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- Bio::TogoWS::REST
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- Bio::Tree::Edge
- Bio::Tree::NoPathError
- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::PAML::Codeml

## Description

Bio::PAML::Codeml is a wrapper for estimating evolutionary rate using the CODEML tool. The class provides methods for generating the necessary configuration file, and running codeml with the specified binary. Codeml output is returned when codeml is run. Bio::PAML::Codeml::Report and Bio::PAML::Codeml::Rates provide simple classes for parsing and accessing the Codeml report and rates files respectively.

## Examples

Example 1:

    require 'bio'
    # Reads multi-fasta formatted file and gets a Bio::Alignment object.
    alignment = Bio::FlatFile.open(Bio::Alignment::MultiFastaFormat,
                                   'example.fst').alignment
    # Reads newick tree from a file
    tree = Bio::FlatFile.open(Bio::Newick, 'example.tree').tree
    # Creates a Codeml object
    codeml = Bio::PAML::Codeml.new
    # Sets parameters
    codeml.parameters[:runmode] = 0
    codeml.parameters[:RateAncestor] = 1
    # You can also set many parameters at a time.
    codeml.parameters.update({ :alpha => 0.5, :fix_alpha => 0 })
    # Executes codeml with the alignment and the tree
    report = codeml.query(alignment, tree)

Example 2 (Obsolete usage):

    # Create a control file, setting some Codeml options
    # Default parameters are used otherwise, see RDoc for defaults
    # The names of the parameters correspond to those specified
    # in the Codeml documentation
    control_file = Tempfile.new('codeml_ctl')
    control_file.close(false)
    # Prepare output file as a temporary file
    output_file = Tempfile.new('codeml_test')
    output_file.close(false)
    Bio::PAML::Codeml.create_control_file(config_file.path, {
      :model       => 1,
      :fix_kappa   => 1,
      :aaRatefile  => TEST_DATA + '/wag.dat',
      :seqfile     => TEST_DATA + '/abglobin.aa',
      :treefile    => TEST_DATA + '/abglobin.trees',
      :outfile     => output_file.path,
    })

    # Create an instance of Codeml specifying where the codeml binary is
    codeml = Bio::PAML::Codeml.new('/path/to/codeml')

    # Run codeml using a control file
    # Returns the command line output
    codeml_output = codeml.run(control_file)

### Constants

DEFAULT_PARAMETERS

  Default parameters when running codeml.

  The parameters whose values are different from the codeml defalut value (described in pamlDOC.pdf) in PAML 4.1 are:

      seqfile, outfile, treefile, ndata, noisy, verbose, cleandata

DEFAULT_PROGRAM

  Default program name

### Public Class Methods

create_config_file(parameters, filename) click to toggle source

OBSOLETE. This method will soon be removed. Instead, use create_control_file(parameters, filename).

    # File lib/bio/appl/paml/codeml.rb, line 160
    def self.create_config_file(parameters, filename)
      warn "The method Codeml.create_config_file(parameters, filename) will soon be removed. Instead, use Codeml.create_control_file(filename, parameters)."
      create_control_file(parameters, filename)
    end

create_control_file(parameters, filename) click to toggle source

Obsolete. This method will be removed in the future. Helper method for creating a codeml control file. Note that default parameters are automatically merged.

    # File lib/bio/appl/paml/codeml.rb, line 148
    def self.create_control_file(parameters, filename)
      parameters = DEFAULT_PARAMETERS.merge(parameters)
      File.open(filename, 'w') do |file|
        parameters.each do |key, value|
          file.puts "#{key.to_s} = #{value.to_s}" if value
        end
      end
      filename
    end

### Public Instance Methods

options() click to toggle source

OBSOLETE. This method should not be used. Instead, use parameters.

    # File lib/bio/appl/paml/codeml.rb, line 133
    def options
      warn 'The method Codeml#options will be changed to be used for command line arguments in the future. Instead, use Codeml#parameters.'
      parameters
    end

options=(hash) click to toggle source

OBSOLETE. This method should not be used. Instead, use parameters=(hash).

    # File lib/bio/appl/paml/codeml.rb, line 140
    def options=(hash)
      warn 'The method Codeml#options=() will be changed to be used for command line arguments in the future. Instead, use Codeml#parameters=().'
      self.parameters=(hash)
    end

query(alignment, tree = nil, aarate = nil) click to toggle source

Runs the program on the internal parameters with the specified sequence alignment and tree.

Note that parameters and parameters are always modified, and parameters and parameters are modified when tree and aarate are specified respectively.

For other important information, see the document of Bio::PAML::Common#query.

Arguments:

- (required) alignment: Bio::Alignment object or similar object

- (optional) tree: Bio::Tree object

- (optional) aarate: String or nil

Returns | Report object

    # File lib/bio/appl/paml/codeml.rb, line 183
    def query(alignment, tree = nil, aarate = nil)
      begin
        aaratefile = prepare_aaratefile(aarate)
        ret = super(alignment, tree)
      ensure
        finalize_aaratefile(aaratefile)
      end
      ret
    end

query_by_string(alignment = nil, tree = nil, aarate = nil) click to toggle source

Runs the program on the internal parameters with the specified sequence alignment data string and tree data string.

Note that parameters is always modified, and parameters, parameters, and parameters are modified when alignment, tree, and aarate are specified respectively.

It raises RuntimeError if seqfile is not specified in the argument or in the parameter.

For other important information, see the document of query method.

Arguments:

- (optional) alignment: String

- (optional) tree: String or nil

- (optional) aarate: String or nil

Returns | contents of output file (String)

    # File lib/bio/appl/paml/codeml.rb, line 212
    def query_by_string(alignment = nil, tree = nil, aarate = nil)
      begin
        aaratefile = prepare_aaratefile(aarate)
        ret = super(alignment, tree)
      ensure
        finalize_aaratefile(aaratefile)
      end
      ret
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.