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- Bio::TogoWS::REST
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- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::TogoWS::REST

## Description

Bio::TogoWS::REST is a REST client for the TogoWS web service.

Details of the service are desribed in the following URI.

- togows.dbcls.jp/site/en/rest.html

## Examples

For light users, class methods can be used.

    print Bio::TogoWS::REST.entry('genbank', 'AF237819')
    print Bio::TogoWS::REST.search('uniprot', 'lung cancer')

For heavy users, an instance of the REST class can be created, and using the instance is more efficient than using class methods.

    t = Bio::TogoWS::REST.new
    print t.entry('genbank', 'AF237819')
    print t.search('uniprot', 'lung cancer')

## References

- togows.dbcls.jp/site/en/rest.html

### Constants

BASE_URI

  URI of the TogoWS REST service

DEFAULT_RETRIEVAL_DATABASES

  preset default databases used by the retrieve method.

### Attributes

debug[RW]

If true, shows debug information to $stderr.

### Public Class Methods

convert(*arg) click to toggle source

The same as Bio::TogoWS::REST#convert.

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 339
    def self.convert(*arg)
      self.new.convert(*arg)
    end

entry(*arg) click to toggle source

The same as Bio::TogoWS::REST#entry.

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 329
    def self.entry(*arg)
      self.new.entry(*arg)
    end

entry_database_list(*arg) click to toggle source

The same as Bio::TogoWS::REST#entry_database_list

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 349
    def self.entry_database_list(*arg)
      self.new.entry_database_list(*arg)
    end

new(uri = BASE_URI) click to toggle source

Creates a new object.

Arguments:

- (optional) uri: String or URI object

Returns | new object

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 142
    def initialize(uri = BASE_URI)
      uri = URI.parse(uri) unless uri.kind_of?(URI)
      @pathbase = uri.path
      @pathbase = '/' + @pathbase unless /\A\// =~ @pathbase
      @pathbase = @pathbase + '/' unless /\/\z/ =~ @pathbase
      @http = Bio::Command.new_http(uri.host, uri.port)
      @header = {
        'User-Agent' => "BioRuby/#{Bio::BIORUBY_VERSION_ID}"
      }
      @debug = false
    end

retrieve(*arg) click to toggle source

The same as Bio::TogoWS::REST#retrieve.

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 344
    def self.retrieve(*arg)
      self.new.retrieve(*arg)
    end

search(*arg) click to toggle source

The same as Bio::TogoWS::REST#search.

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 334
    def self.search(*arg)
      self.new.search(*arg)
    end

search_database_list(*arg) click to toggle source

The same as Bio::TogoWS::REST#search_database_list

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 354
    def self.search_database_list(*arg)
      self.new.search_database_list(*arg)
    end

### Public Instance Methods

convert(data, inputformat, format) click to toggle source

Data format conversion.

Example:

    t = Bio::TogoWS::REST.new
    blast_string = File.read('test.blastn')
    t.convert(blast_string, 'blast', 'gff')

Arguments:

- (required) text: (String) input data

- (required) inputformat: (String) data source format

- (required) format: (String) output format

Returns | String or nil

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 304
    def convert(data, inputformat, format)
      response = post_data(data, 'convert', "#{inputformat}.#{format}")

      prepare_return_value(response)
    end

entry(database, ids, format = nil, field = nil) click to toggle source

Retrieves entries corresponding to the specified IDs.

Example:

    t = Bio::TogoWS::REST.new
    kuma = t.entry('genbank', 'AF237819')
    # multiple IDs at a time
    misc = t.entry('genbank', [ 'AF237819', 'AF237820' ])
    # with format change
    p53 = t.entry('uniprot', 'P53_HUMAN', 'fasta')

Arguments:

- (required) database: (String) database name

- (required) ids: (String) an entry ID, or (Array containing String) IDs. Note that strings containing "," are regarded as multiple IDs.

- (optional) format: (String) format. nil means the default format (differs depending on the database).

- (optional) field: (String) gets only the specified field if not nil

Returns | String or nil

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 242
    def entry(database, ids, format = nil, field = nil)
      begin
        a = ids.to_ary
      rescue NoMethodError
        ids = ids.to_s
      end
      ids = a.join(',') if a

      arg = [ 'entry', database, ids ]
      arg.push field if field
      arg[-1] = "#{arg[-1]}.#{format}" if format
      response = get(*arg)

      prepare_return_value(response)
    end

entry_database_list() click to toggle source

Returns list of available databases in the entry service.

Returns | Array containing String

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 313
    def entry_database_list
      database_list('entry')
    end

internal_http() click to toggle source

Debug purpose only. Returns Net::HTTP object used inside the object. The method will be changed in the future if the implementation of this class is changed.

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 161
    def internal_http
      @http
    end

retrieve(ids, hash = {}) click to toggle source

Intelligent version of the entry method. If two or more databases are specified, sequentially tries them until valid entry is obtained.

If database is not specified, preset default databases are used. See DEFAULT_RETRIEVAL_DATABASES for details.

When multiple IDs and multiple databases are specified, sequentially tries each IDs. Note that results with no hits found or with server errors are regarded as void strings. Also note that data format of the result entries can be different from entries to entries.

Arguments:

- (required) ids: (String) an entry ID, or (Array containing String) IDs. Note that strings containing ","

- (optional) hash: (Hash) options below can be passed as a hash.

  - (optional) :database: (String) database name, or (Array containing String) database names.

  - (optional) :format: (String) format

  - (optional) :field: (String) gets only the specified field

Returns | String or nil

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 187
    def retrieve(ids, hash = {})
      begin
        a = ids.to_ary
      rescue NoMethodError
        ids = ids.to_s
      end
      ids = a.join(',') if a
      ids = ids.split(',')

      dbs = hash[:database] || DEFAULT_RETRIEVAL_DATABASES
      begin
        dbs.to_ary
      rescue NoMethodError
        dbs = dbs.to_s.empty? ? [] : [ dbs.to_s ]
      end
      return nil if dbs.empty? or ids.empty?

      if dbs.size == 1 then
        return entry(dbs[0], ids, hash[:format], hash[:field])
      end

      results = []
      ids.each do |idstr|
        dbs.each do |dbstr|
          r = entry(dbstr, idstr, hash[:format], hash[:field])
          if r and !r.strip.empty? then
            results.push r
            break
          end
        end #dbs.each
      end #ids.each

      results.join('')
    end

search(database, query, offset = nil, limit = nil, format = nil) click to toggle source

Database search. Format of the search term string follows the Common Query Language.

- en.wikipedia.org/wiki/Common_Query_Language

Example:

    t = Bio::TogoWS::REST.new
    print t.search('uniprot', 'lung cancer')
    # only get the 10th and 11th hit ID
    print t.search('uniprot', 'lung cancer', 10, 2)
    # with json format
    print t.search('uniprot', 'lung cancer', 10, 2, 'json')

Arguments:

- (required) database: (String) database name

- (required) query: (String) query string

- (optional) offset: (Integer) offset in search results.

- (optional) limit: (Integer) max. number of returned results. If offset is not nil and the limit is nil, it is set to 1.

- (optional) format: (String) format. nil means the default format.

Returns | String or nil

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 279
    def search(database, query, offset = nil, limit = nil, format = nil)
      arg = [ 'search', database, query ]
      if offset then
        limit ||= 1
        arg.push "#{offset},#{limit}"
      end
      arg[-1] = "#{arg[-1]}.#{format}" if format
      response = get(*arg)

      prepare_return_value(response)
    end

search_database_list() click to toggle source

Returns list of available databases in the search service.

Returns | Array containing String

    # File lib/bio/io/togows.rb, line 320
    def search_database_list
      database_list('search')
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.