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- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::Alignment::Output

### Public Instance Methods

__output_phylip_common(options = {}) click to toggle source

common routine for interleaved/non-interleaved phylip format

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1099
    def __output_phylip_common(options = {})
      len = self.alignment_length
      aln = [ " #{self.number_of_sequences} #{len}\n" ]
      sn = self.sequence_names.collect { |x| x.to_s.gsub(/[\r\n\x00]/, ' ') }
      if options[:replace_space]
        sn.collect! { |x| x.gsub(/\s/, '_') }
      end
      if !options.has_key?(:escape) or options[:escape]
        sn.collect! { |x| x.gsub(/[\:\;\,\(\)]/, '_') }
      end
      if !options.has_key?(:split) or options[:split]
        sn.collect! { |x| x.split(/\s/)[0].to_s }
      end
      if !options.has_key?(:avoid_same_name) or options[:avoid_same_name]
        sn = __clustal_avoid_same_name(sn, 10)
      end

      namewidth = 10
      seqwidth  = (options[:width] or 60)
      seqwidth = seqwidth.div(10) * 10
      seqregexp = Regexp.new("(.{1,#{seqwidth.div(10) * 11}})")
      gchar = (options[:gap_char] or '-')

      aseqs = Array.new(self.number_of_sequences).clear
      self.each_seq do |s|
        aseqs << s.to_s.gsub(self.gap_regexp, gchar)
      end
      case options[:case].to_s
      when /lower/
        aseqs.each { |s| s.downcase! }
      when /upper/
        aseqs.each { |s| s.upcase! }
      end

      aseqs.collect! do |s|
        snx = sn.shift
        head = sprintf("%*s", -namewidth, snx.to_s)[0, namewidth]
        head2 = ' ' * namewidth
        s << (gchar * (len - s.length))
        s.gsub!(/(.{1,10})/, " \\1")
        s.gsub!(seqregexp, "\\1\n")
        a = s.split(/^/)
        head += a.shift
        ret = a.collect { |x| head2 + x }
        ret.unshift(head)
        ret
      end
      lines = (len + seqwidth - 1).div(seqwidth)
      [ aln, aseqs, lines ]
    end

output(format, *arg) click to toggle source

    # File lib/bio/alignment.rb, line 873
    def output(format, *arg)
      case format
      when :clustal
        output_clustal(*arg)
      when :fasta
        output_fasta(*arg)
      when :phylip
        output_phylip(*arg)
      when :phylipnon
        output_phylipnon(*arg)
      when :msf
        output_msf(*arg)
      when :molphy
        output_molphy(*arg)
      else
        raise "Unknown format: #{format.inspect}"
      end
    end

output_clustal(options = {}) click to toggle source

Generates ClustalW-formatted text

seqs | sequences (must be an alignment object)
names | names of the sequences
options | options

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1045
    def output_clustal(options = {})
      __clustal_formatter(self, self.sequence_names, options)
    end

output_fasta(options={}) click to toggle source

Generates fasta format text and returns a string.

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1059
    def output_fasta(options={})
      #(original)
      width = (options[:width] or 70)
      if options[:avoid_same_name] then
        na = __clustal_avoid_same_name(self.sequence_names, 30)
      else
        na = self.sequence_names.collect do |k|
          k.to_s.gsub(/[\r\n\x00]/, ' ')
        end
      end
      if width and width > 0 then
        w_reg = Regexp.new(".{1,#{width}}")
        self.collect do |s|
          ">#{na.shift}\n" + s.to_s.gsub(w_reg, "\\0\n")
        end.join('')
      else
        self.collect do |s|
          ">#{na.shift}\n" + s.to_s + "\n"
        end.join('')
      end
    end

output_molphy(options = {}) click to toggle source

Generates Molphy alignment format text as a string

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1151
    def output_molphy(options = {})
      len = self.alignment_length
      header = "#{self.number_of_sequences} #{len}\n"
      sn = self.sequence_names.collect { |x| x.to_s.gsub(/[\r\n\x00]/, ' ') }
      if options[:replace_space]
        sn.collect! { |x| x.gsub(/\s/, '_') }
      end
      if !options.has_key?(:escape) or options[:escape]
        sn.collect! { |x| x.gsub(/[\:\;\,\(\)]/, '_') }
      end
      if !options.has_key?(:split) or options[:split]
        sn.collect! { |x| x.split(/\s/)[0].to_s }
      end
      if !options.has_key?(:avoid_same_name) or options[:avoid_same_name]
        sn = __clustal_avoid_same_name(sn, 30)
      end

      seqwidth  = (options[:width] or 60)
      seqregexp = Regexp.new("(.{1,#{seqwidth}})")
      gchar = (options[:gap_char] or '-')

      aseqs = Array.new(len).clear
      self.each_seq do |s|
        aseqs << s.to_s.gsub(self.gap_regexp, gchar)
      end
      case options[:case].to_s
      when /lower/
        aseqs.each { |s| s.downcase! }
      when /upper/
        aseqs.each { |s| s.upcase! }
      end

      aseqs.collect! do |s|
        s << (gchar * (len - s.length))
        s.gsub!(seqregexp, "\\1\n")
        sn.shift + "\n" + s
      end
      aseqs.unshift(header)
      aseqs.join('')
    end

output_msf(options = {}) click to toggle source

Generates msf formatted text as a string

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1193
    def output_msf(options = {})
      len = self.seq_length

      if !options.has_key?(:avoid_same_name) or options[:avoid_same_name]
        sn = __clustal_avoid_same_name(self.sequence_names)
      else
        sn = self.sequence_names.collect do |x|
          x.to_s.gsub(/[\r\n\x00]/, ' ')
        end
      end
      if !options.has_key?(:replace_space) or options[:replace_space]
        sn.collect! { |x| x.gsub(/\s/, '_') }
      end
      if !options.has_key?(:escape) or options[:escape]
        sn.collect! { |x| x.gsub(/[\:\;\,\(\)]/, '_') }
      end
      if !options.has_key?(:split) or options[:split]
        sn.collect! { |x| x.split(/\s/)[0].to_s }
      end

      seqwidth = 50
      namewidth = [31, sn.collect { |x| x.length }.max ].min
      sep = ' ' * 2

      seqregexp = Regexp.new("(.{1,#{seqwidth}})")
      gchar = (options[:gap_char]  or '.')
      pchar = (options[:padding_char] or '~')

      aseqs = Array.new(self.number_of_sequences).clear
      self.each_seq do |s|
        aseqs << s.to_s.gsub(self.gap_regexp, gchar)
      end
      aseqs.each do |s|
        s.sub!(/\A#{Regexp.escape(gchar)}+/) { |x| pchar * x.length }
        s.sub!(/#{Regexp.escape(gchar)}+\z/, '')
        s << (pchar * (len - s.length))
      end

      case options[:case].to_s
      when /lower/
        aseqs.each { |s| s.downcase! }
      when /upper/
        aseqs.each { |s| s.upcase! }
      else #default upcase
        aseqs.each { |s| s.upcase! }
      end

      case options[:type].to_s
      when /protein/, /aa/
        amino = true
      when /na/
        amino = false
      else
        if seqclass == Bio::Sequence::AA then
          amino = true
        elsif seqclass == Bio::Sequence::NA then
          amino = false
        else
          # if we can't determine, we asuume as protein.
          amino = aseqs.size
          aseqs.each { |x| amino -= 1 if /\A[acgt]\z/ =~ x }
          amino = false if amino <= 0
        end
      end

      seq_type = (amino ? 'P' : 'N')

      fn = (options[:entry_id] or self.__id__.abs.to_s + '.msf')
      dt = (options[:time] or Time.now).strftime('%B %d, %Y %H:%M')

      sums = aseqs.collect { |s| GCG::Seq.calc_checksum(s) }
      #sums = aseqs.collect { |s| 0 }
      sum = 0; sums.each { |x| sum += x }; sum = 10000
      msf =
        [
         "#{seq_type == 'N' ? 'N' : 'A' }A_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0\n",
         "\n",
         "\n",
         " #{fn}  MSF: #{len}  Type: #{seq_type}  #{dt}  Check: #{sum} ..\n",
         "\n"
        ]

      sn.each do |snx|
        msf << ' Name: ' +
          sprintf('%*s', -namewidth, snx.to_s)[0, namewidth] +
          "  Len: #{len}  Check: #{sums.shift}  Weight: 1.00\n"
      end
      msf << "\n//\n"

      aseqs.collect! do |s|
        snx = sn.shift
        head = sprintf("%*s", namewidth, snx.to_s)[0, namewidth] + sep
        s.gsub!(seqregexp, "\\1\n")
        a = s.split(/^/)
        a.collect { |x| head + x }
      end
      lines = (len + seqwidth - 1).div(seqwidth)
      i = 1
      lines.times do
        msf << "\n"
        n_l = i
        n_r = [ i + seqwidth - 1, len ].min
        if n_l != n_r then
          w = [ n_r - n_l + 1 - n_l.to_s.length - n_r.to_s.length, 1 ].max
          msf << (' ' * namewidth + sep + n_l.to_s +
                  ' ' * w + n_r.to_s + "\n")
        else
          msf << (' ' * namewidth + sep + n_l.to_s + "\n")
        end
        aseqs.each { |a| msf << a.shift }
        i += seqwidth
      end
      msf << "\n"
      msf.join('')
    end

output_phylip(options = {}) click to toggle source

generates phylip interleaved alignment format as a string

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1082
    def output_phylip(options = {})
      aln, aseqs, lines = __output_phylip_common(options)
      lines.times do
        aseqs.each { |a| aln << a.shift }
        aln << "\n"
      end
      aln.pop if aln[-1] == "\n"
      aln.join('')
    end

output_phylipnon(options = {}) click to toggle source

generates Phylip3.2 (old) non-interleaved format as a string

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1093
    def output_phylipnon(options = {})
      aln, aseqs, lines = __output_phylip_common(options)
      aln.first + aseqs.join('')
    end

to_clustal(*arg) click to toggle source

# to_clustal is deprecated. Instead, please use output_clustal. +

    # File lib/bio/alignment.rb, line 1053
    def to_clustal(*arg)
      warn "to_clustal is deprecated. Please use output_clustal."
      output_clustal(*arg)
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.