A Compiz Fusion a legtöbb porthoz hasonlóan pillanatok alatt telepíthető:

A felbukkanó párbeszédablakban mindenképpen válasszuk ki az „EXTRA” bővítmények és az „EMERALD” ablakdekorátor telepítését. Amennyiben GNOME-ot használunk vagy már eleve van a rendszerünkben gconf támogatás, érdemes megfontolnunk a „gconf support” kiválasztását is. Ennek köszönhetően az effektek beállításai beágyazódnak az asztalhoz tartozó többi beállítás közé és megnézhetőek a gconf-editor használatával. Ha nincs szükségünk erre, akkor a Compiz Fusion természetesen egyszerű állományokba is el tudja menteni a beállításait. Ilyenkor a felhasználói könyvtárunkban létrejön egy .compizconfig könyvtár.

A telepítés befejeztével indítsuk el a grafikus felületet és (normál felhasználóként) adjuk ki egy terminálban a következő parancsot:

Ezt követően a képernyő néhány pillanatig vibrálni fog, ahogy az ablakkezelőnk (például a GNOME esetén a Metacity) lecserélődik a Compiz Fusion-re. Ekkor az Emerald veszi át az ablakok díszítésének szerepét (tehát a bezárás, a tálcára rakás, teljes képernyős mód, az ablakok feliratának stb. kezelését).

Az iménti parancsból akár egy apró szkriptet is készíthetünk, amelyet aztán automatikusan le tudunk futtatni (például úgy, ha felvesszük a GNOME alapú munkakörnyezetünk „Sessions” részébe):

Mentsük a felhasználói könyvtárunkba például start-compiz néven és tegyük futtathatóvá:

Ezután a grafikus felületen a GNOME asztalon vegyük fel a Startup Programs menühöz (System, Preferences, Sessions).

A megfelelő effektek kiválasztásához és azok beállításához (ismét normál felhasználóként) indítsuk el a Compiz Config Settings Manager alkalmazást:

Ha a fordítás előtt a „gconf support” opciót is kiválasztottuk, akkor ezeket a beállításokat a gconf-editor programban az apps/compiz kategóriában is meg tudjuk tekinteni.