Et bogmærke er en type hyperlink med repræsentativ tekst i panelet Bogmærker i navigationsruden. Hvert bogmærke springer til en anden visning eller side i dokumentet. Bogmærker genereres automatisk i forbindelse med oprettelse af PDF-dokumenter på baggrund af en indholdsfortegnelse i dokumenterne, som oprettes af de fleste DTP-programmer. Disse bogmærker er ofte kodede og kan bruges til at redigere i PDF-dokumentet.