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- Bio::TMHMM::Report
- Bio::TMHMM::TMH
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- Bio::TRANSFAC::CLASS
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- Bio::TargetP::Report
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- Bio::Tcoffee::DEFAULT_PARSER
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- Bio::TogoWS::AccessWait
- Bio::TogoWS::REST
- Bio::TrEMBL
- Bio::Tree
- Bio::Tree::Edge
- Bio::Tree::NoPathError
- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::Blast::Default::Report::Iteration

Bio::Blast::Default::Report::Iteration stores information about a iteration. It may contain some Bio::Blast::Default::Report::Hit objects. Note that a PSI-BLAST (blastpgp command) result usually contain multiple iterations in it, and a normal BLAST (blastall command) result usually contain one iteration in it.

### Attributes

database[R]

name (title or filename) of the database

db_len[R]

number of sequences in database

db_num[R]

number of letters in database

eff_space[R]

effective length of the database

entropy[R]

entropy of the database

expect[R]

e-value threshold specified when BLAST was executed

gapped_entropy[R]

gapped entropy of the database

gapped_kappa[R]

gapped kappa of the database

gapped_lambda[R]

gapped lambda of the database

kappa[R]

kappa of the database

lambda[R]

lambda of the database

message[R]

(PSI-BLAST) Messages of the iteration.

num[R]

(PSI-BLAST) Iteration round number.

pattern_in_database[R]

(PHI-BLAST) Number of occurrences of pattern in the database.

posted_date[R]

posted date of the database

### Public Class Methods

new(data) click to toggle source

Creates a new Iteration object. It is designed to be called only internally from the Bio::Blast::Default::Report class. Users shall not use the method directly.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 485
    def initialize(data)
      @f0stat = []
      @f0dbstat = AlwaysNil.instance
      @f0hitlist = []
      @hits = []
      @num = 1
      r = data.shift
      @f0message = [ r ]
      r.gsub!(/^Results from round (\d+).*\z/) { |x|
        @num = $1.to_i
        @f0message << x
        ''
      }
      r = data.shift
      while /^Number of occurrences of pattern in the database is +(\d+)/ =~ r
        # PHI-BLAST
        @pattern_in_database = $1.to_i
        @f0message << r
        r = data.shift
      end
      if /^Results from round (\d+)/ =~ r then
        @num = $1.to_i
        @f0message << r
        r = data.shift
      end
      if r and !(/\*{5} No hits found \*{5}/ =~ r) then
        @f0hitlist << r
        begin
          @f0hitlist << data.shift
        end until r = data[0] and /^\>/ =~ r
        if r and /^CONVERGED\!/ =~ r then
          r.sub!(/(.*\n)*^CONVERGED\!.*\n/) { |x| @f0hitlist << x; '' }
        end
        if defined?(@pattern_in_database) and r = data.first then
          #PHI-BLAST
          while /^\>/ =~ r
            @hits << Hit.new(data)
            r = data.first
            break unless r
            while /^Significant alignments for pattern/ =~ r
              data.shift
              r = data.first
            end
          end
        else
          #not PHI-BLAST
          while r = data[0] and /^\>/ =~ r
            @hits << Hit.new(data)
          end
        end
      end
      if /^CONVERGED\!\s*$/ =~ @f0hitlist[-1].to_s then
        @message = 'CONVERGED!'
        @flag_converged = true
      end
    end

### Public Instance Methods

converged?() click to toggle source

(PSI-BLAST) Returns true if the iteration is converged. Otherwise, returns false.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 566
    def converged?
      @flag_converged
    end

each() click to toggle source

Iterates over each hit of the iteration. Yields a Bio::Blast::Default::Report::Hit object.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 558
    def each
      hits.each do |x|
        yield x
      end
    end

hits() click to toggle source

Returns the hits of the iteration. It returns an array of Bio::Blast::Default::Report::Hit objects.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 551
    def hits
      parse_hitlist
      @hits
    end

hits_for_pattern() click to toggle source

(PHI-BLAST) Returns hits for pattern. ????

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 614
    def hits_for_pattern
      parse_hitlist
      @hits_for_pattern
    end

hits_found_again() click to toggle source

(PSI-BLAST) Returns hits which have been found again in the iteration. It returns an array of Bio::Blast::Default::Report::Hit objects.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 600
    def hits_found_again
      parse_hitlist
      @hits_found_again
    end

hits_newly_found() click to toggle source

(PSI-BLAST) Returns hits which have been newly found in the iteration. It returns an array of Bio::Blast::Default::Report::Hit objects.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 608
    def hits_newly_found
      parse_hitlist
      @hits_newly_found
    end

pattern() click to toggle source

(PHI-BLAST) Returns pattern string. Returns nil if it is not a PHI-BLAST result.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 572
    def pattern
      #PHI-BLAST
      if !defined?(@pattern) and defined?(@pattern_in_database) then
        @pattern = nil
        @pattern_positions = []
        @f0message.each do |r|
          sc = StringScanner.new(r)
          if sc.skip_until(/^ *pattern +([^\s]+)/) then
            @pattern = sc[1] unless @pattern
            sc.skip_until(/(?:^ *| +)at position +(\d+) +of +query +sequence/)
            @pattern_positions << sc[1].to_i
          end
        end
      end
      @pattern
    end

pattern_positions() click to toggle source

(PHI-BLAST) Returns pattern positions. Returns nil if it is not a PHI-BLAST result.

    # File lib/bio/appl/blast/format0.rb, line 591
    def pattern_positions
      #PHI-BLAST
      pattern
      @pattern_positions
    end

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