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- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::PhyloXML::Writer

## Description

Bio::PhyloXML::Writer is for writing phyloXML (version 1.10) format files.

## Requirements

Libxml2 XML parser is required. Install libxml-ruby bindings from libxml.rubyforge.org or

    gem install -r libxml-ruby

## Usage

     require 'bio'

    # Create new phyloxml parser
    phyloxml = Bio::PhyloXML::Parser.open('example.xml')

    # Read in some trees from file
    tree1 = phyloxml.next_tree
    tree2 = phyloxml.next_tree

    # Create new phyloxml writer
    writer = Bio::PhyloXML::Writer.new('tree.xml')

    # Write tree to the file tree.xml
    writer.write(tree1)

    # Add another tree to the file
    writer.write(tree2)

## References

www.phyloxml.org/documentation/version_100/phyloxml.xsd.html

### Constants

SCHEMA_LOCATION

### Attributes

write_branch_length_as_subelement[RW]

### Public Class Methods

generate_xml(root, elem, subelement_array) click to toggle source

Used by to_xml methods of PhyloXML element classes. Generally not to be invoked directly.

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_writer.rb, line 166
     def self.generate_xml(root, elem, subelement_array)
      #example usage: generate_xml(node, self, [[ :complex,'accession', ], [:simple, 'name',  @name], [:simple, 'location', @location]])
     subelement_array.each do |subelem|
       if subelem[0] == :simple
         root << XML::Node.new(subelem[1], subelem[2].to_s) if subelem[2] != nil and not subelem[2].to_s.empty?

       elsif subelem[0] == :complex
         root << subelem[2].send("to_xml") if subelem[2] != nil

       elsif subelem[0] == :pattern
         #seq, self, [[:pattern, 'symbol', @symbol, "\S{1,10}"]
         if subelem[2] != nil
           if subelem[2] =~ subelem[3]
             root << XML::Node.new(subelem[1], subelem[2])
           else
             raise "#{subelem[2]} is not a valid value of #{subelem[1]}. It should follow pattern #{subelem[3]}"
           end
         end

       elsif subelem[0] == :objarr
         #[:objarr, 'annotation', 'annotations']])
         obj_arr = elem.send(subelem[2])
         obj_arr.each do |arr_elem|
           root << arr_elem.to_xml
         end

       elsif subelem[0] == :simplearr
         #  [:simplearr, 'common_name', @common_names]
         subelem[2].each do |elem_val|
           root << XML::Node.new(subelem[1], elem_val)
         end
       elsif subelem[0] == :attr
         #[:attr, 'rooted']
         obj = elem.send(subelem[1])
         if obj != nil
           root[subelem[1]] = obj.to_s
         end
       else
         raise "Not supported type of element by method generate_xml."
       end
     end
     return root
    end

new(filename, indent=true) click to toggle source

Create new Writer object. As parameters provide filename of xml file you wish to create. Optional parameter is whether to indent or no. Default is true. By default branch_length is written as subelement of clade element.

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_writer.rb, line 83
    def initialize(filename, indent=true)
    @write_branch_length_as_subelement = true #default value
    @filename = filename
    @indent = indent

    @doc = XML::Document.new()
    @doc.root = XML::Node.new('phyloxml')
    @root = @doc.root
    @root['xmlns:xsi'] = 'http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance'
    @root['xsi:schemaLocation'] = SCHEMA_LOCATION
    @root['xmlns'] = 'http://www.phyloxml.org'

    #@todo save encoding to be UTF-8. (However it is the default one).
    #it gives error NameError: uninitialized constant LibXML::XML::Encoding
    #@doc.encoding = XML::Encoding::UTF_8

    @doc.save(@filename, :indent => true)
    end

### Public Instance Methods

write(tree) click to toggle source

Write a tree to a file in phyloxml format.

    require 'Bio'
    writer = Bio::PhyloXML::Writer.new
    writer.write(tree)

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_writer.rb, line 109
    def write(tree)
      @root << phylogeny = XML::Node.new('phylogeny')

      PhyloXML::Writer.generate_xml(phylogeny, tree, [
          [:attr, 'rooted'],
          [:simple, 'name', tree.name],
          [:complex, 'id', tree.phylogeny_id],
          [:simple, 'description', tree.description],
          [:simple, 'date', tree.date],
          [:objarr, 'confidence', 'confidences']])

      root_clade = tree.root.to_xml(nil, @write_branch_length_as_subelement)

      phylogeny << root_clade

      tree.children(tree.root).each do |node|
        root_clade << node_to_xml(tree, node, tree.root)
      end

      Bio::PhyloXML::Writer::generate_xml(phylogeny, tree, [
          [:objarr, 'clade_relation', 'clade_relations'],
          [:objarr, 'sequence_relation', 'sequence_relations'],
          [:objarr, 'property', 'properties']] )

      @doc.save(@filename, :indent => @indent)
    end

write_other(other_arr) click to toggle source

PhyloXML Schema allows to save data in different xml format after all phylogeny elements. This method is to write these additional data.

    parser = PhyloXML::Parser.open('phyloxml_examples.xml')
    writer = PhyloXML::Writer.new('new.xml')

    parser.each do |tree|
      writer.write(tree)
    end

    # When all the trees are read in by the parser, whats left is saved at
    # PhyloXML::Parser#other
    writer.write(parser.other)

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_writer.rb, line 153
    def write_other(other_arr)
      other_arr.each do |other_obj|
        @root << other_obj.to_xml
      end
      @doc.save(@filename, :indent => @indent)
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.