Cada diretório do compartimento de armazenamento e compartimento de retorno contém dois subdiretórios, entrada e saída, que devem manter os pacotes e seus arquivos de ordem de remessa correspondentes. As operações de remessa procuram pacotes nesses diretórios.
Quando você instala o Rational Shipping Server em um host, a classe de armazenamento –default é criada, juntamente com seus compartimentos de armazenamento e de retorno. O compartimento de armazenamento é denominado ms_ship e o de retorno, ms_rtn. Os diretórios de entrada e de saída em cada compartimento também são criados. Quando você utiliza o Painel de Controle do MultiSite (Windows) para criar um novo compartimento de armazenamento ou de retorno, o compartimento e seus subdiretórios são criados. Em sistemas Linux® e UNIX®, é necessário criar os compartimentos e seus subdiretórios de entrada e de saída e, em seguida, especificar os compartimentos no arquivo shipping.conf.