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- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::MEDLINE

## Description

NCBI PubMed/MEDLINE database class.

## Examples

    medline = Bio::MEDLINE.new(txt)
    medline.reference
    medline.pmid == medline.entry_id
    medilne.mesh

### Attributes

pubmed[R]

### Public Class Methods

new(entry) click to toggle source

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 28
    def initialize(entry)
      @pubmed = Hash.new('')

      tag = ''
      entry.each_line do |line|
        if line =~ /^\w/
          tag = line[0,4].strip
        else
          # continuation from previous lines
          @pubmed[tag] = @pubmed[tag].sub(/(?:\r|\r\n|\n)\z/, ' ')
        end
        value = line[6..-1]
        @pubmed[tag] += value if value
      end
    end

### Public Instance Methods

ab() click to toggle source

AB - Abstract

    Abstract.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 145
    def ab
      @pubmed['AB'].gsub(/\s+/, ' ').strip
    end

Also aliased as: abstract
abstract() click to toggle source
Alias for: ab
ad() click to toggle source

AD - Affiliation

    Institutional affiliation and address of the first author, and grant
    numbers.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 193
    def ad
      @pubmed['AD'].strip.split(/\n/)
    end

Also aliased as: affiliations
affiliations() click to toggle source
Alias for: ad
au() click to toggle source

AU - Author Name

    Authors' names.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 152
    def au
      @pubmed['AU'].strip
    end

authors() click to toggle source

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 156
    def authors
      authors = []
      au.split(/\n/).each do |author|
        if author =~ / /
          name = author.split(/\s+/)
          suffix = nil
          if name.length > 2 && name[-2] =~ /^[A-Z]+$/ # second to last are the initials
            suffix = name.pop
          end
          initial = name.pop.split(//).join('. ')
          author = "#{name.join(' ')}, #{initial}."
        end
        if suffix
          author << " " + suffix
        end
        authors.push(author)
      end
      return authors
    end

date() click to toggle source
Alias for: dp
doi() click to toggle source

AID - Article Identifier

    Article ID values may include the pii (controlled publisher identifier)
    or doi (Digital Object Identifier).

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 201
    def doi
      @pubmed['AID'][/(\S+) \[doi\]/, 1]
    end

dp() click to toggle source

DP - Publication Date

    The date the article was published.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 127
    def dp
      @pubmed['DP'].strip
    end

Also aliased as: date
entry_id() click to toggle source
Alias for: pmid
ip() click to toggle source

IP - Issue

    The number of the issue, part, or supplement of the journal in which
    the article was published.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 102
    def ip
      @pubmed['IP'].strip
    end

Also aliased as: issue
issue() click to toggle source
Alias for: ip
journal() click to toggle source
Alias for: ta
mesh() click to toggle source
Alias for: mh
mh() click to toggle source

MH - MeSH Terms

    NLM's controlled vocabulary.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 185
    def mh
      @pubmed['MH'].strip.split(/\n/)
    end

Also aliased as: mesh
pages() click to toggle source

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 113
    def pages
      pages = pg
      if pages =~ /-/
        from, to = pages.split('-')
        if (len = from.length - to.length) > 0
          to = from[0,len] + to
        end
        pages = "#{from}-#{to}"
      end
      return pages
    end

pg() click to toggle source

PG - Page Number

    The full pagination of the article.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 109
    def pg
      @pubmed['PG'].strip
    end

pii() click to toggle source

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 205
    def pii
      @pubmed['AID'][/(\S+) \[pii\]/, 1]
    end

pmid() click to toggle source

PMID - PubMed Unique Identifier

    Unique number assigned to each PubMed citation.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 74
    def pmid
      @pubmed['PMID'].strip
    end

Also aliased as: entry_id
pt() click to toggle source

PT - Publication Type

    The type of material the article represents.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 278
    def pt
      @pubmed['PT'].strip.split(/\n/)
    end

Also aliased as: publication_type
publication_type() click to toggle source
Alias for: pt
reference() click to toggle source

returns a Reference object.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 47
    def reference
      hash = Hash.new

      hash['authors']     = authors
      hash['title']       = title
      hash['journal']     = journal
      hash['volume']      = volume
      hash['issue']       = issue
      hash['pages']       = pages
      hash['year']        = year
      hash['pubmed']      = pmid
      hash['medline']     = ui
      hash['abstract']    = abstract
      hash['mesh']        = mesh
      hash['doi'] = doi
      hash['affiliations'] = affiliations

      hash.delete_if { |k, v| v.nil? or v.empty? }

      return Reference.new(hash)
    end

so() click to toggle source

SO - Source

    Composite field containing bibliographic information.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 178
    def so
      @pubmed['SO'].strip
    end

Also aliased as: source
source() click to toggle source
Alias for: so
ta() click to toggle source

TA - Journal Title Abbreviation

    Standard journal title abbreviation.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 87
    def ta
      @pubmed['TA'].gsub(/\s+/, ' ').strip
    end

Also aliased as: journal
ti() click to toggle source

TI - Title Words

    The title of the article.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 138
    def ti
      @pubmed['TI'].gsub(/\s+/, ' ').strip
    end

Also aliased as: title
title() click to toggle source
Alias for: ti
ui() click to toggle source

UI - MEDLINE Unique Identifier

    Unique number assigned to each MEDLINE citation.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 81
    def ui
      @pubmed['UI'].strip
    end

vi() click to toggle source

VI - Volume

    Journal volume.

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 94
    def vi
      @pubmed['VI'].strip
    end

Also aliased as: volume
volume() click to toggle source
Alias for: vi
year() click to toggle source

    # File lib/bio/db/medline.rb, line 132
    def year
      dp[0,4]
    end

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Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.