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- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::PubMed

## Description

The Bio::PubMed class provides several ways to retrieve bibliographic information from the PubMed database at

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=PubMed

Basically, two types of queries are possible:

- searching for PubMed IDs given a query string:

  - Bio::PubMed#esearch (recommended)

  - Bio::PubMed#search (only retrieves top 20 hits)

- retrieving the MEDLINE text (i.e. authors, journal, abstract, ...) given a PubMed ID

  - Bio::PubMed#efetch (recommended)

  - Bio::PubMed#query (unstable for the change of the HTML design)

  - Bio::PubMed#pmfetch (still working but could be obsoleted by NCBI)

The different methods within the same group are interchangeable and should return the same result.

Additional information about the MEDLINE format and PubMed programmable APIs can be found on the following websites:

- PubMed Overview:

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/overview.html

- PubMed help:

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html

- Entrez utilities index:

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/utils_index.html

- How to link:

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helplinks.chapter.linkshelp

## Usage

    require 'bio'

    # If you don't know the pubmed ID:
    Bio::PubMed.esearch("(genome AND analysis) OR bioinformatics").each do |x|
      p x
    end

    Bio::PubMed.search("(genome AND analysis) OR bioinformatics").each do |x|
      p x
    end

    # To retrieve the MEDLINE entry for a given PubMed ID:
    puts Bio::PubMed.efetch("10592173", "14693808")
    puts Bio::PubMed.query("10592173")
    puts Bio::PubMed.pmfetch("10592173")

    # This can be converted into a Bio::MEDLINE object:
    manuscript = Bio::PubMed.query("10592173")
    medline = Bio::MEDLINE.new(manuscript)

### Public Class Methods

efetch(*args) click to toggle source

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 204
    def self.efetch(*args)
      self.new.efetch(*args)
    end

esearch(*args) click to toggle source

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 200
    def self.esearch(*args)
      self.new.esearch(*args)
    end

pmfetch(*args) click to toggle source

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 216
    def self.pmfetch(*args)
      self.new.pmfetch(*args)
    end

query(*args) click to toggle source

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 212
    def self.query(*args)
      self.new.query(*args)
    end

search(*args) click to toggle source

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 208
    def self.search(*args)
      self.new.search(*args)
    end

### Public Instance Methods

efetch(ids, hash = {}) click to toggle source

Retrieve PubMed entry by PMID and returns MEDLINE formatted string using entrez efetch. Multiple PubMed IDs can be provided:

    Bio::PubMed.efetch(123)
    Bio::PubMed.efetch([123,456,789])

Arguments:

- ids: list of PubMed IDs (required)

- hash: hash of E-Utils options

  - retmode: "xml", "html", ...

  - rettype: "medline", ...

  - retmax: integer (default 100)

  - retstart: integer

  - field

  - reldate

  - mindate

  - maxdate

  - datetype

Returns | Array of MEDLINE formatted String

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 117
    def efetch(ids, hash = {})
      opts = { "db" => "pubmed", "rettype"  => "medline" }
      opts.update(hash)
      result = super(ids, opts)
      if !opts["retmode"] or opts["retmode"] == "text"
        result = result.split(/\n\n+/)
      end
      result
    end

esearch(str, hash = {}) click to toggle source

Search the PubMed database by given keywords using E-Utils and returns an array of PubMed IDs.

For information on the possible arguments, see eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esearch_help.html#PubMed

Arguments:

- str: query string (required)

- hash: hash of E-Utils options

  - retmode: "xml", "html", ...

  - rettype: "medline", ...

  - retmax: integer (default 100)

  - retstart: integer

  - field

  - reldate

  - mindate

  - maxdate

  - datetype

Returns | array of PubMed IDs or a number of results

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 93
    def esearch(str, hash = {})
      opts = { "db" => "pubmed" }
      opts.update(hash)
      super(str, opts)
    end

pmfetch(id) click to toggle source

Retrieve PubMed entry by PMID and returns MEDLINE formatted string using entrez pmfetch.

Arguments:

- id: PubMed ID (required)

Returns | MEDLINE formatted String

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 183
    def pmfetch(id)
      host = "www.ncbi.nlm.nih.gov"
      path = "/entrez/utils/pmfetch.fcgi?tool=bioruby&mode=text&report=medline&db=PubMed&id="

      ncbi_access_wait

      http = Bio::Command.new_http(host)
      response = http.get(path + CGI.escape(id.to_s))
      result = response.body
      if result =~ /#{id}\s+Error/
        raise( result )
      else
        result = result.gsub("\r", "\n").squeeze("\n").gsub(/<\/?pre>/, '')
        return result
      end
    end

query(*ids) click to toggle source

Retrieve PubMed entry by PMID and returns MEDLINE formatted string using entrez query.

Arguments:

- id: PubMed ID (required)

Returns | MEDLINE formatted String

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 153
    def query(*ids)
      host = "www.ncbi.nlm.nih.gov"
      path = "/sites/entrez?tool=bioruby&cmd=Text&dopt=MEDLINE&db=PubMed&uid="
      list = ids.collect { |x| CGI.escape(x.to_s) }.join(",")

      ncbi_access_wait

      http = Bio::Command.new_http(host)
      response = http.get(path + list)
      result = response.body
      result = result.scan(/<pre>\s*(.*?)<\/pre>/).flatten

      if result =~ /id:.*Error occurred/
        # id: xxxxx Error occurred: Article does not exist
        raise( result )
      else
        if ids.size > 1
          return result
        else
          return result.first
        end
      end
    end

search(str) click to toggle source

Search the PubMed database by given keywords using entrez query and returns an array of PubMed IDs. Caution: this method returns the first 20 hits only. Instead, use of the 'esearch' method is strongly recomended.

Arguments:

- id: query string (required)

Returns | array of PubMed IDs

    # File lib/bio/io/pubmed.rb, line 134
    def search(str)
      host = "www.ncbi.nlm.nih.gov"
      path = "/sites/entrez?tool=bioruby&cmd=Search&doptcmdl=Brief&db=PubMed&term="

      ncbi_access_wait

      http = Bio::Command.new_http(host)
      response = http.get(path + CGI.escape(str))
      result = response.body
      result = result.scan(/value="(\d+)" id="UidCheckBox"/).flatten
      return result
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.