1;3;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;223;432;;;
1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;153;196;;;
3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;112;256;;;
3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;79;86;;;
;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;213;34;;;
1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;186;351;;;
;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;189;185;;;
;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;564;316;;;
;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;32;246;;;
1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;26;;;;
;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;64;;;;
1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;84;;;;
;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;CDS 16s;;;;
1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;812;;;;
;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;350;;;;
;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;447;;;;
;0;390;5;5;39;1;9;-40;0;0;23s 5s;;;;
;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;3* 72;;;;
1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;5s CDS;;;;
32;35;total;457;1001;total;457;1001;-43;0;0;350;175;;;
31;28;diagr;416;961;diagr;60;389;-44;0;2;447;;;;
1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;1;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;
;x;455;28;2;485;;;-49;0;0;;;;;
;c;995;319;6;1320;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====scc autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;scc;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;215073;1194;comp;
;tRNA;216426;369;comp;gcg
fin;CDS;216868;;comp;
deb;CDS;243358;812;;
;rRNA;244983;132;;16s
;tRNA;246652;79;;atc
;rRNA;246805;72;;23s
;rRNA;249851;175;;5s
fin;CDS;250138;;comp;
deb;CDS;300128;669;;
;tRNA;302468;452;;ggg
fin;CDS;302992;;;
deb;CDS;316296;152;comp;
;tRNA;317369;176;;gac
fin;CDS;317619;;;
deb;CDS;330207;16;;
;tRNA;331021;251;comp;ttg
fin;CDS;331356;;;
deb;CDS;345290;228;comp;
;tRNA;346445;182;comp;ccg
fin;CDS;346700;;comp;
deb;CDS;422975;71;;
;tRNA;424435;252;comp;gtc
fin;CDS;424759;;;
deb;CDS;436852;237;;
;tRNA;438406;202;comp;gtg
fin;CDS;438680;;;
deb;CDS;481186;180;comp;
;tRNA;482665;82;;atgj
fin;CDS;482820;;;
deb;CDS;530805;82;;
;tRNA;532396;310;;gta
fin;CDS;532778;;;
deb;CDS;568939;102;;
;tRNA;569803;412;;gga
fin;CDS;570287;;;
deb;CDS;636017;52;;
;tRNA;636444;334;;aca
fin;CDS;636852;;comp;
deb;CDS;640192;79;;
;tmRNA;640610;334;;
fin;CDS;641322;;comp;
deb;CDS;711173;51;;
;ncRNA;712064;10;comp;
fin;CDS;712417;;comp;
deb;CDS;717326;66;;
;tRNA;717839;230;;tac
fin;CDS;718151;;;
deb;CDS;721419;67;comp;
;tRNA;723124;10;comp;gag
;tRNA;723206;104;comp;cag
fin;CDS;723381;;comp;
deb;CDS;724974;236;comp;
;tRNA;725462;124;comp;acg
fin;CDS;725658;;comp;
deb;CDS;767509;350;comp;
;rRNA;768900;72;comp;5s
;rRNA;769084;40;comp;23s
;tRNA;772098;137;comp;gca
;rRNA;772309;535;comp;16s
fin;CDS;774381;;;
deb;CDS;783089;273;;
;tRNA;784901;43;comp;gaa
;tRNA;785016;223;comp;aaa
fin;CDS;785312;;;
deb;CDS;877367;447;comp;
;rRNA;879650;72;comp;5s
;rRNA;879834;40;comp;23s
;tRNA;882848;137;comp;gca
;rRNA;883059;648;comp;16s
fin;CDS;885244;;;
deb;CDS;900855;73;;
;tRNA;901564;214;comp;ccc
fin;CDS;901852;;;
deb;CDS;928254;138;;
;tRNA;930684;32;;cac
;tRNA;930788;38;;cga
;tRNA;930900;37;;aag
;tRNA;931010;36;;cta
;tRNA;931128;423;;ggc
fin;CDS;931623;;;
deb;CDS;937885;171;;
;tRNA;939865;437;;aga
fin;CDS;940376;;;
deb;CDS;974079;223;comp;
;tRNA;974692;153;comp;ctc
deb;CDS;974929;112;comp;
;tRNA;975497;95;comp;cca
fin;CDS;975665;;;
deb;CDS;1069506;81;;
;tRNA;1070004;78;comp;tta
fin;CDS;1070166;;;
deb;CDS;1084097;24;;
;regulatory;1084535;39;;
fin;CDS;1084670;;;
deb;CDS;1113338;247;comp;
;tRNA;1114176;247;;aac
fin;CDS;1114496;;comp;
deb;CDS;1126672;173;comp;
;tRNA;1127778;193;;caa
fin;CDS;1128044;;comp;
deb;CDS;1257969;140;comp;
;tRNA;1258904;79;;agg
fin;CDS;1259057;;;
deb;CDS;1273039;217;comp;
;tRNA;1274162;103;;ttc
fin;CDS;1274338;;comp;
deb;CDS;1301674;54;;
;repeat_region;1302007;4;;
fin;CDS;1306496;;;
deb;CDS;1319568;73;;
;repeat_region;1319986;84;;
fin;CDS;1322087;;comp;
deb;CDS;1363097;432;comp;
;tRNA;1364822;213;;atgf
fin;CDS;1365108;;;
deb;CDS;1478531;196;comp;
;tRNA;1479645;256;;cgg
fin;CDS;1479975;;comp;
deb;CDS;1522454;86;comp;
;tRNA;1523230;34;;tgc
fin;CDS;1523336;;comp;
deb;CDS;1540671;186;comp;
;tRNA;1541994;351;comp;gcc
fin;CDS;1542418;;;
deb;CDS;1691238;189;;
;tRNA;1692768;564;;ctg
fin;CDS;1693416;;;
deb;CDS;1760709;185;comp;
;tRNA;1762091;316;;atgi
fin;CDS;1762481;;comp;
deb;CDS;2034849;32;comp;
;tRNA;2035061;26;comp;tgg
deb;CDS;2035161;64;comp;
;tRNA;2035402;246;comp;acc
fin;CDS;2035721;;;
deb;CDS;2185380;84;;
;tRNA;2186256;40;;tca
;tRNA;2186381;25;;agc
;tRNA;2186493;16;;cgc
;tRNA;2186583;40;;tcg
;tRNA;2186710;13;;tcc
;ncRNA;2186809;133;;
fin;CDS;2187040;;comp;
&lt;/pre&gt;

====scc intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;;
scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5
;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347
;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8
;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106
;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67
;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78
;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57
;'''total 1805;&lt;201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44
adresse;intercal;intercal;&lt;u&gt;fréquence1;intercal;&lt;u&gt;fréquence6;cumul, %;intercal;&lt;u&gt;fréquence-1;30;36
1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30
1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31
1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39
2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33
940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27
2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14
1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36
1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26
1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22
972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31
1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26
1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27
1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33
1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22
1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23
1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21
1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20
1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21
356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20
137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18
1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20
977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19
661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16
1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14
1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17
1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13
379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15
1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12
191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12
1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16
72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12
1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10
511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14
220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14
1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11
;;34;8;280;10;;total;355;210;10
;;35;6;290;15;;;;215;20
;;36;6;300;12;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;220;7
;;37;4;310;11;;600;1786;225;11
;;38;9;320;16;;620;1;230;8
;;39;°10;330;8;;640;1;235;10
;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12
;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8
;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9
;;;;370;6;;720;1;255;7
;;;;380;8;;740;;260;5
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8
438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7
1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4
277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6
1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6
964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9
1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8
482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4
1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6
1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5
1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9
1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7
950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4
1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4
2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4
937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7
1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2
1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5
485333;-31;;;570;3;;;;355;4
1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8
952193;-29;;;590;2;19;;;365;4
1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2
669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97
733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;;
scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;;
cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;;
118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;;
65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&amp;-86;660;-1605;134;830;256;min60
31 à 400;;;;;;;2 parties;&amp;-7;162;-551;72;949;318;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&amp;197;65;;499;poly;331;SF
31 à 400;;;;;;;;&amp;114;43;-;787;poly;162;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;;
41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;;
1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc-
0;2;6;;0;5;6;0;2;6;&gt;0;455;-1;0;39
10;9;164;;10;22;171;1;1;31;&lt;0;28;-2;1;0
20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0
30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156
40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0
50;20;52;;50;48;54;5;0;13;&gt;0;995;-6;2;0
60;10;31;;60;24;32;6;0;4;&lt;0;319;-7;0;6
70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31
80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0
90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5
100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15
110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0
120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2
130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17
140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0
150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4
160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7
170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0
180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0
190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10
200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0
210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0
220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2
230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1
240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2
250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5
260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0
270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0
280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2
290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0
300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1
310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2
320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0
330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1
340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0
350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0
360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0
370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0
380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0
390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0
400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2
reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0
total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0
diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2
 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;1
;;;;;;;;;;;;-47;1;0
;;;;;;;;;;;;-48;0;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;0
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;28;319
&lt;/pre&gt;

====scc  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28
;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319
&lt;/pre&gt;

====scc autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp
;&amp;tRNA;216426;369;comp;;;&amp;tRNA;723124;10;comp;;;&amp;tRNA;1114176;247;
fin;°CDS;216868;;comp;;;&amp;tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp
deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp
;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&amp;tRNA;1127778;193;
;&amp;tRNA;246652;79;;;;&amp;tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp
;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp
;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&amp;tRNA;1258904;79;
fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;;
deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp
;&amp;tRNA;302468;452;;;;&amp;tRNA;772098;137;comp;;;&amp;tRNA;1274162;103;
fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp
deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54;
;&amp;tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4;
fin;°CDS;317619;;;;;&amp;tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;;
deb;°CDS;330207;16;;;;&amp;tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73;
;&amp;tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84;
fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp
deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp
;&amp;tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&amp;tRNA;1364822;213;
fin;°CDS;346700;;comp;;;&amp;tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;;
deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp
;&amp;tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&amp;tRNA;1479645;256;
fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp
deb;°CDS;436852;237;;;;&amp;tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp
;&amp;tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&amp;tRNA;1523230;34;
fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp
deb;°CDS;481186;180;comp;;;&amp;tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp
;&amp;tRNA;482665;82;;;;&amp;tRNA;930788;38;;;;&amp;tRNA;1541994;351;comp
fin;°CDS;482820;;;;;&amp;tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;;
deb;°CDS;530805;82;;;;&amp;tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189;
;&amp;tRNA;532396;310;;;;&amp;tRNA;931128;423;;;;&amp;tRNA;1692768;564;
fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;;
deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp
;&amp;tRNA;569803;412;;;;&amp;tRNA;939865;437;;;;&amp;tRNA;1762091;316;
fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp
deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp
;&amp;tRNA;636444;334;;;;&amp;tRNA;974692;153;comp;;;&amp;tRNA;2035061;26;comp
fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp
deb;°CDS;640192;79;;;;&amp;tRNA;975497;95;comp;;;&amp;tRNA;2035402;246;comp
;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;;
fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84;
deb;°CDS;711173;51;;;;&amp;tRNA;1070004;78;comp;;;&amp;tRNA;2186256;40;
;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&amp;tRNA;2186381;25;
fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&amp;tRNA;2186493;16;
deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&amp;tRNA;2186583;40;
;&amp;tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&amp;tRNA;2186710;13;
fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133;
;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp
&lt;/pre&gt;
====scc intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
;;;1194;;369;;32;26;deb;
;;;669;;452;;52;79;&lt;201;13
;;comp’;152;;176;;64;82;total;18
;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72%
;;;228;;182;;67;124;;
;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin;
;;comp’;237;comp’;202;;84;176;&lt;201;8
;;comp’;180;;82;;102;182;total;17
;;;82;;310;;112;213;taux;47%
;;;102;;412;;138;230;;
;;;52;comp’;334;;171;310;total;
;;;66;;230;;186;369;&lt;201;21
;10;;67;;104;;189;412;total;35
;;;236;;124;;223;423;taux;60%
;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;;
;;comp’;73;comp’;214;;236;452;;
;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;;
;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls
;;;223;;153;;16;34;deb;
;;;112;comp’;95;;71;78;&lt;201;11
;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16
;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69%
;;comp’;173;comp’;193;;86;193;;
;;comp’;140;;79;;140;202;fin;
;;comp’;217;comp’;103;;152;214;&lt;201;5
;;comp’;432;;213;;173;223;total;16
;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31%
;;comp’;86;comp’;34;;185;247;;
;;;186;comp’;351;;196;251;total;
;;;189;;564;;217;252;&lt;201;16
;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32
;;;32;;26;;247;316;taux;50%
;;;64;comp’;246;;273;334;;
;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;;
;;;;;;;;;;
;deb;fin;total;;;;;;;
&lt;201;24;13;37;;;;;;;
total;34;33;67;;;;;;;
taux;71%;39%;55%;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====scc par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;scc;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;11;6;;;;;17;
16;moyen;9;5;;;;3;17;
14;fort;10;3;;;;;13;
; ;30;14;0;0;0;3;47;
10;g+cga;5;6;;;;;11;
2;agg+cgg;2;;;;;;2;
4;carre ccc;4;;;;;;4;
5;autres;;;;;;;0;
;;11;6;0;0;0;0;17;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha  ‰;ref. ‰
21;faible;234;128;;;;;362;26
16;moyen;191;106;;;;64;362;324
14;fort;213;64;;;;;277;650
;;638;298;;;;64;47;729
10;g+cga;106;128;;;;;234;10
2;agg+cgg;43;;;;;;43;
4;carre ccc;85;;;;;;85;16
5;autres;;;;;;;;
;;234;128;;;;;362;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;alpha8;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;250;136;;386;26;37;43;
16;moyen;205;114;;318;324;30;36;
14;fort;227;68;;295;650;33;21;
;;682;318;;44;729;30;14;
10;g+cga;114;136;;250;10;45;100;
2;agg+cgg;45;;;45;;18;;
4;carre ccc;91;;;91;16;36;;
5;autres;;;;;;;;
;;250;136;;386;;11;6;
&lt;/pre&gt;
===spirochetes, estimation des -rRNAs===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;44
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44
11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4400
atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100
ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;
gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100
tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;
ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100
gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100
ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100
atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100
ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100
gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100
;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400
rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0
atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100
ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8
gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est  18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0
atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850
&lt;/pre&gt;

==archeo==
===mfi===
====mfi opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;;
41.2%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;;
;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;;
comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;;
;157930..158232;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;;
;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;;
;214253..215677;;CDS;;;;;;475;;
;;;;;;;;;;;
comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;;
comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;;
comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;;
;;;;;;;;;;;
comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;;
comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;;
comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;;
;;;;;;;;;;;
comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;;
comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;;
comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;;
;;;;;;;;;;;
comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;;
comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;;
comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;;
;468417..469397;;CDS;;;;;;327;;
;;;;;;;;;;;
;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;;
comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;;
comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;;
;;;;;;;;;;;
;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;;
comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;;
comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;;
comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;;
comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;;
;703371..704336;;CDS;;;;;;322;;
;;;;;;;;;;;
comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;;
comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;;
comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;;
;747990..748163;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;;
comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;;
comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;;
;;;;;;;;;;;
comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;;
;964706..964778;;aac;;5;;5;;;;
;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;;
;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;;
;965044..965127;;cta;;29;;29;;;;
;965157..965232;;cac;;146;146;;;;;
;965379..965717;;CDS;;;;;;113;;
;;;;;;;;;;;
comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;;
;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;;
;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;;
;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;;
comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;;
;;;;;;;;;;;
comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;;
;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;;
;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;;
;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;;
;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;;
;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;;
;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;;
;;;;;;;;;;;
comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;;
comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;;
comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;;
comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;;
;;;;;;;;;;;
;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;;
comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;;
comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;;
comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;;
;;;;;;;;;;;
;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;;
;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;;
;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;;
comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;;
;;;;;;;;;;;
;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;;
comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;;
comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;;
;;;;;;;;;;;
comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;;
;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;;
;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;;
comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;;
comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;;
comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;;
;;;;;;;;;;;
;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;;
comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;;
;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;;
;;;;;;;;;;;
;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;;
;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;;
comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;;
;;;;;;;;;;;
;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;;
;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;;
;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;;
;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;;
;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;;
;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;;
;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;;
;;;;;;;;;;;
;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;;
;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;;
;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;;
;;;;;;;;;;;
comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;;
comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;;
comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;;
;;;;;;;;;;;
;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;;
;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;;
;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;;
;;;;;;;;;;;
;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;;
;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;;
;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;;
;;;;;;;;;;;
;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;;
;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;;
comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;;
;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;;
;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;;
comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;;
;;;;;;;;;;;
;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;;
;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;;
;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;;
;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;;
comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;;
;;;;;;;;;;;
comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;;
;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;;
;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;;
comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;;
&lt;/pre&gt;

====mfi cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfi cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0
;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3
;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3
;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10
;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7
;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5
;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5
;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2
sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4
;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1
;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6
;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15
;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61
total aas;;47;;;;;;;;;;;
remarques;;3;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;;
;;;variance;121;;;176;;;;265;;
sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171
;;;variance;27;;;96;;;;115;;81
&lt;/pre&gt;

====mfi blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]]
&lt;pre&gt;
mfi blocs;;
CDS;939;201
5s;305;123
23s;233;2867
gca;87;
16s;724;1480
CDS;;322
;;
CDS;397;589
5s;748;122
5s;286;123
23s;233;2867
gca;72;
16s;454;1480
CDS;;382
&lt;/pre&gt;

====mfi remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]]
&lt;pre&gt;
mfi;;;;;;;47
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;1;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;2;aga;1
cta;1;cca;1;caa;2;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfi distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;;
gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;;
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;;
ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfi données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;16s tRNA;;
2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;87;;gca
;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;72;;gca
;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;tRNA 23s;;
2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;2* 233;;gca
;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;tRNA tRNA;;
;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;85;;acc
;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;**;;tta
;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;5;;aac
;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;58;;atgi
;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;53;;gaa
;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;29;;cta
;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;**;;cac
1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;90;;aag
;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;504;;ttg
1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;**;;aaa
;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;40;;tgg
;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;**;;tgc
1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;62;;aga
1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;**;;agg
;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;99;;gta
1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;**;;gtg
;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;76;;aca
1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;44;;cca
;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;170;;tac
2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;7;;gac
;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;**;;aaa
;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;4;;gtc
1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;**;;ttc
1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;2;;ggc
;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;**;;gga
2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;
;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;
1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;
;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;CDS 16s;;;;
;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;454;724;;;
;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;23s 5s;;;;
1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;305;;;;
;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;286;;;;
;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;5s 5s;;;;
;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;748;;;;
4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;5s CDS;;;;
22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;939;;;
18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;397;;;
2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;
;;;;;;;;-46;;2;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;
;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;
;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;
;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;
;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfi autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfi;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;;CDS;157153;157563;36;*;
;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc
fin;;CDS;157930;158232;;0;
deb;comp;CDS;211693;213681;206;*;
;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg
fin;;CDS;214253;215677;;0;
deb;comp;CDS;314088;314264;50;*;
;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa
fin;comp;CDS;314487;314654;;;
deb;comp;CDS;317759;318211;198;*;
;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc
fin;comp;CDS;318672;319634;;;
deb;comp;CDS;419250;419975;156;*;
;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac
fin;comp;CDS;420234;420545;;;
deb;comp;CDS;466570;467484;223;*;
;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc
;comp;ncRNA;467979;468294;122;*;
fin;;CDS;468417;469397;;;
deb;;CDS;681116;681676;37;*;
;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg
fin;comp;CDS;681982;682488;;0;
deb;;CDS;695936;696538;939;*;
;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123
;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867
;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca
;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480
fin;;CDS;703371;704336;;0;
deb;comp;CDS;746487;747290;155;*;
;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc
;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta
fin;;CDS;747990;748163;;;
deb;comp;CDS;800615;801820;43;*;
;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa
fin;comp;CDS;802008;802697;;;
deb;comp;CDS;963425;964432;273;*;
;;tRNA;964706;964778;5;*;aac
;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi
;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa
;;tRNA;965044;965127;29;*;cta
;;tRNA;965157;965232;146;*;cac
fin;;CDS;965379;965717;;;
deb;comp;CDS;974621;974842;564;*;
;;tRNA;975407;975480;90;*;aag
;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg
;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa
fin;comp;CDS;976380;976679;;0;
deb;;CDS;1006329;1008095;397;*;
;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122
;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123
;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867
;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca
;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480
fin;comp;CDS;1014952;1016097;;;
deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*;
;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg
;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc
fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0;
deb;;CDS;1143658;1144137;166;*;
;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*;
;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf
fin;comp;CDS;1144839;1145162;;;
deb;;CDS;1153368;1154087;56;*;
;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga
;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg
fin;comp;CDS;1154907;1156157;;;
deb;;CDS;1247204;1247659;4;*;
;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga
fin;comp;CDS;1247873;1248481;;;
deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*;
;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta
;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg
fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0;
deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*;
;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc
fin;comp;CDS;1410153;1410620;;;
deb;;CDS;1532795;1533088;127;*;
;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj
fin;;CDS;1533572;1534402;;0;
deb;;CDS;1541929;1542321;127;*;
;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg
fin;comp;CDS;1542524;1543528;;;
deb;;CDS;1602054;1603277;257;*;
;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca
;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca
;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac
;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac
;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa
fin;;CDS;1604225;1604461;;;
deb;;CDS;1617553;1617861;187;*;
;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca
fin;;CDS;1618386;1619444;;0;
deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*;
;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag
fin;comp;CDS;1693052;1693972;;;
deb;;CDS;1887796;1888038;136;*;
;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg
fin;;CDS;1888451;1891267;;;
deb;;CDS;2057488;2057883;230;*;
;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc
fin;;CDS;2058328;2059713;;;
deb;;CDS;2128536;2129312;123;*;
;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg
fin;comp;CDS;2129872;2130963;;;
deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*;
;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc
;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc
fin;comp;CDS;2205543;2205875;;;
deb;;CDS;2317208;2317498;271;*;
;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc
fin;;CDS;2318303;2318863;;0;
deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*;
;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc
fin;comp;CDS;2416772;2417797;;;
deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*;
;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc
;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga
fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0;
&lt;/pre&gt;

===mja===
====mja opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;;
31.3%GC;17.8.19 Paris;16s  2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;;
comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;;
comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;;
;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;;
;97958..99259;;CDS;;;;;;434;;
;;;;;;;;;;;
comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;;
;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;;
;111874..112785;;CDS;;;;;;304;;
;;;;;;;;;;;
;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;;
comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;;
comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;;
;;;;;;;;;;;
;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;;
comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;;
comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;;
comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;;
;159804..160085;;CDS;;;;;;94;;
;;;;;;;;;;;
comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;;
;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;;
;187138..187590;;CDS;;;;;;151;;
;;;;;;;;;;;
;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;;
;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;;
;190941..191114;;CDS;;;;;;58;;
;;;;;;;;;;;
comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;;
;215210..215297;;tta;;154;154;;;;;
;215452..216240;;CDS;;;;;;263;;
;;;;;;;;;;;
;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;;
comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;;
;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;;
;;;;;;;;;;;
;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;;
;303992..304081;;tca;;230;230;;;;;
comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;;
;;;;;;;;;;;
comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;;
;358768..358845;;aga;;23;;23;;;;
;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;;
;359108..359923;;CDS;;;;;;272;;
;;;;;;;;;;;
;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;;
comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;;
comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;;
;;;;;;;;;;;
;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;;
comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;;
;403274..403834;;CDS;;;;;;187;;
;;;;;;;;;;;
comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;;
comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;;
comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;;
;;;;;;;;;;;
;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;;
;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;;
;637667..637742;;aac;;29;;;29;;;
;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;;
;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;;
;637982..638069;;cta;;11;;;11;;;
;638081..638152;;cac;;295;;;;;;
;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;;
;639995..640067;;gca;;207;;;;;;
;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;;
;643333..643447;;5s;;56;;;;115;;
;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;;
;643994..644962;;CDS;;;;;;323;;
;;;;;;;;;;;
;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;;
comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;;
;764021..764096;;caa;;50;50;;;;;
;764147..764818;;CDS;;;;;;224;;
;;;;;;;;;;;
;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;;
;862590..862661;;cga;;41;41;;;;;
;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;;
;863479..863555;;aca;;14;;;14;;;
;863570..863647;;cca;;8;;;8;;;
;863656..863732;;tac;;83;;;83;;;
;863816..863889;;aaa;;13;;;;;;
;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;;
;864064..864141;;gac;;80;80;;;;;
;864222..864842;;CDS;;;;;;207;;
;;;;;;;;;;;
;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;;
comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;;
comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;;
;;;;;;;;;;;
comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;;
;883681..883754;;gta;;123;123;;;;;
comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;;
;;;;;;;;;;;
comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;;
comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;;
comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;;
;;;;;;;;;;;
comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;;
;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;;
;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;;
;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;;
;;;;;;;;;;;
comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;;
;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;;
;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;;
;;;;;;;;;;;
comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;;
;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;;
;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;;
&lt;/pre&gt;

====mja cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]]
&lt;pre&gt;
mja cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0
;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1
;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2
;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3
;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4
;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3
;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5
;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3
sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4
;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4
;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2
;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14
;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45
total aas;;37;;;;;;;;;;;
remarques;;4;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;;
;;;variance;71;25;;102;;;;137;;
sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194
;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74
&lt;/pre&gt;

====mja blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]]
&lt;pre&gt;
mja blocs;;
CDS;182;
23s;207;2978
gca;64;
16s;340;1480
CDS;;
;;
cac;295;
16s;64;1483
gca;207;
23s;78;2980
5s;56;115
ncRNA;232;258
CDS;;
;;
aaa;13;
5s;46;115
gac;80;
CDS;;
&lt;/pre&gt;

====mja remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]]
&lt;pre&gt;
mja;;;;;;;37
atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1
atc;1;acc;1;aac;1;agc;1
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1
tta;1;tca;1;taa;;tga;1
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;
&lt;/pre&gt;
====mja distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;;
atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;;
ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;;
gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;;
tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;;
ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;;
cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;;
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mja données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;aa
;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;tRNA 16s;;
;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;295;;cac
;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;16s tRNA;;
;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;2* 64;;gca
;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;tRNA 23s;;
1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;2* 207;;gca
;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;5s tRNA;;
2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;80;;gac
;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;tRNA 5s;;
;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;13;;aaa
1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;tRNA tRNA;;contig
;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;7;;ttc
;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;29;;aac
1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;18;;atgi
;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;39;;gaa
1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;11;;cta
1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;**;;cac
;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;14;;aca
2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;8;;cca
;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;83;;tac
;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;**;;aaa
1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;tRNA tRNA;;
1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;91;;atgj
2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;**;;ctc
2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;23;;aga
1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;5s 16s;;**;;gaa
;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;-;340;178;;acc
;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;CDS 23s;;**;;caa
;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;-;182;34;;ggc
;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;23s 5s;;**;;gga
;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;78;;;;
1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;
;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;
;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;
;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;
;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;
;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;
;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;
;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;
1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;
;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;
;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;
18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;
18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;
0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;
;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;
;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;
;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mja autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
*'''Attention''': Correction erreur fin de génome
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mja;;;;;
deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas
;;rpr;378;2126;89;*;
fin;comp;CDS;2216;3343;;;
deb;comp;CDS;96499;97053;372;*;
;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj
;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc
fin;;CDS;97958;99259;;;
deb;comp;CDS;110328;111515;250;*;
;;tRNA;111766;111854;19;*;tga
fin;;CDS;111874;112785;;1;
deb;;CDS;131467;132552;369;*;
;;rpr;132922;133999;114;*;
fin;comp;CDS;134114;134959;;;
deb;;CDS;137244;138245;98;*;
;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg
fin;comp;CDS;138479;138781;;0;
deb;;CDS;153070;154479;182;*;
;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s
;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca
;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s
fin;;CDS;159804;160085;;;
deb;comp;CDS;185874;186671;306;*;
;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc
fin;;CDS;187138;187590;;;
deb;;CDS;190579;190800;31;*;
;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc
fin;;CDS;190941;191114;;;
deb;comp;CDS;214560;215060;149;*;
;;tRNA;215210;215297;154;*;tta
fin;;CDS;215452;216240;;;
deb;;CDS;226386;227639;64;*;
;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc
fin;;CDS;228020;229720;;;
deb;;CDS;235984;236169;394;*;
;;rpr;236564;238184;97;*;
fin;comp;CDS;238282;238725;;0;
deb;;CDS;303622;303927;64;*;
;;tRNA;303992;304081;230;*;tca
fin;comp;CDS;304312;304752;;;
deb;comp;CDS;351301;351564;129;*;
;;rpr;351694;352468;374;*;
fin;comp;CDS;352843;353142;;;
deb;comp;CDS;357984;358547;220;*;
;;tRNA;358768;358845;23;*;aga
;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa
deb;;CDS;359108;359923;48;*;
;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf
fin;comp;CDS;360151;361485;;0;
deb;;CDS;401945;402796;171;*;
;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc
fin;;CDS;403274;403834;;;
deb;;CDS;427091;428104;467;*;
;;rpr;428572;429636;39;*;
fin;comp;CDS;429676;430632;;0;
deb;comp;CDS;498208;500886;604;*;
;;rpr;501491;501989;52;*;
fin;comp;CDS;502042;502485;;;
deb;comp;CDS;506108;506779;484;*;
;;rpr;507264;508115;282;*;
fin;;CDS;508398;509819;;;
deb;comp;CDS;551189;552289;251;*;
;;ncRNA;552541;552856;28;*;
fin;;CDS;552885;553364;;;
deb;comp;CDS;618311;618757;402;*;
;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc
fin;comp;CDS;619298;619915;;0;
deb;;CDS;636394;637449;133;*;
;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc
;;tRNA;637667;637742;29;*;aac
;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi
;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa
;;tRNA;637982;638069;11;*;cta
;;tRNA;638081;638152;295;*;cac
;;rRNA;638448;639930;64;*;16s
;;tRNA;639995;640067;207;*;gca
;;rRNA;640275;643254;78;*;23s
;;rRNA;643333;643447;56;*;5s
;;ncRNA;643504;643761;232;*;
fin;;CDS;643994;644962;;1;
deb;;CDS;762859;763608;157;*;
;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc
;;tRNA;764021;764096;50;*;caa
fin;;CDS;764147;764818;;0;
deb;comp;CDS;857400;857993;118;*;
;;rpr;858112;858343;532;*;
fin;;CDS;858876;860228;;;
deb;;CDS;862207;862410;179;*;
;;tRNA;862590;862661;41;*;cga
deb;;CDS;862703;863392;86;*;
;;tRNA;863479;863555;14;*;aca
;;tRNA;863570;863647;8;*;cca
;;tRNA;863656;863732;83;*;tac
;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa
;;rRNA;863903;864017;46;*;5s
;;tRNA;864064;864141;80;*;gac
fin;;CDS;864222;864842;;;
deb;;CDS;871492;873447;238;*;
;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc
fin;comp;CDS;873866;875110;;0;
deb;comp;CDS;882566;883615;65;*;
;;tRNA;883681;883754;123;*;gta
fin;comp;CDS;883878;884297;;0;
deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*;
;;rpr;1034820;1035754;93;*;
fin;comp;CDS;1035848;1036873;;;
deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*;
;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc
fin;comp;CDS;1038622;1039386;;;
deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*;
;;rpr;1049373;1050302;181;*;
fin;;CDS;1050484;1051014;;0;
deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*;
;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc
;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga
fin;;CDS;1150574;1151254;;;
deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*;
;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg
fin;;CDS;1190151;1190684;;0;
deb;;CDS;1218598;1219764;79;*;
;;rpr;1219844;1220165;479;*;
fin;comp;CDS;1220645;1222306;;;
deb;;CDS;1266436;1266561;484;*;
;;rpr;1267046;1267714;79;*;
fin;comp;CDS;1267794;1268189;;;
deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*;
;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc
fin;;CDS;1313427;1314617;;;
deb;;CDS;1455222;1456646;68;*;
;;rpr;1456715;1457335;384;*;
fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0;
deb;;CDS;1568600;1569889;484;*;
;;rpr;1570374;1570895;121;*;
fin;comp;CDS;1571017;1572063;;;
deb;;CDS;1574035;1575045;473;*;
;;rpr;1575519;1576383;223;*;
fin;;CDS;1576607;1577287;;0;
deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*;
&lt;/pre&gt;

====mja intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]]
*'''Les intercalaires négatifs:'''
&lt;pre&gt;
mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53
continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166
&lt;/pre&gt;
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;;
;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;fréquence5
;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219
;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21
;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128
;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100
;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102
;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83
;'''total 1729;&lt;201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35
470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39
47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27
451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36
449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25
291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18
623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37
1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22
694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36
1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21
1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27
328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27
911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44
106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22
91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33
692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21
256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17
1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21
15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25
424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22
1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20
73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25
1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26
777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18
983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16
1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15
518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16
410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11
1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10
1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16
1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12
439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10
489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14
966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16
7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9
325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6
1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9
258119;400;35;1;290;14;;;;215;11
;;36;5;300;4;;;;220;11
;;37;4;310;5;;;;225;5
;;38;6;320;12;;;;230;12
;;39;°11;330;3;;;;235;5
;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7
;;reste;902;350;3;166;;;245;6
;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6
;;;;370;6;;;;255;4
;;;;380;5;;;;260;3
;;;;390;3;;;;265;7
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6
349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7
541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2
575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9
125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5
1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3
1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1
28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4
316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1
1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6
739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6
875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3
1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0
12869;-39;;;530;2;;;;335;5
1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1
1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2
1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1
697374;-35;;;570;0;;;;355;3
1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3
1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4
139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2
312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49
352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&amp;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&amp;-94;719;-1762;147;856;255;min40
31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&amp;-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&amp;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&amp;227;71;;537;poly;319;SF
31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&amp;128;44;-;859;poly;105;SF
;;;;;;;;;;;;;;
mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;;
mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;;
ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;;
239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;;
281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;;
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélations et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;;
41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;;
1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;;
mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc-
0;10;11;;0;25;11;0;10;11;&gt;0;429;-1;0;25
10;49;179;;10;121;171;1;12;18;&lt;0;56;-2;0;0
20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0
30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51
40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2
50;11;50;;50;27;48;5;0;11;&gt;0;1060;-6;4;0
60;10;45;;60;25;43;6;5;4;&lt;0;163;-7;2;1
70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12
80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0
90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1
100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10
110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0
120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4
130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9
140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0
150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2
160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5
170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0
180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2
190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6
200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0
210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0
220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6
230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0
240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3
250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1
260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0
270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1
280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3
290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0
300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0
310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3
320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0
330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2
340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1
350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0
360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0
370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3
380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0
390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0
400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2
reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0
total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0
diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1
 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0
;;;;;;;;;;;;-46;0;0
;;;;;;;;;;;;-47;0;0
;;;;;;;;;;;;-48;1;0
;;;;;;;;;;;;-49;0;1
;;;;;;;;;;;;-50;0;0
;;;;;;;;;;;;reste;1;6
;;;;;;;;;;;;total;56;163
&lt;/pre&gt;

====mja  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320
comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56
;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163
&lt;/pre&gt;

====mja autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp
;repeat_region;378;89;;;;&amp;tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532;
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;&amp;tRNA;97426;91;comp;;;&amp;tRNA;863570;8;;;;&amp;tRNA;873686;102;comp
;&amp;tRNA;97629;241;;;;&amp;tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp
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deb;°CDS;357984;220;comp;;;&amp;tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;;
;&amp;tRNA;358768;23;;;;&amp;tRNA;764021;50;;;;;;;
;&amp;tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;;
deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;;
;&amp;tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;;
fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mja intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;;
;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls
;;;;;;;;;;
comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb;
;23;comp’;250;;19;;39;19;&lt;201;6
;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8
;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75%
;18;;31;;32;;133;50;;
;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin;
;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;&lt;201;15
comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17
;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88%
;8;comp’;48;;103;;'''-;95;;
;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total;
;34;;402;;63;;'''-;103;&lt;201;21
;;;133;;;;'''-;154;total;25
;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84%
;;;179;;41;;'''-;177;;
;;;86;;80;;'''-;241;;
;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls
;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb;
;;;39;;1;;64;229;&lt;201;8
;;comp’;210;;243;;65;230;total;14
;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57%
;;comp’;383;;177;;149;'''-;;
;;;;;;;157;'''-;'''fin;
;;;;;;;171;'''-;&lt;201;1
;;;;;;;172;'''-;total;4
;;;;;;;210;'''-;taux;25%
;;;;;;;220;'''-;;
;;;;;;;238;'''-;'''total;
;;;;;;;250;'''-;&lt;201;9
;;;;;;;306;'''-;total;18
;;;;;;;383;'''-;taux;50%
;;;;;;;;;;
;;;;;deb;fin;total;;;
;;;;&lt;201;14;16;30;;;
;;;;total;22;21;43;;;
;;;;taux;64%;76%;70%;;;
&lt;/pre&gt;

===mba===
====mba opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;;
39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;;
;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;*
comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;*
comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;*
comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;*
comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;*
comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;*
comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;*
comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;*
comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;*
comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;*
comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;*
;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein&quot;;*
;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;*
;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;*
;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;*
;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;*
comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;;;;;;;;;;;;*
;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;*
comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;*
comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;*
comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;*
;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;*
;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;*
comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;*
comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;*
;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;*
;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;*
;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;*
;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;*
;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;*
comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;*
comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;*
comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;*
comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;*
comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;*
;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;*
;;;;;;;;;;;;
comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;*
;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;*
comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;*
;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;*
;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;*
;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;*
comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;*
comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;*
&gt;comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;*
comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;*
&lt;;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;*
;;;;;;;;;;;;*
;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;*
comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;*
;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;*
;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;*
;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;*
comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;*
comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;*
comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;*
comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;;;;;;;;;;;;*
;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;*
comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;*
;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;*
comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;*
comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;*
comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;*
&gt;;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;*
;;;;;;;;;;;;*
;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;*
comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;*
comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;*
comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;*
comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;*
;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;*
comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;*
;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;*
;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;*
;;;;;;;;;;;;
comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;*
;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;*
;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;*
;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;*
comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
&gt;comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;*
comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;*
;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;*
;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;*
comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;*
;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;*
;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;*
;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;*
;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;*
;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;*
comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;*
comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;*
;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;*
;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;*
comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;*
;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;*
;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;*
comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;*
;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;*
comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;*
comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;*
;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;*
comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;*
;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;*
comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;*
comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;*
comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;*
comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;*
;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;*
;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;*
;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;*
;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;*
;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;*
;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;*
;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;*
;;;;;;;;;;;;*
;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;*
;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;*
;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;*
;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;*
comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;*
comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;*
comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;*
comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;*
;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;*
comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;*
comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;*
&lt;/pre&gt;

====mba cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]]
&lt;pre&gt;
mba cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0
;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7
;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14
;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8
;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5
;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10
;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11
;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4
sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10
;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2
;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21
;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96
total aas;;62;;;;;;;;;;;
remarques;;6;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;;
;;;variance;52;;;407;;;;194;;
sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158
;;;variance;28;;;98;;;;106;;78
&lt;/pre&gt;

====mba blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]]
&lt;pre&gt;
mba blocs;;;;
cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;*
5s;129;122;;*
23s;135;2833;;*
gca;79;;;*
16s;1242;1489;;*
cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
;;;;
cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;*
16s;222;1489;;*
23s;129;2833;;*
5s;607;122;;*
cds;;66;hp;*
;;;;
cds;488;157;P-bacterioferritin;*
5s;129;122;;*
23s;222;2833;;*
16s;830;1489;;*
cds;;503;2-isopropylmalate synthase;*
&lt;/pre&gt;

====mba remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]]
&lt;pre&gt;
mba;;;;;;62;62
atgi;1;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;3;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mba distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;aa
1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;
;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;
1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;
;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;
1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;16s 23s;;
;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;2*209;;
;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;23s 5s;;
;1;70;11;48;7;0;4;-8;0;33;673;488;3*74;;
;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;5s CDS;;
;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;488;
1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;607;
;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;289;
;1;120;30;43;12;0;8;-13;1;4;273;760;16s tRNA;;
;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;85;;gca
2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;tRNA 23s;;
;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;116;;gca
1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;tRNA tRNA;;
;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;132;;ctc
2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;**;;ctc
2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;71;;aac
;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;119;;atgi
;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;**;;aac
1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;94;;gga
1;1;230;20;31;23;2;4;-24;0;0;1379;513;**;;cta
;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;63;;atgf
2;1;250;24;27;25;1;4;-26;1;8;349;318;63;;atgf
;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;**;;atgf
1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;65;;tgc
;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;**;;tgc
1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;112;;tac
2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;**;;gac
;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;223;;gcc
2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;74;;atc
;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;**;;atc
;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;94;;gtc
1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;7;;ttc
;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;61;;ggc
;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;94;;gtc
1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;7;;ttc
;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;**;;ggc
1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;
17;19;reste;527;709;reste;1181;1932;-42;0;0;536;;;;
41;49;total;1233;2381;total;1233;2381;-43;0;0;220;;;;
23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;
1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;
;x;1232;22;1;1255;;;-49;0;3;655;;;;
;c;2360;307;21;2688;;;-50;0;0;;;;;
;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;
;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mba autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires_aas|mba autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mba;;;
deb fin;gene;adresse1;intercalaire;comp;aas
deb;CDS;91192;137;;
;tRNA;92076;132;comp;ctc
;tRNA;92293;298;comp;ctc
fin;CDS;92676;;comp;
deb;CDS;98630;535;comp;
;tRNA;99873;222;comp;tcc
fin;CDS;100178;;comp;
deb;CDS;146979;80;comp;
;tRNA;147599;198;comp;acc
fin;CDS;147869;;comp;
deb;CDS;199345;492;comp;
;tRNA;200761;71;comp;aac
;tRNA;200905;119;comp;atgi
;tRNA;201099;790;comp;aac
fin;CDS;201962;;;
deb;CDS;260990;173;;
;tRNA;261706;673;;cgg
fin;CDS;262451;;;
deb;CDS;355894;309;;
;repeat_region;356467;137;;
fin;CDS;359947;;;
deb;CDS;463836;2075;comp;
;tRNA;466799;94;;gga
;tRNA;466965;221;;cta
fin;CDS;467271;;comp;
deb;CDS;473154;298;;
;tRNA;474022;246;comp;gag
fin;CDS;474343;;comp;
deb;CDS;692109;349;comp;
;tRNA;693337;400;;aga
fin;CDS;693812;;comp;
deb;CDS;703446;488;comp;
;tRNA;704447;307;;agg
fin;CDS;704829;;;
deb;CDS;800463;799;comp;
;tRNA;801442;137;comp;agc
;ncRNA;801664;327;comp;
fin;CDS;802306;;;
deb;CDS;1109819;15;;
;tRNA;1110029;63;;atgf
;tRNA;1110167;63;;atgf
;tRNA;1110305;273;;atgf
fin;CDS;1110653;;;
deb;CDS;1134460;235;comp;
;tRNA;1135310;65;comp;tgc
;tRNA;1135447;126;comp;tgc
fin;CDS;1135645;;comp;
deb;CDS;1137210;488;;
;rRNA;1138169;74;comp;122
;rRNA;1138365;209;comp;2833
;rRNA;1141481;835;comp;1489
fin;CDS;1143794;;;
deb;CDS;1249870;423;comp;
;tRNA;1250464;546;comp;aag
fin;CDS;1251084;;;
deb;CDS;1315521;-12;;
;tRNA;1315680;174;comp;cgc
fin;CDS;1315926;;;
deb;CDS;1516050;286;comp;
;tRNA;1516507;760;;caa
fin;CDS;1517340;;comp;
deb;CDS;1538879;36;comp;
;tRNA;1539323;1249;comp;other
fin;CDS;1540645;;comp;
deb;CDS;1546247;576;comp;
;tRNA;1548368;448;comp;aca
fin;CDS;1548890;;;
deb;CDS;1550566;745;;
;tRNA;1551506;506;comp;aca
fin;CDS;1552086;;;
deb;CDS;1621639;433;;
;tRNA;1623269;112;;tac
;tRNA;1623497;300;;gac
fin;CDS;1623870;;comp;
deb;CDS;1657967;616;comp;
;repeat_region;1660242;74;;
fin;CDS;1661656;;;
deb;CDS;1714788;154;;
;tRNA;1715224;187;comp;acg
fin;CDS;1715483;;comp;
deb;CDS;1755811;113;comp;
;tRNA;1756107;0;comp;ccg
fin;CDS;1756182;;comp;
deb;CDS;1842058;16;;
;tRNA;1842212;717;comp;gtg
fin;CDS;1843003;;;
deb;CDS;1852573;1379;comp;
;tRNA;1854261;198;comp;ccc
fin;CDS;1854537;;comp;
deb;CDS;1908225;349;comp;
;tRNA;1909339;445;comp;tgg
fin;CDS;1909976;;;
deb;CDS;1926495;183;;
;tRNA;1927362;125;comp;tcg
fin;CDS;1927571;;comp;
deb;CDS;1975038;78;;
;ncRNA;1976292;428;comp;
fin;CDS;1977078;;;
deb;CDS;2005431;2315;comp;
;tRNA;2009369;199;comp;cca
fin;CDS;2009643;;comp;
deb;CDS;2026807;314;comp;
;tRNA;2028771;513;;ggg
fin;CDS;2029356;;comp;
deb;CDS;2157926;567;;
;tRNA;2159252;349;;atgj
fin;CDS;2159712;;;
deb;CDS;2194967;718;comp;
;rRNA;2196021;209;;1489
;rRNA;2197708;74;;2833
;rRNA;2200689;607;;122
fin;CDS;2201418;;comp;
deb;CDS;2434335;603;comp;
;tRNA;2435213;223;comp;gcc
;tRNA;2435508;74;;atc
;tRNA;2435659;241;;atc
fin;CDS;2435977;;comp;
deb;CDS;2622097;1489;;
;tRNA;2625515;1102;;gta
fin;CDS;2626691;;;
deb;CDS;2650514;164;;
;tRNA;2651461;218;;cac
fin;CDS;2651751;;;
deb;CDS;2663547;318;;
;tRNA;2664987;263;comp;ggc
fin;CDS;2665322;;;
deb;CDS;2856552;134;;
;tRNA;2857544;153;comp;tca
fin;CDS;2857782;;comp;
deb;CDS;3326036;539;;
;tRNA;3327097;995;;tgc
fin;CDS;3328164;;;
deb;CDS;3994472;514;;
;tRNA;3995436;477;comp;cga
fin;CDS;3996007;;;
deb;CDS;4005709;269;;
;tRNA;4006296;860;;ttg
;repeat_region;4007239;169;;
fin;CDS;4009182;;comp;
deb;CDS;4031590;1075;comp;
;tRNA;4032947;182;;cag
fin;CDS;4033202;;comp;
deb;CDS;4041205;96;comp;
;tRNA;4042057;375;;tta
fin;CDS;4042517;;comp;
deb;CDS;4045359;718;comp;
;tRNA;4048993;35;;tta
deb;CDS;4049113;241;comp;
;tRNA;4052645;177;;tta
fin;CDS;4052907;;comp;
deb;CDS;4407561;64;;
;tRNA;4407895;675;;gcg
fin;CDS;4408642;;comp;
deb;CDS;4504139;536;comp;
;tRNA;4504837;220;comp;ctg
fin;CDS;4505142;;comp;
deb;CDS;4551177;566;comp;
;tRNA;4552418;94;;gtc
;tRNA;4552586;7;;ttc
;tRNA;4552668;61;;ggc
;tRNA;4552801;94;;gtc
;tRNA;4552969;7;;ttc
;tRNA;4553051;717;;ggc
fin;CDS;4553840;;;
deb;CDS;4617920;200;;
;tRNA;4618540;351;;gaa
deb;CDS;4618969;377;;
;tRNA;4619568;214;;gaa
fin;CDS;4619860;;comp;
deb;CDS;4673041;289;;
;rRNA;4673933;74;comp;122
;rRNA;4674129;116;comp;2833
;tRNA;4677152;85;comp;gca
;rRNA;4677310;1247;comp;1489
fin;CDS;4680035;;;
deb;CDS;4759174;89;comp;
;tRNA;4759500;655;comp;aaa
fin;CDS;4760232;;comp;
&lt;/pre&gt;

====mba intercalaires entre cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]]
*'''Le Tableau'''
&lt;pre&gt;
mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;;
mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;&lt;u&gt;frequence5;intercal;&lt;u&gt;frequencez
;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21
;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23
;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21
;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20
;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14
;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22
;'''total 3943;&lt;201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14
adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28
3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6
526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11
1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20
2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14
4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7
818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16
2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20
3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12
376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18
3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12
4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8
1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7
4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6
3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8
372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8
3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9
3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13
3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6
542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18
682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8
3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10
2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9
3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7
2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5
912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4
2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7
2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15
4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9
974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5
4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9
2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8
511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9
2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3
3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9
2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4
63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7
136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3
958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7
301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10
1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''&lt;u&gt;frequencef;230;22;1080;5
;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3
;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1
;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8
;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4
;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3
'''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4
4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3
1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5
4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4
493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3
942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3
4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4
4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580
4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109
2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943
1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;;
2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;;
3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;;
2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;;
4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;;
1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;;
1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;;
82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;;
222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;;
3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;;
1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;;
1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;;
3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;;
3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;;
4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires positifs S+====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]]
*Tableaux
&lt;pre&gt;
mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;;
;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;;
gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;;
afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;;
mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;;
cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;;
1-30  ‰ ;;;effectifs;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;effectifs 1-40;;corel;;;
1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;;
46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;;
45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;;
26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;;
;;;;;;;;;;;;;;
Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;;
mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;;
Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment.
1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50
1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties
droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’;
1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF
1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF
&lt;/pre&gt;
*Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''.
*Corrélation et fréquences faibles
&lt;pre&gt;
;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;;
;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;;
41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;;
1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;;
mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc
0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;&gt;0;1232;-1;0;33;;410;13;21
10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;&lt;0;22;-2;2;0;;420;13;18
20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24
30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19
40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16
50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;&gt;0;2360;-6;2;0;;460;7;20
60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;&lt;0;307;-7;0;5;;470;11;20
70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21
80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14
90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14
100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17
110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17
120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17
130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14
140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8
150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12
160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8
170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15
180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10
190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10
200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11
210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16
220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12
230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13
240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10
250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14
260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10
270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16
280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4
290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6
300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12
310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9
320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4
330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11
340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11
350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6
360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8
370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9
380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3
390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5
400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156
reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;;
total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;;
diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;;
 - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;;
&lt;/pre&gt;

====mba  intercalaires négatifs S-====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]]
*9.6.21
&lt;pre&gt;
mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;
comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18
continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311
&lt;/pre&gt;
*14.8.21
&lt;pre&gt;
14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total
;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22
;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307
&lt;/pre&gt;

====mba autres intercalaires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]]
&lt;pre&gt;
;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3;
;;;;;;;;;;;;;;;;
deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489;
;&amp;tRNA;92076;132;comp;;;&amp;tRNA;1516507;760;;;;&amp;tRNA;2625515;1102;
;&amp;tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;;
fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164;
deb;°CDS;98630;535;comp;;;&amp;tRNA;1539323;1249;comp;;;&amp;tRNA;2651461;218;
;&amp;tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;;
fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318;
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;&amp;tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;;
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;&amp;tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp
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;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp
&lt;/pre&gt;
====mba intercalaires tRNA====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]]
&lt;pre&gt;
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;;;;;;;;;;
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;'''74;;;;;;137;214;taux;33%
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;;;269;;;;318;445;'''total;
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;;;;;;;;;;
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&lt;/pre&gt;

===mfe===
====mfe opérons====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_opérons|mfe opérons]]
&lt;pre&gt;
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_WH1/methSp_WH1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;%GC;41.80%;;;;;;;;
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009504.1;mfe;;genome;;;;;;;;;
40.2%GC;3.2.20 Paris;16s  3;56;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines;
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;*
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;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;*
;;;;;;;;;;;;*
;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;*
;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;*
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;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;*
;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
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;;;;;;;;;;;;*
&lt;comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;*
comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;*
comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;*
;;;;;;;;;;;;*
;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;*
;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;*
comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
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comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;*
comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;*
comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;*
comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;*
comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;*
;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;*
;;;;;;;;;;;;
comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;*
comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;*
;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;*
;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;*
;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;*
;;;;;;;;;;;;*
;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;*
;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;*
;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;*
;;;;;;;;;;;;*
;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;*
;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;*
comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;*
;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;*
;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;*
;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;*
;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;*
;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;*
;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;*
;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;*
comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;*
;;;;;;;;;;;;*
;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;*
comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;*
comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;*
comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;*
;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;*
;;;;;;;;;;;;*
;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;*
comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;*
;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;*
;;;;;;;;;;;;*
;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;*
;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;*
comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;*
;;;;;;;;;;;;*
comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;*
;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;*
;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;*
&lt;/pre&gt;

====mfe cumuls====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]]
&lt;pre&gt;
mfe cumuls;;;;;;;;;;;;;
;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;;
;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330
avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0
;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4
;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14
;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6
;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8
;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7
;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9
;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1
sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6
;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4
;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3
;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23
;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85
total aas;;56;;;;;;;;;;;
remarques;;;;;;;;;;;;;
avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;;
;;;variance;169;;;299;;;;210;;
sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157
;;;variance;21;;;108;;;;127;;80
&lt;/pre&gt;

====mfe blocs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]]
&lt;pre&gt;
mfe blocs;;;;
cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;*
16s;208;1488;;*
23s;130;2833;;*
5s;857;122;;*
cds;102;188;hp;*
;;;;
cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;*
16s;80;1488;;*
gca;135;;;*
23s;130;2833;;*
5s;5;122;;*
cds;;83;hp;*
;;;;
cds;271;77;hp;*
5s;130;122;;*
23s;208;2833;;*
16s;839;1488;;*
cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;*
&lt;/pre&gt;

====mfe remarques====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]]
&lt;pre&gt;
mfe;;;;;;56;56
atgi;1;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2
atc;2;acc;1;aac;2;agc;1
ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1
gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3
tta;1;tca;1;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1
gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
&lt;/pre&gt;
====mfe distribution====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]]
&lt;pre&gt;
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2
atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc;
gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;;
&lt;/pre&gt;
====mfe données intercalaires==== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;
effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;
fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;aa
;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;
;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;
1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;
;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;
1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;16s 23s;;
1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;2* 196;;
1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;23s 5s;;
;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;3* 74;;
;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;5s CDS;;
;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;857;5;
;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;271;
;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;16s tRNA;;
;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;84;;gca
1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;tRNA 23s;;
;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;119;;gca
1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;tRNA tRNA;;
;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;72;;tgc
1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;**;;tgc
;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;89;;atgf
;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;**;;atgf
;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;111;;gac
1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;**;;tac
;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;73;;cta
;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;**;;gga
2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;117;;ctc
;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;**;;ctc
1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;87;;aac
;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;110;;atgi
;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;**;;aac
;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;-;227;gcc
1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;62;;atc
;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;**;;atc
1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;718;;gaa
1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;**;;gaa
2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;25;;ggc
2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;57;;ttc
3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;71;;gtc
;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;25;;ggc
1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;118;;ttc
;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;**;;gtc
1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;
8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;
31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;
23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;
1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;
;;;;;;;;-46;;0;295;;;;
;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;
;;&gt;0;&lt;0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;
;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;
;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;
;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;
;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;
&lt;/pre&gt;
=====mfe autres intercalaires aas===== 
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]]
*Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
&lt;pre&gt;
autres intercalaires;;mfe;;;;;
deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas
deb;comp;CDS;38726;40264;704;*;
;;rRNA;40969;42446;196;*;1478
;;rRNA;42643;45547;74;*;2905
;;rRNA;45622;45743;857;*;122
deb;;CDS;46601;47164;102;*;
;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc
;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc
fin;;CDS;47894;48508;;;
deb;comp;CDS;71092;72423;384;*;
;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf
;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf
fin;;CDS;73254;73472;;0;
deb;comp;CDS;175573;176091;225;*;
;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac
;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac
fin;;CDS;176910;177248;;0;
deb;comp;CDS;214884;215966;801;*;
;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca
fin;;CDS;216992;217582;;;
deb;comp;CDS;372219;373091;558;*;
;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg
fin;;CDS;374064;374828;;0;
deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*;
;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc
fin;comp;CDS;383298;383828;;;
deb;;CDS;508114;509238;100;*;
;comp;ncRNA;509339;509698;415;*;
fin;;CDS;510114;511253;;;
deb;comp;CDS;532751;533176;356;*;
;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca
fin;comp;CDS;533757;534308;;;
deb;comp;CDS;598666;599850;170;*;
;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc
fin;;CDS;600425;600868;;0;
deb;;CDS;680493;681734;185;*;
;;tRNA;681920;681994;296;*;gag
fin;;CDS;682291;682578;;0;
deb;;CDS;689098;689631;36;*;
;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta
;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga
fin;;CDS;691509;691889;;;
deb;comp;CDS;793563;795017;111;*;
;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc
;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc
fin;comp;CDS;795654;796454;;;
deb;;CDS;810088;810471;861;*;
;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc
fin;comp;CDS;811539;812555;;;
deb;comp;CDS;893309;894232;391;*;
;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac
;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi
;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac
fin;comp;CDS;896457;897506;;;
deb;;CDS;949570;950112;208;*;
;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg
fin;comp;CDS;950891;952300;;;
deb;;CDS;1088496;1090946;360;*;
;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc
;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc
;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc
fin;comp;CDS;1092172;1092585;;;
deb;;CDS;1155748;1156137;210;*;
;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa
;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa
fin;comp;CDS;1157455;1158645;;;
deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*;
;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478
;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca
;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905
;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122
fin;comp;CDS;1205983;1206231;;;
deb;;CDS;1207508;1211485;12;*;
;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg
fin;comp;CDS;1211773;1212681;;;
deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*;
;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc
;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc
;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc
;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc
;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc
fin;;CDS;1222476;1223792;;0;
deb;;CDS;1400830;1401773;914;*;
;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta
fin;;CDS;1403049;1403276;;;
deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*;
;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga
fin;;CDS;1507185;1508039;;0;
deb;;CDS;1513245;1513562;213;*;
;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg
fin;;CDS;1514127;1514647;;;
deb;;CDS;1887880;1888338;392;*;
;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc
fin;;CDS;1889181;1890518;;;
deb;;CDS;1962666;1963553;130;*;
;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta
fin;;CDS;1964004;1964759;;;
deb;;CDS;1971373;1971852;319;*;
;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag
fin;comp;CDS;1972449;1972850;;;
deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*;
;;repeat_region;2069160;2069707;535;*;
fin;;CDS;2070243;2071250;;;
deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*;
;;repeat_region;2075017;2076588;535;*;
fin;;CDS;2077124;2077771;;0;
deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*;
;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac
fin;comp;CDS;2172849;2173631;;;
deb;;CDS;2231846;2232133;164;*;
;;repeat_region;2232298;2233846;77;*;
fin;;CDS;2233924;2235552;;0;
deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*;
;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg
fin;comp;CDS;2321410;2321679;;;
deb;;CDS;2387890;2388675;150;*;
;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca
fin;comp;CDS;2389238;2389453;;;
deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*;
;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa
fin;comp;CDS;2679355;2679537;;;
deb;;CDS;2969291;2969554;306;*;
;;repeat_region;2969861;2971629;480;*;
fin;;CDS;2972110;2973468;;;
deb;;CDS;2979566;2980078;280;*;
;;repeat_region;2980359;2981568;343;*;
;;repeat_region;2981912;2982974;5;*;
fin;;CDS;2982980;2983372;;;
deb;;CDS;3091533;3091754;271;*;
;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122
;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905
;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478
fin;;CDS;3097646;3097975;;;
deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*;
;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj
fin;;CDS;3156723;3157106;;;
deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*;
;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg
fin;;CDS;3243867;3244073;;0;
deb;;CDS;3341829;3342017;0;*;
;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg
fin;;CDS;3342205;3342387;;;
deb;;CDS;3358176;3359186;533;*;
;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg
fin;comp;CDS;3359844;3360305;;;
deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*;
;;ncRNA;3399370;3399684;149;*;
;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc
fin;;CDS;3400149;3400847;;;
deb;;CDS;3435506;3436918;181;*;
;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg
fin;;CDS;3437457;3437948;;;
deb;;CDS;3438819;3438989;107;*;
;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg
fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0;
deb;;CDS;3456114;3456473;260;*;
;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc
fin;comp;CDS;3457006;3457518;;;
deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*;
;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg
fin;;CDS;3584754;3585317;;;
deb;;CDS;3593430;3593861;343;*;
;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga
fin;;CDS;3594628;3595506;;;
deb;;CDS;3603458;3603697;389;*;
;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa
fin;comp;CDS;3604793;3606301;;;
deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*;
;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag
fin;;CDS;3857254;3857424;;0;
&lt;/pre&gt;

===archées synthèse===
====archées distribution par génome====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]]
&lt;pre&gt;
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
mba;14;37;;;;1;9;;61
mfe;14;31;;;;1;10;;56
mfi;25;20;;;;2;;;47
mja;8;16;1;4;6;2;;;37
total;61;104;1;4;6;6;19;0;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution du total====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]]
&lt;pre&gt;
atgi;4;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8
atc;6;acc;4;aac;7;agc;4
ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4
gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8
tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;5;aaa;5;aga;4
cta;4;cca;4;caa;5;cga;4
gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4
ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
arch;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
total;80;104;1;4;6;6;201
;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;
&lt;/pre&gt;

====archées distribution par type====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]]
&lt;pre&gt;
;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19
atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4
atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc;
gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga;
ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
archées;1aa;104;;;;;;;archées;&gt;1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;;
;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;;
;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;;
;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;;
&lt;/pre&gt;

====archées par rapport au groupe de référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;40;11;4;;;;55;
16;moyen;39;16;8;;;9;72;
14;fort;25;34;7;4;;4;74;
; ;104;61;19;4;;13;201;
10;g+cgg;26;2;;;;;28;
2;agg+cga;6;1;;;;;7;
4;carre ccc;7;8;4;;;;19;
5;autres;1;;;;;;1;
;;40;11;4;;;;55;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;199;55;20;;;;274;26
16;moyen;194;80;40;;;45;358;324
14;fort;124;169;35;20;;20;368;650
; ;517;303;95;20;;65;201;729
10;g+cgg;129;10;;;;;139;10
2;agg+cga;30;5;;;;;35;
4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16
5;autres;5;;;;;;5;
;;199;55;20;;;;274;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;archeo4;1aa;&gt;1aa;dup;;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;217;60;22;299;26;38;18;
16;moyen;212;87;43;342;324;38;26;
14;fort;136;185;38;359;650;24;56;
; ;565;332;103;184;729;104;61;
10;g+cgg;141;11;;152;10;65;;
2;agg+cga;33;5;;38;;15;;
4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;;
5;autres;5;;;5;;3;;
;;217;60;22;299;;40;;
&lt;/pre&gt;
====euryarchaeota, estimation des -rRNAs====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] 
&lt;pre&gt;
euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;184
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8
atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4
ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4
gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1
ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4
cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4
gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4
atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3
ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3
;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184
11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;;
estimation 1aa+&gt;1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;;;4600
atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200
atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100
ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100
gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200
tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25
ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100
cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100
gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100
ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100
atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75
ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50
gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75
;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;;
rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+&gt;1aa+dup;;différence;;
atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28
att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;
gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32
atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4
ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2
gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29
tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50
ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3
cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3
gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est  10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3
ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2
atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15
ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27
gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5
rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832
&lt;/pre&gt;

==génomes synthèse==
===Les intercalaires entre cds d'un génome===
====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]]
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a%
;;;;;;;;;;;
pub;1,307;19,910;&amp;1.63;89;&amp;15,233;;;;;;
ant;3,095;158,387;&amp;'''1.80;85;&amp;'''51,175;;;;;;
abra;1,667;17,186;&amp;1.41;81;10,310;;;;;;
pmg;1,800;48,983;&amp;1.62;85;&amp;27,213;;;;;;
mja;1,729;25,564;&amp;1.45;81;&amp;14,777;;;;;;
fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1
rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16
;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31
rru;3,786;46,193;&amp;1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16
eco;4,024;64,507;&amp;1.46;74;&amp;16,031;;;;;;
cvi;4,282;5,941;&amp;1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&amp;'''45.8;19
ade;4,464;83,541;&amp;1.51;81;&amp;18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17
bsu;4,213;110,979;&amp;1.58;79;&amp;26,323;;;;;;
cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;;
afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;;
ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31
scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;;
Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39
rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1
spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&amp;39
pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&amp;30.0;&amp;41
cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&amp;34.0;&amp;50
blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;;
myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21
mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&amp;49
&lt;/pre&gt;
*Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37
&lt;pre&gt;
;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600;
gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a%
pub;1 307;19 910;&amp;1,63;89;&amp;15 233;;;;;;
rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1
rru;3 786;46 193;&amp;1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16
;;;;;;;;;;;
eco;4 024;64 507;&amp;1,46;74;&amp;16 031;;;;;;
spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&amp;39
;;;;;;;;;;;
bsu;4 216;110 979;&amp;1,58;79;&amp;26 323;;;;;;
pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&amp;30,0;&amp;41
;;;;;;;;;;;
cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;;
cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&amp;34,0;&amp;50
;;;;;;;;;;;
ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31
blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;;
;;;;;;;;;;;
myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21
pmg;1 800;48 983;&amp;1,62;85;&amp;27 213;;;;;;
abra;1 667;17 186;&amp;1,41;81;10 310;;;;;;
cvi;4 282;5 941;&amp;1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&amp;45,8;19
ade;4 464;83 541;&amp;1,51;81;&amp;18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17
ant;3 095;158 387;&amp;1,80;85;&amp;51 175;;;;;;
afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;;
scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;;
mja;1 730;25 564;&amp;1,45;81;&amp;14 777;;;;;;
mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&amp;49
&lt;/pre&gt;

====Fréquences des intercalaires cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]]
&lt;pre&gt;
génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;;
gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5;gen;&lt;0;100;200;370;600;max;freq5
pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438
rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573
rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714
spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723
pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725
cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726
blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639
pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604
abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723
ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690
ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632
mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529
rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;;
faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604
moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714
fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778
effectif;9   9   3;3  12  6;3  11  7;7  10  4;3  10  8;2  13  6;3  13  5;;;;;;;;;effectif;5  11  5;6  11  4;4  11  6;4  11  6;5  11  5;13  6  2; 5  9  7
&lt;/pre&gt;

====Classement des génomes cds-cds====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]]
&lt;pre&gt;
gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;&lt;0;100;200;370;600;max
'''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1
'''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8
'''abra;2m;''7;&lt;u&gt;65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;&lt;u&gt;11
'''pmg;2m;&lt;u&gt;8,5;''55;''35;&lt;u&gt;11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8
'''mja;2m;°9;&lt;u&gt;64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7
;;;;;;;;;;;;;
fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8
;;;;;;;;;;;;;
rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10
;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16
;;;;;;;;;;;;;
'''rru;4M;°10;&lt;u&gt;'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;&lt;u&gt;'''221;°141;°37;°13
'''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;&lt;u&gt;''8
'''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16
'''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10
'''bsu;4M;°9,5;°72;&lt;u&gt;''64;'''29.29;°81;;°144;°495;&lt;u&gt;'''230;°98;°28;''4
'''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;&lt;u&gt;'''232;&lt;u&gt;'''158;°47;°10
'''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11
'''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28
'''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;&lt;u&gt;'''192;°439;°181;°134;°43;°11
;;;;;;;;;;;;;
Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19
;;;;;;;;;;;;;
'''rtb;1m;'''20;'''85;&lt;u&gt;109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151
'''spl;4M;'''14;'''82;&lt;u&gt;105;°17.06;°76;;''101;''371;&lt;u&gt;215;'''184;'''90;'''40
&amp;'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;&lt;u&gt;110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32
&amp;'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;&lt;u&gt;211;'''221;'''127;'''52
'''blo;2m;&lt;u&gt;11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19
'''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;&lt;u&gt;57;'''42
&amp;'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175
&lt;/pre&gt;

====Les intercalaires tRNAs-cds====
=====comparaison continu-discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]]
*Total des nuls cds-cds
&lt;pre&gt;
gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510
&lt;/pre&gt;
*tableau
&lt;pre&gt;
;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;;
gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;&lt;0;reste32;reste32%;comp’/&lt;0%;min’-min%
abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117
ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6
afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31
ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11
ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1
blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17
bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182
cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59
cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54
cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5
eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107
mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23
mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29
myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37
pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3
pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45
pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41
rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12
rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35
scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47
spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61
total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8;
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;;
gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 %
abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0;
ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4
afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0
ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2
ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4
blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5
bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3
cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1
cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0;
cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7
eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1
mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1
mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0;
myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0
pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2
pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8
pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0;
rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1
rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0;
scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7
spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3
total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6
&lt;/pre&gt;

=====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]]
*Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne &quot;opérons sans&quot; dans &quot;genome.opérons&quot;). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407.
&lt;pre&gt;
tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total
opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA-cds négatifs;;;
genome;adresse;tRNA;inter
Intercalaire continu nc;;;
vha chr2;1842556;ctc;-36
amed;779541;caa;-21
oan;1945985;aag;-38
oan;34057;gcc;-40
ppm plasm;7953;gac;-24
hmo;2497882;gtg;-10
mfi;314088;caa;-1
pmg;1600898;gta;-30
blo;207388;tgg;-17
Intercalaire discontinu xc comp’;;;
rpm;1941413;agc;-30
oan;1639492;atgj;-44
aua;1350534;cgt;-30
npu;3439846;gca;-19
mba;1315521;cgc;-12
spl;552630;tga*;-23
myr;1926118;tta;-38
ase;1249593;aag;-12
blo;440078;aac;-39
blo;1424907;gag;-8
total;;19;

cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;;
gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+;
abra;&amp;37,3;41;2;4,9;&amp;7,6;2;;
ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1;
afn;&amp;35,8;53;4;7,5;4,7;4;;
ant;&amp;45,1;34;5;14,7;3,1;3;2;
ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3;
blo;19,1;75;1;1,3;&amp;14,4;1;;
bsu;34,6;28;0;0;&amp;'''9,7;;;
cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2;
cbn;29,3;40;0;0;&amp;'''11,7;;;
cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;;
eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3;
mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2;
mja;&amp;39,4;43;5;11,6;3,4;5;;
myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2;
pmg;&amp;42,9;65;11;16,9;2,5;8;3;
pmq;19,1;42;1;2,4;&amp;8,0;1;;
pub;&amp;'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9;
rru;26,1;83;3;3,6;&amp;7,2;1;3;
rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;;
scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2;
spl;20,0;61;1;1,6;&amp;12,2;;1;
total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33;
;;;;;;;;
;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7
&lt;/pre&gt;

=====Les cds-cds positif-négatif=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]]
&lt;pre&gt;
taux de 1-40;;;;;;;;
gen;&lt;0 %;&lt;1;reste;total;1-40;&gt;0;1-40 %;1-32 %
abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95
ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95
afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93
ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98
ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92
blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97
bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91
cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94
cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97
cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97
eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93
mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92
mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92
myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96
pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95
pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94
pub;36;544;308;1307;455;763;60;97
rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95
rtb;13;107;547;793;139;686;20;93
scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96
spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98
total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5
écart;;;;;;;27±7;95±3

22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;;
lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;;
lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;;
lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S
abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&amp;25;1667
ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&amp;36;18;4464
afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038
ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&amp;25;3095
ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&amp;41;20;8197
blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772
bsu;4537;&amp;99;&amp;205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213
cbei;5814;&amp;106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622
cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491
cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282
eco;4700;65;&amp;580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024
mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943
mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&amp;25.6;1071;439;29;13;1729
myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555
pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&amp;37.5;950;597;&amp;39;14;1800
pmq;7479;&amp;185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223
pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&amp;36;1307
rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786
rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793
scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805
spl;4466;&amp;141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213
total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019
écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7;

tRNA-cds continu-discontinu;;;
gen;nc+;  xc+;xc+%
abra;31;10;24
ade;47;22;32
afn;43;10;19
ant;29;5;15
ase*;60;41;41
blo*;52;26;33
bsu;12;16;57
cbei;35;12;26
cbn;30;10;25
cvi;52;26;33
eco;37;28;43
mba;48;42;47
mja;25;18;42
myr*;48;31;39
pmg*;41;26;39
pmq;27;15;36
pub;28;22;44
rru;49;34;41
rtb;40;16;29
scc;35;32;48
spl*;39;23;37
total;808;465;37
écart;;;37±7
&lt;/pre&gt;

=====comparaison cds-cds et tRNA-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]]
&lt;pre&gt;
;caractéristiques;;;;;;petit;;grand;
gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;&lt;0;inf;sup;inf;sup
abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57
ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28
mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49
pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78
pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07
;;;;;;;;;;
ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65
afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48
ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06
bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59
cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08
cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54
eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92
rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78
spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62
;;;;;;;;;;
blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73
cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68
mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36
myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85
pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68
rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27
scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12

;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;;
gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux
abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5
ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4
mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1
pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5
pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5
;;;;;;;;;;
ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1
afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9
ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3
bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9
cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8
cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4
eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5
rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0
spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3
;;;;;;;;;;
blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9
cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8
mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0
myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0
pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8
rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9
scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]]
*'''Le tableau'''
&lt;pre&gt;
;&lt;201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3
;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;;
genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;;
vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3;
oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;&quot;
abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;&quot;
aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;&quot;
lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5;
ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;&quot;
psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5;
cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; 
hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;&quot;
fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4;
npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;&quot;
apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5;
mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;&quot;
mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;&quot;
;total ok;1;6;4;12;8;9;16;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les résultats'''
&lt;pre&gt;
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5
vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5
amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0
ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7
rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7
oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4
abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4
abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0
agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7
aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3
rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9
ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9
lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4
ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5
psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3
cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2
hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7
fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2
npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4
apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3
mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9
mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3
**;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7
bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2
eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7
cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9
ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;;
cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9
afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1
scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6
ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1
;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5
pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0
vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0
amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0
ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2
rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7
oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7
abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5
abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4
agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7
aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4
rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0
ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;;
lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;;
ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;;
psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;;
hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;;
fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;;
apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;;
mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;;
mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;;
**;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand'''
&lt;pre&gt;
test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal;
cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453;
petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13;
grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9;
totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26;
total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26;
grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;;
;;;;;;;;;;;
test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe
cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374
petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21
grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5
totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78
total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78
grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8);
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko;
p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848;
q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152;
compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu;
cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325;
petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11;
grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8;
totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26;
grand sans -;(5);;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok
p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630
q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370
compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb
cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828
petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18
grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5
totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56
&lt;/pre&gt;
*'''Les calculs des bornes'''
&lt;pre&gt;
;compare;test;;;;;;;;;
;afn;eco;;;;;;;;;
;0,771;21;;;;;;;;;
;0,229;5;;;;;;;;;
;;78;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;
;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs
archeo;cds total;total;&lt;0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78
mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2
mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052
mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus;
calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand
petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205
grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;;
;;;;;;;34;40;;17;29
;;;;;;;;;;;
;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3
;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup
&lt;/pre&gt;
=====Récapitulatif des taux discontinu/continu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]]
&lt;pre&gt;
&gt;0;;;&lt;0;;;total;taux
tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;;
Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- %
808;464;&amp;36,5;2;6;&amp;75;1280;&amp;0,6
cds-cds;;;cds-cds;;;;
Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- %
42200;19031;&amp;31,08;9564;1224;&amp;11,3;72019;&amp;15,0
cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx%
1191;1934;649;&amp;25,1;&amp;3,4;75793;;28,1
&lt;/pre&gt;

=====Les taux de discontinus par classe génomique=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]]
&lt;pre&gt;
gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax%
$I;;;;;
abra;°1,4;°22;&amp;25;°24;°6
ant;&amp;10,9;27;&amp;25;°15;°8
mja;&amp;24,2;30;13;42;&amp;36
pmg;&amp;36,0;&amp;39;14;39;&amp;41
pub;&amp;19,0;29;&amp;36;44;&amp;45
$II;;;;;
ade;&amp;11,9;&amp;36;18;32;13
afn;°1,3;°20;15;°19;11
ase;&amp;19,3;&amp;42;20;41;11
bsu;4,9;30;14;&amp;57;16
cbn;4,5;°23;°7;°25;°5
cvi;8,2;32;18;33;18
eco;&amp;12,3;33;18;43;&amp;35
rru;&amp;10,1;31;18;41;&amp;33
spl;°2,8;34;10;37;11
$III;;;;;
blo;7,0;32;13;33;18
cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6
mba;5,5;34;°8;&amp;47;28
myr;6,6;30;°8;39;9
pmq;4,3;29;11;36;°4
rtb;°2,9;27;13;29;25
scc;7,8;32;19;&amp;48;18
total;10,6;31;15;37;19
écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]]
*Tableau 
&lt;pre&gt;
14.8.21;continu;;;comp’;;;
inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff
 -1;1671;'''17.5;;0;0;;
 -2;4;0.0;;40;3.3;;
 -3;5;0.1;;0;0;;
 -4;&amp;4476;'''46.8;&lt;u&gt;0.38;°410;'''33.5;&lt;u&gt;0.10;
 -5;9;0.1;;3;0.2;;
 -6;4;0.0;;35;2.9;;16
 -7;139;1.5;;19;1.6;;
 -8;&amp;945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06;
 -9;3;0.0;;25;2.0;;14
 -10;93;1.0;;11;0.9;;
 -11;&amp;498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69;
 -12;2;0.0;;23;1.9;;8
 -13;94;1.0;;15;1.2;;
 -14;&amp;329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84;
 -15;1;0.0;;25;2.0;;12
 -16;58;0.6;;13;1.1;;
 -17;&amp;235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90;
 -18;5;0.1;;13;1.1;;1
 -19;43;0.4;;12;1.0;;
 -20;&amp;162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04;
 -21;0;0;;11;0.9;;3
 -22;22;0.2;;8;0.7;;
 -23;&amp;107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95;
 -24;1;0.0;;19;1.6;;8
 -25;34;0.4;;11;0.9;;
 -26;&amp;101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43;
 -27;2;0.0;;6;0.5;; -2
 -28;19;0.2;;8;0.7;;
 -29;&amp;61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40;
 -30;0;0;;5;0.4;; -3
 -31;16;0.2;;8;0.7;;
 -32;&amp;45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72;
 -33;0;0;;3;0.2;; -4
 -34;15;0.2;;7;0.6;;
 -35;&amp;35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53;
 -36;0;0;;3;0.2;;0
 -37;9;0.1;;3;0.2;;
 -38;&amp;31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50;
 -39;0;0;;3;0.2;; -4
 -40;5;0.1;;7;0.6;;
 -41;&amp;34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25;
 -42;0;0;;4;0.3;; -2
 -43;16;0.2;;6;0.5;;
 -44;&amp;24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50;
 -45;0;0;;2;0.2;; -1
 -46;5;0.1;;3;0.2;;
 -47;&amp;11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25;
 -48;0;0;;2;0.2;; -2
 -49;11;0.1;;4;0.3;;
 -50;&amp;9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00;
reste;169;1.8;;120;9.8;;
total;9558;100.0;;1223;100.0;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences des &lt;span id=&quot;nd50&quot;&gt;négatifs&lt;/span&gt;, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0
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52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0
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65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
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69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5
;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]]
*Tableau
&lt;pre&gt;
14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;;
;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;;
fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e
continu   50;;;;;;;;;;;;;
6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72
7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96
8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69
discontinu 50;;;;;;;;;;;;;
6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11
7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99
8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32
discontinu 80;;;;;;;;;;;;;
6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80
7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22
8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92
&lt;/pre&gt;

=====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]]
&lt;pre&gt;
recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;;
bsu;;;;;;eco;;;;
intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre
continu;;;;;;continu;;;;
-7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&amp;0;2400
;390880;391020;;;;;164865;167264;;
;;;;;;-2130;&amp;2731600;2733729;444;2130
-500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;;
;3717326;3717805;;;;-1295;&amp;492092;493386;637;1295
;;;;;;;492092;494023;;
-492;2909520;2910011;735;492;;-897;&amp;4577958;4578854;483;897
;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;;
;;;;;;-729;1179520;1180359;&amp;0;729
-164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;;
;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255
;;;;;;;1639080;1639334;;
-154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183
;2467800;2468162;;;;;578327;578509;;
;;;;;;-212;508875;511379;&amp;0;212
-143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;;
;1916955;1917302;;;;-153;&amp;16751;16903;57;153
;;;;;;;16751;16960;;
discontinu;;;;;;discontinu;;;;
-361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60
;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;;
;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60
-127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;;
;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486
;;;;;;;10830;11315;;
-93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75
;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;;
;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210
;;;;;;;3993850;3994335;;
&lt;/pre&gt;
=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus=====
======Tableau cds-cds négatifs discontinus======
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]]
&lt;pre&gt;
14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;;
;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰  ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;;
clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80
1;'''pub;0;§17;3;25;&amp;45;§38;7;56;&amp;&lt;u&gt;70.4;1307;&amp;47;51;&amp;92
2;'''pmg;0;§16;9;30;&amp;55;§29;16;55;&amp;48.9;1800;&amp;33;38;&amp;88
3;'''ase;17;?48;55;123;&amp;&lt;u&gt;226;?21;24;54;&amp;42.9;&lt;u&gt;'''8197;&amp;&lt;u&gt;109;31;&amp;&lt;u&gt;335
4;'''mja;0;@19;3;8;&amp;30;@63;10;27;&amp;32.4;1730;&amp;26;46;&amp;56
5;'''ant;0;@20;5;18;&amp;43;@47;12;42;&amp;26.8;3095;&amp;40;48;&amp;83
6;'''eco;10;§15;6;18;&amp;39;§38;15;46;&amp;23.4;'''4024;&amp;45;48;&amp;84
7;'''ade;9;?4;17;36;&amp;57;?7;30;63;&amp;22.8;'''4464;&amp;36;35;&amp;93
8;'''rru;5;?6;13;22;&amp;41;?15;32;54;&amp;19.5;'''3786;&amp;28;38;&amp;69
9;'''cvi;1;?7;16;20;&amp;43;?16;37;47;&amp;16.1;'''4282;&amp;25;36;&amp;68
10;'''scc;1;§9;3;12;&amp;24;§38;13;50;&amp;15.5;1805;°3;11;27
11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16
12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31
13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20
14;'''pmq;1;§8;5;14;&amp;27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41
15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22
16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4
17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8
18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9
19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12
20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11
21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3
;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172
;;;;;;;;;;;;;;
§;bgcolor=&quot;#e8f2a8&quot;|;;?;bgcolor=&quot;#bbe333&quot;|;;@;bgcolor=&quot;#ff00ff&quot;|;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;cdmc&quot;&gt;Coefficient&lt;/span&gt; de détermination, moyenne et corrélation: effectifs
&lt;pre&gt;
	14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs continus		14.8.21	Effectifs des cds-cds négatifs discontinus				
gen	r50	“5	“6	“7	“8	total	cds	r80	“5	“6	“7	“8	total
abra	13	211	0	11	174	409	1667	0	2	3	0	3	8
ade	9	607	0	25	72	713	4464	9	36	4	17	36	102
afn	9	167	2	20	105	303	2039	1	1	1	1	0	4
ant	6	387	1	33	252	679	3095	0	40	20	5	18	83
ase	28	1054	3	70	145	1300	8197	17	109	48	55	123	352
blo	2	161	1	10	36	210	1772	2	3	1	4	8	18
bsu	17	305	0	42	209	573	4215	4	14	5	7	5	35
cbei	4	153	0	32	200	389	5622	0	4	2	2	3	11
cbn	0	62	0	23	82	167	2491	0	0	5	0	4	9
cvi	4	493	0	38	152	687	4282	1	25	7	16	20	69
eco	22	423	0	47	152	644	4024	10	45	15	6	18	94
mba	6	152	7	34	108	307	3943	0	6	3	3	10	22
mja	6	78	0	17	62	163	1730	0	26	19	3	8	56
myr	0	133	0	22	127	282	3555	0	9	5	1	5	20
pmg	2	105	0	10	41	158	1800	0	33	16	9	30	88
pmq	16	466	1	44	226	753	7223	1	14	8	5	14	42
pub	3	233	2	14	129	381	1307	0	47	17	3	25	92
rru	11	475	0	26	97	609	3786	5	28	6	13	22	74
rtb	0	43	0	9	46	98	793	0	1	0	0	3	4
scc	6	195	1	22	95	319	1805	1	3	9	3	12	28
spl	5	262	0	30	117	414	4213	0	7	1	1	3	12
total	169	6165	18	579	2627	9558	72023	51	453	195	154	370	1223
&lt;/pre&gt;
*Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats
&lt;pre&gt;
‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;;
gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. 
abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6
ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6
afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5
ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1
ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0
blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4
bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8
cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3
cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1
cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0
eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6
mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1
mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1
myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5
pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5
pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6
pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2
rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7
rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4
scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9
spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9
total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;;
moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;;
écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783
m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986
R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171
;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404
;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;;
R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;;
;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails======
*Fréquences &lt;span id=&quot;disc80&quot;&gt;des&lt;/span&gt; discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls
&lt;pre&gt;
14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9
6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43
7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27
8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70
1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30
1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64
total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204
gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0
2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10
3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0
4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52
5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2
6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13
7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1
8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7
9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6
10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2
11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11
12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4
13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3
14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9
15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3
16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2
17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10
18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2
19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2
20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5
21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2
22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2
23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3
24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2
25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4
26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8
27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1
28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1
29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0
30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0
31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1
32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3
33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0
34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2
35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4
36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2
37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0
38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2
39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1
40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2
41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1
42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1
43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0
44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1
45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1
46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1
47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1
48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0
49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0
50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1
51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2
52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1
53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0
54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0
55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1
56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0
57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0
58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1
59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0
60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1
61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0
62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0
63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0
64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0
65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1
66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0
67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0
68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1
69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1
70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0
71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1
72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0
73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1
74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1
75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1
76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0
77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0
78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0
79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0
80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles
&lt;/pre&gt;

======Restes des cds-cds négatifs======
*Restes &lt;span id=&quot;rcdsn&quot;&gt;des&lt;/span&gt; cds-cds négatifs
&lt;pre&gt;
14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;;
;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;;
;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;;
;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;;
;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;;
;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;;
eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à
-56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50
-66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80
-75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;;
-82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu
-85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22
-86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28
-89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17
-102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16
-113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9
-129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13
-210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9
-436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6
-527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2
-530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4
-723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4
-110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6
-153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6
-212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2
-242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3
-448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11
-729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6
-897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5
-1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169
-2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;;
-2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;;
;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;;
afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;;
-83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;;
-113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;;
-79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;;
-74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;;
-71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;;
-68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;;
-67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;;
-59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;;
-53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;;
;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;;
;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]]
*Tableau cds-cds-c
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;;
14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;;
gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds
'''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;&lt;u&gt;'''37;&lt;u&gt;'''67;°2 491
'''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&amp;5 622
'''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943
'''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555
'''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800
'''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730
'''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213
'''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&amp;7 223
'''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&amp;77;119;'''1 772
'''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;&lt;u&gt;'''793
'''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215
'''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039
'''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&amp;32.1;1054;&amp;81;158.6;&amp;&lt;u&gt;8 197
'''ade;9;713;;25;72;97;74;&amp;25.8;607;&amp;&lt;u&gt;85;159.7;4 464
'''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024
'''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&amp;72;160.4;4 282
'''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&amp;78;160.9;3 786
'''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&amp;177;°1 805
'''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&amp;219;3 095
'''abra;13;409;;11;174;185;94;&lt;u&gt;'''5.9;211;°52;&amp;245;'''1 667
'''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&amp;&lt;u&gt;292;'''1 307
'''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023
&lt;/pre&gt;
*Tableau cds-cds-x
&lt;pre&gt;
*Tableau cds-cds-x;;;;;;;;;
14.8.21;;;;;;;;;
négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;;
gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰
'''cbn;'''25;9.2;°33;&lt;u&gt;'''67;&amp;121;°2 491;@56;0;$3.6
'''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&amp;87;&amp;5 622;?29;36;°2.0
'''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6
'''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&amp;118;3943;§45;45;5.6
'''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&amp;48.9
'''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&amp;32.4
'''spl;62;7.1;°28;°98;&amp;93;4213;?20;58;°2.8
'''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&amp;7 223;§30;33;5.8
'''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2
'''rtb;54;11.3;58;124;°30;&lt;u&gt;'''793;§0;25;$5.0
'''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3
'''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0
'''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&amp;&lt;u&gt;8 197;?21;31;&amp;42.9
'''ade;136;5.6;'''16;159.7;&lt;u&gt;'''13;4464;?7;35;&amp;22.8
'''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&amp;23.4
'''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&amp;16.1
'''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&amp;19.5
'''scc;108;12.2;53;&amp;177;'''25;°1 805;§38;11;&amp;15.5
'''ant;125;10.7;&amp;81;&amp;219;&amp;74;3095;@47;48;&amp;26.8
'''abra;127;6.6;&amp;104;&amp;245;48;'''1 667;@50;25;$4.8
'''pub;178;10.7;&amp;99;&amp;&lt;u&gt;292;&amp;&lt;u&gt;190;'''1 307;§38;51;&amp;&lt;u&gt;70.4
'''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0
;;;;;;;;;
? bbe333;;;;;;;;;
§ e8f2a8;;;;;;;;;
@ ff00ff;;;;;;;;;
&lt;/pre&gt;
*Fréquences &lt;span id=&quot;fncont&quot;&gt;des&lt;/span&gt; intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails
&lt;pre&gt;
negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
-1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126
-2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0
-4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136
-5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0
-6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0
-7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10
-8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46
-9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8
-11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28
-12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0
-13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5
-14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15
-15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3
-17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8
-18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1
-20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7
-21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0
-23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4
-24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0
-25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0
-26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2
-27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1
-29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2
-30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0
-32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3
-33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1
-35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0
-36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0
-38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1
-39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0
-41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1
-42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1
-44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0
-45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0
-47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0
-48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0
-49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0
-50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0
;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5
;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414
;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl
6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0
7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30
8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
“7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
% 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
%1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;;
gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max  40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&amp;pmq;813;19;{{tri1|19}}d2
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max  50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&amp;cbei;708;18;{{tri1|18}}d2
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4
° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&amp;'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&amp;mba;348;17;{{tri1|17}}d1
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2
$[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1
§[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max  50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3
&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&amp;'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor=&quot;#66ffff&quot;|;;°;99ff99;§;
;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor=&quot;#ffff00&quot;|;;&amp;;00ccff;$;
gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;;
°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1;
§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4;
°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5;
$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7;
[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8;
§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6;
[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10;
[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12;
§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13;
°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15;
$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&amp;mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&amp;mba;348;17;
[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&amp;cbei;708;18;
$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&amp;pmq;813;19;
§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&amp;'''scc;71;20;
&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&amp;'''blo;138;21;
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]]
*Légende
&lt;pre&gt;
;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;;
;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30  ‰ ;;;teff;;0  ‰;;&lt;0  ‰;;eff40;;corel40;classe;
;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+;
°rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru
§rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb
$pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub
°cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi
°ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade
$ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant
eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco
§spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl
bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu
&amp;pmq;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&amp;pmq
cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn
&amp;cbei;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&amp;[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&amp;cbei
§afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn
°ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase
&amp;'''blo;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&amp;[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&amp;'''blo
$mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja
&amp;mba;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&amp;mba
myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr
$pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg
§abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra
&amp;'''scc;;&amp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&amp;[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&amp;'''scc
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]]
*Légende
&lt;pre&gt;
12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+
1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;&lt;u&gt;2.7;{{tri1|6}}b1
2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3
3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1
4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2
5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1
6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2
7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2
8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5
9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1
10;&amp;pmq;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2
11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1
12;&amp;cbei;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2
13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4
14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2
15;&amp;'''blo;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;&lt;u&gt;3.1;{{tri1|21}}d3
16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2
17;&amp;mba;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1
18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2
19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1
20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3
21;&amp;'''scc;;&amp;[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]]
*Légende
*Tableau
&lt;pre&gt;
Sc+  40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;;
gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total
'''rtb;$721;5;8;2;7;&amp;'''1.7;4;13;&amp;-10.7;$131;pr1;'''rtb;&amp;'''39;&amp;27;&amp;18;10;'''6;48;33;22;13;8;124
'''pub;&amp;981;6;8;13;13;$0;2;58;&amp;-11.0;&amp;367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352
'''rru;&amp;882;7;11;11;34;&amp;5.8;4;43;&amp;-11.3;&amp;630;pro1;'''rru;&amp;32;&amp;28;&amp;13;15;11;191;167;78;86;66;588
'''cvi;&amp;897;6;10;13;50;&amp;9.3;1;58;&amp;-9.0;&amp;815;pro;'''cvi;&amp;30;&amp;30;&amp;17;11;11;230;232;133;80;86;761
'''ade;&amp;929;5;9;19;51;&amp;8.0;2;63;&amp;-14.7;&amp;876;pro;'''ade;&amp;30;&amp;32;&amp;15;12;11;247;267;122;95;93;824
'''ant;&amp;923;7;9;14;88;&amp;'''37.0;1;109;&amp;-15.8;&amp;836;pro;'''ant;&amp;'''37;&amp;39;&amp;14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810
'''eco;&amp;894;5;9;13;61;&amp;12.0;2;54;&amp;-13.7;&amp;902;pro;'''eco;&amp;27;&amp;35;&amp;17;12;'''8;232;295;146;103;71;847
'''spl;&amp;881;6;10;13;33;&amp;5.0;2;53;&amp;-10.0;&amp;683;pro1;'''spl;&amp;30;&amp;31;&amp;15;13;11;193;202;94;86;73;648
'''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878
'''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029
'''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571
'''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895
'''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556
'''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060
'''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224
'''mja;$670;6;9;4;32;&amp;9.3;4;32;&amp;-14.0;&amp;474;pro-a;'''mja;$23;&amp;31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455
'''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388
'''myr;&amp;922;7;12;23;46;&amp;4.6;2;78;&amp;-11.0;&amp;899;pro1-a;'''myr;&amp;'''42;$25;&amp;16;11;'''7;355;213;133;93;61;855
'''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412
'''abra;&amp;895;7;12;4;33;&amp;5.8;1;58;&amp;-9.0;&amp;420;pro1;'''abra;&amp;'''41;&amp;30;&amp;14;10;'''6;165;119;56;39;24;403
'''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364
;;;;;;;;
;ant;7;10;14;48;11.3;;
;ant;7;8;14;46;32;;
;;;;;;;;
;;moyenne;7.8;;;;;
;;écart;2.4;;;;;
;;m/e;3.2;;;;;
&lt;/pre&gt;
*&lt;span id=&quot;fc40&quot;&gt;Données&lt;/span&gt;
&lt;pre&gt;
fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total
0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389
1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883
2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841
3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631
4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572
5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399
6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340
7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281
8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370
9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568
10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539
11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571
12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628
13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501
14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472
15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433
16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366
17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317
18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381
19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280
20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324
21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296
22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285
23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238
24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280
25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226
26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213
27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215
28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186
29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210
30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221
31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206
32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193
33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190
34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181
35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170
36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180
37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172
38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172
39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198
40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172
reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950
total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209
diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870
&lt;/pre&gt;

=====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]]
*Légende
&lt;pre&gt;
13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;;
Sx+  40;;;;;
gen;poly3;mod3;tot;diagr;note
;;;;;
'''rru;°253;5;12;175;
'''rtb;;;;8;
'''pub;;;;88;
'''cvi;499;8;11;130;
'''ade;443;8;11;304;
'''ant;574;°'''1;9;186;
'''eco;'''647;6;11;129;parabole
'''spl;;;;69;
'''bsu;'''789;5;9;302;croit
'''pmq;;;;68;
'''cbn;;;;56;
'''cbei;;;;35;
'''afn;;;;36;
'''ase;°315;10;17;389;P15   611
'''blo;;;;54;
'''mja;467;4;12;113;
'''mba;;;;51;
'''myr;;;;97;
'''pmg;'''831;5;7;196;décroit
'''abra;;;;41;
'''scc;;;;60;
;;;;;
;Modulo 3;total;prévu;;
;5;7;;;
;16;22;;;
;10;17;;;
;5;9;;;
;6;11;;;
;5;12;;;
;47;78;26;;
;Jusqu’à 129;;;;
;51;90;30;;
;Jusqu’à 113;;;;
&lt;/pre&gt;

=====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu=====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]]
*Les tRNA-tRNA x+
&lt;pre&gt;
;tRNA-tRNA;
;x+;pbs
aua;ggc-atgf;404
;ttc-acc;161
;gac-gta;270
;ccg-caa;173
ase;gga-cca;130
mja;atgj-ctc;91
;acc-caa;178
ksk;cca-gga;151
mba;gcc-atc;223
mfe;gcc-atc;227
fps;ttg-cta;290
vpb;cgt-cgt;56 &quot;8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210&quot;
rtb;cgg-caa;60
;gac-gcc;1051
rpl;cgg-caa;49
;gac-gcc;830
agr;atgj-ggc;793
;gac-gta;446
lbu;gaa-ctt;151
npu;atgj-atgj;-1
&lt;/pre&gt;
*'''Tableau'''
&lt;pre&gt;
tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;;
type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+
tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;;
t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1
rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2
aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2
genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2
4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4
adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1
;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;c- (-1pbs);;
&lt;/pre&gt;

===Les blocs à tRNA===
===Les cds dans les blocs à tRNA===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]]
&lt;pre&gt;
27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes
;;;;;
;;;;;
génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117
;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67
;comp ;1287244..1287328  ;;tac tac;
;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114
;;4175944..4177128 ;tufb ;395;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93
;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100
;;2193647..2193722;;aac;
;comp ;2236186..2236261;;aac;4
;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100
;;2238010..2238085;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52
;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171
;comp ;3914863..3914937;;gga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155
;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106
;comp ;660266..660340;;gtc ;
;comp ;2114823..2114899;;aga;55
;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71
;comp ;2115323..2115399;;cca ;
; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166
;&lt; ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41*
;;2632925..2633473 ;hp;183;30
;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93
;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271
;comp ;2634472..2634561 ;;tcg;
;;2863981..2864056;aca;;15
;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8
;;2864326..2864401;aaa;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63
;;1934364..1934663 ;ETC;100;12
;;1934676..1934752;;aga;
;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151
;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343
;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93
;comp ;3126888..3126961 ;;gga ;
;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37
;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57
;;3128216..3128291 ;;aca ;127
;;3128419..3128652;hp;78;
;;3378495..3378569;;acc;237
;;3378807..3379370 ;hp;188;234
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91
;;2040545..2040629 ;;tac ;
;;2040654..2040727 ;;gga ;6
;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50*
;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65
;;2042108..2042183 ;;tgg ;420
;;2042604..2042804 ;translocase;67;
;comp ;2697238..2697314;;aga;123
;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156
;comp ;2697900..2697976;;cca ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38
;comp ;749200..749275 ;;aca ;91
;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144
;;750366..750451 ;;tac ;
;;750512..750585 ;;gga ;81
;;750667..751857 ;ef Tu;397;153
;;752011..752086 ;;tgg ;69
;;752156..752353 ;Translocase;66;
; ;872533..872608 ;;atgi ;5
;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134
;comp ;873228..873304 ;;cgt ;
; ;1354014..1354091 ;;cca ;49
;;1354141..1354437 ;ETC;99;10
;;1354448..1354524 ;;aga ;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338
;;1501449..1501524 ;;cac ;
;;1501634..1501709 ;;cac ;129
;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106
;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173
;;1505151..1505235 ;;cta ;91
;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445;
; ;1808815..1808892 ;;cca ;49
;;1808942..1809238 ;ETC;99;10
;;1809249..1809325 ;;aga;
; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137
;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5
;comp ;2294501..2294576 ;;atgi;
;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69
;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152
;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81
;comp ;2419970..2420043 ;;gga ;
;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144
;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91
;;2421280..2421355 ;;aca ;137
;;2421493..2423187 ;integrase;565;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121
;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89
;;1532908..1532982 ;;gaa;
; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91
;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265
;;1772714..1773019 ;ETC;102;51
;;1773071..1773147 ;;aga ;7
;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43
;;2368473..2368778 ;cds;102;36
;;2368815..2368890 ;;aga;
;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153
;comp &lt; ;2642177..2642443 ;cds;89;296
;;2642740..2642814 ;;aac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47
;;21580..21666 ;;tca ;140
;;21807..22157 ;hp;117;17
;;22175..22357 ;hp;61;23
;;22381..22524 ;hp;48;86
;comp ;22611..22796 ;hp;62;138
;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156
;;25422..26165 ;hp;248;220
;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183
;;26644..27168 ;replicase ;175;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321
;comp ;106366..106929 ;cds;188;241
;comp ;107171..107246 ;;aca;
; ;1172120..1172196 ;;agg ;181
;;1172378..1172812 ;cds;145;62
;;1172875..1172966 ;;tcg ;
; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92
;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72
;;1764566..1764641 ;;tgc;
;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ;
;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175
;;2496785..2497120 ;cds;112;217
;comp ;2497338..2497420 ;;ctc;
;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;;
;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10
;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66
;;2498252..2498328 ;;ccg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315
;;1520860..1522122 ;cds;421;236
;;1522359..1522432 ;;atg;
;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19
;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23
;comp ;4902345..4902417 ;;gac ;
;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;;
; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25
;;6400603..6401055 ;cds;151;35
;;6401091..6401163 ;;cag;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60
;comp ;719903..721090 ;cds;396;58
;comp ;721149..721220 ;;acc;
;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147
;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108
;comp ;1930553..1930638 ;;tta;
;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106
;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147
;comp ;2209753..2209829 ;;atgj;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149
;comp ;435901..436095 ;cds;65;35
;comp ;436131..436203 ;;tgg;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47
;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137
;;1541892..1541967 ;;cac;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73
;comp ;205447..206382 ;cds;312;133
;;206516..206591 ;;cac ;
;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40
;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154
;comp ;1458510..1458585 ;;ttc;
;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41
;;862703..863392 ;cds;230;86
;;863479..863555 ;;aca;
;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;;
[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351
;;4618969..4619190 ;hp;74;377
;;4619568..4619645 ;;gaa;
&lt;/pre&gt;

==Les totaux des génomes par type==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]]
*Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes).
&lt;pre&gt;
;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga;;;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;1;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;abra;;14; ;;;;;;abra;12;;;;;;;;abra;0;;;;;;;;abra;;; ;16;1;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;apal &gt;1aa 1aa duplicata;;;;;;;11
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;0;agc;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;
;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;;gga;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;;;;apal;;;;12 *;1;;12
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1 1-3aas aac;tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;publié tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
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2 tta;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
2 atgi;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2
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;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1
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;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9;;;;;;;;;;;cdc8;;;2 *;89;;4;99
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;34;;;;;;;;;2;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas;;;;;;;;
1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca;;;;;;;;
gca;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi;;;;;;;;
atgi;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac;;;;;;;;
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;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;&gt;1aa;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;48;;;;;;;;;4;;;;;;;;;
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avant 5s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt;
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1-3;att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8  1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;;;;;;;;;;;;;;;;;39
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt;
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;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
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;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;8;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;52
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
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;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;22;;;;;;;;;3;;;;;;;;;16
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1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;
;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1
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;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;
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;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;
;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4   1-3aas;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;15;;;;;;;;;22;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4
;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga;
;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga;
;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3
;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;
;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;6;;;;;;;;;45;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;39;;;;;;;;;20;;;;;;;;;10;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
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;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;;;;;;;;
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;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
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;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
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;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;30;;;;;;;;;10;;;;;;;;;13;;;;;;;;;
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;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2;;;;;;;;;
;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;22;;;;;;;;;37;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;continus;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ttc2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;ggc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;
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;atc;;acc;1;aac;1;agc;;tcc2;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;cac3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;ctg4;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;;;;;;;;
;tta;1;tca;1;taa;;tga;;ccg2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;1;aaa;;aga;;atgj2;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;séquences;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;(gaa cgt)2;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;beta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta gac)5 gtg gac;beta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;beta;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;cvi;;22;;;;;22;(aaa aag)2 aaa;cvi;37;;;;;;37;;cvi;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;27;;;;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;delta;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;ade;;27;;;;;;;ade;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;46;;;;;;;;;79;;;;;;;;;
;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;;;;;;;;
;att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;;;;;;;;
;gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;;;;;;;;
;ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;;;;;;;;
;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;;;;;;;;
;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;;;;;;;;
;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;;;;;;;;
;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;11;;;;;;;;;60;;;;;;;;;22;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;;;;;;;;
ggc4;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;;;;;;;;
;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 &gt;a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;
;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;
séquences;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
(cac cca)2;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cgt agc)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca ttc aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj);gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3;vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;14;;;;;;;;;51;;;;;;;;;19;;;;;;;;;
gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;;;;;;;;
cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;;;;;;;;
tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;;;;;;;;
tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;;;;;;;;
cgt6;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;;;;;;;;
ggc3;atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;;;;;;;;
;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;;;;;;;;
acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 &gt;a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 &gt;a;;;;;;;;
tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;;;;;;;;
gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1&gt;a + 3a;;;;;;;;
;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;
séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
(cac cca)2;atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;16;;;;;;;;;47;;;;;;;;;46;;;;;;;;;
amed;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;;;;;;;;
gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;;;;;;;;
ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;;;;;;;;
gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;;;;;;;;
tac3+2;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;;;;;;;;
aac2;atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;;;;;;;;
caa2+2;ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;;;;;;;;
atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;;;;;;;;
cgt5;tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;;;;;;;;
ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;;;;;;;;
;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;;;;;;;;
;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;;
;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;
séquences;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;
(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;25;;;;;;;;;23;;;;;;;;;
atgi 2a+&gt;a;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+&gt;a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+&gt;a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+&gt;a;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta2;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;;;;;;;;
caa2;tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;;;;;;;;
cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;;;;;;;;
cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;;;;;;;;
ggc2;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;;;;;;;;
;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;
aaa (gta aaa)2;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
;eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;23;;;;;;;;;20;;;;;;;;;29;;;;;;;;;
;atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;;;;;;;;
gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;;;;;;;;
;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;
gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;;;;;;;;
gta3;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;;;;;;;;
ctg3;atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;;;;;;;;
gcc2;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;;;;;;;;
tac2;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;;;;;;;;
aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;;
caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;;
cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;;
atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;;
cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;;
ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;;
;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;;
3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;;
gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;;
2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;;
gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;;
tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;;
aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;;
atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;;
ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;;
atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;;
4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;;
gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;;
7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;;
acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;;
2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s &gt;aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s &gt;aa aa;;;;;;;;
;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;;
gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;;
séquences;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
(aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751
;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31
;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0
;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0
;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0
;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17
;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38
;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0
;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15
;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0
;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25
;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12
;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0
;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0
;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1
;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;;
&lt;/pre&gt;
===Les totaux des types===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]]
&lt;pre&gt;
bacts;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total
;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666
&lt;/pre&gt;

===La référence +5s &gt;3===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_&gt;3|La référence +5s &gt;3]]
&lt;pre&gt;
La référence;;;;;;;
+5s;sans 1-3aas;;729;;;;
atgi;12;tct;;tat;;atgf;29
att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17
atc;15;acc;9;aac;38;agc;15
ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30
gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38
tta;22;tca;17;taa;;tga;
ata;;aca;31;aaa;39;aga;15
cta;20;cca;33;caa;29;cga;
gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25
ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12
atgj;21;acg;2;aag;;agg;
ctg;9;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1
;;;;;;;
faible 21;19;0.9;;;;;
moyen 16;236;14.8;;;;;
fort 14;474;33.9;;;;;
;729;;;;;;
g+cga 10;7;0.7;;;;;
agg+cgg;0;;;;;;
4 ccc;12;3.0;;;;;
autres 5;0;;;;;;
;19;;;;;;
&lt;/pre&gt;

===totaux par rapport au groupe de référence===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]]
&lt;pre&gt;
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;
21;faible;317;124;114;19;2;7;583;
16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294;
14;fort;250;596;299;486;90;68;1789;
; ;912;1047;493;751;135;328;3666;
10;g+cga;151;68;57;7;;;283;
2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79;
4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197;
5;autres;18;4;2;;;;24;
;;317;124;114;19;2;7;583;
;total tRNAs  ‰ ;;;;;;;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰
21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26
16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324
14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650
; ;249;286;134;205;37;89;3666;729
10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10
2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22;
4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16
5;autres;5;1.1;0.5;;;;7;
;;86;34;31;5;0.5;2;159;
;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;;
;bacts;1aa;&gt;1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;&gt;1aa;dup
21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23
16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16
14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61
; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493
10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50
2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9;
4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48
5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2
;;129;51;46;226;;317;124;114
&lt;/pre&gt;

==Caractérisation des tRNAs==
===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_&gt;1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa &gt;1aa duplication]]
&lt;pre&gt;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11
atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca
ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca
gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca
tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac
ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s
cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;;
gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;;
ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;;
atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;;
ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;;
gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;gène;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;;;
atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;;
att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;;
ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;;
gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;;
ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;;
atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;;
ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;;
gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;;
tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;;
ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;;
cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;;
gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;;
ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;;
atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;;
ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;;
gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;;
&lt;/pre&gt;
====Construction du tableau avec les sous-totaux====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]]
*Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]]
*Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie &quot;formule&quot; pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME().
*Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade.
&lt;pre&gt;
bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0
atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga;
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;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;;
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ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
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ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7
gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9
tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga;
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cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga;
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ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4
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ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
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atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18
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ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7
atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10
ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23
gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29
tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga;
ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1
cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga;
gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10
ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8
atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg;
ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;;
atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
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ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23;;beta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
delta1;;;;;;;45;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18;;delta1;;;;;;;;;delta1;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;2;aac;0;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;1;gca;0;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45
atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc;
ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc;
tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga;
ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;
ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8
atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
afn;;;;;;;56;;afn;;;;;;;20;;afn;;;;;;;34;;afn;;;;;;;2;;afn;;;;;;;
atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;
att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;1;tcc;2;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;0;acc;1;aac;2;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;
ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;
tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;0;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;
cta;1;cca;1;caa;1;cga;0;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
gta;2;gca;0;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;
ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;&gt;1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total
&lt;/pre&gt;
===Les processus +16s -16s -5s 1-3aas===
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_-5s_1-3aas|Les autres processus +16s -16s -5s 1-3aas]]
====Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_-16s_1-3aas_-5s_comparés_à_la_référence|Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence]]
&lt;pre&gt;
;;total +16s;;;;;;;;;total 1-3aas;;;;;;;
;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;;
;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;;
;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;;
;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;;
;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;;
;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;;
;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;;
;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;;
;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;;
;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;;
;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135
;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;;
;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci
;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135
-16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27
2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1
atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc;
cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;
gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4
tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;
tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1
;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;
-5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1
3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9
5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1
;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total
;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135
&lt;/pre&gt;
====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires====
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]]
&lt;pre&gt;
+16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000
atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;
atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc;
ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;
gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc;
tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;
ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga;
cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;
gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga;
ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;
atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;
ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;
gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000
;;;;;;;;;;;;;;;;
1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000
atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234
att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;
ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1
gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;
ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10
atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1
ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5
gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16
tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;
ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1
cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;
gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16
ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106
atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;
ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3
gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3
;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total
;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000
&lt;/pre&gt;

====Classement des tRNAs avec les 8 processus====  
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]]
&lt;pre&gt;
;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;;
;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;&gt;1aa;dup;1-3aas;+16s
atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;-
aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;-
I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;-
gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;-
gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;-
gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;-
aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;;
ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;-
tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;-
II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;-
aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;-
cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;-
caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;-
ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;;
gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;-
tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;-
atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4
cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;-
cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;-
III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;-
tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;-
agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;-
IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;-
cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;;
V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;-
gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;-
atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;-
;;;;;;;;IV;;;;;;
VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;-
acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;-
tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;-
&lt;/pre&gt;

==Les intercalaires dans les genome.cumuls==
*Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]]
*'''Récapitulatif des chapitres cumuls'''
* - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
* - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
* - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls)
&lt;pre&gt;
;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes
gamme;200;200;500;500;;1100;330;
;;;;;;;;
pub;44;9;50;16;;239;-;
rtb;57;-;193;-;;269;176;
rru;119;66;148;-;;237;140;
cvi;26;86;-;-;;-;-;
ade;39;22;-;-;;-;-;
ant;25;*19;139;60;;239;-;
rpl;56;-;191;-;;243;172;
rpm;39;-;147;-;;252;170;
oan;138;11;258;-;;256;-;
abq;72;30;153;-;;249;166;
abs;71;31;151;-;;242;166;
agr;33;59;172;-;;185;137;
aua;131;-;226;153;;235;158;
;;;;;;;;
spl;58;-;-;-;;-;-;
vpb;43;26;-;-;;-;-;
eal;53;-;-;-;;-;-;
eco;57;-;-;-;;-;-;
ecoN;31;32;178;127;;260;172;
vha;46;30;183;86;;240;-;
amed;49;-;214;156;;274;-;
;;;;;;;;
bsu;14;17;-;-;;-;-;
lmo;11;20;-;-;;-;-;
lam;14;12;-;-;;-;-;
ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ?
pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ?
lbu;14;29;159;114;;275;-;
ban;14;15;165;132;;191;-;
;;;;;;;;
psor;9;10;173;95;;220;-;
cdc;14;9;206;165;;286;-;
cdc8;14;10;182;155;;208;-;
cbc;15;15;-;-;;-;-;
cbn;14;14;-;-;;-;-;
cle;19;22;-;-;;-;-;
hmo;8;8;196;137;;230;-;
cbei;18;7;350;195;;328;-;
afn;12;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
ase;19;-;147;-;;254;179;
blo;34;-;-;-;;-;-;
sma;34;-;-;-;;-;-;
ksk;33;-;-;-;;-;-;
;;;;;;;;
myr;33;-;144;-;;244;189;
fps;30;-;135;-;;246;181;
;;;;;;;;
pnu;11;-;176;-;;240;188;
pmg;10;12;93;-;;248;170;
;;;;;;;;
abra;23;22;131;-;;201;148;
apal;25;17;122;-;;218;177;
;;;;;;;;
scc;32;*;188;124;;299;-;
;;;;;;;;
mja;29;18;152;-;;253;194;
mba;51;-;210;-;;186;158;
mfi;35;-;178;-;;213;171;
mfe;55;-;223;-;;207;157;
&lt;/pre&gt;</text>
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    </revision>
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    <title>Géométrie affine</title>
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      <contributor>
        <username>Anne Bauval</username>
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      </contributor>
      <minor />
      <comment>màj anticipée du sommaire</comment>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="588" xml:space="preserve">{{Leçon
  | idfaculté      = mathématiques
  | département    = Géométrie
  | cours          =
  | niveau         = 15
  | 1              = {{C|Espaces affines|4|15}}
  | 2              = {{C|Applications affines|4|15}}
  | 3              = {{C|Barycentres|4|15}}
  | exo1           = {{Exo|Sous-espaces affines|4|15}}
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  | exo4           = {{Exo|Thalès, Ménélaüs, Ceva et Desargues|4|15}}
  | PlusLoin       =
  | autres projets = oui
  | w              = Géométrie affine
}}</text>
      <sha1>1hl5ahrusf0v1r5cfncfikykz3zs3dv</sha1>
    </revision>
  </page>
  <page>
    <title>Géométrie affine/Exercices/Thalès, Ménélaüs, Ceva et Desargues</title>
    <ns>0</ns>
    <id>76971</id>
    <revision>
      <id>880639</id>
      <parentid>880377</parentid>
      <timestamp>2022-07-22T20:36:44Z</timestamp>
      <contributor>
        <username>Anne Bauval</username>
        <id>6580</id>
      </contributor>
      <minor />
      <comment>Anne Bauval a déplacé la page [[Géométrie affine/Exercices/Thalès, Ménélaüs et Ceva]] vers [[Géométrie affine/Exercices/Thalès, Ménélaüs, Ceva et Desargues]] : enrichissement prévu</comment>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="11511" xml:space="preserve">{{Exercice
  | idfaculté = mathématiques
  | numéro    = 4
  | niveau    = 15
  | précédent = [[../Barycentres/]]
  | suivant   = [[../../|Sommaire]]
}}
{{Wikipédia|Mesure algébrique}}
Étant donnés trois points alignés &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt; tels que &lt;math&gt;A\ne C&lt;/math&gt;, la notation &lt;math&gt;{\overline{AB}\over\overline{AC}}&lt;/math&gt; désigne le scalaire &lt;math&gt;\lambda&lt;/math&gt; tel que &lt;math&gt;\overrightarrow{AB}=\lambda\overrightarrow{AC}&lt;/math&gt;.

==Exercice 4-1==
[[File:Thales theorem 3.svg|thumb|left]]{{Wikipédia|Théorème de Thalès}}
Dans un espace affine, on se donne deux droites &lt;math&gt;D&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;D'&lt;/math&gt; et trois hyperplans parallèles distincts intersectant &lt;math&gt;D&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;D'&lt;/math&gt; respectivement en &lt;math&gt;A&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;A'&lt;/math&gt;, en &lt;math&gt;B&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;B'&lt;/math&gt; et en &lt;math&gt;C&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C'&lt;/math&gt;.

Démontrer que &lt;math&gt;{\overline{AB}\over\overline{AC}}={\overline{A'B'}\over\overline{A'C'}}&lt;/math&gt; ([[Triangles et parallèles/Théorème de Thalès|théorème de Thalès]]).
{{Clr}}
{{Solution|contenu=Soit &lt;math&gt;p&lt;/math&gt; la projection affine sur &lt;math&gt;D'&lt;/math&gt; parallèlement aux trois hyperplans, qui envoie &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt; respectivement sur &lt;math&gt;A',B',C'&lt;/math&gt;. Si l'on note &lt;math&gt;\lambda={\overline{AB}\over\overline{AC}}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\mu={\overline{A'B'}\over\overline{A'C'}}&lt;/math&gt;, alors
:&lt;math&gt;\vec p(\overrightarrow{AB})=\begin{cases}\vec p(\lambda~\overrightarrow{AC})=\lambda~\vec p(\overrightarrow{AC})=\lambda~\overrightarrow{p(A)p(C)}=\lambda~\overrightarrow{A'C'}\\\overrightarrow{p(A)p(B)}=\overrightarrow{A'B'}=\mu~\overrightarrow{A'C'}\end{cases}\quad\text{donc}\quad\lambda=\mu&lt;/math&gt;.
}}

==Exercice 4-2==
[[File:Triangle-menelaos-1.svg|thumb|left]]{{Wikipédia|Théorème de Ménélaüs}}
Soit dans un plan affine un triangle &lt;math&gt;(A,B,C)&lt;/math&gt;, et trois points &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; appartenant respectivement aux droites &lt;math&gt;(BC),(CA),(AB)&lt;/math&gt; et distincts des sommets &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt;.

On veut démontrer que &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; sont alignés si et seulement si
:&lt;math&gt;(1)\quad\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\frac{\overline{YC}}{\overline{YA}}\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}=1&lt;/math&gt;.
{{Clr}}
#On suppose &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; alignés.&lt;br&gt;Soient &lt;math&gt;h_1&lt;/math&gt; l'homothétie de centre &lt;math&gt;X&lt;/math&gt; telle que &lt;math&gt;h_1(B)=C&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;h_2&lt;/math&gt; l'homothétie de centre &lt;math&gt;Y&lt;/math&gt; telle que &lt;math&gt;h_2(C)=A&lt;/math&gt;. On note &lt;math&gt;\alpha_k&lt;/math&gt; le rapport de &lt;math&gt;h_k&lt;/math&gt;.
##Montrer que les deux droites &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; sont stables par &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt;.
##En déduire que &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt; est une homothétie de centre &lt;math&gt;Z&lt;/math&gt;.
##En explicitant &lt;math&gt;\alpha_1&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\alpha_2&lt;/math&gt;, en déduire la relation &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;.
#Réciproquement, on suppose &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt; vérifiée.
##En remarquant que &lt;math&gt;\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\ne\frac{\overline{YA}}{\overline{YC}}&lt;/math&gt;, montrer que &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; sont sécantes.
##En considérant le point &lt;math&gt;Z'&lt;/math&gt; d'intersection de &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; et les résultats de la première question, montrer que &lt;math&gt;Z=Z'&lt;/math&gt; et en déduire que les points &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; sont alignés.
{{Solution|contenu=
#
##La droite &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; est stable par &lt;math&gt;h_1&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;h_2&lt;/math&gt; donc par &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt;. D'autre part, &lt;math&gt;(h_2\circ h_1)(B)=A&lt;/math&gt; donc l'homothétie-translation &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt; envoie la droite &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; sur la parallèle à &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; passant par &lt;math&gt;A&lt;/math&gt;, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] sur &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; elle-même.
##L'homothétie-translation &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt; fixe donc &lt;math&gt;(XY)\cap(AB)=\{Z\}&lt;/math&gt;, ce qui prouve que c'est une homothétie de centre &lt;math&gt;Z&lt;/math&gt;.
##&lt;math&gt;\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}=\alpha_1\alpha_2=\frac{\overline{XC}}{\overline{XB}}\frac{\overline{YA}}{\overline{YC}}&lt;/math&gt;, d'où la relation &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;.
#
##Puisque &lt;math&gt;A\ne B&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}\ne1&lt;/math&gt; donc d'après l'hypothèse &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\ne\frac{\overline{YA}}{\overline{YC}}&lt;/math&gt;. Si &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; étaient parallèles, cela contredirait le théorème de Thalès.
##D'après la première question, &lt;math&gt;\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\frac{\overline{YC}}{\overline{YA}}\frac{\overline{Z'A}}{\overline{Z'B}}=1&lt;/math&gt; donc d'après l'hypothèse &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\frac{\overline{Z'A}}{\overline{Z'B}}=\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}&lt;/math&gt;. Par conséquent, &lt;math&gt;Z=Z'\in(XY)&lt;/math&gt;.
}}

Soient &lt;math&gt;\cal R=(A_0,\ldots,A_n)&lt;/math&gt; un repère affine de &lt;math&gt;\cal E&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;B_0,\ldots,B_n&lt;/math&gt; &lt;math&gt;n+1&lt;/math&gt; points quelconques.
#On note &lt;math&gt;\gamma_{i,j}&lt;/math&gt;$ la &lt;math&gt;i&lt;/math&gt;-ème coordonnée barycentrique de &lt;math&gt;B_j&lt;/math&gt; dans &lt;math&gt;\cal R&lt;/math&gt;. Montrer que &lt;math&gt;(B_0,\ldots,B_n)&lt;/math&gt; est un repère affine de &lt;math&gt;\cal E&lt;/math&gt; si et seulement si &lt;math&gt;\det\gamma\ne0&lt;/math&gt;.
#Dans le cas particulier &lt;math&gt;B_0\in(A_0A_1),B_0\ne A_1,\dots,B_n\in(A_nA_0),B_n\ne A_0&lt;/math&gt;, en déduire que &lt;math&gt;(B_0,\ldots,B_n)&lt;/math&gt; est un repère affine de &lt;math&gt;\cal E&lt;/math&gt; si et seulement si &lt;math&gt;{\overline{B_0A_0}\over\overline{B_0A_1}}\times{\overline{B_1A_1}\over\overline{B_1A_2}}\times\ldots\times{\overline{B_nA_n}\over\overline{B_nA_0}}\ne1&lt;/math&gt;.
{{Solution|contenu=
#&lt;math&gt;\det \gamma&lt;/math&gt; est nul si et seulement si l'une des colonnes de &lt;math&gt;\gamma&lt;/math&gt;, disons la &lt;math&gt;k&lt;/math&gt;-ième, est combinaison linéaire des autres, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] (en notant &lt;math&gt;\gamma_j&lt;/math&gt; la &lt;math&gt;j&lt;/math&gt;-ème colonne si et seulement si il existe &lt;math&gt;(\lambda_j)_{j\neq k}&lt;/math&gt; tel que &lt;math&gt;\gamma_k=\sum_{j\neq k}\lambda_j\gamma_j.&lt;/math&gt; Puisque chaque colonne est de somme 1, de tels &lt;math&gt;\lambda_j&lt;/math&gt; vérifient automatiquement &lt;math&gt;1=\sum_{j\neq k}\lambda_j\times1&lt;/math&gt;. Conclusion : &lt;math&gt;\det\gamma&lt;/math&gt; est nul si et seulement si une colonne &lt;math&gt;\gamma_k&lt;/math&gt; de &lt;math&gt;\gamma&lt;/math&gt; est barycentre des autres, c.-à-d. si et seulement si un &lt;math&gt;B_k&lt;/math&gt; est barycentre des autres &lt;math&gt;B_j&lt;/math&gt;, c.-à-d. si et seulement si &lt;math&gt;(B_0,\ldots,B_n)&lt;/math&gt; n'est pas un repère affine.
#Soient &lt;math&gt;s_j\ne0&lt;/math&gt; tels que &lt;math&gt;B_0=s_0A_0+(1-s_0)A_1,\dots,B_n=s_nA_n+(1-s_n)A_0&lt;/math&gt;. Alors &lt;math&gt;{\overline{B_0A_0}\over\overline{B_0A_1}}\times{\overline{B_1A_1}\over\overline{B_1A_2}}\times\ldots\times{\overline{B_nA_n}\over\overline{B_nA_0}}=\prod{s_j-1\over s_j}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\det\gamma=(\prod s_j)+(-1)^n\prod_{j=0}^n(1-s_j)=(\prod s_j)-\prod(s_j-1)&lt;/math&gt;, d'où l'équivalence voulue.
}}

==Exercice 4-3==
[[File:MP-Ceva.svg|thumb|left]]{{Wikipédia|Théorème de Ceva}}
Soit dans un plan affine un triangle &lt;math&gt;(A,B,C)&lt;/math&gt;, et trois points &lt;math&gt;A',B',C'&lt;/math&gt; appartenant respectivement aux droites &lt;math&gt;(BC),(CA),(AB)&lt;/math&gt; et distincts des sommets &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt;.

On veut démontrer que les trois droites &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(CC')&lt;/math&gt; sont parallèles &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt; ou concourantes &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt; si et seulement si 
:&lt;math&gt;(3)\quad\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=-1&lt;/math&gt;.
{{Clr}}
#On suppose &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;. En appliquant le théorème de Thalès, montrer que &lt;math&gt;\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}=\frac{\overline{BC}}{\overline{BA'}}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}&lt;/math&gt;. En déduire &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
#On suppose &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt; et l'on note &lt;math&gt;K&lt;/math&gt; le point commun aux trois droites &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(CC')&lt;/math&gt;.
##En appliquant le théorème de Ménélaüs au triangle &lt;math&gt;(ACA')&lt;/math&gt; et à la droite &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt;, montrer que &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{BC}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=+1&lt;/math&gt;.
##Montrer qu'on a de même &lt;math&gt;\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}\frac{\overline{C'B}}{\overline{C'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=+1&lt;/math&gt;.
##En déduire &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
#Réciproquement, on suppose &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
##On suppose &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; concourantes en un point &lt;math&gt;K'&lt;/math&gt; et l'on désigne par &lt;math&gt;C''&lt;/math&gt; le point de concours de &lt;math&gt;(CK')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt;. En appliquant la question 2, montrer que &lt;math&gt;\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=-1&lt;/math&gt; et en déduire que &lt;math&gt;\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}&lt;/math&gt;. En déduire que &lt;math&gt;C''=C'&lt;/math&gt; et finalement &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;.
##En déduire que si &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; sont parallèles alors &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt;.
{{Solution|contenu=
#En appliquant le théorème de Thalès à la droite &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt; parallèle au côté &lt;math&gt;(B'B)&lt;/math&gt; du triangle &lt;math&gt;(B'CB)&lt;/math&gt;, on trouve &lt;math&gt;\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}=\frac{\overline{BC}}{\overline{BA'}}&lt;/math&gt;. De même en intervertissant les lettres &lt;math&gt;B&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C&lt;/math&gt;, on trouve &lt;math&gt;\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}&lt;/math&gt;. Par conséquent, &lt;math&gt;\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{BC}}{\overline{BA'}}\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}=\frac{\overline{A'B}}{\overline{BA'}}\frac{\overline{BC}}{\overline{CB}}\frac{\overline{CA'}}{\overline{A'C}}=(-1)^3=-1&lt;/math&gt;. 
#
##Les trois points &lt;math&gt;B',K,B&lt;/math&gt; sont alignés et appartiennent respectivement à &lt;math&gt;(CA),(AA'),(A'C)&lt;/math&gt; donc d'après le théorème de Ménélaüs, &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{BC}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=1&lt;/math&gt;.
##De même en intervertissant les lettres &lt;math&gt;B&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C&lt;/math&gt;, on trouve &lt;math&gt;\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}\frac{\overline{C'B}}{\overline{C'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=1&lt;/math&gt;.
##On en déduit :  &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{BC}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}=\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}\frac{\overline{C'B}}{\overline{C'A}}&lt;/math&gt;, soit &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{CA'}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=-1&lt;/math&gt;, ce qui équivaut à &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
#
##D'après les hypothèses et la question 2, &lt;math&gt;\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=-1=\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}&lt;/math&gt; donc &lt;math&gt;\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}&lt;/math&gt;. Ceci prouve que &lt;math&gt;C''=C'&lt;/math&gt; donc (par définition de &lt;math&gt;C''&lt;/math&gt;) &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt;.
##D'après la sous-question précédente, si deux des trois droites &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(CC')&lt;/math&gt; sont sécantes alors les trois droites sont concourantes. Par conséquent, si deux des trois droites sont parallèles alors les trois le sont.
}}

{{Bas de page
  | idfaculté = mathématiques
  | précédent = [[../Barycentres/]]
  | suivant   = [[../../|Sommaire]]
}}</text>
      <sha1>fbweuhotw3kzry2x0t912w2sh45gvzu</sha1>
    </revision>
    <revision>
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      <parentid>880639</parentid>
      <timestamp>2022-07-22T20:57:23Z</timestamp>
      <contributor>
        <username>Anne Bauval</username>
        <id>6580</id>
      </contributor>
      <comment>/* Exercice 4-3 */ +Desargues</comment>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="14625" xml:space="preserve">{{Exercice
  | idfaculté = mathématiques
  | numéro    = 4
  | niveau    = 15
  | précédent = [[../Barycentres/]]
  | suivant   = [[../../|Sommaire]]
}}
{{Wikipédia|Mesure algébrique}}
Étant donnés trois points alignés &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt; tels que &lt;math&gt;A\ne C&lt;/math&gt;, la notation &lt;math&gt;{\overline{AB}\over\overline{AC}}&lt;/math&gt; désigne le scalaire &lt;math&gt;\lambda&lt;/math&gt; tel que &lt;math&gt;\overrightarrow{AB}=\lambda\overrightarrow{AC}&lt;/math&gt;.

==Exercice 4-1==
[[File:Thales theorem 3.svg|thumb|left]]{{Wikipédia|Théorème de Thalès}}
Dans un espace affine, on se donne deux droites &lt;math&gt;D&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;D'&lt;/math&gt; et trois hyperplans parallèles distincts intersectant &lt;math&gt;D&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;D'&lt;/math&gt; respectivement en &lt;math&gt;A&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;A'&lt;/math&gt;, en &lt;math&gt;B&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;B'&lt;/math&gt; et en &lt;math&gt;C&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C'&lt;/math&gt;.

Démontrer que &lt;math&gt;{\overline{AB}\over\overline{AC}}={\overline{A'B'}\over\overline{A'C'}}&lt;/math&gt; ([[Triangles et parallèles/Théorème de Thalès|théorème de Thalès]]).
{{Clr}}
{{Solution|contenu=Soit &lt;math&gt;p&lt;/math&gt; la projection affine sur &lt;math&gt;D'&lt;/math&gt; parallèlement aux trois hyperplans, qui envoie &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt; respectivement sur &lt;math&gt;A',B',C'&lt;/math&gt;. Si l'on note &lt;math&gt;\lambda={\overline{AB}\over\overline{AC}}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\mu={\overline{A'B'}\over\overline{A'C'}}&lt;/math&gt;, alors
:&lt;math&gt;\vec p(\overrightarrow{AB})=\begin{cases}\vec p(\lambda~\overrightarrow{AC})=\lambda~\vec p(\overrightarrow{AC})=\lambda~\overrightarrow{p(A)p(C)}=\lambda~\overrightarrow{A'C'}\\\overrightarrow{p(A)p(B)}=\overrightarrow{A'B'}=\mu~\overrightarrow{A'C'}\end{cases}\quad\text{donc}\quad\lambda=\mu&lt;/math&gt;.
}}

==Exercice 4-2==
[[File:Triangle-menelaos-1.svg|thumb|left]]{{Wikipédia|Théorème de Ménélaüs}}
Soit dans un plan affine un triangle &lt;math&gt;(A,B,C)&lt;/math&gt;, et trois points &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; appartenant respectivement aux droites &lt;math&gt;(BC),(CA),(AB)&lt;/math&gt; et distincts des sommets &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt;.

On veut démontrer que &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; sont alignés si et seulement si
:&lt;math&gt;(1)\quad\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\frac{\overline{YC}}{\overline{YA}}\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}=1&lt;/math&gt;.
{{Clr}}
#On suppose &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; alignés.&lt;br&gt;Soient &lt;math&gt;h_1&lt;/math&gt; l'homothétie de centre &lt;math&gt;X&lt;/math&gt; telle que &lt;math&gt;h_1(B)=C&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;h_2&lt;/math&gt; l'homothétie de centre &lt;math&gt;Y&lt;/math&gt; telle que &lt;math&gt;h_2(C)=A&lt;/math&gt;. On note &lt;math&gt;\alpha_k&lt;/math&gt; le rapport de &lt;math&gt;h_k&lt;/math&gt;.
##Montrer que les deux droites &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; sont stables par &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt;.
##En déduire que &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt; est une homothétie de centre &lt;math&gt;Z&lt;/math&gt;.
##En explicitant &lt;math&gt;\alpha_1&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\alpha_2&lt;/math&gt;, en déduire la relation &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;.
#Réciproquement, on suppose &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt; vérifiée.
##En remarquant que &lt;math&gt;\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\ne\frac{\overline{YA}}{\overline{YC}}&lt;/math&gt;, montrer que &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; sont sécantes.
##En considérant le point &lt;math&gt;Z'&lt;/math&gt; d'intersection de &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; et les résultats de la première question, montrer que &lt;math&gt;Z=Z'&lt;/math&gt; et en déduire que les points &lt;math&gt;X,Y,Z&lt;/math&gt; sont alignés.
{{Solution|contenu=
#
##La droite &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; est stable par &lt;math&gt;h_1&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;h_2&lt;/math&gt; donc par &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt;. D'autre part, &lt;math&gt;(h_2\circ h_1)(B)=A&lt;/math&gt; donc l'homothétie-translation &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt; envoie la droite &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; sur la parallèle à &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; passant par &lt;math&gt;A&lt;/math&gt;, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] sur &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; elle-même.
##L'homothétie-translation &lt;math&gt;h_2\circ h_1&lt;/math&gt; fixe donc &lt;math&gt;(XY)\cap(AB)=\{Z\}&lt;/math&gt;, ce qui prouve que c'est une homothétie de centre &lt;math&gt;Z&lt;/math&gt;.
##&lt;math&gt;\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}=\alpha_1\alpha_2=\frac{\overline{XC}}{\overline{XB}}\frac{\overline{YA}}{\overline{YC}}&lt;/math&gt;, d'où la relation &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;.
#
##Puisque &lt;math&gt;A\ne B&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}\ne1&lt;/math&gt; donc d'après l'hypothèse &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\ne\frac{\overline{YA}}{\overline{YC}}&lt;/math&gt;. Si &lt;math&gt;(XY)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt; étaient parallèles, cela contredirait le théorème de Thalès.
##D'après la première question, &lt;math&gt;\frac{\overline{XB}}{\overline{XC}}\frac{\overline{YC}}{\overline{YA}}\frac{\overline{Z'A}}{\overline{Z'B}}=1&lt;/math&gt; donc d'après l'hypothèse &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\frac{\overline{Z'A}}{\overline{Z'B}}=\frac{\overline{ZA}}{\overline{ZB}}&lt;/math&gt;. Par conséquent, &lt;math&gt;Z=Z'\in(XY)&lt;/math&gt;.
}}

Soient &lt;math&gt;\cal R=(A_0,\ldots,A_n)&lt;/math&gt; un repère affine de &lt;math&gt;\cal E&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;B_0,\ldots,B_n&lt;/math&gt; &lt;math&gt;n+1&lt;/math&gt; points quelconques.
#On note &lt;math&gt;\gamma_{i,j}&lt;/math&gt;$ la &lt;math&gt;i&lt;/math&gt;-ème coordonnée barycentrique de &lt;math&gt;B_j&lt;/math&gt; dans &lt;math&gt;\cal R&lt;/math&gt;. Montrer que &lt;math&gt;(B_0,\ldots,B_n)&lt;/math&gt; est un repère affine de &lt;math&gt;\cal E&lt;/math&gt; si et seulement si &lt;math&gt;\det\gamma\ne0&lt;/math&gt;.
#Dans le cas particulier &lt;math&gt;B_0\in(A_0A_1),B_0\ne A_1,\dots,B_n\in(A_nA_0),B_n\ne A_0&lt;/math&gt;, en déduire que &lt;math&gt;(B_0,\ldots,B_n)&lt;/math&gt; est un repère affine de &lt;math&gt;\cal E&lt;/math&gt; si et seulement si &lt;math&gt;{\overline{B_0A_0}\over\overline{B_0A_1}}\times{\overline{B_1A_1}\over\overline{B_1A_2}}\times\ldots\times{\overline{B_nA_n}\over\overline{B_nA_0}}\ne1&lt;/math&gt;.
{{Solution|contenu=
#&lt;math&gt;\det \gamma&lt;/math&gt; est nul si et seulement si l'une des colonnes de &lt;math&gt;\gamma&lt;/math&gt;, disons la &lt;math&gt;k&lt;/math&gt;-ième, est combinaison linéaire des autres, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] (en notant &lt;math&gt;\gamma_j&lt;/math&gt; la &lt;math&gt;j&lt;/math&gt;-ème colonne si et seulement si il existe &lt;math&gt;(\lambda_j)_{j\neq k}&lt;/math&gt; tel que &lt;math&gt;\gamma_k=\sum_{j\neq k}\lambda_j\gamma_j.&lt;/math&gt; Puisque chaque colonne est de somme 1, de tels &lt;math&gt;\lambda_j&lt;/math&gt; vérifient automatiquement &lt;math&gt;1=\sum_{j\neq k}\lambda_j\times1&lt;/math&gt;. Conclusion : &lt;math&gt;\det\gamma&lt;/math&gt; est nul si et seulement si une colonne &lt;math&gt;\gamma_k&lt;/math&gt; de &lt;math&gt;\gamma&lt;/math&gt; est barycentre des autres, c.-à-d. si et seulement si un &lt;math&gt;B_k&lt;/math&gt; est barycentre des autres &lt;math&gt;B_j&lt;/math&gt;, c.-à-d. si et seulement si &lt;math&gt;(B_0,\ldots,B_n)&lt;/math&gt; n'est pas un repère affine.
#Soient &lt;math&gt;s_j\ne0&lt;/math&gt; tels que &lt;math&gt;B_0=s_0A_0+(1-s_0)A_1,\dots,B_n=s_nA_n+(1-s_n)A_0&lt;/math&gt;. Alors &lt;math&gt;{\overline{B_0A_0}\over\overline{B_0A_1}}\times{\overline{B_1A_1}\over\overline{B_1A_2}}\times\ldots\times{\overline{B_nA_n}\over\overline{B_nA_0}}=\prod{s_j-1\over s_j}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\det\gamma=(\prod s_j)+(-1)^n\prod_{j=0}^n(1-s_j)=(\prod s_j)-\prod(s_j-1)&lt;/math&gt;, d'où l'équivalence voulue.
}}

==Exercice 4-3==
[[File:MP-Ceva.svg|thumb|left]]{{Wikipédia|Théorème de Ceva}}
Soit dans un plan affine un triangle &lt;math&gt;(A,B,C)&lt;/math&gt;, et trois points &lt;math&gt;A',B',C'&lt;/math&gt; appartenant respectivement aux droites &lt;math&gt;(BC),(CA),(AB)&lt;/math&gt; et distincts des sommets &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt;.

On veut démontrer que les trois droites &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(CC')&lt;/math&gt; sont parallèles &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt; ou concourantes &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt; si et seulement si 
:&lt;math&gt;(3)\quad\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=-1&lt;/math&gt;.
{{Clr}}
#On suppose &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;. En appliquant le théorème de Thalès, montrer que &lt;math&gt;\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}=\frac{\overline{BC}}{\overline{BA'}}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}&lt;/math&gt;. En déduire &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
#On suppose &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt; et l'on note &lt;math&gt;K&lt;/math&gt; le point commun aux trois droites &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(CC')&lt;/math&gt;.
##En appliquant le théorème de Ménélaüs au triangle &lt;math&gt;(ACA')&lt;/math&gt; et à la droite &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt;, montrer que &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{BC}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=+1&lt;/math&gt;.
##Montrer qu'on a de même &lt;math&gt;\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}\frac{\overline{C'B}}{\overline{C'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=+1&lt;/math&gt;.
##En déduire &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
#Réciproquement, on suppose &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
##On suppose &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; concourantes en un point &lt;math&gt;K'&lt;/math&gt; et l'on désigne par &lt;math&gt;C''&lt;/math&gt; le point de concours de &lt;math&gt;(CK')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(AB)&lt;/math&gt;. En appliquant la question 2, montrer que &lt;math&gt;\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=-1&lt;/math&gt; et en déduire que &lt;math&gt;\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}&lt;/math&gt;. En déduire que &lt;math&gt;C''=C'&lt;/math&gt; et finalement &lt;math&gt;(1)&lt;/math&gt;.
##En déduire que si &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; sont parallèles alors &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt;.
{{Solution|contenu=
#En appliquant le théorème de Thalès à la droite &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt; parallèle au côté &lt;math&gt;(B'B)&lt;/math&gt; du triangle &lt;math&gt;(B'CB)&lt;/math&gt;, on trouve &lt;math&gt;\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}=\frac{\overline{BC}}{\overline{BA'}}&lt;/math&gt;. De même en intervertissant les lettres &lt;math&gt;B&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C&lt;/math&gt;, on trouve &lt;math&gt;\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}&lt;/math&gt;. Par conséquent, &lt;math&gt;\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{BC}}{\overline{BA'}}\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}=\frac{\overline{A'B}}{\overline{BA'}}\frac{\overline{BC}}{\overline{CB}}\frac{\overline{CA'}}{\overline{A'C}}=(-1)^3=-1&lt;/math&gt;. 
#
##Les trois points &lt;math&gt;B',K,B&lt;/math&gt; sont alignés et appartiennent respectivement à &lt;math&gt;(CA),(AA'),(A'C)&lt;/math&gt; donc d'après le théorème de Ménélaüs, &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{BC}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=1&lt;/math&gt;.
##De même en intervertissant les lettres &lt;math&gt;B&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C&lt;/math&gt;, on trouve &lt;math&gt;\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}\frac{\overline{C'B}}{\overline{C'A}}\frac{\overline{KA}}{\overline{KA'}}=1&lt;/math&gt;.
##On en déduit :  &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{BC}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}=\frac{\overline{CA'}}{\overline{CB}}\frac{\overline{C'B}}{\overline{C'A}}&lt;/math&gt;, soit &lt;math&gt;\frac{\overline{BA'}}{\overline{CA'}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}=-1&lt;/math&gt;, ce qui équivaut à &lt;math&gt;(3)&lt;/math&gt;.
#
##D'après les hypothèses et la question 2, &lt;math&gt;\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=-1=\frac{\overline{A'B}}{\overline{A'C}}\frac{\overline{B'C}}{\overline{B'A}}\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}&lt;/math&gt; donc &lt;math&gt;\frac{\overline{C''A}}{\overline{C''B}}=\frac{\overline{C'A}}{\overline{C'B}}&lt;/math&gt;. Ceci prouve que &lt;math&gt;C''=C'&lt;/math&gt; donc (par définition de &lt;math&gt;C''&lt;/math&gt;) &lt;math&gt;(2)&lt;/math&gt;.
##D'après la sous-question précédente, si deux des trois droites &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(CC')&lt;/math&gt; sont sécantes alors les trois droites sont concourantes. Par conséquent, si deux des trois droites sont parallèles alors les trois le sont.
}}

==Exercice 4-4==
[[File:DesarguesThmCollinearity.jpg|thumb|left]]{{Wikipédia|Théorème de Desargues}}
Soient &lt;math&gt;\cal E&lt;/math&gt; un espace affine, &lt;math&gt;D_1,D_2,D_3&lt;/math&gt; trois droites affines distinctes qui se coupent en un point &lt;math&gt;O\in\cal E&lt;/math&gt;.

Soient &lt;math&gt;A,A'&lt;/math&gt; (resp. &lt;math&gt;B,B'&lt;/math&gt;, resp. &lt;math&gt;C,C'&lt;/math&gt;) deux points distincts de &lt;math&gt;D_1\setminus\{O\}&lt;/math&gt; (resp. &lt;math&gt;D_2\setminus\{O\}&lt;/math&gt;, resp. &lt;math&gt;D_3\setminus\{O\}&lt;/math&gt;).

On suppose que &lt;math&gt;BC&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;B'C'&lt;/math&gt; se coupent en un point &lt;math&gt;A''&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;CA&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C'A'&lt;/math&gt; se coupent en un point &lt;math&gt;B''&lt;/math&gt;, et &lt;math&gt;AB&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;A'B'&lt;/math&gt; se coupent en un point &lt;math&gt;C''&lt;/math&gt;.
#Montrer qu'il existe un unique &lt;math&gt;(\alpha,\beta,\gamma)\in\R^3&lt;/math&gt; tel que &lt;math&gt;\overrightarrow{OA}=(\alpha-1)\overrightarrow{AA'}&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\overrightarrow{OB}=(\beta-1)\overrightarrow{BB'}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\overrightarrow{OC}=(\gamma-1)\overrightarrow{CC'}&lt;/math&gt;.
#Montrer que &lt;math&gt;\beta\ne\gamma&lt;/math&gt;, puis &lt;math&gt;\gamma\ne\alpha&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\alpha\ne\beta&lt;/math&gt;. Déterminer (en fonction de &lt;math&gt;\alpha,\beta,\gamma&lt;/math&gt;) les coordonnées barycentriques de &lt;math&gt;A''&lt;/math&gt; dans le repère affine &lt;math&gt;(B,C)&lt;/math&gt; de la droite affine &lt;math&gt;BC&lt;/math&gt;, puis celles de &lt;math&gt;B''&lt;/math&gt; dans le repère affine &lt;math&gt;(C,A)&lt;/math&gt; et celles de &lt;math&gt;C''&lt;/math&gt; dans le repère affine &lt;math&gt;(A,B)&lt;/math&gt;.
#En déduire que &lt;math&gt;A'',B'',C''&lt;/math&gt; sont alignés. (Remarque : c'est une version faible du théorème de Desargues qui, sans supposer a priori &lt;math&gt;D_1,D_2,D_3&lt;/math&gt; concourantes, énonce qu'elles le sont si et seulement si &lt;math&gt;A'',B'',C''&lt;/math&gt; sont alignés).
{{Solution|contenu=
#&lt;math&gt;\overrightarrow{OA}=(\alpha-1)\overrightarrow{AA'}&lt;/math&gt; est équivalent à &lt;math&gt;O=\alpha A+(1-\alpha)A'&lt;/math&gt;. Puisque &lt;math&gt;O\in(AA')&lt;/math&gt;, un tel réel &lt;math&gt;\alpha&lt;/math&gt; existe et est unique (et différent de &lt;math&gt;0&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;1&lt;/math&gt; puisque &lt;math&gt;O\ne A',A&lt;/math&gt;). Idem pour &lt;math&gt;\beta,\gamma&lt;/math&gt;.
#&lt;math&gt;A''=tB+(1-t)C=t\left[{1\over\beta}O+{\alpha-1\over\beta}B'\right]+(1-t)\left[{1\over\gamma}O+{\gamma-1\over\gamma}C'\right]&lt;/math&gt; appartient à &lt;math&gt;(B'C')&lt;/math&gt; donc (puisque &lt;math&gt;O,B',C'&lt;/math&gt; sont non alignés) &lt;math&gt;0={t\over\beta}+{1-t\over\gamma}&lt;/math&gt;, [[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] &lt;math&gt;t(\beta-\gamma)=\beta&lt;/math&gt; (ce qui prouve au passage que &lt;math&gt;\beta\ne\gamma&lt;/math&gt;). On en déduit &lt;math&gt;t&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;1-t&lt;/math&gt;, d'où &lt;math&gt;A''={\beta\over\beta-\gamma}B+{\gamma\over\gamma-\beta}C&lt;/math&gt;. De même, (&lt;math&gt;\gamma\ne\alpha&lt;/math&gt; et) &lt;math&gt;B''={\gamma\over\gamma-\alpha}C+{\alpha\over\alpha-\gamma}A&lt;/math&gt;, et (&lt;math&gt;\alpha\ne\beta&lt;/math&gt; et) &lt;math&gt;C''={\alpha\over\alpha-\beta}A+{\beta\over\beta-\alpha}B&lt;/math&gt;.
#On en déduit &lt;math&gt;{\overline{A''B}\over\overline{A''C}}\times{\overline{B''C}\over\overline{B''A}}\times{\overline{C''A}\over\overline{C''B}}={\gamma\over\beta}{\alpha\over\gamma}{\beta\over\alpha}=1&lt;/math&gt; donc d'après le théorème de Menelaüs, &lt;math&gt;A'',B'',C''&lt;/math&gt; sont alignés.
}}

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    <title>Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson</title>
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        <username>Ambre Troizat</username>
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      <comment>/* Désordre de la peau, désordre social */</comment>
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      <text bytes="232512" xml:space="preserve">'''Format page : [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson|Deuxième partie avec Michaël Jackson]]'''
 '''Article court''' — figures, tableaux et références comprises
 * Jusqu'à 10 pages, environ 4000 mots. Soit 400 mots par page
 '''Article long''' — figures, tableaux et références comprises
 * Jusqu'à 30 pages, environ 12000 mots. Soit 400 mots par page
 * 3000 signes&lt;ref&gt;Mais dans la réalité, parce qu’il y a des sauts de paragraphes ou des dialogues,  votre manuscrit au format A4 contiendra environ 2500 signes par page. Donc un livre de 150 pages peut être estimé à 375 000 signes. [https://sefairepublier.wordpress.com/2015/10/12/comment-calculer-le-nombres-de-signes/ Comment calculer le nombres de signes ?]&lt;/ref&gt;
 * Voir un [https://humanumwebsem.sciencesconf.org/data/Modele_article_hnws.zip format LaTeX ou Word recommandé].

== Michaël Jackson, un écosystème dans l’industrie des Arts, 1958-2009  ==

# [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson/Michaël_Jackson_-_De_la_famille_nombreuse_à_la_famille_élargie|Michaël Jackson - De la famille nombreuse à la famille élargie]]
## [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson/Michaël_Jackson_-_De_la_famille_nombreuse_à_la_famille_élargie#La_religion_dans_la_vie_et_l’oeuvre_de_Michaël_Jackson|La religion dans la vie et l’oeuvre de Michaël Jackson]]

# [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson/La_musique_avant Michaël_Jackson_1745_-_1958 |La musique avant Michaël Jackson 1745 - 1958]] 

# [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson/Michaël_Jackson,_le_corps_et_le_sexe|Michaël Jackson, le corps et le sexe]]
## [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson/Michaël_Jackson,_toutes_les_danses_du_monde|Michaël Jackson, toutes les danses du monde]], 1745-2009
## [[Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson/L'art du costume de scène chez Michaël Jackson|L'art du costume de scène chez Michaël Jackson]]
## [[Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson/Michaël Jackson, sexe et sexualité|Michaël Jackson, sexe et sexualité]]

# [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson/Michaël_Jackson_et_les_beaux-arts|Michaël Jackson et les beaux-arts]], 1958 à nos jours

== Les civilisations atlantiques == 

=== Naissance d'une civilisation atlantique ===
[[Fichier:Triangular trade.png|100px|vignette|gauche|Schéma des réseaux dans l'Atlantique à l'époque moderne]]

{{Citation bloc|'''2001''' - La circulation des hommes et des choses avait ainsi permis la naissance d'une «civilisation atlantique des Lumières » (...) mondes des marchands, des colons, des loges maçonniques et des armateurs se croisent et s'interpénétrent, faisant souvent fi des appartenances nationales, pour affirmer une identité et une solidarité atlantiques face à des périls communs, ou jugés tels. Ainsi, les colons des Antilles se prêtaient-ils secours mutuels en cas de [[w:Guerre servile|révolte servile]], sans considération de [[w:Nationalité|nationalité]]. Les savants eurent, eux aussi, l'ambition d'exporter la «[[w:République des Lettres|République des lettres]]» de l'autre côté de l'Océan, pour porter [[w:Lumières (philosophie)|les lumières]] dans les îles, tout en tentant d'établir des [[w:Théorie des réseaux|réseaux relationnels]] avec les Académies du vieux monde, puis des nou¬ veaux États-Unis. De même, et d'un tout autre point de vue, l'essor d'un mouvement abolitionniste dans les années 1780 prit immédiatement une dimension transatlantique, formant ce qu'il convient peut-être d'appeler une «première internationale », unis¬ sant Anglais, Français et Nord-Américains dans une démarche commune visant à faire circuler les informations sur les réalités de la traite et de l'esclavage, à faire connaître l'exigence d'une abolition immédiate de la traite et les projets d'une «extinction progressive » de l'esclavage lui-même.|{{bibliographie|Q109647000}}.}}

{{Citation bloc|'''2021''' - The creation of the modern, interconnected world is generally credited to European pioneers. But Africa was the wellspring for almost everything they achieved – and African lives were the terrible cost|Howard W French&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= en-us|auteur= Howard W French|titre= Built on the bodies of slaves : how Africa was erased from the history of the modern world|url= https://www.theguardian.com/news/2021/oct/12/africa-slaves-erased-from-history-modern-world?fbclid=IwAR1WTWtQexU7HPSFY19xPMRNs3zHEwW4NkoJ3iOIznbCXLJLuoNbLex0YdE|date= 12 octobre 2021|site= Theguardian.com|consulté le= 25 décembre 2021}}&lt;/ref&gt;&lt;ref&gt;{{bibliographie|Q108036227}} &lt;!-- Black Lives and Spatial Matters--&gt;&lt;/ref&gt;}}

=== Bibliographie ===

==== Les guerres intercoloniales ====
 * Les guerres intercoloniales : Les colonies d'Amérique entrainées dans les guerres d'Europe
 ** Deux guerres contre les Iroquois et quatre contre les Britanniques) contribuent à forger un patriotisme canadien.
 * Guerres de conquête, {{S|XVI}}
 ** 1630-1660 - Les boucaniers à Saint Domingue
 ** XVIe et XVIIe siècles  - Flibustiers et piraterie dans la Caraïbe
 ** au milieu du XIXe siècle désigne des citoyens américains fomentant des insurrections en Amérique latine. 
 ** 1688-1697 - Première guerre intercoloniale : Assemblée générale des Indiens alliés tenue à Montréal en juillet 1690
 ** 1701-1713 - Seconde guerre intercoloniale : Guerre entre France et l'Angleterre

==== La notion d’exceptionnalité dans les relations politiques coloniales ====
[[Fichier:Article 18-19 de la Constitution du 24 juin 1793 (Les Humains ne peuvent être vendus).png|100px|vignette|gauche|Articles 18-19 de la Constitution du 24 juin 1793 : Les Humains ne peuvent être vendus]]
* 2008 - {{bibliographie|Q110190041}} &lt;!-- Josep Maria Fradera, L'esclavage et la logique constitutionnelle des empires --&gt;

 {{Citation bloc|Article 18. - Tout homme peut engager ses services, son temps ; mais il ne peut se vendre, ni être vendu&lt;ref&gt;[http://www2.culture.gouv.fr/Wave/image/archim/0012/dafanch06_a102292n00029_2.htm Article 18 — Tout homme peut engager ses services, son temps ; mais il ne peut se vendre, ni être vendu]&lt;/ref&gt; ; sa personne n'est pas une propriété aliénable. La loi ne reconnaît point de domesticité ; il ne peut exister qu'un engagement de soins et de reconnaissance, entre l'homme qui travaille et celui qui l'emploie&lt;ref&gt;[[s:Constitution du 24 juin 1793|Constitution de 1793 : &quot;Acte constitutionnel du peuple français&quot;]], précédé du rapport de la Convention et de la Déclaration des droits de l'homme et du citoyen et, suivi du procès-verbal de l'inauguration de cette Constitution du 10 août 1793.
Exemplaire imprimé sur vélin chez Didot Jeune et fait &quot;à Paris, le onze frimaire de l'an deuxième de la République Française une et indivisible&quot;. [http://www2.culture.gouv.fr/Wave/image/archim/Pages/02292.htm Ensemble du document]&lt;/ref&gt;.|[[w:Constitution du 22 frimaire an VIII|Constitution du 22 frimaire an VIII, 24 juin 1793]]&lt;ref&gt;[https://www.conseil-constitutionnel.fr/les-constitutions-dans-l-histoire/constitution-du-24-juin-1793 Constitution du 24 juin 1793, Conseil Constitutionnel]&lt;/ref&gt;.}}

Les esclaves des Amériques ne se vendaient pas, ils étaient vendus.

* 2012 - {{bibliographie|Q109631460}} &lt;!-- Résistance de principe ou lucidité intellectuelle ? Les historiens français et l'histoire atlantique --&gt;

-*-**

* 1895 - {{bibliographie|Q109817315}} &lt;!-- Ernest Lavisse.- Histoire générale du IVe siècle à nos jours --&gt;
* 1991 - {{bibliographie|Q109922205}} &lt;!-- Barbara Lewis Solow (dir.).- Slavery and the Rise of the Atlantic System --&gt;
** 1994 - {{bibliographie|Q57515104}} &lt;!-- Slavery and the Rise of the Atlantic System, article scientifique --&gt;
* 2003 - {{bibliographie|Q109796234}} &lt;!-- Norbert Élias et la théorie de la civilisation : lectures et critiques --&gt;

=== La révolution Atlantique au XVIIIème siècle ===
[[w:Révolution atlantique|Révolution atlantique]]

=== Georges Jacques Danton, Louis-Pierre Dufay, Léopold Sédar Senghor et Christiane Taubira, Lançons la liberté dans les colonies
{{Citation bloc| L'homme ne peut jouir de ce qu'il sait qu'autant qu'il peut le communiquer à quelqu'un.|[[w:Giacomo Casanova|Giacomo Casanova]].- Icosaméron&lt;ref&gt;1788 : ''Icosameron'' ou histoire d’Edouard, et d’Elisabeth qui passèrent quatre vingts ans chez les Mégramicres habitante aborigènes du Protocosme dans l’interieur de notre globe, traduite de l’anglois par Jacques Casanova de Seingalt, [[d:Q108115777|Vol. I]]&lt;/ref&gt;.}}

== Wikiversité francophone a 15 ans ! ==

== Les Amériques entrent dans les traités internationaux ==

=== Guerres de Succession d'Autriche, 1740-1748 ===

Époque où s'affirment avec force les consciences nationales

=== Traité d'Aix-la-Chapelle, 1748 ===
[[Fichier:France - Traité de paix conclu à Aix-la-Chapelle le 18 octobre 1748.jpg|100px|vignette|gauche|Traité de paix conclu à Aix-la-Chapelle le 18 octobre 1748]]

[[w:Traité d'Aix-la-Chapelle (1748)|Traité d'Aix-la-Chapelle]] de [[w:1748|1748]].i met fin à la guerre de Succession d'Autriche. Le [[w:congrès d'Aix-la-Chapelle|congrès d'Aix-la-Chapelle]] était réuni dans cette ville depuis le mois de mars 1748. Les négociations vont durer du 24 avril au 18 octobre 1748.

* La France expulse le prétendant des Stuart dit Chevalier de Saint-George
* La France perd son leadership en Europe
* Le Royaume-Uni devient l'une des puissances les plus importantes au monde.
* A venir : la guerre de Sept ans et les indépendances successives des 13 colonies, de Haïti ex-Saint-Domingue

=== Festivités en Angleterre et en France ===
[[Fichier:Caladium 'Fireworks' Leaf.JPG|100px|vignette|gauche|Caladium 'Fireworks' Leaf]]
[[Fichier:RoyalFireworks.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Music for the Royal Fireworks|Music]] for the Royal Fireworks, Whithehall and on the River Thames on Monday 15 May 1749]]

 * {{YouTube|q3X3cRPDSSA|Thewisemonkey9, Sir Neville Marriner, Handel.- The Music for the Royal Fireworks (Complete)}}
 ** [[w:Music for the Royal Fireworks|Musique pour les feux d'artifice royaux, HWV 351]], a été composée en 1749 par [[w:Georg Friedrich Haendel|Georg Friedrich Haendel]] pour les festivités en l'honneur du [[w:Traité d'Aix-la-Chapelle (1748)|traité d'Aix-la-Chapelle]] de [[w:1748|1748]]. C'est le pendant d'une autre œuvre destinée à être jouée en plein air, la tout aussi célèbre [[w:Water Music|Water Music]], composée en 1717. 

&lt;nowiki&gt;{{Infobox Liste de fichiers
|nom           = ''Fireworks Music, HWV 351''
|fichier01     = George Frideric Handel - Music for the Royal Fireworks 1 (Overture) The sound quality is better music.ogg
|titre01       = 1. Ouverture (adagio - allegro - lentement - allegro)
|fichier02     = George Frideric Handel - Music for the Royal Fireworks 2 (Bourre) The sound quality is better music.ogg
|titre02       = 2. Bourrée
|fichier03     = George Frideric Handel - Music for the Royal Fireworks 3 (Peace) The sound quality is better music.ogg
|titre03       = 3. La Paix (largo alla siciliana)
|fichier04     = George Frideric Handel - Music for the Royal Fireworks 4 (La Rejouissance) The sound quality is better music.ogg
|titre04       = 4. La Réjouissance
|fichier05     = George Frideric Handel - Music for the Royal Fireworks 5 (Minuet) The sound quality is better music.ogg
|titre05       = 4. Menuets I / II (allegro)
}}
&lt;/nowiki&gt;

=== Bibliographie (Traité d'Aix-la-Chapelle) ===

* 1748 - {{bibliographie|Q28092865}}  &lt;!-- Traité de paix entre le Roi, le Roi de la Grande Bretagne, et les Etats genéraux des Provinces-unies des Pays-Bas --&gt;
* 1750 - {{bibliographie|Q28092865}}
* 1758 - {{bibliographie|Q28869832}}
* 1892 - {{Bibliographie|Q17358035}}, 1746
** 1892 - {{Bibliographie|Q17358036}}, 1746
** 1892 - {{Bibliographie|Q17358038}}, 1746
** 1892 - {{Bibliographie|Q17358039}}, 1748

=== Révolution, guerre d'indépendance &amp; guerre civile aux USA ===

==== Alliance entre Français et colons britanniques ====

;1778 - Bataille navale de Sainte-Lucie
[[Fichier:Bataille de Sainte Lucie entre d'Estaing et Barrington 1778 - BHC0422,.jpg|100px|vignette|gauche|15 décembre 1778 - Bataille navale de Sainte Lucie]]

Bataille navale de Sainte Lucie, le 15 décembre 1778, entre 12 vaisseaux français de d'Estaing (à gauche) et 7 vaisseaux anglais de Barrington (à droite), 1778

;1782 - Bataille des Saintes
[[Fichier:The battle of the Saints 12 avril 1782.jpg|100px|vignette|gauche|La bataille des Saintes le 12 avril 1782]]

La bataille des Saintes, du 9 avril au 12 avril 1782, bataille navale durant la guerre franco-anglaise, entre une flotte britannique dirigée par George Rodney et une flotte française dirigée par le comte de Grasse. La flotte britannique en sort victorieuse.

1794 - France abolition de l'esclavage

==== Des Orléans dans l'American Civil War, (1861-1865) ====
[[Fichier:Jules Verne, Léon Benett, illustrateur - Nord contre Sud, American Civil War, 1861-1865.png|100px|vignette|gauche| Jules Verne (auteur), Léon Benett.- Illustration de la une de couverture du roman &quot;''Nord contre Sud''&quot;, Paris, Collection Hetzel, 1887&lt;ref&gt;1887 - {{bibliographie|Q1997545}}, récit épique et historique à propos de l'American Civil War, 1861-1865 &lt;!-- Jules Verne.- Nord contre Sud --&gt;&lt;/ref&gt;.]]

;La question de l'abolition de l'esclavage

=== {{S|XIX}}, nouvelle ère des colonisations et nouveau partage de la Planète ===

* 1879 - {{bibliographie|Q17356966}}, 18 mars 1878 &lt;!-- L’Annexion de l’île Saint-Barthélemy à la France --&gt; 

=== {{S|XX}}, une Planète communicante ===
[[Fichier:Internet map 1024.jpg|100px|vignette|gauche|Internet map basée sur des données du 15 juin 2005]]

{{Citation bloc|Internet has change the way we communicate|Michaël Jackson&lt;br&gt;— {{Lien web |langue= en|auteur= Instrument of Nature|titre=Michael Jackson rare moments : |url= https://www.youtube.com/watch?v=naG8IJa82Mw&amp;t=359s|date= 2021|site= Youtube|consulté le= 7 novembre 2021}}&lt;ref&gt;{{YouTube|naG8IJa82Mw| Instrument of Nature, Michaël Jackson|titre=Michael Jackson rare moments : Internet has change the way we communicate}}, 7 novembre 2021&lt;/ref&gt;.}}

 [[Utilisateur:Ambre Troizat/Troisième partie avec Michaël Jackson|Troisième partie avec Michaël Jackson]]
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== Introduction ==

{{Citation bloc|D’après ces quelques mots, vous pouvez déjà vous apercevoir, mon cher Duc, que ce livre sera à la fois l’histoire d’un homme et d’une idée ; cette idée est celle-ci :&lt;br&gt;Avant 1492, il y avait une opinion qui n’existait pas, ou qui du moins n’avait aucun retentissement dans l’ordre social ; — depuis cette époque, elle s’est répandue dans les deux mondes, et aujourd’hui elle s’est réfugiée dans un seul. Cette opinion mérite d’être étudiée. En 1492, Christophe Colomb conquiert le Nouveau Monde.&lt;br&gt;Avant 1592, la population primitive d’une grande partie du Nouveau-Monde est exterminée par les blancs.&lt;br&gt;Avant 1692, les blancs imaginent de transporter les noirs dans ces mêmes contrées dont ils ont exterminé la population. Louis XIV publie le Code des Noirs. Cette race est assimilée aux bêtes de somme, le juif lui-même est moins opprimé.&lt;br&gt;Dès lors il est posé en principe que l’homme noir ou de couleur est déshérité du don de l’intelligence.&lt;br&gt;Le dix-huitième siècle, ce grand abatteur de préjugés, attaque cette opinion.
&lt;br&gt;En 1798&lt;ref&gt;An 7 de la [[w:Première République (France)|Première République française]]. La Première République française est l'ensemble des régimes républicains de la France de septembre 1792 à mai 1804.&lt;/ref&gt;, les noirs massacrent les blancs à Saint-Domingue. Trois nègres, Toussaint-l’Ouverture, Dessalines et Rigaud, s’y jouent quelque temps, non-seulement de la politique, mais encore des armes de la France, de l’Espagne et de l’Angleterre.&lt;br&gt;Depuis, — en plus d’une contrée, — et surtout en France, les hommes de couleur ont prouvé qu’ils ne voulaient rester étrangers ni aux luttes de la politique, ni à celles de l’intelligence. Cependant le préjugé est encore tout-puissant en Amérique !&lt;br&gt;Je n’énonce ici cette idée que comme un fait ; seulement l’histoire graduée de ce fait se lie intimement à celle de l’homme dont l’étrange figure apparaît perpétuellement dans ces pages.&lt;br&gt;Cet homme, c’est le chevalier de Saint-Georges, le brillant mulâtre, l’homme des assauts, des bonnes, fortunes et des soupers ; homme unique, en effet, dont un hasard propice m’a fait découvrir le squelette, auquel pend encore une épée à la Tonkin, ornée d’un beau nœud d’argent.&lt;br&gt;Si frivole que paraisse, au premier abord, la vie d’un tel homme, j’ose assurer, cher Duc, qu’elle renferme des péripéties d’un drame assez intime pour aiguillonner votre attention.|Roger de Beauvoir.- [[s:Page:Roger de Beauvoir - Le Chevalier de Saint-Georges V1, 1840.djvu/23|Le Chevalier de Saint-Georges]], H.-L. Delloye, 1840.}}

[[Fichier:Starr 070402-6256 Clitoria ternatea.jpg|300px|vignette|centré|[https://www.youtube.com/watch?v=sjMySD36GI0 {{Centrer|Michaël Jackson&lt;br&gt;Planet Earth / Planète Terre}}].]]

Cette troisième partie sera sous l'angle de la conquête des savoirs (fraternité), après la conquête des droits politiques (égalité) et celles de l'autonomie des individus humains (liberté). Nous verrons comment l'interaction entre ces droits premiers et fondammentaux se combinent pour créer les systèmes économiques comme outil au service de l'idéal humain &quot;liberté, égalité, fraternité.

Il fut un temps où lire, écrire, compter (respecter autrui relève de la morale ou, mieux, de la philosophie) formait un ensemble solidaire où lire = écrire = compter. On savait, toute la société savait, que lire = écrire = cLes révolutions, 1770-1799 (Q108838696) ompter est un long processus accumulatif et que le système scolaire devait aider à acquérir ces compétences en changeant de niveau entre la maternelle et le doctorat. D'où le processus de conquête du savoir en cours depuis les XVII-XVIIIème siècles qui a donné la Révolution atlantique (qui inclut la révolution française qui abolit l'esclavage) à la fin du XVIIIème &lt;https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9volution_atlantique&gt;, les multiples secousses révolutionnaires du XIXème dont celle de 1848  en France qui abolit une deuxième fois l'esclavage (après l'Angleterre) &lt;https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9volution_de_1848&gt;&lt;ref&gt;{{bibliographie|Q108442113}}&lt;/ref&gt;.

J'ai présenté les grands que j'ai pu fréquenter durant mon long voyage dans le temps, entre la naissance de Joseph Bologne de Saint-George en 1745-49 et la mort de Michaël Jackson en 2009, 210 ans après celle du Chevalier Saint-George qui avait ouvert la voie dans les arts du spectacle, la musique et le sport. Jamais un Afridescendant n'avait brillé aussi haut parmi les étoiles de l'Humanité. Cela est vrai aussi bien pour Saint-George que pour the King of Pop.

Joseph Bologne de Saint-George fut, dans la seconde moitié du XVIIIème siècle européen, l'un des premiers musiciens afridescendants. Il était connu dans le monde de la musique et du sport, à travers l'Europe de cette époque. L'écho de sa renommée était arrivé sur les rives des Amériques.

12 ans après son décès, des millions de fans accompagnent encore Michaël Jackson à travers la Panète.

A deux siècles de distance, les deux nous laissent un portrait synthèse de leur art et de leur être. Ce sont ces deux portrait que je voudrais comparer pour commencer.

 ;Bibliographie
 * {{bibliographie|Q108838696}} &lt;!-- Les révolutions, 1770-1799 --&gt; 
 ** {{bibliographie|Q108886497}} &lt;!-- Jacques Godechot, Les Révolutions (1770-1799) --&gt; 
* 2021 -  {{bibliographie|Q110290330}} &lt;!--  Indépendance des États-Unis (1776-2016), Héritage et interprétations. Arts, lettres, politique --&gt;

=== Le corpus Michaël Jackson ===

La partie la plus importante du corpus est constitué par le travail des fans du vivant de l'artiste et encore plus depuis son décès en 2009.

Dans ''Michael Jackson: The Gloved One''&lt;ref&gt;{{YouTube|qz_ySKg2qSE|Jaren Smith.-  Michael Jackson: The Gloved One (Documentary), Annoncement}}. Jaren Smith a par exemple produit : {{YouTube|FxMaknvLpnQ| Jaren Smith.- Michael Jackson — The Invincible Tour Live In Valencia, fan made}}, 27 avr. 2013&lt;/ref&gt;, Jaren Smith&lt;ref&gt;[https://www.imdb.com/name/nm8490415/bio?ref_=nm_ov_bio_sm Jaren Smith] is an actor and director, known for SMii7Y (2011), VanossGaming (2012) and CaRtOoNz (2014).&lt;/ref&gt; divise la carrière de Michaël Jackson en 13 périodes ou [[w:Calendrier#Ère|ère]]s.

* 2003 - {{Lien web |langue= en-us|auteur= David Remnick, Observer Sport Monthly|titre= Struggle for his soul|url= https://www.theguardian.com/observer/osm/story/0,,1072750,00.html|date= 2 novembre 2003|site= theguardian.com|consulté le= 16 janvier 2022}}
* 2009 - {{Lien web |langue=en-us |auteur= Anne Harlow|titre= Michael Jackson, 1958-2009: Primary Resources, Historical Perspectives, Scholarly Insights. Bibliographie|url= https://sites.temple.edu/librarynews/2009/07/07/michael_jackson/|date= 7 juillet 2009|site= sites.temple.edu|consulté le= 16 janvier 2022}}
* 2013 - {{Lien web |langue= en-us|auteur= Onmjfootsteps.com|titre= A Night At The Apollo, 24 avril 2002|url= https://onmjfootsteps.com/2013/04/24/remember-a-night-at-the-apollo-24-avril-2002/|date= 24 avril 2013|site= Onmjfootsteps.com|consulté le= 16 janvier 2022}}
* [[Utilisateur:Ambre_Troizat/Saint-George,_homme_d'armes,_sujet_%26_citoyen#Littérature_des_colonies_depuis_l'Ancien_Régime|Littérature des colonies depuis l'Ancien Régime]]

=== Avoir accès à une parole authentique ===

 Foucault — Faire parler l’histoire par les marges
 Arlette Farge —

==== Le modèle bibliographiques ====
 
 * Les modèles créés, dont Youtube, sont ici &lt;[[Sujet:W8klwu69ah7awj61]]&gt;.
 * Lien web — &lt;nowiki&gt;{{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le= 00 mars 2022}}&lt;/nowiki&gt;
 * &lt;nowiki&gt;{{Gallica|id=|f=|pp=}}&lt;/nowiki&gt;
 * &lt;nowiki&gt;{{YouTube|||consulté le= 00 mars 2022}}&lt;/nowiki&gt;

==== Bibliographie ====

 * {{Lien web |langue= fr|auteur= Pierre Joigneaux, Édouard Louis.-|titre= 
EXCLUSIF – « Mélenchon, une possibilité historique » : entretien avec Édouard Louis|url= https://linsoumission.fr/2022/03/18/edouard-louis-entretien-melenchon/|date= 18 mars 2022|site= linsoumission.fr|consulté le= 19 mars 2022}}, mots clés : Bourdieu

=== La Wikipedia anglophone, pour sa part, indique 12 périodes ===
    1.1 1958–1975: Early life and the Jackson 5
    1.2 1975–1981: Move to Epic and Off the Wall
    1.3 1982–1983: Thriller and Motown 25: Yesterday, Today, Forever
    1.4 1984–1985: Pepsi, &quot;We Are the World&quot;, and business career
    1.5 1986–1987: Changing appearance, tabloids, and films
    1.6 1987–1990: Bad, autobiography, and Neverland
    1.7 1991–1993: Dangerous, Heal the World Foundation, and Super Bowl XXVII halftime show
    1.8 1993–1995: First child sexual abuse accusations and first marriage
    1.9 1995–1997: HIStory, second marriage, and fatherhood
    1.10 1997–2002: Label dispute and Invincible
    1.11 2002–2005: Second child sexual abuse allegations, trial, and acquittal
    1.12 2006–2009: Final years and This Is It

==== Michaël Jackson, sujet / objet d'études scientifiques ====

* [https://michaeljacksonstudies.org/ The Journal of Michael Jackson Academic Studies online]

* 2010 - {{bibliographie|Q108487275}}, 26 avril 2010, [https://www.kobo.com/fr/fr/ebook/michael-jackson-as-seen-through-the-eye-s-of-a-stranger-who-sees-into-the-hearts-of-others-1 Kobo] &lt;!-- Michael Jackson, As Seen Through the Eye's of a Stranger --&gt;
* 2021 - [https://nakanjournal.com/appels-a-contribution-2/ Les apports artistiques de Michael Jackson : un autre regard]. Michael Jackson ; industrie du disque ; musicologie ; spectacle vivant ; transdisciplinarité

== L'héritage ==

=== Joseph Bologne de Saint-George &amp; Michaël Jackson : portraits ===

{{Centrer|
&lt;gallery&gt;
Fichier:Saint-George (Joseph Bologne de Saint-George) in blue.png|600px|{{Centrer|Monsieur de St. George.}}|&lt;small&gt;&lt;Center&gt;Comparaison entre&lt;br&gt;[[d:Q108253273|Saint-George (Joseph Bologne de Saint-George) in blue]]&lt;br&gt;&amp;&lt;br&gt;[[w:en:Dangerous (Michael Jackson album)|La couverture de l'album Dangerous]]&lt;br&gt;[[w:Keep the Faith (chanson de Michael Jackson)|Keep the Faith]]&lt;/Center&gt;&lt;/small&gt;
Fichier:Michael Jackson INVINCIBLE.jpg|600PX|&lt;small&gt;{{Centrer|Ben Heine.- Portrait, Michael Jackson, INVINCIBLE}}&lt;/small&gt;
&lt;/gallery&gt;
}}

 Portraits de [[w:Joseph Bologne de Saint-George|Joseph Bologne de Saint-George]], 1787.
 Créateur : Mather Brown &amp; William Ward
 Publisher: Thomas Bradshaw, London, 1788
 [[w:en:André Meyer|Meyer, André]] (1884-1974)

Les reproductions ci-dessous sont dérivées de l'original du maître d'armes de Henri Angelo qui ornait son Académie d'armes, comme ont peut le voir ci-contre.
[[Fichier:After Thomas Rowlandson, Mr. H. Angelo's Fencing Academy, 1887, NGA 31411.jpg|100px|vignette|gauche|Thomas Rowlandson.- Mr. H. Angelo's Fencing Academy, 1887]]

&lt;gallery&gt;
 [https://collections.rmg.co.uk/collections/objects/254738.html collections.rmg.co.uk]
File:Monsieur de St-George.jpg|Monsieur de St. George|Gallica, Voir l'[https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Monsieur_de_St-George.jpg historique] de l'image
File:Monsieur de Saint-George Ward Brown Angelo Meyer Gallica-color.jpg|[[d:Q108257092|Monsieur de Saint-George Ward Brown Angelo Meyer]], Gallica
File:Monsieur de St. George MET DP819235.jpg|[|d:Q108285820|Monsieur de St. George]], [https://www.metmuseum.org/art/collection/search/365958 MET DP819235]
&lt;/gallery&gt;

=== Monsieur de St George, Fiche de la Bibliothèque nationale ===

[[w:Joseph Bologne de Saint-George|Monsieur de St George]]&lt;ref&gt;Notice n° : [http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb39623772k/PUBLIC FRBNF39623772]&lt;/ref&gt; / engraved by [[w:William Ward (graveur)|W. Ward]], 1766 - 1826), painted by [[w:Mather Brown|M. Brown]], 1761-1831). From an Original Picture at [[w:Henry Angelo|Mr Angelo]]'s Fencing Academy

Type : image fixe, monographie
Auteur(s) :  Ward, W. (17..- ; graveur). Graveur
Titre(s) :  Monsieur de St George&lt;ref&gt;[http://visualiseur.bnf.fr/CadresFenetre?O=IFN-7722149&amp;I=1&amp;M=chemindefer Monsieur de St George]&lt;/ref&gt;, Image fixe / engraved by W. Ward, painted by M. Brown, From an Original Picture at Mr Angelo's Fencing Academy
Publication :  London : Bradshaw, no 4 Coventry street, 1788
Description matérielle :  1 estampe : manière noire ; 30 x 27,5 cm
Autre(s) auteur(s) :  Brown, Mather (17..-1831). Peintre du modèle
Meyer, André (1884-1974 ). Ancien possesseur
Sujet(s) :  Saint-Georges, Joseph Boulogne (1739?-1799 ; chevalier de ) -- Portraits

==== André Meyer, collectionneur ====

[[w:en:André Meyer|Meyer, André]] (1884-1974)&lt;ref&gt;André Meyer, Notice n° : [http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb14793223q/PUBLIC FRBNF14793223]&lt;br /&gt;* [http://mediatheque.cite-musique.fr/masc/?INSTANCE=CITEMUSIQUE&amp;URL=/ClientBookLineCIMU/recherche/NoticeDetailleByID.asp Collection musicale André Meyer]&lt;br /&gt;* [http://www.nga.gov/past/data/exh212.shtm Exhibition of the Collection of Mr. and Mrs. André Meyer]&lt;br /&gt;* [https://books.google.fr/books?id=TJYxPQAACAAJ&amp;dq=highly+important+paintings,+drawings+and+sculpture+from+the+andre+meyer+collection highly important paintings, drawings and sculpture from the andre meyer collection]&lt;br /&gt;* 1998 : Cary Reich.- [https://books.google.fr/books?id=31kA3nrlSQsC&amp;dq=The+Biography+of+Andre+Meyer&amp;source=gbs_navlinks_s Financier, the biography of André Meyer] : a story of money, power, and the reshaping of American business.- United States|éditeur=John Wiley and Sons.&lt;br /&gt;André Verchaly.- [https://www.jstor.org/stable/927090 Collection musicale André Meyer] 1884-1974, Reviewed work. Revue de Musicologie, Vol. 47e, No. 124e (Dec., 1961), pp. 234-235.- Paris, [https://www.jstor.org/action/showPublisher?publisherCode=sfm Société Française de Musicologie]}}. Consultés le 1er août 2009.&lt;/ref&gt; forme internationale
Nationalité(s) : France
Sexe : masculin
Responsabilité(s) exercée(s) sur les documents : Auteur
Naissance : 1884
Mort : 1974
Collectionneur français
Source(s) :
Grove 6
Création : 96/07/11
Mise à jour : 96/07/11

==== Analyse 1 ====

On sait que le seul portrait de Saint-Georges qui nous soit parvenu a été peint à Londres par l’Américain Mather Brown, portraitiste de la famille royale. Saint-Georges en fit don à son ami [[w:Henry Angelo|Henry Angelo]]. Le poète français, [[w:Pierre-Louis Moline|Pierre-Louis Moline]]&lt;ref&gt;Orphée et Euridice : version Paris 1774, partition chant piano / Gluck ; Libretto : [http://mediatheque.cite-musique.fr/masc/?INSTANCE=CITEMUSIQUE&amp;URL=/ClientBookLineCIMU/recherche/NoticeDetailleByID.asp Pierre-Louis Moline] ; d'après l'Urtext des Editions complètes de Gluck par Jürgen Sommer. Biographie, nécrologie et bibliographie de [https://books.google.fr/books?id=zPsMAAAAYAAJ&amp;pg=PA157&amp;dq=Pierre-Louis+Moline#v=onepage&amp;q=Pierre-Louis%20Moline&amp;f=false Pierre Louis Moline]&lt;/ref&gt;, auteur de théâtre et de livrets d’opéras, grand admirateur de Saint-Georges, avait composé un [[w:Dithyrambe|dithyrambe]] que l’on plaça en regard du tableau le jour où Angelo exposa la toile dans sa salle d’armes :

&lt;poem&gt;
''Enfant du Goût et du Génie,
ll naquit au sacré vallon,
Et fut de Terpsichore&lt;ref&gt;Terpsichore : l’une des neuf Muses. On lui attribuait la danse et, dans la tradition antique, les chœurs dramatiques et la poésie lyrique.&lt;/ref&gt; émule et nourrisson.
S’il eût à la musique unie la poésie,
On l’aurait pris pour Apollon&lt;ref&gt;MJ réussi cette prouesse ! Il est donc [[w:Apollon|Apollon]] !&lt;/ref&gt;.''
&lt;/poem&gt;

Saint-Georges n'était pas du tout satisfait de son image&lt;ref&gt;Pas moins que MJ.&lt;/ref&gt; et avait répondu à la mère d’[[w:Henri Angelo|Henry Angelo]] qui lui avait demandé si le tableau était ressemblant :&lt;br /&gt;
― &quot;Madame, c’est si ressemblant que c’en est affreux&quot;.

Ses amis ne l'approuvaient point en cela et les dames certainement encore moins. Ils et elles estimaient probablement que [[w:Mather Brown|Mather Brown]] avait eu un brillant sujet d'étude en la personne du chevalier de Saint-Georges. Le modèle avait beaucoup de prestance avec sa perruque poudrée, une redingote rouge au col échancré, laissant apparaître un jabot de soie blanche, la main droite sur le cœur, recouverte d'un gant d'escrimeur. Il tenait son [[w:fleuret|fleuret]] comme un violoniste tiendrait un [[w:archet|archet]]&lt;/ref&gt;. En portant un regard insistant sur ce beau visage, on était fasciné par les grands yeux noirs intenses du Dieu des Armes.

Le portrait eut un succès considérable. Tous enviaient Angelo et bien vite un groupe d'escrimeurs sollicita la faveur d'emprunter le tableau pour le confier à un graveur. Ils allèrent trouver [[w:William Ward (graveur)|William Ward (graveur)]], l'un des maîtres de la gravure anglaise et frère de [[w:James Ward (peintre)|James Ward (peintre)]], célèbre peintre animalier. Le résultat combla d'aise tous les admirateurs du talentueux Chevalier qui s'arrachèrent le premier tirage qu’en fit cet artiste éminent, spécialiste en «manière noire et au pointillé».

Henri Angelo songea spontanément à envoyer un exemplaire de cette gravure à son ami et confrère [[w:Nicolas Texier de La Boëssière|Nicolas Texier de La Boëssière]]. Celui-ci en accusa immédiate réception. L’admiration que le maître parisien vouait à Saint-Georges, son disciple et fils spirituel, lui inspira un éloge versifié encore plus tintinnabulant que ne l’avait été celui de Moline :''

&lt;poem&gt;
''Dans les armes, jamais on ne vit son égal,
Musicien charmant, compositeur habile,
A la nage, au patin, à la chasse, à cheval,
Tout exercice enfin, pour lui semble facile,
Et dans tous, il découvre un mode original.
Si joindre à ses talents autant de modestie
Est le nec plus ultra de l’Hercule français
C’est que son bon esprit exempt de jalousie
N’a trouvé de bonheur en cette courte vie
Que dans les vrais amis que son coeur s’était faits&lt;ref&gt;1951 - {{bibliographie|Q108653595}} &lt;!-- Saint-Georges et la &quot;Légion Noire&quot; de Lille en 1793 --&gt;&lt;/ref&gt;.''
Nicolas Texier de La Boëssière
&lt;/poem&gt;

Depuis, ce portrait a été réinterprété moult fois.|Analyse de Daniel Marciano, extrait de son site&lt;ref&gt;[http://www.chevalier-de-saint-georges.fr/39751.html? site de Daniel Marciano], consulté le 1er août 2009.&lt;/ref&gt;}}

==== Analyse 2 ====

Musicmac.ifrance / Saint-Georges&lt;ref&gt;[http://musicmac.ifrance.com/docs/stgeorges.html Saint-Georges]&lt;/ref&gt;

''Habillé pour le concert mais tenant une épée en lieu et place de la baguette de chef d'orchestre. La peinture ci-dessus (réalisée à Londres en 1787 par l'artiste américain Mather Brown) évoque ses deux plus grands titres de gloire. Sous une gravure de ce portrait, publiée à Londres en 1778 (Lire 1788), figurent les vers suivants :''&lt;br /&gt;&lt;br /&gt;
''Dans les armes jamais on ne vit son égal,&lt;br /&gt;Musicien charmant, compositeur habile,&lt;br /&gt;A la nage, au patin, à la chasse, à cheval,&lt;br /&gt;Tout exercice enfin pour lui semble facile,&lt;br /&gt;Et dans tout il découvre un mode original''.

=== Littérature &amp; poésie avant Michaël Jackson ===

==== Alexandre Pouchkine ====
[[Fichier:RIAN archive 100588 All-Union Pushkin Poetry Festival.jpg|100px|vignette|gauche|Spectators on a Mikhailovskoe meadow (Pskov Oblast) on opening day of All-Union Pushkin Poetry Festival.]]
Entre Joseph Bologne de Saint-George et Michaël Jackson, nous devons considérer la place du poète russe [[w:Alexandre Pouchkine|Alexandre Pouchkine]]. Alexandre Pouchkine naît le 6 juin 1799 selon le calendrier grégorien, soit 4 jours avant le décès de Joseph Bologne de Saint-George qui survient le 10 juin 1799. Il fait ainsi le lien entre Saint-George et la trilogie des Dumas.
Voir l'histoire incroyable racontée dans &quot;[https://fr.stt-kharisma.org/article/1116275/ Théorie choquantes sur la mort de Pouchkine instsenirovanii]&quot;.

==== Alexandre Dumas, le général d'armée ====
[[Fichier:General Dumas by Guillon Lethière.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Guillaume Guillon Lethière|Guillaume Guillon Lethière]].- [[w:Thomas Alexandre Dumas|Le général Dumas]], vers 1797-1799, {{BNF|40251183w}}.]]
Fondateur de la trilogie. Après avoir brillé dans l'armée, il part à la conquête du pouvoir
Alexandre Dumas, le général d'armée s'associe à Toussaint Louverture &amp; Saint-George. Ce sont des hommes à cheval, des cavaliers, des chevaliers.

==== Alexandre Dumas (père) ====
[[Fichier:Benjamin Roubau - Caricature de Alexandre Dumas.png|100 px|vignette|gauche|Benjamin Roubau - Caricature de Alexandre Dumas]]

Ce qui construit le romancier

# '''Une vie de château'''
## Un père fantasmé
## Une mère adulée
## La jouissance de la nature
# '''Le rêve onirique : la terre et la demeure'''
## La construction de châteaux &amp; l'accès à la terre dans l'oeuvre romanesque &amp; dans le réel
## Le [[w:Château de Monte-Christo|château de Monte-Cristo]] est la demeure que l'écrivain Alexandre Dumas se fit construire en 1846 par l'architecte Hippolyte Durand dans un parc de neuf hectares, aménagé dans le style anglais, au Port-Marly (Yvelines)&lt;ref&gt;[https://www.chateau-monte-cristo.com Site officiel] &lt;/ref&gt; —&lt;ref&gt;[https://www.gabrielacoca.fr/monte-cristo/ Visite virtuelle]&lt;/ref&gt; —&lt;ref&gt;Visites : [[c:Category:Château de Monte-Cristo|Wikimedia Commons, Category:Château de Monte-Cristo]] — [https://www.flickr.com/photos/194008690@N03/galleries/72157719889622708/ Flikr, Expo &quot;Chateau de Monte-Christo.]&lt;/ref&gt;
## Le chateau d'If est l'espace de travail de l'auteur, dans le parc du [[w:Château de Monte-Christo|château de Monte-Cristo]].
# '''Parcourir la Planète'''
## Voyages oniriques : Le voyage en Egypte du père, les romans et le Grand Dictionnaire de cuisine
## Déplacement en Europe jusqu'en Russie Afrique du Nord, 
# Défense des intérêts collectifs : &quot;Alexandre Dumas père devient brièvement le troisième président (''de la [[w:Société des gens de lettres|Société des gens de lettres'']] le 9 janvier 1840 et fait immédiatement campagne en faveur de la propriété littéraire et des droits des auteurs.&quot; 

 Une relation particulière avec la Russie

===== Alexandre Dumas (fils), 1824-1895 =====
[[Fichier:DubufeDumasFils.jpg|100px|vignette|gauche|Edouard Dubufe.- Portrait d’Alexandre Dumas fils, 1873 ]]
[[Fichier:MarieDuplessis.jpg|100px|vignette|gauche|Marie Duplessis]]

[[w:Alexandre Dumas (fils)|Alexandre Dumas (fils)]] touche à la musique avec son roman et sa pièce de théâtre [[w:La Dame aux camélias|La Dame aux camélias]] qui ont inspiré l'opéra de Verdi, La traviata musique par 
* [https://gallica.bnf.fr/essentiels/dumas-fils/dame-camelias Dumas fils.- La Dame aux camélias, 1848]
* 1852 - Alexandre Dumas fils.- [[s:La Dame aux camélias|La Dame aux camélias]]. Texte établi par Jules Janin, Lévy, 1852.
* 1898 - Alexandre Dumas fils.- [[s:La Dame aux camélias (théâtre)|La Dame aux camélias (théâtre)]], Théâtre complet. Tome I, Calmann-Lévy, 1898.
* 2018 - {{bibliographie|Q111310011}} &lt;!-- Les Dumas : bâtards magnifiques (Q111310011) --&gt;

== La musique avant Michaël Jackson 1878 - 1958 ==
[[Utilisateur:Ambre_Troizat/Troisième_partie_avec_Michaël_Jackson/La_musique_avant_Michaël_Jackson_1745_-_1958|La musique avant Michaël Jackson 1878 - 1958]]

== Les artistes contemporains de Michaël Jackson ==
=== Prince, 1958 ===
[[w:Prince (musicien)|Prince Rogers Nelson dit Prince]]

Prince Rogers Nelson naît la même année que MJ. Il commence sa carrière en 1978, à l'âge de 20 ans. Il est  auteur-compositeur-interprète, acteur comme MJ, mais aussi multi-instrumentiste et producteur. Il crée dans le registre de la pop, du funk, du rock et de RnB. Tandis que MJ ajoute à ses talents l'art de la danse, de la chorégraphie, de la poésie, de l'écriture et une conception globalisante du monde et de la politique.
2016 - Julien Mielcarek.- [https://www.bfmtv.com/people/musique/six-ans-apres-la-mort-de-michael-jackson-le-deces-de-prince-marque-la-fin-d-une-epoque_AN-201604210085.html Six ans après la mort de Michael Jackson, le décès de Prince marque la fin d'une époque], 21/04/2016 à 20:19

=== Beyoncé Giselle, 1981 ===
[[Fichier:Beyonce in Berlin 2.jpg|100px|vignette|gauche|Beyonce, Berlin, 23 mai 2013]]
* [[w:Beyoncé|Beyoncé Giselle]], 4 septembre 1981
* 2003 - Michael Caulfield, ''WireImage''.- Beyonce and Michael Jackson during 2003 Radio Music Awards, Show at The Aladdin Hotel and Casino in Las Vegas, Nevada, United States, 27 Octobre 2003&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= en|auteur= M. Caulfield / WireImage|titre= Beyonce and Michael Jackson during 2003 Radio Music Awards - Show at The Aladdin Hotel and Casino in Las Vegas, Nevada, United States|url= https://www.gettyimages.in/detail/news-photo/beyonce-and-michael-jackson-during-2003-radio-music-awards-news-photo/105244143|date= 27 Octobre 2003|site= Gettyimages.in|consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/ref&gt;.
&lt;br&gt;
&lt;br&gt;
&lt;br&gt;
&lt;br&gt;
&lt;br&gt;

== Vie et mort de Michaël Jackson ==

Huit ans après le décès de l’artiste, le 20 h de France 2 constate que Michaël Jackson est et restera l'éternel Roi de la Pop&lt;ref&gt;{{YouTube|xw9BanoDTKs|Le 20H de France 2, 25 août 2017 L'éternel Roi de la Pop}}&lt;/ref&gt;. Ce titre lui avait été conféré par son amie Liz Taylor.

{{Citation bloc|Enfin, un changement de signification épistémologique s’opère dans les dernières décennies du xxe siècle. Entre les années 1960-1970 et les années 1990, l’on passe de la perception d’un espace aux racines communes à celle d’une « construction interdépendante »&lt;ref&gt;David Hancock, « The British Atlantic History. World&lt;/ref&gt;. Ce déplacement s’inscrit lui aussi dans un contexte très caractéristique où simultanément la vision néolibérale et la demande sociale interrogent les comportements multiethniques, multiculturels et où, à l’échelle de la planète, se déploie une mondialisation accélérée et débridée des échanges.|{{bibliographie|Q109631460}}.}}

=== Have you seen my Childhood ? ===

[[Fichier:Pierre-Auguste Marque Portrait.jpg|100px|vignette|gauche|Portrait de [[w:Pierre-Auguste Marque|Pierre-Auguste Marque]]]]
[[Fichier:Laurençon 1826.jpg|100px|vignette|gauche|Jocko ou le Singe du Brésil]]
[[File:Lacauchie Alexandre - Les éléphants de la pagode, 1845.png|100px|vignette|gauche|Lacauchie Alexandre - Les éléphants de la pagode, 1845]]

 * Michael Jackson- Have you seen my Childhood ? [https://www.lacoccinelle.net/248894.html Paroles et traduction]
 * [https://www.youtube.com/watch?v=l7ZWqysMxms Big Boy]
 * 1825 - {{bibliographie|Q108573891}},  [[w:Jocko ou le Singe du Brésil|Jocko, ou le Singe du Brésil]]
 * 1980 - {{bibliographie|Q108574324}} &lt;!-- Fantastique et surnaturel au théâtre à l'époque romantique --&gt;
 ** 2009 - Sylvie Laurent.- [https://laviedesidees.fr/Il-etait-une-fois-Michael-Jackson.html Il était une fois Michael Jackson, 29 juin 2009]
 ** The Peter Panning of Steven Spielberg - [http://id3481.securedata.net/henrysheehan/essays/stuv/spielberg-1.html Part 1], [http://id3481.securedata.net/henrysheehan/essays/stuv/spielberg-2.html Part 2]
 * {{bibliographie|Q23015805}}, [https://www.google.fr/books/edition/The_Chevalier_de_Saint_Georges/Yy9JgZQQ9XQC?hl=fr&amp;gbpv=1&amp;dq=Saint-George+%2B+Leduc&amp;pg=PA244&amp;printsec=frontcover p. 244]
 * 1846 - {{bibliographie|Q108574839}} , Alphonse Leduc (1804–1868), éditeur de musique dès 1842 lui aussi, n'a aucun lien avec (Alphonse Leduc), Pierre ou ses fils. &lt;!-- Les Eléphants de la pagode --&gt;

{{Citation bloc|Incontestablement plus fragile que la moyenne, Jackson ne fut lui aussi que l’incarnation hyperbolique d’une idéalisation pathologique de l’enfance propre à l’Amérique|2009 - Sylvie Laurent.- Il était une fois Michael Jackson&lt;ref&gt;2009 - Sylvie Laurent.- [https://laviedesidees.fr/Il-etait-une-fois-Michael-Jackson.html Il était une fois Michael Jackson, 29 juin 2009&lt;/ref&gt;}}

 * {{Lien web |langue= fr|auteur= Pierre Ancery |titre= La terrible vie de Joseph Merrick, « l'homme-éléphant »|url= https://www.retronews.fr/sante/echo-de-presse/2020/08/28/la-terrible-vie-de-joseph-merrick-lhomme-elephant?fbclid=IwAR0WO-QTX85tPJn7tyFtTHDPmbMNAdz18JoC24kObewcHTFvE9RTUDjQ_kI|date= 28 août 2020|site= retronews.fr|consulté le= 15 décembre 2021}}

==== Céline Dion ====

{{Citation bloc|She (Céline Dion) must be the 1000th celebrity who said they were massively inspired b(y) Michael. With so many celebrities loving him, he'll never be forgotten. And then there are also the fans...  :-)|Rim Nur, 7 years ago (from 2021, soit 2014), {{YouTube|Stk6BGiVeVs| annillop.- Celine Dion speak about Michael Jackson (Part of Oprah Show when Celine talks about Michael), 2010}}, 26 juil. 2010.}}

{{Citation bloc|I like Michael Jackson because his music has more meaning than the music we have today and I'm only 13 years old. He really made the world a better place and fame never changed him. He never really made a fool out of himself. He was a great man and he had a god giving talent. I have a real respect for Michael. He was a pure genius! No one can ever come close to what he had. He was something special. People need to realize, we lost a LEGEND! He's gone...  But he will forever be in my heart RIP The great King of pop Michael Jackson:)! |Karigan Byers, 7 years ago (from 2021, soit 2014), {{YouTube|k8accntqRzY|Maryqueenmjj.- Michael Jackson &amp; Celine Dion &quot;''If you only believe''&quot;}}, s.d.}}

 * 1994 - {{YouTube|ANg2b_9QX4| Vic Lanz, The Jackson Family Honors.- If You Only Believe - Michael &amp; The Jacksons &amp; Celine Dion''&quot;, 1994}}, 2 septembre 2016&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= en-us|auteur= The Jacksons|titre= &quot;If You'd Only Believe&quot;,  Lyrics, album: &quot;2300 Jackson Street&quot;, 1989|url= https://www.azlyrics.com/lyrics/jacksons/ifyoudonlybelieve.html|date= 2021|site= azlyrics.com|consulté le= 9 décembre 2021}}&lt;/ref&gt;.
 ** 1994 - {{YouTube|tZc93mkvy8E| celiniacmoonwalker, Michaël Jackson with Celine Dion.- If You Only Believe Duet, 1994}}, 11 sept. 2020&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= fr|auteur= Roxanne Seeman, Billie Hughes, Jermaine Jackson|titre= &quot;If You'd Only Believe&quot;, Traduction par CelineDionWeb.com|url= https://www.celinedionweb.com/fr/paroles/if-you-only-believe-2/|date= 2021|site= CelineDionWeb.com|consulté le= 10 décembre 2021}}&lt;/ref&gt;
 * 1996 - {{YouTube|15H44uhALcw|MissTea.- Michael Jackson Watching Celine Dion Perform &quot;''Because You Love Me''&quot; at the World Music Awards 1996.}}, s.d.
 * 2009 - [https://www.dailymotion.com/video/x9ou6d Décès de Michaël Jackson : les réactions de Céline Dion, 2009]]
 ** &lt;nowiki&gt;2009 - {{Dailymotion|x9ou6d|Décès de Michaël Jackson : les réactions de Céline Dion, 2009|fr}}, 2009&lt;/nowiki&gt; 
 ** &lt;nowiki&gt;2009 - {{Dailymotion|x9ou6d|Décès de Michaël Jackson : les réactions de Céline Dion, 2009}}, 2009&lt;/nowiki&gt; 
 * 2010 - {{YouTube|Stk6BGiVeVs| annillop.- Celine Dion speak about Michael Jackson (Part of Oprah Show when Celine talks about Michael), 2010}}, 26 juil. 2010
 * 2011 - {{YouTube|d83FE-Y3KN0| CelineDionWeb.- Céline DION: Hommage Michael JACKSON à Vegas, Live in 2011}}, 24 janv. 2019
 * 2013 - {{Lien web |langue= fr|auteur= Michel Serra |titre= Céline Dion vaut-elle plus que Michael Jackson ? ''(en termes financiers)''|url= https://www.closermag.fr/people/celine-dion-vaut-elle-plus-que-michael-jackson-183159|date=26 juillet 2013|site= closermag.fr|consulté le= 9 décembre 2021}}. La question a été reformulée ainsi : &quot;''Céline Dion est-elle une plus grande star que ne l'a été Michael Jackson ?''&quot; Mais on parle plus loin de &quot;rentabilité&quot; et de &quot;millions de dollards&quot;.
 * 2018 - {{YouTube|GOqdhff6Mqc|Toby.- Michael Jackson Vs. Celine Dion (Record Sales, Greatest Hits, Tours, Live Performances / Vocals)}}, 21 juin 2018

&lt;nowiki&gt;{{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=  décembre 2021}}&lt;/nowiki&gt;

==== 2009 - Death by accident, homicide, murder ====

== Violence &amp; répression de la violence, 1865 à nos jours ==
* &lt;nowiki&gt;* {{YouTube||}} ; * {{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le= 23 novembre 2021}}&lt;/nowiki&gt;

;Contexte et conditions d'existence des familles 1958-1980
* Disparition des cadres politiques, associatifs, intellectuels

A coté des qualités parentales de la famille Jackson, analyser les conditions d'existence des familles aux USA dans les décennies 1960 et 1970. L'enfance et l'adolescence de Michaël Jackson, né en 1958, se déroulent dans ce contexte social, économique, politique et culturel.

[[s:en:United States Bill of Rights|United States Bill of Rights]]

=== 1865 - Abolition de l'esclavage aux USA ===

{{Citation bloc|'''Section 1'''&lt;br&gt;''Neither slavery nor involuntary servitude, except as a punishment for crime whereof the party shall have been duly convicted, shall exist within the United States, or any place subject to their jurisdiction''.&lt;br&gt;'''Section 2'''&lt;br&gt;Congress shall have power to enforce this article by appropriate legislation.|''Amendment XIII, Ratifié le 6 décembre 1865''}}

La constitution des USA fait la distinction entre l'esclavagisme ou [[w:Esclavage|Esclavage]] et la servitude involontaire aux États-Unis d'Amérique

Le CNRTL décrit l'esclavagisme comme ''un État de société, une doctrine admettant ou justifiant le principe de l'esclavage'' et cite Jean Cocteau :
{{Citation bloc|Je songe à la Grèce. Si l'esclavagisme de l'ancienne Égypte évoque les fourmis et les termites, celui de l'ancienne Grèce se rapproche des abeilles|Cocteau, Maalesh,1949, p. 233.}}
Tandis que Wikipédia.fr renvoie pour le même terme à [[w:Esclavage aux États-Unis|Esclavage aux États-Unis versus esclavagisme]]

Voir [[w:Ordonnance de 1784|Ordonnance de 1784]]

===== John Fitzgerald Kennedy, 29 mai 1917 - 22 novembre 1963- =====
* John Fitzgerald Kennedy, 29 mai 1917 - 22 novembre 1963, assassiné à 46 ans

 * Parti démocrate
 * 35e président des États-Unis du 20 janvier 1961 au 22 novembre 1963 — soit, 2 ans, 10 mois et 2 jours.

=====  Martin Luther King, 15 janvier 1929 - 4 avril 1968  =====
* 1929 - [[w:Martin Luther King|Martin Luther King]], 15 janvier 1929 - 4 avril 1968, assassiné à 39 ans

[[w:Martin Luther King|Martin Luther King]] est un militant non-violent membre du mouvement américain des droits civiques, pour la paix, le droit de vote, la déségrégation et l'emploi des minorités ethniques. contre la pauvreté. 

 * 5 décembre 1955 au 21 décembre 1956 - [[w:Boycott des bus de Montgomery|Boycott des bus de Montgomery]], après que [[w:Rosa Parks| Rosa Parks]] ait refusé de cédé sa place dans un bus à [[w:Rosa_Parks#Boycott_des_bus_de_Montgomery|Montgomery]].
 * 13 novembre 1956 -  La Cour suprême des États-Unis casse les lois ségrégationnistes dans les bus, les déclarant anticonstitutionnelles. 
 * 28 août 1963 -[[w:Martin Luther King|Martin Luther King]] prononce son célèbre discours [[w:I have a dream|I have a dream]], lors de la Marche sur Washington pour l'emploi et la liberté et contre la ségrégation raciale aux États-Unis. Ce discours est soutenu par John Fitzgerald Kennedy, 
 *

===== Charles Vernon Hamilton, 19 octobre 1929 =====
* 1929 - [[w:en:Charles V. Hamilton|Charles Vernon Hamilton]], 19 octobre 1929&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= en|auteur= Gloria Dulan-Wilson for Eclectic Black People|titre= Happy 92nd Birthday to Dr. Charles V. Hamilton Author of Black Power and Icon of the Black Power Movement Today, October 15, 2021 |url= https://gloria-dulan-wilson.blogspot.com/2021/10/happy-92nd-birthday-to-dr-charles-v.html|date= 15 octobre 2021|site= gloria-dulan-wilson.blogspot.com|consulté le= 23 novembre 2021}}&lt;/ref&gt;

 [[w:en:Charles V. Hamilton|Charles Vernon Hamilton]], né le 19 octobre 1929, est un spécialiste des sciences politiques, professeur émérite de sciences politiques de l'[[w:Université Columbia|Université de Columbia, N.Y.]], un leader du mouvement des droits civils rights leader, une icone du Black Power Movement. Membre du  [[w:Student Nonviolent Coordinating Committee|Student Nonviolent Coordinating Committee (SNCC)]],  il est co-auteur de l’ouvrage Black Power, along avec [[w:Stokely Carmichael|Stokely Carmichael, (KwameTure)]] 

===== Stokely Carmichael (29 juin 1941 – 15 novembre 1998) =====
* 1941 - [[w:Stokely Carmichael|Stokely Carmichael]], 29 juin 1941 – 15 novembre 1998, décédé à 57 ans

Stokely Carmichael, né à [[w:Trinité-et-Tobago|Trinité-et-Tobago]], est à l'origine, avec Charles V. Hamilton, du concept de racisme institutionnel, une forme de racisme rencontrée dans les institutions publiques, les entreprises ou les universités. 

==== Lyndon B. Johnson, 1908-1973  ====
[[w:Lyndon B. Johnson|Lyndon B. Johnson]], 36e président des États-Unis, 22 novembre 1963 - 20 janvier 1969

===== 1964 - Civil Right Act =====
 * 2 juillet 1964 - Le [[w:Civil Rights Act de 1964|Civil Rights Act de 1964]]  votée par le Congrès et promulguée sous Lyndon B. Johnson, 36e président des États-Unis du 22 novembre 1963 au 20 janvier 1969, met fin légale à toutes formes de ségrégations, de discriminations reposant sur la [[w:Race humaine|race]], la [[w:Couleur de la peau humaine|couleur de la peau]], la religion, le sexe ou la nation d'appartenance ou [[w:Préférence nationale|préférence nationale]]. 

===== 21 février 1965 - Assassinat de Malcolm X =====
* 1925 - [[w:Malcolm X|Malcolm X]], 19 mai 1925 - 21 février 1965, assassiné à 39 ans.

* 2018 - {{Lien web |langue= fr|auteur= Pap Ndiaye|titre= Malcolm Little, dit X. Assassiné le 21 février 1965, le charismatique leader noir a largement inspiré le Black Power.|url= https://www.lhistoire.fr/malcolm-little-dit-x|date= mars 2018|site= lhistoire.fr|consulté le= 23 novembre 2021}}
* 2021 - {{Lien web |langue= fr|auteur= Agence France-Presse|titre= (New York) Les filles de l’activiste afro-américain Malcolm X ont demandé la réouverture de l’enquête sur son meurtre à la lumière d’un nouveau témoignage mettant en cause la police de New York et le FBI.|url= https://www.lapresse.ca/international/etats-unis/2021-02-21/nouveau-temoignage/la-famille-de-malcolm-x-demande-la-reouverture-de-l-enquete-sur-son-meurtre.php|date= 21 février 2021|site= Lapresse.ca|consulté le= 23 novembre 2021}}
* 2021 - {{Lien web |langue= fr|auteur= Redaction Mizane Info|titre= Actualites, Malcolm X, Décès de la fille de Malcolm X, Malikah Shabazz à 56 ans|url= https://www.mizane.info/deces-de-la-fille-de-malcolm-x-malikah-shabazz-a-56-ans/|date= 23/11/2021|site= mizane.info|consulté le= 23 novembre 2021}}

===== 1966 - Naissance du Black Power =====
[[Fichier:Logo SNCC.svg|100px|vignette|gauche|Logo du [[w:Student Nonviolent Coordinating Committee|Student Nonviolent Coordinating Committee (SNCC)]].]]
{{Citation bloc|Le terme '''Black Power''' a été lancé par [[w:Stokely Carmichael|Stokely Carmichael]], du ''[[w:Student Nonviolent Coordinating Committee|Student Nonviolent Coordinating Committee (SNCC)]]'' en 1966 et recouvrait la position de divers mouvements politiques, culturels et sociaux [[w:Noir (humain)|noirs]] aux [[w:États-Unis|États-Unis d'Amérique]], actifs principalement dans les [[w:années 1960années 1960]] et les [[w:années 1970|années 1970]], qui luttaient contre la [[w:ségrégation raciale|ségrégation raciale]].&lt;br&gt;L'expression existait auparavant, la première trace de celle-ci ayant été découverte chez l'écrivain [[w:Richard Wright (écrivain)|Richard Wright]], qui intitula en 1954 un livre ''Black Power''. Le ''Black Power'' devint mondialement connu aux [[w:Jeux olympiques d'été de 1968|Jeux olympiques d'été de 1968]], lorsque deux athlètes noirs des États-Unis, [[w:Tommie Smith|Tommie Smith]] et [[w:John Carlos|John Carlos]], levèrent le [[w:Poing levé du Black Power lors des Jeux olympiques d'été de 1968|poing en l'air selon la salutation des]] [[w:Black Panther Party|Black Panthers]], ''Power to the People''. Ils furent exclus des Jeux olympiques à vie par le [[w:Comité international olympique|Comité international olympique (CIO)]].|[[w:Black Power|Wikipédia]].}}

;Bibliographie
 * 1967, [https://www.franceculture.fr/emissions/metronomique/1967-le-pouvoir-noir Le pouvoir noir], 27/04/2018

=== Les débuts d'une étoile, 1968-1979  ===
[[Fichier:Joseph Jackson Cannes 2014.jpg|100px|vignette|gauche|Joseph Jackson au Festival de Cannes, 2014]]
[[Fichier:Katherine Jackson.png|100px|vignette|gauche|Katherine Jackson]]
[[Fichier:Katherine jackson.ogg|100px|vignette|gauche|Katherine jackson, biographie]]

;Contexte
 * Martin Luther King, 15 janvier 1929 - 4 avril 1968 (à 39 ans). MJ a 10 ans
 * {{YouTube|xfpGf7hgsec|Davy, aka &quot;''Salut Les Fans''&quot;.- Pourquoi j’aime Michaël Jackson ?}}

== Michaël Jackson, enfant prodige de la musique ==
[[Fichier:Cornelis van Haarlem, The Massacre of the Innocents, 1591.jpg|100px|vignette|gauche|Cornelis van Haarlem, The Massacre of the Innocents, 1591]]
[[File:Monet - on-the-beach-at-trouville-1871.jpg|100px|vignette|gauche|Monet.- Sur la plage à Trouville, 1871.]]
[[File:Nancy Cunard.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Nancy Cunard|Nancy Cunard]] par  [[d:Q1846089|Ambrose McEvoy]].]]

 Michaël Jackson semble être le dernier en date des [[w:Enfant prodige|enfants prodiges]].
 Pas besoin de connaissance en solfège ni théorie musicale. C'est inné.

&lt;gallery&gt;
Fichier:Steelband 1950s.jpg|Un steelband à [[w:Port-d'Espagne|Port-d'Espagne]], [[w:Trinidad|Trinidad]], dans les années 1950.
File:Steel drum tuning.jpg|Tuning a steel drum with a Peterson strobe electronic tuner.
File:Emile Borde (ZMF 2017) jm72291.jpg|Steelpans d'Emile Borde au Zelt-Musik-Festival 2017.
File:FolleJournée2009 RenegadesSteelBand.jpg|Steelband à la Folle Journée 2009&lt;ref&gt;[https://www.arte.tv/fr/videos/101403-001-A/folle-journee-2021-bach-et-mozart-la-lumiere-et-la-grace/ Edition 2021 de la Folle Journée de Nantes], Arte, Disponible du 30/05/2021 au 25/05/2022&lt;/ref
&lt;/gallery&gt;
=== José Jiménez Fernández, dit Joselito, 1943 ===

 [[w:José Jiménez Fernández|José Jiménez Fernández, dit Joselito]], l'[[w:Enfant prodige|enfant prodige]] à la voix d'or, né en Andalousie, est chanteur et acteur dans les années 1950-1960. Connu dans le monde occidental, il a été découvert par [[w:Luis Mariano|Luis Mariano]] et il a rencontré [[w:Lyndon B. Johnson|Lindon Johnson]]. On peut faire un parallèle entre sa carrière et celle d'Elvis Presley&lt;ref&gt;{{YouTube|vntYu2loFRg|Vous vous souvenez de Joselito ?}}, Blow Up, Arte&lt;/ref&gt;.

{{Citation bloc|''Est-ce encore tabou d’être homosexuel dans le cinéma français ?''&lt;br&gt;Pour moi non, ça a toujours été naturel. Pour d’autres, ça reste compliqué, les acteurs ont peur de manquer de rôles. Est-ce que ça va faire baisser les audiences des présentateurs de télé qui le disent ? Jean Marais, lui, ne s’en cachait pas. Pendant la guerre son histoire avec Cocteau était connue. Luis Mariano avait une garçonnière pour garçons et tout le métier le savait. Aujourd’hui, en France, il faut un certain courage pour le dire parce que la vision des metteurs en scène peut être modifiée.|Dominique Besnehard, Entretien avec Dominique Besnehard  pour Paris Match, 2015&lt;ref&gt;Pauline Delassus.- [https://www.parismatch.com/Culture/Medias/Tout-tourne-autour-de-l-agent-Dominique-Besnehard-10-la-serie-de-France-2-709036 Tout tourne autour de l'agent], Entretien avec Dominique Besnehard, Paris Match, 15 février 2015&lt;/ref&gt;.}}

 *  [https://www.blackpast.org/page/4/?s=Micha%C3%ABl+Jackson Résultats de recherche pour: Michael Jackson sur blackpast.org]

=== Androgynie ===
[[w:Androgynie|Androgynie]]

==== Bibliographie ====

* 1966 - {{Bibliographie|Q109712114}} &lt;!-- Calvin G. Hernton (trad. Jacques Papy), Sexe et racisme aux États-Unis --&gt;

===== Bibliographie =====

* [[d:Q732360|1902]] - {{bibliographie|Q732360}}, [[s:en:The Little White Bird|The Little White Bird]], 1902
* [[d:Q3435337|1911]] - {{bibliographie|Q3435337}} &lt;!-- Peter et Wendy --&gt;
* 2008 - {{bibliographie|Q109539134}}&lt;ref&gt;[https://www.fabula.org/actualites/i-cani-n-chabrol-gagne-c-d-humieres-dir-devenir-adulte-et-rester-enfant_23150.php Devenir adulte et rester enfant ? Relire les productions pour la jeunesse]&lt;/ref&gt;
* 2010 - {{bibliographie|Q109538686}} &lt;!--Peter Pan. Figure mythique --&gt;
* 2016 - {{bibliographie|Q109417861}}, Recherche &quot;Mickaël Jackson + Disney&quot; &lt;!-- The Dangerous Philosophies of Michael Jackson --&gt;
* [[d:Q109531044|2020]] - {{bibliographie|Q109531044}} &lt;!-- La sombre histoire de Peter Pan --&gt;
* Mon préféré : [https://regisloisel.com/peter-pan Peter Pan selon Loisel, 6 volumes]

; Thèmes connexes
* 2004 - {{bibliographie|Q109537999}} &lt;!-- The Gospel according to Disney : faith, trust, and pixie dust --&gt;

;Sémantique
* [[wikt:personnifier|impersonator]]
* [https://www.lexico.com/definition/impersonator A person who pretends to be someone else for entertainment or fraud.]
* [https://www.cnrtl.fr/definition/personnification Personnification]

=== Les albums chez Motown ===

* Got to be there, 1971-1972. Michaël a 13-14 ans.
 ** 1971 - Premier Solo single [[w:Got to Be There|Got to Be There]], enregistrement
 ** 1972 - [[w:Got to Be There (album)|Got to Be There (album)]], sortie le 24 janvier 1972
* 1972 -  [[w:Ben (album)|Ben (album)]].
 ** {{YouTube|A0LiYT1tXhA|Michael Jackson.- Ben}}
 ** 2020 - Amanda London.- [https://www.songmeaningsandfacts.com/michael-jacksons-ben-lyrics-meaning Michael Jackson’s “Ben” Lyrics Meaning], 19 ovember 2020.

 * 1961 - [[w:Louis Armstrong|Louis Armstrong]], [[w:Sidney Poitier|Sidney Poitier]], and [[w:Paul Newman|Paul Newman]].- [https://www.youtube.com/watch?v=GrLxyhi6XGU The Battle Royal scene from the movie &quot;:Paris Blues&quot;] Paris Blues. Michaël Jackson a alors 3 ans.

==== Louis Armstrong ====
[[Fichier:IfrogArmstrongStatueHat.jpg|100px|vignette|gauche|Armstrong Park, New Orleans. Infrogmation at Louis Armstrong statue, c. mid 1990s.]]
 [[w:Louis Armstrong|Louis Armstrong]], (4 août 1901, La Nouvelle-Orléans en Louisiane - 6 juillet 1971),
* Culture Prime.- [https://www.youtube.com/watch?v=CdwWdKT8MsI Comment Louis Armstrong est devenu une star ?]
* Louis Amstrong.- [https://www.youtube.com/watch?v=2ih3kVkk5_Q Down By the Riverside (with Lyrics)]
* Louis Armstrong.- [https://www.youtube.com/watch?v=A3yCcXgbKrE&amp;list=RDCdwWdKT8MsI What A Wonderful World (with Lyrics)]
* 1957 - Sous [[w:Dwight D. Eisenhower|Dwight David Eisenhower]], 1890-1969, 34e président des États-Unis.Eisenhower 7 lycéens sont empêchés d'accéder à leur établissement. L'artiste réagit.
* 1962 - A Paris,  Louis Armstrong joue et chante [https://www.youtube.com/watch?v=wyLjbMBpGDA&amp;t=95s When The Saints Go Marching In] &amp; [https://www.youtube.com/watch?v=OFCS7kZwxug C'est si bon] entre deux globes terrestres. Le désir de répandre la musique des Africains Américains s'élève avec la musique.

;Bibliographie
* 2020 - {{bibliographie|Q108686080}} &lt;!-- Classic Jazz. A Personal View of the Music and the Musicians --&gt;

==== The Jackson Brother ====

==== The Jackson Five ====
[[Fichier:Jackson 5 tv special 1972.JPG|100px|vignette|gauche|Jackson 5 tv special, 1972]]

Au début était ''[[w:The Jackson Five|The Jackson Five]]'', groupe de [[w:Musique soul|musique soul]] composé par cinq membres d'une même [[w:fratrie|fratrie]] : [[w:Jackie Jackson|Jackie]], [[w:Tito Jackson|Toriano dit « Tito »]], [[w:Jermaine Jackson|Jermaine]], [[w:Marlon Jackson|Marlon]], et [[w:Michael Jackson|Michael]] en 1964, sous la direction de leur père [[w:Joseph Jackson|Joseph Jackson]]

;Les premières prestations pour la MowTown
* [https://www.youtube.com/watch?v=K28AcwiRBHk The Jackson 5 rare footage megavideo, 1960-1973], De Garry à Lancino. [https://www.youtube.com/watch?v=K28AcwiRBHk&amp;t=1106s Voir Michaël, 14 ans en 1972], Puis, [https://www.youtube.com/watch?v=Sb0s-NDHkQI 2 ans plus tard, ici].
* 1969 - The Jackson 5 (Michaël a 11ans).- [https://www.youtube.com/watch?v=-4QWtflqqoU &quot;Medley: Stand !], Who's Loving You, I Want You Back&quot; performed on The Ed Sullivan Show, December 14, 1969.

 * 1969 - [[w:The Ed Sullivan Show|The Ed Sullivan Show]], 14 décembre 1969
 * [https://www.youtube.com/watch?v=N9U9A4_cgyI The Jackson 5 &quot;Who's Loving You&quot;].
 * [https://www.youtube.com/watch?v=y2bVIBwpCTA The Jackson 5 &quot;I Want You Back&quot;].

* 1972 - [[w:Got to Be There (album)|Got to Be There (album)]],
* 1972 -  [[w:Ben (album)|Ben (album)]]. 
** 2020 - Amanda London.- [https://www.songmeaningsandfacts.com/michael-jacksons-ben-lyrics-meaning Michael Jackson’s “Ben” Lyrics Meaning], 19 ovember 2020.utube.com/watch?v=K28AcwiRBHk&amp;t=663s Les batailles de polochon]

{{Citation bloc|“He was driven by his hunger to learn, to constantly top himself, to be the best. He was the consummate student. He studied the greats and became greater. He raised the bar and then BROKE the bar. His talent and creativity thrust him AND entertainment into the stratosphere.”&lt;br&gt;
“I called him the sponge. When the Jackson 5 came to Motown I was fascinated at Michael’s ability to study my every move.”|[[w:Berry Gordy|Berry Gordy Jr]], Founder of Motown, on Michael Jackson]].}}

 * 1973 - [https://onmjfootsteps.com/2013/05/01/le-1er-mai/ Le 1er mai 1973: Les Jackson 5 sont en concert à Osaka (Japon)]. Sammy Davis Jr. dans le bureau ovale avec Richard Nixon, le 4 mars 1973. 
* 1977 - [https://www.youtube.com/watch?v=I6812S3o0xo Jackson 5 &quot;Keep on dancing&quot; chez les Carpentier] : les JACKSONS FIVE avec Michael Jackson en leader dans un show de [[w:Maritie et Gilbert Carpentier|Maritie et Gilbert Carpentier]]. Archive INA, 2 juillet 1977
{{Citation bloc|La seule et unique apparition de Michael Jackson et de ses frères à la télévision française... C'etait le 2 juillet 1977|JEFF OUEST, 2020.}}
{{Citation bloc|Cette semaine, Michael Jackson est chez [[w:Maritie et Gilbert Carpentier|les Carpentier]], Alain Souchon prend la tête du Hit Parade&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=KG-q7vzxKY8 Alain Souchon &quot;Allô ! Maman, Bobo&quot; (live officiel), Archive INA]&lt;/ref&gt;, Laurent Baffie est à la plage, Olivier Minne apparaît pour la première fois à la tv. Ne manquez pas, la première [[w:Marche des fiertés| gay pride]] à [[w:New-York|New-York]],  notre hommage au Commandant Cousteau, nos vidéos sur les vacances naturistes et la visite de l’île d’Oléron.|Zapping INA, le best of du 26 juin 2014}}

{{Citation bloc|Les [[w:Marche des fiertés| Marche des fiertés ou gay pride]] ont été créées à la suite des émeutes de Stonewall aux États-Unis en 1969...&lt;br&gt;
Les [[w:Émeutes de Stonewall|émeutes de Stonewall]] sont une série de manifestations spontanées et violentes contre un raid de la police qui a eu lieu dans la nuit du 28 juin 1969 à [[w:New York|New York]], au [[w:Stonewall Inn|Stonewall Inn]], dans le quartier de [[w:Greenwich Village|Greenwich Village]] (...) &lt;br&gt;
La fin des années 1960 fut très conflictuelle : de nombreux mouvements sociaux étaient actifs dont le [[w:mouvement afro-américain des droits civiques|mouvement afro-américain des droits civiques]] contre la [[w:ségrégation raciale aux États-Unis|ségrégation raciale aux États-Unis]] ([[w:Black Panther Party|Black Panther Party]]) ; c'est aussi le moment de l'émergence et de la large diffusion de la [[w:contre-culture des années 1960|contre-culture des années 1960]], ainsi que des [[w:Guerre du Viêt Nam#Contestations aux .C3.89tats-Unis|manifestations pacifistes]] contre la [[w:Guerre du Viêt Nam|Guerre du Viêt Nam]]. Ces influences combinées à l'environnement libéral de [[w:Greenwich Village|Greenwich Village]] furent les catalyseurs des [[w:Émeutes de Stonewall|émeutes de Stonewall]].|[[w:Émeutes de Stonewall|Wikipédia]].}}

==== The Jackson ====
[[Fichier:The Jacksons 1977.JPG|100px|vignette|gauche|The Jacksons, 1977]]

* 1976 - [[w:Jermaine Jackson|Jermaine]] reste chez Motown pour une carrière solo, lorsque les Jackson Five signent chez Epic Records, leur nouvelle maison de disques, en 1976. 
* 1977 - [[w:Randy Jackson|Randy]], né le 29 octobre 1961, remplace son frère Jermaine. Le groupe [[w:The Jackson Five|The Jackson Five]] devient [[w:The Jacksons|TThe Jacksons]]
* 1978-1979 - [[w:Destiny (album des Jacksons)|Destiny]] est le troisième album des Jacksons, paru le 17 décembre 1978 chez Epic Records. En 1979, les Jacksons se produisent &lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=kn8t0k6dBdA The Jacksons The Destiny Tour 1979 Full Concert]&lt;/ref&gt;. Michaël Jackson est ''the energetic, beautiful, perfect and joyful blackman''
* 1984 - {{YouTube|Li2kntiYuF0| Elena Orlovskaya.- The Jacksons - Victory Tour - Live in Toronto, 1984}}, 13 déc. 2015

==== Période intermédiaire, 1979-1984 ====

===== Michael Jackson.- Off the wall, 10 août 1979 =====

{{Citation bloc|[[w:Off the wall|Off the Wall]] un album de Michael Jackson, paru le 10 août 1979. C'est le premier album du chanteur chez Epic Records. Sorti trois semaines avant le 21e anniversaire de Michael Jackson, Off the Wall marque sa première collaboration avec le producteur Quincy Jones. Les thèmes incluent notamment l'évasion, la liberté, la solitude, l'hédonisme et la romance. |[[w:Off the wall|Wikipédia]].}}

L'album comprend :
 Don't Stop 'Til You Get Enough, Sortie : 10 juillet 1979
 Rock with You, Sortie : 3 novembre 1979
 Off the Wall, Sortie : 2 février 1980
 She's Out of My Life, Sortie : 19 avril 1980
 Girlfriend, Sortie : 16 juillet 1980 seulement au Royaume-Uni

===== The Jacksons.- The Destiny Tour 1979 =====

{{Citation bloc|Le &quot;''Destiny Tour''&quot; est une tournée mondiale de 127 concerts du groupe The Jacksons qui a commencé le 22 janvier 1979 à Brême et s'est terminée le 26 septembre 1980 à Inglewood.|[[w:Destiny Tour|Wikipedia]].}}
Michaël Jackson a atteint ses 21 et les autres membres des Jacksons sont devenus des adultes&lt;ref&gt;On MJ Footsteps.- [https://onmjfootsteps.com/2013/09/02/the-jacksons-famed-brothers-are-no-longer-little-boys-ebony-septembre-1979 The Jacksons, Famed Brothers Are No Longer Little Boys], Ebony, septembre 1979&lt;br&gt;Rey Hugo Television.- Michael was a generous brother, because he could have just flown off the porch and went completely solo, (...). Im sure it was one of the last favors to Joe Jackson before he left the porch, Circa , juillet 2021.&lt;/ref&gt;
 * 1980-2009 - [https://www.youtube.com/watch?v=lrKZNqIR2U0 The Jacksons].- [[w:Can You Feel It (chanson des Jacksons)|Can You Feel It]]
 * {{YouTube|8O3DEUDKlgQ|Nicolas Ortega.- The Jacksons Blame It on the Boogie en London Destiny Tour 1979}}&lt;ref&gt;La vidéo a été remastérisé : {{YouTube|nqxVMLVe62U|The Jacksons.- Blame It On the Boogie (Official Video)}}, &lt;/ref&gt;, 14 mai 2011

 * 1979 - {{YouTube|kn8t0k6dBdA|Ani Matthews.- The Jacksons  — The Destiny Tour 1979 Full Concert}}, 4 sept. 2013.

===== The Jacksons.- Triumph tour, 1981 =====

{{Citation bloc|The Triumph tour est une tournée de '''44''' concerts des Jacksons qui s'est déroulée aux États-Unis et au Canada en 1981.[[w:Triumph tour|Wikipedia]].}}

===== The Jacksons.- Victory Tour, 1984 =====

 * 1984 - {{YouTube|eHPhfncXVJY|iLL Static Productions.- Michael Jackson, the Jacksons Victory Tour}}, 11 févr. 2021
{{Citation bloc|Le Victory Tour est une tournée du groupe The Jacksons qui a commencé le 6 juillet 1984 et s'est terminé le 9 décembre 1984. Celle-ci a eu lieu en Amérique du Nord, principalement aux États-Unis ainsi qu'au Canada, et a réuni près de deux millions de personnes à travers cinquante-cinq concerts. |[[w:Victory Tour|Wikipedia]].}}

;Il se passe quelque chose de bizzare à [https://www.youtube.com/watch?v=eHPhfncXVJY&amp;t=4192s 4192s]. Just avant [[w:Beat it|Beat it]], de l'album Thriller.

&lt;nowiki&gt;{{YouTube||}}
{{YouTube||}}&lt;/nowiki&gt;

== Michaël Jackson : une étoile est à son apogée ==

=== Vocal training with Seth Riggs ===
 * {{YouTube|PjETXaGWPOY| Chief Mouse, Michael Jackson with Seth Riggs, Vocal Training Session (25:40), 1994}}, 24 juil. 2015. 25:07 Seth : I love you bye bye ! — Michael: I love you good bye !
 * {{YouTube|cdCCJxtgRME|Michael Jackson &amp; Seth Riggs.- Vocal Training Session (46:58), 1994}}, 28 mai 2017
 * {{YouTube|_zlyytwDqoo|RockTheWebCN, Seth Riggs.- Teaching Video, 2012}}, 10 oct. 2012

=== 1982 - Thriller (1982-2009) ===
[[File:Thriller logotipo.png|100px|vignette|gauche|Michael Jackson.- Thriller, logo-type]]
[[Fichier:Anthropogenie; oder, Entwickelungs-geschichte des Menschen (1910) (19369277105).jpg|100px|vignette|gauche|Anthropogenie, squelettes humain&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= fr|auteur= [[w:Ernst Haeckel|Ernst (Heinrich Philipp August) Haeckel]]|titre= Anthropogenie, squelettes humain|url= https://archive.org/details/bub_gb_bWRvMI1b_i8C/page/n313/mode/2up|date= 1877|site= Internet Archive|consulté le=1er novembre 2021}}&lt;/ref&gt;.]]
[[Fichier:Holtorf Pumpkin Carving Association - Vienna VA (4062151589).jpg|100px|vignette|gauche|Jack O' Lanterns, Holtorf Pumpkin Carving Association, [[w:Vienna (Dakota du Sud)|Vienna]], [[w:Dakota du Sud|Dakota du Sud, USA]]&lt;ref&gt;Cette association semble inactive à ce jour. Lors du [[w:Recensement des États-Unis de 2010|Recensement des États-Unis de 2010]], la population de [[w:Vienna (Dakota du Sud)|Vienna (Dakota du Sud), USA]] s'élève à {{unité|45|habitants}}&lt;/ref&gt;.]]

==== Thriller, genre artistique ====

 * Le [[w:Thriller (genre)|thriller ]] est un genre artistique qui utilise le suspense et/ou la tension narrative pour provoquer chez le lecteur ou le spectateur une excitation ou une appréhension et le tenir en haleine jusqu'au dénouement de l'intrigue. 

==== Michael Jackson - Thriller (Album) ====

 *  1982 - [[w:Thriller (album)|Thriller]], sixième album studio de Michaël Jackson, sort le 30 novembre 1982 ; [https://archive.org/details/bub_gb_bWRvMI1b_i8C/page/n639/mode/2up Ernst Heinrich Philipp August Haeckel.- Anthropogenie, Squelettes 2]
 * [[w:Thriller 25|Thriller 25]] est un album de Michael Jackson sorti aux USA le 12 février 2008 afin de célébrer le 25e anniversaire de Thriller. A cette occasion, Michaël Jackson reçoit [https://www.youtube.com/watch?v=8-1JoqVZYtI  Lifetime AchieveBill Withersment Award at the 2008 NRJ Music Awards show]. Ne pouvant pas être à [[w:Cannes|Cannes]], il adresse un message à ses fans Français.

==== Michael Jackson - Thriller (Single) ====

 * {{YouTube|qJwxcYTa_VQ|DopeLyrics.- Thriller, Michael Jackson (Lyrics)}}, 19 juin 2018

==== Thriller, short film,  ====
Modèles : &lt;nowiki&gt;{{YouTube||}} ; {{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/nowiki&gt;

;[[w:Thriller (clip de Michael Jackson)|Thriller (clip de Michael Jackson)]]
;{{YouTube|PMoVkNidSXI|Laurent Delahousse &quot;''20h30 le Samedi''&quot;, Isabelle Petitjean.- Au commencement était le clip &quot;Thriller&quot; de Michael Jackson, France 2,  Samedi 3 avril 2021}}, 10 avr. 2021
 * {{Lien web|auteur1=Gil Kaufman|titre= Michael Jackson's 'Thriller' Added To National Film Registry. Iconic clip is the first music video to be inducted into the Library of Congress|url=http://www.mtv.com/news/articles/1628945/20091230/jackson_michael.jhtml|série=[[w:MTV Networks|MTV.com]]|éditeur=[[w:Viacom|Viacom]]|date=30 décembre 2009|consulté le=1er novembre 2021}}
 * {{Lien web |langue= en|auteur= Patrick Kevin Day, Todd Martens, Los Angeles Times Staff Writers|titre= 25 ‘Thriller’ facts|url= https://www.latimes.com/entertainment/music/la-et-web-thrillertrivia12feb12-story.html|date= 12 février 2008|site= latimes.com|consulté le=1er novembre 2021}}

 '''Mise en scène de Halloween'''
 * {{YouTube|sOnqjkJTMaA|Michael Jackson, Thriller (Official Video), }}, 3 oct. 2009
 * {{YouTube|rbxF5ZdzAfo|Filledagreat.- Thriller (Halloween Special, 2016)}}, 29 oct. 2016
 * {{YouTube|FcRuKrE722M| Stefano Ercolino.- Michael Jackson's Halloween 🎃 Thriller (2017) Animated Music Special}}, 17 janv. 2018
 * {{YouTube|rKUdybJTh18|Master Keyz.- Michael Jackson's Thriller, Halloween 2021 Special !}}, 31 oct. 2021

;[[w:Synchrétisme|Synchrétisme]]
 * {{YouTube|IfiewclaeJE| Xyana ღ In Loving Memory of Michael Jackson.- Michael Jackson, Happy Halloween 2021🔴 2 Bad + Ghosts + Thriller}}, 29 oct. 2021

==== Thriller, discours sur l'éducation ====

;Education scientifique : Exploration du squelette humain

;Exploration de la Planète et rencontre des Deux Mondes à partir de Christophe Colomb

;André Vésale (31 décembre 1514 - 15 octobre 1564) et son ami Gemma Frisius explorent le corps humain à la Renaissance
[[Fichier:Vésale et son ami Gemma à Montfaucon CIPB0004.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:André Vésale|André Vésale]] et son ami [[w:Gemma Frisius|Gemma Frisius]] à Montfaucon]].
[[Fichier:Skelett im Anatomischen Museum Basel - 4675.jpg|100px|vignette|gauche|Le squelette de Jacob Karrer, articulé par Vésale en 1543 conservé au Musée anatomique de [[w:Bâle|Bâle]] en [[w:Suisse|Suisse]]]]
 * 1543 - {{bibliographie|Q51385679}} &lt;!-- André Vésale.- La fabrique du corps humain--&gt;
 * {{YouTube|gwkXpHAYNHA|Europe 1.- André Vésale, 1514-1564, père de l'anatomie moderne}}, 27 oct. 2021

;Anatomie comparée
[[Fichier:Primatenskelett-drawing.jpg|100px|vignette|gauche|Squelettes humain et de gorille]]
 * L'[[w:anatomie comparée|anatomie comparée]] date des {{S|XVII}} et {{S|XVIII}}. Fondée par [[w:Edward Tyson|Edward Tyson]], 1650-1708, et rendue populaire par l'anatomiste [[w:Georges Cuvier|Georges Cuvier]], 1769-1832.

{{Lien web |langue= fr|auteur= Cosmovisions.com|titre= La découverte des animaux : L'histoire de l'anatomie comparée|url= http://www.cosmovisions.com/anatomiecompareeChrono.htm|date= 2021|site=Cosmovisions.com|consulté le=1er octobre 2021}}
 
;Construction de l’adolescence

;Métaphore de la transformation à l’adolescence
{{Citation bloc|(...) nous allons commenter son plus fameux clip [[w:Thriller (album)|Thriller]] qui offre une [[wikt:métaphore|métaphore]] très parlante de la transformation à l’adolescence, marquée ici de l’impossible accès à la génitalité et de l’horreur à quitter son corps d’enfant prépubère, à devenir un sujet désirant, d’être contraint à se sexuer&lt;ref&gt;John Flaherty, [https://www.dailymotion.com/LyngYsamo68303629 LyngYsamo68303629].- [https://www.dailymotion.com/video/x5wuiqi We Need To Remember Who We Truly Are!] , Creativité, Addiction Unplugged: How To Be], [[d:Q769222|Dalymotion]].&lt;br&gt;[[w:Neil Diamond|Neil Diamond]].- [https://www.youtube.com/watch?v=asGNA4ClsKg Jonathan Livingston Seagull Medley 1977 (Live Audio)], [[d:Q769222|Dalymotion]].
&lt;/ref&gt;. Jackson y campe un adolescent amoureux qui, sous des assauts pulsionnels non psychisés, inintégrables, se métamorphose en une sorte de loup-garou vorace, parti pour arracher à sa partenaire sidérée, non des cris de jouissance, mais des cris d’horreur…|{{bibliographie|Q108544552}} &lt;ref&gt;Silke Schauder.- [https://www.cairn.info/revue-l-autre-2012-1-page-108.htm Michael Jackson ou la métamorphose négative de l'adolescence],  Dans L'Autre 2012/1 (Volume 13), pages 108 à 114&lt;/ref&gt;}}

;Education religieuse
 * 1850 - {{bibliographie|Q40345777}} &lt;!-- The Scarlet Letter, 2nd ed. anglais --&gt;
 * 1976  - {{bibliographie|Q108866083}} &lt;!-- The portable Hawthorne --&gt;
 ** 1976  - {{bibliographie|Q108866122}} &lt;!-- La lettre écarlate --&gt;

;Education artistique
 * 1980 - {{bibliographie|Q108574324}} &lt;!-- Fantastique et surnaturel au théâtre à l'époque romantique --&gt;

==== Thriller, discours politique ====

{{Citation bloc|Après l'assassinat du président John Kennedy, les thrillers politiques et paranoïaques devinrent très populaires. Au fil des années, le thriller s'est rapproché du film d'espionnage, du film d'horreur (en particulier du slasher) et du film policier. Ainsi, des films comme Le Silence des agneaux de Jonathan Demme, Seven de David Fincher ou Saw peuvent être classés dans la catégorie « thriller », mais aussi dans la catégorie &quot;film policier&quot;.|[[w:Thriller_(genre)#Cinéma|fr.Wikipedia]]}}

* 1993 - {{YouTube|7PKUku2EcrM|Michael Jackson - NAACP&lt;ref&gt;National Association for the Advancement of Colored People&lt;/ref&gt;Michaël Jackson reçoit un award, January 5, 1993}}, 7 mai 2020.

==== 1982 - Wanna Be Startin' Somethin’ ====
4e chanson de l'album Thriller

==== 1982 - Michael Jackson.- Billie Jean ====

 {{Citation bloc|[[w:Billie Jean|Billie Jean]] est l'un des singles les plus vendus au monde, avec plus de 10 millions d'exemplaires écoulés, et du single le plus vendu de Michael Jackson. Son succès contribue à faire de Thriller, encore aujourd'hui, l'album le plus vendu au monde.|[[w:Billie Jean|Wikipédia]].}}

;25 mars 1983 : [[w:Motown 25: Yesterday, Today, Forever|Motown 25: Yesterday, Today, Forever]]
* [https://www.youtube.com/watch?v=BUcUS2cIieA  Jackson 5 Motown 25 Medley] @ [[w:Motown 25: Yesterday, Today, Forever|Motown 25]] + Michael Jackson.- [[w:Billie Jean|Billie Jean]]. [https://www.youtube.com/watch?v=BUcUS2cIieA Complete &amp; Restored by Mark Dukes], Ultimist Digitally Remastered.
* Purecharts.- [https://www.dailymotion.com/purecharts Michael Jackson - Billie Jean (Live 1997)], [[d:Q769222|Dailymotion]].

;Dissociation entre désir, sexualité et procréation

==== 1982 - Michael Jackson.- Wanna Be Startin' Somethin’ ====

* 1982 - De [https://www.youtube.com/watch?v=o0CeFX6E2yI Soul Makossa&lt;ref&gt;[[w:Makossa|Makossa]]&lt;/ref&gt;] de [[w:Manu Dibango|Manu Dibango]] (1972) à [[w:Wanna Be Startin' Somethin’|Wanna Be Startin' Somethin']] (sort en single le 8 mai 1983) de Michael Jackson - [https://www.azlyrics.com/lyrics/michaeljackson/wannabestartinsomethin.html Lyrics], [https://www.songmeaningsandfacts.com/michael-jacksons-wanna-be-startinsomethin-lyrics-meaning/ Lyrics Meaning], album &quot;Thriller&quot;, 1982, [https://www.youtube.com/watch?v=NSO0QzDCTvI Live Yokohama, 1987], [https://www.youtube.com/watch?v=NSO0QzDCTvI LiveMJHighDefinition]
** ''C'est l'histoire d'une petite chanson de rien du tout''. [https://www.leparisien.fr/culture-loisirs/manu-dibango-attaque-michael-jackson-en-justice-17-01-2009-376723.php Manu Dibango attaque Michael Jackson en justice], Leparisien.fr, 17 janvier 2009.
** ''Ce sont quelques notes. Pas plus. Pourtant, elles ont fait le tour du monde et filent encore des frissons quand on démarre le mythique album « Thriller » de Michael Jackson'', [https://www.leparisien.fr/culture-loisirs/musique/mort-de-manu-dibango-quand-michael-jackson-lui-a-vole-l-une-de-ses-chansons-24-03-2020-8286804.php Mort de Manu Dibango : quand Michael Jackson lui a volé l’une de ses chansons], Leparisien.fr , 24 mars 2020.

=== Les années 1980  ===

 James Brown : Voir galerie

 * 1983 - Paul McCartney, Michael Jackson.- [https://www.youtube.com/watch?v=aLEhh_XpJ-0 Say Say]. The [https://genius.com/Paul-mccartney-say-say-say-lyrics duet] which became a number one hit in the US after its release.

April Telek + Man in the Mirror : The Michael Jackson Story

;Après-Thriller

* 1984 - The  [[w:Victory Tour|Victory Tour]] (6 juillet 1984 - 9 décembre 1984) dont le concert de Toronto a été filmé en haute qualité professionnelle&lt;ref&gt;Le [https://www.youtube.com/watch?v=OJN_1uxT8JE concert de Toronto]&lt;/ref&gt;. Après le Victory Tour, hormis leur réunion lors des deux concerts [[w:Michael Jackson - 30th Anniversary Celebration|Michael Jackson - 30th Anniversary Celebration, 2001]]&lt;ref&gt;Le premier single en solo signé Michaël Jackson, [[w:Got to Be There (chanson)|Got to Be There]], étant sorti en 1971 : {{YouTube|jaDEmw2ER0w|MJFV.- Live at MSG, 2001 - MJ 30th Anniversary Celebration, Full Concert, FanMade}}, 22 nov. 2017. [https://www.mjvibe.com/billy-gilman-wins-michael-jackson-battle-on-the-voice Billy Gilman], l'enfant prodige, chante {{YouTube|2WWMJowpWr8| Ben}}, 7 sept. 2014.&lt;/ref&gt;, [[w:The Jackson Five|The Jacksons]] ne repartiront en tournée qu'en 2012 pour l'[[w:Unity Tour|Unity Tour]], sans Michaël, décédé le 25 juin 2009, et sans [[w:Randy Jackson|Randy]].

==== 1984 ====
* 1984 -  [https://www.youtube.com/watch?v=stC-XRBp_rM&amp;t=2680s American Music Awards]. [[w:Lionel Richie|Lionel Richie]] accueille les [[w:American Music Awards|American Music Awards]] de 1984. [[w:Brooke Shields|Brooke Shields]] est dans la salle &lt;ref&gt;&quot;Brooke Shields n'a pas été en couple avec Michael Jackson dans les années 80 : &quot;''[https://www.premiere.fr/People/Brooke-Shields-a-propos-de-Michael-Jackson-Il-m-avait-demandee-en-mariage On a beaucoup dit qu'on était ensemble, mais c'était juste la plus naturelle et la plus facile des relations d'amitié (...) Il m'avait demandée en mariage !]''&quot;&lt;/ref&gt;.
{{Citation bloc|Wow!! 😃 at 44:40 Lionel Richie introduces Laura Branigan, Sylvia and T.G. Sheppard who present an award to Michael Jackson at 46:18. Great moment of this historic night !!|Laura Branigan Forever&lt;ref&gt;Laura Branigan Forever.- [https://www.youtube.com/watch?v=stC-XRBp_rM Commentaire pour American Music Awards, 1984]&lt;/ref&gt;}}

 * 1984 - Michael Jackson Honored at The White House and ''Launch of Drunk Driving Campaign “Beat It”''
 * &quot;[https://www.youtube.com/watch?v=7Av3GHj1i7o Les années 1980 : La décennie de Michael Jackson en revue, LA COMPILATION COMPLÈTE, the detail]&quot;.
 * 1984 - [https://michaeljacksonschool.blogspot.com/2018/05/michael-jackson-at-guinness-museum-of_3.html Michael Jackson At the Guinness Museum of World Records 1984]

=== Pourquoi Michaël Jackson rencontrait-il des chefs d'état ? ===

==== Rencontre à la Maison Blanche ====

{{Citation bloc|(...) ''sa rencontre à la Maison-Blanche le 14 mai 1984 : le Président Ronald Reagan, ancien acteur mais avant tout, un Président qui a redonné fierté aux Américains (après l'humiliation du Vietnam et de la prise d'otages à Téhéran), l'a reçu avec son épouse Nancy Reagan en véritable chef d'État. Toujours une main dans son gant blanc à paillettes (l'un de ces gants a été vendu aux enchères pour 325 000 dollars à un oligarque chinois !)''.|{{Lien web |langue= fr|auteur= Sylvain Rakotoarison|titre= Mickael Jackson, l’enfant-roi de la scène mondiale|url= https://www.paperblog.fr/8939067/mickael-jackson-l-enfant-roi-de-la-scene-mondiale|date= 24 juin 2019|site=  Magazine Société, paperblog.fr|consulté le=6 novembre 2021}}&lt;ref&gt;1984 - Michael Jackson Honored at The White House and ''Launch of Drunk Driving Campaign “Beat It”'', 14 Mai 1984. Michaël est reçu par le Président républicain [[w:Ronald Reagan|Ronald Reagan]] et son épouse Nancy. Ronald Reagan est le 40e président des États-Unis. Il exerce du 20 janvier 1981 au 20 janvier 1989. Initialement membre du Parti démocrate, [[w:Ronald Reagan|Ronald Reagan]], 6 février 1911- 5 juin 2004, s'oriente vers la droite à la fin des années 1950 et rallie le Parti républicain en 1962.&lt;br&gt;Prendre soin. De la jeunesse et des générations et Ce qui fait que la vie vaut la peine d’être vécue, Etats de choc: Bêtise et savoir au XXIe siècle, 2012.&lt;/ref&gt;.}}

==== 1987 ====

* {{YouTube|s6rgnQMpauo|xKimi.- Michael Jackson — Free, Bad (album), 1987}}, 13 sept. 2012
* {{YouTube|847aZFnbXtE| 39mitan.- Michael Jackson in Japan 1987}} ; Voir ''Le tour du monde de MJ''

==== 1988 ====
[[Fichier:Michael Jackson in 1988.jpg|100px|vignette|gauche|Michael Jackson 2nd June 1988. &quot;Wiener Stadion&quot; venue in Vienna, Austria]]
[[Fichier:Michael Jackson 1988 Photoshoped.jpg|100px|vignette|gauche|Michael Jackson, With A Child's Heart, 1988&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=jcfGx20djFk Michael Jackson, With A Child's Heart, 1988]&lt;/ref&gt;.]]

* 1988 - Michael Jackson - Live At Wembley, July 16, 1988, Londres &lt;https://www.youtube.com/watch?v=9shByOh8fVE&gt;

;Les contrats commerciaux

* [https://www.youtube.com/watch?v=7u-Hl_K5nqQ   Caroline.- Michael Jackson Interview with Geraldo Rivera]
*[https://www.youtube.com/watch?v=4sklJeMe7ek In 1990 Michael Jackson Meets with George Bush at the White House]
**  Reagan adviser shares stories of Michael Jackson’s White House visit

=== The Bad era, 1987-1991 ===

Cinq ans après Thriller, sorti en 1982, arrive l'[[w:Bad (album)|album &lt;big&gt;''Bad''&lt;/big&gt;]] le 31 août 1987.

* 2012 - {{bibliographie|Q108457297}}, 10 septembre 2012 &lt;ref&gt;Voir la vidéo privée [https://www.youtube.com/watch?v=rNkXLTw_yPw Interview of Michael Jackson with Barbera Walters in 1997], &quot;[https://michaeljacksonstudies.org/from-throne-to-wilderness-michael-jacksons-stranger-in-moscow-and-the-foucauldian-outlaw/ Note n° 13 dans From Throne to Wilderness: Michael Jackson’s ‘Stranger in Moscow’ and the Foucauldian Outlaw]&quot;.&lt;/ref&gt; &lt;!-- How Michael Jackson Made ‘Bad’’  --&gt;
 *  [https://www.youtube.com/channel/UC4U47FZm3yZ49XE-X8CK6ow JaDversary].- [https://www.youtube.com/watch?v=nXpi5sO_Wi8 Michael Jackson's BAD versus West Side Story] : &quot;''Check out the amazing &amp; incredible tribute Michael Jackson makes to West Side Story (1961) with his short film BAD''&quot;. Ce qui nous dit à quelle école MJ est allé.
 * {{YouTube|TQlg6kASYDg| Xu Xinh Xắn, Michael Jackson.- Bad 25, Full Documentary, 29 août 2021}}&lt;ref&gt;Michael Xu Xinh Xắn : Jackson Fans in Vietnam&lt;/ref&gt;

==== Smooth Criminal ====

 [[w:Smooth Criminal|Smooth Criminal]] est le 7e single tiré de l'album [[w:Bad (album)|Bad (1987)]] de Michael Jackson et sorti le 5 octobre 1988.
 * Dans cette vidéo, le contexte de la création de Smooth Criminal est très documenté. 
  {{YouTube|h_D3VFfhvs4|Michael Jackson.- ''Michael Jackson — Smooth Criminal, Official Video''}}, 19 nov. 2010.
  {{YouTube|wzu9RvW9fBc|Locust Hypnosis.- ''Michael Jackson — Smooth Criminal, Lyrics''}}&lt;ref&gt;[https://www.lacoccinelle.net/253217-michael-jackson-smooth-criminal.html Traduction en français]&lt;/ref&gt;, 22 janv. 2013
  {{YouTube|AxTfVEbDnmc|The detail.- Derrière La Musique : ''&quot;Smooth Criminal&quot; de Michael Jackson''}}, 7 oct. 2021

 * Smooth Criminal sur scène
  {{YouTube|dTXcBo86pz4|Michael Jackson — Smooth Criminal, Live Wembley, 1988}}, 10 mai 2013
  {{YouTube|_E2r2vOlqvA|LiveMJHighDefinition.- ''Michael Jackson — Smooth Criminal'', Live Munich, 1997}}, 29 mai 2013
  {{YouTube|RQ_ViHs-jyE|MoonwalkerTV.- ''Michael Jackson — Smooth Criminal'', Live HIStory Tour Kuala Lumpur, 1996}}, 29 oct. 2017
  {{YouTube|hFiMi6Z1n7w|K MJ.- ''Michael Jackson — Smooth Criminal'', Live In Copenhagen, 1992}}, 25 juin 2019

 * Reprise &amp; réinterprétation des oeuvres de Michaël Jackson — Smooth Criminal
  {{YouTube|Mx0xCI1jaUM|2CELLOS, official vidéo feat ''Michaël Jackson — Smooth Criminal'',}}, 27 juil. 2013 (R)
  {{YouTube|PURrlGMPpN4| GlenXoseph.- ''Michael Jackson's — Smooth Criminal'' &quot;This Is It&quot; Live at O2}}, 20 mars 2020
  {{YouTube|yBFUShwkxok| Brussels Entertainment Team.- flashmob, ''Michael Jackson — Smooth Criminal'',  2012}}, 18 nov. 2012

* {{Lien web |langue= en|auteur= David Van Hoesen and Thibault Weewauters|titre= The Man Behind The Dance.- LaVelle Smith Jr. about Michael Jackson, Documentary ©2019. '''Smooth Criminal''' à 27:15|url= https://www.youtube.com/watch?v=6D1EPRtNjgo&amp;t=1635s|date= 2009|site= youtube.com|consulté le=2 novembre 2021}}

==== 1987- 1988 - Man in the Mirror ====
[[Fichier:Parmigianino Selfportrait.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Parmigianino|Parmigianino]], 1503–1540.- Autoportrait dans un miroir convexe, circa 1523-1524]]
[[Fichier:Rubens Venus at a Mirror c1615.jpg|100px|vignette|gauche|Rubens.- Venus at a Mirror, circa 1615]]

===== Michaël Jackson &amp; Siedah Garrett.- Man in the mirror, 1987 =====

* En 1987, [[w:Siedah Garrett|Siedah Garrett]] collabore avec Michael Jackson pour son album Bad en étant coauteur de [[w:Man in the mirror|Man in the Mirror]].
* {{YouTube|Y2WH692wE2w|The detail, Siedah Garrett.- Réflexion sur Michael Jackson et écriture de &quot;''Man In The Mirror''&quot;}}, 5 nov. 2020

{{Citation bloc|''Man in The Mirror» de Michael Jackson a été l'un de ses morceaux les plus personnels, même s'il n'a pas été réellement écrit par l'artiste. Audacieux, puissants et socialement conscients, Jackson et son producteur, Quincy Jones, ont entrepris de créer un `` hymne '' pour le changement social, qui s'est avéré avoir plus d'importance pour son héritage après sa mort, puis au moment de sa sortie''.|{{YouTube|-vB5iYU8UkM|The detail, Michael Jackson.- Man In The Mirror, Derrière la musique}}, 23 nov. 2012.}}
&lt;nowiki&gt;
* {{YouTube||}}
* {{YouTube||}}&lt;/nowiki&gt;

=====  Michaël Jackson &amp; Andraé Crouch.- Man in the mirror, 1987 =====
[[Fichier:Street dwellers in San'ya district in Tokyo Japan.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Sans-abri|Habitants des rues]], district de [[w:San'ya|San'ya]], [[w:Tokyo|Tokyo]], [[w:Japon|Japon]].]]

[[w:Man in the mirror|Man in the Mirror]] est une chanson de Michael Jackson qui apparaît sur l'album Bad (1987). La chanson sort en single en janvier 1988. Titre humaniste reflétant la philosophie et la manière de penser de l'artiste, il s'agit du quatrième single extrait de l'album. 
[[w:Andraé Crouch|Andraé Crouch]] Collabore avec Michaël Jackson depuis Man In THe Mirror, puis sur ''Will You Be There'', ''You Are Not Alone'', ''Keep the Faith'', ''They Don’t Care About Us'', ''Earth Song'', ''HIStory et Speechless'', sur le dernier album de Michael&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= en|auteur= |titre= Collaborations Michael Jackson et Andrae Crouch|url= https://onmjfootsteps.com/2013/02/16/michael-jackson-et-andrae-crouch/ |date= 16 février 2013|site= onmjfootsteps.com|consulté le=5 novembre 2021}}&lt;/ref&gt;.

{{Citation bloc|''Lorsque Michael Jackson m’a demandé de travailler sur [[w:Man in the Mirror|Man in the Mirror]]&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/c/MichaelJacksonTheKingOfPoPVEVO/featured Michael Jackson The King Of PoPVEVO].- [https://www.youtube.com/watch?v=D4tSs65oGIE Man in the Mirror] - 30th Annual Grammy Awards - March 2, 1988.&lt;/ref&gt;, j’ai tout de suite accepté car j’étais en accord avec le thème de la chanson''.&lt;br&gt;La participation de Andrae Crouch sera déterminante sur la dimension de la chanson. &lt;br&gt;La chorale de Crouch est présente lors d’une des prestations de la chanson, à la cérémonie des Grammy Awards de 1988. C’est lui que l’on voit aider Michael à se relever eu cours de l’interprétation (à 5:05)|[[w:Andraé Crouch|Andraé Crouch]], Onmjfootsteps.com.- Michael Jackson et Andrae Crouch&lt;ref&gt;[https://onmjfootsteps.com/2013/02/16/michael-jackson-et-andrae-crouch/ Collaborations Michael Jackson et Andrae Crouch], onmjfootsteps.com, 16 février 2013&lt;/ref&gt;}}

 * {{YouTube|Y2WH692wE2w|The detail, Siedah Garrett.- Réflexion sur Michael Jackson et écriture de &quot;''Man In The Mirror''&quot;}}, 5 nov. 2020
 * {{YouTube|PivWY9wn5ps| Michael Jackson.- Man In The Mirror, Official Video, Enregistré en 1987, Sortie en Janvier 1988}}, 3 oct. 2009
 * {{YouTube|--xvmEhjSEA|MJ Reconsidered, Bruce Swedien.- Recording the Andrae Crouch Choir for Michael Jackson's Man In The Mirror}}, 22 nov. 2020
 * {{YouTube|D4tSs65oGIE| Michael Jackson The King Of PoPVEVO.- The way make feel &amp; Man in the Mirror, 30th Annual Grammy Awards, 2 Mars 1988}}, 3 juin 2017
 * {{Lien web |langue= en|auteur= Michael Jackson, The King Of PoPVEVO|titre=Man in the Mirror, 30th Annual Grammy Awards, 2 Mars 1988|url= https://www.youtube.com/watch?v=D4tSs65oGIE&amp;t=198s|date= 2 Mars 1988|site= YouTube|consulté le=5 novembre 2021}}, 3 juin 2017


 * Michael Jackson + Dancing the Dream + Michael Jackson + A star can never die + It just turns into a smile and melts back into the cosmic music, the dance of life
*  1992 - {{bibliographie|Q1994034}} &lt;!-- Michaël Jackson.- Dancing the Dream : Poems and Reflections --&gt;
**  1992 - {{bibliographie|Q60412534}}, ''[https://openlibrary.org/books/OL1566037M/Dancing_The_Dream Open Edition]'' &lt;!-- Michaël Jackson.- Dancing the Dream : Poems and Reflections --&gt;

==== I Just Can't Stop Loving You ====

 * Voir la dernière répétition de I just can't stop loving you pour le This Is It.
 * [[w:I Just Can't Stop Loving You|I Just Can't Stop Loving You]], sortie le 20 juillet 1987 comme premier single extrait de l'album. Le titre se classe no 1 au Billboard Hot 100, aux Hot R&amp;B/Hip-Hop Songs et dans plusieurs hit-parades européens.
 * En 1987, [[w:Siedah Garrett|Siedah Garrett]] collabore avec Michael Jackson pour son album Bad en chantant en duo le single I Just Can't Stop Loving You, et en étant coauteur de Man in the Mirror.
 * [https://www.youtube.com/watch?v=q8Hwp_xF_GY Michael Jackson &amp; Judith Hill - I Just Can't Stop Loving You], This is it version, &quot;rehearsal&quot;
 * {{YouTube|q8Hwp_xF_GY|Michael Jackson &amp; Judith Hill - I Just Can't Stop Loving You (This Is It version) HD &quot;rehearsal&quot;}}

=== 1990, It's all done ===

{{Citation bloc|The Bad era started in 8/31/1987, when the Bad album releases and became the Bad era from 1987-1991. In 11/26/1991, the Bad era ended, when Dangerous album releases in 1991, and became the Dangerous era from 1991-1994. In 1/1/1995, the Dangerous era ended. Also he had a newlook for his 1995 upcoming album called HIStory.|KillerPunkSuperMario, circa 1995&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=4sklJeMe7ek In 1990 Michael Jackson Meets with George Bush at the White House]&lt;/ref&gt;.}}

Les années 90 marquées par le Heal the World : [https://www.youtube.com/watch?v=5erikMaUlec&amp;t=740s Michael Jackson Live Copenhagen 1992 Dangerous World Tour]

 * 1990 - [https://www.youtube.com/watch?v=FWZWrce7fpY Sammy Davis, Jr. 60th Anniversary Celebration], 4 février 1990
 * 1990 [https://www.youtube.com/watch?v=4sklJeMe7ek Michael Jackson Meets with George Bush at the White House]

 * 4 février 1990 - Sammy Davis Junior, 60 ans
 ** [https://www.youtube.com/watch?v=OzIwUoQruq4 Michael Jackson - You Were There (Sammy Davis 60th Anniversary)]

 * 1990. [https://www.youtube.com/watch?v=GGWjUYWatTo Michael Jackson attends the Grand Opening of the Trump Taj Mahal Casino Resort], 2 avril 1990
 ** [https://www.youtube.com/watch?v=nL61RDl_8jw Michael Jackson - Trump Taj Mahal Casino Resort Opening]

 * [https://www.youtube.com/watch?v=aev8cHsJoi0 Michael Jackson Stephanie Mills, 1990]
 ** [https://www.youtube.com/watch?v=s-AYRprIYQ0 Stephanie Mills: Michael Jackson's Secret Love]. See Michaël Jackson.- the moonwalker, authobiography, 1988 File:Moonwalk cover.jpg.

 [https://www.youtube.com/watch?v=KvjSTkl3S8M 1990 - Bilan de l'année de Michael Jackson, the detail.]

== Dangerous, l'album &amp; les single &amp; les short-films, le Dangerous Tour &amp; l’œuvre d'art ==
&lt;br&gt;
[[Fichier:Michael Jackson - Dangerous (logo).svg|300px|vignette|centré| {{Centrer|[[w:Dangerous (album de Michael Jackson)|&lt;big&gt;'''Dangerous'''&lt;/big&gt;&lt;br&gt;8{{e}} album studio de Michael Jackson]]&lt;br&gt;'''Sorti le 26 novembre 1991'''}}&lt;br&gt;{{Centrer|{{YouTube|_zaAzbpUvKs|The detail, Michael Jackson.- Bilan de l'année de Michael Jackson, 1991}}, 16 septembre 2021}}]]
&lt;br&gt;
[[Fichier:Michael Jackson (20589951783) (cropped).jpg|100px|vignette|gauche|Michaël Jackson, live &quot;Dangerous Tour&quot; in Monza (Italy), 6 juillet 1992.]]

=== Dangerous, l'album &amp; le Dangerous artwork ===

{{Citation bloc|[[w:Dangerous (album de Michael Jackson)|Dangerous]]  est le huitième album studio de Michael Jackson et le quatrième chez Epic Records, sorti le 26 novembre 1991. Il marque le début de la collaboration du chanteur avec [[w:Teddy Riley|Teddy Riley]] qui en est le coproducteur. Outre les 7 titres de [[w:Dangerous (album de Michael Jackson)|Dangerous]], Ils produiront ensemble 2 titres sur [[w:Blood on the Dance Floor (chanson)|Blood On The Dance Floor]]'', 3 sur ''Invincible'', 3 sur ''[[w:Michael (album)[Michael]] album post mortem|[[w:Dangerous (album de Michael Jackson)|Wikipédia]].}}

Wikipédia recense [[w:Dangerous#Album|6 albums]] qui portent le titre &quot;Dangerous&quot; , dont un portoricain et un britannique :
# [[w:en:The Bar-Kays|Dangerous, The Bar Kays album]]. The Bar Kays était un groupe américain de soul, rhythm and blues et funk qui accompagnait notamment [[w:Otis Redding|Otis Redding]] sur scène. L'album est sorti en 1984
# [[w:en:Dangerous (Natalie Cole album)|Dangerous, album de Natalie Cole]], chanteuse de jazz, soul et R&amp;B, sorti le 28 septembre 1985
# [[w:en:Dangerous (Andy Taylor album)|Dangerous (album d'Andy Taylor)]], musicien britannique, guitariste, chanteur, auteur-compositeur et producteur de disques, sorti en 1990
# [[w:en:Dangerous (Bill Hicks album)|Dangerous, album de Bill Hicks]], humoriste américain, 1961-1993,  sorti en 1990
# [[w:Dangerous (album de Michael Jackson)|Dangerous, album de Michael Jackson]], sorti en 1991
# [[w:en:Dangerous (Yandel album)|Dangerous (album de Yandel]], chanteur portoricain de reggaeton, sorti en 2015
L'album de Michael Jackson est le cinquième dans la liste.

==== Virginia Declaration of Rights ====

{{Citation bloc|Thomas Jefferson's quote was ''No idea is dangerous to society wherein that idea can be openly discussed''. That's why the album is called '''''Dangerous''''', because I'm discussing drugs and things drugs do.|Bill Hicks, ''références incertaines''.[[w:en:Dangerous (Bill Hicks album)|Dangerous, album de Bill Hicks]] sorti en 1990.}}
 * …the General Assembly of Virginia is made to profess itself : ''well aware that the opinions and belief of men depend not on their own will, but follow involuntarily the evidence proposed to their minds ; and only after this…''&lt;br&gt;— Merrill D. Peterson, ‎Robert C. Vaughan.- [https://www.google.fr/books/edition/The_Virginia_Statute_for_Religious_Freed/I9v9aVcsfJ8C?hl=fr&amp;gbpv=1&amp;dq=Well+aware+that+the+opinions+and+belief+of+men+depend+not+on+their+own+will,+but+follow+involuntarily+the+evidence+proposed+to+their+minds&amp;pg=PA61&amp;printsec=frontcover The Virginia Statute for Religious Freedom. Its Evolution and Consequences in American History, 2003, page 61].

==== Mark Ryden &amp; Michael Jackson’s Dangerous artwork ====

 * {{YouTube|BZB827xirds| The detail, Michael Jackson.- Mystères Cachés Derrière La Pochette D'Album ''&quot;Dangereuse&quot;'', sorti en 1991}}, 2 déc. 2021
 * {{YouTube|vCetnkmmDnc|The detail.- Derrière &quot;''Black Or White''&quot;, album &quot;Dangerous&quot;, novembre 1991. L'épopée vidéo la plus radicale de Michael Jackson, 2021}}, 9 décembre 2021
 * {{YouTube|B3G4DKkaueM|he detail.- À l'intérieur du nouveau Jack Swing de Michael Jackson, Remember The Time et Jam, album &quot;Dangerous&quot;, novembre 1991, 2021}}, 16 déc. 2021

==== Dangerous : Les titres  ====

* &lt;nowiki&gt;* {{YouTube||}}&lt;/nowiki&gt;
* {{YouTube|v8GzroSMsiI|Whywelovejoejonas, michael jackson.- Someone put your hand out, with lyrics}}, 1 août 2009
* {{YouTube|AFc5mX8bu84|Abhay Kanojia, Michael Jackson.- Morphine}}, appears on the Blood on the Dance Floor: HIStory in the Mix remix album, 29 mars 2012.
* {{YouTube|mF0OkXPm-ew|Salut Les Fans.- Top Series #7 : Les hits oubliés de Michael Jackson}}, 3 nov. 2021
# : {{YouTube|jADX57wacsA&amp;t=0s|Someone Put Your Hand Out }}
# {{YouTube|K_G5DLYRz6M&amp;t=0s|Morphine}}
# {{YouTube|yLfhl_Yxpno&amp;t=0s|Whatever Happens}}
# {{YouTube|yLfhl_Yxpno&amp;t=0s|Whatever Happens}}
# {{YouTube|loCFx_eelXE&amp;t=0s|Tabloid Junkie}}
# {{YouTube|C2FUzoy-UCg&amp;t=0s|Why You Wanna Trip On Me}} :
# {{YouTube|tQTHBlf-Tvw&amp;t=0s|Smile}}
# {{YouTube|7c8YIhF-Xsk&amp;t=0s|Who Is It}}


===== Documents =====
* 2016 - {{Lien web |langue= fr|auteur= François Blanc|titre= Le curieux manège de Michael Jackson|url= https://www.liberation.fr/musique/2016/05/06/le-curieux-manege-de-michael-jackson_1450973|date= 6 mai 2016|site= Liberation.fr|consulté le=30 octobre 2021}}
* 2021 - {{Lien web |langue= en|auteur= Michaeljackson.com|titre= Michael Jackson’s ‘Dangerous’ Album Was Highly Influential|url= https://www.michaeljackson.com/news/michael-jacksons-dangerous-album-was-highly-influential/|date= May 28, 2021|site= Michaeljackson.com|consulté le=31 octobre 2021}}
* &lt;nowiki&gt;{{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/nowiki&gt;

=== Comment Michaël Jackson s'inscrit-il dans le [[w:Black Arts Movement|Black Arts Movement]] ===

==== Comment Michaël Jackson s'inscrit-il dans le National Association for the Advancement of Colored People ====

Comment Michaël Jackson s'inscrit-il dans la [[w:National Association for the Advancement of Colored People |National Association for the Advancement of Colored People]]&lt;ref&gt;En français : association nationale pour la promotion des gens de couleur), désignée par son sigle NAACP&lt;/ref&gt;, organisation américaine de défense des [[w:Droits civiques|droits civiques]] fondée en 1909, héritière du Niagara Movement, qui avait été créé en 1905 par W. E. B. Du Bois. 

* 1955 -  [[w:Rosa Parks|Rosa Parks]] refuse de céder sa place à un Blanc dans un bus
* {{Lien web |langue= en|auteur= Michele L. Norris|titre= Opinion: Before Rosa Parks, Claudette Colvin refused to give up her seat on a bus. She’s still on probation|url= https://www.washingtonpost.com/opinions/2021/10/26/claudette-colvin-alabama-bus-arrest-probation|date= October 26, 2021|site= Washingtonpost.com|consulté le=31 octobre 2021}}

{{Citation bloc|'''Naissance du [[w:Niagara Movement|Mouvement Niagara]]'''&lt;br&gt;Avec Du Bois et Trotter, Fredrick McGhee de St. Paul, Minnesota et Charles Edwin Bentley de Chicago avaient également reconnu la nécessité d'un groupe d'activistes national. [12] Le quatuor a organisé une conférence qui se tiendra dans la région de Buffalo, New York à l'été 1905, invitant 59 anti-Bookerites soigneusement sélectionnés à y assister. Du 11 au 13 juillet 1905, 29 leaders communautaires proéminents, y compris un nombre notable d'avocats, se sont réunis à l'hôtel Erie Beach [13] à Fort Erie, Ontario , Canada, de l'autre côté de la rivière Niagara&lt;ref&gt;La ville de Niagara Falls au Canada, choisie pour avoir été le terminus de plusieurs tracés du [[w:Chemin de fer clandestin|Chemin de fer clandestin]] qui permettaient aux esclaves fugitifs de trouver refuge hors des États-Unis&lt;/ref&gt; depuis Buffalo.&lt;br&gt;L'organisation fondée lors de cette réunion a choisi Du Bois comme secrétaire général et l' avocat de Cincinnati George H. Jackson comme trésorier.|{{Lien web |langue= fr|auteur= gaz.wiki|titre= Mouvement Niagara|url= https://gaz.wiki/wiki/fr/Niagara_Movement|date= |site= gaz.wiki/wiki/fr|consulté le=31 octobre 2021}}.}}

 Documents
 * &lt;nowiki&gt;&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/ref&gt;&lt;/nowiki&gt;
 * {{Lien web |langue= en|auteur= Institut Montaigne|titre= Laïcité: Why French Secularism is So Hard to Grasp|url= https://www.institutmontaigne.org/en/blog/laicite-why-french-secularism-so-hard-grasp|date= 11 December 2017|site= Institutmontaigne.org|consulté le=31 octobre 2021}}
 * {{Lien web |langue= fr|auteur= Histoire-socialiste.over-blog.fr|titre= Socialisme, naissance du parti unifié : déclaration de principes de 1905|url= http://histoire-socialiste.over-blog.fr/article-19090672.html|date= 27 Avril 2008|site= |consulté le=31 octobre 2021}}

* 1993 - {{YouTube|7PKUku2EcrM|Michael Jackson - NAACP&lt;ref&gt;National Association for the Advancement of Colored People&lt;/ref&gt;Michaël Jackson reçoit un award, (January 5, 1993)}}, 7 mai 2020.

==== Pistes &amp; singles ====

==== Who Is It  (Dangerous) ====
[[Fichier:Michael-jackson-vector-360-400.png|100px|vignette|gauche|{{YouTube|PfrV_6yWbEg|Michael Jackson.- Who Is It (Official Video)}}, 29 oct. 2016
]]
* [[w:Who Is It|Who Is It (Dangerous)]] : {{YouTube|PfrV_6yWbEg|Michael Jackson.- Who Is It (Official Video)|date=29 oct. 2016}} ; [https://www.azlyrics.com/lyrics/michaeljackson/whoisit.html Lyrics]
* Cry 2009 - {{YouTube||titre= Michael Jackson.- Michael Jackson - Cry (Official Video)|date=3 octobre 2009|consulté le= 10 juin2022}}&lt;br&gt;Cry 2012 - {{YouTube||titre= Addson Souza.- Michael Jackson - Cry (Official Video)|date=6 mai 2012|consulté le= 10 juin2022}}
* Smile 1936 - Une musique composée par [[w:Charlie Chaplin|Charlie Chaplin]] pour le film [[w:Les Temps modernes|Les Temps modernes]] et reprise par [[w:Smile_(chanson)#Version_de_Michael_Jackson|Michael Jackson en 1995]]&lt;br&gt;Smile 2016 - {{YouTube|qFk_OxpMm9o|titre= Elena Orlovskaya.- Michael Jackson - Smile|date=4 octobre 2016|consulté le= 10 juin2022}}&lt;br&gt;Smile 2018 - {{YouTube|v=64-cSH-qP4I|titre=Elena Orlovskaya.- Michael Jackson - Smile (Alternative Take Version)|date=9 déc. 2018|consulté le= 10 juin2022}}

==== Bibliographie ====

 * [https://www.juxtapoz.com/news/music/sound-and-vision-michael-jackson-s-dangerous-cover-artwork-by-mark-ryden/ Mark Ryden re-invisions his iconic album cover for Michael Jackson's &quot;Dangerous&quot;] ; Voir aussi [https://musicians4freedom.com/2012/08/theodore-taylor-michael-jacksons-dangerous-album-cover/ Michaël Jackson dans l’art].
 * {{bibliographie|Q108270376}} &lt;!-- Isabelle Petitjean.- Dangerous, from Mark Ryden to Michael Jackson --&gt;
 * JupiterZ.- [https://artworkfans.blogspot.com/2018/09/michael-jackson-dangerous-artwork.html Michael Jackson Dangerous Artwork], Things Artwork Paradise, Tuesday, September 11, 2018.
 * Meaning of Michael Jackson’s Dangerous Album Cover. Learn more about Michael Jackson dangerous album, Michael Jackson dangerous artwork, dangerous Michael Jackson video, Michael Jackson dangerous album songs, [https://susanta.org/meaning-of-the-michael-jacksons-dangerous-album/ susanta.org].

;Michael Jackson fandom.com Dangerous Artwork
* [https://susanta.org/meaning-of-the-michael-jacksons-dangerous-album/ Meaning of Michael Jackson’s Dangerous Album Cover]
* [https://www.fanpop.com/clubs/michael-jackson/answers/show/120227/dangerous-album-cover-what-does-mean Michael Jackson Dangerous Album Cover]
* [https://www.youtube.com/watch?v=PWXUfzHQF9M The Scary Hidden Meaning Behind Michael Jackson's Album Cover 'Dangerous' (2015)]
* [https://michael-jackson.fandom.com/wiki/Dangerous_(album) Dangerous (album)]
* [https://www.fandom.com/licensing licence]

* Voir [[w:Illuminisme|Illuminisme]] : [https://illuminatisymbols.info/michael-jackson-dangerous-album-cover/ Michael Jackson Dangerous Album Cover : illuminati symbols]
* [https://michael-jackson.fandom.com/wiki/Michael_Jackson_Wiki Michaël Jackson Wikia]

== Cinéma : clip ou short-film ==

=== 1990-1993 - Will you be there ===
[[Fichier:Moreau, Gustave - Hésiode et la Muse - 1891.jpg|100px|vignette|gauche|Gustave Moreau.- Hésiode et la Muse [[w:Terpsichore|Terpsichore, muse de la musique]].]]

 * [https://michael-jackson.fandom.com/wiki/Dangerous_(album) Dangerous_(album)] ; [[w:Will You Be There|Will You Be There (recorded 1990)]]

{{Citation bloc|Le 20 janvier 1993, lors de la cérémonie d'investiture du président Bill Clinton, Michael Jackson fut invité. Dans le discours d'introduction au titre qu'il allait interpréter sur scène, il rendit hommage à [[w:Ryan White|Ryan White]]&lt;ref&gt;Auparavant, le sida était une maladie diagnostiquée avant tout chez les homosexuels masculins, [[w:Ryan White|Wikipedia]]&lt;/ref&gt; et, appela la nouvelle administration présidentielle à engager tous les moyens nécessaires afin de lutter efficacement contre le sida. Il interpréte [[w:Gone Too Soon|Gone Too Soon]]&lt;ref&gt;[https://michael-jackson.fandom.com/wiki/Gone_Too_Soon Music by Larry Grossman, Lyrics by Buz Kohan]&lt;/ref&gt;&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=IcNamirwTaY Michael Jackson - Gone Too Soon (Official Video).]&lt;/ref&gt;&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=aEDTm3eQDyQ Michael Jackson - Gone Too Soon (Acapella)]&lt;/ref&gt;&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=egVT32JR5x4 Michael Jackson Gala Clinton 1993 &quot;Gone too Soon&quot; FRANCAIS Sous titres]&lt;/ref&gt;&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=0ab5I1I1ykE Voice Teacher Reacts to Michael Jackson - Gone Too Soon Live, Clinton Inauguration 1993.]&lt;/ref&gt; et [[w:Heal the World|Heal the World]]&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=zopJVVaQhLE Michael Jackson - Bill Clinton's Gala (January 19, 1993)]&lt;/ref&gt;.|[[w:Gone_Too_Soon#Circonstances|Gone Too Soon]]}}


The song was written by Buz Kohen, who was a good friend of MJ's. MJ heard Dionne Warwick singing this on this show and he called Buz. He said he wanted to record it and time passed. Then when Ryan White died he told buz he wanted to do something special for him, he came up with a video of Ryan and MJ, but Dionne was singing the song. MJ love it and said there is one problem I want to sing it but I don't do covers. It had never been recorded until MJ recorded it on his Dangerous CD. Patty Labelle and also Donna Summer also covered this song earlier but never recorded it. MJ released it as a single in 93.|
* {{YouTube|SaNnaMY3Juk|Dionne Warwick sing ''Gone too soon''}} in 1983 as a dedication to artists who died too soon.
* https://vimeo.com/143404464
* &lt;nowiki&gt;{{Vimeo|143404464|Buz Kohan on Michael Jackson}}&lt;/nowiki&gt; 

* 28 juin 1993 - [[w: Will You Be There|Will You Be There]] est une chanson de Michael Jackson et le 8e single extrait de l'album Dangerous (1991). Sortie le 28 juin 1993, cette chanson est également audible la même année dans le générique de fin du film Sauvez Willy. L'ouverture de la chanson que l'on entend sur l'album est une partie de la [https://cso.org/csotv/features/beethoven9/ Symphonie nº 9 de Beethoven], Les paroles ont été traduites en français par Michaël Jackson&lt;ref&gt;[https://www.lacoccinelle.net/253160-michael-jackson-will-you-be-there.html Paroles et traduction de la chanson «Will You Be There» par Michael Jackson]&lt;/ref&gt;.
 * [https://www.youtube.com/watch?v=jQY_QL_wvQU Michael Jackson.- Will You Be There (Official Video)]. Avec des images de ''Free Willy''
 * Michael Jackson.- [https://www.youtube.com/watch?v=c_xlT0-j-C4 Will You Be There - Live Argentina 1993] (Dangerous World Tour)
 * Michael Jackson.- [https://www.youtube.com/watch?v=bUaMzwNPgro Will You Be There], [https://www.youtube.com/watch?v=OTGlKSUzrO8&amp;t=191s dans un décor urbain &amp; industriel], avec l'ange.
* 1993 - [https://www.youtube.com/watch?v=EsopN7JKUVs Michael Jackson - Super Bowl XXVII 1993 Halftime Show]

== Le tour du monde en 40 ans ==

 * 1987 - [https://www.youtube.com/watch?v=847aZFnbXtE Michael Jackson in Japan 1987]
 * 1992 - {{Lien web |langue= fr|auteur= Gonzague Saint Bris, Michaël Jackson|titre= Interview, Edition France Soir, 1 juillet 2009 |url= http://mjuniverse.free.fr/interview_gonzague.html|date= 1992|site= mjuniverse.free.fr|consulté le= 8 décembre 2021}}
=== 1991-1992 - Dangerous &amp; Dangerous Tour ===

 [[w:Dangerous World Tour|Dangerous World Tour]]
 [[d:Q44104|Dangerous, Usa]]
 * [https://www.youtube.com/watch?v=Hxgo-Qu-ZZE Michael Jackson - Live In Bucharest (The Dangerous Tour), 
 * 1992 - [https://www.youtube.com/watch?v=g9c-mmOycw4 Michael Jackson - Dangerous Tour Live in Munich, June 27, 1992]
 * 1992 - [https://www.youtube.com/channel/UC01US33XLX_5whsQQyupT_A MJ Remastered Videos].- [https://www.youtube.com/watch?v=ChjibjrQ78A Michael Jackson Live Dangerous Tour], 1992

==== Michaël Jackson rencontre l'histoire à Bucarest en 1991 : paroles de fan ====

{{Citation bloc|Salut les fans !&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/c/SalutLesFans Salut les fans ! Chaîne Youtube consacrée à Michaël Jackson]&lt;/ref&gt;&lt;br&gt;
 — Très bien retranscrite ton expérience avec le concert History de Paris&lt;ref&gt;{{YouTube|6uehjvkgvVs|TF1, MJ Live &amp; Rare Videos, Michael Jackson.- HIStory Tour Live in Paris (7:08), 29 Juin 1997}}, 27 juin 2021.&lt;/ref&gt;  auquel j'étais également. Très grand concert !! Mais j'ai aussi été au premier concert européen Dangerous à Bucarest en 1991&lt;ref&gt;{{YouTube|Hxgo-Qu-ZZE|Michael Jackson - Live In Bucharest, The Dangerous Tour, The Bucharest National Stadium, 1{{er}}Octobre 1992) at }}&lt;/ref&gt; si je me rappelle bien, et là c'était du délire X10 encore comparé à l'incroyable History. Pourquoi ? Et bien parce que c'était juste après la chute du didactateur roumain et donc le peuple s'ouvrait au monde. Michael arrive dans ce pays pour le premier concert de sa tournée, vous imaginez un peu la situation ?! J'avais jamais vu une telle hystérie, même comparé au concert Bad à Nice. En Roumanie, c'est le concert qui a été filmé aussi. Il faisait une chaleur tellement dingue, à cause du public, pas de la température extérieure ! Pendant tout le concert j'étais porté par les gens à côté de moi, les pieds ne touchaient pas le sol tellement on était serré et euphorique ! Et à la fin mon jean bleu Lévis s'était décoloré ! C'était hallucinant !!! J'étais trempé comme si l'orage s'était abattu sur la foule durant deux heures alors qu'il n'avait pas plu. Michael était resté plus de 7 minutes sans bouger au tout début, vous voyez de quoi je parle, inimaginable et.la.foule en délire durant toutes ces minutes. A la fin du concert, durant une heure la foule rentrait à pied chez elle, cela ressemblait à une grande marche continue dans des rues vides, du jamais vu...|Olivier Le Borgne, novembre 2020, Commentaires de la {{YouTube|b_OsCvrmk2Q| Salut Les Fans.- Mes 25 ans de l’album HIStory : souvenirs, anecdotes, le concert à Paris, 19 juin 2020}}.}}

=== Black or White, 1991 ===

* 1991 - [[w:Black or White|Black or White]] est le premier single extrait de l'album Dangerous
* Dans la première interview avec Oprah Winfrey en 1993&lt;ref&gt;1993 - [https://www.youtube.com/watch?v=NvR60pAg0JI Michael Jackson Full Oprah Winfrey Interview (1993)], [[d:Q866|Youtube]]&lt;/ref&gt;Michaël Jackson s'exprime au sujet de sa couleur de peau et du vitiligo dont il souffre&lt;ref&gt;[https://www.dailymotion.com/NNAfrica NegroNews].- [https://www.dailymotion.com/video/x7v3bxc Michaël Jackson s'exprime au sujet de sa couleur de peau et sa maladie], [[d:Q769222|Dailymotion]].&lt;/ref&gt;.
* {{YouTube|kpOblKVixEY|Michael Jackson - The making of Black or White - Complete Film}}
* {{YouTube|pTFE8cirkdQ|Michael Jackson - Black or White (Official Video)}}

===  Jam, 1992 ===
*  1992 - [[d:Q262596|Jam, avec Michaël Jordan ]]

[[w:Jam (chanson)|Jam]] est le quatrième single extrait de l'album Dangerous de Michael Jackson. Il est sorti le 13 juillet 1992 aux États-Unis et le 27 septembre 1992 en Europe. Il s'agit d'une chanson du genre new jack swing, écrite par Michael Jackson, Teddy Riley, Bruce Swedien et René Moore. WP

=== They Don't Care About Us, 1995 ===

[[w:They Don't Care About Us|They Don't Care About Us]] est une chanson de Michael Jackson extraite du double album HIStory sorti en 1995. Ce morceau est le 4e single de l'album4. 
* 1995 - [https://michael-jackson.fandom.com/wiki/HIStory:_Past,_Present_and_Future,_Book_I#Dispute_regarding_lyrics_of_.22They_Don.27t_Care_About_Us.22 Dispute regarding lyrics of &quot;They Don't Care About Us&quot;]

=== Michael Jackson interview with oprah Winfrey, 1993 ===

* {{YouTube|fa3W5HD9Q3s|Michael Jackson interview with oprah Winfrey, 1993 }} ; [https://www.oprah.com/entertainment/oprah-reflects-on-her-interview-with-michael-jackson/all The Michael Jackson Interview: Oprah Reflects (the skin color and the racism], 16/09/2009

=== Stranger in Moscow, 1995 ===

[[w:Stranger in Moscow|Stranger in Moscow]] ; [[d:Q301027|Stranger in Moscow]]
* 1995 - {{bibliographie|Q108457607}}, 29 juin 2015  &lt;!-- From Throne to Wilderness --&gt;


Podcast à l'occasion du {{63|e}} anniversaire de Michaël Jackson : Merx, Karin, and Elizabeth Amisu. “Episode 50 – [https://michaeljacksonstudies.org/episode50-exclusive Exclusive The 10 songs of Karin &amp; Elizabeth] – MJAS Exclusive” Podcast, Michael Jackson’s Dream Lives On: An Academic Conversation 8, no. 1 (2021). Published electronically 29/07/2021.

=== Bibliographie de Dangerous ===

;Isabelle Stegner-Petitjean

* 2015 - {{bibliographie|Q108353299}} &lt;!-- La culture pop au panthéon des beaux-arts --&gt;

&lt;br&gt;&lt;br&gt;
[[Fichier:Michael Jackson sculpture.jpg|200px|vignette|centré|[[w:History (album de Michael Jackson)|Michael Jackson, History album, 1995]], [https://www.youtube.com/watch?v=kmw1yYRdDOM Smile]&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=kmw1yYRdDOM Michael Jackson , History album, Smile, 1995]&lt;/ref&gt;.]]
[[Fichier:HISTORYMJ.gif|200px|centré]]
&lt;br&gt;&lt;br&gt;

== HIStory World Tour, 1996-1997 ==

[[w:History (album de Michael Jackson)|History]], album anthologie Michael Jackson sorti le 16 juin 1995, album double avec un best-of et des nouveautés
 * {{YouTube|b_OsCvrmk2Q|Mes 25 ans de l’album HIStory : souvenirs, anecdotes, le concert à Paris, HIStory (1995)}}, 19 juin 2020
 * {{YouTube|XnKhtUoY3KY| RafildissJr.- Michael Jackson - History Tour - Copenhagen - Show Completo, 1997}}, 22 févr. 2018. Témoignage d'un fan à propos de son premier concert Michaël Jackson.
 ** 0:00 - Intro
 ** 5:50 - Scream
 ** 8:30 - They Don't Care About Us/ In the Closet/HIStory 
 ** 14:28 - Wanna Be Startin Somethin
 ** 21:27 - Stranger in Moscow
 ** 30:24 - Smooth Criminal
 ** 36:15 - You Are Not Alone, 
 ** 43:52 - Jackson 5 Medley
 ** 54:50 - Billie Jean
 ** 1:03:31 - Thriller
 ** 1:09:46 - Beat It
 ** 1:18:18 - Blood on the Dance Floor
 ** 1:22:50 - Dangerous
 ** 1:27:00 - Black or White
 ** 1:31:55 - Earth Song
 ** 1:43:21 - Heal the World
 ** 1:54:15 - HIStory
 * {{YouTube|RvlZpxieZPE| Michael Jackson &amp; Jackson Five Forever.- On August 29, 1997, Michael Jackson celebrates his 39th birthday during the HIStory Tour concert in Copenhagen, Denmark, Fans presents him on stage with a beautiful cake and fireworks, 1997}}, 29 août 2021

=== 1996 - Earth Song,  Live at Seoul, Korea ===

 * 10 novembre 1996 - {{YouTube|As-1cdNMePU|MJuniversHD, Michael Jackson.- Earth Song, Live at Seoul Korea, 1996}}, 25 mars 2012. Le jeune Coréen surgit à [https://www.youtube.com/watch?v=As-1cdNMePU&amp;t=240s 4:07]. La scène dure jusqu'à 6:08.
 * 10 novembre 1996 - {{YouTube|_g395PiJubE&amp;t=1s| Michael Jackson FanSquare • MJFS, Michael Jackson.- The Crazy Fan of &quot;Earth Song&quot;, Live in Seoul, 1996}}, 13 octobre 2015.
 * {{Lien web |langue= en|auteur= GoLectures|titre= GoLectures : Michael Jackson - Earth Song live|url= https://www.golectures.com/index.php?go=search&amp;q=Michael%20Jackson%20-%20Earth%20Song%20live|date= 2020|site= Golectures.com|consulté le= 15 décembre 2021}}

=== 1999 - Seeing Voices (Unreleased) ===

{{Citation bloc|This song was not made For a Disney Movie or Invincible It was made for tbe Deaf People And how it started is Sidney Fine Sent Michael Jackson A Letter asking if they wanted to write a Song about the Deaf A Michael said Yes So they made and recorded the song and Sidney Fine sent it To A Deaf Fundraiser And they played it for all the deaf people and It was Later Shelved In Michael Jacksons Home Never to be Released|D.B. Cooper, 12/2020.- {{YouTube|2YHw5nXYgZI|Sven Nelson, Michael Jackson - Seeing , song from the Invincible era, Rare Recording from 1999}} ; {{Lien web |langue= en|auteur= Genius.com|titre= Ray Charles Choir, Sidney Fine &amp; Michael Jackson.- Seeing Voices with lyrics|url= https://genius.com/Michael-jackson-seeing-voices-lyrics|date= 28 mai 1999|site= genius.com|consulté le= 10 décembre 2021}}, juillet 2015&lt;ref&gt;[https://www.golectures.com/index.php?go=search&amp;q=Michael%20Jackson%20-%2014.%20Seeing%20Voices%20%28ft.%20Ray%20Charles%20Choir%29%20%5BAudio%20HQ%5D%20HD Lire plus.]&lt;/ref&gt;.}}
{{Citation bloc|Song : “Seeing Voices” (1999) a “song for the deaf” inspired by the title of Dr. Oliver Sacks’ best selling book of the same name&lt;ref&gt;{{bibliographie|Q110044178}} &lt;!--  Seeing Voices --&gt;&lt;/ref&gt;. (a collab(i.e. ''collaboration'') between MJ and composer Sydney Fine)|1999 - {{YouTube|laiYKo34TvM|King Of Hearts ASMR, Michael Jackson.- Seeing Voices, Unreleased, 1999}}, 21 sept. 2019}}

== Invincible, Album , 2001 ==
&lt;br&gt;&lt;br&gt;
[[File:InvincibleMichaelJackson.png|400px|vignette|centré|{{Centrer|[[w:Invincible (album de Michael Jackson)|Invincible, album de Michael Jackson]].}}]]
&lt;br&gt;&lt;br&gt;

 Au sommet dans la décennie 1980. Ou, comment Michaël Jackson est devenu &quot;[[w:Invincible (album de Michael Jackson)|Invincible]]&quot;
 {{YouTube|96kZmNsLESQ|MJ Reconsidered, Invincible :The Rarest Michael Jackson Interview&lt;ref&gt;[[w:Invincible (album de Michael Jackson)|Invincible]], interview par [[d:Q4772375|Anthony DeCurtis]] pour [[d:Q33511|RollingStone]]&lt;/ref&gt;}}, 26 octobre 2001.
 {{YouTube|FxMaknvLpnQ| Jaren Smith.- Michael Jackson — The Invincible Tour Live In Valencia, fan made&lt;ref&gt;&quot;''This is a concert i made for the last part of the Invincible 10+ Pack. The Invincible Era has come to an end with this amazing concert. Including songs from Invincible. I Worked very hard on this...''&quot;&lt;/ref&gt;}}, 27 avr. 2013
 {{YouTube|Dibbh_dxl68|MJJ Fanmade Channel.-Michael Jackson — Invincible World Tour, Live in Moscow, 2003, Last Show}}, 15 mai 2021


{{Citation bloc|Michael Jackson gives &quot;special thanks&quot;: «This album is dedicated to Benjamin ‘Benny’ Hermansen. May we continue to remember not to judge man by the color of his skin, but the content of his Character. Benjamin … we love you … may you rest in peace.»|[[w:Invincible_(album_de_Michael_Jackson)#Dédicace|Michael Jackson]] dédiera cet album à la mémoire de Benjamin Hermansen, un homme de couleur [[w:Norvège|norvégien]] de 15 ans assassiné par des [[w:-nazisme|néo-nazis]] à [[w:Oslo|Oslo]] en janvier 2001&lt;ref&gt;[http://www.parismatch.com/Actu/International/Geir-Lippestad-L-homme-de-Bien-qui-defend-le-Mal-Anders-Breivik-161108 Geir Lippestad] sur www.parismatch.com&lt;/ref&gt;.}}

Michael Jackson dedicated his 2001 album ''[[w:en:Murder of Benjamin Hermansen|Michael Jackson album &quot;Invincible&quot;]] to Benjamin Hermansen (and also to his own parents and grandmother). The reason for this has partly to do with the fact that the Holmlia boy [[w:Omer Bhatti|Omer Bhatti]] and Jackson were close friends, and Bhatti was at the same time a good friend of Benjamin Hermansen. On the album cover, next to the image of a rose, it reads:&lt;ref&gt;Hedrer Benjamin.- [https://www.vg.no/rampelys/i/wEP3OP/hedrer-benjamin Michael Jackson tilegner sitt nye album til det norske knivofferet] , [[w:enVerdens Gang|vg.no]], October 23, 2001, language= no&lt;/ref&gt;&lt;ref&gt;McNamara.- [https://web.archive.org/web/20090309155446/http://www.aftenposten.no/english/local/article216474.ece Jacko dedicates Invincible to Benjamin] Hermansen,  [[w:en:Aftenposten|Aftenposten]], 23 October 2001 ; [http://www.vg.no/rampelys/artikkel.php?artid=1773308 Voir aussi].&lt;/ref&gt; 

===== Invincible, the cover =====

{{Citation bloc|The Invincible cover is an intriguing mix of elements united to create a coherent image of the superstar.|Art of design online.com&lt;ref&gt;[https://www.artofdesignonline.com/invincible/invincible artofdesignonline.com.- Invincible, 19 janvier 2019]&lt;/ref&gt;}}

==== Les titres ====

 [[w:Unbreakable (chanson de Michael Jackson)|Unbreakable]]
 [[w:Unbreakable (chanson de Michael Jackson)|Invincible chanson de Michael Jackson]]
 The Lost Children
 [[w:Speechless (chanson de Michael Jackson)|Speechless]]. &quot;Le plaisir m'inspire. Je déteste dire ça parce que c'est une chanson tellement romantique. Mais c'est le combat qui l'a fait. J'étais heureux, et je l' ai écrit dans elle est [ sic ] ensemble là. J'ai senti que ce serait assez bien pour l'album. De la félicité naît la magie, l'émerveillement et la créativité&quot; &lt;ref&gt;[https://stringfixer.com/fr/Invincible_(Michael_Jackson_album) Invincible (album de Michael Jackson)]&lt;/ref&gt;.
 You Are My Life&quot; parle des deux enfants de Jackson à l'époque

*  MJ Reconsidered.- [https://www.youtube.com/watch?v=96kZmNsLESQ FR. INVINCIBLE: The RAREST Michael Jackson Interview], Youtube, 26 octobre 2001

;Michaël Jackson était-il un castrat ? C'est le moment de considérer la question.
 * [[w:Alessandro Moreschi|Alessandro Moreschi]] | [https://www.youtube.com/watch?v=_6FNKXtt95k Alessandro Moreschi]

== Les spectacles du Cirque du Soleil autour de Michael Jackson ==

* &lt;nowiki&gt;{{YouTube||}} ; {{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/nowiki&gt;

=== 2011-2013 - Cirque du Soleil, The Immortal World Tour ===

 * {{YouTube||}}
 * 2011 - {{YouTube|wAlQ3PKM8-Q|Cirque du Soleil.- World Première, Red Carpet at Michael Jackson The Immortal World Tour}},3 oct. 2011
 * 2011 -{{YouTube|jifzQR6fbEo&amp;t=72s| CHaettig.- Cirque du Soleil show, &quot;Michael Jackson THE IMMORTAL World Tour.&quot;}}, 9 nov. 2011
 * 2012 - {{YouTube|p8qOMlfLG8Q|Cirque du Soleil, Michaël Jackson.- The Immortal World Tour, }}, 
 * 2013 - {{YouTube|mIkk-xO-eng|Cirque du Soleil, Michaël Jackson.- The Immortal World Tour Spot cinéma, Paris, 2-7 avril 2013}}, 7 mars 2013
 * 2013 - {{YouTube|GXcLtFB9494|Cirque Du Soleil.- Michael Jackson Immortal Tour, Beijing, 2013}}, 

Cirque du Soleil

=== 1983-2009 : Michaël Jackson et Brett-Livingstone Strong fine art alliance ===
[[Fichier:Waterhouse Hylas and the Nymphs Manchester Art Gallery 1896.15.jpg|100px|vignette|gauche|Waterhouse Hylas and the Nymphs, 1896, Manchester Art Gallery]]

 * 2012 - {{Lien web |langue= en-us|auteur= Piers Morgan|titre= Katherine jackson and Brett Livingstone Strong on Piers Morgan tonight (Interview)|url= https://alchetron.com/Brett-Livingstone-Strong|date= 2012|site= alchetron.com|consulté le= 20 novembre 2021}}
 *{{Lien web |langue= en-us|auteur= jacksonstrongalliance|titre= The Jackson-Strong Alliance|url= http://www.jacksonstrongalliance.com/#loaded|date= 2018|site= jacksonstrongalliance.com|consulté le= 20 novembre 2021}}

=== 1985 - We are the World, une oeuvre à part  ===

 * 1985 - [https://www.youtube.com/watch?v=Sqprpo6GJjE We are the world 1985 and behind the scenes]
 * 1985 - La culture Motown à l’œuvre !{{YouTube|WyozXIscRVE|Motown Returns to The Apollo (1985). Star-Studded Tribute Hosted By Bill Cosby}}. Le [[w:Twist|Twist]].
 * 1992 - [https://www.youtube.com/watch?v=p-Gp9CQYXw0 1992 Clinton Gala : We Are The World (Michael Jackson)]
 * {{YouTube|dQ8qY4uYUgs|Wings of Pegasus.- British guitarist analyses Michael Jackson's unprocessed vocals}}, 17 févr. 2020

 Deux albums portent le titre &quot;Michael&quot;, le premier sorti en 1975, ''[[w:Forever, Michael|Forever, Michael]]'', &amp; le second sorti en 2010, après le décès de Michaël Jackson, ''[[w:Michael (album)|Michael]]''.
 * ''[[w:Forever, Michael|Forever, Michaël]]'', {{4e|album}} solo de [[Michael Jackson]] sorti en 1975, le dernier album solo officiel enregistré sous le label [[w:Motown|Motown]], vendu à 1 million d'exemplaires. Michaël Jackson est alors âgé de 17 ans.
 ** [[w:Forever, Michael|Forever, Michael]]'',  [https://www.youtube.com/playlist?list=OLAK5uy_kirhJPtajhZNt8ZDO1Jk9JpcyUCFURY_U Forever, Michael]
 * ''[[w:Michael (album)|Michael]]'', {{11|e}} album solo de [[w:Michael Jackson|Michaël Jackson]] sorti en 2010
 ** Michael Jackson - New Album ''[https://www.youtube.com/playlist?list=PL28DF335760BE3CF5 Michael]&quot;

  * 2007 - [https://www.youtube.com/watch?v=oy3Dq72t0dQ Michael Jackson in Japan 2007]

===  Le dernier concert de Michael Jackson ===

[[w:Michael Jackson: Live at the Apollo 2002|Michael Jackson : Live at the Apollo le 24 avril 2002]] à l'Apollo Theater de Harlem à New York fut le dernier concert de Michael Jackson. Le concert,  animé par l'acteur [[w:Chris Tucker|Chris Tucker]] et l'actrice [[w:Cicely Tyson|Cicely Tyson]], était organisé dans le cadre de la campagne &quot;''Every Vote Counts''&quot; (&quot;Chaque Vote Compte&quot;) pour inviter les citoyens états-uniens à s'inscrire sur les listes électorales&lt;ref&gt;{{Lien web|langue = fr-FR|titre = Remember: A Night At The Apollo - 24 avril 2002|url = http://www.onmjfootsteps.com/archives/2013/04/24/26997578.html|site = onmjfootsteps.com|date = 2021-10-27}}&lt;/ref&gt;.

Programme :
[[Fichier:Theda-Bara-Cleopatra3.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Theda Bara|Theda Bara]], dans [[w:La Reine des Césars|Cléopatre]], archétype de la ''femme fatale'', 1917]]
 '''[[w:Dangerous (chanson de Michael Jackson)|Dangerous]]''' composée avec la participation de [[w:Teddy Riley|Teddy Riley]] dans un style [[w:New jack swing|new jack swing]] sur le thème de la femme fatale. Les paroles sont de Michael Jackson et [[w:Bill Bottrell|Bill Bottrell]]&lt;ref&gt;{{Lien web|langue = en-EN|titre = &quot;Dangerous&quot; lyrics, Michael Jackson Lyrics|url = https://www.azlyrics.com/lyrics/michaeljackson/dangerous.html|site = AZLyrics.com |date = 2021-10-27}}&lt;/ref&gt;. Le titre a été joué 115 fois sur scène par Michaël jackson&lt;ref&gt;{{Lien web|langue = en-EN|titre = Dangerous performed by Michael Jackson|url = https://www.setlist.fm/stats/songs/michael-jackson-6bd6e252.html?songid=53d6f779|site = Setlist.fm|date = 2021-10-27}}&lt;/ref&gt;{{,}}&lt;ref&gt;Livret de ''[[w:Michael Jackson: The Ultimate Collection|Michael Jackson: The Ultimate Collection]]'', p.24.&lt;/ref&gt;.
 * {{YouTube|bIepvWWvt2g|HappyLee MJ Remastered.- Michael Jackson - '''Dangerous''' - A Night at The Apollo, 24 Avril 2002}}, 24 juin 2020
 ** {{YouTube|B-BvSA2wP6k|Salut Les Fans.- 5 min à Tuer : L’histoire de Dangerous}}, 23 mai 2020
 ** {{YouTube|tKdvSs_sw2o|ASlaveOfTheRhythm.- Michael Jackson - Dangerous, first performance, ''Live at American Music Awards'',  25 Janvier 1993}}, 24 juilllet 2015
 ** {{YouTube|9ml1H-DCUys|Omar Iván.- Michael Jackson - Dangerous, Live 1995 MTV}}&lt;ref&gt;{{YouTube|weFGlAntZLU|OfficialTrippyTv.- Commentaires : Michael Jackson - Dangerous, Live 1995 MTV}}, 13 juillet 2021&lt;/ref&gt;, 12 août 2021
 ** {{YouTube|GhvcaGn0z7k|.- Michael Jackson - Dangerous, Live at Wetten Dass 1995}}, 21 septembre 2013
 ** {{YouTube|GqqVdOKT_yk| Влад Савенков.- Michael Jackson - Dangerous, Live at American Bandstand, 2002}}, 22 novembre 2012

==== Democratic Convention with Bill Clinton ====

* {{YouTube|bchpoekKNJ8|MJFV.- Michael Jackson- Heal The World - A Night at The Apollo, April 24, 2002}}, 3 janv. 2018
* {{YouTube|JAom7WWBSIc|MJFV.- Michael Jackson - A Night at The Apollo, April 24, 2002}}
* Photo : {{Lien web |langue= en|auteur= KMazur / WireImage|titre= Michael Jackson performs at the Democratic National Committee's &quot;A Night at the Apollo&quot; Show|url= https://www.gettyimages.in/detail/news-photo/michael-jackson-performs-news-photo/86196198|date= 24 avril 2002|site= Gettyimages.in|consulté le=29 octobre 2021}}
 * {{Lien web |langue= en|auteur= David Van Hoesen and Thibault Weewauters|titre= The Man Behind The Dance.- LaVelle Smith Jr. about Michael Jackson, Documentary ©2019. '''Democratic Convention with Bill Clinton''' à 33:34|url= https://www.youtube.com/watch?v=6D1EPRtNjgo&amp;t=2014s|date= 2009|site= youtube.com|consulté le=2 novembre 2021}}

==== National Association for the Advancement of Colored People (NAACP), 1994 ====
 Michaël Jackson remet un award et se déclare innocent
 * 1993 - {{YouTube|7PKUku2EcrM| MJ Live &amp; Rare Videos, Michael Jackson.- NAACP&lt;ref&gt;National Association for the Advancement of Colored People&lt;/ref&gt;Michaël Jackson reçoit un award, January 5, 1993}}, 7 mai 2020. 
 * 1994 - {{YouTube|JhETZV122mo| MJMedia09 Returns, Michael Jackson says &quot;I am Innocent&quot; to False Accusations, 1994 NAACP Awards}}, 9 déc. 2016
 * 1994 - {{YouTube|Tf8bLAnEsdY| KingOfPop_HD, Michael Jackson.- NAACP Awards 1994, &quot;I AM INNOCENT&quot;, 1994}}, 29 mai 2016
 * {{Lien web |langue= en|auteur=Michaël Jackson, NAACP Image Awards 1994|titre= Michael Jackson.- &quot;''Not only am I presumed to be innocent, I am innocent''&quot;|url= https://www.truemichaeljackson.com/speeches/naacp-image-award-1994/|date= 1994|site= Truemichaeljackson.com|consulté le=1er novembre 2021}}

== Les demeures de Michaël Jackson ==

=== La maison de Gary ===
&lt;gallery&gt;
File:Michael Jackson's birth house in Gary Indiana.jpg|Michael Jackson birthplace, 25 July 2009
File:2300 Jackson Street Yuksel.jpg|Michael Jackson birthplace, 2300 Jackson Street, Gary, Indiana, at his death
&lt;/gallery&gt;
{{Citation bloc|the small, single-story residence was made up of nothing more than two bedrooms, a living room and a kitchen—and a family of 11.|Oprahshow 2010&lt;ref&gt;Oprah.com.- [https://www.oprah.com/oprahshow/katherine-jackson-grief-grandchildren-and-michael Michael Jackson's Mother and Children Share Memories], Published 11 août 2010.&lt;/ref&gt;.}}
 * 2012 - {{YouTube|DF3YjiI5LwA|The Jackson Family House In Gary, in 2012}}. La vidéo est accompagnée deux chansons de la fratrie :
 ** 1970 - {{YouTube|kBhSh7y_IkM|I'll be there}}, [[w:Third Album|The Jackson 5' Third Album]],  Motown, 8 septembre 1970.
 ** 1973 - {{YouTube|4Pkv7GN5z8k|}}, Writer(s): Henry Cosby, Sylvia Moy, Victoria Basemore-mccue ; Interprète [[w:With a Child's Heart|Michael Jackson]].- [https://www.azlyrics.com/lyrics/michaeljackson/withachildsheart.html With A Child's Heart, Lyrics], [[w:Music and Me (album de Michael Jackson)|Music and Me, 1973]]&lt;ref&gt;3e album en solo de Michael Jackson, sorti en avril 1973&lt;/ref&gt;,
 * {{YouTube|Y0nSJNbJtws|Peter Midani, Michael Jackson.- Killing Me Softly}}
 * 2003 - {{YouTube|22f6rKs05Zk|Michael Jackson born in Gary, Indiana}}, 28 mai 2021, {{Lien web |langue= en|auteur= Peter Midani
|titre= Michael Jackson return to Gary, Indiana (at t=262s)|url= https://www.youtube.com/watch?v=22f6rKs05Zk&amp;t=262s|date= 11 juin 2003|site= youtube.com|consulté le=9 novembre 2021}}

=== 1988 - Neverland ===
[[Fichier:Aerial view of Neverland Ranch, once the home of famed singer Michael Jackson, in the Santa Ynez Valley of Santa Barbara County, California LCCN2013631267.tif|100px|vignette|gauche|Aerial view of Neverland Ranch]]
[[Fichier:Saint George and the Dragon by Paolo Uccello (Paris) 01.jpg|100px|vignette|gauche|Paolo Uccello.- Saint Georges terrassant le dragon, 1439-1440&lt;ref&gt;Saint Georges terrassant le dragon, 1439-1440, [[w:Musée Jacquemart-André|Musée Jacquemart-André]].&lt;/ref&gt; ]]
[[Fichier:Le Port-Marly Château de Monte-Cristo 001.JPG|100px|vignette|gauche|Le Port-Marly, Château de Monte-Cristo]]
[[Fichier:Maison Dumas chateau d'If 01.jpg|100px|vignette|gauche|Maison Dumas : Le chateau d'If]]

 * 1988 - acquisition du [[w:Ranch de Neverland|Ranch de Neverland]]
 * Saint Georges terrassant le dragon, 1439-1440, [[w:Musée Jacquemart-André|Musée Jacquemart-André]]
 * Comparaison avec  le château de Monte-Christo de Dumas

; La vie de famille au temps de Neverland
 * {{YouTube|utW8SlB5ZFw|Giuseppe Mazzola.- Michael Jackson: Take 2. The Footage You Were Never Meant To See (Uncut &amp; Uncensored Version)}}, 22 mars 2021. Date Of Release : US: Febraury 23rd, 2003 (Fox Networks) - UK: March 3rd, 2003 (Sky One).
 * Le même document en français : {{YouTube|3NsPBDOWguE|Michael Jackson. Take Two. The Footage You Were Never Meant to See. (Français)}}, 3 juil. 2012

 * 2003 - {{YouTube|22f6rKs05Zk|Michael Jackson born in Gary, Indiana}}, 28 mai 2021, {{Lien web |langue= en|auteur= Peter Midani
|titre= Michael Jackson I like Neverland (at t=3256s)|url= https://www.youtube.com/watch?v=22f6rKs05Zk&amp;t=3256s|date= 11 juin 2003|site= youtube.com|consulté le=9 novembre 2021}}

 * {{Lien web |langue= fr|auteur= Michael Jackson Universe|titre= Importante vente aux enchères spéciale Michael Jackson, 2008|url= http://mjuniverse.over-blog.com/article-25688280.html|date= 11 décembre 2008|site= mjuniverse.over-blog.com|consulté le= 5 décembre 2021}}

==== Confinés avec... Gaston Bachelard (4 épisodes) ====
[[w:Gaston Bachelard|Gaston Bachelard]], 1884-1962

 ** '''Épisode 1''' : * {{Lien web |langue= fr|auteur= Adèle Van Reeth, Gaston Bachelard|titre= Les Chemins de la philosophie. Confinés avec... Gaston Bachelard. Épisode 1 : Comment s'en sortir sans sortir ?|url= https://www.franceculture.fr/emissions/les-chemins-de-la-philosophie/confines-avec-gaston-bachelard-14-comment-sen-sortir-sans-sortir|date= 09/11/2020 |site= franceculture.fr|consulté le=8 novembre 2021}}LE 09/11/2020&lt;br&gt;Pour Bachelard, la maison est notre coin du monde, un véritable cosmos… Penseur aux deux visages, philosophe des sciences et philosophe-poète, il imagine... 
 ** '''Épisode 2''' : Le droit de rêver LE 10/11/2020&lt;br&gt;La rêverie intensifie-t-elle notre rapport au monde ? Gaston Bachelard revendique le droit de rêver pour corriger notre connexion anesthésiée à ce qui... 
 ** '''Épisode 3''' : Prendre l'air pour attraper les songes LE 11/11/2020&lt;br&gt;Il y a du vol en nous” : pour Gaston Bachelard, l'air est une hormone de l'imagination sans cesse en mouvement qui nous fait grandir psychiquement. 
 ** '''Épisode 4''' : S’enivrer au coin du feu LE 12/11/2020&lt;br&gt;Avant d’être le philosophe-poète de la rêverie, Bachelard, scientifique, s’intéresse à l’élément qui résista longtemps à toute explication : le feu, fil...

== Michaël Jackson, la collection d'art  ==

 * Rachelmj @OnMJFootsteps.- [https://www.paperblog.fr/7407786/neverland-partie-12-les-oeuvres-d-art-que-possedait-michael-jackson/ Neverland: partie 12 : Les oeuvres d'art que possédait Michael Jackson], Publié le 09 décembre 2014], [https://www.paperblog.fr/recherche/page/2/?query=Neverland:%20partie&amp;where=magazine&amp;filter=None Neverland partie...]
 * Marques de reconnaissance de Michaël Jackson qui sont devenus des œuvres d'art : les gants blancs pailletés, les lunettes d’aviateur, les chaussettes blanches pailletés, 
* Rachel Askinasi.- [https://www.insider.com/michael-jackson-net-worth-debt-spending-2019-8 Michael Jackson was 'the highest-paid dead celebrity of 2018,' but the singer died in debt. Here are some of the most extravagant things he spent his fortune] on, Sep 18, 2019.

=== David Nordahl, peintre et ami ===

{{Citation bloc|In 1988, Nordahl began painting for Michael Jackson. Together, they created paintings and plans for amusement parks and attractions in Las Vegas. This working relationship continued till Michael's death in 2009.|davidnordahl.com}}

* [http://davidnordahl.com/Michael_Jackson_Gallery/index.html David Nordahl, Michael Jackson Gallery]. En particulier Camelot avec Lisa Marie Presley
* [https://www.youtube.com/watch?v=o1ueCdlSOlo Interview, David Nordahl 2013 Interview Part 2]
* [https://onmjfootsteps.com/2013/07/11/collaboration-avec-david-nordahl/ Onmjfootsteps.com.- Michael Jackson et l'Art, Collaboration avec David Nordahl, 11 juillet 2013]
* [https://michaeljacksonstudies.org/an-interview-with-artist-david-nordahl/ An Interview with Artist David Nordahl]
* [https://www.mjworld.net/news/2013/10/22/david-nordahls-reflections-on-the-dance/ david-nordahls-reflections-on-the-dance]

== Michaël Jackson, le poète ==

=== Aimé Césaire ===

* allégorie du Mal 

 {{Lien web |langue= fr|auteur= Cécile Boisbieux|titre= Aimé Césaire, Cahier d’un retour au pays natal : « Le nègre dans le tramway », Analyse|url= https://bonomots.wordpress.com/2021/06/07/__trashed-4__trashed/|date= 07/06/2021|site= bonomots.wordpress.com|consulté le=8 novembre 2021}}

=== Saint-John Perse ===

* Le mensonge
{{Citation bloc|''Déjà au chapitre du « feu » Fels explique que «Le mensonge n’a ici rien de négatif. Bien au contraire, il constitue l’essence même de l’art et (...) de l’oeuvre poétique. Son absence entraînerait presque la non-existence de l’oeuvre poétique...». Reste que Saint-John Perse semble avoir été sa vie durant un grand affabulateur prenant un malin plaisir à fourvoyer/mystifier son entourage et ses lecteurs autant qu’à se mentir à lui-même (ou à se chercher, ce qui est souvent pareil)''.|{{Lien web |langue= fr|auteur= Giulio-Enrico Pisani|titre= Anabase de Perse relu par Laurent Fels, note 6|url= https://jalelelgharbipoesie.blogspot.com/2010/01/anabase-de-perse-relu-par-laurent.html|date= 15 janvier 2010|site=jalelelgharbipoesie.blogspot.com|consulté le=8 novembre 2021}}.}}

* {{Google Livres|langue= fr|id= 5LyMYYP1n_EC|auteur= Laurent Fels|titre= Quête ésotérique et création poétique dans Anabase de Saint-John Perse|page= 40|surligne= inertie}}
* [http://sjperse.org/claisse.html LA CONSTELLATION DES VOIX , Saint-John Perse à voix haute, GEORGES CLAISSE - Présence et ampleur]

=== Neverland, espace poétique ===

==== Comparaison avec le traitement des lieux de vie d'Elvis Presley ====

[[Fichier:Elvis' birthplace Tupelo, MS 2007.jpg|100px|vignette|gauche|Elvis' birthplace Tupelo, Mississippi]]

;Tupelo, Mississippi, lieu de naissance
* [https://www.youtube.com/watch?v=8eLSKsNCb4Q Tour of Elvis Presley Birthplace in Tupelo, Mississippi]
* [https://www.youtube.com/watch?v=xLxXXT-6xFM Où vivait Elvis Presley - les emplacements Tupelo des maisons Presley avant Memphis]. Cette vidéo nous permet de comprendre comment les Presley ont migré dans Tupelo au cours de la jeunesse d'Elvis Presley avant de s'installer à Memphis. Et comment leurs lieux de vie s'inserrent aujourd'hui dans une politique patrimoniale comtemporaine. C'est une démarche archéologique dans une perspective économique cumulative que nous voyons se dérouler dans cette vidéo.
* [https://www.youtube.com/watch?v=eRYaFNbvcmE Elvis Presley premières années à Memphis - Maison de la famille Presley à Lauderdale Courts, Memphis]

;Graceland
Graceland est située à 
 * [https://www.youtube.com/channel/UCi4SbM0aGJEiLewv7eDTV8A The Lisa Marie Presley f].-  [https://www.youtube.com/watch?v=RgbOjhacqQw Lisa Marie Presley on Oprah (2006,Graceland tour)]


=== La Ménagerie de Neverland ===
[[Fichier:François de Belleforest.- Cosmographie universelle, De la création du monde.png|100px|vignette|gauche|François de Belleforest.- Cosmographie universelle, De la création du monde, 1575.]]
[[Fichier:Adam et Ève au Paradis Terrestre.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Johann Wenzel Peter|Johann Wenzel Peter, 1745-1829]].- Adam and Eve in the Garden of Eden]]
==== Les Singes de Alexandre Dumas, père ====
[[Fichier:Dumas, son singe Mle Desgarcins et son perroquet Buvat.png|100px|vignette|gauche|[[s:Page:Dumas, Marie - Histoire de mes bêtes, 1878.djvu/21|Dumas, son singe Mle Desgarcins et son perroquet Buvat]].]]

==== 1934 - Les pigeons de  Joséphine Baker ====
[[Fichier:Louis Gaudin - Casino de Paris - Josephine Baker 1930.jpg|100px|vignette|gauche|Louis Gaudin.- Joséphine Baker et son léopard, Affiche pour le Casino de Paris, 1930]]
[[Fichier:À la page, l'hebdomadaire des jeunes.- Comment on nettoyera la France.png|100px|vignette|gauche|À la page : l'hebdomadaire des jeunes - 12 juillet 1934, {{Gallica|id=bpt6k958401v|f=13|pp=14}}]]

 * [[w:Joséphine Baker|Joséphine Baker]], 3 juin 1906 à Saint-Louis (Missouri) - 12 avril 1975 dans le 13e arrondissement de Paris.

# Les pigeons de  Joséphine Baker, {{Gallica|id=bpt6k9584040|f=2|pp=2}}
# N'allez pas voir la vicieuse Joséphine Baker, {{Gallica|id=bpt6k958388z|f=4|pp=4}}
# &quot;''Le Vésinet, Mardi 3 juillet à 10 heures du matin...&lt;br&gt;Chiron a donné le départ ;  Biscot n’est plus qu’une vedette de second plan et Joséphine Baker très loin déjà dans les annales du Tour de France''&quot;, Etape du tour de France du 3 juillet 1934 — Qui est Chiron&lt;ref&gt;[[w:Louis Chiron|Louis Chiron]] ?&lt;/ref&gt; ? Qui est Biscot ? Que vient faire Joséphine Baker au Vésinet à 10 heures du matin ?  À la page : l'hebdomadaire des jeunes - 12 juillet 1934, {{Gallica|id=bpt6k958401v|f=13|pp=14}}
# A qui l'honneur, {{Gallica|id=bpt6k958355s|f=2|pp=2}}, À la page : l'hebdomadaire des jeunes - 1933-07-06 
# Qu'est-ce que le Tour ? {{Gallica|id=bpt6k958355s|f=2|pp=2}}, À la page : l'hebdomadaire des jeunes - 1933-07-06 - Page 2
# Les acrobaties de Joséphine, {{Gallica|id=bpt6k958234d|f=5|pp=5}}, À la page : l'hebdomadaire des jeunes - 1931-02-19 - Page 5
# La charité, {{Gallica|id=bpt6k9583298|f=12|pp=12}}, À la page : l'hebdomadaire des jeunes - 1933-01-05 - Page 12

==== Actrice du mouvement de la Renaissance de Harlem, 1918 - milieu des années 1930 ====
[[w:Joséphine_Baker#Actrice_du_mouvement_de_la_Renaissance_de_Harlem|Actrice du mouvement de la Renaissance de Harlem, 1918 - milieu des années 1930]]

 * {{Lien web |langue= en-us|auteur= Columbus Museum of Art|titre= I, Too, Sing America : The Harlem Renaissance at 100|url= https://www.columbusmuseum.org/i-too-sing-america/|date= 19 octobre 2018|site= Columbusmuseum.org|consulté le= 2 décembre 2021}}
 ** {{en-us}}{{YouTube|y34EPRpePTw|Columbusmuseum.- I, Too, Sing America: The Harlem Renaissance at 100, October 19, 2018}}, 25 oct. 2018. &quot;''Guest Curator and nationally renowned author Wil Haygood talks about the Harlem Renaissance and the I, Too, Sing America exhibition at Columbus Museum of Art. On view October 19, 2018 - January 20, 2019 at Columbus Museum of Art''.&quot; 
 ** {{Lien web |langue= en-us|auteur= Shira Wolfe|titre= Art Movement : Harlem Renaissance|url= https://magazine.artland.com/art-movement-harlem-renaissance/|date= 2018|site= Magazine.artland.com|consulté le= 2 décembre 2021}}

===== Le rire des femmes : histoire d'une conquête =====

 * {{Lien web |langue= fr|auteur= Sabine Melchior-Bonnet, Marina Bellot|titre= Le rire des femmes : histoire d'une conquête|url= https://www.retronews.fr/societe/interview/2021/11/23/le-rire-des-femmes-sabine-melchior-bonnet|date= 23 novembre 2021|site= retronews.fr|consulté le= 2 décembre 2021}}

=== L'oeuvre de Allan Rohan Crite et les rêves d'enfance de Michaël Jackson ===
[[Fichier:American-cities-145.jpg|100px|vignette|gauche|[[c:File:American-cities-145.jpg|Allan Rohan Crite (African-American artist).- Douglass Square, Boston, 1936]].]]
[[w:en:Allan Crite|Allan Rohan Crite (''Allan Crite'')]]

 ** La question de l'école : {{Lien web |langue= en-us|auteur= Allan Rohan Crite (African-American artist)|titre= School's Out, 1936, Smithsonian American Art Museum|url= https://americanart.si.edu/artwork/schools-out-5965|date= 2012|site= americanart.si.edu|consulté le= 2 décembre 2021}}

=== Anthropomorphisme et identification ===
[[Fichier:Ernst Haeckel.- Anthropogenie, singe.png|100px|vignette|gauche|Primates &amp; humain dans un arbre&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= |auteur= Ernst Heinrich Philipp August Haeckel|titre= Anthropogenie, Primates|url= https://archive.org/details/bub_gb_bWRvMI1b_i8C/page/n555/mode/2up|date= |site= Internet archive.org|consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/ref&gt;]]

==== Bubbles, animal de compagnie du King of Pop ====
[[Fichier:Affe vor Skelett.jpg|100px|vignette|gauche|Gabriel von Max (1840-1915).- Singe devant un squelette]]
[[w:en:Bubbles (chimpanzee)|Bubbles (chimpanzee)]] ; [[w:en:Bubbles (singe)|Bubbles (singe)]]

{{Citation bloc|Le Chimpanzé, Pan, est un genre de Singes appartenant à la famille des Hominidés. Ce genre comprend deux espèces : le Chimpanzé commun (Pan troglodytes) et le Chimpanzé nain, plus connu sous le nom de Bonobo (Pan paniscus). Ces hominidés d'Afrique équatoriale sont les animaux génétiquement les plus proches d’Homo sapiens.|[[w:Chimpanzé|Wikipédia]].}}

Michael Jackson acquiert un chimpanzé commun né en 1983 à Austin (Texas) pour lui éviter un destin de cobaye dans un centre de recherche du Texas qui le destinait à l'expérimentation animale. Bubbles devient à 8 mois l'animal de compagnie du King of Pop au milieu d'un ménagerie digne de l’[[w:Arche de Noé|Arche de Noé]], d'abord à Encino&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= en|auteur= Rachelmj|titre= 4641 Hayvenhurst Avenue, Encino – Los Angeles, Californie|url= https://onmjfootsteps.com/2019/11/01/onmjfootsteps-michael-jackson-dans-sa-maison-dencino/|date= 5 février 2014|site= Onmjfootsteps.com|consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/ref&gt;, ensuite à [[w:en:Neverland Ranch|Neverland]].

Un an après le décès de Michaël Jackson, Bubbles fait l'objet d'un documentaire&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= |auteur= Jo Scofield|titre= Michael Jackson and Bubbles : The Untold Story, TV Movie, 2010|url= https://www.imdb.com/title/tt1684912/fullcredits?ref_=tt_ov_st_sm|date= 2010|site= imdb.com|consulté le=29 octobre 2021}}&lt;br&gt;Voir le film complet : [https://my.mail.ru/mail/alla_minibaeva/video/_myvideo/213.html.&lt;/ref&gt; qui sera diffusé par [[w:Animal Planet|Animal Planet TV]], intitulé &quot;''Michael Jackson and Bubbles''&quot; et diffusé le 25 Juin 2010&lt;ref&gt;Animal Planet TV.- Michael Jackson and Bubbles (Documentary), June 25, 2010 :&lt;br&gt;
{{YouTube|43Ceyoa95HY|drshepp.- Michael Jackson and Bubbles Animal Planet Documentary, 1/5}}, (10:05), 21 juil. 2010&lt;br&gt;
{{YouTube|zV_W8qBCFtc|drshepp.- Michael Jackson and Bubbles Animal Planet Documentary, 2/5}}, (10:06), 21 juil. 2010&lt;br&gt;
{{YouTube|sTEmdpP7qKo|drshepp.- Michael Jackson and Bubbles Animal Planet Documentary, 3/5}}, (10:06),21 juil. 2010&lt;br&gt;
{{YouTube|W1EaJo-Tlbo|drshepp.- Michael Jackson and Bubbles Animal Planet Documentary, 4/5}}, (10:05), 21 juil. 2010&lt;br&gt;
{{YouTube|_mO0rca8pMI|drshepp.- Michael Jackson and Bubbles Animal Planet Documentary, 5/5}}, (03:24), 21 juil. 2010&lt;br&gt;&lt;/ref&gt;. [[w:La Toya Jackson|La Toya Jackson]], soeur aînée de Michaël, [[w:Mark Lester|Mark Lester]], l'ami de toujours&lt;ref&gt;{{YouTube|QrXipGZBgrY| The Late Late Show (Irish).- Mark Lester on allegations against Michael Jackson}}, 15 février 2019&lt;br&gt;{{YouTube|nvm_YsU1TI0|Studio 10.- Mark Lester Looks Back On 'Oliver!' &amp; His Friendship With Michael Jackson}}, 11 décembre 2018&lt;/ref&gt;, la psychologue Sari Shepphird&lt;ref&gt;{{Lien web |langue=en|auteur= Sari Shepphird, psychologue|titre= Michael Jackson &amp; BDD: “Body Dysmorphic Disorder|url= http://blogs.britannica.com/2009/07/michael-jackson-bdd-body-dysmorphic-disorder/|date= 10 juillet 2009|site= blogs.britannica.com|consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/ref&gt;, [[w:Carole Jahme|Carole Jahme]], psychologie évolutionnaire, interviennent dans le documentaire.

La ménagerie de Michaël Jackson apparaît dans le short film ''[[w:Leave Me Alone |Leave Me Alone]]'' de l'album Bad. Bubbles tient son rôle, enchaîné à un lourd boulet&lt;ref&gt;{{YouTube|crbFmpezO4A| Michael Jackson.- Michael Jackson, ''Leave Me Alone, Official Video''}}, 3 oct. 2009.&lt;/ref&gt;.

En 2016, Bubbles est le sujet du dixième titre et quatrième single, &quot;Bubbles Burst&quot;&lt;ref&gt;'''Lyrics:''' {{Lien web |langue=en|auteur= The Claypool Lennon Delirium|titre= Bubbles Burst, Album : &quot;The Monolith Of Phobos&quot;|url= https://www.azlyrics.com/lyrics/claypoollennondelirium/bubblesburst.html|date= 2016|site= AZLyrics|consulté le=29 octobre 2021}}&lt;/ref&gt; de l'album &quot;The Monolith Of Phobos&quot; par The Claypool Lennon Delirium. Le clip sort la même année&lt;ref&gt;{{YouTube|nxH8Bc0cHok|TCLDeliriumVEVO.- The Claypool Lennon Delirium, Bubbles Burst, Official Video}}, 3 juin 2016&lt;/ref&gt;.

==== Bibliographie Bubbles ====

 * [https://education.l214.com/portrait-animal-bubbles-chimpanze-star-michael-jackson Bubbles, le chimpanzé qui voulait être libre]
 * [[w:Flocon de Neige (gorille)|Flocon de Neige (gorille)]], unique albinos connu de son espèce, capturé en 1966, il séjourne au [[w:Parc zoologique de Barcelone|Parc zoologique de Barcelone]] jusqu'à sa mort en 2003.

== Michaël Jackson, les trompettes de Jericho ==

{{Citation bloc|What nothing strange about your daddy, it was strange what you daddy had to deal with, but he dealt with it anyway. He dealt with it for us.|Reverend Al Sharpton to Michael’s kids, at Michael’s funeral&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=TMTEs1SvsGA Michael Jackson Memorial Service - Rev. Al Sharpton speeche] ; [https://www.youtube.com/watch?v=_MAKLq865bk Voir également 2]&lt;/ref&gt;.}}

=== Les combats pour les &quot;Black artists&quot; aux combats pour Michaël Jackson ===

* 2002 - {{Lien web |langue= en|auteur= Jennifer Vineyard|titre= Michael Jackson Shocks Al Sharpton... Singer accuses Sony Music chairman of conspiring against black artists|url= https://www.mtv.com/news/1455976/michael-jackson-shocks-al-sharpton-by-calling-tommy-mottola-a-racist/|date= 07/08/2002|site= |consulté le=13 novembre 2021}}


== Michaël Jackson : Accusations, dépositions, procès ==
[[Utilisateur:Ambre Troizat/Deuxième partie avec Michaël Jackson/Michaël Jackson, Accusations, Dépositions, Procès|Michaël Jackson : Accusations, dépositions, procès]]

=== Mode de vie non conforme ===

{{Citation bloc|1979, un python dans l'intimité d'un foyer français&lt;br&gt;
 — C'est la journée mondiale des [[w:Serpentes|serpent]]s ! Si les [[w:Reptile|reptile]]s fascinent les hommes depuis toujours, il n'est pas courant d'en rencontrer dans l'intimité d'une famille française, à des milliers de kilomètres de leur habitat naturel. Une passion de tous les instants, qui n'est pas sans dangers. Alors, ça vous dirait de partager votre salon avec un [[w:Python molurus|python molure]] de 4 mètres de long ?|INA.- Un python dans l'intimité d'un foyer français,1979&lt;ref&gt;[https://m.ina.fr/layout/set/html/contenus-editoriaux/articles-editoriaux/1979-un-python-dans-l-intimite-d-un-foyer-francais 1979, un python dans l'intimité d'un foyer français] Rédaction Ina le 14/04/2020 à 17:40. Dernière mise à jour le 15/07/2021 à 16:29.&lt;/ref&gt;}}

*  {{bibliographie|Q108600847}}, &lt;!-- Il était une fois Michael Jackson --&gt;

=== Désordre de la peau, désordre social ===
[[Fichier:Winnie Harlow Cannes 2018.jpg|100 px|vignette|gauche|Winnie Harlow Cannes 2018]]
[[Utilisateur:Ambre_Troizat/Deuxième_partie_avec_Michaël_Jackson/Michaël_Jackson,_Accusations,_Dépositions,_Procès#Désordre_de_la_peau,_désordre_social|Désordre de la peau, désordre social : Lupus, Vitiligo &amp; Blanchiment de la peau]]

== Méthodologie ==
;[[w:Ethnométhodologie|Ethnométhodologie]]

=== Lecture rapide &amp; mind mapping ===
 * [https://www.youtube.com/watch?v=p9jEL_LgAm4 Tony Buzan présente le mind map, sous-titres français]
 * [https://www.youtube.com/watch?v=xqwVPQ2VZtQ TONY BUZAN - DERNIÈRE INTERVIEW EXCLUSIVE]
 * Magistra.- [https://www.paperblog.fr/3027332/le-roi-de-la-pop-mickael-jackson-s-est-offert-les-services-du-pape-du-mind-mapping-tony-buzan Le roi de la pop, Mickaël Jackson, s’est offert les services du pape du mind mapping, Tony Buzan], Paperblog.fr, 30 mars 2010.

===== Méthodologie =====
;[[w:Ethnométhodologie|Ethnométhodologie]]

 Tout est déjà là :

{{Citation bloc|Des polémiques et des scandales, Michael Jackson en a eu beaucoup. Les principaux, ce furent les accusations de pédophilie. Les deux seules affaires qui sont sorties officiellement, rendues publiques respectivement le 17 août 1993 et le 18 novembre 2003, n'ont jamais rien prouvé dans un sens ou dans un autre, et se sont terminées, comme souvent aux États-Unis, par une transaction (transaction du 25 janvier 1994, et classement sans suite par la justice le 22 septembre 1994, et acquittement le 13 juin 2005 pour la deuxième affaire).|{{Lien web |langue= fr|auteur=Sylvain Rakotoarison|titre= Mickael Jackson, l’enfant-roi de la scène mondiale|url= https://www.paperblog.fr/8939067/mickael-jackson-l-enfant-roi-de-la-scene-mondiale/|date= 24 juin 2019|site=  Magazine Société, paperblog.fr|consulté le=6 novembre 2021}}.}}

* Circa 2008 - {{Lien web |langue= en|auteur= Aphrodite Jones|titre= A Change of Heart... An interview with Aphrodite Jones|url= http://www.reflectionsonthedance.com/Interview-with-Aphrodite.html|date= 2008|site= reflectionsonthedance.com|consulté le=14 novembre 2021}}&lt;ref&gt;[[w:Aphrodite Jones|Aphrodite Jones]] : Fox News Correspondent and New York Times Best-Selling Author. Michael Jackson Conspiracy est sorti le 13 juin 2007. La traduction en français est publié le 26 mai 2008, sous le titre : &quot;''Le complot contre Michael Jackson''&quot;&lt;/ref&gt;

== Lecture rapide &amp; mind mapping ==
 * [https://www.youtube.com/watch?v=p9jEL_LgAm4 Tony Buzan présente le mind map, sous-titres français]
 * [https://www.youtube.com/watch?v=xqwVPQ2VZtQ TONY BUZAN - DERNIÈRE INTERVIEW EXCLUSIVE]
 * Magistra.- [https://www.paperblog.fr/3027332/le-roi-de-la-pop-mickael-jackson-s-est-offert-les-services-du-pape-du-mind-mapping-tony-buzan Le roi de la pop, Mickaël Jackson, s’est offert les services du pape du mind mapping, Tony Buzan], Paperblog.fr, 30 mars 2010.

;Documents

{{Citation bloc|Publié en 1946 sous le pseudonyme de Vernon Sullivan, le sulfureux roman noir de Boris Vian raconte la vengeance d'un métis dans le Sud des États-Unis. Il vaudra à son auteur une véritable cabale judiciaire pour « outrage aux bonnes mœurs ».|Boris Vian devant un buste à l'effigie de Vernon Sullivan, Combat, 1948 - source : RetroNews-BnF&lt;ref&gt;[https://www.retronews.fr/arts/echo-de-presse/2020/09/17/le-scandale-de-jirai-cracher-sur-vos-tombes-de-boris-vian?fbclid=IwAR1Aq5bfcwl918xyg8m6GuAiT9-IxHO2F3totYk9Y8jvGpjyk3V2aPHCv5U Boris Vian devant un buste à l'effigie de Vernon Sullivan, Combat, 1948 - source : RetroNews-BnF]&lt;/ref&gt;}}.}}

* [[w:King Jouet|King Jouet]], histoire de la firme
* [http://jouet.org/histoire.html Histoire de l’industrie du jouet]. Les jouets commandés par [[w:Félicité de Genlis|Madame de Genlis]] pour les enfants du duc d'Orléans.

&lt;nowiki&gt;* {{YouTube||}} * {{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=12 novembre 2021}}&lt;/nowiki&gt;
* 2002 - {{Lien web |langue= en|auteur= Jennifer Vineyard|titre= Michael Jackson Calls Baby-Dangling Incident A 'Terrible Mistake''I would never intentionally endanger the lives of my children,' Jackson said in a statement|url= http://www.mtv.com/news/1458799/michael-jackson-calls-baby-dangling-incident-a-terrible-mistake/|date= 20/11/2002|site= mtv.com|consulté le=29 octobre 2021}}
* 2019 - {{Lien web |langue= en|auteur= TheBlast Staff|titre= Michael Jackson’s Estate Slams Wade Robson While Shooting Down His Appeal in Abuse Case: ‘Overwhelming’ Evidence He’s Lying|url= https://theblast.com/c/estate-michael-jackson-wade-robson-appeal-response/|date=  April 5, 2019|site= theblast.com|consulté le=12 novembre 2021}}

* 1993 - [https://www.latimes.com/archives/la-xpm-1993-09-11-me-33944-story.html Allred Says She’s Off Jackson Case : Inquiry: Attorney refuses to say why she is no longer representing the 13-year-old boy who made allegations against the singer.]
* 2016 - [https://themichaeljacksonallegations.com/2016/12/26/the-medias-role-in-the-allegations-against-michael-jackson/ The Michael Jackson Allegations. A comprehensive discussion of the child abuse allegations against pop star Michael Jackson.] Voir les autres articles sur le même site
* 2019 - {{Lien web |langue= |auteur= Anna Lewis|titre= Here’s what Lisa Marie Presley has said about Michael Jackson’s sexual abuse allegations in the past|url= https://www.cosmopolitan.com/uk/entertainment/a26761668/leaving-neverland-michael-jackson-lisa-marie-presley-sexual-abuse-allegations/|date= 8 Mars 2019|site= cosmopolitan.com|consulté le=12 novembre 2021}}

* [https://michaeljackson-taraborrelli.blogspot.com/2009/08/michael-jackson-magic-madness-whole.html Michael Jackson: The Magic, the Madness, the Whole Story, 1958-2009 by J. Randy Taraborrelli - Review]
* Jean-Raphaël Bourge.- [http://gaadjou.joueb.com/news/le-genre-du-pedophile-analyse-de-la-construction-sociale-de-la-figure-du-pedophile#_ftn1 Le genre du pédophile : analyse de la construction sociale de la figure du pédophile]. '''''Voir la bibliographie'''''.
* Libération, Checknews, Robin Andraca.- [https://www.liberation.fr/checknews/2020/01/02/matzneff-les-signataires-d-une-petition-pro-pedophilie-de-1977-ont-ils-emis-des-regrets_1771174/?fbclid=IwAR2hfQN7xyiA1hutiCP4vjdg3KMyXXVjFkqjc5PFSs7kBeqdkeltTxXfB_Q Matzneff : les signataires d'une pétition pro-pédophilie de 1977 ont-ils émis des regrets ?], Question posée par le 26/12/2019, Publié le 2 janvier 2020 à 11h42
 [https://cheminstraverse-philo.fr/politique/voltaire-viol-violence/ Voltaire, viol, violence : les violences, et en particulier les violences sexuelles, infligées aux femmes]
 [https://www.marquis-de-sade.com/2013-09-12-lenfant-sade/ L'enfant Sade, roman]

=== Michaël Jackson, exil &amp; périgrination ===
{{Citation bloc|Il est plus facile de renverser un seau plein que de le remplir&quot;|[[w:Loi de Brandolini|Loi de Brandolini]]&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=Te8fcjWKCrw la force des fake Knews expliquée]&lt;/ref&gt;.}}

* 1905 - Van Maele, Martin (1863-1926).- La Grande danse macabre des vifs, {{BNF|123487281}}
[[Fichier:Marius Casadesus Les Caquets Polydor 1936.jpg|100px|vignette|gauche|''Les Caquets'', disque Polydor 1936&lt;ref&gt;{{Ouvrage|prénom1=Marius|nom1=Casadesus|titre=Les Caquets : rondo en Staccato pour violon. Chevalier de St-Georges, compositeur ; harmonisation par M. Casadesus : {{sp-|XVIII|-|XX}} : 1745-1936|lieu=Paris|éditeur=Polydor 524271|année=1936}}. {{BNF|37992857d}}, [https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k127486v Gallica 1] &amp; [https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k127486v/f2.media Gallica 2]&lt;/ref&gt;.]]
{{Citation bloc|L'expression &quot;[[w:Bataille_de_Jéricho#Les_trompettes_de_Jéricho|les trompettes de Jéricho]] est parfois utilisée pour désigner un bruit très fort, faisant trembler les murs.|fr.Wikipedia}}

{{Citation bloc|Est-ce l’aubaine que Michael Jackson attendait pour redorer son blason? Une chose est sûre: s’il y parvient, ce sera hors de cette Amérique dont il se sent aujourd’hui si éloigné qu’il n’a pas prévu de s’y produire au cours de sa tournée mondiale.
Tout un symbole.|Lorient le Jour.com&lt;ref&gt;[https://www.lorientlejour.com/article/233968/Le_vitiligo_de_Michael_Jackson_%2528photos%2529.html 1997 - Le vitiligo de Michael Jackson (photos)]&lt;/ref&gt;.- 16 juillet 1997.}}


 * 2000 - [https://www.leparisien.fr/culture-loisirs/michael-jackson-veut-incarner-edgar-poe-30-08-2000-2001595904.php Michael Jackson veut incarner Edgar Poe, 30 août 2000] ; [http://mjfrance.com/2000/06/ The Nightmares Of Edgar Alla Poe]
 ** [https://www.youtube.com/watch?v=5erikMaUlec Wanna Be Start in Something] à 08:23

[[Fichier:Pieter Bruegel de Oude - De val van Icarus.jpg|100px|vignette|gauche|vers 1558 - Pieter Bruegel de Oude - De val van Icarus.jpg]]

 * [https://onmjfootsteps.com/2013/05/01/le-1er-mai/ Les premiers mai mémorables de MJ]

=== 2008-2009 - This is it ===
[[Fichier:Carte heuristique relations Comte de Monte-Cristo de Dumas.jpeg|100px|vignette|gauche|&lt;small&gt;{{Centrer|Carte heuristique. Relations dans Le Comte de Monte-Cristo de Alexandre Dumas (père).}}&lt;/small&gt;]]

{{Citation bloc|— Maintenant, reprit Monte-Cristo, une seule chose inquiète le marquis Cavalcanti, c’est ce que vous avez fait pendant que vous avez été éloigné de lui ; c’est de quelle façon vous avez été traité par vos persécuteurs ; c’est si l’on a conservé pour votre naissance tous les égards qui lui étaient dus ; c’est enfin s’il ne vous est pas resté de cette souffrance morale à laquelle vous avez été exposé, souffrance pire cent fois que la souffrance physique, quelque affaiblissement des facultés dont la nature vous a si largement doué, et si vous croyez vous-même pouvoir reprendre et soutenir dignement dans le monde le rang qui vous appartient.|[[w:Alexandre Dumas|Alexandre Dumas]].- [[s:Page:Dumas - Le Comte de Monte-Cristo (1889) Tome 3.djvu/301| Le Comte de Monte-Cristo, Chapitre XVIII, Andrea Cavalcanti]].}}

* {{Lien web |langue= fr|auteur= Challenges|titre= Hulk entraîne Michael Jackson|url= https://www.challenges.fr/cinema/hulk-entraine-michael-jackson_530078|date= 15.06.2009|site= Challenges.fr|consulté le=29 octobre 2021}}
* {{YouTube|EEtrfhBoqBI|Associated Press .- Lou Ferrigno on Training With Michael Jackson}}, 1 juil. 2009
* {{Lien web |langue= fr|auteur= public.fr|titre= Mort de Michael Jackson : Lou Ferrigno affirme que Michael était au top deux semaines avant son décès !|url= https://www.public.fr/Dossiers/Mort-de-Michael-Jackson-le-proces-de-Conrad-Murray/Les-news-du-proces-de-Conrad-Murray/Mort-de-Michael-Jackson-Lou-Ferrigno-affirme-que-Michael-etait-au-top-deux-semaines-avant-son-deces-123453|date= 28 septembre 2011|site=public.fr |consulté le=7 novembre 2021}}

== Humanitarian ==

* 14, 1990 +  Michael Jackson  + Michael Jackson Good Scout Humanitarian Award+ Century Plaza Towers + Los Angeles.
* https://www.instagram.com/p/BvCmcyVhRsp/

 * For an extended [https://www.michaeljacksonslegacy.org/michael/michael-jacksons-humanitarian-work list of humanitarian work]
 * Joseph Vogel, Earth Song. Inside Michael Jackson’s Magnum Opus (New York 2012) 11
 * For a  list of awards

 * [https://www.youtube.com/watch?v=I4bcXjAdqis kacmagna, il y a 10 ans (from 2021)] — This is the 5th time I have noticed a MEDICAL ALERT BRACELET on Michaels Arm, anybody have any idea what Medical Alert was ON IT ?

== 2009 - Michaël Jackson, The last curtains, 2009 ==

{{Citation bloc|Kiss the day goodbye&lt;br&gt;And point me toward tomorrow&lt;br&gt;And wish me luck, the same to you&lt;br&gt; Won't regret, can't forget what I did for love|What I did for love&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=ypVLvkg3sQE Shirley Bassey - What I Did For Love (1979 Show)]&lt;/ref&gt;}}

=== 2009 - Disparition de Michaël Jackson ===
[[Fichier:Rixens Mort de Cléopâtre (inv 2004 1 138).jpg|100px|vignette|gauche|Jean-André Rixens.- La mort de Cléopâtre]]
[[Fichier:Orpheus death Louvre G416.jpg|100px|vignette|gauche|[[w:Orphée|Orpheus]] death, Louvre]]
{{Citation bloc|We don't see things as they are&lt;br&gt;We see things as we are|Anaïs Nin&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=oy3Dq72t0dQ&amp;t=3108s Michael Jackson in Japan 2007]&lt;/ref&gt;}}

{{Citation bloc|Personne ne parviendra à dire beaucoup plus qu'il n'aura vécu.|[[w:Frankétienne|Frankétienne]].- ''Mûr à crever'', 1995&lt;ref&gt;[https://www.etonnants-voyageurs.com/Franketienne-Mur-a-crever-1995.html Frankétienne,Étonnants Voyageurs, Port-au-Prince, 2016]&lt;/ref&gt;}}

==== Céline Dion ====

{{Citation bloc|(Céline Dion) : She must be the 1000th celebrity who said they were massively inspired be Michael. With so many celebrities loving him, he'll never be forgotten. And then there are also the fans...  :-)|Rim Nur, 7 years ago (from 2021, soit 2014), {{YouTube|Stk6BGiVeVs| annillop.- Celine Dion speak about Michael Jackson (Part of Oprah Show when Celine talks about Michael), 2010}}, 26 juil. 2010.}}


Karigan Byers
il y a 7 ans
{{Citation bloc|I like Michael Jackson because his music has more meaning than the music we have today and I'm only 13 years old. He really made the world a better place and fame never changed him. He never really made a fool out of himself. He was a great man and he had a god giving talent. I have a real respect for Michael. He was a pure genius! No one can ever come close to what he had. He was something special. People need to realize, we lost a LEGEND! 
He's gone...  But he will forever be in my heart💕 RIP The great King of pop Michael Jackson:)!❤️|Karigan Byers, 7 years ago (from 2021, soit 2014), {{YouTube|k8accntqRzY|Maryqueenmjj.- Michael Jackson &amp; Celine Dion &quot;''If you only believe''&quot;}}, s.d.}}

 * [https://www.dailymotion.com/video/x9ou6d Décès de Michaël Jackson : les réactions de Céline Dion, 2009]]
 ** &lt;nowiki&gt;{{Dailymotion|x9ou6d|Décès de Michaël Jackson : les réactions de Céline Dion, 2009|fr}}, 2009&lt;/nowiki&gt; 
 ** &lt;nowiki&gt;{{Dailymotion|x9ou6d|Décès de Michaël Jackson : les réactions de Céline Dion, 2009}}, 2009&lt;/nowiki&gt; 
 * {{YouTube|GOqdhff6Mqc|Toby.- Michael Jackson Vs. Celine Dion (Record Sales, Greatest Hits, Tours, Live Performances / Vocals)}}, 21 juin 2018
 * {{YouTube|d83FE-Y3KN0| CelineDionWeb.- Céline DION: Hommage Michael JACKSON à Vegas, Live in 2011}}, 24 janv. 2019
 * {{YouTube|Stk6BGiVeVs| annillop.- Celine Dion speak about Michael Jackson (Part of Oprah Show when Celine talks about Michael), 2010}}, 26 juil. 2010
 * {{YouTube|15H44uhALcw|MissTea.- Michael Jackson Watching Celine Dion Perform &quot;''Because You Love Me''&quot; at the World Music Awards 1996.}}, s.d.
 * {{YouTube|k8accntqRzY|Maryqueenmjj.- Michael Jackson &amp; Celine Dion &quot;''If you only believe''&quot;}}, s.d.

==== 2009 - Death by accident, homicide, murder ====

Barack Obama, 44e président des États-Unis, est en fonction depuis le 20 janvier 2009.

* 2009 - {{YouTube|9EX1yMNvk8o|M6, Reportage Express.- Michael Jackson : après sa mort ses proches révèlent l'enfer !}}, 22 mars 2019

===== Suicide ? =====
[[Fichier:Charles Ronot - Les derniers Montagnards.png|100px|vignette|gauche|[[w:Charles Ronot|Charles Ronot]].- Les Derniers Montagnards ou Les martyrs de prairial (1882), [[w:Musée de la Révolution française|Vizille, musée de la Révolution française]].]]
* [[w:Suicide|Suicide]]

Dans les ''[[w:Lettres persanes|Lettres Persannes]]'' de Montesquieu&lt;ref&gt;1765 - {{bibliographie|Q109410066}}&lt;br&gt;{{YouTube|qJIqjEIASRs|Yapi Florent Akichi.- Montesquieu, Lettres Persanes, Livre audio, première partie}}, 24 septembre 2018.&lt;br&gt;{{YouTube|EljWkUjOxfI|Yapi Florent Akichi.- Montesquieu, Lettres Persanes, Livre audio,  deuxième partie}}, 24 septembre 2018.&lt;/ref&gt;, ''[[s:Lettres_persanes/Lettre_76|la lettre 76]]'' écrite par Usbek à son ami Ibben, de [[w:Izmir|Smyrne]], Montesquieu pose la question du suicide. Ibben répond à Usbek dans [[s:Lettres_persanes/Lettre_77|la lettre suivante]] et lui dit ceci :

{{Citation bloc|''Si un être est composé de deux êtres, et que la nécessité de conserver l’union marque plus la soumission aux ordres du Créateur, on en a pu faire une loi religieuse ; si cette nécessité de conserver l’union est un meilleur garant des actions des hommes, on en a pu faire une loi civile.
De Smyrne, le dernier jour de la lune de Saphar, 1715''.|''[[w:Lettres persanes|Lettres Persannes]]'', [[s:Lettres_persanes/Lettre_77|Lettre 77]], Ibben à Usbek.}}

Or, Michaël Jackson est composé de plus de deux êtres.&lt;br&gt;
Ce qui nous invite à réfléchir sur le texte de Montesquieu et la psychologie de ses personnages&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= fr|auteur= Michel Balmont|titre= Les personnages dans les Lettres persanes (Les Persans)|url= http://michel.balmont.free.fr/pedago/persan/personnages.html|date= |site= michel.balmont.free.fr|consulté le=5 novembre 2021}}&lt;/ref&gt;. Ibben à Usbek sont deux Persans venus à Paris pour fuir les problèmes qu'ils rencontrent dans leur pays. Durant le séjour de neuf ans de Usbek à l'étranger, son sérail subit des évolutions que Usbek ne peut gérer de loin pas plus que ses commanditaires, les eunuques. La [[s:Lettres_persanes/Lettre_161|Lettre CLXI]], dernière lettre du roman épistolaire, apprend à Usbek que Roxane s'est suicidé&lt;ref&gt;{{YouTube|xlOJyycxme4|J'peux pas j'ai français.- Lettres persanes, Montesquieu - *Fiche de lecture*}}, 22 févr. 2021&lt;/ref&gt;.

=== 2009 - Qu'est-ce qui a tué le King of pop et pourquoi ? ===

{{Citation bloc|''Le drame sanitaire de la crise des opioïdes, masquée par celle due au Covid, et ses 81 000 morts par surdose aux Etats-Unis pour la seule année 2020, nous met en garde face à la prescription à grande échelle et à long terme de morphiniques. Les tombes de [[w:Prince (musicien)|Prince]], [[w:Michael Jackson|Jackson]] ou [[w:Whitney Houston|Whitney Houston]] sont les plus visibles d’un gigantesque cimetière où gisent un demi-million d’Américains.''|{{Lien web |langue= fr|auteur= Marc Lévêque&lt;ref&gt;Marc Lévêque est neurochirurgien et spécialiste de la douleur à [[w:Marseille|Marseille]], en France.&lt;/ref&gt;|titre= Douleur : &quot;Nous devons être en mesure d’offrir une autre culture que celle du médicament &quot;|url= https://www.lemonde.fr/sciences/article/2021/10/13/douleur-il-faut-sortir-du-tout-medicament_6098234_1650684.html|date= 13 octobre 2021|site= Lemonde.fr|consulté le=3 novembre 2021}}.}}

{{Citation bloc|''Personne n’est à l’abri de ce [[w:Opioïde#Histoire|poison]], [[w:Prince (musicien)|Prince]] en est mort, [[w:Tom Petty|Tom Petty]] aussi''.|{{Lien web |langue= fr|auteur= Georges Zeter|titre= Tramadol : Touche pas à mon Opioïde|url= https://www.agoravox.fr/tribune-libre/article/tramadol-touche-pas-a-mon-opioide-209342|date= novembre 2018|site= Agoravox.fr|consulté le=3 novembre 2021}}.}}

{{Citation bloc|''De multiples sources à [[w:Moline (Illinois)|Moline]] nous disent que Prince a été amené d'urgence à l'hôpital et que les docteurs lui ont fait une save shot (injection de neutralisation, NDLR), ce qui est typiquement administré pour contrecarrer les effets d'un opiacé'', poursuit le site{{M|À vérifier}}.|{{Lien web |langue= fr|auteur= Le Point.fr avec AFP||titre= Prince victime d'une overdose la semaine dernière ?|url= https://edwidgelafleur.weebly.com/actualiteacutes/prince-victime-dune-overdose-la-semaine-derniere|date= 22 avril 2016|site= Edwidgelafleur.weebly.com|consulté le=3 novembre 2021}}&lt;ref&gt;Source: Martha Rosenberg, Prince était-il la dernière victime des opioïdes ? 
{{Lien web |langue= en|auteur= Martha Rosenberg|titre= Was Prince the Latest Opioid Casualty?|url= https://www.commondreams.org/views/2016/05/08/was-prince-latest-opioid-casualty|date= May 8, 2016|site= Commondreams.org|consulté le=3 novembre 2021}}&lt;/ref&gt;.}} 

{{Citation bloc|{{en}} ''Already, a list of suspect doctors is circulating.  The could lead to a fallout resembling Conrad Murray, the doctor who injected the fatal last dose to Michael Jackson.&lt;br&gt;Another possibility is that Prince obtained the drugs illegally, possibly through a faked prescription.  Either way, the tragic death highlights the growing use of opioids in America.  Over the past few years, America has witnessed sharp spikes in heroin, potentially based on tightening regulations around legal painkiller prescriptions.  In that light, Prince’s tragic death is already being viewed as a wake-up call.''|{{Lien web |langue= en|auteur= Paul Resnikoff|titre= Here’s the Official Prince Autopsy Report|url= https://www.digitalmusicnews.com/2016/06/02/princes-autopsy-report/|date= June 2, 2016|site= DigitalMusicNews.com|consulté le=3 novembre 2021}}.}}

;Documents
 &lt;nowiki&gt;{{YouTube||}} ; {{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=3 novembre 2021}}&lt;/nowiki&gt;
 * [https://www.youtube.com/watch?v=Lc3fzQzsA00 What Killed the King of Pop?: The Death of Michael Jackson]
 * 2009 -  [https://www.youtube.com/channel/UCaWd5_7JhbQBe4dknZhsHJg WatchMojo.com] - [https://www.youtube.com/watch?v=XuYqUN9kzyI Ian Halperin discusses Michael Jackson], 17 sept. 2009
 * 2009 - [https://www.youtube.com/channel/UCfpuIIzbCv1K9IGcST2LkHA SimonSchusterUK].- [https://www.youtube.com/watch?v=Dy4XqBc-TIc UNMASKED - The Final Years of Michael Jackson] - [https://www.fnac.com/Ian-Halperin/ia275801/bio Ian Halperin]
 * 2010 -  Film : Michaël Jackson, [[d:Q12124604|Gone Too Soon]],  {{bibliographie|Q12124604}}
 * 2010 - {{bibliographie|Q108599127}} &lt;!-- Michael Jackson : les dernières années --&gt;
 * 2010 - {{Lien web |langue= |auteur= David Gardner for MailOnline|titre= Pin-cushion Jacko: Post mortem reveals 13 puncture marks on his body|url= https://www.dailymail.co.uk/tvshowbiz/article-1249818/Michael-Jackson-Post-mortem-reveals-13-puncture-marks-body.html|date= 10 February 2010|site= dailymail.co.uk|consulté le=3 novembre 2021}}
 * 2016 - Gala.fr.- [https://www.gala.fr/l_actu/news_de_stars/video_-_ian_halperin_michael_jackson_avait_ete_depouille_de_sa_fortune_186366  Ian Halperin : Michael Jackson avait été dépouillé de sa fortune]. 25 août 2009 (Mis à jour : 20 janvier 2016) ;
 * 2018 - Ian Halperin.- [https://www.youtube.com/watch?v=tC9S6C0nr8c Unmasked The Final Years of Michael Jackson Audiobook], Audiobook.

=== Michael Jackson Memorial Service. Documents ===

 * 2009 - {{YouTube|C5v4SIgJ8JE| Bolik Events, cbsnews.com.- '''Michael Jackson Memorial Service 1958-2009'''}}&lt;ref&gt;[[w:Randy Jackson (musicien américain, 1961-)|Randy Jackson]], plus jeune frère de Michaël, commente en plateau.&lt;/ref&gt;, 12 févr. 2020
 * [https://www.youtube.com/watch?v=C5v4SIgJ8JE&amp;t=5022s 01:23:42 • Rev. Al Sharpton.- Thank you Michaël]
 * [https://www.youtube.com/watch?v=C5v4SIgJ8JE&amp;t=2710s 45:10 • Queen Latifah reads &quot;We Had Him&quot; by Maya Angelou] ; [https://www.mjworld.net/news/2014/05/30/maya-angelos-poem-for-michael-jackson/ Maya Angelou’s Poem For Michael Jackson] ; [[W:Queen Latifah|Queen Latifah]]&lt;ref&gt;Le 7 juillet 2009, elle fait un discours au Staples Center de Los Angeles lors de la cérémonie d'hommage à Michael Jackson.&lt;/ref&gt; reads [https://www.youtube.com/watch?v=FIOq0yW-97g Maya Angelou.- &quot;We Had Him&quot; 
 * 2009 [https://www.youtube.com/watch?v=C5v4SIgJ8JE&amp;t=5820s 01:37:00 • Brooke Shields] ; [https://www.youtube.com/watch?v=dykXCSPJ9q8 Témoignage de Brooke Shields (sous titré en français) lors du Michael Jackson Memorial]
 * 2009 - [https://www.youtube.com/watch?v=zNG7ref8xVs Michael Jackson Wins the 'Lifetime Posthumous Achievement Award'], 2009

 * 2013 - Sandrine Cabut .- [https://www.lemonde.fr/culture/article/2013/07/21/michael-jackson-mort-sur-ordonnance_3450697_3246.html Michael Jackson, mort sur ordonnance], 21 juillet 2013
 * 2020 - France Culture.fr.- [https://www.franceculture.fr/emissions/fictions-le-feuilleton/michael-jackson-man-mirror-0 Michael Jackson.- The man in the mirror], Biographie en 5 épisodes, 05 octobre 2020.
 ** [https://www.franceculture.fr/emissions/fictions-le-feuilleton/michael-jackson-man-mirror-15-remember-me-0 Épisode 1 : Remember me]. La série commence par la mort de l’artiste, l'émotion des fans, l'incrédulité. Musique : Andrae Crouch.- Soon And Very Soon (We are going to see the king&lt;ref&gt;Andrae Crouch.- [https://www.youtube.com/watch?v=VxarZBxK0iQ Soon And Very Soon, Lyrics]&lt;/ref&gt;
 ** [https://www.franceculture.fr/emissions/fictions-le-feuilleton/michael-jackson-man-mirror-25-pourquoi-me-reveiller-0 Épisode 2 : Pourquoi me réveiller ?]. Le coté morbide continue dans une atmosphère fantastique. [[w:Dysmorphophobie|Dysmorphophobie]]. Musique : The Little Boy That Santa Claus Forgot&lt;ref&gt;[[w:Nat King Cole|Nat King Cole]].- [https://www.youtube.com/watch?v=DnDehBY7IdY The Little Boy That Santa Claus Forgot], Christmas Gold Collection, Lyrics&lt;/ref&gt;.

* Chris McGreal in Washington and Andrew Gumbel in Los Angeles.- [https://www.theguardian.com/music/2009/jun/28/al-sharpton-michael-jackson-death Michael Jackson: Al Sharpton flies in as battle joined over singer's death and legacy]. Questions grow over who was in the medical entourage that surrounded singer – and who provided the drugs, Sun 28 Jun 2009, [[w:Al Sharpton|Al Sharpton]].


;Tarak Ben Ammar.- Éclairage sur la vie &amp; la mort de Michaël Jackson
 * France 24.- [https://www.youtube.com/watch?v=jt0soZfmfmU Tarak Ben Ammar producteur de Michael Jackson], 
 * 2009 - Tarak Ben Ammar.- [https://www.youtube.com/watch?v=31E9-RLVAbI Michael Jackson était-il Mal entouré]
 * 2009 - Tarak Ben Ammar.- [https://www.youtube.com/watch?v=yfFwlXuXejc Michael Jackson remix Tribute]&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=yfFwlXuXejc Sabrina]  — &quot;Aujourd’hui on dirait que Michael Jackson avait le profil parfait pour attirer les pervers  narcissiques&quot;&lt;/ref&gt;, 
{{Citation bloc|Très accusateur, son ami et manager Tarak Ben Ammar a assuré sur Europe 1, après la mort de Michael Jackson : &quot;l''es criminels dans cette affaire sont les médecins''&quot;.|Rédaction Europe1.fr. Michael Jackson était entouré de &quot;médecins charlatans&quot;, 26 juin 2009&lt;ref&gt;[https://www.europe1.fr/international/Michael-Jackson-etait-entoure-de-medecins-charlatans-250484 Rédaction Europe1.fr.- Interview de Tarak Ben Ammar, 08h10, le 26 juin 2009, modifié à 14h44, le 22 décembre 2009]&lt;/ref&gt;.}}

* {{YouTube|R3TDeHCsfWk|Gloria Allred Talks About Michael Jackson's Personal Physician}}

2013 - Purepeople.com.- [https://www.purepeople.com/article/mort-de-michael-jackson-les-photos-macabres-de-sa-chambre-revelees_a122692/1 Mort de Michael Jackson : Les photos macabres de sa chambre révélées], 12 Juin 2013


* 2009 - [http://mjfrance.com/12-ans-deja/#comment-110973 Une du journal jamaïcain Daily Observer], Vendredi 26 juin 2009
* 2009 - Barbara Kaufman.- [https://onewordsmith.blogspot.com/2009/10/michael-thank-you-for-mirror-gift-from.html Michael Jackson : Thank You for the Mirror- more thoughts about Michael and &quot;This Is It&quot;], [https://onewordsmith.blogspot.com/search/label/A%20Thank%20You%20Letter%20to%20Michael%20Jackson A Thank You Letter to Michael Jackson], Octobre 2009.

* 2014 - [https://www.imdb.com/title/tt3422722/?ref_=nv_sr_srsg_5 Kill Them All (KTA)] is a stick-man action animated series about a boy who after witnessing his fathers murder begins a one man crusade to avenge his death. Creators : Michael N. Boakye &amp; Prince A. Boakye, 2014&lt;ref&gt;[https://mjjjusticeproject.wordpress.com/2014/01/05/liehorror-show-vendetta-of-michael-jacksons-son-blanket-revealed-in-terrifying-cartoon/ LIE:Horror show vendetta of Michael Jackson’s son ‘Blanket’ revealed in terrifying cartoon]. Posted on January 5, 2014 by MJJJusticeProject&lt;/ref&gt;.
* [https://www.youtube.com/watch?v=n1UI18csYKM Michael Jackson - L'histoire d'une tragédie]. Documentaire diffusé le 24 juin 2014 sur W9. Il ne raconte pas sa vie en profondeur, mais(entre autres) les détails et preuves de sa mort et des affaires de 1993 et 2003.
* 2019 : Prince Jackson a été diplômé de l’université de Loyola Marymount et se destine à une carrière dans les affaires en tant qu’entrepreneur.
* 2019? - [https://www.youtube.com/watch?v=asjYFxcD6GU Michael Jackson - The Womanizer]
* 2021 - [https://medium.com/lessons-from-history/the-actual-reason-behind-the-death-of-michael-jackson-ef0fa77d9e2b The Actual Reason Behind the Death of Michael Jackson], 10 août 2021

=== Le procès contre Conrad Murray ===

* {{YouTube|R3TDeHCsfWk|Gloria Allred Talks About Michael Jackson's Personal Physician}}
* &quot;Jackson Prosecutors internal war&quot;
** [https://clikngo.com/jackson-prosecutors-internal-war-essay Jackson prosecutors' Internal War Essay — Free Education]
Jackson prosecutors’ Internal War Essay. BS Top – Posner Chernoff Getty Images ; AP Photo Will the L.A. District Attorney ‘s office blow yet another large instance ‘ Gerald Posner on the internal conflicts that helped detain the charges expected against Dr. Conrad Murray today. Plus, read Gerald Posner ‘s study on Conrad Murray ‘s defence lawyer. Will they blow it once more? The ...
** [https://michaeljacksontwinsoul.blogspot.com/2015/09/michael-jacksons-murder-la-court-paper.html A Twin Soul's Story and Beyond: Michael Jackson's Murder]
In the document below, entitled &quot;Jackson Prosecutors' Internal War&quot;, you'll find that there were actual &quot;fights&quot; between the Bureau of Investigation in Jackson's death and the District Attorney's office. I would imagine looking back, that may have been because the investigative office probably knew what actually happened. Although as we do know now, it was the District Attorney himself that ...
https://michaeljacksontwinsoul.blogspot.com/2015/09/michael-jacksons-murder-la-court…

== 2015 - Le Martyre de saint Sébastien ==
&lt;gallery&gt;
File:Pietro Perugino cat71.jpg|[[w:Le Martyre de saint Sébastien (Le Pérugin)|Le Martyre de saint Sébastien (Le Pérugin), 1505]]
Fichier:Sodoma 003.jpg|[[w:Le Sodoma|Il Sodoma]].- Saint-Sébastien et la Madone]], 1525
File:Pietro della Vecchia - The martyrdom of St Sebastian.jpg|[[w:Pietro della Vecchia|Pietro della Vecchia]].- The martyrdom of St Sebastian, 1654
File:Bohumil Kubišta - Svatý Šebestián (1912).jpg|Bohumil Kubišta.- Saint Sébastien, 1912
&lt;/gallery&gt;

# [[c:File:Pietro della Vecchia - The martyrdom of St Sebastian.jpg|Pietro della Vecchia - The martyrdom of St Sebastian]]|Pietro della Vecchia - The martyrdom of St Sebastian.jpg
# [[c:File:Pietro Perugino cat71.jpg|Le Martyre de saint Sébastien (Le Pérugin)]]|[[w:Pietro Perrugino|Pietro Perrugino]].-[[w:Le Martyre de saint Sébastien (Le Pérugin)|Le Martyre de saint Sébastien (Le Pérugin)]]
# [[c:Le Sodoma|Il Sodoma]].- [[c:File:Sodoma 003.jpg|Saint-Sébastien et la Madone]]

=== L'homme à la cervelle d'or ===
&lt;br&gt;
&lt;br&gt;
[[Fichier:Musée Ingres-Bourdelle - Le songe d'Ossian, 1813 - Ingres - Joconde06070001439.jpg|center|300 px|vignette|&lt;center&gt;Ingres.- Le songe d'Ossian, 1813&lt;ref&gt;{{YouTube|7F-pyuBTBsU|Camille Saint-Saens, Bart Schneemann, Hautbois,  Paolo Giacometti, piano.- ''Le lever de la lune''}}, {{en}} [[w:Camille Saint-Saens|Camille Saint-Saens]].- The rise of the Moon, song transcribed for oboe, and piano, recorded in April 1997.&lt;/ref&gt;&lt;/center&gt;]]
&lt;br&gt;
&lt;br&gt;
Voir les témoignages de Tarak Ben Ammar

=== Personne ne me connaît réellement ===
[[Fichier:Pietro della Vecchia - The palm reader.jpg|100px|vignette|gauche|Pietro della Vecchia - The palm reader]]
* [https://www.youtube.com/watch?v=-GoHyHOp3Bw 20 heures, le JT de France 2  :  émission du 27 juin 2009]
* [[s:Lettres_de_mon_moulin/La_légende_de_l’homme_à_la_cervelle_d’or|L'homme à la cervelle d'or]] : [https://www.youtube.com/watch?v=U3Xx2JfKiu0 20h, le JT France 2 du 26 juin 2009 - Mort de Michael Jackson - Archive vidéo INA]. 

== 2021 - Les méthodes du journaliste Martin Bashir mis en cause ==

 * 2021 - Capucine Trollion.- [https://www.rtl.fr/culture/medias-people/lady-diana-la-bbc-va-verser-1-5-million-de-livres-de-dedommagement-a-la-famille-royale-7900061822 Lady Diana : la BBC va verser 1.5 million de livres de dédommagement à la famille royale]. VU DANS LA PRESSE - En mai dernier, le journaliste Martin Bashir a reconnu qu'il avait utilisé des méthodes malhonnêtes pour interviewer la princesse de Galles en 1995, RTL, publié le 17/08/2021 à 12:33 . Rechercher aussi avec &quot;Lady Diana + BBC + Martin Bashir&quot;
{{Citation bloc|Le journaliste était peu connu à l'époque mais avait par la suite enchaîné sur une carrière à succès, interviewant notamment Michael Jackson. La pop star aujourd'hui décédée s'était plainte auprès du régulateur audiovisuel britannique, accusant Martin Bashir d'avoir donné une image déformée de son comportement et de sa conduite en tant que père.| People, International, Publié le 23/05/2021 à 08:06&lt;ref&gt;[https://www.ladepeche.fr/2021/05/23/interview-de-lady-di-en-1995-le-journaliste-de-la-bbc-martin-bashir-sexcuse-9561442.php ladepeche.fr 2021/05/23 Interview de lady Di en 1995 : Le journaliste de la BBC, Martin Bashir, s'excuse]&lt;/ref&gt;.}}
 * 2021 - [https://www.starmag.com/news-people/une-femme-pretend-etre-mariee-au-fantome-de-michael-jackson-476915.html Michael Jackson : Sa famille réclame une enquête sur son interview choc avec Martin Bashir]

* [https://www.booska-p.com/new-michael-jackson-de-nouveaux-inedits-venir-n158441.html Des inédits de MJ bientôt sur les plates-formes ? Cela dépend de Sony.]

== Michaël Jackson. On stage for ever ==
{{Citation bloc|'''''Les amours et la mort du pauvre oiseau'''''.&lt;br&gt;Saint-Georges possédait le sentiment musical au plus haut degré, et l’expression de son exécution était son principal mérite. Un morceau qui lui valut de grands succès sur le violon, c’était Les Amours et la mort du pauvre oiseau. La première partie de cette petite pastorale s’annonçait par un chant brillant, plein de légèreté et de fioritures ; le gazouillement de l’oiseau exprimait son bonheur de revoir le printemps, il le célébrait par ses accents joyeux.&lt;br&gt;Mais bientôt après venait la seconde partie où il roucoulait ses amours. C’était un chant rempli d’âme et de séduction. On croyait le voir voltiger de branche en branche, poursuivre la cruelle qui déjà avait fait un autre choix et s’enfuyait à tire d’ailes.&lt;br&gt;Le troisième motif était la mort du pauvre oiseau, ses chants plaintifs, ses regrets, ses souvenirs où se trouvaient parfois quelques réminiscences de ses notes joyeuses. Puis sa voix s’affaiblissait graduellement, et finissait par s’éteindre. Il tombait de sa branche solitaire ; sa vie s’exhalait par quelques notes vibrantes. C’était le dernier chant de l’oiseau, son dernier soupir|Louise Fusil.- Souvenirs d’une actrice&lt;ref&gt;[https://fr.wikisource.org/wiki/Souvenirs_d%E2%80%99une_actrice/Tome_1/10 Louise Fusil.- Souvenirs d’une actrice]&lt;/ref&gt;}}

=== Gestion de l'héritage de Michaël Jackson ===

=== Les fans ===

==== 45e anniversaire de MJ ====

 * 2003 - {{YouTube|22f6rKs05Zk| Peter Midani.- For The First Time Ever, This is a Special Gift To The Fans}}, 28 mai 2021
 ** 2003 - {{Lien web |langue= en|auteur= Michaël|titre= Michaël Jackson devant ses fans (Anniversaire)|url= https://www.youtube.com/watch?v=22f6rKs05Zk&amp;t=4574s|date= 2003|site= youtube.com|Consulté le=9 novembre 2021}}
 * 2003 - {{YouTube|ldP-Uk5FD_c|Nalonso68jackson MJJ channel.- Michael Jackson 45th birthday Party, 2003}}, 11 juil. 2018

==== Un duel entre artistes : L'affaire Eminem's Just Lose It , 2004 ====

{{Citation bloc|''Jackson says the video is racist''|2004 - {{Lien web |langue= en|auteur= Bryanna Bevens|titre= Michael Jackson And Eminem, And The SPLC, Oh My !|url= https://vdare.org/articles/michael-jackson-and-eminem-and-the-splc-oh-my|date= 23 novembre 2004|site= vdare.org|consulté le=10 novembre 2021}}.}}
 * 2004 - {{YouTube|wi1SoxCVDCs| Pharaoh speaks over the top impressions.- Stevie Wonder (né en 1950) checked Eminem for disrespecting Michaël Jackson, 2004}}, 20 janv. 2019
 * 2004 - {{YouTube|nDcqnJwZils|TheMJQuotes.- Michael Jackson Responds To Eminem's &quot;Just Lose It&quot;}}, 23 janv. 2015
 * {{YouTube|Iro4QiCwyUA| Diverse Mentality.- Michael Jackson Vs Eminem : What REALLY Happened ?}}, 16 mai 2021. Les fans de Michael Jackson interviennent dans un différent entre lui et Eminem. Liens avec le catalogue de Michael Jackson.
 ** 2004 - {{YouTube|9dcVOmEQzKA|Eminem - Just Lose It, Official Music Video, 2004}}, 25 déc. 2009. On y trouve une série de très belles images de Michaël Jackson. (ThaAlmighty*59 — &quot;''...when Eminem dissed Michael Jackson, MJ bought Eminem’s entire catalogue and got paid everytime Em performed'', 2021&lt;sup&gt;(?)&lt;/sup&gt;&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= fr|auteur= nrj.fr|titre= Eminem : retour sur sa brouille avec Michael Jackson |url= https://www.nrj.fr/artistes/eminem/actus/eminem-retour-sur-sa-brouille-avec-michael-jackson-71314647|date= 18 janvier 2019|site= nrj.fr|consulté le=10 novembre 2021}}&lt;br&gt;2021 - {{Lien web |langue= en|auteur= Paul Sacca|titre= MJ Vs. Slim Shady : Why Did Michael Jackson Buy The Rights To Eminem’s Music ?|url= https://brobible.com/culture/article/eminem-michael-jackson-beef-music/|date= 26 July 2021|site= brobible.com|consulté le=10 novembre 2021}}&lt;/ref&gt;.

===Après le décès de MJ ===

==== L'état de la question un mois après le décès de Michaël Jackson ====

* {{Lien web |langue= fr|auteur= Claudine Mulard |titre= Michael Jackson : enquête policière pour homicide et gros contrats posthumes déjà signés|url= https://www.lemonde.fr/culture/article/2009/08/16/michael-jackson-enquete-policiere-pour-homicide-et-gros-contrats-posthumes-deja-signes_1228889_3246.html|date= 16 août 2009|site= Lemonde.fr|consulté le=29 octobre 2021}}

==== Documents ====
* {{YouTube|3O0D6MvWFf4| Queen Official.- Queen Greatest Hits II - Freddie Mercury, The Show Must Go On (Remastered 2011)}}, 27 juil. 2018. Freddie Mercury est décédé le 24 novembre 1991.
* 2010 - [https://www.purepeople.com/article/les-enfants-de-michael-jackson-en-interview-il-etait-le-meilleur_a67496/1 Les enfants de Michael Jackson en interview avec Oprah Winfrey] : ''Il était le meilleur'' !, 09 Novembre 2010
* 2012 - Michael Jackson Immortal Walk of Fame - Justin Bieber Prince Blanket Paris Jackson
** 2012 -  Huffpost.com.- [https://www.huffpost.com/entry/michael-jackson-joins-hol_n_1236608 Michael Jackson Joins Hollywood’s Most Honored At Grauman’s Chinese Theater], 27 janvier 2012. Prince Michael I a 14 ans, Paris, 13 et Prince Michael II, 9, à l'époque. La vidéo du Huffpost est de bonne qualité. Voir également :
* [https://www.youtube.com/watch?v=fRTUkqnuSQQ Michael Jackson s Children Honor Dad in Los Angeles, Walk of Fame, Chinese Theatre]
* Pop &amp; Hiss, The L.A. Times music blog[https://latimesblogs.latimes.com/music_blog/2012/01/michael-jackson-graumans.html Michael Jackson's legacy set in concrete at Grauman's], 26, janvier  2012
* 2013-2021 - [https://www.michaeljackson.com/michael-jackson-one/ Michaël Jackson One] depuis juin 2013

 * 2011- 2014 - [[w:en:Michael Jackson : The Immortal World Tour|Michael Jackson: The Immortal World Tour]], avec le Cirque du Soleil, October 2, 2011 - August 31, 2014. [[w:en:Michael_Jackson:_The_Immortal_World_Tour#Shows|Les étapes]]

* 2018 - Lauren Malka.- [https://www.lepoint.fr/pop-culture/musique/michael-jackson-les-dessous-d-un-mythe-artistique-23-07-2018-2238291_2946.php  Michael Jackson, les dessous d'un mythe artistique]. La musicologue Isabelle Petitjean a rédigé une thèse sur la star, qui a su, selon elle, refuser tous les cloisonnements pour devenir un artiste total. Analyse. Le Point.fr, 23 juillet 2018

Le chanteur américain Michael Jackson sur scène à Lyon en 1997.
© PASCAL GEORGE / AFP/PASCAL GEORGE
Par Lauren Malka 
 * 2019 - [https://www.grandpalais.fr/fr/article/michael-jackson-derriere-le-masque Michael Jackson : derrière le masque !], Exposition Michael Jackson : On the Wall !, Grand Palais, 2019. [https://www.grandpalais.fr/fr/article/derniers-jours-pour-lexposition-michael-jackson-wall Voir la vidéo] &amp; [Disparition de Michaël Jackson ici]. [https://www.youtube.com/watch?v=Hw1PuzlTqbA L'expo a débuté le vendredi 23 novembre 2019]. [https://www.youtube.com/watch?v=Hw1PuzlTqbA Au Grand Palais, Michael Jackson est devenu un vrai sujet d'art contemporain].

 - {{YouTube|RaRaUjzD-as|Elvis Presley.- Where No One Stands Alone - Duet with Lizza Marie Presley}}, Official Music Video produced by Joel Weinshanker, Lisa Marie Presley and Andy Childs

==== Bibliographie ====
* 1992 - {{bibliographie|Q108396457}} &lt;!-- Martinsville Seven and southern justice --&gt;
*  2012 - {{bibliographie|Q108783707}}, 1 juin 2012 &lt;!--  Randall Sullivan.- Untouchable : The Strange Life and Tragic Death of Michael Jackson --&gt;

== Postérité ==

=== Qui est Michaël Jackson en 2019 ===

* {{Lien web |langue= en|auteur= Dr. Yomna Sameer|titre= The Psychology of Michael Jackson: The Real Man behind the Mask|url= https://medium.com/@yomna.sameer/the-psychology-of-michael-jackson-the-real-man-behind-the-mask-210e762c49dd|date=  Mar 25, 2019|site= medium.com|consulté le= 4 juin 2022}}


=== La mémoire de Michaël Jackson en 2021 ===

;[[w:Synchrétisme|Synchrétisme]]
 * {{YouTube|IfiewclaeJE| Xyana ღ In Loving Memory of Michael Jackson.- Michael Jackson, Happy Halloween 2021🔴 2 Bad + Ghosts + Thriller}}, 29 oct. 2021

;Bibliographie

* 2015 - {{bibliographie|Q108406116}}, sociologie &lt;!-- Le mort saisit le vif, le vif saisit le mort --&gt;

==== Publication posthume : questions de droits d'auteur ====

{{Citation bloc|«Behind The Mask»&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=5bOkWTprifg&amp;t=256s Michael Jackson - Behind the Mask (Official Video)]&lt;/ref&gt; que l’on trouve sur l’album l’album posthume de 2010 devait à la base se trouver sur «Thriller». Reprise de Yellow Magic Orchestra, un groupe d’électro japonais, le titre est resté 28 ans dans les cartons à cause d’un problème de droits d’auteur.|«Behind The Mask»&lt;ref&gt;[https://www.nostalgie.fr/artistes/michael-jackson/actus/michael-jackson-decouvrez-le-clip-inedit-de-behind-the-mask-70168990 Le clip du titre «Behind The Mask» mis en ligne vendredi 3 août 2018]&lt;/ref&gt;.}}
* [https://www.virginradio.fr/pharrell-williams-son-etrange-histoire-avec-michael-jackson-a441965.html Pharrell Williams : Son étrange histoire avec Michael Jackson]

=== Répartition des revenus de Michaël Jackson ===
[[Fichier:Alex Gibney and the crew of Mr. Dynamite at the 74th Annual Peabody Awards.jpg|100px|vignette|gauche| Writer and Director Alex Gibney accepts the Peabody for Mr. Dynamite: The Rise of James Brown.]]

* [https://www.capital.fr/economie-politique/le-faramineux-pactole-des-ayants-droit-de-michael-jackson-depuis-sa-mort-1350978 Le faramineux pactole des ayants droit de Michael Jackson depuis sa mort]

==== Michael Jackson at the Funeral of James Brown ====

 * {{YouTube|K477djiX8po|shades29.- Michael Jackson at James Browns Funeral 2006 (short)}}, 14 oct. 2009
 * {{YouTube|UQ6HrlR1rak|LunaJo/Jolanda.- Michael Jackson at the Funeral of James Brown}} (t=277s), 24 mars 2018.

 * 2005 - {{bibliographie|Q110199627}} &lt;!-- James Brown, I Feel Good : A Memoir of a Life of Soul --&gt;
 * 2014 - {{bibliographie|Q110199176}} &lt;!-- James Brown et ‎Bruce Tucker.- James Brown : The Godfather of Soul --&gt;

== Conclusion ==
[[Fichier:Slavery abolition.svg|100px|vignette|gauche|Cartographie des abolitions de l'esclavage sur 1 millénaire]]
Tout au long de cette recherche nous avons cherché à comprendre comment  un être humain Afridescendant reçoit l'héritage de l'esclavage de ses ancêtres et, à travers toutes les embûches, se construit un destin hors du commun.

Faisons d'abord un état des lieux de la question entre 1948, date de la DUDH et 2009, date de la mort de Michaël Jackson.
 Documents :
 Cartographie des abolitions de l'esclavage &lt;https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Slavery_abolition.svg&gt;.
 A la lumière de ces deux pages : 
 * Timeline of abolition of slavery and serfdom : &lt;https://en.wikipedia.org/wiki/Timeline_of_abolition_of_slavery_and_serfdom?uselang=fr&gt; 
 * Chronologie de l'abolition de l'esclavage &lt;https://fr.wikipedia.org/wiki/Chronologie_de_l%27abolition_de_l%27esclavage&gt;.

=== I have done my job ===

Coco Rocha et Reuben James.- [https://www.gqmagazine.fr/promotion/le-pouvoir-des-passions-secretes-par-coco-rocha-et-reuben-james?fbclid=IwAR3NQLY2iUEg4nsmP_AmwC0iUIKbLEySTS-pmSRMwWnXXakvWfWQOoqr96U Le pouvoir des passions secrètes], film réalisé par ''GQ magazine.fr'', en collaboration avec la manufacture suisse de Haute Horlogerie Audemars Piguet.


[[File:Joseph-Marie Vien - L'Amour fuyant l'esclavage (2004 1 141).jpg|300px|vignette|centré|{{Centrer|Joseph-Marie Vien, 1716–1809&lt;br&gt;L'Amour fuyant l'esclavage}}]]

== Bibliographie ==

N.B. : [[w:Entertainment Tonight |Entertainment Tonight, (ET)]] est une émission d'information people américaine diffusée quotidiennement aux États-Unis, au Canada ainsi que dans plusieurs autres pays. Elle est diffusée depuis le 14 septembre 1981, 

 * Ajuan Mance.- [http://blackoncampus.com/2009/06/26/the-quotable-black-scholar-michael-eric-dyson-on-the-late-michael-jackson/ Michael Eric Dyson on the Late Michael Jackson], The Quotable Black Scholar, June 26th, 2009
 * 2012  -  {{bibliographie|Q108653403}} &lt;!-- Michael Jackson: Grasping the Spectacle --&gt;
 ** 2014 -  {{bibliographie|Q108653215}} &lt;!-- Christopher R. Smit (ed.), Michael Jackson, Grasping The Spectacle --&gt;

 * {{Lien web |langue= en|auteur= Setlist|titre= Michael Jackson Concert Setlists &amp; Tour Dates, Statistics|url= https://www.setlist.fm/setlists/michael-jackson-6bd6e252.html|date= 2021|site= setlist.fm|consulté le= 18 novembre 2021}}

* [https://www.thefreelibrary.com Recherche articles Michaël Jackson]

== Sites &amp; Blogs consacrés à Michaël Jackson ==

 [https://www.discogs.com/fr/label/143537-MJJ-Productions MJJ Productions] : Label associated with MJJ Productions Inc., founded by Michael Jackson.

=== Sites ===
* [https://billiejean.be/Site_Info/Site_Info.html Jean, Belgium Michaël Jackson fan site]
* [https://michaeljacksonstudies.org Michael Jackson Studies : The Journal of Michael Jackson Academic Studies]
* [https://michael-jackson.fandom.com/wiki/Michael_Jackson_Wiki  Fandom Michael Jackson wiki]
* [https://www.michaeljackson.com michaeljackson.com]. ©2021 MJJ Music. Powered by Sony Music Entertainment. All Rights Reserved.
** [https://www.michaeljackson.com/michael-jackson-one/ Michael Jackson ONE, 2013-2021]Cirque du Soleil and the Estate of Michael Jackson present Michael Jackson ONE, exclusively at Mandalay Bay Resort and Casino.
** [https://www.youtube.com/watch?v=9vc9O3Da7O4&amp;t=5s Michael Jackson ONE], Backstage at the Las Vegas Strip, The World Of MJONE, Cirque du Soleil
** [https://www.youtube.com/watch?v=9Hxh-D9EGrc&amp;t=7s Michael Jackson 25th 2021 Tribute 12 Years Without Michael]
** [ Michael Jackson 25th 2021 Tribute 12 Years Without Michael Discours du pasteur ?]
** [https://www.youtube.com/watch?v=m2I7-PgWDrY MICHAEL JACKSON - CIRQUE DU SOLEIL - LAS VEGAS 2017]
* [http://mjfrance.ovh/ mjfrance]. Par ordre chronologique
* [https://onmjfootsteps.com onmjfootsteps.com]
* [http://mjuniverse.free.fr/ Michaël Jackson Universe - L'Enclyclopédie francophone sur le Roi de la pop,]. Signature : L'équipe de Michaël Jackson Universe
* [https://michaelzine.com michaelzine.com]

;Le procès
* [https://mjtrial.skyrock.com Mjtrial.skyrock.com]

=== Blogs ===
* [https://eternamentemichaeljackson-moonlight.blogspot.com/ Eternamentemichaeljackson-moonlight]
* [https://its-all-for-love.blogspot.com Its-all-for-love.blogspot], 2009-2015
* [http://www.allforloveblog.com allforloveblog.com]
* [https://themurderofmichaeljackson.blogspot.com/ The Murder of Michael Jackson; The Cover Up &amp; Conspiracy]
** [https://www.youtube.com/watch?v=80eLpOcC3HQ&amp;t=1s The Murder of Michael Jackson; The Cover Up &amp; Conspiracy; DocumentaryOne] &amp; [https://www.youtube.com/watch?v=L11aX7sClEE The Murder of Michael Jackson; The Cover Up &amp; Conspiracy DocumentaryTwo]. &quot;''It was NOT Conrad Murray that killed Michael Jackson.  Michael Jackson's death was a planned event and hidden by the courts in LA''&quot;.

=== Chaînes Youtube ===

* [https://www.youtube.com/watch?v=jsjqSTrJaok Vous aimez Michael Jackson ? Bienvenue sur notre chaîne !] [https://www.youtube.com/c/thedetailchannel/featured The detail].
* [https://www.youtube.com/channel/UCGDgXd1yOEB4TbfUoR8ag2Q Salut Les Fans]
* The Official YouTube Channel of The King of Pop - [https://www.youtube.com/user/michaeljackson Michael Jackson].

; [https://www.youtube.com/channel/UCyQkgbGkdf7wqViwcwyQhpw SWG / SingleWhiteGlove]
* - Michaël Jackson (poem by),  SWG / SingleWhiteGlove.- [https://www.youtube.com/watch?v=sjMySD36GI0 Planet Earth], SWG Video Arrangement)
* - Michaël Jackson, SWG / SingleWhiteGlove.- Earth Song, HIStory, Video Version, SWG Extended Mix

=== Héritage &amp; legacy ===

* [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3901855/ Ludwig, Vincent and Salvador, or Le mort saisit le vif]
* Rollingstone.fr.- [https://www.rollingstone.fr/michael-jackson-lheritage/ Michael Jackson : l’héritage], 29/08/2021
* 2009 - {{bibliographie|Q108865624}} &lt;!-- La cérémonie commémorative de Michael Jackson --&gt;

{{Citation bloc|Netflix is at it again with new documentary “Inside the Mind: Michael Jackson”.&lt;br&gt;Despite having interviews with some of Michael Jackson collaborators and friends, it seems that this documentary is also based on pure speculations from director Zoran Trajkovic.|Admin Team, October 14, 2021&lt;ref&gt;[https://www.mjvibe.com/netflix-is-at-it-again-with-new-documentary-inside-the-mind-michael-jackson/ Mjvibe.com]&lt;/ref&gt;.}}

== Bibliographie ==

=== Les oeuvres littéraires de Michaël Jackson ===

 * 1987 - Michael Jackson.- The Best of: Words and Music by Michael Jackson, 1987
 * 1988 - Michael Jackson.- [https://www.google.fr/books/edition/Moonwalker/g4sfAAAACAAJ Moonwalker], 1988
 * 1992 - Michael Jackson.- [https://www.google.fr/books/edition/Dancing_the_Dream/_GV3U0-jKfsC  the Dream: Poems and Reflections], 1992
 * 2006 - Michael Jackson.- [https://www.google.fr/books/edition/My_World_the_Official_Photobook/wjYFAQAACAAJ My World - the Official Photobook], 2006
 * 2010 - {{bibliographie|Q2457954}}, Michael Jackson.- [https://www.google.fr/books/edition/Moonwalk/6Pyxd3HT6EEC Moonwalk], 2010&lt;!-- Michaël Jackson.- Moonwalk  --&gt;

* 1992 - Michael Jackson.- [https://www.google.fr/books/edition/SFX_Series/_BebGwAACAAJ SFX Series]: Michael Jackson, 1992

=== Sexualité humaine ===

Quelle était l'orientation sexuelle de Michaël Jackson ?

==== Homosexuel ? ====

{{Citation bloc|Une fois que &quot;Thriller&quot; a été déclaré le disque le plus vendu de tous les temps et que Jackson était sur la route pour sa tournée Victory, la controverse a atteint son paroxysme.|2021 - {{YouTube|F65aDGFSuMk|The detail.- Michael Jackson réagit aux rumeurs gays}}, 2 septembre 2021.}}

==== Homophobie &amp; mouvement Gay-Pride ====

==== Abus sexuels sur enfant &amp; mouvement Me-Too ====

Neverland Ranch, acquis en 1987

;2019 - Débat sur le film Leaving Neverland - 
{{Citation bloc|2019 - {{en}} This movie has elicited strong emotions in many and these emotions tend to interfere with critical thinking.|{{YouTube|h_bCSbPAzk0|Dr. Todd Grande.- Leaving Neverland : Was Michael Jackson Guilty ?}}, 13 mai 2019.}}
 * 2019 - {{YouTube|2KSvAG-lCUM|Kiten.- Leaving Neverland : Ce qu'on ne nous dit pas}}, 22 mars 2019.}}
 * 2019 - {{YouTube|hxZ24h6wqXs| MrZoréole1.- M6, Debat Leaving Neverland de Dan Reed with English subtitles&lt;ref&gt;Avec Dan Reed, réalisateur du documentaire , Olivier Cachin, journaliste écrivain, Helene Romano, psycholo, Hector Barjot&lt;/ref&gt;}}, 23 mars 2019
 * 2019 - {{Lien web |langue= en|auteur= Amelia McDonell-Parry|titre= Michael Jackson Child Sexual Abuse Allegations : A Timeline. It’s been 25 years since sexual molestation allegations broke about the King of Pop|url= https://www.rollingstone.com/culture/culture-features/michael-jackson-child-sexual-abuse-allegations-timeline-785746|date= 29 Janvier 2019|site= Rollingstone.com|consulté le=30 octobre 2021}}
 * 2019 - {{Lien web |langue= en|auteur= |titre= A timeline of Michael Jackson's relationships with Wade Robson and James Safechuck. Putting the allegations into chronological order|url= https://www.cosmopolitan.com/uk/entertainment/a26762732/michael-jacksons-wade-robson-james-safechuck-allegations-timeline/|date= 8 mars 2019 |site= Cosmopolitan.com|consulté le=30 octobre 2021}}
 * {{Lien web |langue= en|auteur= By BBC World News, Getty Images copyright|titre=Michael Jackson : Court dismisses lawsuit from accuser James Safechuck|url= https://majesticpr.com/michael-jackson-court-dismisses-lawsuit-from-accuser-james-safechuck/|date= October 21, 2020|site= majesticpr.com|consulté le=30 octobre 2021}}

;Utiliser le modèle &lt;nowiki&gt;{{YouTube||}} ou  {{Lien web |langue= |auteur= |titre= |url= |date= |site= |consulté le=30 octobre 2021}}&lt;/nowiki&gt;
 * 2019 - Anastasia Tsioulcas.- [https://www.npr.org/2019/03/05/699995484/michael-jackson-a-quarter-century-of-sexual-abuse-allegations?t=1633023820091 Michael Jackson : A Quarter-Century Of Sexual Abuse Allegations], 5 Mars 2019.
 * Dusty Baxter-Wright.- [https://www.cosmopolitan.com/uk/entertainment/a26762732/michael-jacksons-wade-robson-james-safechuck-allegations-timeline A timeline of Michael Jackson's relationships with Wade Robson and James Safechuck]. Putting the allegations into chronological order, 8 Mars 2019
 * Laura Jane Turner.- [https://www.digitalspy.com/tv/ustv/a27027590/leaving-neverland-james-safechuck-dates-wrong-train-dan-reed Leaving Neverland] : Why James Safechuck's testimony doesn't necessarily need to add up. Some are trying to discredit the controversial documentary, 03 avril 2019.
 *  TheBlast.- [https://theblast.com/c/estate-michael-jackson-wade-robson-appeal-response/ Michael Jackson’s Estate Slams Wade Robson While Shooting Down His Appeal in Abuse Case] : &quot;Overwhelming&quot; Evidence He’s Lying, 5 avril 2019

==== Mark Lester, ami de Michaël Jackson ====

Mark Lester, né le 11 juillet 1958 à Oxford, enfant star avec Oliver !

* 2016 - {{YouTube|75D1upajvy0|Loose Women on ITV.- Mark Lester And Daughter Harriet On Claims Michael Jackson Wanted To Marry Her At 12, broadcast on 26 juillet 2016}}, 26 juillet 2016
* 2019 - {{YouTube|iwKwD9oNj-E|This Morning on ITV and STV.- Mark Lester on Being Michael Jackson's Sperm Donor, Broadcast on 25 janvier 2019}}, 25 janv. 2019

== Postérité ==

* 2015 - {{bibliographie|Q108406116}}, sociologie &lt;!-- Le mort saisit le vif, le vif saisit le mort --&gt;

=== Les amis parlent de Michaël Jackson ===

{{Citation bloc|''Success, fame and fortune they're all illusions.&lt;br&gt;All there is that is real is the friendship that two can share.&lt;br&gt; — Michael Jackson in The Wiz''.|Ellen DeGeneres interviews Liza Minnelli on Michael Jackson.&lt;ref&gt;{{YouTube|x_xZX0AYbBk|Smelly Jackson.- Liza Minnelli : Everyone wanted to make money from Michael Jackson.}}, 16 sept. 2016&lt;/ref&gt;}}

=== Publication posthume : questions de droits d'auteur ===

{{Citation bloc|«Behind The Mask»&lt;ref&gt;[https://www.youtube.com/watch?v=5bOkWTprifg&amp;t=256s Michael Jackson - Behind the Mask (Official Video)]&lt;/ref&gt; que l’on trouve sur l’album l’album posthume de 2010 devait à la base se trouver sur «Thriller». Reprise de Yellow Magic Orchestra, un groupe d’électro japonais, le titre est resté 28 ans dans les cartons à cause d’un problème de droits d’auteur.|«Behind The Mask»&lt;ref&gt;[https://www.nostalgie.fr/artistes/michael-jackson/actus/michael-jackson-decouvrez-le-clip-inedit-de-behind-the-mask-70168990 Le clip du titre «Behind The Mask» mis en ligne vendredi 3 août 2018]&lt;/ref&gt;.}}
* [https://www.virginradio.fr/pharrell-williams-son-etrange-histoire-avec-michael-jackson-a441965.html Pharrell Williams : Son étrange histoire avec Michael Jackson]

=== Répartition des revenus de Michaël Jackson ===
[[Fichier:Alex Gibney and the crew of Mr. Dynamite at the 74th Annual Peabody Awards.jpg|100px|vignette|gauche| Writer and Director Alex Gibney accepts the Peabody for Mr. Dynamite: The Rise of James Brown.]]

* [https://www.capital.fr/economie-politique/le-faramineux-pactole-des-ayants-droit-de-michael-jackson-depuis-sa-mort-1350978 Le faramineux pactole des ayants droit de Michael Jackson depuis sa mort]

==== Michael Jackson at the Funeral of James Brown ====

 * {{YouTube|K477djiX8po|shades29.- Michael Jackson at James Browns Funeral 2006 (short)}}, 14 oct. 2009
 * {{YouTube|UQ6HrlR1rak|LunaJo/Jolanda.- Michael Jackson at the Funeral of James Brown}} (t=277s), 24 mars 2018.

 * 2005 - {{bibliographie|Q110199627}} &lt;!-- James Brown, I Feel Good : A Memoir of a Life of Soul --&gt;
 * 2014 - {{bibliographie|Q110199176}} &lt;!-- James Brown et ‎Bruce Tucker.- James Brown : The Godfather of Soul --&gt;

== Bibliographie ==

=== &quot;Atlantic history&quot; ou &quot;histoire atlantique&quot; ===

* 1947 - {{Bibliographie|Q109628248}} &lt;!--  Jacques Godechot, Histoire de l'Atlantique --&gt;
* 2001 - {{bibliographie|Q109629780}} &lt;!-- Silvia Marzagalli, Sur les origines de l'«Atlantic History» --&gt;
* 2012 - {{bibliographie|Q109631460}} &lt;!-- Alain Cabantous, Les historiens français et l'histoire atlantique --&gt;

=== Bibliographie  {{S|XVII}}, Michaël Jackson ===

 * 1641 {{bibliographie|Q86675449}} &lt;!--  La Belle esclave more --&gt;
 **  1930-2018 - {{bibliographie|Q107689031}} &lt;!-- Facsimilé de Negro Anthology, 1930 --&gt;.  [https://www.lemonde.fr/livres/article/2018/05/31/la-negro-anthology-ce-qu-etre-noir-de-peau-veut-dire_5307297_3260.html La « Negro Anthology » : ce qu’être noir de peau veut dire]. La nouvelle édition de ce livre mythique ressurgi des années 1930, conçu par l’égérie des surréalistes Nancy Cunard, rappelle la force des préjugés, et l’urgence d’en sortir. (Le monde

=== Bibliographie Henri Grégoire (1750-1831), Michaël Jackson ===

 *  [[d:Q7207384|1773]] - {{bibliographie|Q7207384}}, Voir Henri Grégoire.- [[s:De_la_littérature_des_nègres/8|De la littérature des nègres]], Maradan, 1808 (p. 197-272).

=== Bibliographie Gaston Bachelard (1884-1962), Michaël Jackson ===

 * 1938 - {{bibliographie|Q109478182}} &lt;!-- Gaston Bachelard.- La psychanalyse du feu --&gt;
 ** 2012 - {{bibliographie|Q109516618}} &lt;!-- Louisa Yousfi, La psychanalyse du feu, 1938 --&gt;
 * 1942 - {{bibliographie|Q3202802}} &lt;!-- Gaston Bachelard.- L'Eau et les Rêves --&gt; 
 ** ''1965'' - {{Lien web |langue= fr|auteur= Editions Jose Corti|titre=Gaston Bachelard, Les Essais, L'Eau et les Rêves |url= http://www.jose-corti.fr/titres/eau-et-reves.html|date= 1942|site= jose-corti.fr|consulté le=8 novembre 2021}}
 *  1943 - {{bibliographie|Q30739865}} &lt;!-- Gaston Bachelard.- L'Air et les Songes --&gt;
 ** ''1965'' - {{Lien web |langue= fr|auteur= Editions Jose Corti|titre=Gaston Bachelard, Les Essais, L'Air et les Songes |url= http://www.jose-corti.fr/titres/air-et-songes.html|date= 1943|site= jose-corti.fr|consulté le=8 novembre 2021}}
 * 1948 - {{bibliographie|Q109476516}} &lt;!-- Gaston Bachelard.- La Terre et les rêverie de la volonté --&gt;
 ** ''2018'' - {{Lien web |langue= fr|auteur= Gaston Bachelard|titre= La Terre et les rêverie de la volonté|url= http://liber-ego.byethost9.com/2018/02/22/1275/|date= 22 février 2018 |site= liber-ego.byethost9.com|consulté le=8 novembre 2021}}
 * 1948 - {{bibliographie|Q109476671}} &lt;!-- Gaston Bachelard.- La Terre et les rêverie du repos --&gt;
 * 1957 - {{bibliographie|Q109476804}} &lt;!-- Gaston Bachelard.- La poétique de l'espace --&gt;

==== Ouvrages à propos de Bachelard,  ====

 * 2000 - {{bibliographie|Q109517255}} &lt;!-- Bachelard dans le monde --&gt;
 * 2010 - {{bibliographie|Q109479501}} &lt;!-- Gaston Bachelard musicien : une philosophie des silences et des timbres --&gt;
 * 2020 - {{Lien web |langue= fr|auteur=Marie-Pierre Lassus&lt;ref&gt;musicologue, directrice d’un master Arts et responsabilités sociales à l’Université de Lille&lt;/ref&gt;|titre= Série Confinés avec... Gaston Bachelard (4 épisodes), Épisode 3 : Prendre l'air pour attraper les songes|url= https://www.franceculture.fr/emissions/les-chemins-de-la-philosophie/les-chemins-de-la-philosophie-emission-du-mercredi-11-novembre-2020|date= 11 novembre 2020|site= franceculture.fr|consulté le=8 novembre 2021}}


=== Bibliographie Saint-John Perse (1887-1975), Michaël Jackson === 

* 2009 - {{bibliographie|Q109473210}} &lt;!-- Laurent Fels.- Quête ésotérique et création poétique dans Anabase de Saint-John Perse --&gt;
 ** {{Google Livres|id=5LyMYYP1n_EC|titre= Laurent Fels.- Quête ésotérique et création poétique dans Anabase de Saint-John Perse|page= 40|surligne= inertie}}
 * 2017 - {{bibliographie|Q109474863}} &lt;!-- La polysémie poétique d’anabase chez Saint-John Perse : évocations, étymologie et botanique », Anabases --&gt;
 * 2020 - {{Lien web |langue= fr|auteur= Adèle Van Reeth, Gaston Bachelard|titre= Les Chemins de la philosophie. Confinés avec... Gaston Bachelard. Épisode 1 : Comment s'en sortir sans sortir ?|url= https://www.franceculture.fr/emissions/les-chemins-de-la-philosophie/confines-avec-gaston-bachelard-14-comment-sen-sortir-sans-sortir|date= 09/11/2020 |site= franceculture.fr|consulté le=8 novembre 2021}}

* Jean-Jacques Wunenburger.- L'imagination géopoïétique : espaces, images, sens, {{BNF|451744554}}

=== Bibliographie Michaël Jackson : les œuvres ===

==== Bibliographie : Les inteviews accordées par Michaël Jackson 1958-2009 ====

===== Interview avec Molly Meldrum =====

 * &quot;[[w:en:Geraldo Rivera|Geraldo Rivera]] and [[w:en:Molly Meldrum|Molly Meldrum]] were the only people who really treated Michael respectfully during an interview&quot;. — [https://www.youtube.com/watch?v=7u-Hl_K5nqQ   Caroline, Michael Jackson Interview with Geraldo Rivera].
 ** 1988 - {{YouTube|un77dJFNXPs|60 Minutes Australia.- Michael Jackson's first major TV interview with Molly Meldrum, Bad Tour, 1988 (short)}}, 25 juin 2018
 ** 1988 - {{en}} {{YouTube|nM06G8VfqjY|60 Minutes Australia.- Michael Jackson's first major TV interview with Molly Meldrum, Bad Tour, 1988 (short)}}, 25 juin 2018
 * 1996 - Pot pourri {{YouTube|nLt2dcdfhHo| Visionary, Michael Jackson.- Making HIStory in Australia Docu, &lt;ref&gt;full Molly Meldrum Interview at [https://www.youtube.com/watch?v=nLt2dcdfhHo&amp;t=913s 15;13]&lt;/ref&gt;, HIStory Tour 1996}}. ''Voir le montage de la statut en Australie''.
 * 1996 - {{YouTube|oz1-f4wzFT8|°•. KennikoldMJFan.- Michael Jackson interview Australie Molly Meldrum, 1996}}, 12 juin 2011. Où Molly Meldrum demande à Michaël Jackson une autographe sur un ouvrage à propos de l'insomnie (Wendy Tan — &quot;''The irony of him signing insomnia''&quot;, 2016.) 
 ** 1996 - {{YouTube|rVfyctg-q5k|brx8r.- Hey Hey It's Saturday - Molly interviews Michael Jackson, 1996}}, 27 sept. 2013. Molly Meldrum analyse son expérience

-*-*-

 * 1996 - {{YouTube|Hwq2aBP7PHE|annie mijac, Michael Jackson.- Rare full vh1 interveiw (Australie, l'année du mariage avec Debbie Row, 1996}}, 2 juillet 2018

-*-*-

 * 1979 - [https://www.youtube.com/watch?v=O2hMPdexJRg Michael Jackson Interview (1979)], [[d:Q866|Youtube]]
 * 1993 - [https://www.youtube.com/watch?v=NvR60pAg0JI Michael Jackson Full Oprah Interview (1993)], [[d:Q866|Youtube]]
 ** 1993 - [https://www.dailymotion.com/NNAfrica NegroNews].- [https://www.dailymotion.com/video/x7v3bxc Michaël Jackson s'exprime au sujet de sa couleur de peau et sa maladie, Oprah Interview (1993)], [[d:Q769222|Dailymotion]]
 * {{YouTube|Iro4QiCwyUA| Diverse Mentality.- Michael Jackson Vs Eminem : What REALLY Happened ?}}, 16 mai 2021. Les fans de Michael Jackson interviennent dans un différent entre lui et Eminem. Liens avec le catalogue de Michael Jackson.
 ** 2004 - {{YouTube|9dcVOmEQzKA|Eminem - Just Lose It, Official Music Video, 2004}}, 25 déc. 2009. On y trouve une série de très belles images de Michaël Jackson. (ThaAlmighty*59 — &quot;''...when Eminem dissed Michael Jackson, MJ bought Eminem’s entire catalogue and got paid everytime Em performed'', 2021&lt;sup&gt;(?)&lt;/sup&gt;&lt;ref&gt;{{Lien web |langue= fr|auteur= nrj.fr|titre= Eminem : retour sur sa brouille avec Michael Jackson |url= https://www.nrj.fr/artistes/eminem/actus/eminem-retour-sur-sa-brouille-avec-michael-jackson-71314647|date= 18 janvier 2019|site= nrj.fr|consulté le=10 novembre 2021}}&lt;br&gt;2021 - {{Lien web |langue= en|auteur= Paul Sacca|titre= MJ Vs. Slim Shady : Why Did Michael Jackson Buy The Rights To Eminem’s Music ?|url= https://brobible.com/culture/article/eminem-michael-jackson-beef-music/|date= 26 July 2021|site= brobible.com|consulté le=10 novembre 2021}}&lt;/ref&gt;.

-*-*-

 * 2010 - {{YouTube|hFoi2Z_fNcc| Ubong Ekpo, Bill Bellamy, Michael Jackson.- Bill Bellamy interview, ????}}, 31 août 2010. Une nouvelle conception de l'interview après la mort de Michaël Jackson ?

==== Bibliographie {{S|XX}}-{{S|XXI}}, Michaël Jackson ====

 * 1930-2018 - {{bibliographie|Q107689031}} &lt;!-- Facsimilé de Negro Anthology, 1930 --&gt;.  [https://www.lemonde.fr/livres/article/2018/05/31/la-negro-anthology-ce-qu-etre-noir-de-peau-veut-dire_5307297_3260.html La « Negro Anthology » : ce qu’être noir de peau veut dire]. La nouvelle édition de ce livre mythique ressurgi des années 1930, conçu par l’égérie des surréalistes Nancy Cunard, rappelle la force des préjugés, et l’urgence d’en sortir. (Le monde
 * 2009 - {{bibliographie|Q108698016}} &lt;!-- Ian Halperin.- Unmasked : the final years of Michaël Jackson --&gt;
 * 2010 - {{bibliographie|Q108348897}} &lt;!-- La mort de l'enfance --&gt;
 * 2011 - {{bibliographie|Q108200044}} &lt;!-- The Voice in the Mirror --&gt;
 * 2015 - {{bibliographie|Q108353299}} &lt;!-- La culture pop au panthéon des beaux-arts --&gt;
 * 2015 - {{bibliographie|Q108698016}} &lt;!-- Ian Halperin.- Unmasked : the final years of Michaël Jackson --&gt;{{Lien web |langue= en|auteur= Karin Merx, |titre= Michael Jackson’s Dream Lives On: An Academic Conversation|url= https://michaeljacksonstudies.org/podcasts/|date= 2015|site= michaeljacksonstudies.org|consulté le=5 novembre 2021}}, Podcasts 2015-2021
 * 2019 - {{bibliographie|Q109713068}} &lt;!-- Michael Jackson : le roman d'une légende --&gt;
 * 2020 - {{bibliographie|Q109570344}} &lt;!-- The Importance of Being Uncertain anglais --&gt;
 * 2021 - {{bibliographie|Q109442619}} &lt;!-- Sherrow O. Pinder.- Michael Jackson and the Quandary of a Black Identity --&gt;
 * 2021 - {{bibliographie|Q108295101}} &lt;!-- Marthe Hanau, la banquière des Années folles --&gt;
 * 2021 - {{bibliographie|Q109443258}} &lt;!-- Écrire l'histoire aujourd'hui --&gt;

==== Thèmes connexes ====

 * 2010 - [https://www.jpanafrican.org/archive_issues/vol3no7.htm The Journal of Pan African Studies, Volume 3 • Number 7 • 2010. Voir le plan], (A créer sur Wikidata)
 * 2014 - {{Lien web |langue= fr|auteur= Daniel Defert,  L'humanite|titre= Quand on questionne les marges, on arrive au cœur de la politique » Daniel Defert |url= https://www.humanite.fr/quand-questionne-les-marges-arrive-au-coeur-de-la-politique-daniel-defert-552167|date= Vendredi 19 Septembre 2014|site= humanite.fr|consulté le=29 octobre 2021}}

==== How Michaël Jackson get ATV catalogue by Paul McCartney ====

* {{YouTube|3jdB7Apk-R4|The detail.- Paul McCartney réfléchit à sa querelle avec Michael Jackson, 1981-1990}}, 
* {{Lien web |langue= en-us|auteur= Gil Kaufman|titre= A Timeline of Michael Jackson’s Best Bet: The Sony/ATV Catalog|url= https://www.billboard.com/music/music-news/timeline-michael-jacksons-best-bet-sony-atv-7262944/|date= 16 mars 2016|site= Billboard.com|consulté le= 7 décembre 2021}}
* {{Lien web |langue= |auteur= LunaJo/Jolanda|titre= Michael Jackson: The ATV Catalog and his Fight for Black Artists|url= https://www.youtube.com/watch?v=-CPjIgvFZQk&amp;list=PLJCGKxaxAED0KwIMFgnOKVeZLAvZdj9AN|date= 2020|site= youtube.com|consulté le= 7 décembre 2021}}

== Michaël Jackson et le Japon ===

 * {{YouTube|CWqRxOkvyrA| Hector Barjot.- FRS7-EP9 Michael Jackson Suzuki Collection, 2021}}, 18 décembre 2021

==== Esclavage et mémoire de l’esclavage en France ====

* 2016 - {{bibliographie|Q109569706}} &lt;!-- Samuel Ghiles-Meilhac, Qui parle pour les Noirs de France ? --&gt;

== Production littéraire depuis depuis 2009 ==

=== 2009, l'année de la mort === 
 * 2009 - Sylvie Laurent.- [https://laviedesidees.fr/Il-etait-une-fois-Michael-Jackson.html Il était une fois Michael Jackson, 29 juin 2009]
* 2009 - Gilette Leuwat.- [https://pourelle.grioo.com/ar,la_maladie_de_peau_de_michael_jackson_stop_aux_mensonges_par_gilette_leuwat,1948.html La maladie de peau de Michael Jackson : STOP AUX MENSONge Dumas.- Le comte de Monte-Cristo : 
 — Maintenant reprit Monte Cristo une seule chose inquiète le marquis Cavalcanti c'est ce que vous avez fait pendant que vous avez été éloigné de lui c'est de quelle façon vous avez été traité par vos persécuteurs c'est si l on a conservé pour votre naissance tous les égards qui lui étaient dus c'est enfin s'il ne vous est pas resté de cette souffrance morale à laquelle vous avez été exposé souffrance pire cent fois que la souffrance physique quelque affaiblissement des facultés dont la nature vous a si largement doué et si vous croyez vous même pouvoir reprendre et soutenir dignement dans le monde le rang qui vous appartient
 — Monsieur balbutia le jeune homme étourdi j espère qu aucun faux rapportNGES !], 10/07/2009.
* 2009 - Nathan Rabin.- [https://www.avclub.com/the-michael-jackson-tapes-by-rabbi-shmuley-boteach-1798218779 The Michael Jackson Tapes] by Rabbi Shmuley Boteach, 12/15/09, [https://www.amazon.fr/Michael-Jackson-Tapes-Intimate-Conversation/dp/1593156022 books], [https://www.amazon.fr/Michael-Jackson-Tapes-Intimate-Conversation/dp/1593156022#customerReviews Commentaires]
* 2009 - [https://www.blogger.com/profile/14859373169517442483 PMG.- [https://musicologymatters.blogspot.com/2009/07/ A Michael Jackson Bibliography], Musicology / Matters, Thursday, July 2, 2009
* 2009 - Ann Powers.- [https://latimesblogs.latimes.com/music_blog/2009/06/michael-jackson-a-performer-who-kept-transcending-boundaries.html Michael Jackson : A performer who kept transcending boundaries], Pop &amp; Hiss, The L.A. Times music blog, June 25, 2009
* 2009 - {{bibliographie|Q109462552}} &lt;!-- Michael Jackson, 1958-2009 --&gt;

=== 2010 ===
* 2010 - {{bibliographie|Q108487275}} &lt;!-- Michael Jackson, As Seen Through the Eye's of a Stranger --&gt;
* 2010 -  [https://www.jpanafrican.org/archive_issues/vol3no7.htm The Journal of Pan African Studies],  [[d:Q15755031|Journal of Pan African Studies: an international medium of African culture and consciousness]], Numéro spécial Michaël Jackson, Volume 3 • Number 7 • 2010.
The Journal of Pan African Studies
;2011
* 2011 - {{bibliographie|Q108200044}} &lt;!--  Isabelle Stegner-Petitjean et Michael Jackson.- The Voice in the Mirror --&gt;
* 2011 - {{bibliographie|Q107530888}} &lt;!--  La culture excentrique --&gt;

=== 2012 ===
* 2012 - [https://www.imdb.com/title/tt4232330/ Michael Jackson : Life, Death and Legacy] , Release date in United States of America : 2012 ; Release date on Youtube : 2018) [https://www.youtube.com/watch?v=Itpikn__PY4 (Full movie )] &quot;back through the life of Michael Jackson, from his debut on the professional music scene with the Jackson 5 in 1964 to his untimely death in 2009&quot;. Voir plus :  Release date on Youtube : 2019 - [https://www.youtube.com/watch?v=Uoa9x-92rOE Michael Jackson - Life, Death and Legacy (Documentary)]

=== 2013 ===
* 2013 - Schauder Silke.- «[https://www.cairn.info/revue-adolescence-2013-4-page-965.htm Le clip « Thriller » de Michael Jackson : une métamorphose négative du héros à l'adolescence ?]», Adolescence, 2013/4 (T. 31 n°4), p. 965-977. DOI : 10.3917/ado.086.0965.
* 2013 - {{bibliographie|Q108471323}} &lt;!-- Michael Jackson : fabrication d'un monstre --&gt; A comparer avec le Biasquat de la même édition
* 2013 - Florian Houssier.- [https://www.cairn.info/revue-adolescence-2013-4-page-995.htm Michael Jackson, de la danse lunaire au corps fétichisé]. Dans Adolescence 2013/4 (T. 31 n°4), pages 995 à 1004, DOI : 10.3917/ado.086.0995.

=== 2014 ===
* 2014 - {{bibliographie|Q28923931}} &lt;!--  Corps noirs et médecins blancs. Entre race, sexe et genre --&gt;
* 2014 -  Bill Whitefield and Javon Beard with Tanner Colby.- [https://www.goodreads.com/book/show/18467745-remember-the-time Remember the Time: Protecting Michael Jackson in His Final Days]. Available from Weinstein Books, a member of The Perseus Books Group.
* 2014 -  Isabelle Stegner-Petitjean.- [https://journals.openedition.org/volume/4102 Christopher R. Smit (ed.), Michael Jackson, Grasping The Spectacle], Dans Volume ! 2014/1 (10:2), pages 235 à 237
* 2014 -  Isabelle Stegner-Petitjean.- [https://journals.openedition.org/volume/4102 Christopher R. Smit (ed.), Michael Jackson, Grasping The Spectacle], Dans Volume ! 2014/1 (10:2), pages 235 à 237

=== 2015 ===
* 2015 - {{bibliographie|Q108556209}} &lt;!-- Xscape Origins --&gt;

=== 2016 ===
* 2016 - Omer Bhatti and Michael Jackson (1996-2009), [https://mjandboys.wordpress.com/ MJandboys Facts and stories], 23 April 2016
* 2016 - [https://www.mjfacts.com/ MJ Facts. An Objective View of Michael Jackson]
* 2016 - {{bibliographie|Q109417861}} &lt;!-- Elizabeth Amisu, The Dangerous Philosophies of Michael Jackson --&gt;
** 2017 - {{bibliographie|Q109418159}} &lt;!-- Elizabeth Amisu, The Dangerous Philosophies of Michael Jackson : His Music, His Persona, and His Artistic Afterlife --&gt;

=== 2018 ===
* 2018 - {{bibliographie|Q108197347}} &lt;!-- Les dynamiques raciales dans la production de Michael Jackson (1979-2001) --&gt;
** 2021 - {{bibliographie|Q112323642}} &lt;!-- Article scientifique. Les dynamiques raciales dans la production de Michael Jackson (1979-2001) --&gt;

=== 2019 ===
* 2019 - [https://www.google.com/search?q=sexualit%C3%A9+%2B+p%C3%A9dophilie+%2B+Micha%C3%ABl+Jackson&amp;tbm=bks&amp;ei=X_ErYdXkCIKQlwTd7LnwDA&amp;oq=sexualit%C3%A9+%2B+p%C3%A9dophilie+%2B+Micha%C3%ABl+Jackson&amp;gs_l=psy-ab.3...34971.44357.0.45565.18.18.0.0.0.0.68.992.18.18.0....0...1c.1.64.psy-ab..0.0.0....0.LIIONYdq02w  Annette Lévy-Willard.- Chroniques de la guerre du sexe aux Amériques, 2005 &amp; Emmanuel Pierrat.- Stars à la barre, 2019]
* 2019 - {{bibliographie|Q107742143}}, Baudelaire, poète tenaillé entre &quot;l'horreur de la vie et l'extase de la vie&quot; &lt;!-- Marie-Christine Natta.- Baudelaire --&gt;
* 2019 - Murielle-Isabelle CAHEN.- [https://www.murielle-cahen.com/publications/sample.asp Reconnnaissance d'un droit au sample]

=== 2020 ===
* 2020 - Clément Mathieu.- Dans les archives de Match. [https://www.parismatch.com/People/Michael-Jackson-pedophilie-proces-2005-1632957 En 2005, Michael Jackson face aux accusations de pédophilie]. Paris Match | Publié le 17/06/2020 à 21h00 |Mis à jour le 18/06/2020 à 21h52
* 2021 - [https://www.retronews.fr/arts/chronique/2020/06/18/peter-pan-grand-enfant-revolutionnaire Histoire d’un célèbre « grand enfant » révolutionnaire : Peter Pan]
* 2008 - {{bibliographie|Q109539134}} &lt;!-- Devenir adulte et rester enfant ? Relire les productions pour la jeunesse --&gt;

=== 2021 ===
2021 - Sabah Kaddouri&lt;ref&gt;Sabah Kaddouri - Chef de rubrique Luxe / Lifestyle Web &amp; Print - Rubriques Business, Entrepreneurs, Tech, Luxe, Lifestyle, Femme@Forbes, Journaliste Forbes France&lt;/ref&gt;.- Taj Jackson : &quot;[https://www.forbes.fr/lifestyle/taj-jackson-mon-oncle-michael-jackson-est-plus-que-jamais-vivant-dans-le-coeur-des-nouvelles-generations Mon oncle Michael Jackson est plus que jamais vivant dans le cœur des nouvelles générations]&quot;, 26 juin 2021
* 2021 -  {{bibliographie|Q108419999}} &lt;!--  Les apports artistiques de Michael Jackson : Un autre regard
* 2021 - {{bibliographie|Q108399380}} &lt;!--  Héritocratie : une histoire critique de la « méritocratie » à la française --&gt;

=== Sans date ===

* [https://www.paperblog.fr/recherche/?where=magazine&amp;query=Mickael+Jackson A revisiter : paperblog.fr qui fait des articles de bonne qualité]
* sd - Quora.com.- [https://www.quora.com/Was-Michael-Jackson-a-castrato Was Michael Jackson a castrato ?]. See also [https://michaeljacksonfans.quora.com/Has-anyone-ever-said-to-Micheal-Jackson-that-he-was-good-looking-or-beautiful-in-his-80s-What-was-his-reaction 1 : Plusieurs vidéos sur cette page.] 
* Sur la même page : Susan Diane Schreiber-Clarke Former self employed, May 5 : &quot;[https://michaeljacksonfans.quora.com/Has-anyone-ever-said-to-Micheal-Jackson-that-he-was-good-looking-or-beautiful-in-his-80s-What-was-his-reaction ''He used to say,”no I’m not, IThe Journal of Pan African Studies’m ugly.” That’s the truth]''''.
* [https://www.quora.com/He-seemed-to-rarely-get-angry-but-when-he-did-how-did-Michael-Jackson-lash-out-Did-he-yell-or-break-things-Or-did-he-even-curse Les colères de Michaël Jackson]
* [https://www.youtube.com/watch?v=4L9CcoG4iCs Michael Jackson et la CHIRURGIE PLASTIQUE Pourquoi ÇA A BEAUCOUP CHANGÉ ?]
* [[w:Recherche-action|Recherche-action]].

== Notes &amp; Références  ==
{{Références}}</text>
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  </page>
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    <title>Géométrie affine/Exercices/Barycentres</title>
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      <contributor>
        <username>Anne Bauval</username>
        <id>6580</id>
      </contributor>
      <minor />
      <comment>màj anticipée du sommaire</comment>
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      <text bytes="4500" xml:space="preserve">{{Exercice
  | idfaculté = mathématiques
  | numéro    = 3
  | chapitre  = [[../../Barycentres/]]
  | niveau    = 15
  | précédent = [[../Applications affines/]]
  | suivant   = [[../Thalès, Ménélaüs, Ceva et Desargues/]]
}}
==Exercice 3-1==
Soit &lt;math&gt;G&lt;/math&gt; le barycentre de &lt;math&gt;(A,a),(B,b),(C,c)&lt;/math&gt;. Montrer que &lt;math&gt;a\overrightarrow{AA'}+b\overrightarrow{BB'}+c\overrightarrow{CC'}=0&lt;/math&gt; si et seulement si &lt;math&gt;G&lt;/math&gt; est barycentre de &lt;math&gt;(A',a),(B',b),(C',c)&lt;/math&gt;.
{{Solution|contenu=
(Quitte à diviser &lt;math&gt;a,b,c&lt;/math&gt; par leur somme, on peut les supposer de somme 1, ce qui simplifie les notations.)
Soient &lt;math&gt;G'=aA'+bB'+cC'&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;M&lt;/math&gt; un point arbitraire, alors &lt;math&gt;\overrightarrow{GG'}=\overrightarrow{MG'}-\overrightarrow{MG}=(a\overrightarrow{MA'}+b\overrightarrow{MB'}+c\overrightarrow{MC'})-(a\overrightarrow{MA}+b\overrightarrow{MB}+c\overrightarrow{MC})=a\overrightarrow{AA'}+b\overrightarrow{BB'}+c\overrightarrow{CC'}&lt;/math&gt;.
}}

==Exercice 3-2==
Soient &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt; un triangle non aplati et &lt;math&gt;\alpha\beta\gamma&lt;/math&gt; le triangle obtenu en menant par chacun des sommets &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt; la parallèle à &lt;math&gt;BC,CA,AB&lt;/math&gt; (&lt;math&gt;\alpha&lt;/math&gt; opposé à &lt;math&gt;A&lt;/math&gt;, etc.)

Montrer que ces deux triangles ont même isobarycentre.
{{Solution|contenu=
Cette figure est pleine de parallélogrammes (dans un quadrilatère &lt;math&gt;(M,N,P,Q)&lt;/math&gt;, si &lt;math&gt;\overrightarrow{MN}=\overrightarrow{QP}&lt;/math&gt; — ou, ce qui est équivalent, si &lt;math&gt;\overrightarrow{MQ}=\overrightarrow{NP}&lt;/math&gt; — alors les côtés opposés sont évidemment parallèles deux à deux, mais c'est la réciproque — pour un quadrilatère non aplati — qu'on utilise ici ; exercice subsidiaire : la (re-)démontrer).

Deux d'entre eux donnent &lt;math&gt;\overrightarrow{B\gamma}=\overrightarrow{CA}=\overrightarrow{\alpha B}&lt;/math&gt;, donc &lt;math&gt;B=\frac{\alpha+\gamma}2&lt;/math&gt;. De même, &lt;math&gt;C=\frac{\alpha+\beta}2&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;A=\frac{\beta+\gamma}2&lt;/math&gt;.

Donc (par « associativité des barycentres ») &lt;math&gt;{A+B+C\over 3}=\frac{2\alpha+2\beta+2\gamma}6=\frac{\alpha+\beta+\gamma}3&lt;/math&gt;.
}}

==Exercice 3-3==
Soit &lt;math&gt;ABC&lt;/math&gt; un triangle ; on suppose que &lt;math&gt;A'&lt;/math&gt; divise le segment &lt;math&gt;BC&lt;/math&gt; dans le rapport &lt;math&gt;2&lt;/math&gt; à &lt;math&gt;3&lt;/math&gt; ([[wikt:c.-à-d.|c.-à-d.]] &lt;math&gt;{\overline{BA'}\over\overline{BC}}=2/3&lt;/math&gt;), que &lt;math&gt;B'&lt;/math&gt; divise le segment &lt;math&gt;AC&lt;/math&gt; dans le rapport &lt;math&gt;3/5&lt;/math&gt;, et que &lt;math&gt;(AA')&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;(BB')&lt;/math&gt; se coupent en &lt;math&gt;G&lt;/math&gt;. Déterminer &lt;math&gt;a&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;c&lt;/math&gt; tels que &lt;math&gt;G&lt;/math&gt; soit le barycentre de &lt;math&gt;(A,a),(B,1),(C,c)&lt;/math&gt;.
{{Solution|contenu=
(Vues les hypothèses, le triangle est non aplati). Il existe un unique &lt;math&gt;s\in\R&lt;/math&gt; tel que &lt;math&gt;G=sA'+(1-s)A=s{2C+B\over 3}+(1-s)A&lt;/math&gt; et un unique &lt;math&gt;t\in\R&lt;/math&gt; tel que &lt;math&gt;G=tB'+(1-t)B=t{3C+2A\over 5}+(1-t)B&lt;/math&gt;. Par unicité des coordonnées barycentriques de &lt;math&gt;G&lt;/math&gt; dans &lt;math&gt;(A,B,C)&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;1-s=2t/5,s/3=1-t,2s/3=3t/5&lt;/math&gt;, d'où &lt;math&gt;t=10/13&lt;/math&gt; (et &lt;math&gt;s=9/13&lt;/math&gt;), donc &lt;math&gt;G={4A+3B+6C\over 13}&lt;/math&gt; est barycentre de &lt;math&gt;(A,a),(B,1),(C,c)&lt;/math&gt; pour &lt;math&gt;a=4/3&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;c=6/3=2&lt;/math&gt;.
}}

==Exercice 3-4==
Soient &lt;math&gt;A,B,C&lt;/math&gt; non alignés, et &lt;math&gt;a,b,c&lt;/math&gt; trois réels non nuls de somme nulle. On désigne par &lt;math&gt;A'&lt;/math&gt; le barycentre de &lt;math&gt;(B,b),(C,c)&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;B'&lt;/math&gt; celui de &lt;math&gt;(C,c),(A,a)&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;C'&lt;/math&gt; celui de &lt;math&gt;(A,a),(B,b)&lt;/math&gt;. Montrer que les trois droites &lt;math&gt;(AA'),(BB'),(CC')&lt;/math&gt; sont parallèles.
{{Solution|contenu=
Exprimons &lt;math&gt;\overrightarrow{AA'}&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\overrightarrow{BB'}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\overrightarrow{CC'}&lt;/math&gt; en fonction par exemple de &lt;math&gt;b,c,\overrightarrow{AB},\overrightarrow{AC}&lt;/math&gt; :

&lt;math&gt;\overrightarrow{AA'}={b\overrightarrow{AB}+c\overrightarrow{AC}\over b+c}&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\overrightarrow{BB'}={c\overrightarrow{BC}+a\overrightarrow{BA}\over c+a}={b\overrightarrow{AB}+c\overrightarrow{AC}\over-b}&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\overrightarrow{CC'}={a\overrightarrow{CA}+b\overrightarrow{CB}\over a+b}={b\overrightarrow{AB}+c\overrightarrow{AC}\over-c}&lt;/math&gt;,

d'où &lt;math&gt;a\overrightarrow{AA'}=b\overrightarrow{BB'}=c\overrightarrow{CC'}&lt;/math&gt;.
}}

{{Bas de page
  | idfaculté = mathématiques
  | précédent = [[../Applications affines/]]
  | suivant   = [[../Thalès, Ménélaüs, Ceva et Desargues/]]
}}</text>
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    <title>Utilisateur:Ambre Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles</title>
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      <contributor>
        <username>Ambre Troizat</username>
        <id>8860</id>
      </contributor>
      <comment>/* Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien */ Agostino Brunias</comment>
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      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="8050" xml:space="preserve">== Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} &amp; {{S|XIX}} ==
[[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]]
[[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles]]

=== Peintres, séries &amp; lieux de conservation ===

 * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]&lt;ref&gt;{{en}} &quot;''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''&quot;. [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].&lt;br&gt;Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844.
&lt;/ref&gt;
 * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]]
 * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]]
 * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]&lt;ref&gt;2013 - {{bibliographie|Q113181845}} &lt;!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --&gt;&lt;/ref&gt;
 * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]]

=== Rapports politiques ===
&lt;gallery&gt;
File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique&lt;ref&gt; MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé &amp; général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 &lt;br&gt;Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :&lt;br&gt;ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle &amp; de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 &amp; lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.&lt;br&gt;Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle &amp; d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt &amp; fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis &amp; de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.&lt;/ref&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave
&lt;/gallery&gt;

=== Soumission par le corps ===

&lt;gallery&gt;
Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports de domination ===
&lt;gallery&gt;
File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé&lt;ref&gt;Voir les items Wikidata des auteurs&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;


=== Esclaves à talents ===

&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports marchands ===
&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue
File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775
&lt;/gallery&gt;

=== Synchrétisme culturel ===

&lt;gallery&gt;
File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum
File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation&lt;ref&gt;[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883&lt;/ref&gt;.
File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango
File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane
&lt;br&gt;
File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres 
&lt;/gallery&gt;

=== Familles interculturelles ===


==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ====

&lt;gallery&gt;
File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo
File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza
File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca
File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba.
&lt;/gallery&gt;


==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien  ====

&lt;gallery&gt;
File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764&lt;ref&gt;2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. &lt;!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --&gt;&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;

 '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family&lt;ref&gt;Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015&lt;/ref&gt;

== Notes &amp; Références  ==
{{Références}}</text>
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      <contributor>
        <username>Ambre Troizat</username>
        <id>8860</id>
      </contributor>
      <comment>/* Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} &amp; {{S|XIX}} */ Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée</comment>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="9113" xml:space="preserve">== Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} &amp; {{S|XIX}} ==
[[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles]]

=== Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée ===
[[Fichier:Hoved af en afrikaner.jpg|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]]

 '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- Histoire de Théagène&lt;ref&gt;[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?&lt;/ref&gt; et Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée
 * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]].
 * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée.
 * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]]

=== Peintres, séries &amp; lieux de conservation ===
[[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]]

 * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]&lt;ref&gt;{{en}} &quot;''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''&quot;. [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].&lt;br&gt;Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844.
&lt;/ref&gt;
 * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]]
 * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]]
 * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]&lt;ref&gt;2013 - {{bibliographie|Q113181845}} &lt;!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --&gt;&lt;/ref&gt;
 * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]]

=== Rapports politiques ===
&lt;gallery&gt;
File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique&lt;ref&gt; MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé &amp; général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 &lt;br&gt;Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :&lt;br&gt;ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle &amp; de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 &amp; lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.&lt;br&gt;Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle &amp; d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt &amp; fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis &amp; de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.&lt;/ref&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave
&lt;/gallery&gt;

=== Soumission par le corps ===

&lt;gallery&gt;
Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports de domination ===
&lt;gallery&gt;
File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé&lt;ref&gt;Voir les items Wikidata des auteurs&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;


=== Esclaves à talents ===

&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports marchands ===
&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue
File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775
&lt;/gallery&gt;

=== Synchrétisme culturel ===

&lt;gallery&gt;
File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum
File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation&lt;ref&gt;[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883&lt;/ref&gt;.
File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango
File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane
&lt;br&gt;
File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres 
&lt;/gallery&gt;

=== Familles interculturelles ===


==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ====

&lt;gallery&gt;
File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo
File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza
File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca
File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba.
&lt;/gallery&gt;


==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien  ====

&lt;gallery&gt;
File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764&lt;ref&gt;2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. &lt;!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --&gt;&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;

 '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family&lt;ref&gt;Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015&lt;/ref&gt;

== Notes &amp; Références  ==
{{Références}}</text>
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      <contributor>
        <username>Ambre Troizat</username>
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      </contributor>
      <comment>/* Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée */ Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670</comment>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="9155" xml:space="preserve">== Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des {{S|XVIII}} &amp; {{S|XIX}} ==
[[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles]]

=== Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée ===
[[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]]

 '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- Histoire de Théagène&lt;ref&gt;[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?&lt;/ref&gt; et Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée
 * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]].
 * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée.
 * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]]

=== Peintres, séries &amp; lieux de conservation ===
[[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]]

 * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]&lt;ref&gt;{{en}} &quot;''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''&quot;. [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].&lt;br&gt;Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844.
&lt;/ref&gt;
 * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]]
 * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]]
 * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]&lt;ref&gt;2013 - {{bibliographie|Q113181845}} &lt;!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --&gt;&lt;/ref&gt;
 * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]]

=== Rapports politiques ===
&lt;gallery&gt;
File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique&lt;ref&gt; MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé &amp; général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 &lt;br&gt;Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :&lt;br&gt;ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle &amp; de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 &amp; lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.&lt;br&gt;Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle &amp; d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt &amp; fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis &amp; de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.&lt;/ref&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave
&lt;/gallery&gt;

=== Soumission par le corps ===

&lt;gallery&gt;
Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports de domination ===
&lt;gallery&gt;
File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé&lt;ref&gt;Voir les items Wikidata des auteurs&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;


=== Esclaves à talents ===

&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports marchands ===
&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue
File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775
&lt;/gallery&gt;

=== Synchrétisme culturel ===

&lt;gallery&gt;
File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum
File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation&lt;ref&gt;[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883&lt;/ref&gt;.
File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango
File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane
&lt;br&gt;
File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres 
&lt;/gallery&gt;

=== Familles interculturelles ===


==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ====

&lt;gallery&gt;
File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo
File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza
File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca
File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba.
&lt;/gallery&gt;


==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien  ====

&lt;gallery&gt;
File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764&lt;ref&gt;2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. &lt;!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --&gt;&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;

 '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family&lt;ref&gt;Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015&lt;/ref&gt;

== Notes &amp; Références  ==
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        <username>Ambre Troizat</username>
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[[Utilisateur:Ambre_Troizat/Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles|Conditions sociales comparées : Joseph Bologne de Saint-George est ses contemporains afridescendants des XVIIIe &amp; XIXe siècles]]

=== Chariclée : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée ===
[[File:Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670.png|100px|vignette|gauche| Karel van III Mander (1610-1670), Hoved af en afrikaner, 1624-1670]]

 '''A uploader''' : Collection du Mobilier national.- [https://collection.mobiliernational.culture.gouv.fr/objet/GMTT-1282-000 Histoire de Théagène et Chariclée]&lt;ref&gt;[[w:Théagène de Rhégion|Théagène de Rhégion]] ?&lt;/ref&gt; : Hydaspe et Persina reconnaissent leur fille Chariclée
 * '''''[[w:Théagène et Chariclée (opéra)|Théagène et Chariclée]]''''' est un [[w:opéra (musique)|opéra]] ([[w:1695 en musique classique|1695]]) en 5 actes d'[[w:Henry Desmarest|Henry Desmarest]] sur un [[w:livret (musique)|livret]] de [[w:Joseph-François Duché de Vancy|Joseph-François Duché de Vancy]].
 * '''''[[w:Éthiopiques (Héliodore)|Théagène et Chariclée]]''''' est un titre parfois utilisé pour les ''Éthiopiques'' d'[[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]] ; [[w:Héliodore d'Émèse|Héliodore d'Émèse]].-Les Éthiopiques ou Théagène et Chariclée.
 * [[w:en:Karel van Mander III|Karel van Mander III]]

=== Peintres, séries &amp; lieux de conservation ===
[[Fichier:Casta painting all.jpg|100px|vignette|gauche|1763, {{en}} [[c:File:Casta painting all.jpg|Miguel Cabrera.- Mexican Casta painting all]]. ]]

 * [[w:Miguel Cabrera (peintre)|Miguel Cabrera, (1695–1768)]], ''[[w:en:Miguel Cabrera (painter)|en]]''.- [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Mexican Casta paintings, séries]]&lt;ref&gt;{{en}} &quot;''Cabrera, himself an artist of indigenous and Spanish ancestry, was one of the most important painters during his time and most influential in the propagation of the icon and faith in the Virgin of Guadalupe''&quot;. [https://nationalmuseumofmexicanart.org/artists/miguel-cabreraMiguel Cabrera (1695–1768), National Museum of Mexican Art].&lt;br&gt;Cf. Auguste Wahlen (Nom de plume de [[w:Jean-François-Nicolas Loumyer|Jean-François-Nicolas Loumyer]]), Mœurs, usages et costumes de tous les peuples du monde : Afrique - Amérique, Bruxelles, librairie Historique-Artistique, 1844.
&lt;/ref&gt;
 * {{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias, (1730-1796)]]
 * [[w:Jacques Grasset de Saint-Sauveur|Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810)]]
 * [[d:Q60024500|Marius-Pierre Le Masurier]]&lt;ref&gt;2013 - {{bibliographie|Q113181845}} &lt;!-- Note sur le peintre Le Masurier (Q113181845) --&gt;&lt;/ref&gt;
 * [[w:Musée d'Art du comté de Los Angeles|Musée d'Art du comté de Los Angeles, Lacma]]

=== Rapports politiques ===
&lt;gallery&gt;
File:Le Masurier Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique, c. 1775.png|c. 1775 - Le Masurier (1710-après 1782).- Portrait de la famille Choiseul-Meuse à la Martinique&lt;ref&gt; MAXIMILIEN CLAUDE JOSEPH marquis de Choiseul Meuse né le 23 juillet 1735, colonel des grenadiers de France en 1759, '''gouverneur de la Martinique''' maréchal de camp en 1781, émigré en 1791, capitaine des gardes du prince de Condé &amp; général le 5 décembre 1814, mort au palais Bourbon le 6 décembre 1815 &lt;br&gt;Epoux de MARIE ANNE ROSE du Bucq mariée en 1775, fille de Félix du Bucq feigneur d'Enneville dont entre autres enfants :&lt;br&gt;ADÉLAÏDE GENEVIÈVE de Choiseul Meuse née en 1776 mariée par contrat du 2 avril 1800 à Jean Anne François baron de la Barthe né en 1773 '''commandant en second à la Martinique''', colonel de gendarmerie, fils de Raymond Hyacinthe de la Barthe seigneur de la Courtelle &amp; de Jeanne Guilhem de Nougairol. Elle est morte sans postérité le 17 janvier 1843 &amp; lui le 23 janvier 1869 à l'âge de 96 ans.&lt;br&gt;Epoux en seconde noces de CATHERINE Didier née le 28 septembre 1770 mariée à Gratz en Illyrie le 24 mars 1811 fille de François Didier originaire de Rigny la Salle &amp; d'Élijabeth Chomtrin. Elle se remaria le 25 avril 1821 à Hercule Philippe Étienne Bafchi comte du Cayla Pair de France veuf d'Élisabeth Suzanne de Jaucourt &amp; fils de Philippe Baschi du Cayla chevalier de St Louis &amp; de Marthe Gilly. Elle est morte à Montmorency sans enfants de ses deux mariages le 26 janvier 1861 dans sa 91 année.&lt;/ref&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Negresse de Qualite de l'Isle St. Louis dans le Senegal. Accompagnee de son Esclave' LACMA M.83.190.287.jpg|1796 - Négresse de Qualité de l'Isle St. Louis dans le Sénégal. Accompagnée de son Esclave
&lt;/gallery&gt;

=== Soumission par le corps ===

&lt;gallery&gt;
Fichier:Viel esclave nègre, bathu par sa maitresse par maletendu le Voyageur, son cheval et son chien Fingal, da Coleção Brasiliana Iconográfica.jpg| c. 1840, Brésil : un viel homme battu par un couple de propriétaires esclavagistes
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports de domination ===
&lt;gallery&gt;
File:Reid-Aventures-Terre-Mer-d339.png|1891 - Planteurs de la Jamaïque : Jeune esclave à genoux et afridescendant armé&lt;ref&gt;Voir les items Wikidata des auteurs&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;


=== Esclaves à talents ===

&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Blanchisseuses de St. Domingue' LACMA M.83.190.356.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Blanchisseuses de St. Domingue
&lt;/gallery&gt;

=== Rapports marchands ===
&lt;gallery&gt;
File:Costumes de Differents Pays, 'Bouquetieres de St. Domingue' LACMA M.83.190.355.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Bouquetieres de St. Domingue
File:MarchéStPierreMartinique-1815.jpg|Marius-Pierre Le Masurier.- Le marché de Saint-Pierre à la Martinique, c. 1769-1775
&lt;/gallery&gt;

=== Synchrétisme culturel ===

&lt;gallery&gt;
File:Quinten Massijs (I) - The Adoration of the Magi - WGA14275.jpg|1526 - Quentin Metsys ( 1466-1530).- L'adoration des Mages, Met Museum
File:Loango02.jpg|1686 - [[w:Loango (république du Congo)|ville de Loango]], capitale du royaume de Loango, État d’Afrique centrale avant et pendant la colonisation&lt;ref&gt;[[w:Loango (république du Congo)|Le port et la région du Kouilou]] passent sous souveraineté française après le 12 mars 1883&lt;/ref&gt;.
File:Costumes de Differents Pays, 'Dansseuse de Loango' LACMA M.83.190.315.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Dansseuse de Loango
File:Costumes de Differents Pays, 'Danseur, et Danseuse de la Guyane' LACMA M.83.190.369.jpg|1797 - Jacques Grasset de Saint-Sauveur (France, 1757-1810), Labrousse (France, Bordeaux, active late 18th century).- Danseur, et Danseuse de la Guyane
&lt;br&gt;
File:Le Serment des Ancêtres, 1823.jpg|1823 - Guillaume Guillon Lethière.- Le Serment des Ancêtres 
&lt;/gallery&gt;

=== Familles interculturelles ===


==== Miguel Cabrera, (1695-1768), peintre mexicain. ====

&lt;gallery&gt;
File:Castas 01mestiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, 1. De español e india, Mestizo
File:Castas 02castiza max.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} 2. De español y mestiza – Castiza
File:Cabrera Pintura de Castas.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 5. from Spaniard and Mulatto, Morisca
File:De chino cambujo e india, loba.jpg|1763, {{en}} [[c::Mexican Casta paintings (series by Miguel Cabrera)|Miguel Cabrera.- Mexican Casta paintings, séries]] {{es}} Pintura de Castas, {{en}} 10. De chino cambujo e india, loba.
&lt;/gallery&gt;


==== Agostino Brunias, (1730-1796), peintre italien  ====

&lt;gallery&gt;
File:Agostino Brunias - Free Women of Color with their Children and Servants in a Landscape - Google Art Project.jpg|{{it}} [[w:Agostino Brunias|Agostino Brunias]].- {{fr}} Femmes, Gens de couleur libres, avec enfants et servantes, c. 1764&lt;ref&gt;2011 - {{bibliographie|Q113192536}}. &lt;!-- Un tableau d’Agostino Brunias au Brooklyn Museum --&gt;&lt;/ref&gt;
&lt;/gallery&gt;

 '''A uploader''' : 1763 - Miguel Cabrera, [https://unframed.lacma.org/2015/04/22/why-albino-some-notes-our-new-casta-painting-miguel-cabrera 6. From Spaniard and Morisca, Albina Girl (6. De español y morisca, albina), 1763], oil on canvas, Los Angeles County Museum of Art, Purchased with funds provided by Kelvin Davis in honor of the museum's 50th anniversary, and partial gift of Christina Jones Janssen in honor of the Gregory and Harriet Jones Family&lt;ref&gt;Chicago Tribune.- [https://www.chicagotribune.com/la-et-cm-miguel-cabrera-casta-paintings-20150331-photogallery.html A look at Miguel Cabrera's set of casta paintings], Apr 01, 2015&lt;/ref&gt;

== Notes &amp; Références  ==
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      <comment>Anne Bauval a déplacé la page [[Géométrie affine/Exercices/Thalès, Ménélaüs et Ceva]] vers [[Géométrie affine/Exercices/Thalès, Ménélaüs, Ceva et Desargues]] : enrichissement prévu</comment>
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__TOC__
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== Angle entre deux miroirs plans ==

== Notes et références ==

&lt;references /&gt;

{{Bas de page
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__TOC__
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== Angle entre deux miroirs plans ==

{{Al|5}}Deux miroirs plans font entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;. 

{{Al|5}}Un rayon incident &lt;math&gt;\;\parallel\;&lt;/math&gt; à l'un des miroirs subit « cinq » réflexions après lesquelles son retour se fait en suivant exactement le même chemin.

{{Al|5}}Calculer &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;.

{{Solution|contenu=[[File:Espace entre deux miroirs plans.png|thumb|350px|Schéma décrivant le cheminement d'un rayon incident dans l'espace entre deux miroirs plans formant entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt; quand le rayon, arrivant parallèlement à un miroir, y subit cinq réflexions et ressort en suivant exactement le même chemin qu'à l'aller]]
{{Al|5}}Pour que &lt;u&gt;le cinquième rayon réfléchi se superpose au cinquième rayon incident&lt;/u&gt;, ce dernier doit être &lt;math&gt;\;\perp\;&lt;/math&gt; au miroir où se produit la réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow\;&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;voir schéma ci-contre&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt; ;

{{Al|5}}Nous déterminons, par utilisation de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot;&gt; '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;sans que ce soit {{Nobr|assuré&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt;.}} &lt;br&gt;{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].&lt;/ref&gt; de la réflexion &lt;ref name=&quot;2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.&lt;math&gt;11&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt; à chaque réflexion, les angles successifs «&lt;math&gt;\;\beta&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\gamma&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\delta\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;\epsilon\;&lt;/math&gt;» en fonction de «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;» pour identifier «&lt;math&gt;\;\epsilon(\alpha)\;&lt;/math&gt;» à «&lt;math&gt;\;90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» et en déduire la valeur de l'angle «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;».

{{Al|5}}Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot; /&gt; de réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;i' = -i\;&lt;/math&gt; ou, sans algébriser, &lt;math&gt;\; \vert i' \vert = \vert i \vert\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\alpha' = \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}{{Transparent|Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, }}de la valeur de &lt;math&gt;\;\alpha'\;&lt;/math&gt; on en déduit &lt;math&gt;\;\beta = \alpha' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_1I_2S&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;S\;&lt;/math&gt; étant l'intersection de l'arête des deux miroirs et de la section droite de la figure&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\beta' = \beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\beta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_2I_3\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\gamma = \beta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_2I_3S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 3&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\gamma' = \gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\gamma'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_3I_4\;&lt;/math&gt; avec le miroir supérieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\delta = \gamma' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_3I_4S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}lors de la 4&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\delta' = \delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\delta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_4I_5\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\epsilon = \delta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_4I_5S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\epsilon = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}enfin de «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°} = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;», nous déduisons &lt;math&gt;\;\alpha = \dfrac{90\, \text{°}}{5\;}\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\alpha = 18\, \text{°}\;&lt;/math&gt;».}}

== Notes et références ==

&lt;references /&gt;

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__TOC__
{{clr}}

== Angle entre deux miroirs plans ==

{{Al|5}}Deux miroirs plans font entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;. 

{{Al|5}}Un rayon incident &lt;math&gt;\;\parallel\;&lt;/math&gt; à l'un des miroirs subit « cinq » réflexions après lesquelles son retour se fait en suivant exactement le même chemin.

{{Al|5}}Calculer &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;.

{{Solution|contenu=[[File:Espace entre deux miroirs plans.png|thumb|350px|Schéma décrivant le cheminement d'un rayon incident dans l'espace entre deux miroirs plans formant entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt; quand le rayon, arrivant parallèlement à un miroir, y subit cinq réflexions et ressort en suivant exactement le même chemin qu'à l'aller]]
{{Al|5}}Pour que &lt;u&gt;le cinquième rayon réfléchi se superpose au cinquième rayon incident&lt;/u&gt;, ce dernier doit être &lt;math&gt;\;\perp\;&lt;/math&gt; au miroir où se produit la réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow\;&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;voir schéma ci-contre&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt; ;

{{Al|5}}Nous déterminons, par utilisation de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot;&gt; '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;sans que ce soit {{Nobr|assuré&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt;.}} &lt;br&gt;{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].&lt;/ref&gt; de la réflexion &lt;ref name=&quot;2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.&lt;math&gt;11&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt; à chaque réflexion, les angles successifs «&lt;math&gt;\;\beta&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\gamma&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\delta\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;\epsilon\;&lt;/math&gt;» en fonction de «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;» pour identifier «&lt;math&gt;\;\epsilon(\alpha)\;&lt;/math&gt;» à «&lt;math&gt;\;90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» et en déduire la valeur de l'angle «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;».

{{Al|5}}Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot; /&gt; de réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;i' = -i\;&lt;/math&gt; ou, sans algébriser, &lt;math&gt;\; \vert i' \vert = \vert i \vert\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\alpha' = \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}{{Transparent|Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, }}de la valeur de &lt;math&gt;\;\alpha'\;&lt;/math&gt; on en déduit &lt;math&gt;\;\beta = \alpha' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_1I_2S&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;S\;&lt;/math&gt; étant l'intersection de l'arête des deux miroirs et de la section droite de la figure&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\beta' = \beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\beta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_2I_3\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\gamma = \beta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_2I_3S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 3&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\gamma' = \gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\gamma'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_3I_4\;&lt;/math&gt; avec le miroir supérieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\delta = \gamma' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_3I_4S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}lors de la 4&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\delta' = \delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\delta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_4I_5\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\epsilon = \delta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_4I_5S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\epsilon = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}enfin de «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°} = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;», nous déduisons &lt;math&gt;\;\alpha = \dfrac{90\, \text{°}}{5\;}\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\alpha = 18\, \text{°}\;&lt;/math&gt;».}}

== Détermination de la taille d'un miroir plan pour s'y voir entièrement ==

{{Al|5}}Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical pour qu'un homme de &lt;math&gt;\;1,80\, m&lt;/math&gt;, en position également verticale, puisse s'y voir entièrement ?

{{Al|5}}{{Transparent|Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical }}On précisera, dans l'hypothèse où le miroir a la taille minimale, à quelle hauteur il faut le placer si on suppose que les yeux de l'homme, ayant les pieds sur le sol, sont à &lt;math&gt;\;16\, cm\;&lt;/math&gt; au-dessous du sommet de sa tête ; 

{{Al|5}}avec cette disposition de miroir, que voit un enfant de &lt;math&gt;\;1,20\, m&lt;/math&gt;, ayant également les pieds sur le sol et dont les yeux sont situés à &lt;math&gt;\;14\, cm\;&lt;/math&gt; du sommet de sa tête ?

{{Solution|contenu={{Al|5}} .}}

== Notes et références ==
 
&lt;references /&gt;

{{Bas de page
  | idfaculté = physique
  | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]]
  | suivant   = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
}}</text>
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      <text bytes="11744" xml:space="preserve">{{Exercice
  | titre     = Optique géométrique : miroir plan
  | idfaculté = physique
  | numéro    = 12
  | chapitre  = [[../../Optique géométrique : miroir plan/]]
  | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]]
  | suivant   = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
  | niveau    = 14
}}

__TOC__
{{clr}}

== Angle entre deux miroirs plans ==

{{Al|5}}Deux miroirs plans font entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;. 

{{Al|5}}Un rayon incident &lt;math&gt;\;\parallel\;&lt;/math&gt; à l'un des miroirs subit « cinq » réflexions après lesquelles son retour se fait en suivant exactement le même chemin.

{{Al|5}}Calculer &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;.

{{Solution|contenu=[[File:Espace entre deux miroirs plans.png|thumb|350px|Schéma décrivant le cheminement d'un rayon incident dans l'espace entre deux miroirs plans formant entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt; quand le rayon, arrivant parallèlement à un miroir, y subit cinq réflexions et ressort en suivant exactement le même chemin qu'à l'aller]]
{{Al|5}}Pour que &lt;u&gt;le cinquième rayon réfléchi se superpose au cinquième rayon incident&lt;/u&gt;, ce dernier doit être &lt;math&gt;\;\perp\;&lt;/math&gt; au miroir où se produit la réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow\;&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;voir schéma ci-contre&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt; ;

{{Al|5}}Nous déterminons, par utilisation de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot;&gt; '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;sans que ce soit {{Nobr|assuré&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt;.}} &lt;br&gt;{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].&lt;/ref&gt; de la réflexion &lt;ref name=&quot;2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.&lt;math&gt;11&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt; à chaque réflexion, les angles successifs «&lt;math&gt;\;\beta&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\gamma&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\delta\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;\epsilon\;&lt;/math&gt;» en fonction de «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;» pour identifier «&lt;math&gt;\;\epsilon(\alpha)\;&lt;/math&gt;» à «&lt;math&gt;\;90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» et en déduire la valeur de l'angle «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;».

{{Al|5}}Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot; /&gt; de réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;i' = -i\;&lt;/math&gt; ou, sans algébriser, &lt;math&gt;\; \vert i' \vert = \vert i \vert\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\alpha' = \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}{{Transparent|Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, }}de la valeur de &lt;math&gt;\;\alpha'\;&lt;/math&gt; on en déduit &lt;math&gt;\;\beta = \alpha' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_1I_2S&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;S\;&lt;/math&gt; étant l'intersection de l'arête des deux miroirs et de la section droite de la figure&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\beta' = \beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\beta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_2I_3\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\gamma = \beta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_2I_3S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 3&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\gamma' = \gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\gamma'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_3I_4\;&lt;/math&gt; avec le miroir supérieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\delta = \gamma' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_3I_4S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}lors de la 4&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\delta' = \delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\delta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_4I_5\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\epsilon = \delta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_4I_5S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\epsilon = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}enfin de «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°} = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;», nous déduisons &lt;math&gt;\;\alpha = \dfrac{90\, \text{°}}{5\;}\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\alpha = 18\, \text{°}\;&lt;/math&gt;».}}

== Détermination de la taille d'un miroir plan pour s'y voir entièrement ==

{{Al|5}}Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical pour qu'un homme de &lt;math&gt;\;1,80\, m&lt;/math&gt;, en position également verticale, puisse s'y voir entièrement ?

{{Al|5}}{{Transparent|Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical }}On précisera, dans l'hypothèse où le miroir a la taille minimale, à quelle hauteur il faut le placer si on suppose que les yeux de l'homme, ayant les pieds sur le sol, sont à &lt;math&gt;\;16\, cm\;&lt;/math&gt; au-dessous du sommet de sa tête ; 

{{Al|5}}avec cette disposition de miroir, que voit un enfant de &lt;math&gt;\;1,20\, m&lt;/math&gt;, ayant également les pieds sur le sol et dont les yeux sont situés à &lt;math&gt;\;14\, cm\;&lt;/math&gt; du sommet de sa tête ?

{{Solution|contenu=[[File:Homme se voyant entièrement dans un miroir plan.png|thumb|350px|Schéma de positionnement d'un miroir plan étendu verticalement de &lt;math&gt;\;B_0\;&lt;/math&gt; à &lt;math&gt;\;H_0\;&lt;/math&gt; pour qu'un homme &lt;math&gt;\;BL&lt;/math&gt;, face au mur, s'y voit intégralement, son œil étant positionné en &lt;math&gt;\;O&lt;/math&gt;]]
{{Al|5}}&lt;u&gt;Remarque préliminaire&lt;/u&gt; : nous ne considérons que les dimensions verticales de l'homme et du miroir, &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|Remarque préliminaire : }}le schéma ci-contre étant fait dans le plan vertical passant par l'œil noté &lt;math&gt;\;O&lt;/math&gt;.

{{Al|5}}L'individu &lt;math&gt;\;BL&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;voir schéma ci-contre&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; étant positionné verticalement en reposant sur le sol &lt;math&gt;\;\big(B\;&lt;/math&gt; niveau des pieds, &lt;math&gt;\;L\;&lt;/math&gt; de la tête, de cotes respectives &lt;math&gt;\;z_B\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;z_L\big)\;&lt;/math&gt; à la distance &lt;math&gt;\;d\;&lt;/math&gt; du miroir plan &lt;math&gt;\;B_0H_0&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\big(B_0\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;H_0\;&lt;/math&gt; respectivement niveaux bas et haut du miroir de cotes &lt;math&gt;\;z_{B_0}\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;z_{H_0}\big)&lt;/math&gt;, on cherche le « minimum de &lt;math&gt;\;z_{H_0} - z_{B_0}\;&lt;/math&gt;» pour que l'individu voit entièrement son image &lt;math&gt;\;B_iL_i&lt;/math&gt;, son œil &lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; étant situé à la cote &lt;math&gt;\;z_O&lt;/math&gt; ;

{{Al|5}}&lt;u&gt;l'image&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;B_iL_i\;&lt;/math&gt;&lt;u&gt;étant le symétrique de l'objet&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;BL\;&lt;/math&gt;&lt;u&gt;relativement au miroir plan&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;B_0H_0\;&lt;/math&gt;&lt;ref name=&quot;stigmatisme rigoureux d'un miroir plan&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_position_(ou_1ère_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de position (ou 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.&lt;math&gt;12&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt;{{,}} &lt;ref name=&quot;aplanétisme rigoureux d'un miroir plan&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse_(ou_2ème_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.&lt;math&gt;12&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt; est située à la distance &lt;math&gt;\;d\;&lt;/math&gt; derrière le miroir et &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|l'image&lt;math&gt;\;\color{transparent}{B_iL_i}\;&lt;/math&gt;}}&lt;u&gt;sera vue de l'individu s'il existe des rayons émergeant de&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;B_iL_i\;&lt;/math&gt;&lt;u&gt;aboutissant à l'œil&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; c.-à-d. &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|l'image&lt;math&gt;\;\color{transparent}{B_iL_i}\;&lt;/math&gt;sera vue de l'individu }}&lt;u&gt;si les éventuels points d'incidence&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;I\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;J\;&lt;/math&gt; correspondant aux rayons émergents &lt;math&gt;\;B_iO\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;L_iO\;&lt;/math&gt;&lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|l'image&lt;math&gt;\;\color{transparent}{B_iL_i}\;&lt;/math&gt;sera vue de l'individu si les éventuels points d'incidence }}&lt;u&gt;sont effectivement sur le miroir plan&lt;/u&gt; ;

{{Al|5}}il en sera ainsi si «&lt;math&gt;\;z_J = \dfrac{z_O + z_{L_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_L}{2} \leqslant z_{H_0}\;&lt;/math&gt;» &lt;ref name=&quot;application du théorème des milieux&quot;&gt; C'est une conséquence de l'application du [[w:Théorème_des_milieux|théorème des milieux]], cas particulier du [[w:Théorème_de_Thalès|théorème de Thalès]] en effet &lt;br&gt;{{Al|3}}«&lt;math&gt;\;L_i&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;J\;&lt;/math&gt;» sont alignés avec «&lt;math&gt;\;J\;&lt;/math&gt; milieu de &lt;math&gt;\;OL_i\;&lt;/math&gt;» et &lt;br&gt;{{Al|3}}«&lt;math&gt;\;B_i&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;I\;&lt;/math&gt;» sont alignés avec «&lt;math&gt;\;I\;&lt;/math&gt; milieu de &lt;math&gt;\;OB_i\;&lt;/math&gt;». &lt;br&gt;{{Al|3}}'''[[w:Thalès|Thalès de Milet]] (né vers 625-620 av J.-C. - mort vers 548-545 av J.-C.)''' considéré comme le 1&lt;sup&gt;er&lt;/sup&gt; philosophe de la nature, scientifique et mathématicien grec, à qui on doit surtout des avancées en géométrie, comme les propriétés « tout diamètre de cercle partage ce dernier en deux parties égales » ou « l'égalité des angles de base d'un triangle isocèle » &lt;math&gt;\;\ldots&lt;/math&gt;&lt;/ref&gt; et &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|il en sera ainsi si }}«&lt;math&gt;\;z_I = \dfrac{z_O + z_{B_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_B}{2} \geqslant z_{B_0}\;&lt;/math&gt;» &lt;ref name=&quot;application du théorème des milieux&quot; /&gt; ;


{{Al|5}}on en déduit que~: \og $z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} - \dfrac{z_O + z_B}{2}$ \fg\ ou encore\linebreak \og $z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_L + z_B}{2} = \dfrac{1,80\, m}{2}$ \fg\ soit \og \framebox{$\left[ z_{H_0} - z_{B_0} \right]_{\text{min}} = 0,90\, m$} \fg.

\vspace*{2mm}
On remarque que \uline{la taille minimale du miroir ne dépend pas de la distance \og $d$\fg\ séparant l'individu de ce dernier}, par contre cette taille minimale n'est pas une condition suffisante pour que l'individu se voit entièrement dans le miroir, il faut encore que ce dernier soit bien positionné sur le mur~; 

\vspace*{1mm}
si l'{\oe}il est situé à $16\, cm$ du sommet de la tête ($z_O = 1,64\, m$), on trouve que \og \dashbox{$z_{B_0} \leqslant \dfrac{z_O + z_B}{2} = 0,82\, m$} \fg\ et \dashbox{$z_{H_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} = 1,72\, m$} \fg~;}}

== Notes et références ==
 
&lt;references /&gt;

{{Bas de page
  | idfaculté = physique
  | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]]
  | suivant   = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
}}</text>
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      <contributor>
        <username>Phl7605</username>
        <id>31541</id>
      </contributor>
      <model>wikitext</model>
      <format>text/x-wiki</format>
      <text bytes="12852" xml:space="preserve">{{Exercice
  | titre     = Optique géométrique : miroir plan
  | idfaculté = physique
  | numéro    = 12
  | chapitre  = [[../../Optique géométrique : miroir plan/]]
  | précédent = [[../Optique géométrique : réflexion, réfraction, lois de Descartes/]]
  | suivant   = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]]
  | niveau    = 14
}}

__TOC__
{{clr}}

== Angle entre deux miroirs plans ==

{{Al|5}}Deux miroirs plans font entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;. 

{{Al|5}}Un rayon incident &lt;math&gt;\;\parallel\;&lt;/math&gt; à l'un des miroirs subit « cinq » réflexions après lesquelles son retour se fait en suivant exactement le même chemin.

{{Al|5}}Calculer &lt;math&gt;\;\alpha&lt;/math&gt;.

{{Solution|contenu=[[File:Espace entre deux miroirs plans.png|thumb|350px|Schéma décrivant le cheminement d'un rayon incident dans l'espace entre deux miroirs plans formant entre eux un angle &lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt; quand le rayon, arrivant parallèlement à un miroir, y subit cinq réflexions et ressort en suivant exactement le même chemin qu'à l'aller]]
{{Al|5}}Pour que &lt;u&gt;le cinquième rayon réfléchi se superpose au cinquième rayon incident&lt;/u&gt;, ce dernier doit être &lt;math&gt;\;\perp\;&lt;/math&gt; au miroir où se produit la réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow\;&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;voir schéma ci-contre&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt; ;

{{Al|5}}Nous déterminons, par utilisation de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot;&gt; '''[[w:Willebrord_Snell|Willebrord Snell Van Royen]] ou Snellius (1580 - 1626)''' humaniste, mathématicien et physicien néerlandais, semble avoir découvert les lois portant son nom avant Descartes &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;sans que ce soit {{Nobr|assuré&lt;math&gt;\big)&lt;/math&gt;.}} &lt;br&gt;{{Al|3}}'''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].&lt;/ref&gt; de la réflexion &lt;ref name=&quot;2ème loi de Snell - Descartes de la réflexion&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Deuxième_loi_de_Snell-Descartes_de_la_réflexion|2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes de la réflexion]] » du chap.&lt;math&gt;11&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt; à chaque réflexion, les angles successifs «&lt;math&gt;\;\beta&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\gamma&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;\delta\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;\epsilon\;&lt;/math&gt;» en fonction de «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;» pour identifier «&lt;math&gt;\;\epsilon(\alpha)\;&lt;/math&gt;» à «&lt;math&gt;\;90\, \text{°}\;&lt;/math&gt;» et en déduire la valeur de l'angle «&lt;math&gt;\;\alpha\;&lt;/math&gt;».

{{Al|5}}Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; loi de Snell - Descartes &lt;ref name=&quot;Snell - Descartes&quot; /&gt; de réflexion &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;i' = -i\;&lt;/math&gt; ou, sans algébriser, &lt;math&gt;\; \vert i' \vert = \vert i \vert\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; «&lt;math&gt;\;\alpha' = \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}{{Transparent|Lors de la 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; réflexion, }}de la valeur de &lt;math&gt;\;\alpha'\;&lt;/math&gt; on en déduit &lt;math&gt;\;\beta = \alpha' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_1I_2S&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;S\;&lt;/math&gt; étant l'intersection de l'arête des deux miroirs et de la section droite de la figure&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\beta' = \beta = 2\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\beta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_2I_3\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\gamma = \beta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_2I_3S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ; 

{{Al|5}}lors de la 3&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\gamma' = \gamma = 3\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\gamma'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_3I_4\;&lt;/math&gt; avec le miroir supérieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\delta = \gamma' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_3I_4S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}lors de la 4&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; réflexion, nous obtenons de même &lt;math&gt;\;\delta' = \delta = 4\, \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(\delta'\;&lt;/math&gt; non représenté correspondant à l'angle que fait &lt;math&gt;\;I_4I_5\;&lt;/math&gt; avec le miroir inférieur&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\Rightarrow&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\epsilon = \delta' + \alpha\;&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\big(&lt;/math&gt;angle extérieur du triangle &lt;math&gt;\;I_4I_5S\big)\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\epsilon = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;» ;

{{Al|5}}enfin de «&lt;math&gt;\;\epsilon = 90\, \text{°} = 5\, \alpha\;&lt;/math&gt;», nous déduisons &lt;math&gt;\;\alpha = \dfrac{90\, \text{°}}{5\;}\;&lt;/math&gt; soit finalement «&lt;math&gt;\;\alpha = 18\, \text{°}\;&lt;/math&gt;».}}

== Détermination de la taille d'un miroir plan pour s'y voir entièrement ==

{{Al|5}}Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical pour qu'un homme de &lt;math&gt;\;1,80\, m&lt;/math&gt;, en position également verticale, puisse s'y voir entièrement ?

{{Al|5}}{{Transparent|Quelle taille minimale doit avoir un miroir plan vertical }}On précisera, dans l'hypothèse où le miroir a la taille minimale, à quelle hauteur il faut le placer si on suppose que les yeux de l'homme, ayant les pieds sur le sol, sont à &lt;math&gt;\;16\, cm\;&lt;/math&gt; au-dessous du sommet de sa tête ; 

{{Al|5}}avec cette disposition de miroir, que voit un enfant de &lt;math&gt;\;1,20\, m&lt;/math&gt;, ayant également les pieds sur le sol et dont les yeux sont situés à &lt;math&gt;\;14\, cm\;&lt;/math&gt; du sommet de sa tête ?

{{Solution|contenu=[[File:Homme se voyant entièrement dans un miroir plan.png|thumb|350px|Schéma de positionnement d'un miroir plan étendu verticalement de &lt;math&gt;\;B_0\;&lt;/math&gt; à &lt;math&gt;\;H_0\;&lt;/math&gt; pour qu'un homme &lt;math&gt;\;BL&lt;/math&gt;, face au mur, s'y voit intégralement, son œil étant positionné en &lt;math&gt;\;O&lt;/math&gt;]]
{{Al|5}}&lt;u&gt;Remarque préliminaire&lt;/u&gt; : nous ne considérons que les dimensions verticales de l'homme et du miroir, &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|Remarque préliminaire : }}le schéma ci-contre étant fait dans le plan vertical passant par l'œil noté &lt;math&gt;\;O&lt;/math&gt;.

{{Al|5}}L'individu &lt;math&gt;\;BL&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\big(&lt;/math&gt;voir schéma ci-contre&lt;math&gt;\big)\;&lt;/math&gt; étant positionné verticalement en reposant sur le sol &lt;math&gt;\;\big(B\;&lt;/math&gt; niveau des pieds, &lt;math&gt;\;L\;&lt;/math&gt; de la tête, de cotes respectives &lt;math&gt;\;z_B\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;z_L\big)\;&lt;/math&gt; à la distance &lt;math&gt;\;d\;&lt;/math&gt; du miroir plan &lt;math&gt;\;B_0H_0&lt;/math&gt; &lt;math&gt;\;\big(B_0\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;H_0\;&lt;/math&gt; respectivement niveaux bas et haut du miroir de cotes &lt;math&gt;\;z_{B_0}\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;z_{H_0}\big)&lt;/math&gt;, on cherche le « minimum de &lt;math&gt;\;z_{H_0} - z_{B_0}\;&lt;/math&gt;» pour que l'individu voit entièrement son image &lt;math&gt;\;B_iL_i&lt;/math&gt;, son œil &lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; étant situé à la cote &lt;math&gt;\;z_O&lt;/math&gt; ;

{{Al|5}}&lt;u&gt;l'image&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;B_iL_i\;&lt;/math&gt;&lt;u&gt;étant le symétrique de l'objet&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;BL\;&lt;/math&gt;&lt;u&gt;relativement au miroir plan&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;B_0H_0\;&lt;/math&gt;&lt;ref name=&quot;stigmatisme rigoureux d'un miroir plan&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_position_(ou_1ère_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de position (ou 1&lt;sup&gt;ère&lt;/sup&gt; relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.&lt;math&gt;12&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt;{{,}} &lt;ref name=&quot;aplanétisme rigoureux d'un miroir plan&quot;&gt; Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Relation_de_conjugaison_de_grandissement_transverse_(ou_2ème_relation_de_conjugaison)_de_Descartes_d'un_miroir_plan|relation de conjugaison de grandissement transverse (ou 2&lt;sup&gt;ème&lt;/sup&gt; relation de conjugaison) de Descartes d'un miroir plan]] » du chap.&lt;math&gt;12&lt;/math&gt; de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».&lt;/ref&gt; est située à la distance &lt;math&gt;\;d\;&lt;/math&gt; derrière le miroir et &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|l'image&lt;math&gt;\;\color{transparent}{B_iL_i}\;&lt;/math&gt;}}&lt;u&gt;sera vue de l'individu s'il existe des rayons émergeant de&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;B_iL_i\;&lt;/math&gt;&lt;u&gt;aboutissant à l'œil&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; c.-à-d. &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|l'image&lt;math&gt;\;\color{transparent}{B_iL_i}\;&lt;/math&gt;sera vue de l'individu }}&lt;u&gt;si les éventuels points d'incidence&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;I\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;J\;&lt;/math&gt; correspondant aux rayons émergents &lt;math&gt;\;B_iO\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;L_iO\;&lt;/math&gt;&lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|l'image&lt;math&gt;\;\color{transparent}{B_iL_i}\;&lt;/math&gt;sera vue de l'individu si les éventuels points d'incidence }}&lt;u&gt;sont effectivement sur le miroir plan&lt;/u&gt; ;

{{Al|5}}il en sera ainsi si «&lt;math&gt;\;z_J = \dfrac{z_O + z_{L_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_L}{2} \leqslant z_{H_0}\;&lt;/math&gt;» &lt;ref name=&quot;application du théorème des milieux&quot;&gt; C'est une conséquence de l'application du [[w:Théorème_des_milieux|théorème des milieux]], cas particulier du [[w:Théorème_de_Thalès|théorème de Thalès]] en effet &lt;br&gt;{{Al|3}}«&lt;math&gt;\;L_i&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;J\;&lt;/math&gt;» sont alignés avec «&lt;math&gt;\;J\;&lt;/math&gt; milieu de &lt;math&gt;\;OL_i\;&lt;/math&gt;» et &lt;br&gt;{{Al|3}}«&lt;math&gt;\;B_i&lt;/math&gt;, &lt;math&gt;\;O\;&lt;/math&gt; et &lt;math&gt;\;I\;&lt;/math&gt;» sont alignés avec «&lt;math&gt;\;I\;&lt;/math&gt; milieu de &lt;math&gt;\;OB_i\;&lt;/math&gt;». &lt;br&gt;{{Al|3}}'''[[w:Thalès|Thalès de Milet]] (né vers 625-620 av J.-C. - mort vers 548-545 av J.-C.)''' considéré comme le 1&lt;sup&gt;er&lt;/sup&gt; philosophe de la nature, scientifique et mathématicien grec, à qui on doit surtout des avancées en géométrie, comme les propriétés « tout diamètre de cercle partage ce dernier en deux parties égales » ou « l'égalité des angles de base d'un triangle isocèle » &lt;math&gt;\;\ldots&lt;/math&gt;&lt;/ref&gt; et &lt;br&gt;{{Al|5}}{{Transparent|il en sera ainsi si }}«&lt;math&gt;\;z_I = \dfrac{z_O + z_{B_i}}{2} = \dfrac{z_O + z_B}{2} \geqslant z_{B_0}\;&lt;/math&gt;» &lt;ref name=&quot;application du théorème des milieux&quot; /&gt; ;

{{Al|5}}on en déduit que : «&lt;math&gt;\;z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} - \dfrac{z_O + z_B}{2}\;&lt;/math&gt;» ou encore «&lt;math&gt;\;z_{H_0} - z_{B_0} \geqslant \dfrac{z_L + z_B}{2} = \dfrac{1,80\, m}{2}\;&lt;/math&gt;» soit «&lt;math&gt;\;\left[ z_{H_0} - z_{B_0} \right]_{\text{min}} = 0,90\, m\;&lt;/math&gt;».

{{Al|5}}On remarque que &lt;u&gt;la taille minimale du miroir ne dépend pas de la distance&lt;/u&gt;&lt;math&gt;\;d\;&lt;/math&gt;&lt;u&gt;séparant l'individu de ce dernier&lt;/u&gt;, par contre &lt;br&gt;{{Al|6}}{{Transparent|On remarque }}cette taille minimale n'est pas une condition suffisante pour que l'individu se voit entièrement dans le miroir, &lt;br&gt;{{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante }}il faut encore que ce dernier soit bien positionné sur le mur ; 

{{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante }}si l'œil est situé à &lt;math&gt;\;16\, cm\;&lt;/math&gt; du sommet de la tête &lt;math&gt;\;\big(z_O = 1,64\, m\big)&lt;/math&gt;, on trouve «&lt;math&gt;\;z_{B_0} \leqslant \dfrac{z_O + z_B}{2} = 0,82\, m\;&lt;/math&gt;» &lt;ref name=&quot;application du théorème des milieux - bis&quot;&gt; Nouvelle application du [[w:Théorème_des_milieux|théorème des milieux]], cas particulier du [[w:Théorème_de_Thalès|théorème de Thalès]]. &lt;br&gt;{{Al|3}}'''[[w:Thalès|Thalès de Milet]] (né vers 625-620 av J.-C. - mort vers 548-545 av J.-C.)''' voir la note « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_miroir_plan#cite_note-application_du_théorème_des_milieux-5|&lt;sup&gt;5&lt;/sup&gt;]] » plus haut dans cet exercice pour plus de détails.&lt;/ref&gt; et &lt;br&gt;{{Al|6}}{{Transparent|On remarque cette taille minimale n'est pas une condition suffisante si l'œil est situé à &lt;math&gt;\;\color{transparent}{16\, cm}\;&lt;/math&gt; du sommet de la tête &lt;math&gt;\;\color{transparent}{\big(z_O = 1,64\, m\big)}&lt;/math&gt;, on trouve }}«&lt;math&gt;\;z_{H_0} \geqslant \dfrac{z_O + z_L}{2} = 1,72\, m\;&lt;/math&gt;» &lt;ref name=&quot;application du théorème des milieux - bis&quot; /&gt; ;}}

== Notes et références ==
 
&lt;references /&gt;

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  | idfaculté = physique
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