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- Bio::Tree::Node
- Bio::UniProt
- BiorubyController
- BiorubyGenerator
- BiorubyHelper
- Hash
- Object
- String

No matching classes.

# Bio::PhyloXML::Sequence

## Description

Element Sequence is used to represent a molecular sequence (Protein, DNA, RNA) associated with a node.

### Attributes

accession[RW]

Accession object. Holds source and identifier for the sequence.

annotations[RW]

Array of Annotation objects. Annotations of molecular sequence.

domain_architecture[RW]

DomainArchitecture object. Describes domain architecture of a protein.

id_ref[RW]

String. One intended use for 'id_ref' is to link a sequence to a taxonomy (via the taxonomy's 'id_source') in the case of multiple sequences and taxonomies per node.

id_source[RW]

String. Used to link with other elements.

is_aligned[R]

Boolean. used to indicated that this molecular sequence is aligned with all other sequences in the same phylogeny for which 'is aligned' is true as well (which, in most cases, means that gaps were introduced, and that all sequences for which 'is aligned' is true must have the same length)

location[RW]

String. Location of a sequence on a genome/chromosome

mol_seq[R]

String. The actual sequence is stored here.

name[RW]

Full name (e.g. muscle Actin )

other[RW]

Array of Other objects. Used to save additional information from other than PhyloXML namspace.

symbol[RW]

short (maximal ten characters) symbol of the sequence (e.g. 'ACTM')

type[RW]

Type of sequence (rna, dna, protein)

uri[RW]

Uri object

### Public Class Methods

new() click to toggle source

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 553
    def initialize
      @annotations = []
      @other = []
    end

### Public Instance Methods

is_aligned=(str) click to toggle source

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 558
    def is_aligned=(str)
      if str=='true'
        @is_aligned=true
      elsif str=='false'
        @is_aligned = false
      else
        @is_aligned = nil
      end
    end

is_aligned?() click to toggle source

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 568
    def is_aligned?
      @is_aligned
    end

mol_seq=(str) click to toggle source

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 572
    def mol_seq=(str)
      if str =~ /^[a-zA-Z\.\-\?\*_]+$/
        @mol_seq = str
      else
        raise "mol_seq element of Sequence does not follow the pattern."
      end
    end

to_biosequence() click to toggle source

converts Bio::PhyloXML:Sequence to Bio::Sequence object.

Returns | Bio::Sequence

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 619
    def to_biosequence
      #type is not a required attribute in phyloxml (nor any other Sequence
      #element) it might not hold any value, so we will not check what type it is.
      seq = Bio::Sequence.auto(@mol_seq)

      seq.id_namespace = @accession.source
      seq.entry_id = @accession.value
      # seq.primary_accession = @accession.value could be this
      seq.definition = @name
      #seq.comments = @name //this one?
      if @uri != nil
        h = {'url' => @uri.uri,
          'title' => @uri.desc }
        ref = Bio::Reference.new(h)
        seq.references << ref
      end
      seq.molecule_type = 'RNA' if @type == 'rna'
      seq.molecule_type = 'DNA' if @type == 'dna'

      #@todo deal with the properties. There might be properties which look
      #like bio sequence attributes or features
      return seq
    end

to_xml() click to toggle source

Converts elements to xml representation. Called by PhyloXML::Writer class.

    # File lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb, line 581
    def to_xml

      seq = LibXML::XML::Node.new('sequence')
      if @type != nil
        if ["dna", "rna", "protein"].include?(@type)
          seq["type"] = @type
        else
          raise "Type attribute of Sequence has to be one of dna, rna or a."
        end
      end

      PhyloXML::Writer.generate_xml(seq, self, [
          [:attr, 'id_source'],
          [:attr, 'id_ref'],
          [:pattern, 'symbol', @symbol, Regexp.new("^\\S{1,10}$")],
          [:complex, 'accession', @accession],
          [:simple, 'name', @name],
          [:simple, 'location', @location]])

      if @mol_seq != nil
        molseq = LibXML::XML::Node.new('mol_seq', @mol_seq)
        molseq["is_aligned"] = @is_aligned.to_s if @is_aligned != nil
        seq << molseq
      end

      PhyloXML::Writer.generate_xml(seq, self, [
          #[:pattern, 'mol_seq', @mol_seq, Regexp.new("^[a-zA-Z\.\-\?\*_]+$")],
          [:complex, 'uri', @uri],
          [:objarr, 'annotation', 'annotations'],
          [:complex, 'domain_architecture', @domain_architecture]])
          #@todo test domain_architecture
      #any
      return seq
    end

[Validate]

Generated with the Darkfish Rdoc Generator 2.