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- CLASS Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleSpecial
- CLASS Bio::FlatFile::AutoDetect::RuleTemplate
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- Bio::SQL::SeqfeatureQualifierValue
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- Bio::SQL::TermDbxref
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- Bio::SQL::TermRelationship
- Bio::SQL::TermRelationshipTerm
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- Bio::Scf
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- Bio::TMHMM::Report
- Bio::TMHMM::TMH
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- Bio::TogoWS::AccessWait
- Bio::TogoWS::REST
- Bio::TrEMBL
- Bio::Tree
- Bio::Tree::Edge
- Bio::Tree::NoPathError
- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::FlatFile::AutoDetect

AutoDetect automatically determines database class of given data.

### Constants

BottomRule

  Special element that is always bottom priority.

TopRule

  Special element that is always top priority.

### Public Class Methods

[](*arg) click to toggle source

make a new autodetect object

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 361
    def self.[](*arg)
      a = self.new
      arg.each { |e| a.add(e) }
      a
    end

default() click to toggle source

returns the default autodetect object

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 348
    def self.default
      unless @default then
        @default = self.make_default
      end
      @default
    end

default=(ad) click to toggle source

sets the default autodetect object.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 356
    def self.default=(ad)
      @default = ad
    end

make_default() click to toggle source

make a default of default autodetect object

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 368
    def self.make_default
      a = self[
        genbank  = RuleRegexp[ 'Bio::GenBank',
          /^LOCUS       .+ bp .*[a-z]*[DR]?NA/ ],
        genpept  = RuleRegexp[ 'Bio::GenPept',
          /^LOCUS       .+ aa .+/ ],
        medline  = RuleRegexp[ 'Bio::MEDLINE',
          /^PMID\- [0-9]+$/ ],
        embl     = RuleRegexp[ 'Bio::EMBL',
          /^ID   .+\; .*(DNA|RNA|XXX)\;/ ],
        sptr     = RuleRegexp2[ 'Bio::SPTR',
          /^ID   .+\; *PRT\;/,
          /^ID   [-A-Za-z0-9_\.]+ .+\; *[0-9]+ *AA\./ ],
        prosite  = RuleRegexp[ 'Bio::PROSITE',
          /^ID   [-A-Za-z0-9_\.]+\; (PATTERN|RULE|MATRIX)\.$/ ],
        transfac = RuleRegexp[ 'Bio::TRANSFAC',
          /^AC  [-A-Za-z0-9_\.]+$/ ],

        aaindex  = RuleProc.new('Bio::AAindex1', 'Bio::AAindex2') do |text|
          if /^H [-A-Z0-9_\.]+$/ =~ text then
            if text =~ /^M [rc]/ then
              Bio::AAindex2
            elsif text =~ /^I    A\/L/ then
              Bio::AAindex1
            else
              false #fail to determine
            end
          else
            nil
          end
        end,

        litdb    = RuleRegexp[ 'Bio::LITDB',
          /^CODE        [0-9]+$/ ],
        pathway_module = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::MODULE',
          /^ENTRY       .+ Pathway\s+Module\s*/ ],
        pathway  = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::PATHWAY',
          /^ENTRY       .+ Pathway\s*/ ],
        brite    = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::BRITE',
          /^Entry           [A-Z0-9]+/ ],
        orthology = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::ORTHOLOGY',
          /^ENTRY       .+ KO\s*/ ],
        drug     = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::DRUG',
          /^ENTRY       .+ Drug\s*/ ],
        glycan   = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::GLYCAN',
          /^ENTRY       .+ Glycan\s*/ ],
        enzyme   = RuleRegexp2[ 'Bio::KEGG::ENZYME',
          /^ENTRY       EC [0-9\.]+$/,
          /^ENTRY       .+ Enzyme\s*/
        ],
        compound = RuleRegexp2[ 'Bio::KEGG::COMPOUND',
          /^ENTRY       C[A-Za-z0-9\._]+$/,
          /^ENTRY       .+ Compound\s*/
        ],
        reaction = RuleRegexp2[ 'Bio::KEGG::REACTION',
          /^ENTRY       R[A-Za-z0-9\._]+$/,
          /^ENTRY       .+ Reaction\s*/
        ],
        genes    = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::GENES',
          /^ENTRY       .+ (CDS|gene|.*RNA|Contig) / ],
        genome   = RuleRegexp[ 'Bio::KEGG::GENOME',
          /^ENTRY       [a-z]+$/ ],

        fantom = RuleProc.new('Bio::FANTOM::MaXML::Cluster',
                              'Bio::FANTOM::MaXML::Sequence') do |text|
          if /\<\!DOCTYPE\s+maxml\-(sequences|clusters)\s+SYSTEM/ =~ text
            case $1
            when 'clusters'
              Bio::FANTOM::MaXML::Cluster
            when 'sequences'
              Bio::FANTOM::MaXML::Sequence
            else
              nil #unknown
            end
          else
            nil
          end
        end,

        pdb = RuleRegexp[ 'Bio::PDB',
          /^HEADER    .{40}\d\d\-[A-Z]{3}\-\d\d   [0-9A-Z]{4}/ ],
        het = RuleRegexp[ 'Bio::PDB::ChemicalComponent',
          /^RESIDUE +.+ +\d+\s*$/ ],

        clustal = RuleRegexp2[ 'Bio::ClustalW::Report',
        /^CLUSTAL .*\(.*\).*sequence +alignment/,
        /^CLUSTAL FORMAT for T-COFFEE/ ],

        gcg_msf = RuleRegexp[ 'Bio::GCG::Msf',
        /^!!(N|A)A_MULTIPLE_ALIGNMENT .+/ ],

        gcg_seq = RuleRegexp[ 'Bio::GCG::Seq',
        /^!!(N|A)A_SEQUENCE .+/ ],

        blastxml = RuleRegexp[ 'Bio::Blast::Report',
          /\<\!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC / ],
        wublast  = RuleRegexp[ 'Bio::Blast::WU::Report',
          /^BLAST.? +[\-\.\w]+\-WashU +\[[\-\.\w ]+\]/ ],
        wutblast = RuleRegexp[ 'Bio::Blast::WU::Report_TBlast',
          /^TBLAST.? +[\-\.\w]+\-WashU +\[[\-\.\w ]+\]/ ],
        blast    = RuleRegexp[ 'Bio::Blast::Default::Report',
          /^BLAST.? +[\-\.\w]+ +\[[\-\.\w ]+\]/ ],
        tblast   = RuleRegexp[ 'Bio::Blast::Default::Report_TBlast',
          /^TBLAST.? +[\-\.\w]+ +\[[\-\.\w ]+\]/ ],
        rpsblast   = RuleRegexp[ 'Bio::Blast::RPSBlast::Report',
          /^RPS\-BLAST.? +[\-\.\w]+ +\[[\-\.\w ]+\]/ ],

        blat   = RuleRegexp[ 'Bio::Blat::Report',
          /^psLayout version \d+/ ],
        spidey = RuleRegexp[ 'Bio::Spidey::Report',
          /^\-\-SPIDEY version .+\-\-$/ ],
        hmmer  = RuleRegexp[ 'Bio::HMMER::Report',
          /^HMMER +\d+\./ ],
        sim4   = RuleRegexp[ 'Bio::Sim4::Report',
          /^seq1 \= .*\, \d+ bp(\r|\r?\n)seq2 \= .*\, \d+ bp(\r|\r?\n)/ ],

        fastq  = RuleRegexp[ 'Bio::Fastq',
          /^\@.+(?:\r|\r?\n)(?:[^\@\+].*(?:\r|\r?\n))+/ ],

        fastaformat = RuleProc.new('Bio::FastaFormat',
                                   'Bio::NBRF',
                                   'Bio::FastaNumericFormat') do |text|
          if /^>.+$/ =~ text
            case text
            when /^>([PF]1|[DR][LC]|N[13]|XX)\;.+/
              Bio::NBRF
            when /^>.+$\s+(^\#.*$\s*)*^\s*\d*\s*[-a-zA-Z_\.\[\]\(\)\*\+\$]+/
                Bio::FastaFormat
            when /^>.+$\s+^\s*\d+(\s+\d+)*\s*$/
              Bio::FastaNumericFormat
            else
              false
            end
          else
            nil
          end
        end
      ]

      # dependencies
      # NCBI
      genbank.is_prior_to genpept
      # EMBL/UniProt
      embl.is_prior_to sptr
      sptr.is_prior_to prosite
      prosite.is_prior_to transfac
      # KEGG
      #aaindex.is_prior_to litdb
      #litdb.is_prior_to brite
      pathway_module.is_prior_to pathway
      pathway.is_prior_to brite
      brite.is_prior_to orthology
      orthology.is_prior_to drug
      drug.is_prior_to glycan
      glycan.is_prior_to enzyme
      enzyme.is_prior_to compound
      compound.is_prior_to reaction
      reaction.is_prior_to genes
      genes.is_prior_to genome
      # PDB
      pdb.is_prior_to het
      # BLAST
      wublast.is_prior_to wutblast
      wutblast.is_prior_to blast
      blast.is_prior_to tblast
      # Fastq
      BottomRule.is_prior_to(fastq)
      fastq.is_prior_to(fastaformat)
      # FastaFormat
      BottomRule.is_prior_to(fastaformat)

      # for debug
      #debug_first = RuleDebug.new('debug_first')
      #a.add(debug_first)
      #debug_first.is_prior_to(TopRule)

      ## for debug
      #debug_last = RuleDebug.new('debug_last')
      #a.add(debug_last)
      #BottomRule.is_prior_to(debug_last)
      #fastaformat.is_prior_to(debug_last)

      a.rehash
      return a
    end

new() click to toggle source

Creates a new Autodetect object

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 226
    def initialize
      # stores autodetection rules.
      @rules = Hash.new
      # stores elements (cache)
      @elements = nil
      self.add(TopRule)
      self.add(BottomRule)
    end

### Public Instance Methods

add(elem) click to toggle source

Adds a new element. Returns elem.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 237
    def add(elem)
      raise 'element name conflicts' if @rules[elem.name]
      @elements = nil
      @rules[elem.name] = elem
      elem
    end

autodetect(text, meta = {}) click to toggle source

Autodetect from the text. Returns a database class if succeeded. Returns nil if failed.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 305
    def autodetect(text, meta = {})
      r = nil
      elements.each do |e|
        #$stderr.puts e.name
        r = e.guess(text, meta)
        break if r
      end
      r
    end

autodetect_flatfile(ff, lines = 31) click to toggle source

autodetect from the FlatFile object. Returns a database class if succeeded. Returns nil if failed.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 318
    def autodetect_flatfile(ff, lines = 31)
      meta = {}
      stream = ff.instance_eval { @stream }
      begin
        path = stream.path
      rescue NameError
      end
      if path then
        meta[:path] = path
        # call autodetect onece with meta and without any read action
        if r = self.autodetect(stream.prefetch_buffer, meta)
          return r
        end
      end
      # reading stream
      1.upto(lines) do |x|
        break unless line = stream.prefetch_gets
        if line.strip.size > 0 then
          if r = self.autodetect(stream.prefetch_buffer, meta)
            return r
          end
        end
      end
      return nil
    end

each_rule() click to toggle source

Iterates over each element.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 298
    def each_rule(&x) #:yields: elem
      elements.each(&x)
    end

elements() click to toggle source

Returns current elements as an array whose order fulfills all elements' priorities.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 275
    def elements
      unless @elements
        ary = tsort
        ary.reverse!
        @elements = ary
      end
      @elements
    end

inspect() click to toggle source

visualizes the object (mainly for debug)

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 291
    def inspect
      "<#{self.class.to_s} " +
        self.elements.collect { |e| e.name.inspect }.join(' ') +
        ">"
    end

rehash() click to toggle source

rebuilds the object and clears internal cache.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 285
    def rehash
      @rules.rehash
      @elements = nil
    end

tsort_each_child(elem) click to toggle source

(required by TSort.) For a given element, yields each child (= lower priority elements) of the element.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 253
    def tsort_each_child(elem)
      if elem == TopRule then
        @rules.each_value do |e|
          yield e unless e == TopRule or
            e.lower_priority_elements.index(TopRule)
        end
      elsif elem == BottomRule then
        @rules.each_value do |e|
          yield e if e.higher_priority_elements.index(BottomRule)
        end
      else
        elem.lower_priority_elements.each do |e|
          yield e if e != BottomRule
        end
        unless elem.higher_priority_elements.index(BottomRule)
          yield BottomRule
        end
      end
    end

tsort_each_node(&x) click to toggle source

(required by TSort.) For all elements, yields each element.

    # File lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb, line 246
    def tsort_each_node(&x)
      @rules.each_value(&x)
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.