対象を絞るより、以下のディレクトリを除いて全部をバックアップすると楽で 良いはずです。
spool 記事 tmp 中間ファイル var 各種のデータ
rsync でバックアップする場合なら、--exclude オプションなどで、これらの ターゲットだけを抜くとかできるはずです。
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