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- Bio::Tree::NoPathError
- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::PhyloXML::Node

## Description

Class to hold clade element of phyloXML.

### Attributes

binary_characters[RW]

BinaryCharacters object. The names and/or counts of binary characters present, gained, and lost at the root of a clade.

color[RW]

BranchColor object. Apply for the whole clade unless overwritten in sub-clade.

confidences[RW]

Array of Confidence objects. Indicates the support for a clade/parent branch.

date[RW]

Date object. A date associated with a clade/node.

distributions[RW]

Array of Distribution objects. The geographic distribution of the items of a clade (species, sequences), intended for phylogeographic applications.

events[RW]

Events at the root node of a clade (e.g. one gene duplication).

id_source[RW]

String. Used to link other elements to a clade (node) (on the xml-level).

name[RW]

String. Name of the node.

node_id[RW]

Id object

other[RW]

Array of Other objects. Used to save additional information from other than PhyloXML namspace.

properties[RW]

An array of Property objects, for example depth for sea animals.

references[RW]

Array of Reference objects. A literature reference for a clade.

sequences[RW]

Array of Sequence objects. Represents a molecular sequence (Protein, DNA, RNA) associated with a node.

taxonomies[RW]

Array of Taxonomy objects. Describes taxonomic information for a clade.

width[R]

Float. Branch width for this node (including parent branch). Applies for the whole clade unless overwritten in sub-clades.

### Public Class Methods

new() click to toggle source

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 221
    def initialize
      @confidences = []
      @sequences = []
      @taxonomies = []
      @distributions = []
      @references = []
      @properties = []
      @other = []
    end

### Public Instance Methods

extract_biosequence(seq_i=0) click to toggle source

Extracts the relevant information from node (specifically taxonomy and sequence) to create Bio::Sequence object. Node can have several sequences, so parameter to this method is to specify which sequence to extract.

Returns | Bio::Sequence

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 269
    def extract_biosequence(seq_i=0)

      seq = @sequences[seq_i].to_biosequence
      seq.classification = []
      @taxonomies.each do |t|
        seq.classification << t.scientific_name
        if t.rank == "species"
          seq.species = t.scientific_name
        end
      end

      #seq.division => .. http://www.ebi.ac.uk/embl/Documentation/User_manual/usrman.html#3_2
      # It doesn't seem there is anything in PhyloXML corresponding to this.

      return seq
    end

to_biotreenode() click to toggle source

Converts to a Bio::Tree::Node object. If it contains several taxonomies Bio::Tree::Node#scientific name will get the scientific name of the first taxonomy.

If there are several confidence values, the first with bootstrap type will be returned as Bio::Tree::Node#bootstrap

tree = phyloxmlparser.next_tree

node = tree.get_node_by_name("A").to_biotreenode

Returns | Bio::Tree::Node

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 245
    def to_biotreenode
      node = Bio::Tree::Node.new
      node.name = @name
      node.scientific_name = @taxonomies[0].scientific_name if not @taxonomies.empty?
      #@todo what if there are more?
      node.taxonomy_id = @taxonomies[0].taxononmy_id if @taxonomies[0] != nil

      if not @confidences.empty?
        @confidences.each do |confidence|
          if confidence.type == "bootstrap"
            node.bootstrap = confidence.value
            break
          end
        end
      end
      return node
    end

to_xml(branch_length, write_branch_length_as_subelement) click to toggle source

Converts elements to xml representation. Called by PhyloXML::Writer class.

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 287
    def to_xml(branch_length,  write_branch_length_as_subelement)
      clade = LibXML::XML::Node.new('clade')

      PhyloXML::Writer.generate_xml(clade, self, [[:simple, 'name', @name]])

      if branch_length != nil
        if write_branch_length_as_subelement
          clade << LibXML::XML::Node.new('branch_length', branch_length.to_s)
        else
          clade["branch_length"] = branch_length.to_s
        end
      end

      #generate all elements, except clade
      PhyloXML::Writer.generate_xml(clade, self, [
          [:attr, "id_source"],
          [:objarr, 'confidence', 'confidences'],
          [:simple, 'width', @width],
          [:complex, 'branch_color', @branch_color],
          [:simple, 'node_id', @node_id],
          [:objarr, 'taxonomy', 'taxonomies'],
          [:objarr, 'sequence', 'sequences'],
          [:complex, 'events', @events],
          [:complex, 'binary_characters', @binary_characters],
          [:objarr, 'distribution', 'distributions'],
          [:complex, 'date', @date],
          [:objarr, 'reference', 'references'],
          [:objarr, 'propery', 'properties']])

      return clade
    end

width=(str) click to toggle source

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 183
    def width=(str)
      @width = str.to_f
    end

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